黄瓜植物中的产量QTL
阅读：116发布：2022-12-04
专利汇可以提供黄瓜植物中的产量QTL专利检索，专利查询，专利分析的服务。并且本 发明 涉及在其基因组的2号 染色 体上包含产量QTL的栽培黄瓜 植物 。，下面是黄瓜植物中的产量QTL专利的具体信息内容。
1.一种栽培黄瓜(原变种)(Cucumis sativus var.sativus)植物，其在2号染色体上包含纯合或杂合形式的来自野生黄瓜或黄瓜野生近缘种的基因渗入片段，其中所述基因渗入片段赋予增加的黄瓜果实产量。
2.权利要求1的植物，与在相同环境下生长的缺少基因渗入片段的遗传对照株系相比，其中所述增加的黄瓜果实产量在表型上表示为包含基因渗入片段的植物株系的显著更高的果实平均数量/植物(FrPP)，和/或与在相同环境下生长的缺少基因渗入片段的遗传对照株系相比，其在表型上表示为包含基因渗入片段的植物株系的显著更高的平均果实重量/植物(GrPP)。
3.权利要求1或2的植物，其中通过分子标记物测定法可检测在2号染色体上的所述基因渗入片段，所述分子标记物测定法检测选自以下的至少1种、优选至少2或3种标记物：
a)SEQ ID NO:1中单核苷酸多态性标记物SNP_01的AG或GG基因型；
b)SEQ ID NO:2中单核苷酸多态性标记物SNP_02的AG或GG基因型；
c)SEQ ID NO:3中单核苷酸多态性标记物SNP_03的AG或GG基因型；
d)SEQ ID NO:4中单核苷酸多态性标记物SNP_04的GT或GG基因型；
e)SEQ ID NO:5中单核苷酸多态性标记物SNP_05的AC或CC基因型；
f)SEQ ID NO:6中单核苷酸多态性标记物SNP_06的CT或TT基因型；
g)SEQ ID NO:7中单核苷酸多态性标记物SNP_07的AG或GG基因型；
h)SEQ ID NO:8中单核苷酸多态性标记物SNP_08的CT或TT基因型；
i)SEQ ID NO:9中单核苷酸多态性标记物SNP_09的CT或CC基因型；
j)SEQ ID NO:10中单核苷酸多态性标记物SNP_10的GT或GG基因型；
k)SEQ ID NO:11中单核苷酸多态性标记物SNP_11的AG或AA基因型；
l)在标记物SNP_01至SNP_11之间的任意野生黄瓜基因组特异性标记物。
4.根据前述权利要求中任一项的植物，在6号染色体上还包含纯合或杂合形式的基因渗入片段，其中所述基因渗入片段赋予增加的黄瓜果实产量，并且其中可通过分子标记物测定法检测在6号染色体上的所述基因渗入片段，所述分子标记物测定法检测选自以下的至少1种、优选至少2或3种标记物：
a)SEQ ID NO:12中单核苷酸多态性标记物SNP_12的AG或AA基因型；
b)SEQ ID NO:13中单核苷酸多态性标记物SNP_13的AG或AA基因型；
c)SEQ ID NO:14中单核苷酸多态性标记物SNP_14的AG或GG基因型；
d)SEQ ID NO:15中单核苷酸多态性标记物SNP_15的CT或TT基因型；
e)SEQ ID NO:16中单核苷酸多态性标记物SNP_16的AG或AA基因型；
f)SEQ ID NO:17中单核苷酸多态性标记物SNP_17的CT或TT基因型；
g)SEQ ID NO:18中单核苷酸多态性标记物SNP_18的CT或CC基因型；
h)SEQ ID NO:19中单核苷酸多态性标记物SNP_19的AC或AA基因型；
i)SEQ ID NO:20中单核苷酸多态性标记物SNP_20的AC或AA基因型；
j)SEQ ID NO:21中单核苷酸多态性标记物SNP_21的AG或GG基因型；
k)SEQ ID NO:22中单核苷酸多态性标记物SNP_22的CT或CC基因型；
l)SEQ ID NO:23中单核苷酸多态性标记物SNP_23的AG或AA基因型；
m)SEQ ID NO:24中单核苷酸多态性标记物SNP_24的CT或CC基因型；
n)SEQ ID NO:25中单核苷酸多态性标记物SNP_25的AG或GG基因型；
o)SEQ ID NO:26中单核苷酸多态性标记物SNP_26的CT或CC基因型；
p)SEQ ID NO:27中单核苷酸多态性标记物SNP_27的AG或AA基因型；
q)SEQ ID NO:28中单核苷酸多态性标记物SNP_28的CT或CC基因型；
r)SEQ ID NO:29中单核苷酸多态性标记物SNP_29的CT或CC基因型；
s)SEQ ID NO:30中单核苷酸多态性标记物SNP_30的GT或TT基因型；
t)在标记物SNP_12至SNP_30之间的任意野生黄瓜基因组特异性标记物。
5.前述权利要求中任一项的植物，其中可通过分子标记物测定法检测在2号染色体上的所述基因渗入片段，所述分子标记物测定法检测选自以下的至少2、3或4种连续标记物：
a)SEQ ID NO:1中单核苷酸多态性标记物SNP_01的AG或GG基因型；
b)SEQ ID NO:2中单核苷酸多态性标记物SNP_02的AG或GG基因型；
c)SEQ ID NO:3中单核苷酸多态性标记物SNP_03的AG或GG基因型；
d)SEQ ID NO:4中单核苷酸多态性标记物SNP_04的GT或GG基因型；
e)SEQ ID NO:5中单核苷酸多态性标记物SNP_05的AC或CC基因型；
f)SEQ ID NO:6中单核苷酸多态性标记物SNP_06的CT或TT基因型；
g)SEQ ID NO:7中单核苷酸多态性标记物SNP_07的AG或GG基因型；
h)SEQ ID NO:8中单核苷酸多态性标记物SNP_08的CT或TT基因型；
i)SEQ ID NO:9中单核苷酸多态性标记物SNP_09的CT或CC基因型；
j)SEQ ID NO:10中单核苷酸多态性标记物SNP_10的GT或GG基因型；
k)SEQ ID NO:11中单核苷酸多态性标记物SNP_11的AG或AA基因型。
6.权利要求4或5的植物，其中其中可通过分子标记物测定法检测在6号染色体上的所述基因渗入片段，所述分子标记物测定法检测选自以下的至少2、3或4种连续标记物：
a)SEQ ID NO:12中单核苷酸多态性标记物SNP_12的AG或AA基因型；
b)SEQ ID NO:13中单核苷酸多态性标记物SNP_13的AG或AA基因型；
c)SEQ ID NO:14中单核苷酸多态性标记物SNP_14的AG或GG基因型；
d)SEQ ID NO:15中单核苷酸多态性标记物SNP_15的CT或TT基因型；
e)SEQ ID NO:16中单核苷酸多态性标记物SNP_16的AG或AA基因型；
f)SEQ ID NO:17中单核苷酸多态性标记物SNP_17的CT或TT基因型；
g)SEQ ID NO:18中单核苷酸多态性标记物SNP_18的CT或CC基因型；
h)SEQ ID NO:19中单核苷酸多态性标记物SNP_19的AC或AA基因型；
i)SEQ ID NO:20中单核苷酸多态性标记物SNP_20的AC或AA基因型；
j)SEQ ID NO:21中单核苷酸多态性标记物SNP_21的AG或GG基因型；
k)SEQ ID NO:22中单核苷酸多态性标记物SNP_22的CT或CC基因型；
l)SEQ ID NO:23中单核苷酸多态性标记物SNP_23的AG或AA基因型；
m)SEQ ID NO:24中单核苷酸多态性标记物SNP_24的CT或CC基因型；
n)SEQ ID NO:25中单核苷酸多态性标记物SNP_25的AG或GG基因型；
o)SEQ ID NO:26中单核苷酸多态性标记物SNP_26的CT或CC基因型；
p)SEQ ID NO:27中单核苷酸多态性标记物SNP_27的AG或AA基因型；
q)SEQ ID NO:28中单核苷酸多态性标记物SNP_28的CT或CC基因型；
r)SEQ ID NO:29中单核苷酸多态性标记物SNP_29的CT或CC基因型；
s)SEQ ID NO:30中单核苷酸多态性标记物SNP_30的GT或TT基因型。
7.前述权利要求中任一项的植物，其中检测选自以下的至少1、2或3种标记物：
a)SEQ ID NO:2中单核苷酸多态性标记物SNP_02的AG或GG基因型；
b)SEQ ID NO:5中单核苷酸多态性标记物SNP_05的AC或CC基因型；
c)SEQ ID NO:7中单核苷酸多态性标记物SNP_07的AG或GG基因型；
d)SEQ ID NO:9中单核苷酸多态性标记物SNP_09的CT或CC基因型；
e)SEQ ID NO:10中单核苷酸多态性标记物SNP_10的GT或GG基因型。
8.前述权利要求中任一项的植物，其中至少检测以下标记物：
-SEQ ID NO:6中单核苷酸多态性标记物SNP_06的CT或TT基因型。
9.权利要求8的植物，其中还检测以下标记物中的至少一种标记物：
-SEQ ID NO:5中单核苷酸多态性标记物SNP_05的AC或CC基因型；
-SEQ ID NO:7中单核苷酸多态性标记物SNP_07的AG或GG基因型。
10.权利要求4至9中任一项的植物，其中检测选自以下的至少1、2或3种标记物：
-SEQ ID NO:12中单核苷酸多态性标记物SNP_12的AG或AA基因型；
-SEQ ID NO:13中单核苷酸多态性标记物SNP_13的AG或AA基因型；
-SEQ ID NO:18中单核苷酸多态性标记物SNP_18的CT或CC基因型；
-SEQ ID NO:19中单核苷酸多态性标记物SNP_19的AC或AA基因型；
-SEQ ID NO:20中单核苷酸多态性标记物SNP_20的AC或AA基因型；
-SEQ ID NO:21中单核苷酸多态性标记物SNP_21的AG或GG基因型；
-SEQ ID NO:22中单核苷酸多态性标记物SNP_22的CT或CC基因型；
-SEQ ID NO:23中单核苷酸多态性标记物SNP_23的AG或AA基因型；
-SEQ ID NO:24中单核苷酸多态性标记物SNP_24的CT或CC基因型；
-SEQ ID NO:25中单核苷酸多态性标记物SNP_25的AG或GG基因型；
-SEQ ID NO:26中单核苷酸多态性标记物SNP_26的CT或CC基因型；
-SEQ ID NO:28中单核苷酸多态性标记物SNP_28的CT或CC基因型；
-SEQ ID NO:30中单核苷酸多态性标记物SNP_30的GT或TT基因型。
11.权利要求4至10中任一项的植物，其中检测选自以下的至少1、2或3种标记物：
-SEQ ID NO:13中单核苷酸多态性标记物SNP_13的AG或AA基因型；
-SEQ ID NO:18中单核苷酸多态性标记物SNP_18的CT或CC基因型；
-SEQ ID NO:28中单核苷酸多态性标记物SNP_28的CT或CC基因型。
12.前述权利要求中任一项的植物，其中所述植物为下述黄瓜类型中的一种：腌制黄瓜、切片黄瓜、长黄瓜、短黄瓜、欧洲温室黄瓜、Beit-Alpha型黄瓜、东方网格型黄瓜、亚洲黄瓜。
13.前述权利要求中任一项的植物，其中所述植物为单一杂交F1杂种或近交株系。
14.前述权利要求中任一项的植物，其中所述植物适用于一次性机械采收。
15.前述权利要求中任一项的植物，其中所述植物并不是野生黄瓜植物或地方品种，或其中所述植物为欧亚黄瓜组、东亚黄瓜组或西双版纳黄瓜组的栽培黄瓜。
16.前述权利要求中任一项的植物，其中所述植物产生无授粉的无籽果实。
17.前述权利要求中任一项的植物，其中所述植物主要是雌性或全部是雌性。
18.前述权利要求中任一项的植物，其中在关于由所述植物产生的果实的形态特征方面是均一的。
19.前述权利要求中任一项的植物，其中所述植物产生果实，所述果实在可食用成熟度时具有的平均果实长度为至少10cm和/或果实长度与直径的比例为2或更大。
20.前述权利要求中任一项的植物，其中所述在2号染色体上的基因渗入片段为存在于以登录号NCIMB 42262保藏的种子中的2号染色体上的片段，或更小的片段。
21.前述权利要求中任一项的植物，其中所述在2号染色体上的基因渗入片段的尺寸等于或小于10Mb，优选地尺寸等于或小于8Mb，更优选地尺寸等于或小于3Mb。
22.权利要求21的植物，其中所述基因渗入片段的尺寸为至少0.5Mb或至少1Mb。
23.前述权利要求中任一项的植物，其中所述植物为不确定的黄瓜。
24.可从其生长出前述权利要求中任一项植物的种子。
25.从权利要求1至24中任一项的植物中采收的黄瓜果实。
26.权利要求25的果实，其中所述果实在可食用采收时为无苦味的。
27.权利要求25或26的果实，其中所述果实在可食用采收时具有薄的果皮。
28.前述权利要求中任一项的植物或种子的植物细胞、组织或植物部分，其包含至少一条重组的2号染色体，其中所述重组的2号染色体包含来自野生黄瓜植物或黄瓜野生近缘种的基因渗入片段，以及其中所述基因渗入片段包含赋予提高的果实产量的QTL。
29.包含来自野生黄瓜植物或黄瓜野生近缘种的基因渗入片段的重组的2号染色体用于培育具有提高的果实产量的黄瓜品种的用途，所述基因渗入片段包含赋予提高的果实产量的等位基因，其中所述重组的2号染色体为存在于以登录号NCIMB 42262保藏的种子中的重组的2号染色体或源自所述重组的2号染色体。
30.存在于以登录号NCIMB 42262保藏的种子中或在其子代中的2号染色体用于产生在所述2号染色体上包含基因渗入片段的栽培黄瓜植物的用途，其中与缺少所述基因渗入片段的遗传对照黄瓜植物相比，所述基因渗入片段赋予提高的果实产量。
31.从以登录号NCIMB 42262保藏的种子生长出的植物或其子代用于产生具有提高果实产量的栽培黄瓜植物的用途，其中所述提高的果实产量是由从所述植物或子代的2号染色体获得的基因渗入片段赋予的。
32.一种用于鉴定在2号染色体上包含基因渗入片段的栽培黄瓜(原变种)植物的方法，其中所述基因渗入片段为存在于NCIMB 42262中或来源于其的更小片段，所述方法包含：
a)提供栽培黄瓜(原变种)植物的种群；
b)使用分子标记物测定法筛选所述种群，所述分子标记物测定法检测选自以下的至少一种SNP标记物：
用于检测2号染色体上的基因渗入片段的SNP_01至SNP_11；
c)鉴定和/或选择包含以下的植物：
i)用于检测2号染色体上的基因渗入片段的SNP标记物SNP_01至SNP_11中的至少一种；
ii)选自用于检测2号染色体上的基因渗入片段的SNP_01至SNP_11的至少2、3或4种连续标记物；或
iii)选自用于检测2号染色体上的基因渗入片段的SNP_2、SNP_5、SNP_7、SNP_9和SNP10的至少1、2或3种标记物；或
iv)用于检测2号染色体上的基因渗入片段的至少标记物SNP_06，以及任选的标记物SNP_05和/或SNP_07。
33.一种产生包含赋予提高的果实产量的基因渗入片段的黄瓜F1杂种植物的方法，所述方法包括：
a)提供第一近交黄瓜植物，其包含纯合形式的重组的2号染色体，所述重组的2号染色体具有包含赋予提高的产量的等位基因的基因渗入片段，其中所述基因渗入片段为在NCIMB 42262中或更小片段，
b)提供第二近交黄瓜植物，
c)使所述a)黄瓜植物与所述b)黄瓜植物杂交，
d)收集来自所述杂交的F1杂种种子。
34.一种用于产生NCIMB 42262子代的方法，所述方法包括：
a)从以登录号NCIMB 42262保藏的种子中生长出植物，
b)使所述植物自交一次或多次，或使所述植物与另一黄瓜植物杂交一次或多次以产生子代种子；
c)使用分子标记物测定法筛选所述子代种子、或从所述种子生长出的植物、或所述种子或植物的部分，所述分子标记物测定法检测选自以下的至少一种SNP标记物：
用于检测2号染色体上的基因渗入片段的SNP_01至SNP_11；
d)鉴定和/或选择包含以下的子代植物：
i)用于检测2号染色体上的基因渗入片段的SNP标记物SNP_01至SNP_11中的至少一种；
ii)选自用于检测2号染色体上的基因渗入片段的SNP_01至SNP_11的至少2、3或4种连续标记物；或
iii)选自用于检测2号染色体上的基因渗入片段的SNP_2、SNP_5、SNP_7、SNP_9和SNP10的至少1、2或3种标记物；或
iv)用于检测2号染色体上的基因渗入片段的至少标记物SNP_06，以及任选的标记物SNP_05和/或SNP_07。
35.通过权利要求34的方法产生的子代植物。
黄瓜植物中的产量QTL
技术领域
[0001] 本发明涉及黄瓜育种领域。本发明提供了定位于黄瓜基因组的2号和6号染色体号染色体上的两种数量性状基因座(Quantitative Trait Loci(QTL))，其可在栽培黄瓜(原变种)(Cucumis sativus var.sativus)中用于增加产量，例如腌制黄瓜(pickling cucumber)(例如美国腌制、欧洲腌制型)，切片黄瓜(slicing cucumber)(例如美国切片)，长黄瓜，短黄瓜，欧洲温室黄瓜，Beit-Alpha型黄瓜，东方网格型黄瓜(oriental trellis type cucumbers)(也以“burpless”出售)，亚洲黄瓜(其可以进一步细分为不同类型，例如印度杂色黄瓜(Indian Mottled cucumber)、中国长黄瓜、韩国黄瓜和日本黄瓜类型，其中第一种属于印度黄瓜组，后三属于东亚黄瓜组)。本文将所述的两种QTL称作QTL2.1和QTL6.1。本发明还提供了这样的栽培黄瓜植物，其在含有QTL2.1和/或QTL6.1的2号染色体和/或6号染色体上包含基因渗入片段，由此与缺少所述基因渗入的相同的栽培黄瓜相比，所述基因渗入片段使包含所述基因渗入的栽培黄瓜的果实产量显著增加。本文也提供一种或多种标记物(尤其是单核苷酸多态性或SNP)以及使用这些标记物的方法，所述标记物存在于基因渗入片段上，并且指示基因渗入片段的存在。本发明也同样提供了这样的种子、植物部分、细胞和/或组织，即在其基因组中包含QTL2.1和QTL6.1，以及在其基因组中另外包含栽培黄瓜的基因组。在一方面，QTL2.1和QTL6.1(即包含QTL的基因渗入片段)以杂合形式存在于栽培的黄瓜植物、细胞或组织中。另一方面，QTL2.1和QTL6.1(即包含QTL的基因渗入片段)以纯合形式存在于栽培的黄瓜植物、细胞或组织中。在具体的方面，所述栽培的黄瓜植物为F1杂种，尤其是通过杂交两种近交亲本系而产生的F1杂种，因此至少一种亲本株系包含纯合形式的QTL2.1和QTL6.1(即包含QTL的基因渗入片段)。
背景技术
[0002] 栽培黄瓜(黄瓜(原变种)(Cucumis sativus var.sativus L.))是全世界重要的蔬菜作物。其属于葫芦科。它被认为源自东南亚，具有小且苦的果实的野生祖先，例如西南野黄瓜(Cucumis sativus var.hardwickii)。
[0003] 栽培黄瓜基因组具有7对染色体(n＝7)和大小约367Mb(兆碱基)的单倍体基因组，估计总共约26,682个基因。黄瓜基因组是待测序的第一个植物基因组(Huang et al.2009,Nature Genetics,Volume 41,Number 12,p1275-1283和http://www.icugi.org/cgi-bin/gb2/gbrow se/cucumber_v2/)。
[0004] 在过去几十年，栽培黄瓜的产量没有显著提高。2002年Shetty和Wehner(CropSci.42:2174-2183)在美国北卡罗来纳州的田间条件下，针对果实品质和果实产量，对USDA黄瓜种质集进行筛选，并且建议在他们的研究中所鉴定的高产量栽培种可用于开发高产品种。
[0005] Yuan et al.2008(Euphytica 164:473-491)在遗传上定位了在中国北部黄瓜S94和欧洲西北部黄瓜S06之间的杂交中的特定果实性状。其连锁群3似乎对应于2号物理染色体(physical chromosome)，并且其连锁群2似乎对应于6号物理染色体。他们将称作fw2.1(果实重量)的基因座定位于6号染色体(LG2)的顶端，并且他们将称作fw3.1(果实重量)的基因座定位于6号染色体(LG3)的底端。然而，他们并未对所有的果实产量定位。
[0006] Fazio et al.2003(Theor Appl Genet 107:864-874)在遗传上定位了许多性状，包括在三次采收时每株植物的累积果实以及形态性状例如小叶(‘ll’)。它们的连锁群1似乎对应于6号物理染色体。被称作fpl1.2(果实/植物)的基因座在两种环境中是一致的，并且被定位于小叶基因座。小叶在物理上位于6号物理染色体的间隔7Mb和8.5Mb的区域中，即其在6号染色体的顶部。
[0007] 由Shetty和Wehner在2002年鉴定的种质中(见上文)，WO2009/082222使用Turkish Beit-Alpha地方品种PI 169383来鉴定在PI 169383的连锁群3和/或4上，用于采收阶段黄瓜的果实重量的QTL。
[0008] 然而，仍然需要鉴定黄瓜果实产量的QTL以能够增加现代黄瓜品种的果实产量。
[0009] 一般定义
[0010] 不定冠词“一”或“一个”不排除存在多于一个所述元素的可能性，除非上下文明确要求有且仅有一个所述元素。因此，不定冠词“一”或“一个”通常意指“至少一个”。
[0011] 本文使用的术语“植物”包括完整的植物或其任何部分或衍生物，例如植物器官(如采收的或未采收的储存器官、块茎、果实、叶、种子等)、植物细胞、植物原生质体、可由其再生出完整植物的植物细胞或组织培养物、植物愈伤组织、植物细胞团和植物中完整的植物细胞，或植物的部分，例如胚、花粉、胚珠、子房、果实(例如采收的组织或器官，如采收的黄瓜果实或其部分)、花、叶、种子、块茎、球茎、无性繁殖的植物、根、根状茎(root-stocks)、茎、根尖等。还包括任何发育阶段，例如未成熟和成熟的幼苗等。当提及“植物的种子”时，这些指的是在自体授精或异体受精后可由其长出的植物的种子或植物中产生的种子。
[0012] “植物品种”是在已知最低等级的相同植物分类群中的一组植物，所述植物品种可以是基于源自某一特定基因型或基因型组合的特征的表达来定义(无论是否满足《植物育种者权利》(plant breeder's rights)中的认可条件)，可以通过那些特征中的至少一种的表达而将所述植物品种与任何其他组的植物区分开，也可将所述植物品种看作一个实体，因为其可被繁殖而无任何改变。因此，如果一组植物的特征都在于存在1个或2个基因座或基因(或者由这些基因座或基因产生的一系列表型特征)，但是它们又在其它基因座或基因上可以彼此显著不同，那么即使它们是同一类的，也不可以使用术语“植物品种”来表述该组植物。
[0013] “F1、F2、F3等”是指两个亲本植物或亲本株系之间杂交后的连续相关世代。由两个植物或株系杂交产生的种子长出的植物称为F1代。F1植物自交产生F2代等。
[0014] “F1杂种”植物(或F1杂种种子)是由两个近交的亲本株系杂交得到的世代。因此，F1杂种种子是由其长出F1杂种植物的种子。由于杂种优势，F1杂种更有活力(vigorous)且具有更高的产量。近交株系(inbred line)在基因组中大多数基因座处上是基本纯合的。
[0015] “植物株系”或“育种株系”是指植物及其后代。本文使用的术语“近交株系”是指已经被反复自交且几乎为纯合的植物株系。因此“近交株系”或“亲本株系”是指已经历过几代(例如至少5、6、7或更多代)育种的植物，产生具有高度均一性的植物株系。
[0016] 术语“等位基因”意指特定基因座上基因的一种或多种替代形式中的任一种，所有这些等位基因均与特定基因座处的一种性状(trait)或特征相关。在生物体的二倍体细胞中，给定基因的等位基因位于染色体上的特定位置或单个基因座(多个基因座)。一个等位基因存在于一对同源染色体中的每条染色体上。二倍体植物物种可以在特定基因座上包含大量不同的等位基因。这些可以是所述基因的相同等位基因(纯合的)或两个不同的等位基因(杂合的)。因此，例如，在本文中可提及产量基因座QTL2.1或QTL6.1的“产量等位基因”。
[0017] 术语“基因”意指包含区域(转录区)和可操作地连接的调控区域(例如启动子)的(基因组)DNA序列，所述区域在细胞中被转录为信使RNA分子(mRNA)。因此，基因的不同等位基因是基因的不同替代形式，其可以是这样的形式：例如在基因组DNA序列(例如启动子序列、外显子序列、内含子序列等)的一个或多个核苷酸、mRNA和/或所编码的蛋白的氨基酸序列中的不同。
[0018] 术语“基因座”(多个基因座)意指染色体上的存在例如QTL、基因或遗传标记物的一个或多个具体位置或位点。因此，产量基因座(产量增加的基因座)为黄瓜基因组中的位置，其中存在有QTL2.1或QTL6.1。在栽培黄瓜中，所述QTL分别存在于2号染色体和6号染色体中(使用Huang et al.2009,Nature Genetics,Volume 41,Number 12,p1275-1283以及http://www.icugi.org/cgi-bin/gb2/gbrowse/cucumber_v2/的染色体比对)，即将它们从野生或原始黄瓜种质渐渗到栽培黄瓜基因组中(即在2和6号染色体上)。
[0019] “数量性状基因座”或“QTL”是编码影响连续分布(数量)表型的表现度的一个或多个等位基因的染色体基因座。在本文中，将赋予产量的数量性状基因座(或“产量QTL”)命名为QTL2.1和QTL6.1。
[0020] “黄瓜基因组”和“黄瓜基因组上的物理位置”和“2号染色体”和/或“6号染色体”是指栽培黄瓜的物理基因组(万维网icugi.org/cgi-bin/gb2/gbrowse/cucumber_v2/)、物理染色体和染色体上的物理位置。因此，例如SNP_01位于物理定位于2号染色体的核苷酸433,086处的核苷酸(或“碱基”)处，其物理大小为0至23.17Mb(即23,174,626个碱基)。同样地，SNP_12位于位于6号染色体的26,833,907处的核苷酸(或“碱基”)处，该染色体的物理大小为0到29.07Mb(即29,076,228个碱基)。
[0021] 在同一染色体上的基因座之间(例如分子标记物之间和/或表型标记物之间)的“物理距离”为实际物理距离，其用碱基或碱基对(bp)，千碱基或千碱基对(kb)或者兆碱基或兆碱基对(Mb)表示。
[0022] 通过交叉频率或重组频率(RF)测量在同一染色体上的基因座之间(例如分子标记物之间和/或表型标记物之间)的“遗传距离”，并且用厘摩(cM)表示。1cM相当于1％的重组频率。如果没有发现重组体，则RF为零并且所述基因座在物理上非常紧密地在一起或它们是相同的。两个基因座的相距越远，RF越高。
[0023] “基因渗入片段”或“基因渗入区段”或“基因渗入区域”是指已通过杂交或传统育种技术(例如回交)被引入相同或近缘物种的另一个植株中的染色体片段(或染色体部分或区域)，即基因渗入片段是用动词“渐渗”表示的育种方法(例如回交)的结果。在黄瓜中，野生或原始黄瓜种质(例如，地方品种)或栽培黄瓜的野生近缘种可用于将野生基因组的片段渐渗到栽培黄瓜(黄瓜(原变种))的基因组中。因此这类栽培黄瓜植物具有“栽培黄瓜(原变种)的基因组”，但在基因组中包含了野生或原始黄瓜(例如，地方品种)的片段或黄瓜野生近缘种的片段，例如近缘野生黄瓜(例如西南野黄瓜、锡金黄瓜(Cucumis sativus var.sikkimensis)、西双版纳黄瓜Cucumis sativus var.xishuangbannesis))，或另一种野生黄瓜或黄瓜的野生近缘种)基因组的基因渗入片段。因此，本文提供的栽培黄瓜包含栽培黄瓜基因组，以及在该基因组中包含栽培黄瓜的2号和/或6号染色体上的一个或两个基因渗入片段，与缺少基因渗入片段(并且具有栽培黄瓜的2号和/或6号染色体，但没有基因渗入)的栽培黄瓜基因组相比，所述基因渗入片段赋予增加的产量。应理解术语“基因渗入片段”从不包括整条染色体，而仅包括染色体的一部分。所述基因渗入片段可以是大的，例如甚至是染色体的四分之三或一半，但优选地较小，例如约15Mb或更小，例如约10Mb或更小，约9Mb或更小，约8Mb或更小，约7Mb或更小，约6Mb或更小，约5Mb或更小，约4Mb或更小，约
3Mb或更小，约2.5Mb或2Mb或更小，约1Mb(等于1,000,000个碱基对)或更小，或约0.5Mb(等于500,000个碱基对)或更小，例如约200,000bp(等于200个千碱基对)或更小，约100,000bp(100kb)或更小，约50,000bp(50kb)或更小，约25,000bp(25kb)或更小。
3Mb或更小，约2.5Mb或2Mb或更小，约1Mb(等于1,000,000个碱基对)或更小，或约0.5Mb(等于500,000个碱基对)或更小，例如约200,000bp(等于200个千碱基对)或更小，约100,000bp(100kb)或更小，约50,000bp(50kb)或更小，约25,000bp(25kb)或更小。
[0024] “栽培黄瓜”(cultivated cucumber或domesticated cucumber)是指黄瓜(原变种)即变种、育种株系或栽培种的植物，其由人类栽培并且具有良好的农学特征，尤其是产生具有优良尺寸、品质和均一性的可食用且可市售的果实；这些植物不是“野生黄瓜”或“原始黄瓜”植物，所述“野生黄瓜”或“原始黄瓜”植物与栽培植物相比通常具有差得多的产量和差得多的农学特征以及遗传上、在其生理和/或形态特征上较低的均一性(uniform)。“野生植物”包括例如物种的生态型、地方品种或野生种质或野生近缘种。通过基因组中非常少量的SNP(小于2,000,000个SNP)和INDEL(小于5bp的插入/缺失片段；小于150,000个INDEL)，及其非常低的核苷酸变异(nucleotide diversity)(等于或小于2.3x 10-3π)，也可以将栽培黄瓜植物(株系或变种)与野生或原始黄瓜种质区分开，如记载于Qi et al,Nature Genetics December 2013,Vol 45,No.12,pages 1510–1518的表1中。SNP数量、INDEL数量及核苷酸变异可以如本文所记载的(尤其是在“在线方法”部分中所记载的)来确定。
[0025] “印度黄瓜组”是指来自印度的野生黄瓜或黄瓜的野生近缘种，其在基因组中具有大量的SNP(大于3,000,000个SNP)和INDEL(小于5bp的插入/缺失片段；大于200,000个INDEL)，以及高的核苷酸变异(大于3.0x 10-3π或甚至大于4.0x 10-3π)。
[0026] “欧亚黄瓜组”是指来自亚洲中部或西部、欧洲及美国的栽培黄瓜，其在基因组中具有少量的SNP(小于2,000,000个SNP，或小于1,500,000个SNP)和INDEL(小于5bp的插入/缺失片段；小于150,000个INDEL)，以及低的核苷酸变异(等于或小于2.3x 10-3π，优选地小于2.0x 10-3π)。
[0027] “东亚黄瓜组”是指来自东亚(例如中国、韩国和日本)的栽培黄瓜，其在基因组中具有少量的SNP(小于2,000,000个SNP，或小于1,500,000个SNP)和INDEL(小于5bp的插入/缺失片段；小于150,000个INDEL，优选小于100,000)，以及低的核苷酸变异(等于或小于-3 -3 -32.3x 10 π，优选地小于2.0x 10 π或甚至小于1.5x 10 π)。
[0028] “西双版纳黄瓜组”是指来自中国西双版纳地区的黄瓜，其在基因组中具有少量的SNP(小于2,000,000个SNP，或小于1,500,000个SNP或甚至小于100,000个SNP)和INDEL(小于5bp的插入/缺失片段；小于150,000个INDEL，优选小于100,000)，以及低的核苷酸变异-3 -3 -3(等于或小于2.3x 10 π，优选小于2.0x 10 π或甚至小于1.5x10 π)。
[0029] “野生黄瓜”或“原始黄瓜”是指黄瓜(原变种)，其通常具有比栽培植物差得多的产量和差得多的农学特征以及遗传上、在其生理和/或形态特征上较低的均一性。野生植物包括例如物种的生态型、地方品种或野生种质或野生近缘种。
[0030] “黄瓜的野生近缘种”是指西南野黄瓜、锡金黄瓜、西双版纳黄瓜。
[0031] “地方品种”是指在局部地理区域中开发的黄瓜(原变种)的原始栽培种，其通常在它们的基因组中显示出高度遗传变异，并且在地方品种中表现出高度形态和/或生理变异(例如，果实尺寸的巨大变异等)，即其均一性明显低于栽培黄瓜。因此，本文中的地方品种包括于“野生品种”组中，其与“栽培黄瓜”不同。
[0032] “均一性”或“均一”涉及植物株系或品种的遗传或表型特征。由于近交株系是通过几代近交而产生，因此其在遗传上是高度均一的。同样地，由这种近交株系产生的F1杂种在其基因型和表型的特征和表现上也是高度均一的。
[0033] 术语“产量等位基因”是指存在于从野生黄瓜或黄瓜的野生近缘种渐渗到栽培黄瓜中的产量基因座QTL2.1或QTL6.1上(在栽培黄瓜(原变种)的2号和/或6号染色体上)的等位基因。因此，术语“产量等位基因”也涵盖可从其他黄瓜属(Cucumis)种质获得的产量等位基因。当一种或两种产量等位基因存在于基因组中的基因座处(即以杂合或纯合形式)时，与缺少QTL的遗传对照相比，所述植物株系或品种产生显著更高的果实产量。在缺少基因渗入片段的栽培黄瓜植物中，存在于2号和/或6号染色体上相同基因座处的黄瓜(原变种)等位基因在本文中被称为“野生型”等位基因(wt)。由于产量QTL是显性的，因此wt/wt植物显示出正常产量，而QTL2.1/wt和/或QTL6.1/wt植物及QTL2.1/QTL2.1和/或QTL6.1/QTL6.1植物为具有由产量等位基因所赋予的提高的产量表型的植物。本文所提供的SNP标记物的基因型也指示野生型或者指示纯合或杂合形式QTL。例如指示QTL2.1的SNP_01的基因型为‘AG’(QTL2.1/wt)或‘GG’(QTL2.1/QTL2.1)，而指示野生型的基因型为‘AA’(wt/wt)。
[0034] 如果可以使用传统的育种技术可将赋予性状(例如产量)的遗传元件、基因渗入片段、或基因或等位基因从存在其的植物或种子中转移至不存在其的另一植物或种子(例如株系或品种)中，并且除增加所述遗传元件、基因座、基因渗入片段、基因或等位基因所赋予的性状之外不会导致受体植物的表型改变，则称所述遗传元件、基因渗入片段、或基因或等位基因为“可获自”或可以“获自”或“可源自”或可以“源自”或“存在于”或“出现于”植物或种子或组织或细胞。所述术语可互换使用，因此可将所述遗传元件、基因座、基因渗入片段、基因或等位基因转移至缺少所述性状的任何其他遗传背景中。不仅可使用保藏的并包含所述遗传元件、基因座、基因渗入片段、基因或等位基因的种子，也可使用经选择以保留所述遗传元件、基因座、基因渗入片段、基因或等位基因的这些种子的子代/后代，其被涵盖于本文中，例如从保藏的种子或从其后代开发的商业品种。使用本领域中已知的一种或多种技术(例如表型测定、全基因组测序、分子标记物分析、性状定位(mapping)、染色体涂染、等位性试验等)或这些技术的组合，本领域技术人员能够确定植物(或植物的基因组DNA、细胞或组织)是否包含与可从保藏的种子获得的遗传元件、基因座、基因渗入片段、基因或等位基因相同的遗传元件、基因座、基因渗入片段、基因或等位基因。
[0035] “变体”或“直系同源”序列或“变体QTL2.1或QTL6.1”是指产量QTL(QTL2.1或QTL6.1)，或包含这些的基因渗入片段，其源自除存在于NCIMB 42262中的QTL2.1和QTL6.1以外的不同野生黄瓜或黄瓜植物的野生近缘种，但是其变体包含连锁到QTL2.1和QTL6.1的一种或多种SNP，并且其中所述变体基因组序列与包含所述SNP的SEQ ID NO:(SEQ ID NO:1-30中任一种)具有基本序列同一性，即至少85％、90％、95％、98％、99％的序列同一性或更多。因此，当在本文中提及具体基因组序列(选自SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:30)中某一SNP基因型时，其也涵盖所述基因组序列的变体中的所述SNP基因型，即在与所提及的序列(选自SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:30)具有至少85％、90％、95％、98％、99％的序列同一性或更多的基因组序列中的所述SNP基因型。因此，在一方面，本文对SEQ ID NO:1至30中任一个的任何提及也涵盖SEQ ID NO:1至30中任一个的变体，所述变体与所述序列具有至少85％、
90％、95％、98％、99％的序列同一性或更多。
90％、95％、98％、99％的序列同一性或更多。
[0036] 当本文中提及在特定位置处(例如SEQ ID NO:1的核苷酸75处，“或与SEQ ID NO具有至少90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％或99％的序列同一性的序列”的核苷酸75处)的SNP基因型时，其意指SNP基因型存在于变体序列中这样的核苷酸处，即所述核苷酸对应于所述变体序列中(即在与所提及的SEQ ID NO具有至少90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％或99％的序列同一性的序列中)的相同核苷酸(例如对应于SEQ ID NO:1的核苷酸75)。例如，变体序列可以短一个或几个核苷酸，但是当将变体序列与所提及的SEQ ID NO进行成对比对时，可以看出变体序列的哪个核苷酸对应于同一核苷酸。在所述变体序列中，例如，对应于所提及序列的核苷酸75的可为该变体序列的核苷酸数
76或74。
76或74。
[0037] “产量”或“果实产量”或“平均产量”是指在单一的采收时间点，平均果实数量(直径等于或大于1.5cm)/植物(FrPP)和/或平均果实重量(克)(直径等于或大于1.5cm的果实)/植物(GrPP)。所述单一的采收时间点符合种植者实践，并且经选择以使具有直径1.5cm至5.0cm的果实数量最大化。根据所需果实的尺寸，当约5％、约10％、约15％或约20％的果实的尺寸过大(即具有5.0cm或更大直径)时，通常达到所述时间点。采收是通过手工或机械采收。因此，在一方面，采收每株植物的所有果实，并且仅对直径为至少1.5cm的果实计数和/或称重(即计数和/或称重直径为至少1.5cm的所有果实，包括尺寸过大的果实)。其可以对在相同条件下生长的每一个植物株系或品种进行，并且计算每一个株系或品种的平均FrPP和/或GrPP。
[0038] “增加的果实产量”或“显著增加的果实产量”是指这样的栽培黄瓜植物株系或品种，其在2号染色体上包含基因渗入片段，包含QTL2.1，和/或在6号染色体上包含基因渗入片段，包含QTL6.1，当在相同环境条件下于产量实验中生长时，与在2号和6号染色体上缺少基因渗入片段的遗传对照植物相比，其(因为所述QTL)具有统计学上显著更高的平均果实数量/植物(FrPP)和/或显著更高的平均果实重量/植物(GrPP)。优选地，田间试验是以以下方式进行：在数个位置(2、3或更多)，用包含基因渗入和缺少基因渗入(即遗传对照)的足够植物(例如10、15、20、30、40或更多株植物/株系)进行数个重复(2、3或更多)。
[0039] “遗传对照”为这样的黄瓜株系、品种或杂种，其除了在2号和6号染色体上缺少基因渗入以外，具有与在2号和6号染色体上包含基因渗入的黄瓜植物相同或非常类似的栽培基因组，即2号和6号染色体是“野生型的”，即栽培黄瓜基因组。例如，以登录号NCIMB 42262保藏的种子是在2号和6号染色体上包含QTL2.1和QTL6.1的基因渗入株系与良种繁育株系(elite breeding line)之间产生的测试杂种的种子，而以NCIMB 42261保藏的遗传对照是所述基因渗入株系的轮回亲本(缺少QTL2.1和QTL6.1)与相同的良种繁育株系的种子。
[0040] 术语“标记物测定法”是指这样的分子标记物测定法，即其可用于测试在黄瓜(原变种)2号和/或6号染色体上是否存在来自野生黄瓜或来自黄瓜野生近缘种的基因渗入，所述基因渗入片段包含产量QTL(QTL2.1和/或QTL6)(或野生黄瓜或黄瓜野生近缘种在基因组中是否包含QTL2.1和/或QTL6.1)，这通过下述方法进行：确定任意一种或多种连锁到QTL2.1的标记物的基因型，例如选自SNP_01至SNP_11的任意一种或多种SNP标记物的基因型，和/或SNP标记物SNP_01至SNP_11之间的任意野生黄瓜基因组特异性的或黄瓜野生近缘种基因组特异性的标记物的基因型，和/或在任意这些标记物的7cm内或5cm内、和/或在任意这些标记物的5Mb、3Mb、2Mb、1Mb、0.5Mb、0.1Mb、50kb、20kb或更小范围内的任意野生黄瓜基因组特异性的或黄瓜野生近缘种基因组特异性的标记物的基因型；以及/或者任意一种或多种连锁到QTL6.1的标记物的基因型，例如选自SNP_12至SNP_30的任意一种或多种SNP标记物的基因型，和/或在SNP标记物SNP_12至SNP_30之间的等任意野生黄瓜基因组特异性的或黄瓜野生近缘种基因组特异性的标记物的基因型，和/或在任意这些标记物的7cm内或5cm内、和/或在任意这些标记物的5Mb、3Mb、2Mb、1Mb、0.5Mb、0.1Mb、50kb、20kb或更小范围内的任意野生黄瓜基因组特异性的或黄瓜野生近缘种基因组特异性的标记物的基因型。两个标记物之间的标记物在物理上位于染色体上所述标记物之间。
[0041] 本文中“平均”(average或mean)是指算术平均值，并且这两个术语可以互换使用。因此，术语“平均”是指数个测量值的算术平均值。本领域技术人员应理解植物株系或品种的表型在一定程度上依赖于生长条件，因此优选地在随机实验设计中(采用数个重复以及在相同实验中于同一条件下生长的适合的对照植物)，对至少10、15、20、30、40、50或更多株植物(或植物部分)的算术平均值进行测量。“统计学上显著的”或“统计学上显著地”差异或“显著地”差异是指这样的植物株系或品种的特征，即当与适合的对照(例如本文中遗传对照)比较时，其在该特征中表现出与对照(的平均值)的显著性差异(例如，使用ANOVA时，p值小于0.05，p<0.05)。
[0042] “重组的染色体”是指通过同源染色体之间的交换而产生的具有新的遗传结构(makeup)的染色体，例如“重组的2号染色体”或“重组的6号染色体”，即在任一亲本植物中都不存在的并且通过2号或6号染色体对的同源染色体之间罕见的交换事件产生的2号或6号染色体。在本文中，例如，提供了重组的黄瓜2号和6号染色体，其均包含产量QTL。
[0043] 在本文中，术语“传统育种技术”包含育种者已知的杂交、回交、自交、选择、双单倍体产生、胚胎拯救、原生质融合、标记物辅助选择、突变育种等(即除遗传修饰/转化/转基因方法以外的方法)，通过这些方法，例如，可获得、鉴定和/或转移重组的2号或6号染色体。
[0044] “回交”是指一种育种方法，通过其可将(单一)性状(例如产量QTL)从劣等遗传背景(例如野生黄瓜或黄瓜的野生近缘种；也称为“供体”)转移到优良的遗传背景(也称为“轮回亲本”)，例如栽培黄瓜中。将杂交的子代(通过杂交野生黄瓜或黄瓜的野生近缘种与栽培黄瓜获得的F1植物；或由自交F1获得的F2植物或F3植物等)“回交”到具有优良遗传背景的亲本中，例如到栽培亲本中。在反复回交后，劣等遗传背景的性状将被掺入到优良遗传背景中。
[0045] “标记物辅助选择”或“MAS”是一种利用存在的分子标记物(其被遗传连锁到特定基因座或特定染色体区域(例如基因渗入片段))来选择存在特定基因座或区域(基因渗入片段)的植物的方法。例如，遗传连锁到产量QTL的分子标记物可用于检测和/或选择在2号和/或6号染色体上包含产量QTL的黄瓜植物。分子标记物与基因座的遗传连锁越近(例如，约7cM、6cM、5cM、4cM、3cM、2cM、1cM、0.5cM或更小)，则所述标记物通过减数分裂重组而被从基因座中解离的可能性就越小。同样地，两个标记物彼此连锁得接近(例如7cM或5cM、4cM、3cM、2cM、1cM或更小)，则所述两个标记物彼此分离的可能性就越小(并且它们将作为一个单元被共分离的可能性就越大)。
[0046] 另一个标记物的“7cm内或5cm内”的标记物是指在遗传上定位于所述标记物侧翼(即所述标记物的任意一侧)的7cM内或5cM区域内的标记物。类似地，另一个标记物的5Mb、3Mb、2.5Mb、2Mb、1Mb、0.5Mb、0.4Mb、0.3Mb、0.2Mb、0.1Mb、50kb、20kb、10kb、5kb或更小范围内的标记物是指在物理上定位于所述标记物侧翼(即所述标记物的任意一侧)的基因组DNA区域的5Mb、3Mb、2.5Mb、2Mb、1Mb、0.5Mb、0.4Mb、0.3Mb、0.2Mb、0.1Mb、50kb、20kb、10kb、5kb或更小范围内。
[0047] “LOD评分”(优势对数(以10为底))是指通常用于动物和植物种群中的连锁分析的统计学检验。所述LOD评分比较了如果两个基因座(分子标记物基因座和/或表型形状基因座)的确连锁时，获得的检验数据的可能性与纯粹偶然观察到相同数据的可能性。正的LOD评分支持连锁的存在，并且大于3.0的LOD评分被认为是连锁的证据。+3的LOD评分表明所观察到的连锁并非偶然出现的优势为1000至1。
[0048] “营养繁殖”、“营养生殖”、“克隆繁殖”在本文中可互换使用，意指使植物部分或允许该植物部分至少形成根的方法，其中植物部分被例如定义为或源自(例如通过切割)叶、花粉、胚、子叶、下胚轴、细胞、原生质体、分生细胞、根、根尖、雌蕊、花药、花、芽尖(shoot tip)、芽、茎、果实、叶柄等。在完整植物是通过营养繁殖再生时，其也被称为营养繁殖。
[0049] “细胞培养物”或“组织培养物”是指植物细胞或组织的体外培养。
[0050] “再生”是指从细胞培养物或组织培养物或营养繁殖发育出的植物。
[0051] “转基因”或“嵌合基因”是指包含DNA序列的遗传基因座，例如重组基因，其已通过转化(例如农杆菌(Agrobacterium)介导的转化)被引入到植物的基因组中。将包含被稳定整合至其基因组中的转基因的植物称为“转基因植物”。
[0052] “分离的核酸序列”或“分离的DNA”是指这样的核酸序列，即其不再处于从中分离出其的天然环境中，例如在细菌宿主细胞中或在植物核中或质体基因组中的核酸序列。
[0053] “宿主细胞”或“重组的宿主细胞”或“转化的细胞”是这样的术语，即其指由于至少一个已经被引入到所述细胞的核酸分子而产生的新个体细胞(或生物体)。所述宿主细胞优选地为植物细胞或细菌细胞。所述宿主细胞可包含作为染色体外(附加型)复制分子的核酸，或包含整合至宿主细胞的核或质体基因组中的核酸，或作为引入的染色体(例如微型染色体)的核酸。
[0054] 可通过使用全局或局部比对算法进行的两个肽或两个核苷酸序列的比对来确定“序列同一性”或“序列相似性”。然后，当通过例如程序GAP或BESTFIT或Emboss程序“Needle”(使用默认参数，参见下文)对序列进行最佳比对时，这些序列共有至少某一最小的序列同一性百分比(如下文进一步定义的)时，所述序列可以被称作“基本相同”或“基本相似”。这些程序使用Needleman和Wunsch全局比对算法来在全长上比对两个序列，最大化匹配数并最小化空位数。通常，使用默认参数，其中空位生成(gap creation)罚分＝10，空位延伸(gag extension)罚分＝0.5(对于核苷酸和蛋白质比对均如此)。对于核苷酸，使用的默认评分矩阵是DNAFULL，而对于蛋白质，默认评分矩阵是Blosum62(Henikoff&Henikoff,1992,PNAS 89,10915-10919)。例如可以使用计算机程序(例如可在万维网上http://www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_needle/获得的EMBOSS)来确定用于百分比序列同一性的序列比对和评分。或者，可以通过搜索数据库(例如FASTA、BLAST等)来确定序列相似性或同一性，但是应检索命中并进行成对比对以比较序列同一性。如果百分比序列同一性为至少80％、85％、90％、95％、98％、99％或更多(例如至少99.1、99.2、99.3、99.4、
99.5、99.6、99.7、99.8、99.9或更多)(如通过使用默认参数(即，空位生成罚分＝10，空位延伸罚分＝0.5)，对于核苷酸，使用评分矩阵DNAFULL，对于蛋白质，使用评分矩阵Blosum62)的Emboss“Needle”所确定的)，则两个蛋白质或两个蛋白质结构域或两个核酸序列具有“基本序列同一性”。
99.5、99.6、99.7、99.8、99.9或更多)(如通过使用默认参数(即，空位生成罚分＝10，空位延伸罚分＝0.5)，对于核苷酸，使用评分矩阵DNAFULL，对于蛋白质，使用评分矩阵Blosum62)的Emboss“Needle”所确定的)，则两个蛋白质或两个蛋白质结构域或两个核酸序列具有“基本序列同一性”。
[0055] 当提到这样的核酸序列(例如DNA或基因组DNA)时，即所述核酸序列与参考序列具有“基本序列同一性”或与参考序列具有至少80％，例如，至少85％、90％、95％、98％、99％、99.2％、99.5％,99.9％核酸序列同一性的序列同一性，则在一个实施方案中，所述核苷酸序列被认为是与给定的核苷酸序列基本上相同的，并且可以使用严格杂交条件进行鉴定。
在另一个实施方案中，与给定的核苷酸序列相比，所述核酸系列包含一个或多个突变体，但是仍然可以使用严格杂交条件进行鉴定。
在另一个实施方案中，与给定的核苷酸序列相比，所述核酸系列包含一个或多个突变体，但是仍然可以使用严格杂交条件进行鉴定。
[0056] “严格杂交条件”可用于鉴定核甘酸序列，其与给定的核苷酸序列基本相同。严格条件是序列依赖性的，并且在不同的环境下是不同的。通常，所选择的严格条件为在确定的离子强度和pH下，低于具体序列的热熔解温度(Tm)约5℃。所述Tm为50％的靶序列杂交至完全匹配的探针时的温度(在确定的离子强度和pH下)。通常选择其中在pH 7下盐浓度为约0.02摩尔且温度为至少60℃的严格条件。降低盐浓度和/或增加温度均会提高严格度。RNA-DNA杂交(使用例如100nt探针的RNA印迹法)的严格条件为，例如包括在63℃下于0.2X SSC中至少一次持续20分钟的洗涤的那些，或等同条件。DNA-DNA杂交(使用例如100nt探针的DNA印迹法)的严格条件为，例如包括在50℃(通常约55℃)温度下于0.2X SSC中至少一次(通常2次)持续20分钟的洗涤的那些，或等同条件。也可参见Sambrook et al.(1989)和Sambrook and Russell(2001)。
具体实施方式
[0057] 本发明涉及包含一个或两个由野生黄瓜或由黄瓜野生近缘种渐渗的产量QTL的栽培黄瓜(原变种)植物。具体而言，增加的产量是由栽培黄瓜2号和/或6号染色体上的基因渗入片段所赋予的，其中所述基因渗入片段是来自黄瓜(原变种)物种的野生植物或来自黄瓜野生近缘种。
[0058] 当本文中提及在具有产量QTL的2号或6号染色体上的基因渗入片段时，其包括不同尺寸的基因渗入片段，例如存在于NCIMB 42262中包含所有SNP标记物(对于2号染色体上的片段，SNP_01至SNP_11，或在它们之间的任意标记物；或者对于6号染色体上的片段，SNP_12至SNP_30，或在它们之间的任意标记物)的片段，以及较小的基因渗入片段(包含例如1、
2、3或4个SNP标记物)，但是当在栽培黄瓜基因组中所述基因渗入片段为杂合或纯合形式时，其中所述片段仍然大到足以赋予显著提高的产量(与遗传对照相比)。
2、3或4个SNP标记物)，但是当在栽培黄瓜基因组中所述基因渗入片段为杂合或纯合形式时，其中所述片段仍然大到足以赋予显著提高的产量(与遗传对照相比)。
[0059] 当本文中提及SNP标记物时，其指示存在基因渗入片段(以及存在于基因渗入片段上的产量QTL)，这应理解为提及指示基因渗入片段的SNP基因型，即表5和表6以及下文中所提供的SNP基因型。应注意的是如这些表中所示，SNP标记物基因型可区分纯合或杂合形式的基因渗入片段。在纯合形式中，核苷酸是相同的；而在杂合形式中，核苷酸是不同的。缺少基因渗入片段的‘野生型’染色体的SNP基因型是另一种基因型，也列于表5和6中(在轮回亲本的基因型下)。因此，例如，指示包含QTL2.1的基因渗入片段的SNP_01的基因型为‘AG’(QTL2.1/wt)或‘GG’(QTL2.1/QTL2.1)，而指示野生型/遗传对照(缺少基因渗入片段)的SNP基因型为‘AA’(wt/wt)。因此，当提及包含纯合或杂合形式的基因渗入片段的植物或植物部分(例如细胞)时，应理解为连锁到基因渗入片段的SNP标记物具有相应的SNP基因型。
[0060] 因此在一方面，本发明提供了这样的栽培黄瓜(原变种)植物，其在2号染色体和/或6号染色体上包含纯合形式或杂合形式的基因渗入片段，其中所述基因渗入片段赋予增加的黄瓜果实产量。
[0061] 2号染色体上的QTL被定位至2号染色体上的起始于核苷酸433,086bp处并终止于2,958,658bp处的区域。因此，在一方面，所述基因渗入片段来自野生黄瓜或黄瓜野生近缘种，包含QTL2.1或其变体，并且包含2号染色体的起始于核苷酸433,086bp处并终止于2,
958,658bp处的区域的所有部分。
958,658bp处的区域的所有部分。
[0062] 在另一方面，本发明的基因渗入片段(包含QTL2.1或其变体)为这样的片段，其包含2号染色体的起始于433,086bp处并终止于2,958,658bp处的区域的较小片段(部分)，例如具有的尺寸为2.5Mb、2Mb、1Mb、0.5Mb、100kb、50kb、35kb、30kb、20kb或更小，并且包含QTL或其变体。在一方面，所述部分的尺寸为至少5kb、10kb、20kb或更大。
[0063] 在一方面，本发明的栽培黄瓜植物包含来自野生黄瓜或黄瓜野生近缘种的基因渗入片段，其中基因渗入片段包含QTL2.1或其变体，其中所述基因渗入片段包含2号物理染色体的起始于0.4Mb并终止于3Mb处的区域的所有部分；在另一方面，起始于0.3Mb处并终止于4Mb处。
[0064] 6号染色体上的QTL被定位至6号染色体的底部，定位至6号染色体的起始于核苷酸26,833,907bp处并终止于28,799,844bp处的区域。因此，在一方面，来自野生黄瓜或黄瓜野生近缘种的基因渗入片段包含QTL6.1或其变体，以及包含6号染色体的起始于核苷酸26,
833,907bp处并终止于28,799,844bp处的区域的所有部分。
833,907bp处并终止于28,799,844bp处的区域的所有部分。
[0065] 在另一方面，本发明的基因渗入片段(包含QTL6.1或其变体)为这样的片段，即其包含6号染色体的起始于26,833,907bp处并终止于28,799,844bp处的区域的较小片段(部分)，例如具有的尺寸为1.9Mb、1Mb、0.5Mb、100kb、50kb、35kb、30kb、20kb或更小，并且包含QTL或其变体。在一方面，所述部分的尺寸为至少5kb、10kb、20kb或更大。
[0066] 在一方面，本发明的栽培黄瓜植物包含来自野生黄瓜或黄瓜野生近缘种的基因渗入片段，其中基因渗入片段包含QTL6.1或其变体，其中所述基因渗入片段包含6号物理染色体的起始于26Mb处并终止于其末端(即29.07Mb处)的区域的所有部分；在另一方面，起始于6号染色体的25Mb处开始并终止于其末端。
[0067] 当在相同环境下生长时，与在2号和6号染色体上缺少基因渗入片段的遗传对照株系或品种相比，黄瓜植物产量的增加在表型上表示为(统计学上)显著性较高的平均果实数量/植物(FrPP)，所述植物为在2号和/或6号染色体上包含纯合或杂合形式的基因渗入片段的栽培黄瓜植物株系或品种的植物。和/或在相同环境下生长时，与缺少基因渗入片段的遗传对照株系或品种相比，黄瓜植物产量的增加在表型上表示为(统计学上)显著性较高的平均果实重量/植物(GrPP)，所述植物为包含基因渗入片段的植物株系或品种的植物。
[0068] 因此，本文提供了不同的栽培黄瓜植物，其在2号染色体上包含纯合或杂合形式的基因渗入片段(包含QTL2.1)；或其在6号染色体上包含纯合或杂合形式的基因渗入片段(包含QTL6.1)；或其包含这两种基因渗入片段(QTL2.1和QTL6.1)，任一种为纯合或杂合形式。
[0069] 因此，本发明的植物包含栽培黄瓜基因组，其具有1、2、3或4个重组的染色体，即1或2个重组的2号染色体和/或1或2个重组的6号染色体。所述重组染色体包含野生黄瓜(或黄瓜野生近缘种)的片段，其可通过分子标记物分析、全基因组测序、染色体图染以及类似的技术，来容易地与栽培的黄瓜基因组区分。
[0070] 在一方面，植物或植物细胞或植物组织的基因组中(或在从其提取的DNA中)，2号和/或6号染色体上存在的基因渗入片段可通过检测所述基因渗入片段的一种或多种分子标记物的分子标记物测定法来检测。然而，如已提及的，可使用其他技术，例如也可通过测序或通过使用位于本文提供的SNP标记物之间或本文提供的标记物的7cM内或5cM内；或本文提供的标记物的5Mb、3Mb、2.5Mb、2Mb、1Mb、0.5Mb、0.4Mb、0.3Mb、0.2Mb、0.1Mb、50kb、20kb、10kb、5kb或更小范围内的替代标记物来确定所述标记物的SNP基因型。
[0071] 在2号染色体上包含基因渗入片段(产量QTL2.1)的黄瓜植物
[0072] 在一方面，2号染色体上的基因渗入片段可通过分子标记物测定法检测，所述分子标记物测定法检测选自以下的标记物中至少1种，优选地至少2或3种，或至少4、5、6、7、8、9、10、11种。
[0073] a)SEQ ID NO:1中单核苷酸多态性标记物SNP_01的AG或GG基因型；
[0074] b)SEQ ID NO:2中单核苷酸多态性标记物SNP_02的AG或GG基因型；
[0075] c)SEQ ID NO:3中单核苷酸多态性标记物SNP_03的AG或GG基因型；
[0076] d)SEQ ID NO:4中单核苷酸多态性标记物SNP_04的GT或GG基因型；
[0077] e)SEQ ID NO:5中单核苷酸多态性标记物SNP_05的AC或CC基因型；
[0078] f)SEQ ID NO:6中单核苷酸多态性标记物SNP_06的CT或TT基因型；
[0079] g)SEQ ID NO:7中单核苷酸多态性标记物SNP_07的AG或GG基因型；
[0080] h)SEQ ID NO:8中单核苷酸多态性标记物SNP_08的CT或TT基因型；
[0081] i)SEQ ID NO:9中单核苷酸多态性标记物SNP_09的CT或CC基因型；
[0082] j)SEQ ID NO:10中单核苷酸多态性标记物SNP_10的GT或GG基因型；
[0083] k)SEQ ID NO:11中单核苷酸多态性标记物SNP_11的AG或AA基因型；
[0084] l)在标记物SNP_01和SNP_11之间的任意野生黄瓜基因组特异性的或黄瓜野生近缘种基因组特异性的标记物。
[0085] 如已提及的，本领域技术人员也可开发其他分子标记物，例如野生黄瓜基因组特异性标记物或黄瓜野生近缘种基因组特异性标记物，所述标记物在标记物SNP_01至SNP_11之间，和/或在SNP_01至SNP_11中任一种的7cM内或5cM内，和/或在SNP_01至SNP_11中任一种的5Mb、3Mb、2.5Mb、2Mb、1Mb、0.5Mb、0.4Mb、0.3Mb、0.2Mb、0.1Mb、50kb、20kb、10kb、5kb或更小范围内。这类标记物也可以是一段核苷酸、CAPS标记物、INDEL等。本领域技术人员可以例如对存在于以登录号NCIMB 42262保藏的种子中的基因渗入片段进行测序，并且使用序列信息来开发新的标记物和标记物测定法。
[0086] 在另一方面，2号染色体上的基因渗入片段可通过分子标记物测定法检测，所述分子标记物测定法检测选自以下的标记物中的至少1种，优选地至少2或3种，或至少4、5、6、7、8、9、10或全部11种：
[0087] a)SEQ ID NO:1中单核苷酸多态性标记物SNP_01的AG或GG基因型；
[0088] b)SEQ ID NO:2中单核苷酸多态性标记物SNP_02的AG或GG基因型；
[0089] c)SEQ ID NO:3中单核苷酸多态性标记物SNP_03的AG或GG基因型；
[0090] d)SEQ ID NO:4中单核苷酸多态性标记物SNP_04的GT或GG基因型；
[0091] e)SEQ ID NO:5中单核苷酸多态性标记物SNP_05的AC或CC基因型；
[0092] f)SEQ ID NO:6中单核苷酸多态性标记物SNP_06的CT或TT基因型；
[0093] g)SEQ ID NO:7中单核苷酸多态性标记物SNP_07的AG或GG基因型；
[0094] h)SEQ ID NO:8中单核苷酸多态性标记物SNP_08的CT或TT基因型；
[0095] i)SEQ ID NO:9中单核苷酸多态性标记物SNP_09的CT或CC基因型；
[0096] j)SEQ ID NO:10中单核苷酸多态性标记物SNP_10的GT或GG基因型；
[0097] k)SEQ ID NO:11中单核苷酸多态性标记物SNP_11的AG或AA基因型。
[0098] 在另一方面，本发明提供了栽培黄瓜(原变种)植物，其在2号染色体上包含纯合或杂合形式的基因渗入片段，其中所述基因渗入片段赋予增加的黄瓜果实产量，并且其中所述基因渗入片段可通过分子标记物测定法来检测，其检测选自以下的至少2、3或4(或至少5、6、7、8、9、10或11)种连续标记物。
[0099] a)SEQ ID NO:1中单核苷酸多态性标记物SNP_01的AG或GG基因型；
[0100] b)SEQ ID NO:2中单核苷酸多态性标记物SNP_02的AG或GG基因型；
[0101] c)SEQ ID NO:3中单核苷酸多态性标记物SNP_03的AG或GG基因型；
[0102] d)SEQ ID NO:4中单核苷酸多态性标记物SNP_04的GT或GG基因型；
[0103] e)SEQ ID NO:5中单核苷酸多态性标记物SNP_05的AC或CC基因型；
[0104] f)SEQ ID NO:6中单核苷酸多态性标记物SNP_06的CT或TT基因型；
[0105] g)SEQ ID NO:7中单核苷酸多态性标记物SNP_07的AG或GG基因型；
[0106] h)SEQ ID NO:8中单核苷酸多态性标记物SNP_08的CT或TT基因型；
[0107] i)SEQ ID NO:9中单核苷酸多态性标记物SNP_09的CT或CC基因型；
[0108] j)SEQ ID NO:10中单核苷酸多态性标记物SNP_10的GT或GG基因型；
[0109] k)SEQ ID NO:11中单核苷酸多态性标记物SNP_11的AG或AA基因型。
[0110] 所述SNP标记物SNP_01至SNP_11以给定顺序位于基因渗入片段上。连续标记物是指以相同连续顺序的标记物，因此例如两种连续标记物可为SNP_01和SNP_02；SNP_02和SNP_03；SNP_03和SNP_04等。以及三种连续标记物可为SNP_01和SNP_02和SNP_03；SNP_02和SNP_03和SNP_04；等。
[0111] 因此，所述片段可以更小并且缺少1、2、3、4、5、6、7、8、9或甚至10种所述标记物，但是其仍然可以赋予栽培黄瓜植物以提高产量，即其仍然可以包含产量等位基因。这类较小的基因渗入片段是本发明的一个实施方案。具有较小的基因渗入片段的植物可通过例如以下方法产生：以含有存在于以登录号NCIMB 42262保藏的种子中的基因渗入片段的植物开始，使这种植物与另一种栽培黄瓜植物杂交，将所述杂交的子代自交以产生包含在2号染色体上具有较小基因渗入片段的重组体的植物种群。可使用标记物测定法确定较小基因渗入片段的尺寸。可缺失SNP标记物SNP_01至SNP_11中的一种或多种(即，所述植物可以仅包含1、2、3、4、5、6、7、8、9或10种所述SNP标记物)。然后在如本文所述的产量实验中，可对包含这种较小基因渗入片段的植物的产量进行比较，即在田间实验中，生长许多包含所述较小基因渗入片段的植物以及适合的对照植物(缺少基因渗入片段)。所述对照植物优选地为遗传对照。如果平均产量仍然显著性地高于对照，则所述较小基因渗入片段保留QTL2.1。
[0112] 或者，可从不同的野生来源渐渗相同或变体QTL(QTL2.1或变体QTL2.1)，籍此任选地并非本文所公开的全部SNP标记物均会存在。这类替代的野生来源可使用本文提供的SNP标记物鉴定，通过使用标记物测定法筛选野生种质以检测标记物SNP_01至SNP_11的基因型。包含来自其他来源的相同或变体QTL2.1的植物也是本发明的一个实施方案。只要SNP_01至SNP_11中至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种SNP，优选地至少2、3、4、5、6、7、8、9、
10种或更多种连续SNP标记物也具有产量增加基因型，则所述植物包含QTL2.1(或其变体)。
本领域技术人员能将QTL2.1(或其变体)渐渗进栽培黄瓜中以提高果实产量，如本文所述。
10种或更多种连续SNP标记物也具有产量增加基因型，则所述植物包含QTL2.1(或其变体)。
本领域技术人员能将QTL2.1(或其变体)渐渗进栽培黄瓜中以提高果实产量，如本文所述。
[0113] 在具体的实施方案中，本发明的植物包含至少含有SNP标记物的亚组的基因渗入片段，即选自以下的标记物中的至少1、2、3、4或全部5种：
[0114] a)SEQ ID NO:2中单核苷酸多态性标记物SNP_02的AG或GG基因型；
[0115] b)SEQ ID NO:5中单核苷酸多态性标记物SNP_05的AC或CC基因型；
[0116] c)SEQ ID NO:7中单核苷酸多态性标记物SNP_07的AG或GG基因型；
[0117] d)SEQ ID NO:9中单核苷酸多态性标记物SNP_09的CT或CC基因型；
[0118] e)SEQ ID NO:10中单核苷酸多态性标记物SNP_10的GT或GG基因型；
[0119] 因此，在标记物测定法中，可通过检测一种或多种或全部的上述标记物的基因渗入片段(即野生黄瓜或黄瓜种质的野生近缘种的基因渗入片段)的SNP基因型可以检测所述基因渗入片段(以及包含所述基因渗入片段的栽培黄瓜植物或植物部分，例如细胞)。
[0120] 在另一方面，本发明的植物包含至少含有SNP_06的基因渗入片段，即所述基因渗入片段可以这样的标记物测定法来检测，所述标记物测定法检测SEQ ID NO:6中单核苷酸多态性标记物SNP_06的CT或TT基因型。任选地，还检测侧翼标记物SNP_05和/或SNP_07，即所述基因渗入片段可以这样的标记物测定法来检测，所述标记物测定法至少检测SNP_06以及任选地至少一种以下的标记物：
[0121] -SEQ ID NO:5中单核苷酸多态性标记物SNP_05的AC或CC基因型；和/或
[0122] -SEQ ID NO:7中单核苷酸多态性标记物SNP_07的AG或GG基因型；以及任选地[0123] -在SNP_05和SNP_07之间的任意野生黄瓜基因组特异性的或黄瓜野生近缘种基因组特异性的标记物。
[0124] 在6号染色体上包含基因渗入片段(产量QTL6.1)的黄瓜植物
[0125] 在一方面，6号染色体上的基因渗入片段(以及包含所述基因渗入片段的栽培黄瓜植物或植物部分)可通过分子标记物测定法检测，所述分子标记物测定法检测选自以下的标记物中的至少1种，优选地至少2或3种，或至少4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18或19种。
[0126] a)SEQ ID NO:12中单核苷酸多态性标记物SNP_12的AG或AA基因型；
[0127] b)SEQ ID NO:13中单核苷酸多态性标记物SNP_13的AG或AA基因型；
[0128] c)SEQ ID NO:14中单核苷酸多态性标记物SNP_14的AG或GG基因型；
[0129] d)SEQ ID NO:15中单核苷酸多态性标记物SNP_15的CT或TT基因型；
[0130] e)SEQ ID NO:16中单核苷酸多态性标记物SNP_16的AG或AA基因型；
[0131] f)SEQ ID NO:17中单核苷酸多态性标记物SNP_17的CT或TT基因型；
[0132] g)SEQ ID NO:18中单核苷酸多态性标记物SNP_18的CT或CC基因型；
[0133] h)SEQ ID NO:19中单核苷酸多态性标记物SNP_19的AC或AA基因型；
[0134] i)SEQ ID NO:20中单核苷酸多态性标记物SNP_20的AC或AA基因型；
[0135] j)SEQ ID NO:21中单核苷酸多态性标记物SNP_21的AG或GG基因型；
[0136] k)SEQ ID NO:22中单核苷酸多态性标记物SNP_22的CT或CC基因型；
[0137] l)SEQ ID NO:23中单核苷酸多态性标记物SNP_23的AG或AA基因型；
[0138] m)SEQ ID NO:24中单核苷酸多态性标记物SNP_24的CT或CC基因型；
[0139] n)SEQ ID NO:25中单核苷酸多态性标记物SNP_25的AG或GG基因型；
[0140] o)SEQ ID NO:26中单核苷酸多态性标记物SNP_26的CT或CC基因型；
[0141] p)SEQ ID NO:27中单核苷酸多态性标记物SNP_27的AG或AA基因型；
[0142] q)SEQ ID NO:28中单核苷酸多态性标记物SNP_28的CT或CC基因型；
[0143] r)SEQ ID NO:29中单核苷酸多态性标记物SNP_29的CT或CC基因型；
[0144] s)SEQ ID NO:30中单核苷酸多态性标记物SNP_30的GT或TT基因型；
[0145] t)在标记物SNP_12和SNP_30之间的任意野生黄瓜基因组特异性的或黄瓜野生近缘种基因组特异性的标记物。
[0146] 如已提及的，本领域技术人员也可开发其他分子标记物，例如在标记物SNP_12和SNP_30之间和/或在SNP_12至SNP_30中任一种的7cM内或5cM内和/或在SNP_12至SNP_30中任一种的5Mb、3Mb、2.5Mb、2Mb、1Mb、0.5Mb、0.4Mb、0.3Mb、0.2Mb、0.1Mb、50kb、20kb、10kb、5kb或更小范围内的野生黄瓜基因组特异性标记物或黄瓜野生近缘种基因组特异性标记物。这类标记物也可以是一段核苷酸、CAPS标记物、INDEL等。本领域技术人员可以例如对存在于以登录号NCIMB42262保藏的种子中的基因渗入片段进行测序，并且使用序列信息以开发新的标记物和标记物测定法。
[0147] 在另一方面，6号染色体上的基因渗入片段可通过分子标记物测定法检测，所述分子标记物测定法检测选自以下的标记物中的至少1种，优选地至少2或3种，或至少4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18或全部19种：
[0148] a)SEQ ID NO:12中单核苷酸多态性标记物SNP_12的AG或AA基因型；
[0149] b)SEQ ID NO:13中单核苷酸多态性标记物SNP_13的AG或AA基因型；
[0150] c)SEQ ID NO:14中单核苷酸多态性标记物SNP_14的AG或GG基因型；
[0151] d)SEQ ID NO:15中单核苷酸多态性标记物SNP_15的CT或TT基因型；
[0152] e)SEQ ID NO:16中单核苷酸多态性标记物SNP_16的AG或AA基因型；
[0153] f)SEQ ID NO:17中单核苷酸多态性标记物SNP_17的CT或TT基因型；
[0154] g)SEQ ID NO:18中单核苷酸多态性标记物SNP_18的CT或CC基因型；
[0155] h)SEQ ID NO:19中单核苷酸多态性标记物SNP_19的AC或AA基因型；
[0156] i)SEQ ID NO:20中单核苷酸多态性标记物SNP_20的AC或AA基因型；
[0157] j)SEQ ID NO:21中单核苷酸多态性标记物SNP_21的AG或GG基因型；
[0158] k)SEQ ID NO:22中单核苷酸多态性标记物SNP_22的CT或CC基因型；
[0159] l)SEQ ID NO:23中单核苷酸多态性标记物SNP_23的AG或AA基因型；
[0160] m)SEQ ID NO:24中单核苷酸多态性标记物SNP_24的CT或CC基因型；
[0161] n)SEQ ID NO:25中单核苷酸多态性标记物SNP_25的AG或GG基因型；
[0162] o)SEQ ID NO:26中单核苷酸多态性标记物SNP_26的CT或CC基因型；
[0163] p)SEQ ID NO:27中单核苷酸多态性标记物SNP_27的AG或AA基因型；
[0164] q)SEQ ID NO:28中单核苷酸多态性标记物SNP_28的CT或CC基因型；
[0165] r)SEQ ID NO:29中单核苷酸多态性标记物SNP_29的CT或CC基因型；
[0166] s)SEQ ID NO:30中单核苷酸多态性标记物SNP_30的GT或TT基因型；
[0167] 在另一方面，本发明提供了栽培黄瓜(原变种)植物，其在6号染色体上包含纯合或杂合形式的基因渗入片段，其中所述基因渗入片段赋予增加的黄瓜果实产量，并且其中所述基因渗入片段可通过分子标记物测定法来检测，其检测选自以下的至少2、3或4(或至少5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18或19)种连续标记物：
[0168] a)SEQ ID NO:12中单核苷酸多态性标记物SNP_12的AG或AA基因型；
[0169] b)SEQ ID NO:13中单核苷酸多态性标记物SNP_13的AG或AA基因型；
[0170] c)SEQ ID NO:14中单核苷酸多态性标记物SNP_14的AG或GG基因型；
[0171] d)SEQ ID NO:15中单核苷酸多态性标记物SNP_15的CT或TT基因型；
[0172] e)SEQ ID NO:16中单核苷酸多态性标记物SNP_16的AG或AA基因型；
[0173] f)SEQ ID NO:17中单核苷酸多态性标记物SNP_17的CT或TT基因型；
[0174] g)SEQ ID NO:18中单核苷酸多态性标记物SNP_18的CT或CC基因型；
[0175] h)SEQ ID NO:19中单核苷酸多态性标记物SNP_19的AC或AA基因型；
[0176] i)SEQ ID NO:20中单核苷酸多态性标记物SNP_20的AC或AA基因型；
[0177] j)SEQ ID NO:21中单核苷酸多态性标记物SNP_21的AG或GG基因型；
[0178] k)SEQ ID NO:22中单核苷酸多态性标记物SNP_22的CT或CC基因型；
[0179] l)SEQ ID NO:23中单核苷酸多态性标记物SNP_23的AG或AA基因型；
[0180] m)SEQ ID NO:24中单核苷酸多态性标记物SNP_24的CT或CC基因型；
[0181] n)SEQ ID NO:25中单核苷酸多态性标记物SNP_25的AG或GG基因型；
[0182] o)SEQ ID NO:26中单核苷酸多态性标记物SNP_26的CT或CC基因型；
[0183] p)SEQ ID NO:27中单核苷酸多态性标记物SNP_27的AG或AA基因型；
[0184] q)SEQ ID NO:28中单核苷酸多态性标记物SNP_28的CT或CC基因型；
[0185] r)SEQ ID NO:29中单核苷酸多态性标记物SNP_29的CT或CC基因型；
[0186] s)SEQ ID NO:30中单核苷酸多态性标记物SNP_30的GT或TT基因型；
[0187] 所述SNP标记物SNP_12至SNP_30以给定顺序位于基因渗入片段上。连续标记物是指以相同连续顺序的标记物，因此，例如两种连续标记物可为SNP_12和SNP_13；SNP_13和SNP_14；SNP_14和SNP_15等。以及三个连续标记物可为SNP_12和SNP_13和SNP_14；SNP_13和SNP_14和SNP_15等。
[0188] 因此，所述片段可以更小或缺少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或甚至18个标记物，但是其仍然可以赋予栽培黄瓜植物以提高的产量，即其仍然可以包含产量等位基因。这类较小基因渗入片段是本发明的一个实施方案。具有较小基因渗入片段的植物可通过例如以下方法产生：以含有存在于以登录号NCIMB 42262保藏的种子中的基因渗入片段的植物开始，使这种植物与另一种栽培黄瓜植物杂交，将所述杂交的子代自交以产生可包含在6号染色体上具有较小基因渗入片段的重组体的植物种群。可使用标记物测定法确定较小基因渗入片段的尺寸。可缺失SNP标记物SNP_12至SNP_30中的一种或多种(即，所述植物可以仅包含1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18种SNP标记物)。然后可在如本文所述的产量实验中，对包含这种较小基因渗入片段的植物的产量进行比较，即在田间实验中，生长许多包含所述较小基因渗入片段的植物以及适合的对照植物(缺少所述基因渗入片段)。所述对照植物优选地为遗传对照。如果平均产量仍然显著性地高于对照，则所述较小基因渗入片段保留QTL6.1。
[0189] 或者，可从不同的野生来源渐渗相同或变体QTL(QTL6.1或变体QTL6.1)，籍此任选地并非本文所公开的全部SNP标记物均会存在。这类替代的野生来源可使用本文提供的SNP标记物鉴定，通过使用标记物测定法筛选野生种质以检测标记物SNP_12至SNP_30的基因型。包含来自其他来源的相同或变体QTL6.1的植物也是本发明的一个实施方案。只要SNP_12至SNP_30中至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18或更多种SNP，优选地至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18或更多种连续SNP标记物具有产量增加基因型，则所述植物包含QTL6.1(或其变体)。本领域技术人员能将QTL6.1(或其变体)渐渗进栽培黄瓜中以提高果实产量，如本文所述。
[0190] 在具体的实施方案中，本发明的植物包含至少含有SNP标记物的亚组的基因渗入片段，即选自以下的标记物的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或全部13种：
[0191] -SEQ ID NO:12中单核苷酸多态性标记物SNP_12的AG或AA基因型；
[0192] -SEQ ID NO:13中单核苷酸多态性标记物SNP_13的AG或AA基因型；
[0193] -SEQ ID NO:18中单核苷酸多态性标记物SNP_18的CT或CC基因型；
[0194] -SEQ ID NO:19中单核苷酸多态性标记物SNP_19的AC或AA基因型；
[0195] -SEQ ID NO:20中单核苷酸多态性标记物SNP_20的AC或AA基因型；
[0196] -SEQ ID NO:21中单核苷酸多态性标记物SNP_21的AG或GG基因型；
[0197] -SEQ ID NO:22中单核苷酸多态性标记物SNP_22的CT或CC基因型；
[0198] -SEQ ID NO:23中单核苷酸多态性标记物SNP_23的AG或AA基因型；
[0199] -SEQ ID NO:24中单核苷酸多态性标记物SNP_24的CT或CC基因型；
[0200] -SEQ ID NO:25中单核苷酸多态性标记物SNP_25的AG或GG基因型；
[0201] -SEQ ID NO:26中单核苷酸多态性标记物SNP_26的CT或CC基因型；
[0202] -SEQ ID NO:28中单核苷酸多态性标记物SNP_28的CT或CC基因型；
[0203] -SEQ ID NO:30中单核苷酸多态性标记物SNP_30的GT或TT基因型。
[0204] 尤其地，在一方面，本发明的栽培黄瓜植物包含选自以下的至少1、2或3种标记物：
[0205] -SEQ ID NO:13中单核苷酸多态性标记物SNP_13的AG或AA基因型；
[0206] -SEQ ID NO:18中单核苷酸多态性标记物SNP_18的CT或CC基因型；
[0207] -SEQ ID NO:28中单核苷酸多态性标记物SNP_28的CT或CC基因型；并且任选地[0208] -在标记物SNP_13和SNP_18之间和/或SNP_18和SNP_28之间的任意野生黄瓜基因组特异性的或黄瓜野生近缘种基因组特异性的标记物。
[0209] 因此，在标记物测定法中，可通过检测一种或多种或全部的上述标记物的基因渗入片段(即野生黄瓜或黄瓜种质的野生近缘种的基因渗入片段)的SNP基因型来检测所述基因渗入片段(以及包含所述基因渗入片段的栽培黄瓜植物或植物部分，例如细胞)。
[0210] 因此，在一方面，发现两种数量性状基因座(QTL2.1和QTL6.1)存在于野生黄瓜的2号和6号染色体上，当这两种数量性状基因座被单独地或共同地转移(渐渗)进入栽培黄瓜品种或育种株系时并且当以杂合或纯合形式存在时，其赋予所述栽培黄瓜植物以显著性提高的果实产量。因此，所述QTL或包含所述QTL(包含产量等位基因)的基因渗入片段是显性的，即足以在2号或6号染色体中的一个上具有所述基因渗入片段(一个重组的2号或6号染色体)，而所述对的同源的2号或6号染色体可为缺少所述基因渗入片段的栽培黄瓜(原变种)的(非重组的)2号或6号染色体。
[0211] 尽管本发明的这两种产量QTL的来源为单一的、特定的野生来源，但是可能存在其他在2号和/或6号染色体上的相同基因座处包含QTL2.1和/或QTL6.1的野生黄瓜种质(accessions)。这种基因座可包含具有稍微不同的核苷酸序列的产量等位基因，即本文所发现的等位基因(QTL)的变体。如本文所述，也可以对这类变体QTL进行鉴定并且将其渐渗进入栽培黄瓜，以产生包含栽培黄瓜(原变种)的基因组和重组的2号和/或6号染色体的栽培黄瓜植物，籍此所述重组的2号和/或6号染色体包含野生黄瓜物种基因渗入片段，当所述基因渗入片段以纯合或杂合形式存在时，其将提高的产量表型赋予到栽培黄瓜植物上。为了鉴定这类包含QTL2.1和/或QTL6.1的野生黄瓜或黄瓜野生近缘种，例如可在标记物测定法中或通过序列比较或其他方法，筛选存在有本文所提供的一种或多种SNP标记物的野生种质。然后例如使用MAS(即使用本文所提供的一种或多种(或全部)SNP标记物)，可将假定的数量QTL(或变体QTL)渐渗进入栽培黄瓜，以检测和/或选择含重组的2号和/或6号染色体的子代植物(例如回交植物)。随后在产量实验中，将经选择的植物连同适合的对照植物(优选至少遗传对照)表型化，以确定基因渗入片段是否确实引起显著的产量增加，所述经选择的植物即为在2号和/或6号染色体上包含基因渗入片段的栽培黄瓜植物，其中在2号染色体上的基因渗入片段可通过一种或多种SNP标记物SNP_01至SNP_11检测(如本文中别处所述)，并且其中在6号染色体上的基因渗入片段可通过一种或多种SNP标记物SNP_12至SNP_
30检测(如本文中别处所述)。
30检测(如本文中别处所述)。
[0212] 野生黄瓜或黄瓜野生近缘种的种质可获自USDA国家植物种质系统保藏中心(USDA National Plant Germplasm System collection)和其他种子保藏中心，因此可以使用例如如本文所述的标记物测定法来筛选存在有QTL2.1和/或QTL6.1的种质，将包含一种或多种SNP标记物(例如指示QTL2.1的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10和全部的11种SNP标记物；和/或指示QTL6.1的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18或全部19种SNP标记物)的种质与具有正常野生型的、非重组的2号和6号染色体的栽培黄瓜植物杂交。随后使用本文所述的分子标记物测定法，筛选F2代(或下一代，如F3或回交世代)中具有基因渗入片段的重组植物或植物部分。
[0213] 在具体实施方案中，包含产量QTL2.1和/或产量QTL6.1的基因渗入片段可源自(或源自)或可获自(或获自；或存在于)种子(其代表性实例已经以登录号NCIMB 42262保藏的)或其子代。所述子代可为保留了如所述的指示QTL的一种或多种(或全部)SNP标记物的任何子代。因此，子代不限于所述保藏物的F1或F2子代，而是可以为任何子代，无论是通过自交和/或与其他黄瓜植物杂交获得。
[0214] 在一个实施方案中，所述基因渗入片段可通过本文中别处所述的一种或多种标记物鉴定，尤其是用于2号染色体上的基因渗入片段的标记物SNP_01至SNP_11，以及用于6号染色体上的基因渗入片段的标记物SNP_12至SNP_30。在一方面，本发明提供栽培黄瓜植物，其具有包含提高的果实产量的栽培黄瓜基因组，其中所述提高的果实产量是通过在栽培黄瓜的2号和/或6号染色体上的基因渗入片段赋予，其中所述基因渗入片段是通过以下方式获得(可通过以下方式获得)：通过将以登录号NCIMB 42262保藏的种子生长出的栽培植物或该植物的子代(其包含连锁到QTL的本文所述的一种或多种标记物)与栽培黄瓜植物杂交。
[0215] 在另一个实施方案中，本发明涉及本发明的植物，即在2号和/或6号染色体上包含纯合或杂合形式的来自野生黄瓜或黄瓜野生近缘种的基因渗入片段的栽培黄瓜(原变种)植物，其中所述基因渗入片段为这样的基因渗入片段，即其在一方面“存在于”(as in)/“等同于”(identical to)/“等同于存在于”(the same as in)以登录号NCIMB 42262保藏的种子中，或为其更小的片段，但仍然赋予提高的果实产量。
[0216] 在另一实施方案中，本发明涉及本发明的植物，即在2号和/或6号染色体上包含纯合或杂合形式的来自野生黄瓜或黄瓜野生近缘种的基因渗入片段的栽培黄瓜(原变种)植物，其中所述基因渗入片段为这样的基因渗入片段，即其为以编号NCIMB 42262保藏的基因渗入片段种子的变体，即其包含等量QTL，但是基因组序列可以不同。由于野生种质是遗传趋异的(genetically divergent)，因此包含来自其他野生黄瓜种质或黄瓜野生近缘种的QTL2.1或QTL6.1的基因渗入片段的基因组序列将最有可能不同于渐渗进入NCIMB 42262中的基因组序列，并且甚至赋予产量的基因(包含启动子、内含子和外显子)可能在核苷酸序列上是趋异的，但功能是相同的，即赋予提高的果实产量。由于连锁到QTL2.1和/或QTL6.1的某些SNP标记物通常存在于不同种质中，而其他SNP标记物则可能仅存在于特定种质中，因此可以看出所述趋异性。因此例如，并不是所有的SNP_01至SNP_11和/或SNP_12至SNP_30都会存在于其他野生黄瓜植物或黄瓜野生近缘种中。然而，提高产量的QTL2.1和QTL6.1(包含例如产量等位基因的变体或直系同源物)仍然可能存在于这类野生种质中。本领域技术人员能够鉴定存在于其他野生黄瓜种质或其他黄瓜野生近缘种中的包含QTL2.1和6.1的区域，并且将其渐渗进入栽培黄瓜中。
[0217] 在一个实施方案中，可通过分子标记物测定法检测存在包含QTL2.1的基因渗入片段或2号染色体区域(或变体或直系同源的2号染色体区域)，所述分子标记物检测选自以下的至少1种、优选地2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多种(或全部11种)单核苷酸多态性(SNP)标记物：
[0218] a)SEQ ID NO:1中单核苷酸多态性标记物SNP_01的AG或GG基因型；
[0219] b)SEQ ID NO:2中单核苷酸多态性标记物SNP_02的AG或GG基因型；
[0220] c)SEQ ID NO:3中单核苷酸多态性标记物SNP_03的AG或GG基因型；
[0221] d)SEQ ID NO:4中单核苷酸多态性标记物SNP_04的GT或GG基因型；
[0222] e)SEQ ID NO:5中单核苷酸多态性标记物SNP_05的AC或CC基因型；
[0223] f)SEQ ID NO:6中单核苷酸多态性标记物SNP_06的CT或TT基因型；
[0224] g)SEQ ID NO:7中单核苷酸多态性标记物SNP_07的AG或GG基因型；
[0225] h)SEQ ID NO:8中单核苷酸多态性标记物SNP_08的CT或TT基因型；
[0226] i)SEQ ID NO:9中单核苷酸多态性标记物SNP_09的CT或CC基因型；
[0227] j)SEQ ID NO:10中单核苷酸多态性标记物SNP_10的GT或GG基因型；
[0228] k)SEQ ID NO:11中单核苷酸多态性标记物SNP_11的AG或AA基因型。
[0229] 因此，在一个实施方案中，本发明的植物在SEQ ID NO:1(称为SNP_01)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:1具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个鸟嘌呤(G)(即AG或GG基因型)而不是两个腺嘌呤(AA)；和/或在SEQ ID NO:2(称为SNP_02)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:2具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个鸟嘌呤(G)(即AG或GG基因型)而不是两个腺嘌呤(AA)；和/或在SEQ ID NO:3(称为SNP_03)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:3具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个鸟嘌呤(G)(即AG或GG基因型)而不是两个腺嘌呤(AA)；和/或在SEQ ID NO:4(称为SNP_04)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:4具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个鸟嘌呤(G)(即GG或GT基因型)而不是两个胸腺嘧啶(TT)；和/或在SEQ ID NO:5(称为SNP_05)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:5具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个胞嘧啶(C)(即CC或AC基因型)而不是两个腺嘌呤(AA)；和/或在SEQ ID NO:6(称为SNP_06)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:6具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个胸腺嘧啶(T)(即TT或CT基因型)而不是两个胞嘧啶(CC)；和/或在SEQ ID NO:7(称为SNP_07)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:7具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个鸟嘌呤(G)(即GG或AG基因型)而不是两个腺嘌呤(AA)；和/或在SEQ ID NO:8(称为SNP_
08)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:8具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个胸腺嘧啶(T)(即TT或CT基因型)而不是两个胞嘧啶(CC)；和/或在SEQ ID NO:9(称为SNP_09)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:9具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个胞嘧啶(C)(即CC或CT基因型)而不是两个胸腺嘧啶(TT)；
和/或在SEQ ID NO:10(称为SNP_10)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:10具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个鸟嘌呤(G)(即GG或GT基因型)而不是两个胸腺嘧啶(TT)；和/或在SEQ ID NO:11(称为SNP_11)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:11具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个包含腺嘌呤(A)(即AA或AG基因型)而不是两个鸟嘌呤(GG)。
08)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:8具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个胸腺嘧啶(T)(即TT或CT基因型)而不是两个胞嘧啶(CC)；和/或在SEQ ID NO:9(称为SNP_09)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:9具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个胞嘧啶(C)(即CC或CT基因型)而不是两个胸腺嘧啶(TT)；
和/或在SEQ ID NO:10(称为SNP_10)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:10具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个鸟嘌呤(G)(即GG或GT基因型)而不是两个胸腺嘧啶(TT)；和/或在SEQ ID NO:11(称为SNP_11)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:11具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个包含腺嘌呤(A)(即AA或AG基因型)而不是两个鸟嘌呤(GG)。
[0230] 在另一个实施方案中，可通过分子标记物测定法检测存在包含QTL6.1的基因渗入片段或6号染色体区域(或变体或直系同源的6号染色体区域)，所述分子标记物检测选自以下的至少1种、优选地2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18或更多种(或全部19种)单核苷酸多态性(SNP)标记物：
[0231] a)SEQ ID NO:12中单核苷酸多态性标记物SNP_12的AG或AA基因型；
[0232] b)SEQ ID NO:13中单核苷酸多态性标记物SNP_13的AG或AA基因型；
[0233] c)SEQ ID NO:14中单核苷酸多态性标记物SNP_14的AG或GG基因型；
[0234] d)SEQ ID NO:15中单核苷酸多态性标记物SNP_15的CT或TT基因型；
[0235] e)SEQ ID NO:16中单核苷酸多态性标记物SNP_16的AG或AA基因型；
[0236] f)SEQ ID NO:17中单核苷酸多态性标记物SNP_17的CT或TT基因型；
[0237] g)SEQ ID NO:18中单核苷酸多态性标记物SNP_18的CT或CC基因型；
[0238] h)SEQ ID NO:19中单核苷酸多态性标记物SNP_19的AC或AA基因型；
[0239] i)SEQ ID NO:20中单核苷酸多态性标记物SNP_20的AC或AA基因型；
[0240] j)SEQ ID NO:21中单核苷酸多态性标记物SNP_21的AG或GG基因型；
[0241] k)SEQ ID NO:22中单核苷酸多态性标记物SNP_22的CT或CC基因型；
[0242] l)SEQ ID NO:23中单核苷酸多态性标记物SNP_23的AG或AA基因型；
[0243] m)SEQ ID NO:24中单核苷酸多态性标记物SNP_24的CT或CC基因型；
[0244] n)SEQ ID NO:25中单核苷酸多态性标记物SNP_25的AG或GG基因型；
[0245] o)SEQ ID NO:26中单核苷酸多态性标记物SNP_26的CT或CC基因型；
[0246] p)SEQ ID NO:27中单核苷酸多态性标记物SNP_27的AG或AA基因型；
[0247] q)SEQ ID NO:28中单核苷酸多态性标记物SNP_28的CT或CC基因型；
[0248] r)SEQ ID NO:29中单核苷酸多态性标记物SNP_29的CT或CC基因型；
[0249] s)SEQ ID NO:30中单核苷酸多态性标记物SNP_30的GT或TT基因型；
[0250] 因此，在一个实施方案中，本发明的植物在SEQ ID NO:12(称为SNP_12)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:12具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个腺嘌呤(A)(即AA或AG基因型)而不是两个鸟嘌呤(GG)；和/或在SEQ ID NO:13(称为SNP_13)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:13具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个腺嘌呤(A)(即AA或AG基因型)而不是两个鸟嘌呤(GG)；和/或在SEQ ID NO:14(称为SNP_14)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:14具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个鸟嘌呤(G)(即AG或GG基因型)而不是两个腺嘌呤(AA)；和/或在SEQ ID NO:15(称为SNP_15)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:15具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个胸腺嘧啶(T)(即TT或CT基因型)而不是两个胞嘧啶(CC)；和/或在SEQ ID NO:16(称为SNP_16)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:16具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个腺嘌呤(A)(即AA或AG基因型)而不是两个鸟嘌呤(GG)；和/或在SEQ ID NO:17(称为SNP_17)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:17具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个胸腺嘧啶(T)(即TT或CT基因型)而不是两个胞嘧啶(CC)；和/或在SEQ ID NO:18(称为SNP_
18)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:18具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个胞嘧啶(C)(即CC或CT基因型)而不是两个胸腺嘧啶(TT)；和/或在SEQ ID NO:19(称为SNP_19)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:19具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个腺嘌呤(A)(即AA或AC基因型)而不是两个胞嘧啶(CC)；
和/或在SEQ ID NO:20(称为SNP_20)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:20具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个腺嘌呤(A)(即AA或AC基因型)而不是两个胞嘧啶(CC)；和/或在SEQ ID NO:21(称为SNP_21)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:21具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个鸟嘌呤(G)(即GG或AG基因型)而不是两个腺嘌呤(AA)；和/或在SEQ ID NO:22(称为SNP_22)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:22具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个胞嘧啶(C)(即CC或CT基因型)而不是两个胸腺嘧啶(TT)；和/或在SEQ ID NO:23(称为SNP_23)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:23具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个腺嘌呤(A)(即AA或AG基因型)而不是两个鸟嘌呤(GG)；和/或在SEQ ID NO:24(称为SNP_24)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:24具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个胞嘧啶(C)(即CC或CT基因型)而不是两个胸腺嘧啶(TT)；和/或在SEQ ID NO:25(称为SNP_25)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:25具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个鸟嘌呤(G)(即GG或AG基因型)而不是两个腺嘌呤(AA)；和/或在SEQ ID NO:26(称为SNP_26)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:26具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个胞嘧啶(C)(即CC或CT基因型)而不是两个胸腺嘧啶(TT)；和/或在SEQ ID NO:27(称为SNP_27)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:27具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个腺嘌呤(A)(即AA或AG基因型)而不是两个鸟嘌呤(GG)；和/或在SEQ ID NO:28(称为SNP_28)的核苷酸
75处或在与SEQ ID NO:28具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个胞嘧啶(C)(即CC或CT基因型)而不是两个胸腺嘧啶(TT)；和/或在SEQ ID NO:29(称为SNP_29)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:29具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个胞嘧啶(C)(即CC或CT基因型)而不是两个胸腺嘧啶(TT)；和/或在SEQ ID NO:30(称为SNP_30)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:30具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个胸腺嘧啶(T)(即TT或GT基因型)而不是两个鸟嘌呤(GG)。
18)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:18具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个胞嘧啶(C)(即CC或CT基因型)而不是两个胸腺嘧啶(TT)；和/或在SEQ ID NO:19(称为SNP_19)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:19具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个腺嘌呤(A)(即AA或AC基因型)而不是两个胞嘧啶(CC)；
和/或在SEQ ID NO:20(称为SNP_20)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:20具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个腺嘌呤(A)(即AA或AC基因型)而不是两个胞嘧啶(CC)；和/或在SEQ ID NO:21(称为SNP_21)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:21具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个鸟嘌呤(G)(即GG或AG基因型)而不是两个腺嘌呤(AA)；和/或在SEQ ID NO:22(称为SNP_22)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:22具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个胞嘧啶(C)(即CC或CT基因型)而不是两个胸腺嘧啶(TT)；和/或在SEQ ID NO:23(称为SNP_23)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:23具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个腺嘌呤(A)(即AA或AG基因型)而不是两个鸟嘌呤(GG)；和/或在SEQ ID NO:24(称为SNP_24)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:24具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个胞嘧啶(C)(即CC或CT基因型)而不是两个胸腺嘧啶(TT)；和/或在SEQ ID NO:25(称为SNP_25)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:25具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个鸟嘌呤(G)(即GG或AG基因型)而不是两个腺嘌呤(AA)；和/或在SEQ ID NO:26(称为SNP_26)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:26具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个胞嘧啶(C)(即CC或CT基因型)而不是两个胸腺嘧啶(TT)；和/或在SEQ ID NO:27(称为SNP_27)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:27具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个腺嘌呤(A)(即AA或AG基因型)而不是两个鸟嘌呤(GG)；和/或在SEQ ID NO:28(称为SNP_28)的核苷酸
75处或在与SEQ ID NO:28具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个胞嘧啶(C)(即CC或CT基因型)而不是两个胸腺嘧啶(TT)；和/或在SEQ ID NO:29(称为SNP_29)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:29具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个胞嘧啶(C)(即CC或CT基因型)而不是两个胸腺嘧啶(TT)；和/或在SEQ ID NO:30(称为SNP_30)的核苷酸75处或在与SEQ ID NO:30具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处，包含至少一个胸腺嘧啶(T)(即TT或GT基因型)而不是两个鸟嘌呤(GG)。
[0251] 所述SNP基因型是指两个核苷酸，以及包含这两个核苷酸之一的基因组序列，每个2号染色体(对于SNP_01至SNP_11)或6号染色体(对于SNP_12至SNP_30)上一个。因此，具有SNP_30的TT基因型的植物在这两条染色体上含有相同的核苷酸(T)，而具有SNP_30的GT基因型的植物，其包含了一条在SNP_30的核苷酸75处(或在与SEQ ID NO:30具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处)含有G的染色体，以及一条在SNP_30的核苷酸75处(或在与SEQ ID NO:30具有基本序列同一性的基因组序列中的等同核苷酸处)含有T的染色体。由于在来自其他野生黄瓜或黄瓜野生近缘种的基因渗入片段(即变体或直系同源的2号或6号染色体区域)中，本文所提供的SNP标记物附近的基因组序列可能稍微变化，因此显然在所述SNP之前和之后的核苷酸序列与本文所提供的序列可能不会100％相同。因此，本文涵盖了与本文所提供的序列具有基本序列同一性但包含相同SNP的序列。
[0252] 在一方面，可通过上述一种或多种标记物检测的包含QTL(QTL2.1或变体和/或QTL6.1或变体)的基因渗入片段，或2号或6号染色体区域(或变体或直系同源的2号或6号染色体区域)，是来自野生黄瓜植物或野生近缘黄瓜；并且在一方面，其作为来自以登录号NCIMB 42262保藏的种子的代表性实例的植物或其子代；因此，在一方面，其是与存在于以登录号NCIMB 42262保藏的种子中的2号和6号染色体上的基因渗入片段相同的基因渗入片段或更小的片段。在一方面，所述在2号和/或6号染色体上的基因渗入片段的尺寸等于或小于10Mb，优选地尺寸等于或小于8Mb，更优选地尺寸等于或小于6、5、4、3或2.5Mb，例如等于或小于2Mb。在一方面，所述基因渗入片段的尺寸为至少0.2Mb、0.5Mb、1.0Mb、1.5Mb、1.9Mb、2.0Mb、2.5Mb或3Mb。因此，本文涵盖不同范围的基因渗入尺寸，例如小于10Mb但大于0.2Mb的片段，小于5Mb或3Mb但大于0.2Mb、0.5MB或1Mb等。所述尺寸可通过例如全基因组测序或下一代测序容易地确定，例如Qi et al.2013(参见上文)或Huang et al.2009(参见上文)中所记载的。特别地，由于在基因渗入区域中较大量的遗传变异(SNP、INDEL等)，因此可以轻易地区分开基因渗入区域与栽培基因组区域。
[0253] 为了获得存在于来自保藏种子(NCIMB 42262)的2号和/或6号染色体上的基因渗入片段，即为了将包含QTL的一个或两个基因渗入片段转移至另一种栽培黄瓜植物中，由所述种子生长出植物，并将所述植物与栽培黄瓜植物杂交以获得F1种子。所述F1杂种种子及由其生长出的植物含有来自NCIMB 42262亲本的一条重组的2号染色体和一条6号重组体，以及来自其他栽培亲本的一条非重组的2号染色体和6号染色体。为了在直系同源的染色体之间产生新的重组事件，需要发生减数分裂，并且需要鉴定包含重组的2号和/或6号染色体的植物。例如，F1可以自交一次或多次以产生F2或F3植物(或进一步的自交世代)，和/或F2植物或F3植物等可与所述栽培亲本回交。通过存在一种或多种上述SNP标记物，可对包含QTL2.1和/或QTL6.1的植物进行筛选和选择，以鉴定包含重组的2号和/或6号染色体，包含来自所保藏的种子的基因渗入片段，或更小的基因渗入片段(其仍然包含所述QTL)的植物。
[0254] 类似地，使用不同的方法，可以产生和/或鉴定包含QTL2.1(或其变体)或QTL6.1(或其变体)的栽培黄瓜植物。例如，为了获得包含来自野生黄瓜或黄瓜野生近缘种的基因渗入片段的栽培黄瓜植物，首先鉴定出包含与本文公开的QTL2.1和/或QTLL6.1相关的一种或多种SNP标记物(例如上文所述的任意一种或多种或全部标记物)的野生黄瓜或黄瓜野生近缘种。将鉴定出的植物与栽培黄瓜植物杂交以获得F1种子。所述F1可以自交以产生F2、F3等植物，和/或F2植物或F3植物等可与所述栽培亲本回交。通过存在有上述一种或多种SNP标记物，可对包含QTL2.1(或其变体)和/或QTL6.1(或其变体)的植物进行筛选和选择，并且筛选和选择与最初的栽培亲本(缺少基因渗入)相比提高的产量表型。可选择地或另外地，可以实施QTL定位(mapping)，以鉴定连锁到QTL2.1(或其变体)和/或QTL6.1(或其变体)的其他分子标记物，和/或产生在2号和/或6号染色体上包含基因渗入片段的栽培黄瓜植物，所述基因渗入片段赋予显著性提高的产量。
[0255] 在一个实施方案中，通过分子标记物测定法可检测在栽培黄瓜植物中存在的包含QTL2.1的基因渗入片段，或包含QTL2.1的2号染色体区域(或直系同源的2号染色体区域)，所述分子标记物测定法检测选自以下的标记物中的至少1种：
[0256] a)SEQ ID NO:1中单核苷酸多态性标记物SNP_01的AG或GG基因型；
[0257] b)SEQ ID NO:11中单核苷酸多态性标记物SNP_11的AG或AA基因型；
[0258] c)在标记物SNP_01和SNP_11之间的任意野生黄瓜或黄瓜野生近缘种的基因组特异性标记物；
[0259] d)遗传连锁在标记物SNP_01或SNP_11的7cM、5cM、3cM或更小范围内的任意野生黄瓜或黄瓜野生近缘种的基因组特异性标记物；
[0260] e)物理连锁在标记物SNP_01或SNP_11的5Mb、3Mb、2Mb、1Mb、0.5Mb或0.2Mb或更小范围内的任意野生黄瓜或黄瓜野生近缘种的基因组特异性标记物；
[0261] 在一方面，c)的标记物为SNP_02和SNP_10中的一种或多种。
[0262] 在一方面，检测上述a)、b)和/或c)的标记物中的至少1种、2种，至少3种，至少4种或更多种标记物。在另一方面，检测上述a)、b)、c)、d)和/或e)的标记物中的至少1种、2种，至少3种，至少4种或更多种标记物。在一个实施方案中，至少检测a)和/或b)的标记物，并且任选地检测c)、d)和/或e)的标记物中的至少1、2、3种或更多种标记物。
[0263] 在a)和b)标记物之间的任意野生黄瓜或黄瓜野生近缘种的基因组特异性标记物是指任意的分子标记物，其在遗传上定位于标记物SNP_01和SNP_11之间的2号染色体区域，和/或其物理位于标记物SNP_01和SNP_11之间，并且其指示野生黄瓜的2号染色体区域或指示黄瓜野生近缘种的2号染色体区域。这意指所述标记物在栽培黄瓜基因组与野生黄瓜或黄瓜野生近缘种的基因组之间是多态性的。在一方面，所述标记物为单核酸多态性(SNP)，但同样可以使用例如RFLP、AFLP、RAPD、DNA测序等的其他分子标记物。
[0264] 在一个实施方案中，可通过分子标记物测定法检测在栽培黄瓜植物中存在的包含QTL6.1的基因渗入片段，或包含QTL6.1的6号染色体区域(或直系同源的6号染色体区域)，所述分子标记物检测选自以下的标记物中的至少1种：
[0265] a)SEQ ID NO:12中单核苷酸多态性标记物SNP_012的AG或GG基因型；
[0266] b)SEQ ID NO:30中单核苷酸多态性标记物SNP_30的GT或TT基因型；
[0267] c)在标记物SNP_12和SNP_30之间的任意野生黄瓜或黄瓜野生近缘种的基因组特异性标记物；
[0268] d)遗传连锁在标记物SNP_12或SNP_30的7cM、5cM、3cM或更小范围内的任意野生黄瓜或黄瓜野生近缘种的基因组特异性标记物；
[0269] e)物理连锁在标记物SNP_12或SNP_30的5Mb、3Mb、2Mb、1Mb、0.5Mb或0.2Mb或更小范围内的任意野生黄瓜或黄瓜野生近缘种的基因组特异性标记物；
[0270] 在一方面，c)的标记物为SNP_13和SNP_29中的一种或多种。
[0271] 在一方面，检测上述a)、b)和/或c)的标记物中的至少1种、2种，至少3种，至少4种或更多种标记物。在另一方面，检测上述a)、b)、c)、d)和/或e)的标记物中的至少1种、2种，至少3种，至少4种或更多种标记物。在一个实施方案中，至少检测a)和/或b)的标记物，并且任选地检测c)、d)和/或e)的标记物中的至少1、2、3种或更多种标记物。
[0272] 在a)和b)的标记物之间的任意野生黄瓜或黄瓜野生近缘种的基因组特异性标记物是指任意的分子标记物，其在遗传上定位于标记物SNP_12和SNP_30之间的6号染色体区域，和/或其在物理上位于标记物SNP_12和SNP_30之间，并且其指示野生黄瓜的6号染色体区域或指示黄瓜野生近缘种的6号染色体区域。这意指所述标记物在栽培黄瓜基因组与野生黄瓜或黄瓜野生近缘种的基因组之间是多态性的。在一方面，所述标记物为单核酸多态性(SNP)，但同样可以使用例如RFLP、AFLP、RAPD、DNA测序等的其他分子标记物。
[0273] 在一方面，本发明植物中的所述基因渗入片段是存在于以登录号NCIMB 42262保藏的种子中的2号或6号染色体的片段，或保留所述QTL的片段的更小版本(通过例如基因渗入片段内的重组产生)。
[0274] 在一方面，所述基因渗入片段的尺寸等于或小于10Mb，优选地尺寸等于或小于8Mb、5Mb、3Mb、2.5Mb、2Mb、1.5Mb、1Mb，在另一方面，所述基因渗入片段的尺寸为至少0.5Mb或至少1Mb。
[0275] 本发明还提供了由其可生长出本发明植物的种子，以及由本发明的植物采收的黄瓜果实，并且在其基因组中包含重组的2号和/或6号染色体。同样地，本发明也提供了包含至少一条重组的2号和/或6号染色体的植物的或种子的植物细胞、组织或植物部分，其中所述重组的2号和/或6号染色体包含来自野生黄瓜植物或黄瓜野生近缘种的基因渗入片段，并且其中所述基因渗入片段包含赋予显著提高的果实产量的等位基因。
[0276] 根据标准方法可检测本文所述的分子标记物。例如使用KASP-测定法(参见www.kpbioscience.co.uk)或其他测定法可容易地检测SNP标记物。就KASP-测定法而言，例如可选择所述SNP的上游70个碱基对和下游70个碱基对，并且可设计两条等位基因特异性的正向引物和一条等位基因特异性的反向引物。参见例如Allen et al.2011,Plant Biotechnology J.9,1086-1099,尤其是p097-1098的KASP测定方法。
[0277] 因此，在一方面，使用KASP测定法确定SNP标记物以及与产量QTL相关的标记物的存在/不存在，但同样可以使用其他测定法。例如，任选地，也可使用DNA测序。
[0278] 所述基因渗入片段的物理尺寸可通过不同方法来确定，例如物理定位(mapping)、测序或通过使用荧光原位杂交(FISH)图像的基因渗入的可视化(Verlaanet al.2011,Plant Journal 68:1093-1103)。
[0279] 在2号和/或6号染色体上具有较小基因渗入片段的植物可通过产生新的重组植物以及选择具有较小基因渗入尺寸的重组子代而产生，所述新的重组植物来自这样的植物种群：其源自栽培黄瓜植物(缺少基因渗入片段)和本发明的植物之间的杂交。
[0280] 在番茄中，例如，通过选择重组子代株系(LA1931-AL-F2)来减小包含Ty-3等位基因的6号染色体上的较大智利番茄(S.chilense)基因渗入片段(约27cM)，其包含含有Ty-3的小得多的智利番茄基因渗入片段(约6cM)(参见Jiet al.2007,Mol.Breeding 20:271-284)。
[0281] 本发明的栽培黄瓜植物可为近交OP(开放授粉品种)或F1杂种。在一方面，所述F1杂种包含杂合形式的一个或两个基因渗入片段，即通过杂交两种近交亲本株系以及收集来自所述杂交的F1杂种种子而产生，所述两种近交亲本株系之一具有基因渗入片段(优选地纯合形式，尽管不是必须的)。所述F1杂种种子也可包含杂合形式的一个或两个基因渗入片段，即通过杂交两种近交亲本株系产生，每一种近交亲本株系均包含纯合或杂合形式的基因渗入片段。
[0282] 所述栽培黄瓜植物可以是任意类型的。优选地，其具有良好的农学和良好果实品质特征。在一方面，所述栽培黄瓜植物在遗传和表型上都是均一的。特别地，果实特征是均一的，例如关于形状、果皮颜色、果皮厚度、果皮花纹条(skin rib)、果皮韧性(toughness)、刺(spine)(刺颜色、刺密度等)、存在/不存在疣(wart)、在可食用成熟度时的长度和直径、味道等。同样地，种子特征(由其生长出所述植物的种子的特征)也是均一的，例如种子尺寸、种子颜色等。因此，包含纯合或杂合形式的QTL的植物株系或品种产生均一的果实，这意指当果实处于相同的发育阶段时，在相同环境条件下生长的植物的果实之间几乎没有变化(例如，对于定性特征而言，所有植物或植物部分、果实或种子的至少98％、99％或优选地100％是相同；对于定量特征而言，所有植物或植物部分、果实或种子的至少90％、95％、
98％是相同的)。
98％是相同的)。
[0283] 本发明的包含QTL2.1和/或QTL6.1(或其中任一个的变体)的栽培黄瓜植物可为任意类型，例如，其可为以下的黄瓜类型中的一种：腌制黄瓜(例如美国腌制、欧洲腌制型)，切片黄瓜(例如美国切片)，长黄瓜，短黄瓜，欧洲温室黄瓜，Beit-Alpha型黄瓜，东方网格型黄瓜，亚洲黄瓜(例如选自印度杂色黄瓜、中国长黄瓜、韩国黄瓜和日本黄瓜类型)。在一个实施方案中，本发明的栽培黄瓜为下述类型黄瓜的近交株系或F1杂种：腌制黄瓜类型、切片黄瓜类型、长黄瓜类型、短黄瓜类型、欧洲温室黄瓜、Beit-Alpha型黄瓜、东方网格型黄瓜、中国长黄瓜类型、韩国黄瓜类型或日本黄瓜类型。
[0284] 所述植物可为单一杂交F1杂种或近交株系，其包含纯合或杂合形式的一个或两个QTL。在一方面，所述植物为通过杂交包含纯合形式的QTL2.1和/或QTL6.1(或其中任一个的变体)的(近交)亲本植物与缺少QTL2.1和QTL6.1(即缺少包含所述QTL的基因渗入片段)的(近交)亲本植物而产生的F1杂种。因此，在一方面，所述F1杂种为QTL2.1和/或QTL6.1杂合型的。
[0285] 在另一方面，所述植物为通过杂交包含纯合形式的QTL2.1和/或QTL6.1(或其中任一个的变体)的(近交)亲本植物与也包含纯合形式的QTL2.1和/或QTL6.1(或其中任一个的变体)的(近交)亲本植物而产生的F1杂种。因此，在一方面，所述F1杂种为QTL2.1纯合型的(并且缺少QTL6.1或为QTL6.1杂合型的)，或QTL6.1纯合型的(并且缺少QTL2.1或为QTL2.1杂合型的)，或为QTL2.1和QTL6.1两者纯合型的。
[0286] 在一方面，所述F1杂种为腌制黄瓜类型，适合于一次性(once-over)机械采收。在一方面，所述腌制黄瓜为其种子以登录号NCIMB 42262保藏的植物，或其子代，因此所述子代保留QTL2.1和/或QTL6.1(可通过存在如本文中别处所述的一个或多个标记物来检测)。
[0287] 因此，本发明的栽培黄瓜植物为适用于一次性机械采收的黄瓜植物。
[0288] 在另一方面，本发明的植物并不是野生黄瓜植物或地方品种。
[0289] 在另一方面，本发明的植物为欧亚黄瓜组、东亚黄瓜组或西双版纳黄瓜组的栽培黄瓜。在另一方面，本发明的植物不是印度黄瓜组的植物。
[0290] 在本发明的一个实施方案中，包含QTL2.1(或变体)和/或QTL6.1(或变体)的栽培黄瓜植物产生无授粉的无籽果实，即为单性结实。
[0291] 在本发明的另一个实施方案中，包含QTL2.1(或变体)和/或QTL6.1(或变体)的栽培黄瓜植物主要是雌性或全部是雌性。
[0292] 在本发明的另一个实施方案中，包含QTL2.1(或变体)和/或QTL6.1(或变体)的栽培黄瓜植物在关于由所述植物产生的果实的形态特征方面是均一且遗传上稳定的，例如关于果实形状、果实颜色、果皮厚度、疣等。
[0293] 果实特征取决于所述黄瓜类型，即在其中渐渗有QTL的栽培遗传背景(基因库)，所述果实特征例如平均果实长度、平均果实直径、果皮厚度、存在/不存在疣、小刺状突起(spininess)、果皮韧性、果皮颜色、果颈形状(fruit neck shape)、果实锥度(fruit tapering)、中间横截面形状、存在或不存在种子(单性结实)等。因此，根据黄瓜类型，本文包括多种黄瓜形状、尺寸和果实类型。在一方面，所述果实是无籽的。
[0294] 目前在美国，两种主要的商业化种植的黄瓜果实类型为新鲜销售的(切片)类型和加工(腌制)类型。品种和生产方法通常适用于最终用途。切片黄瓜通常更长、更大且具有更暗且更厚的果皮，而腌制/加工黄瓜则具有更短的果实、更薄的果皮，并具有使其更易于腌制的内部果肉。对于新鲜销售和腌制而言，通常优选无籽品种，因为发育中的和较大的种子并不是可口的。
[0295] 在一方面，本发明的植物为腌制类型(加工类型)，并且产生这样的果实，其在可食用成熟度时具有的平均果实长度为至少10cm、或至少11cm、或至少12cm、或至少13cm和/或果实长度与直径的比例为至少2、至少2.5、或至少3，或更大。
[0296] 在不同的方面中，本发明的植物为新鲜销售类型，例如长黄瓜类型或切片类型，并且产生这样的果实，其在可食用成熟度时具有比腌制类型更长的平均果实长度，例如至少15cm、16cm、17cm、18cm、19cm、20cm、25cm、30cm、32cm、40cm或更长。
[0297] 在一方面，所述植物为不确定的(indeterminate)黄瓜。在另一方面，所述黄瓜为确定的。
[0298] 本文也提供了从其中可生长出本发明植物的种子，以及由本发明植物采收的黄瓜果实。它们在其基因组中均包含QTL，因此可以通过存在本文所提供的一种或多种SNP标记物来与其他果实区分开。
[0299] 在一方面，所述果实在可食用采收(edible harvest)时为无苦味的(选自有苦味和无苦味组)。
[0300] 在另一方面，所述果实在可食用采收时，具有薄的果皮(选自厚果皮和薄果皮组)。
[0301] 在一个不同的实施方案中，将所述QTL渐渗进入称为‘致密的(Compact)’黄瓜类型中，如US8710303B2中所记载的。因此，本发明的黄瓜植物包含纯合或杂合形式的如US8710303B2中所记载的致密基因，例如存在于品种Hi-Jack和Hi-Lisa中(这两种均属于Nunhems)。
[0302] 本发明的另一个实施方案为本发明的植物或种子的植物细胞、组织或植物部分，其包含至少一条重组的2号染色体和/或一条重组的6号染色体，其中所述重组的2号染色体和/或重组的6号染色体包含来自野生黄瓜植物或来自黄瓜野生近缘种的基因渗入片段，以及其中所述基因渗入片段包含赋予提高的果实产量的QTL。
[0303] 本文也涵盖包含来自野生黄瓜植物或来自黄瓜野生近缘种的基因渗入片段的重组的2号染色体和/或重组的6号染色体(所述基因渗入片段包含赋予提高的果实产量的等位基因)用于培育具有提高的果实产量的黄瓜品种的用途。在一方面，所述重组的2号和/或6号染色体为存在于以登录号NCIMB 42262保藏的种子中的重组的2号和/或6号染色体，或源自所述重组的2号和/或6号染色体(例如存在于所述种子中的基因渗入片段的更小片段)。
[0304] 同样地，本文涵盖了存在于以登录号NCIMB 42262保藏的种子中或其子代中的2号和/或6号染色体，用于产生在所述2号和/或6号染色体上包含基因渗入片段的栽培黄瓜植物的用途，其中与缺少所述基因渗入片段的遗传对照黄瓜植物相比，所述基因渗入片段赋予提高的果实产量。
[0305] 类似地，本文涵盖了从以登录号NCIMB 42262保藏的种子生长出的植物或其子代，用于产生具有提高的果实产量的栽培黄瓜植物的用途，其中通过由所述植物或其子代的2号和/或6号染色体获得的基因渗入片段而赋予所述提高的果实产量。
[0306] 本发明也提供了用于鉴定在2号染色体和/或在6号染色体上包含基因渗入片段的栽培的黄瓜(原变种)植物的方法，其中所述基因渗入片段存在于NCIMB 42262中或来源于其的更小片段，其包含：
[0307] a)提供栽培黄瓜(原变种)植物的种群，
[0308] b)使用分子标记物测定法筛选所述种群，所述分子标记物测定法检测选自以下的至少一种SNP标记物：
[0309] i)用于检测2号染色体上的基因渗入片段的SNP_01至SNP_11和/或
[0310] ii)用于检测6号染色体上的基因渗入片段的SNP_12至SNP_30；
[0311] c)鉴定和/或选择包含以下的植物：
[0312] iii)用于检测2号染色体上的基因渗入片段的SNP_01至SNP_11中的至少一种SNP标记物，和/或用于检测6号染色体上的基因渗入片段的SNP_12至SNP_30中至少一个SNP标记物；或
[0313] iv)选自用于检测2号染色体上的基因渗入片段的SNP_1至SNP_11中的至少2、3或4种连续标记物，和/或选自用于检测6号染色体上的基因渗入片段的SNP_12至SNP_30中的至少2、3或4种连续标记物；或
[0314] v)选自用于检测2号染色体上的基因渗入片段的SNP_2、SNP_5、SNP_7、SNP_9和SNP10中的至少1、2或3种标记物；和/或选自用于检测6号染色体上的基因渗入片段的SNP_12、SNP_13、SNP_18至SNP_26、SNP_28和SNP_30中的至少1、2或3种标记物；或
[0315] vi)用于检测2号染色体上的基因渗入片段的至少标记物SNP_06，以及任选的标记物SNP_05和/或SNP_07；和/或选自用于检测6号染色体上的基因渗入片段的SNP_13、SNP_18和SNP_28中的至少1、2或3种标记物。
[0316] 本发明还提供了产生包含赋予提高的果实产量的基因渗入片段的黄瓜F1杂种植物的方法，其包含：
[0317] a)提供第一近交黄瓜植物，其包含纯合形式的重组的2号和/或6号染色体，所述重组的2号和/或6号染色体具有包含赋予提高的产量的等位基因的基因渗入片段，其中所述基因渗入片段为在NCIMB 42262中或更小片段，
[0318] b)提供第二近交黄瓜植物，
[0319] c)使所述a)的黄瓜植物与所述b)的黄瓜植物杂交，
[0320] d)收集来自所述杂交的F1杂种种子。
[0321] 在另一方面，本发明提供了用于产生NCIMB 42262的子代的方法，所述方法包括：
[0322] a)从以登录号NCIMB 42262保藏的种子中生长出植物，
[0323] b)使所述植物自交一次或多次，或使所述植物与其他黄瓜植物杂交一次或多次以产生子代种子；
[0324] c)使用分子标记物测定法筛选所述子代种子、或从所述种子生长出的植物、或所述种子或植物的部分，所述分子标记物测定法检测选自以下的至少一种SNP标记物：
[0325] i)用于检测2号染色体上的基因渗入片段的SNP_01至SNP_11和/或
[0326] ii)用于检测6号染色体上的基因渗入片段的SNP_12至SNP_30；
[0327] d)鉴定和/或选择包含以下的子代植物：
[0328] iii)用于检测2号染色体上的基因渗入片段的SNP_01至SNP_11中的至少一种SNP标记物，和/或用于检测6号染色体上的基因渗入片段的SNP_12至SNP_30中的至少一种SNP标记物；或
[0329] iv)选自用于检测2号染色体上的基因渗入片段的SNP_1至SNP_11中的至少2、3或4种连续标记物；和/或选自用于检测6号染色体上的基因渗入片段的SNP_12至SNP_30中至少2、3或4种连续标记物；或
[0330] v)选自用于检测2号染色体上的基因渗入片段的SNP_2、SNP_5、SNP_7、SNP_9和SNP10中的至少1、2或3种标记物；和/或选自用于检测6号染色体上的基因渗入片段的SNP_12、SNP_13、SNP_18至SNP_26、SNP_28和SNP_30中至少1、2或3种标记物；或
[0331] vi)用于检测2号染色体上的基因渗入片段的至少标记物SNP_06，以及任选的标记物SNP_05和/或SNP_07；和/或选自用于检测6号染色体上的基因渗入片段的SNP_13、SNP_18和SNP_28中的至少1、2或3种标记物。
[0332] 通过上述方法产生的子代植物也是本发明的一个方面。
[0333] 本发明还提供含有或包含可从其中生长出本发明植物的容器和包装。这些可以被标记为含有产生提高的或高的果实产量的栽培黄瓜种子。
[0334] 本发明还提供了本发明的植物的子代种子和子代植物，其保留在2号和/或6号染色体上的基因渗入，或保留仍然赋予提高的产量的更小的基因渗入。子代可为通过一次或多次自交本发明的黄瓜植物和/或杂交本发明的黄瓜植物与另一黄瓜植物而获得的任意世代。因此，子代为由第一次杂交(F1)或自交(S1)而产生的世代(种子)，或为通过杂交和/或自交(F2、F3等)和/或将F1和/或S1和/或BC1世代中的一株或多株所选择的植物(或任何其他世代如F2的植物)与另一黄瓜植物(和/或与黄瓜野生近缘种)进行回交(BC1、BC2等)而产生的任何其他世代。优选地，选择保留包含来自野生黄瓜或来自黄瓜野生近缘种的基因渗入片段的重组的2号和/或6号染色体的子代。因此，子代也具有增加的产量表型，优选地具有与在最初杂交或自交中使用的植物相同的产量。包含所述QTL的基因渗入片段的存在(或保留)可在表型上确定和/或使用本文所述的分子标记物测定法确定。关于表型评估，当然需要考虑QTL的优势性质(dominance nature)。
[0335] 在另一方面，本发明提供了本发明的黄瓜植物的部分。部分包括例如细胞和细胞培养物、组织培养物、营养植物组织(叶、根等)、花、花粉、胚、果实、果实部分等。所述植物部分包括如所述的并且可使用所述的一种或多种标记物检测的，在2号和/或6号染色体上的基因渗入片段。而且，在由这类黄瓜部分(例如细胞、细胞或组织培养物)再生出完整植物时，则所述再生植物包含重组的2号和/或6号染色体，以及所述产量表型。
[0336] 因此，本发明还提供的是包含至少一条重的组2号和/或6号染色体的本发明植物或种子的植物细胞、组织或植物部分，其中所述重组的2号和/或6号染色体包含来自野生黄瓜或黄瓜野生近缘种的基因渗入片段，并且其中所述基因渗入片段包含赋予提高的果实产量的等位基因。
[0337] 本文也涵盖了包含所述重组的2号和/或6号染色体的细胞或组织的体外细胞培养物和体外组织培养物。优选地，所述细胞或组织可被再生成完整黄瓜植物，即所述细胞为可再生的细胞，所述组织包含可再生的细胞。因此，本文中的一个实施方案为本发明植物的营养繁殖。因此，本发明提供了包含如本文所述的重组的2号和/或6号染色体的营养繁殖的栽培黄瓜植物。在不同的方面，本文涵盖包含QTL2.1和/或QTL6.1的非繁殖细胞，同样也涵盖包含这类细胞的组织。
[0338] 在具体的方面，本发明提供了由本发明植物采收的黄瓜果实。可市售的黄瓜果实(尤其是用于新鲜销售(切片)的)，通常按照采收后的果实尺寸和品质特征来分级。参见例如1985年3月1日生效且1997年1月再版的美国农业部的美国黄瓜等级标准。在本文中，区分不同等级的黄瓜。因此，在一方面，本发明提供了美国观赏(Fancy)级、美国特1级(U.S.Extra No.1grade)、美国1级、美国小1级(U.S.No.1Small grade)、美国大1级(U.S.No.1Large grade)、美国2级的采收果实。本发明也提供了包含所采收的黄瓜果实或由其组成的容器或包装。通过存在的重组的2号和/或6号染色体(如可在一种或多种分子标记物测定法中确定)，也可区分所述果实的细胞与其他黄瓜果实的细胞。
[0339] 在另一方面，所述黄瓜为腌制型，并且提供采收且任选地经腌制的果实。
[0340] 本发明还提供包含本文所述的植物部分或由其组成的食品或饲料产品，优选本文所述的黄瓜果实或其部分和/或来自植物部分的提取物。所述食品或饲料产品可为新鲜的或经加工的，例如腌制、罐装、蒸、煮、油炸、漂白和/或冷冻的等。例如，本文也提供包含例如本文所述的植物部分如果实或果实部分(新鲜和/或经加工的)的容器(例如罐(can)、盒(box)、板条箱(crate)、袋(bag)、硬纸盒(carton)、气调包装(Modified Atmosphere Packaging)、膜(例如可生物降解的膜)等)。
[0341] 本发明的方法和用途
[0342] 在另一个实施方案中，本发明提供生产如本文所述的在2号和/或6号染色体上包含纯合或杂合形式的基因渗入片段(其赋予提高的产量)的新栽培黄瓜植物的方法。所述方法包括使作为雄性或作为雌性亲本的本发明的植物或其子代植物与第二黄瓜植物(或黄瓜野生近缘种)杂交一次或多次，和/或使本发明的黄瓜植物或其子代植物自交一次或多次，并且从所述杂交和/或自交中选择子代。
[0343] 因此，本发明提供用于将包含产量QTL的重组的2号和/或6号染色体从一种(栽培)黄瓜植物转移至另一种(栽培)黄瓜植物中的方法，特别是转移至其果实产量应当被增加的黄瓜品种或育种株系中。
[0344] 所述方法包含步骤：
[0345] a)提供包含具有纯合形式的基因渗入片段的重组的2号和/或6号染色体的第一栽培黄瓜植物，所述基因渗入片段包含赋予提高的果实产量的等位基因，
[0346] b)提供第二栽培黄瓜植物，特别是具有野生型(非重组的)2号和/或6号染色体的植物，
[0347] c)使所述a)的黄瓜植物与所述b)的黄瓜植物杂交，
[0348] d)收集来自所述杂交的F1杂种种子，以及
[0349] e)任选地使由所述F1杂种种子生长出的植物自交以产生F2种子或进一步的自交世代，并且任选地选择具有重组的2号和/或6号染色体的F2种子或进一步的自交世代种子，以及
[0350] f)任选地用从所述F1或F2或进一步的世代自交种子生长出的植物进行进一步育种，以产生具有良好农学特征且包含纯合或杂合形式的基因渗入片段中的一种或两种的黄瓜植物。
[0351] 通过本文所述的一种或多种分子标记物测定法和/或通过与b)的植物相比产量是否具有显著增加，来确定所述重组的2号和/或6号染色体的存在或不存在，或所述基因渗入片段的存在或不存在。步骤f)中的进一步育种可包括自交、杂交、双单倍体产生、回交及其组合(例如回交和自交)等。本文涵盖可通过上述方法获得的植物和种子。在一方面，步骤a)的植物可为从以NCIMB 42262保藏的种子生长出的植物，或其子代，或包含存在于以NCIMB 42262保藏的种子中的2号和/或6号染色体上的基因渗入片段，或该片段的更小片段的植物。
[0352] 本发明还提供了产生在2号和/或6号染色体上包含产量QTL的栽培黄瓜F1杂种植物的方法，所述方法包括：
[0353] a)提供第一近交黄瓜植物，其包含含有基因渗入片段的至少一条重组的2号染色体和/或至少一条重组的6号染色体，所述基因渗入片段包含选自QTL2.1或其变体和QTL6.1或其变体的产量QTL，
[0354] b)提供第二近交黄瓜植物，其包含含有基因渗入片段的至少一条重组的2号染色体和/或至少一条重组的6号染色体，所述基因渗入片段包含选自QTL2.1或其变体和QTL6.1或其变体的产量QTL，
[0355] c)使所述a)的黄瓜植物与所述b)的黄瓜植物杂交，
[0356] d)收集来自所述杂交的F1杂种种子。
[0357] 所述a)和b)的近交黄瓜植物可为2号和/或6号染色体上的基因渗入片段的纯合型和/或杂合型，并且它们可含有具有不同尺寸和/或不同起源(即来自不同野生黄瓜或黄瓜野生近缘种)的基因渗入片段。因此，例如a)中的基因渗入片段可与b)中的基因渗入片段相同或不同。在一方面，a)的近交黄瓜植物包含纯合形式的QTL2.1或其变体，和/或b)的近交黄瓜植物包含纯合形式的QTL2.1或其变体。在一方面，包含QTL2.1的基因渗入片段为存在于NCIMB 42262中的片段或其更小片段。在另一方面，a)的近交黄瓜植物包含纯合形式的QTL6.1或其变体，和/或b)的近交黄瓜植物包含纯合形式的QTL6.1或其变体。在一方面，包含QTL6.1的基因渗入片段为存在于NCIMB 42262中的片段或其更小片段。在另一方面，a)的近交黄瓜植物包含纯合形式的QTL2.1或其变体和QTL6.1或其变体，和/或b)的近交黄瓜植物包含纯合形式的QTL2.1或其变体和QTL6.1或其变体。在一方面，包含QTL2.1和QTL6.1的基因渗入片段为存在于NCIMB 42262中的片段或其更小片段。
[0358] 所述F1杂种种子优选地包含至少一条重组的2号和/或6号染色体，并且与遗传对照比较，从所述种子生长出的F1植物确实因此产生提高的果实产量。
[0359] 本文涵盖可通过上述方法获得的植物和种子。
[0360] 在不同的方面，本发明提供了用于产生在2号和/或6号染色体上包含基因渗入片段的栽培黄瓜植物的方法，其中所述基因渗入片段包含产量QTL，所述方法包括步骤：
[0361] a)提供第一栽培黄瓜植物，
[0362] b)提供第二野生黄瓜植物或黄瓜野生近缘种，其中所述植物包含QTL2.1(或其变体)和/或QTL6.1(或其变体)，这可通过存在如本文所述的一种或多种SNP标记物来确定，[0363] c)使所述a)的黄瓜植物与所述b)的黄瓜植物杂交，
[0364] d)收集来自所述杂交的F1种子，使F1植物与a)的黄瓜植物回交以产生回交(BC1)种群，或使所述F1植物自交一次或多次以产生F2或F3或更高世代自交种群，
[0365] e)任选地，使d)的植物与a)的黄瓜植物回交一次或多次以产生更高世代回交种群，以及
[0366] f)鉴定在2号和/或6号染色体上包含基因渗入片段的F2、F3或更高世代自交种群，或BC1或更高世代回交种群，所述基因渗入片段包含QTL2.1(或其变体)和/或QTL6.1(或其变体)。
[0367] 当在所述方法中提及回交种群时，所述回交种群也可自交，即BC1S1、BC1S2、BC2S1、BC2S2或其他。
[0368] 在步骤b)至f)的一步或多步中，通过实施如本文中别处所述的分子标记物测定法，可测试所述QTL(或包含QTL的基因渗入片段)的存在(并且可筛选植物)，例如通过确定所述植物是否包含一种或多种SNP标记物(例如SNP_01至SNP_11中的一种或多种和/或SNP_12至SNP_30中的一种或多种；和/或在SNP_01和SNP_11之间或在SNP_12和SNP_30之间的任意野生黄瓜或黄瓜野生近缘种的基因组特异性标记物)。
[0369] 使用该方法，人们可以产生和/或选择包含来自野生来源(例如野生黄瓜或黄瓜野生近缘种)的含有QTL2.1(或其变体)和/或QTL6.1(或其变体)的基因渗入片段的新栽培黄瓜植物。
[0370] 在一方面，用于产生在2号和/或6号染色体上包含基因渗入片段的栽培黄瓜植物的方法，其中所述基因渗入片段包含产量QTL，所述方法包括步骤：
[0371] a)提供第一栽培黄瓜植物，
[0372] b)提供包含本文所提供的一种或多种SNP标记物的第二野生黄瓜植物或黄瓜野生近缘种，
[0373] c)使所述a)的植物与所述b)的植物杂交，
[0374] d)收集来自所述杂交的F1种子，使F1植物与a)的黄瓜植物回交以产生回交(BC1)种群，或使所述F1植物自交一次或多次以产生F2或F3种群
[0375] e)任选地，使回交种群自交以产生例如BC1S1或BC1S2种群，
[0376] f)鉴定包含所述(一种或多种)SNP标记物和/或包含在所述SNP标记物之间的任意野生黄瓜或黄瓜野生近缘种的基因组特异性标记物的F2、F3、BC1、BC1S1或BC1S2植物。
[0377] 本发明还提供用于鉴定在2号和/或6号染色体上包含产量QTL的野生黄瓜植物或黄瓜野生近缘种的方法，所述方法包括：
[0378] a)提供野生黄瓜或黄瓜野生近缘种的一种种质或多种种质；
[0379] b)使用分子标记物测定法筛选所述种质，所述分子标记物测定法检测选自SNP_01至SNP_11和/或SNP_12至SNP_30中至少一种(或至少2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多种)SNP标记物；
[0380] c)鉴定和/或选择b)中的包含至少一种或多种以下标记物的种质，
[0381] a)SEQ ID NO:1中单核苷酸多态性标记物SNP_01的AG或GG基因型；和/或
[0382] b)SEQ ID NO:2中单核苷酸多态性标记物SNP_02的AG或GG基因型；和/或
[0383] c)SEQ ID NO:3中单核苷酸多态性标记物SNP_03的AG或GG基因型；和/或
[0384] d)SEQ ID NO:4中单核苷酸多态性标记物SNP_04的GT或GG基因型；和/或
[0385] e)SEQ ID NO:5中单核苷酸多态性标记物SNP_05的AC或CC基因型；和/或
[0386] f)SEQ ID NO:6中单核苷酸多态性标记物SNP_06的CT或TT基因型；和/或
[0387] g)SEQ ID NO:7中单核苷酸多态性标记物SNP_07的AG或GG基因型；和/或
[0388] h)SEQ ID NO:8中单核苷酸多态性标记物SNP_08的CT或TT基因型；和/或
[0389] i)SEQ ID NO:9中单核苷酸多态性标记物SNP_09的CT或CC基因型；和/或
[0390] j)SEQ ID NO:10中单核苷酸多态性标记物SNP_10的GT或GG基因型；和/或
[0391] k)SEQ ID NO:11中单核苷酸多态性标记物SNP_11的AG或AA基因型；和/或
[0392] l)标记物SNP_01至SNP_11之间的任意野生黄瓜基因组特异性的或黄瓜野生近缘种基因组特异性的标记物；和/或
[0393] d)鉴定和/或选择b)中的包含至少一种或多种以下标记物的种质，
[0394] a)SEQ ID NO:12中单核苷酸多态性标记物SNP_12的AG或AA基因型；和/或
[0395] b)SEQ ID NO:13中单核苷酸多态性标记物SNP_13的AG或AA基因型；和/或
[0396] c)SEQ ID NO:14中单核苷酸多态性标记物SNP_14的AG或GG基因型；和/或
[0397] d)SEQ ID NO:15中单核苷酸多态性标记物SNP_15的CT或TT基因型；和/或
[0398] e)SEQ ID NO:16中单核苷酸多态性标记物SNP_16的AG或AA基因型；和/或
[0399] f)SEQ ID NO:17中单核苷酸多态性标记物SNP_17的CT或TT基因型；和/或
[0400] g)SEQ ID NO:18中单核苷酸多态性标记物SNP_18的CT或CC基因型；和/或
[0401] h)SEQ ID NO:19中单核苷酸多态性标记物SNP_19的AC或AA基因型；和/或
[0402] i)SEQ ID NO:20中单核苷酸多态性标记物SNP_20的AC或AA基因型；和/或
[0403] j)SEQ ID NO:21中单核苷酸多态性标记物SNP_21的AG或GG基因型；和/或
[0404] k)SEQ ID NO:22中单核苷酸多态性标记物SNP_22的CT或CC基因型；和/或
[0405] l)SEQ ID NO:23中单核苷酸多态性标记物SNP_23的AG或AA基因型；和/或
[0406] m)SEQ ID NO:24中单核苷酸多态性标记物SNP_24的CT或CC基因型；和/或
[0407] n)SEQ ID NO:25中单核苷酸多态性标记物SNP_25的AG或GG基因型；和/或
[0408] o)SEQ ID NO:26中单核苷酸多态性标记物SNP_26的CT或CC基因型；和/或
[0409] p)SEQ ID NO:27中单核苷酸多态性标记物SNP_27的AG或AA基因型；和/或
[0410] q)SEQ ID NO:28中单核苷酸多态性标记物SNP_28的CT或CC基因型；和/或
[0411] r)SEQ ID NO:29中单核苷酸多态性标记物SNP_29的CT或CC基因型；和/或
[0412] s)SEQ ID NO:30中单核苷酸多态性标记物SNP_30的GT或TT基因型；和/或
[0413] t)标记物SNP_12至SNP_30之间的任意野生黄瓜基因组特异性的或黄瓜野生近缘种基因组特异性的标记物；和/或
[0414] 以及任选地，使来自所述野生种质的所述QTL渐渗进入栽培黄瓜中(例如通过回交)。
[0415] 在步骤b)、c)和d)中，也可使用本文中别处所述的其他分子标记物测试。因此，当采用这种方法时，人们可以筛选野生黄瓜种质或黄瓜野生近缘种中一种或多种标记物的存在，从而筛选QTL2.1和/或QTL6.1(或它们的变体)的存在，然后使QTL渐渗进入栽培黄瓜植物中。通过该方法获得的植物和种子也是本发明的一个实施方案。
[0416] 在另一方面，本发明提供了用于鉴定在2号和/或6号染色体上包含基因渗入片段的栽培黄瓜植物的方法，其中所述基因渗入片段包含产量QTL，所述方法包括：使用检测如本文中别处所述的至少一种指示QTL2.1和/或QTL6.1的SNP标记物的分子标记物测定法，来筛选栽培黄瓜植物、或栽培黄瓜植物的种群、或这类黄瓜植物的部分(例如果实、细胞、DNA)。
[0417] 在该方法中，可使用如本文中别处所述的任意分子标记物测试。因此，当使用该方法时，人们可以检测在栽培黄瓜植物或植物部分中，2号和/或6号染色体上的包含QTL2.1和/或QTL6.1的基因渗入片段的存在。
[0418] 在另一方面，本发明提供检测栽培黄瓜植物是否在2号和/或6号染色体上包含基因渗入片段的方法，其中所述基因渗入片段包含QTL2.1和/或QTL6.1，所述方法包括：
[0419] a)提供栽培黄瓜植物或植物部分，
[0420] b)使用分子标记物测定法筛选所述植物或所述植物部分(或获自所述植物或所述植物部分的DNA)，所述分子标记物测定法检测选自以下的至少一种(优选地至少2、3、4、5或更多种)SNP标记物：
[0421] i)SNP_01至SNP_11，和/或标记物SNP_01至SNP_11之间的任意野生黄瓜或黄瓜野生近缘种的基因组特异性标记物；和/或
[0422] ii)SNP_12至SNP_30，和/或标记物SNP_12至SNP_30之间的任意野生黄瓜或黄瓜野生近缘种的基因组特异性标记物。
[0423] 显然，分子标记物筛选包括获得植物材料和分析所述材料的基因组DNA中的标记物基因型。
[0424] 在该方法中，也可使用如本文中别处所述的其他分子标记物测试。
[0425] 本文也涵盖用于产生在2号和/或6号染色体上包含基因渗入片段的栽培黄瓜植物的方法，其中所述基因渗入片段分别含有QTL2.1和/或QTL6.1，所述方法包括：
[0426] a)提供缺少包含QTL2.1和QTL6.1的基因渗入片段的第一栽培黄瓜植物，
[0427] b)提供第二栽培黄瓜植物，其选自从以登录号NCIMB 42262保藏的种子生长出的植物或其子代，
[0428] c)使所述a)的黄瓜植物与所述b)的黄瓜植物杂交，
[0429] d)收集来自所述杂交的F1杂种种子，并且任选地，使所述F1植物自交一次或多次以产生F2或F3或进一步的自交种群，
[0430] e)任选地，使F1植物或F2或F3或进一步的自交植物与a)的植物回交，以产生回交种群，
[0431] f)任选地，使所述回交种群自交一次或多次，
[0432] g)鉴定F1、F2、F3、进一步的自交或回交植物，其包含一种或多种或全部的SNP标记物基因型，所述SNP标记物基因型指示在2号染色体上的基因渗入片段和/或指示在6号染色体上的基因渗入片段。
[0433] 在另一方面，本发明提供产生F1杂种植物的方法，所述方法包括：
[0434] a)提供第一近交黄瓜植物，其包含至少一条具有含QTL2.1和/或QTL6.1的基因渗入片段的重组的2号和/或6号染色体，所述基因渗入片段为存在于NCIMB 42262中发现的片段，或这种基因渗入片段的更小片段，
[0435] b)提供第二近交黄瓜植物，其具有或不具有重组的2号和/或6号染色体，
[0436] c)使所述a)的植物与所述b)的植物杂交，
[0437] d)收集来自所述杂交的F1杂种种子。
[0438] 在另一方面，本发明提供用于产生保留QTL2.1和/或QTL6.1的NCIMB 42262子代的方法，所述方法包括：
[0439] a)从以登录号NCIMB 42262保藏的种子中生长出植物；
[0440] b)使所述植物自交一次或多次，或使所述植物与另一栽培黄瓜植物杂交一次或多次以产生子代种子；
[0441] c)使用分子标记物测定法筛选所述子代种子或从所述种子生长出的植物或者所述种子或植物的部分，所述分子标记物测定法检测至少一种本文所述的SNP标记物；
[0442] d)鉴定和/或选择包含至少1、2、3或更多种SNP标记物的子代植物，所述SNP标记物指示包含QTL2.1和/或QTL6.1的基因渗入片段(如本文中别处所述)；以及
[0443] e)任选地，确认所述子代植物的提高的果实产量。
[0444] 在另一方面，优选地，当在相同条件下生长时，e)中的产量为至少与从NCIMB 42262中生长出的植物的产量相同的产量。
[0445] 人们也可以使用本文中所述的方法和标记物来减小包含QTL的基因渗入片段的尺寸，即产生或选择在2号和/或6号染色体上具有更小基因渗入片段但保留所述基因渗入片段的提高产量部分的重组体。
[0446] 在一方面，本发明涵了，包含来自野生黄瓜植物或黄瓜野生近缘种的基因渗入片段的重组的2号和/或6号染色体的用途，其用于培育具有提高的果实产量的黄瓜品种，所述基因渗入片段包含产量QTL。
[0447] 本发明也提供存在于以登录号NCIMB 42262保藏的种子或其子代中的2号和/或6号染色体的用途，其用于产生包含所述2号和/或6号染色体的基因渗入片段的栽培黄瓜植物。
[0448] 本发明也提供从以登录号NCIMB 42262保藏的种子中生长出的植物或其子代的用途，其用于产生具有提高的果实含量的栽培黄瓜植物，其中所述的提高果实产量是由从所述植物或子代的2号和/或6号染色体获得的基因渗入片段所赋予的。
[0449] 本发明的DNA和染色体
[0450] 在一方面，本文提供经修饰(重组)的栽培黄瓜的2号和/或6号染色体，其包含野生黄瓜或黄瓜近缘种的基因渗入片段，如本说明书通篇所述。在一方面，将所述重组染色体从其自然环境中分离。在另一方面，其存在于植物细胞中，尤其是黄瓜细胞细胞中，特别是在栽培黄瓜细胞中。本文也提供包含QTL的重组染色体的分离部分。
[0451] 在另一方面，本发明提供包含本发明的产量等位基因的重组核酸分子，特别是重组DNA分子。在一方面，所述产量等位基因可通过一种或多种本文所述的分子标记物测定法来检测。本发明也提供包含重组DNA的DNA载体。重组DNA分子或DNA载体均可为分离的核酸分子。所述包含产量等位基因的DNA可存在于微生物中，例如细菌(例如农杆菌属(Agrobacterium))。
[0452] 本文涵盖这种(分离或提取的)核酸分子和/或这种重组染色体或其部分用于产生包含产量等位基因的植物细胞和植物的用途。在一方面，其可用于产生转基因植物细胞和转基因植物，例如包含产量等位基因的黄瓜细胞、黄瓜植物和部分(例如果实)，并且所述植物包含提高的果实产量表型。
[0453] 因此，在其基因组中包含所述的重组的2号和/或6号染色体的转基因植物细胞(例如转基因黄瓜细胞)，和/或包含产量等位基因的重组核酸分子也是本发明的实施方案。在一方面，包含所述产量等位基因的DNA分子被稳定地整合至黄瓜基因组中。
[0454] 也可以克隆产量等位基因并且可以制备嵌合基因，例如将植物表达启动子可操作地连接到产量等位基因上。这种嵌合基因可被引入到植物细胞，并且所述植物细胞可被再生成完整植物以产生转基因植物。在一方面，所述转基因植物为黄瓜植物或甜瓜植物。
[0455] 因此，本文提供包含产量等位基因且具有增加的果实产量的转基因植物，特别是转基因栽培黄瓜或甜瓜植物。
[0456] 特别地，包含本发明的重组的2号和/或6号染色体的细胞或细胞培养物是一个实施方案，这与所述重组的2号和/或6号染色体是通过转基因方法还是通过育种方法引入无关。所述细胞为例如体外的，并且可被再生成包含本发明的重组的2号和/或6号染色体的植物。
[0457] 本文也公开了分子标记物序列(和包含该序列的分离核酸分子)，以及在任意所提及的分子标记物之间的分子标记物，其连锁到产量QTL2.1和/或QTL6.1，以及本文涵盖其在检测和/或产生包含所述QTL的黄瓜植物中的用途。
[0458] 种子保藏
[0459] 包含杂合形式的QTL2.1和QTL6.1的腌制型的杂种黄瓜(原变种)的种子的代表性样本(被称为CUXYLD)以及缺少这两种QTL的遗传对照的种子的代表性样本(被称为CUXGC)是由Nunhems B.V.根据布达佩斯条约按照Expert Solution(EPC 2000,Rule 32(1))于2014年7月2日保藏于NCIMB Ltd.(英国英格兰，阿伯丁郡AB219YA，巴克斯本，克莱伯斯通区，弗格森大厦)。种子被给予以下保藏号：NCIMB 42262(CUXYLD)和NCIMB 42261(CUXGC)。
[0460] 申请人要求，依据Rule 32(1)EPC或具有类似条款和规章的国家或条约的相关法规，所述生物材料及其衍生的任何材料的样本只向指定的专业人员提供，直至专利授权公告或者提交之日起20年(如果所述申请被驳回、撤回或视为撤回)。
[0461] 在本申请未决期间，由美国专利局主任确定的有资格的人员可请求并获得所述保藏物。受37C.F.R.§1.808(b)的制约，在专利授权时，保藏者针对所保藏材料的公众可获得性而提出的所有限制都会被永久取消。所述保藏物在最近一次请求之后会被维持30年或5年的时间，或被维持到专利的有效寿命期，以较长时间为准，在此期间如果所述保藏物一旦不能存活，都要将其替换。申请人不会放弃任何本专利申请或植物品种保护法(7USC 2321et seq.)所授予的任何权利。
[0462] 以下非限制性实施例描述了如何可以获得本发明的植物，其包含QTL2.1和/或QTL6.1。除非实施例中另有说明，根据在Sambrook et al.(1989)Molecular Cloning:A Laboratory Manual,Second Edition,Cold Spring Harbor Laboratory Press,以及Sambrook and Russell(2001)Molecular Cloning:A Laboratory Manual,Third Edition,Cold Spring Harbor Laboratory Press,NY；以及Volumes 1and 2 of Ausubel et al.(1994)Current Protocols in Molecular Biology,Current Protocols,USA中所记载的标准方案实施所有的重组DNA技术。用于植物分子工作的标准材料和方法记载于Plant Molecular Biology Labfax(1993)by R.D.D.Croy,jointly published by BIOS Scientific Publications Ltd(UK)and Blackwell Scientific Publications,UK中。标准育种方法记载于‘Principles of Plant breeding’,Second Edition,Robert W.Allard(ISBN0-471-02309-4)中。
[0463] 实施例
[0464] 实施例1-鉴定产量QTL
[0465] 种群发育
[0466] 将获自USA的野生黄瓜种质与专有的腌制型黄瓜育种株系HMO1125杂交。HMO1125是用于一次性机械采集的腌制型黄瓜计划的良种株系。
[0467] 已从HMO1125和野生种质的杂交中开发出QTL-发现种群。在种群开发期间，只保留雌性开花植物以利于产量测量。
[0468] 已在几个世代中使用SNP标记物以优化基因组覆盖度和纯合性。BC2S2种群用于构建遗传图谱。
[0469] 将245株BC2S2植物自交授粉以产生BC2S3。也将BC2S2植物与来自育种计划的良种株系杂交以产生测试杂种。将245株测试杂种用于产量试验中。
[0470] 产量实验
[0471] 产量实验的目的为测量一次性腌制黄瓜的产量。将245株测试杂种手工播种于泥炭盆(peat pot)中。每盆播种3粒种子，并且在每一次测试杂种中播种80盆。泥炭盆的播种在温室中进行。将泥炭盆在至少24℃的温度下保持48小时。在播种4天后，将所述泥炭盆种植于田地中。种植约3周后，保留每个泥炭盆中生长最好的两株植物。最终的种植密度为10株植物/m2。从每块地上采集110至120株植物的果实。记录每块地的植物的准确数量。以两种不同的方法对产量进行测量。对每块地上的果实总数量计数并且除以这块地的植物数量。这产生了以平均果实数量/植物(FrPP)表示的产量。第二种测量采用每块地的果实重量，并且除以植物数量以获得以克为单位的平均产量/植物(GrPP)。只测量直径大于1.5cm的果实。
[0472] 2010年，在荷兰进行了两次田间试验。其他的两次田间试验在俄勒冈州的普鲁克斯(美国)进行。在所有的4次试验中，以完全随机的设计种植这245株试验杂种。
[0473] 选择采收时刻以使具有1.5cm至5.0cm直径的果实的总数量最大化。在采收时，摘取每块地上的所有植物的全部果实，但仅对直径大于1.5cm的果实进行计数并且称重。将这4次试验的产量数据用于QTL分析。
[0474] 检测两种QTL。一种QTL在2号染色体上，被称为QTL2.1；一种QTL在6号染色体上，被称为QTL6.1。
[0475] 表1示出具有包含QTL2.1的基因渗入的测试杂种的表现对比缺少2号染色体上的基因渗入的测试杂种的表现。在所有测量中，包含QTL2.1基因渗入的植物中的产量增加。
[0476] 表2示出具有包含QTL6.1的基因渗入的测试杂种的表现对比不具有该基因渗入的测试杂种的表现。在所有测量中，包含QTL6.1基因渗入的植物中的产量增加。
[0477] 表1
[0478] 在2号染色体上包含基因渗入(QTL2.1)的测试杂种的果实产量对比在2号染色体上缺少所述基因渗入的测试杂种的果实产量。产量数据是基于荷兰(NL)的2次试验和美国(USA)的2次试验。所述产量表示为平均克数/植物(GrPP)和平均果实数(average fruit)/植物(FrPP)(如上所述)。
[0479] GrPP(NL) GrPP(USA)
不含有QTL2.1基因渗入的测试杂种 179 378
含有QTL2.1基因渗入的测试杂种 223 402
含有QTL2.1基因渗入的植物的产量增加 124％ 106％
FrPP(NL) FrPP(USA)
不含有QTL2.1基因渗入的测试杂种 3.0 3.5
含有QTL2.1基因渗入的测试杂种 3.3 3.6
含有QTL2.1基因渗入的植物的产量增加 113％ 103％
不含有QTL2.1基因渗入的测试杂种 179 378
含有QTL2.1基因渗入的测试杂种 223 402
含有QTL2.1基因渗入的植物的产量增加 124％ 106％
FrPP(NL) FrPP(USA)
不含有QTL2.1基因渗入的测试杂种 3.0 3.5
含有QTL2.1基因渗入的测试杂种 3.3 3.6
含有QTL2.1基因渗入的植物的产量增加 113％ 103％
[0480] 表2
[0481] 在6号染色体上含有基因渗入(QTL6.1)的测试杂种的产量对比在6号染色体上缺少所述基因渗入的测试杂种的产量。产量数据是基于荷兰(NL)的2次试验和美国(USA)的2次试验。所述产量表示为平均克数/植物(GrPP)和平均果实数/植物(FrPP)(如上所述)。
[0482] GrPP(NL) GrPP(USA)
不含有QTL6.1基因渗入的测试杂种 176 377
含有QTL6.1基因渗入的测试杂种 230 402
含有QTL6.1基因渗入的植物的产量增加 131％ 107％
FrPP(NL) FrPP(USA)
不含有QTL6.1基因渗入的测试杂种 2.9 3.5
含有QTL6.1基因渗入的测试杂种 3.3 3.6
含有QTL6.1基因渗入的植物的产量增加 110％ 103％
不含有QTL6.1基因渗入的测试杂种 176 377
含有QTL6.1基因渗入的测试杂种 230 402
含有QTL6.1基因渗入的植物的产量增加 131％ 107％
FrPP(NL) FrPP(USA)
不含有QTL6.1基因渗入的测试杂种 2.9 3.5
含有QTL6.1基因渗入的测试杂种 3.3 3.6
含有QTL6.1基因渗入的植物的产量增加 110％ 103％
[0483] 实施例2
[0484] 基于QTL检测试验的结果，选择一个具体的BC2S3株系，并且与另一个专有良种株系(VDS826)杂交，以产生新的测交——杂种CUXYLD。将CUXYLD的种子以编号NCIMB 42262保藏。CUXYLD在2号染色体上(包含QTL2.1)和6号染色体上(包含QTL6.1)具有杂合形式的来自野生供体的基因渗入。
[0485] 进行轮回亲本HMO1125和良种株系VDS826的直接杂交。将该杂交命名为CUXGC，并且将CUXGC的种子以编号NCIMB 42261保藏。CUXGC不具有野生供体的基因渗入，并且被用作与CUXYLD的对比(遗传对照)。
[0486] 利用CUXYLD和CUXGC进行的产量试验是在美国于2012年和2013年进行。在这两年中，进行了三次不同播种日期的3次试验。在总共6次试验中测量产量(2年×3次试验)。
[0487] 2012年和2013年的试验结果分别归纳于表3和表4中。在这两年中，与缺少QTL2.1和QTL6.1基因渗入的遗传对照相比，在2号染色体和6号染色体上具有基因渗入的测交具有显著更高的产量。
[0488] 表3
[0489] 在2012年，遗传对照CUXGC和CUXYLD的3次测试以及每次测试的2次重复的产量测量，产量表示为平均果实数/植物(FrPP)。
[0490]
[0491] 表4
[0492] 在2013年，遗传对照CUXGC和CUXYLD的3次测试以及每次测试的2次重复的产量测量结果，产量表示为平均果实数/植物(FrPP)。
[0493]
[0494] 实施例3
[0495] 鉴定跨越(spanning)所述野生基因渗入片段的单核苷酸多态性标记物(SNP)，并且确定其在物理黄瓜图谱上的位置。
[0496] 表5 QTL2.1基因渗入片段的SNP标记物
[0497]
[0498]
[0499]
[0500] 表6 TQL6.1基因渗入片段的SNP标记物
[0501]
[0502]
[0503]
[0504]
[0505]
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