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用于分子诊断测试分配和测试之间兼容性确定的外部文件

阅读：687发布：2020-12-16

专利汇可以提供用于分子诊断测试分配和测试之间兼容性确定的外部文件专利检索，专利查询，专利分析的服务。并且本文所公开的实施例涉及执行自动化验的方法和系统，并且具体地涉及对自动化仪器上的多个样本执行化验。，下面是用于分子诊断测试分配和测试之间兼容性确定的外部文件专利的具体信息内容。

权利要求

1.一种对多个样本执行自动化验的方法，所述方法包括：
提供包括第一工作站和第二工作站的自动化仪器，所述第一工作站和第二工作站的每个经配置以根据多个不同的自动化验工作流程接收和处理多个样本，其中每个不同的自动化验工作流程具有关联的独特化验定义或用户定义协议文件；
确定两个分立的化验工作流程是否彼此兼容或不兼容，以用于所述自动化仪器上的并发处理；以及
当所述化验兼容时，在所述仪器上并发执行所述分立的化验工作流程。
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述化验定义或用户定义协议文件包括第一级别兼容性指标值，并且其中所述确定步骤包括：
(a)从可用化验的第一列表中选择第一化验；以及
(b)将具有包括相同的第一级别兼容性指标值的化验定义文件的多个其他可用化验评估为所述第一化验，其中所述相同的第一级别兼容性指标值表示第一级别兼容性。
3.根据权利要求2所述的方法，其中所述评估步骤包括：
(b1)识别具有不同于所述第一化验的第一兼容性指标值的第一级别兼容性指标值的任何化验；以及
(b2)提供第二化验的第二列表，其中所述第二列表不包括具有不同于所述第一化验的所述第一兼容性指标值的第一级别兼容性指标值的任何化验。
4.根据权利要求2所述的方法，其中每个化验定义文件包括第二级别兼容性指标值，并且其中所述确定步骤进一步包括：
(c)将具有包括相同的第二级别兼容性指标值的化验定义文件的多个其他可用化验评估为所述第一化验，其中所述相同的第二级别兼容性指标值表示第二级别兼容性。
5.根据权利要求4所述的方法，其中所述评估步骤包括：
(c1)识别具有不同于所述第一化验的第二兼容性指标值的第二级别兼容性指标值的任何化验；以及
(c2)提供第二化验的第二列表，其中所述第二列表不包括具有不同于所述第一化验的所述第二兼容性指标值的第二级别兼容性指标值的任何化验。
6.根据权利要求2-5中任一项所述的方法，其中所述第一级别兼容性包括在单个工作站处并发执行两种化验的兼容性，所述参数选自包括下列项的组中：培育时间、裂解时间、试剂体积、试剂类型、培育温度、裂解温度、工作站时间需求、监管分类、商业考虑及其组合。
7.根据权利要求4-6中任一项所述的方法，其中所述第二级别兼容性包括在所述自动化仪器上并发执行两种化验的兼容性，所述参数选自包括下列项的组中：监管分类、工作流程非兼容性、商业考虑及其组合。
8.根据权利要求6所述的方法，其中当所述第一兼容性指标不同时所述仪器阻止在相同工作站内的不兼容的化验的并发执行。
9.根据权利要求8所述的方法，其中所述两个分立的化验工作流程在相同的工作站中执行。
10.根据权利要求7所述的方法，其中所述仪器防止并发执行具有不同的第二兼容性指标值的化验。
11.根据权利要求4-10中任一项所述的方法，其中两种化验具有相同的第一级别兼容性指标值并具有不同的第二级别兼容性指标值。
12.根据权利要求11所述的方法，其中所述第二级别兼容性指标值中的所述不同包括商业原因。
13.根据权利要求11所述的方法，其中所述第二级别兼容性指标值中的所述不同包括监管分类。
14.根据权利要求1所述的方法，其中如果所述化验是兼容的，所述方法进一步包括下列步骤中的一项或更多项：
(d)在所述仪器上启动化验特定样本制备脚本；
(e)将消费品包装上的识别标记与存储在所述仪器上的一组化验特定识别数据进行比较；
(f)在所述仪器上启动化验特定加载盒脚本；
(g)将加载的盒中的荧光比与存储在所述仪器上的一组化验特定荧光比数据进行比较，以确定所述盒是否成功被加载；
(h)在所述仪器上启动化验特定反应脚本；
(i)在所述仪器上启动化验特定数据分析算法；
(j)基于一个或更多个化验特定结果算法或脚本，得到所述化验的最终结果。
15.根据权利要求14所述的方法，其中所述化验协议包括从选自下列项的组中选择的反应：聚合酶链式反应即PCR、转录介导扩增即TMA、寡核苷酸连接分析即OLA、连接酶链反应即LCR、滚环扩增即RCA、链置换扩增即SDA和杂交反应。
16.一种用于执行自动化验的系统，其包括：
自动化仪器，其包括第一工作站和第二工作站，所述第一工作站和第二工作站的每个经配置以根据多个不同的自动化验工作流程接收和处理多个样本，其中每个不同的自动化验工作流程具有关联的独特化验定义文件或用户定义协议文件；
处理器；
存储装置；以及
用于执行自动化验的程序，所述程序包括：
确定两个分立的化验工作流程是否彼此兼容或不兼容以用于在所述自动化仪器上的并发处理的指令；以及
在所述化验兼容时在所述仪器上并发执行所述分立化验工作流程的指令。
17.根据权利要求16所述的系统，其中所述化验定义文件或用户定义协议文件包括第一级别兼容性指标值，并且其中所述确定步骤包括：
(a)从可用化验的第一列表中选择第一化验；以及
(b)将具有包括相同的第一级别兼容性指标值的化验定义文件的多个其他可用化验评估为所述第一化验，其中所述相同的第一级别兼容性指标值表示第一级别兼容性。
18.根据权利要求17所述的系统，其中所述评估步骤包括：
(b1)识别具有不同于所述第一化验的第一兼容性指标值的第一级别兼容性指标值的任何化验；以及
(b2)提供第二化验的第二列表，其中所述第二列表不包括具有不同于所述第一化验的所述第一兼容性指标值的第一级别兼容性指标值的任何化验。
19.根据权利要求17所述的系统，其中每个化验定义文件包括第二级别兼容性指标值，并且其中所述确定步骤进一步包括：
(c)将具有包括相同的第二级别兼容性指标值的化验定义文件的多个其他可用化验评估为所述第一化验，其中所述相同的第二级别兼容性指标值表示第二级别兼容性。
20.根据权利要求19所述的系统，其中所述评估步骤包括：
(c1)识别具有不同于所述第一化验的第二兼容性指标值的第二级别兼容性指标值的任何化验；以及
(c2)提供第二化验的第二列表，其中所述第二列表不包括具有不同于所述第一化验的所述第二兼容性指标值的第二级别兼容性指标值的任何化验。
21.根据权利要求17-20中任一项所述的系统，其中所述第一级别兼容性包括在单个工作站处并发执行两种化验的兼容性，所述参数选自包括下列项的组中：培育时间、裂解时间、试剂体积、试剂类型、培育温度、裂解温度、工作站时间需求、监管分类、商业考虑及其组合。
22.根据权利要求19-21中任一项所述的系统，其中所述第二级别兼容性包括在所述自动化仪器上并发执行两种化验的兼容性，所述参数选自包括下列项的组中：监管分类、工作流程非兼容性、商业考虑及其组合。
23.根据权利要求21所述的系统，其中当所述第一兼容性指标不同时，所述仪器阻止在相同工作站内的不兼容化验的并发执行。
24.根据权利要求23所述的系统，其中所述两个分立的化验工作流程在所述相同的工作站中执行。
25.根据权利要求22所述的系统，其中所述仪器阻止并发执行具有不同的第二兼容性指标值的化验。
26.根据权利要求19-25中任一项所述的系统，其中两种化验具有相同的第一级别兼容性指标值并且具有不同的第二级别兼容性指标值。
27.根据权利要求26所述的系统，其中所述第二级别兼容性指标值中的所述不同包括商业原因。
28.根据权利要求26所述的系统，其中所述第二级别兼容性指标值中的所述不同包括监管分类。
29.根据权利要求16所述的系统，其中如果所述化验是兼容的，所述方法进一步包括下列步骤中的一个或更多个：
(d)在所述仪器上启动化验特定样本制备脚本；
(e)将消费品包装上的识别标记与存储在所述仪器上的一组化验特定识别数据进行比较；
(f)在所述仪器上启动化验特定加载盒脚本；
(g)将加载的盒中的荧光比与存储在所述仪器上的一组化验特定荧光比数据进行比较，以确定所述盒是否成功加载；
(h)在所述仪器上启动化验特定反应脚本；
(i)在所述仪器上启动化验特定数据分析算法；
(j)基于一个或更多个化验特定结果算法或脚本，得到所述化验的最终结果。
30.根据权利要求29所述的系统，其中所述化验协议包括从选自下列项的组中选择的反应：聚合酶链式反应即PCR、转录介导的扩增即TMA、寡核苷酸连接分析即OLA、连接酶链反应即LCR、滚环扩增即RCA、链置换扩增即SDA和杂交反应。
31.根据权利要求16所述的系统，其中所述系统进一步包括条形码阅读器。
32.根据权利要求29所述的系统，其中所述识别标记包括条形码。
33.一种在单个自动化仪器上并发执行多个兼容性的分立化验的方法，针对每个分立的化验，所述方法包括：
提供包括第一工作站和第二工作站的自动化仪器，所述第一工作站和第二工作站的每个经配置以根据多个不同的自动化验工作流程接收和处理多个样本，其中每个不同的自动化验工作流程具有包括第一级别兼容性指标值和第二级别兼容性指标值的关联的独特化验定义文件或用户定义协议文件；
从可用化验的第一列表中选择第一化验；
将具有包括相同的第一级别兼容性指标值的化验定义文件或用户定义协议文件的多个其他可用化验评估为所述第一化验，其中所述相同的第一级别兼容性指标值表示用于在所述自动化仪器的相同工作站上并发处理的兼容性；
将具有包括相同的第二级别兼容性指标值的化验定义文件或用户定义协议文件的多个其他可用化验评估为所述第一化验，其中所述相同的第二级别兼容性指标值表示用于在所述自动化仪器上并发处理的兼容性；以及
当所述化验兼容时在所述仪器上并发执行所述分立化验工作流程。

说明书全文

用于分子诊断测试分配和测试之间兼容性确定的外部文件

[0001] 相关申请的交叉引用

[0002] 本申请要求2012年2月3日提交的题为“EXTERNAL FILES FOR DISTRIBUTION OF MOLECULAR DIAGNOSTIC TESTS AND DETERMINATION OF COMPATIBILITY BETWEEN TESTS(用于分子诊断测试分配和测试之间兼容性确定的外部文件)”的美国临时申请序列号61/594867的优先权，其全部内容通过引用并入本文。

技术领域

[0003] 本文所公开的实施例涉及用于执行自动化验的方法和系统，并且具体地涉及对自动化仪器上的多个样本执行多个化验。

背景技术

[0004] 医疗诊断行业是当今医疗保健基础设施的关键要素。在过去的十年中，用于诊断测试的核酸碱基化验的使用已经变得越来越普遍。诊断测试中处理和测试样本的自动化是有吸引力的，因为它将实验变异性最小化并且降低了对高度训练的技术人员的需要。除了在诊断领域中的益处，处理和测试样本的自动化促进了高产出测试。

[0005] 可以理解，出于诸如诊断测试或高产出测试的目的，处理样本可以分解成若干关键步骤，通常期望自动化一个或更多个步骤。例如，在诊断的情况下，生物样本，诸如从患者获得的那些样本，能够用在核酸扩增化验，以便扩增关注的目标核酸(例如，DNA、RNA等)。一旦扩增，目标核酸的存在，或者目标核酸的扩增产物(例如，目标扩增子)能够被检测到，其中目标核酸和/或目标扩增子的存在用于识别和/或量化目标(例如，目标微生物等)的存在。通常，核酸扩增化验涉及多个步骤，其能够包括核酸提取、核酸扩增和检测。理想的是使这些过程的某些步骤自动化。

[0006] 需要改进的方法和设备用于对多个样本并行执行化验。本文所描述的实施例解决这一需要并且能够有利地用于临床和研究环境。发明内容

[0007] 本技术涉及用于执行自动化验的方法和系统，并且具体地涉及在自动化仪器上的多个样本上执行多个化验。在本技术的一些实施例中，当化验工作流程兼容时，这种方法和系统能够允许仪器上的分立化验工作流程的并发执行，并且能够防止在相同工作站内不兼容的化验的并发执行。一些实施例涉及在自动化仪器上执行多个用户定义协议(UDP)。一些实施例涉及执行化验制造商开发的多个化验定义文件(ADF)。一些实施例涉及在相同自动化仪器上并发执行一个或更多UDP(可选地结合一个或更多个ADF)。

[0008] 在本文提出的技术的一些实施例中，提供对多个样本执行自动化验的方法，这些方法允许在自动化仪器上执行化验时改进的可靠性和易用性。所述方法能够包括提供包括第一工作站和第二工作站的自动化仪器，所述第一工作站和第二工作站的每个经配置以根据多个不同的自动化验工作流程接收和处理多个样本，其中每个不同的自动化验工作流程具有关联的独特化验定义或用户定义协议文件；针对自动化仪器上的并发处理确定两个分立的化验工作流程是否彼此兼容或不兼容；以及当所述化验兼容时在所述仪器上并发执行所述分立的化验工作流程。

[0009] 在一些实施例中，化验定义或用户定义协议文件能够包括第一级别兼容性指标值，并且其中所述确定步骤包括：(a)从可用化验的第一列表中选择第一化验；以及(b)将具有包括相同的第一级别兼容性指标值的化验定义文件的多个其他可用化验评估为第一化验，其中相同的第一级别兼容性指标值表示第一级别兼容性。

[0010] 在一些实施例中，所述评估步骤能够包括(b1)识别具有不同于第一化验的第一兼容性指标值的第一级别兼容性指标值的任何化验；以及(b2)提供第二化验的第二列表，其中所述第二列表不包括具有不同于第一化验的第一兼容性指标值的第一级别兼容性指标值的任何化验。

[0011] 在一些实施例中，每个化验定义文件能够包括第二级别兼容性指标值，并且其中所述确定步骤能够进一步包括(c)将具有包括相同的第二级别兼容性指标值的化验定义文件的多个其他可用化验评估为第一化验，其中相同的第二级别兼容性指标值表示第二级别兼容性。

[0012] 在一些实施例中，所述评估步骤能够包括(c1)识别具有不同于第一化验的第二兼容性指标值的第二级别兼容性指标值的任何化验；以及(c2)提供第二化验的第二列表，其中所述第二列表不包括具有不同于第一化验的第二兼容性指标值的第二级别兼容性指标值的任何化验。

[0013] 在一些实施例中，第一级别兼容性能够包括在单个工作站处并发执行两种化验的兼容性，所述参数选自包括下列项的组中：培育时间、裂解时间、试剂体积、试剂类型、培育温度、裂解温度、工作站时间需求、监管分类、商业考虑及其组合。

[0014] 在一些实施例中，第二级别兼容性能够包括所述自动化仪器上并发执行两种化验的兼容性，所述参数选自包括下列项的组中：监管分类、工作流程非兼容性、商业考虑及其组合。

[0015] 在一些实施例中，当第一兼容性指标不同时，所述仪器阻止相同工作站内的不兼容化验的并发执行。在一些实施例中，两个分立的化验工作流程在相同的工作站中执行。在一些实施例中，仪器防止并发执行具有不同的第二兼容性指标值的化验。在一些实施例中，两种化验具有相同的第一级别兼容性指标值并且具有不同的第二级别兼容性指标值。在一些实施例中，第二级别兼容性指标值中的不同能够包括商业原因。在一些实施例中，第二级别兼容性指标值中的不同能够包括监管分类。

[0016] 在一些实施例中，如果化验是兼容的，所述方法能够进一步包括以下步骤中的一项或更多项：(d)在所述仪器上启动化验特定样本制备脚本；(e)将消费品包装上的识别标记与存储在仪器上的一组化验特定识别数据进行比较；(f)在仪器上启动化验特定加载盒脚本；(g)将加载的盒中的可检测信号荧光比率的级别与存储在所述仪器上的一组化验特定可检测信号数据进行比较，以确定所述盒是否成功加载；(h)在所述仪器上启动化验特定反应脚本；(i)在所述仪器上启动化验特定数据分析算法；或(j)基于一个或更多个化验特定结果算法或脚本得到化验的最终结果。

[0017] 在一些实施例中，化验协议能够包括从选自下列项的组中选择的反应：聚合酶链式反应(PCR)、转录介导的扩增(TMA)、寡核苷酸连接分析(OLA)、连接酶链反应(LCR)、滚环扩增(RCA)、链置换扩增(SDA)和杂交反应。

[0018] 本文还提出一种用于执行自动化验的系统，该系统包括自动化仪器，其包括第一工作站和第二工作站，第一工作站和第二工作站的每个经配置以根据多个不同的自动化验工作流程接收和处理多个样本，其中每个不同的自动化验工作流程具有关联的独特化验定义文件或用户定义协议文件；处理器；存储装置；以及用于执行自动化验的程序，所述程序包括用于确定两个分立的化验工作流程是否彼此兼容或不兼容以用于自动化仪器上进行并发处理的指令；以及当化验兼容时在所述仪器上并发执行所述分立的化验工作流程的指令。

[0019] 在上述系统的一些实施例中，化验定义文件或用户定义协议文件能够包括第一级别兼容性指标值，并且其中所述确定步骤能够包括：(a)从可用化验的第一列表中选择第一化验；以及(b)将具有包括相同的第一级别兼容性指标值的化验定义文件的多个其他可用化验评估为第一化验，其中相同的第一级别兼容性指标值表示第一级别兼容性。

[0020] 在上述系统的一些实施例中，所述评估步骤能够包括(b1)识别具有不同于第一化验的第一兼容性指标值的第一级别兼容性指标值的任何化验；以及(b2)提供第二化验的第二列表，其中第二列表不包括具有不同于第一化验的第一兼容性指标值的第一级别兼容性指标值的任何化验。

[0021] 在上述系统的一些实施例中，每个化验定义文件能够包括第二级别兼容性指标值，并且其中所述确定步骤能够进一步包括(c)将具有包括相同的第二级别兼容性指标值的化验定义文件的多个其他可用化验评估为第一化验，其中相同的第二级别兼容性指标值表示第二级别兼容性。

[0022] 在上述系统的一些实施例中，所述评估步骤能够包括(c1)识别具有不同于第一化验的第二兼容性指标值的第二级别兼容性指标值的任何化验；以及(c2)提供第二化验的第二列表，其中第二列表不包括具有不同于第一化验的第二兼容性指标值的第二级别兼容性指标值的任何化验。

[0023] 在上述系统的一些实施例中，第一级别兼容性能够包括在单个工作站处并发执行两种化验的兼容性，所述参数选自包括下列项的组中：培育时间、裂解时间、试剂体积、试剂类型、培育温度、裂解温度、工作站时间需求、监管分类、商业考虑及其组合。

[0024] 在上述系统的一些实施例中，第二级别兼容性能够包括在自动化仪器上并发执行两种化验的兼容性，所述参数选自包括下列项的组中：监管分类、工作流程非兼容性、商业考虑及其组合。

[0025] 在上述系统的一些实施例中，当第一兼容性指标不同时，所述仪器阻止在相同工作站内进行不兼容的化验的并发执行。在一些实施例中，两个分立的化验工作流程在相同的工作站中执行。在一些实施例中，所述仪器阻止并发执行具有不同的第二兼容性指标值的化验。在一些实施例中，两种化验具有相同的第一级别兼容性指标值并且具有不同的第二级别兼容性指标值。在一些实施例中，第二级别兼容性指标值中的不同能够包括商业原因。在一些实施例中，第二级别兼容性指标值中的不同能够包括监管分类。

[0026] 在上述系统的一些实施例中，如果化验是兼容的，所述系统能够进一步包括用于下列步骤的一项或更多项的指令：(d)在仪器上启动化验特定样本制备脚本；(e)将消费品包装上的识别标记与存储在仪器上的一组化验特定识别数据进行比较；(f)在仪器上启动化验特定加载盒脚本；(g)将加载的盒中的可检测信号的级别与存储在所述仪器上的一组化验特定可检测信号数据进行比较，以确定所述盒是否成功加载；(h)在仪器上启动化验特定反应脚本；(i)在仪器上启动化验特定数据分析算法；或(j)基于一个或更多个化验特定结果算法或脚本得到化验的最终结果。

[0027] 在上述系统的一些实施例中，所述化验协议能够包括从选自下列项中的组中选择的反应：聚合酶链式反应(PCR)、转录介导的扩增(TMA)、寡核苷酸连接分析(OLA)、连接酶链反应(LCR)、滚环扩增(RCA)、链置换扩增(SDA)和杂交反应。

[0028] 在上述系统的一些实施例中，所述系统能够进一步包括条形码阅读器。在上述系统的一些实施例中，所述识别标记能够包括条形码。

[0029] 本文还提出一种在单个自动化仪器上并发执行多个兼容性分立化验的方法，针对每个分立的化验，该方法包括：提供包括第一工作站和第二工作站的自动化仪器，所述第一工作站和第二工作站的每个经配置以根据多个不同的自动化验工作流程接收和处理多个样本，其中每个不同的自动化验工作流程具有包括第一级别兼容性指标值和第二级别兼容性指标值的关联的独特化验定义文件或用户定义协议文件；从可用化验的第一列表中选择第一化验；将具有包括相同的第一级别兼容性指标值的化验定义文件或用户定义协议文件的多个其他可用化验评估为第一化验，其中相同的第一级别兼容性指标值表示用于在自动化仪器的相同工作站上并发处理的兼容性；将具有包括相同的第二级别兼容性指标值的化验定义文件或用户定义协议文件的多个其他可用化验评估为第一化验，其中相同的第二级别兼容性指标值表示用于在所述自动化仪器上并发处理的兼容性；以及当所述化验兼容时在所述仪器上并发执行分立的化验工作流程。附图说明

[0030] 图1示出将第一级别兼容性指标值和第二级别兼容性指标值分配到具体化验工作流程或用户定义协议(UDP)的方法的示意图。

[0031] 图2示出根据一个实施例识别两个化验协议之间的第一级别兼容性和第二级别兼容性的方法的示意图。

[0032] 图3示出根据一个实施例选择和执行并发化验协议的方法的示意图。

[0033] 图4示出根据一个实施例的具有独立工作站和共享服务的自动化仪器的示意图。

[0034] 图5示出根据一个实施例的机架(rack)和运行兼容性的查找表。

具体实施方式

[0035] 自动诊断仪器现在能够并行执行多个样本的处理和测在。这些设备能够有利地用于高产出应用以帮助样本制备和测试。通过举例的方式，自动诊断仪器能够制备用于核酸扩增化验的样本，并执行扩增和检测。然而，根据样本类型和化验类型，相同仪器上的化验协议常常彼此不兼容，或者因为仪器上的物理限制，或者出于商业原因。例如，任何两个化验协议可具有不同的培育时间、裂解时间、试剂体积、试剂类型、培育温度、裂解温度、工作站时间需求、或使得仪器在单个工作站中对样本执行不同化验成为不可能的其他参数。除了物理限制之外，监管分类和商业方面的考虑均是可以阻止仪器并发处理样本的因素。为了解决这一问题，用户必须在图表或表格上手动比较化验协议，以确定它们是否能够在相同机架上并发执行或甚至相同仪器的不同机架上并发执行。这种手动方法容易出错、效率低并且是劳动强度大。因此，对于识别兼容化验协议以及阻止不兼容的化验协议并发执行的改进方法有很大需要。

[0036] 根据上述情况，本文提供用于在自动化仪器上执行化验协议的方法和系统。在本技术的一些实施例中，当化验工作流程兼容时，这种方法和系统能够允许在仪器上的分立化验工作流程的并发执行，并且能够阻止在相同仪器内不兼容化验的并发执行。本文提供的方法允许在自动化仪器上执行化验时的改进的可靠性和易用性。

[0037] 因此，本文提供的一种方法，其提供包括第一工作站和第二工作站的自动化仪器以及两个工作站共享的共同服务，第一工作站和第二工作站的每个经配置以根据多个不同的自动化验工作流程接收和处理多个样本，其中每个不同的自动化验工作流程具有关联的独特化验定义或用户定义协议文件；确定两个分立的化验工作流程是否彼此兼容或不兼容以用于自动化仪器上的并发处理；以及当化验兼容时在仪器上并发执行分立的化验工作流程。

[0038] 如本文所用的术语“工作站”、“机架”等术语指的是能够将多个样本容纳在设计为一起处理那些样本的仪器内的组件。因此，能够在相同机架上并发执行的两个工作流程在本文中被称为“机架兼容”。

[0039] 能够在相同仪器上并发执行的两个工作流程在本文中被称为“运行兼容”。在某些实施例中，两个运行兼容的工作流程在相同机架上不兼容，但是能够在仪器的分离机架上执行。在某些实施例中，两个运行兼容的工作流程在相同的机架上是兼容的。在某些其他实施例中，两个运行不兼容的工作流程在相同机架上兼容，但是因为各种原因的任何一个，不能在相同仪器上并发执行。

[0040] 如本文所用，术语“工作流程”、“化验工作流程”、“化验”、“化验协议”、“测试”等术语指的是用于处理样本的过程。在典型实施例中，工作流程能够包括样本制备步骤，诸如细胞裂解、核酸提取、核酸纯化、核酸消化、核酸改性、蛋白质提取、蛋白质纯化等。在本文所公开的实施例中核酸提取的有用的若干种方法在本领域中是已知的。核酸提取的示例性讨论，能够在例如2008年7月11日提交的美国专利申请12/172,214、2008年7月11日提交的美国专利申请12/172,208、2005年11月16日提交的美国专利申请11/281,247中找到，所有这些文献的全部内容通过引用并入在此。类似地，蛋白质提取的示例性讨论能够在例如美国专利号8,053,239和6,864,100中找到，其所有全部内容通过引用并入在此。

[0041] 在一些典型实施例中，工作流程还能够包括核酸扩增反应。在一些典型实施例中，工作流程能够进一步包括数据分析过程。

[0042] 因此，在某些实施例中，由于物理差异(诸如培育时间、裂解时间、试剂体积、试剂类型、培育温度、裂解温度、工作站时间等)，工作流程彼此不直接兼容。这些参数的每一个将独特物理限制置于工作站本身的运动和容量或自动化仪器内的共享服务资源上。例如，RNA提取协议、DNA提取协议和蛋白质提取协议的每个会要求仪器上的吸液管头的不同运动，因此无法在相同时间在相同工作站上进行处理。通过另一个实例，PCR化验以及仅仅基于到目标的可检测探针的杂交的化验会需要不同的温度周期变化和时序要求，并且因此无法同时处理。应当理解，任何物理、时间或其他限制能够呈现两个工作流程不与彼此直接兼容的理由。

[0043] 在某些实施例中，不兼容性由两个或更多工作站共享的自动化仪器内的共享服务资源的运动和容量上的物理限制导致。如图4所示，两个或更多个独立的工作站能够利用共享资源。共享资源能够是，例如，吸液管、机械臂、单一检测器单元，或两个或更多工作站共享的任何其他资源。

[0044] 为了表明兼容性，化验之间的物理、时间或其他参数不需要相同。相反，参数能够落入具有例如共享资源的兼容性的范围之内。以下在实例1的表2中提供具有在范围内变化但仍保持兼容性的参数的化验的实例，而具有任何一个范围之外的参数的化验不再兼容。

[0045] 此外，仪器上在其他方面物理兼容的工作流程能够出于其他原因不兼容。在某些实施例中，为了遵循监管限制，两个工作流程不能并发执行。例如，如果一个化验协议已通过监管机构诸如美国食品和药物管理局(FDA)批准，该机构可规定，化验协议不能与未经批准的化验协议并发执行。类似地，在某些实施例中，仪器、耗材或试剂的制造商或用户会受到合约限制或其他商务限制，在其限制下两个工作流程不能在相同仪器上并发执行。应当理解，非兼容性能够出于制造商或用户确定两个工作流程应该不兼容的任何原因而确定。本文提供的方法和系统使得识别兼容的工作流程和同时在相同仪器上执行多个兼容工作流程成为可能。

[0046] 如图3所示，机架和运行兼容性能够由任何若干工作流程参数确定。例如，可确定机架或运行兼容性的参数包括，但不限于，试剂条设计、可消耗试剂的数量和类型和工作流程期间执行的具体过程，诸如核酸提取或提取后的核酸样本全分析。

[0047] 化验定义文件

[0048] 在本文提供的所述方法和系统的实施例中，每个不同的自动化验的工作流程具有关联的独特化验定义或用户定义协议文件。如本文所用，术语化验定义文件(ADF)指的是提供至少一些并且通常是所有的用于那个工作流程的化验特定参数的文件。此外，ADF能够为具体工作流程提供兼容性指标值。在典型实施例中，ADF能够包含自动化仪器上运行化验所需要的所有信息。ADF的一个功能是提供仪器和化验之间的独立性层。仪器制造商或化验试剂制造商通过这种独立性提供的机制能够发布仪器的新的化验协议而不对仪器软件造成重大修改。

[0049] ADF能够包括以下表1中列出的一个或更多个组分。具体地，ADF能够包括机架和运行兼容性的两级别指标值。

[0050] 表1.ADF参数和设置

[0051]1级别兼容性指标值
2级别兼容性指标值
样本制备参数
用于样本制备、加载盒和PCR的脚本
所需消费品的条形码
填写支票阈值
PCR协议
用于生成结果的脚本
用于生成结果的阈值
用于驱动仪器内的数据分析引擎的参数

[0052] 因此，在本文提供的所述方法和系统的一些实施例中，如果化验协议兼容，则ADF能够包括用于执行以下一项或更多项的指令：在仪器上启动化验特定样本制备脚本；将消费品包装上的识别标记与存储在仪器上的一组化验特定识别数据进行比较；在仪器上启动化验特定加载盒脚本；将加载的盒中的可检测信号的级别与存储在仪器上的一组化验特定可检测信号数据进行比较，以确定所述盒是否成功加载；在仪器上启动化验特定反应脚本；在仪器上启动化验特定数据分析算法；或基于一个或更多个化验特定结果算法或脚本得到化验的最终结果。加载盒脚本期间比较的可检测信号能够是指示正确加载的任何合适的可检测信号。在典型实施例中，可检测信号是荧光，并且样本或试剂中在各种波长下的荧光比能够与一组预定荧光数据比较，以确定盒是否被正确加载。

[0053] 在一些实施例中，ADF还能够包含包括但不限于以下项的反应：聚合酶链式反应(PCR)、转录介导的扩增(TMA)、寡核苷酸连接分析(OLA)、连接酶链反应(LCR)、滚环扩增(RCA)、链置换扩增(SDA)和杂交反应。

[0054] 以下的实例5描述了在仪器上运行化验协议的ADF文件的示例性应用。

[0055] 通常，当客户获得新的化验时，相应的ADF被安装到仪器上。一旦ADF安装在仪器上，接着化验可用于在仪器上执行。仪器软件能够接着使用指标值控制另外的测试来运行工作列表。如果化验协议共享相同的机架指标值，则它们允许在单个机架中的连续位置的工作列表中。如果两个化验协议具有不同的运行指标，则它们不能在相同运行工作列表中。当用户选择包括在运行中的第一化验时，软件检查仪器上可用的所有其他化验协议的兼容性指标值并修改用户能够根据上面列出的规则选择的化验协议的列表，从而确保客户不选择不兼容的化验协议。

[0056] ADF可以以任何合适的格式提供。例如，ADF可以由制造商提供在存储介质上，诸如CD-ROM或USB钥匙，或者从制造商处下载并且然后转移到控制仪器的终端。每个限定不同化验协议的多个ADF因此能够安装在相同仪器上。有利地，本文提供的方法和系统使得系统识别具有相同兼容性指标值的化验协议而不是强制用户咨询图表或表格成为可能。

[0057] 用户定义协议

[0058] 在某些实施例中，化验参数由用户而非制造商确定。这些用户定义协议(UDP)还能够分配有第一级别兼容性指标值和第二级别兼容性指标值，以确保与其他商业开发的化验协议的兼容性。指标和化验定义文件的好处之一是，它在用户定义化验协议和也涵盖兼容性的商业开发化验协议之间提供防火墙。指标值能够用于建立对用户定义协议的独特控制，用户定义协议的指标值不同于商业开发的化验协议的指标值。在图1中所示的实施例中，用户定义协议由标记为UDP和仅提取的方框表示。

[0059] 因此，如图1所示，UDP的第一级别兼容性指标值和第二级别兼容性指标值能够根据确定ADF的兼容性的类似因素分配。这些因素包括，例如，用户选择的提取工具和PCR类型、试剂条设计、MM(主混合物)的数量以及具体过程(提取相对整个过程)。UDP因此能够包括作为完整代码的部分的兼容性指标值，因为没有由制造商提供的ADF。这个过程的一个示例在如下的实例6中阐述。

[0060] 应当理解，新的提取工具、PCR化验类型以及其他试剂能够由制造商使用类似于ADF的文件提供。因此，当这种文件安装在仪器上时，并且新的UDP建立时，一个或更多个UDP的指标值可以相应地更新。

[0061] 第一级别兼容性指标值

[0062] 在一些实施例中，化验定义或用户定义协议文件能够包括第一级别兼容性指标值。通常，第一级别兼容性指标值是指机架兼容性。然而，在某些其他实施例中，第一级别兼容性指标值是指运行兼容性并且第二级别指标值是指机架兼容性。因此，该方法能够包括(a)从可用化验协议的第一列表中选择第一化验协议；以及(b)将具有包括相同的第一级别兼容性指标值的化验定义文件的多个其他可用化验协议评估为第一化验。在典型的实施例中，具有相同的第一级别兼容性指标值的两个化验协议表示第一级别兼容性。然而，应当清楚，能够分配和识别各个化验的兼容性值的任何合适机制能够用于本文提供的方法和系统中。因此，在一些实施例中，机架兼容的两个化验协议可具有不同的第一级别指标值。然而，为了本公开的方便起见，具有第一级别兼容性的两个化验协议被视为具有相同的第一级别兼容性指标值。

[0063] 随着用户选择一个或更多个化验协议执行并评估第一级别兼容性时，可用化验协议列表能够改变。因此，所述评估步骤(b)能够包括步骤(b1)识别具有不同于第一化验的第一兼容性指标值的第一级别兼容性指标值的任何化验协议；以及(b2)提供第二化验协议的第二列表，其中第二列表不包括具有不同于第一化验的第一兼容性指标值的第一级别兼容性指标值的任何化验。

[0064] 在一些实施例中，第一级别兼容性能够考虑可以阻止在单个工作站处并发执行两种化验协议的任何参数。这种参数对本领域技术人员是已知的，并且能够包括，例如，物理参数，诸如培育时间、裂解时间、试剂体积、试剂类型、培育温度、裂解温度、工作站时间需求等。进一步地，其他参数能够包括各种考虑，诸如监管分类、商业考虑等。

[0065] 第二级别兼容性指标值

[0066] 在一些实施例中，化验定义或用户定义协议文件能够包括第二级别兼容性指标值。通常，第二级别兼容性指标值是指运行兼容性。然而，在某些其他实施例中，第二级别兼容性指标值指机架兼容性并且第二级别指标值指的是运行兼容性。因此，该方法能够包括(c)将具有包括相同的第二级别兼容性指标值的化验定义文件的多个其他可用化验协议评估为第一化验，其中相同的第二级别兼容性指标值表示第二级别兼容性。在典型实施例中，具有相同的第二级别兼容性指标值的两个化验协议表示第二级别兼容性。然而，应当清楚，能够分配和识别各个化验的兼容性值的任何合适的机制能够用于本文提供的方法和系统中。因此，在一些实施例中，运行兼容的两个化验协议可以具有不同的第二级别指标值。然而，为了本公开的方便起见，具有第二级别兼容性的两个化验协议被认为具有相同的第二级别兼容性指标值。

[0067] 随着用户选择一个或更多个化验协议执行并评估第二级别兼容性时，可用化验协议列表能够改变。因此，所述评估步骤(c)能够包括步骤(c1)识别具有不同于第一化验的第二兼容性指标值的第二级别兼容性指标值的任何化验协议；以及(c2)提供第二化验协议的第二列表，其中第二列表不包括具有不同于第一化验的第二兼容性指标值的第二级别兼容性指标值的任何化验。

[0068] 在一些实施例中，第二级别兼容性能够考虑可以阻止在单个工作站并发执行两种化验协议的任何参数。这种参数对本领域技术人员是已知的，并且能够包括，例如，物理参数，诸如培育时间、裂解时间、试剂体积、试剂类型、培育温度、裂解温度、工作站时间需求等。进一步地，其他参数能够包括各种考虑，诸如监管分类、商业方面的考虑等。

[0069] 在一些实施例中，当第一兼容性指标不同时，仪器阻止在相同工作站内并发执行不兼容的化验协议。在一些实施例中，两个分立的化验工作流程在相同的工作站中执行。在一些实施例中，仪器阻止并发执行具有不同的第二兼容性指标值的化验协议。在一些实施例中，两种化验协议具有相同的第一级别兼容性指标值并具有不同的第二级别兼容性指标值。在一些实施例中，第二级别兼容性指标值中的不同包括商业原因。在一些实施例中，第二级别兼容性指标值中的不同包括监管分类。

[0070] 应当清楚，上述两级别指标从两个工作流程系统可扩展到更多数量的工作流程，其希望在仪器上并发运行但基于物理或商业限制会具有并发运行的限制。因此，如图3所示，附加的工作流程可根据需要添加到机架或多个机架，并且本文描述的方法将确保维持所有化验之间的兼容性。

[0071] 仪器和系统

[0072] 本文还提出一种用于执行自动化验的系统，该系统包括自动化仪器，其包括第一工作站和第二工作站，第一工作站和第二工作站的每个经配置以根据多个不同的自动化验工作流程接收和处理多个样本，并由单个服务资源支持。每个不同的自动化化验工作流程通常包括关联的独特化验定义文件或用户定义协议文件。该系统还包括处理器；存储装置；以及用于执行自动化验的程序，所述程序包括用于确定两个分立的化验工作流程是否彼此兼容或不兼容以用于在自动化仪器上并发处理的指令；以及当化验兼容时在仪器上并发执行分立的化验工作流程的指令。

[0073] 能够并发执行多个化验协议的自动化仪器对于本领域技术人员是已知的。与本文所提供的方法连用的典型自动化仪器的示例性讨论能够在例如2008年7月14日提交的美国专利申请12/173,023中找到，其全部内容通过引用并入在此。

[0074] 应当清楚，本文描述的方法和系统能够用于包括2个、3个、4个或更多个工作站的仪器，其中至少2个工作站由共同的服务资源支持。例如，具有4个工作站和单个吸液管头的仪器仍然可以是由本文描述的2个指标概念来控制的兼容性。

[0075] 如本文所使用，术语的存储装置、存储设备、存储器等能够指存储信息的任何介质、设备或装置。存储器能够包括，但不限于，磁盘驱动设备诸如硬盘、软盘、光盘或光盘，存储器诸如RAM或ROM芯片，以及用于记录或存储数据的任何其他介质。在一些实施例中，存储装置被连接到处理器，其在获取之后发送将要记录在存储装置中的信息。在具体实施例中，数据由系统获取并记录在存储装置中。在其他实施例中，数据由系统获取，并且信息首先被处理并且将处理后的信息记录在存储装置中。

[0076] 本文提供的文件和程序能够是以任何合适的编程语言。在某些实施例中，ADF利用XML作为格式化文件的机制。进一步地，在某些实施例中，ADF利用Python作为脚本语言以提供用于使用仪器上可用的共享技术执行结果逻辑的机制。应当清楚，任何合适的文件格式和编程语言能够用于本文提供的方法和系统中。在某些实施例中，文件能够被加密以避免伪造试剂的使用并控制化验运行上的具体参数细节。

[0077] 如本文所用，“输入”能够是，例如，从键盘、滚动球(rollerball)、鼠标、语音识别系统或能够从用户发送信息到计算机的其他设备接收到的数据。输入设备也能够是与显示器相关的触摸屏，在这种情况下，用户通过触摸屏来响应显示器上的提示。用户可以通过输入设备诸如键盘或触摸屏输入文字信息。

[0078] 本发明使用若干其他通用或专用计算系统环境或配置来操作。可适于与本发明连用的已知计算系统、环境和/或配置包括，但不限于，微控制器、个人计算机、服务器计算机、手持式或膝上型设备、多处理器系统、基于微处理器的系统、可编程定制电子设备、网络PC、小型计算机、大型计算机、包括任何以上系统或设备的分布式计算环境。

[0079] 如本文所用，“指令”指的是用于在系统中处理信息的计算机实现步骤。指令能够以软件、固件或硬件来实现，并且包括系统组件执行的任何类型的编程步骤。

[0080] “微处理器”或“处理器”可以是任何常规通用单核或多核微处理器，诸如奔腾处TM理器、英特尔酷睿、8051处理器、处理器或处理器。此外，微处理器
可以是任何常规专用微处理器，诸如数字信号处理器或图形处理器。“处理器”也可以指，但不限于，微控制器、现场可编程门阵列(FPGA)、专用集成电路(ASIC)、复杂可编程逻辑器件(CPLD)、可编程逻辑阵列(PLA)、微处理器，或者其他类似的处理设备。

[0081] 所述系统包括本文详细讨论的各种模块。如本领域技术人员能够理解的，每个模块包括各种子程序、程序、定义性语句和宏命令。每个模块通常单独编译并且链接到单个可执行程序中。因此，为了方便起见，每个模块的以下描述用于描述优选系统的功能。因此，每个模块执行的过程可以任意重新分配给其他模块中的一个，与单一模块结合，或例如用于共享动态链接库中。

[0082] 所述系统的某些实施例可与各种操作系统如SNOWLINUX、UNIX或MICROSOFT 结合使用。

[0083] 所述系统的某些实施例可以用任何常规编程语言诸如汇编、C、C++、C#、BASIC、Pascal或Java书写，并在常规的操作系统中运行。

[0084] 此外，模块或指令可存储到一个或更多个可编程存储设备上，诸如闪存驱动器、CD-ROM、硬盘和DVD。其中一个实施例包括具有指令存储于其上的可编程存储设备。

[0085] 在上述系统的一些实施例中，所述系统能够进一步包括用于读取试剂包装上的识别标记的设备。应当清楚，读取识别标记的任何合适设备能够用于本文所提供的系统中。类似地，可以使用与仪器上的设备兼容的任何合适的识别标记。实例包括条形码、QR码、RFID标签、颜色代码等。在典型实施例中，所述设备能够是条形码阅读器，并且识别标记可以包括条形码。以下的实例4描述条形码标签的使用以正确识别可消耗试剂。

[0086] 优点和改进

[0087] 本文所呈现的方法和系统提供比现有方法更多的优点。例如，制造商使用ADF用于化验协议分配提供了一种机制，其用于在仪器平台上释放新的或修改的化验协议而不需要调整的仪器软件更新。通过排除对仪器软件版本的需要，这种方法提供化验释放的更直接的路径。另外，根据需要，制造商能够修改化验协议之间的兼容性，以满足商业或其他方面的需要，而不必修正仪器软件。

[0088] 兼容性通常使用保存在系统内的表或其他手段控制并且需要更新扩展菜单。使用两级别指标不要求更新软件中的表格或任何其他装置以扩展菜单。进一步地，用户不需要具备关于化验兼容性的任何专业知识，因为仪器软件控制化验协议可用于单次运行中混合。

[0089] 使用ADF的附加优点是ADF中的条形码信息能够用于确认试剂适当加载到仪器上，从而防止用户错误和最终的时间和资源损失。

[0090] 已经对本发明大体描述，进一步理解可通过参考本文提供的某些具体实施例获得，其仅供说明而并非限制。

[0091] 实例1

[0092] 分配用户定义协议和商业提供化验协议的第一级别兼容性指标值和第二级别兼容性指标值

[0093] 本实例示出将第一级别兼容性指标值和第二级别兼容性指标值分配到具体化验工作流程或用户定义协议(UDP)的过程。自动样本处理器和分析仪器具有并发运行两个分立样本处理工作流程或机架的能力(运行兼容)。然而，样本处理工作流程内存在某些动作，其经过修改但仍然保持兼容性(机架兼容)，以及使工作流程在相同运行中在所述仪器上不兼容的某些动作(不兼容)。除了物理上的限制，会存在商业需求以保持化验协议不在仪器上一起运行。

[0094] 为了管理执行要求的这个范围，识别机架兼容和运行兼容化验协议的二级别指标生成。该指标由仪器制造商分配和维持。第一级别指标涉及机架兼容性，即，具有相同的指标值的化验协议能够在相同机架上运行。第二级别指标涉及运行兼容性，即，化验协议能够相对于第一机架中的化验在所述仪器上的第二机架上实践；通过定义，机架兼容化验协议同样是运行兼容的。如果化验协议不共享机架或运行兼容指标级别，那么该仪器阻止在仪器上并发执行化验协议。

[0095] 图1示出这一过程的一个示例性实施例。在图1所示的过程中，运行兼容性(第二级别兼容性)由相同垂直级别上的协议指示。机架兼容性(第一级别兼容性)由相同水平级别上的协议指示。因此，例如，两个样本必须在图表中的相同方框中以在工作列表中的相同机架中。相同水平级别上的方框共享相同的2级别兼容性指标，即，来自不同方框的化验协议能够在相同的运行内的单独的机架上，但不是在相同机架中。

[0096] 如图1所示，确定兼容性的因素是试剂条设计、MM(主混合物)数量，UDP或ADF(用户定义协议相对于化验定义文件)使用以及具体过程(提取相对于整个过程)。

[0097] 下面的表2示出能够影响兼容性的若干参数。例如，在表2中，具有斜体文本的单元格突出显示化验4和5中的参数，其破坏了与护栏(Guarbrail)族A的兼容性。具体地，对于化验4，理想高度、裂解温度、洗涤次数和磁铁速度超出针对化验1-3定义的每个参数的限制。类似地，对于化验5，理想高度和裂解时间超出这些参数的限制。

[0098] 表2.

[0099]

[0100] 从而表2示出了物理、时间或其他参数在化验之间是不必相同的，以便指示兼容性。相反，参数能够落入具有例如共享资源的兼容性的范围内。

[0101] 下面的表3是分配机架兼容性和运行兼容性用于一组化验协议的表格的实例。

[0102] 表3.

[0103]化验协议工作流程类型 1级别指标 2级别指标
1 提取DNA 1 1
2 UDP DNA 2 2
3 族A 3 2
4 族A 3 2
5 族A 4 3
6 提取RNA 5 1
7 提取RNA 5 1
8 UDP RNA 6 2
9 族B 7 2
10 族C 8 4

[0104] 在表3中，族A、B、C代表由于物理差异(诸如培育时间、裂解时间、试剂体积、试剂类型、培育温度、裂解温度或工作站时间需求)彼此不直接兼容的工作流程。在图表和表格中，族A和族B运行兼容，意味着第一工作站能够在族A(非B)实践测试，而第二工作站能够在族B(非A，如果B首先选择用于该工作站)。如图1所示，族C与其他的工作流程既不机架兼容也不运行兼容。

[0105] 在表3中，三个不同的族A测试具有不同的兼容性指标。尽管工作流程将指示它们应该物理上兼容，但是可能存在其他原因，制造商选择不在相同时间在仪器上实践它们。例如，当制造商与第三方公司合作，理想的是可以阻止用户同时在仪器上运行制造商提供的测试以及第三方提供的测试，即使测试的工作流程允许。

[0106] 实例2

[0107] 化验兼容性的识别

[0108] 本实例示出根据一个实施例的两个化验协议之间的第一级别兼容性和第二级别兼容性的识别。在图2所示的示例性方法中，第一化验和第二化验之间的兼容性通过比较两个级别的兼容性指标值确定。为了避免并发运行不兼容的化验，用户必须在图表或表格上手动比较化验协议以确定它们是否能够在相同机架甚至在相同仪器的不同机架上并发执行。这种查找表的实例示于图5中。这种手动的方法容易出错、效率低而且劳动强度大。这个实例提供一种自动方法的示例，其识别兼容的化验协议并阻止不兼容的化验协议并发执行。

[0109] 相同机架上的化验协议。如在图2所示的示意图中所述，第一化验由用户从所有可用化验协议的列表中选择。基于用户输入，所选第一化验的第一级别(机架)兼容性指标值从第一化验的化验定义文件(ADF)中获得，或者如果所选择的化验是用户定义的则从UDP中获得。该兼容性指标值然后与每个其他可用化验协议的第一级别兼容性指标值(从每个相应的化验的ADF或UDP中获得)比较。与所选化验共享第一级别兼容性指标值的所有化验协议被识别，并且任何不兼容的化验协议从进一步考虑中排除。

[0110] 接着，系统获得所选择的第一化验的第二级别(运行)兼容性指标值并将该值与所有其他剩余的化验协议的第二级别兼容性指标值进行比较。与所选择的化验共享第二级别兼容性指标值的所有化验协议被识别，并且任何不兼容的化验协议从进一步考虑中排除。接着仅包含第一级别兼容化验协议和第二级别兼容化验协议的列表被显示。用户从该列表中选择第二化验，并且在选择完成时，该系统开始在相同机架中或者如果需要在分离机架上并发执行两个化验协议。

[0111] 分离机架上的化验协议。另外，当化验协议在相同机架上一起运行不兼容时，系统能够识别并在分离机架上运行化验协议。如在图2所示的示意图中所述，第一化验由用户从所有可用化验协议的列表中选择。基于用户输入，所选择的第一化验的第一级别(机架)兼容性指标值从第一化验的化验定义文件(ADF)中获得，或如果所选择的化验是用户定义的则从UDP中获得。接着兼容性指标值与每个其他可用化验协议的第一级别兼容性指标值(从每个相应的化验的ADF或UDP中获得)比较。如果没有识别到化验协议与所选择的化验共享第一级别兼容性指标值，则该系统获得所选择的第一化验的第二级别(运行)兼容性指标值并将该值与所有其他可用化验协议的第二级别兼容性指标值比较。与所选择的化验共享第二级别兼容性指标值的所有化验协议被识别，并且任何不兼容的化验协议从进一步考虑中排除。接着仅包含在分离机架上并发运行的兼容的化验协议的列表被显示。用户从该列表中选择第二化验，并且当选择完成时，该系统开始在分离机架上并发执行两个化验协议。

[0112] 无其他兼容化验协议。在系统识别其他化验协议不是机架兼容或运行兼容的事件下，用户能够使用一个或更多个样本在相同或分离机架上执行单个化验协议。

[0113] 实例3

[0114] 添加测试到运行工作列表

[0115] 本实例示出制作运行工作列表的过程，其包括能够在相同工作列表在相同或分离的机架上并发运行的化验协议的识别。

[0116] 用户具有预定数量的样本，其中每个样本必须分配化验协议。如图3所示，提供空白工作表，其阐述可用化验协议的完整列表。用户从测试列表中选择第一测试。一旦输入用户选择，系统自动排除具有不同的第一级别兼容性指标值的所有协议，并且仅显示未被排除的这些化验协议的列表。从剩余协议的列表中，用户从所述列表中选择另一个协议。该过程重复，直到所有的样本都分配化验协议，或直至第一机架已满。

[0117] 如果第一机架已满，该系统允许用户开始选择第二机架的化验协议。系统显示具有与第一机架中的指标值相同的2级别(运行兼容)指标值的所有协议。然后，用户从运行兼容协议的列表中选择协议。一旦第二机架的第一选择已经做出，所述系统自动排除具有不同的第一级别兼容性指标值的所有协议，并且仅显示未被排除的这些化验协议的列表。从剩余协议的列表中，用户从所述列表中选择另一个协议。该过程重复，直到所有的样本都分配化验协议，或直至第二机架已满。

[0118] 实例4

[0119] 条形码的使用

[0120] 本实例示出作为消费品包装的识别标记的条形码的使用。

[0121] 供应商提供的可消耗试剂包括仪器能够读取的条形码标签。当化验创建时，预期的条形码在ADF中被识别。当仪器运行开始后，所述仪器执行目录过程，其确认用户将正确的消费品加载到仪器台上。存储在ADF中的条形码数据用于提供此验证。如果条形码没有被读取，仪器发出警报给用户，并等待援助以获取条形码。如果条形码被读取，但与用户请求的化验测试所预期的条形码不匹配，则仪器发出警报给用户，并等待援助，从而，例如，通过交换试剂校正差异。试剂上的条形码和ADF中的条形码信息的使用提供用户已适当运行化验的过程保证。

[0122] 实例5

[0123] ADF的使用以在仪器上运行化验协议

[0124] 本实例示出ADF的使用以在仪器上准确运行化验协议。

[0125] 所述仪器首先检查ADF，以确定完成运行所需的样本制备脚本。接着脚本数据与ADF中定义的样本制备参数结合并且启动样本制备过程。

[0126] 当样本制备完成后，仪器再次检查ADF并执行ADF中识别的加载盒脚本。

[0127] 当加载盒完成后，仪器在ADF中查找以得到确定所述盒是否成功加载所需的荧光比，并且将所述比与获取的读数比较。如果仪器确定所述盒被成功加载，然后其在ADF中查找以确定将要使用的PCR脚本和必需的PCR协议。一旦这些值被检索到，仪器开始PCR过程。

[0128] 当PCR完成后，仪器检索运行来自ADF的数据分析算法所需的参数，并执行数据分析。

[0129] 当数据分析完成后，仪器结合从数据分析引擎返回的值与结果逻辑以及ADF中识别的结果脚本，以得出具体测试的最终结果。

[0130] 实例6

[0131] UDP的产生以及第一级别兼容性指数值和第二级别兼容性指数值的分配

[0132] 本实例示出UDP的创建和到UDP的兼容性指标值的分配以在仪器上准确运行化验协议。

[0133] 用户通过响应触摸屏显示屏上的提示、选择协议的化验类型、化验参数和试剂，生成新的UDP。选择的因素包括，例如，提取工具的类型和PCR参数。具体地，从若干可用选项中进行选择，用户选择具体试剂条设计、具体MM以及具体过程(提取相对于整个过程)。用户选择以编程整个过程，因此，用户能够进一步定义PCR的循环时间、温度和其他参数。

[0134] 跟随图1阐述的过程，该系统根据确定ADF的兼容性的相似因素分配UDP的第一级别兼容性指标值和第二级别兼容性指标值。基于包括理想高度、裂解温度、裂解时间、洗涤次数和磁铁速度的参数，新的UDP被分配第一级别指标值“2”与第二级别指标值“2”。

[0135] 因此，下一步，当用户将协议添加到运行工作列表时，用户将能够通过使用分别具有第一级别指标值2和第二级别指标值2的其他ADF或UDP并发执行新的UDP。

[0136] 应当理解，本发明并不限定于所述具体的实施例，因此当然可以变化。还应当理解，本文所用的术语仅用于描述具体实施例，而并不旨在进行限制。

[0137] 除非另有定义，本文所用的所有技术和科学术语具有与本实施例所属领域技术人员普遍理解的相同的含义。当然任何类似或等同本文所述的那些方法和材料也可以用于实施例的实践或测试，现在描述优选的方法和材料。

[0138] 如本文所用的术语“包括”与“包含”“含有”或“其特征为”是同义的，其是包括的或开放式的，并不排除另外的、未列举的元素或方法步骤。

[0139] 必须指出，除非上下文另外清楚地规定，如在本文以及在所附权利要求书中使用的，单数形式“一种/个(a/an)”、以及“该”包括复数对象。因此，例如，“一种方法”的引用包括多个本领域技术人员已知的这种方法和其等同物等。

[0140] 所引用的参考文献，包括但不限于，已经公布的和未公布的申请、专利以及文献，在此通过引用全部并入本文，并且由此作为本说明书的一部分。到了通过引用纳入的出版物和专利或专利申请与包含在本说明书中的公开内容矛盾的程度，本说明书旨在取代和/或优先于任何这种矛盾的材料。

[0141] 本文结合所公开的实施例描述的方法或算法的步骤可以直接以硬件、处理器执行的软件模块或这两者的组合来体现。软件模块可驻留于RAM存储器、快闪存储器、ROM存储器、EPROM存储器、EEPROM存储器、寄存器、硬盘、可移动磁盘、CD-ROM，或本领域已知的任何其他形式的存储介质。示例性存储介质可耦合到处理器，使得该处理器能够从存储介质读取信息，并且将信息写入到存储介质。在替代方案中，存储介质可以集成到处理器。处理器和存储介质可驻留在ASIC中。ASIC可驻留在用户终端中。在替代方案中，处理器和存储介质可驻留作为用户终端中的分立元件。

标题	发布/更新时间	阅读量
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