1.一种用于经控制DNA片段化的活体外方法，所述方法包含
(a)使形成包含以下的转座体复合物的转座子和转座酶与标靶DNA接触，
第一转座子，其具有可经所述转座酶识别的第一转座子核苷酸末端序列，和第二转座子，其具有可经所述转座酶识别的第二转座子核苷酸末端序列，
形成反应混合物，
其中所述第一转座子末端序列、所述第二转座子末端序列或所述第一转座子末端序列和所述第二转座子末端序列包含选自由以下组成的群组的经修饰序列：简并序列、脱嘌呤位点、脱嘧啶位点、切口、核苷酸缺口，以及其组合；和
b)在用于转座反应的条件下培育所述反应混合物，产生标靶DNA片段，和
将所述第一转座子末端序列、所述第二转座子末端序列、或所述第一转座子末端序列和所述第二转座子末端序列并入到所述标靶DNA的至少一个5′端中，
其中相对于未经修饰的转座子末端序列，转座酶对含有所述修饰的所述第一、第二或第一和第二转座子末端序列的亲和力降低，产生经控制DNA片段化。
2.根据权利要求1所述的方法，其进一步包含(c)在不存在补平或接合衔接子的情况下，在扩增反应中使用与所述标靶DNA片段的所述5′端中的转座子末端的第二部分互补的第一和第二寡核苷酸引物扩增所述片段化标靶DNA。
3.根据权利要求2所述的方法，其中所述第一和第二引物任选地包含5′衔接子尾部。
4.根据权利要求1所述的方法，其进一步包含(c)将衔接子补平和/或接合到所述标靶DNA片段的至少一端，
其中补平产生钝端或A-突出端，并且
其中接合添加钝端或粘性末端衔接子。
5.根据权利要求1所述的方法，其中当所述修饰包含所述核苷酸缺口或切口时，由所述修饰界定并且并入到所述标靶DNA中的所述转座子末端的一部分在所述转座反应之后或在随后扩增反应之后或期间自所述标靶DNA崩解，其中所述转座子末端的所述部分自所述标靶DNA片段崩解增强所述标靶DNA片段的扩增效率，和/或产生不对称带尾标靶DNA片段。
6.根据权利要求1所述的方法，其进一步包含使包含在所述5′端的所述转座子末端的所述标靶DNA片段与具有5′-3′核酸外切酶或链置换活性的DNA聚合酶接触，由所述标靶DNA片段产生完全双链DNA的步骤。
7.根据权利要求1所述的方法，其产生长度是100bp到2000bp的标靶DNA片段。
8.根据权利要求1所述的方法，其进一步包含通过以下中的一个将所得标靶DNA片段的bp长度改变为预定平均长度：(a)改变转座子复合物的量，(b)改变所述反应复合物中标靶DNA的量，或(c)改变所述转座反应的培育时间。
9.根据权利要求1所述的方法，其中所述转座子末端选自Mu转座子末端、Mos1转座子末端、哈氏弧菌(Vibrio harvey)转座子末端和/或Tn5转座子末端。
10.根据权利要求1所述的方法，其中所述转座酶选自MuA转座酶、Mos1转座酶、哈氏弧菌转座酶或Tn5转座酶。
11.根据权利要求1所述的方法，其使用Mu转座子末端和MuA转座酶。
12.根据权利要求1所述的方法，其使用Mos1转座子末端和Mos1转座酶。
13.根据权利要求1所述的方法，其使用Tn5转座子末端和Tn5转座酶。
14.根据权利要求1所述的方法，其中所述经修饰序列是在始于3′转座子末端的第6、第
8、第10、第14、第16、第18、第19或第27核苷酸位置处的切口，并且在一个链的相邻核苷酸之间不存在磷酸二酯键。
15.根据权利要求1所述的方法，其中所述经修饰序列是在至少一个链的序列中的1、2或3个核苷酸的缺口。
16.根据权利要求1所述的方法，其中所述脱嘌呤位点或脱嘧啶位点分别包含选自甲基化碱基、无碱基位点和尿嘧啶的非嘌呤和非嘧啶核苷酸。
17.根据权利要求2所述的方法，其中所述第一和/或所述第二寡核苷酸引物的所述5′衔接子尾部包含选自由以下组成的群组的标签：扩增标签、测序标签、检测标签以及其组合。
18.根据权利要求17所述的方法，其中所述第一和所述第二寡核苷酸引物的所述衔接子尾部包含测序标签，并且所述方法进一步包含使来自(c)的扩增产物变性以产生单链DNA；将所述单链DNA粘接到固体载体，所述固体载体涂布有与所述测序标签互补的寡核苷酸；以及使用固定到所述固体载体的所述单链DNA作为模板将DNA测序。
19.根据权利要求5所述的方法，其使得待测序的转座子DNA的量最小化。
20.根据权利要求1所述的方法，其使得产生所需标靶DNA片段长度。
21.一种转座体复合物，其包含以下的双链转座子：具有可经转座酶识别的第一转座子核苷酸末端序列的第一转座子，和具有可经所述转座酶识别的第二转座子核苷酸末端序列的第二转座子，并且其中所述第一转座子末端序列、所述第二转座子末端序列或所述第一转座子末端序列和所述第二转座子末端序列包含选自以下的引入的经修饰序列：简并序列、脱嘌呤/脱嘧啶位点、切口和/或核苷酸缺口。
22.一种转座体复合物，其包含以下的双链转座子：第一转座子，其具有第一转座子核苷酸末端序列，所述第一转座子核苷酸末端序列可经转座酶识别并且含有切口；和第二转座子，其具有第二转座子核苷酸末端序列，所述第二转座子核苷酸末端序列可经所述转座酶识别并且如果所述第一转座子核苷酸末端序列不含切口，那么所述第二转座子核苷酸末端序列含有切口，或如果所述第一转座子核苷酸末端序列含有切口，那么所述第二转座子核苷酸末端序列任选地含有切口。
23.一种转座体复合物，其包含以下的双链转座子：第一转座子，其具有第一转座子核苷酸末端序列，所述第一转座子核苷酸末端序列可经转座酶识别并且含有缺口；和第二转座子，其具有第二转座子核苷酸末端序列，所述第二转座子核苷酸末端序列可经所述转座酶识别并且如果所述第一转座子核苷酸末端序列不含缺口，那么所述第二转座子核苷酸末端序列含有缺口，或如果所述第一转座子核苷酸末端序列含有缺口，那么所述第二转座子核苷酸末端序列任选地含有缺口。
24.一种转座体复合物，其包含以下的双链转座子：第一转座子，其具有第一转座子核苷酸末端序列，所述第一转座子核苷酸末端序列可经转座酶识别并且含有脱嘌呤位点；和第二转座子，其具有第二转座子核苷酸末端序列，所述第二转座子核苷酸末端序列可经所述转座酶识别并且如果所述第一转座子核苷酸末端序列不含脱嘌呤位点，那么所述第二转座子核苷酸末端序列含有脱嘌呤位点，或如果所述第一转座子核苷酸末端序列含有脱嘌呤位点，那么所述第二转座子核苷酸末端序列任选地含有脱嘌呤。
25.一种转座体复合物，其包含以下的双链转座子：第一转座子，其具有第一转座子核苷酸末端序列，所述第一转座子核苷酸末端序列可经转座酶识别并且含有脱嘧啶位点；和第二转座子，其具有第二转座子核苷酸末端序列，所述第二转座子核苷酸末端序列可经所述转座酶识别并且如果所述第一转座子核苷酸末端序列不含脱嘧啶位点，那么所述第二转座子核苷酸末端序列含有脱嘧啶位点，或如果所述第一转座子核苷酸末端序列含有脱嘧啶位点，那么所述第二转座子核苷酸末端序列任选地含有脱嘧啶位点。
26.一种试剂盒，其包含形成包含以下的转座子复合物的转座子和转座酶：具有可经转座酶识别的第一转座子核苷酸末端序列的第一转座子，和具有可经所述转座酶识别的第二转座子核苷酸末端序列的第二转座子，其中所述第一转座子末端序列、所述第二转座子末端序列或所述第一转座子末端序列和所述第二转座子末端序列包含选自由以下组成的群组的经修饰序列：简并序列、脱嘌呤位点、脱嘧啶位点、切口、核苷酸缺口以及其组合；和使用所述转座子复合物产生平均预定DNA片段长度的DNA库的说明书。
27.一种试剂盒，其包含形成如权利要求21到25中任一权利要求所述的转座体复合物的转座子和转座酶。
28.一种用于经控制DNA剪切以获得平均预定长度的DNA片段的方法，所述方法包含a)使形成包含以下的转座体复合物的转座子和转座酶与标靶DNA接触：具有可经所述转座酶识别的第一转座子核苷酸末端序列的第一转座子，和具有可经所述转座酶识别的第二转座子核苷酸末端序列的第二转座子，形成反应混合物，其中所述第一转座子末端序列、所述第二转座子末端序列或所述第一转座子末端序列和所述第二转座子末端序列包含选自简并序列或损伤的修饰，所述损伤选自脱嘌呤位点、脱嘧啶位点、切口和/或核苷酸缺口，和
b)在用于转座反应的条件下培育所述反应混合物，产生平均预定长度的标靶DNA片段，其中所述方法引起较慢转座反应速率和/或转座酶对所述转座体复合物内的所述转座子的较低亲和力。
29.根据权利要求28所述的方法，其中所述标靶DNA片段的所得平均预定长度通过改变转座子复合物的量、所述反应复合物中标靶DNA的量、所述转座反应的培育时间中的至少一个，改变所述简并序列的量或改变所述简并序列的位置来实现。
30.根据权利要求28所述的方法，其中所述损伤是分别包含选自甲基化碱基、无碱基位点和尿嘧啶的非嘌呤和非嘧啶核苷酸的脱嘌呤或脱嘧啶位点，其中所述损伤引起所述转座体复合物的DNA片段化速率降低。
31.根据权利要求1所述的方法，其中所述转座体复合物通过组合等摩尔浓度的转座酶与转座子预先形成。
32.根据权利要求28所述的方法，其中所述转座体复合物通过组合等摩尔浓度的转座酶与转座子预先形成。
33.根据权利要求31所述的方法，其中所述预先形成的转座体复合物在与所述标靶DNA接触之前稀释，产生次优反应混合物。
34.根据权利要求32所述的方法，其中所述预先形成的转座体复合物在与所述标靶DNA接触之前稀释，产生次优反应混合物。
35.根据权利要求33所述的方法，其中所述次优反应混合物引起预先形成的转座体复合物耗尽，并且所述转座反应在所希望的DNA降解水平下停止。
36.根据权利要求34所述的方法，其中所述次优反应混合物引起预先形成的转座体复合物耗尽，并且所述转座反应在所希望的DNA降解水平下停止。
37.一种制备多种转座体复合物的方法，其包含：
a)在单一反应混合物中接触
(i)多种转座酶，与
(ii)多种含有第一转座子末端序列的多核苷酸，其中所述第一转座子末端序列能够结合到来自所述多种转座酶的转座酶并且其中所述第一转座子末端序列含有至少一个切口、缺口、脱嘌呤位点或脱嘧啶位点，和
(iii)多种含有第二转座子末端序列的多核苷酸，其中所述第二转座子末端序列能够结合到来自所述多种转座酶的转座酶并且其中所述第二转座子末端序列含有至少一个切口、缺口、脱嘌呤位点或脱嘧啶位点；和
b)形成多种转座体复合物，至少一种转座体复合物包括转座酶、第一转座子末端序列以及第二转座子末端序列。
38.根据权利要求37所述的方法，其进一步包含：通过使所述多种转座体复合物与多个标靶DNA分子接触形成多种转座体/标靶DNA复合物。
39.根据权利要求38所述的方法，其进一步包含：通过将所述第一和所述第二转座子末端序列转座到所述标靶DNA分子中并且将所述标靶DNA片段化来产生至少一个片段化DNA分子，其具有接合到所述第一转座子末端序列的第一端和接合到所述第二转座子末端序列的第二端，其中所述至少一个片段化DNA分子包括具有至少一个切口、缺口、脱嘌呤位点或脱嘧啶位点的所述第一转座子末端序列和具有至少一个切口、缺口、脱嘌呤位点或脱嘧啶位点的第二端。
40.根据权利要求39所述的方法，其进一步包含：扩增所述至少一个片段化DNA分子以产生经扩增的片段化DNA分子。
41.根据权利要求40所述的方法，其进一步包含：使所述经扩增的标靶DNA变性以产生多个单链片段化DNA。
42.根据权利要求41所述的方法，其进一步包含：将所述多个单链片段化DNA固定到载体。
43.根据权利要求42所述的方法，其进一步包含：用大规模平行测序反应将所述多个单链片段化DNA测序。
44.根据权利要求43所述的方法，其中所述大规模平行测序反应包含并入核苷酸。
45.根据权利要求43所述的方法，其中所述大规模平行测序反应包含提供具有多个反应位点的阵列的表面，并且所述反应位点可操作地连接于传感器。
46.根据权利要求45所述的方法，其中所述传感器检测离子、氢离子、质子、磷酸酯基，包括焦磷酸酯基中的变化。
47.根据权利要求45所述的方法，其中所述传感器检测核苷酸并入反应的至少一种副产物或裂解产物。
48.根据权利要求47所述的方法，其中核苷酸并入反应的所述副产物或裂解产物包括离子(例如氢离子)、质子、磷酸酯基，包括焦磷酸酯基。
49.根据权利要求45所述的方法，其中所述传感器包含ISFET。
50.根据权利要求37所述的方法，其中所述第一转座子末端序列包含具有第一攻击链(attacking strand)和第一非攻击链的双链核酸。
51.根据权利要求50所述的方法，其中所述第一攻击链包括第一切口或第一缺口。
52.根据权利要求50所述的方法，其中所述第一非攻击链包括第一切口或第一缺口。
53.根据权利要求50所述的方法，其中所述第一转座子末端序列包括具有第一切口或第一缺口的第一攻击链和具有第一切口或第一缺口的第一非攻击链。
54.根据权利要求51所述的方法，其中所述第一攻击链中的所述切口或缺口位于始于所述攻击链的3′端的第六、八十、第十、第十四、第十六、第十八、第十九或第二十七核苷酸之后。
55.根据权利要求37所述的方法，其中所述第二转座子末端序列包含具有第二攻击链和第二非攻击链的双链核酸。
56.根据权利要求55所述的方法，其中所述第二攻击链包括第二切口或第二缺口。
57.根据权利要求55所述的方法，其中所述第二非攻击链包括第二切口或第二缺口。
58.根据权利要求55所述的方法，其中所述第二转座子末端序列包括具有第二切口或第二缺口的第二攻击链和具有第二切口或第二缺口的第二非攻击链。
59.根据权利要求56所述的方法，其中所述第二攻击链中的所述切口位于始于所述攻击链的3′端的第六、八十、第十、第十四、第十六、第十八、第十九或第二十七核苷酸之后。
60.多个片段化DNA分子，其通过根据权利要求39所述的方法产生。
61.根据权利要求39所述的方法，其中所述多个片段化DNA分子的尺寸范围是100-
2000bp。
62.根据权利要求39所述的方法，其中所述多个中的所述片段化DNA分子的平均长度可以通过以下来控制：(i)改变与所述多个标靶DNA接触的转座体复合物的量，(ii)改变与所述转座体复合物接触的标靶DNA的量，(iii)改变所述转座反应的时间量，或(iv)改变所述转座子末端序列上所述切口或缺口的位置。
63.一种用于将DNA片段化的活体外方法，其包含：
a)通过在单一反应混合物中接触以下来形成多种转座体复合物
(i)多种转座酶，与
(ii)多种含有第一转座子末端序列的多核苷酸，其中所述第一转座子末端序列能够结合到来自所述多种转座酶的转座酶并且其中所述第一转座子末端序列含有至少一个切口、缺口、脱嘌呤位点或脱嘧啶位点，和
(iii)多种含有第二转座子末端序列的多核苷酸，其中所述第二转座子末端序列能够结合到来自所述多种转座酶的转座酶并且其中所述第二转座子末端序列含有至少一个切口、缺口、脱嘌呤位点或脱嘧啶位点；和
b)使所述多种转座体复合物与多个标靶DNA分子接触；以及
c)通过将所述第一和所述第二转座子末端序列转座到所述标靶DNA分子中并且将所述标靶DNA片段化来产生至少一个片段化DNA分子，其具有接合到所述第一转座子末端序列的第一端和接合到所述第二转座子末端序列的第二端，其中所述至少一个片段化DNA分子包括具有至少一个切口、缺口、脱嘌呤位点或脱嘧啶位点的所述第一转座子末端序列和具有至少一个切口、缺口、脱嘌呤位点或脱嘧啶位点的第二端。