1.鉴定一个或多个多态性的非诊断性方法，所述方法包括步骤：
a)提供第一目的核酸样品；
b)对第一目的核酸样品进行复杂度降低以提供第一核酸样品的第一文库；
c)用第二或更多目的核酸样品连续地或同时地进行步骤a)和b)，以获得第二或更多目的核酸样品的第二或更多文库；
d)测序第一文库和第二或更多文库的至少一部分，其中测序在固体支持物上进行；
e)比对在步骤d)中获得的序列；
f)确定在步骤e)的比对中第一核酸样品和第二或更多核酸样品间的一个或多个多态性；
g)用在步骤f)中确定的所述一个或多个多态性设计检测探针；
h)提供目的测试样品核酸；
i)对目的测试样品核酸进行步骤b)的复杂度降低以提供测试样品核酸的测试文库；
j)用在步骤g)中设计的检测探针对测试文库进行高通量筛选以鉴定在步骤f)中确定的多态性的存在或不存在；
其中步骤(b)的复杂度降低是通过下述进行的：
-用至少一种限制性核酸内切酶消化核酸样品以将其片段化为限制性片段；
-用具有可与限制性片段的一个或两个末端相连接的一个末端的至少一种合成的双链寡核苷酸接头连接获得的限制性片段，以产生接头-连接的限制性片段；
-将所述接头-连接的限制性片段与一个或多个寡核苷酸引物在杂交条件下接触；和-通过所述一个或多个寡核苷酸引物的延伸来扩增所述接头-连接的限制性片段，其中所述一个或多个寡核苷酸引物的至少一个包括具有与在所述接头-连接的限制性片段的末端处的链的末端部分的核苷酸序列相同的核苷酸序列，包括参与所述限制性核酸内切酶的目标序列的形成的核苷酸并且包括存在于接头中的核苷酸的至少一部分。
2.鉴定一个或多个多态性的非诊断性方法，所述方法包括步骤：
a)提供第一目的核酸样品；
b)对第一目的核酸样品进行复杂度降低以提供第一核酸样品的第一文库；
c)用第二或更多目的核酸样品连续地或同时地进行步骤a)和b)，以获得第二或更多目的核酸样品的第二或更多文库；
d)测序第一文库和第二或更多文库的至少一部分，其中测序在固体支持物上进行；
e)比对在步骤d)中获得的序列；
f)确定在步骤e)的比对中第一核酸样品和第二或更多核酸样品间的一个或多个多态性；
g)用在步骤f)中确定的所述一个或多个多态性设计检测探针；
h)提供目的测试样品核酸；
i)对目的测试样品核酸进行步骤b)的复杂度降低以提供测试样品核酸的测试文库；
j)用在步骤g)中设计的检测探针对测试文库进行高通量筛选以鉴定在步骤f)中确定的多态性的数量；
其中步骤(b)的复杂度降低是通过下述进行的：
-用至少一种限制性核酸内切酶消化核酸样品以将其片段化为限制性片段；
-用具有可与限制性片段的一个或两个末端相连接的一个末端的至少一种合成的双链寡核苷酸接头连接获得的限制性片段，以产生接头-连接的限制性片段；
-将所述接头-连接的限制性片段与一个或多个寡核苷酸引物在杂交条件下接触；和-通过所述一个或多个寡核苷酸引物的延伸来扩增所述接头-连接的限制性片段，其中所述一个或多个寡核苷酸引物的至少一个包括具有与在所述接头-连接的限制性片段的末端处的链的末端部分的核苷酸序列相同的核苷酸序列，包括参与所述限制性核酸内切酶的目标序列的形成的核苷酸并且包括存在于接头中的核苷酸的至少一部分。
3.根据权利要求1或2的方法，其中所述接头和/或引物包括标签。
4.根据权利要求3的方法，其中所述标签为标识子序列。
5.根据权利要求1或2的方法，其中至少一种所述引物被磷酸化。
6.根据权利要求1或2中任一项的方法，其中所述固体支持物为珠子。
7.根据权利要求1或2中任一项的方法，其中测序基于双脱氧链终止测序法。
8.根据权利要求1或2的方法，其中测序包含步骤：
-将接头-连接的片段退火到珠子，其中各个珠子与单一的接头-连接的片段退火；
-在油包水微反应器中乳化珠子，各个油包水微反应器包含单一的珠子；
-将珠子加载于孔中，各个孔包含单一的珠子；和
-产生焦磷酸信号。
9.根据权利要求8的方法，其中，在退火步骤之前，测序接头连接到加标签的第一文库和加标签的第二文库或组合文库中的片段上。
10.根据权利要求9的方法，其中测序接头携带3’-T突出端。
11.根据权利要求1或2中任一项的方法，其中高通量筛选通过如此来进行，即将在步骤h)中设计的探针固定于阵列上，之后将包含探针的阵列与测试文库在杂交条件下接触。
12.用于鉴定一个或多个多态性的方法，所述方法包括步骤：
a)提供多个目的核酸样品；
b)对各个样品进行复杂度降低以提供多个核酸样品文库，其中进行复杂度降低，通过-用至少一种限制性核酸内切酶消化各个核酸样品将其片段化为限制性片段；
-用至少一种具有可与限制性片段的一个或两个末端相连接的一个末端的合成的双链寡核苷酸接头连接获得的限制性片段，以产生接头-连接的限制性片段；
-将所述接头-连接的限制性片段与一个或多个磷酸化的寡核苷酸引物在杂交条件下接触；和
-通过所述一个或多个寡核苷酸引物的延伸来扩增所述接头-连接的限制性片段，其中所述一个或多个寡核苷酸引物的至少一个包括具有与在所述接头-连接的限制性片段的末端处的链的末端部分的核苷酸序列相同的核苷酸序列，包括参与所述限制性核酸内切酶的目标序列的形成的核苷酸并且包括存在于接头中的核苷酸的至少一部分，其中接头和/或引物包含标签；
c)组合所述的文库为组合文库；
d)将能够与珠子退火的测序接头与组合文库中扩增的接头-加帽的片段连接，使用携带3’-T突出端的测序接头并且使珠子-退火的片段进行乳液聚合；
e)对组合文库的至少一部分测序；
f)对比来自步骤e)中获得的各个样品的序列；
g)确定在步骤f)的对比中的多个核酸样品间的一个或多个多态性；
h)用在步骤g)中确定的所述一个或多个多态性设计检测探针；
i)提供目的测试样品核酸；
j)对目的测试样品核酸进行步骤b)的复杂度降低以提供测试样品核酸的测试文库；
k)用在步骤h)中设计的检测探针高通量筛选测试文库以鉴定在步骤g)中确定的多态性的存在或不存在。
13.用于鉴定一个或多个多态性的非诊断性方法，所述方法包括步骤：
a)提供多个目的核酸样品；
b)对各个样品进行复杂度降低以提供多个核酸样品文库，其中进行复杂度降低，通过-用至少一种限制性核酸内切酶消化各个核酸样品将其片段化为限制性片段；
-用至少一种具有可与限制性片段的一个或两个末端相连接的一个末端的合成的双链寡核苷酸接头连接获得的限制性片段，以产生接头-连接的限制性片段；
-将所述接头-连接的限制性片段与一个或多个磷酸化的寡核苷酸引物在杂交条件下接触；和
-通过所述一个或多个寡核苷酸引物的延伸来扩增所述接头-连接的限制性片段，其中所述一个或多个寡核苷酸引物的至少一个包括具有与在所述接头-连接的限制性片段的末端处的链的末端部分的核苷酸序列相同的核苷酸序列，包括参与所述限制性核酸内切酶的目标序列的形成的核苷酸并且包括存在于接头中的核苷酸的至少一部分，其中接头和/或引物包含标签；
c)组合所述的文库为组合文库；
d)将能够与珠子退火的测序接头与组合文库中扩增的接头-加帽的片段连接，使用携带3’-T突出端的测序接头并且使珠子-退火的片段进行乳液聚合；
e)对组合文库的至少一部分测序；
f)对比来自步骤e)中获得的各个样品的序列；
g)确定在步骤f)的对比中的多个核酸样品间的一个或多个多态性；
h)用在步骤g)中确定的所述一个或多个多态性设计检测探针；
i)提供目的测试样品核酸；
j)对目的测试样品核酸进行步骤b)的复杂度降低以提供测试样品核酸的测试文库；
k)用在步骤h)中设计的检测探针高通量筛选测试文库以鉴定在步骤g)中确定的多态性的数量。
14.权利要求1-13的方法的用途，其用于筛选富集的微卫星文库、进行转录作谱cDNA-AFLP、复杂基因组的测序、表达序列标签文库的测序、微小RNA发现、小插入片段文库的测序、细菌人造染色体的测序、与AFLP/cDNA-AFLP组合的分离群体分组分析法或AFLP片段的常规检测。