1.一种鉴别基因组上药物与其相互作用的一个或多个位点的方法，所述方法包括：
a)将细胞或细胞裂解物接触所述药物；
b)将所述细胞或细胞裂解物维持在其中所述药物可以与基因组相关的一个或多个因子相互作用的条件下；
c)将所述细胞或细胞裂解物的基因组片段化，由此产生包含基因组片段的混合物，其中一个或多个基因组片段与所述药物与其相互作用的一个或多个因子相关；和d)测定与所述药物与其相互作用的一个或多个因子相关的一个或多个基因组片段的全部或部分的序列，
由此鉴别基因组上所述药物与其相互作用的一个或多个位点。
2.权利要求1的方法，进一步包括将所述一个或多个因子与所述基因组共价连接，由此在所述一个或多个因子和所述基因组之间产生共价连接。
3.权利要求2的方法，其中将所述基因组相关的一个或多个因子与所述细胞或细胞裂解物的基因组共价连接后，将所述细胞或细胞裂解物接触所述药物。
4.权利要求2的方法，其中将所述基因组相关的一个或多个因子与所述细胞或细胞裂解物的基因组共价连接前，将所述细胞或细胞裂解物接触所述药物。
5.权利要求2的方法，其中通过包括将所述细胞或细胞裂解物接触交联剂的方法将所述基因组相关的一个或多个因子与所述细胞或细胞裂解物的基因组共价连接。
6.权利要求5的方法，进一步包括终止交联剂的交联。
7.权利要求6的方法，其中通过将所述细胞或细胞裂解物接触包含TRIS的缓冲剂来终止所述交联。
8.权利要求5的方法，其中所述交联剂是甲醛或低聚甲醛。
9.权利要求8的方法，其中所述甲醛的浓度为1％或0.5％。
10.权利要求2的方法，进一步包括在测定与所述药物与其相互作用的一个或多个因子相关的一个或多个基因组片段的全部或部分的序列之前逆转所述共价连接。
11.权利要求1的方法，其中所述药物是治疗性药物或药理学上活性的小分子。
12.权利要求11的方法，其中所述药物是抗癌药物。
13.权利要求1的方法，其中所述药物包含可检测标记。
14.权利要求13的方法，其中所述可检测标记是荧光分子、肽、半抗原或其组合。
15.权利要求14的方法，其中所述可检测标记是生物素。
16.权利要求1的方法，其中所述基因组相关的一个或多个因子是转录调节蛋白或其复合物、涉及维持基因组完整性的蛋白质或其复合物，或其组合。
17.权利要求16的方法，其中所述转录调节蛋白是转录因子、染色质修饰蛋白、核激素受体、激酶、磷酸酶、蛋白酶体、蛋白酶体组分，或其组合。
18.权利要求16的方法，其中所述涉及维持基因组完整性的蛋白质是DNA复制和修复蛋白、拓扑异构酶，或其组合。
19.权利要求1的方法，其中使用超声波处理、剪切诱导方法、酶消化或其组合将所述基因组片段化。
20.权利要求1的方法，其中使用聚合酶链式反应、大规模并行测序或其组合测定与所述药物与其相互作用的一个或多个因子相关的一个或多个基因组片段的序列。
21.权利要求1的方法，其中在测定与所述药物与其相互作用的一个或多个因子相关的一个或多个基因组片段的序列前，将与所述药物与其相互作用的一个或多个因子相关的一个或多个基因组片段与混合物中的其他基因组片段分离。
22.权利要求21的方法，其中通过将所述混合物接触包含特异性结合所述药物的试剂的固体支持物，将所述一个或多个基因组片段与混合物中的其他基因组片段分离。
23.权利要求22的方法，其中所述固体支持物包括珠子。
24.权利要求22的方法，其中所述试剂是抗体、链霉抗生物素，或其组合。
25.权利要求1的方法，其中所述细胞是活细胞。
26.权利要求1的方法，其中所述细胞是真核生物细胞。
27.权利要求26的方法，其中所述真核生物细胞是人细胞。
28.权利要求27的方法，其中所述细胞是正常细胞或异常细胞。
29.权利要求28的方法，其中所述异常细胞是癌细胞。
30.权利要求1的方法，其中所述基因组范围内的一个或多个位点是脱靶位点。
31.权利要求1的方法，其中所述药物与一个或多个因子的相互作用发生在所述基因组的一个或多个常染色质区域上。
32.一种对药物与基因组相关的一个或多个因子的相互作用进行基因组范围的作图的方法，所述方法包括：
a)将细胞或细胞裂解物接触所述药物；
b)将所述细胞或细胞裂解物维持在其中所述药物可以与基因组相关的一个或多个因子相互作用的条件下；
c)将所述细胞或细胞裂解物的基因组片段化，由此产生包含基因组片段的混合物，其中一个或多个基因组片段与所述药物与其相互作用的一个或多个因子相关；和d)测定与所述药物与其相互作用的一个或多个因子相关的一个或多个基因组片段的全部或部分的序列，
由此对所述药物与基因组相关的一个或多个因子的相互作用进行基因组范围的作图。
33.权利要求32的方法，进一步包括将所述一个或多个因子与所述基因组共价连接，由此在所述一个或多个因子和所述基因组之间产生共价连接。
34.权利要求33的方法，其中将所述基因组相关的一个或多个因子与所述细胞或细胞裂解物的基因组共价连接后，将所述细胞或细胞裂解物接触所述药物。
35.权利要求33的方法，其中将所述基因组相关的一个或多个因子与所述细胞或细胞裂解物的基因组共价连接前，将所述细胞或细胞裂解物接触所述药物。
36.权利要求33的方法，其中通过包括将所述细胞或细胞裂解物接触交联剂的方法，将所述基因组相关的一个或多个因子与所述细胞或细胞裂解物的基因组共价连接。
37.权利要求36的方法，进一步包括终止交联剂的交联。
38.权利要求37的方法，其中通过将所述细胞或细胞裂解物接触包含TRIS的缓冲剂来终止所述交联。
39.权利要求36的方法，其中所述交联剂是甲醛或低聚甲醛。
40.权利要求39的方法，其中所述甲醛的浓度为1％或0.5％。
41.权利要求33的方法，进一步包括在测定与所述药物与其相互作用的一个或多个因子相关的一个或多个基因组片段的全部或部分的序列前逆转所述共价连接。
42.权利要求32的方法，其中所述药物是治疗性药物或药理学上活性的小分子。
43.权利要求42的方法，其中所述药物是抗癌药物。
44.权利要求32的方法，其中所述药物包含可检测标记。
45.权利要求44的方法，其中所述可检测标记是荧光分子、肽、半抗原或其组合。
46.权利要求45的方法，其中所述可检测标记是生物素。
47.权利要求32的方法，其中所述基因组相关的一个或多个因子是转录调节蛋白或其复合物、涉及维持基因组完整性的蛋白质或其复合物，或其组合。
48.权利要求47的方法，其中所述转录调节蛋白是转录因子、染色质修饰蛋白、核激素受体、激酶、磷酸酶、蛋白酶体、蛋白酶体组分，或其组合。
49.权利要求47的方法，其中所述涉及维持基因组完整性的蛋白质是DNA复制和修复蛋白、拓扑异构酶，或其组合。
50.权利要求32的方法，其中使用超声波处理、剪切-诱导方法、酶消化或其组合将所述基因组片段化。
51.权利要求32的方法，其中使用聚合酶链式反应、大规模并行测序或其组合测定与所述药物与其相互作用的一个或多个因子相关的一个或多个基因组片段的序列。
52.权利要求32的方法，其中在测定与所述药物与其相互作用的一个或多个因子相关的一个或多个基因组片段的序列之前，与所述药物与其相互作用的一个或多个因子相关的一个或多个基因组片段与混合物中的其他基因组片段分离。
53.权利要求52的方法，其中通过将所述混合物接触包含特异性结合所述药物的试剂的固体支持物，将所述一个或多个基因组片段与混合物中的其他基因组片段分离。
54.权利要求53的方法，其中所述固体支持物包括珠子。
55.权利要求53的方法，其中所述试剂是抗体、链霉抗生物素，或其组合。
56.权利要求32的方法，其中所述细胞是活细胞。
57.权利要求32的方法，其中所述细胞是真核生物细胞。
58.权利要求57的方法，其中所述真核生物细胞是人细胞。
59.权利要求58的方法，其中所述细胞是正常细胞或异常细胞。
60.权利要求59的方法，其中所述异常细胞是癌细胞。
61.权利要求32的方法，其中基因组范围内作图的一个或多个区域是脱靶位点。
62.权利要求32的方法，其中所述药物与一个或多个因子的相互作用发生在基因组的一个或多个常染色质区域上。
63.一种在基因组范围内鉴别疾病的印记的方法，所述方法包括：
a)将细胞或细胞裂解物接触用于或可以潜在地用于治疗所述疾病的药物；
b)将所述细胞或细胞裂解物维持在其中所述药物可以与基因组相关的一个或多个因子相互作用的条件下；
c)将所述细胞或细胞裂解物的基因组片段化，由此产生包含基因组片段的混合物，其中一个或多个基因组片段与所述药物与其相互作用的一个或多个因子相关；和d)测定与所述药物与其相互作用的一个或多个因子相关的一个或多个基因组片段的全部或部分的序列，
由此在基因组范围内鉴别所述疾病的印记。
64.权利要求63的方法，进一步包括将所述一个或多个因子与所述基因组共价连接，由此在所述一个或多个因子和基因组之间产生共价连接。
65.权利要求64的方法，其中将所述基因组相关的一个或多个因子与所述细胞或细胞裂解物的基因组共价连接后，将所述细胞或细胞裂解物接触所述药物。
66.权利要求64的方法，其中将所述基因组相关的一个或多个因子与所述细胞或细胞裂解物的基因组共价连接前，将所述细胞或细胞裂解物接触所述药物。
67.权利要求64的方法，其中通过包括将所述细胞或细胞裂解物接触交联剂的方法，将所述基因组相关的一个或多个因子与所述细胞或细胞裂解物的基因组共价连接。
68.权利要求67的方法，进一步包括终止交联剂的交联。
69.权利要求68的方法，其中通过将所述细胞或细胞裂解物接触包含TRIS的缓冲剂来终止所述交联。
70.权利要求67的方法，其中所述交联剂是甲醛或低聚甲醛。
71.权利要求70的方法，其中所述甲醛的浓度为1％或0.5％。
72.权利要求64的方法，进一步包括在测定与所述药物与其相互作用的一个或多个因子相关的一个或多个基因组片段的全部或部分的序列之前逆转所述共价连接。
73.权利要求63的方法，其中所述药物是治疗性药物或药理学上活性的小分子。
74.权利要求73的方法，其中所述药物是抗癌药物。
75.权利要求63的方法，其中所述药物包含可检测标记。
76.权利要求75的方法，其中所述可检测标记是荧光分子、肽、半抗原或其组合。
77.权利要求76的方法，其中所述可检测标记是生物素。
78.权利要求63的方法，其中所述基因组相关的一个或多个因子是转录调节蛋白或其复合物、涉及维持基因组完整性的蛋白质或其复合物，或其组合。
79.权利要求78的方法，其中所述转录调节蛋白是转录因子、染色质-修饰蛋白、核激素受体、激酶、磷酸酶、蛋白酶体、蛋白酶体组分，或其组合。
80.权利要求78的方法，其中所述涉及维持基因组完整性的蛋白质是DNA复制和修复蛋白、拓扑异构酶，或其组合。
81.权利要求63的方法，其中使用超声波处理、剪切-诱导方法、酶消化或其组合将所述基因组片段化。
82.权利要求63的方法，其中使用聚合酶链式反应、大规模并行测序或其组合，测定与所述药物与其相互作用的一个或多个因子相关的一个或多个基因组片段的序列。
83.权利要求63的方法，其中在测定与所述药物与其相互作用的一个或多个因子相关的一个或多个基因组片段的序列之前，与所述药物与其相互作用的一个或多个因子相关的一个或多个基因组片段与混合物中的其他基因组片段分离。
84.权利要求83的方法，其中通过将所述混合物接触包含特异性结合所述药物的试剂的固体支持物，将所述一个或多个基因组片段与混合物中的其他基因组片段分离。
85.权利要求84的方法，其中所述固体支持物包括珠子。
86.权利要求84的方法，其中所述试剂是抗体、链霉抗生物素，或其组合。
87.权利要求63的方法，其中所述细胞是活细胞。
88.权利要求63的方法，其中所述细胞是真核生物细胞。
89.权利要求88的方法，其中所述真核生物细胞是人细胞。
90.权利要求89的方法，其中所述细胞是正常细胞或异常细胞。
91.权利要求90的方法，其中所述异常细胞是癌细胞。
92.权利要求63的方法，其中在基因组范围内作图的一个或多个区域是脱靶位点。
93.权利要求63的方法，其中所述药物与一个或多个因子的相互作用发生在基因组的一个或多个常染色质区域上。
94.权利要求63的方法，进一步包括将步骤d)中获得的所述印记与对照进行比较。
95.权利要求94的方法，其中所述对照是使用步骤a)中使用的用于治疗所述疾病的药物以外的药物获得的疾病的印记。
96.一种确定药物是否将有效地治疗需要的个体中的病症的方法，所述方法包括：
a)将所述个体的细胞或细胞裂解物接触所述药物；
b)将所述细胞或细胞裂解物维持在其中所述药物可以与基因组相关的一个或多个因子相互作用的条件下；
c)将所述细胞或细胞裂解物的基因组片段化，由此产生包含基因组片段的混合物，其中一个或多个基因组片段与所述药物与其相互作用的一个或多个因子相关；和d)测定与所述药物与其相互作用的一个或多个因子相关的一个或多个基因组片段的全部或部分的序列，由此获得个体基因组范围的药物相互作用的印记，其中如果个体基因组范围的药物相互作用的印记与阳性对照的印记相似、基本上相似或相同，则所述药物将有效地治疗所述个体中的病症，和/或如果个体基因组范围的药物相互作用的印记与阴性对照的印记相似、基本上相似或相同，则所述药物将不能有效地治疗所述个体中的病症。
97.权利要求96的方法，进一步包括将所述一个或多个因子与所述基因组共价连接，由此在所述一个或多个因子和基因组之间产生共价连接。
98.权利要求97的方法，其中将所述基因组相关的一个或多个因子与所述细胞或细胞裂解物的基因组共价连接后，将所述细胞或细胞裂解物接触所述药物。
99.权利要求97的方法，其中将所述基因组相关的一个或多个因子与所述细胞或细胞裂解物的基因组共价连接前，将所述细胞或细胞裂解物接触所述药物。
100.权利要求97的方法，其中通过包括将所述细胞或细胞裂解物接触交联剂的方法将所述基因组相关的一个或多个因子与所述细胞或细胞裂解物的基因组共价连接。
101.权利要求100的方法，进一步包括终止交联剂的交联。
102.权利要求101的方法，其中通过将所述细胞或细胞裂解物接触包含TRIS的缓冲剂来终止所述交联。
103.权利要求100的方法，其中所述交联剂是甲醛或低聚甲醛。
104.权利要求103的方法，其中所述甲醛的浓度为1％或0.5％。
105.权利要求97的方法，进一步包括在测定与所述药物与其相互作用的一个或多个因子相关的一个或多个基因组片段的全部或部分的序列之前逆转所述共价连接。
106.权利要求97的方法，其中所述对照是来自通过所述药物有效治疗的一个或多个个体的印记。
107.权利要求96的方法，其中所述药物是治疗性药物或药理学上活性的小分子。
108.权利要求107的方法，其中所述药物是抗癌药物。
109.权利要求96的方法，其中所述药物包含可检测标记。
110.权利要求109的方法，其中所述可检测标记是荧光分子、肽、半抗原或其组合。
111.权利要求110的方法，其中所述可检测标记是生物素。
112.权利要求96的方法，其中所述基因组相关的一个或多个因子是转录调节蛋白或其复合物、涉及维持基因组完整性的蛋白质或其复合物，或其组合。
113.权利要求112的方法，其中所述转录调节蛋白是转录因子、染色质-修饰蛋白、核激素受体、激酶、磷酸酶、蛋白酶体、蛋白酶体组分，或其组合。
114.权利要求112的方法，其中所述涉及维持基因组完整性的蛋白质是DNA复制和修复蛋白、拓扑异构酶，或其组合。
115.权利要求96的方法，其中使用超声波处理、剪切-诱导方法、酶消化或其组合，将所述基因组片段化。
116.权利要求96的方法，其中使用聚合酶链式反应、大规模并行测序或其组合测定与所述药物与其相互作用的一个或多个因子相关的一个或多个基因组片段的序列。
117.权利要求96的方法，其中在测定与所述药物与其相互作用的一个或多个因子相关的一个或多个基因组片段的序列之前，与所述药物与其相互作用的一个或多个因子相关的一个或多个基因组片段与混合物中的其他基因组片段分离。
118.权利要求117的方法，其中通过将所述混合物接触包含特异性结合所述药物的试剂的固体支持物，将所述一个或多个基因组片段与混合物中的其他基因组片段分离。
119.权利要求118的方法，其中所述固体支持物包括珠子。
120.权利要求118的方法，其中所述试剂是抗体、链霉抗生物素，或其组合。
121.权利要求96的方法，其中所述细胞是活细胞。
122.权利要求96的方法，其中所述细胞是真核生物细胞。
123.权利要求122的方法，其中所述真核生物细胞是人细胞。
124.权利要求123的方法，其中所述细胞是正常细胞或异常细胞。
125.权利要求124的方法，其中所述异常细胞是癌细胞。
126.权利要求96的方法，其中在基因组范围内作图的一个或多个区域是脱靶位点。
127.权利要求96的方法，其中所述药物与一个或多个因子的相互作用发生在基因组的一个或多个常染色质区域上。
128.权利要求96的方法，其中所述病症是癌症。