拟肽大环化合物及其用途
阅读：34发布：2022-01-02
专利汇可以提供拟肽大环化合物及其用途专利检索，专利查询，专利分析的服务。并且本 发明 提供了 治疗 受试者中被确定为缺乏p53灭活突变的液体癌的方法。还提供了用于治疗受试者中被确定为缺乏p53灭活突变的液体癌的拟肽大环化合物。，下面是拟肽大环化合物及其用途专利的具体信息内容。
1.一种治疗有需要的人类受试者中被确定为缺乏p53灭活突变的液体肿瘤的方法，其中该方法包括向该人类受试者施用包含治疗有效量的拟肽大环化合物或其药学上可接受的盐的药物组合物，其中该拟肽大环化合物与MDM2和/或MDMX蛋白结合。
2.一种治疗有需要的人类受试者中缺乏p53灭活突变的液体肿瘤的方法，其中该方法包括向该人类受试者施用包含治疗有效量的拟肽大环化合物或其药学上可接受的盐的药物组合物，其中该拟肽大环化合物与MDM2和/或MDMX蛋白结合。
3.一种治疗有需要的人类受试者中的在p53基因中具有p53灭活突变的液体肿瘤的方法，其中该方法包括向该人类受试者施用包含治疗有效量的拟肽大环化合物或其药学上可接受的盐的药物组合物，其中该拟肽大环化合物与MDM2和/或MDMX蛋白结合。
4.一种治疗有需要的人类受试者的液体肿瘤的方法，其中该方法包括向该人类受试者施用包含治疗有效量的拟肽大环化合物或其药学上可接受的盐的药物组合物，其中该拟肽大环化合物与MDM2和/或MDMX蛋白结合，并且其中所述液体肿瘤不是p53蛋白表达阴性的(如表达野生型p53蛋白或具有部分功能性的突变p53蛋白的液体肿瘤)。
5.一种治疗有需要的人类受试者的液体肿瘤的方法，其中该方法包括向该人类受试者施用包含治疗有效量的拟肽大环化合物或其药学上可接受的盐的药物组合物，其中该拟肽大环化合物与MDM2和/或MDMX蛋白结合，并且其中所述液体肿瘤表达具有功能获得突变的p53蛋白(如超级凋亡p53)。
6.一种治疗有需要的人类受试者的液体肿瘤的方法，其中该方法包括向该人类受试者施用包含治疗有效量的拟肽大环化合物或其药学上可接受的盐的药物组合物，其中该拟肽大环化合物与MDM2和/或MDMX蛋白结合，并且其中所述液体肿瘤表达具有导致功能部分丧失的突变的p53蛋白。
7.一种治疗有需要的人类受试者的液体肿瘤的方法，其中该方法包括向该人类受试者施用包含治疗有效量的拟肽大环化合物或其药学上可接受的盐的药物组合物，其中该拟肽大环化合物与MDM2和/或MDMX蛋白结合，并且其中所述液体肿瘤中的细胞仅从p53基因的单个基因组拷贝表达p53。
8.一种治疗有需要的人类受试者的液体肿瘤的方法，其中该方法包括向该人类受试者施用包含治疗有效量的拟肽大环化合物或其药学上可接受的盐的药物组合物，其中该拟肽大环化合物与MDM2和/或MDMX蛋白结合，并且其中所述液体肿瘤表达具有一个或多个沉默突变的p53蛋白。
9.一种治疗有需要的人类受试者的液体肿瘤的方法，其中该方法包括向该人类受试者施用包含治疗有效量的拟肽大环化合物或其药学上可接受的盐的药物组合物，其中该拟肽大环化合物与MDM2和/或MDMX蛋白结合，并且其中所述液体肿瘤中的细胞是p53表达阴性的。
10.如权利要求3所述的方法，其中所述液体肿瘤中的细胞在p53基因的一个拷贝中具有p53灭活突变。
11.如权利要求10所述的方法，其中所述液体肿瘤中的细胞在p53基因的第二拷贝中具有第二p53灭活突变。
12.如权利要求11所述的方法，其中所述p53基因的一个拷贝中的p53灭活突变与p53基因的第二拷贝中的第二p53灭活突变相同。
13.如权利要求11所述的方法，其中所述p53基因的一个拷贝中的p53灭活突变与p53基因的第二拷贝中的第二p53灭活突变不同。
14.如权利要求3和10-13中任一项所述的方法，其中所述p53基因中的p53灭活突变导致缺乏从所述p53基因表达p53蛋白，或导致功能部分丧失的部分p53蛋白的表达。
15.如权利要求3和10-13中任一项所述的方法，其中p53基因的第二拷贝中的第二p53灭活突变导致缺乏从所述p53基因表达p53蛋白，或导致功能部分丧失的部分p53蛋白的表达。
16.如权利要求3-15中任一项所述的方法，其中所述液体肿瘤的细胞在p53基因的拷贝中具有至少一个突变，其中与从非突变p53基因的拷贝表达的野生型p53相比，所述突变消除或降低从所述p53基因的拷贝表达的p53蛋白的活性。
17.一种治疗有需要的人类受试者的液体肿瘤的方法，其中该方法包括向该人类受试者施用包含治疗有效量的拟肽大环化合物或其药学上可接受的盐的药物组合物，其中该拟肽大环化合物与MDM2和/或MDMX蛋白结合。
18.如权利要求1-17中任一项所述的方法，其中所述拟肽大环化合物破坏p53与MDM2和MDMX之间的相互作用。
19.如权利要求1-18中任一项所述的方法，其包括在施用所述药物组合物之前确定所述液体肿瘤中缺乏所述p53灭活突变。
20.如权利要求19所述的方法，其中所述确定缺乏p53灭活突变包括确认所述液体肿瘤中存在野生型p53。
21.如权利要求1-18中任一项所述的方法，其包括确定所述液体肿瘤中存在p53功能获得突变。
22.如权利要求2-18中任一项所述的方法，其包括确定所述液体肿瘤中存在p53的灭活突变。
23.如权利要求2-18中任一项所述的方法，其包括确定所述液体肿瘤中存在p53的拷贝丢失突变。
24.如权利要求2-18中任一项所述的方法，其包括确定所述液体肿瘤中存在P53的功能部分丧失突变。
25.如权利要求1-24中任一项所述的方法，其进一步包括在施用所述药物组合物之前确认所述液体肿瘤中缺乏p53灭活突变。
26.如权利要求25所述的方法，其中所述确认缺乏p53灭活突变包括确认所述液体肿瘤中存在野生型p53。
27.如权利要求1-18中任一项所述的方法，其包括确认所述液体肿瘤中存在p53功能获得突变。
28.如权利要求2-18中任一项所述的方法，其包括确认所述液体肿瘤中存在p53的灭活突变。
29.如权利要求2-18中任一项所述的方法，其包括确认所述液体肿瘤中存在p53的拷贝丢失突变。
30.如权利要求2-18中任一项所述的方法，其包括确认所述液体肿瘤中存在P53的功能部分丧失突变。
31.如权利要求19-30中任一项所述的方法，其中所述确定或确认在施用所述药物组合物之前1-15个月内进行。
32.如权利要求19-30中任一项所述的方法，其中所述确定或确认在施用所述药物组合物之前1-12个月内进行。
33.如权利要求19-30中任一项所述的方法，其中所述确定或确认在施用所述药物组合物之前1-3个月内进行。
34.如权利要求19-30中任一项所述的方法，其中所述确定或确认在施用所述药物组合物之前1个月内进行。
35.如权利要求19-30中任一项所述的方法，其中所述确定或确认在施用所述药物组合物之前21天内进行。
36.如权利要求19-30中任一项所述的方法，其中所述确定或确认在施用所述药物组合物之前最多约1年内进行。
37.如权利要求19-30中任一项所述的方法，其中所述确定或确认在施用所述药物组合物之前最多约2年内进行。
38.如权利要求19-30中任一项所述的方法，其中所述确定或确认在施用所述药物组合物之前最多约3年内进行。
39.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述治疗导致所述人类受试者中p53途径的重新激活、液体癌细胞增殖减少、p53蛋白增加、p21增加和/或凋亡增加。
40.如权利要求1-39中任一项所述的方法，其中所述药物组合物每周施用两次或三次。
41.如权利要求1-39中任一项所述的方法，其中所述药物组合物每周施用两次。
42.如权利要求1-39中任一项所述的方法，其中所述药物组合物每2或3周施用一次。
43.如权利要求1-39中任一项所述的方法，其中所述药物组合物每1或2周施用一次。
44.如权利要求1-39中任一项所述的方法，其中所述药物组合物在21天周期的第1天、第4天、第8天和第11天施用。
45.如权利要求1-39中任一项所述的方法，其中所述药物组合物在28天周期的第1天、第8天和第15天施用。
46.如权利要求1-45中任一项所述的方法，其中所述治疗有效量为每千克人类受试者体重约0.5-约30mg。
47.如权利要求1-45中任一项所述的方法，其中所述治疗有效量为每千克人类受试者体重约0.5-约20mg。
48.如权利要求1-45中任一项所述的方法，其中所述治疗有效量为每千克人类受试者体重约0.5-约10mg。
49.如权利要求1-45中任一项所述的方法，其中所述治疗有效量为每千克人类受试者体重约0.04mg、约0.08mg、约0.16mg、约0.32mg、约0.64mg、约1.25mg、约1.28mg、约1.92mg、约2.5mg、约3.56mg、约3.75mg、约5.0mg、约7.12mg、约7.5mg、约10mg、约14.24mg、约15mg、约
20mg或约30mg。
50.如权利要求1-45中任一项所述的方法，其中所述治疗有效量为每千克人类受试者体重约1.92mg、约3.75mg、约7.5mg、约15.0mg或约30.0mg，并且所述药物组合物每周施用两次。
51.如权利要求1-45中任一项所述的方法，其中所述治疗有效量为每千克人类受试者体重约1.28mg、约2.56mg、约5.0mg、约10mg或约20mg，并且所述药物组合物每周施用两次。
52.如权利要求1-45中任一项所述的方法，其中所述治疗有效量为每千克人类受试者体重约1.92mg、约3.75mg、约7.5mg、约15.0mg或约30.0mg，并且所述药物组合物每周施用一次。
53.如权利要求1-45中任一项所述的方法，其中所述治疗有效量为每千克人类受试者体重约1.28mg、约2.56mg、约5.0mg、约10mg或约20mg，并且所述药物组合物每周施用一次。
54.如权利要求1-45中任一项所述的方法，其中所述治疗有效量为每千克人类受试者体重约1.92mg、约3.75mg、约7.5mg、约15.0mg或约30.0mg，并且所述药物组合物每天施用一次，在七天期间施用三次、五次或七次。
55.如权利要求54所述的方法，其中所述药物组合物每天静脉内施用一次，在七天期间施用七次。
56.如权利要求1-45中任一项所述的方法，其中所述治疗有效量为每千克人类受试者体重约1.28mg、约2.56mg、约5.0mg、约10mg或约20mg，并且所述药物组合物每天施用一次，在七天期间施用三次、五次或七次。
57.如权利要求56所述的方法，其中所述药物组合物每天静脉内施用一次，在七天期间施用七次。
58.如权利要求1-57中任一项所述的方法，其中所述药物组合物在0.25h、0.5h、1h、2h、
3h、4h、5h、6h、7h、8h、9h、10h、11h或12h的时期内施用。
59.如权利要求1-57中任一项所述的方法，其中所述药物组合物在0.25-2.0h的时期内施用。
60.如权利要求1-57中任一项所述的方法，其中所述药物组合物在1h的时期内逐渐施用。
61.如前述权利要求1-57中任一项所述的方法，其中所述药物组合物在2h的时期内逐渐施用。
62.如权利要求1-61中任一项所述的方法，其中所述治疗导致在治疗开始后1个月时期内液体癌细胞的数目减少约95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、
45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％或5％。
63.如权利要求1-61中任一项所述的方法，其中所述治疗导致在治疗开始后1个月时期内液体癌细胞的数目减少至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％。
64.如权利要求1-61中任一项所述的方法，其中所述治疗导致在治疗开始后1年时期内液体癌细胞的数目减少约95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、45％、
40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％或5％。
65.如权利要求1-61中任一项所述的方法，其中所述治疗导致在治疗开始后1年时期内液体癌细胞的数目减少至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％。
66.如权利要求1-61中任一项所述的方法，其中所述治疗导致在治疗开始后6个月时期内液体癌细胞的数目减少约95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、
45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％或5％。
67.如权利要求1-61中任一项所述的方法，其中所述治疗导致在治疗开始后6个月时期内液体癌细胞的数目减少至少60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％。
68.如权利要求1-61中任一项所述的方法，其中所述治疗导致在治疗开始后3个月时期内液体癌细胞的数目减少约95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、
45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％或5％。
69.如权利要求1-61中任一项所述的方法，其中所述治疗导致在治疗开始后3个月时期内液体癌细胞的数目减少至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％或至少95％。
70.如权利要求62-69中任一项所述的方法，其中所述液体癌是稳定的疾病。
71.如权利要求1-70中任一项所述的方法，其中所述治疗导致与如果所述人类受试者未用所述药物组合物治疗时该人类受试者的预期存活时间相比，该人类受试者的存活时间增加。
72.如权利要求71所述的方法，其中所述人类受试者的存活时间的增加为至少30天。
73.如权利要求71所述的方法，其中所述人类受试者的存活时间的增加为至少3个月。
74.如权利要求71所述的方法，其中所述人类受试者的存活时间的增加为至少6个月。
75.如权利要求71所述的方法，其中所述人类受试者的存活时间的增加为至少1年。
76.如权利要求1-75中任一项所述的方法，其中所述药物组合物的体内循环半衰期为约1h、约2h、约3h、约4h、约5h、约6h、约7h、约8h、约9h、约10h或约12h。
77.如权利要求1-75中任一项所述的方法，其中所述药物组合物的体内循环半衰期为约4h。
78.如权利要求1-75中任一项所述的方法，其中所述药物组合物的体内循环半衰期为约6h。
79.如权利要求1-78中任一项所述的方法，其中所述药物组合物的生物组织半衰期为约1h、约2h、约3h、约4h、约5h、约6h、约7h、约8h、约9h、约10h或约12h。
80.如权利要求1-78中任一项所述的方法，其中所述药物组合物的生物组织半衰期为约10h。
81.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述人类受试者对所述液体癌的一种或多种其他治疗而言是难治性的和/或无法忍受的。
82.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述人类受试者已经历至少一次不成功的针对所述液体癌的既往治疗和/或疗法。
83.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述液体癌表达野生型p53蛋白。
84.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述液体癌选自液体淋巴瘤、白血病和骨髓瘤。
85.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述液体癌是液体淋巴瘤。
86.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述液体癌是白血病。
87.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述液体癌是骨髓瘤。
88.如权利要求84-87中任一项所述的方法，其中所述液体癌不是HPV阳性的癌症。
89.如权利要求84所述的方法，其中所述液体癌不是HPV阳性的宫颈癌、HPV阳性的肛门癌或HPV阳性的头颈癌，如口咽癌。
90.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中静脉内施用所述药物组合物。
91.如前述权利要求中任一项所述的方法，其进一步包括除所述药物组合物之外还向所述人类受试者施用治疗有效量的至少一种额外的治疗剂和/或治疗程序。
92.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述人类受试者对所述治疗表现出完全响应。
93.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述人类受试者对所述治疗表现出部分响应。
94.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述液体癌是进行性疾病。
95.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述液体癌是稳定的疾病。
96.如前述权利要求中任一项所述的方法，其进一步包括确定所施用的药物组合物的临床活性。
97.如权利要求96所述的方法，其中所述临床活性通过选自计算机断层扫描(CT)、磁共振成像(MRI)和骨扫描的成像方法来确定。
98.如前述权利要求中任一项所述的方法，其进一步包括在一个或多个特定时间点从所述人类受试者获得生物样品，并用分析程序分析该生物样品。
99.如权利要求98所述的方法，其中所述分析程序是血液化学分析、染色体易位分析、针吸活检、组织活检、荧光原位杂交、实验室生物标志物分析、免疫组织化学染色法、流式细胞术，或它们的组合。
100.如权利要求98所述的方法，其进一步包括将所述分析程序的结果制表和/或作图。
101.如权利要求98所述的方法，其中所述一个或多个特定时间点包括在向所述人类受试者施用所述药物组合物之前的时间点。
102.如权利要求98所述的方法，其中所述一个或多个特定时间点包括在向所述人类受试者施用所述药物组合物之后的时间点。
103.如权利要求108所述的方法，其中所述一个或多个特定时间点可包括在向所述人类受试者施用所述药物组合物之前的时间点和之后的时间点。
104.如权利要求103所述的方法，其进一步包括比较在向所述人类受试者施用所述药物组合物之前和之后收集的生物样品。
105.如权利要求98所述的方法，其中所述一个或多个特定时间点包括在向所述人类受试者施用所述药物组合物之前和之后的多个时间点。
106.如权利要求105所述的方法，其进一步包括比较在所述多个时间点收集的生物样品。
107.如权利要求98所述的方法，其中所述生物样品用于生物标志物评估。
108.如权利要求98所述的方法，其中所述生物样品用于药代动力学评价。
109.如权利要求108所述的方法，其中所述药代动力学评价包括研究所述生物样品中的拟肽大环化合物和/或其代谢物在特定时间点的水平。
110.如权利要求109所述的方法，其中所述生物样品是血液样品或骨髓样品。
111.如权利要求98所述的方法，其中所述生物样品用于药效学评价。
112.如权利要求111所述的方法，其中所述药效学评价包括研究所述生物样品中的p53、MDM2、MDMX、p21和/或胱天蛋白酶在特定时间点的水平。
113.如权利要求112所述的方法，其中所述生物样品是液体癌细胞样本。
114.如权利要求98所述的方法，其中所述生物样品用于免疫原性测定。
115.如前述权利要求中任一项所述的方法，其进一步包括在向所述人类受试者施用所述药物组合物之前选择和/或鉴别该人类受试者中的至少一种循环肿瘤细胞(CTC)或单核血细胞(MNBC)。
116.如权利要求115所述的方法，其进一步包括在一个或多个特定时间点测量循环肿瘤细胞(CTC)或单核血细胞(MNBC)的数目，其中该循环肿瘤细胞(CTC)或单核血细胞(MNBC)的数目是在特定时间点所述至少一种循环肿瘤细胞(CTC)或单核血细胞(MNBC)的总数。
117.如权利要求116所述的方法，其进一步包括测量基线直径总和，其中所述基线直径总和是在向所述人类受试者施用所述药物组合物之前所述至少一种循环肿瘤细胞(CTC)或单核血细胞(MNBC)的直径的总和。
118.如权利要求115所述的方法，其中所述治疗导致所述至少一种循环肿瘤细胞(CTC)或单核血细胞(MNBC)消失。
119.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中在所述治疗之后，CTC和/或MNBC的数目减少。
120.如权利要求117所述的方法，其中所述一个或多个特定时间点包括所述治疗之后的时间点。
121.如权利要求120所述的方法，其中在所述治疗后的时间点的CTC和/或MNBC的数目比CTC和/或MNBC的基线数目至少少30％。
122.如权利要求117所述的方法，其中以CTC和/或MNBC的基线数目为参考，所述治疗既不导致所述一个或多个特定时间点的CTC和/或MNBC数目充分增加，也不导致其充分减少。
123.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述拟肽大环化合物不是细胞色素p450同种型的抑制剂。
124.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述治疗基本不导致剂量限制的血小板减少症。
125.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述治疗基本不在正常造血器官和/或组织中产生不良反应。
126.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述治疗基本不在所述人类受试者中产生可能、或许或必定与所述药物组合物施用有关的不良事件。
127.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述治疗基本不在所述人类受试者中产生可能、或许或必定与所述药物组合物施用有关的严重不良事件。
128.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中通过对编码p53蛋白的核酸进行DNA测序来确定所述液体癌中缺乏p53灭活突变。
129.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中通过基于RNA阵列的检测来确定所述液体癌中缺乏p53灭活突变。
130.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中通过RNA分析来确定所述液体癌中缺乏p53灭活突变。
131.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中通过聚合酶链反应(PCR)来确定所述液体癌中缺乏p53灭活突变。
132.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述p53灭活突变包括在所述蛋白质的DNA结合域中的突变。
133.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述p53灭活突变包括错义突变。
134.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述p53灭活突变为显性灭活突变。
135.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述p53灭活突变包括选自V173L、R175H、G245C、R248W、R249S和R273H的一个或多个突变。
136.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述p53灭活突变包括表1中所示的一个或多个突变。
137.一种治疗人类受试者中被确定为缺乏p53灭活突变的液体癌的方法，其中该方法包括在28天周期的第1天、第8天和第15天向所述人类受试者施用每千克人类受试者体重
0.5-20mg的拟肽大环化合物或其药学上可接受的盐。
138.如权利要求137所述的方法，其中向所述人类受试者施用每千克人类受试者体重
0.5-10mg的所述拟肽大环化合物或其药学上可接受的盐。
139.如权利要求137所述的方法，其中在第8天和/或第15天输入的所述拟肽大环化合物的量大于在第1天输入的所述拟肽大环化合物的量。
140.如权利要求137所述的方法，其中在第8天和/或第15天输入的所述拟肽大环化合物的量等于在第1天输入的所述拟肽大环化合物的量。
141.如权利要求137所述的方法，其中在第1天和/或第8天输入的所述拟肽大环化合物的量大于在第15天输入的所述拟肽大环化合物的量。
142.如权利要求137所述的方法，其中在第1天、第8天和第15天施用等量的所述拟肽大环化合物。
143.如权利要求137-142中任一项所述的方法，其中所述28天周期重复2次或3次。
144.一种治疗人类受试者中被确定为缺乏p53灭活突变的液体癌的方法，其中该方法包括在21天周期的第1天、第4天、第8天和第11天向该人类受试者施用每千克人类受试者体重0.25-10mg的拟肽大环化合物或其药学上可接受的盐。
145.如权利要求144所述的方法，其中向所述人类受试者施用每千克人类受试者体重
0.25-5mg的拟肽大环化合物或其药学上可接受的盐。
146.如权利要求144所述的方法，其中在第4天、第8天和/或第11天输入的所述拟肽大环化合物的量大于在第1天施用的所述拟肽大环化合物的量。
147.如权利要求144所述的方法，其中在第4天、第8天和/或第11天输入的所述拟肽大环化合物的量等于在第1天施用的所述拟肽大环化合物的量。
148.如权利要求144所述的方法，其中在第1天、第4天和/或第8天输入的所述拟肽大环化合物的量大于在第11天施用的所述拟肽大环化合物的量。
149.如权利要求144所述的方法，其中在第1天、第4天、第8天和第151天施用等量的所述拟肽大环化合物。
150.如权利要求144-149中任一项所述的方法，其中所述21天周期重复2次或3次。
151.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述拟肽大环化合物包含与表3、表
3a、表3b和表3c任一个中的氨基酸序列至少约60％、约70％、约80％、约90％或约95％相同的氨基酸序列，其中该拟肽大环化合物具有下式：
其中：
每个A、C和D独立地为氨基酸；
每个B独立地为氨基酸、 [–NH–L3–CO–]、[–NH–L3–SO2–]或[–NH–L3–]；
每个E独立地为选自Ala(丙氨酸)、D-Ala(D-丙氨酸)、Aib(α-氨基异丁酸)、Sar(N-甲基甘氨酸)和Ser(丝氨酸)的氨基酸。
每个R1和R2独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们为未取代的或被卤素-取代；或者形成连接至所述D或E氨基酸之一的α位置的大环形成连接体L’；
每个R3独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、杂烷基、环烷基、杂环烷基、环烷基烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代；
每个L和L’独立地为式–L1–L2–的大环形成连接体；
每个L3独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚环芳基、亚杂环芳基或[-R4-K-R4-]n，它们各自任选地被R5取代；
每个R4独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基；
每个K独立地为O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；
每个R5独立地为卤素、烷基、–OR6、–N(R6)2、–SR6、–SOR6、–SO2R6、–CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
每个R6独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
每个R7独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代，或是与D残基形成的环状结构的一部分；
每个R8独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代，或是与E残基形成的环状结构的一部分；
每个v独立地为整数；
每个w独立地为3-1000的整数；
u为1-10的整数；
每个x、y和z独立地为0-10的整数；且
每个n独立地为1-5的整数。
152.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述拟肽大环化合物具有下式：
其中：
Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的每一个单独地为氨基酸，其中Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的至少三个是与序列Phe3-X4-His5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10-X11-Ser12或
Phe3-X4-Glu5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10/Cba10-X11-Ala12的相应位置处的氨基酸相同的氨基酸，其中每个X4和X11独立地为氨基酸；
每个D独立地为氨基酸；
每个E独立地为选自Ala(丙氨酸)、D-Ala(D-丙氨酸)、Aib(α-氨基异丁酸)、Sar(N-甲基甘氨酸)和Ser(丝氨酸)的氨基酸；
每个R1和R2独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们为未取代的或被卤素-取代；或者形成连接至所述D或E氨基酸之一的α位置的大环形成连接体L’；
每个L或L’独立地为大环形成连接体
每个R5独立地为卤素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
每个R6独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
每个R7独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代，或是与D残基形成的环状结构的一部分；
每个R8独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代，或是与E残基形成的环状结构的一部分；
v为1-1000的整数；且
w为0-1000的整数。
153.如权利要求151或152所述的方法，其中所述大环形成连接体中的至少一个具有式–L1–L2–，其中
L1和L2独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚环芳基、亚杂环芳基或[-R4-K-R4-]n，它们各自任选地被R5取代；
每个R4独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基；
每个K独立地为O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；
每个R3独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、杂烷基、环烷基、杂环烷基、环烷基烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代；且
n为1-5的整数。
154.如权利要求151所述的方法，其中w为3-1000，例如3-500、3-200、3-100、3-50、3-
30、3-20或3-10的整数。
155.如权利要求151所述的方法，其中Xaa5为Glu或其氨基酸类似物。
156.如权利要求151-155中任一项所述的方法，其中每个E独立地为Ala(丙氨酸)、Ser(丝氨酸)或其类似物。
157.如权利要求151-156中任一项所述的方法，其中[D]v为–Leu1-Thr2。
158.如权利要求151-157中任一项所述的方法，其中w为3-10。
159.如权利要求151-157中任一项所述的方法，其中w为3-6。
160.如权利要求151-157中任一项所述的方法，其中w为6-10。
161.如权利要求151-157中任一项所述的方法，其中w为6。
162.如权利要求151-161中任一项所述的方法，其中v为1-10。
163.如权利要求151-161中任一项所述的方法，其中v为2-10。
164.如权利要求151-161中任一项所述的方法，其中v为2-5。
165.如权利要求151-161中任一项所述的方法，其中v为2。
166.如权利要求151或153所述的方法，其中L1和L2独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚环芳基或亚杂环芳基，它们各自任选地被R5取代。
167.如权利要求151或153所述的方法，其中L1和L2独立地为亚烷基或亚烯基。
168.如权利要求151或152所述的方法，其中L为亚烷基、亚烯基或亚炔基。
169.如权利要求151或152所述的方法，其中L为亚烷基。
170.如权利要求151或152所述的方法，其中L为C3-C16亚烷基。
171.如权利要求151或152所述的方法，其中L为C10-C14亚烷基。
172.如权利要求151中任一项所述的方法，其中R1和R2独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们为未取代的或被卤素-取代。
173.如权利要求151中任一项所述的方法，其中R1和R2为H。
174.如权利要求151中任一项所述的方法，其中R1和R2独立地为烷基。
175.如权利要求151中任一项所述的方法，其中R1和R2为甲基。
176.如权利要求151所述的方法，其中x+y+z＝6。
177.如权利要求151所述的方法，其中u为1。
178.如权利要求151-177中任一项所述的方法，所述拟肽大环化合物包含至少一个为氨基酸类似物的氨基酸。
179.如权利要求151所述的方法，其中所述拟肽大环化合物具有下式：
或其药学上可接受的盐。
180.如权利要求151所述的方法，其中所述拟肽大环化合物具有下式：
或其药学上可接受的盐。
181.如权利要求151所述的方法，其中所述拟肽大环化合物具有下式：
或其药学上可接受的盐。
182.如权利要求151所述的方法，其中所述拟肽大环化合物具有下式：
或其药
学上可接受的盐。
183.如权利要求151所述的方法，其中所述拟肽大环化合物具有下式：
或其药学上可接受的盐。
184.如权利要求151所述的方法，其中所述拟肽大环化合物具有下式：
或其药学上可接受的盐。
185.如权利要求151所述的方法，其中所述拟肽大环化合物具有下式：
或其药学上可接受的盐。
186.如权利要求151所述的方法，其中所述拟肽大环化合物具有下式：
或其药学上可接受的盐。
187.如权利要求151所述的方法，其中所述拟肽大环化合物具有下式：
或其药学上可接受的盐。
188.如权利要求151所述的方法，其中所述拟肽大环化合物具有下式：
或其药学上可接受的盐。
189.如权利要求151所述的方法，其中所述拟肽大环化合物具有下式：
或其药学上可接受的盐。
190.如权利要求151所述的方法，其中所述拟肽大环化合物具有下式：
或其药学上可接受的盐。
191.如权利要求151所述的方法，其中所述拟肽大环化合物具有下式：
或其药学上可接受的盐。
192.如权利要求151所述的方法，其中所述拟肽大环化合物具有下式：
或其药学上可接受的盐。
193.如权利要求151所述的方法，其中所述拟肽大环化合物具有下式：
或其药学上可接受的盐。
194.如权利要求151所述的方法，其中所述拟肽大环化合物具有下式：
或其药学上可接受的盐。
195.如权利要求151所述的方法，其中所述拟肽大环化合物具有下式：
或其药学上可接受的盐。
196.如权利要求151所述的方法，其中所述拟肽大环化合物具有下式：
或其药学上可接受的盐。
197.如权利要求151所述的方法，其中所述拟肽大环化合物具有下式：
或其药学上可接受的盐。
198.如权利要求151所述的方法，其中所述拟肽大环化合物具有下式：
或其药学上可接受的盐。
199.如权利要求151所述的方法，其中所述拟肽大环化合物具有下式：
或其药学上可接受的盐。
200.如权利要求151所述的方法，其中所述拟肽大环化合物具有下式：
或其药学上可接受的盐。
201.如权利要求151所述的方法，其中所述拟肽大环化合物具有下式：
或其药学上可接受的盐。
202.如权利要求151所述的方法，其中所述拟肽大环化合物具有下式：
或其药学上可接受的盐。
203.如权利要求151所述的方法，其中所述拟肽大环化合物具有下式：
或其药学上可接受的盐。
204.如权利要求151所述的方法，其中所述拟肽大环化合物具有下式：
或其药学上可接受的盐。
205.如权利要求151所述的方法，其中所述拟肽大环化合物具有下式：
或其药学上可接受的盐。
206.如权利要求151所述的方法，其中所述拟肽大环化合物具有下式：
或其药学上可接受的盐。
207.如权利要求151所述的方法，其中所述拟肽大环化合物具有下式：
或其药学上可接受的盐。
208.如权利要求151所述的方法，其中所述拟肽大环化合物具有下式：
或其药学上可接受的盐。
209.一种鉴别缺乏p53灭活突变的人类受试者中的一种或多种液体癌生物标志物的方法，其包括向该人类受试者施用治疗有效量的拟肽大环化合物。
210.如权利要求209所述的方法，其中所述生物标志物为p53状态、MDM2表达水平或MDMX表达水平。
拟肽大环化合物及其用途
交叉引用
[0001] 本申请要求2015年3月20日提交的美国临时专利申请号62/136,357和2015年9月24日提交的美国临时专利申请号62/232,275的权益，每一个上述申请的全部内容均通过引用并入本文。
背景技术
[0002] 人转录因子蛋白质p53响应于DNA损伤和细胞应激而诱导细胞周期停滞和凋亡，从而在保护细胞免于恶性转化方面发挥关键作用。E3遍在蛋白连接酶MDM2(也称为HDM2或人双微体2)通过中和p53反式激活活性的直接结合相互作用而负调节p53的功能，导致p53蛋白质从核输出，并经由遍在蛋白化-蛋白酶体途径使p53降解。由缺失、突变或MDM2过表达而引起的p53活性丧失是人类癌症的最常见缺陷。表达野生型p53的肿瘤易受到稳定或提高活性p53浓度的药剂的攻击。在此背景下，已出现了对MDM2活性的抑制，作为经过验证的、用于在体外和体内恢复p53活性并使癌细胞再次对凋亡敏感的方法。MDMX(也称为MDM4、HDM4或人双微体4)最近已被鉴定为p53的相似的负调节剂，并且研究显示在MDM2和MDMX的p53结合界面之间具有显著的结构同源性。也已观察到MDMX在人类肿瘤中过表达。p53-MDM2和p53-MDMX的蛋白质-蛋白质相互作用由p53的同一个15个残基的α螺旋反式激活域介导，所述α螺旋反式激活域插入MDM2和MDMX的表面上的疏水性裂隙内。野生型p53的这个域内的三个残基(F19、W23和L26)对与MDM2和MDMX的结合至关重要。
[0003] 本文提供了能够与p53、MDM2和/或MDMX结合并调节其活性的化合物。本文还提供了包含能调节p53活性的基于p53的拟肽大环化合物的药物制剂。本文还提供了包含能抑制p53、MDM2和/或MDMX蛋白之间相互作用的基于p53的拟肽大环化合物的药物制剂。此外，本文提供了能够用于治疗包括但不限于液体癌和其他高增生性疾病的疾病的方法。发明内容
[0004] 本文描述了治疗有需要的人类受试者中被确定为缺乏p53灭活突变的液体肿瘤的方法，其中该方法包括向该人类受试者施用包含治疗有效量的拟肽大环化合物或其药学上可接受的盐的药物组合物，其中该拟肽大环化合物与MDM2和/或MDMX蛋白结合。
[0005] 本文进一步公开了治疗有需要的人类受试者中缺乏p53灭活突变的液体肿瘤的方法，其中该方法包括向该人类受试者施用包含治疗有效量的拟肽大环化合物或其药学上可接受的盐的药物组合物，其中该拟肽大环化合物与MDM2和/或MDMX蛋白结合。
[0006] 本文进一步公开了治疗有需要的人类受试者中的在p53基因中具有p53灭活突变的液体肿瘤的方法，其中该方法包括向该人类受试者施用包含治疗有效量的拟肽大环化合物或其药学上可接受的盐的药物组合物，其中该拟肽大环化合物与MDM2和/或MDMX蛋白结合。
[0007] 本文进一步公开了治疗有需要的人类受试者的液体肿瘤的方法，其中该方法包括向该人类受试者施用包含治疗有效量的拟肽大环化合物或其药学上可接受的盐的药物组合物，其中该拟肽大环化合物与MDM2和/或MDMX蛋白结合，并且其中所述液体肿瘤不是p53蛋白表达阴性的(如表达野生型p53蛋白或具有部分功能性的突变p53蛋白的液体肿瘤)。
[0008] 本文进一步公开了治疗有需要的人类受试者的液体肿瘤的方法，其中该方法包括向该人类受试者施用包含治疗有效量的拟肽大环化合物或其药学上可接受的盐的药物组合物，其中该拟肽大环化合物与MDM2和/或MDMX蛋白结合，并且其中所述液体肿瘤表达具有功能获得突变的p53蛋白(如超级凋亡p53)。
[0009] 本文进一步公开了治疗有需要的人类受试者的液体肿瘤的方法，其中该方法包括向该人类受试者施用包含治疗有效量的拟肽大环化合物或其药学上可接受的盐的药物组合物，其中该拟肽大环化合物与MDM2和/或MDMX蛋白结合，并且其中所述液体肿瘤表达具有导致功能部分丧失的突变的p53蛋白。
[0010] 本文进一步公开了治疗有需要的人类受试者的液体肿瘤的方法，其中该方法包括向该人类受试者施用包含治疗有效量的拟肽大环化合物或其药学上可接受的盐的药物组合物，其中该拟肽大环化合物与MDM2和/或MDMX蛋白结合，并且其中所述液体肿瘤中的细胞仅从p53基因的单个基因组拷贝中表达p53(例如，其中所述细胞具有拷贝丢失突变，例如单倍性不足的)。
[0011] 本文进一步公开了治疗有需要的人类受试者的液体肿瘤的方法，其中该方法包括向该人类受试者施用包含治疗有效量的拟肽大环化合物或其药学上可接受的盐的药物组合物，其中该拟肽大环化合物与MDM2和/或MDMX蛋白结合，并且其中所述液体肿瘤表达具有一个或多个沉默突变的p53蛋白。
[0012] 本文进一步公开了治疗有需要的人类受试者的液体肿瘤的方法，其中该方法包括向该人类受试者施用包含治疗有效量的拟肽大环化合物或其治疗等效量的药学上可接受的盐的药物组合物，其中该拟肽大环化合物与MDM2和/或MDMX蛋白结合，并且其中所述液体肿瘤中的细胞是p53表达阴性的。
[0013] 在一些实施方案中，所述液体肿瘤中的细胞在p53基因的一个拷贝中具有p53灭活突变。在另一个实施方案中，所述液体肿瘤中的细胞在p53基因的第二拷贝中具有第二p53灭活突变。在另一个实施方案中，所述p53基因的一个拷贝中的p53灭活突变与p53基因的第二拷贝中的第二p53灭活突变相同。在另一个实施方案中，所述p53基因的一个拷贝中的p53灭活突变与p53基因的第二拷贝中的第二p53灭活突变不同。在另一个实施方案中，所述p53基因中的p53灭活突变导致缺乏从所述p53基因表达p53蛋白，或导致功能部分丧失的部分p53蛋白的表达。在另一个实施方案中，p53基因的第二拷贝中的第二p53灭活突变导致缺乏从所述p53基因表达p53蛋白，或导致功能部分丧失的部分p53蛋白的表达。
[0014] 在一些实施方案中，所述液体肿瘤的细胞在p53基因的拷贝中具有至少一个突变，其中与从非突变p53基因的拷贝表达的野生型p53相比，所述突变消除或降低从所述p53基因的拷贝表达的p53蛋白的活性。在另一个实施方案中，在p53基因的拷贝中的所述至少一个突变是非同义突变。在另一个实施方案中，在p53基因的拷贝中的所述至少一个突变是同义突变。在另一个实施方案中，在p53基因的拷贝中的所述至少一个突变是同义突变，其中该同义突变不会改变从所述p53基因的拷贝表达的p53蛋白的氨基酸序列。在另一个实施方案中，在p53基因的拷贝中的所述至少一个突变是同义突变，其中该同义突变增加或降低微RNA与mRNA的结合。在另一个实施方案中，在p53基因的拷贝中的所述至少一个突变是同义突变，其中该同义突变改变(例如，增加或降低)mRNA的半衰期。
[0015] 本文进一步公开了治疗有需要的人类受试者的液体肿瘤的方法，其中该方法包括向该人类受试者施用包含治疗有效量的拟肽大环化合物或治疗等效量的其药学上可接受的盐的药物组合物，其中该拟肽大环化合物与MDM2和/或MDMX蛋白结合。
[0016] 在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物破坏p53与MDM2和MDMX之间的相互作用。
[0017] 在一些实施方案中，所述方法包括在施用所述药物组合物之前确定所述液体肿瘤中缺乏所述p53灭活突变。在另一个实施方案中，确定缺乏p53灭活突变包括确认所述液体肿瘤中存在野生型p53。在另一个实施方案中，该方法包括确定所述液体肿瘤中存在p53功能获得突变。在另一个实施方案中，该方法包括确定所述液体肿瘤中存在p53的灭活突变。在另一个实施方案中，该方法包括确定所述液体肿瘤中存在p53的拷贝丢失突变。在另一个实施方案中，该方法包括确定所述液体肿瘤中存在P53的功能部分丧失突变。在另一个实施方案中，该方法包括在施用所述药物组合物之前确认所述液体肿瘤中缺乏p53灭活突变。在另一个实施方案中，所述确认缺乏p53灭活突变包括确认所述液体肿瘤中存在野生型p53。
在另一个实施方案中，该方法包括确认所述液体肿瘤中存在p53功能获得突变。在另一个实施方案中，该方法包括确认所述液体肿瘤中存在p53的灭活突变。在另一个实施方案中，该方法包括确认所述液体肿瘤中存在p53的拷贝丢失突变。在另一个实施方案中，该方法包括确认所述液体肿瘤中存在P53的功能部分丧失突变。
在另一个实施方案中，该方法包括确认所述液体肿瘤中存在p53功能获得突变。在另一个实施方案中，该方法包括确认所述液体肿瘤中存在p53的灭活突变。在另一个实施方案中，该方法包括确认所述液体肿瘤中存在p53的拷贝丢失突变。在另一个实施方案中，该方法包括确认所述液体肿瘤中存在P53的功能部分丧失突变。
[0018] 在一些实施方案中，所述确定或确认在施用所述药物组合物之前1-15个月内进行。在另一个实施方案中，所述确定或确认在施用所述药物组合物之前1-12个月内进行。在另一个实施方案中，所述确定或确认在施用所述药物组合物之前1-3个月内进行。在另一个实施方案中，所述确定或确认在施用所述药物组合物之前1个月内进行。在另一个实施方案中，所述确定或确认在施用所述药物组合物之前21天内进行。在另一个实施方案中，所述确定或确认在施用所述药物组合物之前最多约1年内进行。在另一个实施方案中，所述确定或确认在施用所述药物组合物之前最多约2年内进行。在另一个实施方案中，所述确定或确认在施用所述药物组合物之前最多约3年内进行。
[0019] 在一些实施方案中，所述治疗导致所述人类受试者中p53途径的重新激活、液体癌细胞增殖减少、p53蛋白增加、p21增加和/或凋亡增加。
[0020] 在一些实施方案中，所述药物组合物每周施用两次或三次。在另一个实施方案中，所述药物组合物每周施用两次。在另一个实施方案中，所述药物组合物每2或3周施用一次。在另一个实施方案中，所述药物组合物每1或2周施用一次。在另一个实施方案中，所述药物组合物在21天周期的第1天、第4天、第8天和第11天施用。在另一个实施方案中，所述药物组合物在28天周期的第1天、第8天和第15天施用。
[0021] 在一些实施方案中，施用的所述化合物的量为每千克人类受试者体重约0.5-30mg。在另一个实施方案中，施用的所述化合物的量为每千克人类受试者体重约0.5-20mg。
在另一个实施方案中，施用的所述化合物的量为每千克人类受试者体重约0.5-10mg。在另一个实施方案中，施用的所述化合物的量为每千克人类受试者体重约0.04mg、约0.08mg、约
0.16mg、约0.32mg、约0.64mg、约1.25mg、约1.28mg、约1.92mg、约2.5mg、约3.56mg、约
3.75mg、约5.0mg、约7.12mg、约7.5mg、约10mg、约14.24mg、约15mg、约20mg或30mg。在另一个实施方案中，施用的所述化合物的量为每千克人类受试者体重约1.92mg、约3.75mg、约
7.5mg、约15.0mg或约30.0mg，并且所述化合物每周施用两次。在另一个实施方案中，施用的所述化合物的量为每千克人类受试者体重约1.28mg、约2.56mg、约5.0mg、约10mg或约20mg，并且所述化合物每周施用两次。在另一个实施方案中，施用的所述化合物的量为每千克人类受试者体重约1.92mg、约3.75mg、约7.5mg、约15.0mg或约30.0mg，并且所述化合物每周施用一次。在另一个实施方案中，施用的所述化合物的量为每千克人类受试者体重约1.28mg、约2.56mg、约5.0mg、约10mg或约20mg，并且所述化合物每周施用一次。在另一个实施方案中，施用的所述化合物的量为每千克人类受试者体重约1.92mg、约3.75mg、约7.5mg、约
15.0mg或约30.0mg，并且所述化合物每天施用一次，在七天期间施用三次、五次或七次。在另一个实施方案中，所述化合物每天静脉内施用一次，在七天期间施用七次。在另一个实施方案中，施用的所述化合物的量为每千克人类受试者体重约1.28mg、约2.56mg、约5.0mg、约
10mg或约20mg，并且所述化合物每天施用一次，在七天期间施用三次、五次或七次。在另一个实施方案中，所述化合物每天静脉内施用一次，在七天期间施用七次。
在另一个实施方案中，施用的所述化合物的量为每千克人类受试者体重约0.5-10mg。在另一个实施方案中，施用的所述化合物的量为每千克人类受试者体重约0.04mg、约0.08mg、约
0.16mg、约0.32mg、约0.64mg、约1.25mg、约1.28mg、约1.92mg、约2.5mg、约3.56mg、约
3.75mg、约5.0mg、约7.12mg、约7.5mg、约10mg、约14.24mg、约15mg、约20mg或30mg。在另一个实施方案中，施用的所述化合物的量为每千克人类受试者体重约1.92mg、约3.75mg、约
7.5mg、约15.0mg或约30.0mg，并且所述化合物每周施用两次。在另一个实施方案中，施用的所述化合物的量为每千克人类受试者体重约1.28mg、约2.56mg、约5.0mg、约10mg或约20mg，并且所述化合物每周施用两次。在另一个实施方案中，施用的所述化合物的量为每千克人类受试者体重约1.92mg、约3.75mg、约7.5mg、约15.0mg或约30.0mg，并且所述化合物每周施用一次。在另一个实施方案中，施用的所述化合物的量为每千克人类受试者体重约1.28mg、约2.56mg、约5.0mg、约10mg或约20mg，并且所述化合物每周施用一次。在另一个实施方案中，施用的所述化合物的量为每千克人类受试者体重约1.92mg、约3.75mg、约7.5mg、约
15.0mg或约30.0mg，并且所述化合物每天施用一次，在七天期间施用三次、五次或七次。在另一个实施方案中，所述化合物每天静脉内施用一次，在七天期间施用七次。在另一个实施方案中，施用的所述化合物的量为每千克人类受试者体重约1.28mg、约2.56mg、约5.0mg、约
10mg或约20mg，并且所述化合物每天施用一次，在七天期间施用三次、五次或七次。在另一个实施方案中，所述化合物每天静脉内施用一次，在七天期间施用七次。
[0022] 在一些实施方案中，所述化合物在0.25h、0.5h、1h、2h、3h、4h、5h、6h、7h、8h、9h、10h、11h或12h的时期内施用。在另一个实施方案中，所述化合物在0.25-2h的时期内施用。
在另一个实施方案中，所述化合物在1h的时期内逐渐施用。在另一个实施方案中，所述化合物在2h的时期内逐渐施用。
在另一个实施方案中，所述化合物在1h的时期内逐渐施用。在另一个实施方案中，所述化合物在2h的时期内逐渐施用。
[0023] 在一些实施方案中，所述治疗导致在治疗开始后1个月时期内液体癌细胞的数目减少约95％、约90％、约85％、约80％、约75％、约70％、约65％、约60％、约55％、约50％、约45％、约40％、约35％、约30％、约25％、约20％、约15％、约10％或约5％。在另一个实施方案中，所述治疗导致在治疗开始后1个月时期内液体癌细胞的数目减少至少约60％、至少约
65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％或至少约95％。在另一个实施方案中，所述治疗导致在治疗开始后1年时期内液体癌细胞的数目减少约95％、约
90％、约85％、约80％、约75％、约70％、约65％、约60％、约55％、约50％、约45％、约40％、约
35％、约30％、约25％、约20％、约15％、约10％或约5％。在另一个实施方案中，所述治疗导致在治疗开始后1年时期内液体癌细胞的数目减少至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％或至少约95％。在另一个实施方案中，所述治疗导致在治疗开始后6个月时期内液体癌细胞的数目减少约95％、约90％、约85％、约
80％、约75％、约70％、约65％、约60％、约55％、约50％、约45％、约40％、约35％、约30％、约
25％、约20％、约15％、约10％或约5％。在另一个实施方案中，所述治疗导致在治疗开始后6个月时期内液体癌细胞的数目减少至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％或至少约95％。在另一个实施方案中，所述治疗导致在治疗开始后3个月时期内液体癌细胞的数目减少约95％、约90％、约85％、约80％、约75％、约70％、约65％、约60％、约55％、约50％、约45％、约40％、约35％、约30％、约25％、约20％、约15％、约10％或约5％。在另一个实施方案中，所述治疗导致在治疗开始后3个月时期内液体癌细胞的数目减少至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％或至少约95％。
65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％或至少约95％。在另一个实施方案中，所述治疗导致在治疗开始后1年时期内液体癌细胞的数目减少约95％、约
90％、约85％、约80％、约75％、约70％、约65％、约60％、约55％、约50％、约45％、约40％、约
35％、约30％、约25％、约20％、约15％、约10％或约5％。在另一个实施方案中，所述治疗导致在治疗开始后1年时期内液体癌细胞的数目减少至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％或至少约95％。在另一个实施方案中，所述治疗导致在治疗开始后6个月时期内液体癌细胞的数目减少约95％、约90％、约85％、约
80％、约75％、约70％、约65％、约60％、约55％、约50％、约45％、约40％、约35％、约30％、约
25％、约20％、约15％、约10％或约5％。在另一个实施方案中，所述治疗导致在治疗开始后6个月时期内液体癌细胞的数目减少至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％或至少约95％。在另一个实施方案中，所述治疗导致在治疗开始后3个月时期内液体癌细胞的数目减少约95％、约90％、约85％、约80％、约75％、约70％、约65％、约60％、约55％、约50％、约45％、约40％、约35％、约30％、约25％、约20％、约15％、约10％或约5％。在另一个实施方案中，所述治疗导致在治疗开始后3个月时期内液体癌细胞的数目减少至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％或至少约95％。
[0024] 在另一个实施方案中，所述液体癌是稳定的疾病。
[0025] 在一些实施方案中，所述治疗导致与如果所述人类受试者未用所述化合物治疗时该人类受试者的预期存活时间相比，该人类受试者的存活时间增加。在另一个实施方案中，所述人类受试者的存活时间的增加为至少30天。在另一个实施方案中，所述人类受试者的存活时间的增加为至少3个月。在另一个实施方案中，所述人类受试者的存活时间的增加为至少6个月。在另一个实施方案中，所述人类受试者的存活时间的增加为至少1年。
[0026] 在一些实施方案中，所述化合物的体内循环半衰期为约1h、2h、3h、4h、5h、6h、7h、8h、9h、10h或12h。在另一个实施方案中，所述化合物的体内循环半衰期为约4h。在另一个实施方案中，所述化合物的体内循环半衰期为约6h。
[0028] 在一些实施方案中，所述人类受试者对所述液体癌的一种或多种其他的治疗而言是难治性的和/或无法忍受的。在另一个实施方案中，所述人类受试者已经历至少一次不成功的针对所述液体癌的既往治疗和/或疗法。
[0029] 在一些实施方案中，所述液体癌表达野生型p53蛋白。
[0030] 在一些实施方案中，所述液体癌选自液体淋巴瘤、白血病和骨髓瘤。在另一个实施方案中，所述液体癌是液体淋巴瘤。在另一个实施方案中，所述液体癌是白血病。在另一个实施方案中，所述液体癌是急性白血病。在另一个实施方案中，所述急性白血病是急性髓样白血病(AML)。在另一个实施方案中，所述急性白血病是急性淋巴样白血病(ALL)。在另一个实施方案中，所述液体癌是骨髓瘤。在另一个实施方案中，所述液体癌不是HPV阳性的癌症。在另一个实施方案中，所述液体癌不是HPV阳性的宫颈癌、HPV阳性的肛门癌或HPV阳性的头颈癌，如口咽癌。
[0031] 在一些实施方案中，静脉内施用所述化合物。
[0032] 在一些实施方案中，所述方法进一步包括除所述化合物之外还向所述人类受试者施用治疗有效量的至少一种额外的治疗剂和/或治疗程序。
[0033] 在一些实施方案中，所述人类受试者对所述治疗表现出完全响应。在另一个实施方案中，所述人类受试者对所述治疗表现出部分响应。
[0034] 在一些实施方案中，所述液体癌是进行性疾病。在另一个实施方案中，所述液体癌是稳定的疾病。
[0035] 在一些实施方案中，所述方法进一步包括确定所施用的化合物的临床活性。在另一个实施方案中，所述临床活性通过选自计算机断层扫描(CT)、磁共振成像(MRI)、骨扫描和正电子成像术(PET)扫描的成像方法来确定。在另一个实施方案中，所述PET扫描使用一种或多种示踪剂。在另一个实施方案中，所述一种或多种示踪剂包括18F-氟脱氧葡萄糖(FDG)、64Cu二乙酰基-二(N4-甲基缩氨基硫脲)(ATSM)、18F-氟化物、3'-脱氧-3'-[18F]氟胸苷(FLT)、18F-氟米索硝唑(FMISO)、镓、锝-99m或铊。
[0036] 在另一个实施方案中，所述方法进一步包括在一个或多个特定时间点从所述人类受试者获得生物样品，并用分析程序分析该生物样品。在另一个实施方案中，所述分析程序选自血液化学分析、染色体易位分析、针吸活检、组织活检、荧光原位杂交、实验室生物标志物分析、免疫组织化学染色法、流式细胞术或其组合。在另一个实施方案中，所述方法包括将所述分析程序的结果制表和/或作图。在另一个实施方案中，所述一个或多个特定时间点包括在向所述人类受试者施用所述化合物之前的时间点。在另一个实施方案中，所述一个或多个特定时间点包括在向所述人类受试者施用所述化合物之后的时间点。在另一个实施方案中，所述一个或多个特定时间点包括在向所述人类受试者施用所述化合物之前的时间点和之后的时间点。在另一个实施方案中，所述方法进一步包括比较在向所述人类受试者施用所述化合物之前和之后收集的生物样品。在另一个实施方案中，所述一个或多个特定时间点包括在向所述人类受试者施用所述化合物之前和之后的多个时间点。在另一个实施方案中，所述方法进一步包括比较在所述多个时间点收集的生物样品。在另一个实施方案中，所述生物样品用于生物标志物评估。在另一个实施方案中，所述生物样品用于药代动力学评价。在另一个实施方案中，所述药代动力学评价包括研究所述生物样品中的拟肽大环化合物和/或其代谢物在特定时间点的水平。在另一个实施方案中，所述生物样品是血液样品或骨髓样品。在另一个实施方案中，所述生物样品用于药效学评价。在另一个实施方案中，所述药效学评价包括研究所述生物样品中的p53、MDM2、MDMX、p21和/或胱天蛋白酶在特定时间点的水平。在另一个实施方案中，所述生物样品是液体癌细胞样本。在另一个实施方案中，所述生物样品用于免疫原性测定。
[0037] 在一些实施方案中，所述方法进一步包括在向所述人类受试者施用所述化合物之前选择和/或鉴别该人类受试者中的至少一种循环肿瘤细胞(CTC)或单核血细胞(MNBC)。在另一个实施方案中，该方法进一步包括在一个或多个特定时间点测量循环肿瘤细胞(CTC)或单核血细胞(MNBC)的数目，其中该循环肿瘤细胞(CTC)或单核血细胞(MNBC)的数目是在特定时间点所述至少一种循环肿瘤细胞(CTC)或单核血细胞(MNBC)的总数。在另一个实施方案中，该方法进一步包括测量基线直径总和，其中所述基线直径总和是在向所述人类受试者施用所述化合物之前所述至少一种循环肿瘤细胞(CTC)或单核血细胞(MNBC)的直径的总和。在另一个实施方案中，所述治疗导致所述至少一种循环肿瘤细胞(CTC)或单核血细胞(MNBC)消失。在另一个实施方案中，在所述治疗之后，CTC和/或MNBC的数目减少。在另一个实施方案中，所述一个或多个特定时间点包括所述治疗之后的时间点。在另一个实施方案中，在所述治疗后的时间点的CTC和/或MNBC的数目比CTC和/或MNBC的基线数目至少少30％。在另一个实施方案中，以CTC和/或MNBC的基线数目为参考，所述治疗既不导致所述一个或多个特定时间点的CTC和/或MNBC数目充分增加，也不导致其充分减少。
[0038] 在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物不是细胞色素p450同种型的抑制剂。
[0039] 在一些实施方案中，所述治疗基本不导致剂量限制的血小板减少症。在另一个实施方案中，所述治疗基本不在正常造血器官和/或组织中产生不良反应。在另一个实施方案中，所述治疗基本不在所述人类受试者中产生可能、或许或必定与所述化合物施用有关的不良事件。在另一个实施方案中，所述治疗基本不在所述人类受试者中产生可能、或许或必定与所述化合物施用有关的严重不良事件。
[0040] 在一些实施方案中，通过对编码p53蛋白的核酸进行DNA测序来确定所述液体癌中缺乏p53灭活突变。在另一个实施方案中，通过基于RNA阵列的检测来确定所述液体癌中缺乏p53灭活突变。在另一个实施方案中，通过RNA分析来确定所述液体癌中缺乏p53灭活突变。在另一个实施方案中，通过聚合酶链反应(PCR)来确定所述液体癌中缺乏p53灭活突变。在另一个实施方案中，所述p53灭活突变包括在所述蛋白质的DNA结合域中的突变。在另一个实施方案中，所述p53灭活突变包括错义突变。在另一个实施方案中，所述p53灭活突变为显性灭活突变。在另一个实施方案中，所述p53灭活突变包括选自V173L、R175H、G245C、R248W、R249S和R273H的一个或多个突变。在另一个实施方案中，所述p53灭活突变包括表1中所示的一个或多个突变。
[0041] 本文还公开了治疗人类受试者中被确定为缺乏p53灭活突变的液体癌的方法，其中该方法包括在28天周期的第1天、第8天和第15天施用向该人类受试者施用每千克人类受试者体重0.5-20mg的拟肽大环化合物或其药学上可接受的盐。
[0042] 在一些实施方案中，向所述人类受试者施用每千克人类受试者体重的拟肽大环化合物或其药学上可接受的盐。
[0043] 在一些实施方案中，在第8天和/或第15天输入的所述拟肽大环化合物的量大于在第1天输入的所述拟肽大环化合物的量。在另一个实施方案中，在第8天和/或第15天输入的所述拟肽大环化合物的量等于在第1天输入的所述拟肽大环化合物的量。在另一个实施方案中，在第1天和/或第8天输入的所述拟肽大环化合物的量大于在第15天输入的所述拟肽大环化合物的量。在另一个实施方案中，在第1天、第8天和第15天施用等量的所述拟肽大环化合物。
[0044] 在一些实施方案中，所述28天周期重复2次或3次。
[0045] 本文还公开了治疗人类受试者中被确定为缺乏p53灭活突变的液体癌的方法，其中该方法包括在21天周期的第1天、第4天、第8天和第11天向该人类受试者施用每千克人类受试者体重0.25-10mg的拟肽大环化合物或其药学上可接受的盐。
[0046] 在一些实施方案中，向所述人类受试者施用每千克人类受试者体重的0.25-5mg的拟肽大环化合物或其药学上可接受的盐。
[0047] 在一些实施方式中，在第4天、第8天和/或第11天输入的所述拟肽大环化合物的量大于在第1天输入的所述拟肽大环化合物的量。在另一个实施方案中，在第4天、第8天和/或第11天输入的所述拟肽大环化合物的量等于在第1天输入的所述拟肽大环化合物的量。在另一个实施方案中，在第1天、第4天和/或第8天输入的所述拟肽大环化合物的量大于在第11天输入的所述拟肽大环化合物的量。在另一个实施方案中，在第1天、第4天、第8天和第
151天施用等量的所述拟肽大环化合物。
151天施用等量的所述拟肽大环化合物。
[0048] 在一些实施方案中，所述21天周期重复2次或3次。
[0049] 在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物包含与表3、表3a、表3b和表3c任一个中的氨基酸序列至少约60％、至少约70％、至少约80％、至少约90％或至少约95％相同的氨基酸序列，其中该拟肽大环化合物具有下式：式(I)
其中：
每个A、C和D独立地为氨基酸；
每个B独立地为氨基酸、 [–NH–L3–CO–]、[–NH–L3–SO2–]或[–NH–L3–]；
每个E独立地为选自Ala(丙氨酸)、D-Ala(D-丙氨酸)、Aib(α-氨基异丁酸)、Sar(N-甲基甘氨酸)和Ser(丝氨酸)的氨基酸；
每个R1和R2独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们为未取代的或被卤素-取代；或者形成连接至所述D或E氨基酸之一的α位置的大环形成连接体L’；
每个R3独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、杂烷基、环烷基、杂环烷基、环烷基烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代；
每个L和L’独立地为式–L1–L2–的大环形成连接体；
每个L3独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚环芳基、亚杂环芳基或[-R4-K-R4-]n，它们各自任选地被R5取代；
每个R4独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基；
每个K独立地为O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；
每个R5独立地为卤素、烷基、–OR6、–N(R6)2、–SR6、–SOR6、–SO2R6、–CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
每个R6独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
每个R7独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代，或是与D残基形成的环状结构的一部分；
每个R8独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代，或是与E残基形成的环状结构的一部分；
每个v独立地为0-1000的整数；
每个w独立地为0-1000，例如，0-500、0-200、0-100、0-50、0-30、0-20、0-10、0-5、1-
1000、1-500、1-200、1-100、1-50、1-30、1-20、1-10、1-5、3-1000、3-500、3-200、3-100、3-50、
3-30、3-20、3-10、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10的整数；
u为1-10的整数；
每个x、y和z独立地为0-10的整数；且
每个n独立地为1-5的整数。
其中：
每个A、C和D独立地为氨基酸；
每个B独立地为氨基酸、 [–NH–L3–CO–]、[–NH–L3–SO2–]或[–NH–L3–]；
每个E独立地为选自Ala(丙氨酸)、D-Ala(D-丙氨酸)、Aib(α-氨基异丁酸)、Sar(N-甲基甘氨酸)和Ser(丝氨酸)的氨基酸；
每个R1和R2独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们为未取代的或被卤素-取代；或者形成连接至所述D或E氨基酸之一的α位置的大环形成连接体L’；
每个R3独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、杂烷基、环烷基、杂环烷基、环烷基烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代；
每个L和L’独立地为式–L1–L2–的大环形成连接体；
每个L3独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚环芳基、亚杂环芳基或[-R4-K-R4-]n，它们各自任选地被R5取代；
每个R4独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基；
每个K独立地为O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；
每个R5独立地为卤素、烷基、–OR6、–N(R6)2、–SR6、–SOR6、–SO2R6、–CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
每个R6独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
每个R7独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代，或是与D残基形成的环状结构的一部分；
每个R8独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代，或是与E残基形成的环状结构的一部分；
每个v独立地为0-1000的整数；
每个w独立地为0-1000，例如，0-500、0-200、0-100、0-50、0-30、0-20、0-10、0-5、1-
1000、1-500、1-200、1-100、1-50、1-30、1-20、1-10、1-5、3-1000、3-500、3-200、3-100、3-50、
3-30、3-20、3-10、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10的整数；
u为1-10的整数；
每个x、y和z独立地为0-10的整数；且
每个n独立地为1-5的整数。
[0050] 在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物具有下式：其中：
Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的每一个单独地为氨基酸，其中Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的至少三个是与序列Phe3-X4-His5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10-X11-Ser12或Phe3-X4-Glu5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10/Cba10-X11-Ala12的相应位置处的氨基酸相同的氨基酸，其中每个X4和X11独立地为氨基酸；
每个D独立地为氨基酸；
每个E独立地为选自Ala(丙氨酸)、D-Ala(D-丙氨酸)、Aib(α-氨基异丁酸)、Sar(N-甲基甘氨酸)和Ser(丝氨酸)的氨基酸；
每个R1和R2独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们为未取代的或被卤素-取代；或者形成连接至D或E氨基酸之一的α位置的大环形成连接体L’；
每个L或L’独立地为大环形成连接体
每个R5独立地为卤素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
每个R6独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
每个R7独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代，或是与D残基形成的环状结构的一部分；
每个R8独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代，或是与E残基形成的环状结构的一部分；
v为1-1000的整数；且
w为0-1000的整数。
Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的每一个单独地为氨基酸，其中Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的至少三个是与序列Phe3-X4-His5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10-X11-Ser12或Phe3-X4-Glu5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10/Cba10-X11-Ala12的相应位置处的氨基酸相同的氨基酸，其中每个X4和X11独立地为氨基酸；
每个D独立地为氨基酸；
每个E独立地为选自Ala(丙氨酸)、D-Ala(D-丙氨酸)、Aib(α-氨基异丁酸)、Sar(N-甲基甘氨酸)和Ser(丝氨酸)的氨基酸；
每个R1和R2独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们为未取代的或被卤素-取代；或者形成连接至D或E氨基酸之一的α位置的大环形成连接体L’；
每个L或L’独立地为大环形成连接体
每个R5独立地为卤素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
每个R6独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
每个R7独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代，或是与D残基形成的环状结构的一部分；
每个R8独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代，或是与E残基形成的环状结构的一部分；
v为1-1000的整数；且
w为0-1000的整数。
[0051] 在一些实施方案中，至少一个大环形成连接体具有式–L1–L2–，其中L1和L2独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚环芳基、亚杂环芳基或[-R4-K-R4-]n，它们各自任选地被R5取代；每个R4独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基；每个K独立地为O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；每个R3独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、杂烷基、环烷基、杂环烷基、环烷基烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代；且n为1-5的整数。
[0052] 在一些实施方案中，w为0-1000，例如0-500、0-200、0-100、0-50、0-30、0-20、0-10、0-5、1-1000、1-500、1-200、1-100、1-50、1-30、1-20、1-10、1-5、3-1000、3-500、3-200、3-
100、3-50、3-30、3-20、3-10、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10的整数。
100、3-50、3-30、3-20、3-10、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10的整数。
[0053] 在一些实施方案中，Xaa5为Glu或其氨基酸类似物。在另一个实施方案中，每个E独立地为Ala(丙氨酸)、Ser(丝氨酸)或其类似物。在另一个实施方案中，[D]v为–Leu1-Thr2。
[0054] 在一些实施方案中，w为3-10。在另一个实施方案中，w为3-6。在另一个实施方案中，w为6-10。在另一个实施方案中，w为6。
[0055] 在一些实施方案中，v为1-10。在另一个实施方案中，v为2-10。在另一个实施方案中，v为2-5。在另一个实施方案中，v为2。
[0056] 在一些实施方案中，L1和L2独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚环芳基或亚杂环芳基，它们各自任选地被R5取代。在另一个实施方案中，L1和L2独立地为亚烷基或亚烯基。在另一个实施方案中，L为亚烷基、亚烯基或亚炔基。在另一个实施方案中，L为亚烷基。在另一个实施方案中，L为C3-C16亚烷基。在另一个实施方案中，L为C10-C14亚烷基。
[0057] 在一些实施方案中，R1和R2独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们为未取代的或被卤素-取代。在另一个实施方案中，R1和R2为H。在另一个实施方案中，R1和R2独立地为烷基。在另一个实施方案中，R1和R2为甲基。
[0058] 在一些实施方案中，x+y+z＝6。
[0059] 在一些实施方案中，u为1。
[0060] 在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物包含至少一个为氨基酸类似物的氨基酸。
[0061] 在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物具有下式：或其药学上可接受的盐。
[0062] 在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物具有下式：或其药学上可接受的盐。
[0063] 在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物具有下式：或其药学上可接受的盐。
[0064] 在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物具有下式：或其药学上可接受的盐。
[0065] 在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物具有下式：或其药学上可接受的盐。
[0066] 在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物具有下式：或其药学上可接受的盐。
[0067] 在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物具有下式：或其药学上可接受的盐。
[0068] 在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物具有下式：或其药学上可接受的盐。
[0069] 在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物具有下式：或其药学上可接受的盐。
[0070] 在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物具有下式：或其药学上可接受的盐。
[0071] 在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物具有下式：或其药学上可接受的盐。
[0072] 在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物具有下式：或其药学上可接受的盐。
[0073] 在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物具有下式：或其药学上可接受的盐。
[0074] 在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物具有下式：或其药学上可接受的盐。
[0075] 在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物具有下式：或其药学上可接受的盐。
[0076] 在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物具有下式：或其药学上可接受的盐。
[0077] 在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物具有下式：或其药学上可接受的盐。
[0078] 在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物具有下式：或其药学上可接受的盐。
[0079] 在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物具有下式：或其药学上可接受的盐。
[0080] 在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物具有下式：或其药学上可接受的盐。
[0081] 在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物具有下式：或其药学上可接受的盐。
[0082] 在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物具有下式：或其药学上可接受的盐。
[0083] 在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物具有下式：或其药学上可接受的盐。
[0084] 在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物具有下式：或其药学上可接受的盐。
[0085] 在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物具有下式：或其药学上可接受的盐。
[0086] 在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物具有下式：或其药学上可接受的盐。
[0087] 在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物具有下式：或其药学上可接受的盐。
[0088] 在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物具有下式：或其药学上可接受的盐。
[0089] 在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物具有下式：或其药学上可接受的盐。
[0090] 在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物具有下式：或其药学上可接受的盐。
[0091] 本文还公开了鉴别缺乏p53灭活突变的人类受试者中一个或多个液体癌生物标志物的方法，其包括向该人类受试者施用治疗有效量的拟肽大环化合物。
[0092] 在一些实施方案中，所述生物标志物为p53状态、MDM2表达水平或MDMX表达水平。援引并入
[0095] 图1示出了人类野生型p53编码和蛋白质序列。
[0096] 图2显示肽1在p53野生型造血细胞系中产生稳定的凋亡反应。
[0097] 图3显示肽1在p53野生型造血细胞系中产生机制性(on-mechanism)的p21药效学反应。
[0098] 图4显示肽1在代表性的造血细胞系组中选择性地杀死p53野生型癌细胞。
[0099] 图5示出了在AML异种移植模型中肽1给药后动物的存活。
[0100] 图6示出了在4周猴GLP毒性研究中肽1的剂量依赖性血小板反应。
具体实施方式
[0101] 虽然在本文中已经示出和描述了本发明的优选实施方案，但是对于本领域技术人员显而易见的是，这些实施方案仅以示例的方式提供。在不脱离本公开内容的情况下，本领域技术人员将会想到许多变化、改变和替换。应当理解，本文所述公开内容的实施方案的各种替代方案可用于实施本发明。旨在由以下权利要求限定本发明的范围，并且由此涵盖这些权利要求的范围内的方法和结构及其等同物。定义
[0102] 如本文所用的，术语“大环化合物”是指这样的分子：其具有包括由至少9个共价键合的原子形成的环或环形的化学结构。
[0103] 如本文所用的，术语“拟肽大环化合物”或“交联的多肽”是指包含通过多个肽键连接的多个氨基酸残基和至少一个大环形成连接体的化合物，所述大环形成连接体在第一天然存在的或非天然存在的氨基酸残基(或类似物)与同一分子内的第二天然存在的或非天然存在的氨基酸残基(或类似物)之间形成大环。拟肽大环化合物包括其中大环形成连接体将第一氨基酸残基(或类似物)的α碳连接至第二氨基酸残基(或类似物)的α碳的实施方案。拟肽大环化合物任选地包含处于一个或多个氨基酸残基和/或氨基酸类似物残基之间的一个或多个非肽键，且除了形成大环化合物的任意残基外，任选地还包含一个或多个非天然存在的氨基酸残基或氨基酸类似物残基。当在拟肽大环化合物的背景下提及时，“相应的非交联多肽”被理解为涉及与该大环化合物长度相同并且包含对应于该大环化合物的野生型序列的等同天然氨基酸的多肽。
[0105] 如本文所用的，术语“螺旋稳定性”是指如通过圆二色性或NMR测量的，拟肽大环化合物维持α-螺旋结构。例如，在一些实施方案中，与相应的非交联的大环化合物相比，如通过圆二色性确定的，拟肽大环化合物在α-螺旋度上表现出至少1.25、1.5、1.75或2倍的增加。
[0106] 术语“氨基酸”是指同时含有氨基和羧基的分子。合适的氨基酸包括但不限于天然存在的氨基酸的D-和L-异构体，以及通过有机合成或其他代谢途径制备的非天然存在的氨基酸。本文所用的术语氨基酸包括但不限于α-氨基酸、天然氨基酸、非天然氨基酸和氨基酸类似物。
[0108] 术语“β-氨基酸”是指含有均为β构型的氨基和羧基的分子。
[0109] 术语“天然存在的氨基酸”是指在自然界合成的肽中通常发现的20种氨基酸中的任一种，已知其单字母缩写为A、R、N、C、D、Q、E、G、H、I、L、K、M、F、P、S、T、W、Y和V。
[0110] 下表示出了天然氨基酸的性质一览：
[0111] “疏水性氨基酸”包括小疏水性氨基酸和大疏水性氨基酸。“小疏水性氨基酸”为甘氨酸、丙氨酸、脯氨酸及其类似物。“大疏水性氨基酸”为缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、苯丙氨酸、甲硫氨酸、色氨酸及其类似物。“极性氨基酸”为丝氨酸、苏氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、半胱氨酸、酪氨酸及其类似物。“带电荷氨基酸”为赖氨酸、精氨酸、组氨酸、天冬氨酸、谷氨酸及其类似物。
[0112] 术语“氨基酸类似物”是指在结构上类似于氨基酸并且在拟肽大环化合物的形成中可代替氨基酸的分子。氨基酸类似物包括但不限于β-氨基酸和其中氨基或羧基被相似反应性基团取代(例如，用仲胺或叔胺取代伯胺，或用酯取代羧基)的氨基酸。
[0113] 术语“非天然氨基酸”是指并非在自然界合成的肽中通常发现的二十种氨基酸(已知其单字母缩写为A、R、N、C、D、Q、E、G、H、I、L、K、M、F、P、S、T、W、Y和V)之一的氨基酸。非天然氨基酸或氨基酸类似物包括但不限于根据以下的结构：
[0114] 氨基酸类似物包括β-氨基酸类似物。β-氨基酸类似物的实例包括但不限以下：环状β-氨基酸类似物；β-丙氨酸；(R)-β-苯丙氨酸；(R)-1,2,3,4-四氢-异喹啉-3-乙酸；(R)-3-氨基-4-(1-萘基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(2,4-二氯苯基)丁酸；(R)-3-氨基-4-(2-氯苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(2-氰基苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(2-氟苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(2-呋喃基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(2-甲苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(2-萘基)-丁酸；
(R)-3-氨基-4-(2-噻吩基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(2-三氟甲苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(3,4-二氯苯基)丁酸；(R)-3-氨基-4-(3,4-二氟苯基)丁酸；(R)-3-氨基-4-(3-苯并噻吩基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(3-氯苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(3-氰基苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(3-氟苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(3-甲苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(3-吡啶基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(3-噻吩基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(3-三氟甲苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-
4-(4-溴苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(4-氯苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(4-氰基苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(4-氟苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(4-碘苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(4-甲苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(4-硝基苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(4-吡啶基)-丁酸；(R)-
3-氨基-4-(4-三氟甲苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-五氟-苯基丁酸；(R)-3-氨基-5-己烯酸；
(R)-3-氨基-5-己炔酸；(R)-3-氨基-5-苯基戊酸；(R)-3-氨基-6-苯基-5-己烯酸；(S)-1,2,
3,4-四氢-异喹啉-3-乙酸；(S)-3-氨基-4-(1-萘基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(2,4-二氯苯基)丁酸；(S)-3-氨基-4-(2-氯苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(2-氰基苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-
4-(2-氟苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(2-呋喃基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(2-甲苯基)-丁酸；
(S)-3-氨基-4-(2-萘基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(2-噻吩基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(2-三氟甲苯基)-丁酸；
(S)-3-氨基-4-(3,4-二氯苯基)丁酸；(S)-3-氨基-4-(3,4-二氟苯基)丁酸；(S)-3-氨
基-4-(3-苯并噻吩基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(3-氯苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(3-氰基苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(3-氟苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(3-甲苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(3-吡啶基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(3-噻吩基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(3-三氟甲苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(4-溴苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(4-氯苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(4-氰基苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(4-氟苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(4-碘苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(4-甲苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(4-硝基苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-
4-(4-吡啶基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(4-三氟甲苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-五氟-苯基丁酸；(S)-3-氨基-5-己烯酸；(S)-3-氨基-5-己炔酸；(S)-3-氨基-5-苯基戊酸；(S)-3-氨基-
6-苯基-5-己烯酸；1,2,5,6-四氢吡啶-3-甲酸；1,2,5,6-四氢吡啶-4-甲酸；3-氨基-3-(2-氯苯基)-丙酸；3-氨基-3-(2-噻吩基)-丙酸；3-氨基-3-(3-溴苯基)-丙酸；3-氨基-3-(4-氯苯基)-丙酸；3-氨基-3-(4-甲氧苯基)-丙酸；3-氨基-4,4,4-三氟-丁酸；3-氨基己二酸；D-β-苯丙氨酸；β-亮氨酸；L-β-高丙氨酸；L-β-高天冬氨酸γ-苄酯；L-β-高谷氨酸δ-苄酯；L-β-高异亮氨酸；L-β-高亮氨酸；L-β-高甲硫氨酸；L-β-高苯丙氨酸；L-β-高脯氨酸；L-β-高色氨酸；L-β-高缬氨酸；L-Nω-苄氧羰基-β-高赖氨酸；Nω-L-β-高精氨酸；O-苄基-L-β-高羟脯氨酸；O-苄基-L-β-高丝氨酸；O-苄基-L-β-高苏氨酸；O-苄基-L-β-高酪氨酸；γ-三苯甲基-L-β-高天冬酰胺；(R)-β-苯丙氨酸；L-β-高天冬氨酸γ-叔丁酯；L-β-高谷氨酸δ-叔丁酯；L-Nω-β-高赖氨酸；Nδ-三苯甲基-L-β-高谷氨酰胺；Nω-2,2,4,6,7-五甲基-二氢苯并呋喃-5-磺酰基-L-β-高精氨酸；O-叔丁基-L-β-高羟基-脯氨酸；O-叔丁基-L-β-高丝氨酸；
O-叔丁基-L-β-高苏氨酸；O-叔丁基-L-β-高酪氨酸；2-氨基环戊烷羧酸；和2-氨基环己烷羧酸。
(R)-3-氨基-4-(2-噻吩基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(2-三氟甲苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(3,4-二氯苯基)丁酸；(R)-3-氨基-4-(3,4-二氟苯基)丁酸；(R)-3-氨基-4-(3-苯并噻吩基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(3-氯苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(3-氰基苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(3-氟苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(3-甲苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(3-吡啶基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(3-噻吩基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(3-三氟甲苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-
4-(4-溴苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(4-氯苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(4-氰基苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(4-氟苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(4-碘苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(4-甲苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(4-硝基苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-(4-吡啶基)-丁酸；(R)-
3-氨基-4-(4-三氟甲苯基)-丁酸；(R)-3-氨基-4-五氟-苯基丁酸；(R)-3-氨基-5-己烯酸；
(R)-3-氨基-5-己炔酸；(R)-3-氨基-5-苯基戊酸；(R)-3-氨基-6-苯基-5-己烯酸；(S)-1,2,
3,4-四氢-异喹啉-3-乙酸；(S)-3-氨基-4-(1-萘基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(2,4-二氯苯基)丁酸；(S)-3-氨基-4-(2-氯苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(2-氰基苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-
4-(2-氟苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(2-呋喃基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(2-甲苯基)-丁酸；
(S)-3-氨基-4-(2-萘基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(2-噻吩基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(2-三氟甲苯基)-丁酸；
(S)-3-氨基-4-(3,4-二氯苯基)丁酸；(S)-3-氨基-4-(3,4-二氟苯基)丁酸；(S)-3-氨
基-4-(3-苯并噻吩基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(3-氯苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(3-氰基苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(3-氟苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(3-甲苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(3-吡啶基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(3-噻吩基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(3-三氟甲苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(4-溴苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(4-氯苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(4-氰基苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(4-氟苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(4-碘苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(4-甲苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(4-硝基苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-
4-(4-吡啶基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-(4-三氟甲苯基)-丁酸；(S)-3-氨基-4-五氟-苯基丁酸；(S)-3-氨基-5-己烯酸；(S)-3-氨基-5-己炔酸；(S)-3-氨基-5-苯基戊酸；(S)-3-氨基-
6-苯基-5-己烯酸；1,2,5,6-四氢吡啶-3-甲酸；1,2,5,6-四氢吡啶-4-甲酸；3-氨基-3-(2-氯苯基)-丙酸；3-氨基-3-(2-噻吩基)-丙酸；3-氨基-3-(3-溴苯基)-丙酸；3-氨基-3-(4-氯苯基)-丙酸；3-氨基-3-(4-甲氧苯基)-丙酸；3-氨基-4,4,4-三氟-丁酸；3-氨基己二酸；D-β-苯丙氨酸；β-亮氨酸；L-β-高丙氨酸；L-β-高天冬氨酸γ-苄酯；L-β-高谷氨酸δ-苄酯；L-β-高异亮氨酸；L-β-高亮氨酸；L-β-高甲硫氨酸；L-β-高苯丙氨酸；L-β-高脯氨酸；L-β-高色氨酸；L-β-高缬氨酸；L-Nω-苄氧羰基-β-高赖氨酸；Nω-L-β-高精氨酸；O-苄基-L-β-高羟脯氨酸；O-苄基-L-β-高丝氨酸；O-苄基-L-β-高苏氨酸；O-苄基-L-β-高酪氨酸；γ-三苯甲基-L-β-高天冬酰胺；(R)-β-苯丙氨酸；L-β-高天冬氨酸γ-叔丁酯；L-β-高谷氨酸δ-叔丁酯；L-Nω-β-高赖氨酸；Nδ-三苯甲基-L-β-高谷氨酰胺；Nω-2,2,4,6,7-五甲基-二氢苯并呋喃-5-磺酰基-L-β-高精氨酸；O-叔丁基-L-β-高羟基-脯氨酸；O-叔丁基-L-β-高丝氨酸；
O-叔丁基-L-β-高苏氨酸；O-叔丁基-L-β-高酪氨酸；2-氨基环戊烷羧酸；和2-氨基环己烷羧酸。
[0115] 氨基酸类似物包括丙氨酸、缬氨酸、甘氨酸或亮氨酸的类似物。丙氨酸、缬氨酸、甘氨酸或亮氨酸的氨基酸类似物的实例包括但不限于以下：α-甲氧基甘氨酸；α-烯丙基-L-丙氨酸；α-氨基异丁酸；α-甲基-亮氨酸；β-(1-萘基)-D-丙氨酸；β-(1-萘基)-L-丙氨酸；β-(2-萘基)-D-丙氨酸；β-(2-萘基)-L-丙氨酸；β-(2-吡啶基)-D-丙氨酸；β-(2-吡啶基)-L-丙氨酸；β-(2-噻吩基)-D-丙氨酸；β-(2-噻吩基)-L-丙氨酸；β-(3-苯并噻吩基)-D-丙氨酸；β-(3-苯并噻吩基)-L-丙氨酸；β-(3-吡啶基)-D-丙氨酸；β-(3-吡啶基)-L-丙氨酸；β-(4-吡啶基)-D-丙氨酸；β-(4-吡啶基)-L-丙氨酸；β-氯-L-丙氨酸；β-氰基-L-丙氨酸；β-环己基-D-丙氨酸；β-环己基-L-丙氨酸；β-环戊烯-1-基-丙氨酸；β-环戊基-丙氨酸；β-环丙基-L-Ala-OH·二环己基铵盐；β-叔丁基-D-丙氨酸；β-叔丁基-L-丙氨酸；γ-氨基丁酸；L-α,β-二氨基丙酸；2,4-二硝基-苯基甘氨酸；2,5-二氢-D-苯基甘氨酸；2-氨基-4,4,4-三氟丁酸；2-氟-苯基甘氨酸；3-氨基-4,4,4-三氟-丁酸；3-氟-缬氨酸；4,4,4-三氟-缬氨酸；4,5-脱氢-L-leu-OH·二环己基铵盐；4-氟-D-苯基甘氨酸；4-氟-L-苯基甘氨酸；4-羟基-D-苯基甘氨酸；5,5,5-三氟-亮氨酸；6-氨基己酸；环戊基-D-Gly-OH·二环己基铵盐；环戊基-Gly-OH·二环己基铵盐；D-α,β-二氨基丙酸；D-α-氨基丁酸；D-α-叔丁基甘氨酸；D-(2-噻吩基)甘氨酸；
D-(3-噻吩基)甘氨酸；D-2-氨基己酸；D-2-茚满基甘氨酸；D-烯丙基甘氨酸·二环己基铵盐；D-环己基甘氨酸；D-正缬氨酸；D-苯基甘氨酸；β-氨基丁酸；β-氨基异丁酸；(2-溴苯基)甘氨酸；(2-甲氧基苯基)甘氨酸；(2-甲苯基)甘氨酸；(2-噻唑基)甘氨酸；(2-噻吩基)甘氨酸；2-氨基-3-(二甲氨基)-丙酸；L-α,β-二氨基丙酸；L-α-氨基丁酸；L-α-叔丁基甘氨酸；L-(3-噻吩基)甘氨酸；L-2-氨基-3-(二甲氨基)-丙酸；L-2-氨基己酸二环己基-铵盐；L-2-茚满基甘氨酸；L-烯丙基甘氨酸·二环己基铵盐；L-环己基甘氨酸；L-苯基甘氨酸；L-炔丙基甘氨酸；L-正缬氨酸；N-α-氨基甲基-L-丙氨酸；D-α,γ-二氨基丁酸；L-α,γ-二氨基丁酸；
β-环丙基-L-丙氨酸；(N-β-(2,4-二硝基苯基))-L-α,β-二氨基丙酸；(N-β-1-(4,4-二甲基-
2,6-二氧代亚环己-1-基)乙基)-D-α,β-二氨基丙酸；(N-β-1-(4,4-二甲基-2,6-二氧环己-
1-亚基)乙基)-L-α,β-二氨基丙酸；(N-β-4-甲基三苯甲基)-L-α,β-二氨基丙酸；(N-β-烯丙氧羰基)-L-α,β-二氨基丙酸；(N-γ-1-(4,4-二甲基-2,6-二氧代环己-1-亚基)乙基)-D-α,γ-二氨基丁酸；(N-γ-1-(4,4-二甲基-2,6-二氧代环己-1-亚基)乙基)-L-α,γ-二氨基丁酸；(N-γ-4-甲基三苯甲基)-D-α,γ-二氨基丁酸；(N-γ-4-甲基三苯甲基)-L-α,γ-二氨基丁酸；(N-γ-烯丙氧羰基)-L-α,γ-二氨基丁酸；D-α,γ-二氨基丁酸；4,5-脱氢-L-亮氨酸；环戊基-D-Gly-OH；环戊基-Gly-OH；D-烯丙基甘氨酸；D-环己基高丙氨酸；L-1-芘基丙氨酸；L-2-氨基己酸；L-烯丙基甘氨酸；L-环己基高丙氨酸；和N-(2-羟基-4-甲氧基-Bzl)-Gly-OH。
D-(3-噻吩基)甘氨酸；D-2-氨基己酸；D-2-茚满基甘氨酸；D-烯丙基甘氨酸·二环己基铵盐；D-环己基甘氨酸；D-正缬氨酸；D-苯基甘氨酸；β-氨基丁酸；β-氨基异丁酸；(2-溴苯基)甘氨酸；(2-甲氧基苯基)甘氨酸；(2-甲苯基)甘氨酸；(2-噻唑基)甘氨酸；(2-噻吩基)甘氨酸；2-氨基-3-(二甲氨基)-丙酸；L-α,β-二氨基丙酸；L-α-氨基丁酸；L-α-叔丁基甘氨酸；L-(3-噻吩基)甘氨酸；L-2-氨基-3-(二甲氨基)-丙酸；L-2-氨基己酸二环己基-铵盐；L-2-茚满基甘氨酸；L-烯丙基甘氨酸·二环己基铵盐；L-环己基甘氨酸；L-苯基甘氨酸；L-炔丙基甘氨酸；L-正缬氨酸；N-α-氨基甲基-L-丙氨酸；D-α,γ-二氨基丁酸；L-α,γ-二氨基丁酸；
β-环丙基-L-丙氨酸；(N-β-(2,4-二硝基苯基))-L-α,β-二氨基丙酸；(N-β-1-(4,4-二甲基-
2,6-二氧代亚环己-1-基)乙基)-D-α,β-二氨基丙酸；(N-β-1-(4,4-二甲基-2,6-二氧环己-
1-亚基)乙基)-L-α,β-二氨基丙酸；(N-β-4-甲基三苯甲基)-L-α,β-二氨基丙酸；(N-β-烯丙氧羰基)-L-α,β-二氨基丙酸；(N-γ-1-(4,4-二甲基-2,6-二氧代环己-1-亚基)乙基)-D-α,γ-二氨基丁酸；(N-γ-1-(4,4-二甲基-2,6-二氧代环己-1-亚基)乙基)-L-α,γ-二氨基丁酸；(N-γ-4-甲基三苯甲基)-D-α,γ-二氨基丁酸；(N-γ-4-甲基三苯甲基)-L-α,γ-二氨基丁酸；(N-γ-烯丙氧羰基)-L-α,γ-二氨基丁酸；D-α,γ-二氨基丁酸；4,5-脱氢-L-亮氨酸；环戊基-D-Gly-OH；环戊基-Gly-OH；D-烯丙基甘氨酸；D-环己基高丙氨酸；L-1-芘基丙氨酸；L-2-氨基己酸；L-烯丙基甘氨酸；L-环己基高丙氨酸；和N-(2-羟基-4-甲氧基-Bzl)-Gly-OH。
[0116] 氨基酸类似物包括精氨酸或赖氨酸的类似物。精氨酸和赖氨酸的氨基酸类似物的实例包括但不限于以下：瓜氨酸；L-2-氨基-3-胍基丙酸；L-2-氨基-3-脲基丙酸；L-瓜氨酸；Lys(Me)2-OH；Lys(N3)-OH；Nδ-苄氧羰基-L-鸟氨酸；Nω-硝基-D-精氨酸；Nω-硝基-L-精氨酸；α-甲基-鸟氨酸；2,6-二氨基庚二酸；L-鸟氨酸；(Nδ-1-(4,4-二甲基-2,6-二氧代-环己-
1-亚基)乙基)-D-鸟氨酸；(Nδ-1-(4,4-二甲基-2,6-二氧-环己-1-亚基)乙基)-L-鸟氨酸；
(Nδ-4-甲基三苯甲基)-D-鸟氨酸；(Nδ-4-甲基三苯甲基)-L-鸟氨酸；D-鸟氨酸；L-鸟氨酸；
Arg(Me)(Pbf)-OH；Arg(Me)2-OH(不对称的)；Arg(Me)2-OH(对称的)；Lys(ivDde)-OH；Lys(Me)2-OH·HCl；Lys(Me)3-OH氯化物；Nω-硝基-D-精氨酸；和Nω-硝基-L-精氨酸。
1-亚基)乙基)-D-鸟氨酸；(Nδ-1-(4,4-二甲基-2,6-二氧-环己-1-亚基)乙基)-L-鸟氨酸；
(Nδ-4-甲基三苯甲基)-D-鸟氨酸；(Nδ-4-甲基三苯甲基)-L-鸟氨酸；D-鸟氨酸；L-鸟氨酸；
Arg(Me)(Pbf)-OH；Arg(Me)2-OH(不对称的)；Arg(Me)2-OH(对称的)；Lys(ivDde)-OH；Lys(Me)2-OH·HCl；Lys(Me)3-OH氯化物；Nω-硝基-D-精氨酸；和Nω-硝基-L-精氨酸。
[0117] 氨基酸类似物包括天冬氨酸或谷氨酸的类似物。天冬氨酸和谷氨酸的氨基酸类似物的实例包括但不限于以下：α-甲基-D-天冬氨酸；α-甲基-谷氨酸；α-甲基-L-天冬氨酸；γ-亚甲基-谷氨酸；(N-γ-乙基)-L-谷氨酰胺；[N-α-(4-氨基苯甲酰基)]-L-谷氨酸；2,6-二氨基庚二酸；L-α-氨基辛二酸；D-2-氨基己二酸；D-α-氨基辛二酸；α-氨基庚二酸；亚氨基二乙酸；L-2-氨基己二酸；苏-β-甲基-天冬氨酸；γ-羧基-D-谷氨酸γ,γ-二-叔丁酯；γ-羧基-L-谷氨酸γ,γ-二-叔丁酯；Glu(OAll)-OH；L-Asu(OtBu)-OH；和焦谷氨酸。
[0118] 氨基酸类似物包括半胱氨酸和甲硫氨酸的类似物。半胱氨酸和甲硫氨酸的氨基酸类似物的实例包括但不限于Cys(法呢基)-OH、Cys(法呢基)-OMe、α-甲基-甲硫氨酸、Cys(2-羟乙基)-OH、Cys(3-氨丙基)-OH、2-氨基-4-(乙硫基)丁酸、丁硫氨酸、丁硫氨酸亚砜胺、乙硫氨酸、甲硫氨酸甲基锍氯化物、硒代甲硫氨酸、磺丙氨酸、[2-(4-吡啶基)乙基]-DL-青霉胺、[2-(4-吡啶基)乙基]-L-半胱氨酸、4-甲氧苄基-D-青霉胺、4-甲氧苄基-L-青霉胺、4-甲基苄基-D-青霉胺、4-甲基苄基-L-青霉胺、苄基-D-半胱氨酸、苄基-L-半胱氨酸、苄基-DL-高半胱氨酸、氨甲酰基-L-半胱氨酸、羧乙基-L-半胱氨酸、羧甲基-L-半胱氨酸、二苯基甲基-L-半胱氨酸、乙基-L-半胱氨酸、甲基-L-半胱氨酸、叔丁基-D-半胱氨酸、三苯甲基-L-高半胱氨酸、三苯甲基-D-青霉胺、胱硫醚、高胱氨酸、L-高胱氨酸、(2-氨基乙基)-L-半胱氨酸、硒代-L-胱氨酸、胱硫醚、Cys(StBu)-OH和乙酰氨甲基-D-青霉胺。
[0119] 氨基酸类似物包括苯丙氨酸和酪氨酸的类似物。苯丙氨酸和酪氨酸的氨基酸类似物的实例包括β-甲基-苯丙氨酸、β-羟基苯丙氨酸、α-甲基-3-甲氧基-DL-苯丙氨酸、α-甲基-D-苯丙氨酸、α-甲基-L-苯丙氨酸、1,2,3,4-四氢异喹啉-3-甲酸、2,4-二氯-苯丙氨酸、2-(三氟甲基)-D-苯丙氨酸、2-(三氟甲基)-L-苯丙氨酸、2-溴-D-苯丙氨酸、2-溴-L-苯丙氨酸、2-氯-D-苯丙氨酸、2-氯-L-苯丙氨酸、2-氰基-D-苯丙氨酸、2-氰基-L-苯丙氨酸、2-氟-D-苯丙氨酸、2-氟-L-苯丙氨酸、2-甲基-D-苯丙氨酸、2-甲基-L-苯丙氨酸、2-硝基-D-苯丙氨酸、2-硝基-L-苯丙氨酸、2,4,5-三羟基-苯丙氨酸、3,4,5-三氟-D-苯丙氨酸、3,4,5-三氟-L-苯丙氨酸、3,4-二氯-D-苯丙氨酸、3,4-二氯-L-苯丙氨酸、3,4-二氟-D-苯丙氨酸、3,
4-二氟-L-苯丙氨酸、3,4-二羟基-L-苯丙氨酸、3,4-二甲氧基-L-苯丙氨酸、3,5,3’-三碘-L-甲状腺原氨酸、3,5-二碘-D-酪氨酸、3,5-二碘-L-酪氨酸、3,5-二碘-L-甲状腺原氨酸、3-(三氟甲基)-D-苯丙氨酸、3-(三氟甲基)-L-苯丙氨酸、3-氨基-L-酪氨酸、3-溴-D-苯丙氨酸、3-溴-L-苯丙氨酸、3-氯-D-苯丙氨酸、3-氯-L-苯丙氨酸、3-氯-L-酪氨酸、3-氰基-D-苯丙氨酸、3-氰基-L-苯丙氨酸、3-氟-D-苯丙氨酸、3-氟-L-苯丙氨酸、3-氟-酪氨酸、3-碘-D-苯丙氨酸、3-碘-L-苯丙氨酸、3-碘-L-酪氨酸、3-甲氧基-L-酪氨酸、3-甲基-D-苯丙氨酸、3-甲基-L-苯丙氨酸、3-硝基-D-苯丙氨酸、3-硝基-L-苯丙氨酸、3-硝基-L-酪氨酸、4-(三氟甲基)-D-苯丙氨酸、4-(三氟甲基)-L-苯丙氨酸、4-氨基-D-苯丙氨酸、4-氨基-L-苯丙氨酸、4-苯甲酰基-D-苯丙氨酸、4-苯甲酰基-L-苯丙氨酸、4-双(2-氯乙基)氨基-L-苯丙氨酸、4-溴-D-苯丙氨酸、4-溴-L-苯丙氨酸、4-氯-D-苯丙氨酸、4-氯-L-苯丙氨酸、4-氰基-D-苯丙氨酸、
4-氰基-L-苯丙氨酸、4-氟-D-苯丙氨酸、4-氟-L-苯丙氨酸、4-碘-D-苯丙氨酸、4-碘-L-苯丙氨酸、高苯丙氨酸、甲状腺氨酸、3,3-二苯丙氨酸、甲状腺原氨酸、乙基-酪氨酸和甲基-酪氨酸。
4-二氟-L-苯丙氨酸、3,4-二羟基-L-苯丙氨酸、3,4-二甲氧基-L-苯丙氨酸、3,5,3’-三碘-L-甲状腺原氨酸、3,5-二碘-D-酪氨酸、3,5-二碘-L-酪氨酸、3,5-二碘-L-甲状腺原氨酸、3-(三氟甲基)-D-苯丙氨酸、3-(三氟甲基)-L-苯丙氨酸、3-氨基-L-酪氨酸、3-溴-D-苯丙氨酸、3-溴-L-苯丙氨酸、3-氯-D-苯丙氨酸、3-氯-L-苯丙氨酸、3-氯-L-酪氨酸、3-氰基-D-苯丙氨酸、3-氰基-L-苯丙氨酸、3-氟-D-苯丙氨酸、3-氟-L-苯丙氨酸、3-氟-酪氨酸、3-碘-D-苯丙氨酸、3-碘-L-苯丙氨酸、3-碘-L-酪氨酸、3-甲氧基-L-酪氨酸、3-甲基-D-苯丙氨酸、3-甲基-L-苯丙氨酸、3-硝基-D-苯丙氨酸、3-硝基-L-苯丙氨酸、3-硝基-L-酪氨酸、4-(三氟甲基)-D-苯丙氨酸、4-(三氟甲基)-L-苯丙氨酸、4-氨基-D-苯丙氨酸、4-氨基-L-苯丙氨酸、4-苯甲酰基-D-苯丙氨酸、4-苯甲酰基-L-苯丙氨酸、4-双(2-氯乙基)氨基-L-苯丙氨酸、4-溴-D-苯丙氨酸、4-溴-L-苯丙氨酸、4-氯-D-苯丙氨酸、4-氯-L-苯丙氨酸、4-氰基-D-苯丙氨酸、
4-氰基-L-苯丙氨酸、4-氟-D-苯丙氨酸、4-氟-L-苯丙氨酸、4-碘-D-苯丙氨酸、4-碘-L-苯丙氨酸、高苯丙氨酸、甲状腺氨酸、3,3-二苯丙氨酸、甲状腺原氨酸、乙基-酪氨酸和甲基-酪氨酸。
[0120] 氨基酸类似物包括脯氨酸的类似物。脯氨酸的氨基酸类似物的实例包括但不限于3,4-脱氢-脯氨酸、4-氟-脯氨酸、顺-4-羟基-脯氨酸、噻唑烷-2-甲酸和反-4-氟-脯氨酸。
[0121] 氨基酸类似物包括丝氨酸和苏氨酸的类似物。丝氨酸和苏氨酸的氨基酸类似物的实例包括但不限于3-氨基-2-羟基-5-甲基己酸、2-氨基-3-羟基-4-甲基戊酸、2-氨基-3-乙氧丁酸、2-氨基-3-甲氧丁酸、4-氨基-3-羟基-6-甲基庚酸、2-氨基-3-苄氧丙酸、2-氨基-3-苄氧丙酸、2-氨基-3-乙氧丙酸、4-氨基-3-羟基丁酸和α-甲基丝氨酸。
[0122] 氨基酸类似物包括色氨酸的类似物。色氨酸的氨基酸类似物的实例包括但不限于以下：α-甲基-色氨酸；β-(3-苯并噻吩基)-D-丙氨酸；β-(3-苯并噻吩基)-L-丙氨酸；1-甲基-色氨酸；4-甲基-色氨酸；5-苄氧基-色氨酸；5-溴-色氨酸；5-氯-色氨酸；5-氟-色氨酸；5-羟基-色氨酸；5-羟基-L-色氨酸；5-甲氧基-色氨酸；5-甲氧基-L-色氨酸；5-甲基-色氨酸；6-溴-色氨酸；6-氯-D-色氨酸；6-氯-色氨酸；6-氟-色氨酸；6-甲基-色氨酸；7-苄氧基-色氨酸；7-溴-色氨酸；7-甲基-色氨酸；D-1,2,3,4-四氢-去甲哈尔满-3-甲酸；6-甲氧基-1,
2,3,4-四氢去甲哈尔满-1-甲酸；7-氮杂色氨酸；L-1,2,3,4-四氢-去甲哈尔满-3-甲酸；5-甲氧基-2-甲基-色氨酸；和6-氯-L-色氨酸。
2,3,4-四氢去甲哈尔满-1-甲酸；7-氮杂色氨酸；L-1,2,3,4-四氢-去甲哈尔满-3-甲酸；5-甲氧基-2-甲基-色氨酸；和6-氯-L-色氨酸。
[0123] 在一些实施方案中，氨基酸类似物是外消旋的。在一些实施方案中，使用氨基酸类似物的D型异构体。在一些实施方案中，使用氨基酸类似物的L型异构体。在其他实施方案中，氨基酸类似物包含为R或S构型的手性中心。在又一些其他实施方案中，β-氨基酸类似物的氨基基团被诸如叔丁氧羰基(BOC基团)、9-芴甲氧羰基(FMOC)、甲苯磺酰基等保护基团取代。在一些其他实施方案中，β-氨基酸类似物的羧酸官能团例如作为其酯衍生物被保护。在一些实施方案中，使用氨基酸类似物的盐。
[0124] “非必需”氨基酸残基是相对于多肽的野生型序列可能发生改变而不消除或基本不改变其基本生物学或生物化学活性(例如，受体结合或激活)的残基。“必需”氨基酸残基是当相对于多肽的野生型序列发生改变时导致多肽的基本生物学或生物化学活性消除或基本消除的残基。
[0125] “保守氨基酸置换”是其中氨基酸残基被具有相似侧链的氨基酸残基所替代的氨基酸置换。本领域中已定义了具有相似侧链的氨基酸残基的家族。这些家族包括具有碱性侧链的氨基酸(例如，K、R、H)、具有酸性侧链的氨基酸(例如，D、E)、具有不带电荷的极性侧链的氨基酸(例如，G、N、Q、S、T、Y、C)、具有非极性侧链的氨基酸(例如，A、V、L、I、P、F、M、W)、具有β分支的侧链的氨基酸(例如，T、V、I)和具有芳香族侧链的氨基酸(例如，Y、F、W、H)。因此，多肽中预测的非必需氨基酸残基例如被来自同一侧链家族的另一种氨基酸残基所替代。可接受的置换的其他例子是基于电子等排考虑(例如，正亮氨酸取代甲硫氨酸)或其他性质(如2-噻吩丙氨酸取代苯丙氨酸，或6-Cl-色氨酸取代色氨酸)的置换。
[0126] 术语“封端基团”是指出现在本发明拟肽大环化合物的多肽链的羧基末端或氨基末端的化学部分。羧基末端的封端基团包括未修饰的羧酸(即-COOH)或具有取代基的羧酸。例如，羧基末端可被氨基取代，从而在C末端产生羧酰胺。各种取代基包括但不限于伯胺和仲胺，仲胺包括聚乙二醇化的仲胺。用于C末端的代表性的仲胺封端基团包括：
[0127] 氨基末端的封端基团包括未修饰的胺(即-NH2)或具有取代基的胺。例如，氨基末端可被酰基取代，从而在N-末端生成羧酰胺。各种取代基包括但不限于取代的酰基，包括C1-C6羰基、C7-C30羰基和聚乙二醇化的氨基甲酸酯。用于N-末端的代表性封端基团包括但不限于4-FBzl(4-氟-苄基)及以下：(未封端的)
[0128] 在本文中与大环化合物或大环形成连接体一起使用的术语“元”是指形成或可以形成大环的原子，并且不包括取代基或侧链原子。以此类推，环癸烷、1,2-二氟-癸烷和1,3-二甲基环癸烷都被认为是十元大环化合物，因为氢或氟取代基或甲基侧链都没有参与形成大环。
[0129] 当用作分子结构的一部分时，符号 是指单键或者反式或顺式双键。
[0130] 术语“氨基酸侧链”是指连接到氨基酸中的α-碳(或另一个骨架原子)上的部分。例如，丙氨酸的氨基酸侧链是甲基，苯丙氨酸的氨基酸侧链是苯甲基，半胱氨酸的氨基酸侧链是硫甲基，天冬氨酸的氨基酸侧链是羧甲基，酪氨酸的氨基酸侧链是4-羟基苯甲基，等等。也包括其他非天然存在的氨基酸侧链，例如，自然产生的氨基酸侧链(例如，氨基酸代谢物)或合成制备的氨基酸侧链(例如，α,α-二取代的氨基酸)。
[0131] 术语“α,α-二取代的氨基酸”是指包含的氨基和羧基都结合到碳(α-碳)上而该碳(α-碳)连接到两个天然或非天然氨基酸侧链上的分子或部分。
[0132] 术语“多肽”包括通过共价键(例如，酰胺键)连接的两个或更多个天然或非天然存在的氨基酸。本文所述的多肽包括全长蛋白质(例如，完全加工的蛋白质)以及较短的氨基酸序列(例如，天然存在的蛋白质的片段或合成的多肽片段)。
[0133] 术语“第一C-末端氨基酸”是指最靠近C-末端的氨基酸。术语“第二C-末端氨基酸”是指连接在第一C-末端氨基酸的N末端处的氨基酸。
[0134] 本文所用的术语“大环化试剂”或“大环形成试剂”是指任何可以用来通过介导两个反应性基团之间的反应而制备拟肽大环化合物的试剂。该反应性基团可以是，例如，叠氮和炔，在这种情况下，大环化试剂包括但不限于Cu试剂，如提供反应性Cu(I)物质的试剂，如CuBr、CuI或CuOTf，以及通过加入诸如抗坏血酸或抗坏血酸钠的还原剂可以原位转化为活性Cu(I)试剂的Cu(II)盐，如Cu(CO2CH3)2、CuSO4和CuCl2。大环化试剂另外还可以包括，例如，本领域已知的Ru试剂，如Cp*RuCl(PPh3)2、[Cp*RuCl]4，或其他可以提供反应性Ru(II)物质的Ru试剂。在其他情况下，反应性基团为末端烯烃。在这样的实施方案中，大环化试剂或大环形成试剂为复分解催化剂，包括但不限于稳定的后过渡金属卡宾络合物催化剂，如VIII族过渡金属卡宾催化剂。例如，这样的催化剂为具有+2氧化态、电子计数为16且五配位的Ru和Os金属中心。在其他实例中，催化剂具有W或Mo中心。各种催化剂在Grubbs等人,"Ring Closing Metathesis and Related Processes in Organic Synthesis"Acc.Chem.Res.1995,28,446-452，美国专利号5,811,515；美国专利号7,932,397；美国申请号2011/0065915；美国申请号2011/0245477；Yu等人，"Synthesis of Macrocyclic
Natural Products by Catalyst-Controlled Stereoselective Ring-Closing
Metathesis,"Nature 2011,479,88；和Peryshkov等人，"Z-Selective Olefin Metathesis Reactions Promoted by Tungsten Oxo Alkylidene Complexes,"J.Am.Chem.Soc.2011,
133,20754中公开。在另外其他的情况下，反应性基团为巯基。在这样的实施方案中，大环化试剂为，例如，用两个巯基反应性基团如卤素基团官能化的连接体。在一些实例中，大环化试剂包括钯试剂，例如Pd(PPh3)4、Pd(PPh3)2Cl2、Pd(dppe)Cl、Pd(dppp)Cl2和Pd(dppf)Cl2。
Natural Products by Catalyst-Controlled Stereoselective Ring-Closing
Metathesis,"Nature 2011,479,88；和Peryshkov等人，"Z-Selective Olefin Metathesis Reactions Promoted by Tungsten Oxo Alkylidene Complexes,"J.Am.Chem.Soc.2011,
133,20754中公开。在另外其他的情况下，反应性基团为巯基。在这样的实施方案中，大环化试剂为，例如，用两个巯基反应性基团如卤素基团官能化的连接体。在一些实例中，大环化试剂包括钯试剂，例如Pd(PPh3)4、Pd(PPh3)2Cl2、Pd(dppe)Cl、Pd(dppp)Cl2和Pd(dppf)Cl2。
[0135] 术语“卤代”或“卤素”是指氟、氯、溴或碘或其基团。
[0136] 术语“烷基”是指含有指定数目的碳原子的直链或支链烃链。例如，C1-C10表示该基团中具有1-10(含端值)个碳原子。在没有指定任何数值时，“烷基”是其中具有1-20(含端值)个碳原子的链(直链或支链)。
[0137] 术语“亚烷基”是指二价烷基(即，-R-)。
[0138] 术语“烯基”是指具有一个或多个碳-碳双键的直链或支链烃链。烯基部分含有指定数目的碳原子。例如，C2-C10表示该基团中具有2-10(含端值)个碳原子。术语“低级烯基”是指C2-C6烯基链。在没有指定任何数值时，“烯基”是其中具有2-20(含端值)个碳原子的链(直链或支链)。
[0139] 术语“炔基”是指具有一个或多个碳-碳叁键的直链或支链烃链。炔基部分含有指定数目的碳原子。例如，C2-C10表示该基团中具有2-10(含端值)个碳原子。术语“低级炔基”是指C2-C6炔基链。在没有指定任何数值时，“炔基”是其中具有2-20(含端值)个碳原子的链(直链或支链)。
[0140] 术语“芳基”是指6碳单环或10碳双环的芳香环系，其中各环的0、1、2、3或4个原子被取代基取代。芳基的例子包括苯基、萘基等。术语“芳基烷氧基”是指被芳基取代的烷氧基。
[0141] “烷基芳基(arylalkyl)”是指其中芳基的氢原子中的一个被如上定义的C1-C5烷基取代的如上定义的芳基。烷基芳基的代表性例子包括但不限于：2-甲基苯基、3-甲基苯基、4-甲基苯基、2-乙基苯基、3-乙基苯基、4-乙基苯基、2-丙基苯基、3-丙基苯基、4-丙基苯基、
2-丁基苯基、3-丁基苯基、4-丁基苯基、2-戊基苯基、3-戊基苯基、4-戊基苯基、2-异丙基苯基、3-异丙基苯基、4-异丙基苯基、2-异丁基苯基、3-异丁基苯基、4-异丁基苯基、2-仲丁基苯基、3-仲丁基苯基、4-仲丁基苯基、2-叔丁基苯基、3-叔丁基苯基和4-叔丁基苯基。
2-丁基苯基、3-丁基苯基、4-丁基苯基、2-戊基苯基、3-戊基苯基、4-戊基苯基、2-异丙基苯基、3-异丙基苯基、4-异丙基苯基、2-异丁基苯基、3-异丁基苯基、4-异丁基苯基、2-仲丁基苯基、3-仲丁基苯基、4-仲丁基苯基、2-叔丁基苯基、3-叔丁基苯基和4-叔丁基苯基。
[0142] “酰胺基芳基(arylamido)”是指其中芳基的氢原子中的一个被一个或多个-C(O)NH2基团取代的如上定义的芳基。酰胺基芳基的代表性例子包括：2-C(O)NH2-苯基、3-C(O)NH2-苯基、4-C(O)NH2-苯基、2-C(O)NH2-吡啶基、3-C(O)NH2-吡啶基和4-C(O)NH2-吡啶基。
[0143] “杂环基烷基(alkylheterocycle)”是指其中C1-C5烷基的氢原子中的一个被杂环取代的如上定义的C1-C5烷基。杂环基烷基的代表性例子包括但不限于：-CH2CH2-吗啉、-CH2CH2-哌啶、-CH2CH2CH2-吗啉和-CH2CH2CH2-咪唑。
[0144] “酰胺基烷基(alkylamido)”是指其中C1-C5烷基的氢原子中的一个被-C(O)NH2基团取代的如上定义的C1-C5烷基。酰胺基烷基的代表性例子包括但不限于：-CH2-C(O)NH2、-CH2CH2-C(O)NH2、-CH2CH2CH2C(O)NH2、-CH2CH2CH2CH2C(O)NH2、-CH2CH2CH2CH2CH2C(O)NH2、-CH2CH(C(O)NH2)CH3、-CH2CH(C(O)NH2)CH2CH3、-CH(C(O)NH2)CH2CH3、-C(CH3)2CH2C(O)NH2、-CH2-CH2-NH-C(O)-CH3、-CH2-CH2-NH-C(O)-CH3-CH3和-CH2-CH2–NH-C(O)-CH＝CH2。
[0145] “羟烷基(alkanol)”是指其中C1-C5烷基的氢原子中的一个被羟基取代的如上定义的C1-C5烷基。羟烷基的代表性例子包括但不限于：-CH2OH、-CH2CH2OH、-CH2CH2CH2OH、-CH2CH2CH2CH2OH、-CH2CH2CH2CH2CH2OH、-CH2CH(OH)CH3、-CH2CH(OH)CH2CH3、-CH(OH)CH3和-C(CH3)2CH2OH。
[0146] “羧基烷基(alkylcarboxy)”是指其中C1-C5烷基的氢原子中的一个被-COOH基团取代的如上定义的C1-C5烷基。羧基烷基的代表性例子包括但不限于：-CH2COOH、-CH2CH2COOH、-CH2CH2CH2COOH、-CH2CH2CH2CH2COOH、-CH2CH(COOH)CH3、-CH2CH2CH2CH2CH2COOH、-CH2CH(COOH)CH2CH3、-CH(COOH)CH2CH3和-C(CH3)2CH2COOH。
[0147] 本文使用的术语“环烷基”包括具有3-12个碳、优选3-8个碳、更优选3-6个碳的饱和的和部分不饱和的环烃基团，其中环烷基另外任选地被取代。一些环烷基包括但不限于：环丙基、环丁基、环戊基、环戊烯基、环己基、环己烯基、环庚基和环辛基。
[0148] 术语“杂芳基”是指芳香族的5-8元单环、8-12元双环或11-14元三环的环系，其如果是单环则具有1-3个杂原子，如果是双环则具有1-6个杂原子，或者如果是三环则具有1-9个杂原子，所述杂原子选自O、N或S(例如，如果是单环、双环或三环，分别为碳原子和1-3、1-6或1-9个O、N或S杂原子)，其中各个环的0、1、2、3或4个原子被取代基取代。杂芳基的例子包括吡啶基、呋喃基(furyl或furanyl)、咪唑基、苯并咪唑基、嘧啶基、噻吩基(thiophenyl或thienyl)、喹啉基(quinolinyl)、吲哚基、噻唑基等。
[0149] 术语“杂芳基烷基”或术语“杂芳烷基”是指被杂芳基取代的烷基。术语“杂芳基烷氧基”是指被杂芳基取代的烷氧基。
[0150] 术语“杂芳基烷基”或术语“杂芳烷基”是指被杂芳基取代的烷基。术语“杂芳基烷氧基”是指被杂芳基取代的烷氧基。
[0151] 术语“杂环基”是指非芳香族的5-8元单环、8-12元双环或11-14元三环的环系，其如果是单环则具有1-3个杂原子，如果是双环则具有1-6个杂原子，或者如果是三环则具有1-9个杂原子，所述杂原子选自O、N或S(例如，如果是单环、双环或三环，分别为碳原子和1-
3、1-6或1-9个O、N或S杂原子)，其中各个环的0、1、2或3个原子被取代基取代。杂环基的例子包括哌嗪基、吡咯烷基、二氧杂环己基、吗啉基、四氢呋喃基等。
3、1-6或1-9个O、N或S杂原子)，其中各个环的0、1、2或3个原子被取代基取代。杂环基的例子包括哌嗪基、吡咯烷基、二氧杂环己基、吗啉基、四氢呋喃基等。
[0152] 术语“取代基”是指取代任何分子、化合物或部分上的第二原子或基团如氢原子的基团。合适的取代基包括但不限于卤素、羟基、巯基、氧代、硝基、卤代烷基、烷基、烷芳基、芳基、芳烷基、烷氧基、硫代烷氧基、芳氧基、氨基、烷氧羰基、酰胺基、羧基、链烷磺酰基、烷基羰基和氰基。
[0153] 在一些实施方案中，本文公开的化合物包含一个或多个不对称中心，因而作为外消旋体或外消旋混合物、单一对映异构体、单独的非对映异构体和非对映体混合物存在。除非另外明确地指出，包括这些化合物的所有这样的异构体形式。在一些实施方案中，本文公开的化合物也呈现为多种互变异构形式，在这些情况下，所述化合物包括本文所述化合物的所有互变异构形式(例如，如果环系的烷基化作用导致在多个位置发生烷基化，那么本发明包括所有这些反应产物)。除非另外明确地指出，包括这些化合物的所有这些异构体形式。除非另外明确地指出，包括本文所述化合物的所有晶形。
[0154] 如本文所用的，术语“增加”和“减少”分别意味着导致至少5％的统计学显著的(即，p<0.1)增加或减少。
[0155] 如本文所用的，提及变量的数值范围旨在表示变量等于该范围内的任意值。因此，对于本身不连续的变量，该变量等于该数值范围内的任意整数值，包括该范围的端点。类似地，对于本身连续的变量，该变量等于该数值范围内的任意实值，包括该范围的端点。作为例子，而不是限制，如果变量本身是不连续的，描述为具有0-2之间的值的变量取0、1或2的值；而如果变量本身是连续的，则取0.0、0.1、0.01、0.001的值或≥0且≤2的其他任何实值。
[0156] 如本文所用的，除非另外特别指出，单词“或”以“和/或”的包含性含义使用，而非“任一/或”的排它性的含义。
[0157] 术语“平均”表示对于每个数据点通过进行至少3次独立的重复而获得的平均值。
[0159] 术语“结合亲和力”是指结合相互作用的强度，例如拟肽大环化合物与靶标之间的结合相互作用的强度。结合亲和力可以表示为，例如，平衡解离常数(“KD”)，其表示单位为浓度的量度(例如M、mM、μM、nM等)。在数字上，结合亲和力和KD值相反地变化，从而使得较低的结合亲和力对应于较高的KD值，而较高的结合亲和力对应于较低的KD值。在需要高结合亲和力的情况下，“改善的”结合亲和力是指较高的结合亲和力，因此指较低的KD值。
[0160] 术语“体外效力”是指测试化合物如拟肽大环化合物在体外测试系统或试验中产生有益结果的程度。例如，体外效力可以测量为“IC50”或“EC50”值，其表示测试化合物在测试系统中产生50％的最大效应的浓度。
[0161] 术语“体外效力之比”或“体外效力比”是指来自第一试验(分子)与来自第二试验(分母)的IC50或EC50值的比值。因此，针对试验1相比于试验2的改善的体外效力比是指较低的表示为IC50(试验1)/IC50(试验2)或EC50(试验1)/EC50(试验2)的比值。此概念也可表征为在试验1中相比于在试验2中的“改善的选择性”，这可能是由于针对靶标1的IC50或EC50值的降低，也可能是由于针对靶标2的IC50或EC50值的升高。
[0162] 如本文所用的术语“液体癌”是指存在于体液如血液、淋巴和骨髓中的癌细胞。液体癌包括白血病、骨髓瘤、骨髓增生异常综合征(MDS)和液体淋巴瘤。例如，液体癌可以是急性髓样白血病(AML)。液体淋巴瘤包括含有囊肿或液体区域的淋巴瘤。如本文所用的液体癌不包括实体瘤，例如不含有囊肿或液体区域的肉瘤和癌或实体淋巴瘤。
[0163] 如本文所用的术语“不良事件”(AE)包括由临床研究的任何阶段发生的身体体征、症状和/或实验室变化所指示的，任何有害的、病理的或非有意的解剖学、生理学或代谢功能的变化，不论其是否与研究药物的施用在时间上相关，并且不论其是否被认为与研究药物有关。该定义包括先前存在的医学状况或事件的加重、并发疾病、超敏反应、药物相互作用或临床上有意义的实验室检查结果。AE不包括以下各项：(i)医学或手术程序，例如，拔牙、输血、手术(导致该程序的医学状况将被记录为AE)；(ii)在研究开始时存在或检测到且没有恶化的先前存在的状况或程序；(iii)因选择性手术或其中未发生不利医学事件的其他情况而住院；(iv)异常的实验室值，除非研究人员认为它在临床上有意义，需要干预，或导致研究药物的延迟、中止或剂量变化；(v)未伴有体征/症状的研究药物或伴随用药的给药过量；如果出现体征/症状，则最终诊断应被记录为AE；(vi)妊娠，除非妊娠期间发生导致住院的并发症；在这种情况下，导致住院的医学状况将被记录为AE；以及(vii)作为此研究中的效力参数而收集、因此不记录为AE的所研究的疾病的显著恶化。
[0164] 如本文所用的术语严重不良事件(SAE)是指导致以下任一种结果的不良事件：(i)死亡；(ii)危及生命的不良体验(即，事件发生时存在因其而死亡的直接风险；这不包括在以更严重的形式发生时可能导致死亡的不良事件)；(iii)持续或重大的残疾/失能；(iv)住院或现有住院延长；以及(v)先天性异常/出生缺陷。在根据医学判断可能危及患者或可能需要医疗或外科手术来防止该定义中所列出的一种结果时，可能不会导致死亡、危及生命或需要住院的重要医疗事件可被视为严重的。因潜在疾病而住院将不会被报告为SAE，除非有理由怀疑与研究药物有因果关系。
[0165] 如果AE或疑似不良反应没有在拟肽大环化合物研究者手册中列出或没有以已观察到的特异性或严重性列出；或者与方案或其他地方描述的风险信息不一致，则其被视为“非预期的”(被称为非预期的不良事件(UAE))。例如，在该定义下，如果研究者手册仅提到肝酶升高或肝炎，则肝坏死将是非预期的(由于严重性更高)。类似地，如果研究者的手册仅列出脑血管意外，则脑血栓栓塞和脑血管炎将是非预期的(由于特异性更高)。该定义中使用的“非预期的”还指在研究者手册中提到伴随一类药物发生，或从拟肽大环化合物的药理学性质可以预期，但没有具体提及伴随该拟肽大环化合物发生的AE或疑似不良反应。
[0166] 如本文所用的“剂量限制毒性”(DLT)被定义为据认为可能、或许或必定与研究药物有关的任何非血液等级≥3的AE，以下情况除外：(1)对于疲劳、恶心、呕吐、腹泻或粘膜炎，需要全肠胃外营养(TPN)或住院治疗的所有4级和任何3级的AE才被视为DLT；(2)对于电解质失衡，只有在24小时内不对纠正发生响应的≥3级的AE才被视为DLT；(3)对于输液反应，只有导致住院治疗的3级反应或4级反应才被视为DLT；(4)任何等级的脱发；(5)可明确确定与研究药物无关的的任何事件(例如，仅与疾病进展有关)。DLT还包括：i)在没有活动性白血病或骨髓增生异常的情况下，ANC在治疗开始42天内未能恢复到>0.5Gi/L；和ii)在没有活动性白血病或骨髓增生异常的情况下，血小板计数在治疗开始42天内未能恢复到>20,000或伴有需要输注红细胞或血小板的临床上有意义的出血。此外，具体的血液学DLT被定义为：
(i)血小板减少—任意持续时间的4级，3级持续≥7天，或伴有临床上有意义的出血的3级
(ii)中性粒细胞减少—4级持续≥3天，或任何≥3级的发热性中性粒细胞减少
(i)血小板减少—任意持续时间的4级，3级持续≥7天，或伴有临床上有意义的出血的3级
(ii)中性粒细胞减少—4级持续≥3天，或任何≥3级的发热性中性粒细胞减少
[0167] 上述标准可用于在整个试验过程中对剂量减少、中断或中止进行单独的患者评定，但在第1周期发生的DLT将用于告知剂量递增决定的安全性和耐受性评价。DLT可评估的群体包括第一阶段剂量递增中在第一治疗周期期间经历DLT的所有患者。
[0168] 如本文所用的“最大耐受剂量”(MTD)被定义为6名患者中≤1名患者经历符合DLT的治疗相关毒性并且下一更高剂量使至多6名患者中≥2名患者经历DLT的剂量。在加入队列中的所有患者完成第1周期、中止治疗或减少剂量之前不能建立MTD。如果在之后的周期中观察到DLT，则将重新评价之前建立的剂量水平的耐受性。
[0169] 术语“受试者”或“患者”包括哺乳动物和非哺乳动物。哺乳动物的实例包括但不限于人；非人类灵长类动物，如黑猩猩，及其他猿类和猴物种；农场动物，如牛、马、绵羊、山羊、猪；家养动物，如兔子、狗和猫；实验动物，包括啮齿动物，如大鼠、小鼠和豚鼠，等等。非哺乳动物的实例包括但不限于鸟、鱼等。在本文提供的方法和组合物的一个实施方案中，所述哺乳动物为人。
[0170] 在下面的附图和描述中阐述了本发明的一个或多个具体实施方案的细节。从说明书、附图和权利要求书可以明显看出本发明的其他特征、目的和优势。概述
[0171] 在一方面，本发明提供了治疗受试者中被确定为缺乏p53灭活突变的液体癌的方法。该方法包括向该受试者施用治疗有效量的拟肽大环化合物或其药学上可接受的盐，其中该拟肽大环化合物与MDM2和/或MDMX蛋白结合。在一些实施方案中，该拟肽大环化合物破坏p53与MDM2和MDMX之间的相互作用。
[0172] 在另一方面，本发明提供了治疗受试者的表达野生型p53的液体癌的方法。该方法包括向受试者施用治疗有效量的拟肽大环化合物或其药学上可接受的盐，其中该拟肽大环化合物与MDM2和/或MDMX蛋白结合。在一些实施方案中，该拟肽大环化合物破坏p53与MDM2和MDMX之间的相互作用。
[0173] 在一些实施方案中，通过本文公开的方法治疗的受试者为人。在一些实施方案中，根据本文提供的方法治疗的受试者是已被诊断或被诊断为患有缺乏p53灭活突变并且/或者表达野生型p53的液体癌的人。在一些实施方案中，根据本文提供的方法对液体癌进行治疗的受试者是易发或易患缺乏p53灭活突变并且/或者表达野生型p53的液体癌的人。在一些实施方案中，根据本文提供的方法对液体癌进行治疗的受试者是处于发展出缺乏p53灭活突变并且/或者表达野生型p53的液体癌的风险中的人。在一些实例中，p53灭活突变可为p53蛋白的DNA结合域中的突变。在一些实例中，p53灭活突变可为错义突变。在多个实施方案中，所述液体癌可被确定为缺乏选自在残基R175、G245、R248、R249、R273和R282中的一个或多个处的突变的一个或多个p53灭活突变。液体癌中p53灭活突变的缺乏和/或野生型p53的存在可通过本领域已知的任何合适的方法来确定，例如通过测序、基于阵列的检测、RNA分析和扩增方法如PCR。
[0174] 在某些实施方案中，所述人类受试者对本领域已知的液体癌的一种或多种其他标准治疗而言是难治性的和/或无法忍受的。在一些实施方案中，所述人类受试者已经历至少一次不成功的针对液体癌的既往治疗和/或疗法。
[0175] 在一些实施方案中，本文提供的用于治疗液体癌的方法抑制、减小、缩小、阻止或稳定与该液体癌相关的液体癌细胞。在一些实施方案中，本文提供的用于治疗液体癌的方法抑制、减小、缩小、阻止或稳定与该液体癌或其一种或多种症状相关的液体癌细胞中的血液流动、代谢或水肿。在一些实施方案中，本文提供的用于治疗液体癌的方法导致液体癌细胞数目或液体癌细胞代谢以及/或者与该液体癌相关的一种或多种症状的消退。在一些实施方案中，如通过本领域技术人员可用的常规方法如超声、CT扫描、MRI、动态造影增强MRI或PET扫描所测量的，本文提供的用于治疗液体癌的方法保持CTC和/或MNBC数目，使CTC和/或MNBC数目不增加，或增加得比施用标准疗法后的CTC和/或MNBC数目增加少。在特定实施方案中，本文提供的用于治疗液体癌的方法使液体癌细胞数目减少。在一些实施方案中，本文提供的用于治疗液体癌的方法使CTC和/或MNBC形成减少。在某些实施方案中，本文提供的用于治疗液体癌的方法根除、去除或控制与该液体癌相关的原发性、区域性和/或转移性液体癌细胞。在一些实施方案中，本文提供的用于治疗液体癌的方法减少与该液体癌相关的转移的次数或大小。在一些实施方案中，本文提供的用于治疗液体癌的方法导致对该治疗的完全响应。在一些实施方案中，本文提供的用于治疗液体癌的方法导致对该治疗的部分响应。在一些实施方案中，通过本文公开的方法治疗的液体癌是稳定的疾病。在一些实施方案中，通过本文公开的方法治疗的液体癌是进行性疾病。
[0176] 可通过本文提供的方法治疗的液体癌包括但不限于白血病、骨髓瘤和液体淋巴瘤。在特定的实施方案中，可根据本文描述的方法治疗的液体癌包括但不限于液体淋巴瘤、白血病和骨髓瘤。可根据本文描述的方法治疗的示例性液体淋巴瘤和白血病包括但不限于急性髓性白血病(AML)、骨髓增生异常综合征(MDS)、慢性淋巴细胞性白血病/小淋巴细胞性淋巴瘤、B细胞幼淋巴细胞性白血病、淋巴浆细胞性淋巴瘤(例如瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症)、脾边缘区淋巴瘤、浆细胞骨髓瘤、浆细胞瘤、单克隆免疫球蛋白沉积疾病、重链病、结外边缘区B细胞淋巴瘤(也称为MALT淋巴瘤)、结节边缘区B细胞淋巴瘤(nmzl)、滤泡性淋巴瘤、套细胞淋巴瘤、弥漫性大B细胞淋巴瘤、纵隔(胸腺)大B细胞淋巴瘤、血管内大B细胞淋巴瘤、原发性渗出性淋巴瘤、伯基特淋巴瘤/白血病、T细胞幼淋巴细胞性白血病、T细胞大颗粒淋巴细胞性白血病、侵袭性NK细胞白血病、成人T细胞白血病/淋巴瘤、结节外NK/T细胞淋巴瘤、鼻型、肠病型T细胞淋巴瘤、肝脾T细胞淋巴瘤、母细胞性NK细胞淋巴瘤、蕈样肉芽肿病/塞扎里综合征、原发性皮肤CD30阳性T细胞淋巴增生性病症、原发性皮肤间变性大细胞淋巴瘤、淋巴瘤样丘疹病、血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤、外周T细胞淋巴瘤、未指明的间变性大细胞淋巴瘤、经典霍奇金淋巴瘤(结节性硬化型、混合细胞型、富淋巴细胞型、淋巴细胞消耗或未消耗型)和以结节性淋巴细胞为主的霍奇金淋巴瘤。
[0177] 在一方面，骨髓增生异常综合征(MDS)是以不同的形态学骨髓改变、血细胞计数异常、常见细胞遗传异常和复发性突变为特征的不均匀的一组克隆造血干细胞病症。MDS可能主要发生在老年人中。MDS的治疗可以基于风险分层，国际预后评分系统(IPSS)或修订的IPSS(IPSS-R)是最常见的分类系统。低风险的MDS患者可以接受支持性医护或造血生长因子。具有5q缺失的患者亚组可以用来那度胺来治疗。高风险患者可以用低甲基化剂(例如阿扎胞苷、地西他滨)、强化化疗和/或同种异体干细胞移植来治疗。在一些情况下，MDS患者可以转化为AML。一些MDS患者可以发展为进行性骨髓衰竭和/或死于与嗜中性粒细胞减少(例如感染)或血小板减少(例如出血)有关的并发症。MDS的初期控制可以基于风险分层。较新的IPSS-R可以将患者分为5类：极好、好、中等、高和极高风险组。在极好、好和选择的中等风险组中的患者可以归为“低风险”组，而高、极高和某些中等风险患者可以归为“高风险”组。阿扎胞苷(5’-氮杂胞苷)和地西他滨(5’-氮杂-2’脱氧胞苷)都是胞嘧啶类似物，可以导致DNA-甲基转移酶(DNMT)的抑制，并可以作为低甲基化剂。
[0178] 在另一方面，急性髓样白血病(AML)的特征在于髓样细胞增殖和积聚伴造血功能障碍。AML可以由化学暴露、先前的化疗和放疗或其他环境毒素引起。
[0179] 液体癌的实例包括涉及造血来源的增生性/赘生性细胞的癌症，例如由髓样、淋巴样或红细胞谱系或其前体细胞引起的癌症。示例性的病症包括：急性白血病，例如成红细胞白血病和急性巨核母细胞白血病。其他示例性的骨髓病症包括但不限于急性早幼粒细胞白血病(APML)、急性髓性白血病(AML)和慢性髓性白血病(CML)(综述见Vaickus,L.(1991)Crit Rev.in Oncol./Hemotol.11:267-97)；淋巴样恶性肿瘤包括但不限于急性淋巴母细胞性白血病(ALL)，其包括B-谱系ALL和T-谱系ALL、慢性淋巴细胞性白血病(CLL)、幼淋巴细胞性白血病(PLL)、多发性骨髓瘤、多毛细胞白血病(HLL)和瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症(WM)。其他形式的恶性液体淋巴瘤包括但不限于非霍奇金淋巴瘤及其变型、外周T细胞淋巴瘤、成人T细胞白血病/淋巴瘤(ATL)、皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)、巨粒淋巴细胞白血病(LGF)、霍奇金病和里德-斯特恩伯格病(Reed-Sternberg disease)。例如，液体癌包括但不限于急性淋巴细胞性白血病(ALL)；T-细胞急性淋巴细胞性白血病(T-ALL)；间变性大细胞淋巴瘤(ALCL)；慢性髓细胞性白血病(CML)；急性髓样白血病(AML)；慢性淋巴细胞性白血病(CLL)；B细胞慢性淋巴细胞性白血病(B-CLL)；弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)；嗜酸粒细胞过多/慢性嗜酸粒细胞增多；和伯基特淋巴瘤。
[0180] 在实施方案中，所述癌症包括急性淋巴母细胞性白血病；急性髓样白血病；AIDS相关癌症；AIDS相关淋巴瘤；慢性淋巴细胞性白血病；慢性髓性白血病；慢性骨髓增生性病症；皮肤T细胞淋巴瘤；霍奇金淋巴瘤；多发性骨髓瘤；多发性骨髓瘤/浆细胞肿瘤；非霍奇金淋巴瘤；原发性中枢神经系统(CNS)淋巴瘤；或T细胞淋巴瘤；在多个实施方案中，所述液体癌可以是B细胞慢性淋巴细胞性白血病、B细胞淋巴瘤-DLBCL、生发中心样B细胞淋巴瘤-
DLBCL、活化B细胞样B细胞淋巴瘤-DLBCL或伯基特淋巴瘤。
DLBCL、活化B细胞样B细胞淋巴瘤-DLBCL或伯基特淋巴瘤。
[0181] 所述拟肽大环化合物可以是任何交联的肽，即，包含在第一氨基酸残基(或类似物)与第二氨基酸残基之间形成大环的至少一个大环形成连接体的任何肽。例如，所述拟肽大环化合物可以是能够与MDM2和/或MDMX蛋白结合的拟肽大环化合物。在一些实施方案中，所述拟肽大环可以是式I的拟肽大环化合物：(式I)
其中：
Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的每一个单独地为氨基酸，其中Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的至少三个是与序列Phe3-X4-His5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10-X11-Ser12或Phe3-X4-Glu5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10/Cba10-X11-Ala12的相应位置处的氨基酸相同的氨基酸，其中每个X为氨基酸；
每个D和E独立地为氨基酸；
R1和R2独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们为未取代的或被卤素-取代；或者R1和R2中的至少一个形成连接至所述D或E氨基酸之一的α位置的大环形成连接体L’；
每个L或L’独立地为大环形成连接体
每个R5独立地为卤素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
每个R6独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
R7为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代，或是与D残基形成的环状结构的一部分；
R8为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代，或是与E残基形成的环状结构的一部分；
v为1-1000，例如1-500、1-200、1-100、1-50、1-30、1-20或1-10的整数；且
w为0-1000的整数。
其中：
Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的每一个单独地为氨基酸，其中Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的至少三个是与序列Phe3-X4-His5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10-X11-Ser12或Phe3-X4-Glu5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10/Cba10-X11-Ala12的相应位置处的氨基酸相同的氨基酸，其中每个X为氨基酸；
每个D和E独立地为氨基酸；
R1和R2独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们为未取代的或被卤素-取代；或者R1和R2中的至少一个形成连接至所述D或E氨基酸之一的α位置的大环形成连接体L’；
每个L或L’独立地为大环形成连接体
每个R5独立地为卤素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
每个R6独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
R7为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代，或是与D残基形成的环状结构的一部分；
R8为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代，或是与E残基形成的环状结构的一部分；
v为1-1000，例如1-500、1-200、1-100、1-50、1-30、1-20或1-10的整数；且
w为0-1000的整数。
[0182] 所述拟肽大环化合物的施用可通过任何合适的手段实现。例如，该拟肽大环化合物可肠胃外施用。例如，施用可以是静脉内施用、动脉内施用、骨内输注、肌肉内施用、脑内施用、脑室内施用、鞘内施用或皮下施用。在一些实施方案中，进行静脉内施用。
[0183] 在一些实施方案中，本文公开的方法另外或任选地包括对本发明的拟肽大环化合物在患有被确定为缺乏p53灭活突变的液体癌或患有表达野生型(WT)p53蛋白的液体癌的受试者中的安全性和/或耐受性进行评价。
[0184] 本文还提供了用于确定本文公开的拟肽大环化合物在患有被确定为缺乏p53灭活突变的液体癌或患有表达野生型(WT)p53蛋白的液体癌的受试者中的剂量限制毒性(DLT)和最大耐受剂量(MTD或OBD)或最佳生物学剂量(OBD)的方法。
[0185] 在一些实施方案中，本文公开的方法另外或任选地包括在向受试者单次和/或多次施用拟肽大环化合物后，对血液中的所述拟肽大环化合物和/或其代谢物进行药代动力学(PK)分析。
[0186] 在一些实施方案中，本文公开的方法另外或任选地包括研究所述拟肽大环化合物对液体癌样品(包括骨髓抽吸物)(例如，p21、胱天蛋白酶、MDM2)和血液样品(例如，巨噬细胞抑制细胞因子-1[MIC-1])中的药效学(PD)生物标志物的影响，以及评估这些生物标志物与临床响应之间的关系。
[0187] 在一些实施方案中，本文公开的方法另外或任选地包括用于评估潜在的患者生物标志物(例如，p53状态、MDM2和MDMX表达水平)、拟肽大环化合物治疗对这些生物标志物的影响，以及这些生物标志物与拟肽大环化合物的临床响应之间可能的关系的步骤。
[0188] 本文还提供了用于评价拟肽大环化合物在剂量扩充阶段于具有缺乏p53灭活突变并且/或者表达野生型p53的特定液体癌类型的受试者中的临床活性的方法。化合物和组合物
拟肽大环化合物
拟肽大环化合物
[0189] 在一些实施方案中，拟肽大环化合物具有式(I)：式I
其中：
每个A、C和D独立地为氨基酸；
每个B独立地为氨基酸、 [–NH–L3–CO–]、[–NH–L3–SO2–]或[–NH–L3–]；
每个E独立地为选自Ala(丙氨酸)、D-Ala(D-丙氨酸)、Aib(α-氨基异丁酸)、Sar(N-甲基甘氨酸)和Ser(丝氨酸)的氨基酸；
每个R3独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、杂烷基、环烷基、杂环烷基、环烷基烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代；
每个R1和R2独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们为未取代的或被卤素-取代；或者形成连接至所述D或E氨基酸之一的α位置的大环形成连接体L’；
每个L和L’独立地为大环形成连接体；
每个L3独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚环芳基、亚杂环芳基或[-R4-K-R4-]n，它们各自任选地被R5取代；
每个R4独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基；
每个K独立地为O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；
每个R5独立地为卤素、烷基、–OR6、–N(R6)2、–SR6、–SOR6、–SO2R6、–CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
每个R6独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
每个R7独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代，或是与D残基形成的环状结构的一部分；
每个R8独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代，或是与E残基形成的环状结构的一部分；
每个v独立地为0-1000，例如0-500、0-200、0-100、0-50、0-30、0-20、0-10、0-5、1-1000、
1-500、1-200、1-100、1-50、1-30、1-20、1-10、1-5、3-1000、3-500、3-200、3-100、3-50、3-30、
3-20、3-10、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10的整数；
每个w独立地为0-1000，例如0-500、0-200、0-100、0-50、0-30、0-20、0-10、0-5、1-1000、
1-500、1-200、1-100、1-50、1-30、1-20、1-10、1-5、3-1000、3-500、3-200、3-100、3-50、3-30、
3-20、3-10、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10的整数；
u为1-10的整数；
每个x、y和z独立地为0-10的整数；且
每个n独立地为1-5的整数。
其中：
每个A、C和D独立地为氨基酸；
每个B独立地为氨基酸、 [–NH–L3–CO–]、[–NH–L3–SO2–]或[–NH–L3–]；
每个E独立地为选自Ala(丙氨酸)、D-Ala(D-丙氨酸)、Aib(α-氨基异丁酸)、Sar(N-甲基甘氨酸)和Ser(丝氨酸)的氨基酸；
每个R3独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、杂烷基、环烷基、杂环烷基、环烷基烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代；
每个R1和R2独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们为未取代的或被卤素-取代；或者形成连接至所述D或E氨基酸之一的α位置的大环形成连接体L’；
每个L和L’独立地为大环形成连接体；
每个L3独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚环芳基、亚杂环芳基或[-R4-K-R4-]n，它们各自任选地被R5取代；
每个R4独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基；
每个K独立地为O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；
每个R5独立地为卤素、烷基、–OR6、–N(R6)2、–SR6、–SOR6、–SO2R6、–CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
每个R6独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
每个R7独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代，或是与D残基形成的环状结构的一部分；
每个R8独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代，或是与E残基形成的环状结构的一部分；
每个v独立地为0-1000，例如0-500、0-200、0-100、0-50、0-30、0-20、0-10、0-5、1-1000、
1-500、1-200、1-100、1-50、1-30、1-20、1-10、1-5、3-1000、3-500、3-200、3-100、3-50、3-30、
3-20、3-10、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10的整数；
每个w独立地为0-1000，例如0-500、0-200、0-100、0-50、0-30、0-20、0-10、0-5、1-1000、
1-500、1-200、1-100、1-50、1-30、1-20、1-10、1-5、3-1000、3-500、3-200、3-100、3-50、3-30、
3-20、3-10、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10的整数；
u为1-10的整数；
每个x、y和z独立地为0-10的整数；且
每个n独立地为1-5的整数。
[0190] 在一些实施方案中，每个v和w独立地为1-30的整数。在一些实施方案中，w或v为3-1000，例如3-500、3-200、3-100、3-50、3-30、3-20或3-10的整数。在一些实施方案中，x+y+z之和为3或6。在一些实施方案中，x+y+z之和为3。在其他实施方案中，x+y+z之和为6。
[0191] 在一些实施方案中，还提供了下式的拟肽大环化合物：其中：
Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的每一个单独地为氨基酸，其中Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的至少三个是与序列Phe3-X4-His5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10-X11-Ser12的相应位置处的氨基酸相同的氨基酸，其中每个X为氨基酸；
每个D和E独立地为氨基酸；
每个R1和R2独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们为未取代的或被卤素-取代；或者R1和R2中的至少一个形成连接至所述D或E氨基酸或Xaa3之一的α位置的大环形成连接体L’；
每个L或L’独立地为大环形成连接体；
每个R5独立地为卤素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
每个R6独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
每个R7独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代，或是与D残基形成的环状结构的一部分；
每个R8独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代，或是与E残基形成的环状结构的一部分；
每个v独立地为0-1000，例如0-500、0-200、0-100、0-50、0-30、0-20、0-10、0-5、1-1000、
1-500、1-200、1-100、1-50、1-30、1-20、1-10、1-5、3-1000、3-500、3-200、3-100、3-50、3-30、
3-20、3-10、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10的整数；且
每个w独立地为0-1000，例如0-500、0-200、0-100、0-50、0-30、0-20、0-10、0-5、1-1000、
1-500、1-200、1-100、1-50、1-30、1-20、1-10、1-5、3-1000、3-500、3-200、3-100、3-50、3-30、
3-20、3-10、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10的整数。
Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的每一个单独地为氨基酸，其中Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的至少三个是与序列Phe3-X4-His5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10-X11-Ser12的相应位置处的氨基酸相同的氨基酸，其中每个X为氨基酸；
每个D和E独立地为氨基酸；
每个R1和R2独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们为未取代的或被卤素-取代；或者R1和R2中的至少一个形成连接至所述D或E氨基酸或Xaa3之一的α位置的大环形成连接体L’；
每个L或L’独立地为大环形成连接体；
每个R5独立地为卤素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
每个R6独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
每个R7独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代，或是与D残基形成的环状结构的一部分；
每个R8独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代，或是与E残基形成的环状结构的一部分；
每个v独立地为0-1000，例如0-500、0-200、0-100、0-50、0-30、0-20、0-10、0-5、1-1000、
1-500、1-200、1-100、1-50、1-30、1-20、1-10、1-5、3-1000、3-500、3-200、3-100、3-50、3-30、
3-20、3-10、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10的整数；且
每个w独立地为0-1000，例如0-500、0-200、0-100、0-50、0-30、0-20、0-10、0-5、1-1000、
1-500、1-200、1-100、1-50、1-30、1-20、1-10、1-5、3-1000、3-500、3-200、3-100、3-50、3-30、
3-20、3-10、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10的整数。
[0192] 在一些实施方案中，每个v和w独立地为1-30的整数。在一些实施方案中，w或v为3-1000，例如3-500、3-200、3-100、3-50、3-30、3-20或3-10的整数。在一些实施方案中，x+y+z之和为3或6。在一些实施方案中，x+y+z之和为3。在其他实施方案中，x+y+z之和为6。
[0193] 在本文所述任何通式的一些实施方案中，Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的至少三个是与序列Phe3-X4-His5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10-X11-Ser12的相应位置处的氨基酸相同的氨基酸。在其他实施方案中，Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的至少四个是与序列Phe3-X4-His5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10-X11-Ser12的相应位置处的氨基酸相同的氨基酸。在其他实施方案中，Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的至少五个是与序列Phe3-X4-His5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10-X11-Ser12的相应位置处的氨基酸相同的氨基酸。在其他实施方案中，Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的至少六个是与序列Phe3-X4-His5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10-X11-Ser12的相应位置处的氨基酸相同的氨基酸。在其他实施方案中，Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的至少七个是与序列Phe3-X4-His5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10-X11-Ser12的相应位置处的氨基酸相同的氨基酸。
[0194] 在一些实施方案中，拟肽大环化合物具有下式：其中：
Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的每一个单独地为氨基酸，其中Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的至少三个是与序列Phe3-X4-Glu5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10/Cba10-X11-Ala12的相应位置处的氨基酸相同的氨基酸，其中每个X为氨基酸；
每个D独立地为氨基酸；
每个E独立地为氨基酸，例如选自Ala(丙氨酸)、D-Ala(D-丙氨酸)、Aib(α-氨基异丁
酸)、Sar(N-甲基甘氨酸)和Ser(丝氨酸)的氨基酸；
每个R1和R2独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们为未取代的或被卤素-取代；或者R1和R2中的至少一个形成连接至所述D或E氨基酸之一的α位置的大环形成连接体L’；
每个L或L’独立地为大环形成连接体；
每个R5独立地为卤素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
每个R6独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
每个R7独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代，或是与D残基形成的环状结构的一部分；
每个R8独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代，或是与E残基形成的环状结构的一部分；
v为0-1000，例如0-500、0-200、0-100、0-50、0-30、0-20、0-10、0-5、1-1000、1-500、1-
200、1-100、1-50、1-30、1-20、1-10、1-5、3-1000、3-500、3-200、3-100、3-50、3-30、3-20、3-
10、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10的整数；且
w地为0-1000，例如0-500、0-200、0-100、0-50、0-30、0-20、0-10、0-5、1-1000、1-500、1-
200、1-100、1-50、1-30、1-20、1-10、1-5、3-1000、3-500、3-200、3-100、3-50、3-30、3-20、3-
10、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10的整数。
Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的每一个单独地为氨基酸，其中Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的至少三个是与序列Phe3-X4-Glu5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10/Cba10-X11-Ala12的相应位置处的氨基酸相同的氨基酸，其中每个X为氨基酸；
每个D独立地为氨基酸；
每个E独立地为氨基酸，例如选自Ala(丙氨酸)、D-Ala(D-丙氨酸)、Aib(α-氨基异丁
酸)、Sar(N-甲基甘氨酸)和Ser(丝氨酸)的氨基酸；
每个R1和R2独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们为未取代的或被卤素-取代；或者R1和R2中的至少一个形成连接至所述D或E氨基酸之一的α位置的大环形成连接体L’；
每个L或L’独立地为大环形成连接体；
每个R5独立地为卤素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
每个R6独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
每个R7独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代，或是与D残基形成的环状结构的一部分；
每个R8独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代，或是与E残基形成的环状结构的一部分；
v为0-1000，例如0-500、0-200、0-100、0-50、0-30、0-20、0-10、0-5、1-1000、1-500、1-
200、1-100、1-50、1-30、1-20、1-10、1-5、3-1000、3-500、3-200、3-100、3-50、3-30、3-20、3-
10、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10的整数；且
w地为0-1000，例如0-500、0-200、0-100、0-50、0-30、0-20、0-10、0-5、1-1000、1-500、1-
200、1-100、1-50、1-30、1-20、1-10、1-5、3-1000、3-500、3-200、3-100、3-50、3-30、3-20、3-
10、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10的整数。
[0195] 在上述通式的一些实施方案中，Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的至少三个是与序列Phe3-X4-Glu5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10/Cba10-X11-Ala12的相应位置处的氨基酸相同的氨基酸。在上述通式的其他实施方案中，Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的至少四个是与序列Phe3-X4-Glu5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10/Cba10-X11-Ala12的相应位置处的氨基酸相同的氨基酸。在上述通式的其他实施方案中，Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的至少五个是与序列Phe3-X4-Glu5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10/Cba10-X11-Ala12的相应位置处的氨基酸相同的氨基酸。在上述通式的其他实施方案中，Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的至少六个是与序列Phe3-X4-Glu5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10/Cba10-X11-Ala12的相应位置处的氨基酸相同的氨基酸。在上述通式的其他实施方案中，Xaa3、Xaa5、Xaa6、Xaa7、Xaa8、Xaa9和Xaa10中的至少七个是与序列Phe3-X4-Glu5-Tyr6-Trp7-Ala8-Gln9-Leu10/Cba10-X11-Ala12的相应位置处的氨基酸相同的氨基酸。
[0196] 在一些实施方案中，w为3-10，例如3-6、3-8、6-8或6-10的整数。在一些实施方案中，w为3。在其他实施方案中，w为6。在一些实施方案中，v为1-10，例如2-5的整数。在一些实施方案中，v为2。
[0197] 在本文所述任何通式的实施方案中，所述大环形成连接体(L)具有式–L1–L2–，其中L1和L2独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚环芳基、亚杂环芳基或[-R4-K-R4-]n，它们各自任选地被R5取代；每个R4独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基；
每个K独立地为O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；
每个R3独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、杂烷基、环烷基、杂环烷基、环烷基烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代；且
n为1-5的整数。
每个K独立地为O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；
每个R3独立地为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、杂烷基、环烷基、杂环烷基、环烷基烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代；且
n为1-5的整数。
[0198] 在本文所述任何通式的一些实施方案中，L(或L’)为下式的大环形成连接体
[0199] 以下示出这类大环形成连接体L的示例性实施方案。
[0200] 在本文所述任何通式的实施方案中，L1和L2单独地或组合地形成三唑或硫醚。
[0201] 在本文所述任何通式的实施方案中，L1和L2单独地或组合地不形成三唑或硫醚。
[0202] 在一个实例中，R1和R2中的至少一个是未取代的或被卤素–取代的烷基。在另一个实例中，R1和R2均独立地为未取代的或被卤素–取代的烷基。在一些实施方案中，R1和R2中的至少一个为甲基。在其他实施方案中，R1和R2为甲基。
[0203] 在一些实施方案中，x+y+z至少为3。在其他实施方案中，x+y+z为1、2、3、4、5、6、7、8、9或10。在一些实施方案中，x+y+z之和为3或6。在一些实施方案中，x+y+z之和为3。在其他实施方案中，x+y+z之和为6。大环化合物或大环化合物前体中每次出现的A、B、C、D或E独立地选择。例如，由式[A]x表示的序列，当x为3时，包括其中氨基酸不相同的实施方案，例如Gln–Asp–Ala，以及其中氨基酸相同的实施方案，例如Gln–Gln–Gln。这适用于x、y或z在指定范围内的任意值。类似地，当u大于1时，各个化合物可包含相同或不同的拟肽大环化合物。
例如，化合物可以包含含有不同连接体长度或化学组成的拟肽大环化合物。
例如，化合物可以包含含有不同连接体长度或化学组成的拟肽大环化合物。
[0204] 在一些实施方案中，拟肽大环化合物包含为α-螺旋的二级结构且R8为–H，从而允许螺旋内氢键键合。在一些实施方案中，A、B、C、D或E中的至少一个为α,α-二取代的氨基酸。在一个实例中，B为α,α-二取代的氨基酸。例如，A、B、C、D或E中的至少一个为2-氨基异丁酸。
在其他实施方案中，A、B、C、D或E中的至少一个为
在其他实施方案中，A、B、C、D或E中的至少一个为
[0205] 在其他实施方案中，选择从第一Cα到第二Cα测量的大环形成连接体L的长度，以稳定希望的二级肽结构，例如由拟肽大环化合物的残基(包括但不是必须限于第一Cα到第二Cα之间的残基)形成的α-螺旋。
[0206] 在一个实施方案中，式(I)拟肽大环化合物为：其中每个R1和R2独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们为未取代的或被卤素-取代。
[0207] 在相关实施方案中，式(I)拟肽大环化合物为：其中每个R1’和R2’独立地为氨基酸。
[0208] 在其他实施方案中，式(I)拟肽大环化合物为以下所示的任何通式的化合物：其中“AA”表示任何天然或非天然氨基酸侧链，且 为如上定义的[D]v、[E]w，且n为0至20、50、100、200、300、400或500的整数。在一些实施方案中，n为0。在其他实施方案中，n小于50。
[0209] 以下示出了大环形成连接体L的示例性实施方案。其中X,Y＝-CH2-,O,S或NH 其中X,Y＝-CH2-,O,S或NH
m,n,o,p＝0-10 m,n,o,p＝0-10
其中X,Y＝-CH2-,O,S或NH 其中X,Y＝-CH2-,O,S或NH
m,n,o,p＝0-10 m,n,o＝0-10
R＝H,烷基,其它取代基
m,n,o,p＝0-10 m,n,o,p＝0-10
其中X,Y＝-CH2-,O,S或NH 其中X,Y＝-CH2-,O,S或NH
m,n,o,p＝0-10 m,n,o＝0-10
R＝H,烷基,其它取代基
[0210] 在其他实施方案中，为了促进细胞摄取，进一步修饰式I化合物中的D和/或E。在一些实施方案中，将拟肽大环化合物脂质化(lipidating)或PEG化有利于细胞摄取、提高生物利用度、增强血液循环、改变药代动力学、降低免疫原性和/或降低所需的给药频率。
[0211] 在其他实施方案中，式I化合物中的[D]和[E]中的至少一个代表包含另外的大环形成连接体的部分，使得该拟肽大环化合物包含至少两个大环形成连接体。在特定实施方案中，拟肽大环化合物包含两个大环形成连接体。在一个实施方案中，u为2。
[0212] 在一些实施方案中，本文所述的任何大环形成连接体可以与表3、表3a、表3b或表3c中所示的任何序列任意组合使用，也可以与本文所述的任何R–取代基任意组合使用。
[0213] 在一些实施方案中，拟肽大环化合物包含至少一个α-螺旋基序。例如，式I化合物中的A、B和/或C包含一个或多个α-螺旋。一般来说，α-螺旋每圈包含3至4个氨基酸残基。在一些实施方案中，拟肽大环化合物的α-螺旋包括1至5圈，因此包含3至20个氨基酸残基。在特定实施方案中，α-螺旋包括1圈、2圈、3圈、4圈或5圈。在一些实施方案中，大环形成连接体稳定化在拟肽大环化合物内包含的α-螺旋基序。因此，在一些实施方案中，选择大环形成连接体L从第一Cα到第二Cα的长度，以提高α-螺旋的稳定性。在一些实施方案中，大环形成连接体跨越α-螺旋的1圈至5圈。在一些实施方案中，大环形成连接体跨越α-螺旋的大约1圈、2圈、3圈、4圈或5圈。在一些实施方案中，大环形成连接体的长度为每圈α-螺旋大约 至或每圈α-螺旋大约 至 当大环形成连接体跨越大约1圈α-螺旋时，长度等于大约5个碳-碳键至13个碳-碳键，大约7个碳-碳键至11个碳-碳键，或大约9个碳-碳键。当大环形成连接体跨越大约2圈α-螺旋时，长度等于大约8个碳-碳键至16个碳-碳键，大约10个碳-碳键至14个碳-碳键，或大约12个碳-碳键。当大环形成连接体跨越大约3圈α-螺旋时，长度等于大约14个碳-碳键至22个碳-碳键，大约16个碳-碳键至20个碳-碳键，或大约18个碳-碳键。当大环形成连接体跨越大约4圈α-螺旋时，长度等于大约20个碳-碳键至28个碳-碳键，大约22个碳-碳键至26个碳-碳键，或大约24个碳-碳键。当大环形成连接体跨越大约5圈α-螺旋时，长度等于大约26个碳-碳键至34个碳-碳键，大约28个碳-碳键至32个碳-碳键，或大约30个碳-碳键。当大环形成连接体跨越大约1圈α-螺旋时，连接含有大约4个原子至12个原子，大约6个原子至10个原子，或大约8个原子。当大环形成连接体跨越大约2圈α-螺旋时，连接含有大约7个原子至15个原子，大约9个原子至13个原子，或大约11个原子。当大环形成连接体跨越大约3圈α-螺旋时，连接含有大约13个原子至21个原子，大约15个原子至19个原子，或大约17个原子。当大环形成连接体跨越大约4圈α-螺旋时，连接含有大约19个原子至
27个原子，大约21个原子至25个原子，或大约23个原子。当大环形成连接体跨越大约5圈α-螺旋时，连接含有大约25个原子至33个原子，大约27个原子至31个原子，或大约29个原子。
当大环形成连接体跨越大约1圈α-螺旋时，得到的大环形成含有大约17元至25元、大约19元至23元或大约21元的环。当大环形成连接体跨越大约2圈α-螺旋时，得到的大环形成含有大约29元至37元、大约31元至35元或大约33元的环。当大环形成连接体跨越大约3圈α-螺旋时，得到的大环形成含有大约44元至52元、大约46元至50元或大约48元的环。当大环形成连接体跨越大约4圈α-螺旋时，得到的大环形成含有大约59元至67元、大约61元至65元或大约
63元的环。当大环形成连接体跨越大约5圈α-螺旋时，得到的大环形成含有大约74元至82元、大约76元至80元或大约78元的环。
27个原子，大约21个原子至25个原子，或大约23个原子。当大环形成连接体跨越大约5圈α-螺旋时，连接含有大约25个原子至33个原子，大约27个原子至31个原子，或大约29个原子。
当大环形成连接体跨越大约1圈α-螺旋时，得到的大环形成含有大约17元至25元、大约19元至23元或大约21元的环。当大环形成连接体跨越大约2圈α-螺旋时，得到的大环形成含有大约29元至37元、大约31元至35元或大约33元的环。当大环形成连接体跨越大约3圈α-螺旋时，得到的大环形成含有大约44元至52元、大约46元至50元或大约48元的环。当大环形成连接体跨越大约4圈α-螺旋时，得到的大环形成含有大约59元至67元、大约61元至65元或大约
63元的环。当大环形成连接体跨越大约5圈α-螺旋时，得到的大环形成含有大约74元至82元、大约76元至80元或大约78元的环。
[0214] 在其他实施方案中，提供了式(IV)或(IVa)的拟肽大环化合物：式(IV)
式(IVa)
其中：
A、C、D和E独立地为天然或非天然氨基酸，并且末端D和E独立地任选地包括封端基团；
B为天然或非天然氨基酸、氨基酸类似物、 [-NH-L3-CO-]、[-NH-L3-SO2-]或
[-NH-L3-]；
R1和R2独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们为未取代的或被卤素-取代；或者R1和R2中的至少一个形成连接至所述D或E氨基酸之一的α位置的大环形成连接体L’；
R3为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、杂烷基、环烷基、杂环烷基、环烷基烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代；
L为式–L1–L2–的大环形成连接体；
L1、L2和L3独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚环芳基、亚杂环芳基或[-R4-K-R4-]n，它们各自任选地被R5取代；
每个R4为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基；
每个K为O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；
每个R5独立地为卤素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
每个R6独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
R7为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代；
v和w独立地为1-1000的整数；
u为1-10的整数；
x、y和z独立地为0-10的整数；且
n为1-5的整数。
式(IVa)
其中：
A、C、D和E独立地为天然或非天然氨基酸，并且末端D和E独立地任选地包括封端基团；
B为天然或非天然氨基酸、氨基酸类似物、 [-NH-L3-CO-]、[-NH-L3-SO2-]或
[-NH-L3-]；
R1和R2独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、环烷基烷基、杂烷基或杂环烷基，它们为未取代的或被卤素-取代；或者R1和R2中的至少一个形成连接至所述D或E氨基酸之一的α位置的大环形成连接体L’；
R3为氢、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、杂烷基、环烷基、杂环烷基、环烷基烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代；
L为式–L1–L2–的大环形成连接体；
L1、L2和L3独立地为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚环芳基、亚杂环芳基或[-R4-K-R4-]n，它们各自任选地被R5取代；
每个R4为亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚环烷基、亚杂环烷基、亚芳基或亚杂芳基；
每个K为O、S、SO、SO2、CO、CO2或CONR3；
每个R5独立地为卤素、烷基、-OR6、-N(R6)2、-SR6、-SOR6、-SO2R6、-CO2R6、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
每个R6独立地为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基烷基、杂环烷基、荧光部分、放射性同位素或治疗剂；
R7为–H、烷基、烯基、炔基、芳基烷基、环烷基、杂烷基、环烷基烷基、杂环烷基、环芳基或杂环芳基，它们任选地被R5取代；
v和w独立地为1-1000的整数；
u为1-10的整数；
x、y和z独立地为0-10的整数；且
n为1-5的整数。
[0215] 在一个实例中，L1和L2单独地或组合地不形成三唑或硫醚。
[0216] 在一个实例中，R1和R2中的至少一个是未取代的或被卤素–取代的烷基。在另一个实例中，R1和R2均独立地为未取代的或被卤素–取代的烷基。在一些实施方案中，R1和R2中的至少一个为甲基。在其他实施方案中，R1和R2为甲基。
[0217] 在一些实施方案中，x+y+z之和至少为1。在其他实施方案中，x+y+z之和至少为2。在其他实施方案中，x+y+z之和为1、2、3、4、5、6、7、8、9或10。大环化合物或大环化合物前体中每次出现的A、B、C、D或E独立地选择。例如，由式[A]x表示的序列，当x为3时，包括其中氨基酸不相同的实施方案，例如Gln–Asp–Ala，以及其中氨基酸相同的实施方案，例如Gln–Gln–Gln。这适用于x、y或z在指定范围内的任意值。
[0218] 在一些实施方案中，拟肽大环化合物包含为α-螺旋的二级结构且R8为–H，从而允许螺旋内氢键键合。在一些实施方案中，A、B、C、D或E中的至少一个为α,α-二取代的氨基酸。在一个实例中，B为α,α-二取代的氨基酸。例如，A、B、C、D或E中的至少一个为2-氨基异丁酸。
在其他实施方案中，A、B、C、D或E中的至少一个为
在其他实施方案中，A、B、C、D或E中的至少一个为
[0219] 在其他实施方案中，选择从第一Cα到第二Cα测量的大环形成连接体L的长度，以稳定希望的二级肽结构，例如由拟肽大环化合物的残基(包括但不是必须限于第一Cα到第二Cα之间的残基)形成的α-螺旋。
[0220] 以下示出了大环形成连接体-L1-L2-的示例性实施方案。其中X,Y＝-CH2-,O,S或NH 其中X,Y＝-CH2-,O,S或NH
m,n,o,p＝0-10 m,n,o,p＝0-10
其中X,Y＝-CH2-,O,S或NH 其中X,Y＝-CH2-,O,S或NH
m,n,o,p＝0-10 m,n,o＝0-10
R＝H,烷基,其它取代基
m,n,o,p＝0-10 m,n,o,p＝0-10
其中X,Y＝-CH2-,O,S或NH 其中X,Y＝-CH2-,O,S或NH
m,n,o,p＝0-10 m,n,o＝0-10
R＝H,烷基,其它取代基
[0221] 除非另有说明，否则任何化合物(包括拟肽大环化合物、大环化合物前体和其他组合物)也意在包括仅在是否存在一个或多个同位素富集的原子方面不同的化合物。例如，除了用氘或氚替代氢或者用13C-或14C-富集的碳替代碳以外具有所述结构的化合物在本发明的范围内。
[0222] 在一些实施方案中，本文公开的化合物可以在构成此类化合物的一个或多个原子处含有非自然比例的原子同位素。例如，该化合物可以用诸如例如氚(3H)、碘-125(125I)或碳-14(14C)的放射性同位素进行放射性标记。在其他实施方案中，一个或多个碳原子被硅原子替代。本文涉及本文公开的化合物的所有同位素变化，无论是放射性的还是非放射性的。
[0223] 所述拟肽大环化合物在人血液中的循环半衰期可为约1-24h。例如，该拟肽大环化合物在人血液中的循环半衰期可为约2-24h、4-24h、6-24h、8-24h、10-24h、12-24h、14-24h、16-24h、18-24h、20-24h、22-24h、1-20h、4-20h、6-20h、8-20h、10-20h、12-20h、14-20h、16-
20h、18-20h、1-16h、4-16h、6-16h、8-16h、10-16h、12-16h、14-16h、1-12h、4-12h、6-12h、8-
12h、10-12h、1-8h、4-8h、6-8h或1-4h。在一些实例中，该拟肽大环化合物在人血液中的循环半衰期可为约1-12h，例如约1h、2h、3h、4h、5h、6h、7h、8h、9h、10h、11h或12h。在一些实例中，该拟肽大环化合物在人血液中的循环半衰期为约2h。在一些实例中，该拟肽大环化合物在人血液中的循环半衰期为约4h。在一些实例中，该拟肽大环化合物在人血液中的循环半衰期为约6h。在一些实例中，该拟肽大环化合物在人血液中的循环半衰期为约8h。在一些实例中，该拟肽大环化合物在人血液中的循环半衰期为约10h。
20h、18-20h、1-16h、4-16h、6-16h、8-16h、10-16h、12-16h、14-16h、1-12h、4-12h、6-12h、8-
12h、10-12h、1-8h、4-8h、6-8h或1-4h。在一些实例中，该拟肽大环化合物在人血液中的循环半衰期可为约1-12h，例如约1h、2h、3h、4h、5h、6h、7h、8h、9h、10h、11h或12h。在一些实例中，该拟肽大环化合物在人血液中的循环半衰期为约2h。在一些实例中，该拟肽大环化合物在人血液中的循环半衰期为约4h。在一些实例中，该拟肽大环化合物在人血液中的循环半衰期为约6h。在一些实例中，该拟肽大环化合物在人血液中的循环半衰期为约8h。在一些实例中，该拟肽大环化合物在人血液中的循环半衰期为约10h。
[0224] 该拟肽大环化合物在生物组织中的半衰期可为约1-24h。例如，该拟肽大环化合物在人血液中的循环半衰期可为约1-24h、5-24h、10-24h、15-24h、20-24h、1-22h、5-22h、10-22h、15-22h、20-22h、1-20h、5-20h、15-20h、1-18h、5-18h、10-18h、15-18h、1-16h、5-16h、
10-16h、15-16h、1-14h、5-14h、10-14h、1-12h、5-12h、10-12h、1-10h、5-10h、1-8h、5-8h、1-
6h、5-6h或1-4h。在一些实例中，该拟肽大环化合物在人血液中的循环半衰期可为约5-20h，例如约5h、6h、7h、8h、9h、10h、11h、12h、13h、14h、15h、16h、17h、18h、19h或20h。在一些实例中，该拟肽大环化合物在人血液中的循环半衰期为约2h。在一些实例中，该拟肽大环化合物在人血液中的循环半衰期为约4h。在一些实例中，该拟肽大环化合物在人血液中的循环半衰期为约6h。在一些实例中，该拟肽大环化合物在人血液中的循环半衰期为约8h。在一些实例中，该拟肽大环化合物在人血液中的循环半衰期为约10h。
10-16h、15-16h、1-14h、5-14h、10-14h、1-12h、5-12h、10-12h、1-10h、5-10h、1-8h、5-8h、1-
6h、5-6h或1-4h。在一些实例中，该拟肽大环化合物在人血液中的循环半衰期可为约5-20h，例如约5h、6h、7h、8h、9h、10h、11h、12h、13h、14h、15h、16h、17h、18h、19h或20h。在一些实例中，该拟肽大环化合物在人血液中的循环半衰期为约2h。在一些实例中，该拟肽大环化合物在人血液中的循环半衰期为约4h。在一些实例中，该拟肽大环化合物在人血液中的循环半衰期为约6h。在一些实例中，该拟肽大环化合物在人血液中的循环半衰期为约8h。在一些实例中，该拟肽大环化合物在人血液中的循环半衰期为约10h。
[0225] 该拟肽大环化合物在人血液中的循环半衰期可大于、等于或小于该拟肽大环化合物在生物组织中的半衰期。在一些实例中，该拟肽大环化合物在人血液中的循环半衰期可大于该拟肽大环化合物在生物组织中的半衰期。在一些实例中，该拟肽大环化合物在人血液中的循环半衰期可等于该拟肽大环化合物在生物组织中的半衰期。在一些实例中，该拟肽大环化合物在生物组织中的半衰期大于该拟肽大环化合物在人血液中的循环半衰期。这可以促进该拟肽大环化合物以较低的剂量和/或较低的频率给药。在一些实施方案中，该拟肽大环化合物在生物组织中的半衰期比该拟肽大环化合物在人血液中的循环半衰期长至少1h、至少2h、至少3h、至少4h、至少5h、至少6h、至少7h、至少8h、至少9h、至少10h、至少11h或至少12h。在一些实例中，该拟肽大环化合物在人血液中的循环半衰期为约4h，且在生物组织中的半衰期为约10h。在一些实例中，该拟肽大环化合物在人血液中的循环半衰期为约6h，且在生物组织中的半衰期为约10h。
拟肽大环化合物的制备
拟肽大环化合物的制备
[0226] 拟肽大环化合物可以通过本领域已知的众多方法中的任意方法来制备。例如，在表3、表3a、表3b或表3c中由“$”或“$r8”表示的任何残基可以被替换为能够与同一分子中的第二残基形成交联体的残基或这样的残基的前体。
[0227] 各种实现拟肽大环化合物的形成的方法是本领域已知的。例如，Schafmeister等人,J.Am.Chem.Soc.122:5891-5892(2000)；Schafmeister和Verdine,J.Am.Chem.Soc.122:5891(2005)；Walensky等人,Science 305:1466-1470(2004)；美国专利号7,192,713和PCT申请WO 2008/121767中描述了式I的拟肽大环化合物的制备。在所引用的参考文献中公开的α,α-二取代的氨基酸和氨基酸前体可以用于拟肽大环化合物前体多肽的合成。例如，“S5-烯烃氨基酸”是(S)-α-(2’-戊烯基)丙氨酸，且“R8-烯烃氨基酸”是(R)-α-(2’-辛烯基)丙氨酸。在将这样的氨基酸掺入前体多肽中之后，末端烯烃与复分解反应催化剂反应，从而导致拟肽大环化合物的形成。在多个实施方案中，下列氨基酸可用于合成拟肽大环化合物。
[0228] 在其他实施方案中，所述拟肽大环化合物为式IV或IVa。制备这类大环化合物的方法例如在美国专利号7,202,332中描述。
[0229] 预计为合适的形成拟肽大环化合物的另外的方法包括以下文献中公开的方法：Mustapa,M.Firouz Mohd等人,J.Org.Chem(2003),68,第8193-8198页；Yang,Bin等人
Bioorg Med.Chem.Lett.(2004),14,第1403-1406页；美国专利5,364,851；美国专利5,446,
128；美国专利5,824,483；美国专利6,713,280和美国专利7,202,332。在这样的实施方案中，使用在α-位含有另外的取代基R-的氨基酸前体。这样的氨基酸在希望的位置并入大环化合物前体中，其可以处于交联体被取代的位置，或者，备选地，在大环化合物前体序列中的其他位置。然后根据指定的方法实现前体的环化。
试验
Bioorg Med.Chem.Lett.(2004),14,第1403-1406页；美国专利5,364,851；美国专利5,446,
128；美国专利5,824,483；美国专利6,713,280和美国专利7,202,332。在这样的实施方案中，使用在α-位含有另外的取代基R-的氨基酸前体。这样的氨基酸在希望的位置并入大环化合物前体中，其可以处于交联体被取代的位置，或者，备选地，在大环化合物前体序列中的其他位置。然后根据指定的方法实现前体的环化。
试验
[0230] 例如，拟肽大环化合物的性质通过使用下面所述的方法进行分析。在一些实施方案中，拟肽大环化合相对于缺乏本文所述的取代基的相应多肽具有改善的生物学性质。用于测定α-螺旋度的试验
[0231] 在溶液中，具有α-螺旋结构域的多肽的二级结构在随机卷曲结构和α-螺旋结构之间达到动态平衡，这通常被称为“百分螺旋度”。因此，例如，α-螺旋结构域在溶液中主要是随机卷曲，α-螺旋含量通常低于25％。另一方面，具有优化的连接体的拟肽大环化合物具有例如至少为相应的非交联多肽的2倍的α-螺旋度。在一些实施方案中，大环化合物具有高于50％的α-螺旋度。为了测定拟肽大环化合物的螺旋度，将化合物溶解于水溶液(例如，pH 7的50mM磷酸钾溶液或蒸馏水，达到25-50μM的浓度)。使用标准测量参数(例如，温度，20℃；
波长，190-260nm；步分辨率(step resolution)，0.5nm；速度，20nm/sec；累积，10；响应，1秒；带宽，1nm；路径长度，0.1cm)在分光偏振计(例如，Jasco J-710)上获得圆二色性(CD)谱。通过将平均残基椭圆度(例如，[Φ]222obs)除以模型螺旋十肽的报道值(Yang等人(1986),Methods Enzymol.130:208)来计算各个肽的α-螺旋含量。
用于测量解链温度(Tm)的试验
波长，190-260nm；步分辨率(step resolution)，0.5nm；速度，20nm/sec；累积，10；响应，1秒；带宽，1nm；路径长度，0.1cm)在分光偏振计(例如，Jasco J-710)上获得圆二色性(CD)谱。通过将平均残基椭圆度(例如，[Φ]222obs)除以模型螺旋十肽的报道值(Yang等人(1986),Methods Enzymol.130:208)来计算各个肽的α-螺旋含量。
用于测量解链温度(Tm)的试验
[0232] 含有二级结构如α-螺旋的拟肽大环化合物显示出例如比相应的非交联多肽更高的解链温度。通常，拟肽大环化合物显示出>60℃的Tm，表明在水溶液中高度稳定的结构。为了分析大环形成对解链温度的影响，将拟肽大环化合物或未修饰的肽溶于蒸馏水中(例如，以50μM的终浓度)，并且通过使用标准参数(例如，波长，222nm；步分辨率，0.5nm；速度，20nm/sec；累积，10；响应，1秒；带宽，1nm；温度上升速度，1℃/分钟；路径长度，0.1cm)在分光偏振计(例如，Jasco J-710)上测量椭圆度在一定温度范围(例如，4-95℃)内的变化来确定Tm。
蛋白酶抗性试验
蛋白酶抗性试验
[0233] 肽骨架的酰胺键易受到蛋白酶的水解，从而致使肽化合物在体内易于快速降解。但是，肽螺旋的形成通常包埋酰胺骨架，因此可以保护其免于蛋白水解裂解。拟肽大环化合物可以经历体外胰蛋白酶的蛋白水解，以评价与相应的非交联多肽相比其降解速率的任何变化。例如，拟肽大环化合物和相应的非交联多肽与胰蛋白酶琼脂糖一起温育，并在各个时间点通过离心猝灭反应，随后进行HPLC注入以根据280nm处的紫外吸收对残留的底物进行定量。简单来说，拟肽大环化合物和拟肽前体(5mcg)与胰蛋白酶琼脂糖(Pierce)(S/E～
125)温育0、10、20、90和180分钟。通过台式离心机高速离心猝灭反应；通过基于HPLC的在
280nm处的峰检测对分离的上清液中残余的底物进行定量。蛋白水解反应显示出一级动力学，且速率常数k由ln[S]相对于时间的曲线确定(k＝-1X斜率)。
离体稳定性试验
125)温育0、10、20、90和180分钟。通过台式离心机高速离心猝灭反应；通过基于HPLC的在
280nm处的峰检测对分离的上清液中残余的底物进行定量。蛋白水解反应显示出一级动力学，且速率常数k由ln[S]相对于时间的曲线确定(k＝-1X斜率)。
离体稳定性试验
[0234] 具有优化的连接体的拟肽大环化合物具有例如至少为相应的非交联多肽的2倍的离体半衰期，且具有12小时或更长的离体半衰期。对于离体血清稳定性研究，可以使用多种试验。例如，将拟肽大环化合物和相应的非交联多肽(2mcg)与新鲜的小鼠、大鼠和/或人血清(2mL)一起在37℃下温育0、1、2、4、8和24小时。为了测定完整化合物的水平，可以使用下面的程序：通过将100μl的血清转移到2ml离心管中，接着加入10μL的50％甲酸和500μL乙腈并在4±2℃下以14,000RPM离心10分钟来提取样品。然后将上清液转移到新的2ml管中，并在N2<10psi、37℃下在Turbovap上蒸发。样品在100μL的50:50乙腈:水中重建，并进行LC-MS/MS分析。体外结合试验
[0235] 为了评估拟肽大环化合物和拟肽前体与受体蛋白质的结合和亲和力，例如使用荧光偏振试验(FPA)。FPA技术使用偏振光和荧光示踪剂测量分子取向和分子迁移率。当用偏振光激发时，由于附接在具有高表观分子量的分子(例如，与大蛋白质结合的FITC标记的肽)上的荧光示踪剂(例如，FITC)与附接在较小分子(例如，在溶液中游离的FITC标记的肽)上的荧光示踪剂相比具有较慢的旋转速度，附接在具有高表观分子量的分子上的荧光示踪剂发射较高水平的偏振荧光。
[0236] 例如，荧光标记的(fluoresceinated)拟肽大环化合物(25nM)与接受体蛋白质(25-1000nM)在结合缓冲液(140mM NaCl、50mM Tris-HCL，pH 7.4)中在室温下温育30分钟。
例如，用发光分光光度计(例如，Perkin-Elmer LS50B)通过荧光偏振测定结合活性。可以使用例如Graphpad Prism软件(GraphPad Software,Inc.,San Diego,CA)通过非线性回归分析来确定Kd值。在一些实施方案中，拟肽大环化合物显示出与相应的非交联多肽类似的或更低的Kd。
用于表征肽-蛋白质相互作用的拮抗剂的体外置换试验
例如，用发光分光光度计(例如，Perkin-Elmer LS50B)通过荧光偏振测定结合活性。可以使用例如Graphpad Prism软件(GraphPad Software,Inc.,San Diego,CA)通过非线性回归分析来确定Kd值。在一些实施方案中，拟肽大环化合物显示出与相应的非交联多肽类似的或更低的Kd。
用于表征肽-蛋白质相互作用的拮抗剂的体外置换试验
[0237] 为了评估拮抗肽与接受体蛋白质之间相互作用的化合物的结合和亲和力，例如，使用利用来源于拟肽前体序列的荧光标记的拟肽大环化合物的荧光偏振试验(FPA)。FPA技术使用偏振光和荧光示踪剂测量分子取向和分子迁移率。当用偏振光激发时，由于附接在具有高表观分子量的分子(例如，与大蛋白质结合的FITC标记的肽)上的荧光示踪剂(例如，FITC)与附接在较小分子(例如，在溶液中游离的FITC标记的肽)上的荧光示踪剂相比具有较低的旋转速度，附接在具有高表观分子量的分子上的荧光示踪剂发射较高水平的偏振荧光。拮抗荧光标记的拟肽大环化合物与接受体蛋白质之间相互作用的化合物将在竞争性结合FPA实验中进行检测。
[0238] 例如，推定的拮抗剂化合物(1nM至1mM)和荧光标记的拟肽大环化合物(25nM)与接受体蛋白质(50nM)一起在结合缓冲液(140mM NaCl、50mM Tris-HCL，pH 7.4)中在室温下温育30分钟。例如，用发光分光光度计(例如，Perkin-Elmer LS50B)通过荧光偏振测定拮抗剂结合活性。可以使用例如Graphpad Prism软件(GraphPad Software,Inc.,San Diego,CA)通过非线性回归分析来确定Kd值。
[0239] 任一类分子，如有机小分子、肽、寡核苷酸或蛋白质，可以在该试验中作为推定的拮抗剂进行检测。通过亲和选择-质谱法对蛋白质-配体结合的分析
[0240] 为了评估测试化合物对蛋白质的结合和亲和力，例如采用亲和选择-质谱分析试验。按照以下对全系统对照实验概述的代表性程序，使用1μM拟肽大环化合物加5μM hMDM2进行蛋白质-配体结合实验。将40μM拟肽大环化合物储备溶液的1μL DMSO等份溶解在19μL PBS(磷酸盐缓冲盐水：含有150mM NaCl的50mM,pH 7.5磷酸盐缓冲液)中。得到的溶液通过反复吸液进行混合并通过在10 000g下离心10分钟进行澄清。向4μL等份得到的上清液中加入4μL 10μM hMDM2的PBS溶液。每个8.0μL实验样品因此含有在PBS中的浓度为5.0μM的40pmol(1.5μg)蛋白质，加1μM拟肽大环化合物和2.5％DMSO。针对每个浓度点如此制备的双份样品在室温下温育60分钟，然后冷却至4℃，之后进行5.0μL注入液的大小排阻层析-LC-MS分析。将含有靶蛋白、蛋白质-配体复合体和未结合的化合物的样品注入到SEC柱上，通过快速SEC步骤将复合体与未结合的成分在该柱上分离。采用UV检测器监测SEC柱洗脱液，以证实在SEC柱的外水体积中洗脱的早期洗脱的蛋白质级分从保留在柱上的未结合的成分中良好地分离出来。在含有蛋白质和蛋白质-配体复合体的峰从主UV检测器洗脱后，它进入样品环路，在其中从SEC阶段的流上截下，并通过阀门机构直接转移到LC-MS。通过ESI-MS以预期的m/z观察拟肽大环化合物的(M+3H)3+离子，证实检测到蛋白质-配体复合体。
用于蛋白质-配体Kd滴定实验的分析
用于蛋白质-配体Kd滴定实验的分析
[0241] 为了评估测试化合物对蛋白质的结合和亲和力，例如，进行蛋白质-配体Kd滴定实验。蛋白质-配体Kd滴定实验如下进行：制备连续稀释的滴定剂拟肽大环化合物储备溶液(5,2.5,...,0.098mM)的2μL DMSO等份，然后溶解在38μL PBS中。得到的溶液通过反复吸液进行混合并通过在10 000g下离心10分钟进行澄清。向4.0μL等份得到的上清液中加入4.0μL 10μM hMDM2的PBS溶液。每个8.0μL实验样品因此含有在PBS中的浓度为5.0μM的40pmol(1.5μg)蛋白质，不同浓度(125,62.5,...,0.24μM)的滴定肽和2.5％DMSO。针对每个浓度点如此制备的双份样品在室温下温育30分钟，然后冷却至4℃，之后进行2.0μL注入液的SEC-LC-MS分析。通过ESI-MS观察(M+H)1+、(M+2H)2+、(M+3H)3+和/或(M+Na)1+离子；对提取的离子色谱图进行定量，然后与方程拟合，以推导出结合亲和力Kd，如以下文献所述：“A General Technique to Rank Protein-Ligand Binding Affinities and Determine Allosteric vs.Direct Binding Site Competition in Compound Mixtures.”Annis,D.A.；Nazef,N.；Chuang,C.C.；Scott,M.P.；Nash,H.M.J.Am.Chem.Soc.2004,126,15495-15503，以及“ALIS:
An Affinity Selection-Mass Spectrometry System for the Discovery and
Characterization of Protein-Ligand Interactions”D.A.Annis,C.-C.Chuang,and N.Nazef.In Mass Spectrometry in Medicinal Chemistry.Wanner K, G:Wiley-
VCH编著；2007:121-184.Mannhold R,Kubinyi H,Folkers G(系列编者):Methods and Principles in Medicinal Chemistry。
通过亲和选择-质谱法进行竞争性结合实验的分析
An Affinity Selection-Mass Spectrometry System for the Discovery and
Characterization of Protein-Ligand Interactions”D.A.Annis,C.-C.Chuang,and N.Nazef.In Mass Spectrometry in Medicinal Chemistry.Wanner K, G:Wiley-
VCH编著；2007:121-184.Mannhold R,Kubinyi H,Folkers G(系列编者):Methods and Principles in Medicinal Chemistry。
通过亲和选择-质谱法进行竞争性结合实验的分析
[0242] 为了确定测试化合物竞争性结合蛋白质的能力，例如，进行亲和选择-质谱分析试验。通过将三种化合物中每一种的2μL等份400μM储备液与14μL DMSO混合制备每种成分40μM的配体混合物。然后，将1μL等份的该每种成分40μM的混合物与滴定剂拟肽大环化合物连续稀释储备溶液(10,5,2.5,...,0.078mM)的1μL DMSO等份混合。将这些2μL样品溶解在38μL PBS中。得到的溶液通过反复吸液进行混合并通过在10 000g下离心10分钟进行澄清。向4.0μL等份得到的上清液中加入4.0μL 10μM hMDM2蛋白的PBS溶液。每个8.0μL实验样品因此含有在PBS中的浓度为5.0μM的40pmol(1.5μg)蛋白质，加0.5μM配体、2.5％DMSO和不同浓度(125,62.5,...,0.98μM)的滴定剂拟肽大环化合物。针对每个浓度点如此制备的双份样品在室温下温育60分钟，然后冷却至4℃，之后进行2.0μL注入液的SEC-LC-MS分析。这些和其他方法的另外的细节在以下文献中提供：“A General Technique to Rank Protein-Ligand Binding Affinities and Determine Allosteric vs.Direct Binding Site
Competition in Compound Mixtures.”Annis,D.A.；Nazef,N.；Chuang,C.C.；Scott,M.P.；
Nash,H.M.J.Am.Chem.Soc.2004,126,15495-15503；以及“ALIS:An Affinity Selection-Mass Spectrometry System for the Discovery and Characterization of Protein-Ligand Interactions”D.A.Annis,C.-C.Chuang,and N.Nazef.In Mass Spectrometry in Medicinal Chemistry.Wanner K, G:Wiley-VCH编著；2007:121-184.Mannhold R,
Kubinyi H,Folkers G(系列编者):Methods and Principles in Medicinal Chemistry。
在完整细胞中的结合分析
Competition in Compound Mixtures.”Annis,D.A.；Nazef,N.；Chuang,C.C.；Scott,M.P.；
Nash,H.M.J.Am.Chem.Soc.2004,126,15495-15503；以及“ALIS:An Affinity Selection-Mass Spectrometry System for the Discovery and Characterization of Protein-Ligand Interactions”D.A.Annis,C.-C.Chuang,and N.Nazef.In Mass Spectrometry in Medicinal Chemistry.Wanner K, G:Wiley-VCH编著；2007:121-184.Mannhold R,
Kubinyi H,Folkers G(系列编者):Methods and Principles in Medicinal Chemistry。
在完整细胞中的结合分析
[0243] 有可能通过免疫沉淀实验测定肽或拟肽大环化合物与其天然受体在完整细胞中的结合。例如，完整的细胞与荧光标记的(FITC-标记的)化合物在无血清的情况下温育4小时，接着进行血清置换并进一步温育4-18小时。然后使细胞沉淀，并在4℃下在裂解缓冲液(50mM Tris[pH 7.6]、150mM NaCl、1％的CHAPS和蛋白酶抑制剂混合物)中温育10分钟。以14,000rpm离心提取物15分钟，收集上清液，并与10μl山羊抗-FITC抗体一起温育2小时，在4℃下旋转，接着进一步在4℃下与蛋白A/G Sepharose(50μl的50％微珠浆)温育2小时。快速离心之后，将沉淀物在含有渐增的盐浓度(例如，150、300、500mM)的裂解缓冲液中洗涤。随后以150mM NaCl再平衡微珠，之后加入含有SDS的样品缓冲液并煮沸。离心之后，任选地使用4％-12％梯度的Bis-Tris凝胶对上清液进行电泳，接着转移到Immobilon-P膜上。封闭后，任选地将印迹与检测FITC的抗体一起温育，也与一种或多种检测与拟肽大环化合物结合的蛋白质的抗体一起温育。
细胞透性分析
细胞透性分析
[0244] 与相应的非交联大环化合物相比，拟肽大环化合物例如具有更高的细胞透性。具有优化的连接体的拟肽大环化合物具有例如是相应的非交联大环化合物的至少2倍的细胞透性，并且常常观察到20％或更多的应用的拟肽大环化合物在4小时后已渗透入细胞。为了测量拟肽大环化合物和相应的非交联大环化合物的细胞透性，将完整的细胞与荧光标记的(例如荧光化的(fluoresceinated))拟肽大环化合物或相应的非交联大环化合物(10μM)一起在不含血清的培养基中37℃温育4小时，用培养基洗涤2次，并与胰蛋白酶(0.25％)在37℃下温育10分钟。再次洗涤细胞并将其重悬浮于PBS中。例如，通过使用FACSCalibur流式细胞仪或Cellomics’ HCS读数仪分析细胞荧光。细胞效力分析
[0245] 例如，在基于细胞的杀伤试验中，使用多种致瘤和非致瘤的细胞系及源自人类或小鼠细胞群体的原代细胞测定某些拟肽大环化合物的效力。例如，在与拟肽大环化合物(0.5-50μM)一起温育的24-96小时期间监测细胞的活力，以鉴定那些以EC50<10μM杀死细胞的化合物。检测细胞活力的几种标准分析是可以通过商业途径得到的，并且任选地用来评价拟肽大环化合物的效力。另外，测定膜联蛋白V和胱天蛋白酶激活的分析任选地用来评价拟肽大环化合物是否通过激活凋亡机制杀死细胞。例如，采用Cell Titer-glo试验，该试验确定随细胞内ATP浓度变化的细胞活力。体内稳定性分析
[0246] 为了研究拟肽大环化合物的体内稳定性，例如，向小鼠和/或大鼠通过静脉内、腹膜内、口服或吸入途径以0.1-50mg/kg的浓度施用化合物，并在注射后0'、5'、15'、30'、1小时、4小时、8小时和24小时抽取血样。然后如上所述通过LC-MS/MS测定25μL新鲜血清中的完整化合物的水平。在动物模型中的体内效力
[0247] 为了确定拟肽大环化合物在体内的抗致癌活性，例如，化合物单独给予(静脉内、腹膜内、口服、通过吸入或鼻途径)或与亚最佳剂量的相关化疗剂(例如，环磷酰胺、阿霉素、依托泊苷)联合给予。在一个实例中，在NOD-SCID小鼠遭受全身辐射3小时后，通过尾静脉注射稳定表达萤光素酶的5x 106RS4；11细胞(从急性淋巴细胞白血病患者的骨髓建立)。如果不予处理，在该模型中这种形式的白血病在3周内是致命的。例如，通过对小鼠注射D-萤光素(60mg/kg)并对麻醉的动物进行成像(例如，Xenogen In Vivo Imaging System,Caliper Life Sciences,Hopkinton,MA)可容易地监测该白血病。通过Living Image Software(Caliper Life Sciences,Hopkinton,MA)进行光子通量(photonic flux)(光子/秒)的积分(integration)来对全身生物发光进行定量。例如，拟肽大环化合物单独地或与亚最佳剂量的相关化学治疗剂联合地通过尾静脉或静脉内途径以0.1mg/kg-50mg/kg的剂量向白血病小鼠施用(注射后10天/实验第1天，生物发光范围为14-16)7-21天。任选地，在整个实验过程中每隔一天对小鼠成像，并在实验期间每天监测其存活。在实验结束时任选地对死亡的小鼠进行尸体检查。另一种动物模型是将稳定表达萤光素酶的DoHH2(源自人类滤泡性淋巴瘤的细胞系)植入到NOD-SCID小鼠中。这些体内试验任选地产生初步的药代动力学、药效学和毒理学数据。
临床试验
临床试验
[0248] 为了确定拟肽大环化合物对于人类治疗的适用性，进行了临床试验。例如，可选择出被诊断为患有液体癌并且需要治疗的患者并将他们分成治疗组和一个或多个对照组，其中，对治疗组施用拟肽大环化合物，而对照组接受安慰剂或已知的抗癌药物。这样，可以通过对患者组就诸如生存率和生活质量的因素进行比较来评价拟肽大环化合物的治疗安全性和有效性。在本实例中，相比于用安慰剂治疗的患者对照组，用拟肽大环化合物治疗的患者组可以显示出提高的长期生存率。制剂和给药
给药模式
给药模式
[0249] 有效量的本发明的拟肽大环化合物可以作为单剂量或多剂量通过任何接受的给药模式施用。在一些实施方案中，肠胃外施用本发明的拟肽大环化合物，例如通过皮下、肌肉内、鞘内、静脉内或硬膜外注射。例如，静脉内、动脉内、皮下或通过输注施用所述拟肽大环化合物。在一些实例中，静脉内施用所述拟肽大环化合物。在一些实例中，动脉内施用所述拟肽大环化合物。
[0250] 无论所选择的给药途径如何，本发明的拟肽大环化合物和/或本发明的药物组合物均配制成药学上可接受的剂型。通过与其他药物类似的方法，可将根据本发明的拟肽大环化合物配制用于以任何方便的方式施用用于人类或兽医学中。
[0251] 在一个方面，本发明提供了包含与一种或多种药学上可接受的载体(添加剂)和/或稀释剂一起配制的、治疗有效量的一种或多种上述拟肽大环化合物的药物制剂。在一个实施方案中，一种或多种本文所述的拟肽大环化合物被配制用于肠胃外给药，本文公开的一种或多种拟肽大环化合物可被配制为水性或非水性溶液、分散液、悬浮液或乳液，或可在临使用前重建成无菌可注射溶液或分散液的无菌粉末。这样的制剂可包含糖、醇、抗氧化剂、缓冲液、抑菌剂、使该制剂与意向接受者的血液等张的溶质，或悬浮剂或增稠剂。这些组合物还可含有辅剂，如防腐剂、润湿剂、乳化剂和分散剂。可通过包含各种抗细菌剂和抗真菌剂，例如，对羟基苯甲酸酯、氯丁醇、苯酚山梨酸等，确保防止微生物作用于主题化合物。还可期望组合物中包含等张剂，如糖、氯化钠等。此外，可通过包含延缓吸收的药剂如单硬脂酸铝和明胶，导致可注射药物形式的延长吸收。若需要，可在使用前，用例如等张盐水溶液或右旋糖溶液稀释该制剂。在一些实例中，所述拟肽大环化合物被配置为水溶液并静脉内施用。
给药量和频率
给药量和频率
[0252] 可采用各种技术确定剂量。所选择的剂量水平可取决于多种因素，包括所采用的特定拟肽大环化合物的活性，给药途径，给药时间，所采用的特定拟肽大环化合物的排出或代谢速率，治疗的持续时间，与所采用的特定拟肽大环化合物联合使用的其他药物、化合物和/或物质，所治疗的患者的年龄、性别、体重、状况、总体健康和既往医疗史，以及医学领域公知的其他因素。剂量值还可随待缓解的状况的严重程度而变化。对于任何特定的受试者，可根据个体需要以及施用该组合物或监督该组合物的施用的人的专业判断而随时间调整具体剂量方案。
[0253] 医师或兽医可开具所需的化合物的有效量。例如，该医师或兽医可以以低于所需水平的水平开始在所述化合物中采用的本发明化合物的给药，以便实现所需的治疗效果并逐渐增加剂量直到实现所需的效果。
[0254] 在一些实施方案中，本发明的拟肽大环化合物的合适的每日剂量可以是为有效产生治疗效果的最低剂量的拟肽大环化合物的量。这样的有效剂量通常将取决于上述因素。将在给定患者中产生最有效治疗的任何特定拟肽大环化合物的准确给药时间和量将取决于特定拟肽大环化合物的活性、药代动力学和生物利用度，患者的生理学状况(包括年龄、性别、疾病类型和阶段、总体身体状况、对给定剂量的响应性和药物类型)、给药途径，等等。
[0255] 剂量可基于每kg患者体重的拟肽大环化合物的量。或者，可通过参考拟肽大环化合物的血浆浓度来确定本发明的剂量。例如，可以使用最大血浆浓度(Cmax)和从时间0至无穷的血浆浓度-时间曲线下面积(AUC)。
[0256] 在一些实施方案中，所述受试者为人类受试者，并且所施用的化合物的量为每千克人类受试者体重0.01-100mg。例如，在多个实例中，所施用的化合物的量为约0.01-50mg/kg、约0.01-20mg/kg、约0.01-10mg/kg、约0.1-100mg/kg、约0.1-50mg/kg、约0.1-20mg/kg、约0.1-10mg/kg、约0.5-100mg/kg、约0.5-50mg/kg、约0.5-20mg/kg、约0.5-10mg/kg、约1-100mg/kg、约1-50mg/kg、约1-20mg/kg、约1-10mg/kg人类受试者体重。在一个实施方案中，施用每千克人类受试者体重约0.5mg-10mg拟肽大环化合物。在一些实例中，所施用的化合物的量为每千克人类受试者体重约0.16mg、约0.32mg、约0.64mg、约1.28mg、约3.56mg、约
7.12mg、约约14.24mg或约20mg。在一些实例中，所施用的化合物的量为每千克人类受试者体重约0.16mg、约0.32mg、约0.64mg、约1.28mg、约3.56mg、约7.12mg或约14.24mg。在一些实例中，所施用的化合物的量为每千克人类受试者体重约0.16mg。在一些实例中，所施用的化合物的量为每千克人类受试者体重约0.32mg。在一些实例中，所施用的化合物的量为每千克人类受试者体重约0.64mg。在一些实例中，所施用的化合物的量为每千克人类受试者体重约1.28mg。在一些实例中，所施用的化合物的量为每千克人类受试者体重约3.56mg。在一些实例中，所施用的化合物的量为每千克人类受试者体重约7.12mg。在一些实例中，所施用的化合物的量为每千克人类受试者体重约14.24mg。
7.12mg、约约14.24mg或约20mg。在一些实例中，所施用的化合物的量为每千克人类受试者体重约0.16mg、约0.32mg、约0.64mg、约1.28mg、约3.56mg、约7.12mg或约14.24mg。在一些实例中，所施用的化合物的量为每千克人类受试者体重约0.16mg。在一些实例中，所施用的化合物的量为每千克人类受试者体重约0.32mg。在一些实例中，所施用的化合物的量为每千克人类受试者体重约0.64mg。在一些实例中，所施用的化合物的量为每千克人类受试者体重约1.28mg。在一些实例中，所施用的化合物的量为每千克人类受试者体重约3.56mg。在一些实例中，所施用的化合物的量为每千克人类受试者体重约7.12mg。在一些实例中，所施用的化合物的量为每千克人类受试者体重约14.24mg。
[0257] 在一些实施方案中，每周施用两次每千克人类受试者体重约0.5-约20mg或约0.5-约10mg的化合物。例如，每周施用两次每千克人类受试者体重约0.5-约1mg、约0.5-约5mg、约0.5-约10mg、约0.5-约15mg、约1-约5mg、约1-约10mg、约1-约15mg、约1-约20mg、约5-约10mg、约1-约15mg、约5-约20mg、约10-约15mg、约10-约20mg或约15-约20mg的化合物。在一些实例中，每周施用两次每千克人类受试者体重约1mg、约1.25mg、约1.5mg、约1.75mg、约
2mg、约2.25mg、约2.5mg、约2.75mg、约3mg、约3.25mg、约3.5mg、约3.75mg、约4mg、约4.25mg、约4.5mg、约4.75mg、约5mg、约5.25mg、约5.5mg、约5.75mg、约6mg、约6.25mg、约6.5mg、约
6.75mg、约7mg、约7.25mg、约7.5mg、约7.75mg、约8mg、约8.25mg、约8.5mg、约8.75mg、约9mg、约9.25mg、约9.5mg、约9.75mg、约10mg、约10.25mg、约10.5mg、约10.75mg、约11mg、约
11.25mg、约11.5mg、约11.75mg、约12mg、约12.25mg、约12.5mg、约12.75mg、约13mg、约
13.25mg、约13.5mg、约13.75mg、约14mg、约14.25mg、约14.5mg、约14.75mg、约15mg、约
15.25mg、约15.5mg、约15.75mg、约16mg、约16.5mg、约17mg、约17.5mg、约18mg、约18.5mg、约
19mg、约19.5mg或约20mg的化合物。在一些实例中，所施用的化合物的量为每千克人类受试者体重约1.25mg、约2.5mg、约5mg、约10mg或约20mg，并且所述化合物每周施用两次。在一些实例中，所施用的化合物的量为每千克人类受试者体重约1.25mg、约2.5mg、约5mg或约
10mg，并且所述拟化合物每周施用两次。
2mg、约2.25mg、约2.5mg、约2.75mg、约3mg、约3.25mg、约3.5mg、约3.75mg、约4mg、约4.25mg、约4.5mg、约4.75mg、约5mg、约5.25mg、约5.5mg、约5.75mg、约6mg、约6.25mg、约6.5mg、约
6.75mg、约7mg、约7.25mg、约7.5mg、约7.75mg、约8mg、约8.25mg、约8.5mg、约8.75mg、约9mg、约9.25mg、约9.5mg、约9.75mg、约10mg、约10.25mg、约10.5mg、约10.75mg、约11mg、约
11.25mg、约11.5mg、约11.75mg、约12mg、约12.25mg、约12.5mg、约12.75mg、约13mg、约
13.25mg、约13.5mg、约13.75mg、约14mg、约14.25mg、约14.5mg、约14.75mg、约15mg、约
15.25mg、约15.5mg、约15.75mg、约16mg、约16.5mg、约17mg、约17.5mg、约18mg、约18.5mg、约
19mg、约19.5mg或约20mg的化合物。在一些实例中，所施用的化合物的量为每千克人类受试者体重约1.25mg、约2.5mg、约5mg、约10mg或约20mg，并且所述化合物每周施用两次。在一些实例中，所施用的化合物的量为每千克人类受试者体重约1.25mg、约2.5mg、约5mg或约
10mg，并且所述拟化合物每周施用两次。
[0258] 在一些实施方案中，每周施用一次每千克人类受试者体重约0.5-约20mg或约0.5-约10mg的化合物。例如，每周施用一次每千克人类受试者体重约0.5-约1mg、约0.5-约5mg、约0.5-约10mg、约0.5-约15mg、约1-约5mg、约1-约10mg、约1-约15mg、约1-约20mg、约5-约10mg、约1-约15mg、约5-约20mg、约10-约15mg、约10-约20mg或约15-约20mg的化合物。在一些实例中，每周施用一次每千克人类受试者体重约1mg、约1.25mg、约1.5mg、约1.75mg、约
2mg、约2.25mg、约2.5mg、约2.75mg、约3mg、约3.25mg、约3.5mg、约3.75mg、约4mg、约4.25mg、约4.5mg、约4.75mg、约5mg、约5.25mg、约5.5mg、约5.75mg、约6mg、约6.25mg、约6.5mg、约
6.75mg、约7mg、约7.25mg、约7.5mg、约7.75mg、约8mg、约8.25mg、约8.5mg、约8.75mg、约9mg、约9.25mg、约9.5mg、约9.75mg、约10mg、约10.25mg、约10.5mg、约10.75mg、约11mg、约
11.25mg、约11.5mg、约11.75mg、约12mg、约12.25mg、约12.5mg、约12.75mg、约13mg、约
13.25mg、约13.5mg、约13.75mg、约14mg、约14.25mg、约14.5mg、约14.75mg、约15mg、约
15.25mg、约15.5mg、约15.75mg、约16mg、约16.5mg、约17mg、约17.5mg、约18mg、约18.5mg、约
19mg、约19.5mg或约20mg的化合物。在一些实例中，所施用的化合物的量为每千克人类受试者体重约1.25mg、约2.5mg、约5mg、约10mg或约20mg，并且所述化合物每周施用一次。在一些实例中，所施用的化合物的量为每千克人类受试者体重约1.25mg、约2.5mg、约5mg或约
10mg，并且所述化合物每周施用一次。
2mg、约2.25mg、约2.5mg、约2.75mg、约3mg、约3.25mg、约3.5mg、约3.75mg、约4mg、约4.25mg、约4.5mg、约4.75mg、约5mg、约5.25mg、约5.5mg、约5.75mg、约6mg、约6.25mg、约6.5mg、约
6.75mg、约7mg、约7.25mg、约7.5mg、约7.75mg、约8mg、约8.25mg、约8.5mg、约8.75mg、约9mg、约9.25mg、约9.5mg、约9.75mg、约10mg、约10.25mg、约10.5mg、约10.75mg、约11mg、约
11.25mg、约11.5mg、约11.75mg、约12mg、约12.25mg、约12.5mg、约12.75mg、约13mg、约
13.25mg、约13.5mg、约13.75mg、约14mg、约14.25mg、约14.5mg、约14.75mg、约15mg、约
15.25mg、约15.5mg、约15.75mg、约16mg、约16.5mg、约17mg、约17.5mg、约18mg、约18.5mg、约
19mg、约19.5mg或约20mg的化合物。在一些实例中，所施用的化合物的量为每千克人类受试者体重约1.25mg、约2.5mg、约5mg、约10mg或约20mg，并且所述化合物每周施用一次。在一些实例中，所施用的化合物的量为每千克人类受试者体重约1.25mg、约2.5mg、约5mg或约
10mg，并且所述化合物每周施用一次。
[0259] 在一些实施方案中，每周施用3次、4次、5次、6次或7次每千克人类受试者体重约0.5-约20mg或0.5-约10mg的化合物。例如，每周施用3次、4次、5次、6次或7次每千克人类受试者体重约约0.5-约1mg、约0.5-约5mg、约0.5-约10mg、约0.5-约15mg、约1-约5mg、约1-约
10mg、约1-约15mg、约1-约20mg、约5-约10mg、约1-约15mg、约5-约20mg、约10-约15mg、约10-约20mg或约15-约20mg的化合物。在一些实例中，每周施用3次、4次、5次、6次或7次每千克人类受试者体重约1mg、约1.25mg、约1.5mg、约1.75mg、约2mg、约2.25mg、约2.5mg、约2.75mg、约3mg、约3.25mg、约3.5mg、约3.75mg、约4mg、约4.25mg、约4.5mg、约4.75mg、约5mg、约
5.25mg、约5.5mg、约5.75mg、约6mg、约6.25mg、约6.5mg、约6.75mg、约7mg、约7.25mg、约
7.5mg、约7.75mg、约8mg、约8.25mg、约8.5mg、约8.75mg、约9mg、约9.25mg、约9.5mg、约
9.75mg、约10mg、约10.25mg、约10.5mg、约10.75mg、约11mg、约11.25mg、约11.5mg、约
11.75mg、约12mg、约12.25mg、约12.5mg、约12.75mg、约13mg、约13.25mg、约13.5mg、约
13.75mg、约14mg、约14.25mg、约14.5mg、约14.75mg、约15mg、约15.25mg、约15.5mg、约
15.75mg、约16mg、约16.5mg、约17mg、约17.5mg、约18mg、约18.5mg、约19mg、约19.5mg或约
20mg的化合物。在一些实例中，所施用的化合物的量为每千克人类受试者体重约1.25mg、约
2.5mg、约5mg、约10mg或约20mg，并且所述化合物每周施用3次、4次、5次、6次或7次。在一些实例中，所施用的化合物的量为每千克人类受试者体重约1.25mg、约2.5mg、约5mg或约
10mg，并且所述化合物每周施用3次、4次、5次、6次或7次。
10mg、约1-约15mg、约1-约20mg、约5-约10mg、约1-约15mg、约5-约20mg、约10-约15mg、约10-约20mg或约15-约20mg的化合物。在一些实例中，每周施用3次、4次、5次、6次或7次每千克人类受试者体重约1mg、约1.25mg、约1.5mg、约1.75mg、约2mg、约2.25mg、约2.5mg、约2.75mg、约3mg、约3.25mg、约3.5mg、约3.75mg、约4mg、约4.25mg、约4.5mg、约4.75mg、约5mg、约
5.25mg、约5.5mg、约5.75mg、约6mg、约6.25mg、约6.5mg、约6.75mg、约7mg、约7.25mg、约
7.5mg、约7.75mg、约8mg、约8.25mg、约8.5mg、约8.75mg、约9mg、约9.25mg、约9.5mg、约
9.75mg、约10mg、约10.25mg、约10.5mg、约10.75mg、约11mg、约11.25mg、约11.5mg、约
11.75mg、约12mg、约12.25mg、约12.5mg、约12.75mg、约13mg、约13.25mg、约13.5mg、约
13.75mg、约14mg、约14.25mg、约14.5mg、约14.75mg、约15mg、约15.25mg、约15.5mg、约
15.75mg、约16mg、约16.5mg、约17mg、约17.5mg、约18mg、约18.5mg、约19mg、约19.5mg或约
20mg的化合物。在一些实例中，所施用的化合物的量为每千克人类受试者体重约1.25mg、约
2.5mg、约5mg、约10mg或约20mg，并且所述化合物每周施用3次、4次、5次、6次或7次。在一些实例中，所施用的化合物的量为每千克人类受试者体重约1.25mg、约2.5mg、约5mg或约
10mg，并且所述化合物每周施用3次、4次、5次、6次或7次。
[0260] 在一些实施方案中，每2周、3周或4周施用一次每千克人类受试者体重约0.5-约20mg或0.5-约10mg的化合物。例如，每2周或3周施用3次、4次、5次、6次或7次每千克人类受试者体重约0.5-约1mg、约0.5-约5mg、约0.5-约10mg、约0.5-约15mg、约1-约5mg、约1-约
10mg、约1-约15mg、约1-约20mg、约5-约10mg、约1-约15mg、约5-约20mg、约10-约15mg、约10-约20mg或约15-约20mg的化合物。在一些实例中，每2周或3周施用一次每千克人类受试者体重约1mg、约1.25mg、约1.5mg、约1.75mg、约2mg、约2.25mg、约2.5mg、约2.75mg、约3mg、约
3.25mg、约3.5mg、约3.75mg、约4mg、约4.25mg、约4.5mg、约4.75mg、约5mg、约5.25mg、约
5.5mg、约5.75mg、约6mg、约6.25mg、约6.5mg、约6.75mg、约7mg、约7.25mg、约7.5mg、约
7.75mg、约8mg、约8.25mg、约8.5mg、约8.75mg、约9mg、约9.25mg、约9.5mg、约9.75mg、约
10mg、约10.25mg、约10.5mg、约10.75mg、约11mg、约11.25mg、约11.5mg、约11.75mg、约12mg、约12.25mg、约12.5mg、约12.75mg、约13mg、约13.25mg、约13.5mg、约13.75mg、约14mg、约
14.25mg、约14.5mg、约14.75mg、约15mg、约15.25mg、约15.5mg、约15.75mg、约16mg、约
16.5mg、约17mg、约17.5mg、约18mg、约18.5mg、约19mg、约19.5mg或约20mg的化合物。在一些实例中，所施用的化合物的量为每千克人类受试者体重约1.25mg、约2.5mg、约5mg、约10mg或约20mg，并且所述化合物每2周施用一次。在一些实例中，所施用的化合物的量为每千克人类受试者体重约1.25mg、约2.5mg、约5mg或约10mg，并且所述化合物每2周施用一次。在一些实例中，所施用的化合物的量为每千克人类受试者体重约1.25mg、约2.5mg、约5mg、约
10mg或约20mg，并且所述化合物每3周施用一次。在一些实例中，所施用的化合物的量为每千克人类受试者体重约1.25mg、约2.5mg、约5mg或约10mg，并且所述化合物每3周施用一次。
10mg、约1-约15mg、约1-约20mg、约5-约10mg、约1-约15mg、约5-约20mg、约10-约15mg、约10-约20mg或约15-约20mg的化合物。在一些实例中，每2周或3周施用一次每千克人类受试者体重约1mg、约1.25mg、约1.5mg、约1.75mg、约2mg、约2.25mg、约2.5mg、约2.75mg、约3mg、约
3.25mg、约3.5mg、约3.75mg、约4mg、约4.25mg、约4.5mg、约4.75mg、约5mg、约5.25mg、约
5.5mg、约5.75mg、约6mg、约6.25mg、约6.5mg、约6.75mg、约7mg、约7.25mg、约7.5mg、约
7.75mg、约8mg、约8.25mg、约8.5mg、约8.75mg、约9mg、约9.25mg、约9.5mg、约9.75mg、约
10mg、约10.25mg、约10.5mg、约10.75mg、约11mg、约11.25mg、约11.5mg、约11.75mg、约12mg、约12.25mg、约12.5mg、约12.75mg、约13mg、约13.25mg、约13.5mg、约13.75mg、约14mg、约
14.25mg、约14.5mg、约14.75mg、约15mg、约15.25mg、约15.5mg、约15.75mg、约16mg、约
16.5mg、约17mg、约17.5mg、约18mg、约18.5mg、约19mg、约19.5mg或约20mg的化合物。在一些实例中，所施用的化合物的量为每千克人类受试者体重约1.25mg、约2.5mg、约5mg、约10mg或约20mg，并且所述化合物每2周施用一次。在一些实例中，所施用的化合物的量为每千克人类受试者体重约1.25mg、约2.5mg、约5mg或约10mg，并且所述化合物每2周施用一次。在一些实例中，所施用的化合物的量为每千克人类受试者体重约1.25mg、约2.5mg、约5mg、约
10mg或约20mg，并且所述化合物每3周施用一次。在一些实例中，所施用的化合物的量为每千克人类受试者体重约1.25mg、约2.5mg、约5mg或约10mg，并且所述化合物每3周施用一次。
[0261] 在一些实施方案中，所述化合物在一个时期内逐渐施用。可在,例如约0.1h-24h的时期内逐渐施用所需量的化合物。在一些情况下，在0.1h、0.5h、1h、1.5h、2h、2.5h、3h、3.5h、4h、4.5h、5h、6h、7h、8h、9h、10h、11h、12h、13h、14h、15h、16h、17h、18h、19h、20h、21h、
22h、23h或24h的时期内逐渐施用所需量的化合物。在一些实例中，在0.25-12h的时期内，例如在0.25-1h、0.25-2h、0.25-3h、0.25-4h、0.25-6h、0.25-8h、0.25-10h的时期内逐渐施用所需量的化合物。在一些实例中，在0.25-2h的时期内逐渐施用所需量的化合物。在一些实例中，在0.25-1h的时期内逐渐施用所需量的化合物。在一些实例中，在0.25h、0.3h、0.4h、
0.5h、0.6h、0.7h、0.8h、0.9h、1.0h、1.1h、1.2h、1.3h、1.4h、1.5h、1.6h、1.7h、1.8h、1.9h或
2.0h的时期内逐渐施用所需量的化合物。在一些实例中，在1h的时期内逐渐施用所需量的化合物。在一些实例中，在2h的时期内逐渐施用所需量的化合物。
22h、23h或24h的时期内逐渐施用所需量的化合物。在一些实例中，在0.25-12h的时期内，例如在0.25-1h、0.25-2h、0.25-3h、0.25-4h、0.25-6h、0.25-8h、0.25-10h的时期内逐渐施用所需量的化合物。在一些实例中，在0.25-2h的时期内逐渐施用所需量的化合物。在一些实例中，在0.25-1h的时期内逐渐施用所需量的化合物。在一些实例中，在0.25h、0.3h、0.4h、
0.5h、0.6h、0.7h、0.8h、0.9h、1.0h、1.1h、1.2h、1.3h、1.4h、1.5h、1.6h、1.7h、1.8h、1.9h或
2.0h的时期内逐渐施用所需量的化合物。在一些实例中，在1h的时期内逐渐施用所需量的化合物。在一些实例中，在2h的时期内逐渐施用所需量的化合物。
[0262] 只要需要可以继续施用所述化合物。在一些实施方案中，一种或多种本发明的化合物施用持续超过1天、超过1周、超过1个月、超过2个月、超过3个月、超过4个月、超过5个月、超过6个月、超过7个月、超过8个月、超过9个月、超过10个月、超过11个月、超过12个月、超过13个月、超过14个月、超过15个月、超过16个月、超过17个月、超过18个月、超过19个月、超过20个月、超过21个月、超过22个月、超过23个月或超过24个月。在一些实施方案中，一种或多种本发明的化合物施用持续少于1周、少于1个月、少于2个月、少于3个月、少于4个月、少于5个月、少于6个月、少于7个月、少于8个月、少于9个月、少于10个月、少于11个月、少于12个月、少于13个月、少于14个月、少于15个月、少于16个月、少于17个月、少于18个月、少于
19个月、少于20个月、少于21个月、少于22个月、少于23个月或少于24个月。
19个月、少于20个月、少于21个月、少于22个月、少于23个月或少于24个月。
[0263] 在一些实施方案中，所述化合物在28天周期的第1天、第8天、第15天和第28天施用。在一些实施方案中，所述化合物在28天周期的第1天、第8天、第15天和第28天施用，并且施用持续两个周期。在一些实施方案中，所述化合物在28天周期的第1天、第8天、第15天和第28天施用，并且施用持续三个周期。在一些实施方案中，所述化合物在28天周期的第1天、第8天、第15天和第28天施用，并且施用持续4、5、6、7、8、9、10个或更多个周期。
[0264] 在一些实施方案中，所述化合物在21天周期的第1天、第8天、第11天和第21天施用。在一些实施方案中，所述化合物在21天周期的第1天、第8天、第11天和第21天施用，并且施用持续两个周期。在一些实施方案中，所述化合物在21天周期的第1天、第8天、第11天和第21天施用，并且施用持续三个周期。在一些实施方案中，所述化合物在21天周期的第1天、第8天、第11天和第21天施用，并且施用持续4、5、6、7、8、9、10个或更多个周期。
[0265] 在一些实施方案中，本发明的一种或多种化合物持续地长期施用。在一些实施方案中，本发明的一种或多种化合物的施用持续直到记录到疾病进展、不可接受的毒性，或者患者或医师决定中止施用。方法及用途
[0266] 在一个方面，本发明提供了治疗受试者的液体癌的方法，该方法包括向该受试者施用治疗有效量的拟肽大环化合物或其药学上可接受的盐的药物组合物，其中该拟肽大环化合物与MDM2和/或MDMX蛋白结合。在一些实施方案中，该拟肽大环化合物可破坏p53与MDM2和MDMX之间的相互作用。在一些实施方案中，根据本文公开的方法的治疗可导致人类受试者中p53途径的重新激活、液体癌细胞增殖减少、p53蛋白增加、p21增加和/或凋亡增加。
[0267] 在一个方面，本发明提供了治疗受试者中被确定为缺乏p53灭活突变的液体癌的方法，该方法包括向该受试者施用治疗有效量的拟肽大环化合物或其药学上可接受的盐，其中该拟肽大环化合物与MDM2和/或MDMX蛋白结合。在一些实施方案中，该拟肽大环化合物可破坏p53与MDM2和MDMX之间的相互作用。所述方法可进一步包括在施用所述拟肽大环化合物之前确认所述受试者中缺乏p53灭活突变。在一些实施方案中，根据本文公开的方法的治疗可导致人类受试者中p53途径的重新激活、液体癌细胞增殖减少、p53蛋白增加、p21增加和/或凋亡增加。
[0268] 在一个方面，本发明提供了治疗表达野生型p53的受试者的液体癌的方法，该方法包括向该受试者施用治疗有效量的拟肽大环化合物或其药学上可接受的盐，其中该拟肽大环化合物与MDM2和/或MDMX蛋白结合。在一些实施方案中，该拟肽大环化合物可破坏p53与MDM2和MDMX之间的相互作用。所述方法可进一步包括在施用所述拟肽大环化合物之前确认所述受试者的野生型p53状态。在一些实施方案中，根据本文公开的方法的治疗可导致人类受试者中p53途径的重新激活、液体癌细胞增殖减少、p53蛋白增加、p21增加和/或凋亡增加。
[0269] 在一些实施方案中，本文提供的用于治疗液体癌的方法抑制、减小、缩小、阻止或稳定与该液体癌相关的液体癌细胞，如CTC或MNBC。在其他实施方案中，本文提供的用于治疗液体癌的方法抑制、减小、缩小、阻止或稳定与该液体癌或其两种或多种症状相关的病状。在一些实例中，本文提供的用于治疗液体癌的方法导致液体癌细胞数目的减少和/或与该液体癌相关的一种或多种症状的消退。在其他实例中，如通过本领域技术人员可用的例如常规方法如超声、CT扫描、MRI、动态造影增强MRI或PET扫描所测量的，本文提供的用于治疗液体癌的方法保持液体癌细胞数目，使其不增加，或使液体癌细胞数目增加得比施用标准疗法后的液体癌细胞数目增加少。在一些实例中，本文提供的用于治疗液体癌的方法使液体癌细胞数目减少。在一些实例中，本文提供的用于治疗液体癌的方法使液体癌细胞形成减少。在一些实例中，本文提供的用于治疗液体癌的方法根除、去除或控制与该液体癌相关的原发性、区域性和/或转移性液体癌细胞。在一些实例中，本文提供的用于治疗液体癌的方法减少与该液体癌相关的转移的次数或大小。在一些实例中，如通过例如CT扫描、MRI、DCE-MRI或PET扫描所评估的，本文提供的用于治疗液体癌的方法使受试者中的液体癌细胞数目相对于在施用所述拟肽大环化合物前受试者中的液体癌细胞数目减少一定量，该量在约5％-约10％、约5％-约20％、约10％-约20％、约15％-约20％、约10％-约30％、约20％-约30％、约20％-约40％、约30％-约40％、约10％-约50％、约20％-约50％、约30％-约50％、约
40％-约50％、约10％-约60％、约20％-约60％、约30％-约60％、约40％-约60％、约50％-约
60％、约10％-约70％、约20％-约70％、约30％-约70％、约40％-约70％、约50％-约70％、约
60％-约70％、约10％-约80％、约20％-约80％、约30％-约80％、约40％-约80％、约50％-约
80％、约60％-约80％、约70％-约80％、约10％-约90％、约20％-约90％、约30％-约90％、约
40％-约90％、约50％-约90％、约60％-约90％、约70％-约90％、约80％-约90％、约10％-约
100％、约20％％-约100％、约30％-约100％、约40％-约100％、约50％-约100％、约60％-约
100％、约70％-约100％、约80％-约100％、约90％-约100％、约95％-约100％的范围内，或其间的任意范围内。在某些实施方案中，如通过例如CT扫描、MRI、DCE-MRI或PET扫描所评估的，本文的方法使受试者中的液体癌细胞数目相对于施用所述拟肽大环化合物前的液体癌细胞数目减少至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％、至少约50％、至少约55％、至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约99％或约100％。
40％-约50％、约10％-约60％、约20％-约60％、约30％-约60％、约40％-约60％、约50％-约
60％、约10％-约70％、约20％-约70％、约30％-约70％、约40％-约70％、约50％-约70％、约
60％-约70％、约10％-约80％、约20％-约80％、约30％-约80％、约40％-约80％、约50％-约
80％、约60％-约80％、约70％-约80％、约10％-约90％、约20％-约90％、约30％-约90％、约
40％-约90％、约50％-约90％、约60％-约90％、约70％-约90％、约80％-约90％、约10％-约
100％、约20％％-约100％、约30％-约100％、约40％-约100％、约50％-约100％、约60％-约
100％、约70％-约100％、约80％-约100％、约90％-约100％、约95％-约100％的范围内，或其间的任意范围内。在某些实施方案中，如通过例如CT扫描、MRI、DCE-MRI或PET扫描所评估的，本文的方法使受试者中的液体癌细胞数目相对于施用所述拟肽大环化合物前的液体癌细胞数目减少至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％、至少约50％、至少约55％、至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％、至少约99％或约100％。
[0270] 在一些实施方案中，如通过例如MRI、DCE-MRI或PET扫描所评估的，本文提供的方法使受试者中的液体癌细胞灌注相对于施用所述拟肽大环化合物前的液体癌细胞灌注减少一定量，该量在约5％-约10％、约5％-约20％、约10％-约20％、约15％-约20％、约10％-约30％、约20％-约30％、约20％-约40％、约30％-约40％、约10％-约50％、约20％-约50％、约30％-约50％、约40％-约50％、约10％-约60％、约20％-约60％、约30％-约60％、约40％-约60％、约50％-约60％、约10％-约70％、约20％-约70％、约30％-约70％、约40％-约70％、约50％-约70％、约60％-约70％、约10％-约80％、约20％-约80％、约30％-约80％、约40％-约80％、约50％-约80％、约60％-约80％、约70％-约80％、约10％-约90％、约20％-约90％、约30％-约90％、约40％-约90％、约50％-约90％、约60％-约90％、约70％-约90％、约80％-约90％、约10％-约100％、约20％％-约100％、约30％-约100％、约40％-约100％、约50％-约100％、约60％-约100％、约70％-约100％、约80％-约100％、约90％-约100％、约95％-约100％的范围内，或其间的任意范围内。在某些实施方案中，如通过例如MRI、DCE-MRI或PET扫描所评估的，本文提供的方法使受试者中的肿瘤灌注相对于施用所述拟肽大环化合物前的液体癌细胞灌注减少至少约5％、约10％、约15％、约20％、约25％、约30％、约35％、约
40％、约45％、约50％、约55％、约60％、约65％、约70％、约75％、约80％、约85％、约90％、约
95％、约99％或约100％。
40％、约45％、约50％、约55％、约60％、约65％、约70％、约75％、约80％、约85％、约90％、约
95％、约99％或约100％。
[0271] 在一些实施方案中，如通过例如MRI、DCE-MRI或PET扫描所评估的，本文提供的方法使受试者中的液体癌细胞代谢相对于施用所述拟肽大环化合物前的液体癌细胞代谢抑制或减少约5％-约10％、约5％-约20％、约10％-约20％、约15％-约20％、约10％-约30％、约20％-约30％、约20％-约40％、约30％-约40％、约10％-约50％、约20％-约50％、约30％-约50％、约40％-约50％、约10％-约60％、约20％-约60％、约30％-约60％、约40％-约60％、约50％-约60％、约10％-约70％、约20％-约70％、约30％-约70％、约40％-约70％、约50％-约70％、约60％-约70％、约10％-约80％、约20％-约80％、约30％-约80％、约40％-约80％、约50％-约80％、约60％-约80％、约70％-约80％、约10％-约90％、约20％-约90％、约30％-约90％、约40％-约90％、约50％-约90％、约60％-约90％、约70％-约90％、约80％-约90％、约10％-约100％、约20％％-约100％、约30％-约100％、约40％-约100％、约50％-约100％、约60％-约100％、约70％-约100％、约80％-约100％、约90％-约100％、约95％-约100％，或其间的任意范围。在某些实施方案中，如通过例如PET扫描所评估的，本文提供的方法抑制或减少受试者中的液体癌细胞代谢。在特定实施方案中，本文提供的方法使受试者中的液体癌细胞代谢相对于施用所述拟肽大环化合物前的液体癌细胞代谢抑制或减少至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约
40％、至少约45％、至少约50％、至少约55％、至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约
75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％或约100％。
40％、至少约45％、至少约50％、至少约55％、至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约
75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％或约100％。
[0272] 在其他方面，本发明提供了用于增加患有被确定为缺乏p53灭活突变的液体癌并且/或者患有表达野生型p53的液体癌的受试者的存活时间的方法，该方法包括向该受试者施用治疗有效量的拟肽大环化合物或其药学上可接受的盐，，其中该拟肽大环化合物与MDM2和/或MDMX蛋白结合。在一些实例中，所述受试者的存活时间比如果所述受试者没有根据本文提供的方法进行治疗而预期的受试者存活时间至少长30天。在一些实例中，所述受试者的存活时间比如果所述受试者没有根据本文提供的方法进行治疗而预期的受试者存活时间长1个月至约5年。例如，所述受试者的存活时间比如果所述受试者没有根据本文提供的方法进行治疗而预期的受试者存活时间长至少3个月、至少6个月、至少9个月、至少12个月、至少15个月、至少18个月、至少21个月或至少24个月。
[0273] 在一个方面，本发明提供了用于评估罹患液体癌的受试者中生物标志物的存在、不存在或量的方法。在一些实例中，所述生物标志物包括患者生物标志物，例如，受试者的p53状态以及受试者的MDM2和MDMX表达水平。
[0274] 本发明的方法还可任选地包括研究和/或评价本文公开的拟肽大环化合物在所述受试者中的安全性和/或耐受性。
[0275] 本文还提供了用于重新激活患有缺乏p53灭活突变并且/或者表达野生型p53的液体癌的受试者中的p53途径的方法，该方法包括向该受试者施用治疗有效量的拟肽大环化合物或其药学上可接受的盐，，其中该拟肽大环化合物与MDM2和/或MDMX蛋白结合。
[0276] 本文还提供了用于减少患有缺乏p53灭活突变并且/或者表达野生型p53的液体癌的人类受试者中的液体癌细胞增殖的方法，该方法包括向该受试者施用治疗有效量的拟肽大环化合物或其药学上可接受的盐，，其中该拟肽大环化合物与MDM2和/或MDMX蛋白结合。
[0277] 本文还提供了用于增加患有缺乏p53灭活突变并且/或者表达野生型p53的液体癌的受试者中的p53蛋白的方法，该方法包括向该受试者施用治疗有效量的拟肽大环化合物或其药学上可接受的盐，其中该拟肽大环化合物与MDM2和/或MDMX蛋白结合。
[0278] 本文还提供了用于增加患有缺乏p53灭活突变并且/或者表达野生型p53的液体癌的受试者中的p21的方法，该方法包括向该受试者施用治疗有效量的拟肽大环化合物或其药学上可接受的盐，其中该拟肽大环化合物与MDM2和/或MDMX蛋白结合。
[0279] 本文还提供了用于增加患有缺乏p53灭活突变并且/或者表达野生型p53的液体癌的受试者中的凋亡的方法，该方法包括向该受试者施用治疗有效量的拟肽大环化合物或其药学上可接受的盐，其中该拟肽大环化合物与MDM2和/或MDMX蛋白结合。
[0280] 在一些实施方案中，本发明还提供了用于确定本文公开的拟肽大环化合物在患有缺乏p53灭活突变并且/或者表达野生型p53的液体癌(例如，液体淋巴瘤)的受试者中的剂量限制毒性(DLT)和/或最大耐受剂量(MTD或OBD)或最佳生物学剂量(OBD)的方法。
[0281] 本发明的方法可任选地包括本文公开的拟肽大环化合物的药代动力学分析。相应地，所述方法可进一步包括在一个或多个特定时间点从所述受试者收集一个或多个生物样品，并对该一个或多个生物样品的拟肽大环化合物和/或其代谢物的水平进行分析。所述生物样品可为来自所述受试者的血液样品，例如，来自人类受试者的血液样品。所述一个或多个特定时间点可包括在向受试者施用拟肽大环化合物之前、之后和/或期间的时间点。在一些实施方案中，一个或多个生物样品包括在每次向受试者施用拟肽大环化合物之前和之后收集的生物样品。在一些实施方案中，用于药代动力学分析的生物样品在第一次向受试者施用拟肽大环化合物之前，以及每次向受试者施用拟肽大环化合物之后的一个或多个时间点收集。在向受试者施用拟肽大环化合物之前收集的生物样品可在开始向受试者施用拟肽大环化合物前0-24小时内完成。例如，所述生物样品可在向受试者施用拟肽大环化合物前24h内、23h内、22h内、21h内、20h内、19h内、18h内、17h内、16h内、15h内、14h内、13h内、12h内、11h内、10h内、9h内、8h内、7h内、6h内、5h内、4h内、3h内、2h内、1h内、30min内、15min内收集，或临在施用前收集。在向受试者施用拟肽大环化合物之后收集的一个或多个生物样品可在向受试者施用拟肽大环化合物后，例如，在0min、5min、10min、20min、30min、45min、
60min、1.25h、1.5h、1.75h、2.0h、2.25h、2.5h、2.75h、3.0h、3.25h、3.5h、3.75h、4.0h、
4.25h、4.5h、4.75h、5.0h、5.25h、5.5h、5.75h、6.0h、6.25h、6.5h、6.75h、7.0h、7.25h、7.5h、
7.75h、8.0h、8.25h、8.5h、8.75h、、9.0h、9.25h、9.5h、9.75h、10.0h、10.25h、10.5h、10.75h、
11.0h、11.25h、11.5h、11.75h、12.0h、20h、24h、28h、32h、36h、40h、44h、48h、52h、56h、60h、
64h、68h、72h或0-72h之后收集。在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物在28天周期的第1天、第8天、第15天施用，并且在第1天施用前、第1天施用后(可以例如在施用后约0min、约
30min、约1h、约2h、约4h、约8h、约24h和48小时收集多个生物样品)、第8天施用前、第8天施用后(可以例如在施用后约0min、约30min、约1h、约2h和约4h收集多个生物样品)、第15天施用前和第15天施用后(可以例如在施用后约0min、约30min、约1h、约2h、约4、约8h和约24h收集多个生物样品)收集生物样品。在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物在21天周期的第
1天、第8天、第11天施用，并且在第1天施用前、第1天施用后(可以例如在施用后约0min、约
30min、约1h、约2h、约4h、约8h、约24h和48小时收集多个生物样品)、第8天施用前、第8天施用后(可以例如在施用后约0min、约30min、约1h、约2h和约4h收集多个生物样品)、第11天施用前和第11天施用后(可以例如在施用后约0min、约30min、约1h、约2h、约4、约8h和约24h收集多个生物样品)收集生物样品。
60min、1.25h、1.5h、1.75h、2.0h、2.25h、2.5h、2.75h、3.0h、3.25h、3.5h、3.75h、4.0h、
4.25h、4.5h、4.75h、5.0h、5.25h、5.5h、5.75h、6.0h、6.25h、6.5h、6.75h、7.0h、7.25h、7.5h、
7.75h、8.0h、8.25h、8.5h、8.75h、、9.0h、9.25h、9.5h、9.75h、10.0h、10.25h、10.5h、10.75h、
11.0h、11.25h、11.5h、11.75h、12.0h、20h、24h、28h、32h、36h、40h、44h、48h、52h、56h、60h、
64h、68h、72h或0-72h之后收集。在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物在28天周期的第1天、第8天、第15天施用，并且在第1天施用前、第1天施用后(可以例如在施用后约0min、约
30min、约1h、约2h、约4h、约8h、约24h和48小时收集多个生物样品)、第8天施用前、第8天施用后(可以例如在施用后约0min、约30min、约1h、约2h和约4h收集多个生物样品)、第15天施用前和第15天施用后(可以例如在施用后约0min、约30min、约1h、约2h、约4、约8h和约24h收集多个生物样品)收集生物样品。在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物在21天周期的第
1天、第8天、第11天施用，并且在第1天施用前、第1天施用后(可以例如在施用后约0min、约
30min、约1h、约2h、约4h、约8h、约24h和48小时收集多个生物样品)、第8天施用前、第8天施用后(可以例如在施用后约0min、约30min、约1h、约2h和约4h收集多个生物样品)、第11天施用前和第11天施用后(可以例如在施用后约0min、约30min、约1h、约2h、约4、约8h和约24h收集多个生物样品)收集生物样品。
[0282] 本发明的方法可任选地包括本文公开的拟肽大环化合物的药效学分析。相应地，所述方法可包括在一个或多个特定时间点从受试者收集一个或多个生物样品以供药效学分析。药效学分析可包括分析生物样品中包括MIC-1、p53、MDM2、MDMX、p21和/或病例在内的生物标志物的水平。生物样品中生物标志物的检测可通过，例如，直接测量、免疫组织化学、免疫印迹、免疫荧光、免疫吸附、免疫沉淀、蛋白质阵列、荧光原位杂交、FACS分析、杂交、原位杂交、Northern印迹法、Southern印迹法、Western印迹法、ELISA、放射免疫测定、基因阵列/芯片、PCR、RT-PCR或细胞遗传学分析来进行。用于药效学分析的生物样品可为来自受试者的血液样品或液体癌细胞样本，例如，用于药效学分析的生物样品可为来自人类受试者的血液样品或液体癌细胞样本。用于拟肽大环化合物的药效学分析的生物样品可以在向受试者施用该拟肽大环化合物之前、期间或之后的任意时间收集。在一些实施方案中，用于药代动力学分析的血液样品在第一次向受试者施用拟肽大环化合物之前，以及每次向受试者施用拟肽大环化合物之后的一个或多个时间点收集。在向受试者施用拟肽大环化合物之前收集的血液样品可在开始向受试者施用拟肽大环化合物前0-24小时内完成。例如，所述生物样品可在向受试者施用拟肽大环化合物前24h内、23h内、22h内、21h内、20h内、19h内、18h内、17h内、16h内、15h内、14h内、13h内、12h内、11h内、10h内、9h内、8h内、7h内、6h内、5h内、4h内、3h内、2h内、1h内、30min内、15min内收集，或临在施用前收集。在向受试者施用拟肽大环化合物之后收集的用于药效学分析的一个或多个血液样品可在向受试者施用拟肽大环化合物后0-约72h，例如之后约12h、之后约24h、之后约36h或之后约48h收集。在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物在28天周期的第1天、第8天、第15天施用，并且在第1天施用前、第1天施用后(可以例如在施用后约24h和48小时收集多个样品)、第8天施用前、第8天施用后(可以例如在施用后约1h收集多个样品)、第15天施用前和第15天施用后(可以例如在施用后约1h和约48h收集多个样品)以及第22天收集用于药效学分析的血液样品。可以在向受试者施用拟肽大环化合物之前、之后或期间的任意时间收集用于药效学分析的生物样品。
例如，所述拟肽大环化合物可在28天周期的第1天、第8天、第15天施用，并且可在第1天施用前以及第14-18天之间，例如第16天，收集用于药效学分析的液体癌细胞样品。在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物在21天周期的第1天、第8天、第11天施用，并且在第1天施用前、第1天施用后(可以例如在施用后约24h和48小时收集多个样品)、第8天施用前、第8天施用后(可以例如在施用后约1h收集多个样品)、第11天施用前和第11天施用后(可以例如在施用后约1h和约48h收集多个样品)以及第22天收集用于药效学分析的血液样品。可以在向受试者施用拟肽大环化合物之前、之后或期间的任意时间收集用于药效学分析的肿瘤样品。例如，所述拟肽大环化合物可在21天周期的第1天、第8天、第11天施用，并且可在第1天施用前以及第10-14天之间，例如第12天，收集用于药效学分析的液体癌细胞样品。
例如，所述拟肽大环化合物可在28天周期的第1天、第8天、第15天施用，并且可在第1天施用前以及第14-18天之间，例如第16天，收集用于药效学分析的液体癌细胞样品。在一些实施方案中，所述拟肽大环化合物在21天周期的第1天、第8天、第11天施用，并且在第1天施用前、第1天施用后(可以例如在施用后约24h和48小时收集多个样品)、第8天施用前、第8天施用后(可以例如在施用后约1h收集多个样品)、第11天施用前和第11天施用后(可以例如在施用后约1h和约48h收集多个样品)以及第22天收集用于药效学分析的血液样品。可以在向受试者施用拟肽大环化合物之前、之后或期间的任意时间收集用于药效学分析的肿瘤样品。例如，所述拟肽大环化合物可在21天周期的第1天、第8天、第11天施用，并且可在第1天施用前以及第10-14天之间，例如第12天，收集用于药效学分析的液体癌细胞样品。
[0283] 本发明的方法可任选地包括本文公开的拟肽大环化合物的临床活性分析。相应地，所述方法可包括对在一个或多个特定时间点从受试者收集的一个或多个生物样品进行分析。可将任何合适的分析程序用于生物样品的分析。例如，可采用成像技术，如放射照片、超声、CT扫描、PET扫描、MRI扫描、胸部X射线、腹腔镜检查、全血细胞计数(CBC)检验、骨扫描和粪便隐血试验。可使用的其他分析程序包括血液化学分析、染色体易位分析、针吸活检、组织活检、荧光原位杂交、实验室生物标志物分析、免疫组织化学染色法、流式细胞术，或它们的组合。所述方法可进一步包括将所述分析程序的结果制表和/或作图。
[0284] 例如，药效学可以通过对用拟肽大环化合物治疗之前和之后p53激活的若干生物标志物进行基于实验室的评价来评估，这些生物标志物包括液体癌细胞组织中和CTC(如果可以获得)中p21、胱天蛋白酶和MDM2的水平，以及血液中的MIC-1。
[0285] 对于先前的遗传学和生物标志物检测，以及针对与拟肽大环化合物的安全性和效力相关的生物标志物对血液和液体癌细胞样品的其他检测，可以针对与患者结果可能的相关性对可从上述检测获得的结果进行研究。
[0286] 例如，临床活性或响应可通过标准成像评估如计算机断层扫描(CT)、磁共振成像(MRI)和骨扫描来评价。此外，可以使用[18F]-氟脱氧葡萄糖和[18F]-氟胸苷正电子成像术(分别为FDG-PET和FLT-PET)，或临床上认为适合于患者特定疾病类型的其他技术。例如，对于DR-A可以在第2周期结束时以及之后每2个周期(例如周期4和6)，而对于DR-B可以在周期3中的最后一次输注后以及之后每3个周期(例如，周期6和9)进行CT成像。对于液体淋巴瘤患者可以使用IWG(2014)(附录H)标准来评估抗液体癌细胞活性。此外，对于FDG-avid液体淋巴瘤患者，可以在基线时和基线后进行FDG-PET成像，如IWG 2014中所概述的。对于通常显示出FLT示踪剂充分摄取的具有液体癌细胞的患者，例如液体淋巴瘤患者，可以在基线时进行FLT-PET成像。例如，在基线时表现出标准摄取值(SUV)≥5的被指定为DR-A的患者，可以在第1周期中最后一次输注研究药物后一天(即第16天)进行重复的FLT成像。例如，在基线时表现出标准摄取值(SUV)≥5的DR-B患者，可以在第1周期中最后一次输注研究药物后一天(即第12天)进行重复的FLT成像。
生物样品
生物样品
[0287] 如本申请中所用的，“生物样品”是指来源于正常或患病受试者的身体的任何流体或其他物质，如血液、血清、血浆、淋巴、尿、唾液、泪液、脑脊液、乳汁、羊水、胆汁、腹水、脓等。术语“生物样品”的含义内还包括器官或组织提取物，以及其中已经培养有来自受试者的任何细胞或组织制品的培养液。生物样品还包括液体癌细胞样品或样本。液体癌细胞样品可为液体癌细胞组织样品。在一些实施方案中，液体癌细胞组织样品可从手术切除的组织获得。组织样品和细胞样品还可在不进行侵入式手术的情况下通过例如用细针刺取胸壁或腹壁或乳房、甲状腺或其他部位的肿块，并取出细胞物质(细针抽吸活检)而获得。在一些实施方案中，生物样品为骨髓抽吸物样品。
[0288] 根据样品的性质、所采用的测定和实施者的方便性，所获得的生物样品可以以新鲜、冷冻或固定(例如，石蜡包埋)的形式使用。虽然新鲜、冷冻和固定的物质适用于各种RNA和蛋白质测定，但通常新鲜组织对离体活性测量可能是优选的。
[0289] 还可采用固定的组织样品。常通过福尔马林、甲醛或戊二醛，或例如通过醇浸泡来固定通过活检获得的组织。固定的生物样品通常被脱水并包埋在石蜡或其他固体支持体中。参见文献Plenat等人,2001,Ann.Pathol.21:29-47。未包埋、固定的组织，以及固定且包埋的组织均可在本方法中使用。可用有机溶剂去除用于包埋固定组织的固体支持体，以使得保存的组织随后能够再水合。
[0290] 在一些情况下，所述测定包括细胞或组织培养步骤。例如，可采用酶(如胶原酶和透明质酸酶)和/或物理破坏(例如，反复穿过25号针)使来自活检的细胞散开从而分离细胞，通过离心收集细胞，并将其重悬在所需的缓冲液或培养基中以供培养，立即分析，或进一步处理。受试者/患者群体
[0291] 在一些实施方案中，根据本文提供的方法对液体癌进行治疗的受试者是已被诊断或被诊断为患有液体癌的人。在其他实施方案中，根据本文提供的方法对液体癌进行治疗的受试者是易发或易患液体癌的人。在一些实施方案中，根据本文提供的方法对液体癌进行治疗的受试者是处于发展出液体癌的风险中的人。
[0292] 在一些实施方案中，根据本文提供的方法对液体癌进行治疗的受试者是已被诊断或被诊断为患有被确定为缺乏p53灭活突变并且/或者表达野生型p53的液体癌的人。在其他实施方案中，根据本文提供的方法对液体癌进行治疗的受试者是易发或易患被确定为缺乏p53灭活突变并且/或者表达野生型p53的液体癌的人。在一些实施方案中，根据本文提供的方法对液体癌进行治疗的受试者是处于发展出被确定为缺乏p53灭活突变并且/或者表达野生型p53的液体癌的风险中的人。如本文所用的，p53灭活突变为导致p53的体外凋亡活性丧失(或降低)的任何突变。p53灭活突变的非限制性实例被包括在表1中。相应地，在一些实施方案中，根据如本文提供的组合物治疗的患有液体癌的受试者是已被诊断或被诊断为患有被确定为缺乏p53灭活突变(如表1中所示的那些)的液体癌的人。
[0293] 在一些实施方案中，根据本文提供的方法对液体癌进行治疗的受试者是已被诊断或被诊断为患有被确定为缺乏p53灭活突变的液体癌的人。如本文所用的，显性p53灭活突变或显性失活突变是其中突变的p53抑制或破坏野生型p53基因的活性的突变。表1：p53灭活突变的示例
突变位置 氨基酸改变
62 E62_W91del
122 V122X
135 C135S
143 V143A
144 Q144P
146 W146X
157 V157F
158 R158H
163 Y163N
168 H168Y
173 V173L
175 R175H
175 R175P
175 R175Q
175 R175S
219 P219H
234 Y234C
234 Y234H
237 M237I
240 S240R
245 G245C
245 G245S
246 M246I
248 R248Q
248 R248W
249 R249S
272 V272M
273 R273H
274 V274F
279 G279E
280 R280K
281 D281H
282 R282W
306 R306P
308 P300_L308del
327 P300_Y327del
332 D324_I332del
337 R337C
344 L344P
表1是指图1中所示的野生型人TP53肿瘤蛋白p53的序列。氨基酸改变被报告为：被置换的氨基酸，紧接着是被置换的氨基酸在野生型p53序列中的位置，紧接着是用于置换的氨基酸。例如，L344P表明在野生型序列的344位置处的亮氨酸残基(L)被脯氨酸残基(P)替代。
突变位置 氨基酸改变
62 E62_W91del
122 V122X
135 C135S
143 V143A
144 Q144P
146 W146X
157 V157F
158 R158H
163 Y163N
168 H168Y
173 V173L
175 R175H
175 R175P
175 R175Q
175 R175S
219 P219H
234 Y234C
234 Y234H
237 M237I
240 S240R
245 G245C
245 G245S
246 M246I
248 R248Q
248 R248W
249 R249S
272 V272M
273 R273H
274 V274F
279 G279E
280 R280K
281 D281H
282 R282W
306 R306P
308 P300_L308del
327 P300_Y327del
332 D324_I332del
337 R337C
344 L344P
表1是指图1中所示的野生型人TP53肿瘤蛋白p53的序列。氨基酸改变被报告为：被置换的氨基酸，紧接着是被置换的氨基酸在野生型p53序列中的位置，紧接着是用于置换的氨基酸。例如，L344P表明在野生型序列的344位置处的亮氨酸残基(L)被脯氨酸残基(P)替代。
[0294] 在一些实施方案中，根据本文提供的方法对液体癌进行治疗的受试者是难治性的患者。在某些实施方案中，难治性患者是对标准疗法(例如，手术、放疗、抗雄激素疗法和/或药物疗法如化疗)而言难治性的患者。在某些实施方案中，当液体癌未被显著根除和/或一种或多种症状未得到显著缓解时，患有该液体癌的患者对疗法而言是难治性的。患者是否难治的确定可通过本领域已知的用于测定液体癌治疗的有效性的任何方法在体内或体外进行。在多个实施方案中，当与液体癌相关的CTC或MNBC数目未减少或已经增大时，患有该液体癌的患者是难治性的。在多个实施方案中，当一个或多个肿瘤转移和/或扩散至另一器官时，患有该液体癌的患者是难治性的。
[0295] 在一些实施方案中，根据本文提供的方法对液体癌进行治疗的受试者是已被证实对除了用本发明拟肽大环化合物治疗之外的疗法而言是难治性的，但不再进行这些疗法的人。在某些实施方案中，根据本文提供的方法对液体癌进行治疗的受试者是已接受一种或多种常规抗癌疗法如手术、药物疗法如化疗、抗雄激素疗法或放疗的人。这些患者中有难治性患者，对常规疗法而言太年轻的患者，以及尽管用现有疗法治疗但仍有液体癌细胞复发的患者。
[0296] 在一些实施方案中，所述受试者是已经历至少一次不成功的针对液体癌的既往治疗和/或疗法的人。检测野生型p53和/或p53突变的方法
[0297] 可测定来自受试者的液体癌细胞样品，以便确定p53灭活突变的缺乏和/或野生型p53的表达。
[0298] 为了检测组织中的p53野生型基因和/或p53灭活突变的缺乏，分离没有周围正常组织的组织可能是有帮助的。例如，可从石蜡或恒冷切片机切片分离组织。还可通过流式细胞术将癌细胞与正常细胞分离。如果液体癌细胞组织被正常细胞高度污染，则突变的检测可能更加困难。
[0299] 可通过对存在于液体癌细胞组织中的p53等位基因(或多个p53等位基因)进行分子克隆对该等位基因进行测序来完成点突变的检测。或者，可使用聚合酶链反应直接从来自液体癌细胞组织的基因组DNA制品扩增p53基因序列。然后可确定经扩增序列的DNA序列。参见，例如，Saiki等人,Science,Vol.239,p.487,1988；美国专利号4,683,202；以及美国专利号4,683,195。
[0300] 也可检测p53基因的特定缺失。例如，针对p53基因或周围标志物基因的限制性片段长度多态性(RFLP)探针可用于对p53等位基因的丧失进行评分。
[0301] 还可基于p53基因的野生型表达产物的丧失来检测野生型p53基因的丧失。这样的表达产物包括mRNA以及p53蛋白质产物本身。可通过直接对mRNA进行测序或经由从mRNA制备的cDNA的分子克隆来检测点突变。可使用DNA测序技术来确定所克隆的cDNA的序列。还可经由聚合酶链反应(PCR)对cDNA进行测序。
[0302] 或者，可使用错配检测来检测p53基因或其mRNA产物中的点突变。该方法可涉及使用与人野生型p53基因互补的标记的核糖核酸探针。将核糖核酸探针与从液体癌细胞组织中分离的mRNA或DNA退火(杂交)在一起，并随后用能够检测双链体RNA结构中的一些错配的RNA酶A进行消化。如果RNA酶A检测到错配，则其在错配位点切割。因此，当退火的RNA制品在电泳凝胶基质上得到分离时，如果错配已被检测到并被RNA酶A切割，则可看到比核糖核酸探针与p53mRNA或DNA的全长双链体RNA更小的RNA产物。核糖核酸探针不需要是p53mRNA或基因的全长，而可为p53mRNA或基因的区段。如果该核糖核酸探针仅包含p53mRNA或基因的区段，则将期望使用多个这些探针来筛选整个mRNA序列的错配。
[0303] 以类似的方式，可通过酶或化学切割，使用DNA探针来检测错配。参见，例如，Cotton等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,vol.85,4397,1988；和Shenk等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,vol.72,p.989,1975。或者，可通过错配的双链体相对于匹配的双链体的电泳迁移率的变化来检测错配。参见，例如，Cariello,Human Genetics,vol.42,p.726,1988。采用核糖核酸探针或DNA探针，可在杂交前使用PCR(参见下文)来扩增可能含有突变的细胞mRNA或DNA。
[0304] 还可使用等位基因特异性探针筛选已通过使用聚合酶链反应扩增的来自液体癌细胞组织的p53基因的DNA序列。这些探针为核酸寡聚物，其各自含有携带已知突变的p53基因序列的区域。例如，一个寡聚物可为约30个核苷酸的长度，对应于p53基因序列的一部分。在编码p53基因的第175个密码子的位置，该寡聚物编码丙氨酸，而不是野生型密码子缬氨酸。通过使用一连串这样的等位基因特异性探针，可筛选PCR扩增产物以鉴别p53基因中先前鉴别的突变的存在。等位基因特异性探针与扩增的p53序列的杂交可在例如尼龙过滤器上进行。与特定探针的杂交表明，该液体癌细胞组织中存在与该等位基因特异性探针相同的突变。
[0305] 通过多样化的一系列高分辨率、高通量微阵列平台的应用，可促进液体癌细胞中p53基因结构改变的鉴别。基本上有两种类型的阵列：携带来自克隆核酸的PCR产物的阵列(例如，cDNA、BAC、粘粒)和使用寡核苷酸的阵列。这些方法可提供调查全基因组DNA拷贝数异常和表达水平，从而允许将液体癌细胞的损失、增加和扩增与在相同样品中过表达和低表达的基因相互关联的手段。提供液体癌细胞中mRNA水平估计值的基因表达阵列已经产生了可鉴定基因表达水平、可变剪接事件和mRNA加工改变的外显子特异性阵列。还使用寡核苷酸阵列来探询整个基因组中的单核苷酸多态性(SNP)以供联系和关联研究，并且这些寡核苷酸阵列已经适应于量化拷贝数异常和杂合性丢失事件。DNA测序阵列可允许染色体区域和整个基因组的重新测序。
[0306] 还考虑使用基于SNP的阵列或其他基因阵列或芯片来确定野生型p53等位基因的存在以及突变的结构。单核苷酸多态性(SNP)——DNA中单个位点的变异——是基因组中最常见的变异类型。例如，在人类基因组中估计有500-1000万个SNP。由于SNP在整个进化中及群体内高度保守，因此将SNP的图谱作为研究的优秀基因型标记物。SNP阵列是用于研究整个基因组的有用工具。
[0307] 此外，SNP阵列可用于研究杂合性丢失(LOH)。LOH是一种等位基因不平衡的形式，其可由等位基因完全丧失或一个等位基因相对于另一个等位基因的拷贝数增加而导致。虽然存在其他基于芯片的方法(例如，比较基因组杂交仅可检测基因组增加或缺失)，但SNP阵列具有检测由于单亲二体性(UPD)而导致的拷贝数中性LOH的额外优点。在UPD中，来自一个亲本的一个等位基因或整个染色体丢失，导致另一亲本等位基因的重复复制(单亲＝来自一个亲本，二体性＝复制的)。在疾病情况下，当野生型等位基因(例如，来自母本)丢失而存在两个拷贝的杂合等位基因(例如，来自父本)时，这种情况可能是病态的。SNP阵列的使用在癌症诊断中具有巨大的潜力，因为LOH是大多数人类癌症的显著特征。SNP阵列技术已经表明，不仅液体癌(例如，胃癌，肝癌等)，而且血液恶性肿瘤(ALL、MDS、CML等)由于基因组缺失或UPD以及基因组获得而具有较高的LOH率。在本公开内容中，使用高密度SNP阵列检测LOH允许鉴别等位基因不平衡的模式，以确定野生型p53等位基因的存在(Lips等人,2005；Lai等人,2007)。
[0308] 当前p53基因序列和单核苷酸多态性阵列的实例包括p53基因芯片(Affymetrix,Santa Clara,CA)、Roche p53Ampli-Chip(Roche Molecular Systems,Pleasanton,CA)、Ampli-Chip阵列(Affymetrix,Santa Clara,CA)、SNP阵列6.0(Affymetrix,Santa Clara,CA)、BeadArrays(Illumina,San Diego,CA)等。
[0309] 还可基于p53基因的野生型表达产物的突变来检测野生型p53基因的突变。这样的表达产物包括mRNA以及p53蛋白质产物本身。可通过直接对mRNA进行测序或经由从mRNA制备的cDNA的分子克隆来检测点突变。可使用DNA测序技术来确定所克隆的cDNA的序列。还可经由聚合酶链反应(PCR)对cDNA进行测序。可使用一组单克隆抗体，其中每个与p53功能有关的表位均由单克隆抗体表示。该组中单克隆抗体的结合的损失或干扰可指示p53蛋白的突变改变，并因此指示p53基因本身的突变改变。还可在身体样品如血清、粪便或其他体液如尿液和痰液中检测到突变p53基因或基因产物。上述用于检测组织中突变p53基因或基因产物的相同技术可应用于其他身体样品。
[0310] 还可通过筛选野生型p53蛋白功能的丧失来检测野生型p53基因的丧失。尽管p53蛋白确定具有的所有功能尚未得到阐明，但至少两种具体功能是已知的。蛋白质p53与SV40大T抗原以及腺病毒E1B抗原结合。p53蛋白与这些抗原中的任一个或两者结合的能力的丧失表明蛋白质的突变改变，该突变改变反映出基因本身的突变改变。或者，可使用一组单克隆抗体，其中每个与p53功能有关的表位均由单克隆抗体表示。该组中单克隆抗体的结合的损失或干扰将指示p53蛋白的突变改变，并因此指示p53基因本身的突变改变。用于检测改变的p53蛋白的任何手段均可用于检测野生型p53基因的丧失。
[0311] 还可在身体样品如血清、粪便或其他体液如尿液和痰液中检测到突变p53基因或基因产物。上述用于检测组织中突变p53基因或基因产物的相同技术可应用于其他身体样品。
[0312] 可在施用拟肽大环化合物之前、期间或之后的任何时间进行患有液体癌的受试者中p53灭活突变的缺乏和/或野生型p53表达的确定。在一些实施方案中，在向受试者第一次施用拟肽大环化合物之前，例如，在向受试者第一次施用拟肽大环化合物之前约5年–约1个月、约4年–约1个月、约3年–约1个月、约2年-约1个月、约1年–约1个月、约5年–约1周、约4年–约1周、约3年–约1个月、约2年-约1周、约1年–约1周、约5年–约1天、约4年–约1天、约3年–约1天、约2年-约1天、约1年–约1天、约15个月-约1个月、约15个月-约1周、约15个月-约1天、约12个月-约1个月、约12个月-约1周、约12个月-约1天、约6个月-约1个月、约6个月-约1周、约
6个月-约1天、约3个月-约1个月、约3个月-约1周或约3个月-约1天进行p53灭活突变的缺乏和/或野生型p53表达的确定。在一些实例中，在向受试者第一次施用拟肽大环化合物之前至多6年、5年、4年、3年、24个月、23个月、22个月、21个月、20个月、19个月、18个月、17个月、
16个月、15个月、14个月、13个月、12个月、11个月、10个月、9个月、8个月、7个月、6个月、5个月、4个月、3个月、2个月、1个月、4周(28天)、3周(21天)、2周(14天)、1周(7天)、6天、5天、4天、3天、2天或1天进行p53灭活突变的缺乏和/或野生型p53表达的确认。在一些实例中，在向受试者第一次施用拟肽大环化合物的1个月内进行p53灭活突变的缺乏的确认。在一些实例中，在向受试者第一次施用拟肽大环化合物的21天内进行p53灭活突变的缺乏的确认。
液体癌
6个月-约1天、约3个月-约1个月、约3个月-约1周或约3个月-约1天进行p53灭活突变的缺乏和/或野生型p53表达的确定。在一些实例中，在向受试者第一次施用拟肽大环化合物之前至多6年、5年、4年、3年、24个月、23个月、22个月、21个月、20个月、19个月、18个月、17个月、
16个月、15个月、14个月、13个月、12个月、11个月、10个月、9个月、8个月、7个月、6个月、5个月、4个月、3个月、2个月、1个月、4周(28天)、3周(21天)、2周(14天)、1周(7天)、6天、5天、4天、3天、2天或1天进行p53灭活突变的缺乏和/或野生型p53表达的确认。在一些实例中，在向受试者第一次施用拟肽大环化合物的1个月内进行p53灭活突变的缺乏的确认。在一些实例中，在向受试者第一次施用拟肽大环化合物的21天内进行p53灭活突变的缺乏的确认。
液体癌
[0313] 可以通过本发明方法治疗的液体癌包括但不限于液体淋巴瘤、白血病和骨髓瘤。根据所描述的方法治疗的液体淋巴瘤和白血病的实例包括但不限于慢性淋巴细胞性白血病/小淋巴细胞性淋巴瘤、B-细胞幼淋巴细胞性白血病、淋巴浆细胞性淋巴瘤(如瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症)、脾边缘区淋巴瘤、浆细胞骨髓瘤、浆细胞瘤、单克隆免疫球蛋白沉积疾病、重链病、结外边缘区B细胞淋巴瘤(也称为malt淋巴瘤)、结节边缘区B细胞淋巴瘤
(nmzl)、滤泡性淋巴瘤、套细胞淋巴瘤、弥漫性大B细胞淋巴瘤、纵隔(胸腺)大B细胞淋巴瘤、血管内大B细胞淋巴瘤、原发性渗出性淋巴瘤、伯基特淋巴瘤/白血病、T细胞幼淋巴细胞白血病、T细胞大颗粒淋巴细胞性白血病、侵袭性NK细胞白血病、成人T细胞白血病、结节外NK/T细胞淋巴瘤、鼻型、肠病型T细胞淋巴瘤、肝脾T细胞淋巴瘤、母细胞性NK细胞淋巴瘤、蕈样肉芽肿病/塞扎里综合征、原发性皮肤CD30阳性T细胞淋巴增生性病症、原发性皮肤间变性大细胞淋巴瘤、淋巴瘤样丘疹病、血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤、外周T细胞淋巴瘤、未指明的间变性大细胞淋巴瘤、经典霍奇金淋巴瘤(结节性硬化型、混合细胞型、富淋巴细胞型、淋巴细胞消耗或未消耗型)和以结节性淋巴细胞为主的霍奇金淋巴瘤。
(nmzl)、滤泡性淋巴瘤、套细胞淋巴瘤、弥漫性大B细胞淋巴瘤、纵隔(胸腺)大B细胞淋巴瘤、血管内大B细胞淋巴瘤、原发性渗出性淋巴瘤、伯基特淋巴瘤/白血病、T细胞幼淋巴细胞白血病、T细胞大颗粒淋巴细胞性白血病、侵袭性NK细胞白血病、成人T细胞白血病、结节外NK/T细胞淋巴瘤、鼻型、肠病型T细胞淋巴瘤、肝脾T细胞淋巴瘤、母细胞性NK细胞淋巴瘤、蕈样肉芽肿病/塞扎里综合征、原发性皮肤CD30阳性T细胞淋巴增生性病症、原发性皮肤间变性大细胞淋巴瘤、淋巴瘤样丘疹病、血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤、外周T细胞淋巴瘤、未指明的间变性大细胞淋巴瘤、经典霍奇金淋巴瘤(结节性硬化型、混合细胞型、富淋巴细胞型、淋巴细胞消耗或未消耗型)和以结节性淋巴细胞为主的霍奇金淋巴瘤。
[0314] 可以通过本发明的方法治疗的液体癌的实例包括涉及造血来源的增生性/赘生性细胞的癌症，例如由髓样、淋巴样或红细胞谱系或其前体细胞引起的癌症。病症的实例包括：急性白血病，例如，成红细胞白血病和急性巨核母细胞性白血病。另外的示例性骨髓病症包括但不限于：急性早幼粒细胞白血病(APML)、急性髓性白血病(AML)和慢性髓性白血病(CML)(综述见Vaickus,L.(1991)Crit Rev.in Oncol./Hemotol.11:267-97)；淋巴样恶性肿瘤包括但不限于急性淋巴母细胞性白血病(ALL)，其包括B-谱系ALL和T-谱系ALL、慢性淋巴细胞性白血病(CLL)、幼淋巴细胞性白血病(PLL)、多发性骨髓瘤、多毛细胞白血病(HLL)和瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症(WM)。其他形式的恶性淋巴瘤包括但不限于：非霍奇金淋巴瘤及其变型、外周T细胞淋巴瘤、成人T细胞白血病/淋巴瘤(ATL)、皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)、巨粒淋巴细胞白血病(LGF)、霍奇金病和里德-斯特恩伯格病。例如，液体癌包括但不限于急性淋巴细胞性白血病(ALL)；T-细胞急性淋巴细胞性白血病(T-ALL)；间变性大细胞淋巴瘤(ALCL)；慢性髓细胞性白血病(CML)；急性髓样白血病(AML)；慢性淋巴细胞性白血病(CLL)；B细胞慢性淋巴细胞性白血病(B-CLL)；弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)；嗜酸粒细胞过多/慢性嗜酸粒细胞增多；和伯基特淋巴瘤。
[0315] 在一些实施方案中，通过本发明的方法治疗的液体癌是急性淋巴母细胞性白血病；急性髓样白血病；AIDS相关癌症；AIDS相关淋巴瘤；慢性淋巴细胞性白血病；慢性髓性白血病；慢性骨髓增生性病症；皮肤T细胞淋巴瘤；霍奇金淋巴瘤；多发性骨髓瘤；多发性骨髓瘤/浆细胞肿瘤；非霍奇金淋巴瘤；原发性中枢神经系统(CNS)淋巴瘤；或T细胞淋巴瘤；在多个实施方案中，所述液体癌可以是B细胞慢性淋巴细胞性白血病、B细胞淋巴瘤-DLBCL、生发中心样B细胞淋巴瘤-DLBCL、活化B细胞样B细胞淋巴瘤-DLBCL或伯基特淋巴瘤。
[0316] 在一些实施方案中，通过本文公开的方法治疗的液体癌不包括已知与HPV(人乳头瘤病毒)相关的癌症。
[0317] 通过本文公开的方法进行的癌症治疗的有效性和/或响应可通过任何合适的方法来确定。该响应可以是完全响应，其可以是客观响应、临床响应或对治疗的病理响应。例如，可根据如针对液体淋巴瘤患者的修订版国际工作组响应标准(Revised International Working Group Response Criteria)(IWG 2014)所述的用于评价对液体癌治疗的响应的技术来确定该响应，该文献通过引用以全文并入于此。该响应可以是存活持续时间(或这种持续时间的概率)或无进展间隔时间。这类事件的计时或持续时间可以大约从诊断时间，或大约从治疗开始的时间，或大约从治疗结束的时间(如拟肽大环化合物的最后施用)来确定。或者，该响应可基于液体癌细胞数目、每单位体积液体癌细胞数目或液体癌细胞代谢的减少，或基于总液体癌细胞负荷，或基于血清标志物的水平(特别是在疾病状态下血清标志物升高的情况下)。
[0318] 个体患者的响应可被描述为完全响应、部分响应、稳定的疾病和进行性疾病。在一些实施方案中，该响应是完全响应(CR)。完全响应可被定义为所有循环肿瘤细胞(CTC)或单核血细胞(MNBC)的消失，即任何病态淋巴结(无论是目标还是非目标的)的短轴均必须缩小至<10mm。在一些实例(例如AML)中，完全响应可以被定义为如下：骨髓原始细胞<5％；没有具有Auer杆的原始细胞；没有髓外疾病；绝对嗜中性粒细胞计数>1.0x 109/L(1000/μL)；血小板计数>100x 109/L(100000/μL)；且不依赖于红细胞输注。在某些实施方案中，该响应是具有不完全恢复的CR(CRi)。在一些实例(例如AML)中，具有不完全恢复的CR可以被定义为9 9
包括除了残余嗜中性粒细胞减少(<1.0x 10/L[1000/μL])或血小板减少(<100x 10/L[100
000/μL])的所有CR标准。在某些实施方案中，该响应是无形态学白血病状态。在一些实例(例如AML)中，无形态学白血病状态可以被定义为包括骨髓原始细胞<5％；没有具有Auer杆的原始细胞；没有髓外疾病；并且没有所需的血液学恢复。在某些实施方案中，该响应是部分响应(PR)。部分响应可被定义为以基线直径总和为参考，循环肿瘤细胞(CTC)或单核血细胞(MNBC)的直径总和减少至少30％。在一些实例(例如AML)中，部分响应可以被定义为包括CR的所有血液学标准；骨髓原始细胞百分比降低至5％-25％；且预处理的骨髓原始细胞百分比降低至少50％。在某些实施方案中，该响应是无形态学白血病状态。在一些实例(例如AML)中，无形态学白血病状态可以被定义为包括骨髓原始细胞<5％；没有具有Auer杆的原始细胞；没有髓外疾病；并且没有所需的血液学恢复。在某些实施方案中，该响应为复发。在一些实例(例如AML)中，复发可以被定义为包括骨髓原始细胞<5％；没有具有Auer杆的原始细胞；没有髓外疾病；并且没有所需的血液学恢复。在一些实施方案中，该响应为进行性疾病(PD)。进行性疾病可被定义为以研究的最小数目(如果基线数目是最小的，则这包括基线数目)为参考，循环肿瘤细胞(CTC)或单核血细胞(MNBC)的数目至少20％的增加，以及至少1个、至少2个、至少3个、至少4个、至少5个、至少6个、至少7个、至少8个、至少9个、至少10个、至少11个、至少12个、至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个、至少18个、至少
19个、至少20个、至少30个、至少40个、至少50个或至少100个或更多个循环肿瘤细胞(CTC)或单核血细胞(MNBC)的绝对增加。一个或多个新病变的出现也可被视为进展。在一些实施方案中，该疾病可为稳定的疾病(SD)。稳定的疾病可被定义为以研究中的最小CTC和/或MNBC数目为参考，没有出现符合PR的液体癌细胞数目充分减少，也没有出现符合PD的充分增加的情况。在某些实施方案中，该响应是病理学完全响应。例如通过病理学家在检查手术或活检时移除的组织后确定的病理学完全响应通常是指手术样本中没有侵袭性和/或非侵袭性液体癌细胞的组织学证据。
联合治疗
包括除了残余嗜中性粒细胞减少(<1.0x 10/L[1000/μL])或血小板减少(<100x 10/L[100
000/μL])的所有CR标准。在某些实施方案中，该响应是无形态学白血病状态。在一些实例(例如AML)中，无形态学白血病状态可以被定义为包括骨髓原始细胞<5％；没有具有Auer杆的原始细胞；没有髓外疾病；并且没有所需的血液学恢复。在某些实施方案中，该响应是部分响应(PR)。部分响应可被定义为以基线直径总和为参考，循环肿瘤细胞(CTC)或单核血细胞(MNBC)的直径总和减少至少30％。在一些实例(例如AML)中，部分响应可以被定义为包括CR的所有血液学标准；骨髓原始细胞百分比降低至5％-25％；且预处理的骨髓原始细胞百分比降低至少50％。在某些实施方案中，该响应是无形态学白血病状态。在一些实例(例如AML)中，无形态学白血病状态可以被定义为包括骨髓原始细胞<5％；没有具有Auer杆的原始细胞；没有髓外疾病；并且没有所需的血液学恢复。在某些实施方案中，该响应为复发。在一些实例(例如AML)中，复发可以被定义为包括骨髓原始细胞<5％；没有具有Auer杆的原始细胞；没有髓外疾病；并且没有所需的血液学恢复。在一些实施方案中，该响应为进行性疾病(PD)。进行性疾病可被定义为以研究的最小数目(如果基线数目是最小的，则这包括基线数目)为参考，循环肿瘤细胞(CTC)或单核血细胞(MNBC)的数目至少20％的增加，以及至少1个、至少2个、至少3个、至少4个、至少5个、至少6个、至少7个、至少8个、至少9个、至少10个、至少11个、至少12个、至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个、至少18个、至少
19个、至少20个、至少30个、至少40个、至少50个或至少100个或更多个循环肿瘤细胞(CTC)或单核血细胞(MNBC)的绝对增加。一个或多个新病变的出现也可被视为进展。在一些实施方案中，该疾病可为稳定的疾病(SD)。稳定的疾病可被定义为以研究中的最小CTC和/或MNBC数目为参考，没有出现符合PR的液体癌细胞数目充分减少，也没有出现符合PD的充分增加的情况。在某些实施方案中，该响应是病理学完全响应。例如通过病理学家在检查手术或活检时移除的组织后确定的病理学完全响应通常是指手术样本中没有侵袭性和/或非侵袭性液体癌细胞的组织学证据。
联合治疗
[0319] 本文还提供了用于治疗液体癌的联合疗法，其包括将本文公开的拟肽大环化合物与一种或多种其他疗法联合施用至患有被确定为缺乏p53灭活突变并且/或者表达野生型p53的液体癌的受试者。在特定实施方案中，本文呈现了用于治疗液体癌的联合疗法，其包括将有效量的拟肽大环化合物与有效量的另一疗法联合施用至患有被确定为缺乏p53灭活突变的液体癌并且/或者患有表达野生型p53的液体癌的受试者。
[0320] 如本文所用的，在拟肽大环化合物施用的语境中，术语“联合”是指在施用用于治疗液体癌的一种或多种其他疗法(例如，药剂、手术或放疗)之前、同时或之后施用拟肽大环化合物。术语“联合”的使用不限制向受试者施用拟肽大环化合物以及一种或多种其他疗法的顺序。在特定实施方案中，拟肽大环化合物的施用与一种或多种其他疗法的施用之间的时间间隔可为约1-约5分钟、约1-约30分钟、约30分钟至约60分钟、约1小时、约1-约2小时、约2-约6小时、约2-约12小时、约12-约24小时、约1-约2天、约2天、约3天、约4天、约5天、约6天、约7天、约1周、约2周、约3周、约4周、约5周、约6周、约7周、约8周、约9周、约10周、约15周、约20周、约26周、约52周、约11-约15周、约15-约20周、约20-约30周、约30-约40周、约40-约50周、约1个月、约2个月、约3个月、约4个月、约5个月、约6个月、约7个月、约8个月、约9个月、约10个月、约11个月、约12个月、约1年、约2年，或其间的任意时间段。在某些实施方案中，拟肽大环化合物与一种或多种其他疗法的施用相隔少于1天、少于1周、少于2周、少于3周、少于4周、少于1个月、少于2个月、少于3个月、少于6个月、少于1年、少于2年或少于5年。
[0321] 在一些实施方案中，本文提供的联合疗法包括每周1-2次、每周一次、每2周一次、每3周一次、每4周一次、每5周一次、每6周一次、每7周一次或每8周一次的拟肽大环化合物施用，以及每周一次、每2周一次、每3周一次、每4周一次、每月一次、每2个月(例如，约8周)一次、每3个月(例如，约12周)一次或每4个月(例如，约16周)一次地施用一种或多种其他疗法。在某些实施方案中，拟肽大环化合物以及一种或多种其他疗法周期地施用至受试者。周期疗法包括持续一段时间施用拟肽大环化合物，紧接着持续一段时间施用一种或多种其他疗法，并且重复这种顺序施用。在某些实施方案中，周期疗法还可包括一段时间内不施用拟肽大环化合物或其他疗法的休息期(例如，2天、3天、4天、5天、6天、7天、1周、2周、3周、4周、5周、10周、20周、1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月、12个月、2年或3年)。在一个实施方案中，所施用的周期的数目为1至12个周期、2至10个周期或2至8个周期。
[0322] 在一些实施方案中，本文提供的用于治疗液体癌的方法包括在联合施用拟肽大环化合物与其他疗法之前，将拟肽大环化合物作为单一药剂施用一段时间。在某些实施方案中，本文提供的用于治疗癌症的方法包括在联合施用拟肽大环化合物与其他疗法之前，将其他疗法单独施用一段时间。
[0323] 在一些实施方案中，相对于单独施用拟肽大环化合物或一种或多种其他疗法，根据本文呈现的方法的拟肽大环化合物以及所述一种或多种其他疗法的施用具有叠加效应。在一些实施方案中，相对于单独施用拟肽大环化合物或一种或多种其他疗法，根据本文呈现的方法的拟肽大环化合物以及所述一种或多种其他疗法的施用具有协同效应。
[0324] 如本文所用的，“协同”是指拟肽大环化合物与一种或多种其他疗法(例如，药剂)联合施用的效果，该组合比任两种或更多种单一疗法(例如，药剂)的叠加效应更加有效。在特定实施方案中，联合疗法的协同效应允许使用更低剂量(例如，次优剂量)的拟肽大环化合物或其他疗法，并且/或者允许向受试者更低频率地施用拟肽大环化合物或其他疗法。在某些实施方案中，使用更低剂量的拟肽大环化合物或其他疗法和/或更低频率地施用该拟肽大环化合物或所述其他疗法的能力使得分别与该拟肽大环化合物或所述其他疗法的施用相关的对受试者的毒性降低，而不降低该拟肽大环化合物或所述其他疗法分别在治疗液体癌中的效力。在一些实施方案中，协同效应导致该拟肽大环化合物或每一种所述其他疗法在治疗癌症中的效力提高。在一些实施方案中，拟肽大环化合物与一种或多种其他疗法的组合的协同效应避免或减少了与使用任一种疗法相关的不良作用或不想要的副作用。
[0325] 拟肽大环化合物与一种或多种其他疗法的组合可在同一药物组合物中施用至受试者。或者，拟肽大环化合物以及一种或多种其他疗法可在单独的药物组合物中同时施用至受试者。拟肽大环化合物以及一种或多种其他疗法可在单独的药物组合物中顺序地施用至受试者。还可通过相同或不同的给药途径将拟肽大环化合物以及一种或多种其他疗法施用至受试者。
[0326] 本文提供的联合疗法包括将拟肽大环化合物与常规或已知的用于治疗癌症的疗法联合施用至有需要的受试者。用于癌症或与癌症相关的状况的其他疗法旨在控制或减轻一种或多种症状。相应地，在一些实施方案中，本文提供的联合疗法包括向有需要的受试者施用止痛药或旨在缓解或控制与癌症相关的一种或多种症状或与该癌症相关的状况的其他疗法。
[0327] 可与拟肽大环化合物联合使用的抗癌剂的非限制性实例包括：激素剂(例如，芳香酶抑制剂、选择性雌激素受体调节剂(SERM)和雌激素受体拮抗剂)、化疗剂(例如，微管解装配阻断剂、抗代谢物、拓扑异构酶抑制剂和DNA交联剂或损伤剂)、抗-抗原剂(例如，VEGF拮抗剂、受体拮抗剂、整联蛋白拮抗剂、血管靶向剂(VTA)/血管破坏剂(VDA))、放射疗法以及常规手术。
[0328] 可与拟肽大环化合物联合使用的激素剂的非限制性实例包括芳香酶抑制剂、SERM和雌激素受体拮抗剂。为芳香酶抑制剂的激素剂可以是甾体或非甾体的。非甾体激素剂的非限制性实例包括来曲唑、阿那曲唑、氨鲁米特、法倔唑和伏罗唑。甾体激素剂的非限制性实例包括阿诺新(依西美坦)、福美坦和睾内酯。为SERM的激素剂的非限制性实例包括他莫昔芬(以 为品牌/销售的)、阿非昔芬、阿佐昔芬、巴多昔芬、氯米芬、femarelle、拉索昔芬、奥美昔芬、雷洛昔芬和托瑞米芬。为雌激素受体拮抗剂的激素剂的非限制性实例包括氟维司群。其他激素剂包括但不限于阿比特龙和洛那立生。
[0329] 可与拟肽大环化合物联合使用的化疗剂的非限制性实例包括微管解装配阻断剂、抗代谢物、拓扑异构酶抑制剂和DNA交联剂或损伤剂。为微管解装配阻断剂的化疗剂包括但不限于紫杉烷类(例如，紫杉醇(以 为品牌/销售的)、多西他赛、abraxane、拉罗他赛、奥他赛和替司他赛)；埃博霉素类(例如，伊沙匹隆)；以及长春花生物碱类(例如，长春瑞滨、长春碱、长春地辛和长春新碱(以 为品牌/销售的))。
[0330] 为抗代谢物的化疗剂包括但不限于叶酸抗代谢物(例如，甲氨蝶呤、氨基蝶呤、培美曲塞、雷替曲塞)；嘌呤抗代谢物(例如，克拉屈滨、氯法拉滨、氟达拉滨、巯基嘌呤、喷司他丁、硫鸟嘌呤)；嘧啶抗代谢物(例如，5-氟尿嘧啶、卡培他滨、吉西他滨( )、阿糖胞苷、地西他滨、氟尿苷、喃氟啶)；以及脱氧核糖核苷酸抗代谢物(例如，羟基脲)。
[0331] 为拓扑异构酶抑制剂的化疗剂包括但不限于I类(喜树属)拓扑异构酶抑制剂(例如，托泊替康(以 为品牌/销售的)、伊立替康、芦比替康和贝洛替康)；II类(鬼臼属)拓扑异构酶抑制剂(例如，依托泊苷或VP-16，以及替尼泊苷)；蒽环类(例如，多柔比星、表柔比星、Doxil、阿柔比星、氨柔比星、柔红霉素、伊达比星、吡柔比星、戊柔比星和佐柔比星)；以及蒽二酮类(例如，米托蒽醌和匹克生琼)。
[0332] 为DNA交联剂(或DNA损伤剂)的化疗剂包括但不限于烷化剂(例如，环磷酰胺、氮芥、异环磷酰胺(以 为品牌/销售的)、曲磷胺、苯丁酸氮芥、美法仑、泼尼氮芥、苯达莫司汀、乌拉莫司汀、雌氮芥、卡莫司汀(以 为品牌/销售的)、洛莫司汀、司莫司汀、福莫司汀、尼莫司汀、雷莫司汀、链脲菌素、白消安、甘露舒凡、曲奥舒凡、卡巴醌、N,N′N′-三亚乙基硫代磷酰胺、三亚胺醌、三乙撑密胺)；类烷化剂(例如，卡铂(以
为品牌/销售的)、顺铂、奥沙利铂、奈达铂、四硝酸三铂、沙铂、吡铂)；非
经典DNA交联剂(例如，丙卡巴肼、达卡巴嗪、替莫唑胺(以 为品牌/销售
的)、六甲蜜胺、二溴甘露醇)；以及嵌入剂(例如，放线菌素、博来霉素、丝裂霉素和普利霉素)。
为品牌/销售的)、顺铂、奥沙利铂、奈达铂、四硝酸三铂、沙铂、吡铂)；非
经典DNA交联剂(例如，丙卡巴肼、达卡巴嗪、替莫唑胺(以 为品牌/销售
的)、六甲蜜胺、二溴甘露醇)；以及嵌入剂(例如，放线菌素、博来霉素、丝裂霉素和普利霉素)。
[0333] 可与拟肽大环化合物联合施用至受试者的其他疗法的非限制性实例包括：(1)他汀类，如洛伐他汀(例如，以 为品牌/销售的)；(2)mTOR抑制剂，诸如还被称为雷帕霉素的西罗莫司(以 为品牌/销售的)、坦罗莫司(例如，以
为品牌/销售的)、依罗莫司(例如，以 为品牌/销售的)和地磷
莫司；(3)法呢酰基转移酶抑制剂，如替匹法尼；(4)抗纤维化剂，如吡非尼酮；(5)聚乙二醇化的干扰素，如PEG-干扰素α-2b；(6)CNS兴奋剂，如哌醋甲酯(以 为品牌/销售
的)；(7)HER-2拮抗剂，如抗HER-2抗体(例如，曲妥珠单抗)和激酶抑制剂(例如，拉帕替尼)；
(8)IGF-1拮抗剂如抗IGF-1抗体(例如，AVE1642和IMC-A11)或IGF-1激酶抑制剂；(9)EGFR/HER-1拮抗剂，如抗EGFR抗体(例如，西妥昔单抗、帕尼单抗)或EGFR激酶抑制剂(例如，厄洛替尼；吉非替尼)；(10)SRC拮抗剂，如波舒替尼；(11)细胞周期蛋白依赖性激酶(CDK)抑制剂，如塞利西利；(12)Janus激酶2抑制剂，如来妥替尼；(13)蛋白酶体抑制剂，如硼替佐米；
(14)磷酸二酯酶抑制剂，如阿那格雷；(15)肌苷单磷酸脱氢酶抑制剂，如噻唑呋林；(16)脂氧合酶抑制剂，如马索罗酚；(17)内皮缩血管肽拮抗剂；(18)类视黄醇受体拮抗剂，如维A酸或阿利维A酸；(19)免疫调节剂，如来那度胺、泊马度胺或沙立度胺；(20)激酶(例如，酪氨酸激酶)抑制剂，如伊马替尼、达沙替尼、厄洛替尼、尼洛替尼、吉非替尼、索拉非尼、舒尼替尼、拉帕替尼或TG100801；(21)非甾体抗炎剂，如塞来昔布(以 为品牌/销售
的)；(22)人粒细胞集落刺激因子(G-CSF)，如非格司亭(以 为品牌/销售
的)；(23)亚叶酸或亚叶酸钙；(24)整联蛋白拮抗剂，如整联蛋白α5β1-拮抗剂(例如，JSM6427)；(25)核因子κβ(NF-κβ)拮抗剂如OT-551，其也是抗氧化剂；(26)刺猬蛋白抑制剂，如CUR61414、环杷明、GDC-0449和抗刺猬蛋白抗体；(27)组蛋白脱乙酰酶(HDAC)抑制剂，如SAHA(也被称为伏林司他(以ZOLINZA为品牌/销售的))、PCI-24781、SB939、CHR-3996、CRA-
024781、ITF2357、JNJ-26481585或PCI-24781；(28)类视黄醇，如异维A酸(例如，以
为品牌/销售的)；(29)肝细胞生长因子/分散因子(HGF/SF)拮抗剂，如
HGF/SF单克隆抗体(例如，AMG 102)；(30)合成化学品，如抗瘤酮；(31)抗糖尿病剂，如罗格列酮(例如，以 为品牌/销售的)；(32)抗疟疾药和杀阿米巴药，如氯喹(例如，
以 为品牌/销售的)；(33)合成缓激肽，如RMP-7；(34)血小板衍生生长因子受
体抑制剂，如SU-101；(35)Flk-1/KDR/VEGFR2、FGFR1和PDGFRβ的受体酪氨酸激酶抑制剂，如SU5416和SU6668；(36)抗炎剂，如柳氮磺胺吡啶(例如，以 为品牌/销售
的)；以及(37)TGF-β反义疗法。
为品牌/销售的)、依罗莫司(例如，以 为品牌/销售的)和地磷
莫司；(3)法呢酰基转移酶抑制剂，如替匹法尼；(4)抗纤维化剂，如吡非尼酮；(5)聚乙二醇化的干扰素，如PEG-干扰素α-2b；(6)CNS兴奋剂，如哌醋甲酯(以 为品牌/销售
的)；(7)HER-2拮抗剂，如抗HER-2抗体(例如，曲妥珠单抗)和激酶抑制剂(例如，拉帕替尼)；
(8)IGF-1拮抗剂如抗IGF-1抗体(例如，AVE1642和IMC-A11)或IGF-1激酶抑制剂；(9)EGFR/HER-1拮抗剂，如抗EGFR抗体(例如，西妥昔单抗、帕尼单抗)或EGFR激酶抑制剂(例如，厄洛替尼；吉非替尼)；(10)SRC拮抗剂，如波舒替尼；(11)细胞周期蛋白依赖性激酶(CDK)抑制剂，如塞利西利；(12)Janus激酶2抑制剂，如来妥替尼；(13)蛋白酶体抑制剂，如硼替佐米；
(14)磷酸二酯酶抑制剂，如阿那格雷；(15)肌苷单磷酸脱氢酶抑制剂，如噻唑呋林；(16)脂氧合酶抑制剂，如马索罗酚；(17)内皮缩血管肽拮抗剂；(18)类视黄醇受体拮抗剂，如维A酸或阿利维A酸；(19)免疫调节剂，如来那度胺、泊马度胺或沙立度胺；(20)激酶(例如，酪氨酸激酶)抑制剂，如伊马替尼、达沙替尼、厄洛替尼、尼洛替尼、吉非替尼、索拉非尼、舒尼替尼、拉帕替尼或TG100801；(21)非甾体抗炎剂，如塞来昔布(以 为品牌/销售
的)；(22)人粒细胞集落刺激因子(G-CSF)，如非格司亭(以 为品牌/销售
的)；(23)亚叶酸或亚叶酸钙；(24)整联蛋白拮抗剂，如整联蛋白α5β1-拮抗剂(例如，JSM6427)；(25)核因子κβ(NF-κβ)拮抗剂如OT-551，其也是抗氧化剂；(26)刺猬蛋白抑制剂，如CUR61414、环杷明、GDC-0449和抗刺猬蛋白抗体；(27)组蛋白脱乙酰酶(HDAC)抑制剂，如SAHA(也被称为伏林司他(以ZOLINZA为品牌/销售的))、PCI-24781、SB939、CHR-3996、CRA-
024781、ITF2357、JNJ-26481585或PCI-24781；(28)类视黄醇，如异维A酸(例如，以
为品牌/销售的)；(29)肝细胞生长因子/分散因子(HGF/SF)拮抗剂，如
HGF/SF单克隆抗体(例如，AMG 102)；(30)合成化学品，如抗瘤酮；(31)抗糖尿病剂，如罗格列酮(例如，以 为品牌/销售的)；(32)抗疟疾药和杀阿米巴药，如氯喹(例如，
以 为品牌/销售的)；(33)合成缓激肽，如RMP-7；(34)血小板衍生生长因子受
体抑制剂，如SU-101；(35)Flk-1/KDR/VEGFR2、FGFR1和PDGFRβ的受体酪氨酸激酶抑制剂，如SU5416和SU6668；(36)抗炎剂，如柳氮磺胺吡啶(例如，以 为品牌/销售
的)；以及(37)TGF-β反义疗法。
[0334] 一些实施方案中，本文公开的拟肽大环化合物可在临床相关的浓度下抑制一种或多种转运蛋白酶(例如，OATP1B1、OATP1B3、BSEP)。因此，本文公开的这类拟肽大环化合物可与主要由肝胆转运蛋白清除的药物相互作用。具体地，甲氨蝶呤和他汀类(例如，阿托伐他汀、氟伐他汀、洛伐他汀、匹伐他汀、普伐他汀、瑞舒伐他汀和辛伐他汀)不能在施用本文公开的拟肽大环化合物的48h、36h、24h或12h内(例如，24h内)给药。可能受共施用本文公开的拟肽大环化合物影响的示例性药物在下面列出。在多个实施方案中，一种或多种选自表1的药物不能在施用本文公开的拟肽大环化合物的48h、36h、24h或12h内(例如，24h内)给药。
[0335] 表2：可能受共施用本文公开的拟肽大环化合物影响的示例性药物。药物 治疗领域
伊立替康 肿瘤学
波生坦 肺动脉高压
卡泊芬净 抗真菌
甲氨蝶呤 肿瘤学和风湿病学
瑞格列奈 糖尿病
阿托伐他汀 高胆固醇血症
西立伐他汀 高胆固醇血症
氟伐他汀 高胆固醇血症
洛伐他汀 高胆固醇血症
匹伐他汀 高胆固醇血症
普伐他汀 高胆固醇血症
瑞舒伐他汀 高胆固醇血症
辛伐他汀 高胆固醇血症
生物样品
伊立替康 肿瘤学
波生坦 肺动脉高压
卡泊芬净 抗真菌
甲氨蝶呤 肿瘤学和风湿病学
瑞格列奈 糖尿病
阿托伐他汀 高胆固醇血症
西立伐他汀 高胆固醇血症
氟伐他汀 高胆固醇血症
洛伐他汀 高胆固醇血症
匹伐他汀 高胆固醇血症
普伐他汀 高胆固醇血症
瑞舒伐他汀 高胆固醇血症
辛伐他汀 高胆固醇血症
生物样品
[0336] 如在本申请中所用的，“生物样品”是指来源于正常或患病受试者的身体的任何流体或其他材料，如血液、血清、血浆、淋巴、尿、唾液、泪液、脑脊液、乳汁、羊水、胆汁、腹水、脓等。术语“生物样品”的含义内还包括器官或组织提取物，以及其中已经培养有来自受试者的任何细胞或组织制品的培养液。所述生物样品可以是可以从其获得遗传物质的任何样品。生物样品还可包括固体或液体癌细胞样品或样本。该癌细胞样品可以是癌细胞组织样品。在一些实施方案中，该癌细胞组织样品可以从手术切除的组织获得。生物样品的示例性来源包括细针抽吸、针芯活检、真空辅助活检、切开活检、切除活检、钻取活检、刮取活检或皮肤活检。在一些情况下，所述生物样品包括细针抽吸样品。在一些实施方案中，所述生物样品包括组织样品，包括例如切除活检、切开活检或其他活检组织。所述生物样品可包括两种或更多种来源的混合物，例如细针抽吸物和组织样品。组织样品和细胞样品还可在不进行侵入式手术的情况下通过例如用细针刺取胸壁或腹壁或乳房、甲状腺或其他部位的肿块，并取出细胞物质(细针抽吸活检)而获得。在一些实施方案中，生物样品为骨髓抽吸物样品。生物样品可以通过本文提供的活检方法(擦拭、刮擦、静脉切开或任何其他合适的方法)获得。检测野生型p53和/或p53突变的方法
[0337] 在一些实施方案中，缺乏p53灭活突变的受试者是用本发明化合物进行癌症治疗的候选者。在用本发明化合物治疗之前，应当测定来自患者组的癌细胞，以便确定p53灭活突变和/或野生型p53的表达。
[0338] p53途径的活性可以通过参与p53途径的基因的突变状态来确定，这些基因包括例如AKT1、AKT2、AKT3、ALK、BRAF、CDK4、CDKN2A、DDR2、EGFR、ERBB2(HER2)、FGFR1、FGFR3、GNA11、GNQ、GNAS、KDR、KIT、KRAS、MAP2K1(MEK1)、MET、HRAS、NOTCH1、NRAS、NTRK2、PIK3CA、NF1、PTEN、RAC1、RB1、NTRK3、STK11、PIK3R1、TSC1、TSC2、RET、TP53和VHL。还可以评估调节p53活性的基因，包括例如，激酶：ABL1、JAK1、JAAK2、JAK3；受体酪氨酸激酶：FLT3和KIT；受体：CSF3R、IL7R、MPL和NOTCH1；转录因子：BCOR、CEBPA、CREBBP、ETV6、GATA1、GATA2、MLL、KZF1、PAX5、RUNX1、STAT3、WT1和TP53；表观遗传因子：ASXL1、DNMT3A、EZH2、KDM6A(UTX)、SUZ12、TET2、PTPN11、SF3B1、SRSF2、U2AF3、ZRSR2；RAS蛋白：HRAS、KRAS和NRAS；衔接子CBL和CBL-B；FBXW7、IDH1、IDH2和NPM1。
[0339] 例如，可以经由原发性或转移性肿瘤切除(例如，肺切除术、肺叶切除术(lobetomy)、楔形切除术和开颅术)、原发性或转移性疾病活检(如经支气管活检或针芯活检)、胸膜或腹水(例如FFPE细胞团块)、骨髓抽吸、骨髓凝结和骨髓活检或肿瘤富集区(实体瘤)的宏观解剖，从实体瘤或液体肿瘤获得癌细胞样品。
[0340] 为了检测组织中的p53野生型基因和/或p53灭活突变的缺乏，可以从周围正常组织中分类癌组织。例如，可以从石蜡或冷冻切片分离组织。也可以通过流式细胞术将癌细胞与正常细胞分开。如果癌细胞组织被正常细胞高度污染，则检测突变可能更加困难。
[0341] 分析野生型p53和/或p53突变的各种方法和试验适用于本发明。试验的非限制性示例包括聚合酶链反应(PCR)、限制性片段长度多态性(RFLP)、微阵列、Southern印迹法、Northern印迹法、Western印迹法、Eastern印迹法、H&E染色法、肿瘤的显微评估、下一代DNA测序(NGS)(例如DNA的提取、纯化、定量和扩增，文库制备)、免疫组织化学和荧光原位杂交(FISH)。
[0342] 微阵列允许研究人员研究附接至表面的多个DNA序列，例如由玻璃或硅制成的DNA芯片，或者聚合物珠子或树脂。DNA序列与荧光或发光探针杂交。基于样品序列与探针杂交，然后洗涤并随后检测该探针，微阵列可以指示样品中存在寡核苷酸序列。荧光或发光信号的定量指示样品中存在已知的寡核苷酸序列。
[0343] PCR允许DNA寡聚物的快速扩增，并且可用于鉴别样品中的寡核苷酸序列。PCR实验包括使寡核苷酸样品与PCR混合物接触，该PCR混合物含有与靶序列互补的引物、一种或多种DNA聚合酶、脱氧核苷酸三磷酸(dNTP)结构单元(包括dATP、dGTP、dTTP和dCTP)和合适的缓冲液、盐和添加剂。如果样品含有与一对引物互补的寡核苷酸序列，则该实验扩增样品序列，该序列可被收集并鉴别。
[0344] 在一些实施方案中，试验包括扩增来自癌样品的生物分子。所述生物分子可以是核酸分子，如DNA或RNA。在一些实施方案中，所述测定包含核酸分子的环化，然后消化所环化的核酸分子。
[0345] 在一些实施方案中，所述试验包括使生物体或从生物体收集的生物化学样品(如核酸样品)与寡核苷酸(如PCR引物)的文库接触。该文库可以含有任何数目的寡核苷酸分子。该寡核苷酸分子可以结合单独的DNA或RNA基序，或本文所述基序的任意组合。这些基序可以相隔任何距离，并且该距离可以是已知的或未知的。在一些实施方案中，同一文库中的两种或更多种寡核苷酸结合亲本核酸序列中相隔已知距离的基序。引物与亲本序列的结合可以基于引物与亲本序列的互补性而发生。例如，结合可以在退火或在严格条件下发生。
[0346] 在一些实施方案中，使用试验的结果来设计新的寡核苷酸序列以备将来使用。在一些实施方案中，使用试验的结果来设计新的寡核苷酸文库以备将来使用。在一些实施方案中，试验的结果用于修改、改进或更新现有的寡核苷酸文库以备将来使用。例如，试验可以揭示先前未记录的核酸序列与靶物质的存在相关联。该信息可以用来设计或重新设计核酸分子和文库。
[0347] 在一些实施方案中，文库中的一种或多种核酸分子包含条形码标签。在一些实施方案中，文库中的一种或多种核酸分子包含适于环化和切割扩增的样品核酸序列的I型或II型限制位点。这样的引物可以用于环化PCR产物并切割PCR产物，以提供具有与样品生物体天然核酸序列不同组织化的序列的产物核酸序列。
[0348] PCR实验之后，可以验证扩增序列的存在。用于寻找扩增序列的方法的非限制性实例包括DNA测序、全转录物组鸟枪法测序(WTSS或RNA-seq)、质谱法(MS)、微阵列、焦磷酸测序、柱纯化分析、聚丙烯酰胺凝胶电泳和由索引标记的引物产生的PCR产物的索引标签测序。
[0349] 在一些实施方案中，样品生物体中超过一种核酸序列被扩增。在PCR产物混合物中分离不同核酸序列的方法的非限制性实例包括柱纯化、高校液相色谱法(HPLC)、HPLC/MS、聚丙烯酰胺凝胶电泳、大小排阻色谱法。
[0350] 扩增的核酸分子可以通过测序来鉴别。核酸测序可以在自动化仪器上进行。测序实验可以平行地进行，以同时分析数十、数百或数千个序列。测序技术的非限制性实例如下。
[0351] 在焦磷酸测序中，DNA在含有与油溶液中的引物包被的珠子结合的单个DNA模板的小水滴内扩增。将核苷酸添加至生长中的序列中，并且通过可见光证明每个碱基的添加。
[0352] 离子半导体测序将核酸残基的添加作为与合成期间释放的氢离子相关的电信号的形式来检测。包含模板的反应孔用四种类型的核苷酸结构单元充满，一次一种。电信号的时序鉴别添加了哪种结构单元，并鉴别模板中相应的残基。
[0353] DNA纳米球使用滚环复制将DNA扩增成纳米球。纳米球的解链连接测序揭示了DNA序列。
[0354] 在可逆染料方法中，使核酸分子与载玻片上的引物退火，并扩增。添加四种类型的荧光染料残基，它们各自与天然核碱基互补，添加与核酸序列中的下一个碱基互补的残基，并从载玻片上漂洗未掺入的染料。添加四种类型的可逆终止子碱基(RT-碱基)，并且洗掉未掺入的核苷酸。荧光指示加入了染料残基，从而鉴别模板序列中的互补碱基。以化学方式除去染料残基，并重复该循环。
[0355] 点突变的检测可以通过存在于癌细胞组织中的p53等位基因的分子克隆和对等位基因进行测序来完成。或者，可以利用聚合酶链反应直接从来自癌细胞组织的基因组DNA制品中扩增p53基因序列。然后可以确定扩增的序列的DNA序列。参见例如Saiki等人,Science,Vol.239,p.487,1988；美国专利号4,683,202；和美国专利号4,683,195。也可以检测到p53基因的特定缺失。例如，针对p53基因或周围标志物基因的限制性片段长度多态性(RFLP)探针可用来对p53等位基因的丢失进行评分。
[0356] 野生型p53基因的丢失也可以基于p53基因的野生型表达产物的丢失来检测。这样的表达产物包括mRNA以及p53蛋白质产物本身。点突变可以通过直接对mRNA进行测序或通过从mRNA制备的cDNA的分子克隆来检测。克隆的cDNA的序列可以使用DNA测序技术来确定。cDNA也可以通过聚合酶链反应(PCR)进行测序。
[0357] 或者，可以使用错配检测来检测p53基因或mRNA产物中的点突变。该方法可以包括使用与人类野生型p53基因互补的标记的核糖核酸探针。从癌细胞组织中分离的核糖核酸探针和mRNA或DNA退火(杂交)在一起，随后用能够检测双链RNA结构中的一些错配的酶RNA酶A消化。如果通过RNA酶A检测到错配，则该酶在错配位点处切割。因此，当退火的RNA制品在电泳凝胶基质上分离时，如果错配已经被检测到并且被RNA酶A切割，则可以看到比用于核糖核酸探针和p53mRNA或DNA的全长双链RNA更小的RNA产物。核糖核酸探针不一定是p53mRNA或基因的全长，而可以是其中任一个的区段。如果核糖核酸探针仅包含p53mRNA或基因的区段，则希望使用许多这样的探针来筛选整个mRNA序列的错配。
[0358] 以类似的方式，可通过酶促或化学切割，使用DNA探针来检测错配。参见，例如，Cotton等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,vol.85,4397,1988；和Shenk等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,vol.72,p.989,1975。或者，可通过错配的双链体相对于匹配的双链体的电泳迁移率的变化来检测错配。参见，例如，Cariello,Human Genetics,vol.42,p.726,1988。采用核糖核酸探针或DNA探针，可在杂交前使用PCR(参见下文)来扩增可能含有突变的细胞mRNA或DNA。
[0359] 还可以使用等位基因特异性探针筛选已经使用聚合酶链反应扩增的来自癌细胞组织的p53基因的DNA序列。这些探针是核酸寡聚物，其中每一个都含有携带已知突变的p53基因序列的区域。例如，一个寡聚物可以是约30个核苷酸的长度，对应于p53基因序列的一部分。在编码p53基因第175个密码子的位置处，该寡聚物编码丙氨酸，而不是野生型密码子缬氨酸。通过使用一系列这样的等位基因特异性探针，可以筛选PCR扩增产物，以鉴定p53基因中先前鉴定的突变的存在。等位基因特异性探针与扩增的p53序列的杂交可以在例如尼龙滤膜上进行。与特定探针的杂交指示在癌细胞组织中存在与在等位基因特异性探针中相同的突变。
[0360] 通过应用一系列多样化的高分辨率、高通量微阵列平台，可以促进癌细胞中p53基因结构变化的鉴定。基本上两种类型的阵列包括携带来自克隆的核酸(例如cDNA、BAC、粘粒)的PCR产物的阵列和使用寡核苷酸的阵列。这些方法可以提供调查全基因组DNA拷贝数异常和表达水平的方法，以允许将相同样品中基因表达过高和表达过低的癌细胞中的丢失、获得和扩增相关联。提供癌细胞中mRNA水平的估计的基因表达阵列已经产生了可以鉴定基因表达水平、选择性剪接事件和mRNA加工改变的外显子特异性阵列。
[0361] 可以使用寡核苷酸阵列探询整个基因组中的单核苷酸多态性(SNP)以供连锁和关联研究，并且它们已经被适应于量化拷贝数异常和杂合性事件的丢失。DNA测序阵列可以允许对染色体区域、外显子组和全基因组进行重新测序。
[0362] 基于SNP的阵列或其他基因阵列或芯片可以确定野生型p53等位基因的存在和突变的结构。单核苷酸多态性(SNP)——DNA中单个位点的变异——是基因组中最常见的变异类型。例如，人类基因组中估计有500-1000万个SNP。SNP可以是同义或非同义置换。由于遗传密码的简并性，同义SNP置换不会导致蛋白质中氨基酸的改变，但是可以以其他方式影响功能。例如，编码膜转运蛋白的基因中似乎沉默的突变可以减缓翻译，使肽链错误折叠，并产生功能性较低的突变膜转运蛋白。非同义SNP置换可以是错义置换或无义置换。当单个碱基改变导致蛋白质的氨基酸序列改变并且其失常导致疾病时，发生错义置换。当点突变导致转录的mRNA中密码子提前终止或无义密码子时，发生无义置换，其导致截短的且通常无功能的蛋白质产物。由于SNP在整个进化过程中以及在群体内高度保守，因此SNP图谱作为研究的优良基因型标志物。SNP阵列是研究全基因组的有用工具。
[0363] 此外，SNP阵列可用于研究杂合性丢失(LOH)。LOH是等位基因失衡的一种形式，其可能是由等位基因的完全丢失或一个等位基因的拷贝数相对于另一个等位基因的增加造成的。虽然有其他基于芯片的方法(例如，比较基因组杂交只能检测基因组获得或缺失)，但SNP阵列具有检测由于单亲二体性(UPD)引起的拷贝数中性LOH的额外优势。在UPD中，来自一个亲本的一个等位基因或整个染色体丢失，导致另一个亲本等位基因的重复(单亲＝来自一个亲本，二体性＝重复)。在疾病情况下，当野生型等位基因(例如来自母本)丢失并且存在两个拷贝的杂合等位基因(例如来自父本)时，这种情况可能是病理性的。SNP阵列的这种使用在癌症诊断中具有巨大的潜力，因为LOH是大多数人类癌症的突出特征。SNP阵列技术显示，由于基因组缺失或UPD和基因组获得，癌症(例如胃癌、肝癌等)和血液恶性肿瘤(ALL、MDS、CML等)具有高LOH率。在本发明中，使用高密度SNP阵列来检测LOH允许鉴定等位基因不平衡的模式，以确定野生型p53等位基因的存在(Lips等人,2005；Lai等人,2007)。
[0364] p53基因序列和单核苷酸多态性阵列的实例包括p53基因芯片(Affymetrix,Santa Clara,CA)、Roche p53Ampli-Chip(Roche Molecular Systems,Pleasanton,CA)、GeneChip Mapping阵列(Affymetrix,Santa Clara,CA)、SNP Array 6.0(Affymetrix,Santa Clara,CA)、BeadArrays(Illumina,San Diego,CA)等。
[0365] 野生型p53基因的突变也可以基于p53基因的野生型表达产物的突变来检测。这类表达产物包括mRNA以及p53蛋白产物本身。点突变可以通过直接对mRNA进行测序或者通过由mRNA制成的cDNA的分子克隆来检测。克隆的cDNA的序列可以采用DNA测序技术来确定。cDNA也可以经由聚合酶链反应(PCR)来测序。可以使用一组单克隆抗体，其中参与p53功能的每个表位由一种单克隆抗体代表。该组中单克隆抗体的结合的丧失或扰动可指示p53蛋白的突变改变，因而指示p53基因本身的突变改变。突变p53基因或基因产物也可以在诸如血清、粪便、尿和痰的身体样品中检测到。以上针对检测组织中的突变p53基因或基因产物所讨论的相同技术可以应用于其他身体样品。
[0366] 野生型p53基因的丢失也可以通过筛选野生型p53蛋白功能的丧失来检测。尽管p53蛋白无疑具有的所有功能尚未阐明，但至少有两个特定功能是已知的。蛋白质p53与SV40大T抗原以及腺病毒E1B抗原结合。p53蛋白与这些抗原之一或两者结合的能力的丧失表明该蛋白质中的突变改变，其反映了基因本身的突变改变。或者，可以使用一组单克隆抗体，其中参与p53功能的每个表位由一种单克隆抗体代表。该组中单克隆抗体的结合的丧失或扰动将指示p53蛋白的突变改变，因而指示p53基因本身的突变改变。任何检测改变的p53蛋白的方法都可以用来检测野生型p53基因的丢失。实施例
实施例1：拟肽大环化合物
实施例1：拟肽大环化合物
[0367] 如以前所述以及如下所述合成、纯化和分析拟肽大环化合物(Schafmeister等人，J.Am.Chem.Soc.122:5891-5892(2000)；Schafmeister和Verdine，J.Am.Chem.Soc.122:5891(2005)；Walensky等人，Science 305:1466-1470(2004)；和美国专利号7,192,713)。通过用相对应的合成氨基酸替代两个或多个天然存在的氨基酸来设计拟肽大环化合物。替代发生在i和i+4以及i和i+7位。使用固相条件、rink amide AM树脂(Novabiochem)和Fmoc主链保护基团化学方法人工地或在自动化肽合成仪(Applied Biosystems，433A型)上进行肽合成。对于天然Fmoc保护的氨基酸(Novabiochem)的偶联，使用10当量的氨基酸和1:1:2摩尔比的偶联试剂HBTU/HOBt(Novabiochem)/DIEA。非天然氨基酸(4当量)与1:1:2摩尔比的HATU(Applied Biosystems)/HOBt/DIEA偶联。合成肽的N末端被乙酰化，而C末端被酰胺化。
[0368] 通过在反相C18柱(Varian)上的高效液相色谱法(HPLC)(Varian ProStar)来实现交联化合物的纯化，以产生纯的化合物。通过LC/MS质谱法(与Agilent 1100HPLC系统接口连接的Micromass LCT)和氨基酸分析(Applied Biosystems，型号420A)确认该纯产物的化学组成。
[0369] 在包括SP662、SP663和SP664在内的二炔交联的拟肽大环化合物的合成中使用下列方案。以0.2mmol规模在PEG-PS树脂(加载0.45mmol/g)上合成完全保护的结合树脂的肽。通过采用在DMF中的20％(v/v)的哌啶对结合树脂的肽进行3×10min的处理来实现临时
Fmoc基团的脱保护。用NMP(3×)、二氯甲烷(3×)和NMP(3x)洗涤后，通过与适当的预活化的Fmoc-氨基酸衍生物进行1×60min的温育来实现每个连续氨基酸的偶联。在将偶联溶液转移至脱保护的结合树脂的肽之前，将所有被保护的氨基酸(0.4mmol)溶解在NMP中，并用HCTU(0.4mmol)和DIEA(0.8mmol)进行活化。偶联反应完成后，洗涤树脂，准备下一个脱保护/偶联循环。在存在于NMP中的乙酸酐/DIEA的存在下进行氨基末端的乙酰化。对从完全组装的结合树脂的肽的等分试样所获得的已切割和脱保护的样品进行LC-MS分析以验证每个偶联的完成。在典型的实例中，将四氢呋喃(4ml)和三乙胺(2ml)加入到在40ml玻璃小瓶中的肽树脂(0.2mmol)中并摇动10分钟。然后加入Pd(PPh3)2Cl2(0.014g,0.02mmol)和碘化亚铜(0.008g,0.04mmol)，并将所得反应混合物在大气开放的同时机械摇动16小时。在室温下通过用TFA/H2O/TIS(95/5/5v/v)处理2.5h来将二炔环化的结合树脂的肽脱保护并从固体载体上切下。将树脂过滤后，使TFA溶液在冷乙醚中沉淀并进行离心，以生产呈固体的所需产物。通过制备型HPLC对粗产物进行纯化。
Fmoc基团的脱保护。用NMP(3×)、二氯甲烷(3×)和NMP(3x)洗涤后，通过与适当的预活化的Fmoc-氨基酸衍生物进行1×60min的温育来实现每个连续氨基酸的偶联。在将偶联溶液转移至脱保护的结合树脂的肽之前，将所有被保护的氨基酸(0.4mmol)溶解在NMP中，并用HCTU(0.4mmol)和DIEA(0.8mmol)进行活化。偶联反应完成后，洗涤树脂，准备下一个脱保护/偶联循环。在存在于NMP中的乙酸酐/DIEA的存在下进行氨基末端的乙酰化。对从完全组装的结合树脂的肽的等分试样所获得的已切割和脱保护的样品进行LC-MS分析以验证每个偶联的完成。在典型的实例中，将四氢呋喃(4ml)和三乙胺(2ml)加入到在40ml玻璃小瓶中的肽树脂(0.2mmol)中并摇动10分钟。然后加入Pd(PPh3)2Cl2(0.014g,0.02mmol)和碘化亚铜(0.008g,0.04mmol)，并将所得反应混合物在大气开放的同时机械摇动16小时。在室温下通过用TFA/H2O/TIS(95/5/5v/v)处理2.5h来将二炔环化的结合树脂的肽脱保护并从固体载体上切下。将树脂过滤后，使TFA溶液在冷乙醚中沉淀并进行离心，以生产呈固体的所需产物。通过制备型HPLC对粗产物进行纯化。
[0370] 在包括SP665在内的单炔交联的拟肽大环化合物的合成中使用下列方案。以0.1mmol规模在Rink amide MBHA树脂(加载0.62mmol/g)上合成完全保护的结合树脂的肽。
通过采用在NMP中的25％(v/v)的哌啶对结合树脂的肽进行2×20min的处理来实现临时
Fmoc基团的脱保护。采用NMP和二氯甲烷进行充分的流动洗涤后，通过与适当的预活化的Fmoc-氨基酸衍生物进行1×60min的温育来实现每个连续氨基酸的偶联。在将偶联溶液转移至脱保护的结合树脂的肽之前，将所有被保护的氨基酸(1mmol)溶解在NMP中，并用HCTU(1mmol)和DIEA(1mmol)进行活化。偶联反应完成后，对树脂进行充分的流动洗涤，准备下一个脱保护/偶联循环。在存在于NMP/NMM中的乙酸酐/DIEA的存在下进行氨基末端的乙酰化。
对从完全组装的结合树脂的肽的等分试样所获得的已切割和脱保护的样品进行LC-MS分析以验证每个偶联反应的完成。在一个典型的实例中，用DCM洗涤肽树脂(0.1mmol)。将树脂装入微波小瓶中。对容器进行抽真空并用氮气进行吹扫。加入六羰基钼(0.01当量,Sigma Aldrich 199959)。将无水氯苯加入到反应容器中。然后加入2-氟苯酚(1当量,Sigma
Aldrich F12804)。将反应物装入微波炉，并在130℃保持10分钟。可能需要在随后的时间推动反应以完成反应。在室温下通过用TFA/H2O/TIS(94/3/3v/v)处理3h来对炔烃复分解的树脂结合肽进行脱保护并将其从固体载体上切下。将树脂过滤后，使TFA溶液在冷乙醚中沉淀并进行离心，以得到呈固体的所需产物。通过制备型HPLC对粗产物进行纯化。
通过采用在NMP中的25％(v/v)的哌啶对结合树脂的肽进行2×20min的处理来实现临时
Fmoc基团的脱保护。采用NMP和二氯甲烷进行充分的流动洗涤后，通过与适当的预活化的Fmoc-氨基酸衍生物进行1×60min的温育来实现每个连续氨基酸的偶联。在将偶联溶液转移至脱保护的结合树脂的肽之前，将所有被保护的氨基酸(1mmol)溶解在NMP中，并用HCTU(1mmol)和DIEA(1mmol)进行活化。偶联反应完成后，对树脂进行充分的流动洗涤，准备下一个脱保护/偶联循环。在存在于NMP/NMM中的乙酸酐/DIEA的存在下进行氨基末端的乙酰化。
对从完全组装的结合树脂的肽的等分试样所获得的已切割和脱保护的样品进行LC-MS分析以验证每个偶联反应的完成。在一个典型的实例中，用DCM洗涤肽树脂(0.1mmol)。将树脂装入微波小瓶中。对容器进行抽真空并用氮气进行吹扫。加入六羰基钼(0.01当量,Sigma Aldrich 199959)。将无水氯苯加入到反应容器中。然后加入2-氟苯酚(1当量,Sigma
Aldrich F12804)。将反应物装入微波炉，并在130℃保持10分钟。可能需要在随后的时间推动反应以完成反应。在室温下通过用TFA/H2O/TIS(94/3/3v/v)处理3h来对炔烃复分解的树脂结合肽进行脱保护并将其从固体载体上切下。将树脂过滤后，使TFA溶液在冷乙醚中沉淀并进行离心，以得到呈固体的所需产物。通过制备型HPLC对粗产物进行纯化。
[0371] 表3示出了所制备的拟肽大环化合物的列表。表3
[0372] 表3a显示了拟肽大环化合物的选择。表3a
[0373] 表3b显示了拟肽大环化合物的进一步选择。表3b
[0374] 在上文和别处显示的序列中，使用了以下缩写：“Nle”表示正亮氨酸，“Aib”表示2-氨基异丁酸，“Ac”表示乙酰基，并且“Pr”表示丙酰基。由“$”表示的氨基酸是由全碳交联体连接的α-Me S5-戊烯基-丙氨酸烯烃氨基酸，其包含一个双键。由“$r5”表示的氨基酸是由全碳交联体连接的α-Me R5-戊烯基-丙氨酸烯烃氨基酸，其包含一个双键。由“$s8”表示的氨基酸是由全碳交联体连接的α-Me S8-辛烯基-丙氨酸烯烃氨基酸，其包含一个双键。由“$r8”表示的氨基酸是由全碳交联体连接的α-Me R8-辛烯基-丙氨酸烯烃氨基酸，其包含一个双键。“Ahx”表示氨基环己基连接体。该交联体是直链全碳交联体，其在每个氨基酸的α碳之间包含8个或11个碳原子。由“$/”表示的氨基酸是并非由任何交联体连接的α-Me S5-戊烯基-丙氨酸烯烃氨基酸。由“$/r5”表示的氨基酸是未由任何交联体连接的α-Me R5-戊烯基-丙氨酸烯烃氨基酸。由“$/s8”表示的氨基酸是未由任何交联体连接的α-Me S8-辛烯基-丙氨酸烯烃氨基酸。由“$/r8”表示的氨基酸是未由任何交联体连接的α-Me R8-辛烯基-丙氨酸烯烃氨基酸。由“Amw”表示的氨基酸是氨基酸α-Me色氨酸。由“Aml”表示的氨基酸是氨基酸α-Me亮氨酸。由“Amf”表示的氨基酸是氨基酸α-Me苯丙氨酸。由“2ff”表示的氨基酸是氨基酸2-氟-苯丙氨酸。由“3ff”表示的氨基酸是氨基酸3-氟-苯丙氨酸。由“St”表示的氨基酸是包含两条戊烯基丙氨酸烯烃侧链且如所示每条侧链与另一氨基酸交联的氨基酸。由“St//”表示的氨基酸是包含两条不交联的戊烯基丙氨酸烯烃侧链的氨基酸。由“％St”表示的氨基酸是包含两条戊烯基丙氨酸烯烃侧链且如所示每条侧链通过完全饱和的烃交联与另一氨基酸交联的氨基酸。由“Ba”表示的氨基酸是β-丙氨酸。交联氨基酸的名称内的小写字母“e”或“z”(例如“$er8”或“$zr8”)表示双键构型(分别为E或Z)。在其他情况下，诸如“a”或“f”的小写字母表示D氨基酸(例如，分别为D-丙氨酸或D-苯丙氨酸)。指定为“NmW”的氨基酸表示N-甲基色氨酸。指定为“NmY”的氨基酸表示N-甲基酪氨酸。指定为“NmA”的氨基酸表示N-甲基丙氨酸。“Kbio”表示连接至赖氨酸残基的侧链氨基的生物素基团。指定为“Sar”的氨基酸表示肌氨酸。指定为“Cha”的氨基酸表示环己基丙氨酸。指定为“Cpg”的氨基酸表示环戊基甘氨酸。指定为“Cba”的氨基酸表示环丁基丙氨酸。指定为“F4I”的氨基酸表示4-碘代苯丙氨酸。“7L”表示N15同位素亮氨酸。指定为“F3Cl”的氨基酸表示3-氯苯丙氨酸。指定为“F4cooh”的氨基酸表示4-羧基苯丙氨酸。指定为“F34F2”的氨基酸表示3,4-二氟苯丙氨酸。指定为“6clW”的氨基酸表示6-氯色氨酸。指定为“$rda6”的氨基酸表示经由二炔键交联至第二炔基氨基酸的α-Me R6-己炔基-丙氨酸炔基氨基酸。指定为“$da5”的氨基酸表示α-Me S5-戊炔基-丙氨酸炔基氨基酸，其中该炔烃与第二炔基氨基酸形成二炔键的一半。指定为“$ra9”的氨基酸表示经由炔烃复分解反应与第二炔基氨基酸交联的α-Me R9-壬炔基-丙氨酸炔基氨基酸。指定为“$a6”的氨基酸表示经由炔烃复分解反应与第二炔基氨基酸交联的α-Me S6-己炔基-丙氨酸炔基氨基酸。指定“iso1”或“iso2”指示该拟肽大环化合物是单一异构体。
[0375] 指定为“Cit”的氨基酸表示瓜氨酸。分别指定为“Cou4”、“Cou6”、“Cou7”和“Cou8”的氨基酸表示下列结构：
[0376] 在一些实施方案中，拟肽大环化合物以多于一种异构体获得，例如这是由于交联体结构中双键的构型(E与Z)造成的。在一些实施方案中，此类异构体能够或不能通过常规的色谱法分离。在一些实施方案中，一种异构体相对于其他异构体具有改善的生物学性质。在一个实施方案中，拟肽大环化合物的E交联体烯烃异构体相对于其Z对应物具有更好的溶解度、更好的靶标亲和性、更好的体内或体外效力、更高的螺旋度或提高的细胞透性。在一个实施方案中，拟肽大环化合物的Z交联体烯烃异构体相对于其E对应物具有更好的溶解度、更好的靶标亲和性、更好的体内或体外效力、更高的螺旋度或提高的细胞透性。
[0377] 表3c显示了示例性的拟肽大环化合物：表3c
[0378] 在一些实施方案中，拟肽大环化合物不包括表4a中所示的一种或多种拟肽大环化合物：表4a
在表4a中，X表示S或任意氨基酸。所示的肽可包含N-末端封端基团如乙酰基或另外的
连接体，如在封端基团与肽序列的起点之间的β-丙氨酸。
在表4a中，X表示S或任意氨基酸。所示的肽可包含N-末端封端基团如乙酰基或另外的
连接体，如在封端基团与肽序列的起点之间的β-丙氨酸。
[0379] 在一些实施方案中，拟肽大环化合物不包含如表4a所示的拟肽大环化合物结构。
[0380] 在其他实施方案中，拟肽大环化合物不包括表4b所示的一种或多种拟肽大环化合物。表4b
[0381] 在一些实施方案中，本文公开的拟肽大环化合物不包含如表4b所示的拟肽大环化合物结构。
[0382] 表4c显示了包含D-氨基酸的非交联多肽的实例。表4c
实施例2：安全性和/或耐受性研究
研究目标
实施例2：安全性和/或耐受性研究
研究目标
[0383] 本研究旨在(i)评价在21天或28天周期的连续三周每周一次通过静脉内输注施用的肽1(其为本发明的肽)的安全性和/或耐受性，以及(ii)确定患有表达野生型p53蛋白的晚期液体癌的患者中肽1的DLT和MTD或OBD。肽1是α螺旋烃交联的多肽大环化合物，其氨基酸序列小于20个氨基酸的长度，衍生自野生型人P53蛋白的反式激活域，并与相对于彼此在野生型人P53蛋白的反式激活域中相同的位置含有苯丙氨酸、色氨酸和亮氨酸氨基酸。肽1具有跨越在该氨基酸序列的i到i+7位置的氨基酸的单个交联，并且在i+7位置与羧基末端之间具有超过三个氨基酸。肽1与人MDM2和MDM4结合，并且具有如通过电喷雾离子化质谱法测得的950-975m/e的观测质量。研究计划
研究设计
研究设计
[0384] 该研究包括由2组组成的剂量递增研究，其旨在评价在患有表达野生型p53蛋白的晚期液体癌(例如白血病、骨髓瘤和液体淋巴瘤)的患者中，采用28天或21天周期的2个不同给药方案，通过静脉内输注施用的肽1的安全性、耐受性、PK、PD和抗液体癌细胞作用。例如，肽1可在复发性/难治性急性髓样白血病(AML)和/或急性淋巴样白血病(ALL)患者中使用。对于28天周期，患者连续三周每周一次接受肽1，或者对于21天周期，连续两周每周两次接受肽1。许多液体淋巴瘤患者在外周血中呈现循环肿瘤细胞(CTC)，可使用流式细胞术检测并分析该CTC。因此，检测研究药物特定的靶标参与这些细胞是可能的。
[0385] 该研究由剂量递增阶段(DEP)和扩充阶段(EXP)组成。DEP是用于确立肽1的MTD或OBD的“3+3”剂量递增设计。EXP选择最多2个不同组的在MTD或OBD下患有特定液体癌的患者，以进一步研究剂量水平的临床安全性谱和潜在效力。根据DEP的结果以及来自其他非临床药理学研究的数据，完成了针对EXP的患者选择。后者包括对多种液体癌细胞系(例如，白血病、液体淋巴瘤、骨髓瘤)的研究，该研究有助于在液体癌类型之间和之内对肽1的细胞系敏感性进行比较。
[0386] 在研究的剂量递增阶段和剂量扩充阶段中的患者的治疗持续直到确定疾病进展、不可接受的毒性，或患者或医师决定中止疗法。
[0387] 入选前的p53状态确定和肿瘤采样要求
[0388] 中心实验室采用新一代测序(NGS)，对来入选本研究的所有患者的归档组织样品或新鲜活检样品的p53状态进行检测。
[0389] 关于第1阶段的前3个剂量水平：患者可在不考虑p53状态的情况下入选。尽管如此，仍在中心实验室然测试了患者的
p53状态。为此，可使用归档组织(例如，样品必须不超过3年)，或者替代地，除非活检对患者构成重大风险，可考虑使用新鲜活检。
p53状态。为此，可使用归档组织(例如，样品必须不超过3年)，或者替代地，除非活检对患者构成重大风险，可考虑使用新鲜活检。
[0390] 在第1阶段的剂量水平4开始(以及对于入选DEP的第2阶段的患者)：
[0391] 仅纳入了具有表达野生型p53蛋白的液体癌细胞的患者。这个关键的纳入标准基于所提出的肽1的作用机制，其需要野生型p53蛋白是药理活性的。该纳入标准也得到体外液体癌细胞生长试验的结果的支持，其中肽1在表达野生型p53蛋白的液体癌细胞中表现出活性，但未在具有p53突变的细胞中表现出活性。患者可通过以下情况之一满足p53要求：·根据在当地实验室完成的先前p53基因测试结果，患者可符合资格。仍在中心实验室
采用SNG对这些患者的p53状态进行检测。为此，可使用归档组织(样品不得超过3年)，或者替代地，除非活检对患者构成重大风险，应考虑使用新鲜活检。不选择没有归档组织的患者和活检构成重大风险的患者。
·可根据测试了p53的归档组织(样品不得超过3年)，或者替代地，除非活检对患者构
成重大风险，可考虑根据测试了p53的新鲜活检，患者符合资格。不选择没有归档组织的患者和活检构成重大风险的患者。
采用SNG对这些患者的p53状态进行检测。为此，可使用归档组织(样品不得超过3年)，或者替代地，除非活检对患者构成重大风险，应考虑使用新鲜活检。不选择没有归档组织的患者和活检构成重大风险的患者。
·可根据测试了p53的归档组织(样品不得超过3年)，或者替代地，除非活检对患者构
成重大风险，可考虑根据测试了p53的新鲜活检，患者符合资格。不选择没有归档组织的患者和活检构成重大风险的患者。
[0392] 对于选入EXP的患者：·只选择具有表达野生型p53的液体癌细胞的患者，并且必须在入选前在中心实验室
采用NGS对所有患者的p53状态进行测试。可使用归档组织(样品不得超过1年)，或者替代地，除非活检对患者构成重大风险，可考虑使用新鲜活检。不选择没有归档组织的患者和活检构成重大风险的患者。
采用NGS对所有患者的p53状态进行测试。可使用归档组织(样品不得超过1年)，或者替代地，除非活检对患者构成重大风险，可考虑使用新鲜活检。不选择没有归档组织的患者和活检构成重大风险的患者。
[0393] 只选择患有表达野生型p53的液体癌细胞的患者。在筛选期间获得的液体癌细胞样品上进行p53状态的确定。该测定可由具有所需能力的研究点进行；否则可在中央实验室进行。来自归档组织样品(若可用)的结果可用于确定DEP中的患者资格。选入本研究的患者的总数目取决于剂量水平的数目和在MTD或OBD建立前每个队列中患者的数目。DEP中选入了约45名患者，不包括出于非安全性原因而中止的患者的替代者，而在EXP队列中对于最多两个患者组(总数为60)中的每一个，选入了总共最多约60名另外的患者。本研究计划选入总共最多100名患者。计划使用在美国的约6个临床点。预计应计阶段约为15个月。预期的随访阶段是在最后一名患者入选后的约8个月，持续约23个月的总研究期限。
[0394] 将满足所有纳入标准和排除标准的患者(包括确定野生型p53状态)的患者选入3至6名患者的队列中，以接受肽1。在28天周期的第1天、第8天和第15天，经1小时(±5min)以剂量方案A通过静脉内输注施用肽1，或者在21天周期的第1天、第4天、第8天、第11天，从剂量水平3开始，也经1小时(±5min)以剂量方案B施用肽1。
[0395] 治疗持续直到疾病进展、不可接受的毒性，或患者或医师撤回同意书。在MTD或OBD建立后，将另外的患者选入最多两个单独的扩充队列中(每个扩充队列约30名患者)，以获得在此剂量水平下和在特定患者或液体癌细胞类型中的进一步的经验。患者或液体癌细胞类型的选择部分基于在该研究的剂量递增部分中进行的观察来确定。
[0396] 基于发病率、严重程度、持续时间、致死率、严重性和AE类型，以及患者体检、生命体征和临床实验室结果中的变化，对安全性进行评价。研究者采用NCI CTCAE 4.0版评估AE的严重程度。
[0397] 因为此研究的主要目标是基于安全性和PK，所以统计学分析本质上是描述性的，并且考虑了研究的所有剂量和所有观察到的反应，包括实现完全响应(CR)或部分响应(PR)的患者，或基于IWG(2014)标准保持稳定的疾病(SD)的患者。接受至少一个剂量的肽1的患者组成安全性群体，并被包括在所有安全性分析中。完成至少一个周期的肽1并且经历治疗后客观疾病评估的患者组成可评估效力的患者群体。患者群体
纳入标准
纳入标准
[0398] 所有AML患者都需要患有根据WHO标准的复发性或难治性急性髓样白血病。急性早幼粒细胞白血病患者被排除在外。所有MDS患者都需要：(i)在研究入组前8周内确诊MDS；(ii)对低甲基化剂(氮杂胞苷或地西他滨)无响应性或不耐受；(iii)IPSS-R中/高/极高风险MDS患者(在筛选时应用IPSS-R标准)；或者，如果无法确定IPSS-R状态(例如，如果细胞遗传学由于干抽而不可用)，则FAB分类：RAEB-1(5％-9％BM原始细胞)，RAEB-2(10％-19％BM原始细胞)，CMML(10％至20％BM原始细胞)和WBC<13,000/μL，RAEB-t(20％至30％BM原始细胞)；(iv)MDS患者还必须符合以下至少一项：a.在阿扎胞苷或地西他滨治疗开始后的任何时间进展(根据2006IWG标准)；b.在至少六个为期4周的阿扎胞苷或地西他滨周期后，未能达到完全或部分响应或血液学改善(根据2006IWG)；c.在至少四个为期4周的阿扎胞苷或地西他滨周期后观察到的初始完全或部分响应或血液学改善(根据2006IWG标准)后复发；d.由≥3级的药物相关肝或肾毒性导致治疗中止定义的阿扎胞苷或地西他滨不耐受性。
[0399] 所有患者都需要满足以下纳入标准：(i)知情同意时年龄大于等于18岁(包含)的男性或女性；(ii)组织学或细胞学确认为液体癌。没有标准治疗措施或标准治疗措施不再有效；(iii)对于在DEP的第1阶段的剂量水平4及更高剂量水平下选入的患者，以及在DEP或EXP的第2阶段选入的所有患者，复发或治疗难治性液体肿瘤的野生型p53状态是强制的；(iv)在液体淋巴瘤患者中通过修订的国际工作组响应标准(IWG(2014))可衡量的至少一处目标病变；(v)ECOG体能状态0-1；(vi)≥3个月的预期寿命；(vii)在肽1的第一次给药之前7天内测量的充分的血液学功能(定义为：ANC≥1.5×109/L，血红蛋白≥9.0g/d并且血小板≥100×109/L)；(viii)在肽1的第一次给药之前7天内测量的充分的肝功能(定义为：没有累及肝脏的疾病时：胆红素≤1.5倍机构ULN:AST和ALT≤2.5倍ULN；存在累及肝脏的疾病时：胆红素≤2倍ULN:AST和ALT≤5倍ULN)；(ix)在肽1的第一次给药之前7天内测量的充分的肾功能(定义为：尿分析证明无+2以上蛋白尿，血清肌酸酐≤1.5倍机构ULN或计算肌酸酐清除率≥50mL/min(Cockcroft-Gault公式))；(x)在肽1的第一次给药之前7天内测量的可接受的凝血概况(定义为：PT或INR≤1.5倍ULN；aPTT≤1.5倍ULN)；(Xi)自先前化疗或生物疗法、放疗或手术(胸内、腹内或骨盆内)起至少4周并恢复至1级或基线显著毒性，不包括由先前疗法引起的脱发。如果急性毒性已经解决，则在肽1第一次给药之前≤2周的骨损伤的姑息性放疗是可以接受的；(xii)对于有生育能力的女性，在肽1第一次给药之前14天内血清妊娠试验阴性，有生育能力的女性被定义为未经历子宫切除或没有自然绝经持续≥24个连续月(即，在过去24个月中的任一个月都有月经)的性成熟的女性；(xiii)从肽1第一次给药之前两周开始至肽1最后给药后的30天，同意采用有效避孕措施(即、乳胶避孕套、隔膜、宫颈帽、宫内节育器、避孕药等)的有生育能力的所有患者(男性和女性)；(xiv)具有理解并愿意签署书面知情同意书的能力；并且前列腺癌患者必须继续雄激素剥夺疗法，除非该疗法在肽1的第一次给药前6个月中止。在使用肽1治疗急性髓样白血病(AML)或急性淋巴样白血病(ALL)的研究中，包括病理学证实患有AML或ALL的患者，如B细胞急性淋巴样白血病(B-ALL)和T细胞急性淋巴细胞性白血病(T-ALL)患者。在这类研究中，包括在标准化疗后复发、对其为难治性或不耐受的患者。
排除标准
排除标准
[0400] 在筛选时或第1天满足任意以下标准的患者被排除：(i)先前采用影响MDM2或MDMX活性的研究药剂进行治疗；已知对任何研究药物组分均有超敏反应；(iii)已知且未治疗的脑转移。已经治疗并且表现为临床稳定持续≥30天的脑转移患者可选入本研究的剂量递增部分中；(iv)凝血病、血小板病或非药物诱导的血小板减少症史；(v)在肽1的第一次给药前6个月内的肺栓塞史，或未治疗的DVT；(vi)需要同时使用抗凝血剂或抗血小板药物，阿司匹林剂量≤81mg/天、用于DVT预防的低剂量SC肝素或SC低分子量肝素，或肝素冲洗以维持IV导管通畅的情况除外；(vii)具有预先存在的或已知的心血管风险史(例如：急性冠状动脉综合征史，包括心肌梗死、不稳定心绞痛、冠状动脉旁路移植术、血管成形术，或在肽1的第一次给药前6个月内的支架术；不受控制的高血压，其被定义为收缩BP≥160mmHg并且/或者舒张BP≥100mmHg；预先存在的心力衰竭(纽约心脏协会III-IV级)；抗凝血剂引起房颤；临床显著的不受控制的心率失常，或需要治疗的心律失常，房颤和阵发性室上性心动过速除外；严重瓣膜病；筛选时校正的QTc间隔，男性ECG≥450msec，女性ECG≥470msec)；(viii)在肽1的第一次给药前6个月内的有临床意义的胃肠道出血；(ix)有临床意义的第三空间流体积累(例如，尽管使用了利尿剂，腹水仍需要开口，或需要开口或与呼吸短促相关的胸膜积液)；(x)妊娠或哺乳期女性；(xi)证明存在可能干扰患者安全性或参与此研究的知情同意书的条款的严重和/或不稳定预先存在的医学状况、精神病学状况或其他状况；(xii)活动性的不受控制的感染，HIV/AIDS史，或不存在肝细胞癌的乙型肝炎或丙型肝炎史。肝炎血清学阳性但未表现出活动性病毒性肝炎的原发性肝癌患者可被考虑入选，如果其满足所有其他纳入标准并且不满足其他排除标准；(xiii)在DEP的第1阶段中的剂量水平4或更高剂量水平下开始(以及对于在DEP或EXP的第2阶段入选的所有患者)：具有已知人乳头瘤病毒(HPV)相关性如HPV阳性宫颈癌、HPV阳性口咽癌和HPV阳性肛门癌的癌症；(xiv)持续≥2年尚未缓解的另一种原发性恶性肿瘤的已知病史。非黑色素瘤皮肤癌和原位宫颈癌或鳞状上皮内病变(例如，CIN或PIN)是允许的；(xv)可能干扰遵守研究方案和后续进度的任何心理学、社会学或地理状况；(xvi)在肽1输注24小时内需要使用主要由肝胆转运蛋白(例如，OATP成员，OATP1B1和OATP1B3)清除的任何伴随药物；(xvii)在肽1的第一次给药前的4周或
5个循环半衰期内使用任何研究药剂。在使用肽1治疗急性髓样白血病(AML)或急性淋巴样白血病(ALL)的研究中，排除急性未分化或双表型白血病患者。排除白血病原始细胞计数超过50,000个/uL的患者。排除染色体17缺失或del(17p)的患者。
患者从研究疗法的移除/替换
5个循环半衰期内使用任何研究药剂。在使用肽1治疗急性髓样白血病(AML)或急性淋巴样白血病(ALL)的研究中，排除急性未分化或双表型白血病患者。排除白血病原始细胞计数超过50,000个/uL的患者。排除染色体17缺失或del(17p)的患者。
患者从研究疗法的移除/替换
[0401] 患者可因多种原因从本研究中移除，包括：(i)疾病进展；(ii)不可接受的不良事件；(iii)阻止进一步参与的并发疾病；(iv)2周给药延缓或在两次剂量降低后仍有临床显著的毒性；(v)患者拒绝继续通过本研究进行治疗，和/或同意取消研究参与；(vi)患者不能或不愿遵守研究要求；(vii)妊娠或未能使用充分的避孕措施；(viii)据研究者判断，患者状况总体或特定地改变，使得患者不能接受此研究的进一步治疗。
[0402] 任何完成筛选但未接受肽1的给药的患者均被替换。出于除安全性之外的原因，在本研究的剂量递增部分中于第一周期完成前中止本研究的患者被替换。出于任何原因，在本研究的剂量扩充部分中于治疗第一周期完成前中止本研究的患者可被替换。治疗计划
研究药物施用
研究药物施用
[0403] 研究药物为研究药剂肽1。将此研究药剂分配至临床点。在筛选开始后的12天内开始用肽1对患者进行治疗。肽1药物为提供于一次性玻璃小瓶中的冷冻液体产品。用于注射的拟肽大环化合物储存在≤-15℃下。将肽1引入至含有D5W(这被称为肽1给药溶液)的静脉内输注袋中，并通过定点药房提供以施用至患者。肽1给药溶液标有患者标识号。研究人员确认此信息以及其与预期患者的相关性。对于DR-A在28天周期的第1天、第8天和第15天，对于DR-B在21天周期的第1天、第4天、第8天、第11天，经1小时(±5min)通过以D5W形式静脉内输注施用肽1。基于患者在每个周期开始时的体重计算每名患者的预定剂量。
[0404] 对于第1周期中的剂量方案A和B，肽1不在计划时间表之外进行施用，即对于给药天数而言没有计划的窗口。对于DR-A在第22天和第29天，对于DR-B在第18天和第21天，非给药日的随访具有±1天的窗口。在eCRF上记录偏差。在该研究的剂量递增和剂量扩充阶段对患者的治疗持续直到确定疾病进展、不可接受的毒性，或患者或医师决定中止疗法。
[0405] 在存在与输注相关的反应的情况下，暂时中止肽1输注。可按照机构准则施用药理学药剂和其他治疗干预。在仔细评估患者后作出重新开始肽1输注的决定。起始剂量、剂量递增和剂量降低
[0406] 从剂量水平(DL)3开始，将患者依次分配到两个治疗组中的一个：剂量方案(DR)A继续测试每周一次施用肽1，或者剂量方案(DR)B测试每周两次施用肽1。对于剂量水平3，DR-A首先加入，DR-B其次加入。基于非临床毒理学评估结果，DEP中的起始剂量(DL-1)为0.16mg/kg。在前2个剂量水平期间，患者在28天周期的第1天、第8天和第15天接受肽1。从DL
3开始，DR-A中的患者在28天周期的第1天、第8天和第15天继续每周一次治疗，而DR-B中的患者每周治疗两次，在21天周期的第1天和第4天、第8天和第11天。
研究的剂量递增部分的剂量水平
3开始，DR-A中的患者在28天周期的第1天、第8天和第15天继续每周一次治疗，而DR-B中的患者每周治疗两次，在21天周期的第1天和第4天、第8天和第11天。
研究的剂量递增部分的剂量水平
[0407] 在本研究的剂量递增部分中，在3-6名患者的队列中评价肽1的剂量水平增加。在患有表达野生型p53蛋白的晚期液体淋巴瘤的患者中，使用28天或21天周期的2个不同的给药方案，通过静脉内输注施用肽1。对于28天周期，患者连续三周每周一次接受肽1，或者对于21天周期，连续两周每周两次。许多液体淋巴瘤患者在外周血中呈现循环肿瘤细胞(CTC)，可以使用流式细胞术检测并分析该CTC。这种分析允许检测研究药物特定的靶标参与这些细胞。基于类比，0.16mg/kg(50μg·hr/mL)下人的预计AUC为在STD10下大鼠AUC的约
9％，并且为猴HNSTD下AUC的约6％。
9％，并且为猴HNSTD下AUC的约6％。
[0408] 在任一种DR中≥33％的患者不存DLT时，后续3至6名患者的队列接受递增的剂量，直到为每个剂量方案确立MTD或OBD。
[0409] 采用2-阶段剂量递增设计。在初始第1阶段递增期(表5)期间，采用100％剂量增量，直到队列中≥1/3的患者经历至少可能与研究药物有关的任何≥2级的AE。使用3-患者队列和改良斐波纳契序列(即，第2阶段递增期；表6)继续后续剂量递增，直到确立MTD或OBD。表5：剂量水平和剂量方案示意
给药概述
对于每个剂量水平(DL)和剂量方案的肽1施用
给药概述
对于每个剂量水平(DL)和剂量方案的肽1施用
[0410] 在研究者、赞助商的医疗监护人和安全医师代表同意更保守的进展的时间点，可将递增方案切换至第2阶段递增方案。
[0411] 将DLT的观察用于在整个试验时间表中作出关于剂量降低、中断或中止的个体患者决定，但将在第1周期期间出现的DLT用于告知安全性和耐受性评估，以用于剂量递增决定。
[0412] 如果在第一队列中观察到DLT，则将剂量递减至剂量水平1。如果在剂量水平1下观察到DLT，则将剂量递减至剂量水平2。如果在剂量水平2下观察到DLT，则可考虑其他剂量水平，并且该剂量水平在研究者、赞助商的医疗监护人和安全医师代表之间讨论后实施。
[0413] 在每个剂量方案中：
[0414] 如果在队列中没有观察到DLT，则随后的患者组在该剂量方案的下一计划剂量水平下加入。
[0415] 如果在任何剂量水平下在≥2/3患者中观察到DLT，则在该DR中不进行进一步的剂量递增，并且当前剂量被确定为MAD。
[0416] 如果在任何剂量水平下在1/3患者中观察到DLT，则最多3名另外的患者在相同剂量水平下加入同一DR中。如果在扩充队列中的≥2名患者中观察到DLT，则不进行进一步的剂量递增，并且当前剂量被确定为MAD。
[0417] 在确定MAD后，将先前施用的较低剂量扩充至总共6名患者，或者在最多6名患者中研究中间剂量(介于MAD与下一个较低剂量水平之间)。在来自一个治疗组的队列中6名患者中至少有5名患者耐受而没有DLT的最高剂量被确定为该治疗组的MTD或OBD。
[0418] 对于最多2个EXP队列的剂量方案和剂量水平的选择基于第1周期中的MTD确定，以及肽1在DEP中随后的治疗周期中的累积安全性、效力和PK/PD谱。
[0419] 剂量水平在每个队列中的周期之间增加，并且患者仅被指定一个剂量水平(即，没有患者内剂量递增)。用于研究的扩充部分的剂量水平
[0420] 在确定MTD或OBD之后，可将约30名另外的患者选入该研究的最多两个扩充队列中，以在该剂量水平下获得进一步的经验，并研究肽1在特定患者或液体癌细胞类型中的作用。可存在最多两个扩充队列，对其可选择两种疾病类型进行评价。施用于扩充队列中的患者的肽1剂量和给药时间表来源于本研究的剂量递增部分中对两种剂量方案下患者的可获得安全性和其他信息的评价。患者内剂量递增
[0421] 不允许患者内剂量递增。针对毒性的剂量和时间表调整
[0422] 在周期中发生的毒性必须如下所述进行恢复以便继续治疗。血红蛋白≥8.5g/dL；ANC≥1.0 109/L；血小板计数≥75×109/L；肝功能检验回到先前周期之前的等级(包括PT/INR)；如部分4中列出的标准所述，其他毒性必须回复至等级≤1，或在等级>1对纳入该试验是可接受的情况下回复至基线水平。
[0423] 如果观察到被认为与肽1相关的4级AE，则肽1必须永久中止。例外情况包括持续<3天的4级中性粒细胞减少，以及在最佳治疗2天内解决的呕吐、腹泻或电解质异常。对于这些例外情况，治疗可延迟至多2周，以便解决该毒性(即返回至等级<1或基线)，然后以降低的剂量再次治疗。允许两次剂量降低。第三次剂量降低需要临床获益的证据，并由医疗监护人批准。
[0424] 如果观察到被认为与肽1相关的3级AE(例外情况是在最佳治疗的2天内解决的3级恶心、呕吐、腹泻或临床上无意义的电解质异常)，治疗可延迟至多2周，以便解决该毒性，然后以降低的剂量重新治疗。允许两次剂量降低。第三次剂量降低需要临床获益的证据，并由医疗监护人批准。
[0425] 在相关的3级和4级AE(如允许)后对重新治疗的剂量调整如下。对于DEP，患者以之前的剂量水平重新治疗(按照表1和/或表2)。对于EXP，剂量以25％的间隔降低(例如，如果II期剂量为5mg/kg，则剂量依次降低至3.75mg/kg和2.8mg/kg)。允许两次剂量降低。第三次剂量降低需要临床获益的证据，并由医疗监护人批准。
[0426] 如果在治疗周期期间在患者中观察到临床上有意义的AE，则延迟进一步给药直到毒性已经解决到可接受的水平。治疗可以延迟至多2周，以便允许解决AE，并且可以由研究者与赞助商的医疗监护人和安全医师代表协商自行决定将剂量降低至先前的水平。如果患者经历多次AE，则对给药延迟或剂量降低的决定可基于最严重的AE。在一次剂量降低之后经历复发性、临床上有意义的AE的任何患者可经受一次附加的剂量降低。在2周延迟或允许的最高次数的剂量降低后继续经历临床上有意义的毒性的患者停止该研究。
[0427] 被考虑剂量降低的不良事件不包括由研究者评估为仅与潜在疾病或其他医疗状况或伴随治疗相关的事件。如果患者接受临床益处和/或研究者感觉继续参与对该患者具有最佳益处，则经历被认为与肽1相关的AE的患者可继续研究。在这样的情况下，在基于研究者的判断并与赞助商的医疗监护人和安全医师代表达成一致的情况下，可将针对患者的剂量降低至先前的较低水平。
[0428] 允许对患者进行最多两次剂量降低。第三次剂量降低需要临床获益的证据，并由医疗监护人批准，之后患者停止该研究。
[0429] 在基于研究者的判断并与赞助商的医疗监护人和安全医师代表达成一致的情况下，经历DLT的患者可继续以先前的较低水平治疗，直到疾病进展或不可接受的毒性。一旦患者的剂量已降低，就不再增加。
[0430] 毒性分级基于NCI CTCAE v4.0。统计方法
[0431] DEP和EXP的安全性和效力的统计分析在本质上主要是描述性的，因为该研究的目的是确定DLT和MTD或OBD。这些目的通过确定性算法的结果来实现。使用描述性统计学总结连续变量[n、平均值、标准差、中值、最小值和最大值]。总结分类变量，其显示每个分类内患者的数目和百分比(n，％)。评价所有患者和液体淋巴瘤患者的结果。对于所有剂量水平和患者组，比较DR-A和DR-B的结果。实施例3：研究程序
研究事件的时间表
研究事件的时间表
[0432] 从筛选开始并在整个第1周期[28天周期的第1天、第8天和第15天]中继续的所进行的研究活动(包括评估、测试、检查、疾病评估、组织样本的提交和研究药物施用)的时间表概括在表7中。从第2周期[第1周期的第29天＝第2周期的第1天]开始进行的研究概括于表8中。表7：整个第1周期中的研究活动的时间表
表8：剂量方案A——整个第1周期中的研究活动
表9：剂量方案B——整个第1周期中的研究活动
表10：整个第2周期中的研究活动的时间表
*所有患者在第一次给药前接受CT成像。在给药开始后，在DR-A中：对于DR-A在第2周期结束时和之后每隔一个周期，例如第4、6和8周期，获得CT图像。DR-B：对于DR-B在第3周期中最后一次输注后和之后每三个周期，例如第6、9和12周期，获得CT图像3。在这些周期中施用最后剂量后和在第18天访视之前获得图像。
表11：剂量方案A-研究活动第2周期及以外
表12：剂量方案B-研究活动第2周期及以外
实施例4：药代动力学分析
表8：剂量方案A——整个第1周期中的研究活动
表9：剂量方案B——整个第1周期中的研究活动
表10：整个第2周期中的研究活动的时间表
*所有患者在第一次给药前接受CT成像。在给药开始后，在DR-A中：对于DR-A在第2周期结束时和之后每隔一个周期，例如第4、6和8周期，获得CT图像。DR-B：对于DR-B在第3周期中最后一次输注后和之后每三个周期，例如第6、9和12周期，获得CT图像3。在这些周期中施用最后剂量后和在第18天访视之前获得图像。
表11：剂量方案A-研究活动第2周期及以外
表12：剂量方案B-研究活动第2周期及以外
实施例4：药代动力学分析
[0433] 测量在以下所述指定时间点收集的血液样品中肽1及其代谢物的水平。对于每个剂量方案，将药代动力学数据制成表格并按个体患者以及按剂量水平共同地进行总结。在对于解释结果有用时，提供图形显示。
[0434] 在以下时间点收集用于PK评价的血液样品：表13：用于PK评价的血液样品收集时间点
[0435] SOI代表开始肽1的输注；EOI表示肽1输注结束。实施例5：药代动力学研究
[0436] 药代动力学研究表征在小鼠、大鼠和猴中单次静脉内施用肽1后的暴露动力学，包括在大鼠和猴中评价两种不同的给药制剂。对于效力模型和剂量范围发现(DRF)研究使用合格的液相色谱串联质谱(LC-MS-MS)法，并且对于GLP安全性研究使用验证的方法，在小鼠效力模型中在MED下，并在大鼠和猴毒理学研究中在耐受和非耐受剂量下表征了吸收。虽然在4周猴毒理学研究的最高剂量下观察到明显的平台期，但暴露量通常随剂量成比例增加。在任何物种中均未观察到基于性别的差异，并且在多个剂量之后没有观察到累积。
[0437] 在小鼠、大鼠和猴血浆以及来自正常受试者和低白蛋白血症患者的人血浆样品中，在一定浓度范围内评价了肽1的体外蛋白质结合。在肽1以2μM单一浓度温育后，小鼠、大鼠、狗、猴和人血浆中蛋白质结合的范围为92％至98％，并且在高达250μM时在小鼠和大鼠血浆中超过98％。在人和猴血浆中，在高达150μM的肽1浓度时测得3-4％的游离肽1级分，对应于临床剂量高达15mg/kg时的预期Cmax值，在浓度>200μM时上升至12-14％。在低白蛋白血症患者的血浆中，在>100μM的肽1浓度时观察到类似的升高，对应于临床剂量高达10mg/kg时的预期Cmax值。浓度依赖性血浆蛋白质结合与4周猴GLP毒性研究中高剂量组(20mg/kg)所观察到的暴露平台期一致，并且提示在极高临床剂量时小于与剂量成比例的暴露，特别是对于低白蛋白血症患者来说。
[0438] 体外研究证明，包括人类在内的物种之间具有相似的代谢物谱，为大鼠和猴作为毒理学研究的合适物种提供了支持。蛋白水解是肽1的主要生物转化途径。主要代谢物是环肽部分完整的3-氨基酸截短体，并且在采用冷冻保存的小鼠、大鼠、猴和人肝细胞的体外稳定性研究中注意到相同的代谢物谱。在单剂量大鼠研究中，肝胆代谢和消除是肽1的主要清除途径，主要代谢物是在胆汁中观察到的主要排泄产物。在为期4周的大鼠和猴GLP毒理学研究中，在血浆中也观察到主要代谢物，在这些研究中充分暴露以提供其对肽1总体安全性谱的影响的表征。在猴中，主要代谢物血浆暴露量是主要代谢物AUC的10％，而在大鼠中，主要代谢物血浆暴露量是肽1AUC的6％。在大鼠或猴中每周两次重复给药没有观察到主要代谢物的积累。
[0439] 在临床相关浓度下，肽1对细胞色素P450(CYP)酶的抑制或诱导似乎可以忽略不计，但是在肽1的高暴露下，与主要被肝胆转运蛋白清除的药物的相互作用是可能的。实施例6:药效学分析
[0440] 测量在开始治疗之前和第1周期或第2周期结束时收集的液体癌细胞样本中p53、MDM2、MDMX、p21和胱天蛋白酶的水平。测量血液样品中的MIC-1。以下描述了收集血液和组织以供PD评价的指定时间点。将药效学数据制成表格并按个体患者以及按剂量水平共同地进行总结。在对于解释结果有用时提供图形显示。
[0441] 对于先前的遗传学和生物标志物检测，以及针对与肽1的安全性和效力相关的生物标志物对血液和液体癌细胞样品的其他检测，可以针对与患者结果可能的相关性对可从上述检测获得的结果进行研究。
[0442] 在以下时间点收集血液样品以供PD评价。表14：收集血液样品以供PD评价的时间点
实施例7：拟肽大环化合物的临床活性评估
实施例7：拟肽大环化合物的临床活性评估
[0443] 为评价临床活性，对表现出CR、PR或SD的所有患者以逐个案例的方式，提供基于IWG(2014)标准或其他适当标准的响应率和响应持续时间。基于效力或临床抗液体癌细胞活性的临床、X光线照相术或其他合适的评估，提供抗液体癌细胞活性或其他临床益处的其他证据的描述性分析。临床活性的分析在两个患者群体上进行：(i)接受至少一个疗法周期并且具有至少一个基线后疾病评估的患者亚组(可评估效力的群体)，以及(2)较大的一组患者，其包括可评估效力的群体，以及在第1周期结束前表现出目标疾病进展或经历DLT和/或不可接受的毒性的患者。
[0444] 在基线(例如，在第1周期第1天的28或21天内)时获得具有相关疾病指征的患者的成像扫描、身体检查和/或基于实验室的测定(例如，前列腺特异性抗原)，包括，例如，基线PET-FDG和可能的FLT-PET扫描，以及对于以下概述的客观抗液体癌细胞活性。相同类型的成像、身体检查或基于实验室的测定程序用于每次患者评估。IWG(2014)标准用于评估液体癌响应和响应持续时间。在下一治疗周期开始前解释安排的扫描(和/或其他基于实验室的测定)。如果满足CR或PR的标准，则在不早于4周后重复该扫描，以确认该响应。响应的患者(CR、PR或SD)继续进行研究，对于DR-A在第2周期后和之后每隔一个周期(例如第4周期和第6周期)，而对于DR-B在第3周期中最后一次输注后和之后每第三个周期(例如，第6周期和第
9周期)进行疾病评估，直到疾病进展、撤回知情同意书或不可接受的毒性。
9周期)进行疾病评估，直到疾病进展、撤回知情同意书或不可接受的毒性。
[0445] 来自成像程序(包括在主要机构外的区域性或其他设施进行的那些程序)的胶片或其他记录由患者的相应主要研究机构的放射学人员进行读取和审阅。
[0446] 对患者液体淋巴瘤患者使用IWG(2014)标准在基线时进行[18F]-氟脱氧葡萄糖正电子发射断层扫描(FDG-PET)成像。基线后的FDG-PET成像仅在首次出现稳定性疾病的患者中进行，作为确定抗液体癌细胞活性的辅助手段。如果作为PET-CT的一部分进行的CT与使用静脉内和口服造影剂的诊断性CT具有相似的诊断质量，则PET/CT扫描可以代替造影剂增强的CT扫描。
[0447] 对于通常显示出FLT示踪剂充分摄取的具有液体癌细胞的患者，例如液体淋巴瘤和其他液体癌患者，在基线时进行FLT-PET成像。·在基线时表现出标准摄取值(SUV)≥5的被指定为DR-A的患者，在第1周期中最后一
次输注研究药物后一天(即第16天)进行重复的FLT成像。
·在基线时表现出标准摄取值(SUV)≥5的DR-B患者，在第1周期中最后一次输注研究
药物后一天(即第12天)进行重复的FLT成像。
实施例8：第1周期第1天之前的分子筛选
次输注研究药物后一天(即第16天)进行重复的FLT成像。
·在基线时表现出标准摄取值(SUV)≥5的DR-B患者，在第1周期中最后一次输注研究
药物后一天(即第12天)进行重复的FLT成像。
实施例8：第1周期第1天之前的分子筛选
[0448] 分子筛选包括在首次施用肽1(第1周期的第1天)之前进行以下内容。·收集针对分子筛选的签署的知情同意书
·收集归档的液体癌细胞样品或新鲜的液体癌细胞活检物(除非活检具有显著的临床
风险)以供p53检测
■如果确认为p53野生型，则使用来自入选患者的其余组织样品检测PD生物标志物
·在施用第一剂量的肽1之前确认p53野生型状态对于加入以下阶段是强制性的，
■从剂量水平4及以上开始的患者的DEP第1阶段
■所有患者的DEP和EXP第2阶段(如有必要)
·收集归档的液体癌细胞样品或新鲜的液体癌细胞活检物(除非活检具有显著的临床
风险)以供p53检测
■如果确认为p53野生型，则使用来自入选患者的其余组织样品检测PD生物标志物
·在施用第一剂量的肽1之前确认p53野生型状态对于加入以下阶段是强制性的，
■从剂量水平4及以上开始的患者的DEP第1阶段
■所有患者的DEP和EXP第2阶段(如有必要)
[0449] 在DEP第1阶段(以及对于加入DEP第2阶段的所有患者)的剂量水平4及以上时，在开始临床筛选之前在具有未知p53状态的患者中进行分子筛选。如果已知p53状态是野生型，那么这些患者可以进行临床筛选，并且可以在被中心实验室确认p53野生型之前入选并接受肽1。
[0450] 在EXP中，患者在入选之前必须在中心实验室完成分子筛选。这些患者只有在被中心实验室确认p53野生型后才能入选并接受肽1。实施例9：肿瘤溶解综合征(TLS)的控制
[0451] 在液体淋巴瘤患者中存在肿瘤溶解综合征(TLS)的可能性，特别是那些具有大液体癌细胞负荷、给药前乳酸脱氢酶和白细胞计数升高、肾功能障碍或脱水的患者。由治疗诱发的突然癌细胞分解可引起TLS。这通常在开始治疗后不久即观察到。具有TLS风险的患者可根据当地临床方案接受液体癌细胞溶解预防，作为医护标准的一部分。
[0452] 实验室TLS被定义为血清尿酸、钾或磷水平增加25％或钙水平降低25％。因此，在第1周期过程中对于DR-A和DR-B在第1天输注肽1之后24小时(第2天)监测患者的这些实验室参数。监测TLS的指征和症状直至得到解决。实施例10：多重细胞毒性试验
[0453] 本研究的目的是在被表征为具有野生型或突变型p53的多个液体癌细胞系中同时评价肽1诱导的细胞毒性、p21上调和胱天蛋白酶-3激活，以确定该细胞毒性是否是PD介导的。
[0454] 将对于p53突变/野生型状态表征的血液学液体癌细胞的细胞系接种到384孔板并在37℃下5％CO2的潮湿气氛中温育。连续稀释肽1并在最终测定浓度为0.1％DMSO下测定10个浓度，最高达30μM。细胞接种后24小时加入处理，此时还生成零时间未处理的细胞板，以确定72小时测定期中加倍的次数。评估每孔约100个细胞，每个测试条件在两个孔中运行。72小时温育期后，将细胞固定并用荧光标记的抗体和核染料染色。在相同的孔中，通过自动荧光显微术评估细胞核的毒性(染料摄取)；通过抗活性胱天蛋白酶-3抗体的升高测定凋亡；并通过抗p21单克隆抗体EA10的升高测定细胞周期停滞。表15中列出了本研究中评估的
32种血液学细胞系的特征。
表15：评估细胞毒性和与肽1温育72小时后的胱天蛋白酶和p21诱导的血液肿瘤细胞系
32种血液学细胞系的特征。
表15：评估细胞毒性和与肽1温育72小时后的胱天蛋白酶和p21诱导的血液肿瘤细胞系
[0455] 通过相对细胞计数来测量细胞增殖，该细胞计数表示为相对于对照的百分比。活化的胱天蛋白酶-3标志物标记来自早期到晚期凋亡的细胞，并且输出显示为相对于每个孔中的相对细胞计数归一化的凋亡细胞相比媒介物背景的增加倍数(Emax)；≥5倍诱导指示凋亡的显著诱导。例如，肽1能够在p53野生型造血细胞系中诱导稳定的凋亡响应(参见图2)。
[0456] 总p21水平指示p53蛋白的相对活性，并且输出显示为相对于每个孔中的相对细胞计数归一化的p21浓度相比媒介物背景的诱导倍数(Emax)；每个细胞的总p21蛋白增加或减少≥2倍被认为是显著的。例如，肽1能够在p53野生型造血细胞系中显示对p21的显著诱导，并产生机制性的p21药效学响应(参见图3)。
[0457] 对于每个细胞系，EC50估计50％细胞被杀死时的浓度。表征该响应的其他参数包括IC50(50％最大可能响应时的肽1浓度)、GI50(生长降低50％所需的浓度)和活性面积(存活曲线上的积分面积)。例如，具有野生型p53蛋白的细胞系的增殖和存活对肽1敏感，IC50值的范围从0.2至3.3μM。并非所有细胞系在测试的肽1浓度下均表现出细胞毒性。它们最常见的特征是胱天蛋白酶-3和p21的显著诱导。BV-173白血病细胞的结果(表16)代表了这些细胞系的典型应答。表16：含有野生型P53的BV-173肿瘤细胞中的凋亡细胞毒性
[0458] 当观察到具有突变p53的液体癌细胞系中的细胞毒性时，其最常见的特征是p21的显著诱导，而没有显著的胱天蛋白酶-3诱导。HEL-92-1-7白血病细胞的结果(表17)代表了这些细胞系的典型应答。表17：含有突变P53的HEL-92-1-7肿瘤中的非凋亡性细胞毒性
[0459] 对于所有血液学液体癌细胞系使用1μM的EC50截断值，发现凋亡的诱导与细胞的p53状态具有非常好的一致性(表18)。因此，p53状态可以是测试化合物如肽1的细胞毒性的敏感生物标志物。表18：含有野生型和突变p53的肿瘤细胞对肽1诱导的细胞毒性的敏感性
细胞毒性的EC50 野生型p53 突变p53
>1μM 11 160
≤1μM 60 2
肽1在含有野生型p53蛋白的液体癌细胞系(例如造血癌细胞)中选择性诱导p53介导的
凋亡细胞死亡。如图4所示，全部11个p53野生型(6个淋巴瘤和5个白血病)血液癌细胞系对肽1干预都高度敏感，因为所有细胞系都表现出小于0.6μM的EC50。综上所述，这些证据揭示肽1对保留p53野生型状态的多个组织学起源的液体肿瘤细胞系的有效性。在含有突变p53的液体癌细胞系中，细胞毒性与细胞周期停滞相关，而没有升高的凋亡。这些发现证明肽1对具有活性野生型p53的液体癌细胞的药效学选择性。
实施例11：肽1对肿瘤生长抑制的影响
细胞毒性的EC50 野生型p53 突变p53
>1μM 11 160
≤1μM 60 2
肽1在含有野生型p53蛋白的液体癌细胞系(例如造血癌细胞)中选择性诱导p53介导的
凋亡细胞死亡。如图4所示，全部11个p53野生型(6个淋巴瘤和5个白血病)血液癌细胞系对肽1干预都高度敏感，因为所有细胞系都表现出小于0.6μM的EC50。综上所述，这些证据揭示肽1对保留p53野生型状态的多个组织学起源的液体肿瘤细胞系的有效性。在含有突变p53的液体癌细胞系中，细胞毒性与细胞周期停滞相关，而没有升高的凋亡。这些发现证明肽1对具有活性野生型p53的液体癌细胞的药效学选择性。
实施例11：肽1对肿瘤生长抑制的影响
[0460] 在另一项研究中，在小鼠中使用MV 4；11人白血病异种移植模型来评估肽1在高度侵袭性液体肿瘤AML中抑制肿瘤生长并改善总体存活的能力。在该研究中，以6个每两周一次的剂量施用25mg/kg剂量的肽1，并与仅用环磷酰胺处理的小鼠(对照组)的结果进行比较。由于白血病的进展，单独监测小鼠的发病终点。所有10只接受对照的小鼠在第21天与第28天之间退出研究，提供对活性的灵敏测定。如图5所示，与未处理的小鼠(22天)相比，用肽
1处理导致40天的总存活时间中值，对于接受肽1的小鼠有81％的增加。肽1可以在具有野生型p53的液体肿瘤和AML中具有效果。
实施例12：肽1的安全性和毒理学
1处理导致40天的总存活时间中值，对于接受肽1的小鼠有81％的增加。肽1可以在具有野生型p53的液体肿瘤和AML中具有效果。
实施例12：肽1的安全性和毒理学
[0461] 在大鼠和猴中的4周多剂量GLP研究采用肽1的每周两次静脉内给药。该研究提供在给药和恢复时间期间与剂量和暴露相关的评估，并且使用结果确定最大耐受剂量(MTD)以及估算大鼠的10％严重中毒剂量(STD10)和猴的最高非严重中毒剂量(HNSTD)。在这两个物种中，所有可见的和微小的不耐受体征(例如，器官重量减轻、偶见多组织出血和肝坏死)和血清化学参数的变化被认为继发于红细胞(RBC)、血小板和/或白细胞(WBC)消耗或食欲减退和脱水。恢复评估揭示了与所有相关血液学和继发性毒性的髓细胞存活和可逆性一致的再生和代偿性变化。
[0462] 这两个动物物种中的剂量限制毒性(DLT)似乎都与骨髓中造血细胞(特别是巨核细胞谱系的细胞)的抑制有关，这导致外周血血小板的显著减少，这显示在停止给药后恢复。例如，在使用肽1的不同给药的代表性4周猴GLP毒性研究中显示出具有恢复的血小板的剂量依赖性减少(参见图6)。
[0463] 基于恢复期间供血液学取样的伴随组中一只动物的死亡，大鼠中的STD10被确定为10mg/kg。根据在该最低剂量水平下完全缺乏显著的血小板减少，猴的HNSTD被确定为5mg/kg。然而，中等和高剂量水平下几乎所有猴都良好地耐受肽1施用；在这些剂量水平中的每一个剂量水平下，只有一只动物发生显著的血小板减少(<100,000x 106/ml)。
[0464] 基于最大耐受剂量下的暴露，大鼠比猴对肽1的骨髓和血液学作用更敏感。大鼠STD10(在10mg/kg下，AUC0-∞＝562μg·hr/mL)时的暴露低于猴的HNSTD(在5mg/kg下，AUC0-∞＝813μg·hr/mL)的暴露。这些体内结果与经由发光输出的体外血液毒性测试(HALO)获得的那些结果相关。在这些研究中，与来自猴或人的那些骨髓前体细胞相比，肽1通常在更大程度上抑制来自大鼠的骨髓前体细胞的诱导增殖。大鼠细胞的IC50值为约2至8倍于猴或人细胞，其中记录的最大的差异为巨核细胞菌落形成细胞(血小板前体)。这些结果与体内发现有关，该发现表明基于剂量和最大耐受剂量下的暴露，大鼠比猴对肽1的骨髓和血液学作用更敏感。这些结果还表明，在预测人类中的潜在骨髓和血液学毒性水平方面，与大鼠数据相比，猴的PD-PK数据可能是更加临床相关的。
[0465] 肽1在遗传毒理学研究中是阴性的，该研究包括细菌诱变性(Ames)、染色体畸变(人外周血淋巴细胞)和体内小核(大鼠骨髓)测定。进行安全性药理学研究以评估肽1对体外hERG钾通道和食蟹猴的心脏功能的影响。
[0466] 以上研究证明，肽1在啮齿动物和猴的临床前GLP安全性研究中显示出有利的特性。未观察到基因毒性、胃肠毒性、心脏毒性和免疫原性。组织病理学显示出与轻度至中度骨髓抑制一致的骨髓细胞过少。实施例13：肽1的药代动力学
[0467] 在大鼠中，肽1通常显示Cmax和AUC的线性、剂量成比例的增加。在4周大鼠GLP毒性研究中，肽1的Cmax的范围为49.9至186μg/mL，AUC0-∞的范围为90.5至562μg·hr/mL，并且清除率的范围为19.2至28.3mL/hr/kg。
[0468] 在非人灵长类中，肽1通常显示与剂量成比例增加的暴露，尽管在4周猴GLP毒性研究中的高剂量组(20mg/kg)观察到暴露的明显平台期。在该研究中，Aileron肽1的Cmax的范围为133至562μg/mL，t1/2的范围为3.7至6.0hr，AUC0-∞的范围为813至1,600μg·hr/mL，且清除率的范围为6.5至13.8mL/hr/kg。
[0469] 在大鼠或猴中没有观察到PK参数的显著的基于性别的差异，并且在GLP毒性研究中关于每周两次时间表重复的剂量后没有观察到积累。
[0470] 体外研究揭示，肽1不是任何所测的细胞色素P450(CYP)同种型的抑制剂。对CYP诱导的体外测定也没有表明采用肽1的任何显著的治疗相关作用。基于这些发现，通过CYP介导的机制清除的针对伴随用药的临床相关药物-药物相互作用的潜力可能较低。
| 标题 | 发布/更新时间 | 阅读量 |
|---|---|---|
| 计算机断层扫描方法及计算机断层扫描系统 | 2020-05-11 | 670 |
| 用于计算机断层扫描的系统和方法 | 2020-05-14 | 550 |
| 计算机断层扫描系统 | 2020-05-11 | 552 |
| 计算机断层扫描图像重建方法和计算机断层扫描设备 | 2020-05-12 | 127 |
| 电子计算机X射线断层扫描仪 | 2020-05-13 | 565 |
| 从光谱计算机断层扫描数据再现常规计算机断层扫描图像 | 2020-05-12 | 99 |
| 标记方法和计算机化断层扫描设备 | 2020-05-14 | 572 |
| 计算机断层扫描设备 | 2020-05-12 | 930 |
| 计算机断层扫描设备 | 2020-05-12 | 558 |
| 计算机断层扫描设备 | 2020-05-12 | 806 |
高效检索全球专利专利汇是专利免费检索,专利查询,专利分析-国家发明专利查询检索分析平台，是提供专利分析，专利查询，专利检索等数据服务功能的知识产权数据服务商。
我们的产品包含105个国家的1.26亿组数据，免费查、免费专利分析。
分析报告
专利汇分析报告产品可以对行业情报数据进行梳理分析，涉及维度包括行业专利基本状况分析、地域分析、技术分析、发明人分析、申请人分析、专利权人分析、失效分析、核心专利分析、法律分析、研发重点分析、企业专利处境分析、技术处境分析、专利寿命分析、企业定位分析、引证分析等超过60个分析角度，系统通过AI智能系统对图表进行解读，只需1分钟，一键生成行业专利分析报告。
计算机断层扫描热门专利
QQ群二维码
意见反馈
意见反馈