[0001] 本
发明涉及结合海帕西啶的核酸及其分别用于制备药剂(medicament)、
诊断剂和检测剂的用途。
[0002] 海帕西啶(hepcidin)的一级结构(HEPC-HUMAN,SwissProt条目P81172)于2000年得到测定(Krause,2000)。另一个研究抗
微生物肽的团队独立地发现了海帕西啶(Park,
2001)。该
蛋白质的异名为“肝脏表达的抗微生物肽(liver-expressed antimicrobial
peptide)”(缩写:LEAP-1)和“推定的肝脏
肿瘤抑制物(Putative liver tumour
regressor)”(缩写:PLTR)。海帕西啶为富含半胱
氨酸的阳离子肽,并且由25个氨基酸组
成,从而导致2,790道尔顿的分子量。该8个半胱氨酸形成4个二硫键,并且赋予该分子以
稳定且刚性的结构。
[0003] 通过NMR分析测定了海帕西啶的三级结构(Hunter,2002)。该蛋白质由扭曲的β-折叠片组成,其中在发夹的转弯处发现有不常见的邻位二硫桥(Hunter,2002)。
[0004] 来自不同
哺乳动物物种的海帕西啶的氨基酸序列在进化过程中通常是非常保守的。人海帕西啶与来自下列物种的海帕西啶共享如下的相同氨基酸的百分比:
[0005] -猕猴(Macaca mulatta)(恒河猴) 100%
[0006] -食蟹猕猴(Macaca fascularis)(食蟹猴) 100%
[0007] -欧洲野猪(Sus scrofa)(猪) 84%
[0008] -小家鼠(Mus musculus)(小鼠) 76%
[0009] -褐家鼠(Rattus norvegicus)(大鼠) 68%。
[0010] 除了由25个氨基酸组成的具有生物活性的海帕西啶(也称为海帕西啶-25)之外,还鉴定出了两个具有20和22个氨基酸的截短的无活性变体:海帕西啶-20和海帕西
啶-22(Rivera,2005)。所有这些肽是基于人和大鼠中的84个氨基酸的前肽原以及小鼠中
的83个氨基酸的前肽原而产生的(Pigeon,2001)。所述84个氨基酸的海帕西啶前肽原包
含被移除的典型的靶向内质网的24-氨基酸
信号肽,以及用于
激素原转变酶弗林蛋白酶的
共有切割位点(Valore,2008)。这些加工步骤产生具有活性的25个氨基酸的肽激素,其在
血液和尿中被发现。
[0011] 海帕西啶为调节
铁体内稳态的关键信号。高
水平的人海帕西啶导致降低的血清铁水平,而低水平导致增加的血清铁水平,如在海帕西啶缺乏和海帕西啶过表达的小鼠模型
中所显示的(Nicolas,2001;Nicolas,2002;Nicolas,2003)。此外,导致海帕西啶活性缺乏的海帕西啶基因中的突变与青少年血色素沉着症(其为一种严重的铁超负荷
疾病)有关
(Roetto,2003)。在腹膜内注射海帕西啶后,观察到剂量依赖性的且长期持续的血清铁降低(Rivera,2005)。
[0012] 铁是所有活的生物体的生长和发育所需的必需元素。哺乳动物中的铁含量通过控制铁吸收、铁再循环和从储存铁的细胞中铁的释放来进行调节。铁主要在十二指肠和上段
空肠中由肠细胞吸收。
[0013] 反馈机制增强铁缺乏的个体中的铁吸收,并且减少具有铁超负荷的个体中的铁吸收。该机制的关键化合物为铁转运蛋白“膜铁转运蛋白(ferroportin)”,其也作为海帕西啶受体(Abboud,2000;Donovan,2000;McKie,2000)。膜铁转运蛋白为在小鼠、大鼠和人之间具有90%的氨基酸序列同一性的571个氨基酸的蛋白质,其控制铁的释放(McKie,2000)。
该主要的铁输出蛋白位于胎盘合胞滋养层和肠细胞的基底膜上,以及位于巨噬细胞和肝细
胞的细胞表面上。
[0014] 海帕西啶通过与在上面提及的细胞类型上表达的膜铁转运蛋白结合而抑制铁从这些不同细胞类型中释放,并且引起膜铁转运蛋白的磷
酸化、内在化、遍在化
(ubiquitylation)和溶酶体降解,由此减少由膜铁转运蛋白介导的铁向血液中的释放
(Nemeth,2004;De Domenico,2007)。当
血浆铁持续被消耗以用于血红蛋白合成时,在健康受试者中血浆铁水平降低且海帕西啶产生减弱。
[0015] 在急性和慢性全身性
炎症的情况下,细胞因子诱导海帕西啶产生。已经观察到,海帕西啶基因表达在炎症刺激(例如感染)后显著增加,所述炎症刺激诱导
脊椎动物先天免疫系统的急性期应答。在小鼠中,海帕西啶基因表达显示出被脂多糖(Constante,2006)、松节油(Nemeth,2004)和弗氏完全佐剂(Frazer,2004),以及腺
病毒感染上调。在人中,海帕西啶表达由炎性细胞因子白介素-6和LPS所诱导(Nemeth,2004)。在具有慢性炎性疾
病(包括细菌、
真菌和病毒感染)的患者中也发现海帕西啶表达和炎症性贫血之间的强烈
的相关性。在所有这些状况下,增加的海帕西啶浓度抑制铁从巨噬细胞、肝脏储存和十二指肠流出到血浆中。在慢性炎症的状况下,血铁过少发生,并且红细胞生成变成铁限制性的且导致贫血(Weiss,2005;Weiss,2008;Andrews,2008)。
[0016] 作为本发明的
基础的问题是提供与海帕西啶特异性地相互作用的工具。更特别地,作为本发明的基础的问题是提供基于核酸的工具,其与海帕西啶特异性地相互作用。
[0017] 作为本发明的基础的另一个问题是提供用于制备用以
治疗人或非人疾病的药物的工具,其中所述疾病的特征在于海帕西啶直接或间接地参与此类疾病的致病机制。
[0018] 作为本发明的基础的另外一个问题是提供用于制备用以治疗疾病的诊断剂的工具,其中所述疾病的特征在于海帕西啶直接或间接地参与此类疾病的致病机制。
[0019] 作为本发明的基础的这些和其他问题通过所附的独立
权利要求的主题而得到解决。优选的实施方案可以从
从属权利要求中获得。
[0020] 此外,作为本发明的基础的问题在第一个方面(其也为第一个方面的第一个实施方案)中通过能够结合海帕西啶的核酸而得到解决。
[0021] 在第一个方面的第二个实施方案(其也为第一个方面的第一个实施方案的一个具体化方案)中,所述核酸为海帕西啶的拮抗剂。
[0022] 在第一个方面的第三个实施方案(其也为第一个方面的第一和第二个实施方案的一个具体化方案)中,所述核酸为海帕西啶-膜铁转运蛋白系统的
抑制剂。
[0023] 在第一个方面的第四个实施方案(其也为第一个方面的第一、第二和第三个实施方案的一个具体化方案)中,所述核酸以5’->3’方向包含第一末端核苷酸序列段
(stretch)、中央核苷酸序列段和第二末端核苷酸序列段,其中所述中央核苷酸序列段包含
32至40个核苷酸,优选地32至35个核苷酸。
[0024] 在第一个方面的第五个实施方案(其也为第一个方面的第一和第二个实施方案的一个具体化方案)中,所述核酸以5’->3’方向包含第二末端核苷酸序列段、中央核苷
酸序列段和第一末端核苷酸序列段,其中所述中央核苷酸序列段包含32至40个核苷酸,优
选地32至35个核苷酸。
[0025] 在第一个方面的第六个实施方案(其也为第一个方面的第四和第五个实施方案的一个具体化方案)中,所述中央核苷酸序列段对于结合海帕西啶来说是必需的。
[0026] 在第一个方面的第七个实施方案(其也为第一个方面的第四、第五和第六个实施方案的一个具体化方案)中,所述中央核苷酸序列段包含5’RKAUGGGAKUAAGUAAAUGAGGRGUW
GGAGGAAR 3’或5’RKAUGGGAKAAGUAAAUGAGGRGUWGGAGGAAR 3’的核苷酸序列。
[0027] 在第一个方面的第八个实施方案(其也为第一个方面的第四至第七个实施方案的一个具体化方案)中,所述中央核苷酸序列段包含5’RKAUGGGAKUAAGUAAAUGAGGRGUUGGAG
GAAR 3’,优选地5’GUAUGGGAUUAAGUAAAUGAGGAGUUGGAGGAAG 3’的核苷酸序列。
[0028] 在第一个方面的第九个实施方案(其也为第一个方面的第七和第八个实施方案的一个具体化方案)中,所述第一末端核苷酸序列段与所述第二末端核苷酸序列段任选地
相互杂交,其中在杂交后形成双链结构;所述第一末端核苷酸序列段包含5至8个核苷酸;
并且所述第二末端核苷酸序列段包含5至8个核苷酸。
[0029] 在第一个方面的第十个实施方案(其也为第一个方面的第九个实施方案的一个具体化方案)中,所述双链结构由5至8个
碱基对组成。
[0030] 在第一个方面的第十一个实施方案(其也为第一个方面的第七至第十个实施方案,优选地第一个方面的第八至第十个实施方案的一个具体化方案)中,所述第一末端核
苷酸序列段包含5’X1X2X3SBSBC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含
5’GVBVYX4X5X6 3’的核苷酸序列,
[0031] 其中
[0032] X1为A或不存在,X2为G或不存在,X3为B或不存在,X4为S或不存在,X5为C或不存在,并且X6为U或不存在。
[0033] 在第一个方面的第十二个实施方案(其也为第一个方面的第七至第十一个实施方案的一个具体化方案)中,所述第一末端核苷酸序列段包含5’X1X2X3SBSBC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含5’GVBVBX4X5X6 3’的核苷酸序列,
[0034] 其中
[0035] a)X1为A,X2为G,X3为B,X4为S,X5为C,并且X6为U,或者
[0036] b)X1不存在,X2为G,X3为B,X4为S,X5为C,并且X6为U,或者
[0037] c)X1为A,X2为G,X3为B,X4为S,X5为C,并且X6不存在。
[0038] 在第一个方面的第13个实施方案(其也为第一个方面的第七个实施方案至第十二个实施方案的一个具体化方案)中,
[0039] a)所述第一末端核苷酸序列段包含5’AGCGUGUC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含5’GGUGCGCU 3’的核苷酸序列,或者
[0040] b)所述第一末端核苷酸序列段包含5’AGCGUGUC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含5’GGCAUGCU 3’的核苷酸序列,或者
[0041] c)所述第一末端核苷酸序列段包含5’AGUGUGUC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含5’GAUGCGCU 3’的核苷酸序列,或者
[0042] d)所述第一末端核苷酸序列段包含5’AGUGUGUC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含5’GGCAUGCU 3’的核苷酸序列,或者
[0043] e)所述第一末端核苷酸序列段包含5’AGCGUGCC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含5’GGUGCGCU 3’的核苷酸序列,或者
[0044] f)所述第一末端核苷酸序列段包含5’AGCGCGCC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含5’GGCGCGCU 3’的核苷酸序列。
[0045] 在第一个方面的第14个实施方案(其也为第一个方面的第七个实施方案至第十个实施方案,优选地第八至第十个实施方案的一个具体化方案)中,所述第一末端核
苷酸序列段包含5’X1X2X3SBSBC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含
5’GVBVYX4X5X6 3’的核苷酸序列,
[0046] 其中
[0047] a)X1不存在,X2为G,X3为B,X4为S,X5为C,并且X6不存在,或者
[0048] b)X1不存在,X2不存在,X3为B,X4为S,X5为C,并且X6不存在,或者
[0049] c)X1不存在,X2为G,X3为B,X4为S,X5不存在,并且X6不存在。
[0050] 在第一个方面的第15个实施方案(其也为第一个方面的第七个实施方案至第十二个实施方案以及第14个实施方案的一个具体化方案)中,所述第一末端核苷酸序列段
包含5’X1X2X3SBSBC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含5’GVBVYX4X5X6
3’的核苷酸序列,
[0051] 其中
[0052] X1不存在,X2不存在,X3为B或不存在,X4为S或不存在,X5不存在,并且X6不存在。
[0053] 在第一个方面的第16个实施方案(其也为第一个方面的第15个实施方案的一个具体化方案)中,
[0054] a)所述第一末端核苷酸序列段包含5’GCGCGC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含5’GCGCGC 3’的核苷酸序列,或者
[0055] b)所述第一末端核苷酸序列段包含5’GGUGUC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含5’GGCAUC 3’的核苷酸序列,或者
[0056] c)所述第一末端核苷酸序列段包含5’GGCGUC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含5’GGCGCC 3’的核苷酸序列,或者
[0057] d)所述第一末端核苷酸序列段包含5’GCGCC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含5’GGCGC 3’的核苷酸序列,或者
[0058] e)所述第一末端核苷酸序列段包含5’GGCGC 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含5’GCGCC 3’的核苷酸序列。
[0059] 在第一个方面的第17个实施方案(其也为第一个方面的第七个实施方案至第16个实施方案的一个具体化方案)中,所述核酸包含根据SEQ ID No.115至119、SEQ ID
No.121、SEQ ID No.142、SEQ ID No.144、SEQ ID No.146、SEQ ID No.148、SEQ ID No.151、SEQ ID No.152、SEQ ID No.175或SEQ ID No.176中任一个的核酸序列。
[0060] 在第一个方面的第18个实施方案(其也为第一个方面的第四至第六个实施方案的一个具体化方案)中,所述中央核苷酸序列段包含5’GRCRGCCGGVGGACACCAUAUACAGACUAC
KAUA 3’或5’GRCRGCCGGARGGACACCAUAUACAGACUACKAUA 3’的核苷酸序列。
[0061] 在第一个方面的第19个实施方案(其也为第一个方面的第四至第六个实施方案以及第18个实施方案的一个具体化方案)中,所述中央核苷酸序列段包含5’GRCRGCCGGGG
GACACCAUAUACAGACUACKAUA 3’,优选地5’GACAGCCGGGGGACACCAUAUACAGACUACGAUA 3’的核苷酸序列。
[0062] 在第一个方面的第20个实施方案(其也为第一个方面的第18和第19个实施方案的一个具体化方案)中,
[0063] 所述第一末端核苷酸序列段与所述第二末端核苷酸序列段任选地相互杂交,其中在杂交后形成双链结构,
[0064] 所述第一末端核苷酸序列段包含4至7个核苷酸,并且
[0065] 所述第二末端核苷酸序列段包含4至7个核苷酸。
[0066] 在第一个方面的第21个实施方案(其也为第一个方面的第20个实施方案的一个具体化方案)中,所述双链结构由4至7个碱基对组成。
[0067] 在第一个方面的第22个实施方案(其也为第一个方面的第18至第21个实施方案的一个具体化方案)中,所述第一末端核苷酸序列段包含5’X1X2X3SBSN 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含5’NSVSX4X5X6 3’的核苷酸序列,
[0068] 其中X1为A或不存在,X2为G或不存在,X3为R或不存在,X4为Y或不存在,X5为C或不存在,并且X6为U或不存在。
[0069] 在第一个方面的第23个实施方案(其也为第一个方面的第18至第22个实施方案,优选地第一个方面的第19至第22个实施方案的一个具体化方案)中,所述第一末端
核苷酸序列段包含5’X1X2X3SBSN 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含
5’NSVSX4X5X6 3’的核苷酸序列,
[0070] 其中
[0071] a)X1为A,X2为G,X3为R,X4为Y,X5为C,并且X6为U,或者
[0072] b)X1不存在,X2为G,X3为R,X4为Y,X5为C,并且X6为U,或者
[0073] c)X1为A,X2为G,X3为R,X4为Y,X5为C,并且X6不存在。
[0074] 在第一个方面的第24个实施方案(其也为第一个方面的第18至第23个实施方案的一个具体化方案)中,
[0075] a)所述第一末端核苷酸序列段包含5’AGGCUCG 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含5’CGGGCCU 3’的核苷酸序列,或者
[0076] b)所述第一末端核苷酸序列段包含5’AGGCCCG 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含5’CGGGCCU 3’的核苷酸序列,或者
[0077] c)所述第一末端核苷酸序列段包含5’AGGCUUG 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含5’CGAGCCU 3’的核苷酸序列,或者
[0078] d)所述第一末端核苷酸序列段包含5’AGACUUG 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含5’CGAGUCU 3’的核苷酸序列。
[0079] 在第一个方面的第25个实施方案(其也为第一个方面的第18至第22个实施方案,优选地第一个方面的第19至第22个实施方案的一个具体化方案)中,所述第一末端
核苷酸序列段包含5’X1X2X3SBSN 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含
5’NSVSX4X5X6 3’的核苷酸序列,
[0080] 其中
[0081] a)X1不存在,X2为G,X3为R,X4为Y,X5为C,并且X6不存在,或者
[0082] b)X1不存在,X2不存在,X3为R,X4为Y,X5为C,并且X6不存在,或者
[0083] c)X1不存在,X2为G,X3为R,X4为Y,X5不存在,并且X6不存在。
[0084] 在第一个方面的第26个实施方案(其也为第一个方面的第18至第22个以及第25个实施方案的一个具体化方案)中,所述第一末端核苷酸序列段包含5’GGCUCG 3’的核
苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含5’CGGGCC 3’的核苷酸序列。
[0085] 在第一个方面的第27个实施方案(其也为第一个方面的第18至第22个实施方案的一个具体化方案)中,所述第一末端核苷酸序列段包含5’X1X2X3SBSN 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含5’NSVSX4X5X6 3’的核苷酸序列,
[0086] 其中
[0087] X1不存在,X2不存在,X3为R或不存在,X4为Y或不存在,X5不存在,并且X6不存在。
[0088] 在第一个方面的第28个实施方案(其也为第一个方面的第18至第22个以及第27个实施方案的一个具体化方案)中,
[0089] 所述第一末端核苷酸序列段包含5’GGCCG 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含5’CGGCC 3’的核苷酸序列,或者
[0090] 所述第一末端核苷酸序列段包含5’GCGCG 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含5’CGCGC 3’的核苷酸序列。
[0091] 在第一个方面的第29个实施方案(其也为第一个方面的第一至第六个以及第18至第28个实施方案的一个具体化方案)中,所述核酸包含根据SEQ ID No.122至126、SEQ
ID No.154、SEQ ID No.159、SEQ ID No.163或SEQ ID No.174中任一个的核酸序列。
[0092] 在第一个方面的第30个实施方案(其也为第一个方面的第四至第六个实施方案的一个具体化方案)中,所述中央核苷酸序列段以5’->3’方向包含下列核苷酸序
列段:盒(Box)A、连接性核苷酸序列段和盒B;备选地,所述中央核苷酸序列段以5’->
3’方向包含下列核苷酸序列段:盒B、连接性核苷酸序列段和盒A,其中所述盒A包含
5’WAAAGUWGAR3’的核苷酸序列,所述连接性核苷酸序列段包含10至18个核苷酸,并且所
述盒B包含5’RGMGUGWKAGUKC 3’的核苷酸序列。
[0093] 在第一个方面的第31个实施方案(其也为第一个方面的第30个实施方案的一个具体化方案)中,所述盒A包含选自5’UAAAGUAGAG 3’、5’AAAAGUAGAA 3’、5’AAAAGUUGAA
3’和5’GGGAUAUAGUGC 3’的核苷酸序列;优选地所述盒A包含5’UAAAGUAGAG 3’。
[0094] 在第一个方面的第32个实施方案(其也为第一个方面的第30至第31个实施方案的一个具体化方案)中,所述盒B包含选自5’GGCGUGAUAGUGC 3’、5’GGAGUGUUAGUUC 3’、
5’GGCGUGAGAGUGC 3’、5’AGCGUGAUAGUGC 3’和5’GGCGUGUUAGUGC 3’的核苷酸序列,优选地所述盒B包含5’GGCGUGAUAGUGC 3’。
[0095] 在第一个方面的第33个实施方案(其也为第一个方面的第30至第32个实施方案的一个具体化方案)中,所述连接性核苷酸序列段以5’->3’方向包含第一连接性核苷
酸子序列段(substretch)、第二连接性核苷酸子序列段和第三连接性核苷酸子序列段,其
中优选地,所述第一连接性核苷酸子序列段与所述第三连接性核苷酸子序列段任选地相互
杂交,其中在杂交后形成双链结构。
[0096] 在第一个方面的第34个实施方案(其也为第一个方面的第33个实施方案的一个具体化方案)中,所述第一连接性核苷酸子序列段和所述第三连接性核苷酸子序列段各自
且彼此独立地包含3至6个核苷酸。
[0097] 在第一个方面的第35个实施方案(其也为第一个方面的第32至第34个实施方案的一个具体化方案)中,所述双链结构由3至6个碱基对组成。
[0098] 在第一个方面的第36个实施方案(其也为第一个方面的第32至第35个实施方案的一个具体化方案)中,
[0099] a)所述第一连接性核苷酸子序列段包含选自5’GGAC 3’、5’GGAU3’和5’GGA 3’的核苷酸序列,并且所述第三连接性核苷酸子序列段包含5’GUCC 3’的核苷酸序列,或者[0100] b)所述第一连接性核苷酸子序列段包含5’GCAG 3’的核苷酸序列,并且所述第三连接性核苷酸子序列段包含5’CUGC 3’的核苷酸序列,或者
[0101] c)所述第一连接性核苷酸子序列段包含5’GGGC 3’的核苷酸序列,并且所述第三连接性核苷酸子序列段包含5’GCCC 3’的核苷酸序列,或者
[0102] d)所述第一连接性核苷酸子序列段包含5’GAC 3’的核苷酸序列,并且所述第三连接性核苷酸子序列段包含5’GUC 3’的核苷酸序列,或者
[0103] e)所述第一连接性核苷酸子序列段包含5’ACUUGU 3’的核苷酸序列,并且所述第三连接性核苷酸子序列段包含选自5’GCAAGU 3’和5’GCAAGC 3’的核苷酸序列,或者
[0104] f)所述第一连接性核苷酸子序列段包含5’UCCAG 3’的核苷酸序列,并且所述第三连接性核苷酸子序列段包含5’CUGGA 3’的核苷酸序列,
[0105] 优选地,所述第一连接性核苷酸子序列段包含5’GAC 3’的核苷酸序列,并且所述第三连接性核苷酸子序列段包含5’GUC 3’的核苷酸序列。
[0106] 在第一个方面的第37个实施方案(其也为第一个方面的第33至第36个实施方案的一个具体化方案)中,所述第二连接性核苷酸子序列段包含3至5个核苷酸。
[0107] 在第一个方面的第38个实施方案(其也为第一个方面的第33至第37个实施方案的一个具体化方案)中,所述第二连接性核苷酸子序列段包含选自5’VBAAW 3’、5’AAUW
3’和5’NBW 3’的核苷酸序列。
[0108] 在第一个方面的第39个实施方案(其也为第一个方面的第38个实施方案的一个具体化方案)中,所述第二连接性核苷酸子序列段包含5’VBAAW 3’的核苷酸序列,优选地选自5’CGAAA 3’、5’GCAAU 3’、5’GUAAU 3’和5’AUAAU 3’的核苷酸序列。
[0109] 在第一个方面的第40个实施方案(其也为第一个方面的第38个实施方案的一个具体化方案)中,所述第二连接性核苷酸子序列段包含5’AAUW 3’的核苷酸序列,优选地
5’AAUU 3’或5’AAUA 3’的核苷酸序列,更优选地5’AAUA 3’的核苷酸序列。
[0110] 在第一个方面的第41个实施方案(其也为第38个实施方案的一个具体化方案)中,所述第二连接性核苷酸子序列段包含5’NBW 3’的核苷酸序列,优选地选自5’CCA 3’、
5’CUA 3’、5’UCA 3’、5’ACA3’、5’GUU 3’、5’UGA 3’和5’GUA 3’的核苷酸序列,更优选地选自5’CCA 3’、5’CUA 3’、5’UCA 3’、5’ACA 3’和5’GUU 3’的核苷酸序列。
[0111] 在第一个方面的第42个实施方案(其也为第一个方面的第30至第41个实施方案的一个具体化方案)中,所述连接性核苷酸序列段包含选自5’GGACBYAGUCC 3’、
5’GGAUACAGUCC 3’、5’GCAGGYAAUCUGC 3’、5’GACAAUWGUC 3’、5’ACUUGUCGAAAGCAAGYU 3’、
5’UCCAGGUUCUGGA 3’、5’GGGCUGAGCCC 3’、5’GCAGAUAAUCUGC 3’和5’GGACCAGUCC 3’的核苷酸序列,优选地选自5’GGACCCAGUCC 3’、5’GGACCUAGUCC 3’、5’GGACUCAGUCC 3’、
5’GCAGGUAAUCUGC 3’、5’GCAGGCAAUCUGC 3’、5’GACAAUUGUC 3’和5’GACAAUAGUC 3’的核苷酸序列。
[0112] 在第一个方面的第43个实施方案(其也为第一个方面的第30至第42个实施方案的一个具体化方案)中,
[0113] 所述第一末端核苷酸序列段与所述第二末端核苷酸序列段任选地相互杂交,其中在杂交后形成双链结构,
[0114] 所述第一末端核苷酸序列段包含4至7个核苷酸,并且
[0115] 所述第二末端核苷酸序列段包含4至7个核苷酸。
[0116] 在第一个方面的第44个实施方案(其也为第一个方面的第43个实施方案的一个具体化方案)中,所述双链结构由4至7个碱基对组成。
[0117] 在第一个方面的第45个实施方案(其也为第一个方面的第30至第44个实施方案的一个具体化方案)中,所述第一末端核苷酸序列段包含5’X1X2X3BKBK 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含5’MVVVX4X5X6 3’的核苷酸序列,
[0118] 其中X1为G或不存在,X2为S或不存在,X3为V或不存在,X4为B或不存在,X5为S或不存在,并且X6为C或不存在。
[0119] 在第一个方面的第46个实施方案(其也为第一个方面的第30至第44个实施方案的一个具体化方案)中,所述第一末端核苷酸序列段包含5’X1X2X3BKBK 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含5’MVVVX4X5X6 3’的核苷酸序列,
[0120] 其中
[0121] a)X1为G,X2为S,X3为V,X4为B,X5为S,并且X6为C,或者
[0122] b)X1不存在,X2为S,X3为V,X4为B,X5为S,并且X6为C,或者
[0123] c)X1为G,X2为S,X3为V,X4为B,X5为S,并且X6不存在。
[0124] 在第一个方面的第47个实施方案(其也为第一个方面的第30至第46个实施方案,优选地第一个方面的第46个实施方案的一个具体化方案)中,所述第一末端核苷酸序
列段包含5’GCACUCG 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含5’CGAGUGC
3’的核苷酸序列。
[0125] 在第一个方面的第48个实施方案(其也为第一个方面的第30至第45个实施方案的一个具体化方案)中,所述第一末端核苷酸序列段包含5’X1X2X3BKBK 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含5’MVVVX4X5X6 3’的核苷酸序列,
[0126] 其中
[0127] a)X1不存在,X2为S,X3为V,X4为B,X5为S,并且X6不存在,或者
[0128] b)X1不存在,X2不存在,X3为V,X4为B,X5为S,并且X6不存在,或者
[0129] c)X1不存在,X2为S,X3为V,X4为B,X5不存在,并且X6不存在。
[0130] 在第一个方面的第49个实施方案(其也为第一个方面的第30至第45个以及第48个实施方案的一个具体化方案)中,
[0131] a)所述第一末端核苷酸序列段包含5’GCUGUG 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含5’CACAGC 3’的核苷酸序列,或者
[0132] b)所述第一末端核苷酸序列段包含5’CGUGUG 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含5’CACACG 3’的核苷酸序列,或者
[0133] c)所述第一末端核苷酸序列段包含5’CGUGCU 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含5’AGCACG 3’的核苷酸序列,或者
[0134] d)所述第一末端核苷酸序列段包含5’CGCGCG 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含5’CGCGCG 3’的核苷酸序列,或者
[0135] e)所述第一末端核苷酸序列段包含5’GCCGUG 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含5’CACGCG 3’的核苷酸序列,或者
[0136] f)所述第一末端核苷酸序列段包含5’GCGGUG 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含5’CACCGC 3’的核苷酸序列,或者
[0137] g)所述第一末端核苷酸序列段包含5’GCUGCG 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含5’CGCAGC 3’的核苷酸序列,或者
[0138] h)所述第一末端核苷酸序列段包含5’GCUGGG 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含5’CCCAGC 3’的核苷酸序列,或者
[0139] i)所述第一末端核苷酸序列段包含5’GCGGCG 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含5’CGCCGC 3’的核苷酸序列。
[0140] 在第一个方面的第50个实施方案(其也为第一个方面的第30至第45个实施方案的一个具体化方案)中,所述第一末端核苷酸序列段包含5’X1X2X3BKBK 3’的核苷酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含5’MVVVX4X5X6 3’的核苷酸序列,
[0141] 其中
[0142] X1不存在,X2不存在,X3为V或不存在,X4为B或不存在,X5不存在,并且X6不存在。
[0143] 在第一个方面的第51个实施方案(其也为第一个方面的第30至第45个以及第50个实施方案的一个具体化方案)中,所述第一末端核苷酸序列段包含5’CGUG 3’的核苷
酸序列,并且所述第二末端核苷酸序列段包含5’CACG 3’的核苷酸序列。
[0144] 在第一个方面的第52个实施方案(其也为第一个方面的第一至第六以及第30至第11个实施方案的一个具体化方案)中,所述核酸包含根据SEQ ID No.29、SEQ ID No.33、SEQ ID No.34、SEQ ID No.39至41、SEQ ID No.43、SEQ ID No.46、SEQ ID No.137至141
或SEQ ID No.173中任一个的核酸序列。
[0145] 在第一个方面的第53个实施方案(其也为第一个方面的第一至第六个实施方案的一个具体化方案)中,所述核酸包含根据SEQ ID No.127至131中任一个的核酸序列。
[0146] 在第一个方面的第54个实施方案(其也为第一个方面的第一至第53个实施方案的一个具体化方案)中,所述核酸能够结合海帕西啶,其中海帕西啶为人海帕西啶-25、人
海帕西啶-22、人海帕西啶-20、猴海帕西啶-25、猴海帕西啶-22、猴海帕西啶-20,优选地人海帕西啶-25。
[0147] 在第一个方面的第55个实施方案(其也为第一个方面的第一至第54个实施方案,优选地第一个方面的第54个实施方案的一个具体化方案)中,所述海帕西啶具有根据
SEQ ID No.1的氨基酸序列。
[0148] 在第一个方面的第56个实施方案(其也为第一个方面的第一至第55个实施方案的一个具体化方案)中,所述核酸包含修饰基团,其中包含所述修饰基团的核酸分子从生
物体中排泄的速率相比于不含所述修饰基团的核酸而言降低。
[0149] 在第一个方面的第57个实施方案(其也为第一个方面的第一至第55个实施方案的一个具体化方案)中,所述核酸包含修饰基团,其中包含所述修饰基团的核酸分子具有
相比于不含所述修饰基团的核酸而言增加的在生物体中的滞留时间。
[0150] 在第一个方面的第58个实施方案(其也为第一个方面的第56和第57个实施方案的一个具体化方案)中,所述修饰基团选自包括生物可降解的和生物不可降解的修饰的
组,优选地所述修饰基团选自包括线性聚乙二醇、支化聚乙二醇、羟乙基
淀粉、肽、蛋白质、多糖、固醇、聚
氧丙烯、聚氧酰胺化物(polyoxyamidate)、聚(2-羟乙基)-L-谷氨酰胺和聚乙二醇的组。
[0151] 在第一个方面的第59个实施方案(其也为第一个方面的第58个实施方案的一个具体化方案)中,所述修饰基团为由直链或支化的PEG组成的PEG部分,其中所述PEG
部分的分子量优选地为大约20,000至大约120,000Da,更优选地为大约30,000至大约
80,000Da,和最优选地为大约40,000Da。
[0152] 在第一个方面的第60个实施方案(其也为第一个方面的第58个实施方案的一个具体化方案)中,所述修饰基团为HES部分,其中所述HES部分的分子量优选地为
大约10,000至200,000Da,更优选地为大约30,000至170,000Da,和最优选地为大约
150,000Da。
[0153] 在第一个方面的第61个实施方案(其也为第一个方面的第56至第60个实施方案的一个具体化方案)中,所述修饰基团经由连接体偶联至所述核酸,其中所述连接体优
选地为生物可降解的连接体。
[0154] 在第一个方面的第62个实施方案(其也为第一个方面的第56至第61个实施方案的一个具体化方案)中,所述修饰基团偶联至所述核酸的5’-末端核苷酸和/或3’-末
端核苷酸,和/或偶联至在所述核酸的5’-末端核苷酸和所述核酸的3’-末端核苷酸之间
的所述核酸的核苷酸。
[0155] 在第一个方面的第63个实施方案(其也为第一个方面的第56至第62个实施方案的一个具体化方案)中,所述生物体为动物体或人体,优选地人体。
[0156] 在第一个方面的第64个实施方案(其也为第一个方面的第一至第63个实施方案的一个具体化方案)中,所述核酸的核苷酸或形成所述核酸的核苷酸为L-核苷酸。
[0157] 在第一个方面的第65个实施方案(其也为第一个方面的第1至第64个实施方案的一个具体化方案)中,所述核酸为L-核酸。
[0158] 在第一个方面的第66个实施方案(其也为第一个方面的第一至第65个实施方案的一个具体化方案)中,所述核酸包含至少一个能够结合海帕西啶的结合部分,其中此类
结合部分由L-核苷酸组成。
[0159] 在第一个方面的第67个实施方案(其也为第一个方面的第一至第66个实施方案的一个具体化方案)中,所述核酸用于在治疗和/或
预防疾病的方法中使用,或者适合用于
在治疗和/或预防疾病的方法中使用。
[0160] 作为本发明的基础的问题在第二个方面(其也为第二个方面的第一个实施方案)中通过药物组合物而得到解决,所述药物组合物包含根据第一个方面的任一个实施方案的
核酸和任选地另外的组分,其中所述另外的组分选自包括药学上可接受的赋形剂、药学上
可接受的载体和药学活性
试剂的组。
[0161] 在第二个方面的第二个实施方案(其也为第二个方面的第一个实施方案的一个具体化方案)中,所述药物组合物包含根据第一个方面的任一个实施方案的核酸和药学上
可接受的载体。
[0162] 作为本发明的基础的问题在第三个方面(其也为第三个方面的第一个实施方案)中通过根据第一个方面的任一个实施方案的核酸在制备药剂中的用途而得到解决。
[0163] 在第三个方面的第二个实施方案(其也为第三个方面的第一个实施方案的一个具体化方案)中,所述药剂用于在人医学中使用或用于在兽医医学中使用。
[0164] 作为本发明的基础的问题在第四个方面(其也为第四个方面的第一个实施方案)中通过根据第一个方面的任一个实施方案的核酸在制备诊断工具中的用途而得到解决。
[0165] 在第三个方面的第三个实施方案(其也为第三个方面的第一和第二个实施方案的一个具体化方案)中,所述药剂用于治疗和/或预防贫血、血铁过少、异食癖、具有升高的海帕西啶水平的病状、具有升高的铁水平的病状、或具有铁超负荷的病状。
[0166] 在第三个方面的第四个实施方案(其也为第三个方面的第三个实施方案的一个具体化方案)中,所述贫血选自铁粒幼细胞贫血、低色素小红细胞性贫血、由慢性疾病和/
或病症引起的贫血、由炎症引起的贫血、由遗传病症引起的贫血、由急性感染引起的贫血、由铁代谢和/或体内稳态的基因中的突变引起的贫血、和由
癌症治疗引起的贫血。
[0167] 在第三个方面的第五个实施方案(其也为第三个方面的第四个实施方案的一个具体化方案)中,所述慢性疾病和/或病症选自慢性炎症、癌症、自身免疫疾病和/或病症、慢性感染、动脉硬化、动脉粥样硬化和肝硬化。
[0168] 在第三个方面的第六个实施方案(其也为第三个方面的第五个实施方案的一个具体化方案)中,慢性炎症选自慢性肾疾病、慢性阻塞性
肺部疾病、多发性硬化、骨关节炎、糖尿病、
肥胖症、脑
血管疾病、充血性心脏病、充血性心
力衰竭、心肌梗死、
冠状动脉疾病、周围闭塞性动脉疾病、胰腺炎和脉管炎,其中慢性肾疾病优选地选自肾脏病、慢性肾功能衰竭和慢性肾衰竭,和其中慢性肾疾病由肾脏
透析或肾脏移植引起。
[0169] 在第三个方面的第七个实施方案(其也为第三个方面的第五个实施方案的一个具体化方案)中,自身免疫疾病和/或病症选自类
风湿性关节炎、肠易激惹综合征、系统性
红斑狼疮和克罗恩病。
[0170] 在第三个方面的第八个实施方案(其也为第三个方面的第五个实施方案的一个具体化方案)中,慢性感染选自病毒感染、病毒性疾病、细菌感染和真菌感染,其中优选地,所述病毒感染包括
肝炎和HIV感染,和所述细菌感染包括幽
门螺杆菌感染。
[0171] 在第三个方面的第九个实施方案(其也为第三个方面的第一至第四个实施方案的一个具体化方案)中,由炎症引起的贫血为正常红细胞性的至小红细胞性的,和/或其特
征在于低的网织红细胞生成指数和/或增加的炎症标志物。
[0172] 在第三个方面的第十个实施方案(其也为第三个方面的第四个实施方案的一个具体化方案)中,所述遗传病症为卡斯尔曼病、施尼茨勒(Schnitzler’s syndrome)综合
征、铁难治性缺铁性贫血(matriptase-2(TMPRSS6)突变)、缺转铁蛋白血症、先天性红细胞生成不良性贫血或血红蛋白病
[0173] 在第三个方面的第十一个实施方案(其也为第三个方面的第四个实施方案的一个具体化方案)中,所述急性感染选自病毒感染、细菌感染和真菌感染,优选地为脓毒症。
[0174] 在第三个方面的第十二个实施方案(其也为第三个方面的第五个实施方案的一个具体化方案)中,所述癌症选自
肝细胞癌、淋巴瘤、多发性骨髓瘤、头与颈癌、
乳腺癌、结肠直肠癌、非骨髓性癌、肾细胞癌、非小细胞肺癌、肿瘤和脑瘤。
[0175] 在第三个方面的第13个实施方案(其也为第三个方面的第三个实施方案的一个具体化方案)中,所述病状选自
共济失调、
弗里德赖希共济失调、年龄相关性黄斑变性、年龄相关性
白内障、年龄相关性
视网膜疾病和神经变性疾病,其中此类神经变性疾病优选地
选自包括阿尔茨海默病、
帕金森病、泛酸激酶相关的神经变性、腿多动综合征和亨廷顿舞蹈病的组。
[0176] 在第三个方面的第14个实施方案(其也为第三个方面的第三个实施方案的一个具体化方案)中,所述药剂用于治疗铁超负荷,其中海帕西啶血浆水平未升高。
[0177] 在第三个方面的第15个实施方案(其也为第三个方面的第14个实施方案的一个具体化方案)中,铁超负荷选自输血性铁超负荷、铁中毒、肺含铁血黄素沉着症、骨质减少、胰岛素抵抗、非洲人铁超负荷、哈-施病、高铁蛋白血症、血浆
铜蓝蛋白缺乏症、新生儿血色素沉着症和红细胞病症,所述红细胞病症包括地中海贫血、α地中海贫血、中间型地中海贫血、镰状细胞病和骨髓增生异常综合征。
[0178] 在第三个方面的第16个实施方案(其也为第三个方面的第十二至第15个实施方案的一个具体化方案)中,所述药剂与铁螯合化合物联合使用。
[0179] 在第三个方面的第17个实施方案(其也为第三个方面的第16个实施方案的一个具体化方案)中,所述铁螯合化合物选自姜黄素、去铁胺、地拉罗司和去铁
酮。
[0180] 在第三个方面的第18个实施方案(其也为第三个方面的第一个实施方案的一个具体化方案)中,所述药剂用于与另外的药剂或治疗方法相联合或者用于与另外的药剂或
治疗方法相联合地使用,其中此类药剂或治疗方法包括另外的药学活性化合物或者施用此
类另外的药学活性化合物,其中此类另外的药学活性化合物选自铁补充剂、维生素补充剂、红细胞生成刺激剂、抗生素、抗炎生物制剂、免疫系统的抑制剂、抗血栓溶解剂、他汀类、血管加压药和影响肌肉收缩的化合物。
[0181] 作为本发明的基础的问题在第五个方面(其也为第五个方面的第一个实施方案)中通过包含根据第一个方面的任一个实施方案的核酸和海帕西啶的复合物而得到解决,其
中所述复合物优选地为晶体复合物。
[0182] 在第五个方面的第二个实施方案(其也为第五个方面的第一个实施方案的一个具体化方案)中,海帕西啶选自包括人海帕西啶、猴海帕西啶的组,更优选地海帕西啶为人海帕西啶。
[0183] 作为本发明的基础的问题在第六个方面(其也为第六个方面的第一个实施方案)中通过根据第一个方面的任一个实施方案的核酸用于检测海帕西啶的用途而得到解决。
[0184] 在第六个方面的第二个实施方案(其也为第六个方面的第一个实施方案的一个具体化方案)中,海帕西啶选自包括人海帕西啶、猴海帕西啶的组,更优选地海帕西啶为人海帕西啶。
[0185] 作为本发明的基础的问题在第七个方面(其也为第七个方面的第一个实施方案)中通过用于筛选海帕西啶的拮抗剂或激动剂的方法而得到解决,所述方法包括下列步骤:
[0186] -提供海帕西啶的候选拮抗剂和/或候选激动剂,
[0187] -提供根据第一个方面的任一个实施方案的核酸,
[0188] -提供测试系统,其在存在海帕西啶的拮抗剂和/或激动剂时提供信号,和
[0189] -测定所述候选拮抗剂是否为海帕西啶的拮抗剂和/或所述候选激动剂是否为海帕西啶的激动剂。
[0190] 在第七个方面的第二个实施方案(其也为第七个方面的第一个实施方案的一个具体化方案)中,海帕西啶选自包括人海帕西啶、猴海帕西啶的组,更优选地海帕西啶为人海帕西啶。
[0191] 作为本发明的基础的问题在第八个方面(其也为第八个方面的第一个实施方案)中通过用于检测海帕西啶的
试剂盒而得到解决,所述试剂盒包含根据第一个方面的任一个
实施方案的核酸,其中所述海帕西啶优选地为人海帕西啶。
[0192] 作为本发明的基础的问题在第九个方面(其也为第九个方面的第一个实施方案)中通过用于检测样品中的根据第一个方面的任一个实施方案的核酸的方法而得到解决,其
中所述方法包括下列步骤:
[0193] a)提供含有根据本发明的核酸的样品;
[0194] b)提供捕获探针和检测探针,其中所述捕获探针与根据第一个方面的任一个实施方案的核酸的第一部分至少部分地互补,和所述检测探针与根据第一个方面的任一个实施
方案的核酸的第二部分至少部分地互补,或者备选地,所述捕获探针与根据第一个方面的
任一个实施方案的核酸的第二部分至少部分地互补,和所述检测探针与根据第一个方面的
任一个实施方案的核酸的第一部分至少部分地互补;
[0195] c)允许所述捕获探针和所述检测探针同时地或者以任何顺序依次地与根据第一个方面的任一个实施方案的核酸或其部分反应;
[0196] d)任选地,检测所述捕获探针是否与在步骤a)中提供的根据第一个方面的任一个实施方案的核酸杂交;和
[0197] e)检测在步骤c)中形成的复合物,其由根据第一个方面的任一个实施方案的核酸以及所述捕获探针和所述检测探针组成。
[0198] 在第九个方面的第二个实施方案(其也为第九个方面的第一个实施方案的一个具体化方案)中,所述检测探针包含检测工具,和/或其中所述捕获探针可以固定至支持
物,优选地固体支持物。
[0199] 在第九个方面的第三个实施方案(其也为第九个方面的第一和第二个实施方案的一个具体化方案)中,将不作为所述复合物的一部分的任何检测探针从所述反应体系中
去除,从而在步骤e)中仅检测作为所述复合物的一部分的检测探针。
[0200] 在第九个方面的第四个实施方案(其也为第九个方面的第一、第二和第三个实施方案的一个具体化方案)中,步骤e)包括下列步骤:比较当所述捕获探针和所述检测探针
在根据第一个方面的任一个实施方案的核酸或其部分存在的情况下和所述核酸或其部分
不存在的情况下进行杂交时由所述检测工具所产生的信号。
[0201] 本文所描述的根据本发明的核酸的特征可以在本发明的任一方面中实现,其中单独地或者以任意的组合使用所述核酸。
[0202] 关于本发明,优选地,术语“提供样品”不同于人体或动物体的治疗或诊断方法,并且不包括人体或动物体的治疗或诊断方法。
[0203] 人海帕西啶-25为碱性蛋白质,其具有根据SEQ ID No.1的氨基酸序列和8.2的pI。
[0204] 本发明基于令人惊讶的发现,即可以产生特异性地且以高亲和力结合海帕西啶的核酸。此类核酸优选地在本文中也被称为根据本发明的核酸分子、根据本发明的核酸、本发明的核酸或本发明的核酸分子。
[0205] 可以鉴定出对于人海帕西啶的短的且高亲和力结合性的核酸这一发现在这种情况下是令人惊讶的,这是因为Eaton等人(1997)观察到针对碱性蛋白质的适体(aptamer)
(即结合靶分子的D-核酸)的产生通常是非常困难的,因为这种类型的靶标产生了高的但
非特异性的
信噪比。这种高的信噪比是由于由核酸所显示的对碱性靶标(例如人海帕西
啶)的高的非特异性亲和力而引起的。
[0206] 如在权利要求书和
实施例1中更详细概述的,本
发明人能够更令人惊讶地鉴定出许多不同的结合人海帕西啶的核酸分子,其中大多数核酸可以根据核苷酸序列段(其在本
文中也称为盒)来表征。基于所述盒和某些另外的结构特征及元件,可以将各种结合人海
帕西啶的核酸分子分别地分类为A型、B型和C型结合海帕西啶的核酸。
[0207] 不同类型的结合海帕西啶的核酸包含不同的核苷酸序列段。因此,不同类型的结合海帕西啶的核酸对于不同的海帕西啶肽显示出不同的结合行为。如实施例中所证明的,
根据本发明的结合海帕西啶的核酸与人海帕西啶-25、人海帕西啶-22、人海帕西啶-20、食蟹猴海帕西啶-25和狨海帕西啶-25结合。
[0208] 应当理解,每当在本文中提及海帕西啶时,此类海帕西啶为海帕西啶-25,如果没有指明与此相反的话。
[0209] 在本发明范围内的是,根据本发明的核酸包含两个或更多个原则上可以相互杂交的序列段或其部分。在这样的杂交后,形成双链结构。本领域技术人员将会理解,这样的杂交可能发生或可能不发生,特别是在体外和/或体内条件下。此外,在这样的杂交的情况
下,并不必然的情形是:所述杂交发生在所述两个序列段的全长上,其中至少基于碱基
配对规则,原则上可能发生这样的杂交和因此双链结构的形成。如本文中优选地使用的,双链结构是核酸分子的一部分,或者由两条或更多条分开的链或者核酸分子的单链的两个在空间
上分开的序列段所形成的结构,由此存在有至少一个,优选地两个或更多个碱基对,它们优选地根据Watson-Crick碱基配对规则进行碱基配对。本领域技术人员还将会理解,其他碱
基配对例如Hoogsten碱基配对可以存在于此类双链结构中或者形成此类双链结构。还应
当承认的是,两个序列段杂交这一特征优选地表明,由于这两个序列段的碱基互补性而假
定发生此类杂交。
[0210] 在优选地的实施方案中,本文中所使用的术语“排列”表示与在本文中所公开的核酸相关的在本文中所描述的结构或功能特征或元件的次序或顺序。
[0211] 本领域技术人员将会理解,根据本发明的核酸能够结合海帕西啶。不希望受任何理论的束缚,本发明人假设所述海帕西啶结合是由于所要求保护的核酸分子的三维结构特
性或元件的组合而引起的,所述三维结构特性或元件由形成此类特性或元件的核苷酸的一
级序列的方向和折叠模式造成。明显的是,独个特性或元件可由各种不同的独个序列(其
变异程度可依据此类元件或特性必须形成的三维结构而变化)形成。所要求保护的核酸的
总体结合特征分别起因于各种元件和特性的相互影响,这最终导致所要求保护的核酸与其
靶标(即海帕西啶)的相互作用。再次不希望受任何理论的束缚,对于B型和C型结合海
帕西啶的核酸而言特征性的中央序列段以及对于A型结合海帕西啶的核酸而言特征性的
第一序列段盒A和第二序列段盒B,似乎对于介导所要求保护的核酸与海帕西啶的结合来
说是重要的。因此,根据本发明的核酸适合于与海帕西啶相互作用和检测海帕西啶。此外,本领域技术人员将会理解,根据本发明的核酸为海帕西啶的拮抗剂。因此,根据本发明的核酸适合于分别治疗和预防与海帕西啶相关或由海帕西啶引起的任何疾病或病状。此类疾病
和病状可以从
现有技术中获得,所述现有技术确定海帕西啶分别参与所述疾病和病状或者
与所述疾病和病状相关,并且通过提及而将所述现有技术引入本文以提供根据本发明的核
酸的治疗和诊断用途的科学原理。
[0212] 在本发明范围内的是,根据本发明的核酸为核酸分子。如此,术语“核酸”和“核酸分子”在本文中以同义的方式进行使用,如果没有指明与此相反的话。在本
申请的一个实施方案中,所述核酸和因此所述核酸分子包含这样的核酸分子,其特征在于所有形成该
核酸分子的连续核苷酸通过一个或超过一个的共价键彼此相连接或连结。更具体地,每个
此类核苷酸优选地通过
磷酸二酯键或其他键与其他两个核苷酸相连接或连结,从而形成连
续核苷酸的序列段。然而,在这样的排列中,两个末端核苷酸(即优选地,在5’末端处和在
3’末端处的核苷酸)各自仅与单个核苷酸相连接,条件是此类排列是线性的而非环状的排
列,并因此为线性的而非环状的分子。
[0213] 在本申请的另一个实施方案中,所述核酸和因此所述核酸分子包含至少两组连续核苷酸,其中在每组连续核苷酸内,每个核苷酸优选地通过磷酸二酯键或其他键与其他两
个核苷酸相连接或连结,从而形成连续核苷酸的序列段。然而,在这样的排列中,所述至少两组连续核苷酸的每个组的两个末端核苷酸(即优选地,在5’末端处和在3’末端处的核
苷酸)各自仅与单个核苷酸相连接。但是,在这样的实施方案中,所述两组连续核苷酸不通过共价键相互连接或连结,所述共价键连接一个组的一个核苷酸与另一个或另外一个组的
一个核苷酸,这通过共价键,优选地在所述两个核苷酸中一个核苷酸的糖部分与所述两个
核苷酸或核苷中另一个核苷酸或核苷的磷酸部分之间形成的共价键来进行。但是,在备选
的实施方案中,所述两组连续核苷酸通过共价键相互连接或连结,所述共价键连接一个组
的一个核苷酸与另一个或另外一个组的一个核苷酸,这通过共价键,优选地在所述两个核
苷酸中一个核苷酸的糖部分与所述两个核苷酸或核苷中另一个核苷酸或核苷的磷酸部分
之间形成的共价键来进行。优选地,所述至少两组连续核苷酸不通过任何共价键相连接。在另一个优选地的实施方案中,所述至少两组通过与磷酸二酯键不同的共价键相连接。在另
外一个实施方案中,所述至少两组通过为磷酸二酯键的共价键相连接。进一步地,优选地,所述两组连续核苷酸通过共价键互相连接或连结,其中所述共价键在所述两组连续核苷酸
的第一组的3’末端处的核苷酸与所述两组连续核苷酸的第二组的5’末端处的核苷酸之间
形成,或者所述共价键在所述两组连续核苷酸的第一组的5’末端处的核苷酸与所述两组连续核苷酸的第二组的3’末端处的核苷酸之间形成。
[0214] 根据本发明的核酸还应该包括与本文所公开的特定序列基本同源的核酸。术语“基本同源”应该优选地理解为,同源性为至少75%,优选地85%,更优选地90%,和最优选地大于95%、96%、97%、98%或99%。
[0215] 两个核酸分子之间的同源性可以如本领域技术人员已知的方式来测定。更具体而言,基于所
指定的程序参数,可以将序列比较
算法用于计算测试序列相对于参考序列的序
列同源性百分比。测试序列优选是这样的序列或核酸分子,即所述序列或核酸分子据称与
不同的核酸分子同源或者待测试它是否与不同的核酸分子同源(如果同源的话,同源到什
么程度),其中这种不同的核酸分子也称为参考序列。在一个实施方案中,参考序列是本文所描述的核酸分子,更优选地为具有根据SEQ ID No.29至43、SEQ ID No.45至48、SEQ ID No.110至156、SEQ ID No.158至176或SEQ ID No.179至181中任一个的序列的核酸分
子。用于比较的最佳序列比对可以例如通过下列方法来进行:Smith & Waterman的局部同
源性算法(Smith & Waterman(1981)),Needleman & Wunsch的同源性比对算法(Needleman & Wunsch,1970),Pearson & Lipman的相似性搜索方法(Pearson & Lipman,1988),这些算法的计算机化实施(Wisconsin Genetics Software Package,Genetics Computer Group,
575 Science Dr.,Madison,Wis.中的GAP、BESTFIT、FASTA和TFASTA),或目测检查。
[0216] 适合于测定序列同一性百分比的算法的一个实例是在基本局部比对搜索工具(basic local alignment search tool,在下文中称为“BLAST”)中使用的算法,参见,例如Altschul等人(Altschul等人,1990;和Altschul等人,1997)。用于进行BLAST分析的软
件是通过国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,在
下文中称为“NCBI”)可公开获得的。在使用从NCBI可获得的
软件(例如BLASTN(用于核
苷酸序列)和BLASTP(用于氨基酸序列))进行的序列同一性测定中所采用的默认参数描
述在McGinnis等人(McGinnis等人,2004)中。
[0217] 术语“本发明的核酸”或“根据本发明的核酸”(其中这两个术语可互换地进行使用)还应该包括包含本文所公开的核酸序列或其部分的那些核酸,优选地至这样的程度,即所述核酸或所述部分参与结合人海帕西啶。在一个实施方案中,此类核酸是本文所描述
的核酸分子之一,或者其衍生物和/或代谢产物,其中此类衍生物和/或代谢产物优选地为
相比于本文所描述的核酸分子而言截短的核酸。截短可以涉及本文所公开的核酸的任一个
末端或两个末端。此外,截短可以涉及所述核酸的内部核苷酸序列,即其可以分别涉及在5’和3’末端核苷酸之间的核苷酸。此外,截短应该包括从本文所公开的核酸序列中删除少至单个核苷酸。截短还可以涉及本发明的核酸的超过一个的序列段,其中该序列段可以仅为
一个核苷酸长。本领域技术人员可以通过用常规试验或者通过使用或采用本文所描述的方
法(优选地在本文中于实施例部分中所描述的方法)来测定根据本发明的核酸的结合。
[0218] 根据本发明的核酸可以是D-核酸或L-核酸。优选地,本发明的核酸是L-核酸。另外,还可能的是,所述核酸的一个或几个部分作为D-核酸存在或者所述核酸的至少一个
或几个部分是L-核酸。术语核酸的“部分”应该表示少至一个核苷酸。因此,在一个特别
优选的实施方案中,根据本发明的核酸由L-核苷酸组成并包含至少一个D-核苷酸。此类
D-核苷酸优选附着至与定义根据本发明的核酸的序列段不同的部分,优选为其中涉及与
该核酸的其他部分或与靶标(即海帕西啶)相互作用的该核酸的那些部分。优选地,此类
D-核苷酸分别附着在根据本发明的任意序列段的末端处或附着在根据本发明的任意核酸
的末端处。在进一步优选的实施方案中,此类D-核苷酸可以用作间隔物或连接体,其优选
地将修饰物或修饰基团例如PEG和HES附着至根据本发明的核酸。
[0219] 同样也在本发明的实施方案的范围内的是,每个和任意的在本文中在它们的核酸序列方面以其整体描述的核酸分子局限于特定的核苷酸序列。换而言之,术语“包含”或“包括”在这样的实施方案中应该理解为“容纳”或“由...组成”。
[0220] 同样也在本发明范围内的是,根据本发明的核酸是更长的核酸的部分,其中该更长的核酸包含几个部分,其中至少一个此类部分是根据本发明的核酸或其部分。这些更长
的核酸的其他部分可以是一个或几个D-核酸或者一个或几个L-核酸。任何组合都可以
用于本发明。更长的核酸的这些其他部分,单独地或合在一起,以其整体或以特定组合,可以表现出不同于结合(优选地,结合海帕西啶)的功能。一种可能的功能是允许与其他分
子(其中此类其他分子优选地与海帕西啶不同)相互作用,例如,用于固定、交联、检测或扩增。在本发明的另外的实施方案中,根据本发明的核酸包含几个本发明核酸,作为独个或组合的部分。包含几个本发明核酸的此类核酸也由术语“更长的核酸”所涵盖。
[0221] 本文中所使用的“L-核酸”或“L-核酸分子”是由L-核苷酸组成的核酸或核酸分子,优选地完全由L-核苷酸组成的核酸或核酸分子。
[0222] 本文中所使用的“D-核酸”或“D-核酸分子”是由D-核苷酸组成的核酸或核酸分子,优选地完全由D-核苷酸组成的核酸或核酸分子。
[0223] 此外,如果没有指明与此相反,则任何核苷酸序列在本文中以5’->3’的方向示出。
[0224] 如本文中优选地使用的,相对于序列、序列段或子序列段的5’末端来确定或指称任何核苷酸
位置。因此,第二个核苷酸为分别从序列、序列段或子序列段的5’末端起进行计数的第二个核苷酸。同样地,根据该原则,倒数第二个核苷酸为分别从序列、序列段或子序列段的3’末端起进行计数的第二个核苷酸。
[0225] 无论本发明的核酸由D-核苷酸组成、由L-核苷酸组成还是由两者的组合(该组合是例如随机的组合,或者是由至少一个L-核苷酸和至少一个D-核酸组成的序列段的限
定序列)组成,所述核酸可以由脱氧核糖核苷酸、核糖核苷酸或其组合组成。
[0226] 因为几种原因,将本发明的核酸设计成L-核酸是有利的。L-核酸是天然存在的核酸的对映体。然而,由于核酸酶的广泛存在,D-核酸在含水溶液中并且特别是在生物系统
或生物样品中不是非常稳定的。天然存在的核酸酶,特别是来自动物细胞的核酸酶不能降
解L-核酸。因此,L-核酸的生物学
半衰期在此类系统(包括动物体和人体)中显著增加。
由于缺乏L-核酸的可降解性,因此没有产生核酸酶降解产物并因而没有观察到从中产生
的
副作用。该方面界定了事实上所有其他化合物(其用于治疗涉及海帕西啶的存在的疾病
和/或病症)的L-核酸。通过不同于Watson-Crick碱基配对的机制特异性地结合靶分子
的L-核酸,或者部分或完全由L-核苷酸组成的适体(尤其是该适体的那些部分参与该适
体与靶分子的结合)也称为镜像异构适体(Spiegelmer)。如所指的,适体(aptamer)是本
领域技术人员已知的,并且尤其描述在“The Aptamer Handbook”(编者:Klussmann,2006)中。
[0227] 同样也在本发明范围内的是,根据本发明的核酸可以作为单链或双链核酸存在,不论它们作为D-核酸、L-核酸或D,L-核酸存在或者它们是DNA或RNA。通常,本发明的核
酸是表现出由一级序列限定的二级结构并因而也可以形成三级结构的单链核酸。然而,本
发明的核酸也可以是双链的,这意味着彼此互补或部分互补的两条链相互杂交,不论它们
是否是两条分开的链或者它们是否相互结合(优选地,共价结合)。
[0228] 可以修饰本发明的核酸。此类修饰物可以涉及所述核酸的单个核苷酸并且是本领域熟知的。此类修饰物的实例尤其描述在Venkatesan(2003);Kusser(2000);
Aurup(1994);Cummins(1995);Eaton(1995) ;Green(1995);Kawasaki(1993);
Lesnik(1993);和Miller(1993)中。此类修饰物可以是在作为本发明核酸的一部分的独个
核苷酸的2’位置处的H
原子、F原子或者O-CH3基团或NH2-基团。此外,根据本发明的核
酸可以包含至少一个LNA核苷酸。在一个实施方案中,根据本发明的核酸由LNA核苷酸组
成。
[0229] 在一个实施方案中,根据本发明的核酸可以是多分体(multipartite)核酸。本文中所使用的“多分体核酸”是由至少两条分开的核酸链组成的核酸。这些至少两条核酸链
形成功能单元,其中该功能单元是靶分子的配体。所述至少两条核酸链可以衍生自任何本
发明的核酸,其中通过切割核酸分子以产生两条链而衍生,或者通过合成与本发明的(即
整体)核酸的第一个部分相对应的一条核酸和与整体核酸的第二个部分相对应的另一条
核酸而衍生。应当理解,切割和合成两者均可用于产生其中存在超过两条的如上所例示的
链的多分体核酸。换而言之,所述至少两条分开的核酸链通常不同于互补且相互杂交的两
条链,尽管在所述至少两条核酸链之间可能存在一定程度的互补性,其中此类互补性可能
导致所述分开的链杂交。
[0230] 最后,也在本发明范围内的是,实现了根据本发明的核酸的完全闭合(即环状的)结构,也就是说,根据本发明的核酸在一个实施方案中是闭合的,优选地通过共价连接闭
合,其中更优选地,此类共价连接在本文所公开的核酸序列或其任何衍生物的5’末端和3’末端之间发生。
[0231] 测定根据本发明的核酸分子的结合常数的一种可能性是利用实施例4中所描述的
表面等离子共振,所述实施例4证实了上述发现,即根据本发明的核酸表现出有利的KD
值范围。为了表示独个核酸分子和靶标(在本情况下为海帕西啶)之间的结合强度的合适
量度是所谓的KD值,其中KD值本身以及其测定方法是本领域技术人员已知的。
[0232] 优选地,根据本发明的核酸所显示的KD值低于1μM。大约1μM的KD值被认为是核酸与靶标非特异性结合的特征。如本领域技术人员将会理解的,一组化合物(例如根据
本发明的核酸)的KD值在某个范围内。上述的大约1μM的KD是优选的KD值上限。结合
靶标的核酸的KD的下限可以小至大约10pM或者可以更高。在本发明范围内的是,结合海
帕西啶的独个核酸的KD值优选地在这一范围内。优选的范围可以通过选择该范围内的任
意第一个数字和该范围内的任意第二个数字来限定。优选的上限KD值为250nM和100nM,
优选的下限KD值为50nM、10nM、1nM、100pM和10pM。更优选的上限KD值为2.5nM,更优选的下限KD值为400pM。
[0233] 根据本发明的核酸分子可以具有任意的长度,只要它们仍然能够结合靶分子。本领域技术人员将会理解,存在有根据本发明的核酸的优选长度。通常,长度在15和120个
核苷酸之间。本领域技术人员将会理解,在15和120之间的任何整数是根据本发明的核酸
的可能长度。根据本发明核酸的长度的更优选的范围是大约20至100个核苷酸、大约20
至80个核苷酸、大约20至60个核苷酸、大约20至50个核苷酸和大约30至50个核苷酸
的长度。
[0234] 在本发明范围内的是,本文所公开的核酸包含这样的部分,所述部分优选地为高分子量部分和/或优选地使得能够改变所述核酸尤其是在动物体内(优选在人体内)的停
留时间方面的特征。此类修饰的特别优选的实施方案是根据本发明的核酸的PEG化和HES
化。如本文中所使用的,PEG表示聚乙二醇,而HES表示羟乙基淀粉。如本文中优选地使用
的,PEG化是根据本发明的核酸的修饰,其中此类修饰由附着至根据本发明的核酸的PEG部
分组成。如本文中优选地使用的,HES化是根据本发明的核酸的修饰,其中此类修饰由附着至根据本发明的核酸的HES部分组成。这些修饰物例如线性聚乙二醇、支化聚乙二醇、羟乙基淀粉、肽、蛋白质、多糖、固醇、聚氧丙烯、聚氧酰胺化物、聚(2-羟乙基)-L-谷氨酰胺和聚乙二醇,以及用此类修饰物来修饰核酸的方法,描述在欧洲
专利申请EP 1 306 382中,该
专利申请的公开内容在此通过提及而整体合并入本文中。
[0235] 优选地,由高分子量部分组成或包含高分子量部分的修饰物的分子量为大约2,000至250,000Da,优选地20,000至200,000Da。在PEG为此类高分子量部分的情况下,
分子量优选地为20,000至120,000Da,更优选地40,000至80,000Da。在HES为此类高分
子量部分的情况下,分子量优选地为20,000至200,000Da,更优选地40,000至150,000Da。
HES修饰方法(例如)描述在德国专利申请DE 1 2004 006249.8中,该专利申请的公开内
容在此通过提及而整体合并入本文中。
[0236] 在本发明范围内的是,PEG和HES中的任一者可以以线性或支化的形式使用,如在专利申请WO2005/074993、WO2003/035665和EP1496076中进一步描述的。原则上,此类修
饰可以在本发明核酸分子的任何位置处进行。优选地,此类修饰在根据本发明的核酸分子
的5’-末端核苷酸上、在根据本发明的核酸分子的3’-末端核苷酸上和/或在根据本发明
的核酸分子的5’核苷酸和3’核苷酸之间的任意核苷酸上进行。
[0237] 该修饰物,优选地PEG和/或HES部分,可以直接地或间接地(优选地通过连接体)附着至本发明核酸分子。同样也在本发明范围内的是,根据本发明的核酸分子包含一
个或多个修饰物,优选地一个或多个PEG和/或HES部分。在一个实施方案中,独个连接体
分子将超过一个的PEG部分或HES部分附着至根据本发明的核酸分子。在本发明中使用的
连接体可以本身是线性的或支化的。这种类型的连接体是本领域技术人员已知的并且在专
利申请WO2005/074993、WO2003/035665和EP1496076中进一步描述。
[0238] 在优选的实施方案中,所述连接体为生物可降解的连接体。由于从根据本发明的核酸上释放出该修饰物,因而生物可降解的连接体使得能够改变根据本发明的核酸尤其是
在动物体内(优选在人体内)的
停留时间方面的特征。使用生物可降解的连接体可能使得
能够更好地控制根据本发明的核酸的停留时间。此类生物可降解的连接体的优选的实施方
案为在国际专利申请WO2006/052790、WO2008/034122、WO2004/092191和WO2005/099768中
所描述的生物可降解的连接体,但不限于此。
[0239] 在本发明范围内的是,所述修饰物或修饰基团为生物可降解的修饰物,其中所述生物可降解的修饰物可以直接地或间接地(优选地通过连接体)附着至本发明核酸分子。
由于从根据本发明的核酸上释放出或降解下该修饰物,因而生物可降解的修饰物使得能够
改变根据本发明的核酸尤其是在动物体内(优选在人体内)的停留时间方面的特征。使用
生物可降解的修饰物可能使得能够更好地控制根据本发明的核酸的停留时间。此类生物
可降解的修饰物的优选的实施方案为在国际专利申请案WO2002/065963、WO2003/070823、
WO2004/113394和WO2000/41647(优选地,WO2000/41647的第18页第4至24行)中所描
述的生物可降解的修饰物,但不限于此。
[0240] 除了上面描述的修饰物之外,其他修饰物也可以用于改变根据本发明的核酸的特征,其中此类其他修饰物可选自蛋白质、脂质(例如胆固醇)和糖链(例如淀粉酶、右旋糖
酐等)。
[0241] 不希望受任何理论的束缚,看起来通过用高分子量部分例如
聚合物,更特别地一种或几种本文所公开的聚合物(其优选地为生理学上可接受的)来修饰根据本发明的核
酸,改变了排泄动力学。更具体而言,看起来由于这种经修饰的本发明的核酸的分子量增
加并且由于本发明核酸不经历代谢(特别是在L形式时),减少了从动物体内,优选地从哺
乳动物体内,和更优选地从人体内的排泄。由于排泄通常通过肾脏发生,因此本发明人推
测:经如此修饰的核酸的肾小球滤过率相比于不具有这种类型的高分子量修饰的核酸而言
显著减小,这导致在动物体内的停留时间增加。就此而言,特别值得注意的是,尽管具有这种高分子量修饰,但是根据本发明的核酸的特异性没有受到有害的影响。在这种情况下,根据本发明的核酸尤其具有令人惊讶的特征(该特征通常不能从药学活性化合物中预期),
从而使得不必需要具有持续释放性质的药物制剂以提供根据本发明的核酸的持续释放。而
是,以它们包含高分子量部分的修饰形式,根据本发明的核酸本身就可用作持续释放制剂,因为由于它们的修饰,它们已经就好像从持续释放制剂中释放那样行动。在这种情况下,本文所公开的根据本发明的核酸分子的修饰和经如此修饰的根据本发明的核酸分子以及任
何包含其的组合物可以提供不同的,优选地受控的药物动力学及其生物分布。这还包括在
循环中的停留时间和分配到组织中。此类修饰在专利申请WO2003/035665中有进一步的描
述。
[0242] 然而,同样也在本发明范围内的是,根据本发明的核酸不包含任何修饰,并且特别是不包含高分子量修饰例如PEG化或HES化。当根据本发明的核酸显示出优先分配到体内的任何靶器官或组织时或者当希望在施用后从体内快速清除根据本发明的核酸时,此类
实施方案是特别优选的。具有对体内任何靶器官或组织的优先分布特性的本文所公开的根
据本发明的核酸将使得能够在靶组织中建立有效的局部浓度,同时保持低的全身的核酸浓
度。这将使得能够使用低剂量,这不但从经济学观点来说是有利的,而且还减少了其他组织对于该核酸试剂的非必需的暴露,从而降低了潜在的副作用风险。在施用后从体内快速清
除根据本发明的核酸可能是所希望的,尤其是在使用根据本发明的核酸或包含其的药剂的
体内成象或特别的治疗性按剂量
给药要求的情况下。
[0243] 根据本发明的核酸和/或根据本发明的拮抗剂可用于产生或制备药剂或药物组合物,或者在产生或制备药剂或药物组合物中使用。根据本发明的此类药剂或药物组合物
包含至少一种本发明的核酸,任选地与至少一种其他药学活性化合物一起,其中本发明的
核酸优选地本身用作药学活性化合物。在优选的实施方案中,此类药剂或药物组合物至少
包含药学上可接受的载体。此类载体可以是例如水、缓冲液、PBS、
葡萄糖溶液(优选地,5%葡萄糖的盐平衡溶液)、淀粉、糖、明胶或任何其他可接受的载体物质。此类载体通常是本领域技术人员已知的。本领域技术人员将会理解,本发明药剂的任何实施方案、用途和方面或者与之相关的任何实施方案、用途和方面也可应用于本发明的药物组合物,反之亦然。
[0244] 使用或意图使用各自根据本发明的或根据本发明制备的核酸、药物组合物和药剂来进行治疗和/或预防的适应症、疾病和病症是由于海帕西啶直接或间接参与各自的致病
机理所致。
[0245] 如引言部分中所提及的,海帕西啶为调节铁体内稳态的关键信号,其中高水平的人海帕西啶导致降低的血清铁水平,而低水平导致增加的血清铁水平,如在海帕西啶缺
乏和海帕西啶过表达的小鼠模型中所显示的(Nicolas,2001;Nicolas,2002;Nicolas,
2003)。
[0246] 如在本文中也提及的,海帕西啶与膜铁转运蛋白的结合导致膜铁转运蛋白的立即内在化以及随后的长期持续的血清铁降低(Rivera,2005),其中血铁清的降低是贫血的原
因。贫血被定义为循环血液中血红蛋白的量的绝对减少,并且常常是表现为低血红蛋白的
疾病的症状,和不是本身孤立的诊断。贫血是由于负面地损害红细胞的产生和/或寿命的
医学状况而引起的。另外,贫血可以为失血的结果。
[0247] 因此为了了解贫血的发展,基于作为基础的机制,将贫血分成三种病因学类别:
[0248] a)减少的红细胞产生,
[0249] b)增加的红细胞破坏,和
[0250] c)失血。
[0251] 但是,这三种类别(减少的红细胞产生、增加的红细胞破坏和失血)相互间并无严格区分,而是可以相伴地或相互独立地发生。
[0252] 在许多疾病中,所述机制的组合可以导致贫血。因此,海帕西啶的中和在许多贫血的病状中可能是有益的。
[0253] 由于根据本发明的结合海帕西啶的核酸与人海帕西啶相互作用或结合人海帕西啶,因此技术人员将会了解,根据本发明的结合海帕西啶的核酸可以用于治疗、预防和/或诊断本文所描述的人和动物的任何疾病。就此而言,应当理解,根据本发明的核酸分子可以用于治疗和预防任何本文所描述的疾病、病症或疾状。
[0254] 在下文中并且不希望受任何理论的束缚,提供了关于各种疾病、病症和疾状而言使用根据本发明的核酸分子的原理,因而使得根据本发明的核酸分子的所要求保护的治
疗、预防和诊断可应用性看起来是可信的。为了避免任何不必要的重复,应当理解,由于涉及本领域技术人员已知且也在本文中概述的海帕西啶-膜铁转运蛋白相互作用,因而所述
相互作用可由根据本发明的核酸分子来进行,从而达到所要求保护的治疗和/或预防效
应。
[0255] 因此,可使用根据本发明的药剂来治疗和/或预防的疾病和/或病症和/或患病状况包括但不限于贫血、血铁过少、异食癖、具有升高的海帕西啶水平的病状、具有升高的铁水平的病状和/或具有铁超负荷的病状。
[0256] 优选地,贫血选自铁粒幼细胞贫血、低色素小红细胞性贫血、由慢性疾病和/或病症引起的贫血、由炎症引起的贫血、由遗传病症引起的贫血、由急性感染引起的贫血、和/或由铁代谢和/或体内稳态的基因中的突变引起的贫血。
[0257] 可引起贫血的各种慢性疾病和/或病症选自慢性炎症、癌症、自身免疫疾病和/或自身免疫病症、慢性感染、动脉硬化、动脉粥样硬化和肝硬化。在这种情况下,可通过本发明核酸进行治疗的贫血为由所述各种慢性疾病和/或病症中的任一种引起或与之相关的贫
血。另外,贫血可以为由癌症治疗(优选地,化学疗法)引起的贫血。
[0258] 慢性炎症的亚群为慢性肾疾病、慢性阻塞性肺部疾病、多发性硬化、骨关节炎、糖尿病、肥胖症、脑血管疾病、充血性心脏病、充血性心力衰竭、心肌梗死、冠状动脉疾病、周围闭塞性动脉疾病、胰腺炎、脉管炎,其中此类慢性肾疾病包括肾脏病、慢性肾功能衰竭、慢性肾衰竭,和/或由肾脏透析或肾脏移植引起。
[0259] 癌症的亚群为肝细胞癌、淋巴瘤、多发性骨髓瘤、头与颈癌、乳腺癌、结肠直肠癌、非骨髓性癌、肾细胞癌、非小细胞肺癌、肿瘤和脑瘤。
[0260] 自体免疫疾病和/或病症的亚群为类风湿性关节炎、肠易激惹综合征、系统性红斑狼疮和克罗恩病。
[0261] 慢性感染的亚群为病毒感染、病毒性疾病、细菌感染和真菌感染,其中所述病毒感染包括但不限于肝炎和HIV感染,和所述细菌感染包括但不限于幽门螺杆菌感染。
[0262] 由炎症引起的贫血为正常红细胞性的至小红细胞性的,其特征在于低的网织红细胞生成指数,总铁结合能力(TIBC)低或正常。在由炎症引起贫血的情况下,海帕西啶、急性期蛋白和其他炎症标志物(例如C反应蛋白)增加。由炎症引起的贫血也称为炎症性贫血。
[0263] 可引起贫血的各种遗传病症选自卡斯尔曼病、施尼茨勒综合征、铁难治性缺铁性贫血(matriptase-2(TMPRSS6)突变)、缺转铁蛋白血症、先天性红细胞生成不良性贫血和
血红蛋白病。
[0264] 可引起贫血的各种急性感染选自病毒感染、细菌感染和真菌感染,其中病毒感染、细菌感染和真菌感染独个地或相互组合地可以导致脓毒症。
[0265] 术语“具有升高的海帕西啶水平的病状”是指在哺乳动物(优选地,人)中的病状,其中
机体内的海帕西啶水平相比于此类哺乳动物的正常的海帕西啶水平而言升高,例
如相比于该哺乳动物的正常海帕西啶血清水平(在人类的情况下,大约120ng/mL)而言
升高的海帕西啶血清水平。升高的血清海帕西啶水平尤其可以通过酶联
免疫测定法(DRG
Diagonstics,Marburg,Germany的市售试剂盒)来测定。
[0266] 因此,可优选地将根据本发明的药剂用于其的患者包括但不限于用促红细胞生成素和其他红细胞刺激疗法进行治疗并且优选地显示出对于促红细胞生成素的低
反应性的
患者,其中更优选地,所述患者具有慢性肾疾病或患有癌症,其中癌症选自肝细胞癌、淋巴瘤、多发性骨髓瘤、头与颈癌、乳腺癌、结肠直肠癌、非骨髓性癌、肾细胞癌、非小细胞肺癌、肿瘤和脑瘤。
[0267] 在进一步的实施方案中,根据本发明的药剂包含另外的药学活性化合物。此类另外的药学活性化合物优选地为可以调节海帕西啶或膜铁转运蛋白的活性、浓度或表达的化
合物。此类化合物优选地为切割海帕西啶原的蛋白酶的抑制剂、海帕西啶原的
抗体、膜铁转运蛋白的拮抗剂例如膜铁转运蛋白的抗体、JAK2抑制剂、GDF15、BMP调节剂、可溶性血幼素或TGF-β抑制剂。
[0268] 可与包含根据本发明的核酸的药剂一起使用或者包含在包含根据本发明的核酸的药剂中的其他另外的药学活性化合物为已知的和/或用于治疗贫血和/或炎性病状的那
些化合物,其中所述炎性病状的治疗对贫血有
正面影响。此类药学活性化合物选自包括铁
补充剂、维生素补充剂、红细胞生成刺激剂、抗生素、抗炎生物制剂、免疫系统的抑制剂、抗血栓溶解剂、他汀类、血管加压药和影响肌肉收缩的化合物的组。
[0269] 铁补充剂的非限制性实例为
硫酸亚铁、葡糖酸亚铁、右旋糖酐铁、葡糖酸铁钠、羧基麦芽糖铁、聚麦芽糖氢氧化铁、富
马酸铁、
蔗糖铁和蔗糖氢氧化铁。
[0270] 维生素补充剂的非限制性实例为维生素C、叶酸、维生素B12、维生素B6和维生素D。
[0271] 红细胞生成刺激剂的非限制性实例为促红细胞生成素、依泊汀、达贝泊汀、CERA、HI F脯氨酰基羟化酶抑制剂(例如FG-2216和FG-4592)以及其他刺激红细胞生成的试剂。
[0272] 抗生素的非限制性实例为氨基糖苷类、β-内酰胺抗生素、肽类抗生素、旋转酶抑制剂、林可酰胺类、大环内酯抗生素、硝基咪唑衍生物、多肽抗生素、磺胺类、
四环素和甲氧苄啶。
[0273] 抗炎生物制剂的非限制性实例为:
[0274] a)IL-6受体拮抗剂,例如托珠单抗或阿特利珠单抗(Atlizumab)
[0275] b)TNF拮抗剂,例如依那西普、英利昔单抗、阿达木单抗、赛妥珠单抗(Certolizumab)
[0276] c)IL-1受体拮抗剂,例如阿那白滞素,和
[0277] d)CD20结合分子,例如利妥昔单抗和伊贝莫单抗(Ibritumab)。
[0278] 免疫系统的抑制剂的非限制性实例为硫唑嘌呤、布喹那、
钙调神经磷酸酶抑制剂、苯丁酸氮芥、环孢菌素A、脱氧精胍菌素、来氟米特、氨甲蝶呤、咪唑立宾、吗替麦考酚酯、雷帕霉素、他克莫司和沙利度胺。
[0279] 抗炎剂的非限制性实例为PDE4抑制剂例如罗氟司特,和皮质类固醇例如泼尼松龙、甲泼尼龙、氢化可的松、地塞米松、曲安西龙、倍他米松、泡腾剂(effervescent)、布地奈德、环索奈德和氟替卡松。
[0280] 抗血栓溶解剂的非限制性实例为激活的人C蛋白,例如屈曲克凝α。
[0281] 他汀类的非限制性实例为
阿托伐他汀、西立伐他汀、氟伐他汀、
洛伐他汀、美伐他汀、匹伐他汀、普伐他汀、罗苏伐他汀和辛伐他汀。
[0282] 血管加压药和/或影响肌肉收缩的化合物(inotropic compound)的非限制性实例为去甲肾上腺素、加压素和多巴酚丁胺。
[0283] 除了具有升高的海帕西啶血浆水平的情形之外,根据本发明的核酸分子也可以用于在具有升高的铁水平的患者和/或具有铁超负荷和未升高的海帕西啶血浆水平的病状
中拮抗海帕西啶。优选地进行用根据本发明的核酸分子对此类患者的治疗以降低细胞铁浓
度,其中所述治疗优选地与铁螯合化合物相联合。通过根据本发明的核酸对生理性海帕西
啶的中和保护了膜铁转运蛋白的表达,并由此支持了进一步的从细胞内储备中的铁释放。
与铁螯合化合物相联合的膜铁转运蛋白保护经由尿液来去除铁,并且降低全身铁含量。
[0284] 在医学领域中,铁超负荷表示由于任何原因而引起的体内铁积累。在人的情况下,铁超负荷的特征为>5mg的全身铁含量。铁超负荷也称为血色素沉着症。
[0285] 术语“具有铁超负荷的病状”是指在哺乳动物(优选地,人)中的病状,其中所述哺乳动物体内的铁水平相比于此类哺乳动物的正常的铁水平而言升高,例如相比于该哺乳
动物的正常的铁血清水平(在人类的情况下,大约20μmol/L)而言升高的铁血清水平,或
者相比于该哺乳动物的肝脏中正常的铁水平而言增加的在该哺乳动物的肝脏中的铁水平。
通过直接测量血清铁(其中尤其使用比色测定法),通过标准运铁蛋白饱和测定法(其揭
示有多少铁结合至在血液中携带铁的蛋白质),或者通过标准血清铁蛋白测定法(例如:
Calbiotech,USA的Ferritin Blood Test ELISA试剂盒)来测定升高的血清铁水平。例如,
45%或更高的运铁蛋白饱和水平常常表明血清中异常高水平的铁。尤其可以通过从经肝脏
活组织检查而获得的组织中测量肝脏的铁含量,或者通过成象技术例如MRI和/或SQUID
来测定肝脏中的升高的铁水平。在其他组织(例如脑、心脏)中的铁水平的程度也可以通
过使用这些和其他成象技术来评估。
[0286] 铁超负荷的亚群为输血性铁超负荷、铁中毒、肺含铁血黄素沉着症、骨质减少、胰岛素抵抗、非洲人铁超负荷、哈-施病、高铁蛋白血症、血浆铜蓝蛋白缺乏症、新生儿血色素沉着症和红细胞病症,所述红细胞病症包括地中海贫血、α地中海贫血、中间型地中海贫血、镰状细胞病和骨髓增生异常综合征。
[0287] 患有其他与升高的铁水平相关的病症/疾病的患者应当也可从用根据本发明的核酸分子的疗法(优选地与铁螯合化合物相联合)中获益。因此,可使用根据本发明的药
剂来进行治疗和/或预防的疾病和/或病症和/或患病状况包括但不限于具有升高的铁水
平的疾病,其包括共济失调、弗里德赖希共济失调、年龄相关性黄斑变性、年龄相关性白内障、年龄相关性视网膜疾病和神经变性疾病,其中此类神经变性疾病包括阿尔茨海默病、帕金森病、泛酸激酶相关的神经变性、腿多动综合征和亨廷顿舞蹈病。
[0288] 在进一步的实施方案中,根据本发明的药剂包含另外的药学活性化合物,所述药学活性化合物优选地为可以结合铁并从哺乳动物体(特别是人体)的组织中或从循环中去
除铁的化合物。此类药学活性化合物优选地选自铁螯合化合物。此类化合物与根据本发明
的核酸分子的组合将会进一步降低生理性海帕西啶浓度,并由此降低细胞铁负担。
[0289] 铁螯合化合物的非限制性实例为姜黄素、去铁胺、地拉罗司和去铁酮。
[0290] 最后,所述另外的药学活性试剂可为铁代谢和/或铁体内稳态的调节剂。备选地或另外地,此类另外的药学活性试剂为另外的,优选地第二种种类的根据本发明的核酸。备选地,所述药剂包含至少另一种核酸,所述核酸结合不同于海帕西啶的靶分子或者表现出
与根据本发明的核酸之一不同的功能。优选地,此类至少另一种核酸表现出与本文所公开
的所述一种或几种另外的药学活性化合物之一类似或相同的功能。
[0291] 在本发明范围内的是,原则上将包含根据本发明的核酸的药剂(在本文中也称为(本)发明的药剂)备选地或另外地用于预防任何在所述药剂用于治疗所述疾病的用途方
面所公开的疾病。因此,各自的标志物,即各自疾病的各自标志物,是本领域技术人员已知的。优选地,各自的标志物为海帕西啶。
[0292] 在本发明的药剂的一个实施方案中,将此类药剂与用于任何本文所公开的疾病(特别是,将使用本发明的药剂进行治疗的那些疾病)的其他治疗联合使用。
[0293] 本文中优选地使用的“联合疗法(combination therapy)”或“综合疗法(co-therapy)”包括施用本发明的药剂和至少第二种试剂作为
治疗方案的一部分,以期望
从这些治疗剂即本发明的药剂和所述第二种试剂的共同作用中提供有益效应。这些治疗剂
的作为联合或以联合方式的施用通常在限定的时间期间内进行(通常为数分钟、数小时、
数天或数周,这取决于所选择的组合)。
[0294] “联合疗法”可能(但通常不)意在包括施用两种或更多种治疗剂作为分开的单一疗法方案的一部分,所述单一疗法方案偶然地和不定地导致本发明的联合。“联合疗法”意在包括以顺次的方式施用这些治疗剂,也就是说,其中每种治疗剂在不同的时间施用,以及以基本上同时的方式施用这些治疗剂或所述治疗剂中的至少两种。基本上同时施用可以例
如通过下列方式来完成:将具有固定比例的每种治疗剂的单个胶囊或者将多个关于每种治
疗剂的单胶囊施用给受试者。
[0295] 治疗剂的顺次施用或基本上同时施用可以通过任何合适的途径来实现,包括但不限于局部途径、口服途径、静脉内途径、肌内途径和经过粘膜组织的直接吸收。治疗剂可以通过相同的途径或通过不同的途径来进行施用。例如,治疗有效试剂的特定联合的第一种
治疗剂可以通过注射施用,而该联合中的另一或其他治疗剂可以局部施用。
[0296] 备选地,例如,所有治疗剂可以局部施用或者所有治疗剂可以通过注射施用。治疗剂的施用顺序不是重要的,除非另外说明。如果联合疗法还包括非药物治疗,则该非药物治疗可以在任何合适的时间进行,只要能实现从治疗剂和非药物治疗的联合中获得有益效
应。例如,在适当的情况下,当非药物治疗在时间上延缓可能几天或甚至几周,而仍施用治疗剂时,仍然可能达到有益效应。
[0297] 如在上述通用术语中所论述的,根据本发明的药剂原则上可以以本领域技术人员已知的任何形式施用。优选的施用途径是全身性施用,更优选地,其通过肠胃外施用,优选通过注射来进行。备选地,所述药剂可以局部施用。其他施用途径包括肌内、腹膜内、皮下、经口、鼻内、气管内和肺部施用,优先选择侵入性最低并同时确保效力的施用途径。
[0298] 肠胃外施用通常用于皮下、肌内或静脉内注射和输注。另外,一种用于肠胃外施用的方法采用了缓释或持续释放系统的植入,其确保维持恒定的剂量水平,并且是本领域技术人员熟知的。
[0299] 此外,本发明的优选药剂可以通过局部使用合适的鼻内媒介物(vehicle)、吸入剂来通过鼻内途径进行施用,或者可以采用那些本领域技术人员所熟知的
透皮贴剂的形式通过透皮途径进行施用。为了以透皮递送系统的形式施用,在整个给药方案过程中,剂量的施用将通常是连续的而不是间歇性的。其他优选的局部制剂包括乳膏剂、
软膏剂、洗剂、气雾喷雾剂和凝胶剂,其中活性成分的浓度的范围通常将是0.01%至15%(w/w或w/v)。
[0300] 本发明的药剂将会通常包含对于所述疗法来说有效的量的活性组分,包括但不限于本发明的核酸分子,其优选地溶解或分散于药学上可接受的介质中。药学上可接受的介
质或载体包括任何和所有的
溶剂、分散介质、包衣、抗细菌和抗真菌剂、等渗剂和吸收延迟剂等。对于药学活性物质使用此类介质和试剂是本领域熟知的。补充的活性成分也可以掺
入到本发明的药剂中。
[0301] 在进一步的方面,本发明涉及药物组合物。此类药物组合物包含至少一种根据本发明的核酸,和优选地包含药学上可接受的媒介物。此类媒介物可以是本领域使用的和/
或已知的任何媒介物或任何
粘合剂。更特别地,此类粘合剂或媒介物是任何在关于本文所
公开的药剂的制备时所论述的粘合剂或媒介物。在进一步的实施方案中,所述药物组合物
包含另外的药物学活性试剂。
[0302] 根据本公开内容,药剂和药物组合物的制备分别是本领域技术人员已知的。通常,此类组合物可以制备成注射剂(作为液体溶液或悬浮液);制备成适合于在注射前溶解或悬浮于液体中的固体形式;制备成用于口服施用的片剂或其他固体剂;制备成定时释放胶
囊;或制备成当前使用的任何其他形式,包括滴眼剂、乳膏剂、洗剂、油膏剂、吸入剂等。由外科医生、内科医生或卫生保健工作者使用无菌制剂(例如基于盐水的洗液)来处理手术区
中的特殊区域也可以是特别有用的。组合物也可以通过微型装置、微颗粒或海绵进行递送。
[0303] 在该情形中,待施用的活性成分的量和组合物的体积取决于待治疗的个体或受试者。对于施用而言所必需的活性化合物的具体量取决于从业者的判断,并且对于每个个体
是特殊的。
[0304] 通常利用对于分散活性化合物而言所必需的最小体积的药剂。合适的施用方案也是可变的,但是典型的是:最初施用所述化合物并监测结果,然后以进一步的时间间隔提供进一步的受控剂量。
[0305] 例如,对于以片剂或胶囊(例如明胶胶囊)形式的口服施用,活性药物组分即根据本发明的核酸分子和/或任何另外的药学活性试剂(在本文中也将其统称为治疗剂或活性
化合物)可以与口服的、无毒的、药学上可接受的和优选地惰性的载体例如
乙醇、甘油、水等相组合。而且,当期望或需要时,也可以将合适的粘合剂、
润滑剂、崩解剂和
着色剂掺入到混合物中。合适的粘合剂包括淀粉,
硅酸镁
铝,淀粉浆,明胶,甲基
纤维素,羧甲基
纤维素钠和/或聚乙烯吡咯烷酮,天然糖类例如葡萄糖或β-乳糖,玉米增甜剂,天然和合成的树
胶例如阿拉伯胶、黄蓍胶或藻酸钠,聚乙二醇,蜡等。在这些剂型中使用的润滑剂包括油酸钠、
硬脂酸钠、硬脂酸镁、苯
甲酸钠、乙酸钠、
氯化钠、
二氧化硅、滑石、硬脂酸、它的镁盐或钙盐和/或聚乙二醇等。崩解剂包括但不限于,淀粉、甲基纤维素、琼脂、
膨润土、黄原胶淀粉、琼脂、藻酸或其钠盐、或泡腾混合物等。稀释剂包括例如乳糖、右旋糖、蔗糖、甘露醇、山梨糖醇、纤维素和/或甘氨酸。
[0306] 根据本发明的药剂还可以以诸如定时释放和持续释放片剂或胶囊、丸剂、粉剂、颗粒剂、酏剂、酊剂、混悬剂、糖浆剂和乳剂的口服剂型来进行施用。有利地,由脂肪乳浊液或悬浮液来制备栓剂。
[0307] 根据本发明的药物组合物或药剂可以是经灭菌的和/或含有辅助剂,例如防腐剂、稳定剂、润湿剂或乳化剂、溶液促进剂(solution promoter)、用于调节渗透压的盐和/或缓冲剂。另外,它们还可以包含其他在治疗上有价值的物质。所述组合物根据传统的混
合、粒化或包覆方法来制备,并且通常含有大约0.1%至75%,优选地大约1%至50%的活
性成分。
[0308] 液体的(特别是可注射的)组合物可以例如通过溶解、分散等来制备。将活性化合物溶解在药学上纯的溶剂(例如水、盐水、含水右旋糖、甘油、乙醇等)中或与之混合从而形成可注射的溶液或悬浮液。另外,可以配制适合于在注射前溶解于液体中的固体形式。
[0309] 对于固体组合物,赋形剂包括药物级的甘露醇、乳糖、淀粉、硬脂酸镁、糖精钠、滑石、纤维素、葡萄糖、蔗糖、
碳酸镁等。还可以
用例如聚亚烷基二醇如丙二醇作为载体将上文限定的活性化合物配制成栓剂。在一些实施方案中,栓剂有利地由脂肪乳浊液或悬浮液制备。
[0310] 各自地,本发明的药剂和核酸分子也可以以脂质体递送系统例如小
单层囊泡、大单层囊泡和多层囊泡的形式进行施用。脂质体可以由各种磷脂(包含胆固醇、硬脂胺或磷
脂酰胆碱)形成。在一些实施方案中,将脂质组分的
薄膜与药物水溶液水合以形成包囊该
药物的脂质层,这是本领域技术人员熟知的。例如,可以作为用本领域已知方法构建的与亲脂化合物或非免疫原性高分子量化合物的复合物来提供根据本发明的核酸分子。另外,脂
质体可以在它们的表面上携带此类核酸分子,以便用于靶向和在内部携带细胞毒性试剂来
介导细胞杀死。核酸相关的复合物的实例在美国专利号6,011,020中提供。
[0311] 各自地,本发明的药剂和核酸分子也可以与作为可靶向的药物载体的可溶性聚合物相偶联。此类聚合物可以包括聚乙烯吡咯烷酮、吡喃共聚物、聚羟丙基-甲基丙烯酰
胺-
苯酚、聚羟乙基天冬酰胺苯酚(polyhydroxyethylaspanamidephenol)或聚环氧乙烷
聚赖氨酸,其用棕榈酰残基取代。此外,各自地,本发明的药剂和核酸分子可以偶联至一类可用于实现药物的受
控释放的生物可降解的聚合物,例如聚乳酸、聚ε-己内酯、聚羟基丁酸、聚原酸酯、聚缩
醛类、聚二氢吡喃类、聚氰基
丙烯酸酯类以及水凝胶的交联或两亲性的嵌段共聚物。
[0312] 如果需要,各自地,待施用的药物组合物和药剂还可以含有一些量,通常较少量的非毒性辅助物质,例如润湿剂或乳化剂、pH缓冲剂以及其他物质例如乙酸钠和三乙醇胺油酸酯。
[0313] 各自使用本发明的核酸分子和药剂的给药方案可以根据多种因素进行选择,包括患者的类型、物种、年龄、体重、性别和医学状况;待治疗的病状的严重度;施用途径;患者的肾脏和肝脏的功能;以及所采用的特定的根据本发明的核酸或其盐。普通医师或兽医能
够容易地确定和规定对于预防、对抗或阻止病状进展而言所需的药物的有效量。
[0314] 在治疗本文所公开的任何疾病中,根据本发明的核酸的有效血浆水平的范围优选地为500fM至500μM。
[0315] 各自地,本发明的核酸分子和药剂可优选地以单次日剂量、每两天或每三天、每周、每两周、以单次月剂量或者每三个月进行施用。
[0316] 在本发明范围内的是,本文所描述的药剂组成了本文所公开的药物组合物。
[0317] 在进一步的方面,本发明涉及用于治疗需要这种治疗的受试者的方法,其中该方法包括施用药学有效量的至少一种根据本发明的核酸。在一个实施方案中,受试者患有
疾病或处于发展出此类疾病的风险中,其中所述疾病是本文所公开的那些疾病中的任何一
种,特别是在关于任何根据本发明的核酸用于制备药剂的用途时所公开的那些疾病中的任
何一种。
[0318] 应当理解,根据本发明的核酸以及拮抗剂不仅可用作药剂或用于制备药剂,而且还可用于美容目的,特别是与海帕西啶参与发炎的区域性
皮肤损害有关的美容目的。因此,可使用根据本发明的核酸、药剂和/或药物组合物来治疗或预防的其他病状或疾病是发炎
的区域性皮肤损害。
[0319] 如本文中优选地使用的,诊断或诊断剂或诊断工具适合于直接或间接地检测海帕西啶,优选地本文所描述的海帕西啶,和更优选地本文中在关于本文所描述的各种病症和
疾病时所描述的海帕西啶。该诊断适合于检测和/或随访任何各自在本文中所描述的病症
和疾病。此类检测通过根据本发明的核酸与海帕西啶的结合而成为可能。可以直接或间接
地检测这种结合。相应的方法和工具是本领域技术人员已知的。尤其是,根据本发明的核
酸可以包含标记,所述标记使得能够检测根据本发明的核酸,优选地结合至海帕西啶的核
酸。此类标记优选地选自包括
放射性标记、酶标记和
荧光标记的组。原则上,所有已知的
对于抗体而开发的测定法都可采用并进行调整以用于根据本发明的核酸,其中将靶结合性
抗体替换成本发明的靶结合性核酸。在使用未标记的靶结合性抗体的抗体-测定法中,所
述检测优选地通过二抗来进行,所述二抗用放射性标记、酶标记和荧
光标记进行修饰并且
在所述靶结合性抗体的Fc-
片段处结合所述靶结合性抗体。在核酸,优选地根据本发明的
核酸的情形下,所述核酸用这样的标记进行修饰,其中优选地,此类标记选自包括生物素、Cy-3和Cy-5的组,并且此类标记通过针对此类标记的抗体例如抗生物素抗体、抗-Cy3抗体
或抗-Cy5抗体来进行检测,或者在所述标记是生物素的情况下,该标记通过天然结合生物
素的链霉抗生物素蛋白或抗生物素蛋白来进行检测。继而,将此类抗体、链霉抗生物素蛋白或抗生物素蛋白优选地用相应的标记例如放射性标记、酶标记或荧光标记进行修饰,如同
允许进行其检测的二抗一样。
[0320] 在进一步的实施方案中,根据本发明的核酸分子通过第二种检测工具进行检测或分析,其中所述第二种检测工具是分子信标。分子信标的方法学是本领域技术人员已知的。
[0321] 简而言之,核酸探针(其也称为分子信标)是待检测的核酸的反向互补序列并因而与待检测的核酸的部分或整体杂交。在结合至待检测的核酸后,分子信标的荧光基团分
开,这导致荧
光信号的变化,优选地为强度的变化。这种变化与待检测的核酸的量相关。
[0322] 将会理解,用根据本发明的核酸来检测海帕西啶将特别使得能够检测本文所定义的海帕西啶。
[0323] 关于海帕西啶的检测,优选的方法包括下列步骤:
[0324] (a)提供样品,其待就海帕西啶的存在进行检测,
[0325] (b)提供根据本发明的核酸,
[0326] (c)让所述样品与所述核酸反应,优选地在反应容器中进行反应,
[0327] 其中步骤(a)可以在步骤(b)之前进行,或者步骤(b)可以在步骤(a)之前进行。
[0328] 在一个优选的实施方案中,提供了另外的步骤d),其在于检测所述核酸是否已经与海帕西啶反应。优选地,将步骤b)的核酸固定至表面。该表面可以是反应容器例如反应
管、平板上的孔的表面,或者可以是包含于此类反应容器中的装置(例如珠)的表面。将核
酸固定至表面可以通过任何本领域技术人员已知的手段来完成,包括但不限于非共价或共
价连接。优选地,通过在表面和核酸之间的共价化学键来建立连接。然而,同样也在本发明范围内的是,将核酸间接地固定至表面,其中此类间接固定涉及使用另外的组分或一对相
互作用伙伴(interaction partners)。此类另外的组分优选地为与待固定的核酸特异性地
相互作用的化合物(其也称为相互作用伙伴),并因而介导核酸附着至该表面。相互作用伙
伴优选地选自包括核酸、多肽、蛋白质和抗体的组。优选地,相互作用伙伴为抗体,更优选地为单克隆抗体。备选地,相互作用伙伴为核酸,优选地为功能性核酸。更优选地,此类功能性核酸选自适体、镜像异构适体和至少与该核酸部分互补的核酸。在进一步的备选的实施方
案中,核酸与表面的结合由多分体相互作用伙伴(multi-partite interaction partner)
介导。此类多分体相互作用伙伴优选地为由第一个成员和第二个成员组成的一对相互作用
伙伴或一个相互作用伙伴,其中第一个成员包含在该核酸中或与其相附着,而第二个成员
附着至该表面或包含在该表面内。多分体相互作用伙伴优选地选自包括生物素和抗生物
素蛋白、生物素和链霉抗生物素蛋白、以及生物素和中性链霉抗生物素蛋白(neutravidin)的相互作用伙伴对。优选地,所述相互作用伙伴对的第一个成员是生物素。
[0329] 此类用于检测海帕西啶的方法的优选的结果是形成了海帕西啶和所述核酸的经固定的复合物,其中更优选地,检测到所述复合物。在实施方案范围内的是,检测出包含于该复合物中或从该复合物中释放出的海帕西啶。
[0330] 适合于检测所述海帕西啶的相应的检测工具是任何对于海帕西啶特异的检测工具。特别优选的检测工具是选自包括核酸、多肽、蛋白质和抗体的组的检测工具。
[0331] 根据本发明的用于检测海帕西啶的方法还包括将样品从已经优选地用于实施步骤c)的反应容器中移除。
[0332] 在进一步的实施方案中,本发明的方法还包括将海帕西啶的相互作用伙伴固定在表面(优选地,如上定义的表面)上的步骤,其中该相互作用伙伴是如本文中定义的,和优
选地如上面在关于相应的方法时所定义的,并且更优选地在它们的各种实施方案中包括核
酸、多肽、蛋白质和抗体。在这个实施方案中,特别优选的检测工具是根据本发明的核酸,其中此类核酸可为经标记的或未标记的。在此类核酸为经标记的情况下,所述核酸包含检测
标记。此类检测标记可以直接或间接地被检测。在本文所描述的各种实施方案中,此类检
测也可以涉及第二种检测工具的使用,所述第二种检测工具也优选地选自包括核酸、多肽、蛋白质和抗体的组。此类第二种检测工具优选地为对于根据本发明的核酸是特异性的,并
且在根据本发明的核酸包含检测标记的情况下,此类第二种检测工具为对于所述检测标记
是特异性的。在更优选的实施方案中,第二种检测工具是分子信标。同样也在本发明范围
内的是,第二种检测工具在优选的实施方案中包含检测标记。不论其是否被根据本发明的
核酸或第二种检测工具所包含,所述检测标记优选地选自包括生物素、溴脱氧尿苷标记、洋地黄毒苷标记、荧光标记、UV-标记、放射性标记和螯合剂分子的组。特别优选的组合如下:
[0333] 附着至根据本发明的核酸的检测标记是生物素而第二种检测工具是针对生物素的抗体,或其中
[0334] 附着至根据本发明的核酸的检测标记是生物素而第二种检测工具是抗生物素蛋白或携带抗生物素蛋白的分子,或其中
[0335] 附着至根据本发明的核酸的检测标记是生物素而第二种检测工具是链霉抗生物素蛋白或携带链霉抗生物素蛋白的分子,或其中
[0336] 附着至根据本发明的核酸的检测标记是生物素而第二种检测工具是中性链霉抗生物素蛋白或携带中性链霉抗生物素蛋白的分子,或其中
[0337] 附着至根据本发明的核酸的检测标记是溴脱氧尿苷而第二种检测工具是针对溴脱氧尿苷的抗体,或其中
[0338] 附着至根据本发明的核酸的检测标记是洋地黄毒苷而第二种检测工具是针对洋地黄毒苷的抗体,或其中
[0339] 附着至根据本发明的核酸的检测标记是螯合剂而第二种检测工具是
放射性核素,
[0340] 其中优选的是,所述检测标记附着至根据本发明的核酸。
[0341] 应当理解,这些类型的组合也可应用于其中根据本发明的核酸附着至表面的实施方案。在此类实施方案中,优选的是,检测标记附着至第二种检测工具,即优选地相互作用伙伴。
[0342] 最后,同样也在本发明范围内的是,用第三种检测工具检测第二种检测工具,优选地,第三种检测工具是酶,更优选地在与第二种检测工具反应后显示出酶促反应的酶。备选地,第三种检测工具是用于检测
辐射(更优选地,由附着至根据本发明的核酸或第二种检测工具(优选地,第二种检测工具)的放射性核素发射的辐射)的工具。优选地,第三种检
测工具特异性地检测第二种检测工具和/或与第二种检测工具相互作用。
[0343] 此外,在将海帕西啶的相互作用伙伴固定在表面上并将根据本发明的核酸优选地加入至在所述相互作用伙伴和所述海帕西啶之间形成的复合物中的实施方案之中,可以将
样品从反应体系中移除,更优选地从在其中进行步骤c)和/或d)的反应容器中移除。
[0344] 在一个实施方案中,根据本发明的核酸包含荧光部分,并且其中该荧光部分的荧光在一方面在所述核酸与海帕西啶之间形成复合物时和在另一方面在所述核酸和游离的
海帕西啶的情况下是不同的。
[0345] 在进一步的实施方案中,在根据本发明的用于检测海帕西啶的方法中所使用的核酸是根据本发明的核酸的衍生物,其中所述核酸的衍生物包含至少一种腺苷的荧光衍生物
以替换腺苷。在优选的实施方案中,所述腺苷的荧光衍生物是亚乙烯基腺苷。
[0346] 在进一步的实施方案中,利用荧光来检测由根据本发明的核酸的衍生物和海帕西啶组成的复合物。
[0347] 在所述方法的一个实施方案中,信号在步骤(c)或步骤(d)中产生,并且优选地,所述信号与样品中海帕西啶的浓度相关。
[0348] 在一个优选的实施方案中,所述方法可以在96孔平板中进行,其中将组分固定在如上描述的反应容器中并且将孔用作反应容器。
[0349] 本发明的核酸可以进一步用作用于药物设计的起始材料。主要存在两种可能的方法。一种方法是筛选化合物文库,其中此类化合物文库优选地为低分子量化合物文库。在
一个实施方案中,所述筛选是高通量筛选。优选地,高通量筛选是在基于靶标的测定法中对化合物进行快速且有效的试错法(trial-and-error)评估。在最好的情况下,基于靶标的
测定法的测定法形式基于比色测量法。与之相关地使用的文库是本领域技术人员已知的。
[0350] 备选地,根据本发明的核酸可用于药物的合理设计。优选地,合理药物设计是设计药物学先导结构。从靶标的三维结构开始,用
计算机程序把包含许多不同化合物的结构的
数据库搜索一遍,所述三维结构通常通过诸如
X射线晶体学或
核磁共振光谱学之类的方法
来确定。该选择通过计算机来完成,随后可在实验室中测试所确定的化合物。
[0351] 合理药物设计可以从任何根据本发明的核酸开始,并涉及与本发明的核酸的结构相似的或者与本发明的核酸的结构中的介导所述核酸与靶标(即海帕西啶)结合的那部分
相同的结构,优选地三维结构。在合理药物设计中的进一步的步骤中或作为备选的步骤,用不同于核苷酸和核酸的化学基团来模拟结合至海帕西啶的所述核酸的那些部分的(优选
地)三维结构。通过这种模拟,可以设计出不同于根据本发明的核酸的化合物。此类化合
物优选地为小分子或肽。
[0352] 在例如通过使用本领域技术人员已知的竞争性测定法来筛选化合物文库的情况下,可发现合适的海帕西啶类似物、海帕西啶激动剂或海帕西啶拮抗剂。这种竞争性测定法可以如下建立。将本发明的核酸(优选地,作为结合靶标的L-核酸的镜像异构适体)偶联
至固相。为了鉴定海帕西啶类似物,可以将经标记的海帕西啶加入至该测定法。潜在的类
似物将与海帕西啶分子竞争结合该镜像异构适体,这将伴随有通过相应标记获得的信号的
减少。筛选激动剂或拮抗剂可以涉及使用本领域技术人员已知的细胞培养测定法。
[0353] 根据本发明的试剂盒可以包含至少一种或几种本发明的核酸。另外,所述试剂盒可以包含至少一种或几种阳性或阴性对照。阳性对照可以例如是海帕西啶,特别是被本发
明的核酸结合的海帕西啶,其中优选地,阳性对照以液体或冻干的形式存在。阴性对照可以例如是根据类似于海帕西啶的生物物理学性质而限定的肽,但是其不会被本发明的核酸所
识别。此外,所述试剂盒可以进一步包含一种或几种缓冲液。各种成分可以以干燥或冻干
的形式包含在该试剂盒中,或者可以溶解或分散在液体中。所述试剂盒还可以进一步包括
一个或几个容器,所述容器继而可以包含一种或几种该试剂盒的成分。在更进一步的实施
方案中,所述试剂盒进一步包括
说明书或说明书散页,其将有关如何使用试剂盒及其各种
成分的信息提供给使用者。
[0354] 对在人体或非人体的数种体液、组织和器官中的根据本发明的核酸进行定量对于评估根据本发明的核酸的药物动力学和药效动力学特性来说是必需的。为此目的,可以采
用使用根据本发明的核酸的任何本文所公开的或本领域技术人员已知的检测方法。在本发
明的进一步的方面,提供了用于检测根据本发明的核酸的夹心杂交测定法。关于此类夹心
杂交测定法,使用捕获探针和检测探针。所述捕获探针与根据本发明的核酸的第一部分基
本上互补,而所述检测探针与根据本发明的核酸的第二部分基本上互补。捕获探针和检测
探针均可以由DNA核苷酸、经修饰的DNA核苷酸、经修饰的RNA核苷酸、RNA核苷酸、LNA核
苷酸和/或PNA核苷酸形成。
[0355] 因此,捕获探针包含与根据本发明的核酸的5’-末端基本上互补的核苷酸序列段,而检测探针包含与根据本发明的核酸的3’-末端基本上互补的核苷酸序列段。在该情
况下,将捕获探针经由其5’-末端固定至表面或基质,其中该捕获探针可以在其5’-末端
处直接固定,或者经由在其5’-末端和表面或基质之间的连接体进行固定。然而,原则上,所述连接体可以连接至捕获探针的每个核苷酸。所述连接体可以由亲水性连接体形成,或
者由D-DNA核苷酸、经修饰的D-DNA核苷酸、D-RNA核苷酸、经修饰的D-RNA核苷酸、D-LNA
核苷酸、PNA核苷酸、L-RNA核苷酸、L-DNA核苷酸、经修饰的L-RNA核苷酸、经修饰的L-DNA核苷酸和/或L-LNA核苷酸形成,正如本领域技术人员所已知的。
[0356] 备选地,捕获探针可以包含与根据本发明的核酸的3’-末端基本上互补的核苷酸序列段,而检测探针包含与根据本发明的核酸的5’-末端基本上互补的核苷酸序列段。在
该情况下,将捕获探针经由其3’-末端固定至表面或基质,其中该捕获探针可以在其3’-末端处直接固定,或者经由在其3’-末端和表面或基质之间的连接体进行固定。然而,原则
上,所述连接体可以连接至与根据本发明的核酸基本上互补的核苷酸序列段的每个核苷
酸。所述连接体可以由亲水性连接体形成,或者由D-DNA核苷酸、经修饰的D-DNA核苷酸、
D-RNA核苷酸、经修饰的D-RNA核苷酸、D-LNA核苷酸、PNA核苷酸、L-RNA核苷酸、L-DNA核
苷酸、经修饰的L-RNA核苷酸、经修饰的L-DNA核苷酸和/或L-LNA核苷酸形成,正如本领
域技术人员所已知的。
[0357] 各自地可以与根据本发明的核酸杂交的捕获探针和检测探针的核苷酸数目是可变的并且可依赖于捕获探针和/或检测探针和/或根据本发明的核酸自身的核苷酸数目。
可与根据本发明的核酸杂交的捕获探针和检测探针的核苷酸总数目的最大值应该是根据
本发明的核酸所包含的核苷酸数目。检测探针和捕获探针的各自独立的核苷酸的最小数目
(通常为2至10个核苷酸)应该使得能够分别与根据本发明的核酸的5’-末端或3’-末
端杂交。
[0358] 此外,检测探针优选地携带有本文先前所描述的可检测的标志物分子或标记。原则上,所述标记或标志物分子可以连接至检测探针的每个核苷酸或检测探针的每个部分。
优选地,所述标记或标志物位于检测探针的5’-末端或3’-末端,其中在与根据本发明的核酸互补的检测探针内的核苷酸和所述标记之间可以插入连接体。所述连接体可以由亲水性
连接体形成,或者由D-DNA核苷酸、经修饰的D-DNA核苷酸、D-RNA核苷酸、经修饰的D-RNA
核苷酸、D-LNA核苷酸、PNA核苷酸、L-RNA核苷酸、L-DNA核苷酸、经修饰的L-RNA核苷酸、经修饰的L-DNA核苷酸和/或L-LNA核苷酸形成,正如本领域技术人员所已知的。
[0359] 在用于检测海帕西啶的方法的一个实施方案中,根据本发明的核酸的检测可以如下进行:
[0360] 将根据本发明的核酸以其一端与捕获探针杂交,并且以其另一端与检测探针杂交。然后,通过例如一个或多个洗涤步骤来去除未结合的检测探针,即未与根据本发明的核酸结合的检测探针。随后,例如如在WO/2008/052774(其通过提及而合并入本文)中更详细
地概括的,可以测量结合的检测探针的量,所述检测探针优选地携带有标记或标记物分子。
[0361] 如本文中优选地使用的,术语“治疗”在一个优选的实施方案中另外地或备选地包括预防和/或随访。
[0362] 如本文中优选地使用的,如果没有指出与此相反,术语“疾病”和“病症”应当可互换地进行使用。
[0363] 如本文中所使用的,术语“包含”优选地无意于限制该术语前面的主题或由该术语所描述的主题。然而,在一个备选的实施方案中,术语“包含”应当以容纳的含义理解,并因而理解为限制了该术语前面的主题或由该术语所描述的主题。
[0364] 本文所使用的根据本发明的核酸分子和靶分子海帕西啶的各个SEQ ID No.、化学性质,其实际序列,以及内部参考号概括在下表中。
[0365]
[0366]
[0367]
[0368]
[0369]
[0370]
[0371]
[0372]
[0373]
[0374]
[0375]
[0376] 本发明通过
附图、实施例和
序列表来进一步举例说明,从这些附图、实施例和序列表中可获得另外的特征、实施方案和优点,其中
[0377] 图1和2显示了A型结合海帕西啶的核酸的序列的比对;
[0378] 图3显示了A型结合海帕西啶的核酸223-C5-001的衍生物;
[0379] 图4显示了A型结合海帕西啶的核酸229-B1-001的衍生物;
[0380] 图5显示了B型结合海帕西啶的核酸的序列的比对;
[0381] 图6显示了B型结合海帕西啶的核酸238-D4-001的衍生物;
[0382] 图7显示了C型结合海帕西啶的核酸的序列的比对;
[0383] 图8显示了C型结合海帕西啶的核酸238-C4-001的衍生物;
[0384] 图9显示了其他结合海帕西啶的核酸的序列的比对;
[0385] 图10显示了关于结合海帕西啶的核酸223-C5-001、229-B1-002、238-C4-006、238-D4-001和238-D4-008与人海帕西啶-25、食蟹猴海帕西啶-25、狨海帕西啶-25、小鼠
海帕西啶-25和大鼠海帕西啶-25的结合的数据;
[0386] 图11显示了关于结合海帕西啶的核酸223-C5-001、229-B1-002、238-C4-006、238-D4-001和238-D4-008与人海帕西啶-25、海帕西啶-22和海帕西啶-20的结合的数
据;
[0387] 图12显示了关于结合海帕西啶的核酸223-C5-001-5’-PEG、229-B1-002-5’-PEG、238-C4-006-5’-PEG、238-D4-002-5’-PEG和238-D4-008-5’-PEG与人海帕西啶-25的结
合的数据;
[0388] 图13显示了Biacore 2000传感图(sensorgram),其指明了在37℃下,A型结合海帕西啶的核酸223-C5-001的适体与生物素化的人D-海帕西啶-25结合的KD值,其中所
述生物素化的人D-海帕西啶在37℃下通过链霉抗生物素蛋白偶联过程而固定在缀合有链
霉抗生物素蛋白的
传感器芯片上,表示为随时间而变化的响应(RU);
[0389] 图14和15显示了用于互相比较结合海帕西啶的核酸并鉴定出最好的结合海帕西啶的核酸的分级试验的结果,其中A型结合海帕西啶的核酸223-C5-001是经标记的,并且
于37℃分别在10、50或250nM未标记的竞争者RNA(不同类型的结合海帕西啶的核酸)存
在下进行核酸223-C5-001与生物素化的人D-海帕西啶-25的结合,表示为随生物素化的
人D-海帕西啶-25的浓度而变化的223-C5-001的结合(“竞争性pull-down测定法”);
[0390] 图16显示了Biacore 2000传感图,其指明了在37℃下,A型结合海帕西啶的核酸229-B1-001的适体与生物素化的人D-海帕西啶-25结合的KD值,其中所述生物素化的人
D-海帕西啶-25在37℃下通过链霉抗生物素蛋白偶联过程而固定在缀合有链霉抗生物素
蛋白的传感器芯片上,表示为随时间而变化的响应(RU);
[0391] 图17A/17B显示了镜像异构适体223-C5-001-5’-PEG、238-D4-008-5’-氨基和238-D4-008-5’-PEG(=NOX-H94)对于人海帕西啶-25对铁诱导的膜铁转运蛋白上调的效
应所产生的影响,其中在用人海帕西啶-25或海帕西啶-25+镜像异构适体进行刺激后从
J774.1细胞获得的裂解物通过SDS-凝胶
电泳来分开,并通过使用针对小鼠膜铁转运蛋白
的抗体的Western印迹法来进行分析;
[0392] 图18显示了在体内镜像异构适体223-C5-001-5’-PEG对于海帕西啶活性的效应,其中通过在注射人海帕西啶之前施用镜像异构适体223-C5-001-5’-PEG而完全阻断了由
人海帕西啶引起的血清铁的降低;
[0393] 图19显示了Biacore 2000传感图,其指明了在37℃下,结合海帕西啶的核酸NOX-H94(=238-D4-008-5’-PEG)的镜像异构适体与生物素化的人L-海帕西啶结合的KD
值,其中所述生物素化的人L-海帕西啶在37℃下通过链霉抗生物素蛋白偶联过程而固定
在缀合有链霉抗生物素蛋白的传感器芯片上,表示为随时间而变化的响应(RU);
[0394] 图20显示了在体内镜像异构适体NOX-H94(=238-D4-008-5’-PEG)对于海帕西啶活性的效应,其中通过在注射人海帕西啶之前施用镜像异构适体NOX-H94(=
238-D4-008-5’-PEG)而完全阻断了由人海帕西啶引起的血清铁的降低;
[0395] 图21显示了镜像异构适体NOX-H94(=238-D4-008-5’-PEG)在炎症性贫血的动物模型(食蟹猴)中的效应,其中IL-6诱导海帕西啶分泌,这随后在非人灵长类中导
致贫血;在该试验中,人IL-6致使血清铁浓度降低至经媒介物/IL-6处理的猴的给药前
(predose)值的27%,通过在注射人IL-6之前施用镜像异构适体238-D4-008-5’-PEG完全
阻断了该血清铁的降低。
[0396] 实施例1:结合人海帕西啶的核酸
[0397] 通过使用生物素化的人D-海帕西啶-25作为靶标,可以产生数种结合人海帕西啶(特别地,人海帕西啶-25、人海帕西啶-22和人海帕西啶-20)的核酸:它们的核苷酸序列
描绘在图1至9中。这些核酸如下进行表征:采用使用生物素化的人D-海帕西啶-25的直
接pull-down测定法(实施例3)、竞争性pull-down测定法(实施例3)和/或表面等离子
共振测量(实施例4)在适体(即D-核酸)水平上进行表征,或者使用人海帕西啶-25的
天然构型(人L-海帕西啶-25)在竞争性pull-down测定法(实施例3)、表面等离子共振
测量(实施例4)、体外测定法(实施例5)和/或体内测定法(实施例6和7)中在镜像异
构适体(即L-核酸)水平上进行表征。如实施例2中所描述的来合成所述镜像异构适体
和适体。
[0398] 如此产生的核酸分子显示出不同的序列基序,其中鉴定出了三种主要类型,并将它们定义为A型、B型和C型结合海帕西啶的核酸且描绘在图1至8中。
[0399] 对于核苷酸序列基序的定义,使用了IUPAC缩写以用于不确定的核苷酸:
[0400] S 强 G或C;
[0401] W 弱 A或U;
[0402] R 嘌呤 G或A;
[0403] Y 嘧啶 C或U;
[0404] K 酮基 G或U;
[0405] M 亚氨基 A或C;
[0406] B 非A C或U或G;
[0407] D 非C A或G或U;
[0408] H 非G A或C或U;
[0409] V 非U A或C或G;
[0410] N 全部 A或G或C或U。
[0411] 如果未指明与此相反,则任何核酸序列或者序列段和盒的序列都分别以5’->3’的方向显示。
[0412] 1.1A型结合海帕西啶的核酸
[0413] 如在图1、图2、图3和图4中所描绘的,A型结合海帕西啶的核酸包含一个中央核苷酸序列段,其中所述中央核苷酸序列段包含至少两个定义了潜在的海帕西啶结合性基序
的核苷酸序列段(在本文中也称为核苷酸盒):第一核苷酸序列段盒A和第二核苷酸序列
段盒B。
[0414] 所述第一核苷酸序列段盒A和第二核苷酸序列段盒B通过连接性核苷酸序列段而互相连接。
[0415] 在所述连接性核苷酸序列段中,一些核苷酸可以相互杂交,其中在杂交后形成双链结构。但是,此类杂交并不一定在该分子中给出。
[0416] 一般地,A型结合海帕西啶的核酸在其5’-末端和3’-末端处包含末端核苷酸序列段:第一末端核苷酸序列段和第二末端核苷酸序列段。所述第一末端核苷酸序列段和第
二末端核苷酸序列段可以相互杂交,其中在杂交后形成双链结构。但是,此类杂交并不一定在该分子中给出。
[0417] A型结合海帕西啶的核酸的五个核苷酸序列段(盒A、盒B、连接性核苷酸序列段、第一末端核苷酸序列段和第二末端核苷酸序列段)可以不同地相互排列:第一末端核苷酸
序列段-盒A-连接性核苷酸序列段-盒B-第二末端核苷酸序列段,或者第一末端核苷酸
序列段-盒B-连接性核苷酸序列段-盒A-第二末端核苷酸序列段。
[0418] 但是,A型结合海帕西啶的核酸的五个核苷酸序列段(盒A、盒B、连接性核苷酸序列段、第一末端核苷酸序列段和第二末端核苷酸序列段)也可以如下相互排列:第二末端
核苷酸序列段-盒A-连接性核苷酸序列段-盒B-第一末端核苷酸序列段,或者第二末端
核苷酸序列段-盒B-连接性核苷酸序列段-盒A-第一末端核苷酸序列段。
[0419] 所定义的盒或核苷酸序列段的序列可能在A型结合海帕西啶的核酸之间不同,这影响对于人海帕西啶(特别地,人海帕西啶-25)的结合亲和力。基于不同的A型结合海帕
西啶的核酸的结合分析,下文中所描述的盒A和盒B以及其核苷酸序列独个地,更优选地以
其整体地对于结合人海帕西啶(特别地,人海帕西啶-25)来说是必需的。
[0420] 根据本发明的A型结合海帕西啶的核酸显示在图1至4中。它们均作为适体和/或镜像异构适体而就其结合人海帕西啶-25(更精确地,分别生物素化的人D-海帕西啶-25
和生物素化的人L-海帕西啶-24)的能力进行测试。特征在于其与人海帕西啶-25的结合
亲和力的第一种A型结合海帕西啶的核酸为结合海帕西啶的核酸223-C5-001。通过表面
等离子共振测量来测定关于人海帕西啶-25的平衡结合常数KD(用适体序列测定的KD=
1.2nM,图13;用镜像异构适体序列测定的KD=2.7nM,图11)。除了人海帕西啶-25之外,
结合海帕西啶的核酸223-C5-001以几乎相同的结合亲和力结合人海帕西啶-20(图11)。
[0421] A型结合海帕西啶的核酸223-C5-001的衍生物223-C5-002、223-C5-007和223-C5-008在竞争性pull-down测定法中显示出相比于A型结合海帕西啶的核酸
223-C5-001而言降低的结合亲和力(图3)。实际上,结合海帕西啶的核酸223-C5-006在
相同的测定法形式中显示出与223-C5-001类似的与人海帕西啶-25的结合(图3)。
[0422] A型结合海帕西啶的核酸223-B5-001、223-A5-001、223-A3-001、223-F5-001、223-G4-001、223-A4-001、229-C2-001、229-B4-001、229-E2-001、229-B1-001、229-G1-001、
229-C4-001、238-A1-001、238-E2-001、237-A7-001、236-G2-001、236-D1-001、229-D1-001和229-E1-001作为适体与A型结合海帕西啶的核酸223-C5-001相对抗地在竞争性
pull-down测定法中进行测试,其中首先通过使用直接pull-down测定法来测定经放射性
标记的适体223-C5-001的结合亲和力。不能观察到核酸229-E1-001对于A型结合海帕西
啶的核酸223-C5-001的结合发生竞争(图2和15)。该观察结果使得假设,核酸229-E1-001
不具有或具有非常低的对于人海帕西啶-25的结合亲和力。A型结合海帕西啶的核酸
223-B5-001、223-A5-001、223-A3-001、223-A4-001、229-C2-001、229-B4-001、229-E2-001、
229-C4-001、238-A1-001、238-E2-001、237-A7-001、236-G2-001和236-D1-001在竞争性
pull-down测定中显示出相比于A型结合海帕西啶的核酸223-C5-001而言降低的结合亲
和力(图1、14和15)。A型结合海帕西啶的核酸223-F5-001、223-G4-001、229-G1-001和
229-D1-001显示出与223-C5-001类似的结合亲和力(图1、2、14和15)。对于A型结合海
帕西啶的核酸229-B1-001,可以观察到更好的对于生物素化的人D-海帕西啶-25的结合亲
和力(图1和15)。因此,进一步表征了A型结合海帕西啶的核酸229-B1-001。通过表面
等离子共振测量来测定A型结合海帕西啶的核酸229-B1-001的平衡结合常数KD(用适体
序列测定的KD=0.5nM,图16;用镜像异构适体序列测定的KD=1.25nM,数据未显示)。
[0423] A型结合海帕西啶的核酸229-B1-001的衍生物229-B1-003、229-B1-004、229-B1-005和229-B1-006在竞争性pull-down测定法中显示出相比于A型结合海帕西
啶的核酸229-B1-001而言降低的结合亲和力(图4)。实际上,A型结合海帕西啶的核酸
229-B1-002、229-B1-007、229-B1-008、229-B1-009、229-B1-010和229-B1-011在相同的测定法形式中显示出与229-B1-001类似的或者相比于229-B1-001而言稍微经改善的与人海
帕西啶-25的结合(图4)。
[0424] 进一步表征了A型结合海帕西啶的核酸229-B1-002。通过表面等离子共振测量来测定A型结合海帕西啶的核酸229-B1-002的平衡结合常数KD(用镜像异构适体序列测定
的KD=1.47nM,图10和11)。
[0425] 另外,A型结合海帕西啶的核酸229-B1-002的结合特异地/选择性用下列海帕西啶分子来进行测试:人海帕西啶-25、食蟹猴海帕西啶-25、小鼠海帕西啶-25、大鼠海
帕西啶-25、人海帕西啶-22和人海帕西啶-20(图10和11)。A型结合海帕西啶的核酸
229-B1-002显示出类似的与人海帕西啶-25、食蟹猴海帕西啶-25、人海帕西啶-22和人海
帕西啶-20的结合,但不与小鼠海帕西啶-25和大鼠海帕西啶-25结合(图10和11)。
[0426] 除了A型核酸229-E1-001之外,所有根据本发明的A型结合海帕西啶的核酸包含第一序列段盒A。在A型结合海帕西啶的核酸229-D1-001中,盒A以其3’-末端连接至第二
末端序列段的5’-末端(图2)。在所有其他A型结合海帕西啶的核酸中,盒A以其5’-末
端连接至第一末端序列段的3’-末端(图1至4)。包含盒A的A型结合海帕西啶的核酸
共享关于盒A的序列5’WAAAGUWGAR 3’。除了分别包含关于盒A的序列5’AAAAGUAGAA 3’
和5’AAAAGUUGAA 3’的A型结合海帕西啶的核酸229-C4-001/236-G2-001和236-D1-001
外,所有其他A型结合海帕西啶的核酸的盒A的序列为5’UAAAGUAGAG 3’。
[0427] 除了A型结合海帕西啶的核酸236-D1-001之外(见图2),所有A型结合海帕西啶的核酸包含具有序列5’RGMGUGWKAGUKC 3’的盒B。A型结合海帕西啶的核酸236-D1-001
包含与其他A型结合海帕西啶的核酸的盒的共有序列不同的盒B:5’GGGAUAUAGUGC 3’。由于不包含盒A的核酸229-E1-001如上所描述的不结合人海帕西啶-25或弱地结合人海帕
西啶-25,使得假设,除了盒B之外,盒A对于与人海帕西啶-25的结合来说,特别地对于以
高亲和力与人海帕西啶-25结合来说也是必需的。在A型结合海帕西啶的核酸229-D1-001
中,盒B以其5’-末端连接至第一末端序列段的3’-末端(图2)。在所有其他A型结合海
帕西啶的核酸中,盒B(除了结合海帕西啶的核酸229-E1-001之外)以其3’-末端连接至
第二末端序列段的5’-末端(图1、3和4)。具有不同的盒B序列的结合海帕西啶的核酸
显示出高的对于人海帕西啶-25的结合亲和力:
[0428] a)229-B1-001及 衍 生 物、223-C5-001 及 衍 生 物、223-B5-001、223-A5-001、223-A3-001、223-F5-001、223-G4-001、223-A4-001、238-E2:5’GGCGUGAUAGUGC 3’;
[0429] b)229-B4-001,229-C2-001,229-E2-001:5’GGAGUGUUAGUUC 3’;
[0430] c)229-G1-001:5’GGCGUGAGAGUGC 3’;
[0431] d)229-C4-001,236-G2-001:5’AGCGUGAUAGUGC 3’;
[0432] e)238-A1-001:5’GGCGUGUUAGUGC 3’;
[0433] f)236-D1-001:5’GGGAUAUAGUGC 3’。
[0434] 包含盒A和盒B的结合海帕西啶的核酸通过10至18个核苷酸的连接性核苷酸序列段而相互连接。所述连接性核苷酸序列段以5’->3’方向包含第一连接性核苷酸
子序列段、第二连接性核苷酸子序列段和第三连接性核苷酸子序列段,其中优选地,所述第一连接性核苷酸子序列段与所述第三连接性核苷酸子序列段任选地相互杂交,其中在杂交
后形成双链结构。但是,此类杂交并不一定在该分子中给出。如果第一连接性核苷酸子序
列段的核苷酸与第三连接性核苷酸子序列段的核苷酸相互杂交,那么它们就在中间形成不
相互杂交的核苷酸的环(即第二子序列段)。结合海帕西啶的核酸的所述连接性核苷酸
序列段的第一核苷酸子序列段和第三核苷酸子序列段包含3个(见229-B1-001及衍生
物、229-G1-001)、4个(见223-C5-001及衍生物、223-B5-001、223-A5-001、223-A3-001、
223-F5-001、223-G4-001、223-A4-001、229-C2-001、229-B4-001、229-E2-001、238-A1-001、
238-E2-001、237-A7-001)、5个(229-D1-001)或6个(229-C4-001、236-G2-001)核苷酸。A
型结合性核酸236-D1-001包含18个核苷酸的连接性核苷酸序列段,其中由于所述连接性
核苷酸序列段的特定序列,该连接性核苷酸序列段无法被归类成第一连接性核苷酸子序列
段、第二连接性核苷酸子序列段和第三连接性核苷酸子序列段。
[0435] 如对于结合海帕西啶的核酸223-C5-001及其衍生物、223-B5-001、223-A5-001、223-A3-001、223-F5-001、223-G4-001、238-E2-001和223-A4-001所显示的,所述连接性核苷酸序列段的第一子序列段包含序列5’GGAC 3’或5’GGAU 3’或5’GGA 3’,并且所述连接性核苷酸序列段的第三子序列段包含5’GUCC 3’的核苷酸序列。所述连接性核苷酸序列段的第一和第三子序列段的其他组合为:
[0436] a)5’GCAG 3’和5’CUGC 3’(229-C2-001、229-B4-001、229-E2-001、237-A7-001),或者
[0437] b)5’GAC 3’和5’GUC 3’(229-B1-001及其衍生物、229-G1-001),或者
[0438] c)5’ACUUGU 3’和5’GCAAGU 3’(229-C4-001),或者
[0439] d)5’ACUUGU 3’和5’GCAAGC 3’(236-G2-001),或者
[0440] e)5’UCCAG 3’和5’CUGGA 3’(229-D1-001),或者
[0441] f)5’GGGC 3’和5’GCCC 3’(238-A1-001)。
[0442] 如图1、2、3和4中所显示的,所述连接性核苷酸序列段的第二子序列段包含3至5个核苷酸,其中这些不同的序列是非常异源的:5’CGAAA 3’、5’GCAAU 3’、5’GUAAU 3’、
5’AAUU 3’、5’AUAAU 3’、5’AAUA3’、5’CCA 3’、5’CUA 3’、5’UCA 3’、5’ACA 3’、5’GUU 3’、
5’UGA3’和5’GUA 3’。结合海帕西啶的核酸的所述连接性核苷酸序列段的第二子序列段可以概括为下列通有序列:5’VBAAW 3’、5’AAUW 3’或5’NBW3’。
[0443] 但是,具有最好的结合亲和力的结合海帕西啶的核酸包含下列关于连接性核苷酸序列段的第二子序列段的序列:
[0444] a)5’AAUU 3’(229-B1及其衍生物)
[0445] b)5’CCA 3’(223-C5及其衍生物)
[0446] c)5’CUA 3’(223-F5-001)
[0447] d)5’UCA 3’(223-G4-001)
[0448] e)5’AAUA 3’(229-G1-001)。
[0449] 如上面所描述的,所述连接性序列段的第一和第三子序列段的核苷酸序列彼此相关。另外,所述连接性核苷酸序列段的第二子序列段的核苷酸序列与特定的第一和第三核
苷酸子序列段的对相关,这导致结合海帕西啶的核酸的所述连接性核苷酸序列段的下列序
列或通有序列:
[0450] a)5’GGACBYAGUCC 3’(223-C5-001、223-C5-002、223-C5-006、223-C5-007、223-B5-001、223-A5-001、223-A3-001、223-F5-001、223-G4-001、238-E2-001),优 选 地
5’GGACCCAGUCC 3’、5’GGACCUAGUCC3’或5’GGACUCAGUCC 3’或5’GGACGUAGUCC 3’,更优选地5’GGACCCAGUCC3’、5’GGACCUAGUCC 3’或5’GGACUCAGUCC 3’;或者
[0451] b)5’GGAUACAGUCC 3’(223-A4-001);或者
[0452] c)5’GCAGGYAAUCUGC 3’(229-C2-001、229-B4-001、229-E2-001), 优 选 地5’GCAGGUAAUCUGC 3’或5’GCAGGCAAUCUGC 3’,更优选地5’GCAGGUAAUCUGC 3’;或者
[0453] d)5’GACAAUWGUC 3’(229-B1-001及衍生物、229-G1-001),优选地5’GACAAUUGUC3’或5’GACAAUAGUC 3’;或者
[0454] e)5’ACUUGUCGAAAGCAAGY 3’(229-C4-001、236-G2-001);或者
[0455] f)5’UCCAGGUUCUGGA 3’(229-D1-001);或者
[0456] g)5’GGGCUGAGCCC 3’(238-A1-001);或者
[0457] h)5’GCAGAUAAUCUGC 3’(237-A7-001);或者
[0458] i)5’GGACCAGUCC 3’(223-C5-008)。
[0459] 如前面所提及的,A型结合性核酸236-D1-001的连接性核苷酸序列段无法被归类成第一连接性核苷酸子序列段、第二连接性核苷酸子序列段和第三连接性核
苷酸子序列段。然而,A型结合性核酸236-D1-001的连接性核苷酸序列段的序列为
5’AUUUGUUGGAAUCAAGCA3’。
[0460] A型结合海帕西啶的核酸的第一和第二末端核苷酸序列段包含4个(例如229-C4-001)、5个(例如223-C5-007)、6个(例如229-B1-001)或7个(例如223-C5-001)
核苷酸,其中这些序列段任选地相互杂交,其中在杂交后形成双链结构。该双链结构可以由
4至7个碱基对组成。但是,此类杂交并不一定在该分子中给出。
[0461] 通过组合所有经测试的结合海帕西啶的核酸的第一和第二末端核苷酸序列段,关于第一末端核苷酸序列段和关于第二末端核苷酸序列段的通式为5’X1X2X3BKBK 3’(第一
末端核苷酸序列段)和5’MVVVX4X5X63’(第二末端核苷酸序列段),其中
[0462] X1为G或不存在,X2为S或不存在,X3为V或不存在,X4为B或不存在,X5为S或不存在,并且X6为C或不存在,
[0463] 优选地
[0464] a)X1为G,X2为S,X3为V,X4为B,X5为S,并且X6为C,或者
[0465] b)X1不存在,X2为S,X3为V,X4为B,X5为S,并且X6为C,或者
[0466] c)X1为G,X2为S,X3为V,X4为B,X5为S,并且X6不存在,或者
[0467] d)X1不存在,X2为S,X3为V,X4为B,X5为S,并且X6不存在,或者
[0468] e)X1不存在,X2不存在,X3为V,X4为B,X5为S,并且X6不存在,或者
[0469] f)X1不存在,X2为S,X3为V,X4为B,X5不存在,并且X6不存在,或者
[0470] g)X1不存在,X2不存在,X3为V或不存在,X4为B或不存在,X5不存在,并且X6不存在。
[0471] 但是,具有最好的结合亲和力的结合海帕西啶的核酸包含第一和第二末端核苷酸序列段的下列组合:
[0472] a)223-C5-001、223-F5-001、223-G4-001:5’GCACUCG 3’(第一末端核苷酸序列段)和5’CGAGUGC 3’(第二末端核苷酸序列段);
[0473] b)229-B1-002:5’GCUGUG 3’(第一末端核苷酸序列段)和5’CACAGC 3’(第二末端核苷酸序列段);
[0474] c)229-B1-001、229-G1-001:5’CGUGUG 3’(第一末端核苷酸序列段)和5’CACACG3’(第二末端核苷酸序列段);
[0475] d)229-D1-001:5’CGUGCU 3’(第一末端核苷酸序列段)和5’AGCACG 3’(第二末端核苷酸序列段);
[0476] e)223-C5-006:5’CGCGCG 3’(第一末端核苷酸序列段)和5’CGCGCG 3’(第二末端核苷酸序列段);
[0477] f)229-B1-007:5’GCCGUG 3’(第一末端核苷酸序列段)和5’CACGGC 3’(第二末端核苷酸序列段);
[0478] g)229-B1-008:5’GCGGUG 3’(第一末端核苷酸序列段)和5’CACCGC 3’(第二末端核苷酸序列段);
[0479] h)229-B1-009:5’GCUGCG 3’(第一末端核苷酸序列段)和5’CGCAGC 3’(第二末端核苷酸序列段);
[0480] i)229-B1-010:5’GCUGGG 3’(第一末端核苷酸序列段)和5’CCCAGC 3’(第二末端核苷酸序列段);
[0481] j)229-B1-011:5’GCGGCG 3’(第一末端核苷酸序列段)和5’CGCCGC 3’(第二末端核苷酸序列段)。
[0482] 为了证实结合海帕西啶的核酸作为镜像异构适体的功能性,将A型结合海帕西啶的核酸223-C5-001和229-B1-002合成为在其5’-末端包含氨基的镜像异构适体。向氨
基-修饰的镜像异构适体223-C5-001-5’-氨基和229-B1-002-5’-氨基偶联40kDa PEG-部
分,导致A型结合海帕西啶的核酸223-C5-001-5’-PEG和229-B1-002-5’-PEG。所述镜像
异构适体的合成和PEG化描述在实施例2中。
[0483] 通过表面等离子共振测量来测定镜像异构适体223-C5-001-5’-PEG和229-B1-002-5’-PEG的平衡结合常数KD(图12):
[0484] 223-C5-001-5’-PEG:KD=4.44nM;
[0485] 229-B1-002-5’-PEG:KD=1.92nM。
[0486] 关于在体外和在体内抑制/拮抗海帕西啶的功能,来对镜像异构适体223-C5-001-5’-PEG进行测试。如实施例5中所显示的,镜像异构适体223-C5-001-5’-PEG在体外抑制由海帕西啶诱导的膜铁转运蛋白的下调。在炎症性贫血的动物模型中测试镜像
异构适体223-C5-001-5’-PEG的体内使用的可应用性,其中利用人海帕西啶-25诱导血清
铁下降的已知特性(实施例5)。
[0487] 1.2B型结合海帕西啶的核酸
[0488] 如在图5和6中所描绘的,B型结合海帕西啶的核酸包含一个中央核苷酸序列段,其定义了潜在的海帕西啶结合性基序。
[0489] 一般地,B型结合海帕西啶的核酸在其5’-末端和3’-末端处包含末端核苷酸序列段:第一末端核苷酸序列段和第二末端核苷酸序列段。所述第一末端核苷酸序列段和第
二末端核苷酸序列段可以相互杂交,其中在杂交后形成双链结构。但是,此类杂交并不一定在该分子中给出。
[0490] B型结合海帕西啶的核酸的三个序列段(第一末端核苷酸序列段、中央核苷酸序列段和第二末端核苷酸序列段)可以不同地相互排列:第一末端核苷酸序列段-中央核苷
酸序列段-第二末端核苷酸序列段,或者第二末端核苷酸序列段-中央核苷酸序列段-第
一末端核苷酸序列段。
[0491] 所定义的序列段的序列可能在B型结合海帕西啶的核酸之间不同,这影响对于人海帕西啶(特别地,人海帕西啶-25)的结合亲和力。基于不同的结合海帕西啶的核酸的结
合分析,下文中所描述的中央核苷酸序列段及其核苷酸序列独个地,更优选地以其整体地
对于结合人海帕西啶-25来说是必需的。
[0492] 根据本发明的B型结合海帕西啶的核酸显示在图5和6中。它们均作为适体或镜像异构适体而就其结合人海帕西啶-25(更精确地,分别生物素化的人D-海帕西啶-25和
生物素化的人L-海帕西啶-25)的能力进行测试。
[0493] B型结合海帕西啶的核酸238-D2-001、238-D4-001、238-H1-001、238-A2-001、238-G2-001、238-G4-001、238-G3-001作为适体与A型结合海帕西啶的核酸229-B1-001相
对抗地在竞争性pull-down测定法中进行测试。只有B型结合海帕西啶的核酸238-G4-001
在竞争性pull-down测定中显示出相比于A型结合海帕西啶的核酸229-B1-001而
言降低的结合亲和力(图5)。B型结合海帕西啶的核酸238-D2-001、238-D4-001、
238-H1-001、238-A2-001、238-G2-001和238-G3-001显示出相比于A型结合海帕西啶的核
酸229-B1-001而言经改善的结合亲和力(图5)。进一步表征了B型结合海帕西啶的核酸
238-D4-001。通过表面等离子共振测量来测定镜像异构适体238-D4-001的平衡结合常数
KD(KD=0.51nM;图5)。
[0494] B型结合海帕西啶的核酸238-D4-001的衍生物238-D4-003、238-D4-005、238-D4-007、238-D4-009、238-D4-010、238-D4-011和238-D4-013在竞争性pull-down测
定法中(或者通过表面等离子共振测量所显示的)显示出相比于B型结合海帕西啶的核
酸238-D4-001而言降低的结合亲和力(图6)。实际上,结合海帕西啶的核酸238-D4-002、
238-D4-004、238-D4-006、238-D4-008和238-D4-012在相同的测定法形式中显示出与
238-D4-001类似的与人海帕西啶的结合(图6)。通过表面等离子共振测量来测定镜像异
构适体238-D4-002、238-D4-006和238-D4-008的平衡结合常数KD。计算出的238-D4-001
的衍生物的平衡结合常数位于与关于238-D4-001本身所显示的相同的范围内(图6)。
[0495] 另外,B型结合海帕西啶的核酸238-D4-001和238-D4-008的结合选择性用下列海帕西啶分子来进行测试:人海帕西啶-25、食蟹猴海帕西啶-25、狨海帕西啶-25(仅对于
238-D4-008)、小鼠海帕西啶-25、大鼠海帕西啶-25、人海帕西啶-22(未对于238-D4-008)
和人海帕西啶-20(图10和11)。B型结合海帕西啶的核酸238-D4-001和238-D4-008显
示出类似的与人海帕西啶-25、人海帕西啶-22、人海帕西啶-20和食蟹猴海帕西啶-25的
结合,更弱的与狨海帕西啶-25的结合,并且不与小鼠海帕西啶-25和大鼠海帕西啶-25结
合(图10和11)。
[0496] 根据本发明的B型结合海帕西啶的核酸共享关于中央核苷酸序列段的序列5’RKAUGGGAKUAAGUAAAUGAGGRGUWGGAGGAAR 3’或5’RKAUGGGAKAAGUAAAUGAGGRGUWGGAGGAAR 3’。
显示出相同的对于人海帕西啶-25的结合亲和力的B型结合海帕西啶的核酸238-D4-001
及其衍生物共享共有序列,该共有序列包含关于中央核苷酸序列段的序列5’GUAUGGGAUUAAGUAAAUGAGGAGUUGGAGGAAG 3’。
[0497] B型结合海帕西啶的核酸的第一和第二末端核苷酸序列段包含5个(238-D4-004、238-D4-005、238-D4-008、238-D4-009)、6 个 (238-D4-002、238-D4-003、238-D4-006、
238-D4-007、238-D4-010、238-D4-011、238-D4-012、238-D4-013) 或 8 个 (238-D2-001、
238-D4-001、238-H1-001、238-A2-001、238-G2-001、238-G4-001、238-G 3-001)核苷酸,其中这些序列段任选地相互杂交,其中在杂交后形成双链结构。该双链结构可以由5至8个
碱基对组成。但是,此类杂交并不一定在该分子中给出。
[0498] 通过组合所有经测试的B型结合海帕西啶的核酸的第一和第二末端核苷酸序列段,关于第一末端核苷酸序列段和关于第二末端核苷酸序列段的通式为5’X1X2X3SBSBC
3’(第一末端核苷酸序列段)和5’GVBVBX4X5X6 3’(第二末端核苷酸序列段),其中
[0499] X1为A或不存在,X2为G或不存在,X3为B或不存在,X4为S或不存在,X5为C或不存在,并且X6为U或不存在,
[0500] 优选地
[0501] a)X1为A,X2为G,X3为B,X4为S,X5为C,并且X6为U,或者
[0502] b)X1不存在,X2为G,X3为B,X4为S,X5为C,并且X6为U,或者
[0503] c)X1为A,X2为G,X3为B,X4为S,X5为C,并且X6不存在,或者
[0504] d)X1不存在,X2为G,X3为B,X4为S,X5为C,并且X6不存在,或者
[0505] e)X1不存在,X2不存在,X3为B,X4为S,X5为C,并且X6不存在,或者
[0506] f)X1不存在,X2为G,X3为B,X4为S,X5不存在,并且X6不存在,或者
[0507] g)X1不存在,X2不存在,X3为B或不存在,X4为S或不存在,X5不存在,并且X6不存在。
[0508] 但是,结合性最好的B型结合海帕西啶的核酸包含第一和第二末端核苷酸序列段的下列组合:
[0509] a)238-D2-001:5’AGCGUGUC 3’(第一末端核苷酸序列段)和5’GGUGCGCU 3’(第二末端核苷酸序列段);
[0510] b)238-D4-001:5’AGCGUGUC 3’(第一末端核苷酸序列段)和5’GGCAUGCU 3’(第二末端核苷酸序列段);
[0511] c)238-H1-001:5’AGUGUGUC 3’(第一末端核苷酸序列段)和5’GAUGCGCU 3’(第二末端核苷酸序列段);
[0512] d)238-A2-001:5’AGUGUGUC 3’(第一末端核苷酸序列段)和5’GGCAUGCU 3’(第二末端核苷酸序列段);
[0513] e)238-G2-001:5’AGCGUGCC 3’(第一末端核苷酸序列段)和5’GGUGCGCU 3’(第二末端核苷酸序列段);
[0514] f)238-G3-001:5’AGCGCGCC 3’(第一末端核苷酸序列段)和5’GGCGCGCU 3’(第二末端核苷酸序列段);
[0515] g)238-D4-002:5’GCGCGC 3’(第一末端核苷酸序列段)和5’GCGCGC 3’(第二末端核苷酸序列段);
[0516] h)238-D4-006:5’GGUGUC 3’(第一末端核苷酸序列段)和5’GGCAUC 3’(第二末端核苷酸序列段);
[0517] i)238-D4-012:5’GGCGUC 3’(第一末端核苷酸序列段)和5’GGCGCC 3’(3’-末端核苷酸序列段);
[0518] j)238-D4-008:5’GCGCC 3’(第一末端核苷酸序列段)和5’GGCGC3’(第二末端核苷酸序列段);
[0519] k)238-D4-004:5’GGCGC 3’(第一末端核苷酸序列段)和5’GCGCC3’(第二末端核苷酸序列段)。
[0520] 为了证实B型结合海帕西啶的核酸作为镜像异构适体的功能性,将结合海帕西啶的核酸238-D4-002和238-D4-008合成为在其5’-末端包含氨基的镜像异构适体。向氨
基-修饰的镜像异构适体238-D4-002-5’-氨基和238-D4-008-5’-氨基偶联40kDa PEG-部
分,导致结合海帕西啶的核酸238-D4-002-5’-PEG和238-D4-008-5’-PEG。所述镜像异构
适体的合成和PEG化描述在实施例2中。
[0521] 通过表面等离子共振测量来测定镜像异构适体238-D4-002-5’-PEG和238-D4-008-5’-PEG的平衡结合常数KD(图12):
[0522] 238-D4-002-5’-PEG:0.53nM;
[0523] 238-D4-008-5’-PEG:0.64nM。
[0524] 关于在体外和在体内抑制/拮抗海帕西啶的功能,来对镜像异构适体238-D4-008-5’-PEG进行测试。如实施例5中所显示的,镜像异构适体238-D4-008-5’-PEG在体外抑制由海帕西啶诱导的膜铁转运蛋白的下调。在炎症性贫血的动物模型中测试镜像
异构适体238-D4-008-5’-PEG的体内使用的可应用性,其中利用人海帕西啶-25诱导血清
铁下降的已知特性(实施例5,图20)。另外,在另一种关于炎症性贫血的动物模型(食蟹
猴)中测试镜像异构适体238-D4-008-5’-PEG,其中IL-6诱导海帕西啶分泌,这随后在非
人灵长类中导致贫血。在该试验中,人IL-6致使血清铁浓度降低(实施例6,图21)。
[0525] 1.3C型结合海帕西啶的核酸
[0526] 如在图7和8中所描绘的,C型结合海帕西啶的核酸包含一个中央核苷酸序列段,其定义了潜在的海帕西啶结合性基序。
[0527] 一般地,C型结合海帕西啶的核酸在其5’-末端和3’-末端处包含末端序列段:第一末端核苷酸序列段和第二末端核苷酸序列段。所述第一末端核苷酸序列段和第二末端
核苷酸序列段可以相互杂交,其中在杂交后形成双链结构。但是,此类杂交并不一定在该分子中给出。
[0528] C型结合海帕西啶的核酸的三个核苷酸序列段(第一末端核苷酸序列段、中央核苷酸序列段和第二末端核苷酸序列段)可以不同地相互排列:第一末端核苷酸序列段-中
央核苷酸序列段-第二末端核苷酸序列段,或者第二末端核苷酸序列段-中央核苷酸序列
段-第一末端核苷酸序列段。
[0529] 所定义的序列段的序列可能在C型结合海帕西啶的核酸之间不同,这影响对于人海帕西啶(特别地,人海帕西啶-25)的结合亲和力。基于不同的C型结合海帕西啶的核酸
的结合分析,下文中所描述的中央核苷酸序列段及其核苷酸序列独个地,更优选地以其整
体地对于结合人海帕西啶来说是必需的。
[0530] 根据本发明的C型结合海帕西啶的核酸显示在图7和8中。它们均作为适体或镜像异构适体而就其结合人海帕西啶-25(更精确地,生物素化的人D-海帕西啶-25和生物
素化的人L-海帕西啶-25)的能力进行测试。
[0531] C型结合海帕西啶的核酸238-C4-001、238-E3-001、238-F2-001、238-A4-001和238-E1-001作为适体与A型结合海帕西啶的核酸229-B1-001相对抗地在竞争性
pull-down测定法中进行测试。C型结合海帕西啶的核酸显示出相比于A型结合海帕西啶
的核酸229-B1-001而言经改善的结合亲和力(图7)。进一步表征了C型结合海帕西啶的
核酸238-C4-001。通过表面等离子共振测量来测定镜像异构适体238-C4-001的平衡结合
常数KD(KD=0.9nM;图7)。
[0532] C型结合海帕西啶的核酸238-C4-001的衍生物238-C4-003、238-C4-004、238-C4-005、238-C4-007、238-C4-008、238-C4-009、238-C4-011、238-C4-012、238-C4-013、
238-C4-014、238-C4-024、238-C4-025和238-C4-062在竞争性pull-down测定法中或者通
过等离子共振测量显示出相比于结合海帕西啶的核酸238-C4-001或238-C4-006言降低
的结合亲和力(图8)。核酸238-C4-063显示出不与海帕西啶结合。实际上,结合海帕西
啶的核酸238-C4-002、238-C4-006和238-C4-010在相同的测定法中显示出与238-C4-001
类似的与人海帕西啶-25的结合(图8)。通过表面等离子共振测量来测定镜像异构适体
238-C4-002和238-C4-006的平衡结合常数KD。计算出的238-C4-001的衍生物的平衡结
合常数位于与关于238-C4-001本身所显示的相同的范围内(图8)。
[0533] 另外,C型结合海帕西啶的核酸238-C4-006的结合特异性/选择性用下列海帕西啶分子来进行测试:人海帕西啶-25、食蟹猴海帕西啶-25、狨海帕西啶-25、小鼠海帕西啶-25、大鼠海帕西啶-25、人海帕西啶-22和人海帕西啶-20(图10和11)。C型结合海帕
西啶的核酸238-C4-006显示出类似的与人海帕西啶-25、人海帕西啶-22、人海帕西啶-20
和食蟹猴海帕西啶-25的结合,并且不与狨海帕西啶-25、小鼠海帕西啶-25和大鼠海帕西
啶-25结合(图10和11)。
[0534] 除了显示不与海帕西啶-25结合的核酸238-C4-063之外,根据本发明的C型结合海帕西啶的核酸共享关于中央核苷酸序列段的序列5’GRCRGCCGGVGGACACCAUAUACAGACU
ACKAUA 3’或5’GRCRGCCGGVAGGACACCAUAUACAGACUACKAUA 3’。C型结合海帕西啶的核酸
238-C4-001及其衍生物238-C4-002、238-C4-005、238-C4-010以及C型结合海帕西啶的核
酸238-E3-001、238-F2-001、238-A4-001、238-E1-001(其均显示出相同的结合亲和力)共
享共有序列5’GRCRGCCGGGGGACACCAUAUACAGACUACKAUA 3’,优选地序列5’GACAGCCGGGGGACACCAUAUACAGACUACGAUA 3’。
[0535] C型结合海帕西啶的核酸的第一和第二末端核苷酸序列段包含4个(238-C4-004、238-C4-011、238-C4-012、238-C4-013、238-C4-014)、5 个 (238-C4-003、238-C4-005、
238-C4-006、238-C4-007、238-C4-008、238-C4-009、238-C4-010、238-C4-024、238-C4-025、
238-C4-062)、6 个 (238-C4-002) 或 7 个 (238-C4-001、238-E3-001、238-F2-001、
238-A4-001、238-E1-001)核苷酸,其中这些序列段任选地相互杂交,其中在杂交后形成双链结构。该双链结构可以由4至7个碱基对组成。但是,此类杂交并不一定在该分子中给
出。
[0536] 通过组合所有经测试的C型结合海帕西啶的核酸的第一和第二末端核苷酸序列段,关于第一末端核苷酸序列段和关于第二末端核苷酸序列段的通式为5’X1X2X3SBSN
3’(第一末端核苷酸序列段)和5’NSVSX4X5X6 3’(第二末端核苷酸序列段),其中
[0537] X1为A或不存在,X2为G或不存在,X3为R或不存在,X4为Y或不存在,X5为C或不存在,并且X6为U或不存在,
[0538] 优选地
[0539] a)X1为A,X2为G,X3为R,X4为Y,X5为C,并且X6为U,或者
[0540] b)X1不存在,X2为G,X3为R,X4为Y,X5为C,并且X6为U,或者
[0541] c)X1为A,X2为G,X3为R,X4为Y,X5为C,并且X6不存在,或者
[0542] d)X1不存在,X2为G,X3为R,X4为Y,X5为C,并且X6不存在,或者
[0543] e)X1不存在,X2不存在,X3为R,X4为Y,X5为C,并且X6不存在,或者
[0544] f)X1不存在,X2为G,X3为R,X4为Y,X5不存在,并且X6不存在,或者
[0545] g)X1不存在,X2不存在,X3为R或不存在,X4为Y或不存在,X5不存在,并且X6不存在。
[0546] 但是,结合性最好的C型结合海帕西啶的核酸包含第一和3’-末端核苷酸序列段的下列组合:
[0547] a)238-C4-001、238-E3-001:5’AGGCUCG 3’(第一末端核苷酸序列段)和5’CGGGCCU 3’(第二末端核苷酸序列段);
[0548] b)238-F2-001:5’AGGCCCG 3’(第一末端核苷酸序列段)和5’CGGGCCU 3’(第二末端核苷酸序列段);
[0549] c)238-A4-001:5’AGGCUUG 3’(第一末端核苷酸序列段)和5’CGAGCCU 3’(第二末端核苷酸序列段);
[0550] d)238-E1-001:5’AGACUUG 3’(第一末端核苷酸序列段)和5’CGAGUCU 3’(第二末端核苷酸序列段);
[0551] e)238-C4-002:5’GGCUCG 3’(第一末端核苷酸序列段)和5’CGGGCC 3’(第二末端核苷酸序列段);
[0552] f)238-C4-006:5’GGCCG 3’(第一末端核苷酸序列段)和5’CGGCC3’(第二末端核苷酸序列段);
[0553] g)238-C4-010:5’GCGCG 3’(第一末端核苷酸序列段)和5’CGCGC3’(第二末端核苷酸序列段)。
[0554] 为了证实结合海帕西啶的核酸作为镜像异构适体的功能性,将结合海帕西啶的核酸238-C4-006合成为在其5’-末端包含氨基的镜像异构适体。向氨基-修饰的镜
像异构适体238-C4-006-5’-氨基偶联40kDaPEG-部分,导致C型结合海帕西啶的核酸
238-C4-006-5’-PEG。所述镜像异构适体的合成和PEG化描述在实施例2中。
[0555] 通过表面等离子共振测量来测定镜像异构适体238-C4-006-5’-PEG的平衡结合常数KD(图12):0.76nM。
[0556] 1.4其他结合海帕西啶的核酸
[0557] 如在图9中所描绘的,显示了与A型、B型和C型结合海帕西啶的核酸不相关的其他结合海帕西啶的核酸。通过等离子共振测量以及通过与A型结合海帕西啶的核酸
229-G1-001相对抗地进行竞争性结合试验来测定这些海帕西啶核酸的结合亲和力。所有核
酸显示出比A型结合海帕西啶的核酸229-G1-001更弱的结合亲和力(图9)。
[0558] 实施例2:适体和镜像异构适体的合成和衍生化
[0559] 小规模合成
[0560] 利用2’TBDMS RNA亚磷酰胺化学(Damha和Ogilvie,1993),使用ABI 394合成仪(Applied Biosystems,Foster City,CA,USA),通过固相合成来制备适体(D-RNA核酸)和镜像异构适体(L-RNA核酸)。D-和L-构型的rA(N-Bz)-、rC(Ac)-、rG(N-ibu)-和rU-亚
磷酰胺购自ChemGenes,Wilmington,MA。适体和镜像异构适体通过凝胶电泳进行纯化。
[0561] 大规模合成加修饰
[0562] 利 用 2’TBDMS RNA 亚 磷 酰 胺 化 学 (Damha 和 Ogilvie,1993),使 用合 成 仪 (Amersham Biosciences;General Electric Healthcare,
Freiburg),通过固相合成来制备镜像异构适体。L-rA(N-Bz)-、L-rC(Ac)-、L-rG(N-ibu)-和L-rU-亚磷酰胺购自ChemGenes,Wilmington,MA。5’-氨基-修饰剂购自American
International Chemicals Inc.(Framingham,MA,USA)。未经修饰的或5’-氨基-修饰
的镜像异构适体的合成开始于L-riboG、L-riboC、L-riboA或L-riboU修饰的CPG,孔径为
(Link Technology,Glasgow,UK)。对于偶联(每次循环15分钟),使用0.3M
在乙腈中的苄硫基四唑(CMS-Chemicals,Abingdon,UK)和3.5当量的各自0.1M在乙腈
中的亚磷酰胺溶液。使用氧化封端循环。其他用于寡核苷酸合成的标准溶剂和试剂购自
Biosolve(Valkenswaard,NL)。合成镜像异构适体,DMT-ON;在去保护后,使用Source15RPC介质(Amersham),通过制备型RP-HPLC(Wincott等人,1995)进行纯化。用80%乙酸除去
5’DMT-基团(在室温下30分钟)。随后,添加2M NaOAc水溶液,并使用5K再生纤维素膜
(Millipore,Bedford,MA)通过
切向流过滤来对镜像异构适体进行脱盐。
[0563] 镜像异构适体的PEG化
[0564] 为了延长镜像异构适体的体内血浆停留时间,将镜像异构适体在5’-末端处共价偶联至40kDa聚乙二醇(PEG)部分。
[0565] 镜像异构适体的5’-PEG化
[0566] 为了PEG化(关于PEG化方法的技术细节,可参见欧洲专利申请EP 1 306 382),将经纯化的5’-氨基修饰的镜像异构适体溶解在H2O(2.5ml)、DMF(5ml)和缓冲液A(5ml;
通过混合
柠檬酸·H2O[7g]、
硼酸[3.54g]、磷酸[2.26ml]和1M NaOH[343ml]并添加水以达
到1L的终体积来制备;用1M HCl调节pH=8.4)的混合物中。
[0567] 用1M NaOH使镜像异构适体溶液的pH达到8.4。然后,在37℃下以6份(每份0.25当量)每30分钟添加40kDa PEG-NHS酯(Jenkem Technology,Allen,TX,USA),直至
达到75至85%的最大收率。在添加PEG-NHS酯的过程中,用1M NaOH将反应混合物的pH
保持在8-8.5。
[0568] 将该反应混合物与4ml尿素溶液(8M)和4ml缓冲液B(0.1M的在H2O中的乙酸三乙基铵)相混合,并加热至95℃ 15分钟。然后,采用乙腈梯度(缓冲液B;缓冲液C:0.1M
的在乙腈中的乙酸三乙基铵),使用Source 15RPC介质(Amersham),通过RP-HPLC来纯化
PEG化的镜像异构适体。在5%缓冲液C处洗脱过量的PEG,在10-15%缓冲液C处洗脱PEG
化的镜像异构适体。将纯度>95%(这通过HPLC来评估)的产物级分合并,并与40ml 3M
NaOAC相混合。通过切向流过滤(5K再生纤维素膜,Millipore,Bedford MA)对PEG化的镜
像异构适体进行脱盐。
[0569] 实施例3:与海帕西啶的结合常数的测定(Pull-Down测定法)直接pull-down测定法
[0570] 在37℃下,在pull down测定法形式中测量结合海帕西啶的核酸作为适体(D-RNA核酸)对于生物素化的人D-海帕西啶-25(SEQ ID No.7)的亲和力。使用
32
[γ- P]-标记的ATP(Hartmann Analytic,Braunschweig,Germany),通过T4多核苷酸激酶(Invitrogen,Karlsruhe,Germany)对适体进行5’-磷酸标记。经标记的适体的比放射性为
200,000-800,000cpm/pmol。在变性和复性后将适体在37℃下以20pM的浓度与不同量的生
物素化的人D-海帕西啶一起于选择缓冲液(20mM Tris-HCl pH 7.4;137mM NaCl;5mM KCl;
1mM MgCl2;1mM CaCl2;0.1%[w/vol]Tween-20)中温育2-12小时以便在低浓度下达到平
衡。给选择缓冲液补充以10μg/ml人血清
白蛋白(Sigma-Aldrich,Steinheim,Germany)
和10μg/ml
酵母RNA(Ambion,Austin,USA),以便防止结合伙伴
吸附至所使用的塑料器具
或固定基质的表面。生物素化的人D-海帕西啶的浓度范围被设定为32pM至500nM;总反
应体积为1ml。将生物素化的人D-海帕西啶以及适体和生物素化的人D-海帕西啶的复合
物固定在6μl NeutrAvidin或Streptavidin Ultralink Plus颗粒(Thermo Scientific,
Rockford,USA)上,所述颗粒已用选择缓冲液预平衡并重悬浮在12μl的总体积中。颗粒
在相应的
温度下于热混匀器中保持悬浮30分钟。在分离上清液并适当洗涤后,在闪烁计数
器中对固定的放射性进行定量。将结合百分比对生物素化的人D-海帕西啶的浓度进行绘
图,并且通过使用软件算法(GRAFIT;Erithacus Software;Surrey U.K.)并假定1∶1的
化学计量来获得解离常数。
[0571] 适体竞争性pull-down测定法
[0572] 为了比较不同的结合海帕西啶的核酸的适体,施行竞争性分级测定法。为此目的,将可获得的最具亲和力的适体进行放射性标记(参见上文)并用作参考。在变性和复性后,将它在一定的条件下于37℃与生物素化的人D-海帕西啶一起在0.8ml选择缓冲液中进
行温育,所述条件导致在NeutrAvidin琼脂糖或Streptavidin Ultralink Plus(两者都来
自Thermo Scientific)上固定和洗涤之后大约5-10%的与所述生物素化的人D-海帕西
啶-25的结合(无竞争)。将过量的变性和复性的未标记的D-RNA适体变体以不同的浓度
(例如10、50和250nM)与经标记的参考适体一起进行添加,以便进行平行的结合反应。待
测试的适体与参考适体竞争结合靶标,从而减少了结合信号,信号减少的情况取决于它们
的结合特征。在该测定法中发现的最具活性的适体随后可以作为新的参考以用于其他适体
变体的比较分析。
[0573] 镜像异构适体竞争性pull-down测定法
[0574] 另外,施行竞争性pull-down测定法以分析结合海帕西啶的镜像异构适体的亲和力。为此目的,应用结合生物素化的人L-海帕西啶-25的镜像异构适体。在镜像异构适体
的5’-末端处添加两个额外的D-构型的
鸟苷残基使得能够通过T4多核苷酸激酶来对镜像
异构适体进行放射性标记(见上文)。在变性和复性后,将经标记的镜像异构适体和一组
0.032至500nM的竞争者分子(例如不同种类的海帕西啶、海帕西啶的截短形式或镜像异构
适体;见下文)的5-倍稀释液与恒定量的生物素化的人L-海帕西啶一起于37℃在0.8ml
选择缓冲液中温育2-4小时。所选择的肽浓度应当导致在最低的竞争者浓度下大约5-10%
的经放射性标记的镜像异构适体的最终结合。在竞争性pull-down测定法的一种形式中,
过量的变性和复性的未标记的L-RNA镜像异构适体变体用作竞争者,而测试未修饰的以及
PEG化的形式。在另一种测定法方法中,未生物素化的来自各种物种的L-海帕西啶-25(例
如人L-海帕西啶-25、食蟹猴L-海帕西啶-25、狨L-海帕西啶-25或大鼠L-海帕西啶-25)
或者未生物素化的N-末端截短的L-海帕西啶-20和L-海帕西啶-22与生物素化的L-海
帕西啶竞争结合镜像异构适体。在将生物素化的L-海帕西啶-25和经结合的镜像异构适
体固定在1.5-3μlStreptavidin Ultralink Plus基质(Thermo Scientific,Rockford,
USA)上、洗涤和闪烁计数(见上文)之后,将经结合的经放射性标记的镜像异构适体的经标
准化的百分比对相应的竞争者分子浓度进行绘图。通过采用GraFi t软件来计算所得的解
离常数。
[0575] 实施例4:通过表面等离子共振测量来进行的结合分析
[0576] 使用Biacore 2000仪器(Biacore AB,Uppsala,Sweden)来分析结合海帕西啶的核酸的适体对于生物素化的人D-海帕西啶-25的结合,以及结合海帕西啶的核酸的镜像异
构适体对于生物素化的人L-海帕西啶-20以及人、大鼠和小鼠L-海帕西啶25的结合。
[0577] 将该仪器设定为37℃的持久温度。在每次试验开始前,根据制造商的说明书,使用DESORB方法来清洁Biacore。在安装维持芯片后,连续地用DESORB溶液1(0.5%十二基硫酸钠,SDS)、DESORB溶液2(50mM甘氨酸,pH 9.5)和最后脱气的MilliQ水来对该仪器进行
预先准备(prime)。随后,用0.1M NaOCl来运行SANATIZE方法,并且该系统然后用MilliQ
水进行预先准备。
[0578] 将生物素化的人D-海帕西啶25、人L-海帕西啶20以及人、大鼠和小鼠L-海帕西啶25(所有肽来自BACHEM,委托合成)在螺旋
锁小瓶(screw lock vial)中以1mM的浓度
溶解在具有1mg/ml无
脂肪酸的BSA的水中,并且储存于4℃直至使用。
[0579] 在安装具有羧甲基化右旋糖酐基质的传感器芯片(Sensor Chip CM5,GE,BR-1000-14)后,用MilliQ水和随后用HBS-EP缓冲液(0.01M HEPES缓冲液〔pH 7.4〕,
0.15M NaCl,具有0.005%
表面活性剂P20;GE,BR-1001-88)对Biacore仪器进行预先准备,并进行平衡直至观察到稳定的基线。从流动池4开始至流动池1将流动池(FC)进行固定
以避免肽类被挟带至其他流动池。
[0580] 使用QUICKINJECT命令,以10μl/分钟的流速,注射100μl的0.4M EDC(在水中的1-乙基-3-(3-二甲基氨基丙基)碳二亚胺;GE,BR-1000-50)和0.1M NHS(在水中的
N-羟基琥珀酰亚胺;GE,BR-1000-50)的1∶1混合物。在NHS/EDC注射后通过RU的增加
来监控流动池的活化(对于CM5芯片,通常为500-600RU)。
[0581] 将可溶性中性抗生物素蛋白(neutravidin)溶解在水中至1mg/ml的浓度,在HBS-EP中稀释至50μg/ml,随后使用MANUALINJECT命令以10μl/分钟的流速进行注射。
经共价固定的中性抗生物素蛋白的所观察到的最大量为大约10,000-15,000RU。通过以
10μl/分钟的流速注射70μl的1M
盐酸乙醇胺(GE,BR-1000-50)来
对流动池进行封闭;通
常未共价结合的肽/蛋白质通过该程序而被去除。通过注射10-30μl的50mM NaOH溶液来
去除未共价偶联的中性抗生物素蛋白。将生物素化的人D-海帕西啶25、人L-海帕西啶20
以及人、大鼠和小鼠L-海帕西啶25在HBS-EP缓冲液中直接稀释至10-20nM的终浓度,并
立即涡旋振荡。将1000μl的该样品转移至 的玻璃小瓶(Glass Vials,
GE,BR-1002-07),并且使用MANUALINJECT命令以10μl/分钟的流速进行注射。对于结合
试验,将高至5000个响应单位(RU)的生物素化的人D-海帕西啶25、人L-海帕西啶20以
及人、大鼠和小鼠L-海帕西啶25固定在流动池上;和对于动力学评价,将500-1500RU固定
在流动池上。随后,用1M NaCl(Ambion,Cat.No.AM9759)洗涤流动池,以避免由于生物素化的人D-海帕西啶25、人L-海帕西啶20以及人、大鼠和小鼠L-海帕西啶25与Biacore管
道和其他表面的非特异性相互作用而造成的生物素化的人D-海帕西啶25、人L-海帕西啶
20以及人、大鼠和小鼠L-海帕西啶25的挟带。FC1用作经封闭的对照流动池。
[0582] 最后,通过以20μl/分钟的流速注射20μl的在HBS-EP缓冲液中作1∶10稀释的饱和生物素溶液(Biotin,Sigma-Aldrich B-4501Lot 68H1373)来封闭所有传感器流
动池(从FC1开始至FC4)。传感器芯片用脱气的运行缓冲液(20mM Tris pH 7.4;150mM
NaCl;5mMKCl,1mM MgCl2,1mM CaCl2和0.1% Tween20)进行预先准备二次,并以30μl/分钟进行平衡直至基线呈现稳定。
[0583] 通常,对于分析目的,将结合海帕西啶的核酸的适体/镜像异构适体在水中稀释至100μM的储存浓度(通过UV测量来进行定量),在水浴或热混匀器中加热至95℃ 30
秒,并且在
冰上急速冷却以确保均匀的溶解溶液。
[0584] 通过一系列以在运行缓冲液中稀释的1000、500、250、125、62.5、31.25、15.63、7.8、3.9和0nM的浓度来进行的适体注射来评价动力学参数和解离常数。在所有试验中,
使用Kinject命令(其定义360秒的结合时间和360秒的解离时间,以30μl/分钟的流
速)于37℃来进行所述分析。该测定法是经双重参照的,而FC1用作(经封闭的)表面对
照(每个适体浓度的总体贡献),和一系列不含分析物的缓冲液注射决定该缓冲液本身的
总体贡献。使用Langmuir 1∶1化学计量拟合算法,用BIAevaluation 3.0软件(BIACORE
AB,Uppsala,Sweden)来进行数据分析和解离常数(KD)的计算。
[0585] 实施例5:通过结合海帕西啶的镜像异构适体来抑制由人和小鼠海帕西啶诱导的膜铁转运蛋白的下调
[0586] 方法
[0587] 在具有Glutamax(Invitrogen,Karlsruhe,Germany)的Dulbecco改良的Eagle培养基(DMEM)(其包含10%胎
牛血清、100个单位/ml青霉素和100μg/ml
链霉素)中在37℃
和5% CO2下培养J774.1细胞(小鼠单核细胞-巨噬细胞,获自DSMZ,Braunschweig)。对
5 5 2
于这些试验,在12-孔平板中,将细胞以7.3×10 个细胞/孔(2×10 个细胞/cm)的
密度接种在2ml培养基中,并且在37℃和5% CO2下培养数小时。在细胞贴壁后,通过添加20μl的Fe-NTA-溶液来给细胞加载铁,所述Fe-NTA-溶液通过混合1份的0.3M在水中的FeCl3
和2份的0.3M在水中的NTA(次氮基三乙酸盐)并随后用DMEM进行1∶10稀释来制备。
如所描述的,将细胞培养过夜。第二天,在DMEM中制备刺激溶液,其包含各自以5X所需终
浓度的人海帕西啶和(当指明时)镜像异构适体(见下面,所添加的镜像异构适体),并且
于37℃预温育30分钟。将0.5ml的所述溶液添加至12-孔平板的每个孔。在3小时的刺
激后,移去培养基,并且用1ml冰冷的
磷酸盐缓冲盐水(PBS)快速洗涤细胞一次。然后,在
1ml冷的PBS中从孔上刮除下细胞,并且收集在预冷的Eppendorf管中。在4℃下以500g
离心5分钟后,移去上清液,并且将粒状沉淀重悬浮在75μl的裂解缓冲液(Tris/HCl,pH
7.5,150mM NaCl,1mM EDTA,1% Triton X-100和蛋白酶抑制剂(蛋白酶抑制剂混合物片
剂,Roche #11873580001))中。将细胞悬浮液在
干冰上冷冻,解冻,充分涡旋振荡,并且在
4℃下以1000g离心10分钟。收集裂解物上清液,并储存于-80℃直至进一步分析。
[0588] 使用双金鸡宁酸方法来进行蛋白质测定。将包含20μg蛋白质的裂解物量与2X样品缓冲液(125mM Tris/HCl,pH 6.8;20%甘油;4%SDS;0.02%溴酚蓝)相混合,并且于
37℃温育10分钟。在10%SDS-聚丙烯酰胺凝胶上来分开蛋白质,然后通过电印迹而转移到
HybondECL硝化纤维素或Hybond-P PVDF膜(GE Healthcare,Munich,Germany)上。在印迹
后,用丽春红(0.2%,在3%三氯乙酸中)对所述膜进行
染色以检查蛋白质加载和转移。用
兔抗小鼠膜铁转运蛋白抗体(Alpha Diagnostics,#MTP11-A)和抗兔IgG-HRP缀合物(New
R
England Biolabs,Frankfurt a.M.,Germany)来检测膜铁转运蛋白,其中使用LumiGlo 化TM
学发光试剂(CellSignaling Technology,Frankfurt a.M.,Germany)和Hyperfilm ECL
化学发光薄膜(GE Healthcare,Munich,Germany)。
[0589] 结果
[0590] 在用人海帕西啶或者海帕西啶+各镜像异构适体进行刺激后从J774.1细胞获得的裂解物通过SDS-凝胶电泳来分开,并且通过使用针对小鼠膜铁转运蛋白的抗体的
Western印迹法来进行分析。
[0591] 用Fe/NTA处理J774.1细胞导致膜铁转运蛋白表达的重大上调。通过用100nM人海帕西啶-25刺激细胞3小时而显著逆转了该效应。当将海帕西啶与镜像异构适体
226-C5-001-5’-PEG、238-D4-008-5’-氨基和238-D4-008-5’-PEG(=NOX-H94)一起进行
预温育时,阻断了该海帕西啶效应。
[0592] 图17A:在未处理的细胞中勉强可检测到(泳道1)的膜铁转运蛋白(箭头)通过用Fe/NTA进行处理而被上调(泳道2、3)。100nM人海帕西啶-25(HEP)导致膜铁转运蛋白
下调(泳道4、5),并且该效应可以被镜像异构适体226-C5-001(C5-PEG)强烈地抑制(泳道
6、7)。
[0593] 图17B:人海帕西啶导致在经Fe/NTA处理的J774.1细胞中膜铁转运蛋白下调(泳道6、7)。人海帕西啶-25的该效应可以被镜像异构适体NOX-H94(泳道12-15)和镜像异构
适体HEP-238-D4-008a(其是238-D4-008-5’-PEG(=NOX-H94)的氨基-修饰的寡核苷酸
中间体)(泳道8-11)强烈地抑制。
[0594] 实施例6:结合海帕西啶的镜像异构适体在体内的活性
[0595] 慢性疾病的贫血的目前概念是,在肝细胞中促炎细胞因子(尤其是IL-6)刺激海帕西啶的合成和释放。然后,海帕西啶结合至表达膜铁转运蛋白这种铁转运蛋白的不同细
胞类型。该相互作用诱导海帕西啶-膜铁转运蛋白复合物的内在化和降解,随后为血清铁
下降。血清铁的长期降低负面地影响红细胞生成,并最后表现为贫血。将人海帕西啶-25
在小鼠中诱导血清铁下降的已知特性(Rivera,2005)用作炎症性贫血的模型。为了测试镜
像异构适体的体内活性,用人海帕西啶-25在C57BL/6小鼠中诱导血铁过少的状态。为了
在该模型中表征镜像异构适体,动物接受使用镜像异构适体的预防性处理以阻断人海帕西
啶的效应。
[0596] 方法
[0597] 雌性C57B1/6小鼠(Elevage Janvier,France,6周龄,n=6-7只/组)接受抗海帕西啶镜像异构适体(10-20ml/kg体重)或媒介物(5%葡萄糖,10-20ml/kg体重)
的单次静脉内注射。在30分钟后,以1-2mg/kg体重的剂量腹膜内注射合成的人海帕西
啶-25(Bachem,Weil am Rhein,Germany,Cat No.H-5926)(10ml/kg体重)。在海帕西啶注射后2小时,收集血液。获得血清和血浆样品以分别用于铁测定和
全血细胞计数。对于每
只动物,测定血清铁、血红蛋白、血细胞比容、
白细胞计数、红细胞计数、血小板计数、平均红细胞容积和平均红细胞血红蛋白值。
[0598] 结果
[0599] 注射合成的人海帕西啶-25导致血清铁的快速降低。在注射后2小时,血清铁浓度降低至经媒介物处理的小鼠的值的56%。这些体内发现与由Rivera等人(Ribera等
人)所发表的数据相一致,Rivera等人报道了在使用更高的海帕西啶剂量的非常类似的试
验中减少至大约25%。如在图9中所描绘的,通过在注射人海帕西啶之前施用镜像异构适
体223-C5-001-5’-PEG完全阻断了血清铁的降低(对照的98%)。用239-D4-008-5’-PEG
观察到相同的效应,如在图20中所描绘的。
[0600] 实施例7:在用人白介素-6刺激的食蟹猴中结合海帕西啶的镜像异构适体的活性
[0601] 用IL-6受体抗体托珠单抗证明了白介素-6(IL-6)在慢性疾病的贫血中的主要作用。用该抗体进行的治疗在具有卡斯尔曼病的患者中(Nishimoto,2008)和也在食蟹猴
关节炎模型中(Hashizume,2009)显示出效用。将IL-6诱导海帕西啶分泌(这随后在非
人灵长类中导致贫血)的已知特性用作另一种关于炎症性贫血的模型(Asano,1990;Klug
1994)。不选用血红蛋白这一参数,而是选择血清铁含量作为终点以显示抗海帕西啶镜像异构适体的效用。用人重组IL-6在食蟹猴中诱导血铁过少的状态。该模型对于显示抗海帕
西啶镜像异构适体也结合内源的海帕西啶来说是重要的,正如在所有其他试验中使用合成
的人海帕西啶一样。为了测试镜像异构适体的体内活性,用人重组IL-6在食蟹猴中诱导血
铁过少的状态。为了在该模型中表征镜像异构适体,动物接受使用镜像异构适体的预防性
处理以阻断食蟹猴海帕西啶的效应。
[0602] 方法
[0603] 雄性食蟹猴(Roberto C.Hartelust,Tilburg,The Netherlands,34至38月龄,n=3只/组)接受抗海帕西啶镜像异构适体(1ml/kg体重)或媒介物(5%葡萄糖,1ml/
kg体重)的单次静脉内注射。在30分钟后,以10μg/kg体重的剂量皮下注射重组人
IL-6(Miltenyi Biotech,Bergisch Gladbach,Germany)(1ml/kg体重)。在IL-6注射后
8小时,收集血液。获得血清和血浆样品以分别用于铁测定和全
血细胞计数。对于每只动
物,测定血清铁、血红蛋白、血细胞比容、白细胞计数、红细胞计数、血小板计数、平均红细胞容积和平均红细胞血红蛋白值。
[0604] 结果
[0605] 注射重组人IL-6导致血清铁降低。在注射后8小时,血清铁浓度降低至经媒介物/IL-6处理的猴的给药前值的27%。如在图21中所描绘的,通过在注射人IL-6之前施用
镜像异构适体238-D4-008-5’-PEG完全阻断了血清铁的降低。
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