1.一种用于检测拷贝数变异的方法，所述方法包括：
a.对来自受试者的身体样品的细胞外多核苷酸进行测序，其中所述细胞外多核苷酸中的每一个产生多个测序阅读值；
b.过滤掉未满足所设定的阈值的阅读值；
c.在过滤掉阅读值后，将由步骤(a)获得的所述序列阅读值定位至参考序列；
d.对在所述参考序列的两个或更多个预定义区域中定位的阅读值进行定量或计数；
以及
e.通过下述确定在一个或多个所述预定义区域中的拷贝数变异：
i.将所述预定义区域中的阅读值的数目相对于彼此进行归一化，和/或将所述预定义区域中的独特序列阅读值的数目相对于彼此进行归一化；
ii.将从步骤(i)中获得的归一化的数目与从对照样品获得的归一化的数目进行比较。
2.一种用于检测从受试者获得的无细胞的或基本无细胞的样品中的稀有突变的方法，所述方法包括：
a.对来自受试者的身体样品的细胞外多核苷酸进行测序，其中所述细胞外多核苷酸中的每一个生成多个测序阅读值；
b.如果未进行富集，则进行区域上的多重测序或全基因组测序；
c.过滤掉未满足所设定的阈值的阅读值；
d.将从所述测序得到的序列阅读值定位至参考序列上；
e.鉴别在各个可定位的碱基位置处与所述参考序列的变异体对准的被定位序列阅读值的亚组；
f.对各个可定位的碱基位置，计算出(a)与所述参考序列相比包含变异体的被定位序列阅读值的数目与(b)各个可定位碱基位置的序列阅读值总数的比值；
g.将各个可定位碱基位置的变异的所述比值或频率进行归一化并确定潜在的稀有变异体或突变；以及
h.将具有潜在的稀有变异体或突变的各个区域的所得数目与从参考样品类似地得到的数目进行比较。
3.一种表征受试者中的异常状况的异质性的方法，所述方法包括生成所述受试者的细胞外多核苷酸的遗传谱，其中所述遗传谱包含由拷贝数变异和稀有突变分析得到的多个数据。
4.根据权利要求1、2或3所述的方法，其中同时报告和定量在所述受试者中鉴别的各个稀有变异体的出现率/浓度。
5.根据权利要求1、2或3所述的方法，其中报告关于所述受试者中稀有变异体的出现率/浓度的置信得分。
6.根据权利要求1、2或3所述的方法，其中所述细胞外多核苷酸包含DNA。
7.根据权利要求1、2或3所述的方法，其中所述细胞外多核苷酸包含RNA。
8.根据权利要求1、2或3所述的方法，其进一步包括从所述身体样品中分离细胞外多核苷酸。
9.根据权利要求1、2或3所述的方法，其中所述分离包括用于循环核酸分离和提取的方法。
10.根据权利要求1、2或3所述的方法，其进一步包括对所述分离的细胞外多核苷酸进行片段化。
11.根据权利要求8所述的方法，其中所述身体样品选自血液、血浆、血清、尿液、唾液、粘膜分泌物、痰、粪便和泪。
12.根据权利要求1、2或3所述的方法，其进一步包括确定在所述身体样品中具有拷贝数变异或稀有突变或变异体的序列的百分比的步骤。
13.根据权利要求12所述的方法，其中所述确定包括计算所具有的多核苷酸的量高于或低于预定阈值的预定义区域的百分比。
14.根据权利要求1、2或3所述的方法，其中所述受试者疑似具有异常状况。
15.根据权利要求14所述的方法，其中所述异常状况选自突变、稀有突变、插入缺失、拷贝数变异、颠换、易位、倒位、缺失、非整倍性、部分非整倍性、多倍性、染色体不稳定性、染色体结构改变、基因融合、染色体融合、基因截短、基因扩增、基因复制、染色体损伤、DNA损伤、核酸化学修饰的异常变化、外遗传模式的异常变化、核酸甲基化的异常变化、感染和癌症。
16.根据权利要求1、2或3所述的方法，其中所述受试者是妊娠的女性。
17.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述拷贝数变异或稀有突变或遗传变异体指示胎儿异常。
18.根据权利要求17所述的方法，其中所述胎儿异常选自突变、稀有突变、插入缺失、拷贝数变异、颠换、易位、倒位、缺失、非整倍性、部分非整倍性、多倍性、染色体不稳定性、染色体结构改变、基因融合、染色体融合、基因截短、基因扩增、基因复制、染色体损伤、DNA损伤、核酸化学修饰的异常变化、外遗传模式的异常变化、核酸甲基化的异常变化、感染和癌症。
19.根据权利要求1、2或3所述的方法，其进一步包括在测序前将一个或多个条形码附接至所述细胞外多核苷酸或其片段。
20.根据权利要求19所述的方法，其中在测序前附接至细胞外多核苷酸或其片段的各个条形码是独特的。
21.根据权利要求19所述的方法，其中在测序前附接至细胞外多核苷酸或其片段的各个条形码不是独特的。
22.根据权利要求1、2或3所述的方法，其进一步包括在测序前从所述受试者的基因组或转录组选择性地富集区域。
23.根据权利要求1、2或3所述的方法，其进一步包括在测序前从所述受试者的基因组或转录组非选择性地富集区域。
24.根据权利要求1、2或3所述的方法，其进一步包括在任何扩增或富集步骤前，将一个或多个条形码附接至所述细胞外多核苷酸或其片段。
25.根据权利要求19所述的方法，其中所述条形码是多核苷酸。
26.根据权利要求19所述的方法，其中所述条形码包含随机序列。
27.根据权利要求19所述的方法，其中所述条形码包含固定的或半随机的一组寡核苷酸，该寡核苷酸与从选定区域测序的分子的多样性组合能够鉴别独特的分子。
28.根据权利要求19所述的方法，其中所述条形码包含长度至少为3、5、10、15、20、25、
30、35、40、45或50聚物碱基对的寡核苷酸。
29.根据权利要求1、2或3所述的方法，其进一步包括扩增所述细胞外多核苷酸或其片段。
30.根据权利要求29所述的方法，其中所述扩增包括全局扩增或全基因组扩增。
31.根据权利要求1、2或3所述的方法，其中基于在所述序列阅读值的开始(启动)和结束(终止)区域处的序列信息和所述序列阅读值的长度来检测独特身份的序列阅读值。
32.根据权利要求31所述的方法，其中基于在所述序列阅读值的开始(启动)和结束(终止)区域处的序列信息、所述序列阅读值的长度和条形码的附接来检测独特身份的序列分子。
33.根据权利要求30所述的方法，其中所述扩增包括选择性扩增。
34.根据权利要求33所述的方法，其中所述扩增包括非选择性扩增。
35.根据权利要求1、2或3所述的方法，其中进行抑制扩增或消减富集。
36.根据权利要求1、2或3所述的方法，其进一步包括在对阅读值进行定量或计数前从进一步的分析中除去所述阅读值的亚组。
37.根据权利要求36所述的方法，其中所述除去包括过滤掉准确度或质量得分小于阈值例如90％、99％、99.9％或99.99％和/或定位得分小于阈值例如90％、99％、99.9％或
99.99％的阅读值。
38.根据权利要求1、2或3所述的方法，其进一步包括过滤质量得分小于所设定的阈值的阅读值。
39.根据权利要求1所述的方法，其中所述预定义区域在大小上是均一的或基本均一的。
40.根据权利要求39所述的方法，其中所述预定义区域的大小是至少约10kb、20kb、
30kb、40kb、50kb、60kb、70kb、80kb、90kb或100kb。
41.根据权利要求1、2或3所述的方法，其中分析至少50、100、200、500、1000、2000、
5000、10,000、20,000或50,000个区域。
42.根据权利要求1、2或3所述的方法，其中所述变异体发生在选自基因融合、基因复制、基因缺失、基因易位、微卫星区域、基因片段或其组合的基因组区域中。
43.根据权利要求1、2或3所述的方法，其中所述变异体发生在选自基因、癌基因、肿瘤抑制基因、启动子、调节序列元件或其组合的基因组区域中。
44.根据权利要求2所述的方法，其中所述变异体是1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15或20个核苷酸长度的核苷酸变异体、单碱基置换、小插入缺失、颠换、易位、倒位、缺失、截短或基因截短。
45.根据权利要求1、2或3所述的方法，其进一步包括使用所述条形码或单个阅读值的独特性质来校正/归一化/调整所定位的阅读值的量。
46.根据权利要求1或2所述的方法，其中通过对各个所述预定义区域中的独特条形码进行计数并将这些数目在所测序的预定义区域的至少一个亚组中进行归一化，来对所述阅读值进行计数。
47.根据权利要求1、2或3所述的方法，其中分析以连续的时间间隔来自相同受试者的样品并将其与以前的样品结果进行比较。
48.根据权利要求45所述的方法，其中所述方法进一步包括扩增所述附接有条形码的细胞外多核苷酸。
49.根据权利要求1、2或3所述的方法，其进一步包括确定部分拷贝数变异频率、确定杂合性的丢失、进行基因表达分析、进行外遗传分析和/或进行过度甲基化分析。
50.一种方法，该方法包括：使用多重测序在从受试者获得的无细胞或基本无细胞的样品中确定拷贝数变异或进行稀有突变分析。
51.根据权利要求50所述的方法，其中所述多重测序包括进行超过10,000个测序反应。
52.根据权利要求50所述的方法，其中所述多重测序包括同时对至少10,000个不同的阅读值进行测序。
53.根据权利要求50所述的方法，其中所述多重测序包括在整个基因组上对至少
10,000个不同的阅读值进行数据分析。
54.根据权利要求1或2所述的方法，其中使用隐马尔可夫、动态编程、支持向量机、贝叶斯或概率建模、网格解码、维特比解码、期望最大化、卡尔曼过滤或神经网络方法中的一个或多个进行所述归一化和检测。
55.根据权利要求1、2或3所述的方法，其进一步包括基于所发现的变异体对所述受试者监测疾病进展、监测残留疾病、监测疗法、诊断状况、状况预后或者选择疗法。
56.根据权利要求55所述的方法，其中基于最近的样品分析来修改疗法。
57.根据权利要求1、2或3所述的方法，其中推断肿瘤、感染或其它组织异常的遗传谱。
58.根据权利要求1、2或3所述的方法，其中监测肿瘤、感染或其它组织异常的生长、缓解或演变。
59.根据权利要求1、2或3所述的方法，其中在单一情况下或随时间推移分析和监测与所述受试者的免疫系统相关的序列。
60.根据权利要求1、2或3所述的方法，其中通过成像测试(例如，CT、PET-CT、MRI、X射线、超声波)追踪变异体的鉴别，以便定位疑似引起所鉴别的变异体的组织异常。
61.根据权利要求1、2或3所述的方法，其中所述分析进一步包括使用从来自相同患者的组织或肿瘤活检获得的遗传数据。
62.根据权利要求1、2或3所述的方法，其中推断肿瘤、感染或其它组织异常的系统发生学。
63.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述方法进一步包括对低置信区域进行基于群体的非判定和鉴别。
64.根据权利要求1或2所述的方法，其中获得序列覆盖度的测量数据包括测量基因组的每个位置处的序列覆盖深度。
65.根据权利要求64所述的方法，其中针对序列覆盖偏倚校正测量数据包括计算窗口平均的覆盖度。
66.根据权利要求64所述的方法，其中针对序列覆盖偏倚校正测量数据包括进行调整以应对在文库构建和测序过程中的GC偏倚。
67.根据权利要求64所述的方法，其中针对序列覆盖偏倚校正测量数据包括基于与个体定位相关联的附加加权因子进行调整，以补偿偏倚。
68.根据权利要求1、2或3所述的方法，其中细胞外多核苷酸源自病变细胞来源。
69.根据权利要求1、2或3所述的方法，其中细胞外多核苷酸源自健康细胞来源。
70.一种包含计算机可读介质的系统，该计算机可读介质用于执行以下步骤：选择基因组中的预定义区域；对所述预定义区域中的序列阅读值的数目进行计数；对所述预定义区域上的序列阅读值的数目进行归一化；以及确定所述预定义区域中的拷贝数变异的百分比。
71.根据权利要求70所述的系统，其中分析整个基因组或基因组的至少85％。
72.根据权利要求70所述的系统，其中所述计算机可读介质将关于血浆或血清中的癌症DNA或RNA百分比的数据提供给终端用户。
73.根据权利要求1所述的方法，其中由于样品的异质性，所鉴别的拷贝数变异体是分数(即，非整数水平)。
74.根据权利要求1所述的方法，由此进行选定的区域的富集。
75.根据权利要求1所述的方法，由此基于权利要求1、64、65、66和67所述的方法同时提取拷贝数变异信息。
76.根据权利要求1或2所述的方法，其与多核苷酸瓶颈化的初始步骤一起使用以限制样品中的多核苷酸的起始初始拷贝数或多样性。
77.一种用于在从受试者获得的无细胞或基本无细胞的样品中检测稀有突变的方法，该方法包括：
a.对来自受试者的身体样品的细胞外多核苷酸进行测序，其中所述细胞外多核苷酸中的每一个产生多个测序阅读值；
b.过滤掉未满足所设定的质量阈值的阅读值；
c.将从所述测序得到的序列阅读值定位至参考序列上；
d.鉴别在各个可定位的碱基位置处与所述参考序列的变异体对准的被定位序列阅读值的亚组；
e.对于各个可定位的碱基位置，计算出(a)与所述参考序列相比包含变异体的被定位序列阅读值的数目与(b)各个可定位碱基位置的序列阅读值总数的比值；
f.将各个可定位碱基位置的变异的比值或频率进行归一化，并确定潜在的稀有变异体或其它遗传改变；以及
g.将具有潜在的稀有变异体或突变的各个区域的所得数目与从参考样品类似地得到的数目进行比较。
78.一种方法，该方法包括：
a.提供至少一组标记的亲本多核苷酸，并且对于各组标记的亲本多核苷酸；
b.扩增该组中的标记的亲本多核苷酸，以产生相应的一组扩增的子代多核苷酸；
c.对该组扩增的子代多核苷酸的亚组(包括真亚组)进行测序，以产生一组测序阅读值；以及
d.使该组测序阅读值分解，以产生一组共有序列，各个共有序列对应于该组标记的亲本多核苷酸中的独特多核苷酸。
79.根据权利要求78所述的方法，其中一组中的各个多核苷酸可定位至参考序列。
80.根据权利要求78所述的方法，其包括提供多组标记的亲本多核苷酸，其中各组可定位至所述参考序列中不同的可定位位置。
81.根据权利要求78所述的方法，其进一步包括：e.分开地或组合地针对每组标记的亲本分子对该组共有序列进行分析。
82.根据权利要求78所述的方法，其进一步包括将初始起始遗传材料转换成标记的亲本多核苷酸。
83.根据权利要求82所述的方法，其中所述初始起始遗传材料包含不超过100ng的多核苷酸。
84.根据权利要求82所述的方法，其包括在转换前瓶颈化所述初始起始遗传材料。
85.根据权利要求82所述的方法，其包括以至少10％、至少20％、至少30％、至少
40％、至少50％、至少60％、至少80％或至少90％的转换效率将所述初始起始遗传材料转换成标记的亲本多核苷酸。
86.根据权利要求82所述的方法，其中转换包括平端连接、粘端连接、分子倒位探针、PCR、基于连接的PCR、单链连接和单链环化中的任何方法。
87.根据权利要求82所述的方法，其中所述初始起始遗传材料是无细胞的核酸。
88.根据权利要求79所述的方法，其中多个所述组定位至来自相同基因组的参考序列中的不同可定位位置。
89.根据权利要求78所述的方法，其中所述组中的各个标记的亲本多核苷酸是独特地标记的。
90.根据权利要求78所述的方法，其中各组亲本多核苷酸可定位至参考序列中的位置，并且各组中的多核苷酸不是独特地标记的。
91.根据权利要求78所述的方法，其中共有序列的生成基于来自标签的信息和/或以下至少一个：(i)在所述序列阅读值的开始(启动)区域的序列信息、(ii)在所述序列阅读值的结束(终止)区域的序列信息和(iii)所述序列阅读值的长度。
92.根据权利要求78所述的方法，其包括对该组扩增的子代多核苷酸的亚组进行测序，该测序足以对至少一个子代产生序列阅读值，所述序列阅读值来自该组标记的亲本多核苷酸中的独特多核苷酸的至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少
70％、至少80％、至少90％、至少95％、至少98％、至少99％、至少99.9％或至少99.99％中的每一个。
93.根据权利要求92所述的方法，其中所述至少一个子代是多个子代，例如，至少2个、至少5个或至少10个子代。
94.根据权利要求78所述的方法，其中该组序列阅读值中的序列阅读值的数目大于该组标记的亲本多核苷酸中的独特标记的亲本多核苷酸的数目。
95.根据权利要求78所述的方法，其中被测序的该组扩增的子代多核苷酸的亚组具有足够的大小，以使得以与所用测序平台的每碱基测序错误率百分比相同的百分比在该组标记的亲本多核苷酸中呈现的任何核苷酸序列有至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％、至少95％、至少98％、至少99％、至少99.9％或至少99.99％的机会在该组共有序列中呈现。
96.根据权利要求78所述的方法，其包括通过以下步骤，针对定位至参考序列中一个或多个选定的可定位位置的多核苷酸，富集该组扩增的子代多核苷酸：(i)对来自已转换成标记的亲本多核苷酸的初始起始遗传材料的序列的选择性扩增；(ii)对标记的亲本多核苷酸的选择性扩增；(iii)对扩增的子代多核苷酸的选择性序列捕获；或(iv)对初始起始遗传材料的选择性序列捕获。
97.根据权利要求81所述的方法，其中分析包括将从一组共有序列获得的度量(例如，数目)相对于从来自对照样品的一组共有序列获得的度量进行归一化。
98.根据权利要求81所述的方法，其中分析包括检测突变、稀有突变、插入缺失、拷贝数变异、颠换、易位、倒位、缺失、非整倍性、部分非整倍性、多倍性、染色体不稳定性、染色体结构改变、基因融合、染色体融合、基因截短、基因扩增、基因复制、染色体损伤、DNA损伤、核酸化学修饰的异常变化、外遗传模式的异常变化、核酸甲基化的异常变化、感染或癌症。
99.根据权利要求78所述的方法，其中所述多核苷酸包含DNA、RNA、这两者的组合或DNA加RNA衍生的cDNA。
100.根据权利要求82所述的方法，其中针对或基于碱基对的多核苷酸长度从多核苷酸的初始组或从扩增的多核苷酸中选择或富集多核苷酸的某个亚组。
101.根据权利要求82所述的方法，其中分析进一步包括检测和监测个体内的异常或疾病，例如，感染和/或癌症。
102.根据权利要求101所述的方法，其与免疫组库谱分析组合进行。
103.根据权利要求78所述的方法，其中所述多核苷酸从选自血液、血浆、血清、尿液、唾液、粘膜分泌物、痰、粪便和泪的样品中提取。
104.根据权利要求78所述的方法，其中分解包括检测和/或校正在标记的亲本多核苷酸或扩增的子代多核苷酸的有义或反义链中存在的错误、切口或损伤。
105.一种方法，其包括以至少5％、至少1％、至少0.5％、至少0.1％或至少0.05％的灵敏度检测非独特标记的初始起始遗传材料中的遗传变异。
106.根据权利要求105所述的方法，其中所述初始起始遗传材料以小于100ng的核酸的量来提供，该遗传变异是拷贝数/杂合性变异，并且检测在亚染色体分辨率下进行；例如，至少100兆碱基分辨率、至少10兆碱基分辨率、至少1兆碱基分辨率、至少100千碱基分辨率、至少10千碱基分辨率或至少1千碱基分辨率。
107.根据权利要求81所述的方法，其包括提供多组标记的亲本多核苷酸，其中各组可定位至参考序列中不同的可定位位置。
108.根据权利要求107所述的方法，其中所述参考序列中的可定位位置是肿瘤标志物的基因座，并且分析包括检测该组共有序列中的肿瘤标志物。
109.根据权利要求108所述的方法，其中所述肿瘤标志物以小于在扩增步骤中引入的错误率的频率存在于该组共有序列中。
110.根据权利要求107所述的方法，其中所述至少一组是多个组，并且所述参考序列的可定位位置包含该参考序列中的多个可定位位置，其中各个可定位位置是肿瘤标志物的基因座。
111.根据权利要求107所述的方法，其中分析包括检测至少两组亲本多核苷酸之间的共有序列的拷贝数变异。
112.根据权利要求107所述的方法，其中分析包括检测与参考序列相比序列变异的存在。
113.根据权利要求107所述的方法，其中分析包括检测与参考序列相比序列变异的存在及检测在至少两组亲本多核苷酸间的共有序列的拷贝数变异。
114.根据权利要求78所述的方法，其中分解包括：
i.将从扩增的子代多核苷酸测序的序列阅读值分组成家族，各个家族从相同的标记的亲本多核苷酸扩增；以及
ii.基于家族中的序列阅读值确定共有序列。
115.一种包含计算机可读介质的系统，该计算机可读介质用于执行以下步骤：
a.接受至少一组标记的亲本多核苷酸，并且对于各组标记的亲本多核苷酸；
b.扩增该组中的标记的亲本多核苷酸，以产生相应的一组扩增的子代多核苷酸；
c.对该组扩增的子代多核苷酸的亚组(包括真亚组)进行测序，以产生一组测序阅读值；以及
d.分解该组测序阅读值，以生成一组共有序列，各个共有序列对应于该组标记的亲本多核苷酸中的独特多核苷酸，以及任选地
e.针对各组标记的亲本分子对该组共有序列进行分析。
116.一种方法，其包括检测个体中的遗传改变的存在与否或遗传变异的量，其中所述检测在对无细胞核酸的测序的辅助下进行，其中对个体的基因组的至少10％进行测序。
117.一种方法，其包括检测个体中的遗传改变的存在与否或遗传变异的量，其中所述检测在对无细胞核酸的测序的辅助下进行，其中对个体的基因组的至少20％进行测序。
118.一种方法，其包括检测个体中的遗传改变的存在与否或遗传变异的量，其中所述检测在对无细胞核酸的测序的辅助下进行，其中对个体的基因组的至少30％进行测序。
119.一种方法，其包括检测个体中的遗传改变的存在与否或遗传变异的量，其中所述检测在对无细胞核酸的测序的辅助下进行，其中对个体的基因组的至少40％进行测序。
120.一种方法，其包括检测个体中的遗传改变的存在与否或遗传变异的量，其中所述检测在对无细胞核酸的测序的辅助下进行，其中对个体的基因组的至少50％进行测序。
121.一种方法，其包括检测个体中的遗传改变的存在与否或遗传变异的量，其中所述检测在对无细胞核酸的测序的辅助下进行，其中对个体的基因组的至少60％进行测序。
122.一种方法，其包括检测个体中的遗传改变的存在与否或遗传变异的量，其中所述检测在对无细胞核酸的测序的辅助下进行，其中对个体的基因组的至少70％进行测序。
123.一种方法，其包括检测个体中的遗传改变的存在与否或遗传变异的量，其中所述检测在无细胞核酸的测序的辅助下进行，其中对个体的基因组的至少80％进行测序。
124.一种方法，其包括检测个体中的遗传改变的存在与否或遗传变异的量，其中所述检测在对无细胞核酸的测序的辅助下进行，其中对个体的基因组的至少90％进行测序。
125.一种方法，其包括检测个体中的遗传改变的存在与否和遗传变异的量，其中所述检测在对无细胞核酸的测序的辅助下进行，其中对个体的基因组的至少10％进行测序。
126.一种方法，其包括检测个体中的遗传改变的存在与否和遗传变异的量，其中所述检测在对无细胞核酸的测序的辅助下进行，其中对个体的基因组的至少20％进行测序。
127.一种方法，其包括检测个体中的遗传改变的存在与否和遗传变异的量，其中所述检测在对无细胞核酸的测序的辅助下进行，其中对个体的基因组的至少30％进行测序。
128.一种方法，其包括检测个体中的遗传改变的存在与否和遗传变异的量，其中所述检测在对无细胞核酸的测序的辅助下进行，其中对个体的基因组的至少40％进行测序。
129.一种方法，其包括检测个体中的遗传改变的存在与否和遗传变异的量，其中所述检测在对无细胞核酸的测序的辅助下进行，其中对个体的基因组的至少50％进行测序。
130.一种方法，其包括检测个体中的遗传改变的存在与否和遗传变异的量，其中所述检测在对无细胞核酸的测序的辅助下进行，其中对个体的基因组的至少60％进行测序。
131.一种方法，其包括检测个体中的遗传改变的存在与否和遗传变异的量，其中所述检测在对无细胞核酸的测序的辅助下进行，其中对个体的基因组的至少70％进行测序。
132.一种方法，其包括检测个体中的遗传改变的存在与否和遗传变异的量，其中所述检测在对无细胞核酸的测序的辅助下进行，其中对个体的基因组的至少80％进行测序。
133.一种方法，其包括检测个体中的遗传改变的存在与否和遗传变异的量，其中所述检测在对无细胞核酸的测序的辅助下进行，其中对个体的基因组的至少90％进行测序。
134.根据权利要求116-133所述的方法，其中所述遗传改变是拷贝数变异或一种或多种稀有突变。
135.根据权利要求116-133所述的方法，其中所述遗传变异包含一种或多种因果变异体和一种或多种多态性。
136.根据权利要求116-133所述的方法，其中所述个体中的遗传改变和/或遗传变异的量可以与一个或多个患有已知疾病的个体中的遗传改变和/或遗传变异的量相比较。
137.根据权利要求116-133所述的方法，其中所述个体中的遗传改变和/或遗传变异的量可以与一个或多个未患有疾病的个体中的遗传改变和/或遗传变异的量相比较。
138.根据权利要求116-133所述的方法，其中所述无细胞核酸是DNA。
139.根据权利要求116-133所述的方法，其中所述无细胞核酸是RNA。
140.根据权利要求116-133所述的方法，其中所述无细胞核酸是DNA和RNA。
141.根据权利要求136所述的方法，其中所述疾病是癌症或癌前期。
142.根据权利要求116-133所述的方法，该方法进一步包括疾病的诊断或治疗。
143.一种方法，其包括：
a.提供至少一组标记的亲本多核苷酸，并且对于各组标记的亲本多核苷酸；
b.扩增该组中的标记的亲本多核苷酸，以产生相应的一组扩增的子代多核苷酸；
c.对该组扩增的子代多核苷酸的亚组(包括真亚组)进行测序，以产生一组测序阅读值；
d.分解该组测序阅读值，以产生一组共有序列，各个共有序列对应于该组标记的亲本多核苷酸中的独特多核苷酸；以及
e.从所述共有序列中过滤掉未满足质量阈值的那些。
144.根据权利要求143所述的方法，其中所述质量阈值考虑来自分解成共有序列的扩增子代多核苷酸的序列阅读值的数目。
145.根据权利要求143所述的方法，其中所述质量阈值考虑分解成共有序列的来自扩增的子代多核苷酸的序列阅读值的数目。
146.一种包含计算机可读介质的系统，该计算机可读介质用于执行权利要求143-145中任一项的方法。
147.一种方法，其包括：
a.提供至少一组标记的亲本多核苷酸，其中各组定位至一个或多个基因组中的参考序列的不同可定位位置，并且对于各组标记的亲本多核苷酸；
i.扩增第一多核苷酸，以产生一组扩增的多核苷酸；
ii.对该组扩增的多核苷酸的亚组进行测序，以产生一组测序阅读值；以及
iii.通过以下步骤分解所述测序阅读值：
1.将从扩增的子代多核苷酸测序的序列阅读值分组成家族，各个家族从相同的标记亲本多核苷酸扩增。
148.根据权利要求147所述的方法，其中分解进一步包括：
2.确定在各个家族中的序列阅读值的定量度量。
149.根据权利要求148所述的方法，其进一步包括：
b.确定独特家族的定量度量；以及
c.基于(1)独特家族的定量度量和(2)各组中的序列阅读值的定量度量，推断在该组中的独特标记亲本多核苷酸的度量。
150.根据权利要求149所述的方法，其中使用统计或概率模型进行推断。
151.根据权利要求149所述的方法，其中所述至少一组是多个组。
152.根据权利要求151所述的方法，其进一步包括校正两组之间的扩增或呈现偏倚。
153.根据权利要求152所述的方法，其进一步包括使用对照或一组对照样品来校正两组之间的扩增或呈现偏倚。
154.根据权利要求151所述的方法，其进一步包括确定所述组之间的拷贝数变异。
155.根据权利要求149所述的方法，其进一步包括：
d.确定所述家族之间的多态性形式的定量度量；以及
e.基于所确定的多态性形式的定量度量，推断在推断的独特标记亲本多核苷酸的数目中的多态性形式的定量度量。
156.根据权利要求155所述的方法，其中多态性形式包括但不限于：置换、插入、缺失、倒位、微卫星改变、颠换、易位、融合、甲基化、过度甲基化、羟甲基化、乙酰化、外遗传变异体、与调节相关的变异体或蛋白质结合位点。
157.根据权利要求149所述的方法，其中所述组源自共同的样品，并且该方法进一步包括：
d.基于定位至参考序列中的多个可定位位置中每一个的各组中标记亲本多核苷酸的推断数目的比较，推断所述多个组的拷贝数变异。
158.根据权利要求157所述的方法，其中进一步推断各组中的多核苷酸的原始数目。
159.根据权利要求147所述的方法，其中各组中的标记亲本多核苷酸中的至少一个亚组为非独特地标记的。
160.一种包含计算机可读介质的系统，该计算机可读介质包含机器可执行代码，该机器可执行代码在被计算机处理器执行时实现权利要求147-158中任一项的方法。
161.一种确定包含多核苷酸的样品中的拷贝数变异的方法，该方法包括：
a.提供至少两组第一多核苷酸，其中各组定位至基因组中的参考序列的不同可定位位置，并且对于各组第一多核苷酸；
i.扩增所述多核苷酸，以产生一组扩增的多核苷酸；
ii.对该组扩增的多核苷酸的亚组进行测序，以产生一组测序阅读值；
iii.将从扩增的多核苷酸测序的序列阅读值分组成家族，各个家族从所述组中的相同的第一多核苷酸扩增；
iv.推断所述组中的家族的定量度量；以及
b.通过比较各组中的家族的定量度量来确定拷贝数变异。
162.一种包含计算机可读介质的系统，该计算机可读介质包含机器可执行代码，该机器可执行代码在被计算机处理器执行时实现权利要求161的方法。
163.一种推断多核苷酸样品中的序列判定频率的方法，该方法包括：
a.提供至少一组第一多核苷酸，其中各组定位至一个或多个基因组中的参考序列的不同可定位位置，并且对于各组第一多核苷酸；
i.扩增第一多核苷酸，以产生一组扩增的多核苷酸；
ii.对该组扩增的多核苷酸的亚组进行测序，以产生一组测序阅读值；
iii.将所述序列阅读值分组成家族，各个家族包含从相同的第一多核苷酸扩增的扩增多核苷酸的序列阅读值；
b.对于各组第一多核苷酸，推断对在该组第一多核苷酸中的一个或多个碱基的判定频率，其中推断包括：
i.针对各个家族，对多个判定中的每一个判定分配置信得分，该置信得分考虑该家族的成员之间的判定频率；以及
ii.考虑分配给每个家族的一个或多个判定的置信得分，来估算一个或多个判定的频率。
164.一种包含计算机可读介质的系统，该计算机可读介质包含机器可执行代码，该机器可执行代码在被计算机处理器执行时实现权利要求163的方法。
165.一种对关于至少一个单个多核苷酸分子的序列信息进行通信的方法，该方法包括：
a.提供至少一个单个多核苷酸分子；
b.编码所述至少一个单个多核苷酸分子中的序列信息，以产生信号；
c.使该信号的至少一部分通过通道，以产生包含关于所述至少一个单个多核苷酸分子的核苷酸序列信息的接收信号，其中该接收信号包含噪声和/或畸变；
d.解码该接收信号，以产生包含关于所述至少一个单个多核苷酸分子的序列信息的消息，其中解码减少了该消息中关于各个单个多核苷酸的噪声和/或畸变；以及e.将包含关于所述至少一个单个多核苷酸分子的序列信息的消息提供至接收者。
166.根据权利要求165所述的方法，其中所述噪声包含不正确的核苷酸判定。
167.根据权利要求165所述的方法，其中畸变包含所述单个多核苷酸分子与其它单个多核苷酸分子相比的不均匀扩增。
168.根据权利要求167所述的方法，其中畸变是由扩增或测序偏倚导致的。
169.根据权利要求165所述的方法，其中所述至少一个单个多核苷酸分子是多个单个多核苷酸分子，并且解码产生关于所述多个分子中的每一个分子的消息。
170.根据权利要求165所述的方法，其中编码包括扩增已经任选地标记的所述至少一个单个多核苷酸分子，其中所述信号包括扩增的分子的集合。
171.根据权利要求165所述的方法，其中所述通道包括多核苷酸测序仪且所述接收信号包括从所述至少一个单个多核苷酸分子扩增的多个多核苷酸的序列阅读值。
172.根据权利要求165所述的方法，其中解码包括将从至少一个单个多核苷酸分子中的每一个扩增的扩增分子的序列阅读值进行分组。
173.根据权利要求169所述的方法，其中解码由过滤所生成的序列信号的概率或统计方法组成。
174.一种包含计算机可读介质的系统，该计算机可读介质包含机器可执行代码，该机器可执行代码在被计算机处理器执行时实现权利要求165-173中任一项的方法。
175.根据权利要求143-145、147-159和161中任一项所述的方法，其中所述多核苷酸源自肿瘤基因组DNA或RNA。
176.根据权利要求143-175中任一项所述的方法，其中所述多核苷酸源自无细胞的多核苷酸、核外多核苷酸、细菌多核苷酸或病毒多核苷酸。
177.根据权利要求1-3或143-175中任一项所述的方法，其进一步包括受影响的分子通路的检测和/或关联。
178.根据权利要求1-3或143-175中任一项所述的方法，其进一步包括连续监测个体的健康或疾病状态。
179.根据权利要求1-3或143-175中任一项所述的方法，由此推断个体内与疾病相关的基因组的种系发生。
180.根据权利要求1-3或143-175中任一项所述的方法，其进一步包括疾病的诊断、监测或治疗。
181.根据权利要求180所述的方法，其中基于检测到的多态性形式或CNV或相关的通路来选择或修改治疗方案。
182.根据权利要求180或181所述的方法，其中所述治疗包括联合疗法。
183.根据权利要求179所述的方法，其中所述诊断进一步包括使用诸如CT-扫描、PET-CT、MRI、超声、微泡超声等放射线照相技术定位疾病。
184.一种包含非暂时性机器可执行代码的计算机可读介质，该非暂时性机器可执行代码在被计算机处理器执行时实现一种方法，该方法包括：
选择在基因组中的预定义区域；
访问序列阅读值并对该预定义区域中的序列阅读值数目进行计数；
对在该预定义区域上的序列阅读值的数目进行归一化；以及
确定在该预定义区域中的拷贝数变异的百分比。
185.一种包含非暂时性机器可执行代码的计算机可读介质，该非暂时性机器可执行代码在被计算机处理器执行时实现一种方法，该方法包括：
a.访问包含多个测序阅读值的数据文件；
b.过滤掉未满足所设定的阈值的阅读值；
c.将从测序得到的序列阅读值定位至参考序列上；
d.鉴别在各个可定位的碱基位置处与参考序列的变异体对准的被定位序列阅读值的亚组；
e.对于各个可定位的碱基位置，计算出(a)与参考序列相比包含变异体的被定位序列阅读值的数目与(b)各个可定位碱基位置的序列阅读值总数的比值；
f.将各个可定位碱基位置的变异的比值或频率进行归一化并确定潜在的稀有变异体或其它遗传改变；以及
g.将具有潜在的稀有变异体或突变的各个区域的所得数目与从参考样品类似地得到的数目进行比较。
186.一种包含非暂时性机器可执行代码的计算机可读介质，该非暂时性机器可执行代码在被计算机处理器执行时实现一种方法，该方法包括：
a.访问包含多个测序阅读值的数据文件，其中所述序列阅读值源自从至少一组标记的亲本多核苷酸扩增的一组子代多核苷酸；以及
b.分解该组测序阅读值，以产生一组共有序列，各个共有序列对应于该组标记的亲本多核苷酸中的独特多核苷酸。
187.一种包含非暂时性机器可执行代码的计算机可读介质，该非暂时性机器可执行代码在被计算机处理器执行时实现一种方法，该方法包括：
a.访问包含多个测序阅读值的数据文件，其中所述序列阅读值源自从至少一组标记的亲本多核苷酸扩增的一组子代多核苷酸；
b.分解该组测序阅读值，以产生一组共有序列，各个共有序列对应于该组标记的亲本多核苷酸中的独特多核苷酸；
c.从所述共有序列中过滤掉未满足质量阈值的那些。
188.一种包含非暂时性机器可执行代码的计算机可读介质，该非暂时性机器可执行代码在被计算机处理器执行时实现一种方法，该方法包括：
a.访问包含多个测序阅读值的数据文件，其中所述序列阅读值源自从至少一组标记的亲本多核苷酸扩增的一组子代多核苷酸；以及
i.通过以下步骤分解所述序列阅读值：
1.将从扩增的子代多核苷酸测序的序列阅读值分组成家族，各个家族从相同的标记亲本多核苷酸扩增，以及任选地，
2.确定各个家族中序列阅读值的定量度量。
189.根据权利要求188所述的计算机可读介质，其中所述可执行代码在被计算机处理器执行时进一步执行以下步骤：
b.确定独特家族的定量度量；
c.基于(1)独特家族的定量度量和(2)各组中的序列阅读值的定量度量，推断在该组中的独特标记的亲本多核苷酸的度量。
190.根据权利要求189所述的计算机可读介质，其中所述可执行代码在被计算机处理器执行时进一步执行以下步骤：
d.确定所述家族之间的多态性形式的定量度量；以及
e.基于所确定的多态性形式的定量度量，推断在推断的独特标记亲本多核苷酸的数目中的多态性形式的定量度量。
191.一种包含非暂时性机器可执行代码的计算机可读介质，该非暂时性机器可执行代码在被计算机处理器执行时实现一种方法，该方法包括：
a.访问包含多个测序阅读值的数据文件，其中所述序列阅读值源自从至少一组标记的亲本多核苷酸扩增的一组子代多核苷酸；将从扩增的多核苷酸测序的序列阅读值分组成家族，各个家族从所述组中的相同的第一多核苷酸扩增；
b.推断该组中的家族的定量度量；
c.通过比较各组中的家族的定量度量来确定拷贝数变异。
192.一种包含非暂时性机器可执行代码的计算机可读介质，该非暂时性机器可执行代码在被计算机处理器执行时实现一种方法，该方法包括：
a.访问包含多个测序阅读值的数据文件，其中所述序列阅读值源自从至少一组标记的亲本多核苷酸扩增的一组子代多核苷酸；将所述序列阅读值分组成家族，各个家族包含从相同的第一多核苷酸扩增的扩增多核苷酸的序列阅读值；
b.对于各组第一多核苷酸，推断对在该组第一多核苷酸中的一个或多个碱基的判定频率，其中推断包括：
c.针对各个家族，对多个判定中的每一个判定分配置信得分，该置信得分考虑该家族的成员之间的判定频率；以及
d.考虑分配给每个家族的一个或多个判定的置信得分，来估算一个或多个判定的频率。
193.一种包含非暂时性机器可执行代码的计算机可读介质，该非暂时性机器可执行代码在被计算机处理器执行时实现一种方法，该方法包括：
a.访问包含接收信号的数据文件，该接收信号包含来自至少一个单个多核苷酸分子的编码的序列信息，其中所述接收信号包含噪声和/或畸变；
b.解码所述接收信号，以产生包含关于所述至少一个单个多核苷酸分子的序列信息的消息，其中解码减少了该消息中关于各个单个多核苷酸的噪声和/或畸变；以及c.将包含关于所述至少一个单个多核苷酸分子的序列信息的消息写入计算机文件。
194.一种包含非暂时性机器可执行代码的计算机可读介质，该非暂时性机器可执行代码在被计算机处理器执行时实现一种方法，该方法包括：
a.访问包含多个测序阅读值的数据文件，其中所述序列阅读值源自从至少一组标记的亲本多核苷酸扩增的一组子代多核苷酸；
b.分解该组测序阅读值，以产生一组共有序列，各个共有序列对应于该组标记的亲本多核苷酸中的独特多核苷酸；以及
c.从所述共有序列中过滤掉未满足质量阈值的那些。
195.一种包含非暂时性机器可执行代码的计算机可读介质，该非暂时性机器可执行代码在被计算机处理器执行时实现一种方法，该方法包括：
a.访问包含多个测序阅读值的数据文件，其中所述序列阅读值源自从至少一组标记的亲本多核苷酸扩增的一组子代多核苷酸；以及
b.通过以下步骤分解该序列阅读值：
i.将从扩增的子代多核苷酸测序的序列阅读值分组成家族，各个家族从相同的标记亲本多核苷酸扩增；以及
ii.任选地确定各个家族中序列阅读值的定量度量。
196.根据权利要求195所述的计算机可读介质，其中所述可执行代码在被计算机处理器执行时进一步执行以下步骤：
c.确定独特家族的定量度量；
d.基于(1)独特家族的定量度量和(2)各组中的序列阅读值的定量度量，推断在该组中的独特标记亲本多核苷酸的度量。
197.根据权利要求196所述的计算机可读介质，其中所述可执行代码在被计算机处理器执行时进一步执行以下步骤：
e.确定所述家族之间的多态性形式的定量度量；以及
f.基于所确定的多态性形式的定量度量，推断在推断的独特标记亲本多核苷酸的数目中的多态性形式的定量度量。
198.根据权利要求196所述的计算机可读介质，其中所述可执行代码在被计算机处理器执行时进一步执行以下步骤：
e.基于定位至多个参考序列中的每一个的各组中的标记亲本多核苷酸的推断数目的比较，来推断所述多个组的拷贝数变异。
199.一种包含非暂时性机器可执行代码的计算机可读介质，该非暂时性机器可执行代码在被计算机处理器执行时实现一种方法，该方法包括：
a.访问包含多个测序阅读值的数据文件，其中所述序列阅读值源自从至少一组标记的亲本多核苷酸扩增的一组子代多核苷酸；
b.将从扩增的多核苷酸测序的序列阅读值分组成家族，各个家族从所述组中的相同的第一多核苷酸扩增；
c.推断该组中的家族的定量度量；以及
d.通过比较各组中的家族的定量度量来确定拷贝数变异。
200.一种包含非暂时性机器可执行代码的计算机可读介质，该非暂时性机器可执行代码在被计算机处理器执行时实现一种方法，该方法包括：
a.访问包含多个测序阅读值的数据文件，其中所述序列阅读值源自从至少一组标记的亲本多核苷酸扩增的一组子代多核苷酸；将所述序列阅读值分组成家族，各个家族包含从相同的第一多核苷酸扩增的扩增多核苷酸的序列阅读值；以及
b.对于各组第一多核苷酸，推断对在该组第一多核苷酸中的一个或多个碱基的判定频率，其中推断包括：
i.针对各个家族，对多个判定中的每一个判定分配置信得分，该置信得分考虑家族成员之间的判定频率；以及
ii.考虑分配给每个家族的一个或多个判定的置信得分，来估算一个或多个判定的频率。
201.一种组合物，其包含100至100,000个人单倍体基因组当量的cfDNA多核苷酸，其中所述多核苷酸用2至1,000,000个独特标识符标记。
202.根据权利要求201所述的组合物，其包含1000至50,000个单倍体人基因组当量的cfDNA多核苷酸，其中所述多核苷酸用2至1,000个独特标识符标记。
203.根据权利要求201所述的组合物，其中所述独特标识符包含核苷酸条形码。
204.一种方法，其包括：
a.提供包含100至100,000个单倍体人基因组当量的cfDNA多核苷酸的样品；以及b.用2至1,000,000个独特标识符标记所述多核苷酸。
205.一种方法，其包括：
a.提供包含多个人单倍体基因组当量的片段化多核苷酸的样品；
b.确定z，其中z是在基因组中任何位置开始的重复多核苷酸的预期数目的居中趋势度量(例如，平均值、中位数或众数)，其中重复多核苷酸具有相同的启动和终止位置；以及c.用n个独特标识符标记样品中的多核苷酸，其中n是2至100,000*z、2至10,000*z、
2至1,000*z或2至100*z。
206.一种方法，其包括：
a.提供至少一组标记的亲本多核苷酸，并且对于各组标记的亲本多核苷酸；
b.对该组中的各个标记的亲本多核苷酸产生多个序列阅读值，以产生一组测序阅读值；以及
c.分解该组测序阅读值，以生成一组共有序列，各个共有序列对应于该组标记的亲本多核苷酸中的独特多核苷酸。