筛选红鳍东方鲀苗种的SNP引物及筛选方法
专利汇可以提供筛选红鳍东方鲀苗种的SNP引物及筛选方法专利检索，专利查询，专利分析的服务。并且本 发明 公开一种可节省人 力 物力、降低选种成本、确保子代性状良好的筛选红鳍东方鲀苗种的SNP引物及筛选方法，SNP引物序列如SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2所示；苗种筛选方法按照如下步骤进行：提取待测红鳍东方鲀的基因组DNA；用得到的基因组DNA为模板，以所述上游引物和下游引物进行PCR扩增，获得PCR产物；对所得到的PCR产物进行测序、基因分型，筛选出具有如SEQ ID NO.3所示DNA序列且自5′端起第145位点基因型为纯合TT的红鳍东方鲀。，下面是筛选红鳍东方鲀苗种的SNP引物及筛选方法专利的具体信息内容。
1.一种筛选红鳍东方鲀苗种的SNP引物，其特征在于所述SNP引物DNA序列如下：
上游引物F：5′-aactcaagtcgaggcaatgc-3′；
下游引物R：5′-tccgaatagatgaccgatgc-3′。
2.一种以权利要求1所述SNP引物筛选红鳍东方鲀苗种的方法，其特征在于按照如下步骤进行：
a. 提取待测红鳍东方鲀的基因组DNA；
b. 用得到的基因组DNA为模板，以所述上游引物和下游引物进行PCR扩增，获得PCR产物；
c. 对所得到的PCR产物进行测序、基因分型，筛选出具有如下DNA序列且自5′端起第
145位点基因型为纯合TT的红鳍东方鲀：
aactcaagtcgaggcaatgcgggtggcagaaattacagaatgtaggcgaggagcgaatggacaaatgcccagcgacttgagaggagagaagggagtggccttacctggtacccctgtggaatggttcactgtaaaacaaaaggcnaacaatgccccgaaaagctcttcacaatgattgaaacaggagagctacctattgtttaagcgtttgatgagggatcttgttattattttatacactgcaccattccatactgggaggaattctttgttaatgcaatgtaaaagactagcttagctgctgagacacaaacaagagcttaatgtcacctccatatgggggggctgcagcagggggctccaggtgggacaaatccatctgggttgtagccaatcagagagctgcaagctggctttgcaaactaatggtccaccttgttccttgaggtttgtggaggtatcagccctttgaccccgagtggagtcattatgctccttcgctaggacaggatgttctgtcagaagtcgcgcataacagtaaaaattaactcgtttttatgctttatatccccttcattgactgagtgcagcatcggtcatctattcgga。
筛选红鳍东方鲀苗种的SNP引物及筛选方法
技术领域
背景技术
发明内容
下游引物R：5′-tccgaatagatgaccgatgc-3′。
b. 用所得到的基因组DNA为模板，以所述上游引物和下游引物进行PCR扩增，获得PCR产物；
c. 对所得到的PCR产物进行测序、基因分型，筛选出具有如下DNA序列且自5′端起第
145位点基因型为纯合TT的红鳍东方鲀：
aactcaagtcgaggcaatgcgggtggcagaaattacagaatgtaggcgaggagcgaatggacaaatgcccagcgacttgagaggagagaagggagtggccttacctggtacccctgtggaatggttcactgtaaaacaaaaggcnaacaatgccccgaaaagctcttcacaatgattgaaacaggagagctacctattgtttaagcgtttgatgagggatcttgttattattttatacactgcaccattccatactgggaggaattctttgttaatgcaatgtaaaagactagcttagctgctgagacacaaacaagagcttaatgtcacctccatatgggggggctgcagcagggggctccaggtgggacaaatccatctgggttgtagccaatcagagagctgcaagctggctttgcaaactaatggtccaccttgttccttgaggtttgtggaggtatcagccctttgaccccgagtggagtcattatgctccttcgctaggacaggatgttctgtcagaagtcgcgcataacagtaaaaattaactcgtttttatgctttatatccccttcattgactgagtgcagcatcggtcatctattcgga。
具体实施方式
所采用的群体为大连某红鳍东方鲀养殖场孵化的其中一个家系的红鳍东方鲀，从该家系随机选出300个个体，先对这300个个体进行体重、体长和体全长等生长性状表型值进行测定和记录，然后剪取100个鱼体尾鳍鳍条于80%乙醇中，在-20℃冰箱中保存，用于基因组DNA的提取。
（1）取红鳍东方鲀尾鳍组织100~120mg于1.5毫升的离心管中，并用眼科剪尽量将其剪碎（粉末状）；
（2）向已剪碎尾鳍的离心管中加入700μL DNA提取液；
（3）加蛋白酶K（20mg/ml） 5μL，轻轻混匀，放入55℃水浴中消化2~4小时；
（4）将溶液冷却至室温，加等体积苯酚，抽提10分钟，12000rpm离心10分钟；
（5）取上清加入一新的1.5ml离心管中，加等体积酚：仿抽提10分钟，12000rpm离心10分钟；
（6） 取上清加入一新的1.5ml离心管中，加等体积氯仿抽提10分钟，12000rpm离心10分钟；
（7）取上清加入一新的离心管中，加1/5体积3mol NaAc（PH5.2）和2倍体积无水乙醇，
12000rpm离心5分钟；
（8）弃掉乙醇溶液，用70%乙醇洗沉淀2次，5000rpm离心5分钟；
（9）弃掉乙醇，室温放置10-20分钟，用100μL TE溶解沉淀DNA。
对上述的100个个体的基因组DNA进行测序，经DNAMAN软件分析发现存在一个SNP位点，该SNP位点位于SEQ ID NO.3所示序列的145位点处，在SEQ ID NO.3序列中用n表示该处位点，且此处位点的碱基为T或A，SNP标记位点处TT、TA 和AA三种基因型的测序峰图如图1所示。经生物统计分析，发现这一SNP位点与红鳍东方鲀的生长性状紧密相关，该位点处基因型为纯合TT的红鳍东方鲀的体重、体长及体全长等生长性状显著高于此处基因型为纯合AA或杂合TA的红鳍东方鲀。
待测红鳍东方鲀来自上述红鳍东方鲀群体，随机选取51尾鱼，按照上述的DNA提取方法抽提基因组DNA；
2.2 以所得基因组DNA为模板进行PCR扩增
以提取获得的各待测红鳍东方鲀的基因组DNA为模板，利用所设计的上游引物（SEQ ID NO.1）和下游引物（SEQ ID NO.2）进行PCR扩增，得PCR产物（609bp）；
PCR反应体系为25μl，反应程序为：10pmol/L的SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2 所示的上下游引物各1μl，30-200ng/μl 的模板DNA 1μl， 10mmol/L 的dNTP mix 2.0μl，10×PCR 反应缓冲液2.5μl，5U/μl 的Taq DNA 聚合酶0.5μl，余量为双蒸水；该PCR 扩增的反应条件为：94℃ 4 分钟；94℃ 25 秒，58℃ 25 秒， 72℃ 30 秒，32个循环；72℃ 7分钟。
其中 Yij 表示i基因型的第j个个体的生长性状测定值； µ 是测定值的均值； Gi 是基因型i的遗传效应；eij 表示随机误差效应。
由表2可知，基因型为TT纯合型个体的体重、体长和体全长等生长性状高于TA杂合型个体的对应值，显著高于AA纯合型个体的生长性状的表型值（P<0.01）。进而证明SEQ ID NO.3 所示核苷酸序列自5′端起第145位碱基T或A，与红鳍东方鲀生长性状显著相关，为红鳍东方鲀生长性状相关的SNP标记，该SNP标记的TT基因型个体的生长性状显著高于AA和TA 基因型个体。
| 标题 | 发布/更新时间 | 阅读量 |
|---|---|---|
| 扩增子测序文库及其构建方法 | 2020-05-11 | 135 |
| 用于扩增多个靶标的扩增子拯救多重聚合酶链式反应 | 2020-05-11 | 550 |
| 一种用于扩增子测序的建库方法 | 2020-05-12 | 873 |
| 具有碱基配对的寡聚体的扩增报告子 | 2020-05-13 | 360 |
| 一种用于牛性状扩增子测序的引物组 | 2020-05-13 | 894 |
| 防止扩增过程中高分子量产物的方法 | 2020-05-12 | 851 |
| 使用饱和染料的扩增子解链分析 | 2020-05-12 | 655 |
| 使用连接扩增的分子检测 | 2020-05-12 | 810 |
| 进行扩增子挽救多重PCR的装置 | 2020-05-13 | 23 |
| 单引物至双引物扩增子转换 | 2020-05-11 | 182 |
高效检索全球专利专利汇是专利免费检索,专利查询,专利分析-国家发明专利查询检索分析平台，是提供专利分析，专利查询，专利检索等数据服务功能的知识产权数据服务商。
我们的产品包含105个国家的1.26亿组数据，免费查、免费专利分析。
专利汇分析报告产品可以对行业情报数据进行梳理分析，涉及维度包括行业专利基本状况分析、地域分析、技术分析、发明人分析、申请人分析、专利权人分析、失效分析、核心专利分析、法律分析、研发重点分析、企业专利处境分析、技术处境分析、专利寿命分析、企业定位分析、引证分析等超过60个分析角度，系统通过AI智能系统对图表进行解读，只需1分钟，一键生成行业专利分析报告。
