1.表征和多维展示蛋白质折叠过程的新方法，其特征在于，对所有在折叠过程中以不同时间间隔通过化学修饰捕捉到的具有不同构象的蛋白质折叠中间体可以至少根据其各自拥有的4个特性，即其水合动力学分子大小、其形成时间点、其归属的折叠路径以及其形成的量的多少来进行鉴别和数字化描绘，被表征的蛋白质折叠过程可由4个阶段组成。该方法适用于对所有蛋白质折叠途径的特征描述，包括以下步骤：
1）基于对蛋白质一级结构、二级结构和有可能的多维结构特征以及蛋白质的生物和理化性质分析，制作相应的理论片段质量识别模板，确定进一步的操作方法和实施方式；
2）通过蛋白质变性、还原、必要时去除还原剂、色谱分离和波谱检测，制备完全变性去折叠具有最大水合动力学分子大小的蛋白质样品；
3）对折叠过程中和可能同时被氧化的蛋白质的动态修饰，其中，所有在不同时间间隔产生的折叠中间体被按序取出，根据它们被修饰氨基酸残基的特性，使用相应的侧链修饰试剂，不同程度的进行修饰，使之形成各自相对稳定的结构和各自独有的特性，即水合动力学分子大小、形成时间点、归属的折叠路径以及量化值；
4）分离和量化中间体并展示他们的水合动力学分子大小和必要时它们的量化值对应于它们形成时间的函数关系，其中，所有在折叠过程中被修饰的中间体可用电泳法或用与波谱检测偶合（首选使用动态光散射）的色谱法进行分离、量化、数字化储存、以备后用，同时多维展示它们水合动力学分子大小与形成时间的函数关系，形成蛋白质折叠过程的指纹图谱；
5）中间体的片段化，其中，为了鉴别区分中间体，对在不同时间间隔形成、被修饰、分离和其水合动力学分子大小已得以区分的折叠中间体进行酶解片段化，首选使用胰蛋白酶，必要时可用其它内切酶、外肽酶以及化学方法；
6）中间体片段的检测，其中，使用各类质谱对所有单个片段的分子量以及由二硫键和/或交联剂结合的中间体大片段的分子量，进行精确测量，数据储存入库并分类制成折叠中间体片段质量识别检测表；
7）中间体折叠路径归属性的确定，其中，通过对用质谱法整理的片段数量和质量与理论片段质量识别模板参照比较可以确定每个中间体发生修饰的类型、数量和位置作为各自的特征，并鉴于这些个性特征将中间体按照它们的共同之处划类归组，赋予其组分归属性，归属性相同的中间体给定一个特定的折叠路径，也即可由一个中间体的组归属性确定其折叠路径的归属，对此可进一步用蛋白质进化理论和蛋白质折叠动力学理论来补充和完善。
8）中间体的鉴定和分类，其中，每一个中间体都可以至少用它们被测定的水动力学尺寸大小、形成时间、数量、折叠路径来标记和区分鉴定。根据它们的特征的一致性，所有被鉴定的中间体可以被分为若干小组，并以此划归不同折叠途径。被归类于某个折叠途径的中间体还可以满足三个标准，即它们具有相同的修饰类型，它们的水合动力学分子大小逐渐减小，它们沿着折叠路径形成的时序明确；
9）折叠过程的表征，其中，通过在多维坐标系里并行标记所有被鉴定的在不同折叠路径上的中间体可以直接确定天然折叠的主导路径，最快和最慢折叠的路径，导致错误折叠的路径，所有折叠路径的折叠动力学，二硫键形成和/或交联形成的次序，折叠结节的形成，分子重排和折叠路径的分支、延伸、交叉、穿越和交汇以及与此相关的中间体等等，蛋白质的折叠过程由此得以表征；
10）蛋白质折叠过程的图形和可视化展示，其中，已表征的蛋白质折叠过程可以通过定义坐标借助计算机图形学的方法在多维坐标系中以多种形式包括动画可视化展示，还可通过重新组合和转换融合所定义的坐标扩展可视化展示的多样性。
2.根据权利要求1的方法，其特征在于，步骤3）至少使用一种下列的实施方式，-对含有二硫键蛋白质的动态修饰，
-对不含二硫键蛋白质的动态修饰
-对多结构域蛋白质的动态修饰
-对体外模拟共翻译和翻译后的动态修饰
-对体外模拟蛋白质折叠的动态修饰
-对蛋白质生物合成的体外动态修饰
和至少一种下列的操作方法，
-单项修饰，其中，选择性地只针对一种氨基酸的残基使用一种特异性侧链反应试剂在最佳反应条件下进行的修饰化学反应；
-多项修饰，其中，选择性地对一种或多于一种氨基酸的残基使用一种或多于一种侧链反应试剂在不同的反应条件下进行的修饰化学反应，反应可以单独进行也可分别进行后混合；
-分子内交联修饰，其中，选择性地使用双端功能侧链反应试剂在不同的反应条件下以不同的实施方式进行的双重修饰化学反应；
和至少满足一种下列的反应动力学，
-修饰反应速率的时间尺度范围从纳秒、微秒到毫秒，包括氢键的形成、二级结构单元的形成、肽链的疏水折拢；
-修饰反应速率的时间尺度范围从毫秒到分钟，涉及到快速折叠阶段和形成折叠路径早期中间体的阶段；
-修饰反应速率的时间尺度范围从毫秒到数分钟，适用于研究以秒至数小时或数日的速率折叠的蛋白质，大多涉及到缓慢折叠阶段，其间，继续产生归属不同折叠路径的中间体，出现相对稳定的溶球态紧密结构，所有中间体持续折叠，直到重新折叠到他的原始天然结构状态，并达到最低能量状态。
和至少使用一种下列化学试剂药品，
-蛋白质的变性剂，
-蛋白质二硫键的还原剂，
-蛋白质的氧化剂，包括与它们相配的组合物及变量组份，主要用以修饰含有二硫键的蛋白质，
-含有或不含有同位素标记的有效特异性侧链基团修饰试剂，
-含有荧光和电子自旋标记报告基团的修饰剂和其它标记修饰试剂，
-用以分子内标记的零长度直接交联剂、双端同源功能交联剂、双端异源功能交联剂、光敏标记修饰试剂，
-生物素标记试剂，
-试剂和/或酶用来蛋白质共翻译或翻译后的修饰，
-各类细胞提取物，
-折叠酶和/或者伴侣蛋白，
-折叠酶和/或伴侣蛋白的备选抑制剂，
-影响蛋白质折叠和降解的化学和生物性备选活性物质，
-影响蛋白质体外共翻译修饰的化学和生物性备选活性物质，
-影响蛋白质体外翻译后修饰的化学和生物性备选活性物质，
-影响蛋白质体外生物合成的化学和生物性备选活性物质，
-蛋白质折叠的辅助及稳定剂。
3.根据权利要求1的方法，其特征在于，步骤4）可以手工进行也可以根据本发明的构思和设计自动化和微型化进行，并采用至少一种下列操作形式，
-优先使用针对球形亲水蛋白质的聚丙烯凝胶电泳，使用至少一种下列的改进措施，-连接一个可以在电泳过程中控制电泳缓冲液浓度、组成、pH值的输送系统，它可以通过在缓冲液储缸的阴极端连接一个充满所需缓冲液并有渗透性元件的容器装置来实现，也可以通过在缓冲液的阴极端配装一个用细管与外面盛有所需缓冲液容器相连接的溶液分配器来实现。这可使所需的缓冲液根据需要的速度连续或不连续的且按需定量的输入电泳系统；
-通过在电泳过程中对缓冲溶液的输入调节来动态控制和优化折叠中间体的分离分辨率和清晰度。由此可行的对缓冲液的浓度、组成、pH值的动态调整和设定提高了蛋白质折叠中间体之间的电荷、极性以及离子流的差异。在这里提高的分离分辨力不再仅仅基于蛋白质分子本身的电荷分布和构型形式，还取决于那些由此新引入的辨别因子，即动态改变的折叠中间体的表面电荷和极性分布，以及它们与额外离子流不同的相互作用；
-应用脉冲驱动电泳技术，通过短时间提高电压、短时间改变缓冲液组份的极性和/或者浓度、短时间的调换电泳电极，结合使用高度疏水的反离子以便聚焦单条泳带和扩增含有折叠中间体泳带之间的距离；
-使用不同成分和性状的凝胶，比如：对于较大的蛋白，可以采用孔梯度凝胶来分离。
-电泳设备或者和一个有效的冷却恒温器相连，或者将其和由制冷元件和液体循环冷却槽构成的装置组装在一起，以便凝胶及时得以散热，减少折叠中间体由于热效应引起的在凝胶泳带之间的扩散
-和光谱分析仪器，如动态和静态散射仪，耦合连接的液相色谱、微型电泳层析柱、微型化的场流分离（FFF），用以分离区别它们的水合动力学分子大小。这些仪器适合于分离区分所有蛋白质中间体的水合动力学分子大小，特别是针对一些不适于电泳分离的蛋白质，包括强酸性、强碱性、疏水性的蛋白质，还有膜蛋白和非常大的蛋白质，其操作形式如下所列。
-单级柱液相色谱，即按照需求与波谱仪器耦合连接的用不同的分离介质填装的微型凝胶色谱柱或者微型场流分离器，用以直接确定每个分离组份里折叠中间体的水合动力学分子大小的顺序；
-多级柱液相色谱，即按照需求对与光谱测量方法联用的微型分离柱进行串联和/或并联的组合，微型分离柱包括凝胶色谱柱、羟磷灰石柱、疏水柱、离子交换柱、反相色谱柱、亲和色谱柱，还有微型场流分离器等，专用于分离一些水合动力学分子大小非常接近和折叠路径的归属尚未确定的折叠中间体；
-波谱学区分与量化，即对分离后分别置于系列小容器或微孔试验板内的折叠中间体的水合动力学分子大小进行波谱学鉴别，首选使用动态和静态光散射设备，也使用荧光、紫外/可见光、圆二色法、核磁共振、傅立叶变换红外、电子自旋共振等技术；
-折叠中间物的特异区分，即对单个分离样品中的折叠中间物，它们要么具有不同的水合动力学分子大小，要么具有近似的水合动力学分子大小但可能属于不同的折叠途径，可以使用本发明改进的动态和静态光散射装置，它们的区分能力可以通过以下至少一种方法得以提高：
-通过延长检测时间来提高分辨率，
-通过程控升温的熔点温度（Tm）区分，
-通过对样品用内置的真空蒸发或通风浓缩装置单元进行的浓度改变，
-通过使用微型自动滴定器或手动移加所需缓冲液组分来改变pH值及缓冲溶液体系，-通过测定并分析样品的固有黏度和界达电势，进一步对中间体进行结构性区分，-通过提供或去除能量，如以辐射、加热、冷却、超声波、微波、电场、磁场等的形式，来改变样品的生物流变学性质，
-通过使用一些特别开发的测评和排比软件来对折叠中间物进行进一步的区分-通过毛细管电泳与波谱仪特别是与动态和静态光散射仪的联用，分离和在线自动区分中间体水和动力学分子大小。
4.根据权利要求1至3，其特征是，蛋白折叠过程可通过确定所有或者关键中间体的三维分子结构引入折叠中间体的第五个特征参数在多维坐标系中进行各种多样的可视化展示。
5.根据权利要求1至4的方法应用，其特征是，用于研究、检测和评定蛋白质在折叠过程中其活性和功能针对其底物的变化，用以提高或优化这种蛋白质生物技术生产的产率。
6.根据权利要求1至4所述的应用，其特征是，用于蛋白质工程，即研究、检测和评定蛋白质的折叠过程及其活性和功能经受诸如分子设计、修饰、改造和融合后发生的变化。
7.根据权利要求1至4所述的应用，其特征是，用于动态表征和量化及比较和评估体外模拟生物合成和可能出现的共翻译和翻译后的修饰过程，用以优化如体外翻译后修饰蛋白质药物的生物技术生产条件和筛选对共翻译和翻译后修饰过程有辅助或抑制效果的化学和生物药剂，
8.根据权利要求1至4所述的应用，其特征是，用于结合蛋白质固定化和蛋白质芯片技术动态表征蛋白质在其体外模拟已知体内翻译后修饰时的折叠过程，用以发展其蛋白质药物生物技术生产的工艺方法。
9.根据权利要求1至4所述的应用，其特征是，用于寻找影响蛋白质折叠过程的生物或化学药剂，即表征、描述、评定备选生物和/或化学抑制剂和/或辅助物质对蛋白质折叠过程的影响。
10.根据权利要求1至4所述的应用，其特征是，用于研究折叠酶或分子伴侣对蛋白质折叠的影响，其中，这种影响通过对比在含有和不含有折叠酶或分子伴侣的反应条件下的表征结果给予定义。
11.根据权利要求1至4所述的应用，其特征是，寻找抑制折叠酶或分子伴侣的生物和化学活性物质以及影响蛋白质降解的药物，其中，以分别含有折叠酶和分子伴侣及蛋白质降解的蛋白质折叠过程表征为对照，通过平行的含有和不含有折叠酶、分子伴侣备选抑制剂及蛋白质降解影响剂的表征试验，比较、评估、确定备选抑制剂对折叠酶和分子伴侣的抑制药效以及备选药物对蛋白质降解的促进或阻断功能。
12.根据权利要求1至4所述的应用，其特征是，用于研究多肽或蛋白质在折叠过程中可控的自组装和聚合作用，开发和制作纳米蛋白质材料，其中，对蛋白质自组装和聚合作用的初始过程进行平行的在不同的生理和生化条件下及各种生物和化学影响因子作用下的表征和评价。
13.根据权利要求1至4所述的应用，其特征是，用于寻找治疗蛋白质分子结构异常病的药物分子伴侣，这些药物分子伴侣可以与折叠中的蛋白质分子特异性结合，结合后可以加快折叠过程稳定蛋白质分子结构，或者可以覆盖错误折叠蛋白质分子的疏水性区域增加蛋白质的溶解度从而阻止未折叠蛋白质分子的聚集，其中，作为备选药物分子伴侣的生物和/或化学性折叠辅助稳定剂的药效将通过对病源蛋白质进行的并行对比折叠表征来确定。
14.根据权利要求1至4所述的应用，其特征是，一方面可用于对正常朊病毒蛋白质C Sc
（PrionProtein cellular，PrP）转变到致病朊病毒蛋白质（Scrapie prion protein，PrP )的过程进行折叠表征，包括随后的聚合过程；另一方面可用于表征研究从致病朊病毒转变为正常朊病毒的逆过程，包括为阐明发病机理而对聚集物进行的降解过程表征，由此寻找新的治疗手段和可能的预防方法，其中，运用对其折叠过程有影响的生物和/或化学物质，通过调节实验条件例如温度、pH和离子强度等，对朊病毒蛋白质的的折叠过程进行并行表征对比实验。
15.根据权利要求1至4所述的应用，其特征是，用以研究、检测、解释蛋白质分子由于异构化、脱氨基作用和外消旋作用而导致的老化和由于自由基作用、氧化压力和环境的影响而引起的衰老的过程，开发针对蛋白质分子的生物及化学抗老抗衰药剂，其中，在标的蛋白质的折叠期间，通过光化学和热能催化加速其异构化、脱氨基和外消旋反应，或通过自由基反应及氧化压力和环境的影响引发其导致老化和衰变的修饰反应，并对这由此变化的折叠过程进行折叠表征，并将实验结果与没有这些特征化影响因子时的折叠过程进行对比。
16.根据权利要求1至4所述的应用，其特征是，用于蛋白质的分类（分类学范畴）和对蛋白质的进化在其分子折叠水平上的研究，其中，对折叠过程的表征结果作为每个蛋白质的个性指纹为蛋白质的功能和进化关系提供依据，并可作为辅助规范对现有的以结构、拓扑结构、同源性和进化关系为基础的分类方法进行补充。
17.根据权利要求1至4所述的应用，其特征是，用以动态表征蛋白质在折叠时与核苷酸、多糖和脂类形成复合物的过程和所伴随的活性和功能的变化情况，由此发现对复合物动态形成起作用的化学和生物物质，其中，对标的蛋白质和它的复合物的折叠过程先分别进行表征，然后在标的蛋白质折叠过程中按一定的时间间隔定时取样为形成复合体与复合成份混合并对其过程给予表征，最后，在不同的化学和生物因子条件下，分别在提供和不提供蛋白质核酸复合物底物情况下对复合物形成的动态过程重复进行表征、对比和评估。
18.根据权利要求1至4所述的应用，其特征是，用来对蛋白质错误折叠所导致的疾病的诊断和预测，其中，表征病源蛋白质折叠过程的变化作为一种诊断和预测某种蛋白质分子疾病的标准。
19.根据权利要求1至4所述的应用，其特征是，动态并行表征相同蛋白质或者不同蛋白质在它们折叠过程中相互之间发生聚集的过程，包括折叠中的蛋白质和已复性天然蛋白质之间的聚集，研究蛋白质聚集的机理，探索化学和生物学的聚集抑制剂，其中，比较和评估待测蛋白质折叠过程与加入其它蛋白质和/或化学生物抑制剂在不同分子环境中的折叠过程。
20.根据权利要求1至4所述的应用，其特征是，动态表征在折叠中不同蛋白质之间或者折叠中蛋白质与天然蛋白质之间发生的分子相互作用的过程，研究特殊蛋白质折叠过程中的构象行为和催化性能，发现具有治疗功能的靶蛋白，合理化药物设计，优化生物技术生产工艺，其中，表征、比较、评估蛋白质在优化分子环境条件下分别免受和经受其它蛋白质影响的折叠过程。
21.根据权利要求1至4所述的应用，其特征是，动态表征抗原抗体结合反应和抗原抗体复合体的分解过程，来优化和合理化抗体工程，其中，表征、比较、评估新设计的抗体和抗原各自的折叠过程和其在优化的分子生理生化环境下免受和/或经受其它化学和生物化学影响因子情况下同步折叠相互结合的过程，检验评价新设计抗体的选择性、特异性、亲和性、折叠效率、热稳定性、药理动力学和生物技术生产产率以及抗原的抗原性。
22.根据权利要求1至4所述的应用，其特征是，这种方法用于对体外蛋白质早期生物合成和可能的翻译中修饰的初生折叠过程进行表征，研究蛋白质生物合成早期的起始折叠过程，寻找对蛋白质初生折叠过程有影响的化学和/或生物物质，其中，在一个生物和物理化学因子优化的无细胞生物合成体系通过调节有或无同位素标记的必需氨基酸的供给进行体外模拟生物合成，收集分批合成的不同长度的被称为小型中间体的蛋白质片段，用色谱方法进行特异性分离，接着运用本发明方法对他们的折叠过程进行表征和对比。
23.实施根据权利要求1至4所述方法或5至22所述应用的装置，其特征是，用以手动或自动化实施本方法或其应用的各类手段和工具，即各类本发明专用蛋白质折叠表征实验盒、仪器设备和软件、和按本发明构思设计的自动化设备。
24.根据权利要求1至4所述的方法产物或5至22所述的应用产物，其特征在于，它们都是标的蛋白质的各类修饰中间体。
25.根据权利要求24所述的产物的应用，其特征如下，
-筛选、发现和发展作用于蛋白质折叠和蛋白质降解的新型化学和生化药物，-改善和优化标的药物的生物技术生产、复性和保存，
-蛋白质的高效修饰、设计更新、合理融和优化生产，提高他们的结构功能、活性和药代动力学特性。
26.根据权利要求1至4所述方法产物的应用或者权利要求5至22所述方法应用产物的应用，其产物是经过完全变性去折叠然后在复性折叠过程中被多样化修饰以各种类型中间体形式存在的蛋白质，其特征是，具有不同水合动力学分子大小和相对稳定的结构形状和至少各自拥有的4个独立特征，用以采用多种实施方式对蛋白质的折叠过程在各种分子环境和不同物化生化条件下进行表征，说明蛋白质折叠、错误折叠、聚集、相互作用和自发组装、聚合、老化、衰变、和其新生生物合成的机理，合理化和改善抗体工程和蛋白质工程的实施操作，提高蛋白质活性和功能，优化药物蛋白质的生物技术生产，发展纳米蛋白质材料，扩展蛋白质分类学，寻找发现对蛋白质折叠和降解有影响作用的新兴生物和化学药物以及蛋白质分子病的治疗方法。
27.实施根据权利要求1至4所述方法或5至22所述应用的多重折叠路径模型，其特征在于，基于实验的用4类折叠途径和5种功能区域总结的同样适用于多维能量景观系统的对蛋白质折叠过程表征新知识的图像表述，用以更好的设计、验证和优化本发明的实施步骤。
28.构建的数据库，包含根据权利要求1至4的方法的实施或者根据权利要求5至22的方法应用的实施，或者根据权利要求27的多重折叠路径模型的应用实施得到的对蛋白质折叠过程表征结果的说明。
29.根据权利要求28所述对所建数据库的应用，其特征在于，建立以各类蛋白质折叠表征结果的数据信息为基础的数据库和数据库服务中心。