近交转基因油菜品系NS-B50027-4及其种子
阅读：323发布：2022-12-09
专利汇可以提供近交转基因油菜品系NS-B50027-4及其种子专利检索，专利查询，专利分析的服务。并且本 发明 实施方案涉及近交转基因油菜品系NS-B50027-4；从NS B50027 4获得的 种子 和油；和来源于NS-B50027-4的子代。特别地，NS B50027 4是能够在其种子油中产生至少5％DHA的真实遗传油菜品系。，下面是近交转基因油菜品系NS-B50027-4及其种子专利的具体信息内容。
1.近交油菜品系NS-B50027-4的种子，所述近交油菜品系的代表性种子已经以ATCC登录号PTA-123186保藏。
2.一种油菜植物或其部分，所述油菜植物或其部分通过使如权利要求1所述的种子生长来产生。
3.如权利要求2所述的植物的花粉。
4.如权利要求2所述的植物的胚珠。
5.一种油菜植物或其部分，所述油菜植物或其部分具有如权利要求2所述的植物的所有生理特征和形态特征。
6.从如权利要求2所述的油菜植物产生的可再生细胞的组织培养物。
7.根据权利要求6所述的组织培养物，所述细胞或原生质体是选自由叶、花粉、胚、根、根尖、荚、花、胚珠和茎组成的组的组织。
8.根据权利要求2所述的油菜植物的可再生细胞的组织培养物，其中所述组织再生能够表达根据权利要求2所述的植物的所有形态特征和生理特征的植物。
9.一种生产油菜种子的方法，所述方法包括使如权利要求2所述的植物生长以产生种子和收获所述种子。
10.如权利要求9所述的方法，其中所述生长在温室中进行。
11.如权利要求9所述的方法，其中所述生长在篷中进行。
12.如权利要求9所述的方法，其中所述生长在户外进行。
13.一种产生油的方法，所述方法包括获得如权利要求2所述的植物的种子和加工所述种子以获得油。
14.如权利要求13所述的方法，所述方法还包括收获如权利要求2所述的植物以获得所述种子的步骤。
15.如权利要求5所述的油菜植物或其部分，其中所述植物或其部分已被转化，使得其遗传物质包含除存在于油菜品系NS-B50027-4的转基因外的一个或更多个转基因，所述一个或更多个转基因可操作地连接至一个或更多个调控元件。
16.一种产生油菜植物的方法，所述油菜植物在其遗传物质中含有除近交油菜品系NS-B50027-4的转基因外的一个或更多个转基因，所述方法包括将如权利要求15所述的油菜植物与另一个油菜品系的第二植物杂交，或与近交油菜品系NS-B50027-4的油菜植物杂交，使得杂交产生的子代的遗传物质表达另外的转基因。
17.如权利要求16所述的方法，其中所述另外的转基因赋予除草剂抗性、昆虫抗性、细菌疾病抗性、真菌疾病抗性、病毒疾病抗性或不育性。
18.如权利要求5所述的油菜植物或其部分，其中所述植物或其部分是传统育种技术的产物，并且除了与NS-B50027-4相关的优良种事件之外，未通过重组、诱变或其他遗传修饰进行修饰。
19.一种产生油菜植物的方法，所述油菜植物除了近交油菜品系NS-B50027-4的性状外，还具有至少一种期望的性状，所述方法包括将如权利要求18所述的油菜植物与另一种油菜品系的植物杂交，或者与近交油菜品系NS-B50027-4的植物杂交，使得杂交产生的子代的遗传物质表达期望的另外的性状。
20.如权利要求19所述的方法，其中所述另外的转基因赋予除草剂抗性、昆虫抗性、细菌疾病抗性、真菌疾病抗性、病毒疾病抗性或不育性。
21.一种产生油菜品系NS-B50027-4来源的油菜植物的方法，所述方法包括：
(a)将油菜品系NS-B50027-4与第二油菜植物杂交，以产生子代油菜种子；和
(b)在植物生长条件下使所述子代油菜种子生长，以产生所述油菜品系NS-B50027-4来源的油菜植物。
22.如权利要求21所述的方法，所述方法还包括：
(a)将所述油菜NS-B50027-4来源的油菜植物与其本身或另一油菜植物杂交，以产生另外的油菜NS-B50027-4来源的子代油菜种子；
(b)在植物生长条件下使步骤(a)的所述子代油菜种子生长，以产生另外的油菜NS-B50027-4来源的油菜植物；和
(c)将(a)和(b)的杂交和生长步骤重复从0至7次，以生成另外的油菜NS-B50027-4来源的油菜植物，所述NS-B50027-4来源的油菜植物表达选自DHA产生和至少一种另外的农艺上期望的性状的至少两种NS-B50027-4性状。
23.通过如权利要求21所述的方法产生的油菜品系NS-B50027-4来源的油菜植物或其部分。
24.通过如权利要求22所述的方法产生的油菜NS-B50027-4来源的油菜植物或其部分。
25.一种产生油菜种子的方法，所述方法包括使第一亲本油菜植物与第二亲本油菜植物杂交和收获所得的第一代油菜种子，其中所述第一亲本油菜植物或所述第二亲本油菜植物是如权利要求2所述的油菜植物。
26.根据权利要求25所述的方法，其中所述第一亲本油菜植物与所述第二亲本油菜植物不同，并且其中所述所得的种子是第一代(F1)杂交体油菜种子。
27.一种获得油菜近交品系的方法，包括：
(a)种植包含杂交体种子的种子集合，所述杂交体的一个亲本是根据权利要求2所述的植物或具有根据权利要求2所述的油菜植物的所有生理特征和形态特征的油菜植物，所述集合还包括所述近交品系的种子；
(b)从所述种子集合生长油菜植物；
(c)从所述近交品系鉴定近交植物；
(d)选择所述近交植物；和
(e)以保持所述近交植物的纯合性的方式控制授粉。
28.根据权利要求27所述的方法，其中所述一个亲本具有近交油菜品系NS-B50027-4的所有生理特征和形态特征，所述品系的种子已经以ATCC登录号PTA-123186保藏。
29.油菜品系NS-B50027-4的细胞，所述油菜品系NS-B50027-4的种子的代表性样品以ATCC登录号PTA-123186保藏。
30.一种检测包含植物DNA的样品中事件NS-B50027-4的存在的方法，其中所述方法包括使所述样品与以下物质接触：
(a)与芸薹属(Brassica)基因组的转基因侧翼连接区结合的第一引物，所述第一引物选自由SEQ ID NO:42至SEQ ID NO:82、SEQ ID NO:87至SEQ ID NO:90、SEQ ID NO:17至SEQ ID NO:41，或SEQ ID NO:83至SEQ ID NO:86中描述那些组成的引物的组、前述引物中任一个的至少10个连续核苷酸、或其互补序列；以及
(b)与插入片段序列结合的第二引物，所述第二引物选自由SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:
16中描述的那些组成的引物的组、任何前述引物的至少10个连续核苷酸、或其互补序列；
使所述样品发生聚合酶链式反应；以及
测定在所述引物之间生成的扩增子。
31.如权利要求30所述的方法，其中所述测定是KASPTM基因分型测定。
32.通过如权利要求30或权利要求31所述的方法鉴定的植物、植物材料或植物来源的材料。
33.一种试剂盒，所述试剂盒包含用于实施如权利要求30或权利要求31所述的方法的组分。
34.近交油菜品系NS-B50027-4的基因组DNA，所述近交油菜品系的代表性种子已经以ATCC登录号PTA-123186保藏。
35.一种在植物的种子中产生DHA的方法，所述方法包括培养在其基因组中具有Δ6-去饱和酶、Δ5-延长酶、Δ5-去饱和酶和Δ15/ω3-去饱和酶转基因中的至少一种的至少两个拷贝的植物，其中所述转基因能够在所述植物的种子中表达。
36.如权利要求35所述培养的植物的种子。
37.NS-B50027-4的种子，所述种子包含约5％、约6％、约7％、约8％、约9％、约10％、约
11％、约12％、约13％、约14％、约15％、约16％、约17％、约18％、约19％或约20％的DHA，包括端点(作为油中总脂肪酸的重量％)。
38.NS-B50027-4的种子，所述种子包含约5％、约6％、约7％、约8％、约9％、约10％、约
11％、约12％、约13％、约14％、约15％、约16％、约17％、约18％、约19％、约20％、约21％、约
22％、约23％、约24％、约25％、约26％、约27％、约28％、约29％、约30％、约31％、约32％、约
33％、约34％或约35％的长链多不饱和脂肪酸，包括端点(作为油中总脂肪酸的重量％的EPA、DPA和DHA的总和)。
39.一种种子集合，所述种子集合包含至少95％的NS-B50027-4的种子，其中所述种子包含约5％、约6％、约7％、约8％、约9％、约10％、约11％、约12％、约13％、约14％、约15％、约16％、约17％、约18％、约19％或约20％的DHA，包括端点(油中总脂肪酸的重量％)。
40.种子集合，所述种子集合包含至少95％的NS-B50027-4的种子，其中所述种子包含约5％、约6％、约7％、约8％、约9％、约10％、约11％、约12％、约13％、约14％、约15％、约
16％、约17％、约18％、约19％、或约20％、约21％、约22％、约23％、约24％、约25％、约26％、约27％、约28％、约29％、约30％、约31％、约32％、约33％、约34％或约35％的长链多不饱和脂肪酸，包括端点(作为油中总脂肪酸的重量％的EPA、DPA和DHA的总和)。
41.包含权利要求37-40中任一项所述的种子的组合物，其中所述种子已经被压碎以提供种子油和种子粗粉。
42.如权利要求41所述的组合物，其中所述种子油是可食用的种子油。
43.从品系NS-B50027-4的种子提取的种子油，其中所述种子油的脂肪酸含量具有至少约3的ω-3:ω-6脂肪酸比率。
44.如权利要求41所述的种子油，其中ω-3脂肪酸:ω-6脂肪酸的比率在约3至约20的范围内。
45.如权利要求43或权利要求44所述的种子油，其中所述种子油是粗制油。
46.如权利要求43或权利要求44所述的种子油，其中所述种子油是精炼油。
47.如权利要求43或权利要求44所述的种子油，其中所述种子油是浓缩油。
48.如权利要求43-48中任一项所述的种子油，其中所述种子油是可食用的。
49.一种组合物，所述组合物包含如权利要求48所述的种子油。
50.如权利要求49所述的组合物，其中所述组合物是食料。
51.如权利要求50所述的组合物，其中所述食料用于人类消耗。
52.如权利要求51所述的组合物，其中所述组合物是食用油或色拉油。
53.如权利要求49所述的组合物，其中所述组合物是乳液。
54.如权利要求49所述的组合物，其中所述组合物是干成分。
55.如权利要求50所述的组合物，其中所述食料是水产养殖营养的来源。
56.如权利要求45所述的组合物，其中所述食料是固体鱼饲料。
57.如权利要求45所述的组合物，其中所述食料是液体鱼饲料。
58.如权利要求41所述的组合物，其中所述种子粗粉是食料中的成分。
59.如权利要求49所述的组合物，其中所述组合物是药物组合物。
60.一种组合物，所述组合物包含如权利要求41所述的种子粗粉。
61.一种组合物，所述组合物包含从权利要求60所述的种子粗粉获得或浓缩的蛋白。
62.如权利要求61所述的组合物，其中所述组合物是食料。
63.如权利要求62所述的组合物，其中所述食料用于人类消耗。
64.如权利要求61所述的组合物，其中所述组合物是干成分。
65.如权利要求61所述的组合物，其中所述蛋白是水产养殖营养的来源。
66.如权利要求65所述的组合物，其中所述蛋白在固体鱼饲料中使用。
67.如权利要求65所述的组合物，其中所述蛋白在液体鱼饲料中使用。
68.如权利要求61所述的组合物，其中所述蛋白在动物饲料中使用。
69.如权利要求68所述的组合物，其中所述动物是家禽或猪。
70.从NS-B50027-4或其子代的种子获得的油，其中所述油的脂质已经富集DHA，并且所富集的脂质以所述油的总脂肪酸的重量％计包含至少40％、至少50％、至少60％、至少
70％、至少80％、至少90％、或至少95％的DHA。
71.一种制备含DHA的菜子油的方法，所述方法包括以下步骤：
(a)将NS-B50027-4的DHA性状基因渗入到雄性不育的优良种芸薹属品系中；
(b)将NS-B50027-4的DHA性状基因渗入到可育的第二优良种芸薹属品系中；
(c)使两个品系(a)及(b)杂交以获得杂交体子代；
(d)培育杂交体子代的种子；
(e)收获由培育的杂交体子代产生的籽粒；以及
(f)从所述杂交体种子的子代中提取油。
72.一种检测包含植物DNA的样品中事件NS-B50027-4的存在的方法，其中所述方法包括使所述样品与以下物质接触：
(a)第一引物，所述第一引物与NS-B50027-4的芸薹属基因组的侧翼连接区结合，和(b)第二引物，所述第二引物与NS-B50027-4的转基因结合；
使所述样品进行聚合酶链式反应；和
表征在所述引物之间生成的扩增子。
73.如权利要求72所述的方法，其中所述引物是SEQ.ID.NO:1至SEQ ID NO:90所示出的引物。
74.从NS-B50027-4获得的分离子，所述分离子含有NS-B50027-4A02转基因基因座或NS-B50027-4A05转基因基因座。
75.一种在产生长链多不饱和脂肪酸(LC-PUFA)的芸薹属中增加LC-PUFA产量的方法，所述方法包括以下步骤：分离NS-B50027-4的基因组以获得包含NS-B50027-4A02基因座的分离子，和将分离子基因渗入到包含LC-PUFA生物合成基因的受体芸薹属中，以获得包含受体LC-PUFA生物合成基因和NS-B50027-4A02基因座二者的基因渗入的芸薹属子代，其中所述基因渗入的芸薹属子代产生增加的LC-PUFA。
76.如权利要求75所述的方法，其中所述芸薹属是芥菜(B.juncea)或欧洲油菜
(B.napus)。
77.如权利要求75所述的方法，其中所述LC-PUFA包含比DHA更多的DPA。
近交转基因油菜品系NS-B50027-4及其种子
[0001] 相关申请
[0002] 本申请要求2017年6月16日提交的美国临时申请第62/351,250号的优先权权益，该临时申请为了所有目的通过引用全文并入本文。
[0004] 本申请包含已经以ASCII格式通过EFS-Web提交的序列表，并且该序列表通过引用整体并入本文。
[0005] 领域
[0006] 本发明实施方案涉及油菜育种和农产品领域，具体涉及命名为NS-B50027-4的近交转基因油菜品系的近交种子和植物，和这样的近交植物的衍生物；以及检测近交转基因油菜品系NS-B50027-4的方法。
[0007] 背景
[0008] 油菜是在世界上许多地区种植的重要油料作物。菜子油的脂肪酸组成富含单不饱和脂肪酸和多不饱和脂肪酸二者，包括短链ω-3脂肪酸，但缺乏长链ω-3脂肪酸。长链ω-3脂肪酸(LC-ω3)脂肪酸具有已确定的健康益处，但目前LC-ω3脂肪酸主要从藻类直接获得或从食用藻类的海洋鱼类获得。对LC-ω3脂肪酸，特别是二十二碳六烯酸(22:6n-3；DHA)、二十二碳五烯酸(22:5n-3；DPA)和二十碳五烯酸(20:5n-3；EPA)的膳食重要性认识导致对可食用鱼油的需求急剧增加。因此，存在对于供人类消耗的LC-ω3脂肪酸的可替代的、直接来源的需求。此外，由于养殖鱼类诸如大西洋鲑鱼以与膳食脂肪酸成正比地积累脂肪酸，因此需要维持鱼饲料中LC多不饱和脂肪酸(LC-PUFA)的量，并继而确保养殖鱼类中这些脂肪酸的存在。因此，需要可以在水产养殖中使用的富含LC-PUFA的来源。例如，需要能够产生LC-PUFA，特别是LC-ω3脂肪酸诸如DHA的油菜，用于在水产养殖中使用以及用于直接人体消耗。尽管植物育种和分子遗传操作(manipulation)方面取得了成就，但是还没有接近在野生鱼类中产生的LC-PUFA的含量的菜子油的商业来源。此外，油菜栽培种(cultivar)(不是F1杂交种)应是同系的(homogenous)、纯合的(homozygous)和可繁殖的，以用于经济作物的可靠的生产。因此，仍然需要可以作为可持续的作物种植、其种子提供具有商业可行的量的ω3脂肪酸、LC-PUFA、和LC-ω3脂肪酸诸如DHA的油菜品系。
[0009] 概述
[0010] 本文描述的实施方案提供了一种近交重组油菜品系，命名为NS-B50027-4，其种子包含有益水平的ω3和LC-ω3脂肪酸，因此提供生产这些有价值的油类的可再生的基于陆地的系统。近交油菜品系NS-B50027-4的种子的代表性样品根据布达佩斯条约于2016年6月9日保藏在美国典型培养物保藏中心 (Manassas，VA)，并指定登录号PTA-
123186(参见附录A)。本文还描述了近交油菜品系NS-B50027-4的细胞、组织、种子和油。通过转基因操作进行选择和育种的组合使得能够在不存在变异的物种中产生变异。例如，本文描述的油菜品系NS-B50027-4的脂肪酸谱在天然植物诸如欧洲油菜(B.napus)中不存在；
并且本文描述的性状，尤其是产生DHA的有益性状已经被人类使用重要的技术干预进行开发。
123186(参见附录A)。本文还描述了近交油菜品系NS-B50027-4的细胞、组织、种子和油。通过转基因操作进行选择和育种的组合使得能够在不存在变异的物种中产生变异。例如，本文描述的油菜品系NS-B50027-4的脂肪酸谱在天然植物诸如欧洲油菜(B.napus)中不存在；
并且本文描述的性状，尤其是产生DHA的有益性状已经被人类使用重要的技术干预进行开发。
[0011] 本发明实施方案的一个方面提供了油菜(欧洲油菜(Brassica napus L.))品系NS-B50027-4的种子，NS-B50027-4是被选择和育种成稳定、均一的育种品系的栽培种AV Jade的经遗传改良的油菜，并且在其种子中积累了相对总脂肪酸含量而言的高比例(重量百分比)的ω3脂肪酸和LC-ω3脂肪酸，特别是LC-ω3PUFA诸如DHA。开发近交品系NS-B50027-4以提供以接近一些野生鱼油中发现的水平的那些水平产生包含LC-ω3PUFA，特别是DHA的种子的油菜植物。源自NS-B50027-4的食用油具有比其他欧洲油菜植物显著更高的DHA含量。通过初始遗传转化、然后是对稳定、高产、形态适合的油菜品系的严格的选择和育种来开发新颖的、均一的育种品系NS-B50027-4。
[0012] 因此，本文描述的至少一个实施方案涉及近交油菜品系NS-B50027-4的种子；从近交油菜品系NS-B50027-4的种子培育的植物及其部分诸如花粉、胚珠或种子；以及通过培育近交油菜品系NS-B50027-4，或通过将近交油菜品系NS-B50027-4与其自身或与另一个油菜品系或芸薹属(Brassica)品系(诸如芥菜(B.juncea))杂交并从培育的子代(progeny)获得种子而从油菜植物生产种子的方法。相关的实施方案提供了从通过NS-B50027-4的至少一个转基因基因座的基因渗透而来源于NS-B50027-4的油菜或芸薹属品系的种子。
[0013] 至少一个实施方案提供了来自通过本文描述的方法产生的油菜植物群体的种子，平均而言，所述群体的10％至100％的等位基因来源于油菜品系NS-B50027-4。类似地，本发明实施方案提供了油菜品系NS-B50027-4、NS-B50027-4的亚系、NS-B50027-4或亚系的子代、或通过将NS-B50027-4与第二油菜或芸薹属植物杂交而产生的植物，用于育种或培育用于种子、油、粗粉(meal)或蛋白生产的植物。
[0014] 至少一个实施方案提供了油菜植物(诸如欧洲油菜植物)的种子，所述种子在其基因组中包含近交品系NS-B50027-4的至少一部分基因组。至少一个实施方案提供了一种植物诸如欧洲油菜植物或芥菜植物，所述植物在其基因组中包含近交品系NS-B50027-4的至少一部分基因组。至少一个实施方案提供了油菜植物(诸如欧洲油菜植物或芥菜植物)的细胞，所述细胞在其基因组中包含近交品系NS-B50027-4的至少一部分基因组。另一个实施方案提供了油菜植物(诸如欧洲油菜植物或芥菜植物)的基因组DNA，所述基因组DNA包含品系NS-B50027-4的至少一部分基因组，例如至少一个转基因基因座。至少一个实施方案还涉及来自植物的种子、细胞、组织、组织培养物、子代和后代(descendant)，所述植物包含NS-B50027-4的至少一部分基因组，NS-B50027-4由保藏在 具有登陆号PTA-123186的种子生长而来。另一个实施方案还提供了从包含NS-B50027-4的至少一部分基因组的油菜植物(诸如由保藏在 具有登陆号的PTA-123186的种子生长的植物)可获得的植物
(诸如通过繁殖或育种)。
(诸如通过繁殖或育种)。
[0015] 本发明实施方案的近交品系NS-B50027-4的参考种子已经以登录号PTA-123186保藏于 至少一个实施方案提供了以登录号PTA-123186保藏的NS-B50027-4的种子，所述种子生长为油菜植物，所述油菜植物的种子在常规收获时包含以种子的总脂肪酸的重量百分比(重量％)计至少约5％的DHA、约6％的DHA、约7％的DHA、约8％的DHA、约9％的DHA、约10％的DHA、约11％的DHA、约12％的DHA、约13％的DHA、约14％的DHA、约15％的DHA、16％的DHA，包括之间的量和列举的值，或更多的DHA。
[0016] 在至少一个实施方案中， 保藏登录号PTA-123186的种子是由至少约95％的近交转基因种子组成的种子批次，所述近交转基因种子具有NS-B50027-4的优良种(elite)事件的转基因，所述近交转基因种子生长为油菜植物，该油菜植物的种子包含以种子的总脂肪酸的重量％计至少5％的DHA、约6％的DHA、约7％的DHA、约8％的DHA、约9％的DHA、约10％的DHA、约11％的DHA、约12％的DHA、约13％的DHA、约14％的DHA、约15％的DHA、约16％的DHA，包括端点，或更多的DHA。
[0017] 登录号PTA-123186的种子是由约95％或多于95％的转基因种子组成的种子批次，所述转基因种子是对包含NS-B50027-4的优良种事件的转基因DNA纯合的，并且所述转基因种子生长为油菜植物，该油菜植物的种子包括以EPA、DPA和DHA之和占种子的总脂肪酸的重量％计至少约5％的LC-PUFA、约6％的LC-PUFA、约7％的LC-PUFA、约8％的LC-PUFA、约9％的LC-PUFA、约10％的LC-PUFA、约11％的LC-PUFA、约12％的LC-PUFA、约13％的LC-PUFA、约14％的LC-PUFA、约15％的LC-PUFA、约16％的LC-PUFA、约17％的LC-PUFA、约
18％的LC-PUFA、约19％的LC-PUFA、约20％的LC-PUFA，包括端点，或更多的LC-PUFA。该品系的种子或种子油可以含有约20重量％至约35重量％的LC-PUFA，包括端点。
18％的LC-PUFA、约19％的LC-PUFA、约20％的LC-PUFA，包括端点，或更多的LC-PUFA。该品系的种子或种子油可以含有约20重量％至约35重量％的LC-PUFA，包括端点。
[0018] 在至少一个实施方案中，提供了通过将雄性不育油菜或芸薹属品系与第二种油菜或芸薹属品系杂交获得的杂交体种子的种子批次，所述雄性不育油菜或芸薹属品系与第二种油菜或芸薹属品系对于NS-B50027-4优良种事件都是纯合的，其中所述杂交体种子包含以占种子的总脂肪酸的重量％计至少约5％的DHA、约6％的DHA、约7％的DHA、约8％的DHA、约9％的DHA、约10％的DHA、约11％的DHA、约12％的DHA、约13％的DHA、约14％的DHA、约15％的DHA、约16％的DHA、约17％的DHA、约18％的DHA、约19％的DHA、约20％的DHA、包括端点，或更多的DHA。
[0019] 本发明实施方案的一个方面提供了从栽培保藏的种子并与另一种油菜或芸薹属杂交至少一次(例如，与具有相同或不同遗传背景的另一种油菜或芸薹属植物基因渗入)可获得或获得的种子或子代种子，所述种子可以被播种和栽培，并且其中从这样的子代获得的种子可以具有与NS-B50027-4基本相同的种子油表型(性状)。在一些实施方案中，这样的子代种子的种子或种子油中脂肪酸含量的相对比例类似于NS-B50027-4的脂肪酸含量的相对比例，但比NS-B50027-4具有更高产量。在一些实施方案中，这样的子代种子或种子油可以比NS-B50027-4种子含有更高比例的LC-PUFA，诸如EPA、DPA或DHA。在一些实施方案中，这样的子代种子可以含有与包含在NS-B50027-4种子或种子油中不同比例的非LC-PUFA诸如油酸、亚油酸、棕榈油酸、异油酸(vaccenic acid)或亚麻酸。在一些实施方案中，在常规收获时，NS-B50027-4来源的子代种子包含以种子的总脂肪酸的重量％计至少5％的DHA、约6％的DHA、约7％的DHA、约8％的DHA、约9％的DHA、约10％的DHA、约11％的DHA、约12％的DHA、约13％的DHA、约14％的DHA、约15％的DHA、约16％的DHA、约17％的DHA、约18％的DHA、约19％的DHA、约20％的DHA、约21％的DHA、约22％的DHA、约23％的DHA、约24％的DHA、约
25％的DHA、约26％、约27％的DHA、约28％的DHA、约29％的DHA、约30％的DHA，包括端点，或更多的DHA。例如，这样的子代的种子可以包含以种子的总脂肪酸的重量％计20％至35％之间的DHA，包括端点。在一些实施方案中，在常规收获时，这样的NS-B50027-4来源的子代种子的脂肪酸含量包含以EPA、DPA和DHA之和，为种子总脂肪酸的重量％的至少约5％的LC-PUFA、约6％的LC-PUFA、约7％的LC-PUFA、约8％的LC-PUFA、约9％的LC-PUFA、约10％的LC-PUFA、约11％的LC-PUFA、约12％的LC-PUFA、约13％的LC-PUFA、约14％的LC-PUFA、约15％的LC-PUFA、约16％的LC-PUFA、约17％的LC-PUFA、约18％的LC-PUFA、约19％的LC-PUFA、约
20％的LC-PUFA、约21％的LC-PUFA、约22％的LC-PUFA、约23％的LC-PUFA、约24％的LC-PUFA、约25％的LC-PUFA，包括端点，或更多的LC-PUFA。例如，这样的子代的种子可以包含约
20％至约40％的LC-PUFA(总脂肪酸的重量％)，包括端点。
25％的DHA、约26％、约27％的DHA、约28％的DHA、约29％的DHA、约30％的DHA，包括端点，或更多的DHA。例如，这样的子代的种子可以包含以种子的总脂肪酸的重量％计20％至35％之间的DHA，包括端点。在一些实施方案中，在常规收获时，这样的NS-B50027-4来源的子代种子的脂肪酸含量包含以EPA、DPA和DHA之和，为种子总脂肪酸的重量％的至少约5％的LC-PUFA、约6％的LC-PUFA、约7％的LC-PUFA、约8％的LC-PUFA、约9％的LC-PUFA、约10％的LC-PUFA、约11％的LC-PUFA、约12％的LC-PUFA、约13％的LC-PUFA、约14％的LC-PUFA、约15％的LC-PUFA、约16％的LC-PUFA、约17％的LC-PUFA、约18％的LC-PUFA、约19％的LC-PUFA、约
20％的LC-PUFA、约21％的LC-PUFA、约22％的LC-PUFA、约23％的LC-PUFA、约24％的LC-PUFA、约25％的LC-PUFA，包括端点，或更多的LC-PUFA。例如，这样的子代的种子可以包含约
20％至约40％的LC-PUFA(总脂肪酸的重量％)，包括端点。
[0020] 在至少一个实施方案中，NS-B50027-4的种子含有比常规油菜品种实质上更多的ω3ALA。例如，在常规收获时，NS-B50027-4或其子代种子的脂肪酸含量包含以种子的总脂肪酸的重量％计至少约15％的ALA、约15％的ALA、约17％的ALA、约18％的ALA、约19％的ALA、约20％的ALA、约21％的ALA、约22％的ALA、约23％的ALA、约24％的ALA、约25％的ALA、约26％的ALA，包括端点，或更多的ALA。
[0021] 本发明实施方案的另一个方面提供了具有有益ω3脂肪酸和LC-ω3脂肪酸水平的油，其中脂肪酸含量比常规商业菜子油含有更高比率的ω3:ω6脂肪酸。例如，在一个实施方案中，来自NS-B50027-4的种子油具有约1.25的EPA/DPA/DHA(ω3):LA(ω6)比率。相比之下，来自AV Jade的种子油(其不包含EPA/DPA/DHA)具有约0.5的ω3:ω6比率。此外，来自亲本品系AV Jade的油没有DHA，因此没有DHA:LA比率；而来自NS-B50027-4的示例油具有约1.05的DHA:LA比率；相比之下，来自养殖鲑鱼的油具有约0.908的DHA:LA比率。来自NS-B50027-4的ω3脂肪酸的比率在棕榈酸方面是特别有利的。更具体地，来自亲本品系AV Jade的油没有DHA，并且因此没有DHA:棕榈酸比率；相反，来自NS-B50027-4的示例油具有约
2.12的DHA:棕榈酸比率；相比之下，来自养殖鲑鱼的油具有约0.59的DHA:棕榈酸比率，并且来自野生鲑鱼的油具有约1.02的DHA:棕榈酸比率。在至少一个实施方案中，NS-B50027-4的种子油中ω3:ω6脂肪酸的比率为约3至约7，包括端点，诸如约3、约3.5、约4、约4.5、约5、约
5.5、约6、约6.5或约7的ω3:ω6脂肪酸比率。通过基因渗透杂交衍生的子代、杂交体、植物和来源于NS-B50027-4的其他这样的植物具有相似或有利的ω3:ω6比率。
2.12的DHA:棕榈酸比率；相比之下，来自养殖鲑鱼的油具有约0.59的DHA:棕榈酸比率，并且来自野生鲑鱼的油具有约1.02的DHA:棕榈酸比率。在至少一个实施方案中，NS-B50027-4的种子油中ω3:ω6脂肪酸的比率为约3至约7，包括端点，诸如约3、约3.5、约4、约4.5、约5、约
5.5、约6、约6.5或约7的ω3:ω6脂肪酸比率。通过基因渗透杂交衍生的子代、杂交体、植物和来源于NS-B50027-4的其他这样的植物具有相似或有利的ω3:ω6比率。
[0022] 在本发明实施方案的另一个方面，来自近交品系NS-B50027-4或来源于其的子代的种子的油、脂质、ω3-FA、LC-PUFA或DHA用作人类或动物的食料(食品或食用材料，包括饮料)或者用于在人类或动物的食料(食品或食用材料，包括饮料)中使用，或用作人类或动物的营养补充剂(食品添加剂)。在至少一个实施方案中，来自事件NS-B50027-4种子的油、脂质、ω3-FA、LC-PUFA或DHA用于补充饲料或在水产养殖中使用的饲料添加剂。在至少一个实施方案中，来自近交品系NS-B50027-4种子的油、脂质、ω3-FA、LC-PUFA或DHA用作药物组合物或用于在药物组合物中使用。在其他实施方案中，这样的油、脂质、ω3-FA、LC-PUFA、ω3LC-PUFA或DHA从NS-B50027-4育种的品系获得。
[0023] 在本发明实施方案的另一个方面，来源于从近交品系NS-B50027-4或来源于其的子代的种子获得的种子粗粉的粗粉或蛋白用作人类或动物的食料(食品或食用材料)或在食料(食品或可食用材料)中使用或用作营养补充剂(食品添加剂)。在至少一个实施方案中，从NS-B50027-4或来源于其的子代的种子加工的粗粉用于补充饲料或在水产养殖中使用的饲料添加剂。在至少一个实施方案中，从NS-B50027-4或来源于其的子代的种子加工的蛋白用于补充饲料或在水产养殖中使用的饲料添加剂。
[0024] 本发明实施方案的一个方面提供了通过向植物提供(例如，通过遗传转化或育种)多于一个(multiple)拷贝的基因构建体来增加植物中LC-PUFA的方法，所述基因构建体表达LC-PUFA生物合成途径的一些“前端(front end)”酶。例如，虽然并非所有的酶Δ6-去饱和酶、Δ5-去饱和酶、Δ5-延长酶和ω3/Δ15-去饱和酶都可以排他地(exclusively)认为是前端去饱和酶或延长酶，但在特定的实施方案中，这些基因在表达LC-PUFA的合成所需的其他基因的转基因的植物中被组装成增加LC-PUFA诸如EPA、DPA或DHA产生的人工基因座。在特定的实施方案中，包含一些前端基因的人工基因座包括细小微胞藻(Micromonas pusilla)来源的Δ6-去饱和酶、Pyramimonas cordata来源的Δ5-延长酶、盐生巴夫藻(Pavlova salina)来源的Δ5-去饱和酶和巴斯德毕赤酵母(Pichia pastoris)来源的Δ
15/ω3-去饱和酶中的至少一个。在具体的实施方案中，包含LC-PUFA生物合成途径的一些前端基因的人工基因座包含细小微胞藻来源的Δ6-去饱和酶、Pyramimonas cordata来源的Δ5-延长酶、盐生巴夫藻来源的Δ5-去饱和酶和巴斯德毕赤酵母来源的Δ15/ω3-去饱和酶。在具体的实施方案中，该四基因转基因插入片段与NS-B50027-4分离(例如，通过与A02染色体进行异型杂交)并使用标准植物育种技术引入到受体植物品系中。
15/ω3-去饱和酶中的至少一个。在具体的实施方案中，包含LC-PUFA生物合成途径的一些前端基因的人工基因座包含细小微胞藻来源的Δ6-去饱和酶、Pyramimonas cordata来源的Δ5-延长酶、盐生巴夫藻来源的Δ5-去饱和酶和巴斯德毕赤酵母来源的Δ15/ω3-去饱和酶。在具体的实施方案中，该四基因转基因插入片段与NS-B50027-4分离(例如，通过与A02染色体进行异型杂交)并使用标准植物育种技术引入到受体植物品系中。
[0025] 所描述的实施方案的一个方面提供了一种新的油菜育种品系，命名为NS-B50027-4，和在其核基因组中包含NS-B50027-4的优良种事件的油菜植物，诸如欧洲油菜或芥菜。包含品系NS-B50027-4的遗传事件的油菜植物能够产生种子特异性的脂肪酸，所述脂肪酸比常规油菜植物中产生的脂肪酸含有更多LC-PUFA。近交油菜品系NS-B50027-4植物表现出与非转基因的等基因的(isogenic)油菜植物品系基本等同的其他农艺性能性状；但是这样的性状与其他品系不同，从而提供命名为NS-B50027-4的独立的品系或栽培种。近交油菜品系NS-B50027-4种子的代表性样品已保藏在 登录号为PTA-123186。
[0026] 至少一个实施方案涉及转基因油菜种子、其植物或植物部分、组织或细胞，具有稳定地整合到基因组的至少一个转基因插入片段，所述转基因插入片段包含含有16个异源基因的表达盒，所述转基因经密码子优化用于植物表达并且编码Pavlova salina来源的Δ4-去饱和酶、Pavlova salina来源的Δ5-去饱和酶、Pyramimonas cordata来源的Δ5-延长酶、细小微胞藻来源的Δ6-去饱和酶、Pyramimonas cordata来源的Δ6-延长酶、Lachancea kluyveri来源的Δ12-去饱和酶、巴斯德毕赤酵母来源的Δ15/ω3-去饱和酶，和至少一个红花烟草(Nicotiana tobacum)来源的基质结合区(MAR)和可选择标记基因；以及至少一个包含四个异源基因的表达盒的转基因插入片段，该转基因经密码子优化用于植物表达并且编码细小微胞藻来源的Δ6-去饱和酶、Pyramimonas cordata来源的Δ5-延长酶、Pavlova salina来源的Δ5-去饱和酶、巴斯德毕赤酵母来源的Δ15/ω3-去饱和酶转基因，以及至少一个红花烟草来源的MAR。近交转基因系NS-B50027-4举例说明了该实施方案，并且具有这些异源基因的种子的代表性样品已经保藏在 登录号为PTA-123186。
[0027] 此外，本发明的实施方案的一方面提供了鉴定包括近交油菜品系NS-B50027-4的转基因特征(优良种事件)的转基因植物或其细胞或组织的方法，该方法基于鉴定具有特定的核苷酸序列或编码特定的氨基酸的表征DNA分子的存在。例如，这样的表征DNA分子包含含有该事件的插入位点或连接的至少15bp、至少20bp、至少30bp(包括端点)的序列，即包含含有LC-ω3脂肪酸合成基因以及与其连续的油菜基因组的一部分(每个插入的5'侧翼区或3'侧翼区)二者的插入的外源DNA的一部分，允许特异性识别NS-B50027-4。作为此方面的另一个实施例，用于鉴定许多转基因和侧翼区的引物组可以在鉴定NS-B50027-4的方法中使用。实施方案还涉及通过本文描述的方法鉴定的植物。
[0028] 一些实施方案提供了可用于竞争性等位基因特异性PCR(KASP)测定(其中两个等位基因特异性正向引物识别SNP)、液滴数字PCR(ddPCR)测定、定量PCR(qPCR)测定、旁系同源物特异性测定或用于偶然存在(AP)测试测定的组合物。可用于进行KASP测定以检测NS-B50027-4遗传性状，特别适用于基因渗入研究和杂交体开发的引物的具体实施方案包括在SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:90中描述的引物，或其互补序列。这些引物或其互补序列中的至少一些可以包括在用于鉴定NS-B50027-4、NS-B50027-4的子代、或者包含NS-B50027-4的至少一部分基因组的其他植物或植物材料的试剂盒中。
[0029] 相关方面提供了从植物获得或来源于植物的基因组DNA，所述基因组DNA包含品系NS-B50027-4的至少一部分基因组DNA，特别是掺入转基因或其连接的基因组的区域。例如，这样的基因组DNA可以用作本文描述的鉴定测定中的参考对照材料。
[0031] 图1是示出了已经引入到转基因植物中以提供DHA的合成的生物合成途径的酶的方案。
[0032] 图2是在8个栽培地点上针对预测的DHA(以kg/ha计)绘制的籽粒产量图。◆为DHAKg/ha；--为线性DHAKg/ha；y＝29.296x+2.8315；R2＝0.8567。
[0033] 图3描绘了在8个地点上针对预测的LC-PUFA(EPA、DPA和DHA)(以kg/ha计)绘制的籽粒产量图。◆为LC-PFUAKg/ha；--为线性LC-PUFA Kg/ha；y＝34.043x+3.4049；R2＝0.8636。
[0035] 详细描述
[0037] 指出的所有专利和其他出版物为了描述和公开例如可以与本发明关联使用的在这样的出版物中描述的方法，但不提供与本文呈现的那些术语不一致的术语的定义的目的通过引用并入本文。这些出版物仅以其先于本申请的申请日期的公开内容被单独地提供。就这一点而言，任何内容不应该被解释为发明人没有资格借助在先发明或出于任何其他原因先于这样的公开内容的承认。所有关于日期的叙述或关于这些文献内容的陈述是基于申请人可获得的信息，而并不构成对这些文献的日期或内容的正确性的承认。
[0038] 如在本文和在权利要求中所使用的，单数形式的“一(a)”、“一(an)”及“该(the)”包括复数的指示物，除非上下文另外清楚地指明。除非另有说明，否则在整个说明书中“包含(comprise)”，“包含(comprises)”和“包含(comprising)”包含性地而非排除性地使用，使得所述整数或整数组可包括一个或多个其他未说明的整数或整数组。除非例如被“任一(either)”修饰，否则术语“或”是包含性的。因此，除非上下文另外指明，否则单词“或”表示特定列表的任何一个成员，并且还包括该列表的成员的任何组合。
[0039] 所有的值都是近似值，因为脂肪酸组成由于环境条件存在一些波动。值通常表示为总脂肪酸的重量的百分比，或总种子的重量百分比。因此，除了在操作实例中之外，或在另外指示的情况下，表示本文中使用的量或反应条件的所有数字应当被理解为在所有情况中被术语“约”修饰，除非相反说明；“约”通常指指定值的±1％，但可以允许本领域技术人员根据相关的上下文接受指定值的±5％或±10％。
[0040] 重组DNA技术可以根据本领域已知的标准方案进行。参见例如：Sambrook等人,MOLECULARCLONING:LAB.MANUAL(第2版,Cold Spring Harbor Lab.Press,NY(1989)；Ausubel等人,CURRENT PROTOCOLS MOLEC.BIOL.(1994及更新)；DNA CLONING:PRACTICAL APPROACH,第1-4卷(Glover&Hames编辑,IRL Press 1995,1996)，Croy,PLANT
MOLEC.BIOL.LABFAX(BIOS Sci.Pub.Ltd.&Blackwell Sci.Pub.,UK,1993)；WO
2015089587。
MOLEC.BIOL.LABFAX(BIOS Sci.Pub.Ltd.&Blackwell Sci.Pub.,UK,1993)；WO
2015089587。
[0041] 标题仅为方便起见而提供并且不应解释为以任何方式限制本发明。除非另外定义，本文使用的所有技术术语和科学术语具有本领域的普通技术人员通常所理解的含义相同的那些含义。本文使用的术语仅用于描述特定实施方案的目的，并且不旨在限制本发明的范围，本发明的范围仅由权利要求书界定。为使本公开内容可更容易地理解，首先定义某些术语。另外的定义贯穿详细说明而阐述。
[0042] 定义
[0043] “品系”是在共享该名称的个体之间显示非常小的整体变异的一组植物。“品系”还指携带基本上相同的遗传物质的植物的同质组合，所述基本上相同的遗传物质的至少一种性状在个体之间显示很小的遗传变异或没有遗传变异。“变种(variety)”或“栽培种”可以与“品系”互换使用，但通常前两个术语是指适用于商业生产的品系。例如在短语“遗传衍生自亲本系”中使用的“遗传衍生”是指所讨论的特征完全或部分地由所讨论的植物的遗传组成的一个方面决定。
[0044] 如本文所用的，“芸薹属”植物是指十字花科(Brassicaceae)的植物。芸薹属植物可以属于物种欧洲油菜、芸薹(或芸苔(B.campestris))或芥菜中的一种。或者，该植物可以属于源自使这些芸薹属物种相互杂交的物种，诸如B.napocampestris，或者源自使这些芸薹属物种中的一种与十字花科(Cruciferacea)的另一个物种人工杂交的物种。倍性是指栽培种表现出的染色体数目是二倍体还是四倍体。因为欧洲油菜是杂交产生的异源四倍体(双二倍体)并且保留芸薹(以前的芸苔)和甘蓝(B.oleracea)的两种基因组，包含转基因事件NS-B50027-4的欧洲油菜植物可以用于引入NS-B50027-4事件，并因此将本文描述的产生LC-ω3脂肪酸或增加LC-ω3脂肪酸的表达的“性状”引入到芸薹属的其他成员中多种或常规的育种方法。因此，可用于实施本发明实施方案的芸薹属的成员的实例包括但不限于芥菜、B.napobrassica、甘蓝、埃塞俄比亚芥(B.carinata)、欧洲油菜、芸薹和芸苔以及允许在芸薹属物种之间育种的属于芸薹属的任何其他植物。通常，“油料种子植物”是指物种欧洲油菜、芸薹(或芸苔)或芥菜中的任一种。
[0045] 欧洲油菜通常被称为油菜籽(rapeseed)或油菜(oilseed rape)，并且特定的栽培种可以被称为油菜(canola)。如本文中使用的，术语“油菜”或“油菜植物”是指能够用于生产菜子油的芸薹属植物(即满足含有少于2％芥酸的特定质量标识的油)并且包括以下品种：欧洲油菜、B.napobrassica、芸薹、芥菜和芸苔。油菜植物是双二倍体(也称为异源四倍体)，其是指一种种间杂交体，具有来自每个亲本形式的完整二倍体染色体组，通常意味着基因组AACC。
[0046] “油菜”和“油菜植物”通常指欧洲油菜，但包括可以与油菜育种(bred)的所有植物品种。“油菜”和“油菜植物”还包括植物部分。“菜子油”必须含有少于2％芥酸(Δ13-22:1)；和少于30微摩尔的葡萄糖异硫氰酸酯/克风干的、无油固体油菜种子(即粗粉)。参见例如CODEX ALIMENTARIUS:FATS,OILS&RELATED PRODUCTS,第8卷(第2版,Food&Agriculture Org.United Nations,Rome,Italy,2001)。
[0047] “植物部分”包括植物细胞、植物器官、植物原生质体、植物可以从其再生的植物细胞组织培养物、植物愈伤组织、植物团块和在植物或植物部分中完整的植物细胞，诸如胚胎、花粉、胚珠、种子、荚、叶、花、枝、果实、茎、根、根尖、花药、子叶、下胚轴、胚根、单细胞、配子、细胞培养物、组织培养物等。子叶是一种类型的种子叶片；植物胚胎上包含的一个小叶片。子叶含有种子的食物储存组织。胚胎是包含在成熟种子中的小植物。“植物细胞”还包括不可再生的植物细胞。再生植物的子代、衍生物、变体和突变体也包括在本发明实施方案的范围内，条件是这些部分包含至少一些事件NS-B50027-4核酸分子，通常为NS-B50027-4的优良种事件的两个基因座的一个或两个。本发明实施方案还涉及优良种事件NS-B50027-4转基因在植物细胞培养和组织培养中的用途。实施方案包括来自优良种事件NS-B50027-4品系的植物和植物部分，以及通过描述的增加NS-B50027-4或包含NS-B50027-4的两个转基因基因座中的至少一个的子代的遗传组成的方法产生的其他植物。
[0048] “等位基因”是与一种性状或特征相关的基因的替代形式。在二倍体细胞或生物体中，给定基因的两个等位基因占据一对同源染色体上对应的基因座。
[0049] “基因座”赋予一种或更多种性状，诸如例如修饰的脂肪酸新陈代谢、修饰的植酸新陈代谢、修饰的碳水化合物新陈代谢、雄性不育、除草剂耐受性、昆虫抗性、抗病性或修饰的蛋白新陈代谢。性状可以由例如，通过回交引入到品系的基因组中的天然存在的基因、天然或诱导的突变、或通过遗传转化技术引入的转基因赋予。基因座可包含整合在单个染色体位置的一个或更多个等位基因。“数量性状基因座”(QTL)是指与表型(定量性状)的变化相关的DNA区域(基因座)。QTL通常与控制该表型的基因连锁或包含控制该表型的基因。通过鉴定哪些分子标记(诸如SNP或AFLP)与观察到的性状相关来绘制QTL图谱。
[0050] “百分比同一性”是指两种油菜或芸薹属品种的纯合等位基因的比较。百分比同一性通过比较两个开发的品种的统计学上显著的纯合等位基因数量来确定。例如，NS-B50027-4与第二芸薹属之间90％的百分比同一性意味着两个芸薹属在它们的90％的基因座处具有相同的等位基因。关于确定的DNA分子或蛋白，鉴定的序列(SEQ ID NO)的％同一性，最小％同一性包括与由SEQ ID NO指定的相关命名序列相比至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少76％、至少80％、至少85％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、至少99.1％、至少99.2％、至少99.3％、至少99.4％、至少99.5％、至少99.6％、至少99.7％、至少99.8％、或至少
99.9％同一的核苷酸序列。
99.9％同一的核苷酸序列。
[0051] 遗传密码的简并性允许比蛋白通常可以接受的更大范围的多核苷酸序列的％同一性，因为无数核苷酸组合可以编码给定蛋白。此外，氨基酸取代允许蛋白的一级氨基酸结构的许多不重要的变化，例如不破坏酶功能的氨基酸取代。另外，当与天然存在的分子相比时，多核苷酸可具有为核苷酸残基的缺失、插入或取代的一种或更多种突变。具有相对于参考序列的突变的多核苷酸可以是天然存在的(即从天然来源分离)，也可以是合成的(例如，通过进行定点诱变或DNA重排产生)。
[0052] 通常，“事件”是作为遗传操作的结果，携带包含感兴趣的一个或更多个基因的外源DNA(转基因)的人工基因座。事件的典型等位基因状态是存在或不存在外源DNA。事件可以通过一种或更多种转基因的表达来通过表型表征。在遗传水平上，事件是植物遗传组成的一部分。在分子水平上，事件可以由限制性图谱、通过转基因的上游或下游侧翼序列、或转基因的分子构型来表征。通常，用转化DNA转化植物细胞或植物部分导致多个事件，每个事件是独特的。
[0053] 术语“基因”是指通常包含几个可操作地连接的DNA区域的DNA分子，诸如启动子和5'非翻译区(5'UTR或5'非编码序列)，它们一起形成启动子区；编码区(可以编码或可以不编码蛋白)；和包含多腺苷酸化位点的非翻译3'区(3'UTR或3'非编码序列)。通常在植物细胞中，5'UTR区、编码区和3'UTR区被转录成RNA分子，在编码蛋白的基因的情况中，该RNA分子被翻译成蛋白。因此，“编码序列”是指DNA分子中提供翻译(通过信使RNA、核糖体和相关的翻译装置)特定氨基酸序列的密码子的核苷酸序列。基因可以包括另外的DNA区，诸如例如内含子。“基因型”是指细胞或生物体的遗传构成。“基因座”通常是给定基因或一组基因(set of genes)在植物基因组中的位置。
[0054] 术语“转基因”是指整合到植物的基因组中的感兴趣的基因。因此，“转基因植物”在其所有细胞的基因组中包含至少一个转基因。本发明实施方案的转基因包含至少一个拷贝的在品系NS-B50027-4中的LC-PUFA的生物合成中表达的以下酶：来源于海洋微藻盐生巴夫藻的Δ4-去饱和酶、来源于盐生巴夫藻的Δ5-去饱和酶、来源于微藻Pyramimonas cordata的Δ5-延长酶、来源于微藻细小微胞藻的Δ6-去饱和酶、来源于P.cordata的Δ6-延长酶、来自酵母Lachancea kluyveri的Δ12-去饱和酶和来源于酵母巴斯德毕赤酵母的Δ15/ω3-去饱和酶。另外地或可选择地，本发明实施方案的转基因包含来源于盐生巴夫藻的Δ5-去饱和酶、来源于P.cordata的Δ5-延长酶、来源于细小微胞藻的Δ6-去饱和酶和来源于巴斯德毕赤酵母的Δ15/ω3-去饱和酶。NS-B50027-4的转基因在包括适当的调控区的表达盒中以二元方式排列。上文描述的NS-B50027-4的转基因是人工的，因为它们是使用密码子优化策略设计的，并且因此转基因原本在自然界中不存在。转基因表达盒可包括来自红花烟草(Nicotiana tobacum)的至少一个基质结合区(MAR)。转基因盒还包括可选择标记基因。参见例如WO2013185184；US 2015/0166928；2017年6月16日提交的PCT/US2017/_____，其要求美国临时申请第62/351,246号的优先权权益。
[0055] 当关于植物物种提及基因或DNA分子时，“外源的”或“异源的”表示基因或DNA分子或其部分(例如特定区域)不能天然地在该植物物种中找到，或者不能天然地在该植物物种的基因座中找到。术语“外源DNA”还指由于转化而将被整合或已经整合到植物的基因组中的DNA分子。在本公开内容的上下文中，转基因、转基因盒或转基因表达盒包含至少一种外源DNA或异源DNA。
[0056] 当提及基因或DNA分子时，术语“嵌合的”用于表示该基因或DNA分子包含至少两个功能上相关的DNA区域(诸如启动子、5'UTR、编码区、3'UTR、内含子)，它们天然地彼此不缔合，并且源自不同的来源，使得至少一个DNA区域对于嵌合DNA分子中的另一个DNA区域是外源的。
[0057] 术语“质粒”或“载体”是指通常携带不是细胞的中心代谢(central metabolism)的一部分的基因的染色体外元件，并且通常是环状双链DNA分子的形式。这样的元件可以是源自任何来源的线型的或环状的单链或双链DNA或RNA的自主复制序列、基因组整合序列、噬菌体序列或核苷酸序列，其中许多核苷酸序列已经连接或重组成独特的构建体，该构建体能够将例如表达盒导入到细胞中。关于转基因植物，这样的质粒或载体可以含有协助将转基因插入植物基因组中的T-DNA区域。
[0058] “表达盒”是指含有转基因并且具有除了外源基因以外的允许该基因在外源宿主中表达的元件的遗传构建体(例如，5'启动子(任选地具有增强子)非翻译(“UTR”)DNA、编码所选基因产物的DNA和适当的3'UTR DNA)；并且可以指在插入植物的基因组之前和之后的盒。换句话说，转基因插入片段构成表达盒。因此，“插入片段DNA(insert DNA)”是指通过转化方法引入植物材料的异源DNA，并且包括用于本文说明的这样的转化的DNA(不同于原始/野生型/天然DNA)。插入片段DNA通常是转基因表达盒。
[0059] “转化DNA”是指用于转化的重组DNA分子，例如表达载体。转化DNA通常包含能够赋予转化植物一种或更多种特定特征的至少一个“感兴趣的基因”(例如，嵌合基因)。
[0060] “转化”是指核酸分子到宿主生物体的转移，导致遗传上稳定的遗传。例如，核酸分子可以是自主复制的质粒，或者核酸分子可以整合到宿主生物体的基因组中。含有转化的核酸片段的宿主生物体被称为“转基因的”或“重组的”或“转化的”生物体。
[0061] 术语“重组DNA分子”用于举例说明，并因此可以包括分离的核酸分子，所述分离的核酸分子可以是DNA并且可以通过重组或其他过程诸如合成DNA合成或PCR获得。PCR(聚合酶链式反应)是其中使用由“上游”引物和“下游”引物组成的引物和聚合催化剂(诸如DNA聚合酶)，并且通常为热稳定的聚合酶，制备靶多核苷酸的复制拷贝的反应。用于PCR的方法是本领域已知的。参见，例如PCR(McPherson&Moller编辑,BIOS Sci.Publ.Ltd.,Oxford,2000)。PCR可以在基因组DNA或cDNA上进行。
[0062] “合适的调控元件”或“合适的调控序列”是指位于编码序列的上游(例如，5'UTR)、内部、或下游(3'UTR)的核苷酸序列，所述核苷酸序列影响转录、RNA加工或稳定性、或相关编码区的翻译。调控元件可包括启动子、增强子元件、翻译前导序列、内含子、多腺苷酸化识别序列、RNA加工位点、效应物结合位点和茎环结构。
[0063] “启动子”是指能够控制编码区或功能性RNA的表达的DNA元件。通常，编码区位于启动子元件的3'。启动子可以整体源自天然基因，或包括源自自然界中发现的不同启动子的不同元件，或甚至包括合成的DNA区段。本领域技术人员理解，不同的启动子可以指导基因在不同的组织或细胞类型中表达，或在发育的不同阶段、或响应不同的环境条件或生理条件表达。引起基因在大多数细胞类型中在大多数时间表达的启动子通常被称为“组成型启动子”。还认识到，由于在大多数情况中调控元件的确切边界尚未完全确定，不同长度的DNA片段可以具有相同的启动子活性。
[0064] 术语“3'非编码序列”和“转录终止子”或3'UTR是指位于DNA分子的编码区下游的DNA元件。这包括聚腺苷酸化识别序列和编码能够影响mRNA加工或基因表达的调控信号的其他序列。聚腺苷酸化信号通常通过影响聚腺苷酸串(polyadenylic acid tracts)添加至mRNA前体的3'末端表征。3'区可以影响转录、RNA加工或稳定性、或相关编码区的翻译。
[0065] “可操作地连接”指核酸元件在单个核酸分子或其部分上的缔合，使得一个元件的功能被另一个元件影响。例如，当启动子能够调节编码区的表达时，该启动子与该编码区可操作地连接(即，该编码区在启动子的转录控制下)。编码区可以以有义方向或反义方向可操作地连接至调控元件。
[0066] “诱变”是出于在物种中引起新的遗传可变性的目的将已知导致遗传物质中的突变的剂诸如甲基磺酸乙酯应用于植物材料的方法，并且通常在考虑特定性状的情况下完成。参见Swanson等人,7Plant Cell Rep.83(1988)。其他技术包括生成针对特定核苷酸或氨基酸变化(取代、缺失或添加)的突变体。引入核酸序列变化的这样的方法包括在术语“诱变”中。诱变可用于破坏遗传表达的“敲除”实验。
[0067] “引物”是与待扩增(例如通过聚合酶链式反应)的多核苷酸的一部分互补的相对短的多核苷酸或寡核苷酸。通常，引物不超过50个核苷酸长，诸如小于约30个核苷酸长，或小于约24个核苷酸长。
[0068] 如本文中使用的，“表达”是指源自本发明核酸的有义(mRNA)的转录和稳定积累。表达还可以指mRNA翻译成多肽。
[0069] 除非另外陈述或从上下文中清楚的，否则提及细胞包括植物细胞，无论是分离的、在组织培养物中、还是整合到植物或植物部分中。
[0070] “再生”涉及从所选作物或品种中选择能够再生的细胞(例如种子、小孢子、胚珠、花粉、营养部分)。这些细胞可以任选地经受遗传转化或诱变，然后使用基于遗传修饰细胞的类型的再生、受精或生长技术从细胞发育为植物。可应用的再生技术是本领域技术人员已知的；参见例如Armstrong&Green,165Planta 322(1985)；Close&Ludeman,52Planta Sci.81(1987)。
[0071] “子代”是指所有后代，包括植物的后裔(offspring)或衍生物或植物，并且包括第一代、第二代、第三代和后续各代；并且可以通过自花授粉或与具有相同或不同基因型的植物杂交产生，并且可以通过一系列合适的基因工程技术修饰。栽培种(cultigen)通常涉及已经被人类有意改变和选择的植物。“T0”是指第一代转化植物材料，“T1”是指在T0植物上产生的种子，T1种子产生产生T2种子的植物，以及后续的Tx代。
[0072] “育种”包括使植物发育或繁殖的所有方法，并且包括种内杂交和种间杂交、和品系内杂交和品系间杂交以及所有合适的常规育种和人工育种技术。所需的性状(例如NS-B50027-4DHA性状)可以转移到其他油菜或欧洲油菜品系、栽培种(cultivar)或栽培种(cultigen)；或者通过常规的育种方法并且也可以通过种间杂交转移到其他芸薹属物种诸如如芥菜和芸薹。常规育种方法和种间杂交方法二者以及在植物之间转移遗传物质的其他方法在本领域中是周知的。
[0073] “回交”是其中育种者将杂交体子代重复杂交回亲本品系的方法，例如，将第一代杂交体F1与F1杂交体的亲本基因型中的一个杂交是回交。回交可用于将来自供体亲本(转基因亲本)的感兴趣的性状引入轮回亲本(recurrent parent)(待修饰的优良种品系)中：供体亲本与轮回亲本杂交；然后将此杂交的子代与轮回亲本回交；选择这些杂交的子代的感兴趣的性状，并然后杂交回轮回亲本；对于按需要的回交重复此方法多次，以产生其中轮回亲本的来自供体亲本的性状是纯合的品系。回交也可以与自交结合，这在引入隐性基因时是有利的。
[0074] “基因渗入”是将来自一个基因池的基因稳定整合到另一个基因池。“渐渗杂交(introgressive hybridization)”是指将来自一个实体的等位基因掺入(通常通过杂交和回交)到第二个不同实体的基因库中。基因渗入品系允许研究数量性状基因座，并且还提供了将新性状(即NS-B50027-4性状)引入其他油菜或芸薹属(诸如欧洲油菜或芥菜)的手段。感兴趣的受体品系包括开放授粉(OP)除草剂耐受品系，诸如三嗪耐受(TT)；Roundup (RR)；堆叠的TT和RR；咪唑啉酮(IMI)耐受的OP品系；或IMI恢复(Rf)系；高百分比
种子油品系；DHA品系的最佳背景；或选择用于区域适应的品系。这样的品系可以发育为杂交体或优良种事件。由于现有的等基因油菜品系表现出45％的种子油潜力，NS-B50027-4基因座的基因渗入可能在这样的堆叠事件中产生含有20％DHA的大量产量的种子油。可以选择进一步的育种事件堆叠用于产生EPA或DPA。实际上，NS-B50027-4基因(一个或两个基因座)可以通过使用相同载体转化或使用用于生成NS-B50027-4的相似载体转化与包含至少一个7基因插入片段或8基因插入片段(即7个酶和任选地标记)的其他转基因芸薹属堆叠，产生例如具有提供产生LC-PUFA的三个基因座的植物。可选择地，如本文进一步描述的，A02和A05基因座可以与NS-B50027-4分离，并且A02基因座在其他LC-PUFA产生品系中(例如，具有用于产生EPA、DPA、或DHA的单个插入片段的品系)堆叠，以增加LC-PUFA产生。
种子油品系；DHA品系的最佳背景；或选择用于区域适应的品系。这样的品系可以发育为杂交体或优良种事件。由于现有的等基因油菜品系表现出45％的种子油潜力，NS-B50027-4基因座的基因渗入可能在这样的堆叠事件中产生含有20％DHA的大量产量的种子油。可以选择进一步的育种事件堆叠用于产生EPA或DPA。实际上，NS-B50027-4基因(一个或两个基因座)可以通过使用相同载体转化或使用用于生成NS-B50027-4的相似载体转化与包含至少一个7基因插入片段或8基因插入片段(即7个酶和任选地标记)的其他转基因芸薹属堆叠，产生例如具有提供产生LC-PUFA的三个基因座的植物。可选择地，如本文进一步描述的，A02和A05基因座可以与NS-B50027-4分离，并且A02基因座在其他LC-PUFA产生品系中(例如，具有用于产生EPA、DPA、或DHA的单个插入片段的品系)堆叠，以增加LC-PUFA产生。
[0075] “疾病抗性”通常是植物限制特定害虫(诸如昆虫、真菌、病毒或细菌)的活性的能力。“疾病耐受性”是植物忍受由特定害虫(诸如昆虫、真菌、病毒或细菌)或不利环境条件引起的紊乱，但是尽管存在这种紊乱仍然生长和生产的能力。
[0076] “脂肪酸组成”或“脂肪酸含量”通常是指存在于成熟、完整、部分干燥的种子的内源形成的油中的各种脂肪酸的重量百分比。常见的行业惯例是将脂肪酸组成报告为面积百分比(面积归一化)，而不是绝对重量百分比，但是面积百分比接近绝对重量百分比。绝对结果可以使用已知浓度的单独的参考标准品和内标来基于mg/kg计算结果。但也可以使用校正因子来计算脂肪酸的质量而不使用单独的脂肪酸标准品，然而仍可能需要内标。通常，脂肪酸含量通过压碎种子并提取脂肪作为脂肪酸甲酯(FAME)来确定，脂肪酸甲酯(FAME)可以通过生成面积百分比或可以从中得到面积百分比的数据的各种技术来分析脂肪酸含量。示例分析方法包括气相色谱法(GC)、GC-质谱法(GC-MS)、液相色谱-质谱法(LC-MS)、核磁共振法(NMR)或近红外反射光谱法。总脂质可以通过本领域已知的技术分离以纯化级分，例如诸如TAG级分。表征脂肪酸组成的其他方法是本领域技术人员已知的。参见例如，CANOLA:CHEMISTRY,PRODUCTION,PROCESSING&UTILIZATION(Daun等人编辑,AOCS Press,Urbana,IL,2011)(Daun等人,2011)；US 2015/0166928；US 20160002566。
[0077] 类似地，“油含量”是存在于成熟、完整、部分干燥的种子(通常含有约6％或7％的水分)中的油的典型重量百分比。油的百分比，也被称为油含量，被计算为油的重量除以标准水分含量的种子重量。油含量可以是不同品种的特征。它可以使用各种分析技术确定，诸如核磁共振法(NMR)、近红外反射(NIR)和Soxhlet提取。例如，油菜油含量可以通过NMR技术(Rossell&Pritchar,ANALYSIS OF OILSEEDS,FATS&FATTY FOODS48-53(Elsevier Sci.Pub.Ltd,London,1991))、通过同时测量水分含量的脉冲波NMS100Minispec(Balker Pty Ltd Scientific Instruments,Germany)测量。种子油含量也可以通过NIR光谱法测量。Li等人67Phytochem.904(2006)。
[0078] 短语“提取的植物脂质”、“分离的植物脂质”、“提取的脂质”等是指包含从例如压碎的植物或植物部分(诸如种子)提取的包含脂质的组合物。提取的脂质可以是通过例如压碎植物材料(诸如种子)而获得的相对粗制的组合物；或更纯化的组合物，其中来源于植物材料的大部分(如果不是全部的话)水、核酸、蛋白或碳水化合物已从油中去除。纯化的方法的实例是本领域已知的。在一些实施方案中，提取的或分离的植物脂质包含按组合物重量计至少约60％、至少约70％、至少约80％、至少约90％、或至少约95％(重量/重量)的脂质。提取的脂质在室温可以是固体或液体，在本文中后者被认为是“油”。在一些实施方案中，提取的脂质未与另一种来源产生的另一种脂质诸如DHA(例如，来自鱼油的DHA)混合。在一些实施方案中，与完整种子或细胞中的比率相比，在提取后，油酸与DHA、棕榈酸与DHA、亚油酸与DHA或总ω6脂肪酸与总ω3脂肪酸的比率没有显著改变(例如，不大于10％或5％改变)。
换句话说，提取的油没有富集特定的脂肪酸，例如DHA。在其他实施方案中，提取的植物脂质尚未暴露于诸如氢化或分馏程序，当与完整种子或细胞中的比率相比，氢化或分馏改变油酸与DHA、棕榈酸与DHA、亚油酸与DHA或总ω6脂肪酸与总ω3脂肪酸的比率。也就是说，提取的油没有富集特定的脂肪酸，例如DHA。当本发明的实施方案的提取的植物脂质是油时，油还包含非脂肪酸分子诸如甾醇。
换句话说，提取的油没有富集特定的脂肪酸，例如DHA。在其他实施方案中，提取的植物脂质尚未暴露于诸如氢化或分馏程序，当与完整种子或细胞中的比率相比，氢化或分馏改变油酸与DHA、棕榈酸与DHA、亚油酸与DHA或总ω6脂肪酸与总ω3脂肪酸的比率。也就是说，提取的油没有富集特定的脂肪酸，例如DHA。当本发明的实施方案的提取的植物脂质是油时，油还包含非脂肪酸分子诸如甾醇。
[0079] 如上所述，短语“提取的植物油”和“分离的植物油”是指包含在室温是液体的提取的植物脂质或分离的植物脂质的组合物。油从植物或其部分诸如种子获得。提取或分离的油可以是通过例如压碎植物种子获得的相对粗制的组合物；或更纯化的组合物，其中来源于植物材料的大部分(如果不是全部的话)水、核酸、蛋白或碳水化合物已从油中去除。组合物可以包含可以为脂质或非脂质的其他组分。在实施方案中，油组合物包含至少约60％、至少约70％、至少约80％、至少约90％、或至少约95％(w/w)的提取的植物脂质。在实施方案中，本发明提取的油未与另一种来源产生的的另一种油或脂肪酸诸如DHA(例如来自鱼油的DHA)混合。在一个实施方案中，与完整种子或细胞中的比率相比，在提取后，油酸与DHA、棕榈酸与DHA、亚油酸与DHA或总ω6脂肪酸与总ω3脂肪酸的比率没有显著改变(例如不大于10％或5％改变)。在实施方案中，提取的植物油也尚未暴露于诸如氢化或分馏程序，与完整种子或细胞中的比率相比，氢化或分馏显著改变油酸与DHA、棕榈酸与DHA、亚油酸与DHA或总ω6脂肪酸与总ω3脂肪酸的比率。这些实施方案的提取的植物油没可以包含非脂肪酸分子诸如甾醇。
[0080] 如本文中使用的，“油”是主要包含脂质并且在室温为液体的组合物。例如，本发明的油优选包含以重量计至少75％、至少80％、至少85％或至少90％的脂质。通常，纯化的植物油包含以油中的脂质的重量计至少90％的三酰甘油酯(TAG)。油的微量组分诸如二酰基甘油酯(DAG)、游离脂肪酸(FFA)、磷脂或甾醇可以存在于油中。来源于NS-B50027-4的食用油可以通过以下特征的一个或更多个表征：DHA含量为至少约7重量％、DPA含量为至少约1重量％、EPA含量为至少约0.4重量％、油酸/顺式-异油酸含量为约46重量％、亚油酸含量为约8.2重量％、ALA含量为至少约19％、ALA/花生酸/SDA的组合含量为约21重量％、EPA/DPA/DHA的组合含量为至少约9％(总脂肪酸重量％)。在一些实施方案中，EPA/DPA/DHA的组合含量为约16％。
[0081] 如本文中使用的，术语“脂肪酸”是指通常具有饱和或不饱和的长脂族尾部的羧酸。通常，脂肪酸具有长度为至少8个碳原子、例如长度为至少12个碳、16个碳、18个碳、20个碳、22个碳或24个碳的碳-碳键合链。大多数天然存在的脂肪酸具有偶数个碳原子，因为它们的生物合成涉及具有两个碳原子的乙酸酯。脂肪酸可以处于游离状态(非酯化)；处于酯化形式诸如甘油三酯(TAG)、二酰甘油酯(DAG)、单酰甘油酯的一部分；为酰基-CoA(硫代酯)结合或另一种结合形式。脂肪酸可以酯化为磷脂，诸如磷脂酰胆碱、磷脂酰乙醇胺、磷脂酰丝氨酸、磷脂酰甘油、磷脂酰肌醇或二磷脂酰甘油。
[0082] “饱和脂肪酸”沿链不含有碳-碳双键(烯烃)或其他官能团。因此，“饱和的”是指在所有可能的碳处(除了羧酸[-COOH]基团)存在氢。换句话说，在饱和脂肪酸中，脂肪酸的omega(ω)末端(也称为n末端)含有三个氢(-CH3)，并且链内的每个碳含有两个氢(-CH2-)。“总饱和物”通常是指棕榈酸(C16:0)、硬脂酸(C18:0)、花生酸(C20:0)、山嵛酸(C22:0)和二十四烷酸(C24:0)脂肪酸的组合的百分比。
[0083] “不饱和脂肪酸”与饱和脂肪酸共享相似的骨架，除了它们在碳链中包含至少一个烯烃基团(-CH＝CH-)。两个侧接碳原子(与烯烃基团的任一侧结合)可以以顺式或反式构型存在。“单不饱和脂肪酸”是指在碳链中具有至少12个碳原子但仅具有一个烯烃基团的脂肪酸。“多不饱和脂肪酸”或“PUFA”是指在碳链中具有至少12个碳原子和至少两个烯烃基团的脂肪酸。“长链多不饱和脂肪酸”和“LC-PUFA”是指在碳链中具有至少20个碳原子并且具有至少两个烯烃基团的脂肪酸。“超长链多不饱和脂肪酸”和“VLC-PUFA”是指在碳链中具有至少二十二个碳原子和至少三个烯烃基团的脂肪酸。提及LC-PUFA包括VLC-PUFA。通常，脂肪酸的碳链中的碳原子数是指未支化的碳链。如果碳链是支链的，则碳原子数不包括侧基中的那些碳原子数。
[0084] 在一个实施方案中，LC-PUFA是“ω3脂肪酸”或“Omega-3脂肪酸”：它在脂肪酸的从甲基末端计的第三个碳-碳键处具有去饱和(烯烃基团、双键或C＝C)。在另一个实施方案中，LC-PUFA是ω6脂肪酸：它在脂肪酸从甲基末端计的第六个碳-碳键中具有去饱和(烯烃基团)。烯烃在脂肪酸链中的位置也使用Δ(或δ)注释，其中烯烃的位置参照脂肪酸的羧基末端编号。例如，亚油酸也可以称为“顺式-Δ9,顺式-Δ12十八碳二烯酸”或“Δ9,12十八碳二烯酸”。“脂肪酸也可以参考“C:D”脂质数来鉴定，其中C是碳的数目且D是碳主链中双键的数目。例如，花生四烯酸可以标注为20:4Δ5,8,11,14，意指具有位于脂肪酸的羧基末端的碳5、8、11和14上的四个烯烃基团的二十碳链。该名称还表明花生四烯酸是ω6脂肪酸，因为如果存在二十个碳并且在从羧基末端的C14处存在一个烯烃，则来自甲基末端的第一个烯烃必须在C6处。
[0085] 在另一实施方案中，LC-PUFA选自由以下组成的组：花生四烯酸(ARA，20:4Δ5,8,11,14；ω6)、二十碳四烯酸(ETA，20:4Δ8,11,14,17；ω3)、二十碳五烯酸(EPA，20:5Δ5,8,11,14,17；ω3)、二十二碳五烯酸(DPA，22:5Δ7,10,13,16,19；ω3)、或二十二碳六烯酸(DHA，
22:6Δ4,7,10,13,16,19；ω3)。LC-PUFA也可以是双高-γ-亚油酸(DGLA)或二十碳三烯酸(ETrA，
20:3Δ11,14,17；ω3)。根据本发明实施方案产生的LC-PUFA可以是上述任何或全部的混合物，并且可以包括其他LC-PUFA或这些LC-PUFA中的任一种的衍生物。在至少一个实施方案中，ω3脂肪酸是DHA；DPA和DHA；或EPA、DPA、和DHA中的至少一种。
22:6Δ4,7,10,13,16,19；ω3)。LC-PUFA也可以是双高-γ-亚油酸(DGLA)或二十碳三烯酸(ETrA，
20:3Δ11,14,17；ω3)。根据本发明实施方案产生的LC-PUFA可以是上述任何或全部的混合物，并且可以包括其他LC-PUFA或这些LC-PUFA中的任一种的衍生物。在至少一个实施方案中，ω3脂肪酸是DHA；DPA和DHA；或EPA、DPA、和DHA中的至少一种。
[0086] 此外，如上所述，LC-PUFA和VLC-PUFA可以是游离脂肪酸(非酯化的)、酯化的或另一种结合形式。因此，本发明实施方案的LC-PUFA可以在细胞的脂质、提取的脂质或纯化油中以混合物的形式存在。在至少一个实施方案中，所述油包含至少75％或至少85％三酰基甘油酯(“TAG”)，其余部分以其他形式的脂质存在，诸如所提及的那些，其中TAG包含至少一种LC-PUFA。随后油可以被进一步纯化或处理，例如通过用强碱水解以释放游离脂肪酸，或通过蒸馏或类似方式。
[0087] 因此，“总ω3脂肪酸”、“总ω3脂肪酸含量”等是指提取的脂质、油、重组细胞、植物部分或种子(根据上下文确定)中酯化的和非酯化的所有ω3脂肪酸的总和，通常表示为总脂肪酸含量的百分比。这些ω3脂肪酸包括ALA、SDA、ETrA、ETA、EPA、DPA或DHA，并且不包括任何ω6脂肪酸或单不饱和脂肪酸。“新ω3脂肪酸”、“新ω3脂肪酸含量”等是指提取的脂质、油、重组细胞、植物部分或种子(根据上下文确定)中除了ALA的酯化和非酯化的所有ω3脂肪酸的总和，表示为总脂肪酸含量的百分比。这些新ω3脂肪酸是通过优良种事件转基因构建体的表达在本发明实施方案的细胞、植物、植物部分和种子中产生的脂肪酸，并且如果存在则包括SDA、ETrA、ETA、EPA、DPA或DHA，但不包括ALA、任何ω6脂肪酸或单不饱和脂肪酸。示例性的总ω3脂肪酸含量和新ω3脂肪酸含量可以通过将样品中的脂肪酸转化为FAME并使用本领域已知的方法通过GC分析来确定。参见例如，American Oilseed Chemists’Society(AOCS)方法Celd-91。
[0088] 类似地，“总ω6脂肪酸”、“总ω6脂肪酸含量”等是指提取的脂质、油、重组细胞、植物部分或种子(根据上下文确定)中酯化和非酯化的所有ω6脂肪酸的总和，表示为总脂肪酸含量的百分比。“总ω6脂肪酸”，如果存在的话，可以包括LA、GLA、DGLA、ARA、EDA或ω6-DPA，并且不包括任何ω3脂肪酸或单不饱和脂肪酸。“新ω6脂肪酸”、“新ω6脂肪酸含量”等是指在提取的脂质、油、重组细胞、植物部分或种子(根据上下文确定)中的除了LA以外的所有酯化和非酯化的ω6脂肪酸的总和，表示为总脂肪酸含量的百分比。这些新ω6脂肪酸是通过优良种事件转基因的表达在如本文描述的细胞、植物、植物部分或种子中产生的脂肪酸，并且可以包括GLA、DGLA、ARA、EDA或ω6-DPA，但不包括LA、ω3脂肪酸或单不饱和脂肪酸。
[0089] “半种子分析”是对两片子叶中的一片(半粒种子)进行的脂肪酸分析的过程，如果分析结果为阳性，则使用携带第二子叶的剩余幼苗形成植物。
[0090] “蛋白含量”是通过本领域已知的方法确定的无油粗粉或基本上无油粗粉(例如95％或99％的油被去除)中蛋白的典型重量百分比。参见例如，Daun等人,2011；AOCS Official Meth.Ba 4e-93Combustion Meth.Determination Crude Protein。
[0091] 商业种植者为生长或繁殖物种以外的目的而生产的成熟种子有时被称为“籽粒”。
[0092] 如本领域技术人员将理解的，例如，术语“获得植物部分”，作为本发明实施方案的方法中的步骤，可以包括获得一种或更多种植物部分，诸如种子，用于在该方法中使用。获得植物部分包括诸如用机械收割机从植物中收获植物部分，或购买植物部分，或从供应商接受植物部分，或通过从已收获植物部分的其他人获取植物部分来以其他方式获得植物部分。因此，例如，从NS-B50027-4或NS-B50027-4的子代获得种子可以包括栽培植物、从植物收获种子、购买种子、接受种子、获取种子、将种子放入容器或储存种子、或将种子运送到不同地点。
[0093] “亲本的基本上全部生理特征和形态特征”是指除了来源于转化的性状的特征之外，具有轮回亲本基本上全部生理特征和形态特征的植物。近交油菜品系NS-B50027-4[0094] 如本文描述的，油菜品系NS-B50027-4是一种稳定且均一的育种品系。NS-B50027-4是在非常注重植物类型的均一性的情况下育种的，并且品系已经随着对均一性的观察而增加。NS-B50027-4已经在监管授权下在澳大利亚和加拿大的主要油菜种植区的10个地点进行田间测试。农艺性能评估在多地点田间研究中进行，以测量特征诸如萌发、幼苗活力、植物高度、倒伏和产量。还观察所有田间试验的机会性疾病或昆虫应激物以及正常的表型特征。
[0095] 品系NS-B50027-4在叶、花和长角果方面类似于澳大利亚栽培种AV Jade(亲本等基因品系)，并且在成熟时产生具有相似植物高度和习性的植物。品系NS-B50027-4对黑胫病(小球腔菌属(Leptosphaeria))具有可接受的抗性，并且在典型的澳大利亚油菜种植环境中具有相似的种子产量潜力，并且与AV Jade相比，并没有显示出成熟时落籽或作物倒伏的增加的倾向。在DHA油菜和AV Jade之间没有观察到有关植物害虫特征的有意义的差异，并且没有指示可能导致NS-B50027-4油菜的增加的杂草潜力的选择优势。
[0096] 除了LC-PUFA性状之外，品系NS-B50027-4通过达到开花阶段稍长的时间与AV Jade区别并且在这方面与澳大利亚栽培种ATRWahoo相似。特别地，NS-B50027-4的区别还在于其种子中LC-PUFA产生，特别是LC-ω3脂肪酸、并且更特别是DHA。在对品系NS-B50027-4提交专利时，油菜品系NS-B50027-4不是任何其他商业化油菜栽培种的亲本。
[0097] 近交品系转基因油菜品系NS-B50027-4具有以下形态特征和生理特征(主要基于2015年在澳大利亚八个不同地点收集的数据和平均值)：
[0098]
[0099]
[0100] 本发明实施方案的另一个方面提供了产生NS-B50027-4来源的芸薹属或油菜植物或其部分诸如种子的方法，所述方法包括获得NS-B50027-4的种子或上文描述的新的欧洲油菜的种子，并在芸薹属或油菜生长条件下将种子生长成植物。另一个实施方案提供通过如上文描述的获得NS-B50027-4的种子或欧洲油菜品系的种子、使植物生长、使植物异花授粉，以及获得由异花授粉成熟的种子，用于获得杂交体种子。然后种子可以在芸薹属植物或油菜生长条件下栽培以获得杂交体芸薹属植物或油菜植物或其部分，包括种子。因此，另一个方面提供了使欧洲油菜品系NS-B50027-4(所述品系的代表性种子已经以 登录号PTA-123186保藏)、NS-B50027-4的亚系、NS-B50027-4或亚系的子代生长，或通过将NS-B50027-4与第二芸薹属植物杂交产生的植物的方法，所述方法包括：获得上文描述的芸薹属NS-B50027-4种子或欧洲油菜品系的种子，和在芸薹属植物生长条件下使种子生长。本文描述了关于子代、杂交体和渐渗杂交以产生NS-B50027-4的其他方面。
[0101] 优良种事件
[0102] 转基因在油菜中的表型表达由转基因盒本身的结构及其在植物基因组中的插入位置二者决定：转基因在植物基因组的特定位置的存在可能影响转基因的表达和植物的整体表型。在植物基因组中掺入重组DNA分子通常是由细胞或组织的转化(或来自另一种遗传操作)引起的。掺入的特定位点可能是偶然的或预定的(如果使用靶向整合的方法)。通过遗传操作将商业上感兴趣的性状的农艺或工业上成功的引入可以是依赖于不同因素的漫长过程。遗传转化植物的实际转化和再生只是一系列选择步骤中的第一步，包括广泛的遗传表征、育种和田间试验评估，最终导致选择优良种事件。
[0103] 选择NS-B50027-4作为开发产生LC-PUFA，特别是LC-ω3脂肪酸，并且更特别是DHA中的优良种事件。“优良种事件”是选自一组事件的事件，所述事件通过用相同的转化DNA转化获得或通过与这样的转化获得的植物回交，基于转基因构建体的表达和稳定性、与包含这样的构建体的植物的最佳农艺特征的相容性、以及实现期望的表型性状来获得。因此，优良种事件选择的标准是以下中的至少一个，并且有利的是全部：
[0104] (a)转基因的存在不会过度损害植物的其他期望特性，诸如与农艺性能或商业价值有关的那些特性；
[0105] (b)事件以定义的分子构型为特征，该分子构型是由稳定遗传并且可以开发针对其的身份控制的适当诊断工具；
[0106] (c)转基因盒中的感兴趣的基因在携带事件的植物可能暴露于正常农业用途的一系列环境条件中示出了商业可接受水平上正确的、适当的和稳定的空间和时间表型表达。转基因还可以与允许基因渗入到另外期望的商业遗传背景的植物基因组中的位置相关联。
[0107] 作为优良种事件的事件的状态可以通过优良种事件在不同的相关遗传背景中基因渗入来确认，并且以至少一个标准，例如上述(a)、(b)和(c)观察依从性(compliance)。另外，优良种事件的选择也可以根据相容性来确定，更具体地说，由NS-B50027-4与携带至少一个其他事件的植物之间的杂交产生的子代，使得子代携带2个事件。因此，“优良种事件”是指包含符合上述标准的转基因盒的遗传基因座。植物、种子、植物材料或子代可在其基因组中包含一个或更多个优良种事件。
[0108] 转基因的表达赋予植物一种或更多种表型性状(例如产生LC-ω3脂肪酸)，所述性状特征预期是由转化DNA的引入所赋予的(基于部分或全部感兴趣的基因的结构和功能)。在本发明实施方案中，若干转基因提供了在转化植物中产生LC-ω3脂肪酸的生物合成途径。
[0109] 本发明实施方案的一方面涉及NS-B50027-4基因组中惊人的拷贝数的可表达的转基因。“可表达”是指DNA分子的一级结构，即转基因的编码序列，表明该基因编码活性蛋白。然而，可表达的编码序列可能无法表达，因为“基因沉默”在体内通过同源转基因失活的各种机制发生。同源转基因失活已经在植物中被描述，其中转基因以有义方向插入，意外的结果是基因和转基因二者都被下调。Napoli等人,2Plant Cell 279(1990)。同源基因序列的失活的可能机制包括通过甲基化的转录失活，其中复制的DNA区发出用于基因沉默以及转录后沉默的内源机制的信号，其中来自内源基因和转基因二者的mRNA的组合水平触发阈值诱导的两种信号的降解。van Bokland等人,6Plant J.861(1994)。然而，令人惊讶的是，尽管在NS-B50027-4中存在至少三个拷贝的几种转基因，其中一些以相同的方向放置，但NS-B50027-4显示出协同DHA表达。
[0110] 从欧洲油菜(变种AV Jade)培养的初始转化体在脂肪酸产生水平，特别是在EPA和DHA水平上表现出很大变化。对于第二代和第三代，选择主要基于转基因种子的DHA和EPA含量。在一些情况中，特别是T2代或T3代，分离模式(通过将来自一株植物的二十至四十个单独的种子生长成二十至四十个后代，并然后测量那些后代的单独的种子的DHA和EPA含量来确定)也显示出分散的结果，表示发生了复合的或多拷贝的插入。因此丢弃了许多初始T2或T3代植物。最初，得出转基因插入片段的多个拷贝将产生不稳定的转化体，并且还表现出如上文讨论的在纯合基因型中所看到的经典基因沉默的结论。因此，如果转化植物的PCR分析表明拷贝数>1，则经常丢弃那些转化体。
[0111] 出人意料的是，发现优良种事件NS-B50027-4含有稳定的(且功能性的)多拷贝事件：16个基因插入，包括以二元(倒置)左边界到左边界方式布置(类似于大型回文结构)的两个八基因-T-DNA边界的盒(每个8基因插入片段编码7种酶和1个标记)；和单独的、较小的四基因盒；并且转基因插入片段的这种组合在近交品系NS-B50027-4的DHA产生中协同地作用。更具体地，杂交、回交和自交的组合将16个基因的插入片段分离到染色体A05(也称为N05)，且将四基因插入片段分离到染色体A02(也称为N02)。通过培育每个分离子(segregant)以获得每个事件的纯的纯合品系来确定每个转基因染色体的贡献。例如，在一个实验中，包含16个基因插入片段的分离子产生约4％DHA；并且包含四基因插入片段的分离子不产生DHA；但是当分离子被培育以组合转基因染色体A02基因座和转基因染色体A05基因座时，两种转基因插入片段的组合提供在其种子中产生至少约7％DHA至至少约14％DHA(包括端点)的植物。这个结果出人意料。如所述的，尽管优良种事件NS B50027 4具有不寻常的基因组成，但品系已证明在脂肪酸生产方面稳定且一致。
[0112] 如本文所述的，LC-PUFA的生物合成途径包括种子特异性启动子，以限制LC-PUFA向发育种子的表达和产生。除了种子外，在NS-B50027-4整株植物、根、花或其他植物组织(例如花蕾、幼长角果)中未检测到七种转基因的任何一种的表达。在发育种子中，转基因蛋白从最高到最低含量(ng/mg总蛋白)存在：Pavsa-Δ4D>Lack1-Δ12D>Picpa-ω3D>Micpu-Δ6D>Pavsa-Δ5D>Pyrco-Δ6E，并且Pyrco-Δ5E是不可检测的。在成熟种子中，转基因蛋白从最高到最低含量(ng/mg总蛋白)存在：Pavsa-Δ4D>Lackl-Δ12D＝Picpa-ω3D>Pavsa-Δ5D>MicpuΔ6D>Pyrco-Δ5E，而Pyrco-Δ6E是不可检测的。
[0113] 本发明实施方案的一个方面提供了一种通过向植物提供(例如通过遗传转化或育种)表达LC-PUFA生物合成途径的“前端”的一些酶的遗传构建体的多个拷贝来增加植物中LC-PUFA的方法。参见Napier等人，330Biochem.J.611(1998)(表征结构为N末端细胞色素b5结构域和具有三个高度保守的组氨酸盒的典型脂肪酸-去饱和酶结构域)。例如，尽管不是所有酶Δ6-去饱和酶、Δ5-去饱和酶、Δ5-延长酶和ω3/Δ15-去饱和酶(在生物合成途径中被认为是第2号、第3号、第5号和第6号)都可以排他地(exclusively)被认为是前端酶，但在特定的实施方案中，这些基因被组装成增加LC-PUFA诸如DHA生产的人工基因座。在特定实施方案中，包含一些前端基因的人工基因座包括细小微胞藻来源的Δ6-去饱和酶、Pyramimonas cordata来源的Δ5-延长酶、Pavlova salina来源的Δ5-去饱和酶和巴斯德毕赤酵母来源的Δ15/ω3-去饱和酶。该人工基因座在NS-B50027-4的染色体A02上的位置提供了将该基因座分离成植物品系(分离子)的手段，并使其能够通过常规植物育种技术基因渗入另一植物。
[0114] 油和ω3脂肪酸
[0115] 使用根据本发明实施方案的油菜品系NS-B50027-4植物，ω3脂肪酸和LC-ω3脂肪酸可以从NS-B50027-4油菜种子中以商业化的量生产。因此，转化植物的选择和繁殖技术产生了具有NS-B50027-4的有利性状的多种(a plurality of)植物，这些植物以常规方式收获并且脂肪酸从感兴趣的组织诸如种子中提取。
[0116] 在另一个实施方案中，提取的植物脂质可以被处理以增加作为总脂肪酸含量的百分比的DHA的水平。例如，处理包括酯化脂肪酸的水解以产生游离脂肪酸，或酯交换以改性TAG组分。例如，来自NS-B50027-4或其子代的种子的油可以富集DHA含量，或者被处理以将油中的脂肪酸转化为烷基酯诸如甲基酯或乙基酯，然后烷基酯可以被纯化或分馏以富集DHA脂质或油。在一些实施方案中，这样的处理后的脂质的脂肪酸组成包含至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％、或至少95％的DHA，包括端点。
[0117] 本发明实施方案还包括来自品系NS-B5002-4的这些新型欧洲油菜品系的子代和后代。子代或后代可以通过本领域技术人员已知的育种或组织培养方法开发。例如，子代或后代可以包含在这些品系中开发的油菜脂肪酸谱。因此，后代或子代可以具有来自所开发的品系的任何数量的基因。后代或子代可以仅包括提供本文提供的油菜脂肪酸表型的那些基因，或另外的基因。这可以通过本领域技术人员已知的分子分析来确定。
[0118] 本发明的一个方面提供了用于开发具有NS-B50027-4的表型的芸薹属种子诸如欧洲油菜或芥菜种子的方法，所述NS-B50027-4的表型例如包含至少5％、约6％、约7％、约8％、约9％、约10％、约11％、约12％DHA、约13％DHA、约14％DHA、约15％、约16％DHA、约17％DHA、约18％DHA、约19％DHA、约20％DHA、约21％DHA、约22％DHA、约23％DHA、约24％DHA、约
25％DHA，包括端点，或更多DHA的DHA种子含量(以总脂肪酸的重量％计)；或者，例如LC-PUFA脂肪酸含量为至少5％LC-PUFA、约6％LC-PUFA、约7％LC-PUFA、约8％LC-PUFA、约9％LC-PUFA、约10％LC-PUFA、约11％LC-PUFA、约12％LC-PUFA、约13％、约14％LC-PUFA、约15％LC-PUFA、约16％LC-PUFA、约17％LC-PUFA、约18％LC-PUFA、约19％LC-PUFA、约20％LC-PUFA、约21％LC-PUFA、约22％LC-PUFA、约23％LC-PUFA、约24％LC-PUFA、约25％LC-PUFA，包括端点，或更多LC-PUFA(以总脂肪酸的质量％计的EPA、DPA和DHA之和)。
25％DHA，包括端点，或更多DHA的DHA种子含量(以总脂肪酸的重量％计)；或者，例如LC-PUFA脂肪酸含量为至少5％LC-PUFA、约6％LC-PUFA、约7％LC-PUFA、约8％LC-PUFA、约9％LC-PUFA、约10％LC-PUFA、约11％LC-PUFA、约12％LC-PUFA、约13％、约14％LC-PUFA、约15％LC-PUFA、约16％LC-PUFA、约17％LC-PUFA、约18％LC-PUFA、约19％LC-PUFA、约20％LC-PUFA、约21％LC-PUFA、约22％LC-PUFA、约23％LC-PUFA、约24％LC-PUFA、约25％LC-PUFA，包括端点，或更多LC-PUFA(以总脂肪酸的质量％计的EPA、DPA和DHA之和)。
[0119] 另一方面提供了从本文描述的植物产生的压碎的欧洲油菜种子的均一的集合物(assemblage)(即，来自NS-B50027-4的种子或来自包含NS-B50027-4的至少一个基因座的子代的种子)，其中所述压碎的欧洲油菜种子具有按重量计(种子重量％)至少约30％、约35％、或从约36％至约40％的总脂肪酸，包括端点。在特定实施方案中，例如NS-B50027-4种子或从包含来自NS-B50027-4的至少一个基因座的子代获得的种子的脂肪酸含量包含至少
5％DHA、约6％DHA、约7％DHA、约8％DHA、约9％DHA、约10％DHA、约11％DHA、约12％DHA、约
13％DHA、约14％DHA、约15％、约16％DHA、约17％DHA、约18％DHA、约19％DHA、约20％DHA、约
21％DHA、约22％DHA、约23％DHA、约24％DHA、约25％DHA，包括端点(占总脂肪酸的重量％)，或更多DHA。在特定实施方案中，例如NS-B50027-4种子或包含来自NS-B50027-4的至少一个基因座的子代的种子的脂肪酸含量包含至少5％LC-PUFA、约6％LC-PUFA、约7％LC-PUFA、约
8％LC-PUFA、约9％LC-PUFA、约10％LC-PUFA、约11％LC-PUFA、约12％LC-PUFA、约13％、约
14％LC-PUFA、约15％LC-PUFA、约16％LC-PUFA、约17％LC-PUFA、约18％LC-PUFA、约19％LC-PUFA、约20％LC-PUFA、约21％LC-PUFA、约22％LC-PUFA、约23％LC-PUFA、约24％LC-PUFA、约
25％LC-PUFA、约26％LC-PUFA、约27％LC-PUFA、约28％LC-PUFA、约29％LC-PUFA、约30％LC-PUFA、约31％LC-PUFA、约32％LC-PUFA、约33％LC-PUFA(包括端点)，或更多LC-PUFA(LC-PUFA是以总脂肪酸的重量％计的EPA、DPA和DHA之和)。在其他实施方案中，例如NS-B50027-
4种子的脂肪酸含量包含以占种子的总脂肪酸的重量％计的至少约18％ALA、约19％ALA、约
20％ALA、约21％ALA、约22％ALA、约23％ALA、约24％ALA、约25％ALA、约26％ALA，包括端点，或更多ALA。
5％DHA、约6％DHA、约7％DHA、约8％DHA、约9％DHA、约10％DHA、约11％DHA、约12％DHA、约
13％DHA、约14％DHA、约15％、约16％DHA、约17％DHA、约18％DHA、约19％DHA、约20％DHA、约
21％DHA、约22％DHA、约23％DHA、约24％DHA、约25％DHA，包括端点(占总脂肪酸的重量％)，或更多DHA。在特定实施方案中，例如NS-B50027-4种子或包含来自NS-B50027-4的至少一个基因座的子代的种子的脂肪酸含量包含至少5％LC-PUFA、约6％LC-PUFA、约7％LC-PUFA、约
8％LC-PUFA、约9％LC-PUFA、约10％LC-PUFA、约11％LC-PUFA、约12％LC-PUFA、约13％、约
14％LC-PUFA、约15％LC-PUFA、约16％LC-PUFA、约17％LC-PUFA、约18％LC-PUFA、约19％LC-PUFA、约20％LC-PUFA、约21％LC-PUFA、约22％LC-PUFA、约23％LC-PUFA、约24％LC-PUFA、约
25％LC-PUFA、约26％LC-PUFA、约27％LC-PUFA、约28％LC-PUFA、约29％LC-PUFA、约30％LC-PUFA、约31％LC-PUFA、约32％LC-PUFA、约33％LC-PUFA(包括端点)，或更多LC-PUFA(LC-PUFA是以总脂肪酸的重量％计的EPA、DPA和DHA之和)。在其他实施方案中，例如NS-B50027-
4种子的脂肪酸含量包含以占种子的总脂肪酸的重量％计的至少约18％ALA、约19％ALA、约
20％ALA、约21％ALA、约22％ALA、约23％ALA、约24％ALA、约25％ALA、约26％ALA，包括端点，或更多ALA。
[0120] 还提供了本文公开的压碎的欧洲油菜NS-B50027-4种子的均一的集合物，或来自NS-B50027-4的子代或后代的压碎的欧洲油菜种子的均一的集合物，其中压碎的欧洲油菜种子具有至少5％DHA、约6％DHA、约7％DHA、约8％DHA、约9％DHA、约10％DHA、约11％DHA、约12％DHA、约13％DHA、约14％DHA、约15％、约16％DHA、约17％DHA、约18％DHA、约19％DHA、约
20％DHA、约21％DHA、约22％DHA、约23％DHA、约24％DHA、约25％DHA，包括端点，或更多DHA(以总脂肪酸的重量％计)的DHA含量。还提供来自这样的压碎的种子的油、粗粉和蛋白。
20％DHA、约21％DHA、约22％DHA、约23％DHA、约24％DHA、约25％DHA，包括端点，或更多DHA(以总脂肪酸的重量％计)的DHA含量。还提供来自这样的压碎的种子的油、粗粉和蛋白。
[0121] 在另一个实施方案中，提取的植物脂质(例如油)可以被处理以增加以总脂肪酸含量的百分比计的DHA的水平。例如，处理包括酯化脂肪酸的水解以产生游离脂肪酸或酯交换。例如，菜子油可以被处理以将油中的脂肪酸转化为烷基酯诸如甲基酯或乙基酯，然后将烷基酯分馏以富集脂质或油的DHA。在实施方案中，这样的处理后的脂质的脂肪酸组成包含至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％DHA或至少95％DHA，包括端点。
[0122] 另一个实施方案提供了从欧洲油菜品系NS-B50027-4(所述品系的代表性种子已经以 登录号PTA-123186保藏)、NS-B50027-4的亚系、NS-B50027-4或亚系的子代、或通过将NS-B50027-4与第二种芸薹属植物杂交产生的植物产生油或粗粉的方法，所述方法包括：在芸薹属植物生长条件下使上文描述的欧洲油菜植物生长；收获种子；和从种子提取油、粗粉或蛋白。
[0123] 本文描述的另一个实施方案提供了从欧洲油菜品系NS-B50027-4(所述品系的代表性种子已经以 登录号PTA-123186保藏)、NS-B50027-4的亚系、NS-B50027-4或亚系的子代、或通过将NS-B50027-4与第二种芸薹属植物杂交而产生的植物产生油的方法，所述方法包括：将欧洲油菜品系NS-B50027-4(所述品系的代表性种子已经以 登录号
PTA-123186保藏)、NS-B50027-4的亚系、NS-B50027-4或亚系的子代、或通过将NS-B50027-4与第二种芸薹属植物杂交而产生的植物的种子压碎；和从所述种子提取油。
PTA-123186保藏)、NS-B50027-4的亚系、NS-B50027-4或亚系的子代、或通过将NS-B50027-4与第二种芸薹属植物杂交而产生的植物的种子压碎；和从所述种子提取油。
[0124] 另一个方面提供了来自NS-B50027-4种子或NS-B50027-4来源的子代种子的种子粗粉和蛋白以及油。从植物生物质提取蛋白可以通过已知方法完成。参见例如Heney&Orr,114Anal.Biochem.92(1981)。来自NS-B50027-4种子的粗粉证明是特别有益的，因为其含有至少一些DHA和其他ω3脂肪酸。类似地，从NS-B50027-4种子获得的蛋白级分包含至少一些有益的DHA和其他ω3脂肪酸。因此，另一个实施方案提供了从NS-B50027-4种子或NS-B50027-4来源的子代种子的种子获得的种子粗粉。在实施方案中，种子粗粉包含NS-B50027-4优良种事件。有益的是，在从种子提取大部分脂质或油之后，种子粗粉保留从中获得种子粗粉的种子中产生的一些脂质或油，虽然水平较低。种子粗粉可以用作食品，例如动物饲料的组分或食品生产中的成分。鉴于该种子粗粉中较高比率的ω3/ω6脂肪酸，与其他商购可得的种子粗粉相比，NS-B50027-4种子的粗粉可提供更优异的营养。
[0125] 如上所述，“脂肪酸含量”或“脂肪酸组成”通常是指成熟、完整、部分干燥的种子(通常含有约6％或7％的水分)的内源形成的油脂中存在的各种脂肪酸的重量百分比，所述重量百分比以面积归一化的特定脂肪酸的百分比；或相对于已知标准品；或作为每克种子的脂肪酸重量比(例如，mg DHA/g种子)计算。
[0126] 通常工业实践以面积百分比(面积归一化)，而不是绝对量报告脂肪酸组成。例如，色谱法通常以峰生成数据，每个峰下的面积被积分，并以色谱图中所有脂肪酸峰下总面积的百分比表示。面积百分比易于计算以及与业内也报告面积百分比的其他人报告的结果进行比较。面积百分比不是绝对的，但提供了可接受的近似值。例如，通过包括已知浓度的参考标准品和内标，可以计算以mg/kg结果计的绝对产率。校正因子也可用于计算脂肪酸的质量。
[0127] 例如，在确定脂肪酸含量时，可以将种子压碎、提取油三酰基甘油酯(TAG)，然后用甲醇和甲醇钠皂化和甲基化，或者通过与1.25％在甲醇中的3-(三氟甲基)苯基-三甲基氢氧化铵(Meth Prep IITM，Fischer Scientific Cat#AT18007)反应，形成脂肪酸甲酯。得到的脂肪酸甲酯(FAME)可以使用基于不饱和度和脂肪酸链长度分离FAME的毛细管柱通过气液色谱法(GLC)分析。FAME还可以通过例如GC、LC-MS、GC-MS、NMR或近红外反射光谱法分析。脂肪酸组成也可以从整个种子中确定，例如通过破碎种皮并使破碎的种子经受直接甲基化。总脂质可以通过本领域已知的技术分离以纯化级分，诸如TAG级分。例如，薄层色谱法(TLC)可以在分析规模上进行，以将TAG与其它脂质级分诸如DAG、酰基-CoA或磷脂分离，以确定脂肪酸组成，特别是TAG。如本领域技术人员已知的，可以使用许多其他分析技术。参见例如Tinoco等人,3Anal.Biochem.514(1962)；CANOLA:CHEMISTRY,PRODUCTION,
PROCESSING&UTILIZATION(Daun等人编辑,AOCS Press,Urbana,IL,2011)(Daun等人,
2011)；US2015/0166928；US 20160002566。
PROCESSING&UTILIZATION(Daun等人编辑,AOCS Press,Urbana,IL,2011)(Daun等人,
2011)；US2015/0166928；US 20160002566。
[0128] NS-B50027-4种子的脂质或油也可以被纯化或富集以增加TAG的比例，例如通过去除游离脂肪酸或磷脂的方法。在至少一个实施方案中，NS-B50027-4种子的脂质为油的形式，其中以脂质重量计的至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少98％(包括端点)、或约95％至98％(包括端点)之间的脂质为TAG的形式。
[0129] 在进一步的实施方案中，来自NS-B50027-4种子(或其子代)的脂质被加工以增加以总脂肪酸含量的百分比计的DHA的量。例如，处理可包括酯交换。例如，脂质可以被处理以将油中的脂肪酸转化为烷基酯，诸如甲基酯或乙基酯，然后烷基酯可以被分馏以富集脂质或油的DHA。在实施方案中，这样的富集后的脂质的脂肪酸组成包含至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％或至少90％DHA。类似地，因为来自NS-B50027-4种子的脂质比典型的油菜包含更高比例的ALA，来自NS-B50027-4种子的脂质可以被加工以富集脂质的ALA含量。另外，脂肪酸可以在具有如本文描述的脂肪酸组成的脂肪酸的混合物中，或者可以被富集，使得脂肪酸占混合物的脂肪酸的含量至少40％或至少90％。在实施方案中，脂肪酸是非酯化的。可选择地，脂肪酸被酯化为诸如例如甲基、乙基、丙基或丁基。
[0130] 尽管比声称通过高油酸含量给予DHA和其他LC-PUFA稳定性的油更低的油酸含量，但来自NS-B50027-4的种子的LC-PUFAω3脂肪酸油表现出令人惊讶的稳定性。更具体地，LC-PUFA ω3脂肪酸众所周知的不稳定并且特别易于氧化。在本领域中理解，为了延长LC-PUFA和含有LC-PUFA的食品的货架期，需要封装、与其他油特别是高油酸油混合或添加抗氧化剂。然而，尽管缺乏这样的处理，证据表明从压碎的NS-B50027-4种子提取的油在室温会保持新鲜数月。此外，NS-B50027-4油中的营养素诸如植物甾醇、维生素E、维生素K1、β1胡萝卜素和矿物质的水平也在其他商购菜子油的自然范围内。从NS-B50027-4获得的油中没有发现可检测水平的不期望的物质，诸如农药、真菌毒素或多环芳烃。此外，从NS-B50027-4获得的油中也没有检测到植物DNA。
[0131] 本发明实施方案的另一个方面提供了用于在人类和非人类动物的营养补充剂和食物中使用的DHA和LC-PUFA的来源。特别是，来自NS-B50027-4种子的油提供了用于在水产养殖中使用的DHA和LC-PUFA的可持续来源。由于对鱼类的高全球需求以及由此造成的海洋过度捕捞，海水和淡水养殖的重要性日益增加。参见例如Betancor等人,4Sci.Rep.8104(2014)。例如，在过去的20年中，鲑科鱼类(salmonid)的养殖和消耗急剧增加。然而，野生鱼类的饮食与水产养殖中的同类物种的饮食非常不同。事实上，水产养殖仍然高度依赖海洋捕捞渔业来提供关键的膳食营养，诸如鱼粉和鱼油。实际上，鱼油是水产养殖中ω3-LC PUFA的主要来源。由于海洋鱼油是鱼类养殖工业强劲增长(每年5％至10％)的限制因素，除了动物来源的油以外，水产养殖饮食包含多种替代性的基于植物的营养成分诸如豆类种子、油籽饼、叶粉和增加比例的植物油。用传统上低LC-PUFA的植物油代替鱼油意味着鱼类饮食中可获得的LC-PUFA较少，即使一些油类诸如亚麻籽油包含一定量的可以在鱼中(虽然仅以有限程度)转化为LC代谢物的ALA。一般来说，目前鱼饲料中的植物油可能对鱼中的FA分布具有有害影响，并且它们可以改变ω3/ω6比率并且减少鱼肉中的总LC-PUFA。
[0132] 例如，典型的植物油包含高含量的ω6PUFA，主要是亚油酸(C18:2ω6；LA)。来自亲本品系AV Jade的油具有0.016的DHA:LA比率；来自NS-B50027-4的油具有1.048的DHA:LA比率；相比之下，来自养殖的鲑鱼的油具有0.908的DHA:LA比率。Strobel等人,11Lipids Health Dis.144(2012)。有趣的是，来自NS-B50027-4的ω3-FA的比率在棕榈酸(一种与心血管疾病和血脂异常相关的饱和脂肪酸)方面特别有益。Diet,Nutrition&Prevention of Chronic Dis.,WHO Tech.Rep.Series 916,Report of a Joint WHO/FAO Expert Consultation,88(World Health Organization,Geneva,2003)。来自亲本AV Jade的油不含有DHA；来自NS-B50027-4的示例性油具有约2.12的DHA:棕榈酸比率；相比之下，来自养殖鲑鱼的油具有约0.59的DHA:棕榈酸比率；并且来自野生鲑鱼的油具有约1.028的DHA:棕榈酸比率。Strobel等人,2012。用于在水产养殖中使用的食物(包括LC-PUFA)的制备原本在本领域中是已知的。参见Betancor等人,2014；Petrie等人,9PLOS ONE 1,2014；Tocher,
449Aquaculture 94(2015)。
449Aquaculture 94(2015)。
[0133] 因此，本发明实施方案的范围包括来自NS-B50027-4的油作为用于水产养殖饲料的ω3脂肪酸的来源的用途，以及包含从NS-B50027-4及其子代获得的油的水产养殖饲料。使用从NS-B50027-4获得的油的研究已经表明这种油对于包括在提供给淡水鲑鱼(2g至25g幼鱼)的饲料中是安全的，并且来自含有NS-B50027-4油的饲料的EPA和DHA被掺入到鲑鱼肉中。
[0134] 在另一个方面，本发明实施方案提供了包含NS-B50027-4的脂质、油、脂肪酸、种子、种子粗粉、蛋白细胞、油料种子植物或植物部分中的一种或更多种的组合物。在一些实施方案中，组合物还包含适用于药物、食物或农业用途的载体、种子处理化合物、肥料，另一种食物或饲料成分、或添加的蛋白或维生素。图4提供了来自各种方法步骤的可能的加工步骤、产物或级分的图，以及这样的级分或产物的所提议的用途。
[0135] 还提供了食料、化妆品或化学品，其包含从NS-B50027-4获得的脂质或油、从NS-B50027-4获得的脂肪酸、从NS-B50027-4获得的细胞、油料植物、种子粗粉或从NS-B50027-4获得的或来源于NS-B50027-4的其它组合物中的一种或更多种。另一个方面提供了产生食物的方法，所述方法包括将NS-B50027-4或其子代的脂质或油、NS-B50027-4或其子代的脂肪酸、NS-B50027-4或其子代的细胞、植物部分、种子、种子粗粉、油料植物中的一种或更多种、或包含从NS-B50027-4或其子代获得或来源于NS-B50027-4或其子代的这些组合物中任一种的另一种组合物与至少一种其他食物成分混合。方法可以包括混合、烹饪、烘焙、挤出、乳化或以其他方式配制食品、或包装食品、或分析食品中脂质或油的量的步骤。
[0136] 本文设想食料包含通过使用本文公开的方法、细胞、植物或种子直接或间接产生的油、脂质、脂肪酸酯或脂肪酸，即，来自NS-B50027-4种子的油或从来源于包含来自NS-B50027-4的至少一个基因座的NS-B50027-4的子代获得的种子的油。食料包括用于人或动物消费的食品或制剂，当被摄入体内时所述食品或制剂滋养或构建组织或供应能量；或维持、恢复或支持代谢功能的充足营养状态。食料还包括用于婴儿或幼儿的营养组合物，诸如例如婴儿配方食品和种子粗粉。食料还包括食品添加剂诸如营养补充剂。另外，食料可以包括适合于特定用途的量的可食用常量营养素、蛋白、碳水化合物、维生素或矿物质。这些成分的量根据该组合物预期用于正常个体还是用于具有特殊需要的个体，诸如患有代谢紊乱等的个体而变化。食料可以呈固体、液体、凝胶或乳液形式。食料可以为了任何合适的目的添加到任何类型的食物中，即，不需要为了严格的营养目的而添加。
[0137] 本文设想的食料还包括来自NS-B50027-4或来源于包含来自NS-B50027-4的至少一个基因座的NS-B50027-4的子代的种子的压碎的油菜、油菜种子粗粉或由其加工的蛋白(即粗粉、块状物(cake)或粗蛋白)，其。由于一系列问题，包括抗营养因子、高纤维含量、有限的消化率以及缺乏ω3-FA或LC-PUFA或低密度蛋白来源，目前油菜粗粉在特定的高价值制造饲料中的使用经常受到限制。将油菜种子的粗粉块状物级分加工以浓缩油菜蛋白可以消除这样的问题，使得从NS-B50027-4或其子代的种子获得的油菜蛋白适当的取代鱼粉、油菜粗粉、大豆粗粉或大豆蛋白浓缩物，以及一系列其他广泛使用的饲料成分。例如，虾需要十种必需氨基酸。油菜具有虾的合适的氨基酸平衡。对虾而言，四种脂肪酸是必需的：LA、ALA、和更重要的EPA和DHA。ω3脂肪酸与ω6脂肪酸的比率在虾饲料中也是重要的，最佳ω3:ω6比率约2.5。认为占总脂质饲料4.5％至7.5％是最佳的。在来自本文描述的油菜品系的粗粉来源的蛋白中包含一些油证明是有利的。此外，虾的表观粗蛋白消化率高达80％以上；并且过去，研究已经表明来自植物的蛋白比来源于鱼类粗粉的蛋白更不易消化。通过从本文描述的油菜的块状物粗粉加工的蛋白分级和蛋白浓缩，预期消化率与鱼类粗粉密切匹配，并且可能优于目前的油菜粗粉。这样的蛋白产品还可以提供水产养殖和陆生动物的饲料中的鱼类粗粉的重要替代品。
[0138] 在另一个方面，本发明的NS-B50027-4提供了治疗或预防将受益于PUFA诸如ω3-脂肪酸或DHA的状况的方法，所述方法包括向受试者施用从NS-B50027-4获得的脂质或油、从NS-B50027-4获得的脂肪酸、从NS-B50027-4获得的细胞、油料植物、种子粗粉中的一种或更多种或从NS-B50027-4获得或来源于NS-B50027-4的其他组合物。另一个方面提供了制备药物的方法，所述方法包括将NS-B50027-4的脂质或油、NS-B50027-4的脂肪酸、根据NS-B50027-4的细胞、NS-B50027-4的油料植物、NS-B50027-4的植物部分、NS-B50027-4的种子、NS-B50027-4的种子粗粉中的一种或多种，或者包含从NS-B50027-4或其子代获得或来源于NS-B50027-4或其子代的这些组合物中的任一种的另一种组合物混合；所述药物可以以包含PUFA的乙基酯的药物组合物的形式施用。受试者可以是人或非人类动物。
[0139] 可能受益于ω3脂肪酸的状况的实例包括升高的血清甘油三酯水平、升高的血清胆固醇水平诸如升高的LDL胆固醇、心律失常、高血压、冠心病、血管成形术后的再狭窄、炎症、哮喘、类风湿性关节炎、溃疡性结肠炎、克罗恩病、牛皮癣、湿疹血小板聚集(eczema platelet aggregation)、胃肠道出血、子宫内膜异位症、经前期综合征、肾结石、胎儿酒精综合症、注意力缺陷多动障碍、单相抑郁症、双相抑郁症、不怀好意攻击(aggressive hostility)、精神分裂症、肾上腺脑白质营养不良、高血压、糖尿病、肥胖症、骨质疏松症、阿尔茨海默病、慢性阻塞性肺病、多发性硬化症、囊性纤维化、苯丙酮尿症、肌痛性脑脊髓炎、获得性免疫缺陷病、病毒感染后的慢性疲劳、癌症或眼部疾病。
[0140] 药物的制造可以包括将从NS-B50027-4获得的油与药学上可接受的载体混合，用于治疗本文示例的状况。方法可以包括纯化油、或油的酯交换或分级以增加DHA的水平。在特定实施方案中，方法包括处理脂质或油以将油中的脂肪酸转化为烷基酯诸如甲基酯或乙基酯。另外的处理诸如分级或整流可以被应用以富集脂质或油的DHA。在示例实施方案中，药物包含DHA的乙基酯。药物中DHA的乙基酯的水平可以在药物或药物的脂肪酸组分的约30％和约50％之间，包括端点，或至少80％、至少85％、至少90％或至少95％，包括端点。药物还可以包含诸如药物中总脂肪酸含量的30％和50％之间，包括端点，或至少90％的EPA或DPA的乙基酯。药物还可以包含ALA、EPA或DPA的乙基酯，使得ω3脂肪酸含量为药物中总脂肪酸含量的约30％和约50％之间，包括端点，或至少90％。这样的药物适用于按医疗保健专业人员所确定的施用于人或动物受试者。包含脂肪酸的药物组合物的配制是本领域已知的。另外，如本领域已知的，每天最少约300mg的ω3脂肪酸，尤其是ω3-LC-PUFA诸如EPA、DPA或DHA是理想的；但是，如医疗保健专业人员所建议的，每天从0.1mg至20g或更多的特定脂肪酸的剂量可能是合适的。
[0141] 另外，从NS-B50027-4获得的油可以用于美容目的：它可以添加到已有的化妆品组合物中，使得形成混合物，或者如本文描述地产生的脂肪酸可以用作化妆品组合物中的“活性”成分。参见例如US 2008/0241082。
[0142] 此外，本领域常规实施的技术可用于提取、加工和分析主要在NS-B50027-4的种子中产生的油。油可以通过冷压、水处理或通过更多的典型处理得到。参见例如Mansour等人,6Nutrients 776(2014)；美国专利第6,599,513号。例如，NS-B50027-4种子可以被冷压(例如，通过螺旋压榨机)并过滤油；并且剩余的滤饼可用己烷提取以从压碎/压榨的油菜籽中获得另外的油。
[0143] 在加工食品生产中，例如，油菜籽被烹煮、压榨和提取以产生粗制油，然后将所述粗制油脱胶、精炼、漂白和除臭。各个步骤可以在氮气氛下操作。通常，压碎种子的技术是本领域中已知的。例如，油菜籽可以通过喷洒水或浸泡在水中来调和(temper)(如果需要)，以将种子水分含量提高至例如7％至8.5％。例如，使用间隙设置为0.23至0.27mm的光滑辊将调和的种子压成片(flaked)。可以加热以使酶失活、破裂细胞、聚结油滴和聚集蛋白颗粒。大部分种子油通过螺旋压榨机压榨释放，得到加工的种子粗粉(“块状物”)和压榨的粗制油。通过压榨操作产生的粗制油可以通过具有开槽金属丝排水顶部的沉降槽以除去在压榨操作期间的固体来澄清。澄清的油可以通过流动通过板框式过滤器，以除去任何残留的细小固体颗粒。从螺旋压榨机排出的滤饼通常含有大量的油，其可以使用例如伴热柱(heat traced column)用例如己烷进行溶剂提取，以从种子粗粉获得另外的油。在将溶剂从滤饼获得的粗制油中除去后，然后压榨和提取的油可以合并，并进行另外的的油加工过程。例如，提取的脂质或油可以经历一个或更多个加工步骤，以提高脂质/油组分的纯度。例如，纯化步骤可以包括用脱胶、除臭、脱色、干燥、分馏或用抗氧化剂(例如混合的生育酚)强化中的至少一个处理提取的粗制油。
[0144] 脱胶是精炼油的早期步骤，并且主要用于从油中除去大部分磷脂，磷脂可以以总提取脂质的约1％至2％存在。在70℃至80℃向粗制油中加入通常含2％磷酸的水导致分离大多数磷脂、微量金属、色素和不溶性卵磷脂。脱胶也可以通过向粗制种子油中加入浓磷酸进行，将不可水合的磷脂转化为可水合形式，并将存在的稀有金属螯合。胶通过离心与菜籽油分离。
[0145] 碱精炼，有时也称为中和，通常在脱胶之后并且在除臭和漂白之前进行。更具体地，在脱胶后，用足量的碱溶液滴定种子油以中和游离脂肪酸和磷酸，并分离甘油三酯级分。合适的碱性物质包括氢氧化钠、氢氧化钾、碳酸钠、氢氧化锂、氢氧化钙、碳酸钙和氢氧化铵。皂通过离心或提取到皂的溶剂中来去除，并且将中和的油用水洗涤。如果需要，油中任何过量的碱可以用合适的酸诸如盐酸或硫酸中和。
[0146] 一些植物油诸如大豆油，通过脱胶和中和的组合来处理。为了调节不可水合的磷脂，将少量的磷酸或柠檬酸加入到粗制非脱胶油中。强烈混合后，加入稀释的苛性钠(7％和12％)以中和游离脂肪酸。在苛性钠的存在下，充足的水使磷脂水合。在保持混合器中的反应时间之后，将油加热并直接送至分离器以分离皂脚。将中性油在约3％至10％的水中洗涤以降低残留的皂含量，并将混合物分离成洗涤水和油。油的残余水分在真空干燥器中降低。
[0147] 除臭是在高温(200℃～260℃)和低压(0.1-1mmHg)处理油和脂肪，通常通过将蒸汽以约0.1mL/分钟/100mL种子油的速率引入种子油中实现。这样喷射约30分钟后，将种子油在真空下冷却。通常将种子油转移到玻璃容器中并用氩气冲洗，然后在冷藏下储存。该处理还改善了种子油的颜色，并除去了大部分挥发性或有气味的化合物，包括任何剩余的游离脂肪酸、单酰基甘油或氧化产物。
[0148] 漂白是一种精炼过程，其中油在漂白土(例如 Silicas,W.R.Grace&Co.,Columbia,Md.,US)的存在下(例如0.2％至2.0％)并且在没有氧的情况下(通过在氮气或真空下操作)在90℃至120℃加热持续10至30分钟。此步骤去除不想要的色素(类胡萝卜素、叶绿素、棉子酚等)以及氧化产物、微量金属、硫化合物和微量皂。“RDB油”是指经过精炼、除臭和漂白的油。
[0149] 冬化是有时用于在油的工业生产中使用的方法，用于通过低于环境温度的结晶将油和脂肪分离成固体(硬脂精)和液体(油精)级分。一些植物油诸如葵花油或玉米油含有蜡(长链脂肪醇的酯和脂肪酸酯)，蜡在低温结晶并导致油浑浊。湿冬化与中和组合适用于除去这些蜡。它最初应用于棉籽油以产生无固体产品，并且还可以用于降低油的饱和脂肪酸含量。
[0150] 酯交换是在TAG内和TAG之间交换脂肪酸或将脂肪酸转移到另一种醇以形成酯的过程。这可能最初涉及从TAG中释放脂肪酸作为游离脂肪酸，或者它可以直接产生脂肪酸酯，例如脂肪酸甲基酯或脂肪酸乙基酯。在TAG与醇(诸如甲醇或乙醇)的酯交换反应中，醇的烷基基团与TAG的酰基基团(包括DHA)形成酯键。当与分馏过程组合时，酯交换可用于改变脂质的脂肪酸组成。Marangom等人,6Trends Food Sci.Technol.329(1995)。酯交换可以使用化学手段(例如强酸或碱催化)或酶促手段，后者使用对TAG的脂肪酸可以是位置特异性的(sn-1/3或sn-2特异性)的脂肪酶，或具有对某些脂肪酸而不是其他脂肪酸的偏好的脂肪酶。Adamczak,13Pol.J.Food Nutr.Sci.3(2004)；Ferreira-Dias Elec.16J.Biotechnol.(2013)。
[0151] 可选择地，纯化步骤可以避免酯交换过程或改变脂质或油的脂肪酸含量的其他过程，从而增加以总脂肪酸含量的百分比计的DHA含量。换言之，从NS-B50027-4或其子代的种子获得的纯化脂质或油的脂肪酸含量/脂肪酸谱可以和未纯化的脂质或油的脂肪酸含量/脂肪酸谱基本相同。
[0152] 任选地，脂肪酸分馏以增加油中LC-PUFA的浓度可以通过本领域已知的任何方法实现，诸如例如冷冻结晶、使用尿素形成络合物、分子蒸馏、超临界流体提取、逆流色谱和银离子络合。与尿素生成络合物是优选地方法，因为它简单且有效降低油中饱和脂肪酸和单不饱和脂肪酸的水平。Gamez等人,36Food Res.Int’l 721(2003)。最初，油的TAG通过脂肪酶被分解为它们的组成脂肪酸，通常以脂肪酸酯的形式，或在酸或碱催化的反应条件下水解，其中1摩尔TAG与至少3摩尔醇反应(例如，乙醇用于乙基酯或甲醇用于甲基酯)，过量的醇能够分离形成烷基酯和形成的甘油。通过处理，游离脂肪酸或脂肪酸酯的脂肪酸组成通常不变，并且然后可以与尿素的乙醇溶液混合用于络合物形成。饱和脂肪酸和单不饱和脂肪酸容易与尿素络合，并在冷却时结晶出来，并且随后可以通过过滤除去。由此完成的非尿素级分富含LC-PUFA。
[0153] 如上所述，各个步骤或多个步骤可以在氮气、其他惰性气氛或真空下实施，并且从NS-B50027-4或其子代的种子获得的期望的油或脂质可以在氮气、惰性气体或者真空下包装以避免氧化。
[0154] 还如本文所述，从NS-B50027-4或其子代获得的种子的压碎的油菜、种子粗粉或由其加工的蛋白(即粗粉、块状物或粗粉蛋白)可用于食物或饲料。高DHA压榨的块状物可用作高油块状物，或用己烷脱脂肪来制备粗粉。经己烷处理的粗粉通常被除溶剂和烘烤(DT-粗粉)。
[0155] NS-B50027-4及其子代的鉴定
[0156] 优良种遗传事件可以通过重组DNA分子在植物基因组中掺入的位置和位点的构型来表征。植物基因组中被插入重组DNA盒的位点也被称为“插入位点”或“靶位点”。“侧翼区”或“侧翼序列”是位于紧邻转基因盒的上游并与转基因盒连续的或紧邻转基因盒的下游并与转基因盒连续的植物基因组的DNA区，例如，至少20个碱基对、至少50个碱基对、或至多5,000个碱基对。导致外源DNA随机整合的转化产生具有不同侧翼区的转化子，该不同侧翼区对于每个转化子是特征性的和独特的(优良种事件)。
[0157] 另一方面提供了产生NS-B50027-4来源的欧洲油菜植物或其部分的方法，所述方法包括将上述欧洲油菜植物或其部分与第二种植物杂交以产生第一代子代种子；使所述第一代子代种子生长以生产F2代植物；任选地，重复杂交和生长的步骤以获得所述种子的连续杂交代，以获得育种品系NS-B50027-4来源的欧洲油菜种子、植物或其部分。还提供了通过此方法产生的植物或植物部分(包括任何杂交体)。在实施方案中，已被工程化到特定油菜植物的基因组的遗传性状可以使用植物育种领域周知的传统育种技术转移到另一个栽培种的基因组中。例如，回交方法可以用于将转基因从转化的油菜栽培种转移到已经开发的油菜栽培种中，并且然后所得的回交转化植物将包含转基因。
[0158] 因此，本发明实施方案的另一方面提供了用于检测NS-B50027-4的组合物、方法和试剂盒。能够检测特定事件的存在以确定有性杂交的子代是否包含感兴趣的转基因将是有利的。另外，用于检测特定事件的方法将更有助于遵守例如需要对来源于重组作物植物的食品进行上市前审批和标记的法规。可以通过任何周知的核酸检测方法检测转基因的存在，诸如聚合酶链式反应(PCR)或使用核酸探针的DNA杂交。这些检测方法通常关注常用的遗传元件诸如例如启动子、终止子、标记基因等。因此，这样的方法可能无法用于区分不同的事件，特别是那些使用相同DNA构建体产生的那些，除非与插入的DNA相邻的染色体DNA的序列(“侧翼DNA”)是已知的。已经描述了事件特异性PCR测定。参见例如Windels等人,Med.Fac.Landbouww,Univ.Gent 64/5b:459(1999)(通过使用跨连接的引物组的PCR来鉴定大豆耐草甘膦事件：第一引物包括来自插入片段的序列并且第二引物包括来自侧翼DNA的序列)。此外，NS-B50027-4的16基因插入片段破坏了编码Pto-相互作用蛋白(PTI)的芸薹属基因的表达，Pto-相互作用蛋白(PTI)是参与位于染色体A05上的超敏应答介导的信号传导的丝氨酸-苏氨酸激酶。虽然没有观察到表型变化，但这为鉴定NS-B50027-4或NS-B50027-4来源的子代提供了另一种标记。
[0159] 本文中的方法和试剂盒可用于鉴定生物样品中具体地包含NS-B50027-4中的转基因的植物材料、以及转基因油菜植物、植物材料和含有这样的事件的种子的存在。本文描述的优良种事件NS-B50027-4可以通过基因型来鉴定，基因型可以通过可以鉴定相同栽培种或相关栽培种的植物或者用于确定或验证谱系(pedigree)的遗传标记谱来表征。遗传标记谱可以通过技术诸如限制性片段长度多态性(RFLP)、随机扩增多态性DNA(RAPD)、任意引物聚合酶链式反应(AP-PCR)、DNA扩增指纹(DAF)、序列特征扩增区域(SCAR)、扩增片段长度多态性(AFLP)、简单序列重复(SSR)(也称为微卫星)、和单核苷酸多态性(SNP)获得。
[0160] 例如，本文描述的优良种事件NS-B50027-4可以通过从植物材料的样品生成遗传图谱(genetic map)来鉴定。遗传图谱可以通过常规RFLP、聚合酶链式反应(PCR)分析或鉴定编码外源蛋白的整合的DNA分子的大致染色体位置的SSR生成。参见Glick&Thompson,METHODS IN PLANT MOLEC.BIOL.&BIOTECHNOL.269(CRC Press,Boca Raton,FL,1993)。关于染色体位置的图谱信息对于受试转基因植物的专有保护是有用的。例如，可以将整合区域的图谱与可疑植物的类似图谱进行比较，以确定后者是否与受试植物具有共有的亲缘关系(parentage)。图谱比较可以涉及杂交、RFLP、PCR、SSR和测序，所有这些都是常规技术。
[0161] 本发明实施方案的另一方面提供了用于确定油菜植物是否是近交品系NS-B50027-4或是否与近交品系NS-B50027-4有关、或者是否是包含品系NS-B50027-4的遗传优良种事件的至少一部分的油菜植物的试剂盒和方法。本文描述了用于鉴定生物样品中优良种事件NS-B50027-4的简单且明确的技术的组合物和方法。
[0162] 例如，试剂盒可包括用于鉴定NS-B50027-4的一种或更多种遗传标记的至少一组引物，诸如一组有义(正向)引物和反义(反向)引物。引物的具体实施方案包括可用于进行KASP测定以检测NS-B50027-4遗传性状，特别适用于基因渗入研究和杂交体开发的试剂盒的以下引物。参见实施例2。这些引物可以由核酸分子组成，所述核酸分子包含SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:90(参见表14，实施例3)示出的序列的至少十个连续核酸；或其互补序列。
[0163] 本发明还提供了用于鉴定优良种事件NS-B50027-4油菜植物的方法，所述方法包括：(a)形成包含含有油菜植物DNA的生物样品和能够扩增事件NS-B50027-4的特异性核酸分子的第一核酸引物和第二核酸引物的混合物；(b)使混合物在允许第一核酸引物和第二核酸引物扩增事件NS-B50027-4的特异性核酸分子的条件下反应；和(c)检测扩增的片段核酸分子的存在，其中油菜优良种事件NS-B50027-4特异性核酸分子的存在表明油菜植物是NS-B50027-4油菜植物。
[0164] 另一个实施方案提供了用于检测生物样品中优良种事件NS-B50027-4核酸分子的方法，所述方法包括：(a)形成包含含有DNA的生物样品和能够与事件NS-B50027-4的特异性核酸分子杂交的核酸探针的混合物；(b)使混合物在允许探针与事件NS-B50027-4的特异性核酸分子杂交的条件下反应；和(c)检测杂交的核酸分子的存在，其中事件NS-B50027-4的特异性核酸分子的存在表明该样品包含事件NS-B50027-4核酸分子。
[0165] 又另一个实施方案提供了用于检测生物样品中事件NS-B50027-4核酸分子的存在的方法，所述方法包括：(a)形成包含含有DNA的生物样品和能够退火至事件NS-B50027-4插入片段核酸分子的区域的第一引物以及能够退火到宿主细胞基因组中的侧翼核酸分子的第二引物的混合物；(b)使混合物在允许第一核酸引物和第二核酸引物产生包含事件NS-B50027-4插入片段核酸分子的片段的扩增核酸分子的条件下反应；和(c)检测扩增的核酸分子的存在，其中事件NS-B50027-4插入片段核酸分子的片段的存在表明该样品含有事件NS-B50027-4插入片段DNA。
[0166] 合适的测试应当检测任何主要的缺陷并建立优势水平或相对于当前的商业油菜栽培种的改进。除了表现出优异的性能外，必须要求与工业标准相容或创造新的市场的新的栽培种。新栽培种的引入将给种子生产者、种植者、加工者和消费者带来用于特殊广告和营销、改变的种子和商业化生产实践以及新产品利用额外的成本。新的栽培种在发布之前的测试应考虑研究和开发成本，以及最终的栽培种的技术优势。对于种子繁殖的栽培种，容易且经济地产生种子必须是可行的。
[0167] 子代
[0168] 本文描述的品系NS-B50027-4可用作用于育种其他品系的亲本。例如，作为源材料，它可以自花授粉(self-pollinated)、杂交、回交、用于产生双单倍体、用作遗传转化的源材料、或经受遗传转化、进一步诱变、并用于对于本领域技术人员已知的其他形式的育种。使用源材料来育种其他品系的方法和结果也在这些实施方案的范围内。
[0169] 随着允许分离和表征编码特定蛋白产物的基因的分子生物学技术的出现，植物生物学领域的科学家们对工程化植物基因组以包含和表达外源基因，或另外的版本的或修饰版本的天然基因或内源性基因(可能由不同启动子驱动)，以便以特定方式改变植物的性状产生了浓厚的兴趣。使用转化或各种育种方法引入基因组的任何DNA序列，无论是来自不同物种还是来自相同物种，在本文中统称为“转基因”。在过去的十五到二十年中，已经开发了用于产生转基因植物的几种方法，并且本发明在具体实施方案中也涉及所要求保护的品系的转化版本。
[0170] 核酸、寡核苷酸或多核苷酸是指线性或分支的、单链或双链的RNA或DNA分子，或其杂交体——包括RNA/DNA杂交体。这些术语还包括3'UTR和5'UTR，通常为基因编码区的5'端上游至少约1000个核苷酸的序列和基因编码区的3'端下游至少约200个核苷酸的序列。不太常见的碱基，诸如肌苷、5-甲基胞嘧啶、6-甲基腺嘌呤、次黄嘌呤及其他也可用于反义、dsRNA和核酶配对。例如，包含尿嘧啶和胞嘧啶的C-5丙炔类似物的多核苷酸已被示出以高亲和力结合RNA并且是基因表达的有效反义抑制剂。还可以进行其他修饰，诸如对磷酸二酯主链的修饰，或对RNA的核糖基团的2'-羟基的修饰。反义多核苷酸和核酶可完全由核糖核苷酸组成，或可以包含混合的核糖核苷酸和脱氧核糖核苷酸。本发明的多核苷酸可以通过任何手段产生，包括基因组制备、cDNA制备、体外合成、RT-PCR以及体外转录或体内转录。
[0171] 植物转化包括构建将在植物细胞中起作用的表达载体。这样的载体包含含有在调控元件(例如启动子)的控制下的基因或可操作地连接于调控元件(例如启动子)的基因。表达载体可以包含一种或更多种这样的可操作连接的基因/调控元件组合。载体可以是质粒的形式，并且可以单独使用或与其它质粒组合使用，以提供使用本领域已知的将转基因掺入油菜植物(包括NS-B50027-4油菜植物)的遗传物质中的转化方法转化的油菜植物。例如，包含编码甘油-3-磷酸酰基转移酶(GPAT)、溶血磷脂酸酰基转移酶(LPAAT)或二酰基甘油酰基转移酶(DGAT)的基因的转基因盒可以被转化到NS-B50027-4中以修改脂肪酸或TAG合成。参见例如Shrestha等人,7Front.Plant Sci.1402(2016)。
[0172] 已经使用转化技术被工程化到特定油菜植物中的遗传性状可以使用植物育种领域周知的传统育种技术转移到另一个品系中。例如，携带优良种事件NS-B50027-4的植物可以从保藏在 的种子获得。这样的植物可以进一步繁殖或在常规育种方案中使用，以将事件NS-B50027-4(即LC-PUFA生物合成)引入到相同或亲缘植物物种的其他栽培种中。
保藏的种子属于物种欧洲油菜。然而，将位于A基因组或C基因组上的等位基因或转基因从欧洲油菜引入芥菜的方法是本领域周知的，并且包括重复回交。回交方法可用于将转基因从转化的油菜植物转移到优良种近交品系，并且所得的子代包含转基因。并且，如果将近交品系用于转化，那么转基因植物可以与不同的品系杂交以产生转基因杂合子油菜植物。如本文中使用的，根据上下文，“杂交”可以指简单的X与Y杂交，或回交的过程。
保藏的种子属于物种欧洲油菜。然而，将位于A基因组或C基因组上的等位基因或转基因从欧洲油菜引入芥菜的方法是本领域周知的，并且包括重复回交。回交方法可用于将转基因从转化的油菜植物转移到优良种近交品系，并且所得的子代包含转基因。并且，如果将近交品系用于转化，那么转基因植物可以与不同的品系杂交以产生转基因杂合子油菜植物。如本文中使用的，根据上下文，“杂交”可以指简单的X与Y杂交，或回交的过程。
[0173] 各种遗传原件可以使用转化进一步引入植物基因组中。这些元件包括但不限于基因；编码序列；诱导型启动子、组成型启动子和组织特异性启动子；增强序列；以及信号序列和靶向序列。新的分子生物学技术的出现已经允许分离和表征具有特定功能诸如编码特定蛋白产物的遗传元件。植物生物学领域的科学家对工程化植物基因组以包含和表达外源基因元件，或另外版本的或修饰版本的天然基因或内源性基因，以便以特定方式改变植物的性状产生了浓厚的兴趣。使用转化插入到基因组中的任何DNA分子，无论是来自不同物种还是来自相同物种，在本文中统称为“转基因”。“转化”的过程是DNA插入到基因组中。已经开发了用于产生转基因植物的几种方法，并且本发明在具体实施方案中也涉及所要求保护的油菜品系NS-B50027-4的转化版本。
[0174] 已经开发了用于植物转化的许多方法，包括生物和物理的植物转化方案。此外，表达载体和用于植物细胞或组织转化和植物再生的体外培养方法是可用的。参见，例如Miki等人,Procedures for introducing foreign DNA into plants,METH.PLANT MOLEC.BIOL.&BIOTECHNOL.中63页(Glick&Thompson编辑,CRC Press,Boca Raton,1993)；
Gruber等人,Vectors for plant transformation,同上.R 89页；Genetic
transformation for the improvement of Canola,PROC.WORLD CONF.BIOTECHNOL.FATS&OILS INDUS.43-46页(Am.Oil.Chem.Soc.,Champaign,IL,1988)。
Gruber等人,Vectors for plant transformation,同上.R 89页；Genetic
transformation for the improvement of Canola,PROC.WORLD CONF.BIOTECHNOL.FATS&OILS INDUS.43-46页(Am.Oil.Chem.Soc.,Champaign,IL,1988)。
[0175] 最普遍类型的植物转化涉及表达载体的构建。这样的载体包含含有在调控区(例如启动子)的控制下的编码区或者与调控区(例如启动子)可操作地连接的编码区的DNA分子。表达载体可含有一种或更多种基因和一种或更多种调控元件。至少一个编码区和它们各自的调控元件可以在载体内以相反的方向布置，提供二元载体。理论上，将对基因沉默敏感的基因以二元方式布置可以使基因沉默最小化。载体可以是质粒的形式，并且可以单独使用或与其它质粒组合使用，以使用本领域已知的转化方法将转基因掺入NS-B50027-4植物或NS-B50027-4来源的植物的遗传物质中，以提供转化的油菜植物。
[0176] 例如，初始转化盒pJP3416_GA7-modB包括能够促进油菜种子中ω-3脂肪酸积累的7个基因以及促进体外指定转基因植物的选择的可选择标记基因。参见WO 2013185184；美国专利公布第20150374654号；Petrie等人,6Plant Meth.8(2010)。表达的基因都是合成的——密码子优化和合成的——因此在任何天然生物中都没有发现转基因DNA分子。已经描述了用作密码子优化的模板的原始DNA序列。参见Petrie等人,12Metab.Eng’g233(2010a)；Petrie等人,11Plant Methods 6(2010b)；Petri等人,21Transgenic Res.139(2012)。
[0177] 如本领域周知的，功能基因启动子是对于基因转录重要但不编码功能产物诸如肽的DNA区域。例如，用于组成型表达的常见启动子来源于花椰菜花叶病毒。Kay等人,236Sci.1299(1987)；Coutu等人,16Transgenic Res.771(2007)。在发育控制下的启动子包括优先在某些组织例如种子、叶、根、纤维、木质部导管、管胞或厚壁组织中启动转录的启动子。特别相关的启动子是主要或仅在种子中起始转录的“种子优选的”启动子。“种子优选的”启动子包括“种子特异性”启动子(在种子发育期间是活跃的那些启动子，诸如种子贮藏蛋白的启动子)，以及“种子萌发”启动子二者(在种子发芽期间活跃的那些启动子)。参见Thompson等人,10BioEssays 108(1989)。这样的种子优选的启动子包括但不限于Cim1(细胞分裂素诱导的信息)；cZ19B1(玉米19kDa玉米醇溶蛋白)；milps(肌醇-1-磷酸合酶)(参见WO 2000/11177和美国专利第6,225,529号)。对于双子叶作物，种子特异性启动子包括但不限于大豆β-菜豆蛋白、油菜籽蛋白、β-伴大豆球蛋白、大豆凝集素、cruciferin、conlinin等。先前已经描述了GA7-modB中使用的种子特异性启动子：拟南芥FAE1(Rossack等人,
46Plant Molec.Biol.717(2001))；亚麻Cnl1和Cnl2(Chaudhary等人,WO 2001016340)；被截短的欧洲油菜油菜籽蛋白启动子(Stalberg等人,23Plant Molec.Biol.671(1993)。也参见WO 2013185184。
46Plant Molec.Biol.717(2001))；亚麻Cnl1和Cnl2(Chaudhary等人,WO 2001016340)；被截短的欧洲油菜油菜籽蛋白启动子(Stalberg等人,23Plant Molec.Biol.671(1993)。也参见WO 2013185184。
[0178] “诱导型”启动子是在环境控制下的启动子。可能影响诱导型启动子的环境条件的实例包括厌氧条件或光的存在。组织特异性启动子、组织优选的(例如种子特异性的)启动子和诱导型启动子构成“非组成型”启动子类。参见Ward等人,22Plant Mol.Biol.361(1993)；Meft等人,90PNAS4567(1993)(铜-可诱导的)；Gatz等人,243Mol.Gen.Genet.32(1994)(由除草剂安全剂诱导)；Gatz等人,227Mol.Gen.Genet.229(1991)(四环素-可诱导的)；Schena等人,88PNAS10421(1991)(糖皮质类固醇可诱导的)。也参见WO 2001016340以及其中讨论的启动子。
[0179] “组成型”启动子是在大多数环境条件下都活跃的启动子。示例性组成型启动子包括来自植物病毒的启动子，诸如来自花椰菜花叶病毒(CMV)的35S启动子(Odell等人,313Nature 810(1985))和来自以下基因的启动子：水稻肌动蛋白(McElroy等人,2Plant Cell 163(1990))；泛素(Christensen等人,12Plant Mol.Biol.619(1989)；Christensen等人,18Plant Mol.Biol.6759(1992))；pEMU(Last等人,81Theor.Appl.Genet.581(1991))；
MAS(Velten等人,3EMBO J.2723(1984))和玉米H3组蛋白(Lepetit等人,
231Mol.Gen.Genet.276(1992)；Atanassova等人,2Plant J.291(1992))。ALS启动子，欧洲油菜ALS3结构基因5'的XbaI/NcoI片段(或与所述XbaI/NcoI片段相似的核苷酸序列)提供了另一种组成型启动子。还参见WO1996/30530和其中讨论的启动子。CMV启动子也与有用的增强子区相关。参见例如WO 1996/30530和WO 2013185184以及其中讨论的启动子。
MAS(Velten等人,3EMBO J.2723(1984))和玉米H3组蛋白(Lepetit等人,
231Mol.Gen.Genet.276(1992)；Atanassova等人,2Plant J.291(1992))。ALS启动子，欧洲油菜ALS3结构基因5'的XbaI/NcoI片段(或与所述XbaI/NcoI片段相似的核苷酸序列)提供了另一种组成型启动子。还参见WO1996/30530和其中讨论的启动子。CMV启动子也与有用的增强子区相关。参见例如WO 1996/30530和WO 2013185184以及其中讨论的启动子。
[0180] 包括多腺苷酸化信号的终止子区是产生完整且稳定的mRNA分子所需的。例如，根癌农杆菌胭脂碱合酶(NOS)终止子提供了有用的终止子。Bevan,12Nucl.Acid Res.8711(1984)；Rogers等人,BIOTECHNOL.PLANT SCI.中219页(Acad.Press,Inc.,New York,NY,1985)；Sanders等人,15Nucl.Acids Res.1543(1987)。一系列调控序列被组合使用以驱动和终止各种表达盒的转录。
[0181] 转基因产生的蛋白向亚细胞区室诸如叶绿体、液泡、过氧化物酶体、乙醛酸酶体、细胞壁或线粒体的转运，或分泌到质外体中，通过将编码信号序列的核苷酸序列可操作地连接到编码感兴趣的蛋白的基因的5'或3'区的手段来完成。在蛋白合成和加工期间，结构基因的5'或3'末端的靶向序列可以确定所编码的蛋白最终被区室化的位置。
[0182] 信号序列的存在指导多肽至细胞内细胞器或亚细胞区室或分泌至质外体。许多信号序列是本领域中已知的。参见例如Becker等人,20Plant Mol.Biol.49(1992)；Knox等人,9Plant Mol.Biol.3(1987)；Lerner等人,91Plant Physiol.124(1989)；Fontes等人,
3Plant Cell 483(1991)；Matsuoka等人,88PNAS 834(1991)；Creissen等人,2Plant J.129(1991)；Kalderon等人,39Cell 499(1984)；Steifel等人,2Plant Cell 785(1990)。
3Plant Cell 483(1991)；Matsuoka等人,88PNAS 834(1991)；Creissen等人,2Plant J.129(1991)；Kalderon等人,39Cell 499(1984)；Steifel等人,2Plant Cell 785(1990)。
[0183] 表达载体通常包括可操作地连接到调控元件(例如启动子)的至少一个遗传标记，所述遗传标记允许包含标记的转化细胞通过阴性选择(即抑制不包含可选择标记基因的细胞的生长)，或通过阳性选择(即筛选由遗传标记编码的产物)被回收。许多常用的用于植物转化的可选择标记基因是转化领域周知的，并且包括例如编码代谢地解毒选择性化学剂(可以是抗生素或除草剂)的酶的基因，或编码对抑制剂不敏感的改变的靶的基因。阳性选择方法是本领域已知的。
[0184] 用于植物转化的一种常用的可选择标记基因是从转座子Tn5分离的新霉素磷酸转移酶II(nptII)基因，该基因在置于植物调控信号的控制下时赋予卡那霉素抗性。Fraley等人,80PNAS 4803(1983)。另一种常用的可选择标记基因是赋予对抗生素潮霉素的抗性的潮霉素磷酸转移酶基因。Vanden Elzen等人,5Plant Mol.Biol.299(1985)。赋予对抗生素的抗性的细菌来源的另外的可选择标记基因包括庆大霉素乙酰基转移酶、链霉素磷酸转移酶、氨基糖苷-3'-腺苷转移酶、博来霉素抗性决定子。Hayford等人,86Plant Physiol.1216(1988)；Jones等人,210Mol.Gen.Genet.,86(1987)；Svab等人,14Plant Mol.Biol.197(1990)；Hille等人,7Plant Mol.Biol.171(1986)。其他可选择标记基因赋予对除草剂诸如草甘膦、草铵膦或溴苯腈的抗性。Comai等人,317Nature 741(1985)；Gordon-Kamm等人,2Plant Cell 603(1990)；Stalker等人,242Sci.419(1988)。用于植物转化的非细菌来源的可选择标记基因包括例如小鼠二氢叶酸还原酶、植物5-烯醇式丙酮酸莽草酸-3-磷酸合酶和植物乙酰乳酸合酶。Eichholtz等人,13Somatic Cell Mol.Genet.67(1987)；Shah等人,
233Sci.478(1986)；Charest等人,8Plant Cell Rep.643(1990)。
233Sci.478(1986)；Charest等人,8Plant Cell Rep.643(1990)。
[0185] 用于植物转化的另一类标记基因需要筛选推定转化的植物细胞，而不是直接遗传选择对有毒物质诸如抗生素抗性的转化的细胞。这些基因对于量化或可视化特定组织中基因表达的空间模式特别有用，并且经常被称为报告基因，因为它们可以与基因或基因调控序列融合，用于研究基因表达。用于筛选推定转化的细胞的常用基因包括α-葡糖苷酸酶(GUS)、α-半乳糖苷酶、荧光素酶和氯霉素、乙酰基转移酶。Jefferson,5Plant Mol.Biol.387(1987)；Teeri等人,8EMBO J.343(1989)；Koncz等人,84PNAS131(1987)；
DeBlock等人,3EMBO J.1681(1984)。用于可视化GUS活性的一些体内方法不需要破坏植物组织。Molecular Probes,Publication 2908,IMAGENE GREEN,1-4(1993)；Naleway等人,
115J.Cell Biol.151a(1991)。然而，用于可视化GUS活性的体内方法存在问题，表现出低灵敏度、高荧光背景和与使用荧光素酶基因作为可选择标记相关的限制。绿色荧光蛋白(GFP)可用作原核细胞和真核细胞中基因表达的标记。Chalfie等人,263Sci.802(1994)。GFP和GFP的突变体可用作可筛选标记。
DeBlock等人,3EMBO J.1681(1984)。用于可视化GUS活性的一些体内方法不需要破坏植物组织。Molecular Probes,Publication 2908,IMAGENE GREEN,1-4(1993)；Naleway等人,
115J.Cell Biol.151a(1991)。然而，用于可视化GUS活性的体内方法存在问题，表现出低灵敏度、高荧光背景和与使用荧光素酶基因作为可选择标记相关的限制。绿色荧光蛋白(GFP)可用作原核细胞和真核细胞中基因表达的标记。Chalfie等人,263Sci.802(1994)。GFP和GFP的突变体可用作可筛选标记。
[0186] NS-B50027-4和NS-B50027-4子代可以进一步被转化以赋予疾病或害虫抗性。例如，植物品系可以用克隆的抗性基因转化，以工程化对特定病原体菌株具有抗性的植物。参见例如Jones等人,266Sci.789(1994)(克隆抗黄枝孢霉(Cladosporium fulvum)的番茄Cf-9基因)；Martin等人,262Sci.1432(1993)(抗丁香假单胞菌(Pseudomonas syringae)pv番茄的番茄Pto基因，一种蛋白激酶)；Mindrinos等人,78Cell 1089(1994)(抗丁香假单胞菌的拟南芥(Arabidopsis)RSP2基因)；Geiser等人.48Gene 109(1986)(苏云金芽孢杆菌(Bacillus thuringiensis)δ-内毒素基因)；Van Damme等人,24Plant Mol.Biol.25(1994)，(大花君子兰(Clivia miniata)甘露糖结合凝集素)；Sumitani等人,
57Biosci.Biotech.Biochem.1243(1993)(淀粉酶抑制剂)；Abe等人,
262J.Biol.Chem.16793(1987)(半胱氨酸蛋白酶抑制剂)；Huub等人,21Plant
Mol.Biol.985(1993)(烟草蛋白酶抑制剂I)；Regan,269J.Biol.Chem.9(1994)(昆虫利尿激素受体)；Pratt等人,163Biochem.Biophys.Res.Comm.1243(1989)(allostatin)；Tomalski等人,美国专利第5,266,317号(昆虫特异性麻痹性神经毒素)；Scott等人,WO1993/02197(胼胝酶(callase)基因)；Kramer等人,23Insect Biochem.Mol.Biol.691(1993)(烟草天蛾几丁质酶)；Kawalleck等人,21Plant Mol.Biol.673(1993)(欧芹ubi4-2聚泛素基因)；WO
1995/16776(鲎素的衍生物抑制真菌)；WO 199518855(合成的抗微生物肽)；Jaynes等人,
89Plant Sci.43(1993)(天蚕抗菌肽-β，裂解肽使转基因烟草植物对青枯假单胞菌
(Pseudomonas solanacearum)具有抗性)；Botella等人,24Plant Mol.Biol.,24:757(1994)(绿豆钙调蛋白)；Griess等人,104Plant Physiol.1467(1994)(玉米钙调蛋白)；
Taylor等人,摘要#497,7th Int'l Symp.Molec.Plant-Microbe Interactions
(Edinburgh,Scotland(1994)(通过转基因单链抗体在烟草中酶促失活)；Tavladoraki等人,366Nature 469(1993)(通过转基因抗体的病毒抗性)；Lamb等人,10Bio technol.1436(1992)(真菌内切-α-1,4-D-多聚半乳糖醛酸酶片段促进真菌定植和通过溶解植物细胞壁同型-α-1,4-D-半乳糖醛酸酶释放的植物营养；Toubart等人,2Plant J.367(1992)(大豆多聚半乳糖醛酸内切酶抑制蛋白)；Logemann等人,10Bio/technology 305(1992)(表达大麦核糖体失活基因的转基因植物具有增加的对真菌疾病的抗性)。
57Biosci.Biotech.Biochem.1243(1993)(淀粉酶抑制剂)；Abe等人,
262J.Biol.Chem.16793(1987)(半胱氨酸蛋白酶抑制剂)；Huub等人,21Plant
Mol.Biol.985(1993)(烟草蛋白酶抑制剂I)；Regan,269J.Biol.Chem.9(1994)(昆虫利尿激素受体)；Pratt等人,163Biochem.Biophys.Res.Comm.1243(1989)(allostatin)；Tomalski等人,美国专利第5,266,317号(昆虫特异性麻痹性神经毒素)；Scott等人,WO1993/02197(胼胝酶(callase)基因)；Kramer等人,23Insect Biochem.Mol.Biol.691(1993)(烟草天蛾几丁质酶)；Kawalleck等人,21Plant Mol.Biol.673(1993)(欧芹ubi4-2聚泛素基因)；WO
1995/16776(鲎素的衍生物抑制真菌)；WO 199518855(合成的抗微生物肽)；Jaynes等人,
89Plant Sci.43(1993)(天蚕抗菌肽-β，裂解肽使转基因烟草植物对青枯假单胞菌
(Pseudomonas solanacearum)具有抗性)；Botella等人,24Plant Mol.Biol.,24:757(1994)(绿豆钙调蛋白)；Griess等人,104Plant Physiol.1467(1994)(玉米钙调蛋白)；
Taylor等人,摘要#497,7th Int'l Symp.Molec.Plant-Microbe Interactions
(Edinburgh,Scotland(1994)(通过转基因单链抗体在烟草中酶促失活)；Tavladoraki等人,366Nature 469(1993)(通过转基因抗体的病毒抗性)；Lamb等人,10Bio technol.1436(1992)(真菌内切-α-1,4-D-多聚半乳糖醛酸酶片段促进真菌定植和通过溶解植物细胞壁同型-α-1,4-D-半乳糖醛酸酶释放的植物营养；Toubart等人,2Plant J.367(1992)(大豆多聚半乳糖醛酸内切酶抑制蛋白)；Logemann等人,10Bio/technology 305(1992)(表达大麦核糖体失活基因的转基因植物具有增加的对真菌疾病的抗性)。
[0187] 如上所述，除草剂抗性是可以通过遗传修饰引入的另一种有用的性状。例如，对抑制生长点或分生组织的除草剂(诸如咪唑啉酮或磺酰脲类)的抗性可以通过突变体ALS和AHAS酶赋予。参见例如Lee等人,7EMBO J.1241(1988)；Miki等人,80Theor.Appl.Genet.449(1990)；草甘膦抗性由突变体5-烯醇式丙酮酸莽草酸-3-磷酸合酶(EPSPS)和aroA基因赋予；草铵膦抗性由草丁膦-乙酰基转移酶基因赋予；并且ACC酶抑制剂编码基因赋予对吡啶氧基丙酸或苯氧基丙酸和环己酮的抗性。参见例如美国专利第4,940,835号(EPSPS赋予草甘膦抗性)；突变体aroA基因， 登录号39256，参见Comai,美国专利第4,769,061号；还参见Umaballava-Mobapathie,8Transgen.Res.33(1999)(莴苣(Lactuca sativa)对草铵膦的抗性)；Kumada等人,EP 0 333 033；Goodman等人,美国专利第4,975,374号(谷氨酰胺合酶基因赋予对除草剂诸如L-草丁膦的抗性)；Leemans等人,EP 0242246(草丁膦-乙酰基转移酶)；DeGreef等人,7Bio/technol.61(1989)(编码草丁膦乙酰剂转移酶的嵌合bar基因)；Marshall等人,83Theor.Appl.Genet.435(1992)(Acc1-S1、Acc1-S2和Acc1-S3基因赋予对苯氧基丙酸和环己酮诸如例如稀禾定和氟吡禾灵的抗性)；Przibilla等人,3Plant Cell 169(1991)(PsbA和gs+基因赋予三嗪抗性)；Stalker,美国专利第4,810,648号(腈水解酶基因赋予苯基腈抗性)；Hayes等人,285Biochem.J.173(1992)(谷胱甘肽S-转移酶)；
Hattori等人,246Mol.Gen.Genet.419(1995)(乙酰羟酸合酶赋予对多种除草剂的抗性)；
Shiota等人,106Plant Physiol.17(1994)(酵母NADPH-细胞色素P450氧化还原酶)；Aono等人,36Plant Cell Physiol.1687(1995)(谷胱甘肽还原酶和超氧化物歧化酶)；Datta,等人,20Plant Mol.Biol.619(1992)(各种磷酸转移酶)；WO 01/12825；美国专利第6,288,306号；第6,282,837号；第5,767,373号；(具有改变的原卟啉原氧化酶活性的植物对靶向原卟啉原氧化酶的除草剂具有抗性)。
Hattori等人,246Mol.Gen.Genet.419(1995)(乙酰羟酸合酶赋予对多种除草剂的抗性)；
Shiota等人,106Plant Physiol.17(1994)(酵母NADPH-细胞色素P450氧化还原酶)；Aono等人,36Plant Cell Physiol.1687(1995)(谷胱甘肽还原酶和超氧化物歧化酶)；Datta,等人,20Plant Mol.Biol.619(1992)(各种磷酸转移酶)；WO 01/12825；美国专利第6,288,306号；第6,282,837号；第5,767,373号；(具有改变的原卟啉原氧化酶活性的植物对靶向原卟啉原氧化酶的除草剂具有抗性)。
[0188] NS-B50027-4和NS-B50027-4来源的子代可以被进一步修饰以赋予任何数量的本领域已知的增值性状。参见例如Goto等人,521Acta Horticul.101(2000)(大豆铁蛋白基因)；Curtis等人,18Plant Cell Rep.889(1999)(硝酸还原酶)；Knultzon等人,89PNAS 2625(1992)(硬脂酰-ACP去饱和酶)；Shiroza等人,170J.Bacteriol.810(1988)(变异链球菌(Streptococcus mutans)果糖基转移酶基因的核苷酸序列)；Steinmetz等人,
20Mol.Gen.Genet.220(1985)(枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)左旋蔗糖酶基因)；Pen等人,10Bio/technol.292(1992)(转基因植物表达地衣芽孢杆菌(Bacillus
licheniformis)α-淀粉酶)；Elliot等人,21Plant Mol.Biol.515(1993)(番茄转化酶基因)； 等人,268J.Biol.Chem.22480(1993)(大麦α-淀粉酶基因的定点诱变)；
Fisher等人,102Plant Physiol.1045(1993)(玉米胚乳淀粉分支酶II)。
20Mol.Gen.Genet.220(1985)(枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)左旋蔗糖酶基因)；Pen等人,10Bio/technol.292(1992)(转基因植物表达地衣芽孢杆菌(Bacillus
licheniformis)α-淀粉酶)；Elliot等人,21Plant Mol.Biol.515(1993)(番茄转化酶基因)； 等人,268J.Biol.Chem.22480(1993)(大麦α-淀粉酶基因的定点诱变)；
Fisher等人,102Plant Physiol.1045(1993)(玉米胚乳淀粉分支酶II)。
[0189] 油菜品系NS-B50027-4也可以通过本领域已知的多种方法中的任何一种操作为雄性不育，包括通过使用机械方法、化学方法、自交不亲和性(SI)、细胞质雄性不育(CMS、ogura或另一种系统)或细胞核雄性不育(NMS)。术语“被操作为雄性不育”是指使用任何可用的技术来产生油菜品系NS-B50027-4的雄性不育版本。雄性不育可以是部分雄性不育或完全雄性不育。参见例如WO 2001/29237(引入在绒毡层特异性启动子的控制下的脱乙酰酶基因并应用化学物质N-Ac-PPT)；WO 199213956、WO 199213957(雄蕊特异性启动子)；Paul等人,19Plant Mol.Biol.611(1992)(引入芽孢杆菌RNA酶(barnase)和芽孢杆菌RNA酶抑制剂(barstar)基因)；还参见美国专利第5,859,341号；第6,297,426号；第5,478,369号；第5,824,524号；第5,850,014号；第6,265,640号；Hanson等人,16Plant Cell S154(2004)。
[0190] 已经开发了用于植物转化的许多方法，包括生物和物理植物转化方案。参见例如WO 2013185184；Miki等人,METHS.PLANT MOLEC.BIOL.BIOTECHNOL.中67-88页(Glick&Thompson编辑,CRC Press,Inc.,Boca Raton,FL,1993)。此外，表达载体和植物细胞或组织转化和植物再生的体外培养方法是可用的。参见例如WO 2013185184；Gruber等人,METHS.PLANT MOLEC.BIOL.BIOTECHNOL.89-119页(Glick&Thompson编辑,CRC Press,Inc.,Boca Raton,FL,1993)。将表达载体引入植物的一种方法是使用农杆菌属的天然转化系统，参见Horsch等人,227Sci.1229(1985)；Curtis等人,45J.Exper.Botany 1441(1994)；
Torres等人,34Plant Cell Tissue Organ Culture 279(1993)；Dinant等人,
3Molec.Breeding 75(1997)；Kado,10Crit.Rev.Plant Sci.1(1991)(根癌农杆菌和发根农杆菌(A.rhizogene)的Ti质粒和Ri质粒分别携带负责植物的遗传转化的基因)；Gruber等人；Miki等人；Moloney等人,8Plant Cell Rep.238(1989)(农杆菌属载体系统，用于农杆菌属介导的基因转移的方法)；美国专利第5,591,616号。
Torres等人,34Plant Cell Tissue Organ Culture 279(1993)；Dinant等人,
3Molec.Breeding 75(1997)；Kado,10Crit.Rev.Plant Sci.1(1991)(根癌农杆菌和发根农杆菌(A.rhizogene)的Ti质粒和Ri质粒分别携带负责植物的遗传转化的基因)；Gruber等人；Miki等人；Moloney等人,8Plant Cell Rep.238(1989)(农杆菌属载体系统，用于农杆菌属介导的基因转移的方法)；美国专利第5,591,616号。
[0191] 已经开发了统称为直接基因转移的几种植物转化方法，作为农杆菌属介导的转化的替代。通常可应用的植物转化方法是微粒介导的转化，其中DNA被携带在1μm至4μm的微粒的表面上。表达载体通过基因枪(biolistic)装置引入植物组织中，该基因枪装置将微粒加速至足以穿透植物细胞壁和膜的300m/s至600m/s的速度。Russell等人,12Plant Cell Rep.165(1993)；Aragao等人,20Plant Mol.Biol.357(1992)；Aragao等人,12Plant Cell Rep.483(1993)；Aragao,93Theor.Appl.Genet.142(1996)；Kim&Minamikawa 117Plant Sci.131(1996)；Sanford等人,5Part.Sci.Technol.27(1987)；Sanford 6Trends Biotech.299(1988)；Klein等人,6Bio/technol.559(1988)；Sanford,7Physiol.Plant 206(1990)；Klein等人,10Bio/technol.268(1992)。
[0192] 将DNA物理递送至植物的方法也是本领域已知的。参见例如Zhang等人,9Bio/technol.996(1991)(超声)；Deshayes等人,4EMBO J.,2731(1985)(脂质体)；Christou等人,84PNAS 3962(1987)(原生质体NHW11915)；Hain等人,199Mol.Gen.Genet.161(1985)(CaC12沉淀)；Draper等人,23Plant Cell Physiol.451(1982)(聚乙烯醇或聚L-鸟氨酸)；Saker等人,40Biologia Plantarum,507(1997/98)(原生质体电穿孔)。另外的方法包括但不限于使用直接基因转移法将表达载体引入植物组织中，诸如用鸟枪法装置的微粒介导的递送、DNA注射、电穿孔等。转化后，使用本领域周知的再生和选择方法，上文描述的可选择标记基因的表达可以允许优先选择转化细胞、组织和/或植物。参见例如WO 2013185184。
[0193] 上述转化方法将通常用于产生转基因品系。然后可以将转基因品系与另一个(非转基因的、突变的或转化的)品系杂交，以产生新的转基因油菜品系。可选择的，使用周知的转化技术被工程化到特定杂交体芸薹属诸如欧洲油菜或芥菜中的遗传性状可以使用也在植物育种领域周知的传统杂交、回交和自交技术引入到另一个品系中。例如，回交方法可用于将工程化性状从公共的非优良种近交品系转移到优良种近交品系中，或从在其基因组中含有外源基因的近交品系转移到不含有那个基因的近交品系或品系中。如本文中使用的，取决于上下文，“杂交”可以指简单的X与Y杂交或回交的过程近交品系近交品系近交品系近交品系。
[0194] 当在本发明实施方案的上下文中使用术语“NS-B50027-4植物”时，还包括该品系的任何基因转换。术语“基因转换植物”是指通过回交、基因工程或突变开发的那些NS-B50027-4植物，其中除了通过回交技术、基因工程或突变转移到NS-B50027-4来源的品系中的一个或更多个基因以外，基本上所有期望的形态和生理特征都被获得。回交方法可以与发明本实施方案一起使用，以改善植物品种或向植物品种引入特征。如本文中使用的，术语“回交”是指将杂交子代重复杂交回到轮回亲本，即，与轮回亲本回交1、2、3、4、5、6、7、8、9或更多次。为期望的特征贡献基因的亲本植物被称为“非轮回亲本”或“供体亲本”。这个术语指的是非轮回亲本在回交方案中使用一次，因此不再轮回(recur)的事实。来自非轮回亲本的一个或更多个基因被转移到其中的亲本芸薹属植物或油菜植物被称为轮回亲本，因为它在回交方案中使用几个轮次。Poehlman&Sleper,1994；Fehr,1993。在典型的回交方案中，原始的感兴趣的品种(轮回亲本)与携带待转移的感兴趣的基因的第二个品种(非轮回亲本)杂交。然后将来自该杂交的所得的子代再次杂交至轮回亲本并重复该过程直至获得油菜植物或芸薹属植物，其中除了来自非轮回亲本的转移的基因以外，轮回亲本的基本上所有期望的形态和生理特征都在转换植物中获得。因此，来自NS-B50027-4的一个或两个基因座可以被转移到另一个油菜品系或芸薹属品系中。
[0195] 选择合适的轮回亲本是成功的回交程序的重要步骤。回交方案的目标是改变或替代原始品系中的性状或特征。为了实现这一点，轮回亲本的基因被修饰或用来自非轮回亲本的期望的基因取代，同时保留基本上所有其余期望的基因型，并因此保持原始亲本品系的期望的生理和形态特征。特定非轮回亲本的选择将取决于回交的目的。基因渗入的一个主要目的是为植物添加一些商业上期望的、农学上重要的性状。确切的回交方案将取决于被改变的特征或性状以确定适当的测试方案。尽管当被转移的特征是显性等位基因时，回交方法被简化，但是也可以转移隐性等位基因。在这种情况中，可能需要引入子代的测试以确定是否已经成功转移所期望的特征。
[0196] 可以鉴定在新品系的开发中不经常选择但可以通过回交技术改进的遗传性状。这样的性状可以是转基因的或可以不是转基因的。这样的性状的实例包括但不限于雄性不育、改变的碳水化合物代谢、除草剂抗性、对细菌、真菌或病毒疾病的抗性、昆虫抗性、增强的营养质量、工业用途、产量稳定性和产量提高。这些基因通常通过细胞核遗传。参见例如美国专利第5,969,212号；第7,164,059号。
[0197] 此外，近交品系NS-B50027-4的繁殖可以通过组织培养和再生发生。术语“组织培养物”表示包含相同或不同类型的分离的细胞的组合物或组成植物部分的这样的细胞的集合。示例性组织培养物的类型是原生质体、愈伤组织、分生组织细胞和可以生成在植物或植物部分诸如叶、花粉、胚、根、根尖、花药、雌蕊、花、种子、叶柄、吸盘等中完整的组织培养物的植物细胞。用于制备和保持植物组织培养物的手段是本领域周知的。油菜的各种组织的组织培养物和从其再生植物是周知的。参见例如Teng等人,27HortSci.1030(1992)；Teng等人,28HortSci.669(1993)；Zhang等人,46J.Genet.Breeding 287(1992)；Webb等人,38Plant Cell Tissue Organ Cult.77(1994)；Curtis等人,45J.Exp.Bot.1441(1994)；
Nagata等人,125J.Am.Soc’y Hort.Sci.669(2000)；Ibrahim等人,28Plant Cell Tissue Organ Cult.139(1992)；美国专利第5,959,185号；第5,973,234号；第5,977,445号；第8,
816,111号。用于油菜植物再生的组织培养以及小孢子培养可以成功完成。参见Chuong等人,4Plant Cell Rep.4(1985)；Barsby等人,5Plant Cell Rep.101(1986)；Kartha等人,
31Physiol.Plant 217(1974)；Narasimhulu等人,7Plant Cell Rep.104(1988)；Swanson,
6Meth.Molec.Biol.159(1990)；Cell Culture Tech.&Canola Improvement,66J.Am.Oil Chem.Soc.455(1989)。从文献中清楚的是，现有技术状态使得获得植物的这些方法按常规使用，具有高成功率。因此，本发明实施方案的另一个方面提供了细胞，其在生长和分化时产生具有近交转基因品系NS-B50027-4的生理和形态特征的油菜植物。
Nagata等人,125J.Am.Soc’y Hort.Sci.669(2000)；Ibrahim等人,28Plant Cell Tissue Organ Cult.139(1992)；美国专利第5,959,185号；第5,973,234号；第5,977,445号；第8,
816,111号。用于油菜植物再生的组织培养以及小孢子培养可以成功完成。参见Chuong等人,4Plant Cell Rep.4(1985)；Barsby等人,5Plant Cell Rep.101(1986)；Kartha等人,
31Physiol.Plant 217(1974)；Narasimhulu等人,7Plant Cell Rep.104(1988)；Swanson,
6Meth.Molec.Biol.159(1990)；Cell Culture Tech.&Canola Improvement,66J.Am.Oil Chem.Soc.455(1989)。从文献中清楚的是，现有技术状态使得获得植物的这些方法按常规使用，具有高成功率。因此，本发明实施方案的另一个方面提供了细胞，其在生长和分化时产生具有近交转基因品系NS-B50027-4的生理和形态特征的油菜植物。
[0198] 通常，当转基因通过传统杂交引入植物时，它在植物基因组中的插入位点及其侧翼区不会改变。“插入区”是指对应于至少40个碱基对，诸如至少100个碱基对或多达超过10,000个碱基对的区域，其被(未转化的)植物基因组中的转基因的上游和下游侧翼区包围并且包括插入位点(以及可能的靶位点缺失)。考虑到由于物种内的突变引起的微小差异，插入区可以与该物种的给定植物中的外源DNA的上游和下游侧翼区保持至少85％、诸如
90％、95％或100％序列同一性。然而，转基因盒插入植物基因组有时可伴随被称为“靶位点缺失”的植物DNA的缺失。然而，另外的转基因或其他遗传操作可以在NS-B50027-4中进行，不需要过多实验；并且NS-B50027-4来源的植物可以如本文描述地被鉴定。
90％、95％或100％序列同一性。然而，转基因盒插入植物基因组有时可伴随被称为“靶位点缺失”的植物DNA的缺失。然而，另外的转基因或其他遗传操作可以在NS-B50027-4中进行，不需要过多实验；并且NS-B50027-4来源的植物可以如本文描述地被鉴定。
[0199] 例如，如果NS-B50027-4的源材料与细胞质雄性不育来源或用于使近交品系的雌性不育的一些其它来源回交，NS-B50027-4的源材料可以用于产生用于杂交种子生产的品系近交品系。可选择地，品系可以直接使用。例如，欧洲油菜品系NS-B50027-4可以与另一种油菜植物杂交，形成第一代F1植物的群体。通过这种方法产生的第一代F1植物的群体也是一个实施方案。该第一代F1植物的群体包含油菜品系NS-B50027-4的基本完整的等位基因组。通常，F1杂交体被认为具有每个亲本的所有等位基因。本领域普通技术人员可以利用育种手册或分子方法来鉴定使用油菜品系NS-B50027-4产生的特定F1植物，并且任何这样的单独植物也包括在本发明中。这些实施方案还涵盖了这些方法与用于品系NS-B50027-4的转基因或单基因转换的用途。
[0200] 另一个实施方案提供了在与轮回亲本回交任意次数中使用油菜品系NS-B50027-4的方法。使用本文描述的转基因方法、回交方法或本领域普通技术人员已知的其他育种方法，可以开发保留油菜品系NS-B50027-4的遗传谱的至少25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、
88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或99.5％的单个植物和植物群体。保留在子代中的遗传物质百分比可以通过谱系分析或通过使用遗传技术(例如分子标记或电泳)来测量。在谱系分析中，平均50％的初始种质在与另一个品系杂交一次后将被传递到子代品系，25％在另一次杂交后传递到不同的品系，依此类推。分子标记也可用于确认和/或确定子代品系的谱系。
88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或99.5％的单个植物和植物群体。保留在子代中的遗传物质百分比可以通过谱系分析或通过使用遗传技术(例如分子标记或电泳)来测量。在谱系分析中，平均50％的初始种质在与另一个品系杂交一次后将被传递到子代品系，25％在另一次杂交后传递到不同的品系，依此类推。分子标记也可用于确认和/或确定子代品系的谱系。
[0201] 用于制备源自油菜品系NS-B50027-4的品系的具体方法如下。本领域普通技术人员将油菜品系NS-B50027-4与另一种油菜植物(例如优良种品系/等基因品系)杂交。使来自该杂交的F1种子生长以形成同系群体。F1种子含有来自油菜品系NS-B50027-4的50％的等位基因和另一种植物的50％的等位基因。使F1种子生长并使其自交，从而形成F2种子。平均而言，F2种子已从品系NS-B50027-4中获得50％的等位基因，并且从另一种油菜植物获得50％，但来自群体的各种个体植物的等位基因具有更大百分比的来源于事件NS-B50027-4的其等位基因。Wang等人,40Crop Sci.659(2000)；Bernardo等人,
102Theor.Appl.Genet.986(2001)。如本文中使用的，术语群体指的是具有统计学代表性样本。使F2种子生长，并且基于目视观察或性状测量来选择植物。用于选择的性状可以是油菜种子中高DHA产量的油菜品系NS-B50027-4性状。选择表现出期望的NS-B50027-4来源的性状的事件NS-B50027-4来源的子代，并分别收获每株植物。来自每株植物的F3种子在单独的行间生长并允许其自交。选择的行或来自行的植物被单独收获和脱粒。选择同样基于对植物表型的目视观察，或对植物的期望的性状诸如期望的NS-B50027-4来源的性状的检测。生长和选择的过程重复任何次数，直到获得近交NS-B50027-4来源的油菜植物。
102Theor.Appl.Genet.986(2001)。如本文中使用的，术语群体指的是具有统计学代表性样本。使F2种子生长，并且基于目视观察或性状测量来选择植物。用于选择的性状可以是油菜种子中高DHA产量的油菜品系NS-B50027-4性状。选择表现出期望的NS-B50027-4来源的性状的事件NS-B50027-4来源的子代，并分别收获每株植物。来自每株植物的F3种子在单独的行间生长并允许其自交。选择的行或来自行的植物被单独收获和脱粒。选择同样基于对植物表型的目视观察，或对植物的期望的性状诸如期望的NS-B50027-4来源的性状的检测。生长和选择的过程重复任何次数，直到获得近交NS-B50027-4来源的油菜植物。
[0202] NS-B50027-4来源的油菜植物包含来源于油菜品系NS-B50027-4的期望的性状，其中一些可能不由油菜品系NS-B50027-4与其杂交的另一油菜植物表达并且其中一些可能由两个油菜品系表达但目前处于等于或大于在NS-B50027-4中表达水平的水平。
[0203] NS-B50027-4来源的油菜植物平均具有50％的基因来自NS-B50027-4，但来自该群体的各种单株植物具有更高百分比的来自NS-B50027-4的等位基因。重复杂交、自花授粉和选择的育种过程以产生NS-B50027-4来源的油菜植物的另一个群体，该群体平均具有25％的来源于油菜品系NS-B50027-4的其基因，但是来自该群体的各种单株植物具有更大百分比的来源于NS-B50027-4其等位基因。本发明的另一个实施方案是近交NS-B50027-4来源的油菜植物，所述油菜植物已经获得了高DHA的期望的NS-B50027-4来源的性状。
[0204] 先前的实施例可以以多种方式修改，例如选择可以在或可以不在在每一自花授粉的代发生或不发生，可以在实际的自花授粉过程发生之前或之后发生，或者单独的选择可以通过所描述的育种过程期间的任何时间点收获单个荚、植物、行或点来进行。此外，双单倍体育种方法可以在该过程的任何步骤中使用。在每一代和任何一代自花授粉中产生的植物群体也是本发明实施方案的实施方案，并且每个这样的群体将由以下植物组成：含有其约50％的基因来自油菜品系NS-B50027-4的植物，在第二轮杂交、自交和选择中其25％的基因来自油菜品系NS-B50027-4的植物，在第三轮杂交、自交和选择中其12.5％的基因来自油菜品系NS-B50027-4的植物，依此类推。
[0205] 另一个实施方案是获得纯合的NS-B50027-4来源的油菜植物的方法，该方法通过将油菜品系NS-B50027-4与另一种油菜植物杂交并将双单倍体方法应用于F1种子或F1植物或通过将该杂交进行自交获得的油菜品系NS-B50027-4的任何代进行。谱系育种通常用于改进自花授粉作物或交叉授粉作物的近交品系。具有有利、互补性状的两个亲本被杂交以产生F1。F2群体通过一个或几个F1自交或通过两个F1相互杂交(同胞交配)产生。最佳个体的选择通常在F2群体中开始。然后，从F3开始，选择最好的家系中的最好的个体。家系的重复测试或涉及这些家系的个体的杂交体组合通常在F4代中进行，以提高对具有低遗传性的性状的选择的有效性。在近交繁殖的进展阶段(即F6和F7)，检测最好的品系或表型相似的品系的混合物作为新栽培种的潜在释放近交品系。
[0206] 更进一步地，本发明实施方案涉及产生NS-B50027-4来源的油菜植物的方法，该方法通过以下进行：通过将油菜品系NS-B50027-4与油菜植物杂交并使子代种子生长，并用NS-B50027-4-来源的油菜植物重复杂交和生长步骤1至2次、1至3次、1至4次、或1至5次，并在第一次、第二次、第三次、第四次或第五次杂交后自交任何次数。质量和轮回选择可以用于改进自花授粉或交叉授粉作物的群体。杂合个体的遗传变异群体通过使几个不同的亲本相互杂交来鉴定或产生。最佳的植物基于个体优势、突出的子代或优异的组合能力来选择。选择的植物被相互杂交以产生新的群体，在新的群体中继续进一步的选择循环。该方法可以用于将NS-B50027-4与其他LC-PUFA转基因品系组合，有效地增加纯合品系中的拷贝数以提高种子中LC-PUFA产生。该技术在将转基因引入不适合转化的活力品系中，或在已知转基因基因座与NS-B50027-4位于不同的染色体中(例如，A06中的转基因基因座可以与NS-B50027-4基因座A02和A05组合)，时是有利的。来自这样的杂交的纯合品系包括六个拷贝的转基因插入片段。如果基因沉默不能抑制表达到难以控制的效果，则LC-PUFA产生可能实质上是增加的。实际上，包含6个转基因基因座的纯合F4实验品系(Full Single x NS-B50027-4)产生约25％DHA(种子中总脂肪酸的重量％)。
[0207] 回交育种已被用于将简单遗传的、高度遗传的性状的基因转移到为轮回亲本的期望的纯合栽培种或品系中。待转移的性状来源被称为供体亲本。预期所得的植物具有轮回亲本(例如，栽培种)的属性和从供体亲本转移的期望的性状。在初始杂交后，选择具有供体亲本表型的个体并重复杂交(回交)至轮回亲本。预期所得的植物具有轮回亲本(例如，栽培种)的属性和从供体亲本转移的期望的性状。
[0208] 严格意义上的单粒传法(single-seed descent procedure)是指种植分离群体，收获每株植物一粒种子的样品，并使用单粒种子样品种植下一代。当群体从F2推进到期望的育种水平时，从中衍生品系的植物将各自追踪到不同的F2个体。由于一些种子未能萌发或一些植物未产生至少一粒种子，群体中的植物的数量随着每一代下降。结果，当继代完成时，并非所有在群体中最初采样的F2植物都在子代中显示。
[0209] 另一个实施方案提供了NS-B50027-4的单基因转换。当通过传统(非转化)育种技术(诸如回交)引入DNA序列时发生基因转换。DNA序列，无论是天然存在的还是转基因的，可以使用这些传统的育种技术引入。通过该方法转移的期望的性状包括但不限于生育力改变、脂肪酸谱修饰、其他营养增强、工业增强、抗病性、昆虫抗性、除草剂抗性和产量提高。感兴趣的性状从供体亲本转移到轮回亲本，在这种情况中，本文公开的油菜植物。单基因性状可能由显性等位基因或隐性等位基因的转移所致。包含感兴趣的性状的子代的选择通过直接选择与显性等位基因相关的性状来进行。通过隐性等位基因转移的性状的子代的选择需要使第一次回交物生长和自交(self-crossing)(自交(selfing))，以确定哪些植物携带隐性等位基因。隐性性状可能需要在连续的回交世代中进行另外的子代测试，以确定感兴趣的基因的存在。随着对感兴趣的性状的选择，选择子代的轮回亲本的表型。应当理解，另外的多核苷酸序列或基因偶尔与感兴趣的单基因转化性状一起转移。包含来自轮回亲本(本文公开的油菜植物)的至少90％、95％、96％、97％、98％、99％或99.5％的基因，加上包含基因转化性状的子代被认为是基因转换的NS-B50027-4。当性状由两个基因控制时(例如一些抗病性)，选择可以对两个基因进行，等等。本文描述的实施方案的具体方面提供了NS-B50027-4的四基因分离子(插入到染色体A02种的4基因基因座)在另一个转基因植物中增加LC-PUFA产生的用途。
[0210] 突变育种是将新性状引入油菜品种的另一种方法。对于植物育种者而言，自发发生的或人工诱导的突变对于植物育种者可能是变异的有用来源。人工诱变的目标是增加期望的特征的突变率。通过许多不同手段可以提高突变率，包括温度、长期种子储存、组织培养条件、辐射(诸如X射线、γ射线、中子、β辐射或紫外线辐射)、化学诱变剂(诸如碱基类似物如5-溴-尿嘧啶)、抗生素、烷化剂(诸如硫芥、氮芥、环氧化物、亚乙基胺、硫酸盐、磺酸盐、砜或内酯)、叠氮化物、羟基胺、亚硝酸或吖啶。通过诱变观察到期望的性状后，性状可以通过传统的育种技术掺入现有的种质中。参见例如Fehr,PRINCIPLES CULTIVAR DEVEL.(Macmillan Pub’l Co.,1993)。例如，通过破坏Δ4-去饱和酶转基因的表达，突变可以用于增加NS-B50027-4中DPA的产生。
[0211] 应当理解，本发明实施方案的油菜品系可以通过细胞质基因、核基因、或其他因子的常规操作以雄性不育形式产生，如前面讨论的参考文献中描述的。这样的实施方案也在本权利要求书的范围内。本发明实施方案因此提供了通过使用油菜品系NS-B50027-4产生的F1杂交种子和植株。因此，另一个实施方案提供了通过将NS-B50027-4的DHA性状基因渗入到雄性不育的优良种芸薹属品系中来产生含DHA的油菜籽的方法；将NS-B50027-4的DHA性状基因渗入到可育的第二个优良种芸薹属品系中；将2个品系杂交以获得杂交体子代；栽培杂交体子代的种子；收获由栽培的杂交体子代产生的籽粒。从杂交体种子的子代中提取油的另外的步骤也可以提供含DHA的菜子油。
[0212] 许多实验室技术可用于植物基因型的分析、比较和表征；其中有同工酶电泳、限制性片段长度多态性(RFLP)、随机扩增多态性DNA(RAPD)、任意引物聚合酶链式反应(AP-PCR)、DNA扩增指纹图谱(DAF)、序列特征扩增区域(SCAR)、扩增片段长度多态性(AFLP)、简单序列重复(SSR)(也称为微卫星)和单核苷酸多态性(SNP)。本文的实施例3提供了用于分析NS-B50027-4及来源于其的子代的KASP分析。从SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:90中提供的那些引物中选择的引物也可以适应于其他基于测序的技术。
[0213] 同工酶电泳和RFLP已被广泛用于确定基因组成。参见Shoemaker&Olsen,Genetic Maps:Locus Maps of Complex Genomes中,6.131页(O’Brien编辑,Cold Spring Harbor Lab.Press,Cold Spring Harbor,N.Y.(1993)(分子遗传连锁图谱由25个连锁群组成，具有约365个RFLP、11个RAPD、3个经典标记和4个同工酶基因座)；还参见Shoemaker,DNA-BASED MARKERS IN PLANTS中,299页,(Phillips&Vasil编辑,Kluwer Acad.Press,Dordrecht,the Netherlands,(1994)。
[0214] SSR技术是目前有效且实用的标记技术；更多的标记基因座可以常规使用，并且与RFLP相比，使用SSR可以找到每个标记基因座更多的等位基因。参见例如Diwan&Cregan,95Theor.Appl.Genet.22(1997)。SNP也可用于鉴定本发明的独特基因组成和保留该独特基因组成的子代品种。各种分子标记技术可以组合使用以增强整体分辨率。可以在植物育种中使用分子标记，包括通过使用技术诸如同工酶电泳、RFLP、RAPD、AP-PCR、DAF、SCAR、AFLP、SSR和SNP鉴定的标记。分子标记的一个用途是数量性状基因座(QTL)图谱。QTL图谱是使用已知与对数量性状具有可测量的影响的等位基因紧密连锁的标记。育种过程中的选择基于与来自植物基因组的阳性效应等位基因连锁的标记的积累或与来自植物基因组的阴性效应等位基因连锁的标记的消除。
[0215] 分子标记也可以在育种过程期间使用用于选择定性性状。例如，与等位基因紧密连锁的标记或含有感兴趣的实际等位基因内的序列的标记可以用于在回交育种程序期间选择含有感兴趣的等位基因的植物。这些标记还可用于朝向轮回亲本的基因组选择并弃去供体亲本的标记。该过程试图使保留在所选植物中的来自供体亲本的基因组的量最小化。它还可以用于减少回交程序中所需的回交到轮回亲本的数量。在选择过程中使用分子标记通常称为遗传标记增强选择或标记辅助选择。通过提供追踪通过杂交的遗传谱的手段，分子标记也可用于鉴定和排除某些种质的来源作为亲本品种或植物的祖先。
[0216] 因此，清楚的是获得植物的这些方法的技术状态是“常规的”，因为它们常规地使用并且具有高成功率。油菜品系NS-B50027-4的实用性还延伸至与其他物种杂交。通常，合适的物种属于十字花科。因此，本发明实施方案包括在育种中使用油菜优良种事件NS-B50027-4的任何和所有的方法，包括自交、谱系育种、回交、杂交体产生和与群体杂交。使用油菜品系优良种事件NS-B50027-4作为亲本产生的所有植物和植物群体都在这些实施方案的范围内，包括由来源于油菜品系NS-B50027-4的品种开发的那些。本领域普通技术人员可以使用独特的分子标记谱或育种记录来鉴定来源于油菜品系NS-B50027-4的子代品系或子代的群体。本发明实施方案的特定方面提供了从NS-B50027-4分离的A02基因座已经通过常规育种技术引入到其中的转基因植物的LC-PUFA产生的出乎意料的益处。实施例
[0217] 实施例1.品系NS-B50027-4在实验性田间试验中的表征和选择
[0218] 植物育种的一项艰巨任务是鉴定具有遗传优势的单株植物，因为对于大多数性状而言，真正的基因型价值可能被其他混杂的植物性状或环境因素所掩盖。鉴定优势植物的一种方法是观察其相对于其他实验植物和一种或更多种广泛种植的标准栽培种的性能。如果单个观察结果不确定，则重复观察提供对遗传价值的更好的估算。
[0219] 最初鉴定为B0050-027-18的植物基于单粒传法通过收获每株植物一粒种子的样品和使用单粒种子样品种植下一代来选择。通常，由于一些种子未能萌发或一些植物未产生至少一粒种子，群体中的植物的数量随着每一代下降。结果，当继代完成时，并非所有在群体中最初采样的植物都在子代中显示。而且，原始的转基因事件增加了遗传的复杂性，使得关于子代的基因型或表型的预测经常是不准确的。因此，植物自花授粉并连续几代选择类型，直到特定的品系变为纯合的，表现出具有优良农艺特性的选择性状，并产生真正的育种子代的均一群体。更具体地，实验品系在Horsham(Victoria，Australia)的Nuseed Innovation Center(NIC)按照育种重选程序选择。候选品系的选择和开发基于：
[0220] (a)T-DNA插入片段的拷贝数；
[0221] (b)DHA表达的分离模式；
[0222] (c)纯合性；(基于脂肪酸表型和基因型)；
[0223] (d)LC-ω3-DHA的产生；和
[0224] (e)基于冬季和夏季不同地点的子代测试的适合作物生产的农艺性状。
[0225] 在澳大利亚，油菜在南部旱地种植区并且主要是在冬季降雨环境中生长。澳大利亚生产主要来自具有较低的春化(vernalization)要求的春季型油菜栽培种。一般而言，澳大利亚栽培种的开花期开始通常具有些许延迟，并且在冬季月份具有相对高的植物活力或生物质产量。澳大利亚的油菜作物通常在第一次大降雨后事件后的4月至5月播种，并且在10月至12月收获。产量主要受生长季节期间的水量和栽培种的水分利用效率的影响。对斑点小球腔菌(Leptosphaeria maculans)引起的黑胫病的主要病变型基因的抗性可以在幼苗存活和茎溃疡方面区分栽培种，但澳大利亚栽培种在推荐的农艺措施下生长时，通常被认为具有高抗性。在五至七个月的生长季节之后，并发生在春末或初夏种子发育。除水的可利用度外，产量可以明显地受到极端温度(<0℃至>35℃)的影响，这可能导致种子和种荚的败育。
[0226] 如本文所述，油菜种质的转化是用八基因构建体(用于DHA生物合成途径的7个酶和1个标记)进行的，所述八基因构建体引起了LC-ω3脂肪酸，特别是DHA的种子特异性积累。广义地说，尽管植物携带标记基因(MG)，表型用产品质量(PQ)(产生的ω-3脂肪酸)表征。再选择转化材料的基因座纯合性、DHA在种子中的表达、以及适合于商业化生产的农艺性状和产量潜能。测试品系来源于转化的小植株(变种AV Jade)。实验种子通过允许植物在封闭状态下(即防虫篷)自花授粉而增加。
[0227] 将在澳大利亚的八个试验田地点(地点)的来自转基因事件的三个T2代来源的姐妹株(sib)与八个其他商业油菜栽培种(品系)一系列重要的农艺学性状和种子性状进行比较(随后在澳大利亚和加拿大的田间试验将在下文进一步描述)。8个澳大利亚地点代表了宽范围的环境产量潜力，如通过地点平均地点产量的范围表示的(即AV Garnet：0.7至2.4t/ha)。转基因姐妹株表示为测试品系：NS-B50027-4(T3)、B0050-027-18-36-13(T4)和B0050-027-18-105-13(T4)。另外，NS-B50027-4在加拿大的实验样地中生长，并且将其农艺性状和种子性状与非转基因油菜品系进行比较。还将另外的NS-B50027-4T3和T5代与非转基因品系和来自NS-B50027-4异型杂交的两株转基因分离株进行比较，每个分离株携带不同的转基因基因座(即分离的A05和A02)(参见实施例2)。测试品系的农艺性状变异与在所有测试环境中评价的商业栽培种的农艺性状变异相当。该结论得到以下发现的支持：基于跨地点分析(MET-REML)，最高产量测试品系的籽粒产量与最高产量商业栽培种在统计学上是相当的。此外，除了没有显著差异的一个地点以外，对于每个地点，最高产量测试品系比至少一个栽培种产量显著更高。测试品系产生具有略低百分比种子油且具有改变的脂肪酸组成的种子；但这不影响产量或农艺性能。LCω3DHA脂肪酸的表达在测试环境中高度稳定。
[0228] 用于比较的对照栽培种(商用育种品系)提供了在种植区广泛生长的良好适应的(即高产但变化的产量潜力和油含量)栽培种的农艺学多样性(例如植物习性、物候学)范围。这些栽培种都是开放授粉的，并在例如澳大利亚国家品种测试计划和区域年度作物报告中描述和广泛评估。参见“nvtonline”网站。此外，对于澳大利亚的黑胫病，植物疾病抗性的变异被详细描述。Van De Wouw等人,67Crop&Pasture Sci.273(2015)。在澳大利亚，黑胫病可以引起高达90％的产量损失。Marcroft&Bluett,Agricul.Notes,AG1352,Victoria,Dept.Primary Indus.(2008)。已经随时间记录了商业栽培种对特定种子脂肪酸组成和种子油含量的遗传变异。参见Seberry等人,Quality of Australian canola 2011(Australian Oilseeds Fed.,2012)。来自栽培种AV Jade的植物被转化以产生转基因T0，并且因此AV Jade可被认为是本文描述的转基因事件的未转化的等值线(isoline)。
[0229] 测试品系的表型变异以植物萌发、植物活力、开花时间、开花持续时间、株高、落籽、抗倒伏性、黑胫病严重程度、植物收获计数、籽粒产量、籽粒水分、种子油百分比和脂肪酸含量特别是种子LC-ω3多不饱和脂肪酸(LC-PUFA)含量(具体涉及EPA、DPA和DHA的产量)为特征。对于所有测量的性状，使用统计软件GenStat中的ASREML进行有限估计似然分析。Gilmour等人,ASREML用户指南,release 3.0,Biometric Bulletin(3)(VSV Int’l,
Waterhouse Stm Hemel Hempstead,UK,2009)。线性混合模型统计方法用于解释野外空间变异，如广泛描述的，并且用于野外植物育种和遗传研究。Cullis&Gleeson,47Biometrics
1449(1991)；Smith等人,57Biometrics 1138(2001)；Welham等人,Analysis of linear mixed models by ASReml-R with Applications in Plant Breeding:Course Notes(VSV Int’l,Waterhouse Stm Hemel Hempstead,UK,2013)。进一步对籽粒产量(t/ha)进行Meta-REML跨地点分析，以确定所测试的品系的跨地点最佳线性无偏预测(BLUP)。
Waterhouse Stm Hemel Hempstead,UK,2009)。线性混合模型统计方法用于解释野外空间变异，如广泛描述的，并且用于野外植物育种和遗传研究。Cullis&Gleeson,47Biometrics
1449(1991)；Smith等人,57Biometrics 1138(2001)；Welham等人,Analysis of linear mixed models by ASReml-R with Applications in Plant Breeding:Course Notes(VSV Int’l,Waterhouse Stm Hemel Hempstead,UK,2013)。进一步对籽粒产量(t/ha)进行Meta-REML跨地点分析，以确定所测试的品系的跨地点最佳线性无偏预测(BLUP)。
[0230] 从所有环境中进行了更频繁和更详细的测量。在播种后14天，在每个样地中，在两个随机的一平方米象限上进行植物萌发建立计数(plant emergence establishment count)。每平方米萌发的植物数被作为性状变量分析。对于跨所有地点的每个样地，还记录了基于每个样地的平均植物密度的目视估计所得的植物萌发得分，并且作为性状变量分析(1：低＝0-5株植物/m2；5：中等＝25-30株植物/m2；9：高＝45-50株植物/m2)。基于每平方米的数量的植物萌发和植物萌发得分在所有8个地点的品系之间显著变化(P<0.05)。转基因品系的植物萌发的统计学变异显著地在在所有实验的栽培种表示的范围内(P<0.05)。植物的活力基于生物量，以1(低：叶面积覆盖小于样地的10％)至9(高：叶面积覆盖大于样地的90％)等级评分，并进行分析。对于七个地点中的六个，植物活力在品系之间显著变化(P<
0.05)。所有8个地点的地点植物平均活力评分为6(叶面积覆盖为样地的60％至70％)；并且变异相对一致，表明对这个性状的低环境影响。统计学上，在所有试点，测试品系的植物活力变异显著地在跨所有地点的栽培种表示的范围内。
0.05)。所有8个地点的地点植物平均活力评分为6(叶面积覆盖为样地的60％至70％)；并且变异相对一致，表明对这个性状的低环境影响。统计学上，在所有试点，测试品系的植物活力变异显著地在跨所有地点的栽培种表示的范围内。
[0231] 将开花时间记录为从播种到该实验样地中50％的植物具有至少一朵开放的花的天数。对于所有试验中的每块样地均记录了这一点，并将其作为性状变量进行分析。对于所有地点，开花在品系之间显著(P<0.05)变化。地点平均开花时间从99天至110天变化，并且指示该性状在试验地点之间的环境差异。转基因品系的开花时间的统计学变异显著地在所有实验的栽培种表示的范围内。
[0232] 开花持续时间是开花时间和开花时间结束之间的计算差异(表示为天数)。这是针对所有试验中的每块样地计算的，并且作为性状变量分析：开花持续时间＝开花结束日-开花时间(50％)。地点平均开花时间从24天至30天变化，这比占优势的预期籽粒灌浆的平均值和反映的条件更短。统计学上，转基因品系的开花时间的变异显著地在所有实验的栽培种表示的范围内。
[0233] 基于每平方米植物的收获时的植物在所有八个地点的品系之间显著变化。转基因品系的收获时间时的植物数量的变异显著地(P<0.05)在所有种植和位置的栽培种表示的范围内。萌发时的植物数量与收获时记录的植物数量显著相关。一些计算的存活百分比超过100％，这反映了两种栽培种(ATR Wahoo和AV Jade)的缓慢幼苗萌发：不是所有萌发的幼苗在植物萌发计数时都被记录。
[0234] 在生理成熟时的株高是从样地中心的基部到生长尖端测量的。使用样地中心以避免与地间空间区域可能相关的混杂的效应(边缘效应)。记录所有试验中每个样地的性状，并作为性状变量进行分析。成熟时的株高(cm)在所有地点的品系之间显著(P<0.05)变化。地点平均株高从63cm到105cm变化，并且指示该性状在试验地点之间的环境差异。转基因品系成熟时的株高的变异显著地(P<0.05)在所有实验的栽培种表示的范围内。
[0235] 使用在两周时间段内记录的每1/8平方米的落籽计数分析成熟时的落籽(有时称为落荚)。这是通过在所有位置的每块样地的播种行之间在冠层下面放置两个托盘来进行的，并作为性状变量进行分析。落籽得分(基于1[零]至9[高：+40])的等级也在每个地点基于邻收获前在地面上观察到的种子数量记录并将其作为性状变量进行分析。基于收获时地面上的种子数量的落籽在八个地点中的四个的品系之间显著(P<0.05)变化。地点平均落籽数从3到15(每1/8平方米)变化，并且指示所有地点的落籽的低水平。一个地点的落籽得分在品系之间也显著变化，并且与跨地点平均落籽计数密切相关。这表明将落籽记录为得分是落籽的良好预测物。统计学上，基于种子计数的落籽和转基因品系的得分的变异显著地在有所有实验的栽培种表示的范围内。
[0236] 基于成熟时从植物基部倾斜的植物角度进行评分，将抗倒伏性记录为1(抗性)至9(易感的)。植物倒伏没有统计学上的显著变异。缺乏这种性状的变异可能与豆荚灌浆后期低于平均的降雨量有关。
[0237] 五个地点中，代表斑点小球腔菌和油菜黑胫病菌(Leptosphaeria biglobosa)的黑胫病严重程度症状记录为1(低：<5％)至9(高：>40％)得分。由于缺乏可观察的变异，并非所有样地都被评分。没有观察到与溃疡和断茎相关的症状。黑胫病叶片症状在所有八个地点都被观察到处于非常低水平。一个地点使用裸种子(未经杀真菌剂处理的种子)播种。在该地点与用种子杀真菌剂处理的其他地点之间测试的品系中，植物萌发没有相对差异。叶片症状并不总是预测由斑点小球腔菌引起的茎溃疡的程度(澳大利亚产量损失的主要原因和抗性评级基础，参见Sosnowski等人,33Australian Plant Pathol.401(2004))。几项研究已经基于子叶、叶、茎(溃疡病)上的病原体感染和田间条件下的植物存活来评估黑胫病抗性。由于缺少溃疡和断茎，油菜品系可以被认为出于本文描述的目的对存在的疾病压力具有抗性。
[0238] 植物收获计数通过在所有八个地点的每个样地的两个一平方米的象限中对植物进行计数来估算。然后使用两个象限的平均值来估算每平方米的植物数量，并将其作为性状变量进行分析。通过将植物计数的地点平均值表示为植物萌发计数的地点平均值的％来计算植物存活百分比(％)：植物存活率％＝(植物收获计数×100)/植物萌发计数。
[0239] 当实验种子在生理上成熟时使用样地收割机收获籽粒。对于每次试验，保持收获方向一致(即，每行的前后范围)以避免收获方向错误。确定每个样地的干籽粒重量并基于样地面积转化为t/ha的单位，并作为性状变量分析。
[0240] 收获时和在实验室样品中的籽粒水分被记录并作为性状变量分析。使用手持式水分计在实验田间收获时直接分析大量样品。还使用基于澳大利亚油籽联合(AOF)方法4-1.5的烘箱干燥方法测定水分百分比。该方法包括将在敞口罐中的5g样品在130℃用烘箱干燥持续1小时。将样品在干燥器中冷却40分钟并称重，并将水分百分比确定为质量损失百分比。收获时的籽粒水分(作为百分比)在所有八个地点的品系处理之间显著变化。收获时的地点平均籽粒水分从9％至12％变化，这表明种子在相似的籽粒阶段收获。统计学上，对于转基因的品系，收获时籽粒水分的变异显著地在所有实验的栽培种表示的范围内。收获时的籽粒水分百分比也与开花时间相关，这样晚期开花品系(即ATR Wahoo和Monola515TT)的种子在所有地点在收获时间具有显著更高的籽粒水分％。实验室种子水分在所有地点的品系之间显著变化。但是，品系和跨位点之间的差异非常低，并且平均～7％。这表明不存在种子储存的混淆效应。实验室中，转基因品系的种子水分的变异显著地在非转基因品系表示的范围内(P<0.05)。
[0241] 使用自旋锁NMR光谱法对调节至6％水分的种子分析种子油含量(％)。简而言之，将5g至10g种子的样品称重到NMR管中并通过NMR光谱仪分析。通过使用已知油含量百分比的20个参考样品初始创建的软件校准来确定种子油结果，如通过所提取的油的重量确定的。种子油含量在所有八个实验地点的品系之间显著变化(P<0.05)。地点平均种子油百分比从37.0％到41.5％变化，通常低于种植条件的典型平均值，并且可能是在种子灌浆期间经历的低于平均值的降雨量和高于平均温度的结果。相对品系差异在各个地点非常一致。所有地点的转基因品系的种子油含量的变异与非转基因品系相比略低：平均约2％，这可能提供遗传改进的靶。较低的油含量可能在遗传学上不和转基因事件连锁，但可能是转化较低油含量栽培种即AV Jade的结果。
[0242] 在实验栽种期间收集的与非转基因栽培种的农艺性状相比的事件NS-B50027-4的农艺性状的表征的总结在表2中示出(分析型REML；对于所有性状，F pr<0.001Sig)。
[0243]
[0244] 脂肪酸使用溶剂提取、然后同时进行皂化和甲基化并通过GC-FID分析来确定。简而言之，这涉及压碎种子样品，并将油从压碎的种子子样品中提取到溶剂中。溶剂在氮气下蒸发掉，并将油子样品在新溶剂中稀释。将等分试样与Meth Prep II(皂化/甲基化试剂)反应。将样品在40℃加热以加速反应，并且然后注射到使用BPX-70柱的GC-FID上，用于脂肪酸确定。脂肪酸被计算为油的百分比组成，其中每个脂肪酸峰的面积被确定为色谱图中所有脂肪酸峰的总和的百分比。这些估计值作为性状变量单独分析。评估以下的特定脂肪酸的百分比：棕榈酸；硬脂酸；油酸和顺式异油酸(cis-vaccenic acid)；亚油酸；α亚麻酸(ALA)；花生酸(也称为二十烷酸)和十八碳四烯酸(SDA)；二十碳烯酸、二十碳-11-烯酸和二十碳-
9-烯酸；芥酸和二十碳四烯酸(ETA)；二十碳五烯酸(EPA)；二十二碳五烯酸(DPA)；和二十二碳六烯酸(DHA)。
9-烯酸；芥酸和二十碳四烯酸(ETA)；二十碳五烯酸(EPA)；二十二碳五烯酸(DPA)；和二十二碳六烯酸(DHA)。
[0245] 表3显示了种子脂肪酸含量的跨地点分析(所有值为百分比；分析型REML；对于所有性状，F pr<0.001Sig)：
[0246]
[0247] 如通过GC-FID分析的种子中作为硬脂酸存在的脂肪酸的百分比在所有八个地点的品系之间显著变化。地点平均百分比硬脂酸显示出非常小的变异，并且范围从1.6％至2.4％。统计学上，对于转基因品系的百分比硬脂酸的变异显著地在所有地点的非转基因品系表示的范围内。
[0248] 如通过GC-FID分析的种子中作为油酸和顺式-异油酸的脂肪酸的百分比在所有八个地点的品系之间显著变化。地点平均百分比油酸和顺式-异油酸从60％至73％变化。统计学上，对于转基因品系的百分比油酸和顺式-异油酸的变异显著地(P<0.05)低于由所有地点的非转基因品系表示的范围。该结果与转基因插入片段有关，并且不影响商业农艺性状或籽粒生产。此外，由于Fad基因中的单核苷酸多态性(SNP)，与其他栽培种相比，特种高油酸栽培种Monola515TT产生显著更高的油酸和顺式-异油酸。
[0249] 如使用GC-FID分析的种子中作为亚油酸存在的脂肪酸的百分比在所有八个地点的所有品系中显著变化。每个地点的平均百分比亚油酸范围为从12％至21％。来源于一个T2事件(植物NS-B50027-4)的转基因姐妹品系(sib line)的百分比亚油酸的变异显著地(P<0.05)低于所有地点的栽培种和来源于其他事件姐妹株来源的姐妹株表示的范围。亚油酸百分比的显著差异可能与转基因的表达相关。亚油酸％的减少可能与转基因插入片段相关，但不影响农艺性状或商业规模的籽粒生产。
[0250] 作为ALA、花生酸和SDA存在的的脂肪酸的百分比在所有八个地点的所有品系中显著变化。ALA、花生酸和SDA百分比的地点平均值在从5％至11％之间变化。转基因品系的ALA、花生酸和SDA％的变异显著地(P<0.05)高于全部实验的非转基因栽培种表示的变异。在某些地点观察到的这种性状的显著差异与转基因的表达相关。该结果与转基因插入片段相关，并且不影响商业农艺性状或籽粒生产。由于Fad基因中的SNP，与其他栽培种相比，特种高油酸栽培种(Monola515TT)产生显著(P<0.05)较低的ALA％。
[0251] 作为二十碳烯酸、二十碳-11-烯酸和二十碳-9-烯酸存在的脂肪酸的百分比在所有八个地点的品系之间显著变化。二十碳烯酸、二十碳-11-烯酸和二十碳-9-烯酸百分比的地点平均值的范围从1.0％至1.5％。转基因品系的二十碳烯酸、二十碳-11-烯酸和二十碳-9-烯酸百分比的变异显著地(P<0.05)高于所有实验的非转基因栽培种表示的变异。该结果与转基因插入片段相关，并且不影响商业农艺性状或籽粒生产。
[0252] 作为芥酸和ETA存在的脂肪酸的百分比在五个地点记录，并且通常接近0％。与转基因插入片段相关的结果不在商业上影响农艺性状或籽粒生产。
[0253] 种子LC-ω3多不饱和脂肪酸(LC-PUFA)，特别是EPA、DPA和DHA被计算为每个样地样品的百分比，并作为性状变异分析，其中LC-PUFA＝EPA％+DPA％+DHA％。针对每个样地计算预测的DHA，以Kg/ha为单位，并将其作为性状变量进行分析：DHA kg/ha＝(油％x 0.01)x(DHA％x 0.01)x籽粒产量(t/ha)x 1000。对于每块样地计算预测的LC-PUFA，单位为Kg/ha，并将其作为性状变量分析：DHA kg/ha＝(油％x 0.01)x(LC-PUFA％x 0.01)x籽粒产量(t/ha)x 1000。
[0254] 作为EPA的脂肪酸的百分比在所有八个地点的品系之间显著地(P<0.05)变化。转基因品系的百分比的变异显著地(P<0.05)高于非转基因栽培种表示的变异。与转基因插入片段相关的这一结果不影响农艺性状或种子生产，但确实使种子更有价值。
[0255] 作为DPA的脂肪酸的百分比在所有地点的品系之间显著地变化。转基因品系的百分比的变异显著地(P<0.05)高于所有地点的非转基因栽培种表示的变异。该结果与转基因插入片段相关，并且将不在商业上影响农艺性状或籽粒生产。
[0256] 作为DHA的脂肪酸的百分比在所有八个地点的品系之间显著(P<0.05)变化。转基因品系的百分比的变异显著地(P<0.05)高于所有地点的非转基因栽培种表示的变异。该结果与转基因插入片段相关，并且不影响商业农艺性状或籽粒生产。转基因姐妹品系之间的方差用作选择的基础。
[0257] 跨地点的DHA百分比和将优良种事件NS-B50027-4与非转基因栽培种进行比较(如通过GC-FID确定的)在表4中示出(分析型REML；对于所有地点，F pr<0.001Sig)。
[0258]
[0259] 基于脂肪酸谱、种子油百分比和籽粒产量计算的表示为Kg/ha的预测的DHA在所有地点的品系之间显著变化(P<0.05)。转基因品系的％的变异显著地(P<0.05)高于所有位置的非转基因品系表示的变异。该结果与转基因插入片段相关，并且不影响商业的农艺性状或籽粒生产。转基因姐妹品系之间的方差用作选择的基础。在每面积的产量(kg/ha)单位方面DHA的稳定性高，这是因为种子油和种子中产生的DHA百分比的跨地点变异低。
[0260] 跨地点的DHA的预测的产量(Kg/ha)以及将优良种事件NS-B50027-4与非转基因栽培种的比较在表5中示出(分析型REML；对于所有地点，F pr<0.001Sig)：
[0261]
[0262] 关于种子LC-PUFA ω3——EPA、DPA和DHA百分比(通过HPLC测量)——在所有八个地点的品系处理之间LC-PUFA百分比显著变化(P<0.05)。对于转基因品系的％的变异显著地(P<0.05)高于所有试验的栽培种表示的变异。该结果与转基因插入片段相关，并且不影响农艺性状或商业的籽粒生产。转基因姐妹品系之间的变异用作选择的基础。在非转基因品系中观察到的痕量水平的LC-PUFA可能与花粉流动、种子移动或GC-FID误差相关。
[0263] 表6示出了通过GC-FID测定的百分比值(分析型REML；对于所有地点，F pr<0.001Sig)
[0264]
[0265] 基于脂肪酸谱、种子油％和籽粒产量计算的表示为Kg/ha的预测的LC-PUFA在所有地点的不同处理品系之间显著(P<0.05)变化。转基因品系的％的变异显著(P<0.05)高于所有实验的栽培种表示的变异。该结果与转基因插入片段相关，并且不在商业上影响农艺性状和籽粒产量。转基因姐妹品系之间的方差用作选择的基础。栽培种种子中的痕量水平可能与花粉流动、种子移动或HPLC误差有关。由于种子油和种子中产生的百分比DHA的低的跨地点变异，在每面积产量的单位(Kg/ha)方面，LC-PUFA具有高稳定性。还参见图2和图3。
[0266] 表7示出了预测的Kg/ha LC-PUFA值(在所有地点F pr<0.001)。
[0267]
[0268]
[0269] 对于每个栽培地点，将使用NMR确定的种子油含量制表并且在表8中显示(单位为百分比；分析型REML；对于所有地点，Fpr<0.001Sig)：
[0270]
[0271] NS-B50027-4种子的脂肪酸含量的另外的分析在表9中显示：
[0272]
[0273]
[0274]
[0275]
[0276]
[0277] 表9中的数据证实，NS-B50027-4的种子除了LC-ω3脂肪酸外，还含有比常规油菜品种实质上更多的ALA。也参见表3。尽管ALA不是LC-PUFA，但它是ω3脂肪酸。表9中NS-B50027-4种子油中ω3/ω6脂肪酸的比率为约3.59至约6.12；常规菜子油中ω3/ω6脂肪酸的比率为约0.5。参见Patterson等人，J.Nutr.Metab.2012:539426(2012)。
[0278] 表10显示了关于来自在澳大利亚实验培养中生长的16代优良种事件NS-B50027-4的种子中DHA和LC-PUFA百分比的数据。在澳大利亚进行的另外的田间试验生成了具有9.6％DHA和10.1％LC-PUFA的大量种子：
[0279]
[0280] 此外，在2016年在两个不同地点的受控实验条件下测试了NS-B50027-4在加拿大生长的能力。表11显示了将NS-B50027-4与几种非转基因油菜品系比较的农艺性状和产量数据：
[0281]
[0282] 因为油菜品系NS-B50027-4基本上是均一的，所以其可以通过种植这种品系的种子、在充分分离情况下自花授粉或近缘授粉条件下使所得油菜植物生长来繁殖，并使用常规农艺方法收获所得的种子。
[0283] 实施例2.NS-B50027-4分离子
[0284] 如上所述，NS-B50027-4包含16个基因插入片段(两个倒置的8基因盒)和4个基因插入片段；每个插入片段代表植物基因组内的不同基因座。杂交、回交和自交的组合将16个基因插入片段分离到染色体A05(“分离子A05基因座”)并将4个基因插入片段分离到染色体A02(“分离子A02基因座”)。将这些分离子的农艺数据与在澳大利亚的四个不同实验地点生长的NS-B50027-4和非转基因栽培种进行比较。数据总结在表12中显示，显示了跨四个实验地点的平均值(分析型REML；对于所有性状，F pr<0.001Sig)：
[0285]
[0286] 除了植物活力和其他农艺特性之外，籽粒产量(t/ha)被进一步表征，如表13中所示，其中油百分比通过NMR确定，并且将AV Garnet设定为种子油％的100％比较物：
[0287]
[0288] NS-B50027-4T3的跨地点平均DHA和LC-PUFA含量为约6.2％DHA和约7.1％LC-PUFA，并且NS-B50027-4T5的跨地点平均DHA和LC-PUFA含量为约7.4％DHA和约8.6％LC-PUFA，证明从T3到T5代的遗传增益。
[0289] 进一步地，关于分离子A02基因座，该来源于NS-B50027-4的转基因品系包含以下四种转基因：Δ6-去饱和酶(来源于细小微胞藻)、Δ5-延长酶(来源于P.cordata)、Δ5-去饱和酶(来源于盐生巴夫藻)和Δ15/ω3-去饱和酶(来源于巴斯德毕赤酵母)。尽管该品系表达种子油，但分离子A02基因座缺乏产生LC-PUFA和DHA所需的酶(参见图1)。特别地，它缺乏提供早期底物LA的Δ12-去饱和酶、将SDA转化为ETA的Δ6-延长酶、和将DPA转化为DHA的Δ4-去饱和酶。如预期的，田间监管试验表明，分离子A02基因座产生低于1％的LC-PUFA(EPA+DPA+DHA)。相比之下，分离子A05基因座含有完整的DHA生物合成酶套件，并且田间监管试验表明，它在约4.5％LC-PUFA中产生约4％DHA。令人惊讶的是，在同一个田间监管试验中，NS-B50027-4在约8.4％LC-PUFA中产生约7.4％DHA(该试验经受非最佳收获)。NS-B50027-4比分离子A05基因座产生显著更多的DHA是令人惊讶的，因为例如分离子A02基因座不提供将DPA转化为DHA的额外Δ4-去饱和酶。分离子A02基因座提供了提高产量的潜力。
[0290] 因为A02和A05基因座可以从NS-B50027-4分离并用于进一步生成NS-B50027-4来源的子代。例如，分离的A02基因座可以堆叠在产生LC-PUFA的其他品系中，诸如包含用于DHA的生物合成的单个七转基因插入片段的“完整单一的”品系，以增加该品系中的LC-PUFA产量。实际上，在“完整单一的”受体中通过A02基因座的基因渗入堆叠的F4纯合子代的种子的DHA表现出与受体完整单一的品系相比增加6％。有趣的是，这些含有A02基因座的纯合子代比分离的A05基因座堆叠的F4纯合完整单一产生更多DHA。注意，NS-B50027-4比完整单一产生更多DHA，并且与比完整单一相比，堆叠NS-B50027-4(两个基因座)的完整单一也表现出DHA产量增加。
[0291] NS-B50027-4A02基因座也可以通过基因渗入到产生其他LC-PUFA(诸如EPA或DPA)的轮回芸薹属或油菜中，以增加芸薹属或油菜中的LC-PUFA产量。例如，已经描述了在种子中产生大量DPA的转基因芥菜。WO 2015089587。将分离的NS-B50027-4A02基因座基因渗入到该芥菜中增加了种子中产生的DPA的量。类似地，用EPA生产的生物合成途径转化的芸苔(例如，既不包含Δ5-延长酶也不包含Δ4-去饱和酶的转基因插入片段)在种子中产生大量EPA；并且EPA的产量通过与NS-B50027-4的A02基因座的渐渗杂交的方法增加。
[0292] 实施例3.竞争性等位基因特异性PCR(KASP)测定
[0293] 转基因在油菜中的表型表达由转基因盒本身的结构及其在植物基因组中的插入位置二者决定：转基因在植物基因组的特定位置的存在可能影响转基因的表达和整体表型。在植物基因组中掺入重组DNA分子通常是由细胞或组织的转化(或由另一种遗传操作)引起的。掺入的特定位点可能是随机的或预定的(如果使用了靶向整合方法)。通过遗传操作将商业上感兴趣的性状的农艺上或工业上成功的引入可以是依赖于不同因素的漫长过程。遗传转化的植物的实际转化和再生只是包括广泛的遗传表征、育种和田间试验评估，最终导致选择优良种事件的一系列选择步骤中的第一步。
[0294] NS-B50027-4是按照广泛选择育种和田间试验开发的品系，并且提供了在种子油中产生约7％-15％DHA(总脂肪酸重量％)的油菜栽培种。遗传分析表明，NS-B50027-4在染色体A02上具有转基因插入片段，并且在染色体A05上具有另一个转基因插入片段。A05上的插入片段包含头对头对齐(RB-LB:LB-RB)的两个完整的以T-DNA为边界的八个基因的盒(Micpu-Δ6D、Pyrco-Δ5E、Pavsa-Δ5D、Picpa-ω3D、Pavsa-Δ4D、Lack1-Δ12D、Pyrco-Δ6E和PAT标记)。染色体A02上的插入片段包含一组四个基因Micpu-Δ6D、Pyrco-Δ5E、Pavsa-Δ5D和Picpa-ω3D。令人惊讶的是，分离杂交显示染色体A02和染色体A05二者上的插入片段都是达到约11％的DHA产量所需要的。
[0295] 将来自DHA油菜基因渗入育种的8个不同的BC和F2群体的约1200个子代用于基于Woodland的Nuseed Molecular Lab开发的LGC Octopure SOP的DNA提取。简而言之，将直径为0.25英寸的两个冻干叶圆片在300μL的DNA提取缓冲液(100mM Tris-HCl，PH 8.0；25mM EDTA，PH 8.0；0.5％SDS，1.5M NaCl)中，使用GenoGrinder以1,400rpm研磨5分钟。在55℃水浴中孵育45分钟并以4,500rpm离心30分钟后，将50μL的上清液转移到100μL的具有磁性sbeadex珠的LGC结合缓冲液中。结合并洗涤后，将DNA洗脱至80μL的LGC DNA洗脱缓冲液中。
[0296] DNA浓度用NanoDrop 8000(Thermo Scientific)测量并且在5.0ng/μL-20.0ng/μL的范围内，平均为10.0ng/μL。将DNA样品稀释1倍。对于每个反应，将2.0μL(～5.0ng/μL)基因组DNA样品和2μL具有引物的主混合物分配至384孔板用于KASP基因分型。
[0297] 除了来自DHA油菜基因渗入群体的子代，将八个对照包括在基因分型中。这些包括两个非GMO对照(Dwarf和AV Jade)、两个半合子对照(2.5ng Av Jade或2.5ng dwarf+2.5ng B0050-027-18-20-12-19)；两个事件阳性对照(B0050-027-18-20-12-19)和四个非模板对照(NTC)。阳性对照(T5植物B0050-027-18-20-12-19)之前被用于通过测序表征DHA油菜事件。
[0298] 开发了KASP测定以提供简单、经济、高通量和灵活的方法来检测和监测8种转基因和4种NS-B50027-4特异性连接，并进一步促进育种程序中的NS-B50027-4基因渗入。根据具有修改的制造商(LGC Ltd.，Middlesex，UK)的标准方案进行KASPTM基因分型化学、测定设计、基因分型和评分。
[0299] 序列信息被上传到LGC Kraken Workflow Manager，并且使用它的测定设计程序Primer Picker设计KASP测定。典型的KASP测定包括两个等位基因特异性引物(用于转基因等位基因的引物_等位基因X和用于非转基因、野生型等位基因的引物_等位基因Y)和一种共同基因座特异性引物(引物_共同)。引物_等位基因X与荧光FAM缔合，并且引物_等位基因Y与荧光HEX缔合。
[0300] 靶向连接的大多数测定是这种类型的三引物测定(表14)。为了检测DHA油菜，除了上文提及的常规三引物测定之外，还开发了四引物测定。四引物测定在反应中具有转基因等位基因特异性的引物_等位基因X、野生型等位基因特异性的引物_等位基因Y、ω3基因特异性的引物_共同和野生型特异性的引物_共同2。为了检测ω3盒中的8个基因，在每个测定中仅使用两个引物，引物_等位基因X和引物_共同(双引物测定)；两种引物均为ω3基因特异性的(表14)：
[0301]
[0302]
[0303]
[0304]
[0305] KASP基因分型系统需要两个组分：测定混合物和主混合物。测定混合物是所需的引物的混合物，并且主混合物包含所有其他所需组分，包括PCR缓冲液、通用荧光报告系统和Taq聚合酶。
[0306] KASP反应以4.0μL的体积进行，包括2.0μL(10.0ng)的基因组DNA、2.0μL的2x KASP主混合物和0.06μL的测定(引物)混合物。对于双引物测定，测定(引物)混合物是12μM的等位基因特异性的引物_等位基因X和12μM的引物_共同的组合，对于三引物测定，测定(引物)混合物是12μM的等位基因特异性的引物_等位基因X、12μM的等位基因特异性的引物_等位基因Y、和30μM的引物_共同的组合，并且对于四引物测定，测定(引物)混合物是12μM的等位基因特异性的引物_等位基因X、12μM的等位基因特异性的引物_等位基因Y、12μM的引物_共同和12μM引物_共同2的组合。
[0307] 反应在LGC Hydrocycler 16中的384孔板中按照以下循环参数进行：94℃15分钟的1个循环，然后94℃30秒和64℃-57℃(每个循环降低1.0℃)60秒的8个循环，并且然后是94℃30秒和57℃60秒的30个循环。如果尚未获得清晰的基因分型簇，则通过94℃30秒和57℃60秒的三个额外循环将板进一步热循环。
[0308] 在完成KASP反应后，转基因等位基因通过引物_等位基因X用FAM标记，并且非转基因野生型等位基因通过引物_等位基因Y用HEX标记。荧光信号在PheraStar酶标仪中读取，激发波长为485nm，并且FAM的发射波长为520nm且HEX的发射波长为535nm/556nm。使用LGC Kraken数据库分析数据。
[0309] 开发八基因特异性的显性(NBN01-NBN08；一个测定/基因)用于检测构建体盒中的8种基因。开发总计20个靶向A02上的插入片段的上游连接(NBN57、NBN68、NBN58、NBN85和NBN14)和下游连接(NBN16、NBN62和NBN64)以及靶向A05上的插入片段的上游连接(NBN52、NBN51、NBN09、NBN50、NBN48和NBN10)和下游连接(NBN83、NBN82、NBN84、NBN66、NBN41和NBN43)的插入片段特异性、共显性KASP测定，并用来自NS-B50027-4基因渗入群体的1200个子代验证(表14)。超过10,000个样品已经使用这些标记物进行基因分型。
[0310] 开发并验证了30个竞争等位基因特异性PCR(KASP)测定，所述测定针对DHA油菜事件NS-B50027-4的两个插入片段的8个基因和4个连接。这些测定提供了简单、经济、高通量和灵活的用于在育种计划中检测和监测NS-B50027-4的方法。
[0311] 实施例4.NS-B50027-4和非转基因油菜的详细比较
[0312] 将来自2014年至2016年实验田样地中油菜种子产量的数据制成表格。DHA和总EPA+DPA+DHA的范围基于几个实验田的观察结果。NS-B50027-4和非转基因“对照”油菜二者中主要脂肪酸的含量可以根据生长条件而变化几个百分点。在下表15中，“0.0”可以指被鉴定为低于准确确定组分的量所需要的量的痕量：
[0313]
[0314] 将从NS-B50027-4的实验培养中收获的种子压碎并通过冷压获得油。将从亲本等基因系AV Jade收获的种子进行类似处理，每种油的含量如表16所示地比较：
[0315]
[0316]
[0317] 依据国际承认用于专利程序的微生物保存布达佩斯条约(1977)，申请人已在2016年6月9日将油菜NS-B50027-4的至少2500颗种子保藏于美国典型培养物保藏中心Manassas,VA.,20110-2209,U.S.A.，所述种子已经被指定登录号PTA-123186。
在本申请未决期间，可向美国专利商标局专员请求来获得本发明；在授予专利权后，对公众的可得性的所有限制均不可撤销地撤销；品系NS-B50027-4将在ATCC保藏机构(一个公共保藏结构)持续30年的时间段、或最近一次请求后5年、或持续专利的有效期，以较迟者为准；
并且如果保藏的种子在此期间变得没有生存力，则用具有生存力的种子替换种子。在保藏时已测试种子的生存力。一并提交的附录A提供了保藏日期、登录号和对生存力的认可。申请人已满足37C.F.R.§§1.801-1.809的所有要求。申请人对保藏材料从 的可得性
没有任何限制；但是，申请人无权放弃法律对生物材料转移或商业运输的任何限制。根据本专利或“植物品种保护法”(7U.S.C.§2321et seq.)，申请人不会豁免任何侵犯权利的行为。
在本申请未决期间，可向美国专利商标局专员请求来获得本发明；在授予专利权后，对公众的可得性的所有限制均不可撤销地撤销；品系NS-B50027-4将在ATCC保藏机构(一个公共保藏结构)持续30年的时间段、或最近一次请求后5年、或持续专利的有效期，以较迟者为准；
并且如果保藏的种子在此期间变得没有生存力，则用具有生存力的种子替换种子。在保藏时已测试种子的生存力。一并提交的附录A提供了保藏日期、登录号和对生存力的认可。申请人已满足37C.F.R.§§1.801-1.809的所有要求。申请人对保藏材料从 的可得性
没有任何限制；但是，申请人无权放弃法律对生物材料转移或商业运输的任何限制。根据本专利或“植物品种保护法”(7U.S.C.§2321et seq.)，申请人不会豁免任何侵犯权利的行为。
[0318] 尽管出于清楚和理解的目的通过说明和实施例详细描述了前述实施方案，但本领域技术人员将清楚某些变化和修饰，诸如单基因修饰和突变、体细胞克隆变体、选自本发明近交品系的植物的大群体的变体个体等可以在本发明的范围内实施，本发明的范围仅由所附权利要求限定。
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