DNA微阵列已用于测量来自患者的肿瘤样品中的基因表达且促进 诊断。基因表达可以揭示患者中癌症的存在，其类型、阶段和起源，以 及是否涉及基因突变。基因表达甚至可能在预测化学治疗的效力中具有 作用。在最近的几十年中，国家癌症研究所(National Cancer Institute) (NCI)已就在限制60种人癌症细胞系的生长中的效应测试化合物，包 括化学治疗剂。NCI也已使用DNA微阵列测量这60种癌症细胞系中的 基因表达。各种研究已使用NCI数据集探究基因表达和化合物效应之间 的关系。
在癌症的化学治疗期间，关键时间通常由于发现有效疗法的尝试和 错误方法法而丧失。此外，癌细胞经常发展针对先前有效疗法的抗性。 在此类情况下，患者结果将通过此类抗性的早期检测得到极大改善。
还需要用于预测癌症患者对医学治疗的敏感性或抗性的证明方法 和装置。
发明概述
本发明描述了用于预测患者例如癌症患者对治疗的敏感性或抗性 的方法和装置，所述治疗例如用化合物如化学治疗剂的治疗、或放射。 特别地，该方法和装置可以用于预测癌症患者对任何医学治疗的敏感性 或抗性，包括例如，用化合物、药物或放射的治疗。本发明的装置和方 法已用于精确预测癌症患者(例如，具有肺、淋巴瘤和脑癌的患者)中 的疗效，且可以用于预测诊断具有任何癌症的患者中的疗效。
还提供了利用常见化学治疗药物的特异性化学敏感性/化学抗性生 物标记的装置，所述药物如长春新碱、顺铂、阿扎鸟嘌呤、依托泊苷、 阿霉素、阿柔比星、米托蒽醌、丝裂霉素、紫杉醇、吉西他滨、泰索帝、 地塞米松、Ara-C、甲基强的松龙、氨甲蝶呤、博来霉素、甲基-GAG、 卡铂、5-FU(5-氟尿嘧啶)、利妥昔单抗、放射、组蛋白脱乙酰酶(HDAC) 抑制剂，和5-氮杂-2′-脱氧胞苷(地西他滨)。该方法和装置可以用于预 测诊断具有疾病状况的受试者(例如，癌症患者)对治疗的敏感性或抗 性，所述疾病状况例如癌症(例如，乳腺、前列腺、肺和支气管、结肠 和直肠、膀胱、皮肤、肾、胰腺、口腔和咽、卵巢、甲状腺、甲状旁腺、 胃、脑、食道、肝和肝内胆管、子宫颈、喉、心脏、睾丸、小肠和大肠、 肛门、肛管和肛门直肠、外阴、胆囊、胸膜、骨和关节、下咽部、眼和 眼眶、鼻、鼻腔和中耳、鼻咽、输尿管、腹膜、网膜和肠系膜、或胃肠 的癌症、以及任何形式的癌症，包括例如慢性髓细胞白血病、急性淋巴 细胞白血病、非何杰金淋巴瘤、黑素瘤、癌、基底细胞癌、恶性间皮瘤、 成神经细胞瘤、多发性骨髓瘤、白血病、成视网膜细胞瘤、急性髓细胞 白血病、慢性淋巴细胞白血病、何杰金淋巴瘤、类癌瘤、急性肿瘤或软 组织肉瘤)，所述治疗例如用化合物或药物如化学治疗剂的治疗、或放 射。
在第一个方面，本发明描述了通过测定患者细胞(例如，癌细胞) 中至少一种基因的表达水平来预测癌症患者对癌症治疗的敏感性的方 法，其中所述基因选自ACTB、ACTN4、ADA、ADAM9、ADAMTS1、 ADD1、AF1Q、AIF1、AKAP1、AKAP13、AKR1C1、AKT1、ALDH2、 ALDOC、ALG5、ALMS1、ALOX15B、AMIGO2、AMPD2、AMPD3、 ANAPC5、ANP32A、ANP32B、ANXA1、AP1G2、APOBEC3B、APRT、 ARHE、ARHGAP15、ARHGAP25、ARHGDIB、ARHGEF6、ARL7、ASAH1、 ASPH、ATF3、ATIC、ATP2A2、ATP2A3、ATP5D、ATP5G2、ATP6V1B2、 BC008967、BCAT1、BCHE、BCL11B、BDNF、BHLHB2、BIN2、BLMH、 BMI1、BNIP3、BRDT、BRRN1、BTN3A3、C11orf2、C14orf139、C15orf25、 C18orf10、C1orf24、C1orf29、C1orf38、C1QR1、C22orf18、C6orf32、 CACNA1G、CACNB3、CALM1、CALML4、CALU、CAP350、CASP2、 CASP6、CASP7、CAST、CBLB、CCNA2、CCNB1IP1、CCND3、CCR7、 CCR9、CD1A、CD1C、CD1D、CD1E、CD2、CD28、CD3D、CD3E、 CD3G、CD3Z、CD44、CD47、CD59、CD6、CD63、CD8A、CD8B1、 CD99、CDC10、CDC14B、CDH11、CDH2、CDKL5、CDKN2A、CDW52、 CECR1、CENPB、CENTB1、CENTG2、CEP1、CG018、CHRNA3、CHS1、 CIAPIN1、CKAP4、CKIP-1、CNP、COL4A1、COL5A2、COL6A1、CORO1C、 CRABP1、CRK、CRY1、CSDA、CTBP1、CTSC、CTSL、CUGBP2、 CUTC、CXCL1、CXCR4、CXorf9、CYFIP2、CYLD、CYR61、DATF1、 DAZAP1、DBN1、DBT、DCTN1、DDX18、DDX5、DGKA、DIAPH1、 DKC1、DKFZP434J154、DKFZP564C186、DKFZP564G2022、 DKFZp564J157、DKFZP564K0822、DNAJC10、DNAJC7、DNAPTP6、 DOCK10、DOCK2、DPAGT1、DPEP2、DPYSL3、DSIPI、DUSP1、 DXS9879E、EEF1B2、EFNB2、EHD2、EIF5A、ELK3、ENO2、EPAS1、 EPB41L4B、ERCC2、ERG、ERP70、EVER1、EVI2A、EVL、EXT1、 EZH2、F2R、FABP5、FAD104、FAM46A、FAU、FCGR2A、FCGR2C、 FER1L3、FHL1、FHOD1、FKBP1A、FKBP9、FLJ10350、FLJ10539、 FLJ10774、FLJ12270、FLJ13373、FLJ20859、FLJ21159、FLJ22457、 FLJ35036、FLJ46603、FLNC、FLOT1、FMNL1、FNBP1、FOLH1、FOXF2、 FSCN1、FTL、FYB、FYN、G0S2、G6PD、GALIG、GALNT6、GATA2、 GATA3、GFPT1、GIMAP5、GIT2、GJA1、GLRB、GLTSCR2、GLUL、 GMDS、GNAQ、GNB2、GNB5、GOT2、GPR65、GPRASP1、GPSM3、 GRP58、GSTM2、GTF3A、GTSE1、GZMA、GZMB、H1F0、H1FX、 H2AFX、H3F3A、HA-1、HEXB、HIC、HIST1H4C、HK1、HLA-A、HLA-B、 HLA-DRA、HMGA1、HMGN2、HMMR、HNRPA1、HNRPD、HNRPM、 HOXA9、HRMT1L1、HSA9761、HSPA5、HSU79274、HTATSF1、ICAM1、 ICAM2、IER3、IFI16、IFI44、IFITM2、IFITM3、IFRG28、IGFBP2、IGSF4、 IL13RA2、IL21R、IL2RG、IL4R、IL6、IL6R、IL6ST、IL8、IMPDH2、 INPP5D、INSIG1、IQGAP1、IQGAP2、IRS2、ITGA5、ITM2A、JARID2、 JUNB、K-ALPHA-1、KHDRBS1、KIAA0355、KIAA0802、KIAA0877、 KIAA0922、KIAA1078、KIAA1128、KIAA1393、KIFC1、LAIR1、LAMB1、 LAMB3、LAT、LBR、LCK、LCP1、LCP2、LEF1、LEPRE1、LGALS1、 LGALS9、LHFPL2、LNK、LOC54103、LOC55831、LOC81558、LOC94105、 LONP、LOX、LOXL2、LPHN2、LPXN、LRMP、LRP12、LRRC5、LRRN3、 LST1、LTB、LUM、LY9、LY96、MAGEB2、MAL、MAP1B、MAP1LC3B、 MAP4K1、MAPK1、MARCKS、MAZ、MCAM、MCL1、MCM5、MCM7、 MDH2、MDN1、MEF2C、MFNG、MGC17330、MGC21654、MGC2744、 MGC4083、MGC8721、MGC8902、MGLL、MLPH、MPHOSPH6、MPP1、 MPZL1、MRP63、MRPS2、MT1E、MT1K、MUF1、MVP、MYB、MYL9、 MYO1B、NAP1L1、NAP1L2、NARF、NASP、NCOR2、NDN、NDUFAB1、 NDUFS6、NFKBIA、NID2、NIPA2、NME4、NME7、NNMT、NOL5A、 NOL8、NOMO2、NOTCH1、NPC1、NQO1、NR1D2、NUDC、NUP210、 NUP88、NVL、NXF1、OBFC1、OCRL、OGT、OXA1L、P2RX5、P4HA1、 PACAP、PAF53、PAFAH1B3、PALM2-AKAP2、PAX6、PCBP2、PCCB、 PFDN5、PFN1、PFN2、PGAM1、PHEMX、PHLDA1、PIM2、PITPNC1、 PLAC8、PLAGL1、PLAUR、PLCB1、PLEK2、PLEKHC1、PLOD2、PLSCR1、 PNAS-4、PNMA2、POLR2F、PPAP2B、PRF1、PRG1、PRIM1、PRKCH、 PRKCQ、PRKD2、PRNP、PRP19、PRPF8、PRSS23、PSCDBP、PSMB9、 PSMC3、PSME2、PTGER4、PTGES2、PTOV1、PTP4A3、PTPN7、PTPNS1、 PTRF、PURA、PWP1、PYGL、QKI、RAB3GAP、RAB7L1、RAB9P40、 RAC2、RAFTLIN、RAG2、RAP1B、RASGRP2、RBPMS、RCN1、RFC3、 RFC5、RGC32、RGS3、RHOH、RIMS3、RIOK3、RIPK2、RIS1、RNASE6、 RNF144、RPL10、RPL10A、RPL12、RPL13A、RPL17、RPL18、RPL36A、 RPLP0、RPLP2、RPS15、RPS19、RPS2、RPS4X、RPS4Y1、RRAS、 RRAS2、RRBP1、RRM2、RUNX1、RUNX3、S100A4、SART3、SATB1、 SCAP1、SCARB1、SCN3A、SEC31L2、SEC61G、SELL、SELPLG、 SEMA4G、SEPT10、SEPT6、SERPINA1、SERPINB1、SERPINB6、SFRS5、 SFRS6、SFRS7、SH2D1A、SH3GL3、SH3TC1、SHD1、SHMT2、SIAT1、 SKB1、SKP2、SLA、SLC1A4、SLC20A1、SLC25A15、SLC25A5、SLC39A14、 SLC39A6、SLC43A3、SLC4A2、SLC7A11、SLC7A6、SMAD3、SMOX、 SNRPA、SNRPB、SOD2、SOX4、SP140、SPANXC、SPI1、SRF、SRM、 SSA2、SSBP2、SSRP1、SSSCA1、STAG3、STAT1、STAT4、STAT5A、 STC1、STC2、STOML2、T3JAM、TACC1、TACC3、TAF5、TAL1、 TAP1、TARP、TBCA、TCF12、TCF4、TFDP2、TFPI、TIMM17A、TIMP1、 TJP1、TK2、TM4SF1、TM4SF2、TM4SF8、TM6SF1、TMEM2、TMEM22、 TMSB10、TMSNB、TNFAIP3、TNFAIP8、TNFRSF10B、TNFRSF1A、 TNFRSF7、TNIK、TNPO1、TOB1、TOMM20、TOX、TPK1、TPM2、 TRA@、TRA1、TRAM2、TRB@、TRD@、TRIM、TRIM14、TRIM22、 TRIM28、TRIP13、TRPV2、TUBGCP3、TUSC3、TXN、TXNDC5、 UBASH3A、UBE2A、UBE2L6、UBE2S、UCHL1、UCK2、UCP2、UFD1L、 UGDH、ULK2、UMPS、UNG、USP34、USP4、VASP、VAV1、VLDLR、 VWF、WASPIP、WBSCR20A、WBSCR20C、WHSC1、WNT5A、ZAP70、 ZFP36L1、ZNF32、ZNF335、ZNF593、ZNFN1A1和ZYX；其中所述基 因的表达水平的变化表明所述患者对治疗敏感或有抗性。在一个实施方 案中，该方法包括测定所列出的基因中的2种基因的表达，更优选地所 列出的基因中的3种、4种、5种、6种、7种、8种、9种或10种，和 最优选地所列出的基因中的20种、30种、40种、50种、60种、70种、 80种、90种或100种或更多种基因的表达。在另一个实施方案中，基 因表达水平的变化(例如，增加或减少)相对于已知对治疗敏感的细胞 或组织中的基因表达水平进行测定，从而使得由患者的细胞或组织显示 出的相似基因表达水平表明患者对治疗敏感。在另一个实施方案中，基 因表达水平的变化(例如，增加或减少)相对于已知对治疗有抗性的细 胞或组织中的基因表达水平进行测定，从而使得由患者的细胞或组织显 示出的相似基因表达水平表明患者对治疗有抗性。
在另一个实施方案中，至少一种基因选自RPS4X、S100A4、 NDUFS6、C14orf139、SLC25A5、RPL10、RPL12、EIF5A、RPL36A、 BLMH、CTBP1、TBCA、MDH2和DXS9879E，从而使得这些基因中的 一种或多种基因的表达水平的增加表明患者对采用长春新碱的治疗敏 感。可替代地，该方法进一步包括测量选自UBB、B2M、MAN1A1和 SUI1的至少一种基因的表达水平，从而使得这些基因中的一种或多种基 因的表达水平的增加表明患者对采用长春新碱的治疗敏感。
在另一个实施方案中，至少一种基因选自C1QR1、SLA、PTPN7、 ZNFN1A1、CENTB1、IFI16、ARHGEF6、SEC31L2、CD3Z、GZMB、 CD3D、MAP4K1、GPR65、PRF1、ARHGAP15、TM6SF1和TCF4，从 而使得这些基因中的一种或多种基因的表达水平的增加表明患者对用 顺铂的治疗敏感。可替代地，该方法进一步包括测量选自HCLS1、CD53、 PTPRCAP和PTPRC的至少一种基因的表达水平，从而使得这些基因中 的一种或多种基因的表达水平的增加表明患者对采用顺铂的治疗敏感。
在另一个实施方案中，至少一种基因选自SRM、SCARB1、SIAT1、 CUGBP2、ICAM1、WASPIP、ITM2A、PALM2-AKAP2、PTPNS1、MPP1、 LNK、FCGR2A、RUNX3、EVI2A、BTN3A3、LCP2、BCHE、LY96、 LCP1、IFI16、MCAM、MEF2C、SLC1A4、FYN、C1orf38、CHS1、FCGR2C、 TNIK、AMPD2、SEPT6、RAFTLIN、SLC43A3、RAC2、LPXN、CKIP-1、 FLJ10539、FLJ35036、DOCK10、TRPV2、IFRG28、LEF1和ADAMTS1， 从而使得这些基因中的一种或多种基因的表达水平的增加表明患者对 采用阿扎鸟嘌呤的治疗敏感。可替代地，该方法进一步包括测量选自 MSN、SPARC、VIM、GAS7、ANPEP、EMP3、BTN3A2、FN1和CAPN3 的至少一种基因的表达水平，其中所述基因表达的增加表明所述患者对 所述治疗敏感，并且其中所述治疗是采用阿扎鸟嘌呤的治疗。
在另一个实施方案中，至少一种基因选自CD99、INSIG1、PRG1、 MUF1、SLA、SSBP2、GNB5、MFNG、PSMB9、EVI2A、PTPN7、PTGER4、 CXorf9、ZNFN1A1、CENTB1、NAP1L1、HLA-DRA、IFI16、ARHGEF6、 PSCDBP、SELPLG、LAT、SEC31L2、CD3Z、SH2D1A、GZMB、SCN3A、 RAFTLIN、DOCK2、CD3D、RAC2、ZAP70、GPR65、PRF1、ARHGAP15、 NOTCH1和UBASH3A，从而使得这些基因中的一种或多种基因的表达 水平的增加表明患者对采用依托泊苷的治疗敏感。可替代地，该方法进 一步包括测量选自LAPTM5、HCLS1、CD53、GMFG、PTPRCAP、PTPRC、 CORO1A和ITK的至少一种基因的表达水平，从而使得这些基因中的一 种或多种基因的表达水平的增加表明患者对采用依托泊苷的治疗敏感。
在另一个实施方案中，至少一种基因选自CD99、ALDOC、SLA、 SSBP2、IL2RG、CXorf9、RHOH、ZNFN1A1、CENTB1、CD1C、MAP4K1、 CD3G、CCR9、CXCR4、ARHGEF6、SELPLG、LAT、SEC31L2、CD3Z、 SH2D1A、CD1A、LAIR1、TRB@、CD3D、WBSCR20C、ZAP70、IFI44、 GPR65、AIF1、ARHGAP15、NARF和PACAP，从而使得这些基因中的 一种或多种基因的表达水平的增加表明患者对采用阿霉素的治疗敏感。 可替代地，该方法进一步包括测量选自LAPTM5、HCLS1、CD53、GMFG、 PTPRCAP、TCF7、CD1B、PTPRC、CORO1A、HEM1和ITK的至少一 种基因的表达水平，从而使得这些基因中的一种或多种基因的表达水平 的增加表明患者对采用阿霉素的治疗敏感。
在另一个实施方案中，至少一种基因选自RPL12、RPLP2、MYB、 ZNFN1A1、SCAP1、STAT4、SP140、AMPD3、TNFAIP8、DDX18、TAF5、 RPS2、DOCK2、GPR65、HOXA9、FLJ12270和HNRPD，从而使得这 些基因中的一种或多种基因的表达水平的增加表明患者对采用阿柔比 星的治疗敏感。可替代地，该方法进一步包括测量选自RPL32、FBL和 PTPRC的至少一种基因的表达水平，从而使得这些基因中的一种或多种 基因的表达水平的增加表明患者对采用阿柔比星的治疗敏感。
在另一个实施方案中，至少一种基因选自PGAM1、DPYSL3、 INSIG1、GJA1、BNIP3、PRG1、G6PD、PLOD2、LOXL2、SSBP2、C1orf29、 TOX、STC1、TNFRSF1A、NCOR2、NAP1L1、LOC94105、ARHGEF6、 GATA3、TFPI、LAT、CD3Z、AF1Q、MAP1B、TRIM22、CD3D、BCAT1、 IFI44、CUTC、NAP1L2、NME7、FLJ21159和COL5A2，从而使得这些 基因中的一种或多种基因的表达水平的增加表明患者对采用米托蒽醌 的治疗敏感。可替代地，该方法进一步包括测量选自BASP1、COL6A2、 PTPRC、PRKCA、CCL2和RAB31的至少一种基因的表达水平，从而 使得这些基因中的一种或多种基因的表达水平的增加表明患者对采用 米托蒽醌的治疗敏感。
在另一个实施方案中，至少一种基因选自STC1、GPR65、DOCK10、 COL5A2、FAM46A和LOC54103，从而使得这些基因中的一种或多种基 因的表达水平的增加表明患者对采用丝裂霉素的治疗敏感。
在另一个实施方案中，至少一种基因选自RPL10、RPS4X、NUDC、 DKC1、DKFZP564C186、PRP19、RAB9P40、HSA9761、GMDS、CEP1、 IL13RA2、MAGEB2、HMGN2、ALMS1、GPR65、FLJ10774、NOL8、 DAZAP1、SLC25A15、PAF53、DXS9879E、PITPNC1、SPANXC和 KIAA1393，从而使得这些基因中的一种或多种基因的表达水平的增加 表明患者对采用紫杉醇的治疗敏感。可替代地，该方法进一步包括测量 RALY的表达水平，从而使得这些基因中的一种或多种基因的表达水平 的增加表明患者对采用紫杉醇的治疗敏感。
在另一个实施方案中，至少一种基因选自PFN1、PGAM1、 K-ALPHA-1、CSDA、UCHL1、PWP1、PALM2-AKAP2、TNFRSF1A、 ATP5G2、AF1Q、NME4和FHOD1，从而使得这些基因中的一种或多种 基因的表达水平的增加表明患者对采用吉西他滨的治疗敏感。
在另一个实施方案中，至少一种基因选自ANP32B、GTF3A、RRM2、 TRIM14、SKP2、TRIP13、RFC3、CASP7、TXN、MCM5、PTGES2、 OBFC1、EPB41L4B和CALML4，从而使得这些基因中的一种或多种基 因的表达水平的增加表明患者对采用泰索帝的治疗敏感。
在另一个实施方案中，至少一种基因选自IFITM2、UBE2L6、USP4、 ITM2A、IL2RG、GPRASP1、PTPN7、CXorf9、RHOH、GIT2、ZNFN1A1、 CEP1、TNFRSF7、MAP4K1、CCR7、CD3G、ATP2A3、UCP2、GATA3、 CDKN2A、TARP、LAIR1、SH2D1A、SEPT6、HA-1、ERCC2、CD3D、 LST1、AIF1、ADA、DATF1、ARHGAP15、PLAC8、CECR1、LOC81558 和EHD2，从而使得这些基因中的一种或多种基因的表达水平的增加表 明患者对采用地塞米松的治疗敏感。可替代地，该方法进一步包括测量 选自LAPTM5、ITGB2、ANPEP、CD53、CD37、ADORA2A、GNA15、 PTPRC、CORO1A、HEM1、FLII和CREB3L1的至少一种基因的表达水 平，从而使得这些基因中的一种或多种基因的表达水平的增加表明患者 对采用地塞米松的治疗敏感。
在另一个实施方案中，至少一种基因选自ITM2A、RHOH、PRIM1、 CENTB1、NAP1L1、ATP5G2、GATA3、PRKCQ、SH2D1A、SEPT6、 NME4、CD3D、CD1E、ADA和FHOD1，从而使得这些基因中的一种 或多种基因的表达水平的增加表明患者对采用Ara-C的治疗敏感。可替 代地，该方法进一步包括测量选自GNA15、PTPRC和RPL13的至少一 种基因的表达水平，从而使得这些基因中的一种或多种基因的表达水平 的增加表明患者对采用Ara-C的治疗敏感。
在另一个实施方案中，至少一种基因选自CD99、ARHGDIB、VWF、 ITM2A、LGALS9、INPP5D、SATB1、TFDP2、SLA、IL2RG、MFNG、 SELL、CDW52、LRMP、ICAM2、RIMS3、PTPN7、ARHGAP25、LCK、 CXorf9、RHOH、GIT2、ZNFN1A1、CENTB1、LCP2、SPI1、GZMA、 CEP1、CD8A、SCAP1、CD2、CD1C、TNFRSF7、VAV1、MAP4K1、 CCR7、C6orf32、ALOX15B、BRDT、CD3G、LTB、ATP2A3、NVL、 RASGRP2、LCP1、CXCR4、PRKD2、GATA3、TRA@、KIAA0922、 TARP、SEC31L2、PRKCQ、SH2D1A、CHRNA3、CD1A、LST1、LAIR1、 CACNA1G、TRB@、SEPT6、HA-1、DOCK2、CD3D、TRD@、T3JAM、 FNBP1、CD6、AIF1、FOLH1、CD1E、LY9、ADA、CDKL5、TRIM、 EVL、DATF1、RGC32、PRKCH、ARHGAP15、NOTCH1、BIN2、SEMA4G、 DPEP2、CECR1、BCL11B、STAG3、GALNT6、UBASH3A、PHEMX、 FLJ13373、LEF1、IL21R、MGC17330、AKAP13、ZNF335和GIMAP5， 从而使得这些基因中的一种或多种基因的表达水平的增加表明患者对 采用甲基强的松龙的治疗敏感。可替代地，该方法进一步包括测量选自 SRRM1、LAPTM5、ITGB2、CD53、CD37、GMFG、PTPRCAP、GNA15、 BLM、PTPRC、CORO1A、PRKCB1、HEM1和UGT2B17的至少一种基 因的表达水平，从而使得这些基因中的一种或多种基因的表达水平的增 加表明患者对采用甲基强的松龙的治疗敏感。
在另一个实施方案中，至少一种基因选自PRPF8、RPL18、GOT2、 RPL13A、RPS15、RPLP2、CSDA、KHDRBS1、SNRPA、IMPDH2、RPS19、 NUP88、ATP5D、PCBP2、ZNF593、HSU79274、PRIM1、PFDN5、OXA1L、 H3F3A、ATIC、CIAPIN1、RPS2、PCCB、SHMT2、RPLP0、HNRPA1、 STOML2、SKB1、GLTSCR2、CCNB1IP1、MRPS2、FLJ20859和FLJ12270， 从而使得这些基因中的一种或多种基因的表达水平的增加表明患者对 采用氨甲蝶呤的治疗敏感。可替代地，该方法进一步包括测量选自 RNPS1、RPL32、EEF1G、PTMA、RPL13、FBL、RBMX和RPS9的至 少一种基因的表达水平，从而使得这些基因中的一种或多种基因的表达 水平的增加表明患者对采用氨甲蝶呤的治疗敏感。
在另一个实施方案中，至少一种基因选自PFN1、HK1、MCL1、ZYX、 RAP1B、GNB2、EPAS1、PGAM1、CKAP4、DUSP1、MYL9、K-ALPHA-1、 LGALS1、CSDA、IFITM2、ITGA5、DPYSL3、JUNB、NFKBIA、LAMB1、 FHL1、INSIG1、TIMP1、GJA1、PSME2、PRG1、EXT1、DKFZP434J154、 MVP、VASP、ARL7、NNMT、TAP1、PLOD2、ATF3、PALM2-AKAP2、 IL8、LOXL2、IL4R、DGKA、STC2、SEC61G、RGS3、F2R、TPM2、 PSMB9、LOX、STC1、PTGER4、IL6、SMAD3、WNT5A、BDNF、 TNFRSF1A、FLNC、DKFZP564K0822、FLOT1、PTRF、HLA-B、MGC4083、 TNFRSF10B、PLAGL1、PNMA2、TFPI、LAT、GZMB、CYR61、PLAUR、 FSCN1、ERP70、AF1Q、HIC、COL6A1、IFITM3、MAP1B、FLJ46603、 RAFTLIN、RRAS、FTL、KIAA0877、MT1E、CDC10、DOCK2、TRIM22、 RIS1、BCAT1、PRF1、DBN1、MT1K、TMSB10、FLJ10350、C1orf24、 NME7、TMEM22、TPK1、COL5A2、ELK3、CYLD、ADAMTS1、EHD2 和ACTB，从而使得这些基因中的一种或多种基因的表达水平的增加表 明患者对采用博来霉素的治疗敏感。可替代地，该方法进一步包括测量 选自MSN、ACTR2、AKR1B1、VIM、ITGA3、OPTN、M6PRBP1、COL1A1、 BASP1、ANPEP、TGFB1、NFIL3、NK4、CSPG2、PLAU、COL6A2、 UBC、FGFR1、BAX、COL4A2和RAB31的至少一种基因的表达水平， 从而使得这些基因中的一种或多种基因的表达水平的增加表明患者对 采用博来霉素的治疗敏感。
在另一个实施方案中，至少一种基因选自SSRP1、NUDC、CTSC、 AP1G2、PSME2、LBR、EFNB2、SERPINA1、SSSCA1、EZH2、MYB、 PRIM1、H2AFX、HMGA1、HMMR、TK2、WHSC1、DIAPH1、LAMB3、 DPAGT1、UCK2、SERPINB1、MDN1、BRRN1、G0S2、RAC2、MGC21654、 GTSE1、TACC3、PLEK2、PLAC8、HNRPD和PNAS-4，从而使得这些 基因中的一种或多种基因的表达水平的增加表明患者对采用甲基-GAG 的治疗敏感。可替代地，该方法进一步包括测量PTMA的表达水平，从 而使得这些基因中的一种或多种基因的表达水平的增加表明患者对采 用甲基-GAG的治疗敏感。
在另一个实施方案中，至少一种基因选自ITGA5、TNFAIP3、 WNT5A、FOXF2、LOC94105、IFI16、LRRN3、DOCK10、LEPRE1、 COL5A2和ADAMTS1，从而使得这些基因中的一种或多种基因的表达 水平的增加表明患者对采用卡铂的治疗敏感。可替代地，该方法进一步 包括测量选自MSN、VIM、CSPG2和FGFR1的至少一种基因的表达水 平，从而使得这些基因中的一种或多种基因的表达水平的增加表明患者 对采用卡铂的治疗敏感。
在另一个实施方案中，至少一种基因选自RPL18、RPL10A、 ANAPC5、EEF1B2、RPL13A、RPS15、AKAP1、NDUFAB1、APRT、 ZNF593、MRP63、IL6R、SART3、UCK2、RPL17、RPS2、PCCB、TOMM20、 SHMT2、RPLP0、GTF3A、STOML2、DKFZp564J157、MRPS2、ALG5 和CALML4，从而使得这些基因中的一种或多种基因的表达水平的增加 表明患者对采用5-氟尿嘧啶(5-FU)的治疗敏感。可替代地，该方法进 一步包括测量选自RNPS1、RPL13、RPS6和RPL3的至少一种基因的表 达水平，从而使得这些基因中的一种或多种基因的表达水平的增加表明 患者对采用5-氟尿嘧啶(5-FU)的治疗敏感。
在另一个实施方案中，至少一种基因选自KIFC1、VLDLR、RUNX1、 PAFAH1B3、H1FX、RNF144、TMSNB、CRY1、MAZ、SLA、SRF、 UMPS、CD3Z、PRKCQ、HNRPM、ZAP70、ADD1、RFC5、TM4SF2、 PFN2、BMI1、TUBGCP3、ATP6V1B2、CD1D、ADA、CD99、CD2、 CNP、ERG、CD3E、CD1A、PSMC3、RPS4Y1、AKT1、TAL1、UBE2A、 TCF12、UBE2S、CCND3、PAX6、RAG2、GSTM2、SATB1、NASP、 IGFBP2、CDH2、CRABP1、DBN1、AKR1C1、CACNB3、CASP2、CASP2、 LCP2、CASP6、MYB、SFRS6、GLRB、NDN、GNAQ、TUSC3、GNAQ、 JARID2、OCRL、FHL1、EZH2、SMOX、SLC4A2、UFD1L、ZNF32、 HTATSF1、SHD1、PTOV1、NXF1、FYB、TRIM28、BC008967、TRB@、 H1F0、CD3D、CD3G、CENPB、ALDH2、ANXA1、H2AFX、CD1E、 DDX5、CCNA2、ENO2、SNRPB、GATA3、RRM2、GLUL、SOX4、 MAL、UNG、ARHGDIB、RUNX1、MPHOSPH6、DCTN1、SH3GL3、 PLEKHC1、CD47、POLR2F、RHOH和ADD1，从而使得这些基因中的 一种或多种基因的表达水平的增加表明患者对采用利妥昔单抗的治疗 敏感。可替代地，该方法进一步包括测量选自ITK、RALY、PSMC5、 MYL6、CD1B、STMN1、GNA15、MDK、CAPG、ACTN1、CTNNA1、 FARSLA、E2F4、CPSF1、SEPW1、TFRC、ABL1、TCF7、FGFR1、NUCB2、 SMA3、FAT、VIM和ATP2A3的至少一种基因的表达水平，从而使得 这些基因中的一种或多种基因的表达水平的增加表明患者对采用利妥 昔单抗的治疗敏感。
在另一个实施方案中，至少一种基因选自TRA1、ACTN4、CALM1、 CD63、FKBP1A、CALU、IQGAP1、MGC8721、STAT1、TACC1、TM4SF8、 CD59、CKAP4、DUSP1、RCN1、MGC8902、LGALS1、BHLHB2、RRBP1、 PRNP、IER3、MARCKS、LUM、FER1L3、SLC20A1、HEXB、EXT1、 TJP1、CTSL、SLC39A6、RIOK3、CRK、NNMT、TRAM2、ADAM9、 DNAJC7、PLSCR1、PRSS23、PLOD2、NPC1、TOB1、GFPT1、IL8、 PYGL、LOXL2、KIAA0355、UGDH、PURA、ULK2、CENTG2、NID2、 CAP350、CXCL1、BTN3A3、IL6、WNT5A、FOXF2、LPHN2、CDH11、 P4HA1、GRP58、DSIPI、MAP1LC3B、GALIG、IGSF4、IRS2、ATP2A2、 OGT、TNFRSF10B、KIAA1128、TM4SF1、RBPMS、RIPK2、CBLB、 NR1D2、SLC7A11、MPZL1、SSA2、NQO1、ASPH、ASAH1、MGLL、 SERPINB6、HSPA5、ZFP36L1、COL4A1、CD44、SLC39A14、NIPA2、 FKBP9、IL6ST、DKFZP564G2022、PPAP2B、MAP1B、MAPK1、MYO1B、 CAST、RRAS2、QKI、LHFPL2、38970、ARHE、KIAA1078、FTL、KIAA0877、 PLCB1、KIAA0802、RAB3GAP、SERPINB1、TIMM17A、SOD2、HLA-A、 NOMO2、LOC55831、PHLDA1、TMEM2、MLPH、FAD104、LRRC5、 RAB7L1、FLJ35036、DOCK10、LRP12、TXNDC5、CDC14B、HRMT1L1、 CORO1C、DNAJC10、TNPO1、LONP、AMIGO2、DNAPTP6和ADAMTS1， 从而使得这些基因中的一种或多种基因的表达水平的增加表明患者对 采用放射治疗的治疗敏感。可替代地，该方法进一步包括测量选自 WARS、CD81、CTSB、PKM2、PPP2CB、CNN3、ANXA2、JAK1、EIF4G3、 COL1A1、DYRK2、NFIL3、ACTN1、CAPN2、BTN3A2、IGFBP3、FN1、 COL4A2和KPNB1的至少一种基因的表达水平，从而使得这些基因中 的一种或多种基因的表达水平的增加表明患者对采用放射治疗的治疗 敏感。
在另一个实施方案中，至少一种基因选自FAU、NOL5A、ANP32A、 ARHGDIB、LBR、FABP5、ITM2A、SFRS5、IQGAP2、SLC7A6、SLA、 IL2RG、MFNG、GPSM3、PIM2、EVER1、LRMP、ICAM2、RIMS3、 FMNL1、MYB、PTPN7、LCK、CXorf9、RHOH、ZNFN1A1、CENTB1、 LCP2、DBT、CEP1、IL6R、VAV1、MAP4K1、CD28、PTP4A3、CD3G、 LTB、USP34、NVL、CD8B1、SFRS6、LCP1、CXCR4、PSCDBP、SELPLG、 CD3Z、PRKCQ、CD1A、GATA2、P2RX5、LAIR1、C1orf38、SH2D1A、 TRB@、SEPT6、HA-1、DOCK2、WBSCR20C、CD3D、RNASE6、SFRS7、 WBSCR20A、NUP210、CD6、HNRPA1、AIF1、CYFIP2、GLTSCR2、 C11orf2、ARHGAP15、BIN2、SH3TC1、STAG3、TM6SF1、C15orf25、 FLJ22457、PACAP和MGC2744，从而使得这些基因中的一种或多种基 因的表达水平的增加表明患者对采用组蛋白脱乙酰酶(HDAC)抑制剂 的治疗敏感。
在另一个实施方案中，至少一种基因选自CD99、SNRPA、CUGBP2、 STAT5A、SLA、IL2RG、GTSE1、MYB、PTPN7、CXorf9、RHOH、ZNFN1A1、 CENTB1、LCP2、HIST1H4C、CCR7、APOBEC3B、MCM7、LCP1、SELPLG、 CD3Z、PRKCQ、GZMB、SCN3A、LAIR1、SH2D1A、SEPT6、CG018、 CD3D、C18orf10、PRF1、AIF1、MCM5、LPXN、C22orf18、ARHGAP15 和LEF1，从而使得这些基因中的一种或多种基因的表达水平的增加表 明患者对采用5-氮杂-2′-脱氧胞苷(地西他滨)的治疗敏感。
本发明的第二个方面描述了测定患者(即，患者中的细胞，例如癌 细胞)对一种治疗的抗性的发展的方法，其中所述患者先前对所述治疗 敏感。该方法包括测定本发明的第一个方面中阐述的一种或多种基因的 表达水平，从而使得已知对治疗敏感的细胞或组织中减少的一种或多种 基因的表达水平的增加，表明患者有抗性或具有变得对治疗有抗性的倾 向。可替代地，已知对治疗敏感的细胞或组织中增加的一种或多种基因 的表达水平的减少，表明患者有抗性或具有变得对治疗有抗性的倾向。
本发明的第三个方面描述了包括单链核酸(例如，脱氧核糖核酸或 核糖核酸)的试剂盒，所述单链核酸与本发明的第一个方面中阐述的至 少一种基因的至少5个连续核苷酸(更优选地至少10个、15个、20个、 25个、30个、35个、40个、45个、50个、55个、60个、65个、70 个、75个、80个、85个、90个、95个、100个、150个、200个、250 个、300个或更多连续核苷酸；核酸的长度还可以是5-20个、25个、5-50 个、50-100个，或超过100个连续核苷酸)互补或相同，从而使得单链 核酸通过允许单链核酸和由基因编码的核酸或其互补序列之间的特异 性杂交足以检测一种或多种基因的表达。当试剂盒的使用确定一种或多 种的表达水平改变时(即相对于已知对治疗敏感或有抗性的对照样品 (即，组织或细胞)增加或减少，如在上文与本发明的第一个方面结合 讨论的)，试剂盒进一步包括关于应用从来自癌症患者(例如，来自患 者的细胞)的样品中收集的核酸，测定与单链核酸杂交的一种或多种基 因的表达水平，和预测患者对癌症治疗的敏感性的说明书。在另一个实 施方案中，说明书进一步表明相对于对照样品(例如，已知对治疗敏感 或有抗性的细胞或组织)中的一种或多种基因的表达，一种或多种基因 的表达水平的改变表明患者对治疗的敏感性的变化(即，已知在对治疗 敏感的细胞中表达的基因的表达水平的减少表明患者变得对治疗有抗 性或可能变得对治疗有抗性，并且反之亦然)。
在一个实施方案中，试剂盒可以用于测定患者对长春新碱、顺铂、 阿霉素、依托泊苷、阿扎鸟嘌呤、阿柔比星、米托蒽醌、紫杉醇、丝裂 霉素、吉西他滨、泰索帝、地塞米松、甲基强的松龙、Ara-C、氨甲蝶 呤、博来霉素、甲基-GAG、利妥昔单抗、组蛋白脱乙酰酶(HDAC)抑 制剂，和5-氮杂-2′-脱氧胞苷(地西他滨)的抗性或敏感性，这是通过测 定本发明的第一个方面中阐述且已知在对用这些试剂的治疗敏感的患 者中增加的一种或多种基因的表达水平(即，如果相对于对照样品(即， 细胞或组织)中的一种或多种基因的表达水平，一种或多种基因的表达 水平增加，那么患者测定为对所示治疗敏感或可能敏感，其中一种或多 种基因的表达增加表明对治疗的敏感性，并且反之亦然)。
在一个实施方案中，核酸的特征在于其特异性鉴定与从癌症患者中 收集的样品中的基因互补的核酸的能力。
本发明的第四个方面描述了鉴定指示癌症患者对癌症治疗的敏感 性的生物标记的方法，其是通过获得基因在不同细胞类型中的表达水平 的多个测量值(例如，通过使用单基因探针或通过使用指向单基因的多 基因探针检测基因表达)，和相对于在不存在癌症治疗的情况下细胞类 型的生长，在癌症治疗的存在下那些细胞类型的生长的测量值；使细胞 中基因的表达水平的多个测量值各自与细胞的生长关联，以获得相关系 数；选择对于基因计算的中值相关系数；和如果所述中值相关系数超过 0.3，则鉴定基因为用于测定癌症患者对所述癌症治疗的敏感性的生物标 记(优选地，如果相关系数超过0.4、0.5、0.6、0.7、0.8.0.9、0.95或 0.99、或更多，则基因被鉴定为患者对治疗的敏感性的生物标记)。在 一个实施方案中，该方法在第二种治疗的存在下进行。
本发明的第五个方面描述了预测患者(例如，癌症患者)对癌症治 疗的敏感性的方法，其是通过获得在来自患者的样品(例如，细胞或组 织)中的生物标记基因表达的测量值；对测量应用预测对癌症治疗的敏 感性的模型，其中所述模型使用选自线性总和、最近邻、最近重心、线 性判别分析、支持向量机(support vector machines)和神经网络的算法 进行开发；和预测患者是否将反应于癌症治疗。在一个实施方案中，测 量通过测定已知对治疗敏感或有抗性的细胞中的生物标记的基因表达 来获得。在另一个实施方案中，模型将线性总和、线性判别分析、支持 向量机、神经网络、k-最近邻和最近重心的结果组合，或模型使用多重 测量的随机样本进行交叉验证。在另一个实施方案中，治疗例如化合物 先前无法在患者中显示效果。在几个实施方案中，线性总和与具有已知 敏感性的参照群体的总和进行比较；参照群体的总和是来源于群体成员 的生物标记基因表达的总和的中值。在另一个实施方案中，模型来源于 通过独立成分分析获得的数据集的组分，或来源于通过主成分分析获得 的数据集的组分。
本发明的第六个方面描述了用于实现本发明的第五个方面的方法 的试剂盒、仪器和软件。
在本发明的所有方面的几个实施方案中，一种或多种基因的表达水 平通过下述进行测定：检测由一种或多种基因转录的mRNA水平，检测 一种或多种基因的蛋白质产物水平，或检测一种或多种基因的蛋白质产 物的生物活性水平。在本发明的所有方面的进一步实施方案中，相对于 在对治疗敏感的细胞或组织中的一种或多种基因的表达水平，一种或多 种基因的表达水平的增加或减少表明癌症患者对治疗的敏感性增加。可 替代地，相对于在对治疗有抗性的细胞或组织中的一种或多种基因的表 达水平，一种或多种基因的表达水平的增加或减少表明癌症患者对治疗 的抗性增加。在本发明的所有方面的另一个实施方案中，细胞是癌细胞。 在本发明的所有方面的另一个实施方案中，一种或多种基因的表达水平 使用定量逆转录聚合酶链式反应(qRT-PCR)进行测量。在本发明的所 有方面的一个实施方案中，测量所列出的基因中的2种基因的表达水平， 更优选地进行所列出的基因中的3种、4种、5种、6种、7种、8种、9 种或10种基因的表达水平，和最优选地所列出的基因中的20种、30种、 40种、50种、60种、70种、80种、90种或100种或更多基因的表达 水平。在本发明的所有方面的另一个实施方案中，一种或多种基因的表 达水平使用本发明的第三个方面的试剂盒进行测定。
在本发明的所有方面的另一个实施方案中，治疗是化合物，例如选 自下组的化学治疗剂：长春新碱、顺铂、阿霉素、依托泊苷、阿扎鸟嘌 呤、阿柔比星、米托蒽醌、紫杉醇、丝裂霉素、吉西他滨、泰索帝、地 塞米松、甲基强的松龙、Ara-C、氨甲蝶呤、博来霉素、甲基-GAG、利 妥昔单抗、组蛋白脱乙酰酶(HDAC)抑制剂，和5-氮杂-2′-脱氧胞苷(地 西他滨)。在本发明的所有方面的另一个实施方案中，化合物先前无法 在受试者(例如，选自预测对治疗敏感的亚群的受试者、选自预测如果 没有治疗则死亡的亚群的受试者、选自预测如果没有治疗则具有疾病症 状的亚群的受试者、选自预测在没有治疗的条件下痊愈的亚群的受试 者)中显示效果。
在本发明的所有方面的另一个实施方案中，治疗是例如给患者施用 化合物、蛋白质、抗体、寡核苷酸、化学治疗剂或放射。在本发明的所 有方面的一个实施方案中，治疗是例如化学治疗剂，例如长春新碱、顺 铂、阿扎鸟嘌呤、依托泊苷、阿霉素、阿柔比星、米托蒽醌、丝裂霉素、 紫杉醇、吉西他滨、泰索帝、地塞米松、Ara-C、甲基强的松龙、氨甲 蝶呤、博来霉素、甲基-GAG、卡铂、5-FU(5-氟尿嘧啶)、MABTHERATM (利妥昔单抗)、组蛋白脱乙酰酶(HDAC)抑制剂、5-氮杂-2′-脱氧胞 苷(地西他滨)，α发射体例如砹-211、铋-212、铋-213、铅-212、镭-223、 锕-225和钍-227，β发射体例如氘、锶-90、铯-137、碳-11、氮-13、氧-15、 氟-18、铁-52、钴-55、钴-60、铜-61、铜-62、铜-64、锌-62、锌-63、砷 -70、砷-71、砷-74、溴-76、溴-79、铷-82、钇-86、锆-89、铟-110、碘-120、 碘-124、碘-129、碘-131、碘-125、氙-122、锝-94m、锝-94、锝-99m和 锝-99，γ发射体例如钴-60、铯-137和锝-99m、阿仑珠单抗、达可珠单抗、 利妥昔单抗(MABTHERATM)、曲妥珠单抗(HERCEPTINTM)、吉妥 珠单抗、替伊莫单抗、依决洛单抗、托西莫单抗、CeaVac、依帕珠单抗、 米妥莫单抗、贝伐珠单抗、西妥昔单抗、依决洛单抗、林妥珠单抗、 MDX-210、IGN-101、MDX-010、MAb、AME、ABX-EGF、EMD72000、 阿泊珠单抗、拉贝珠单抗、ior-t1、MDX-220、MRA、H-11scFv、奥戈 伏单抗、huJ591 MAb、BZL、维西珠单抗、TriGem、TriAb、R3、MT-201、 G-250、未缀合的、ACA-125、Onyvax-105、CDP-860、BrevaRex MAb、 AR54、IMC-1C11、GlioMAb-H、ING-1、抗-LCG MAbs、MT-103、KSB-303、 Therex、KW-2871、抗-HMI.24、抗-PTHrP、2C4抗体、SGN-30、TRAIL-RI MAb、CAT、前列腺癌抗体、H22xKi-4、ABX-MA1、Imuteran、 Monopharm-C、阿西维辛、阿柔比星、盐酸阿考达唑、阿克罗宁、阿多 来新、阿霉素、阿地白介素、六甲蜜胺、安波霉素、A.metantrone Acetate、 氨鲁米特、安吖啶、阿那曲唑、氨茴霉素、天冬酰胺酶、曲林菌素、阿 扎胞苷、阿替派、阿佐霉素、巴马司他、苯佐替派、比卡鲁胺、盐酸比 生群、二甲磺酸双奈法德、比折来新、硫酸博来霉素、布喹那钠、溴匹 立明、白消安、放线菌素、卡普睾酮、喜树碱、卡醋胺、卡贝替姆、卡 铂、卡莫司汀、盐酸卡柔比星、卡折来新、西地芬戈、瘤可宁、西罗霉 素、顺铂、克拉屈滨、Combretestatin A-4、甲磺酸克立那托、环磷酰胺、 阿糖胞苷、达卡巴嗪、DACA(N-[2-(二甲基-氨基)乙基]吖啶-4-甲酰 胺)、更生霉素、盐酸柔红霉素、道诺霉素、地西他滨、右奥马铂、地 扎胍宁、甲磺酸地扎胍宁、地吖醌、多西他赛、Dolasatins、多柔比星、 盐酸多柔比星、屈洛昔芬、柠檬酸屈洛昔芬、丙酸屈他雄酮、达佐霉素、 依达曲沙、盐酸依氟鸟氨酸、椭圆玫瑰树碱、依沙芦星、恩洛铂、恩普 氨酯、依匹哌啶、盐酸表柔比星、厄布洛唑、盐酸依索比星、雌莫司汀、 雌氮芥磷酸钠、依他硝唑、乙碘油I131、依托泊苷、磷酸依托泊苷、氯 苯乙嘧胺、盐酸法罗唑啉、法扎拉滨、芬维A胺、氯尿苷、磷酸氟达拉 滨、氟尿嘧啶、5-FdUMP、氟西他滨、磷喹酮、福司曲星钠、吉西他滨、 盐酸吉西他滨、Gold Au 198、高喜树碱、羟基脲、盐酸依达比星、异环 磷酰胺、伊莫福新、干扰素α-2a、干扰素α-2b、干扰素α-n1、干扰素α-n3、 干扰素β-I a、干扰素γ-I b、异丙铂、盐酸依立替康、乙酸兰瑞肽、来曲 唑、乙酸亮丙瑞林、盐酸利阿唑、洛美曲索钠、罗莫司汀、盐酸洛索蒽 醌、马索罗酚、美坦辛、盐酸氮芥、乙酸甲地孕酮、乙酸美仑孕酮、美 法仑、美诺立尔、巯基嘌呤、氨甲蝶呤、氨甲蝶呤钠、氯苯氨啶、美妥 替哌、米丁度胺、米托克星、Mitocromin、米托洁林、米托马星、丝裂 霉素、米托司培、米托坦、盐酸米托蒽醌、霉酚酸、诺考达唑、诺拉霉 素，奥马铂、奥昔舒仑、紫杉醇、培门冬酶、培利霉素、戊氮芥、 PeploycinSulfate、培磷酰胺、哌泊溴烷、哌泊舒凡、盐酸吡罗蒽醌、普 卡霉素、普洛美坦、卟吩姆钠、洛非霉素、泼尼莫司汀、盐酸丙卡巴肼、 嘌呤霉素、盐酸嘌呤霉素、吡唑霉素、根霉素、根霉素D、利波腺苷、 罗谷亚胺、沙芬戈、盐酸沙芬戈、司莫司汀、辛曲秦、Sparfosate Sodium、 司帕霉素、盐酸螺旋锗、螺莫司汀、螺铂、链黑霉素、链佐星、氯化锶 Sr 89、磺氯苯脲、他利霉素、紫杉烷、Taxoid、替可加兰钠、替加氟、 盐酸替洛蒽醌、替莫泊芬、替尼泊苷、替罗昔隆、睾内酯、硫唑嘌呤、 硫鸟嘌呤、噻替派、Thymitaq、噻唑羧胺核苷、替拉扎明、拓优得、TOP53、 盐酸托泊替康、柠檬酸托瑞米芬、乙酸曲托龙、磷酸曲西立滨、三甲曲 沙、三甲曲沙葡萄糖醛酯、曲普瑞林、盐酸妥布氯唑、尿嘧啶氮芥、乌 瑞替派、伐普肽、维替泊芬、长春碱、硫酸长春碱、长春新碱、硫酸长 春新碱、长春地辛、硫酸长春地辛、硫酸长春匹定、硫酸长春甘酯、硫 酸环氧长春碱、酒石酸长春瑞滨、硫酸异长春碱、硫酸长春利定、伏氯 唑、折尼铂、净司他丁、盐酸佐柔比星、2-氯脱氧腺苷、2′脱氧间型霉 素、9-氨基喜树碱、雷替曲塞、N-炔丙基-5，8-二脱氮叶酸、2氯-2′-阿拉 伯糖-氟-2′-脱氧腺苷、2-氯-2′-脱氧腺苷、茴香霉素、曲古菌素A、 hPRL-G129R、CEP-751、利诺胺、硫芥子、氮芥(mechlor ethamine)、 环磷酰胺、美法仑、瘤可宁、异环磷酰胺、白消安、N-甲基-亚硝基脲 (MNU)、N、N′-二(2-氯乙基)-N-亚硝基脲(BCNU)、N-(2-氯乙 基)-N′环己基-N-亚硝基脲(CCNU)、N-(2-氯乙基)-N′-(反式-4-甲 基环己基-N-亚硝基脲(MeCCNU)、N-(2-氯乙基)-N′-(二乙基)乙 基磷酸-N-亚硝基脲(福莫司汀)、链脲霉素、达卡巴嗪(DTIC)、米 托唑胺、替摸唑胺、噻替派、丝裂霉素C、AZQ、阿多来新、顺铂、卡 铂、奥马铂、奥沙利铂，C1-973、DWA2114R、JM216、JM335、双(铂)、 拓优得、阿扎胞苷、阿糖胞苷、吉西他滨、6-巯基嘌呤、6-硫鸟嘌呤、 次黄嘌呤、替尼泊苷9-氨基喜树碱、托泊替康、CPT-11、多柔比星、道 诺霉素、表柔比星、darubicin、米托蒽醌、洛索蒽醌、更生霉素(放线 菌素D)、安吖啶、吡唑啉吖啶、全反式视黄醇、14-羟基-反视黄醇、 全反式视黄酸、N-(4-羟苯基)维甲酰胺、13-顺式视黄酸、3-甲基TTNEB、 9-顺式视黄酸、氟达拉滨(2-F-ara-AMP)、2-氯脱氧腺苷(2-Cda)、 20-pi-1，25二羟维生素D3、5-乙炔尿嘧啶、阿比特龙、阿柔比星、酰基 富烯、腺环戊醇、阿多来新、阿地白介素、ALL-TK拮抗剂、六甲蜜胺、 氨莫司汀、amidox、氨磷汀、氨基酮戊酸、氨柔比星、安吖啶、阿那格 雷、阿那曲唑、穿心莲内酯、血管生成抑制剂、拮抗剂D、拮抗剂G、 antarelix、抗背部化形态发生蛋白-1、抗雄激素、前列腺癌、抗雌激素、 抗瘤酮、反义寡核苷酸、阿非科林甘氨酸盐、凋亡基因调节剂、凋亡调 节物、脱嘌呤核酸、ara-CDP-DL-PTBA、精氨酸脱氨酶、asulacrine、阿 他美坦、阿莫司汀、axinastatin 1、axinastatin 2、axinastatin 3、阿扎司 琼、阿扎毒素、重氮酪氨酸、浆果赤霉素III衍生物、balanol、巴马司 他、BCR/ABL拮抗剂、苯并二氢卟吩(benzochlorins)、苯甲酰星孢菌 素(benzoylstaurosporine)、β内酰胺衍生物、β-alethine、betaclamycin B、 白桦脂酸、bFGF抑制剂、比卡鲁胺、比生群、bisaziridinylspermine、双 奈法德、bistratene A、比折来新、breflate、博来霉素A2、博来霉素B2、 溴匹立明、布度钛、丁硫氨酸硫酸亚胺、卡泊三醇、卡弗他丁C、喜树 碱衍生物(例如，10-羟基-喜树碱)、金丝雀痘IL-2、卡培他滨、甲酰 胺-氨基-三唑、羧基氨基三唑、CaRest M3、CARN 700、软骨衍生抑制 剂、卡折来新、酪蛋白激酶抑制剂(ICOS)、栗精胺、杀菌肽B、西曲 瑞克、二氢卟吩、氯喹喔啉磺胺、西卡前列素、顺式卟啉、克拉屈滨、 氯米芬类似物、克霉唑、collismycin A、collismycin B、考布他汀A4、 考布他汀类似物、conagenin、crambescidin 816、克立那托、念珠藻环肽 (cryptophycin)8、念珠藻环肽A衍生物、curacin A、环戊蒽醌、 cycloplatam、cypemycin、阿糖胞苷ocfosfate、溶细胞因子、细胞抑制素 (cytostatin)、达昔单抗、地西他滨、脱氢膜海鞘素(dehydrodidemnin) B、2′喷司他丁(DCF)、地洛瑞林、右异环磷酰胺、右雷佐生、右维拉 帕米、地吖醌、膜海鞘素(didemnin)B、didox、二乙基正精胺、二氢 -5-氮杂胞苷、二氢红豆杉醇，9-、dioxamycin、联苯螺莫司汀、 discodermolide、二十二醇、多拉司琼、去氧氟尿苷、屈洛昔芬、屈大麻 酚、多卡米星SA、依布硒、依考莫司汀、依地福新、依决洛单抗、依 氟鸟氨酸、榄香烯、乙嘧替氟、表柔比星、埃博霉素(A，R＝H、B， R＝Me)、epithilones、爱普列特、雌氮芥类似物、雌激素激动剂、雌激 素拮抗剂、依他硝唑、依托泊苷、依托泊苷4′-磷酸盐(etopofos)、依 西美坦、法倔唑、法扎拉滨、芬维A胺、非格司亭、非那雄胺、flavopiridol、 氟卓斯汀、fluasterone、氟达拉滨、fluorodaunorunicin hydrochloride、福 酚美克、福美坦、福司曲星、福莫司汀、gadolinium texaphyrin、硝酸镓、 加洛他滨、加尼瑞克、明胶酶抑制剂、吉西他滨、谷胱甘肽抑制剂、 hepsulfam、heregulin、六亚甲基二乙酰胺、高三尖杉酯碱(HHT)、金 丝桃素、伊班膦酸、依达比星、艾多昔芬、伊决孟酮、伊莫福新、伊洛 马司他、imidazoacridones、咪喹莫特、免疫刺激肽、胰岛素样生长因子 -1受体抑制剂、干扰素激动剂、干扰素、白介素、碘苄胍、碘阿霉素、 甘薯醇，4-、依立替康、伊罗普拉、伊索拉定、isobengazole、 isohomohalicondrin B、伊他司琼、j asplakinolide、kahalalide F、片螺素 -N三乙酸盐、兰瑞肽、leinamycin、来格司亭、硫酸香菇多糖、leptolstatin、 来曲唑、白血病抑制因子、白细胞α干扰素、亮丙瑞林+雌激素+孕酮、 亮丙瑞林、左旋咪唑、利阿唑、线性多胺类似物、亲脂二糖肽、亲脂铂 化合物、lissoclinamide 7、洛铂、蚯蚓氨酸、洛美曲索、氟尼达明、洛 索蒽醌、洛伐他汀、洛索立宾、勒托替康、lutetium texaphyrin、lysofylline、 裂解肽、美坦辛、mannostatin A、马立马司他、马索罗酚、maspin、基 质溶解因子抑制剂、基质金属蛋白酶抑制剂、美诺立尔、rnerbarone、美 替瑞林、甲硫氨酸酶、甲氧氯普胺、MIF抑制剂、米非司酮、米替福新、 米立司亭、错配的双链RNA、普卡霉素、米托胍腙、二溴卫矛醇、丝裂 霉素类似物、米托萘胺、mitotoxin成纤维细胞生长因子-皂草素、米托 蒽醌、莫法罗汀、莫拉司亭、单克隆抗体、人绒毛膜促性腺激素、单磷 酰脂质A+分枝杆菌细胞壁sk、莫哌达醇、多药抗性基因抑制剂、基于 多肿瘤抑制基因1的疗法、芥子抗癌剂、mycaperoxide B、分枝杆菌细 胞壁提取物、myriaporone、N-乙酰地那林、N-取代苯酰胺、那法瑞林、 nagrestip、纳洛酮+戊唑星、napavin、naphterpin、那托司亭、奈达铂、 奈莫柔比星、奈立膦酸、中性肽链内切酶、尼鲁米特、nisamycin、一氧 化氮调节剂、硝基氧抗氧化剂、nitrullyn、06-苄基鸟嘌呤、奥曲肽、 okicenone、寡核苷酸、奥那司酮、昂丹司琼、昂丹司琼、oracin、口服 细胞因子诱导物、奥马铂、奥沙特隆、奥沙利铂、oxaunomycin、紫杉 醇类似物、紫杉醇衍生物、palauamine、palmitoylrhizoxin、帕米膦酸、 人参三醇、帕诺米芬、parabactin、帕折普汀、培门冬酶、培得星、木聚 硫钠、喷司他丁、pentrozole、全氟溴烷、培磷酰胺、紫苏子醇、 phenazinomycin、乙酸苯酯、磷酸酶抑制剂、溶链菌制剂、盐酸匹鲁卡 品、吡柔比星、吡曲克辛、placetin A、placetin B、纤溶酶原激活物抑制 剂、铂络合物、铂化合物、铂-三胺络合物、鬼臼毒素、卟吩姆钠、泊非 霉素、丙基二-吖啶酮、前列腺素J2、蛋白酶体抑制剂、基于蛋白A的 免疫调节剂、蛋白激酶C抑制剂、蛋白激酶C抑制剂，微藻、蛋白酪氨 酸磷酸酶抑制剂、嘌呤核苷磷酸化酶抑制剂、红紫素、吡唑啉吖啶、吡 醇羟乙酯化血红蛋白聚氧乙烯缀合物、raf拮抗剂、雷替曲塞、雷莫司琼、 ras法呢基蛋白质转移酶抑制剂、ras抑制剂、ras-GAP抑制剂、脱甲基 化的瑞替普汀、铼Re 186依替膦酸、根霉素、核糖酶、RII维甲酰胺、 罗谷亚胺、罗希吐碱、罗莫肽、罗喹美克、rubiginone B1、ruboxyl、沙 芬戈、saintopin、SarCNU、sarcophytol A、沙格司亭、Sdi 1模拟物、司 莫司汀、衰老衍生抑制剂1、有义寡核苷酸、信号转导抑制剂、信号转 导调节剂、单链抗原结合蛋白、西佐喃、索布佐生、硼卡钠、苯乙酸钠、 solverol、生长调节素结合蛋白、索纳明、sparfosic acid、spicamycin D、 螺莫司汀、脾脏五肽(splenopentin)、spongistatin1、角鲨胺、干细胞 抑制剂、干细胞分裂抑制剂、stipiamide、基质溶素抑制剂、sulfinosine、 强效血管活性肠肽拮抗剂、suradista、舒拉明、苦马豆素、合成葡糖氨 基聚糖、他莫司汀、tamoxifen methiodide、牛磺莫司汀、他扎罗汀、替 可加兰钠、替加氟、tellurapyrylium、端粒酶抑制剂、替莫泊芬、替莫唑 胺、替尼泊苷、tetrachlorodecaoxide、tetrazomine、thaliblastine、沙立度 胺、噻可拉林、血小板生成素、血小板生成素模拟物、胸腺法新、胸腺 生成素受体激动剂、胸腺曲南、促甲状腺激素、乙基锡初紫红素、替拉 扎明、二氯二茂钛、托泊替康、topsentin、托瑞米芬、全能干细胞因子、 翻译抑制剂、维甲酸、三乙酰尿苷、曲西立滨、三甲曲沙、曲普瑞林、 托烷司琼、妥罗雄脲、酪氨酸激酶抑制剂、tyrphostins、UBC抑制剂、 乌苯美司、泌尿生殖窦衍生生长抑制因子、尿激酶受体拮抗剂、伐普肽、 variolin B、载体系统、红细胞基因疗法、维拉雷琐、藜芦胺、verdins、 维替泊芬、长春瑞滨、vinxaltine、vitaxin、伏氯唑、扎诺特隆、折尼铂、 zilascorb或净司他丁斯酯。在本发明的所有方面的另一个实施方案中， 利用第二种治疗以测定来自患者的样品中的基因表达。
在本发明的所有方面的另一个实施方案中，基因选自ABL1、ACTB、 ACTN1、ACTN4、ACTR2、AD A、ADAM9、ADAMTS1、ADD1、 ADORA2A、AF1Q、AIF1、AKAP1、AKAP13、AKR1B1、AKR1C1、 AKT1、ALDH2、ALDH3A1、ALDOC、ALG5、ALMS1、ALOX15B、 AMIGO2、AMPD2、AMPD3、ANAPC5、ANP32A、ANP32B、ANPEP、 ANXA1、ANXA2、AP1G2、APOBEC3B、APRT、ARHE、ARHGAP15、 ARHGAP25、ARHGDIB、ARHGEF6、ARL7、ASAH1、ASPH、ATF3、 ATIC、ATOX1、ATP1B3、ATP2A2、ATP2A3、ATP5D、ATP5G2、 ATP6V1B2、B2M、BASP1、BAX、BC008967、BCAT1、BCHE、BCL11B、 BDNF、BHLHB2、BIN2、BLM、BLMH、BLVRA、BMI1、BNIP3、BRDT、 BRRN1、BTN3A2、BTN3A3、C11orf2、C14orf139、C15orf25、C18orf10、 C1orf24、C1orf29、C1orf38、C1QR1、C22orf18、C5orf13、C6orf32、 CACNA1G、CACNB3、CALD1、CALM1、CALML4、CALU、CAP350、 CAPG、CAPN2、CAPN3、CASP2、CASP6、CASP7、CAST、CBFB、 CBLB、CBR1、CBX3、CCL2、CCL21、CCNA2、CCNB1IP1、CCND3、 CCR7、CCR9、CCT5、CD151、CD1A、CD1B、CD1C、CD1D、CD1E、 CD2、CD28、CD37、CD3D、CD3E、CD3G、CD3Z、CD44、CD47、 CD53、CD59、CD6、CD63、CD81、CD8A、CD8B1、CD99、CDC10、 CDC14B、CDH11、CDH2、CDKL5、CDKN2A、CDW52、CECR1、CENPB、 CENTB1、CENTG2、CEP1、CG018、CHRNA3、CHS1、CIAPIN1、CKAP4、 CKIP-1、CNN3、CNP、COL1A1、COL4A1、COL4A2、COL5A2、COL6A1、 COL6A2、COPA、COPEB、CORO1A、CORO1C、COX7B、CPSF1、 CRABP1、CREB3L1、CRIP2、CRK、CRY1、CSDA、CSPG2、CSRP1、 CST3、CTBP1、CTGF、CTNNA1、CTSB、CTSC、CTSD、CTSL、CUGBP2、 CUTC、CXCL1、CXCR4、CXorf9、CYFIP2、CYLD、CYR61、DATF1、 DAZAP1、DBN1、DBT、DCTN1、DDOST、DDX18、DDX5、DGKA、 DIAPH1、DIPA、DKC1、DKFZP434J154、DKFZP564C186、 DKFZP564G2022、DKFZp564J157、DKFZP564K0822、DNAJC10、 DNAPTP6、DOCK10、DOCK2、DPAGT1、DPEP2、DPYSL3、DSIPI、 DUSP1、DUSP3、DXS9879E、DYRK2、E2F4、ECE1、ECM1、EEF1A1、 EEF1B2、EEF1G、EFNB2、EHD2、EIF2S2、EIF3S2、EIF4B、EIF4G3、 EIF5A、ELA2B、ELK3、EMP3、ENO2、EPAS1、EPB41L4B、ERCC2、 ERG、ERP70、EVER1、EVI2A、EVL、EXT1、EZH2、F2R、FABP5、 FAD104、FAM46A、FARSLA、FAT、FAU、FBL、FCGR2A、FCGR2C、 FER1L3、FGFR1、FHL1、FHOD1、FKBP1A、FKBP9、FLII、FLJ10350、 FLJ10539、FLJ10774、FLJ12270、FLJ13373、FLJ20859、FLJ21159、 FLJ22457、FLJ35036、FLJ46603、FLNC、FLOT1、FMNL1、FN1、FNBP1、 FOLH1、FOXF2、FSCN1、FSTL1、FTH1、FTL、FYB、FYN、G0S2、 G6PD、GALIG、GALNT6、GAPD、GAS7、GATA2、GATA3、GFPT1、 GIMAP5、GIT2、GJA1、GLRB、GLTSCR2、GLUL、GMDS、GMFG、 GNA15、GNAI2、GNAQ、GNB2、GNB5、GOT2、GPNMB、GPR65、 GPRASP1、GPSM3、GRP58、GSTM2、GTF3A、GTSE1、GYPC、GZMA、 GZMB、H1F0、H1FX、H2AFX、H3F3A、HA-1、HCLS1、HEM1、HEXB、 HIC、HIST1H4C、HK1、HLA-A、HLA-B、HLA-DRA、HMGA1、HMGB2、 HMGN2、HMMR、HNRPA1、HNRPD、HNRPM、HOXA9、HPRT1、 HRMT1L1、HSA9761、HSPA5、HSU79274、HTATSF1、HU6800、ICAM1、 ICAM2、IER3、IFI16、IFI44、IFITM2、IFITM3、IFRG28、IGFBP2、IGFBP3、 IGSF4、IL13RA2、IL21R、IL2RG、IL4R、IL6、IL6R、IL6ST、IL8、IMPDH2、 INPP5D、INSIG1、IQGAP1、IQGAP2、IRS2、ITGA3、ITGA5、ITGB2、 ITK、ITM2A、JAK1、JARID2、JUNB、K-ALPHA-1、KHDRBS1、KIAA0220、 KIAA0355、KIAA0802、KIAA0877、KIAA0922、KIAA1078、KIAA1128、 KIAA1393、KIFC1、KPNB1、LAIR1、LAMB1、LAMB3、LAMR1、LAPTM5、 LAT、LBR、LCK、LCP1、LCP2、LDHB、LEF1、LEPRE1、LGALS1、 LGALS9、LHFPL2、LMNB1、LNK、LOC54103、LOC55831、LOC81558、 LOC94105、LONP、LOX、LOXL2、LPHN2、LPXN、LRMP、LRP12、 LRRC5、LRRN3、LST1、LTB、LUM、LY9、LY96、M6PRBP1、MAD2L1BP、 MAGEB2、MAL、MAN1A1、MAP1B、MAP1LC3B、MAP4K1、MAPK1、 MAPRE1、MARCKS、MAZ、MCAM、MCL1、MCM5、MCM7、MDH2、 MDK、MDN1、MEF2C、MFNG、MGC17330、MGC21654、MGC2744、 MGC4083、MGC8721、MGC8902、MGLL、MIA、MICA、MLPH、MME、 MMP2、MPHOSPH6、MPP1、MPZL1、MRP63、MRPL12、MRPS2、 MSN、MT1E、MT1K、MUF1、MVP、MYB、MYC、MYL6、MYL9、 MYO1B、NAP1L1、NAP1L2、NARF、NARS、NASP、NBL1、NCL、 NCOR2、NDN、NDUFAB1、NDUFS6、NFIL3、NFKBIA、NID2、NIPA2、 NK4、NME4、NME7、NNMT、NOL5A、NOL8、NOMO2、NOTCH1、 NPC1、NQO1、NR1D2、NUCB2、NUDC、NUP210、NUP88、NVL、 NXF1、OBFC1、OCRL、OGT、OK/SW-cl.56、OPTN、OXA1L、P2RX5、 P4HA1、PACAP、PAF53、PAFAH1B3、PALM2-AKAP2、PAX6、PBEF1、 PCBP2、PCCB、PEA15、PFDN5、PFN1、PFN2、PGAM1、PGK1、PHEMX、 PHLDA1、PIM2、PITPNC1、PKM2、PLAC8、PLAGL1、PLAU、PLAUR、 PLCB1、PLEK2、PLEKHC1、PLOD2、PLSCR1、PNAS-4、PNMA2、POLR2F、 PON2、PPAP2B、PPIA、PPIF、PPP1R11、PPP2CB、PRF1、PRG1、PRIM1、 PRKCA、PRKCB1、PRKCH、PRKCQ、PRKD2、PRNP、PRP19、PRPF8、 PRPS1、PRSS11、PRSS23、PSCDBP、PSMB9、PSMC3、PSMC5、PSME2、 PTGER4、PTGES2、PTMA、PTOV1、PTP4A3、PTPN7、PTPNS1、PTPRC、 PTPRCAP、PTRF、PTS、PURA、PWP1、PYGL、QKI、RAB31、RAB3GAP、 RAB7、RAB7L1、RAB9P40、RAC2、RAFTLIN、RAG2、RALY、RAP1B、 RASGRP2、RBMX、RBPMS、RCN1、REA、RFC3、RFC5、RGC32、 RGS3、RHOC、RHOH、RIMS3、RIOK3、RIPK2、RIS1、RNASE6、RNF144、 RNPS1、RPL10、RPL10A、RPL11、RPL12、RPL13、RPL13A、RPL17、 RPL18、RPL18A、RPL24、RPL3、RPL32、RPL36A、RPL39、RPL7、 RPL9、RPLP0、RPLP2、RPS10、RPS11、RPS15、RPS15A、RPS19、 RPS2、RPS23、RPS24、RPS25、RPS27、RPS28、RPS4X、RPS4Y1、 RPS6、RPS7、RPS9、RRAS、RRAS2、RRBP1、RRM2、RUNX1、RUNX3、 S100A13、S100A4、SART3、SATB1、SCAP1、SCARB1、SCARB2、 SCN3A、SCTR、SEC31L2、SEC61G、SELL、SELPLG、SEMA4G、SEPT6、 SEPT10、SEPW1、SERPINA1、SERPINB1、SERPINB6、SFRS3、SFRS5、 SFRS6、SFRS7、SH2D1A、SH3GL3、SH3TC1、SHD1、SHFM1、SHMT2、 SIAT1、SKB1、SKP2、SLA、SLC1A4、SLC20A1、SLC25A15、SLC25A5、 SLC39A14、SLC39A6、SLC43A3、SLC4A2、SLC7A11、SLC7A6、SMA3、 SMAD3、SMARCD3、SMOX、SMS、SND1、SNRPA、SNRPB、SNRPB2、 SNRPE、SNRPF、SOD2、SOX4、SP140、SPANXC、SPARC、SPI1、 SRF、SRM、SRRM1、SSA2、SSBP2、SSRP1、SSSCA1、STAG3、STAT1、 STAT4、STAT5A、STC1、STC2、STMN1、STOML2、SUI1、T3JAM、 TACC1、TACC3、TAF5、TAGLN、TAL1、TAP1、TARP、TBCA、TCF12、 TCF4、TCF7、TFDP2、TFPI、TFRC、TGFB1、TIMM17A、TIMP1、TJP1、 TK2、TM4SF1、TM4SF2、TM4SF8、TM6SF1、TMEM2、TMEM22、 TMSB10、TMSNB、TNFAIP3、TNFAIP8、TNFRSF10B、TNFRSF1A、 TNFRSF7、TNIK、TNPO1、TOB1、TOMM20、TOP2A、TOX、TPK1、 TPM2、TRA@、TRA1、TRAM2、TRB@、TRD@、TRIM、TRIM14、 TRIM22、TRIM28、TRIP13、TRPV2、TUBA3、TUBGCP3、TUFM、 TUSC3、TXN、TXNDC5、UBASH3A、UBB、UBC、UBE2A、UBE2L6、 UBE2S、UCHL1、UCK2、UCP2、UFD1L、UGCG、UGDH、UGT2B17、 ULK2、UMPS、UNG、UROD、USP34、USP4、USP7、VASP、VAV1、 VIM、VLDLR、VWF、WARS、WASPIP、WBSCR20A、WBSCR20C、 WHSC1、WNT5A、XPO1、ZAP128、ZAP70、ZFP36L1、ZNF32、ZNF335、 ZNF593、ZNFN1A1或ZYX。
所列出的基因各自的核酸序列通过Genbank数据库可公开获得。基 因序列还包括作为来自Affymetrix，Inc的HG-U133A GeneChip的部分。
如本文所使用的，“抗性的”或“抗性”意指细胞、肿瘤、人或活 生物能够抵挡例如用化合物如化学治疗剂的治疗或放射处理，其中相对 于未暴露于治疗的细胞的生长，治疗使细胞例如癌细胞在体外或在肿 瘤、人或活生物中的生长抑制小于10％、20％、30％、40％、50％、60％ 或70％。对治疗的抗性可以通过基于细胞的测定法进行测定，所述测定 法测量处理细胞的生长，该生长作为用于进行本文所描述的NCI60测定 法的入射光束的细胞吸光度的函数。在这个例子中，更大的吸光度表明 更大的细胞生长，且因此对治疗有抗性。生长中更小的减少表明对治疗 更有抗性。“化学抗性的”或“化学抗性”意指对化合物的抗性。
如本文所使用的，“敏感的”或“敏感性”意指细胞、肿瘤、人或 活生物反应于用化合物如化学治疗剂的治疗或放射处理，其中治疗使细 胞例如癌细胞在体外或在肿瘤、人或活生物中的生长抑制70％、80％、 90％、95％、99％或100％。对治疗的敏感性可以通过基于细胞的测定法 进行测定，所述测定法测量处理细胞的生长，该生长作为用于进行本文 所描述的NCI60测定法的入射光束的细胞吸光度的函数。在这个例子 中，更小的吸光度表明更小的细胞生长，且因此对治疗敏感。生长中更 大的减少表明对治疗更敏感。“化学敏感的”或“化学敏感性”意指对 化合物的敏感性。
如本文所使用的，核酸序列的“互补序列”或“互补”核酸序列指 当它与核酸序列对齐时，处于“反向平行缔合”的寡核苷酸，从而使得 一个序列的5′末端与另一个的3′末端配对。核苷酸和其他碱基可以具有互 补序列，且可以存在于互补核酸中。可以包括在本发明的核酸中的天然 核酸中不常见的碱基包括，例如肌苷和7-脱氮鸟嘌呤。“互补性”可以 是不完美的；互补核酸的稳定双链体可以包含错配碱基对或未配对碱 基。核酸技术领域的技术人员经验地考虑许多变量，包括例如寡核苷酸 的长度、寡核苷酸中胞嘧啶和鸟嘌呤碱基的浓度百分比、离子强度和错 配碱基对的发生率，可以测定双链体稳定性。
当互补核酸序列形成稳定双链体时，它们被说成“杂交的”或彼此 “杂交”，或者说“杂交”已发生。如果包含根据沃森-克里克碱基配对 律(例如，G与C，A与T或A与U)或其他氢键基序可以形成氢键的 核苷酸或核苷酸类似物，则核酸被称为“互补的”，所述其他氢键基序 如二氨基嘌呤与T、5-甲基C与G、2-硫代胸苷与A、肌苷与C、假异 胞嘧啶与G等。反义RNA可以与其他寡核苷酸如mRNA互补。
如本文所使用的，“生物标记”指示其表达表明对治疗的敏感性或 抗性的基因。
如本文所使用的，“化合物”意指可以用于治疗疾病或在体内或体 外具有生物活性的化学或生物物质，例如药物、蛋白质、抗体、或寡核 苷酸。优选的化合物可以获得或未获得美国食品与药品监督管理局 (FDA)批准。优选的化合物包括例如，可以抑制癌症生长的化学治疗 剂。优选的化学治疗剂包括例如，长春新碱、顺铂、阿扎鸟嘌呤、依托 泊苷、阿霉素、阿柔比星、米托蒽醌、丝裂霉素、紫杉醇、吉西他滨、 泰索帝、地塞米松、Ara-C、甲基强的松龙、氨甲蝶呤、博来霉素、甲 基-GAG、卡铂、5-FU(5-氟尿嘧啶)、MABTHERATM(利妥昔单抗)、 放射、组蛋白脱乙酰酶(HDAC)抑制剂，和5-氮杂-2′-脱氧胞苷(地西 他滨)。示例性放射性化学治疗剂包括包含下述的化合物：α发射体例 如砹-211、铋-212、铋-213、铅-212、镭-223、锕-225和钍-227，β发射体 例如氘、锶-90、铯-137、碳-11、氮-13、氧-15、氟-18、铁-52、钴-55、 钴-60、铜-61、铜-62、铜-64、锌-62、锌-63、砷-70、砷-71、砷-74、溴 -76、溴-79、铷-82、钇-86、锆-89、铟-110、碘-120、碘-124、碘-129、 碘-131、碘-125、氙-122、锝-94m、锝-94、锝-99m和锝-99，或γ发射体 例如钴-60、铯-137和锝-99m。示例性化学治疗剂还包括抗体，如阿仑珠 单抗、达可珠单抗、利妥昔单抗(MABTHERATM)、曲妥珠单抗 (HERCEPTINTM)、吉妥珠单抗、替伊莫单抗、依决洛单抗、托西莫 单抗、CeaVac、依帕珠单抗、米妥莫单抗、贝伐珠单抗、西妥昔单抗、 依决洛单抗、林妥珠单抗、MDX-210、IGN-101、MDX-010、MAb、AME、 ABX-EGF、EMD 72 000、阿泊珠单抗、拉贝珠单抗、ior-t1、MDX-220、 MRA、H-11 scFv、奥戈伏单抗、huJ591 MAb、BZL、维西珠单抗、TriGem、 TriAb、R3、MT-201、G-250、未缀合的、ACA-125、Onyvax-105、CDP-860、 BrevaRex MAb、AR54、IMC-1C11、GlioMAb-H、ING-1、抗-LCG MAbs、 MT-103、KSB-303、Therex、KW-2871、抗-HMI.24、抗-PTHrP、2C4抗 体、SGN-30、TRAIL-RI MAb、CAT、前列腺癌抗体、H22xKi-4、ABX-MA1、 Imuteran、Monopharm-C。示例性化学治疗剂还包括阿西维辛；阿柔比 星；盐酸阿考达唑；阿克罗宁；阿多来新；阿霉素；阿地白介素；六甲 蜜胺；安波霉素；A.metantrone Acetate；氨鲁米特；安吖啶；阿那曲唑； 氨茴霉素；天冬酰胺酶；曲林菌素；阿扎胞苷；阿替派；阿佐霉素；巴 马司他；苯佐替派；比卡鲁胺；盐酸比生群；二甲磺酸双奈法德；比折 来新；硫酸博来霉素；布喹那钠；溴匹立明；白消安；放线菌素；卡普 睾酮；喜树碱；卡醋胺；卡贝替姆；卡铂；卡莫司汀；盐酸卡柔比星； 卡折来新；西地芬戈；瘤可宁；西罗霉素；顺铂；克拉屈滨；Combretestatin A-4；甲磺酸克立那托；环磷酰胺；阿糖胞苷；达卡巴嗪；DACA(N-[2- (二甲基-氨基)乙基]吖啶-4-甲酰胺)；更生霉素；盐酸柔红霉素；道 诺霉素；地西他滨；右奥马铂；地扎胍宁；甲磺酸地扎胍宁；地吖醌； 多西他赛；Dolasatins；多柔比星；盐酸多柔比星；屈洛昔芬；柠檬酸屈 洛昔芬；丙酸屈他雄酮；达佐霉素；依达曲沙；盐酸依氟鸟氨酸；椭圆 玫瑰树碱；依沙芦星；恩洛铂；恩普氨酯；依匹哌啶；盐酸表柔比星； 厄布洛唑；盐酸依索比星；雌莫司汀；雌氮芥磷酸钠；依他硝唑；乙碘 油I 131；依托泊苷；磷酸依托泊苷；氯苯乙嘧胺；盐酸法罗唑啉；法扎 拉滨；芬维A胺；氯尿苷；磷酸氟达拉滨；氟尿嘧啶；5-FdUMP；氟西 他滨；磷喹酮；福司曲星钠；吉西他滨；盐酸吉西他滨；Gold Au 198； 高喜树碱；羟基脲；盐酸依达比星；异环磷酰胺；伊莫福新；干扰素α-2a； 干扰素α-2b；干扰素α-n1；干扰素α-n3；干扰素β-I a；干扰素γ-I b；异丙 铂；盐酸依立替康；乙酸兰瑞肽；来曲唑；乙酸亮丙瑞林；盐酸利阿唑； 洛美曲索钠；罗莫司汀；盐酸洛索蒽醌；马索罗酚；美坦辛；盐酸氮芥； 乙酸甲地孕酮；乙酸美仑孕酮；美法仑；美诺立尔；巯基嘌呤；氨甲蝶 呤；氨甲蝶呤钠；氯苯氨啶；美妥替哌；米丁度胺；米托克星；Mitocromin； 米托洁林；米托马星；丝裂霉素；米托司培；米托坦；盐酸米托蒽醌； 霉酚酸；诺考达唑；诺拉霉素，奥马铂；奥昔舒仑；紫杉醇；培门冬酶； 培利霉素；戊氮芥；PeploycinSulfate；培磷酰胺；哌泊溴烷；哌泊舒凡； 盐酸吡罗蒽醌；普卡霉素；普洛美坦；卟吩姆钠；洛非霉素；泼尼莫司 汀；盐酸丙卡巴肼；嘌呤霉素；盐酸嘌呤霉素；吡唑霉素；根霉素；根 霉素D；利波腺苷；罗谷亚胺；沙芬戈；盐酸沙芬戈；司莫司汀；辛曲 秦；Sparfosate Sodium；司帕霉素；盐酸螺旋锗；螺莫司汀；螺铂；链 黑霉素；链佐星；氯化锶Sr 89；磺氯苯脲；他利霉素；紫杉烷；Taxoid； 替可加兰钠；替加氟；盐酸替洛蒽醌；替莫泊芬；替尼泊苷；替罗昔隆； 睾内酯；硫唑嘌呤；硫鸟嘌呤；噻替派；Thymitaq；噻唑羧胺核苷；替 拉扎明；拓优得；TOP53；盐酸托泊替康；柠檬酸托瑞米芬；乙酸曲托 龙；磷酸曲西立滨；三甲曲沙；三甲曲沙葡萄糖醛酯；曲普瑞林；盐酸 妥布氯唑；尿嘧啶氮芥；乌瑞替派；伐普肽；维替泊芬；长春碱；硫酸 长春碱；长春新碱；硫酸长春新碱；长春地辛；硫酸长春地辛；硫酸长 春匹定；硫酸长春甘酯；硫酸环氧长春碱；酒石酸长春瑞滨；硫酸异长 春碱；硫酸长春利定；伏氯唑；折尼铂；净司他丁；盐酸佐柔比星；2- 氯脱氧腺苷；2′脱氧间型霉素；9-氨基喜树碱；雷替曲塞；N-炔丙基-5，8- 二脱氮叶酸；2氯-2′-阿拉伯糖-氟-2′-脱氧腺苷；2-氯-2′-脱氧腺苷；茴香 霉素；曲古菌素A；hPRL-G129R；CEP-751；利诺胺；硫芥子；氮芥(mechlor ethamine)；环磷酰胺；美法仑；瘤可宁；异环磷酰胺；白消安；N-甲 基-亚硝基脲(MNU)；N；N′-二(2-氯乙基)-N-亚硝基脲(BCNU)； N-(2-氯乙基)-N′环己基-N-亚硝基脲(CCNU)；N-(2-氯乙基)-N′- (反式-4-甲基环己基-N-亚硝基脲(MeCCNU)；N-(2-氯乙基)-N′-(二 乙基)乙基磷酸-N-亚硝基脲(福莫司汀)；链脲霉素；达卡巴嗪(DTIC)； 米托唑胺；替摸唑胺；噻替派；丝裂霉素C；AZQ；阿多来新；顺铂； 卡铂；奥马铂；奥沙利铂，C1-973；DWA 2114R；JM216；JM335；双 (铂)；拓优得；阿扎胞苷；阿糖胞苷；吉西他滨；6-巯基嘌呤；6-硫 鸟嘌呤；次黄嘌呤；替尼泊苷9-氨基喜树碱；托泊替康；CPT-11；多柔 比星；道诺霉素；表柔比星；darubicin；米托蒽醌；洛索蒽醌；更生霉 素(放线菌素D)；安吖啶；吡唑啉吖啶；全反式视黄醇；14-羟基-反视 黄醇；全反式视黄酸；N-(4-羟苯基)维甲酰胺；13-顺式视黄酸；3-甲 基TTNEB；9-顺式视黄酸；氟达拉滨(2-F-ara-AMP)；或2-氯脱氧腺苷 (2-Cda)。
其他化学治疗剂包括但不限于，20-pi-1，25二羟维生素D3；5-乙炔尿 嘧啶；阿比特龙；阿柔比星；酰基富烯；腺环戊醇；阿多来新；阿地白 介素；ALL-TK拮抗剂；六甲蜜胺；氨莫司汀；amidox；氨磷汀；氨基 酮戊酸；氨柔比星；安吖啶；阿那格雷；阿那曲唑；穿心莲内酯；血管 生成抑制剂；拮抗剂D；拮抗剂G；antarelix；抗背部化形态发生蛋白-1； 抗雄激素；前列腺癌；抗雌激素；抗瘤酮；反义寡核苷酸；阿非科林甘 氨酸盐；凋亡基因调节剂；凋亡调节物；脱嘌呤核酸；ara-CDP-DL-PTBA； 精氨酸脱氨酶；asulacrine；阿他美坦；阿莫司汀；axinastatin 1；axinastatin 2；axinastatin 3；阿扎司琼；阿扎毒素；重氮酪氨酸；浆果赤霉素III衍 生物；balanol；巴马司他；BCR/ABL拮抗剂；苯并二氢卟吩；苯甲酰星 孢菌素；β内酰胺衍生物；β-alethine；betaclamycin B；白桦脂酸；bFGF 抑制剂；比卡鲁胺；比生群；bisaziridinylspermine；双奈法德；bistratene A；比折来新；breflate；博来霉素A2；博来霉素B2；溴匹立明；布度钛； 丁硫氨酸硫酸亚胺；卡泊三醇；卡弗他丁C；喜树碱衍生物(例如，10- 羟基-喜树碱)；金丝雀痘IL-2；卡培他滨；甲酰胺-氨基-三唑；羧基氨 基三唑；CaRest M3；CARN 700；软骨衍生抑制剂；卡折来新；酪蛋白 激酶抑制剂(ICOS)；栗精胺；杀菌肽B；西曲瑞克；二氢卟吩；氯喹 喔啉磺胺；西卡前列素；顺式卟啉；克拉屈滨；氯米芬类似物；克霉唑； collismycin A；collismycin B；考布他汀A4；考布他汀类似物；conagenin； crambescidin 816；克立那托；念珠藻环肽8；念珠藻环肽A衍生物；curacin A；环戊蒽醌；cycloplatam；cypemycin；阿糖胞苷ocfosfate；溶细胞因 子；细胞抑制素；达昔单抗；地西他滨；脱氢膜海鞘素B；2′喷司他丁 (DCF)；地洛瑞林；右异环磷酰胺；右雷佐生；右维拉帕米；地吖醌； 膜海鞘素B；didox；二乙基正精胺；二氢-5-氮杂胞苷；二氢红豆杉醇， 9-；dioxamycin；联苯螺莫司汀；discodermolide；二十二醇；多拉司琼； 去氧氟尿苷；屈洛昔芬；屈大麻酚；多卡米星SA；依布硒；依考莫司汀； 依地福新；依决洛单抗；依氟鸟氨酸；榄香烯；乙嘧替氟；表柔比星； 埃博霉素(A，R＝H；B，R＝Me)；epithilones；爱普列特；雌氮芥类似 物；雌激素激动剂；雌激素拮抗剂；依他硝唑；依托泊苷；依托泊苷4′- 磷酸盐(etopofos)；依西美坦；法倔唑；法扎拉滨；芬维A胺；非格司 亭；非那雄胺；flavopiridol；氟卓斯汀；fluasterone；氟达拉滨； fluorodaunorunicin hydrochloride；福酚美克；福美坦；福司曲星；福莫 司汀；gadolinium texaphyrin；硝酸镓；加洛他滨；加尼瑞克；明胶酶抑 制剂；吉西他滨；谷胱甘肽抑制剂；hepsulfam；heregulin；六亚甲基二 乙酰胺；高三尖杉酯碱(HHT)；金丝桃素；伊班膦酸；依达比星；艾 多昔芬；伊决孟酮；伊莫福新；伊洛马司他；imidazoacridones；咪喹莫 特；免疫刺激肽；胰岛素样生长因子-1受体抑制剂；干扰素激动剂；干 扰素；白介素；碘苄胍；碘阿霉素；甘薯醇，4-；依立替康；伊罗普拉； 伊索拉定；isobengazole；isohomohalicondrin B；伊他司琼；jasplakinolide； kahalalide F；片螺素-N三乙酸盐；兰瑞肽；leinamycin；来格司亭；硫 酸香菇多糖；leptolstatin；来曲唑；白血病抑制因子；白细胞α干扰素； 亮丙瑞林+雌激素+孕酮；亮丙瑞林；左旋咪唑；利阿唑；线性多胺类似 物；亲脂二糖肽；亲脂铂化合物；lissoclinamide7；洛铂；蚯蚓氨酸； 洛美曲索；氟尼达明；洛索蒽醌；洛伐他汀；洛索立宾；勒托替康；lutetium texaphyrin；lysofylline；裂解肽；美坦辛；mannostatin A；马立马司他； 马索罗酚；maspin；基质溶解因子抑制剂；基质金属蛋白酶抑制剂；美 诺立尔；rnerbarone；美替瑞林；甲硫氨酸酶；甲氧氯普胺；MIF抑制剂； 米非司酮；米替福新；米立司亭；错配的双链RNA；普卡霉素；米托胍 腙；二溴卫矛醇；丝裂霉素类似物；米托萘胺；mitotoxin成纤维细胞生 长因子-皂草素；米托蒽醌；莫法罗汀；莫拉司亭；单克隆抗体，人绒毛 膜促性腺激素；单磷酰脂质A+分枝杆菌细胞壁sk；莫哌达醇；多药抗性 基因抑制剂；基于多肿瘤抑制基因1的疗法；芥子抗癌剂；mycaperoxide B；分枝杆菌细胞壁提取物；myriaporone；N-乙酰地那林；N-取代苯酰 胺；那法瑞林；nagrestip；纳洛酮+戊唑星；napavin；naphterpin；那托 司亭；奈达铂；奈莫柔比星；奈立膦酸；中性肽链内切酶；尼鲁米特； nisamycin；一氧化氮调节剂；硝基氧抗氧化剂；nitrullyn；06-苄基鸟嘌 呤；奥曲肽；okicenone；寡核苷酸；奥那司酮；昂丹司琼；昂丹司琼； oracin；口服细胞因子诱导物；奥马铂；奥沙特隆；奥沙利铂； oxaunomycin；紫杉醇类似物；紫杉醇衍生物；palauamine； palmitoylrhizoxin；帕米膦酸；人参三醇；帕诺米芬；parabactin；帕折 普汀；培门冬酶；培得星；木聚硫钠；喷司他丁；pentrozole；全氟溴烷； 培磷酰胺；紫苏子醇；phenazinomycin；乙酸苯酯；磷酸酶抑制剂；溶 链菌制剂；盐酸匹鲁卡品；吡柔比星；吡曲克辛；placetin A；placetin B； 纤溶酶原激活物抑制剂；铂络合物；铂化合物；铂-三胺络合物；鬼臼毒 素；卟吩姆钠；泊非霉素；丙基二-吖啶酮；前列腺素J2；蛋白酶体抑制 剂；基于蛋白A的免疫调节剂；蛋白激酶C抑制剂；蛋白激酶C抑制剂， 微藻；蛋白酪氨酸磷酸酶抑制剂；嘌呤核苷磷酸化酶抑制剂；红紫素； 吡唑啉吖啶；吡醇羟乙酯化血红蛋白聚氧乙烯缀合物；raf拮抗剂；雷替 曲塞；雷莫司琼；ras法呢基蛋白质转移酶抑制剂；ras抑制剂；ras-GAP 抑制剂；脱甲基化的瑞替普汀；铼Re 186依替膦酸；根霉素；核糖酶； RII维甲酰胺；罗谷亚胺；罗希吐碱；罗莫肽；罗喹美克；rubiginone B1； ruboxyl；沙芬戈；saintopin；SarCNU；sarcophytol A；沙格司亭；Sdi 1 模拟物；司莫司汀；衰老衍生抑制剂1；有义寡核苷酸；信号转导抑制 剂；信号转导调节剂；单链抗原结合蛋白；西佐喃；索布佐生；硼卡钠； 苯乙酸钠；solverol；生长调节素结合蛋白；索纳明；sparfosic acid； spicamycin D；螺莫司汀；脾脏五肽；spongistatin 1；角鲨胺；干细胞抑 制剂；干细胞分裂抑制剂；stipiamide；基质溶素抑制剂；sulfinosine； 强效血管活性肠肽拮抗剂；suradista；舒拉明；苦马豆素；合成葡糖氨 基聚糖；他莫司汀；tamoxifen methiodide；牛磺莫司汀；他扎罗汀；替 可加兰钠；替加氟；tellurapyrylium；端粒酶抑制剂；替莫泊芬；替莫唑 胺；替尼泊苷；tetrachlorodecaoxide；tetrazomine；thaliblastine；沙立度 胺；噻可拉林；血小板生成素；血小板生成素模拟物；胸腺法新；胸腺 生成素受体激动剂；胸腺曲南；促甲状腺激素；乙基锡初紫红素；替拉 扎明；二氯二茂钛；托泊替康；topsentin；托瑞米芬；全能干细胞因子； 翻译抑制剂；维甲酸；三乙酰尿苷；曲西立滨；三甲曲沙；曲普瑞林； 托烷司琼；妥罗雄脲；酪氨酸激酶抑制剂；tyrphostins；UBC抑制剂； 乌苯美司；泌尿生殖窦衍生生长抑制因子；尿激酶受体拮抗剂；伐普肽； variolin B；载体系统；红细胞基因疗法；维拉雷琐；藜芦胺；verdins； 维替泊芬；长春瑞滨；vinxaltine；vitaxin；伏氯唑；扎诺特隆；折尼铂； zilascorb；和净司他丁斯酯。
如本文所使用的，“抑制生长”意指在体内或体外引起细胞生长减 少例如10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％或 99％或更多，这是通过相对于在不存在治疗的情况下细胞的大小或数目， 暴露于治疗(例如，暴露于化合物)的细胞大小或数目的减少证明的。 生长抑制可以是治疗的结果，所述治疗诱导细胞中的凋亡、诱导细胞中 的坏死、减缓细胞周期进展、破坏细胞代谢、诱导细胞裂解、或诱导减 少细胞大小或数目的某些其他机制。
如本文所使用的，“标记基因”或“生物标记基因”意指细胞中的 一种基因，其表达与细胞(且因此与获得细胞的患者)对于治疗(例如， 暴露于化合物)的敏感性或抗性关联。
如本文所使用的，“微阵列”意指由任何每次定量一种或多种受试 寡核苷酸，例如，DNA或RNA、或其类似物的方法利用的装置。微阵 列的一个示例性种类由与玻璃或石英表面附着的DNA探针组成。例如， 许多微阵列，包括由Affymetrix制备的那些，使用几种探针用于测定单 基因的表达。DNA微阵列可以包含寡核苷酸探针，其可以是例如与RNA 或cDNA片段互补的全长cDNAs，所述RNA或cDNA片段与RNA的 部分杂交。示例性RNAs包括mRNA、miRNA和miRNA前体。示例性 微阵列还包括具有多个底物结合的核酸的“核酸微阵列”，与多个结合 核酸中的每一个的杂交可分别检测。底物可以是固体或多孔的、平面或 非平面的、整体或分散的。示例性核酸微阵列包括在在下述参考文献中 通常所说的所有装置，Schena(编辑)，DNA Microarrays：A Practical Approach(Practical Approach Series)，Oxford University Press(1999)； Nature Genet.21(1)(suppl.)：1-60(1999)；Schena(编辑)，Microarray Biochip：Tools和Technology，Eaton Publishing Company/BioTechniques Books Division(2000)。此外，示例性核酸微阵列包括多个底物结合的 核酸，其中多个核酸排列在多个珠上而不是整体的平面底物上，如特别 是Brenner等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA97(4)：1665-1670(2000) 中描述的。核酸微阵列的例子可以在下述美国专利号中找到：6,391,623、 6,383,754、6,383,749、6,380,377、6,379,897、6,376,191、6,372,431、 6,351,712、6,344,316、6,316,193、6,312,906、6,309,828、6,309,824、 6,306,643、6,300,063、6,287,850、6,284,497、6,284,465、6,280,954、 6,262,216、6,251,601、6,245,518、6,263,287、6,251,601、6,238,866、 6,228,575、6,214,587、6,203,989、6,171,797、6,103,474、6,083,726、 6,054,274、6,040,138、6,083,726、6,004,755、6,001,309、5,958,342、 5,952,180、5,936,731、5,843,655、5,814,454、5,837,196、5,436,327、 5,412,087、5,405,783，所述专利的公开内容整体引入本文作为参考。
示例性微阵列还可以包括具有多个底物结合的多肽的“肽微阵列” 或“蛋白质微阵列”，寡核苷酸、肽或蛋白质与多个结合多肽中每一个 的结合可分别检测。可替代地，肽微阵列可以具有多个结合剂，包括但 不限于，单克隆抗体、多克隆抗体、噬菌体展示结合剂、酵母双杂交结 合剂、适体，其可以特异性检测特异性寡核苷酸、肽或蛋白质的结合。 肽阵列的例子可以在下述专利中找到：WO 02/31463、WO 02/25288、 WO 01/94946、WO 01/88162、WO 01/68671、WO 01/57259、WO 00/61806、 WO 00/54046、WO 00/47774、WO 99/40434、WO 99/39210、WO 97/42507 和美国专利号6,268,210、5,766,960、5,143,854，所述专利的公开内容整 体引入本文作为参考。
如本文所使用的，“基因表达”意指在细胞、组织、生物或受试者 中的基因产物的量，例如DNA、RNA或蛋白质的量，DNA、RNA或蛋 白质修饰的量，所述修饰例如剪接、磷酸化、乙酰化或甲基化，或与给 定基因相关的DNA、RNA或蛋白质活性的量。
如本文所使用的，“NCI60”意指一组来自肺、结肠、乳腺、卵巢、 白血病、肾、黑素瘤、前列腺和脑癌的60种癌细胞系，包括下述癌细胞 系：NSCLC_NCIH23、NSCLC_NCIH522、NSCLC_A549ATCC、 NSCLC_EKVX、NSCLC_NCIH226、NSCLC_NCIH332M、 NSCLC_H460、NSCLC_HOP62、NSCLC_HOP92、COLON_HT29、 COLON_HCC-2998、COLON_HCT116、COLON_SW620、 COLON_COLO205、COLON_HCT15、COLON_KM12、 BREAST_MCF7、BREAST_MCF7ADRr、BREAST_MDAMB231、 BREAST_HS578T、BREAST_MDAMB435、BREAST_MDN、 BREAST_BT549、BREAST_T47D、OVAR_OVCAR3、 OVAR_OVCAR4、OVAR_OVCAR5、OVAR_OVCAR8、 OVAR_IGROV1、OVAR_SKOV3、LEUK_CCRFCEM、LEUK_K562、 LEUK_MOLT4、LEUK_HL60、LEUK_RPMI8266、LEUK_SR、 RENAL_UO31、RENAL_SN12C、RENAL_A498、RENAL_CAKI1、 RENAL_RXF393、RENAL_7860、RENAL_ACHN、RENAL_TK10、 MELAN_LOXIMVI、MELAN_MALME3M、MELAN_SKMEL2、 MELAN_SKMEL5、MELAN_SKMEL28、MELAN_M14、 MELAN_UACC62、MELAN_UACC257、PROSTATE_PC3、 PROSTATE_DU145、CNS_SNB19、CNS_SNB75、CNS_U251、 CNS_SF268、CNS_SF295和CNS_SF539。
“治疗”或“医学治疗”意指给受试者或活生物施用，或使细胞或 肿瘤暴露于化合物(例如，药物、蛋白质、抗体、寡核苷酸、化学治疗 剂和放射性试剂)或用于治疗或预防癌症或癌症症状的某些其他形式的 医学干预(例如冷冻治疗和放射治疗)。放射治疗包括给患者施用由来 源例如粒子加速器和相关的医学装置产生的放射，所述医学装置发出X 射线、γ射线或电子(β射线)束。治疗可以进一步包括手术，例如以从 受试者或活生物中摘除肿瘤。
本发明的其他特征和优点由于下述详述、附图和权利要求将是显而 易见的。
附图简述
图1描绘了鉴定生物标记和预测患者对医学治疗的敏感性的方法的 图解。该方法具有体外组分，其中化合物或医学治疗的生长抑制在细胞 系(显示了测试的60种细胞系中的6种)上进行测量。基因表达在无 化合物治疗的相同细胞系上进行测量。与生长抑制的关联超过某一截止 值(例如，0.3的优选截止值，其中等于或大于0.3截止值的相关系数由 例如交叉验证视为统计上显著)的那些基因称为标记基因，并且那些基 因在体内的表达例如可以预测患者的癌症对化合物或其他医学治疗的 敏感性或抗性。将体内组分应用于患者以测定治疗是否将在患者中的疾 病治疗中有效。此处，患者中怀疑的患病组织(例如，肿瘤)的样品的 细胞中的基因表达在治疗前或后进行测量。样品中的标记基因的活性与 已知对治疗敏感或有抗性的患者的参照群体进行比较。已知在对治疗敏 感的参照患者细胞中表达的患者细胞中的标记基因的表达表明待治疗 的患者对治疗敏感，并且反之亦然。基于这种比较，患者预测对用化合 物的治疗敏感或有抗性。
图2描绘关于具有脑瘤的5岁美国男孩的治疗敏感性预测。受试者 已手术摘除肿瘤，且基于来自肿瘤样品的细胞中的基因表达分析，预测 受试者对10种化学治疗药物是化学敏感的。受试者接受长春新碱和顺 铂且存活。
图3描绘了关于具有脑瘤的7个月大美国女孩的治疗敏感性预测。 受试者已手术摘除肿瘤，且基于来自肿瘤样品的细胞中的基因表达分 析，预测受试者对12种化学治疗药物是化学敏感的。受试者接受长春 新碱和顺铂，但9个月后死亡。
图4描绘被分成预测对顺铂化学敏感的组和预测对顺铂化学抗性的 组的60个脑癌患者的存活率。所有患者在手术后接受顺铂。
图5描绘被分成预测对长春新碱和阿霉素化学敏感的组以及预测化 学抗性的组的56个淋巴瘤患者的存活率。所有患者接受长春新碱和阿 霉素。
图6描绘被分成预测对顺铂化学敏感的组以及预测化学抗性的组的 19个肺癌患者的存活率。所有患者接受顺铂。
图7描绘被分成预测对药物组合R-CHOP化学敏感的组以及预测化 学抗性的组的14个弥散性大B细胞性淋巴瘤(DLBCL)患者的存活率。 所有患者用R-CHOP进行治疗。
图8描绘诊断具有DLBCL的患者对治疗的敏感性或抗性的预测。 考虑了各种药物组合和放射治疗。药物组合(由缩写指示)是通常用于 治疗DLBCL的那些。
图9描绘被分成预测对放射处理敏感的组以及预测有抗性的组的 60个脑癌患者的存活率。所有患者接受放射。
图10描绘被分成预测对放射治疗敏感的组以及预测有抗性的组的 60个脑癌患者的存活率。所有患者用放射进行治疗。与如图9中使用的 关联的中值不同，用于预测放射敏感性或抗性的基因生物标记使用中值 基因表达测量与癌细胞生长的关联而获得。
详述
本发明描述了用于鉴定治疗敏感性例如对化合物的化学敏感性或 抗性的生物标记的方法、包括生物标记的装置、包括装置的试剂盒，和 用于预测患者(例如，诊断具有癌症的患者)中的疗效的方法。本发明 的试剂盒包括具有寡核苷酸探针的微阵列，和关于使用装置以预测受试 者对治疗的敏感性或抗性的说明书，所述寡核苷酸探针是对治疗(例如， 用化学治疗剂的治疗)的敏感性或抗性的生物标记，其与来源于或得自 受试者的核酸杂交。本发明还描述了使用微阵列以测定受试者例如癌症 患者是否将对用例如化学治疗剂的治疗敏感或有抗性的方法。还描述了 基于基因生物标记表达与疗效例如癌细胞的生长抑制的关联，鉴定对医 学治疗的敏感性或抗性的基因生物标记的方法。鉴定受试者为对治疗敏 感或有抗性的基因生物标记还可以在已视为对那种治疗敏感或有抗性 的患者群体内进行鉴定。因此，本发明的方法、装置和试剂盒可以用于 鉴定反应于治疗的患者亚群，所述治疗被视为对于治疗一般群体中的疾 病(例如，癌症)无效。更一般而言，癌症患者对化合物或其他医学治 疗的敏感性可以使用生物标记基因表达进行预测，不管关于患者对治疗 的反应性的现有知识如何。根据本发明的方法可以使用仪器上运行的软 件来实现，所述仪器用于测量与微阵列相关的基因表达。包括在用于加 工来自受试者的肿瘤样品的试剂盒中的微阵列(例如，DNA微阵列)， 以及用于读出微阵列和将结果变成受试者的化学敏感性谱的仪器可以 用于实现本发明的方法。
包含寡核苷酸探针的微阵列
本发明的微阵列包括具有核苷酸序列的一种或多种寡核苷酸探针， 所述核苷酸序列与下文列出的生物标记基因的例如至少5个、8个、12 个、20个、30个、40个、60个、80个、100个、150个或200个连续 核苷酸(或核苷酸类似物)等同或互补。寡核苷酸探针长度可以为例如 5-20个、25个、5-50个、50-100个，或超过100个核苷酸。寡核苷酸 探针可以是脱氧核糖核酸(DNA)或核糖核酸(RNA)。用作化学敏感 性的基因生物标记的寡核苷酸探针内的连续核苷酸(例如5-20个、25 个、5-50个、50-100个，或超过100个连续核苷酸)也可以作为本文描 述的一种或多种基因中的连续核苷酸出现，其始于表1-21中或下文中列 出的基因的第1个、第10个、第20个、第30个、第40个、第50个、 第60个、第70个、第80个、第90个、第100个、第150个、第200 个、第500或第1000个核苷酸处或附近。表1-21的栏“列表_2006”表 明关于化合物列表的优选基因生物标记。表1-21的栏“列表_优选的” 表明最优选的基因生物标记。表1-21的栏“列表_2005”表明实施例1-8 中利用的另外生物标记。表1-21的栏“关联”表明生物标记基因表达与 癌细胞生长抑制的相关系数。基因生物标记的下述组合已用于检测受试 者对所示治疗的敏感性：
a)基因序列SFRS3、CCT5、RPL39、SLC25A5、UBE2S、EEF1A1、 RPLP2、RPL24、RPS23、RPL39、RPL18、NCL、RPL9、RPL10A、RPS10、 EIF3S2、SHFM1、RPS28、REA、RPL36A、GAPD、HNRPA1、RPS11、 HNRPA1、LDHB、RPL3、RPL11、MRPL12、RPL18A、COX7B和RPS7 中的一种或多种，优选地基因序列UBB、RPS4X、S100A4、NDUFS6、 B2M、C14orf139、MAN1A1、SLC25A5、RPL10、RPL12、EIF5A、RPL36A、 SUI1、BLMH、CTBP1、TBCA、MDH2和DXS9879E，和最优选地基因 序列RPS4X、S100A4、NDUFS6、C14orf139、SLC25A5、RPL10、RPL12、 EIF5A、RPL36A、BLMH、CTBP1、TBCA、MDH2和DXS9879E，其表 达表明对长春新碱的化学敏感性。
b)基因序列B2M、ARHGDIB、FTL、NCL、MSN、SNRPF、XPO1、 LDHB、SNRPF、GAPD、PTPN7、ARHGDIB、RPS27、IFI16、C5orf13 和HCLS1中的一种或多种，优选地基因序列C1QR1、HCLS1、CD53、 SLA、PTPN7、PTPRCAP、ZNFN1A1、CENTB1、PTPRC、IFI16、ARHGEF6、 SEC31L2、CD3Z、GZMB、CD3D、MAP4K1、GPR65、PRF1、ARHGAP15、 TM6SF1和TCF4，和最优选地基因序列C1QR1、SLA、PTPN7、ZNFN1A1、 CENTB1、IFI16、ARHGEF6、SEC31L2、CD3Z、GZMB、CD3D、MAP4K1、 GPR65、PRF1、ARHGAP15、TM6SF1和TCF4，其表达表明对顺铂的 化学敏感性。
c)基因序列PRPS1、DDOST、B2M、SPARC、LGALS1、CBFB、 SNRPB2、MCAM、MCAM、EIF2S2、HPRT1、SRM、FKBP1A、GYPC、 UROD、MSN、HNRPA1、SND1、COPA、MAPRE1、EIF3S2、ATP1B3、 EMP3、ECM1、ATOX1、NARS、PGK1、OK/SW-cl.56、FN1、EEF1A1、 GNAI2、PRPS1、RPL7、PSMB9、GPNMB、PPP1R11、MIA、RAB7、 VIM和SMS中的一种或多种，优选地基因序列MSN、SPARC、VIM、 SRM、SCARB1、SIAT1、CUGBP2、GAS7、ICAM1、WASPIP、ITM2A、 PALM2-AKAP2、ANPEP、PTPNS1、MPP1、LNK、FCGR2A、EMP3、 RUNX3、EVI2A、BTN3A3、LCP2、BCHE、LY96、LCP1、IFI16、MCAM、 MEF2C、SLC1A4、BTN3A2、FYN、FN1、C1orf38、CHS1、CAPN3、 FCGR2C、TNIK、AMPD2、SEPT6、RAFTLIN、SLC43A3、RAC2、LPXN、 CKIP-1、FLJ10539、FLJ35036、DOCK10、TRPV2、IFRG28、LEF1和 ADAMTS1，和最优选地基因序列SRM、SCARB1、SIAT1、CUGBP2、 ICAM1、WASPIP、ITM2A、PALM2-AKAP2、PTPNS1、MPP1、LNK、 FCGR2A、RUNX3、EVI2A、BTN3A3、LCP2、BCHE、LY96、LCP1、 IFI16、MCAM、MEF2C、SLC1A4、FYN、C1orf38、CHS1、FCGR2C、 TNIK、AMPD2、SEPT6、RAFTLIN、SLC43A3、RAC2、LPXN、CKIP-1、 FLJ10539、FLJ35036、DOCK10、TRPV2、IFRG28、LEF1和ADAMTS1， 其表达表明对阿扎鸟嘌呤的化学敏感性。
d)基因序列B2M、MYC、CD99、RPS24、PPIF、PBEF1和ANP32B 中的一种或多种，优选地基因序列CD99、INSIG1、LAPTM5、PRG1、 MUF1、HCLS1、CD53、SLA、SSBP2、GNB5、MFNG、GMFG、PSMB9、 EVI2A、PTPN7、PTGER4、CXorf9、PTPRCAP、ZNFN1A1、CENTB1、 PTPRC、NAP1L1、HLA-DRA、IFI16、CORO1A、ARHGEF6、PSCDBP、 SELPLG、LAT、SEC31L2、CD3Z、SH2D1A、GZMB、SCN3A、ITK、 RAFTLIN、DOCK2、CD3D、RAC2、ZAP70、GPR65、PRF1、ARHGAP15、 NOTCH1和UBASH3A，和最优选地基因序列CD99、INSIG1、PRG1、 MUF1、SLA、SSBP2、GNB5、MFNG、PSMB9、EVI2A、PTPN7、PTGER4、 CXorf9、ZNFN1A1、CENTB1、NAP1L1、HLA-DRA、IFI16、ARHGEF6、 PSCDBP、SELPLG、LAT、SEC31L2、CD3Z、SH2D1A、GZMB、SCN3A、 RAFTLIN、DOCK2、CD3D、RAC2、ZAP70、GPR65、PRF1、ARHGAP15、 NOTCH1和UBASH3A，其表达表明对依托泊苷的化学敏感性。
e)基因序列KIAA0220、B2M、TOP2A、CD99、SNRPE、RPS27、 HNRPA1、CBX3、ANP32B、HNRPA1、DDX5、PPIA、SNRPF和USP7 中的一种或多种，优选地基因序列CD99、LAPTM5、ALDOC、HCLS1、 CD53、SLA、SSBP2、IL2RG、GMFG、CXorf9、RHOH、PTPRCAP、 ZNFN1A1、CENTB1、TCF7、CD1C、MAP4K1、CD1B、CD3G、PTPRC、 CCR9、CORO1A、CXCR4、ARHGEF6、HEM1、SELPLG、LAT、SEC31L2、 CD3Z、SH2D1A、CD1A、LAIR1、ITK、TRB@、CD3D、WBSCR20C、 ZAP70、IFI44、GPR65、AIF1、ARHGAP15、NARF和PACAP，和最优 选地基因序列CD99、ALDOC、SLA、SSBP2、IL2RG、CXorf9、RHOH、 ZNFN1A1、CENTB1、CD1C、MAP4K1、CD3G、CCR9、CXCR4、 ARHGEF6、SELPLG、LAT、SEC31L2、CD3Z、SH2D1A、CD1A、LAIR1、 TRB@、CD3D、WBSCR20C、ZAP70、IFI44、GPR65、AIF1、ARHGAP15、 NARF和PACAP，其表达表明对阿霉素的化学敏感性。
f)基因序列RPLP2、LAMR1、RPS25、EIF5A、TUFM、HNRPA1、 RPS9、MYB、LAMR1、ANP32B、HNRPA1、HNRPA1、EIF4B、HMGB2、 RPS15A和RPS7中的一种或多种，优选地基因序列RPL12、RPL32、 RPLP2、MYB、ZNFN1A1、SCAP1、STAT4、SP140、AMPD3、TNFAIP8、 DDX18、TAF5、FBL、RPS2、PTPRC、DOCK2、GPR65、HOXA9、FLJ12270 和HNRPD，和最优选地基因序列RPL12、RPLP2、MYB、ZNFN1A1、 SCAP1、STAT4、SP140、AMPD3、TNFAIP8、DDX18、TAF5、RPS2、 DOCK2、GPR65、HOXA9、FLJ12270和HNRPD，其表达表明对阿柔比 星的化学敏感性。
g)基因序列ARHGEF6、B2M、TOP2A、TOP2A、ELA2B、PTMA、 LMNB1、TNFRSF1A、NAP1L1、B2M、HNRPA1、RPL9、C5orf13、NCOR2、 ANP32B、OK/SW-cl.56、TUBA3、HMGN2、PRPS1、DDX5、PRG1、 PPIA、G6PD、PSMB9、SNRPF和MAP1B中的一种或多种，优选地基 因序列PGAM1、DPYSL3、INSIG1、GJA1、BNIP3、PRG1、G6PD、BASP1、 PLOD2、LOXL2、SSBP2、C1orf29、TOX、STC1、TNFRSF1A、NCOR2、 NAP1L1、LOC94105、COL6A2、ARHGEF6、GATA3、TFPI、LAT、CD3Z、 AF1Q、MAP1B、PTPRC、PRKCA、TRIM22、CD3D、BCAT1、IFI44、 CCL2、RAB31、CUTC、NAP1L2、NME7、FLJ21159和COL5A2，和最 优选地基因序列PGAM1、DPYSL3、INSIG1、GJA1、BNIP3、PRG1、 G6PD、PLOD2、LOXL2、SSBP2、C1orf29、TOX、STC1、TNFRSF1A、 NCOR2、NAP1L1、LOC94105、ARHGEF6、GATA3、TFPI、LAT、CD3Z、 AF1Q、MAP1B、TRIM22、CD3D、BCAT1、IFI44、CUTC、NAP1L2、 NME7、FLJ21159和COL5A2，其表达表明对米托蒽醌的化学敏感性。
h)基因序列GAPD、GAPD、GAPD、TOP2A、SUI1、TOP2A、FTL、 HNRPC、TNFRSF1A、SHC1、CCT7、P4HB、CTSL、DDX5、G6PD和 SNRPF中的一种或多种，优选地基因序列STC1、GPR65、DOCK10、 COL5A2、FAM46A和LOC54103，和最优选地基因序列STC1、GPR65、 DOCK10、COL5A2、FAM46A和LOC54103，其表达表明对丝裂霉素的 化学敏感性。
i)基因序列RPS23、SFRS3、KIAA0114、RPL39、SFRS3、LOC51035、 RPS6、EXOSC2、RPL35、IFRD2、SMN2、EEF1A1、RPS3、RPS18和 RPS7中的一种或多种，优选地基因序列RPL10、RPS4X、NUDC、RALY、 DKC1、DKFZP564C186、PRP19、RAB9P40、HSA9761、GMDS、CEP1、 IL13RA2、MAGEB2、HMGN2、ALMS1、GPR65、FLJ10774、NOL8、 DAZAP1、SLC25A15、PAF53、DXS9879E、PITPNC1、SPANXC和 KIAA1393和most preferably RPL10、RPS4X、NUDC、DKC1、 DKFZP564C186、PRP19、RAB9P40、HSA9761、GMDS、CEP1、IL13RA2、 MAGEB2、HMGN2、ALMS1、GPR65、FLJ10774、NOL8、DAZAP1、 SLC25A15、PAF53、DXS9879E、PITPNC1、SPANXC和KIAA1393， 其表达表明对紫杉醇的化学敏感性。
j)基因序列CSDA、LAMR1和TUBA3中的一种或多种，优选地基 因序列PFN1、PGAM1、K-ALPHA-1、CSDA、UCHL1、PWP1、 PALM2-AKAP2、TNFRSF1A、ATP5G2、AF1Q、NME4和FHOD1，和 最优选地基因序列PFN1、PGAM1、K-ALPHA-1、CSDA、UCHL1、PWP1、 PALM2-AKAP2、TNFRSF1A、ATP5G2、AF1Q、NME4、FHOD1，其表 达表明对吉西他滨的化学敏感性。
k)基因序列RPS23、SFRS3、KIAA0114、SFRS3、RPS6、DDX39 和RPS7中的一种或多种，优选地基因序列ANP32B、GTF3A、RRM2、 TRIM14、SKP2、TRIP13、RFC3、CASP7、TXN、MCM5、PTGES2、 OBFC1、EPB41L4B和CALML4，和最优选地基因序列ANP32B、GTF3A、 RRM2、TRIM14、SKP2、TRIP13、RFC3、CASP7、TXN、MCM5、PTGES2、 OBFC1、EPB41L4B和CALML4，其表达表明对泰索帝的化学敏感性。
l)基因序列IL2RG、H1FX、RDBP、ZAP70、CXCR4、TM4SF2、 ARHGDIB、CDA、CD3E、STMN1、GNA15、AXL、CCND3、SATB1、 EIF5A、LCK、NKX2-5、LAPTM5、IQGAP2、FLII、EIF3S5、TRB、CD3D、 HOXB2、GATA3、HMGB2、PSMB9、ATP5G2、CORO1A、ARHGDIB、 DRAP1、PTPRCAP、RHOH和ATP2A3中的一种或多种，优选地基因 序列IFITM2、UBE2L6、LAPTM5、USP4、ITM2A、ITGB2、ANPEP、 CD53、IL2RG、CD37、GPRASP1、PTPN7、CXorf9、RHOH、GIT2、 ADORA2A、ZNFN1A1、GNA15、CEP1、TNFRSF7、MAP4K1、CCR7、 CD3G、PTPRC、ATP2A3、UCP2、CORO1A、GATA3、CDKN2A、HEM1、 TARP、LAIR1、SH2D1A、FLII、SEPT6、HA-1、CREB3L1、ERCC2、 CD3D、LST1、AIF1、ADA、DATF1、ARHGAP15、PLAC8、CECR1、 LOC81558和EHD2，和最优选地基因序列IFITM2、UBE2L6、USP4、 ITM2A、IL2RG、GPRASP1、PTPN7、CXorf9、RHOH、GIT2、ZNFN1A1、 CEP1、TNFRSF7、MAP4K1、CCR7、CD3G、ATP2A3、UCP2、GATA3、 CDKN2A、TARP、LAIR1、SH2D1A、SEPT6、HA-1、ERCC2、CD3D、 LST1、AIF1、ADA、DATF1、ARHGAP15、PLAC8、CECR1、LOC81558 和EHD2，其表达表明对地塞米松的化学敏感性。
m)基因序列TM4SF2、ARHGDIB、ADA、H2AFZ、NAP1L1、CCND3、 FABP5、LAMR1、REA、MCM5、SNRPF和USP7中的一种或多种，优 选地基因序列ITM2A、RHOH、PRIM1、CENTB1、GNA15、NAP1L1、 ATP5G2、GATA3、PRKCQ、SH2D1A、SEPT6、PTPRC、NME4、RPL13、 CD3D、CD1E、ADA和FHOD1，和最优选地基因序列ITM2A、RHOH、 PRIM1、CENTB1、NAP1L1、ATP5G2、GATA3、PRKCQ、SH2D1A、 SEPT6、NME4、CD3D、CD1E、ADA和FHOD1，其表达表明对Ara-C 的化学敏感性。
n)基因序列LGALS9、CD7、IL2RG、PTPN7、ARHGEF6、CENTB1、 SEPT6、SLA、LCP1、IFITM1、ZAP70、CXCR4、TM4SF2、ZNF91、 ARHGDIB、TFDP2、ADA、CD99、CD3E、CD1C、STMN1、CD53、 CD7、GNA15、CCND3、MAZ、SATB1、ZNF22、AES、AIF1、MYB、 LCK、C5orf13、NKX2-5、ZNFN1A1、STAT5A、CHI3L2、LAPTM5、 MAP4K1、DDX11、GPSM3、TRB、CD3D、CD3G、PRKCB1、CD1E、 HCLS1、GATA3、TCF7、RHOG、CDW52、HMGB2、DGKA、ITGB2、 PSMB9、IDH2、AES、MCM5、NUCB2、CORO1A、ARHGDIB、PTPRCAP、 CD47、RHOH、LGALS9和ATP2A3中的一种或多种，优选地基因序列 CD99、SRRM1、ARHGDIB、LAPTM5、VWF、ITM2A、ITGB2、LGALS9、 INPP5D、SATB1、CD53、TFDP2、SLA、IL2RG、MFNG、CD37、GMFG、 SELL、CDW52、LRMP、ICAM2、RIMS3、PTPN7、ARHGAP25、LCK、 CXorf9、RHOH、PTPRCAP、GIT2、ZNFN1A1、CENTB1、LCP2、SPI1、 GNA15、GZMA、CEP1、BLM、CD8A、SCAP1、CD2、CD1C、TNFRSF7、 VAV1、MAP4K1、CCR7、C6orf32、ALOX15B、BRDT、CD3G、PTPRC、 LTB、ATP2A3、NVL、RASGRP2、LCP1、CORO1A、CXCR4、PRKD2、 GATA3、TRA@、PRKCB1、HEM1、KIAA0922、TARP、SEC31L2、PRKCQ、 SH2D1A、CHRNA3、CD1A、LST1、LAIR1、CACNA1G、TRB@、SEPT6、 HA-1、DOCK2、CD3D、TRD@、T3JAM、FNBP1、CD6、AIF1、FOLH1、 CD1E、LY9、UGT2B17、ADA、CDKL5、TRIM、EVL、DATF1、RGC32、 PRKCH、ARHGAP15、NOTCH1、BIN2、SEMA4G、DPEP2、CECR1、 BCL11B、STAG3、GALNT6、UBASH3A、PHEMX、FLJ13373、LEF1、 IL21R、MGC17330、AKAP13、ZNF335和GIMAP5，和最优选地基因序 列CD99、ARHGDIB、VWF、ITM2A、LGALS9、INPP5D、SATB1、TFDP2、 SLA、IL2RG、MFNG、SELL、CDW52、LRMP、ICAM2、RIMS3、PTPN7、 ARHGAP25、LCK、CXorf9、RHOH、GIT2、ZNFN1A1、CENTB1、LCP2、 SPI1、GZMA、CEP1、CD8A、SCAP1、CD2、CD1C、TNFRSF7、VAV1、 MAP4K1、CCR7、C6orf32、ALOX15B、BRDT、CD3G、LTB、ATP2A3、 NVL、RASGRP2、LCP1、CXCR4、PRKD2、GATA3、TRA@、KIAA0922、 TARP、SEC31L2、PRKCQ、SH2D1A、CHRNA3、CD1A、LST1、LAIR1、 CACNA1G、TRB@、SEPT6、HA-1、DOCK2、CD3D、TRD@、T3JAM、 FNBP1、CD6、AIF1、FOLH1、CD1E、LY9、ADA、CDKL5、TRIM、 EVL、DATF1、RGC32、PRKCH、ARHGAP15、NOTCH1、BIN2、SEMA4G、 DPEP2、CECR1、BCL11B、STAG3、GALNT6、UBASH3A、PHEMX、 FLJ13373、LEF1、IL21R、MGC17330、AKAP13、ZNF335和GIMAP5， 其表达表明对甲基强的松龙的化学敏感性。
o)基因序列RPLP2、RPL4、HMGA1、RPL27、IMPDH2、LAMR1、 PTMA、ATP5B、NPM1、NCL、RPS25、RPL9、TRAP1、RPL21、LAMR1、 REA、HNRPA1、LDHB、RPS2、NME1、PAICS、EEF1B2、RPS15A、 RPL19、RPL6、ATP5G2、SNRPF、SNRPG和RPS7中的一种或多种， 优选地基因序列PRPF8、RPL18、RNPS1、RPL32、EEF1G、GOT2、RPL13A、 PTMA、RPS15、RPLP2、CSDA、KHDRBS1、SNRPA、IMPDH2、RPS19、 NUP88、ATP5D、PCBP2、ZNF593、HSU79274、PRIM1、PFDN5、OXA1L、 H3F3A、ATIC、RPL13、CIAPIN1、FBL、RPS2、PCCB、RBMX、SHMT2、 RPLP0、HNRPA1、STOML2、RPS9、SKB1、GLTSCR2、CCNB1IP1、 MRPS2、FLJ20859和FLJ12270，和最优选地基因序列PRPF8、RPL18、 GOT2、RPL13A、RPS15、RPLP2、CSDA、KHDRBS1、SNRPA、IMPDH2、 RPS19、NUP88、ATP5D、PCBP2、ZNF593、HSU79274、PRIM1、PFDN5、 OXA1L、H3F3A、ATIC、CIAPIN1、RPS2、PCCB、SHMT2、RPLP0、 HNRPA1、STOML2、SKB1、GLTSCR2、CCNB1IP1、MRPS2、FLJ20859 和FLJ12270，其表达表明对氨甲蝶呤的化学敏感性。
p)基因序列ACTB、COL5A1、MT1E、CSDA、COL4A2、MMP2、 COL1A1、TNFRSF1A、CFHL1、TGFBI、FSCN1、NNMT、PLAUR、CSPG2、 NFIL3、C5orf13、NCOR2、TUBB4、MYLK、TUBA3、PLAU、COL4A2、 COL6A2、COL6A3、IFITM2、PSMB9、CSDA和COL1A1中的一种或 多种，优选地基因序列MSN、PFN1、HK1、ACTR2、MCL1、ZYX、 RAP1B、GNB2、EPAS1、PGAM1、CKAP4、DUSP1、MYL9、K-ALPHA-1、 LGALS1、CSDA、AKR1B1、IFITM2、ITGA5、VIM、DPYSL3、JUNB、 ITGA3、NFKBIA、LAMB1、FHL1、INSIG1、TIMP1、GJA1、PSME2、 PRG1、EXT1、DKFZP434J154、OPTN、M6PRBP1、MVP、VASP、ARL7、 NNMT、TAP1、COL1A1、BASP1、PLOD2、ATF3、PALM2-AKAP2、 IL8、ANPEP、LOXL2、TGFB1、IL4R、DGKA、STC2、SEC61G、NFIL3、 RGS3、NK4、F2R、TPM2、PSMB9、LOX、STC1、CSPG2、PTGER4、 IL6、SMAD3、PLAU、WNT5A、BDNF、TNFRSF1A、FLNC、 DKFZP564K0822、FLOT1、PTRF、HLA-B、COL6A2、MGC4083、 TNFRSF10B、PLAGL1、PNMA2、TFPI、LAT、GZMB、CYR61、PLAUR、 FSCN1、ERP70、AF1Q、UBC、FGFR1、HIC、BAX、COL4A2、COL6A1、 IFITM3、MAP1B、FLJ46603、RAFTLIN、RRAS、FTL、KIAA0877、 MT1E、CDC10、DOCK2、TRIM22、RIS1、BCAT1、PRF1、DBN1、 MT1K、TMSB10、RAB31、FLJ10350、C1orf24、NME7、TMEM22、 TPK1、COL5A2、ELK3、CYLD、ADAMTS1、EHD2和ACTB，和最优 选地基因序列PFN1、HK1、MCL1、ZYX、RAP1B、GNB2、EPAS1、 PGAM1、CKAP4、DUSP1、MYL9、K-ALPHA-1、LGALS1、CSDA、IFITM2、 ITGA5、DPYSL3、JUNB、NFKBIA、LAMB1、FHL1、INSIG1、TIMP1、 GJA1、PSME2、PRG1、EXT1、DKFZP434J154、MVP、VASP、ARL7、 NNMT、TAP1、PLOD2、ATF3、PALM2-AKAP2、IL8、LOXL2、IL4R、 DGKA、STC2、SEC61G、RGS3、F2R、TPM2、PSMB9、LOX、STC1、 PTGER4、IL6、SMAD3、WNT5A、BDNF、TNFRSF1A、FLNC、 DKFZP564K0822、FLOT1、PTRF、HLA-B、MGC4083、TNFRSF10B、 PLAGL1、PNMA2、TFPI、LAT、GZMB、CYR61、PLAUR、FSCN1、 ERP70、AF1Q、HIC、COL6A1、IFITM3、MAP1B、FLJ46603、RAFTLIN、 RRAS、FTL、KIAA0877、MT1E、CDC10、DOCK2、TRIM22、RIS1、 BCAT1、PRF1、DBN1、MT1K、TMSB10、FLJ10350、C1orf24、NME7、 TMEM22、TPK1、COL5A2、ELK3、CYLD、ADAMTS1、EHD2和ACTB， 其表达表明对博来霉素的化学敏感性。
q)基因序列NOS2A、MUC1、TFF3、GP1BB、IGLL1、BATF、MYB、 PTPRS、NEFL、AIP、CEL、DGKA、RUNX1、ACTR1A和CLCNKA中 的一种或多种，优选地基因序列PTMA、SSRP1、NUDC、CTSC、AP1G2、 PSME2、LBR、EFNB2、SERPINA1、SSSCA1、EZH2、MYB、PRIM1、 H2AFX、HMGA1、HMMR、TK2、WHSC1、DIAPH1、LAMB3、DPAGT1、 UCK2、SERPINB1、MDN1、BRRN1、G0S2、RAC2、MGC21654、GTSE1、 TACC3、PLEK2、PLAC8、HNRPD和PNAS-4，和最优选地基因序列 SSRP1、NUDC、CTSC、AP1G2、PSME2、LBR、EFNB2、SERPINA1、 SSSCA1、EZH2、MYB、PRIM1、H2AFX、HMGA1、HMMR、TK2、 WHSC1、DIAPH1、LAMB3、DPAGT1、UCK2、SERPINB1、MDN1、 BRRN1、G0S2、RAC2、MGC21654、GTSE1、TACC3、PLEK2、PLAC8、 HNRPD和PNAS-4，其表达表明对甲基-GAG的化学敏感性。
r)基因序列MSN、ITGA5、VIM、TNFAIP3、CSPG2、WNT5A、 FOXF2、LOC94105、IFI16、LRRN3、FGFR1、DOCK10、LEPRE1、COL5A2 和ADAMTS1，和最优选地基因序列ITGA5、TNFAIP3、WNT5A、FO XF2、 LOC94105、IFI16、LRRN3、DOCK10、LEPRE1、COL5A2和ADAMTS1， 其表达表明对卡铂的化学敏感性。
s)基因序列RPL18、RPL10A、RNPS1、ANAPC5、EEF1B2、RPL13A、 RPS15、AKAP1、NDUFAB1、APRT、ZNF593、MRP63、IL6R、RPL13、 SART3、RPS6、UCK2、RPL3、RPL17、RPS2、PCCB、TOMM20、SHMT2、 RPLP0、GTF3A、STOML2、DKFZp564J157、MRPS2、ALG5和CALML4， 和最优选地基因序列RPL18、RPL10A、ANAPC5、EEF1B2、RPL13A、 RPS15、AKAP1、NDUFAB1、APRT、ZNF593、MRP63、IL6R、SART3、 UCK2、RPL17、RPS2、PCCB、TOMM20、SHMT2、RPLP0、GTF3A、 STOML2、DKFZp564J157、MRPS2、ALG5和CALML4，其表达表明对 5-FU(5-氟尿嘧啶)的化学敏感性。
t)基因序列ITK、KIFC1、VLDLR、RUNX1、PAFAH1B3、H1FX、 RNF144、TMSNB、CRY1、MAZ、SLA、SRF、UMPS、CD3Z、PRKCQ、 HNRPM、ZAP70、ADD1、RFC5、TM4SF2、PFN2、BMI1、TUBGCP3、 ATP6V1B2、RALY、PSMC5、CD1D、ADA、CD99、CD2、CNP、ERG、 MYL6、CD3E、CD1A、CD1B、STMN1、PSMC3、RPS4Y1、AKT1、 TAL1、GNA15、UBE2A、TCF12、UBE2S、CCND3、PAX6、MDK、 CAPG、RAG2、ACTN1、GSTM2、SATB1、NASP、IGFBP2、CDH2、 CRABP1、DBN1、CTNNA1、AKR1C1、CACNB3、FARSLA、CASP2、 CASP2、E2F4、LCP2、CASP6、MYB、SFRS6、GLRB、NDN、CPSF1、 GNAQ、TUSC3、GNAQ、JARID2、OCRL、FHL1、EZH2、SMOX、SLC4A2、 UFD1L、SEPW1、ZNF32、HTATSF1、SHD1、PTOV1、NXF1、FYB、 TRIM28、BC008967、TRB@、TFRC、H1F0、CD3D、CD3G、CENPB、 ALDH2、ANXA1、H2AFX、CD1E、DDX5、ABL1、CCNA2、ENO2、 SNRPB、GATA3、RRM2、GLUL、TCF7、FGFR1、SOX4、MAL、NUCB2、 SMA3、FAT、UNG、ARHGDIB、RUNX1、MPHOSPH6、DCTN1、SH3GL3、 VIM、PLEKHC1、CD47、POLR2F、RHOH、ADD1和ATP2A3中的一 种或多种，优选地基因序列ITK、KIFC1、VLDLR、RUNX1、PAFAH1B3、 H1FX、RNF144、TMSNB、CRY1、MAZ、SLA、SRF、UMPS、CD3Z、 PRKCQ、HNRPM、ZAP70、ADD1、RFC5、TM4SF2、PFN2、BMI1、 TUBGCP3、ATP6V1B2、RALY、PSMC5、CD1D、ADA、CD99、CD2、 CNP、ERG、MYL6、CD3E、CD1A、CD1B、STMN1、PSMC3、RPS4Y1、 AKT1、TAL1、GNA15、UBE2A、TCF12、UBE2S、CCND3、PAX6、 MDK、CAPG、RAG2、ACTN1、GSTM2、SATB1、NASP、IGFBP2、 CDH2、CRABP1、DBN1、CTNNA1、AKR1C1、CACNB3、FARSLA、 CASP2、CASP2、E2F4、LCP2、CASP6、MYB、SFRS6、GLRB、NDN、 CPSF1、GNAQ、TUSC3、GNAQ、JARID2、OCRL、FHL1、EZH2、SMOX、 SLC4A2、UFD1L、SEPW1、ZNF32、HTATSF1、SHD1、PTOV1、NXF1、 FYB、TRIM28、BC008967、TRB@、TFRC、H1F0、CD3D、CD3G、 CENPB、ALDH2、ANXA1、H2AFX、CD1E、DDX5、ABL1、CCNA2、 ENO2、SNRPB、GATA3、RRM2、GLUL、TCF7、FGFR1、SOX4、MAL、 NUCB2、SMA3、FAT、UNG、ARHGDIB、RUNX1、MPHOSPH6、DCTN1、 SH3GL3、VIM、PLEKHC1、CD47、POLR2F、RHOH、ADD1和ATP2A3， 和最优选地基因序列KIFC1、VDLR、RUNX1、PAFAH1B3、H1FX、 RNF144、TMSNB、CRY1、MAZ、SLA、SRF、UMPS、CD3Z、PRKCQ、 HNRPM、ZAP70、ADD1、RFC5、TM4SF2、PFN2、BMI1、TUBGCP3、 ATP6V1B2、CD1D、ADA、CD99、CD2、CNP、ERG、CD3E、CD1A、 PSMC3、RPS4Y1、AKT1、TAL1、UBE2A、TCF12、UBE2S、CCND3、 PAX6、RAG2、GSTM2、SATB1、NASP、IGFBP2、CDH2、CRABP1、 DBN1、AKR1C1、CACNB3、CASP2、CASP2、LCP2、CASP6、MYB、 SFRS6、GLRB、NDN、GNAQ、TUSC3、GNAQ、JARID2、OCRL、FHL1、 EZH2、SMOX、SLC4A2、UFD1L、ZNF32、HTATSF1、SHD1、PTOV1、 NXF1、FYB、TRIM28、BC008967、TRB@、H1F0、CD3D、CD3G、 CENPB、ALDH2、ANXA1、H2AFX、CD1E、DDX5、CCNA2、ENO2、 SNRPB、GATA3、RRM2、GLUL、SOX4、MAL、UNG、ARHGDIB、 RUNX1、MPHOSPH6、DCTN1、SH3GL3、PLEKHC1、CD47、POLR2F、 RHOH和ADD1，其表达表明对MABTHERATM(利妥昔单抗)的化学 敏感性。
u)基因序列CCL21、ANXA2、SCARB2、MAD2L1BP、CAST、PTS、 NBL1、ANXA2、CD151、TRAM2、HLA-A、CRIP2、UGCG、PRSS11、 MME、CBR1、LGALS1、DUSP3、PFN2、MICA、FTH1、RHOC、ZAP128、 PON2、COL5A2、CST3、MCAM、IGFBP3、MMP2、GALIG、CTSD、 ALDH3A1、CSRP1、S100A4、CALD1、CTGF、CAPG、HLA-A、ACTN1、 TAGLN、FSTL1、SCTR、BLVRA、COPEB、DIPA、SMARCD3、FN1、 CTSL、CD63、DUSP1、CKAP4、MVP、PEA15、S100A13和ECE1中 的一种或多种，优选地基因序列TRA1、ACTN4、WARS、CALM1、CD63、 CD81、FKBP1A、CALU、IQGAP1、CTSB、MGC8721、STAT1、TACC1、 TM4SF8、CD59、CKAP4、DUSP1、RCN1、MGC8902、LGALS1、BHLHB2、 RRBP1、PKM2、PRNP、PPP2CB、CNN3、ANXA2、IER3、JAK1、MARCKS、 LUM、FER1L3、SLC20A1、EIF4G3、HEXB、EXT1、TJP1、CTSL、SLC39A6、 RIOK3、CRK、NNMT、COL1A1、TRAM2、ADAM9、DNAJC7、PLSCR1、 PRSS23、PLOD2、NPC1、TOB1、GFPT1、IL8、DYRK2、PYGL、LOXL2、 KIAA0355、UGDH、NFIL3、PURA、ULK2、CENTG2、NID2、CAP350、 CXCL1、BTN3A3、IL6、WNT5A、FOXF2、LPHN2、CDH11、P4HA1、 GRP58、ACTN1、CAPN2、DSIPI、MAP1LC3B、GALIG、IGSF4、IRS2、 ATP2A2、OGT、TNFRSF10B、KIAA1128、TM4SF1、RBPMS、RIPK2、 CBLB、NR1D2、BTN3A2、SLC7A11、MPZL1、IGFBP3、SSA2、FN1、 NQO1、ASPH、ASAH1、MGLL、SERPINB6、HSPA5、ZFP36L1、COL4A2、 COL4A1、CD44、SLC39A14、NIPA2、FKBP9、IL6ST、DKFZP564G2022、 PPAP2B、MAP1B、MAPK1、MYO1B、CAST、RRAS2、QKI、LHFPL2、 38970、ARHE、KIAA1078、FTL、KIAA0877、PLCB1、KIAA0802、KPNB1、 RAB3GAP、SERPINB1、TIMM17A、SOD2、HLA-A、NOMO2、LOC55831、 PHLDA1、TMEM2、MLPH、FAD104、LRRC5、RAB7L1、FLJ35036、 DOCK10、LRP12、TXNDC5、CDC14B、HRMT1L1、CORO1C、DNAJC10、 TNPO1、LONP、AMIGO2、DNAPTP6和ADAMTS1，和最优选地基因 序列TRA1、ACTN4、CALM1、CD63、FKBP1A、CALU、IQGAP1、 MGC8721、STAT1、TACC1、TM4SF8、CD59、CKAP4、DUSP1、RCN1、 MGC8902、LGALS1、BHLHB2、RRBP1、PRNP、IER3、MARCKS、LUM、 FER1L3、SLC20A1、HEXB、EXT1、TJP1、CTSL、SLC39A6、RIOK3、 CRK、NNMT、TRAM2、ADAM9、DNAJC7、PLSCR1、PRSS23、PLOD2、 NPC1、TOB1、GFPT1、IL8、PYGL、LOXL2、KIAA0355、UGDH、PURA、 ULK2、CENTG2、NID2、CAP350、CXCL1、BTN3A3、IL6、WNT5A、 FOXF2、LPHN2、CDH11、P4HA1、GRP58、DSIPI、MAP1LC3B、GALIG、 IGSF4、IRS2、ATP2A2、OGT、TNFRSF10B、KIAA1128、TM4SF1、 RBPMS、RIPK2、CBLB、NR1D2、SLC7A11、MPZL1、SSA2、NQO1、 ASPH、ASAH1、MGLL、SERPINB6、HSPA5、ZFP36L1、COL4A1、CD44、 SLC39A14、NIPA2、FKBP9、IL6ST、DKFZP564G2022、PPAP2B、MAP1B、 MAPK1、MYO1B、CAST、RRAS2、QKI、LHFPL2、38970、ARHE、 KIAA1078、FTL、KIAA0877、PLCB1、KIAA0802、RAB3GAP、SERPINB1、 TIMM17A、SOD2、HLA-A、NOMO2、LOC55831、PHLDA1、TMEM2、 MLPH、FAD104、LRRC5、RAB7L1、FLJ35036、DOCK10、LRP12、 TXNDC5、CDC14B、HRMT1L1、CORO1C、DNAJC10、TNPO1、LONP、 AMIGO2、DNAPTP6和ADAMTS1，其表达表明对放射治疗的敏感性。
v)基因序列FAU、NOL5A、ANP32A、ARHGDIB、LBR、FABP5、 ITM2A、SFRS5、IQGAP2、SLC7A6、SLA、IL2RG、MFNG、GPSM3、 PIM2、EVER1、LRMP、ICAM2、RIMS3、FMNL1、MYB、PTPN7、LCK、 CXorf9、RHOH、ZNFN1A1、CENTB1、LCP2、DBT、CEP1、IL6R、 VAV1、MAP4K1、CD28、PTP4A3、CD3G、LTB、USP34、NVL、CD8B1、 SFRS6、LCP1、CXCR4、PSCDBP、SELPLG、CD3Z、PRKCQ、CD1A、 GATA2、P2RX5、LAIR1、C1orf38、SH2D1A、TRB@、SEPT6、HA-1、 DOCK2、WBSCR20C、CD3D、RNASE6、SFRS7、WBSCR20A、NUP210、 CD6、HNRPA1、AIF1、CYFIP2、GLTSCR2、C11orf2、ARHGAP15、 BIN2、SH3TC1、STAG3、TM6SF1、C15orf25、FLJ22457、PACAP和 MGC2744，其表达表明对HDAC抑制剂的敏感性。
w)基因序列CD99、SNRPA、CUGBP2、STAT5A、SLA、IL2RG、 GTSE1、MYB、PTPN7、CXorf9、RHOH、ZNFN1A1、CENTB1、LCP2、 HIST1H4C、CCR7、APOBEC3B、MCM7、LCP1、SELPLG、CD3Z、PRKCQ、 GZMB、SCN3A、LAIR1、SH2D1A、SEPT6、CG018、CD3D、C18orf10、 PRF1、AIF1、MCM5、LPXN、C22orf18、ARHGAP15和LEF1，其表达 表明对5-氮杂-2′-脱氧胞苷(地西他滨)的敏感性。
可以在本发明的微阵列上使用的探针包括具有与上述生物标记基 因序列中的任何一种互补的序列的寡核苷酸探针。此外，在本发明的微 阵列上使用的探针还可以包括蛋白质、肽或抗体，其选择性结合寡核苷 酸探针序列中的任何一种或其互补序列。示例性探针在表22-44中列出， 其中对于列出的每种治疗，显示了指示治疗敏感性的基因生物标记、生 物标记基因表达与生长抑制的关联、检测生物标记基因(表1-21)表达 的示例性探针(表22-44)的序列。
生物标记基因的鉴定
NCI60癌细胞系的基因表达测量得自国家癌症研究所和麻省理工学 院(MIT)。每个数据集进行标准化，从而使得可以比较由不同芯片测 量的样品表达。标准化的优选方法是分对数变换，其对于每个芯片上的 每种基因y进行：
分对数(y)＝log[(y-背景)/(饱和-y)]， 其中背景计算为在芯片上测量的最小强度减信号强度范围：min-0.001* (max-min)的0.1％，和饱和计算为在芯片上测量的最大强度加信号强 度范围：max+0.001*(max-min)的0.1％。所得到的分对数变换的数据 随后进行z变换至平均值0和标准差1。
接下来，使基因表达与癌细胞生长抑制关联。在测试的数以千计的 化合物中任何一种的存在下NCI60细胞系的生长抑制数据(GI50)得自 NCI。每种细胞系中每种基因的分对数变换的表达水平和GI50(导致50％ 的生长抑制的给定化合物浓度)的对数之间的关联可以例如使用皮尔逊 (Pearson)相关系数或斯皮尔曼(Spearman)等级次序相关系数进行计 算。代替使用GI50s，患者对给定化合物的敏感性的任何其他测量可以 与患者的基因表达关联。因为多个测量值对于单基因可以是可获得的， 所以相关系数的最精确测定发现是对于测量同一基因表达的所有探针 计算的相关系数的中值。
对于所有基因计算对探针测量的基因表达与生长抑制或患者敏感 性的中值相关系数，具有超过0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、0.95 或0.99的中值关联的基因保留为生物标记基因。优选地，生物标记基因 的相关系数将超过0.3。这对于待测试的所有化合物进行重复。结果是 与测试的每种化合物的敏感性关联的标记基因列表。
预测患者对于医学治疗的敏感性或抗性
对于给定化合物，表达已显示与化学敏感性关联的生物标记基因可 以用于将患者例如癌症患者分类为对医学治疗敏感，所述医学治疗例如 化学治疗剂或放射的施用。使用来自患者的肿瘤样品或血液样品(例如， 在白血病或淋巴瘤的情况下)，测定(使用例如RNA提取试剂盒、DNA 微阵列和DNA微阵列扫描仪)在治疗剂的存在下患者细胞中的生物标 记基因的表达。基因表达测量值随后如上所述进行分对数变换。标记基 因的表达测量值的总和随后与来源于具有相同肿瘤的患者的训练集群 体的总和的中值进行比较。如果患者中的基因表达的总和最接近训练集 的存活成员中的表达的总和的中值，那么患者预测对化合物或其他医学 治疗敏感。如果患者中的表达的总和最接近训练集的非存活成员中的表 达的总和的中值，那么患者预测对化合物有抗性。
机器学习技术例如神经网络、支持向量机、K最近邻和最近重心也 可以用于开发模型，所述模型区分对治疗敏感的患者和对治疗有抗性的 那些，使用生物标记基因表达作为将每个患者归于有抗性或敏感的分类 的模型变量。用于使用各种测量值给患者分类的机器学习技术在下述参 考文献中得到描述：美国专利号5,822,715；美国专利申请公开号 2003/0073083，2005/0227266，2005/0208512，2005/0123945，2003/0129629 和2002/0006613；和Vapnik V N.Statistical Learning Theory，John Wiley &Sons，New York，1998；Hastie等人，2001，The Elements of Statistical Learning：Data Mining，Inference，and Prediction，Springer，N.Y.；Agresti， 1996，An Introduction to Categorical Data Analysis，John Wiley & Sons， New York；V.Tresp等人，“Neural Network Modeling of Physiological Processes”，in Hanson S.J.等人(编辑)，Computational Learning Theory and Natural Learning Systems 2，MIT Press，1994，所述参考文献各自在 此整体引入作为参考。
仅使用具有产生与癌细胞生长抑制的中值相关系数的测量值的寡 核苷酸探针可以设计更紧凑的微阵列。因此，在这个实施方案中，只需 要使用1个探针以测量每种基因的表达。
鉴定对癌症治疗敏感的患者亚群
本发明还可以用于鉴定对化合物或其他医学治疗敏感的患者例如 癌症患者亚群，所述化合物或其他医学治疗先前视为对癌症治疗无效。 为此，可以鉴定生物标记基因，其表达与化合物或其他治疗的敏感性关 联，从而使得可以鉴定对化合物或其他治疗敏感的患者。为了鉴定此类 基因生物标记，细胞系内的基因表达可以与在相同化合物或其他治疗的 存在下那些细胞系的生长关联。优选地，其表达与细胞生长具有超过0.3 的相关系数的基因可以视为可能的生物标记。
可替代地，基因可以根据其区分已知对治疗敏感的患者和已知有抗 性的那些的能力鉴定为生物标记。敏感或有抗性的患者之间的基因表达 中的差异的显著性可以使用例如t检验进行测量。可替代地，考虑到治疗 患者群体内的敏感和有抗性亚群的基因表达，原初贝叶斯(Bayesian) 分类器可以用于鉴定区分敏感和有抗性的患者亚群的基因生物标记。
考虑的患者亚群可以进一步分成预测在没有治疗的条件下存活的 患者、预测如果没有治疗则死亡的患者，和预测如果没有治疗则具有症 状的患者。上述方法可以相似地应用于这些进一步限定的患者亚群中的 任何一种，以鉴定能够预测患者对用于癌症治疗的化合物或其他治疗的 敏感性的基因生物标记。
具有升高的生物标记基因表达的患者将预测对那种化合物或其他 医学治疗敏感，所述生物标记基因与对化合物或其他医学治疗的敏感性 关联。
本发明通过使用本文公开的基因表达方法以鉴定可以用于预测临 床结果的基因生物标记，鉴定敏感患者亚群，从而对于恢复在临床试验 中失败的化合物或其他治疗特别有用。
用于临床用途的试剂盒、仪器和软件
本发明还可以通过使用试剂盒，用于预测对特定治疗有抗性或敏感 的患者，所述试剂盒包括用于从肿瘤提取RNA的试剂盒(例如，来自 Invitrogen Inc的Trizol)、用于RNA扩增的试剂盒(例如，来自Ambion Inc 的MessageAmp)、用于测量基因表达的微阵列(例如，来自Affymetrix Inc的HG-U133A GeneChip)、微阵列杂交工作站和扫描仪(例如，来自 Affymetrix Inc的GeneChip System 3000Dx)，和用于分析如本文所描述 的标记基因的表达的软件(例如，在来自R-Project的R或来自Insightful Corp.的S-Plus中实现)。
体外癌症生长抑制筛选的方法
癌症筛选组的人肿瘤细胞系在包含5％胎牛血清和2mM L-谷氨酰 胺的RPMI 1640培养基中生长。细胞在100μL中以5,000-40,000细胞/孔的 铺板密度(取决于单个细胞系的倍增时间)接种到96孔微量滴定板内。 细胞接种后，在添加实验化合物前，使微量滴定板在37℃、5％CO2、95％ 空气和100％相对湿度下温育24小时。
24小时后，将每种细胞系的2块平板用TCA原位固定，以表示在化 合物添加时(Tz)每种细胞系的细胞群体的测量值。将实验化合物以所 需最终最大测试浓度的400倍溶解于二甲亚砜中，且在使用前冷冻贮存。 在化合物添加时，使冷冻浓缩物的等分试样解冻，且用包含50μg/ml庆 大霉素的完全培养基稀释至所需最终最大测试浓度的2倍。制备另外4份 10倍或1/2log系列稀释，以提供总共5个化合物浓度加对照。向已包含100 μl培养基的合适的微量滴定板孔中加入100μl这些不同化合物稀释液的 等分试样，产生所需最终化合物浓度。
化合物添加后，使平板在37℃、5％CO2、95％空气和100％相对湿 度下温育另外48小时。对于贴壁细胞，测定法通过添加冷TCA而终止。 细胞通过轻柔添加50μl冷50％(w/v)TCA(终浓度，10％TCA)进行 原位固定，且于4℃温育60分钟。弃去上清液，并且用自来水将平板洗 涤5次且在空气中干燥。磺基罗丹明B(SRB)溶液(100μl)以溶于1％ 乙酸的0.4％(w/v)加入每个孔中，且使平板在室温下温育10分钟。染 色后，通过用1％乙酸洗涤5次去除未结合的染料，且使平板在空气中干 燥。结合的染料随后用10mM氨基丁三醇碱(trizma base)溶解，且在 自动化平板读数仪上515nm处读出吸光度。对于悬浮细胞，方法相同， 除了测定法通过轻柔添加50μl 80％TCA(终浓度，16％TCA)固定孔 底部的沉降细胞来终止。使用7种吸光度测量[时间0，(Tz)，对照生 长，(C)，和在5种终浓度水平上的化合物(Ti)的存在下测试生长]， 生长百分比在每种化合物浓度水平上进行计算。生长抑制百分比计算 为：
对于Ti>/＝Tz的浓度，[(Ti-Tz)/(C-Tz)]x 100
对于Ti对于每种实验试剂计算3种剂量反应参数。50％的生长抑制(GI50) 根据[(Ti-Tz)/(C-Tz)]x 100＝50进行计算，这是在化合物温育期间导 致对照细胞中的净蛋白质增加(如通过SRB染色测量的)减少50％的化 合物浓度。导致全部生长抑制(TGI)的化合物浓度根据Ti＝Tz进行计算。 表明处理后细胞的净损失的LC50(与开始时比较，在化合物处理结束时 导致测量的蛋白质减少50％的化合物浓度)根据[(Ti-Tz)/Tz]x 100＝-50 进行计算。如果达到活性水平，那么对于这3种参数中的每一种计算数 值；然而，如果效应未达到或未超过，那么关于那种参数的值表示为大 于或小于测试的最大或最小浓度。
RNA提取和基因表达测量
细胞/组织样品在液氮中速冻直至加工。RNA使用例如来自 Invitrogen的Trizol试剂根据制造商的说明书进行提取。RNA使用例如来 自Ambion的MessageAmp试剂盒根据制造商的说明书进行扩增。扩增的 RNA使用例如来自Affymetrix Inc的HG-U133A GeneChip和相容的仪器 例如来自Affymetrix的GCS3000Dx进行定量，其中使用制造商的说明书。
所得到的基因表达测量值如本文件中所描述的进行进一步加工处 理。所描述的操作可以使用可从R-Project获得的R软件来实现，且用可 从Bioconductor获得的软件包进行补充。
对于许多药物，10-30种生物标记足以给出足够的反应，因此，考虑 到所需生物标记的相对小数目，可以进行操作例如定量逆转录聚合酶链 式反应(qRT-PCR)，以用更大的精确度测量样品中表达的生物标记基 因的量。这将提供微阵列的替代物或补充物，从而使得使用本发明的生 物标记的、可能比单独的微阵列更定量的单伴随测试可以用于预测对新 药物的敏感性。qRT-PCR可以单独或与本文描述的微阵列组合进行。用 于进行qRT-PCR的操作在例如美国专利号7,101,663以及美国专利申请 号2006/0177837和2006/0088856中得到描述。本发明的方法可容易地应 用于新近发现的药物以及本文描述的药物。
提供下述实施例，从而使得本领域的普通技术人员可以了解如何使 用本发明的方法和试剂盒。实施例不意欲限制本发明人视为其发明的范 围。
实施例
实施例1：鉴定对常见化学治疗药物的化学敏感性的基因生物标记
NCI60数据集的60种癌细胞系的DNA芯片测量值从Broad Institute下 载且进行分对数标准化。针对相同细胞系的数以千计的化合物的生长抑 制数据从国家癌症研究所下载。其中达到50％的生长抑制(GI50)的差 异浓度小于1log的化合物视为不提供信息的且被拒绝。每种细胞系中每 种基因的表达与在给定化合物的存在下其在那些细胞系中的生长(-log (GI50))关联。当对于给定基因可获得多个表达测量值时，使用中值 皮尔逊相关系数，并且，具有超过0.3的中值相关系数的基因鉴定为给定 化合物的生物标记。
实施例2：脑癌患者的治疗敏感性的预测。
来自60个脑癌患者的肿瘤中的基因表达的DNA芯片测量值从Broad Institute下载。所有数据文件进行分对数标准化。对于常见化学治疗药物 顺铂、长春新碱、阿霉素、依托泊苷、阿柔比星、米托蒽醌和阿扎鸟嘌 呤中的每一种，对标记基因的基因表达进行总计。总和通过除以所有患 者的标准差进行标准化，且与存活患者的总和的中值和死亡患者的总和 的中值进行比较：
标准化的总和(化合物)＝
总和(化合物的标记基因)/sd(所有患者的总和)
敏感性(化合物)＝
[标准化的总和(化合物)-
中值(死亡患者的标准化的总和(化合物))]2
[标准化的总和(化合物)-中值(存活患者的标准化的总和(化合物))]2
图2和3显示60个患者中的2个患者所得到的治疗敏感性预测。所有 患者接受顺铂，并且基于顺铂化学敏感性的60个患者中的存活预测产生 显示于图4中的卡-迈二氏存活曲线。16种顺铂生物标记基因的表达首先 使用独立成分分析(fastICA)减少为5种成分(维数)。5种不同的分类 法针对来自60个患者的5种成分：具有K＝1的K最近邻、具有K＝3的K最 近邻、最近重心、支持向量机和神经网络。对放射治疗的化学敏感性或 敏感性通过组合5种方法的分类进行预测，其中每种分类法指定单一投 票：一致的化学敏感/治疗敏感预测导致化学敏感/治疗敏感的预测。所 有其他预测导致化学抗性的/治疗抗性的预测。组合分类器的性能使用留 一法(leave-one-out)交叉验证进行验证，并且2个预测组的存活显示于 图4中。预测化学敏感的患者的存活率高于预测化学抗性的患者。
实施例3：淋巴瘤(DLBCL)患者的化学敏感性的预测。
来自56个DLBCL(弥散性大B细胞性淋巴瘤)患者的肿瘤中的基因 表达的DNA芯片测量值从Broad Institute下载。所有数据文件进行分对数 标准化。所有患者接受长春新碱和阿霉素，并且基于长春新碱和阿霉素 化学敏感性的56个患者中的存活预测产生显示于图5中的卡-迈二氏存活 曲线。33种长春新碱基因和16种阿霉素基因的表达首先使用独立成分分 析(fastICA)减少为3种成分(维数)。5种不同的分类法针对来自56 个患者的独立组分：具有K＝1的K最近邻、具有K＝3的K最近邻、最近重 心、支持向量机和神经网络。化学敏感性通过组合5种方法的分类进行 预测，其中每种分类法指定单一投票：一致的化学敏感预测导致化学敏 感的预测。所有其他预测导致化学抗性的预测。组合分类器的性能使用 留一法交叉验证进行验证，并且2个预测组的存活显示于图5中。预测化 学敏感的患者的存活率高于预测化学抗性的患者。
实施例4：肺癌患者的化学敏感性的预测。
来自86个肺癌(腺癌)患者的肿瘤中的基因表达的DNA芯片测量值 从University of Michigan，Ann Arbor下载。在86个患者中，19个具有III 期疾病且接受辅助化学治疗。原始数据进行分对数标准化。代替上文对 于脑癌和淋巴瘤例子描述的组合分类器，计算每个患者的生物标记基因 表达的总和，且用于区分化学敏感和化学抗性患者。对于每个患者，总 计关于顺铂敏感性(所有III期患者在手术后接受顺铂)的16种标记基因 的基因表达。如果总和更接近存活患者的总和的中值，那么患者预测对 顺铂敏感。如果总和最接近非存活患者的总和的中值，那么患者预测对 顺铂有抗性。2个预测组的存活率显示于图6中。预测化学敏感的患者的 存活率高于预测化学抗性的患者。
实施例5：淋巴瘤(DLBCL)患者的利妥昔单抗敏感性的预测。
该方法不限于细胞毒性化学药物。它还可应用于预测蛋白质疗法， 例如批准用于治疗癌症的单克隆抗体的效力。例如，检查单克隆抗体 MABTHERATM(利妥昔单抗，RITUXANTM)。关于利妥昔单抗在细胞 系中的体外细胞毒性的数据得自公开报道(Ghetie等人，Blood，97(5)： 1392-1398，2001)。使每种细胞系中的这种细胞毒性与这些细胞系中的 基因表达关联(使用登记号GSE2350、GSE1880、GDS181从NCBI基因 表达综合数据库下载)。鉴定的标记基因用于预测在用利妥昔单抗和 CHOP(R-CHOP)治疗的14个患者的小组中DLBCL对利妥昔单抗的敏感 性(根据登记号GSE4475从NCBI基因表达综合下载)。不同芯片类型之 间的转换使用可通过Affymetrix获得的匹配表来进行。
在图7中比较预测对R-CHOP敏感的患者的存活与预测对R-CHOP有 抗性的患者的存活。预测化学敏感的患者的存活率高于预测化学抗性的 患者。
为了预测对组合疗法的敏感性，例如用于治疗弥散性大B细胞淋巴 瘤(DLBCL)的那些，患者对于特定组合疗法的敏感性通过将组合中使 用的单个化合物的标记基因组合进行预测。其例子显示于图8中，其中 显示了1个患者针对对抗DLBCL(由其首字母鉴定)使用的许多组合疗 法的预测的敏感性：R-CHOP包含利妥昔单抗(MABTHERATM)、长春 新碱、多柔比星(阿霉素)、环磷酰胺和强的松龙；R-ICE包含利妥昔 单抗、异环磷酰胺、卡铂和依托泊苷；R-MIME包含利妥昔单抗、米托 胍腙、异环磷酰胺、氨甲蝶呤和依托泊苷；CHOEP包含环磷酰胺、多柔 比星、依托泊苷、长春新碱和强的松龙；DHAP包含地塞米松、阿糖胞 苷(Ara C)和顺铂；ESHAP包含依托泊苷、甲基强的松龙(甲强龙)、 阿糖胞苷(Ara-C)和顺铂；HOAP-Bleo包含多柔比星、长春新碱、Ara C、 强的松龙和博来霉素。
实施例6：脑瘤(成神经管细胞瘤)患者的放射敏感性的预测。
鉴定生物标记的方法也可以应用于其他治疗形式例如放射治疗。例 如预测脑瘤患者对放射治疗的敏感性。用5,300-7，200cGy的肿瘤剂量产 生2,400-3,600厘戈瑞(cGy)的颅脊椎照射形式的放射治疗使用发出放 射束的医学装置施用于脑瘤患者。在NCI60数据集中使用的60种癌细胞 系对放射处理的敏感性得自公开报道。这种敏感性与如上所述的细胞系 中的基因表达关联，以鉴定标记基因。得自随后用放射治疗处理的患者 的脑瘤中基因表达的DNA微阵列测量值得自Broad Institute。鉴定的基团 生物标记用于将患者分类为对放射治疗敏感或有抗性。图9中显示了2个 预测分类中的患者的存活。预测对放射治疗敏感的患者的存活率高于预 测对放射治疗有抗性的患者。
实施例7：药物挽救
群体的每一个成员可能并非同样地反应于特定治疗。例如，因为在 测试的群体中缺乏效力，新化合物通常在晚期临床试验中失败。尽管此 类化合物在整个群体中可能无效，但由于各种原因，包括基因表达的固 有差异，可能存在对那些失败化合物敏感的亚群。如本文所描述的方法 通过鉴定对化合物敏感的患者亚群可以用于挽救失败的化合物，其中使 用其基因表达作为指示剂。限于敏感患者亚群的随后临床试验可能在那 种特定患者亚群内证实先前失败的化合物的效力，推动化合物朝向批准 用于在那种亚群中使用。
为此，化合物对如上所述收集的来自反应患者亚群的各种癌细胞样 品的抑制效应的体外测量，或受治疗患者的临床反应的测量值与来自那 些患者的细胞的基因表达进行比较。癌细胞样品的生长可以与如上所述 的基因表达测量值关联。这将鉴定可以用于预测患者对失败化合物的敏 感性的标记基因。优选地，生物标记基因将在先前显示对失败化合物敏 感的患者群体内进行鉴定。一旦生物标记得到鉴定，患者中的生物标记 基因的表达就可以根据上述操作进行测量。患者根据其基因生物标记表 达预测反应于或不反应于化合物治疗。临床效应随后必须在预测对失败 化合物敏感的患者群体中进行证实。
如果反应于化合物治疗的患者进一步再分成预测如果没有化合物 可存活的那些和预测如果没有化合物则死亡或经历复发的那些，该方法 可以进行进一步改进。预测死亡或经历复发的亚群中的临床效力可以进 行进一步证实。简言之，在随后死于其疾病的患者诊断时的基因表达与 5年后仍活着的患者诊断时的基因表达进行比较。在2个群体之间差异表 达的基因鉴定为有希望的生物标记，并且使用那些基因生物标记构建模 型以预测疗效。
已在临床试验中失败的化合物的例子包括在难治性、晚期非小细胞 肺癌(NSCLC)中的易瑞沙(吉非替尼，AstraZeneca)，用于晚期胰腺 癌的第一线治疗中的阿瓦斯丁(贝伐珠单抗，Genentech)，复发型转移 性乳癌患者中的阿瓦斯丁(贝伐珠单抗，Genentech)，和转移性非小细 胞肺癌(NSCLC)中的特罗凯(厄洛替尼，Genentech)。本发明的方 法可以特别应用于这些化合物，从而使得可以鉴定反应于那些化合物的 敏感患者亚群。
实施例8：关联的中值与中值的关联。
如本发明使用的单个探针测量值与癌细胞生长的关联的中值与中 值探针测量值的关联进行比较：这将确定在方法的哪个步骤时应进行中 值计算。在前者中，对于每种基因计算几种关联，因为多种探针测量给 定基因的表达，但最终仅保留相关系数的中值以鉴定生物标记。在后者 中，对于每种基因仅计算1种关联，因为对于每种基因仅考虑中值基因 表达测量值。图10显示使用中值表达测量值的关联以鉴定放射敏感性 的生物标记基因的结果，预测60个脑癌患者的存活。图10中预测放射 敏感的群体和预测放射抗性的群体之间存活的差异比使用中值相关系 数的图9中描绘的差异小得多，暗示在图9中使用的本发明的关联的中 值优于图10中描绘的中值的关联。
如果考虑单个标记基因如OMD，那么测量的细胞系的体外放射敏 感性的关联的中值为0.32。然而，中值的关联为0.39。然而，将截止值 从0.3调整至0.4以补偿差异对图10没有改善。
还比较了中值关联与如由Staunton等人，PNAS98(19)： 10787-10792，(2001)提议的加权投票。加权投票产生相似于图10的不 良结果，其中P值为0.11。
其他实施方案
本说明书中提及的所有出版物和专利申请引入本文作为参考，其程 度如同每个单个出版物或专利申请特别且个别指出引入作为参考一样。
尽管本发明已结合其具体实施方案进行描述，但应当理解它能够进 一步修改，并且本申请意欲包含一般而言符合本发明的原则的任何变 化、用途或适应，并且属于包括本发明所属技术领域的已知或常规实践 内的从本公开内容的偏离，且可以应用于在上文中阐述的基本特征。
图例：
列表_2006：使用新U133A芯片测量值在2006年鉴定的生物标记
列表_2005：在2005年专利提交中列出的生物标记
HU6800：使用旧HU6800芯片测量值获得的生物标记
列表_现有技术：在现有技术中匹配的生物标记
列表_优选的：生物标记的优选列表
关联：生物标记与针对化合物的敏感性的关联
表1.长春新碱生物标记
列表_2006    列表_2005  列表_现有技术  列表_优选的   关联
[1，]UBB                UBB                          0.39
[2，]RPS4X                             RPS4X         0.34
[3，]S100A4                            S100A4        0.32
[4，]NDUFS6                            NDUFS6        0.31
[5，]B2M                B2M                          0.35
[6，]C14orf139                         C14orf139     0.3
[7，]MAN1A1             MAN1A1                       0.33
[8，]SLC25A5 SLC25A5                   SLC25A5       0.32
[9，]RPL10                             RPL10         0.38
[10，]RPL12                            RPL12         0.31
[11，]EIF5A                            EIF5A         0.31
[12，]RPL36A RPL36A                    RPL36A        0.3
[13，]SUI1              SUI1                         0.33
[14，]BLMH                             BLMH          0.32
[15，]CTBP1                            CTBP1         0.32
[16，]TBCA                             TBCA          0.3
[17，]MDH2                             MDH2          0.34
[18，]DXS9879E                         DXS9879E      0.35
[19，]       SFRS3
[20，]       CCT5
[21，]       RPL39
[22，]      UBE2S
[23，]      EEF1A1
[24，]      COX7B
[25，]      RPLP2
[26，]      RPL24
[27，]      RPS23
[28，]      RPL18
[29，]      NCL
[30，]      RPL9
[31，]      RPL10A
[32，]      RPS10
[33，]      EIF3S2
[34，]      SHFM1
[35，]      RPS28
[36，]      REA
[37，]      GAPD
[38，]      HNRPA1
[39，]      RPS11
[40，]      LDHB
[41，]      RPL3
[42，]      RPL11
[43，]      MRPL12
[44，]      RPL18A
[45，]      RPS7
表2.顺铂生物标记
列表_2006    列表_2005   列表_现有技术  列表_优选的     关联
[1，]C1QR1                              C1QR1           0.3
[2，]HCLS1   HCLS1       HCLS1                          0.33
[3，]CD53                CD53                           0.35
[4，]SLA                                SLA             0.37
[5，]PTPN7    PTPN7                  PTPN7     0.31
[6，]PTPRCAP            PTPRCAP                0.32
[7，]ZNFN1A1                         ZNFN1A1   0.33
[8，]CENTB1                          CENTB1    0.37
[9，]PTPRC              PTPRC                  0.36
[10，]IFI16   IFI16                  IFI16     0.31
[11，]ARHGEF6                        ARHGEF6   0.35
[12，]SEC31L2                        SEC31L2   0.32
[13，]CD3Z                           CD3Z      0.32
[14，]GZMB                           GZMB      0.3
[15，]CD3D                           CD3D      0.34
[16，]MAP4K1                         MAP4K1    0.32
[17，]GPR65                          GPR65     0.39
[18，]PRF1                           PRF1      0.31
[19，]ARHGAP15                       ARHGAP15  0.35
[20，]TM6SF1                         TM6SF1    0.41
[21，]TCF4                           TCF4      0.4
[22，]        GAPD
[23，]        ARHGDIB
[24，]        RPS27
[25，]        C5orf13
[26，]        LDHB
[27，]        SNRPF
[28，]        B2M
[29，]        FTL
[30，]        NCL
[31，]        MSN
[32，]        XPO1
表3.阿扎鸟嘌呤生物标记
列表_2006   列表_2005    列表_现有技术   列表_优选的    关联
[1，]MSN        MSN        MSN                       0.36
[2，]SPARC      SPARC      SPARC                     0.48
[3，]VIM        VIM        VIM                       0.47
[4，]SRM        SRM                    SRM           0.32
[5，]SCARB1                            SCARB1        0.4
[6，]SIAT1                             SIAT1         0.31
[7，]CUGBP2                            CUGBP2        0.37
[8，]GAS7                  GAS7                      0.34
[9，]ICAM1                             ICAM1         0.43
[10，]WASPIP                           WASPIP        0.44
[11，]ITM2A                            ITM2A         0.31
[12，]PALM2-AKAP2                      PALM2-AKAP2   0.31
[13，]ANPEP                ANPEP                     0.33
[14，]PTPNS1                           PTPNS1        0.39
[15，]MPP1                             MPP1          0.32
[16，]LNK                              LNK           0.43
[17，]FCGR2A                           FCGR2A        0.3
[18，]EMP3      EMP3       EMP3                      0.33
[19，]RUNX3                            RUNX3         0.43
[20，]EVI2A                            EVI2A         0.4
[21，]BTN3A3                           BTN3A3        0.4
[22，]LCP2                             LCP2          0.34
[23，]BCHE                             BCHE          0.35
[24，]LY96                             LY96          0.47
[25，]LCP1                             LCP1          0.42
[26，]IFI16                            IFI16         0.33
[27，]MCAM      MCAM                   MCAM          0.37
[28，]MEF2C                            MEF2C         0.41
[29，]SLC1A4                           SLC1A4        0.49
[30，]BTN3A2               BTN3A2                    0.43
[31，]FYN                              FYN           0.31
[32，]FN1       FN1        FN1                       0.33
[33，]C1orf38                    C1orf38        0.37
[34，]CHS1                       CHS1           0.33
[35，]CAPN3             CAPN3                   0.5
[36，]FCGR2C                     FCGR2C         0.34
[37，]TNIK                       TNIK           0.35
[38，]AMPD2                      AMPD2          0.3
[39，]SEPT6                      SEPT6          0.41
[40，]RAFTLIN                    RAFTLIN        0.39
[41，]SLC43A3                    SLC43A3        0.52
[42，]RAC2                       RAC2           0.33
[43，]LPXN                       LPXN           0.54
[44，]CKIP-1                     CKIP-1         0.33
[45，]FLJ10539                   FLJ10539       0.33
[46，]FLJ35036                   FLJ35036       0.36
[47，]DOCK10                     DOCK10         0.3
[48，]TRPV2                      TRPV2          0.31
[49，]IFRG28                     IFRG28         0.3
[50，]LEF1                       LEF1           0.31
[51，]ADAMTS1                    ADAMTS1        0.36
[52，]         PRPS1
[53，]         DDOST
[54，]         B2M
[55，]         LGALS1
[56，]         CBFB
[57，]         SNRPB2
[58，]         EIF2S2
[59，]         HPRT1
[60，]         FKBP1A
[61，]         GYPC
[62，]         UROD
[63，]         HNRPA1
[64，]         SND1
[65，]       COPA
[66，]       MAPRE1
[67，]       EIF3S2
[68，]       ATP1B3
[69，]       ECM1
[70，]       ATOX1
[71，]       NARS
[72，]       PGK1
[73，]       OK/SW-cl.56
[74，]       EEF1A1
[75，]       GNAI2
[76，]       RPL7
[77，]       PSMB9
[78，]       GPNMB
[79，]       PPP1R11
[80，]       MIA
[81，]       RAB7
[82，]       SMS
表4.依托泊苷生物标记
列表_2006    列表_2005  列表_现有技术  列表_优选的  关联
[1，]CD99    CD99                      CD99         0.3
[2，]INSIG1                            INSIG1       0.35
[3，]LAPTM5             LAPTM5                      0.32
[4，]PRG1                              PRG1         0.34
[5，]MUF1                              MUF1         0.35
[6，]HCLS1              HCLS1                       0.33
[7，]CD53               CD53                        0.32
[8，]SLA                               SLA          0.37
[9，]SSBP2                             SSBP2        0.37
[10，]GNB5                             GNB5         0.35
[11，]MFNG                     MFNG        0.33
[12，]GMFG          GMFG                   0.32
[13，]PSMB9                    PSMB9       0.31
[14，]EVI2A                    EVI2A       0.41
[15，]PTPN7                    PTPN7       0.3
[16，]PTGER4                   PTGER4      0.3
[17，]CXorf9                   CXorf9      0.3
[18，]PTPRCAP       PTPRCAP                0.3
[19，]ZNFN1A1                  ZNFN1A1     0.35
[20，]CENTB1                   CENTB1      0.3
[21，]PTPRC         PTPRC                  0.31
[22，]NAP1L1                   NAP1L1      0.31
[23，]HLA-DRA                  HLA-DRA     0.34
[24，]IFI16                    IFI16       0.38
[25，]CORO1A        CORO1A                 0.3
[26，]ARHGEF6                  ARHGEF6     0.33
[27，]PSCDBP                   PSCDBP      0.4
[28，]SELPLG                   SELPLG      0.35
[29，]LAT                      LAT         0.3
[30，]SEC31L2                  SEC31L2     0.42
[31，]CD3Z                     CD3Z        0.36
[32，]SH2D1A                   SH2D1A      0.33
[33，]GZMB                     GZMB        0.34
[34，]SCN3A                    SCN3A       0.3
[35，]ITK           ITK                    0.35
[36，]RAFTLIN                  RAFTLIN     0.39
[37，]DOCK2                    DOCK2       0.33
[38，]CD3D                     CD3D        0.31
[39，]RAC2                     RAC2        0.34
[40，]ZAP70                    ZAP70       0.35
[41，]GPR65                    GPR65       0.35
[42，]PRF1                     PRF1        0.32
[43，]ARHGAP15                     ARHGAP15    0.32
[44，]NOTCH1                       NOTCH1      0.31
[45，]UBASH3A                      UBASH3A     0.32
[46，]      B2M
[47，]      MYC
[48，]      RPS24
[49，]      PPIF
[50，]      PBEF1
[51，]      ANP32B
表5.阿霉素生物标记
列表_2006   列表_2005   列表_现有技术   列表_优选的   关联
[1，]CD99   CD99                        CD99          0.41
[2，]LAPTM5             LAPTM5                        0.39
[3，]ALDOC                              ALDOC         0.31
[4，]HCLS1              HCLS1                         0.32
[5，]CD53               CD53                          0.31
[6，]SLA                SLA                           0.35
[7，]SSBP2                              SSBP2         0.34
[8，]IL2RG                              IL2RG         0.38
[9，]GMFG               GMFG                          0.32
[10，]CXorf9                            CXorf9        0.32
[11，]RHOH                              RHOH          0.31
[12，]PTPRCAP           PTPRCAP                       0.32
[13，]ZNFN1A1                           ZNFN1A1       0.43
[14，]CENTB1                            CENTB1        0.36
[15，]TCF7              TCF7                          0.32
[16，]CD1C                              CD1C          0.3
[17，]MAP4K1                            MAP4K1        0.35
[18，]CD1B              CD1B                          0.39
[19，]CD3G                              CD3G          0.31
[20，]PTPRC             PTPRC                    0.38
[21，]CCR9                          CCR9         0.34
[22，]CORO1A            CORO1A                   0.38
[23，]CXCR4                         CXCR4        0.3
[24，]ARHGEF6                       ARHGEF6      0.31
[25，]HEM1              HEM1                     0.32
[26，]SELPLG                        SELPLG       0.31
[27，]LAT                           LAT          0.31
[28，]SEC31L2                       SEC31L2      0.33
[29，]CD3Z                          CD3Z         0.37
[30，]SH2D1A                        SH2D1A       0.37
[31，]CD1A                          CD1A         0.4
[32，]LAIR1                         LAIR1        0.39
[33，]ITK               ITK                      0.3
[34，]TRB@                          TRB@         0.34
[35，]CD3D                          CD3D         0.33
[36，]WBSCR20C                      WBSCR20C     0.34
[37，]ZAP70                         ZAP70        0.33
[38，]IFI44                         IFI44        0.32
[39，]GPR65                         GPR65        0.31
[40，]AIF1                          AIF1         0.3
[41，]ARHGAP15                      ARHGAP15     0.37
[42，]NARF                          NARF         0.3
[43，]PACAP                         PACAP        0.32
[44，]          KIAA0220
[45，]          B2M
[46，]          TOP2A
[47，]          SNRPE
[48，]          RPS27
[49，]          HNRPA1
[50，]          CBX3
[51，]          ANP32B
[52，]      DDX5
[53，]      PPIA
[54，]      SNRPF
[55，]      USP7
表6.阿柔比星生物标记
列表_2006     列表_2005   列表_现有技术   列表_优选的    关联
[1，]RPL12                                RPL12          0.3
[2，]RPL32                RPL32                          0.37
[3，]RPLP2    RPLP2                       RPLP2          0.37
[4，]MYB      MYB                         MYB            0.31
[5，]ZNFN1A1                              ZNFN1A1        0.34
[6，]SCAP1                                SCAP1          0.33
[7，]STAT4                                STAT4          0.31
[8，]SP140                                SP140          0.4
[9，]AMPD3                                AMPD3          0.3
[10，]TNFAIP8                             TNFAIP8        0.4
[11，]DDX18                               DDX18          0.31
[12，]TAF5                                TAF5           0.3
[13，]FBL                 FBL                            0.41
[14，]RPS2                                RPS2           0.34
[15，]PTPRC               PTPRC                          0.37
[16，]DOCK2                               DOCK2          0.32
[17，]GPR65                               GPR65          0.35
[18，]HOXA9                               HOXA9          0.33
[19，]FLJ12270                            FLJ12270       0.31
[20，]HNRPD                               HMRPD          0.4
[21，]        LAMR1
[22，]        RPS25
[23，]        EIF5A
[24，]        TUFM
[25，]       HNRPA1
[26，]       RPS9
[27，]       ANP32B
[28，]       EIF4B
[29，]       HMGB2
[30，]       RPS15A
[31，]       RPS7
表7.米托蒽醌生物标记
列表_2006      列表_2005   列表_现有技术   列表_优选的   关联
[1，]PGAM1                                 PGAM1         0.32
[2，]DPYSL3                                DPYSL3        0.36
[3，]INSIG1                                INSIG1        0.32
[4，]GJA1                                  GJA1          0.31
[5，]BNIP3                                 BNIP3         0.31
[6，]PRG1      PRG1                        PRG1          0.39
[7，]G6PD      G6PD                        G6PD          0.34
[8，]BASP1                 BASP1                         0.31
[9，]PLOD2                                 PLOD2         0.34
[10，]LOXL2                                LOXL2         0.31
[11，]SSBP2                                SSBP2         0.36
[12，]C1orf29                              C1orf29       0.35
[13，]TOX                                  TOX           0.35
[14，]STC1                                 STC1          0.39
[15，]TNFRSF1A TNFRSF1A                    TNFRSF1A      0.34
[16，]NCOR2    NCOR2                       NCOR2         0.3
[17，]NAP1L1   NAP1L1                      NAP1L1        0.32
[18，]LOC94105                             LOC94105      0.34
[19，]COL6A2               COL6A2                        0.3
[20，]ARHGEF6  ARHGEF6                     ARHGEF6       0.34
[21，]GATA3                                GATA3         0.35
[22，]TFPI                     TFPI          0.31
[23，]LAT                      LAT           0.31
[24，]CD3Z                     CD3Z          0.37
[25，]AF1Q                     AF1Q          0.33
[26，]MAP1B MAP1B              MAP1B         0.34
[27，]PTPRC            PTPRC                 0.31
[28，]PRKCA            PRKCA                 0.35
[29，]TRIM22                   TRIM22        0.3
[30，]CD3D                     CD3D          0.31
[31，]BCAT1                    BCAT1         0.32
[32，]IFI44                    IFI44         0.33
[33，]CCL2             CCL2                  0.37
[34，]RAB31            RAB31                 0.31
[35，]CUTC                     CUTC          0.33
[36，]NAP1L2                   NAP1L2        0.33
[37，]NME7                     NME7          0.35
[38，]FLJ21159                 FLJ21159      0.33
[39，]COL5A2                   COL5A2        0.38
[40，]      B2M
[41，]      OK/SW-cl.56
[42，]      TOP2A
[43，]      ELA2B
[44，]      PTMA
[45，]      LMNB1
[46，]      HNRPA1
[47，]      RPL9
[48，]      C5orf13
[49，]      ANP32B
[50，]      TUBA3
[51，]      HMGN2
[52，]      PRPS1
[53，]      DDX5
[54，]      PPIA
[55，]      PSMB9
[56，]      SNRPF
表8.丝裂霉素生物标记
列表_2006HU6800     列表_现有技术   列表_优选的   关联
[1，]STC1                           STC1          0.34
[2，]GPR65                          GPR65         0.32
[3，]DOCK10                         DOCK10        0.35
[4，]COL5A2                         COL5A2        0.33
[5，]FAM46A                         FAM46A        0.36
[6，]LOC54103                       LOC54103      0.39
表9.紫杉醇(泰素)生物标记
列表_2006   HU6800    列表_现有技术  列表_优选的  关联
[1，]RPL10                           RPL10        0.31
[2，]RPS4X                           RPS4X        0.31
[3，]NUDC                            NUDC         0.3
[4，]RALY             RALY                        0.31
[5，]DKC1                            DKC1         0.3
[6，]DKFZP564C186                    DKFZP564C186 0.32
[7，]PRP19                           PRP19        0.31
[8，]RAB9P40                         RAB9P40      0.33
[9，]HSA9761                         HSA9761      0.37
[10，]GMDS                           GMDS         0.3
[11，]CEP1                           CEP1         0.3
[12，]IL13RA2                        IL13RA2      0.34
[13，]MAGEB2                         MAGEB2       0.41
[14，]HMGN2                          HMGN2        0.35
[15，]ALMS1                          ALMS1        0.3
[16，]GPR65                      GPR65             0.31
[17，]FLJ10774                   FLJ10774          0.31
[18，]NOL8                       NOL8              0.31
[19，]DAZAP1                     DAZAP1            0.32
[20，]SLC25A15                   SLC25A15          0.31
[21，]PAF53                      PAF53             0.36
[22，]DXS9879E                   DXS9879E          0.31
[23，]PITPNC1                    PITPNC1           0.33
[24，]SPANXC                     SPANXC            0.3
[25，]KIAA1393                   KIAA1393          0.33
表10.吉西他滨(健择)生物标记
列表_2006HU6800   列表_现有技术  列表_优选的  关联
[1，]PFN1                        PFN1         0.37
[2，]PGAM1                       PGAM1        0.35
[3，]K-ALPHA-1                   K-ALPHA-1    0.34
[4，]CSDA                        CSDA         0.31
[5，]UCHL1                       UCHL1        0.36
[6，]PWP1                        PWP1         0.37
[7，]PALM2-AKAP2                 PALM2-AKAP2  0.31
[8，]TNFRSF1A                    TNFRSF1A     0.31
[9，]ATP5G2                      ATP5G2       0.36
[10，]AF1Q                       AF1Q         0.31
[11，]NME4                       NME4         0.31
[12，]FHOD1                      FHOD1        0.32
表11.泰索帝(多西他赛)生物标记
列表_2006  列表_2005   列表_现有技术    列表_优选的  关联
[1，]ANP32B                             ANP32B       0.45
[2，]GTF3A                              GTF3A        0.31
[3，]RRM2                           RRM2           0.31
[4，]TRIM14                         TRIM14         0.31
[5，]SKP2                           SKP2           0.33
[6，]TRIP13                         TRIP13         0.36
[7，]RFC3                           RFC3           0.45
[8，]CASP7                          CASP7          0.32
[9，]TXN                            TXN            0.36
[10，]MCM5                          MCM5           0.34
[11，]PTGES2                        PTGES2         0.39
[12，]OBFC1                         OBFC1          0.37
[13，]EPB41L4B                      EPB41L4B       0.32
[14，]CALML4                        CALML4         0.31
表12.地塞米松生物标记
列表_2006    HU6800  列表_现有技术    列表_优选的    关联
[1，]IFITM2                           IFITM2         0.38
[2，]UBE2L6                           UBE2L6         0.32
[3，]        LAPTM5  LAPTM5                          0.36
[4，]USP4                             USP4           0.33
[5，]ITM2A                            ITM2A          0.38
[6，]ITGB2           ITGE2                           0.42
[7，]ANPEP           ANPEP                           0.31
[8，]CD53            CD53                            0.34
[9，]IL2RG   IL2RG                    IL2RG          0.36
[10，]CD37           CD37                            0.34
[11，]GPRASP1                         GPRASP1        0.36
[12，]PTPN7                           PTPN7          0.31
[13，]CXorf9                          CXorf9         0.36
[14，]RHOH   RHOH                     RHOH           0.33
[15，]GIT2                            GIT2           0.31
[16，]ADORA2A        ADORA2A                         0.31
[17，]ZNFN1A1                             ZNFN1A1       0.35
[18，]GNA15      GNA15         GNA15                    0.33
[19，]CEP1                                CEP1          0.31
[20，]TNFRSF7                             TNFRSF7       0.46
[21，]MAP4K1                              MAP4K1        0.3
[22，]CCR7                                CCR7          0.33
[23，]CD3G                                CD3G          0.35
[24，]TPRC                     PTPRC                    0.41
[25，]ATP2A3     ATP2A3                   ATP2A3        0.4
[26，]UCP2                                UCP2          0.3
[27，]CORO1A     CORO1A        CORO1A                   0.39
[28，]GATA3      GATA3                    GATA3         0.37
[29，]CDKN2A                              CDKN2A        0.32
[30，]HEM1                     HEM1                     0.3
[31，]TARP                                TARP          0.3
[32，]LAIR1                               LAIR1         0.34
[33，]SH2D1A                              SH2D1A        0.34
[34，]LII        FLII          FLII                     0.33
[35，]SEPT6                               SEPT6         0.34
[36，]HA-1                                HA-1          0.34
[37，]CREB3L1                  CREB3L1                  0.31
[38，]ERCC2                               ERCC2         0.65
[39，]CD3D       CD3D                     CD3D          0.32
[40，]LST1                                LST1          0.39
[41，]AIF1                                AIF1          0.35
[42，]ADA                                 ADA           0.33
[43，]DATF1                               DATF1         0.41
[44，]ARHGAP15                            ARHGAP15      0.3
[45，]PLAC8                               PLAC8         0.31
[46，]CECR1                               CECR1         0.31
[47，]LOC81558                            LOC81558      0.33
[48，]EHD2                                EHD2          0.37
表13.Ara-C(盐酸阿糖胞苷)生物标记
列表_2006     HU6800  列表_现有技术  列表_优选的  关联
[1，]ITM2A                           ITM2A        0.32
[2，]RHOH                            RHOH         0.31
[3，]PRIM1                           PRIM1        0.3
[4，]CENTB1                          CENTB1       0.31
[5，]GNA15            GNA15                       0.32
[6，]NAP1L1   NAP1L1                 NAP1L1       0.31
[7，]ATP5G2                          ATP5G2       0.31
[8，]GATA3                           GATA3        0.33
[9，]PRKCQ                           PRKCQ        0.32
[10，]SH2D1A                         SH2D1A       0.3
[11，]SEPT6                          SEPT6        0.42
[12，]PTPRC           PTPRC                       0.35
[13，]NME4                           NME4         0.33
[14，]RPL13           RPL13                       0.3
[15，]CD3D                           CD3D         0.31
[16，]CD1E                           CD1E         0.32
[17，]ADA     ADA                    ADA          0.34
[18，]FHOD1                          FHOD1        0.31
表14.甲基强的松龙生物标记
列表_2006    HU6800   列表_现有技术  列表_优选的  关联
[1，]CD99    CD99                    CD99         0.31
[2，]SRRM1            SRRM1                       0.31
[3，]ARHGDIB ARHGDIB                 ARHGDIB      0.31
[4，]LAPTM5  LAPTM5   LAPTM5                      0.37
[5，]VWF                             VWF          0.45
[6，]ITM2A                           ITM2A        0.35
[7，]ITGB2   ITGB2    ITGB2                       0.43
[8，]LGALS9   LGALS9                  LGALS9      0.43
[9，]INPP5D                           INPP5D      0.34
[10，]SATB1   SATB1                   SATB1       0.32
[11，]CD53    CD53        CD53                    0.33
[12，]TFDP2   TFDP2                   TFDP2       0.4
[13，]SLA     SLA                     SLA         0.31
[14，]IL2RG   IL2RG                   IL2RG       0.3
[15，]MFNG                            MFNG        0.3
[16，]CD37                CD37                    0.37
[17，]GMFG                GMFG                    0.4
[18，]SELL                            SELL        0.33
[19，]CDW52   CDW52                   CDW52       0.33
[20，]LRMP                            LRMP        0.32
[21，]ICAM2                           ICAM2       0.38
[22，]RIMS3                           RIMS3       0.36
[23，]PTPN7   PTPN7                   PTPN7       0.39
[24，]ARHGAP25                        ARHGAP25    0.37
[25，]LCK     LCK                     LCK         0.3
[26，]CXorf9                          CXorf9      0.3
[27，]RHOH    RHOH                    RHOH        0.51
[28，]PTPRCAP PTPRCAP                 PTPRCAP     0.5
[29，]GIT2                            GIT2        0.33
[30，]ZNFN1A1 ZNFN1A1                 ZNFN1A1     0.53
[31，]CENTB1  CENTB1                  CENTB1      0.36
[32，]LCP2                            LCP2        0.34
[33，]SPI1                            SPI1        0.3
[34，]GNA15   GNA15                   GNA15       0.39
[35，]GZMA                            GZMA        0.31
[36，]CEP1                            CEP1        0.37
[37，]BLM                 BLM                     0.33
[38，]CD8A                            CD8A        0.38
[39，]SCAP1                           SCAP1       0.32
[40，]CD2                              CD2         0.48
[41，]CD1C      CD1C                   CD1C        0.37
[42，]TNFRSF7                          TNFRSF7     0.31
[43，]VAV1                             VAV1        0.41
[44，]MAP4K1    MAP4K1                 MAP4K1      0.36
[45，]CCR7                             CCR7        0.37
[46，]C6orf32                          C6orf32     0.38
[47，]ALOX15B                          ALOX15B     0.43
[48，]BRDT                             BRDT        0.33
[49，]CD3G      CD3G                   CD3G        0.51
[50，]PTPRC              PTPRC                     0.37
[51，]LTB                              LTB         0.32
[52，]ATP2A3    ATP2A3                 ATP2A3      0.3
[53，]NVL                              NVL         0.31
[54，]RASGRP2                          RASGRP2     0.35
[55，]LCP1      LCP1                   LCP1        0.34
[56，]CORO1A    CORO1A   CORO1A                    0.41
[57，]CXCR4     CXCR4                  CXCR4       0.3
[58，]PRKD2                            PRKD2       0.33
[59，]GATA3     GATA3                  GATA3       0.39
[60，]TRA@                             TRA@        0.4
[61，]PRKCB1    PRKCB1   PRKCB1                    0.35
[62，]HEM1               HEM1                      0.32
[63，]KIAA0922                         KIAA0922    0.36
[64，]TARP                             TARP        0.49
[65，]SEC31L2                          SEC31L2     0.32
[66，]PRKCQ                            PRKCQ       0.37
[67，]SH2D1A                           SH2D1A      0.33
[68，]CHRNA3                           CHRNA3      0.5
[69，]CD1A                             CD1A        0.44
[70，]LST1                             LST1        0.36
[71，]LAIR1                            LAIR1       0.47
[72，]CACNA1G                         CACNA1G      0.33
[73，]TRB@  TRB@                      TRB@         0.31
[74，]SEPT6 SEPT6                     SEPT6        0.33
[75，]HA-1                            HA-1         0.42
[76，]DOCK2                           DOCK2        0.32
[77，]CD3D  CD3D                      CD3D         0.41
[78，]TRD@                            TRD@         0.38
[79，]T3JAM                           T3JAM        0.37
[80，]FNBP1                           FNBP1        0.37
[81，]CD6                             CD6          0.4
[82，]AIF1  AIF1                      AIF1         0.31
[83，]FOLH1                           FOLH1        0.45
[84，]CD1E  CD1E                      CD1E         0.58
[85，]LY9                             LY9          0.39
[86，]UGT2B17        UGT2B17                       0.47
[87，]ADA   ADA                       ADA          0.39
[88，]CDKL5                           CDKL5        0.44
[89，]TRIM                            TRIM         0.38
[90，]EVL                             EVL          0.39
[91，]DATF1                           DATF1        0.31
[92，]RGC32                           RGC32        0.51
[93，]PRKCH                           PRKCH        0.3
[94，]ARHGAP15                        ARHGAP15     0.34
[95，]NOTCH1                          NOTCH1       0.36
[96，]BIN2                            BIN2         0.31
[97，]SEMA4G                          SEMA4G       0.35
[98，]DPEP2                           DPEP2        0.33
[99，]CECR1                           CECR1        0.36
[100，]BCL11B                         BCL11B       0.33
[101，]STAG3                          STAG3        0.41
[102，]GALNT6                         GALNT6       0.32
[103，]UBASH3A                        UBASH3A      0.3
[104，]PHEMX                      PHEMX            0.38
[105，]FLJ13373                   FLJ13373         0.34
[106，]LEF1                       LEF1             0.49
[107，]IL21R                      IL21R            0.42
[108，]MGC17330                   MGC17330         0.33
[109，]AKAP13                     AKAP13           0.53
[110，]ZNF335                     ZNF335           0.3
[111，]GIMAP5                     GIMAP5           0.34
表15.氨甲蝶呤生物标记
列表_2006      HU6800   列表_现有技术  列表_优选的    关联
[1，]PRPF8                             PRPF8          0.34
[2，]RPL18                             RPL18          0.34
[3，]RNPS1               RNPS1                        0.36
[4，]RPL32               RPL32                        0.39
[5，]EEF1G               EEF1G                        0.34
[6，]GOT2                              GOT2           0.31
[7，]RPL13A                            RPL13A         0.31
[8，]PTMA      PTMA                    PTMA           0.41
[9，]RPS15                             RPS15          0.39
[10，]RPLP2    RPLP2                   RPLP2          0.32
[11，]CSDA                             CSDA           0.39
[12，]KHDRBS1                          KHDRBS1        0.32
[13，]SNRPA                            NRPA           0.31
[14，]IMPDH2   IMPDH2                  IMPDH2         0.39
[15，]RPS19                            RPS19          0.47
[16，]NUP88                            NUP88          0.36
[17，]ATP5D                            ATP5D          0.33
[18，]PCBP2                            PCBP2          0.32
[19，]ZNF593                           ZNF593         0.4
[20，]HSU79274                         HSU79274       0.32
[21，]PRIM1                        PRIM1        0.3
[22，]PFDN5                        PFDN5        0.33
[23，]OXA1L                        OXA1L        0.37
[24，]H3F3A                        H3F3A        0.42
[25，]ATIC                         ATIC         0.31
[26，]RPL13              RPL13                  0.36
[27，]CIAPIN1                      CIAPIN1      0.34
[28，]FBL                FBL                    0.33
[29，]RPS2      RPS2               RPS2         0.32
[30，]PCCB                         PCCB         0.36
[31，]RBMX               RBMX                   0.33
[32，]SHMT2                        SHMT2        0.34
[33，]RPLP0                        RPLP0        0.35
[34，]HNRPA1    HNRPA1             HNRPA1       0.35
[35，]STOML2                       STOML2       0.32
[36，]RPS9RPS9                                  0.36
[37，]SKB1                         SKB1         0.33
[38，]GLTSCR2                      GLTSCR2      0.37
[39，]CCNB1IP1                     CCNB1IP1     0.3
[40，]MRPS2                        MRPS2        0.33
[41，]FLJ20859                     FLJ20859     0.34
[42，]FLJ12270                     FLJ12270     0.3
表16.博来霉素生物标记
列表_2006HU6800  列表_现有技术     列表_优选的  关联
[1，]MSN         MSN                            0.3
[2，]PFN1                          PFN1         0.45
[3，]HK1                           HK1          0.33
[4，]ACTR2       ACTR2                          0.31
[5，]MCL1                          MCL1         0.31
[6，]ZYX                           ZYX          0.32
[7，]RAP1B                            RAP1B          0.34
[8，]GNB2                             GNB2           0.32
[9，]EPAS1                            EPAS1          0.31
[10，]PGAM1                           PGAM1          0.42
[11，]CKAP4                           CKAP4          0.31
[12，]DUSP1                           DUSP1          0.4
[13，]MYL9                            MYL9           0.4
[14，]K-ALPHA-1                       K-ALPHA-1      0.37
[15，]LGALS1                          LGALS1         0.38
[16，]CSDA      CSDA        CSDA                     0.3
[17，]AKR1B1                AKR1B1                   0.32
[18，]IFITM2    IFITM2      IFITM2                   0.36
[19，]ITGA5                           ITGA5          0.43
[20，]VIM                   VIM                      0.39
[21，]DPYSL3                          DPYSL3         0.44
[22，]JUNB                            JUNB           0.32
[23，]ITGA3                 ITGA3                    0.38
[24，]NFKBIA                          NFKBIA         0.32
[25，]LAMB1                           LAMB1          0.37
[26，]FHL1                            FHL1           0.31
[27，]INSIG1                          INSIG1         0.31
[28，]TIMP1                           TIMP1          0.48
[29，]GJA1                            GJA1           0.54
[30，]PSME2                           PSME2          0.34
[31，]PRG1                            PRG1           0.46
[32，]EXT1                            EXT1           0.35
[33，]DKFZP434J154                    DKFZP434J154   0.31
[34，]OPTN                  OPTN                     0.31
[35，]M6PRBP1               M6PRBP1                  0.52
[36，]MVP                             MVP            0.34
[37，]VASP                            VASP           0.31
[38，]ARL7                            ARL7           0.39
[39，]NNMT        NNMT                  NNMT             0.34
[40，]TAP1                              TAP1             0.3
[41，]COL1A1   COL1A1         COL1A1                     0.33
[42，]BASP1                   BASP1                      0.35
[43，]PLOD2                             PLOD2            0.37
[44，]ATF3                              ATF3             0.42
[45，]PALM2-AKAP2                       PALM2-AKAP2      0.33
[46，]IL8                               IL8              0.34
[47，]ANPEP                   ANPEP                      0.35
[48，]LOXL2LOX                          L2               0.32
[49，]TGFB1                   TGFB1                      0.31
[50，]IL4R                              IL4R             0.31
[51，]DGKA                              DGKA             0.32
[52，]STC2                              STC2             0.31
[53，]SEC61G                            SEC61G           0.41
[54，]NFIL3    NFIL3          NFIL3                      0.47
[55，]RGS3                              RGS3             0.37
[56，]NK4                     NK4                        0.34
[57，]F2R                               F2R              0.34
[58，]TPM2                              TPM2             0.35
[59，]PSMB9    PSMB9                    PSMB9            0.34
[60，]LOX                               LOX              0.37
[61，]STC1                              STC1             0.35
[62，]CSPG2    CSPG2          CSPG2                      0.35
[63，]PTGER4                            PTGER4           0.31
[64，]IL6                               IL6              0.34
[65，]SMAD3                             SMAD3            0.38
[66，]PLAU     PLAU           PLAU                       0.35
[67，]WNT5A                             WNT5A            0.44
[68，]BDNF                              BDNF             0.34
[69，]TNFRSF1A TNFRSF1A                 TNFRSF1A         0.46
[70，]FLNC                              FLNC             0.34
[71，]DKFZP564K0822                  DKFZP564K0822     0.34
[72，]FLOT1                          FLOT1             0.38
[73，]PTRF                           PTRF              0.39
[74，]HLA-B                          HLA-B             0.36
[75，]COL6A2    COL6A2     COL6A2                      0.32
[76，]MGC4083                        MGC4083           0.32
[77，]TNFRSF10B                      TNFRSF10B         0.34
[78，]PLAGL1                         PLAGL1            0.31
[79，]PNMA2                          PNMA2             0.38
[80，]TFPI                           TFPI              0.38
[81，]LAT                            LAT               0.46
[82，]GZMB                           GZMB              0.51
[83，]CYR61                          CYR61             0.37
[84，]PLAURPLAUR                     PLAUR             0.35
[85，]FSCN1FSCN1                     FSCN1             0.32
[86，]ERP70                          ERP70             0.32
[87，]AF1Q                           AF1Q              0.3
[88，]UBC                  UBC                         0.37
[89，]FGFR1                FGFR1                       0.33
[90，]HIC                            HIC               0.33
[91，]BAX                  BAX                         0.35
[92，]COL4A2    COL4A2     COL4A2                      0.32
[93，]COL6A1                         COL6A1            0.32
[94，]IFITM3                         IFITM3            0.3
[95，]MAP1B                          MAP1B             0.38
[96，]FLJ46603                       FLJ46603          0.37
[97，]RAFTLIN                        RAFTLIN           0.34
[98，]RRAS                           RRAS              0.31
[99，]FTL                            FTL               0.3
[100，]KIAA0877                      KIAA0877          0.31
[101，]MT1EMT1E                      MT1E              0.31
[102，]CDC10                         CDC10             0.51
[103，]DOCK2                         DOCK2        0.32
[104，]TRIM22                        TRIM22       0.36
[105，]RIS1                          RIS1         0.37
[106，]BCAT1                         BCAT1        0.42
[107，]PRF1                          PRF1         0.34
[108，]DBN1                          DBN1         0.36
[109，]MT1K                          MT1K         0.3
[110，]TMSB10                        TMSB10       0.42
[111，]RAB31             RAB31                    0.45
[112，]FLJ10350                      FLJ10350     0.4
[113，]C1orf24                       C1orf24      0.34
[114，]NME7                          NME7         0.46
[115，]TMEM22                        TMEM22       0.3
[116，]TPK1                          TPK1         0.37
[117，]COL5A2                        COL5A2       0.34
[118，]ELK3                          ELK3         0.38
[119，]CYLD                          CYLD         0.4
[120，]ADAMTS1                       ADAMTS1      0.31
[121，]EHD2                          EHD2         0.41
[122，]ACTBACTB                      ACTB         0.33
表17.甲基-GAG(二盐酸甲基乙二醛双(脒腙))
列表_2006  HU6800   列表_现有技术   列表优选的    关联
[1，]PTMA           PTMA                          0.32
[2，]SSRP1                          SSRP1         0.37
[3，]NUDC                           NUDC          0.35
[4，]CTSC                           CTSC          0.35
[5，]AP1G2                          AP1G2         0.33
[6，]PSME2                          PSME2         0.3
[7，]LBR                            LBR           0.38
[8，]EFNB2                          EFNB2         0.31
[9，]SERPINA1                        SERPINA1      0.34
[10，]SSSCA1                         SSSCA1        0.32
[11，]EZH2                           EZH2          0.36
[12，]MYB          MYB               MYB           0.33
[13，]PRIM1                          PRIM1         0.39
[14，]H2AFX                          H2AFX         0.33
[15，]HMGA1                          HMGA1         0.35
[16，]HMMR                           HMMR          0.33
[17，]TK2                            TK2           0.42
[18，]WHSC1                          WHSC1         0.35
[19，]DIAPH1                         DIAPH1        0.34
[20，]LAMB3                          LAMB3         0.31
[21，]DPAGT1                         DPAGT1        0.42
[22，]UCK2                           UCK2          0.31
[23，]SERPINB1                       SERPINB1      0.31
[24，]MDN1                           MDN1          0.35
[25，]BRRN1                          BRRN1         0.33
[26，]G0S2                           G0S2          0.43
[27，]RAC2                           RAC2          0.35
[28，]MGC21654                       MGC21654      0.36
[29，]GTSE1                          GTSE1         0.35
[30，]TACC3                          TACC3         0.31
[31，]PLEK2                          PLEK2         0.32
[32，]PLAC8                          PLAC8         0.31
[33，]HNRPD                          HNRPD         0.35
[34，]PNAS-4                         PNAS-4        0.3
表18.卡铂生物标记
列表_2006  HU6800  列表_现有技术  列表_优选的   关联
[1，]MSN           MSN                          0.31
[2，]ITGA5                        ITGA5         0.43
[3，]VIM                 VIM                    0.34
[4，]TNFAIP3                      TNFAIP3       0.4
[5，]CSPG2               CSPG2                  0.35
[6，]WNT5A                        WNT5A         0.34
[7，]FOXF2                        FOXF2         0.36
[8，]LOC94105                     LOC94105      0.32
[9，]IFI16                        IFI16         0.38
[10，]LRRN3                       LRRN3         0.33
[11，]FGFR1              FGFR1                  0.37
[12，]DOCK10                      DOCK10        0.4
[13，]LEPRE1                      LEPRE1        0.32
[14，]COL5A2                      COL5A2        0.3
[15，]ADAMTS1                     ADAMTS1       0.34
表19.5-FU(5-氟尿嘧啶)生物标记
列表_2006  HU6800  列表_现有技术  列表_优选的    关联
[1，]RPL18                        RPL18          0.39
[2，]RPL10A                       RPL10A         0.36
[3，]RNPS1               RNPS1                   0.3
[4，]ANAPC5                       ANAPC5         0.5
[5，]EEF1B2                       EEF1B2         0.4
[6，]RPL13A                       RPL13A         0.38
[7，]RPS15                        RPS15          0.34
[8，]AKAP1                        AKAP1          0.37
[9，]NDUFAB1                      NDUFAB1        0.3
[10，]APRT                        APRT           0.32
[11，]ZNF593                      ZNF593         0.37
[12，]MRP63                       MRP63          0.31
[13，]IL6R                        IL6R           0.31
[14，]RPL13               RPL13                  0.31
[15，]SART3                       SART3          0.35
[16，]RPS6         RPS6                       0.49
[17，]UCK2                     UCK2           0.38
[18，]RPL3         RPL3                       0.32
[19，]RPL17                    RPL17          0.34
[20，]RPS2                     RPS2           0.32
[21，]PCCB                     PCCB           0.31
[22，]TOMM20                   TOMM20         0.39
[23，]SHMT2                    SHMT2          0.36
[24，]RPLP0                    RPLP0          0.3
[25，]GTF3A                    GTF3A          0.5
[26，]STOML2                   STOML2         0.4
[27，]DKFZp564J157             DKFZp564J157   0.38
[28，]MRPS2                    MRPS2          0.34
[29，]ALG5                     ALG5           0.37
[30，]CALML4                   CALML4         0.3
表20.利妥昔单抗(美罗华)生物标记
列表_2006     列表_现有技术   列表_优选的     关联
[1，]ITK      ITK                             0.36
[2，]KIFC1                    KIFC1           0.36
[3，]VLDLR                    VLDLR           0.39
[4，]RUNX1                    RUNX1           0.32
[5，]PAFAH1B3                 PAFAH1B3        0.32
[6，]H1FX                     H1FX            0.43
[7，]RNF144                   RNF144          0.38
[8，]TMSNB                    TMSNB           0.47
[9，]CRY1                     CRY1            0.37
[10，]MAZ                     MAZ             0.33
[11，]SLA                     SLA             0.35
[12，]SRF                     SRF             0.37
[13，]UMPS                    UMPS            0.41
[14，]CD3Z                             CD3Z            0.33
[15，]PRKCQ                            PRKCQ           0.31
[16，]HNRPM                            HNRPM           0.45
[17，]ZAP70                            ZAP70           0.38
[18，]ADD1                             ADD1            0.31
[19，]RFC5                             RFC5            0.35
[20，]TM4SF2                           TM4SF2          0.33
[21，]PFN2                             PFN2            0.3
[22，]BMI1                             BMI1            0.31
[23，]TUBGCP3                          TUBGCP3         0.33
[24，]ATP6V1B2                         ATP6V1B2        0.42
[25，]RALY                 RALY                        0.31
[26，]PSMC5                PSMC5                       0.36
[27，]CD1D                             CD1D            0.32
[28，]ADA                              ADA             0.34
[29，]CD99                             CD99            0.33
[30，]CD2                              CD2             0.43
[31，]CNP                              CNP             0.48
[32，]ERG                              ERG             0.47
[33，]MYL6                 MYL6                        0.41
[34，]CD3E                             CD3E            0.36
[35，]CD1A                             CD1A            0.46
[36，]CD1B                 CD1B                        0.47
[37，]STMN1                STMN1                       0.32
[38，]PSMC3                            PSMC3           0.38
[39，]RPS4Y1                           RPS4Y1          0.36
[40，]AKT1                             AKT1            0.38
[41，]TAL1                             TAL1            0.37
[42，]GNA15                GNA15                       0.37
[44，]TCF12                            TCF12           0.35
[45，]UBE2S                            UBE2S           0.52
[43，]UBE2A                            UBE2A           0.35
[46，]CCND3                       CCND3                0.38
[47，]PAX6                        PAX6                 0.35
[48，]MDK             MDK                              0.3
[49，]CAPG            CAPG                             0.36
[50，]RAG2                        RAG2                 0.39
[51，]ACTN1           ACTN1                            0.37
[52，]GSTM2                       GSTM2                0.47
[53，]SATB1                       SATB1                0.36
[54，]NASP                        NASP                 0.3
[55，]IGFBP2                      IGFBP2               0.46
[56，]CDH2                        CDH2                 0.49
[57，]CRABP1                      CRABP1               0.36
[58，]DBN1                        DBN1                 0.49
[59，]CTNNA1          CTNNA1                           0.53
[60，]AKR1C1                      AKR1C1               0.32
[61，]CACNB3                      CACNB3               0.37
[62，]FARSLA          FARSLA                           0.35
[63，]CASP2                       CASP2                0.42
[64，]CASP2                       CASP2                0.31
[65，]E2F4            E2F4                             0.36
[66，]LCP2                        LCP2                 0.35
[67，]CASP6                       CASP6                0.32
[68，]MYB                         MYB                  0.3
[69，]SFRS6                       SFRS6                0.44
[70，]GLRB                        GLRB                 0.34
[71，]NDN                         NDN                  0.39
[72，]CPSF1           CPSF1                            0.33
[73，]GNAQ                        GNAQ                 0.44
[74，]TUSC3                       TUSC3                0.41
[75，]GNAQ                        GNAQ                 0.54
[76，]JARID2                      JARID2               0.44
[77，]OCRL                        OCRL                 0.5
[78，]FHL1                        FHL1        0.36
[79，]EZH2                        EZH2        0.4
[80，]SMOX                        SMOX        0.35
[81，]SLC4A2                      SLC4A2      0.35
[82，]UFD1L                       UFD1L       0.3
[83，]SEPW1            SEPW1                  0.31
[84，]ZNF32                       ZNF32       0.35
[85，]HTATSF1                     HTATSF1     0.35
[86，]SHD1                        SHD1        0.43
[87，]PTOV1                       PTOV1       0.42
[88，]NXF1                        NXF1        0.46
[89，]FYB                         FYB         0.47
[90，]TRIM28                      TRIM28      0.38
[91，]BC008967                    BC008967    0.4
[92，]TRB@                        TRB@        0.3
[93，]TFRC            TFRC                    0.31
[94，]H1F0                        H1F0        0.36
[95，]CD3D                        CD3D        0.32
[96，]CD3G                        CD3G        0.4
[97，]CENPB                       CENPB       0.36
[98，]ALDH2                       ALDH2       0.33
[99，]ANXA1                       ANXA1       0.35
[100，]H2AFX                      H2AFX       0.51
[101，]CD1E                       CD1E        0.33
[102，]DDX5                       DDX5        0.39
[103，]ABL1            ABL1                   0.3
[104，]CCNA2                      CCNA2       0.3
[105，]ENO2                       ENO2        0.35
[106，]SNRPB                      SNRPB       0.38
[107，]GATA3                      GATA3       0.36
[108，]RRM2                       RRM2        0.48
[109，]GLUL                       GLUL        0.4
[110，]TCF7      TCF7                              0.39
[111，]FGFR1     FGFR1                             0.33
[112，]SOX4                       SOX4             0.3
[113，]MAL                        MAL              0.3
[114，]NUCB2     NUCB2                             0.38
[115，]SMA3      SMA3                              0.31
[116，]FAT       FAT                               0.52
[117，]UNG                        UNG              0.31
[118，]ARHGDIB                    ARHGDIB          0.36
[119，]RUNX1                      RUNX1            0.38
[120，]MPHOSPH6                   MPHOSPH6         0.5
[121，]DCTN1                      DCTN1            0.34
[122，]SH3GL3                     SH3GL3           0.38
[123，]VIM       VIM                               0.41
[124，]PLEKHC1                    PLEKHC1          0.3
[125，]CD47                       CD47             0.32
[126，]POLR2F                     POLR2F           0.37
[127，]RHOH                       RHOH             0.43
[128，]ADD1                       ADD1             0.46
[129，]ATP2A3    ATP2A3                            0.38
表21.放射敏感性生物标记
列表_2006     HU6800  列表_现有技术     列表_优选的  关联
[1，]TRA1                               TRA1         0.36
[2，]ACTN4                              ACTN4        0.36
[3，]WARS             WARS                           0.39
[4，]CALM1                              CALM1        0.32
[5，]CD63CD63                           CD63         0.32
[6，]CD81             CD81                           0.43
[7，]FKBP1A                             FKBP1A       0.38
[8，]CALU                               CALU         0.47
[9，]IQGAP1                           IQGAP1         0.37
[10，]CTSB                  CTSB                     0.33
[11，]MGC8721                         MGC8721        0.35
[12，]STAT1                           STAT1          0.37
[13，]TACC1                           TACC1          0.41
[14，]TM4SF8                          TM4SF8         0.33
[15，]CD59                            CD59           0.31
[16，]CKAP4CKAP4                      CKAP4          0.45
[17，]DUSP1DUSP1                      DUSP1          0.38
[18，]RCN1                            RCN1           0.31
[19，]MGC8902                         MGC8902        0.35
[20，]LGALS1  LGALS1                  LGALS1         0.33
[21，]BHLHB2                          BHLHB2         0.3
[22，]RRBP1                           RRBP1          0.31
[23，]PKM2                  PKM2                     0.33
[24，]PRNP                            PRNP           0.42
[25，]PPP2CB                PPP2CB                   0.31
[26，]CNN3                  CNN3                     0.36
[27，]ANXA2   ANXA2         ANXA2                    0.32
[28，]IER3                            IER3           0.34
[29，]JAK1                  JAK1                     0.33
[30，]MARCKS                          MARCKS         0.43
[31，]LUM                             LUM            0.48
[32，]FER1L3                          FER1L3         0.47
[33，]SLC20A1                         SLC20A1        0.41
[34，]EIF4G3                EIF4G3                   0.36
[35，]HEXB                            HEXB           0.46
[36，]EXT1                            EXT1           0.47
[37，]TJP1                            TJP1           0.32
[38，]CTSL    CTSL                    CTSL           0.38
[39，]SLC39A6                         SLC39A6        0.36
[40，]RIOK3                           RIOK3          0.38
[41，]CRK                            CRK            0.37
[42，]NNMT                           NNMT           0.37
[43，]COL1A1             COL1A1                     0.35
[44，]TRAM2    TRAM2                 TRAM2          0.35
[45，]ADAM9                          ADAM9          0.52
[46，]DNAJC7                         DNAJC7         0.38
[47，]PLSCR1                         PLSCR1         0.35
[48，]PRSS23                         PRSS23         0.3
[49，]PLOD2                          PLOD2          0.36
[50，]NPC1                           NPC1           0.39
[51，]TOB1                           TOB1           0.37
[52，]GFPT1                          GFPT1          0.47
[53，]IL8                            IL8            0.36
[54，]DYRK2              DYRK2                      0.3
[55，]PYGL                           PYGL           0.46
[56，]LOXL2                          LOXL2          0.49
[57，]KIAA0355                       KIAA0355       0.36
[58，]UGDH                           UGDH           0.49
[59，]NFIL3              NFIL3                      0.53
[60，]PURA                           PURA           0.32
[61，]ULK2                           ULK2           0.37
[62，]CENTG2                         CENTG2         0.35
[63，]NID2                           NID2           0.42
[64，]CAP350C                        AP350          0.31
[65，]CXCL1                          CXCL1          0.36
[66，]BTN3A3                         BTN3A3         0.35
[67，]IL6                            IL6            0.32
[68，]WNT5A                          WNT5A          0.3
[69，]FOXF2                          FOXF2          0.44
[70，]LPHN2                          LPHN2          0.34
[71，]CDH11                          CDH11          0.39
[72，]P4HA1                          P4HA1          0.33
[73，]GRP58                          GRP58            0.44
[74，]ACTN1       ACTN1     ACTN1                     0.41
[75，]CAPN2                 CAPN2                     0.54
[76，]DSIPI                          DSIPI            0.44
[77，]MAP1LC3B                       MAP1LC3B         0.5
[78，]GALIG       GALIG              GALIG            0.36
[79，]IGSF4                          IGSF4            0.4
[80，]IRS2                           IRS2             0.35
[81，]ATP2A2                         ATP2A2           0.35
[82，]OGT                            OGT              0.3
[83，]TNFRSF10B                      TNFRSF10B        0.31
[84，]KIAA1128                       KIAA1128         0.35
[85，]TM4SF1                         TM4SF1           0.35
[86，]RBPMS                          RBPMS            0.43
[87，]RIPK2                          RIPK2            0.42
[88，]CBLB                           CBLB             0.46
[89，]NR1D2                          NR1D2            0.47
[90，]BTN3A2                         BTN3A2           0.38
[91，]SLC7A11                        SLC7A11          0.4
[92，]MPZL1                          MPZL1            0.3
[93，]IGFBP3      IGFBP3    IGFBP3                    0.31
[94，]SSA2                           SSA2             0.36
[95，]FN1         FN1       FN1                       0.32
[96，]NQO1                           NQO1             0.4
[97，]ASPH                           ASPH             0.36
[98，]ASAH1                          ASAH1            0.33
[99，]MGLL                           MGLL             0.35
[100，]SERPINB                       6SERPINB6        0.51
[101，]HSPA5                         HSPA5            0.33
[102，]ZFP36L1                       ZFP36L1          0.39
[103，]COL4A2               COL4A2                    0.3
[104，]COL4A1                        COL4A1           0.3
[105，]CD44                            CD44            0.35
[106，]SLC39A14                        SLC39A14        0.38
[107，]NIPA2                           NIPA2           0.36
[108，]FKBP9                           FKBP9           0.48
[109，]IL6ST                           IL6ST           0.4
[110，]DKFZP564G2022                   DKFZP564G2022   0.39
[111，]PPAP2B                          PPAP2B          0.33
[112，]MAP1B                           MAP1B           0.3
[113，]MAPK1                           MAPK1           0.3
[114，]MYO1B                           MYO1B           0.38
[115，]CASTCAST                        CAST            0.31
[116，]RRAS2                           RRAS2           0.52
[117，]QKI                             QKI             0.31
[118，]LHFPL2                          LHFPL2          0.36
[119，]SEPT10                          SEPT10          0.38
[120，]ARHE                            ARHE            0.5
[121，]KIAA1078                        KIAA1078        0.34
[122，]FTL                             FTL             0.38
[123，]KIAA0877                        KIAA0877        0.41
[124，]PLCB1                           PLCB1           0.3
[125，]KIAA0802                        KIAA0802        0.32
[126，]KPNB1            KPNB1                          0.37
[127，]RAB3GAP                         RAB3GAP         0.43
[128，]SERPINB1                        SERPINB1        0.46
[129，]TIMM17A                         TIMM17A         0.38
[130，]SOD2                            SOD2            0.35
[131，]HLA-A    HLA-A                  HLA-A           0.33
[132，]NOMO2                           NOMO2           0.43
[133，]LOC55831                        LOC55831        0.32
[134，]PHLDA1                          PHLDA1          0.32
[135，]TMEM2                           TMEM2           0.47
[136，]MLPH                            MLPH            0.35
[137，]FAD104               FAD104        0.34
[138，]LRRC5                LRRC5         0.42
[139，]RAB7L1               RAB7L1        0.41
[140，]FLJ35036             FLJ35036      0.36
[141，]DOCK10               DOCK10        0.41
[142，]LRP12                LRP12         0.36
[143，]TXNDC5               TXNDC5        0.4
[144，]CDC14B               CDC14B        0.39
[145，]HRMT1L1              HRMT1L1       0.38
[146，]CORO1C               CORO1C        0.38
[147，]DNAJC10              DNAJC10       0.31
[148，]TNPO1                TNPO1         0.33
[149，]LONP                 LONP          0.32
[150，]AMIGO2               AMIGO2        0.38
[151，]DNAPTP6              DNAPTP6       0.31
[152，]ADAMTS1              ADAMTS1       0.37
[153，]         CCL21
[154，]         SCARB2
[155，]         MAD2L1BP
[156，]         PTS
[157，]         NBL1
[158，]         CD151
[159，]         CRIP2
[160，]         UGCG
[161，]         PRSS11
[162，]         MME
[163，]         CBR1
[164，]         DUSP3
[165，]         PFN2
[166，]         MICA
[167，]         FTH1
[168，]         RHOC
[169，]      ZAP128
[170，]      PON2
[171，]      COL5A2
[172，]      CST3
[173，]      MCAM
[174，]      MMP2
[175，]      CTSD
[176，]      ALDH3A1
[177，]      CSRP1
[178，]      S100A4
[179，]      CALD1
[180，]      CTGF
[181，]      CAPG
[182，]      TAGLN
[183，]      FSTL1
[184，]      SCTR
[185，]      BLVRA
[186，]      COPEB
[187，]      DIPA
[188，]      SMARCD3
[189，]      MVP
[190，]      PEA15
[191，]      S100A13
[192，]      ECE1
表22.长春新碱生物标记。
基因           关联      探针序列
[1，]SLC25A5   0.32      TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[2，]RPL10     0.38      GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[3，]RPL12     0.31      TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[4，]RPS4X     0.39      AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[5，]EIF5A         0.31       TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[6，]BLMH          0.32       AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[7，]TBCA          0.3        ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[8，]MDH2          0.34       TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[9，]S100A4        0.32       TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[10，]C14orf139    0.3        TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
表23.顺铂生物标记。
基因               关联      探针序列
[1，]C1QR1         0.3       CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[2，]SLA           0.37      TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[3，]PTPN7         0.31      ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[4，]ZNFN1A1       0.33      CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[5，]CENTB1        0.37      TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[6，]IFI16         0.31      TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[7，]ARHGEF6       0.35      TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[8，]SEC31L2       0.32      AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[9，]CD3Z          0.32      TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[10，]GZMB         0.3       TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[11，]CD3D         0.34      TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[12，]MAP4K1       0.32      CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[13，]GPR65        0.39      CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[14，]PRF1         0.31      TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[15，]ARHGAP15     0.35      CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[16，]TM6SF1       0.41      TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[17，]TCF4         0.4       AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
表24.依托泊苷生物标记。
基因         关联    探针序列
[1，]CD99    0.3     AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[2，]INSIG1         0.35    TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[3，]PRG1           0.34    GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[4，]MUF1           0.35    AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[5，]SLA            0.37    CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[6，]SSBP2          0.37    TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[7，]GNB5           0.35    TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[8，]MFNG           0.33    GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[9，]PSMB9          0.31    AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[10，]EVI2A         0.41    TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[11，]PTPN7         0.3     AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[12，]PTGER4        0.3     TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[13，]CXorf9        0.3     GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[14，]ZNFN1A1       0.35    ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[15，]CENTB1        0.3     TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[16，]NAP1L1        0.31    TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[17，]HLA-DRA       0.34    TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[18，]IFI16         0.38    CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[19，]ARHGEF6       0.33    TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[20，]PSCDBP        0.4     AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[21，]SELPLG        0.35    TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[22，]SEC31L2       0.42    AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[23，]CD3Z          0.36    TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[24，]SH2D1A        0.33    CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[25，]GZMB          0.34    TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[26，]SCN3A         0.3     GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[27，]RAFTLIN       0.39    TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[28，]DOCK2         0.33    TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[29，]CD3D          0.31    ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[30，]ZAP70         0.35    TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[31，]GPR65         0.35    TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[32，]PRF1          0.32    TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[33，]ARHGAP15      0.32    ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[34，]NOTCH1      0.31    TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[35，]UBASH3A     0.32    ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
表25.阿扎鸟嘌呤生物标记。
基因               关联    探针序列
[1，]SRM           0.32    TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[2，]SCARB1        0.4     TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[3，]SIAT1         0.31    AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[4，]CUGBP2        0.37    TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[5，]WASPIP        0.44    TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[6，]ITM2A         0.31    AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[7，]PALM2-AKAP2   0.31    ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[8，]LNK           0.43    TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[9，]FCGR2A        0.3     TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[10，]RUNX3        0.43    TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[11，]EVI2A        0.4     AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[12，]BTN3A3       0.4     ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[13，]LCP2         0.34    TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[14，]BCHE         0.35    TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[15，]LY96         0.47    TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[16，]LCP1         0.42    ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[17，]IFI16        0.33    CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[18，]MCAM         0.37    TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[19，]MEF2C        0.41    CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[20，]FYN          0.31    TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[21，]C1orf38      0.37    AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[22，]FCGR2C       0.34    TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[23，]TNIK         0.35    AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[24，]AMPD2        0.3     TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[25，]SEPT6        0.41    AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[26，]RAFTLIN      0.39    TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[27，]SLC43A3        0.52      CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[28，]LPXN           0.54      AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[29，]CKIP-1         0.33      TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[30，]FLJ10539       0.33      TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[31，]FLJ35036       0.36      AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[32，]DOCK10         0.3       GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[33，]TRPV2          0.31      ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[34，]IFRG28         0.3       TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[35，]LEF1           0.31      ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[36，]ADAMTS1        0.36      TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
表26.卡铂生物标记。
基因             关联     探针序列
[1，]ITGA5       0.43     AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[2，]TNFAIP3     0.4      TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[3，]WNT5A       0.34     TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[4，]FOXF2       0.36     TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[5，]LOC94105    0.32     AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[6，]IFI16       0.38     TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[7，]LRRN3       0.33     TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[8，]DOCK10      0.4      TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[9，]LEPRE1      0.32     GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[10，]ADAMTS1    0.34     TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
表27.阿霉素生物标记。
基因             关联    探针序列
[1，]CD99        0.41    AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[2，]ALDOC       0.31    TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[3，]SLA         0.35    TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[4，]SSBP2       0.34    TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[5，]IL2RG          0.38       TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[6，]CXorf9         0.32       TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[7，]RHOH           0.31       ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[8，]ZNFN1A1        0.43       TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[9，]CENTB1         0.36       AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[10，]MAP4K1        0.35       TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[11，]CD3G          0.31       AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[12，]CCR9          0.34       CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[13，]CXCR4         0.3        TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[14，]ARHGEF6       0.31       TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[15，]SELPLG        0.31       TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[16，]SEC31L2       0.33       TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[17，]CD3Z          0.37       ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[18，]SH2D1A        0.37       TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[19，]CD1A          0.4        AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[20，]LAIR1         0.39       AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[21，]TRB@          0.34       TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[22，]CD3D          0.33       TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[23，]WBSCR20C      0.34       ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[24，]ZAP70         0.33       TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[25，]IFI44         0.32       TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[26，]GPR65         0.31       AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[27，]AIF1          0.3        CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[28，]ARHGAP15      0.37       TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[29，]NARF          0.3        TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[30，]PACAP         0.32       CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
表28.阿柔比星生物标记。
基因                关联       探针序列
[1，]RPL12          0.3        AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[2，]RPLP2          0.37       TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[3，]MYB           0.31      TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[4，]ZNFN1A1       0.34      AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[5，]SCAP1         0.33      TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[6，]STAT4         0.31      AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[7，]SP140         0.4       AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[8，]AMPD3         0.3       TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[9，]TNFAIP8       0.4       AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[10，]DDX18        0.31      TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[11，]TAF5         0.3       TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[12，]RPS2         0.34      CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[13，]DOCK2        0.32      AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[14，]GPR65        0.35      AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[15，]HOXA9        0.33      TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[16，]FLJ12270     0.31      AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[17，]HNRPD        0.4       ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
表29.米托蒽醌生物标记。
基因             关联      探针序列
[1，]PGAM1       0.32      TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[2，]DPYSL3      0.36      AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[3，]INSIG1      0.32      TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[4，]GJA1        0.31      TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[5，]BNIP3       0.31      TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[6，]PRG1        0.39      GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[7，]G6PD        0.34      TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[8，]PLOD2       0.34      GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[9，]LOXL2       0.31      TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[10，]SSBP2      0.36      TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[11，]C1orf29    0.35      TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[12，]TOX        0.35      TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[13，]STC1       0.39      TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[14，]TNFRSF1A        0.34      AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[15，]NCOR2           0.3       TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[16，]NAP1L1          0.32      TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[17，]LOC94105        0.34      AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[18，]ARHGEF6         0.34      TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[19，]GATA3           0.35      TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[20，]TFPI            0.31      TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[21，]CD3Z            0.37      AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[22，]AF1Q            0.33      GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[23，]MAP1B           0.34      TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[24，]CD3D            0.31      TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[25，]BCAT1           0.32      TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[26，]IFI44           0.33      TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[27，]CUTC            0.33      AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[28，]NAP1L2          0.33      AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[29，]NME7            0.35      AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[30，]FLJ21159        0.33      TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
表30.丝裂霉素生物标记。
基因                  关联      探针序列
[1，]STC1             0.34      TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[2，]GPR65            0.32      GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[3，]DOCK10           0.35      ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[4，]FAM46A           0.36      TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[5，]LOC54103         0.39      ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
表31.紫杉醇(泰素)生物标记。
基因                  关联      探针序列
[1，]RPL10            0.31      TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[2，]RPS4X            0.31      TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[3，]DKC1          0.3      TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[4，]DKFZP564C186  0.32     ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[5，]PRP19         0.31     TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[6，]RAB9P40       0.33     GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[7，]HSA9761       0.37     AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[8，]GMDS          0.3      AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[9，]CEP1          0.3      AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[10，]IL13RA2      0.34     AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[11，]MAGEB2       0.41     ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[12，]HMGN2        0.35     CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[13，]ALMS1        0.3T     CCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[14，]GPR65        0.31     TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[15，]FLJ10774     0.31     TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[16，]NOL8         0.31     TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[17，]DAZAP1       0.32     TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[18，]SLC25A15     0.31     TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[19，]PAF53        0.36     TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[20，]PITPNC1      0.33     TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[21，]SPANXC       0.3      TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[22，]KIAA1393     0.33     CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
表32.吉西他滨(健择)生物标记。
基因               关联     探针序列
[1，]UBE2L6        0.38     CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[2，]TAP1          0.33     CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[3，]F2R           0.3      TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[4，]PSMB9         0.31     TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[5，]IL7R          0.31     AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[6，]TNFAIP8       0.33     AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[7，]HLA-C         0.33     TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[8，]IFI44         0.31     TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
表33.泰索帝(多西他赛)生物标记。
基因              关联     探针序列
[1，]ANP32B       0.45     GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[2，]GTF3A        0.31     TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[3，]TRIM14       0.31     ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[4，]SKP2         0.33     GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[5，]TRIP13       0.36     TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[6，]RFC3         0.45     GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[7，]CASP7        0.32     TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[8，]TXN          0.36     AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[9，]MCM5         0.34     AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[10，]PTGES2      0.39     AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[11，]OBFC1       0.37     TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[12，]EPB41L4B    0.32     GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[13，]CALML4      0.31     TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
表34.地塞米松生物标记 。
基因              关联     探针序列
[1，]IFITM2       0.38     ATATATGGACCTAGCTTGAGGCAAT
[2，]UBE2L6       0.32     AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[3，]ITM2A        0.38     CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[4，]IL2RG        0.36     TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[5，]GPRASP1      0.36     TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[6，]PTPN7        0.31     TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[7，]CXorf9       0.36     GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[8，]RHOH         0.33     TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[9，]GIT2         0.31     ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[10，]ZNFN1A1     0.35     TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[11，]CEP1        0.31     CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[12，]MAP4K1      0.3      AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[13，]CCR7          0.33     AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[14，]CD3G          0.35     CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[15，]UCP2          0.3      AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[16，]GATA3         0.37     TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[17，]CDKN2A        0.32     TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[18，]TARP          0.3      GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[19，]LAIR1         0.34     TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[20，]SH2D1A        0.34     TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[21，]SEPT6         0.34     TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[22，]HA-1          0.34     TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[23，]CD3D          0.32     TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[24，]LST1          0.39     CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[25，]AIF1          0.35     AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[26，]ADA           0.33     TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[27，]DATF1         0.41     CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[28，]ARHGAP15      0.3      TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[29，]PLAC8         0.31     CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[30，]CECR1         0.31     GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[31，]LOC81558      0.33     TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[32，]EHD2          0.37     ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
表35.Ara-C(盐酸阿糖胞苷)生物标记。
基因                关联     探针序列
[1，]ITM2A          0.32     TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[2，]RHOH           0.31     AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[3，]PRIM1          0.3T     CCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[4，]CENTB1         0.31     TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[5，]NAP1L1         0.31     GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[6，]ATP5G2         0.31     TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[7，]GATA3          0.33     AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[8，]PRKCQ          0.32     AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[9，]SH2D1A       0.3     GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[10，]SEPT6       0.42    ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[11，]NME4        0.33    ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[12，]CD3D        0.31    AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[13，]CD1E        0.32    TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[14，]ADA         0.34    GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[15，]FHOD1       0.31    CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
表36.甲基强的松龙生物标记
基因              关联     探针序列
[1，]CD99         0.31     GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[2，]ARHGDIB      0.31     TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[3，]ITM2A        0.35     GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[4，]LGALS9       0.43     TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[5，]INPP5D       0.34     TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[6，]SATB1        0.32     TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[7，]TFDP2        0.4      AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[8，]SLA          0.31     TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[9，]IL2RG        0.3      TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[10，]MFNG        0.3      TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[11，]SELL        0.33     AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[12，]CDW52       0.33     TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[13，]LRMP        0.32     TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[14，]ICAM2       0.38     CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[15，]RIMS3       0.36     TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[16，]PTPN7       0.39     TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[17，]ARHGAP25    0.37     TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[18，]LCK         0.3      TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[19，]CXorf9      0.3      TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[20，]RHOH        0.51     AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[21，]GIT2        0.33     ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[22，]ZNFN1A1         0.53      TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[23，]CENTB1          0.36      TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[24，]LCP2            0.34      TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[25，]SPI1            0.3       TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[26，]GZMA            0.31      AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[27，]CEP1            0.37      AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[28，]CD8A            0.38      TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[29，]SCAP1           0.32      TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[30，]CD2             0.48      GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[31，]VAV1            0.41      ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[32，]MAP4K1          0.36      TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[33，]CCR7            0.37      ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[34，]C6orf32         0.38      TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[35，]ALOX15B         0.43      TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[36，]BRDT            0.33      AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[37，]CD3G            0.51      AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[38，]LTB             0.32      ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[39，]NVL             0.31      TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[40，]RASGRP2         0.35      TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[41，]LCP1            0.34      AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[42，]CXCR4           0.3       AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[43，]PRKD2           0.33      CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[44，]GATA3           0.39      TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[45，]KIAA0922        0.36      GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[46，]TARP            0.49      TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[47，]SEC31L2         0.32      ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[48，]PRKCQ           0.37      TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[49，]SH2D1A          0.33      AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[50，]CHRNA3          0.5       AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[51，]CD1A            0.44      AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[52，]LST1            0.36      CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[53，]LAIR1           0.47      CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[54，]CACNA1G        0.33      GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[55，]TRB@           0.31      ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[56，]SEPT6          0.33      TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[57，]HA-1           0.42      CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[58，]DOCK2          0.32      TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[59，]CD3D           0.41      TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[60，]TRD@           0.38      TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[61，]T3JAM          0.37      TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[62，]FNBP1          0.37      TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[63，]CD6            0.4       CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[64，]AIF1           0.31      TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[65，]FOLH1          0.45      TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[66，]CD1E           0.58      CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[67，]LY9            0.39      TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[68，]ADA            0.39      AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[69，]CDKL5          0.44      GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[70，]TRIM           0.38      AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[71，]DATF1          0.31      ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[72，]RGC32          0.51      TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[73，]ARHGAP15       0.34      CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[74，]NOTCH1         0.36      TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[75，]BIN2           0.31      AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[76，]SEMA4G         0.35      AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[77，]DPEP2          0.33      CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[78，]CECR1          0.36      TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[79，]BCL11B         0.33      TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[80，]STAG3          0.41      TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[81，]GALNT6         0.32      TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[82，]UBASH3A        0.3       AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[83，]PHEMX          0.38      TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[84，]FLJ13373       0.34      TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[85，]LEF1           0.49      TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[86，]IL21R      0.42    TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[87，]MGC17330   0.33    TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[88，]AKAP13     0.53    TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[89，]GIMAP5     0.34    AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
表37.氨甲蝶呤生物标记。
基因             关联    探针序列
[1，]PRPF8       0.34    TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[2，]RPL18       0.34    AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[3，]GOT2        0.31    CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[4，]RPL13A      0.31    TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[5，]RPS15       0.39    CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[6，]RPLP2       0.32    GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[7，]CSDA        0.39    GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[8，]KHDRBS1     0.32    TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[9，]SNRPA       0.31    TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[10，]IMPDH2     0.39    AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[11，]RPS19      0.47    AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[12，]NUP88      0.36    CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[13，]ATP5D      0.33    TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[14，]PCBP2      0.32    AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[15，]ZNF593     0.4     AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[16，]HSU79274   0.32    TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[17，]PRIM1      0.3     CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[18，]PFDN5      0.33    TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[19，]OXA1L      0.37    CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[20，]ATIC       0.31    ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[21，]CIAPIN1    0.34    ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[22，]RPS2       0.32    CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[23，]PCCB       0.36    GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[24，]SHMT2      0.34    ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[25，]RPLP0      0.35      AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[26，]HNRPA1     0.35      TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[27，]STOML2     0.32      TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[28，]SKB1       0.33      ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[29，]GLTSCR2    0.37      AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[30，]CCNB1IP1   0.3T      CCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[31，]MRPS2      0.33      TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[32，]FLJ20859   0.34      TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[33，]FLJ12270   0.3       ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
表38.博来霉素生物标记。
基因               关联     探针序列
[1，]PFN1          0.45     GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[2，]HK1           0.33     TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[3，]MCL1          0.31     TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[4，]ZYX           0.32     TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[5，]RAP1B         0.34     ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[6，]GNB2          0.32     CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[7，]EPAS1         0.31     ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[8，]PGAM1         0.42     TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[9，]CKAP4         0.31     ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[10，]DUSP1        0.4      AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[11，]MYL9         0.4      TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[12，]K-ALPHA-1    0.37     TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[13，]CSDA         0.3      TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[14，]IFITM2       0.36     TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[15，]ITGA5        0.43     GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[16，]DPYSL3       0.44     TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[17，]JUNB         0.32     TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[18，]NFKBIA       0.32     TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[19，]LAMB1        0.37     AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[20，]FHL1          0.31    TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[21，]INSIG1        0.31    TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[22，]TIMP1         0.48    TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[23，]GJA1          0.54    AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[24，]PRG1          0.46    TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[25，]EXT1          0.35    TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[26，]DKFZP434J154  0.31    GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[27，]MVP           0.34    CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[28，]VASP          0.31    TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[29，]ARL7          0.39    TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[30，]NNMT          0.34    TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[31，]TAP1          0.3     TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[32，]PLOD2         0.37    GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[33，]ATF3          0.42    CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[34，]PALM2-AKAP2   0.33    TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[35，]IL8           0.34    GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[36，]LOXL2         0.32    GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[37，]IL4R          0.31    ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[38，]DGKA          0.32    GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[39，]SEC61G        0.41    CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[40，]RGS3          0.37    TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[41，]F2R           0.34    CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[42，]TPM2          0.35    CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[43，]PSMB9         0.34    CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[44，]LOX           0.37    TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[45，]STC1          0.35    TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[46，]PTGER4        0.31    CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[47，]SMAD3         0.38    TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[48，]WNT5A         0.44    TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[49，]BDNF          0.34    TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[50，]TNFRSF1A      0.46    TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[51，]FLNC          0.34    ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[52，]DKFZP564K0822   0.34     TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[53，]FLOT1           0.38     TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[54，]PTRF            0.39     TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[55，]HLA-B           0.36     TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[56，]MGC4083         0.32     GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[57，]TNFRSF10B       0.34     TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[58，]PLAGL1          0.31     TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[59，]PNMA2           0.38     GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[60，]TFPI            0.38     TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[61，]GZMB            0.51     TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[62，]PLAUR           0.35     AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[63，]FSCN1           0.32     ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[64，]ERP70           0.32     ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[65，]AF1Q            0.3      TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[66，]HIC             0.33     TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[67，]COL6A1          0.32     AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[68，]IFITM3          0.3      GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[69，]MAP1B           0.38     CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[70，]FLJ46603        0.37     TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[71，]RAFTLIN         0.34     TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[72，]RRAS            0.31     TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[73，]FTL             0.3      CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[74，]KIAA0877        0.31     CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[75，]MT1E            0.31     TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[76，]CDC10           0.51     AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[77，]DOCK2           0.32     AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[78，]RIS1            0.37     ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[79，]BCAT1           0.42     TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[80，]PRF1            0.34     TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[81，]DBN1            0.36     GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[82，]MT1K            0.3      TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[83，]TMSB10          0.42     GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[84，]FLJ10350         0.4      AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[85，]C1orf24          0.34     TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[86，]NME7             0.46     TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[87，]TMEM22           0.3      TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[88，]TPK1             0.37     TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[89，]ELK3             0.38     TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[90，]CYLD             0.4      TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[91，]ADAMTS1          0.31     AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[92，]EHD2             0.41     TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[93，]ACTB             0.33     TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
表39.甲基-GAG(二盐酸甲基乙二醛双脒腙)生物标记。
基因             关联      探针序列
[1，]SSRP1       0.37     TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[2，]CTSC        0.35     CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[3，]LBR         0.38     ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[4，]EFNB2       0.31     AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[5，]SERPINA1    0.34     TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[6，]SSSCA1      0.32     TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[7，]EZH2        0.36     TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[8，]MYB         0.33     GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[9，]PRIM1       0.39     TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[10，]H2AFX      0.33     TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[11，]HMGA1      0.35     TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[12，]HMMR       0.33     TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[13，]TK2        0.42     CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[14，]WHSC1      0.35     AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[15，]DIAPH1     0.34     GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[16，]LAMB3      0.31     GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[17，]DPAGT1     0.42     TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[18，]UCK2       0.31     GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[19，]SERPINB1      0.31   TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[20，]MDN1          0.35   TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[21，]G0S2          0.43   CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[22，]MGC21654      0.36   TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[23，]GTSE1         0.35   ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[24，]TACC3         0.31   TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[25，]PLAC8         0.31   CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[26，]HNRPD         0.35   TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[27，]PNAS-4        0.3    TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
表40.HDAC抑制剂生物标记。
基因            关联     探针序列
[1，]FAU        0.33     TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[2，]NOL5A      0.33     TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[3，]ANP32A     0.32     CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[4，]ARHGDIB    0.3      ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[5，]LBR        0.31     ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[6，]FABP5      0.33     TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[7，]ITM2A      0.32     TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[8，]SFRS5      0.34     TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[9，]IQGAP2     0.4      CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[10，]SLC7A6    0.35     AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[11，]SLA       0.31     TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[12，]IL2RG     0.31     TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[13，]MFNG      0.39     TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[14，]GPSM3     0.32     TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[15，]PIM2      0.3      TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[16，]EVER1     0.35     GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[17，]LRMP      0.35     TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[18，]ICAM2     0.44     TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[19，]RIMS3     0.43     TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[20，]FMNL1         0.35     TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[21，]MYB           0.37     TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[22，]PTPN7         0.36     TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[23，]LCK           0.48     CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[24，]CXorf9        0.3      ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[25，]RHOH          0.31     TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[26，]ZNFN1A1       0.33     AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[27，]CENTB1        0.45     CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[28，]LCP2          0.31     TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[29，]DBT           0.32     TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[30，]CEP1          0.31     TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[31，]IL6R          0.31     TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[32，]VAV1          0.32     TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[33，]MAP4K1        0.3      AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[34，]CD28          0.36     TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[35，]PTP4A3        0.3      TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[36，]CD3G          0.33     CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[37，]LTB           0.4      TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[38，]USP34         0.44     GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[39，]NVL           0.41     TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[40，]CD8B1         0.33     ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[41，]SFRS6         0.31     GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[42，]LCP1          0.34     TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[43，]CXCR4         0.36     TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[44，]PSCDBP        0.33     TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[45，]SELPLG        0.33     TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[46，]CD3Z          0.3      TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[47，]PRKCQ         0.33     TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[48，]CD1A          0.34     GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[49，]GATA2         0.31     TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[50，]P2RX5         0.32     TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[51，]LAIR1         0.35     TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[52，]C1orf38         0.4       GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[53，]SH2D1A          0.44      TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[54，]TRB@            0.33      CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[55，]SEPT6           0.34      GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[56，]HA-1            0.32      AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[57，]DOCK2           0.3       TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[58，]WBSCR20C        0.31      TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[59，]CD3D            0.3       ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[60，]RNASE6          0.31      GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[61，]SFRS7           0.32      AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[62，]WBSCR20A        0.3       AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[63，]NUP210          0.31      TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[64，]CD6             0.34      TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[65，]HNRPA1          0.3       GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[66，]AIF1            0.34      AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[67，]CYFIP2          0.38      TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[68，]GLTSCR2         0.38      TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[69，]C11orf2         0.31      AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[70，]ARHGAP15        0.33      TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[71，]BIN2            0.35      TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[72，]SH3TC1          0.35      ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[73，]STAG3           0.32      AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[74，]TM6SF1          0.34      ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[75，]C15orf25        0.33      TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[76，]FLJ22457        0.36      AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[77，]PACAP           0.34      TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[78，]MGC2744         0.31      GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
表41.5-氟尿嘧啶生物标记。
基因           关联     探针序列
[1，]RPL18     0.38     AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[2，]RPL10A         0.39      TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[3，]ANAPC5         0.37      ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[4，]EEF1B2         0.3       TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[5，]RPL13A         0.5       TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[6，]RPS15          0.4       ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[7，]NDUFAB1        0.38      GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[8，]APRT           0.32      AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[9，]ZNF593         0.34      TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[10，]MRP63         0.32      AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[11，]IL6R          0.41      TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[12，]SART3         0.37      TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[13，]UCK2          0.32      GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[14，]RPL17         0.31      AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[15，]RPS2          0.35      CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[16，]PCCB          0.38      TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[17，]TOMM20        0.32      TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[18，]SHMT2         0.32      TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[19，]RPLP0         0.31      TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[20，]GTF3A         0.32      CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[21，]STOML2        0.33      TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[22，]DKFZp564J157  0.4       AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[23，]MRPS2         0.32      TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[24，]ALG5          0.3       TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[25，]CALML4        0.33      CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
表42.放射敏感性生物标记。
基因                关联   探针序列
[1，]TRA1           0.36   TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[2，]ACTN4          0.36   ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[3，]CALM1          0.32   TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[4，]CD63           0.32   TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[5，]FKBP1A           0.38       TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[6，]CALU             0.47       ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[7，]IQGAP1           0.37       TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[8，]MGC8721          0.35       AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[9，]STAT1            0.37       TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[10，]TACC1           0.41       ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[11，]TM4SF8          0.33       AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[12，]CD59            0.31       TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[13，]CKAP4           0.45       TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[14，]DUSP1           0.38       TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[15，]RCN1            0.31       TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[16，]MGC8902         0.35       TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[17，]RRBP1           0.31       ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[18，]PRNP            0.42       TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[19，]IER3            0.34       GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[20，]MARCKS          0.43       GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[21，]FER1L3          0.47       TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[22，]SLC20A1         0.41       ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[23，]HEXB            0.46       AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[24，]EXT1            0.47       CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[25，]TJP1            0.32       AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[26，]CTSL            0.38       TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[27，]SLC39A6         0.36       TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[28，]RIOK3           0.38       TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[29，]CRK             0.37       TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[30，]NNMT            0.37       TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[31，]TRAM2           0.35       TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[32，]ADAM9           0.52       TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[33，]PLSCR1          0.35       TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[34，]PRSS23          0.3        TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[35，]PLOD2           0.36       TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[36，]NPC1            0.39       TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[37，]TOB1           0.37      CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[38，]GFPT1          0.47      CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[39，]IL8            0.36      AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[40，]PYGL           0.46      TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[41，]LOXL2          0.49      TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[42，]KIAA0355       0.36      TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[43，]UGDH           0.49      TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[44，]PURA           0.32      TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[45，]ULK2           0.37      AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[46，]CENTG2         0.35      GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[47，]CAP350         0.31      GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[48，]CXCL1          0.36      TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[49，]BTN3A3         0.35      AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[50，]WNT5A          0.3       AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[51，]FOXF2          0.44      AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[52，]LPHN2          0.34      GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[53，]CDH11          0.39      TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[54，]P4HA1          0.33      TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[55，]GRP58          0.44      CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[56，]DSIPI          0.44      TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[57，]MAP1LC3B       0.5       AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[58，]GALIG          0.36      AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[59，]IGSF4          0.4       TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[60，]IRS2           0.35      TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[61，]ATP2A2         0.35      CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[62，]OGT            0.3       TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[63，]TNFRSF10B      0.31      AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[64，]KIAA1128       0.35      CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[65，]TM4SF1         0.35      CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[66，]RIPK2          0.42      TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[67，]NR1D2          0.47      TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[68，]SSA2           0.36      TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[69，]NQO1          0.4       AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[70，]ASPH          0.36      TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[71，]ASAH1         0.33      ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[72，]MGLL          0.35      TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[73，]SERPINB6      0.51      AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[74，]HSPA5         0.33      TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[75，]ZFP36L1       0.39      TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[76，]COL4A1        0.3       ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[77，]NIPA2         0.36      ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[78，]FKBP9         0.48      AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[79，]IL6ST         0.4       GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[80，]DKFZP564G2022 0.39      TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[81，]PPAP2B        0.33      TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[82，]MAP1B         0.3       CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[83，]MAPK1         0.3       TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[84，]MYO1B         0.38      ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[85，]CAST          0.31      TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[86，]RRAS2         0.52      AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[87，]QKI           0.31      ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[88，]LHFPL2        0.36      TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[89，]SEPT10        0.38      GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[90，]ARHE          0.5       AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[91，]KIAA1078      0.34      AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[92，]FTL           0.38      TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[93，]KIAA0877      0.41      AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[94，]PLCB1         0.3       AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[95，]KIAA0802      0.32      TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[96，]RAB3GAP       0.43      TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[97，]SERPINB1      0.46      TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[98，]TIMM17A       0.38      AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[99，]SOD2          0.35      TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[100，]HLA-A        0.33      TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[101，]NOMO2    0.43    CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[102，]LOC55831 0.32    TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[103，]PHLDA1   0.32    CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[104，]TMEM2    0.47    TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[105，]MLPH     0.35    ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[106，]FAD104   0.34    ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[107，]LRRC5    0.42    CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[108，]RAB7L1   0.41    TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[109，]FLJ35036 0.36    TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[110，]DOCK10   0.41    TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[111，]LRP12    0.36    AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[112，]TXNDC5   0.4     ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[113，]CDC14B   0.39    TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[114，]HRMT1L1  0.38    CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[115，]DNAJC10  0.31    TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[116，]TNPO1    0.33    GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[117，]LONP     0.32    AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[118，]AMIGO2   0.38    AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[119，]DNAPTP6  0.31    TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[120，]ADAMTS1  0.37    TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
表43.美罗华(利妥昔单抗)生物标记。
基因          关联     探针序列
[1，]PSMB2    0.89    TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[2，]BAT1     0.88    AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[3，]ASCC3L1  0.89    TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[4，]SET      0.94    AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[5，]YWHAZ    0.83    TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[6，]GLUL     0.8     TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[7，]LDHA     0.8     TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[8，]HMGB1    0.84    AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[9，]SFRS2         0.87     AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[10，]DPYSL2       0.82     TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[11，]MGC8721      0.82     CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[12，]NOL5A        0.86     TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[13，]SFRS10       0.88     AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[14，]SF3B1        0.82     TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[15，]K-ALPHA-1    0.86     TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[16，]TXNRD1       0.86     TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[17，]ARHGDIB      0.83     CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[18，]ZFP36L2      0.92     TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[19，]DHX15        0.81     TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[20，]SOX4         0.85     CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[21，]GRSF1        0.81     TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[22，]MCM3         0.85     GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[23，]IFITM1       0.82     TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[24，]RPA2         0.86     TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[25，]LBR          0.87     ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[26，]CKS1B        0.85     AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[27，]NASP         0.82     TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[28，]HNRPDL       0.81     TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[29，]CUGBP2       0.81     TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[30，]PTBP1        0.87     TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[31，]ARL7         0.83     TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[32，]CTCF         0.83     ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[33，]HMGCR        0.86     TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[34，]ITM2A        0.88     AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[35，]SFRS3        0.93     TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[36，]SRPK2        0.82     TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[37，]JARID2       0.92     CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[38，]M96          0.84     TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[39，]MAD2L1       0.87     TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[40，]SATB1        0.81     ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[41，]TMPO        0.9     ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[42，]SIVA        0.84    ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[43，]SEMA4D      0.9     TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[44，]TFDP2       0.8     7TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[45，]SKP2        0.8     6AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[46，]SH3YL1      0.8     8GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[47，]RFC4        0.87    TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[48，]PCBP2       0.83    AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[49，]IL2RG       0.84    GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[50，]CDC45L      0.89    TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[51，]GTSE1       0.83    TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[52，]KIF11       0.85    AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[53，]FEN1        0.88    TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[54，]MYB         0.9     TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[55，]LCK         0.87    TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[56，]CENPA       0.84    GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[57，]CCNE2       0.84    GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[58，]H2AFX       0.88    TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[59，]SNRPG       0.84    TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[60，]CD3G        0.94    TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[61，]STK6        0.9     ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[62，]PTP4A2      0.81    TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[63，]FDFT1       0.91    AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[64，]HSPA8       0.84    AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[65，]HNRPR       0.94    TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[66，]MCM7        0.92    AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[67，]SFRS6       0.85    TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[68，]PAK2        0.8     CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[69，]LCP1        0.85    TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[70，]STAT3       0.81    ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[71，]OK/SW-cl.56  0.8    TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[72，]WHSC1       0.81    TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[73，]DIAPH1    0.88    AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[74，]KIF2C     0.88    TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[75，]HDGFRP3   0.89    CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[76，]PNMA2     0.93    TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[77，]GATA3     0.93    TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[78，]BUB1      0.88    AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[79，]TPX2      0.8     CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[80，]SH2D1A    0.86    TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[81，]TNFAIP8   0.9     TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[82，]CSE1L     0.83    AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[83，]MCAM      0.8     TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[84，]AF1Q      0.83    GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[85，]CD47      0.86    CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[86，]SFRS1     0.85    AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[87，]FYB       0.92    TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[88，]TRB@      0.84    ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[89，]CXCR4     0.94    GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[90，]H3F3B     0.84    TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[91，]MKI67     0.83    ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[92，]MAC30     0.82    TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[93，]ARID5B    0.88    AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[94，]LOC339287 0.81    AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[95，]CD3D      0.82    TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[96，]ZAP70     0.87    AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[97，]LAPTM4B   0.83    TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[98，]SFRS7     0.87    TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[99，]HNRPA1    0.9     AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[100，]HSPCA    0.88    AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[101，]AIF1     0.82    TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[102，]GTF3A    0.87    AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[103，]MCM5     0.91    TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[104，]GTL3     0.85    AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[105，]ZNF22      0.89   TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[106，]FLJ22794   0.83   GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[107，]LZTFL1     0.89   ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[108，]e(y)2      0.87   TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[109，]FLJ20152   0.92   TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[110，]C10orf3    0.86   ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[111，]NRN1       0.86   AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[112，]FLJ10858   0.81   GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[113，]BCL11B     0.89   GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[114，]ASPM       0.91   AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[115，]LEF        10.9   TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[116，]LOC146909  0.83   ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
表44.5-氮杂-2′-脱氧胞苷(地西他滨)生物标记。
基因            关联    探针序列
[1，]CD99      0.31     TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[2，]SNRPA     0.32     TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[3，]CUGBP2    0.32     TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[4，]STAT5A    0.32     GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[5，]SLA       0.38     TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[6，]IL2RG     0.33     TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[7，]GTSE1     0.32     ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[8，]MYB       0.36     TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[9，]PTPN7     0.33     TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[10，]CXorf9   0.42     TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[11，]RHOH     0.38     AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[12，]ZNFN1A1  0.33     AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[13，]CENTB1   0.35     CACCCAGCTGGTCCTGTGGATGGGA
[14，]LCP2     0.3      AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[15，]HIST1H4C 0.33     TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[16，]CCR7     0.37     TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[17，]APOBEC3B    0.31     TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[18，]MCM7        0.31     TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[19，]LCP1        0.31     AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[20，]SELPLG      0.4      TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[21，]CD3Z        0.35     TCCTGTACTTGTCCTCAGCTTGGGC
[22，]PRKCQ       0.39     TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[23，]GZMB        0.32     GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[24，]SCN3A       0.4      AAGCCTATACGTTTCTGTGGAGTAA
[25，]LAIR1       0.35     TGCCTGCTCCTGTACTTGTCCTCAG
[26，]SH2D1A      0.35     GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT
[27，]SEPT6       0.35     ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[28，]CG018       0.32     ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[29，]CD3D        0.31     TGGACCCCACTGGCTGAGAATCTGG
[30，]C18orf10    0.33     TCCTTGTGCCTGCTCCTGTACTTGT
[31，]PRF1        0.31     TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[32，]AIF1        0.31     TTGGACATCTCTAGTGTAGCTGCCA
[33，]MCM5        0.31     ACTTGTCCTCAGCTTGGGCTTCTTC
[34，]LPXN        0.35     TCCTCCATCACCTGAAACACTGGAC
[35，]C22orf18    0.33     AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[36，]ARHGAP15    0.31     AAATGTTTCCTTGTGCCTGCTCCTG
[37，]LEF1        0.43     GCCCCACTGGACAACACTGATTCCT