1.一种微阵列的分析方法，其对在具有凹凸形状的基板表面配置有探针的微阵列照射激励光，并取得来自由激励光进行了激励的各探针的荧光量作为数值数据，包括：
步骤（a），对探针的荧光量进行测定而取得荧光图像数据；
步骤（b），接受来自基板表面的反射光和／或散射光，根据该光的受光强度取得微阵列的基板表面的凹凸形状作为对准用图像数据；以及
步骤（c），基于所述对准用图像数据确定各探针在所述荧光图像数据中的位置。
2.根据权利要求1所述的微阵列的分析方法，其中：
来自所述基板表面的反射光和／或散射光为来自照射所述激励光的光源的光在所述微阵列中进行了反射和／或散射的光。
3.根据权利要求1或2所述的微阵列的分析方法，所述步骤（c）包括：
步骤（c1），在所述对准用图像数据中，基于受光强度之差对所述微阵列的3个以上的基准点A进行检测；以及
步骤（c2），以检测到的基准点A为基础对所述荧光图像数据的失真进行校正。
4.根据权利要求3所述的微阵列的分析方法，所述步骤（c1）包括：
步骤（c11），在至少8个预定的观察区域中分别计算所述基板的轮廓线上的点即轮廓基准点a；
步骤（c12），以不重复的预定的至少2个观察区域为一组，在各组中求取相对于多个轮廓基准点a的近似直线；以及
步骤（c13），对在各组求出的近似直线的交点进行计算并将该交点作为所述基准点A。
5.根据权利要求3或4所述的微阵列的分析方法，其中：
所述步骤（c2），根据所述基准点A得到配置有探针的点的排列角度θx、θy，根据该点的排列角度θx、θy及下式，对所述荧光图像数据的剪切变形失真进行校正：
数学式1
数学式2
θｘｙ＝θｘ－θｙ。
6.根据权利要求3～5的任何一项所述的微阵列的分析方法，其中：
所述步骤（c1）对4个基准点A进行检测，并在以直线连接该4个基准点A而形成的四边形并非平行四边形的情况下，进一步将该四边形近似为平行四边形，并将该平行四边形的顶点重新设定为基准点A。
7.根据权利要求1～6的任何一项所述的微阵列的分析方法，其中：
所述微阵列为DNA微阵列。
8.一种微阵列的读取装置，具备：
激光光源，其对在具有凹凸形状的基板表面配置有探针的微阵列照射激励光；
物镜，其使由所述基板表面反射的激励光和来自所述探针的荧光的光束成为平行光；
滤光器，其截止由所述基板表面反射的激励光并使来自所述探针的荧光透射；以及成像透镜及检测器，其接受透射过所述滤光器的荧光而取得荧光图像数据；
其中，所述成像透镜及检测器能够接受由所述基板表面反射和／或散射的光，取得表示微阵列的基板表面的凹凸形状的对准用图像数据；
所述微阵列的读取装置还具备基于所述对准用图像对各探针在所述荧光图像数据中的位置进行检测的运算处理装置。
9.根据权利要求8所述述的微阵列的读取装置，其中：
在所述成像透镜与所述检测器之间，具有限制被拍摄体深度的针孔。