1.一种分析大分子的方法，包括以下步骤：
(a)提供大分子和连接在固体支持物上的相关记录标签；
(b)使所述大分子与能够结合所述大分子的第一结合剂接触，其中所述第一结合剂包含具有关于所述第一结合剂的识别信息的第一编码标签；
(c)将所述第一编码标签的信息传递到所述记录标签，以产生第一次序延伸记录标签；
(d)使所述大分子与能够结合所述大分子的第二结合剂接触，其中所述第二结合剂包含具有所述第二结合剂的识别信息的第二编码标签；
(e)将所述第二编码标签的信息传递到第一次序延伸记录标签以产生第二次序延伸记录标签；以及
(f)分析所述第二次序延伸记录标签。
2.根据权利要求1所述的方法，其中接触步骤(b)和(d)按顺序进行。
3.根据权利要求1所述的方法，其中接触步骤(b)和(d)同时进行。
4.根据权利要求1所述的方法，还包括在步骤(e)和(f)之间的以下步骤：
(x)采用能够结合所述大分子的第三(或更高次序)结合剂替换所述第二结合剂以重复步骤(d)和(e)一次或多次，其中所述第三(或更高次序)结合剂包含具有第三(或更高次序)结合剂的识别信息的第三(或更高次序的)编码标签；和
(y)将所述第三(或更高次序)编码标签的信息传递到所述第二(或更高次序)延伸记录标签，以产生第三(或更高次序)延伸记录标签；
并且其中在步骤(f)中分析所述第三(或更高次序)延伸记录标签。
5.一种分析大分子的方法，包括以下步骤：
(a)提供大分子，相关的第一记录标签和连接到固体支持物的相关第二记录标签；
(b)使所述大分子与能够结合所述大分子的第一结合剂接触，其中所述第一结合剂包含具有关于所述第一结合剂的识别信息的第一编码标签；
(c)将所述第一编码标签的信息传递到所述第一记录标签以产生第一次序延伸记录标签；
(d)使所述大分子与能够结合所述大分子的第二结合剂接触，其中所述第二结合剂包含具有所述第二结合剂的识别信息的第二编码标签；
(e)将所述第二编码标签的信息传递到所述第二记录标签以产生第二次序延伸记录标签；
(f)分析所述第一和第二延伸记录标签。
6.根据权利要求5所述的方法，其中接触步骤(b)和(d)按顺序进行。
7.根据权利要求5所述的方法，其中接触步骤(b)和(d)同时进行。
8.根据权利要求5所述的方法，步骤(a)还包括提供与所述固体支持物连接的相关的第三(或更高次序段)记录标签。
9.根据权利要求8所述的方法，还包括在步骤(e)和(f)之间的以下步骤：
(x)通过采用能够结合所述大分子的第三(或更高次序)结合剂替换所述第二结合剂以重复步骤(d)和(e)一次或多次，其中所述第三(或更高次序)结合剂包含具有第三(或更高次序)结合剂的识别信息的第三(或更高次序的)编码标签；和
(y)将所述第三(或更高次序)编码标签的信息传递到所述第三(或更高次序)记录标签，以产生第三(或更高次序)延伸记录标签；
并且其中在步骤(f)中分析第一、第二和第三(或更高次序)延伸记录标签。
10.根据权利要求5-9任一所述的方法，其中所述第一编码标签、第二编码标签和任何更高次序编码标签包含结合的循环特异性间隔序列。
11.一种分析肽的方法，包含以下步骤：
(a)提供肽和连接在固体支持物上的相关的记录标签；
(b)用化学试剂修饰所述肽的N-末端氨基酸(NTAA)；
(c)使所述肽与能够结合所述修饰的NTAA的第一结合试剂接触，其中所述第一结合试剂包含具有所述第一结合试剂的识别信息的第一编码标签；
(d)将所述第一编码标签的信息传递到所述记录标签以产生一个延伸记录标签；并且(e)分析所述延伸记录标签。
12.根据权利要求第11所述的方法，其中步骤(c)还包括使所述肽与包含第二(或更高次序)编码标签的第二(或更高次序)结合剂接触，所述第二(或更高次序)编码标签具有第二(或更高次序)结合剂的识别信息，其中第二(或更高次序)结合剂能够结合除步骤(b)的修饰的NTAA之外的修饰的NTAA。
13.根据权利要求12所述的方法，其中在所述肽与所述第一结合剂接触后，接着使所述肽与第二(或更高次序)结合剂接触。
14.根据权利要求12所述的方法，其中所述肽与第二(或更高次序)结合剂接触跟所述肽与所述第一结合剂接触同时发生。
15.根据权利要求11-14任一所述的方法，其中所述化学试剂是异硫氰酸酯衍生物、2,
4-二硝基苯磺酸(DNBS)、4-磺酰基-2-硝基氟苯(SNFB)1-氟-2、4-二硝基苯、丹磺酰氯、7-甲氧基香豆素乙酸、硫代酰化试剂、硫代乙酰化试剂或硫代苄基化试剂。
16.一种分析肽的方法，包含以下步骤：
(a)提供肽和连接在固体支持物上的相关的记录标签；
(b)用化学试剂修饰所述肽的N-末端氨基酸(NTAA)以产生修饰的NTAA；
(c)使所述肽与能够结合所述修饰的NTAA的第一结合试剂接触，其中所述第一结合试剂包含具有所述第一结合试剂的识别信息的第一编码标签；
(d)将第一编码标签的信息传递到所述记录标签以产生第一次序延伸记录标签；
(e)移除修饰的NTAA以暴露新的NTAA；
(f)采用化学试剂修饰所述新的NTAA以产生新的修饰的NTAA；
(g)使所述肽与能够结合所述修饰的NTAA的第二结合剂接触，其中所述第二结合剂包含具有所述第二结合剂的识别信息的第二编码标签；
(h)将所述第二编码标签的信息传送到所述第一次序延伸记录标签以产生第二次序延伸记录标签；以及
(i)分析所述第二延伸记录标签。
17.一种分析肽的方法，包含以下步骤：
(a)提供肽和连接在固体支持物上的相关的记录标签；
(b)使所述肽与能够结合所述肽的N-末端氨基酸(NTAA)的第一结合试剂接触，其中所述第一结合试剂包含具有所述第一结合试剂的识别信息的第一编码标签；
(c)将所述第一编码标签的信息传递到所述记录标签以产生一个延伸记录标签；并且(d)分析所述延伸记录标签。
18.根据权利要求第17所述的方法，其中步骤(b)还包括使所述肽与包含第二(或更高次序)编码标签的第二(或更高次序)结合剂接触，所述第二(或更高次序)编码标签具有第二(或更高次序)结合剂的识别信息，其中第二(或更高次序)结合剂能够结合除所述肽的所述NTAA之外的NTAA。
19.根据权利要求18所述的方法，其中在所述肽与所述第一结合剂接触后，接着使所述肽与第二(或更高次序)结合剂接触。
20.根据权利要求18所述的方法，其中所述肽与第二(或更高次序)结合剂接触跟所述肽与所述第一结合剂接触同时发生。
21.一种分析肽的方法，包含以下步骤：
(a)提供肽和连接在固体支持物上的相关的记录标签；
(b)使所述肽与能够结合所述肽的N-末端氨基酸(NTAA)的第一结合试剂接触，其中所述第一结合试剂包含具有所述第一结合试剂的识别信息的第一编码标签；
(c)将第一编码标签的信息传递到所述记录标签以产生第一次序延伸记录标签；
(d)移除所述肽的NTAA以露出新的NTAA；
(e)使所述肽与能够结合所述新的NTAA的第二结合剂接触，其中所述第二结合剂包含具有所述第二结合剂的识别信息的第二编码标签；
(h)将所述第二编码标签的信息传递到所述第一次序延伸记录标签以产生第二次序延伸记录标签；以及
(i)分析所述第二延伸记录标签。
22.根据权利要求1-10任一所述的方法，其中所述大分子是蛋白、多肽或肽。
23.根据权利要求1-10任一所述的方法，其中所述大分子是肽。
24.根据权利要求11-23任一所述的的方法，其中所述肽是通过碎片化来自生物样品的蛋白而获得。
25.根据权利要求1-10任一所述的方法，其中所述大分子是脂质、碳水化合物或大环。
26.根据权利要求1-25任一所述的方法，其中所述记录标签是DNA分子、具有假互补碱基的DNA、RNA分子、BNA分子、XNA分子、LNA分子、PNA分子、γPNA分子或其组合。
27.根据权利要求1-26任一所述的方法，其中所述记录标签包含通用引发位点。
28.根据权利要求27所述的方法，其中所述通用引发位点包含用于扩增、测序或二者的引发位点。
29.根据权利要求1-28任一所述的方法，其中所述记录标签包含独特分子标识符(UMI)。
30.根据权利要求1-29任一所述的方法，其中所述记录标签包含条形码。
31.根据权利要求1-30任一所述的方法，其中所述记录标签在其3’-末端包含间隔子。
32.根据权利要求1-31任一所述的方法，其中所述大分子和所述相关的记录标签共价结合到所述固体支持物上。
33.根据权利要求1-32任一所述的方法，所述固体支持物是珠子、多孔珠子、多孔基质、阵列、玻璃表面、硅表面、塑料表面、过滤器、膜、尼龙、硅晶芯片、流通芯片、含信号转导电子器件的生物芯片、微量滴定孔、ELISA板、旋转干涉测量盘、硝酸纤维素膜、硝化纤维素基聚合物表面、纳米颗粒或微球。
34.根据权利要求33所述的方法，其中所述固体支持物是聚苯乙烯珠子、聚合物珠子、琼脂糖珠子、丙烯酰胺珠子、固体核心珠子、多孔珠子、顺磁珠子、玻璃珠子或可控孔珠子。
35.根据权利要求1-34任一所述的方法，其中所述多个大分子和相关的记录标签结合到所述固体支持物上。
36.根据权利要求35所述的方法,其中所述多个大分子在所述固体支持物上以>50nm的平均距离间隔开。
37.根据权利要求1-36任一所述的方法，其中所述结合剂是多肽或蛋白。
38.根据权利要求37所述的方法，其中所述结合剂是修饰的氨肽酶、修饰的氨酰tRNA合成酶、修饰的anticalin或者修饰的ClpS。
39.根据权利要求1-38任一所述的方法，所述结合剂能够选择性地结合所述大分子。
40.根据权利要求1-39任一所述的方法，其中所述编码标签是DNA分子、RNA分子、BNA分子、XNA分子、LNA分子、PNA分子、γPNA分子或其组合。
41.根据权利要求1-40任一所述的方法，其中所述编码标签包含编码器序列。
42.根据权利要求1-41任一的方法，其中所述编码标签还包含间隔子、结合循环特异性序列、独特分子标识符、通用引发位点、或它们的任何组合。
43.根据权利要求1-42任一所述的方法，其中所述结合剂和所述编码标签通过接头连接。
44.根据权利要求1-42任一的方法，其中所述结合剂和所述编码标签通过SpyTag/SpyCatcher或SnoopTag/SnoopCatcher肽-蛋白质对连接。
45.根据权利要求1-44任一所述的方法，其中所述记录标签到编码标签的信息传递通过DNA连接酶介导。
46.根据权利要求1-44任一所述的方法,其中所述记录标签到编码标签的信息传递通过DNA合成酶介导。
47.根据权利要求1-44任一所述的方法,其中所述记录标签到编码标签的信息传递通过化学连接介导。
48.根据权利要求1-47任一所述的方法，分析所述延伸记录标签包含核苷酸测序方法。
49.权利要求48所述的方法，其中所述核酸测序方法是通过合成测序、连接测序、杂交测序、polony测序、离子半导体测序，或焦磷酸测序。
50.根据权利要求48所述的方法，其中所述核酸测序方法是单分子实时测序、基于纳米孔的测序或采用高级显微镜的DNA直接成像。
51.根据权利要求1-50任一所述的方法，其中在分析前扩增所述延伸记录标签。
52.根据权利要求1-51任一所述的方法，其中包含于所述延伸记录标签中的所述编码标签信息的次序，提供关于结合到所述大分子的所述结合剂的结合次序的信息。
53.根据权利要求1-52任一所述的方法，其中包含于所述延伸记录标签中的所述编码标签信息的频率，提供关于结合到所述大分子的所述结合剂的结合频率的信息。
54.根据权利要求1-53任一所述的方法，其中代表多个大分子的多个延伸记录标签被平行分析。
55.根据权利要求54所述的方法,其中代表多个大分子的多个延伸记录标签在一个多路复用测定中分析。
56.根据权利要求1-55任一所述的方法,其中在分析之前所述多个延伸记录标签经过靶标丰度检测。
57.根据权利要求1-56任一所述的方法,其中所述多个延伸记录标签在分析之前经过扣减法分析。
58.根据权利要求1-57任一所述的方法,其中所述多个延伸记录标签在分析之前进行标准化分析以降低高丰度种类。
59.根据权利要求1-58任一所述的方法，其中所述NTAA采用修饰的氨肽酶、修饰的氨基酸tRNA合成酶、温和型埃德曼降解、埃德曼酶或无水TFA来移除。
60.根据权利要求1-59任一所述的方法，其中至少一种结合剂结合到末端氨基酸残基。
61.根据权利要求1-60任一所述的方法，其中至少一种结合剂结合到翻译后修饰的氨基酸。
62.一种分析来自于包含多个蛋白复合体、蛋白、或多肽的样本的一个或多个肽的方法，所述方法包含：
(a)将样品内的多个蛋白质复合物、蛋白质或多肽分区成多个隔室，其中每个隔室包括多个隔室标签，其任选地连接到固体支持物，其中在单个隔室内的所述多个隔室标签是相同的，且不同于其他隔室的隔室标签；
(b)将多种蛋白质复合物、蛋白质和/或多肽片段化成多个肽；
(c)在足以允许所述多个肽与所述多个隔室内的多个隔室标签退火或连接的条件下，使所述多个肽与所述多个隔室标签接触，从而产生多个隔室标记的肽；
(d)从所述多个隔室收集隔室标记的肽；并且
(e)根据第1-21以及第26-61任一所述的方法分析一个或多个隔室标记的肽。
63.根据权利要求62所述的方法，所述隔室是微流体液滴。
64.根据权利要求62所述的方法，所述隔室是微孔。
65.根据权利要求62所述的方法，所述隔室是平面上的分隔区域。
66.根据权利要求62-65任一所述的方法，其中每一个隔室平均包含一个单独的细胞。
67.一种分析来自于包含多个蛋白复合体、蛋白或多肽的样本的一个或多个肽的方法，所述方法包含：
(a)用多个通用DNA标签标记多种蛋白质复合物、蛋白或多肽；
(b)将样品内的多个蛋白复合物、蛋白或多肽分区成多个隔室，其中每个隔室包括多个隔室标签，其中在单个隔室内的多个隔室标签是相同的，且不同于其他隔室的隔室标签；
(c)在足以允许所述多个肽与所述多个隔室内的所述多个隔室标签退火或连接的条件下，使所述多个蛋白复合物、蛋白、或多肽与所述多个隔室标签接触，从而产生多个隔室标记的蛋白复合物、蛋白或多肽；
(d)从所述多个隔室收集隔室标记的蛋白复合物、蛋白或多肽；
(e)任选地将隔室标记的蛋白复合物、蛋白或多肽片段化成隔室标记的肽；和(f)根据第1-21以及第26-61任一所述的方法分析一个或多个隔室标记的肽。
68.根据权利要求26-67任一所述的方法，其中所述隔室标签信息通过引物延伸或连接传递到与肽相关的记录标签。
69.根据权利要求62-68任一所述的方法，其中所述固体支撑物是珠子。
70.根据权利要求69所述的方法，其中所述珠子是聚苯乙烯珠子、聚合物珠子、琼脂糖珠子、丙烯酰胺珠子、固体核心珠子、多孔珠子、顺磁珠子、玻璃珠子或可控孔珠子。
71.根据权利要求62-70任一所述的方法，其中所述隔室标签包含单链或双链核苷酸分子。
72.根据权利要求62-71任一所述的方法，其中所述隔室标签包含条形码和可选的UMI。
73.根据权利要求72所述的方法，其中所述固体支持物是珠子,且所述隔室标签包含条形码，进一步其中包含多个隔室标签连接到其上的珠子通过分开-合并形成。
74.根据权利要求72所述的方法，其中所述固体支持物是珠子,且所述隔室标签包含条形码，进一步其中包含多个隔室标签连接到其上的珠子通过单个合成或固定化形成。
75.根据权利要求62-74任一所述的方法，其中所述间隔标签是记录标签中的成分，所述记录标签任选地还包含间隔、独特分子标识符、通用引发位点或它们的任何组合。
76.根据权利要求62-75任一所述的方法，其中所述间隔标签还包含能够与所述多个蛋白复合体、蛋白或多肽的内部氨基酸或N-末端氨基酸反应的功能基团。
77.根据权利要求76所述的方法，所述功能基团是NHS基。
78.根据权利要求76所述的方法，其中所述功能基团是醛基。
79.根据权利要求62-78任一所述的方法，所述多个隔室标签通过以下步骤形成：打印、点样，将隔室标签喷墨到隔室中，或它们的组合。
80.根据权利要求62-69任一所述的方法,其中所述隔室标签还包含肽。
81.根据权利要求80所述的方法,其中所述隔室标签还包含蛋白连接酶识别序列。
82.根据权利要求81所述的方法，所述蛋白连接酶是Butelase I或其同源物。
83.根据权利要求62-82任一所述的方法，其中所述多个多肽采用蛋白酶片段化。
84.根据权利要求83所述的方法，所述蛋白酶是金属蛋白酶。
85.根据权利要求84所述的方法，其中所述金属蛋白酶的活性通过金属阳离子的光子激发释放来调节。
86.根据权利要求62-85任一所述的方法，还包含在将所述多个多肽分区成多个隔室之前，从样品中扣除一种或多种高丰度蛋白。
87.根据权利要求62-86任一所述的方法，还包含在将所述多个肽联合到所述隔室标签之前，从所述固体支持物上释放所述隔室标签。
88.根据权利要求62所述的方法，还包括以下步骤(d)，将所述隔室标记的肽连接到与记录标签相关的固体支持物上。
89.根据权利要求88所述的方法，还包含将所述隔室标记的肽上的所述隔室标签的信息传递到所述相关的记录标签。
90.根据权利要求89所述的方法，还包含在步骤(e)之前，将所述隔室标签从所述隔室标记的肽上移除。
91.根据权利要求62-89任一所述的方法，还包括基于所述分析的肽的隔室标签序列来确定所分析的肽的来源单细胞的身份。
92.根据权利要求62-90任一所述的方法，还包括基于所述分析的肽的隔室标签序列来确定所分析的肽的来源蛋白或蛋白复合体的身份。
93.分析多个大分子的方法，包括以下步骤：
(a)提供多个大分子和连接在固体支持物上的相关记录标签；
(b)使所述多个大分子与能够结合所述多个大分子的多个结合剂接触，其中每个结合剂包含具有所述结合剂的识别信息的编码标签；
(c)(i)将所述大分子相关记录标签的信息传递到与大分子结合的结合剂的所述编码标签，以产生延伸编码标签；或(ii)将大分子相关记录标签和结合到所述大分子的结合剂的编码标签的信息传递到di-tag构建体；
(d)收集隔所述延伸编码标签或di-tag构建体；
(e)任选地重复步骤(b)-(d)一个或多个结合循环；
(f)分析所述延伸编码标签或di-tag构建体的集合物。
94.根据权利要求93所述的方法，其中所述大分子是蛋白。
95.根据权利要求93所述的方法，其中所述大分子是肽。
96.根据权利要求95所述的方法，其中所述肽是通过片段化分离自生物样品的蛋白获得。
97.根据权利要求93-96任一所述的方法，其中所述记录标签是DNA分子、RNA分子、PNA分子、BNA分子、XNA分子、LNA分子、γPNA分子或其组合。
98.根据权利要求93-97任一所述的方法，其中所述的记录标签包含独特分子标识符(UMI)。
99.根据权利要求93-98任一所述的方法，其中所述记录标签包含隔室标签。
100.根据权利要求93-99任一所述的方法，其中所述记录标签包含通用引发位点。
101.根据权利要求93-100任一所述的方法，其中所述记录标签在其3'-末端包含间隔子。
102.根据权利要求93-101任一所述的方法，其中封闭所述记录标签的3'-末端以防止所述记录标签通过合成酶延伸并且将所述大分子相关记录标签的信息和结合到所述大分子的结合剂的编码标签的信息传递到di-tag构建体。
103.根据权利要求93-102任一所述的方法，其中所述编码标签包含编码器序列。
104.根据权利要求93-103任一所述的方法，其中所述编码标签包含UMI。
105.根据权利要求93-104任一所述的方法，其中所述编码标签包含通用引发位点。
106.根据权利要求93-105任一所述的方法，其中所述编码标签在其3'-端包含间隔子。
107.根据权利要求93-106任一所述的方法，其中所述编码标签包含结合循环特异性序列。
108.根据权利要求93-107任一所述的方法，其中所述结合剂和所述编码标签通过接头连接。
109.根据权利要求93-108任一所述的方法，其中所述记录标签到编码标签的信息传递通过引物延伸实现。
110.根据权利要求93-108任一所述的方法，其中所述记录标签到编码标签的信息传递通过连接实现。
111.根据权利要求93-108任一所述的方法，其中所述di-tag构建体是通过间隙填充、引物延伸或它们二者产生。
112.根据权利要求93-97、107、108和111任一所述的方法，其中所述di-tag分子包含衍生自所述记录标签的通用引发位点、衍生自所述记录标签的隔室标签，衍生自所述记录标签的隔室标签、衍生自所述记录标签的独特分子标识符、衍生自所述记录标签的可选间隔子、衍生自所述编码标签的编码序列、衍生自编码标签的独特分子标识符、衍生自编码标签的可选间隔子、和衍生自编码标签的通用引发位点。
113.根据权利要求93-112任一所述的方法，其中所述大分子和相关的记录标签共价结合到所述固体支持物上。
114.根据权利要求113所述的方法，其中所述固体支持物是珠子、多孔珠子、多孔基质、阵列、玻璃表面、硅表面、塑料表面、过滤器、膜、尼龙、硅晶芯片、流通芯片、包括信号转导电子器件的生物芯片、微量滴定孔、ELISA板、旋转干涉测量盘、硝酸纤维素膜、硝化纤维素基聚合物表面、纳米颗粒或微球。
115.根据权利要求114所述的方法，其中所述固体支持物是聚苯乙烯珠子、聚合物珠子、琼脂糖珠子、丙烯酰胺珠子、固体核心珠子、多孔珠子、顺磁珠子、玻璃珠子或可控孔珠子。
116.根据权利要求93-115任一所述的方法，其中所述结合剂是多肽或蛋白。
117.根据权利要求116所述的方法，其中所述结合剂是修饰的氨肽酶、修饰的氨酰tRNA合成酶、修饰的anticalin或者抗体或抗体的结合片段。
118.根据权利要求95-117任一所述的方法，其中所述结合剂结合单个氨基酸残基、二肽、三肽或肽的翻译后修饰。
119.根据权利要求118所述的方法，其中所述结合剂结合N-末端氨基酸残基、C-末端氨基酸残基或内部氨基酸残基。
120.根据权利要求118所述的方法，其中所述结合剂结合N-末端肽、C-末端肽或内部肽。
121.权利要求119所述的方法，其中所述结合剂与N-末端氨基酸残基结合，并且在每个结合循环后切割N-末端氨基酸残基。
122.根据权利要求119所述的方法，其中所述结合剂与C-末端氨基酸残基结合，并且在每个结合循环后切割C-末端氨基酸残基。
123.根据权利要求121所述的方法，其中所述N末端氨基酸残基通过Edman降解法切割。
124.根据权利要求93所述的方法，其中所述的结合剂是氨基酸或翻译后修饰的位点特异性共价标签。
125.根据权利要求93-124任一所述的方法，其中所述在步骤(b)之后，将包含大分子和相关结合剂的复合物从固体支持物上解离并分散成液滴或微流体液滴乳液。
126.根据权利要求125所述的方法，其中每个微流体液滴，平均而言，都包含一个含所述大分子和所述结合剂的复合物。
127.根据权利要求125或126所述的方法，其中所述的记录标签在产生延伸编码标签或di-tag构建体之前扩增。
128.根据权利要求125-127任一所述的方法，其中所述的乳液融合PCR用于将所述记录标签信息传递到所述编码标签或创建一组di-tag构建体。
129.根据权利要求93-128任一项所述的方法，其中所述的延伸编码标签或di-tag构建体的集合是在分析之前扩增的。
130.根据权利要求93-129任一所述的方法，其中分析所述延伸编码标签或di-tag构建体的集合包含核酸测序方法。
131.根据权利要求130所述的方法，其中所述核酸测序方法是通过合成测序、连接测序、杂交测序、polony测序、离子半导体测序或焦磷酸测序。
132.根据权利要求130所述的方法，其中所述核酸测序方法是单分子实时测序、基于纳米孔的测序或采用高级显微镜的DNA的直接成像。
133.根据权利要求130所述的方法，其中所述大分子的部分组成是通过采用特异性隔室标签或可选地UMI分析多个延伸编码标签或di-tag标签构建体来确定的。
134.根据权利要求1-133任一所述的方法，其中所述分析步骤用具有每碱基错误率>
5％、>10％、>15％、>20％、>25％或>30％的测序方法进行。
135.根据权利要求1-134任一所述的方法，其中所述的编码标签、记录标签或两者的识别元件包括纠错码。
136.根据权利要求135所述的方法，其中所述识别元件选自编码器序列、条形码、UMI、隔室标签、循环特异性序列或其任何组合。
137.根据权利要求135或136所述的方法，其中所述的纠错码，选自汉明码、李距离码、非对称李距离码、里德-所罗门码和Levenshtein-Tenengolts码。
138.根据权利要求1-134任一所述的方法，其中所述的编码标签、记录标签或两者的识别元件能够产生独特的电流或离子通量或光学特征,其中所述的分析步骤包含检测所述独特的电流或离子通量或光学特征以识别所述识别元件。
139.根据权利要求138所述的方法，其中所述识别元件选自编码器序列、条形码、UMI、隔室标签、循环特异性序列或其任何组合。
140.分析多个大分子的方法，包括以下步骤：
(a)提供多个大分子和连接在固体支持物上的相关记录标签；
(b)使所述多个大分子与能够结合同源大分子的多个结合剂接触，其中每个结合剂包含具有所述结合剂的识别信息的编码标签；
(c)将第一结合剂的第一编码标签的信息转移到与第一大分子相关的第一记录标签，以产生第一次序扩延伸记录标签，其中所述第一结合剂与所述第一大分子结合；
(d)使所述多个大分子与能够结合同源大分子的多个结合剂接触；
(e)将第二结合剂的第二编码标签的信息转移到第一次序延伸记录标签，以产生第二次序延伸记录标签，其中所述第二结合剂结合所述第一大分子；
(f)任选地重复步骤(d)–(e)“n”个结合循环，其中将结合到第一大分子的每个结合剂的每个编码标签的信息转移到前一个结合循环产生的所述延伸记录标签，以产生代表所述第一个大分子的第n次序延伸记录标签；
(g)分析所述第n次序延伸记录标签。
141.根据权利要求140所述的方法，其中生成并分析表示多个大分子的多个第n次序延伸记录标签。
142.根据权利要求140或141所述的方法，其中所述的大分子是蛋白。
143.根据权利要求142所述的方法，其中所述大分子是肽。
144.根据权利要求143所述的方法，其中所述肽是通过碎片化生物样品的蛋白而获得的。
145.根据权利要求140至144任一所述的方法，其中所述多个大分子包含来自复合的、汇集的样品的大分子。
146.根据权利要求140-145任一所述的方法，其中所述记录标签是DNA分子、RNA分子、PNA分子、BNA分子、XNA分子、LNA分子、γPNA分子或其组合。
147.根据权利要求140-146任一所述的方法，其中所述的记录标签包含独特分子标识符(UMI)。
148.根据权利要求140-147任一所述的方法，其中所述记录标签包含隔室标签。
149.根据权利要求140-148任一所述的方法，其中所述记录标签包含通用引发位点。
150.根据权利要求140-149任一所述的方法，其中所述记录标签在其3'-末端包含间隔子。
151.根据权利要求140-150任一所述的方法，其中所述编码标签包含编码器序列。
152.根据权利要求140-151任一所述的方法，其中所述编码标签包含UMI。
153.根据权利要求140-152任一所述的方法，其中所述编码标签包含通用引发位点。
154.根据权利要求140-153任一所述的方法，其中所述编码标签在其3'-端包含间隔子。
155.根据权利要求140-154任一所述的方法，其中所述编码标签包含结合循环特异性序列。
156.根据权利要求140-155任一所述的方法，其中所述编码标签包含独特分子标识符。
157.根据权利要求140-156任一所述的方法，其中所述结合剂和所述编码标签通过接头连接。
158.根据权利要求140-157任一所述的方法，其中所述记录标签到所述编码标签的信息转移通过引物延伸介导。
159.根据权利要求140-158任一所述的方法，其中所述记录标签到编码标签的信息转移通过连接介导。
160.根据权利要求140-159任一所述的方法，其中所述多个大分子、相关的记录标签，或者两者都共价结合到所述固体支持物上。
161.根据权利要求140-160任一所述的方法，所述固体支持物是珠子、多孔珠子、多孔基质、阵列、玻璃表面、硅表面、塑料表面、过滤器、膜、尼龙、硅晶芯片、流通芯片、包括信号转导电子器件的生物芯片、微量滴定孔、ELISA板、旋转干涉测量盘、硝酸纤维素膜、硝化纤维素基聚合物表面、纳米颗粒或微球。
162.根据权利要求161所述的方法，其中所述固体支持物是聚苯乙烯珠子、聚合物珠子、琼脂糖珠子、丙烯酰胺珠子、固体核心珠子、多孔珠子、顺磁珠子、玻璃珠子或可控孔珠子。
163.根据权利要求140-162任一所述的方法，其中所述结合剂是多肽或蛋白。
164.根据权利要求163所述的方法，其中所述结合剂是修饰的氨肽酶、修饰的氨酰tRNA合成酶、修饰的anticalin或者抗体或抗体的结合片段。
165.根据权利要求142-164任一所述的方法，其中所述结合剂结合单个氨基酸残基、二肽、三肽或肽的翻译后修饰。
166.根据权利要求165所述的方法，其中所述结合剂结合N-末端氨基酸残基、C-末端氨基酸残基或内部氨基酸残基。
167.根据权利要求165所述的方法，其中所述结合剂结合N-末端肽、C-末端肽或内部肽。
168.根据权利要求142-164任一所述的方法，其中所述结合剂结合修饰的N-末端氨基酸残基的化学标签、修饰的C-末端氨基酸残基，或修饰的内部氨基酸残基。
169.根据权利要求166或168所述的方法，其中所述结合剂结合所述N-末端氨基酸残基或所述修饰的N-末端氨基酸残基的所述化学标签，并且所述N-末端氨基酸残基在每个结合循环后被切割。
170.根据权利要求166或168所述的方法，其中所述结合剂结合所述C-末端氨基酸残基或所述修饰的C-末端氨基酸残基的所述化学标签结合，并且所述C-末端氨基酸残基在每个结合循环后被切割。
171.根据权利要求169所述的方法，其中所述的N-末端氨基酸残基通过Edman降解法、埃德曼酶、修饰的氨基肽酶、或修饰的酰基肽水解酶切割。
172.根据权利要求163所述的方法，其中所述的结合剂是氨基酸或翻译后修饰的位点特异性共价标签。
173.根据权利要求140-172任一所述的方法，其中所述多个n次序延伸记录标签在分析之前扩增。
174.根据权利要求140-173任一所述的方法，其中分析所述第n次序延伸记录标签包含核酸测序方法。
175.根据权利要求174所述的方法，其中代表多个大分子的多个第n次序延伸记录标签被平行分析。
176.根据权利要求174或175所述的方法，其中所述核酸测序方法是通过合成测序、连接测序、杂交测序、polony测序、离子半导体测序或焦磷酸测序。
177.根据权利要求174或175所述的方法，其中核酸测序方法是单分子实时测序、基于纳米孔的测序或采用高级显微镜的DNA的直接成像。