癌抗原特异性T细胞受体基因、由该基因编码的肽及其使用
阅读：736发布：2020-05-12
专利汇可以提供癌抗原特异性T细胞受体基因、由该基因编码的肽及其使用专利检索，专利查询，专利分析的服务。并且本 发明 涉及癌 抗原 特异性T细胞受体基因、由该基因编码的肽及其使用。本发明提供：对WT1蛋白的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)基因的CDR3区的核苷酸序列和 氨 基酸序列；使用这些核苷酸序列或氨基酸序列来检测或 治疗 癌症的方法;用于检测含有这些核苷酸序列或氨基酸序列的癌症的芯片、引物组、 试剂 盒 、装置等。，下面是癌抗原特异性T细胞受体基因、由该基因编码的肽及其使用专利的具体信息内容。
1.多核苷酸，该多核苷酸具有编码WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列，其中，该多核苷酸具有下述的DNA、与该DNA互补的RNA、或它们的互补序列，所述DNA具有序列号：1-1695中示出的任意的CDR3核苷酸序列。
2.权利要求1所述的多核苷酸，其中，所述多核苷酸由下述的DNA、其互补的RNA、或它们的互补序列组成，所述DNA包含序列号：1-1695中示出的任意的CDR3核苷酸序列。
3.肽，该肽具有WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的氨基酸序列，其中，该肽具有序列号：1696-3389中示出的任意的CDR3氨基酸序列。
4.权利要求3所述的肽，该肽由序列号：1696-3389中示出的任意的CDR3的氨基酸序列组成。
5.权利要求1或2所述的多核苷酸或者权利要求3或4所述的肽作为癌标记的用途。
6.下述WT1特异性CTL在制备用于诊断HLA-A*2402阳性患者中的癌症的方法中所用试剂中的用途，该方法包括评估在治疗前从所述患者处取得的样本中的WT1特异性CTL克隆能力，所述WT1特异性CTL具有权利要求1或2所述的任意的多核苷酸或者权利要求3或4所述的任意的肽，其中，当具有多重克隆能力的WT1特异性CTL存在时，判定该患者有患癌症的可能性。
7.权利要求6所述的用途，其中，在治疗前的患者中当具有任意的CDR3多核苷酸或任意的CDR3肽且具有3以上的克隆能力的WT1特异性CTL的克隆能力越大、或者当具有3以上的克隆能力的WT1特异性CTL的种类越多时，判定该患者患癌症的可能性越高。
8.下述WT1特异性CTL在制备用于检测HLA-A*2402阳性患者对WT1肽免疫疗法的敏感性的方法中所用试剂中的用途，该方法包括评估在治疗前从所述患者处取得的样本中的WT1特异性CTL的克隆能力和种类数，所述WT1特异性CTL具有权利要求1或2所述的任意的多核苷酸或者权利要求3或4所述的任意的肽，其中，当所述患者中具有多重克隆能力的WT1特异性CTL的种类比对WT1肽免疫疗法无反应的主体中更多时，判定该患者对WT1肽免疫疗法具有敏感性。
9.权利要求8所述的用途，其中，在治疗前的患者中当具有多重克隆能力的WT1特异性CTL克隆的种类越多或者克隆能力越大时，判定该患者对WT1肽免疫疗法的敏感性越高。
10.下述WT1特异性CTL在制备用于监测HLA-A*2402阳性患者中的WT1肽免疫疗法的方法中所用试剂中的用途，该方法包括评估在治疗前和治疗后从所述患者处取得的样本中的WT1特异性CTL克隆的克隆能力，所述WT1特异性CTL克隆具有权利要求1或2所述的任意的多核苷酸或者权利要求3或4所述的任意的肽，其中，当任意WT1特异性CTL克隆的克隆能力在治疗后比治疗前增加时，判定该患者对WT1肽免疫疗法有反应。
11.权利要求10所述的用途，其中，在WT1肽免疫疗法之后，当克隆能力的增加率越大、或者具有增加的克隆能力的克隆的种类越多时，判定患者对WT1肽免疫疗法的反应性越高。
12.抗体，该抗体抗权利要求3或4所述的肽。
13.芯片，该芯片含有权利要求1或2所述的多核苷酸、权利要求3或4所述的肽、或者权利要求12所述的抗体。
14.CDR3多肽扩增用引物，该引物具有选自序列号:3391-3418中所示序列中的序列。
15.用于诊断癌症的试剂盒、用于检测患者对WT1肽免疫疗法的敏感性的试剂盒、或用于监测WT1肽免疫疗法的试剂盒，所述试剂盒包括用于检测具有权利要求1或2所述的多核苷酸或者权利要求3或4所述的肽的WT1特异性CTL的手段。
16.用于诊断癌症的装置、用于检测患者对WT1肽免疫疗法的敏感性的装置、或用于监测WT1肽免疫疗法的装置，所述装置包括用于检测具有权利要求1或2所述的多核苷酸或者权利要求3或4所述的肽的WT1特异性CTL的手段。
17.权利要求15所述的试剂盒，该试剂盒包括权利要求13所述的芯片或权利要求14所述的引物。
18.权利要求16所述的装置，其中在装置中使用权利要求13所述的芯片或权利要求
14所述的引物。
19.HLA-A*2402阳性癌症患者的淋巴细胞，所述淋巴细胞中引入了含有权利要求1或2所述的多核苷酸序列的T细胞受体基因。
癌抗原特异性T细胞受体基因、由该基因编码的肽及其使
用
[0001] 本申请为申请号为200880013436.7的分案申请，要求2007年3月5日的优先权。
技术领域
背景技术
[0003] 癌症治疗包括用手术摘除癌症、放射治疗、用抗癌药治疗和免疫疗法。在这些治疗中，免疫疗法在近年来特别引人注意，因为其对癌症的选择性、特异性高、且几乎没有副作用。其中，大力进行了通过将大量存在于多种种类的癌细胞和白血病细胞中的WT1蛋白作为靶标来治疗癌症和白血病的探索。为了研究将WT1作为靶标的抗癌治疗的机理并进一步提高治疗效果，有必要鉴定WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)基因的核苷酸序列和由该核苷酸序列编码的受体肽的氨基酸序列。然而，截至目前为止，虽然进行了一些研究(参见例如非专利文献1-5)，但对那些受体基因和受体肽的序列知之甚少，更不用说没有对其加以有效使用的描述了。
[0004] 非专利文献1:Valmori D.等,J.Immunol.168:4231-4240,2002
[0005] 非专利文献2:Dietrich PY.等，Cancer Res.61:2047-2054,2001
[0006] 非专利文献3:Coulie PG.等，Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.98:10290-10295,2001[0007] 非专利文献4:Godelaine D.等，J.Immunol.171:4893-4897,2003
[0008] 非专利文献5:Mandruzzato S.等，J.Immunol.169:4017-4024,2002发明内容
[0009] 本发明的目的是揭示对WT1蛋白的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的氨基酸序列以及编码它们的基因的核苷酸序列，特别是其CDR3区的氨基酸序列和核苷酸序列，以及在癌症检查(诊断、预后、治疗监测等)和癌症治疗中使用这些。
[0010] 为实现上述目的，本发明人进行了广泛的研究，首次判定了健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列和氨基酸序列，并因而完成了本发明。
[0011] 因此，本发明提供了以下内容：
[0012] (1)多核苷酸，该多核苷酸具有编码WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列，该多核苷酸具有DNA、与该DNA互补的RNA、或它们的互补序列，所述DNA具有序列号：1-1695中示出的任意的CDR3核苷酸序列。
[0013] (2).上述(1)记载的多核苷酸，其中，所述多核苷酸由DNA、其互补的RNA、或它们的互补序列组成，所述DNA包含序列号：1-1695中示出的任意的CDR3核苷酸序列。
[0014] (3).肽，该肽具有WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的氨基酸序列，该肽具有序列号：1696-3389中示出的任意的CDR3氨基酸序列。
[0015] (4).上述(3)记载的肽，该肽由序列号：1696-3389中示出的任意的CDR3的氨基酸序列组成。
[0016] (5).上述(1)或(2)记载的多核苷酸或者上述(3)或(4)记载的肽作为癌标记的用途。
[0017] (6).诊断HLA-A*2402阳性患者中的癌症的方法，该方法包括评估在治疗前从所述患者处取得的样本中的WT1特异性CTL克隆能力，所述WT1特异性CTL具有上述(1)或(2)记载的任意的多核苷酸或者上述(3)或(4)记载的任意的肽，其中，当具有多重克隆能力(multiplicity of clonality)的WT1特异性CTL存在时，判定该患者有患癌症的可能性。
[0018] (7).上述(6)记载的方法，其中，在治疗前的患者中当具有任意的CDR3多核苷酸或任意的CDR3肽且具有3以上的克隆能力的WT1特异性CTL的克隆能力越大、或者当具有3以上的克隆能力的WT1特异性CTL的种类越多时，判定该患者患癌症的可能性越高。
[0019] (8).检测HLA-A*2402阳性患者对WT1肽免疫疗法的敏感性的方法，该方法包括评估在治疗前从所述患者处取得的样本中的WT1特异性CTL的克隆能力和种类数，所述WT1特异性CTL具有上述(1)或(2)记载的任意的多核苷酸或者上述(3)或(4)记载的任意的肽，其中，当所述患者中具有多重克隆能力的WT1特异性CTL的种类比对WT1肽免疫疗法无反应的主体中更多时，判定该患者对WT1肽免疫疗法具有敏感性。
[0020] (9).上述(8)记载的方法，其中，在治疗前的患者中当具有多重克隆能力的WT1特异性CTL克隆的种类越多或者克隆能力越大时，判定该患者对WT1肽免疫疗法的敏感性越高。
[0021] (10).HLA-A*2402阳性患者中的WT1肽免疫疗法的监测方法，该方法包括评估在治疗前和治疗后从所述患者处取得的样本中的WT1特异性CTL克隆的克隆能力，所述WT1特异性CTL克隆具有上述(1)或(2)记载的任意的多核苷酸或者上述(3)或(4)记载的任意的肽，其中，当任意WT1特异性CTL克隆的克隆能力在治疗后比治疗前增加时，判定该患者对WT1肽免疫疗法有反应。
[0022] (11).上述(10)记载的方法，其中，在WT1肽免疫疗法之后，当克隆能力的增加率越大、或者具有增加的克隆能力的克隆的种类越多时，判定患者对WT1肽免疫疗法的反应性越高。
[0023] (12).抗体，该抗体抗上述(3)或(4)记载的肽。
[0024] (13).芯片，该芯片含有上述(1)或(2)记载的多核苷酸、上述(3)或(4)记载的肽、或者上述(12)记载的抗体。
[0025] (14).CDR3多肽扩增用引物，该引物具有选自序列号:3391-3418中所示序列中的序列。
[0026] (15).用于诊断癌症的试剂盒、用于检测患者对WT1肽免疫疗法的敏感性的试剂盒、或用于监测WT1肽免疫疗法的试剂盒，所述试剂盒包括用于检测具有上述(1)或(2)记载的多核苷酸或者上述(3)或(4)记载的肽的WT1特异性CTL的手段。
[0027] (16).用于诊断癌症的装置、用于检测患者对WT1肽免疫疗法的敏感性的装置、或用于监测WT1肽免疫疗法的装置，所述装置包括用于检测具有上述(1)或(2)记载的多核苷酸或者上述(3)或(4)记载的肽的WT1特异性CTL的手段。
[0028] (17).上述(15)记载的试剂盒，该试剂盒包括上述(13)记载的芯片或上述(14)记载的引物。
[0029] (18).上述(16)记载的装置，其中在装置中使用上述(13)记载的芯片或上述(14)记载的引物。
[0030] (19).HLA-A*2402阳性癌症患者的淋巴细胞，所述淋巴细胞中引入了含有上述(1)或(2)记载的多核苷酸序列的T细胞受体基因。
[0031] 本发明还提供使用来自HLA-A*2402阳性患者的淋巴细胞的癌症治疗，其中将包含CDR3多核苷酸的T细胞受体基因引入到所述淋巴细胞中。
[0032] 此外，本发明还提供抗CDR3多肽的抗体及其使用。
[0033] 根据本发明，已经揭示了WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链基因中所含的核苷酸序列以及由其编码的肽的氨基酸序列，特别地揭示了CDR3的核苷酸和氨基酸序列，使用这些多核苷酸和肽，可以进行广泛的癌症检查(诊断、预后、治疗监测等)、癌症治疗等。附图说明
[0034] 图1-1表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列和氨基酸序列。图中，“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号。V名称(V name)、J名称和D名称分别表示V区、J区和D区的细节。核苷酸序列上的“V-区…N1…D-区…(P)N2…J-区”表示核苷酸序列的各部分的来源。
[0035] 图1-2表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列和氨基酸序列。图中，“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号。V名称、J名称和D名称分别表示V区、J区和D区的细节。核苷酸序列上的“V-区…N1…D-区…(P)N2…J-区”表示核苷酸序列的各部分的来源。
[0036] 图1-3表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列和氨基酸序列。图中，“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号。V名称、J名称和D名称分别表示V区、J区和D区的细节。核苷酸序列上的“V-区…N1…D-区…(P)N2…J-区”表示核苷酸序列的各部分的来源。
[0037] 图1-4表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列和氨基酸序列。图中，“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号。V名称、J名称和D名称分别表示V区、J区和D区的细节。核苷酸序列上的“V-区…N1…D-区…(P)N2…J-区”表示核苷酸序列的各部分的来源。
[0038] 图1-5表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列和氨基酸序列。图中，“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号。V名称、J名称和D名称分别表示V区、J区和D区的细节。核苷酸序列上的“V-区…N1…D-区…(P)N2…J-区”表示核苷酸序列的各部分的来源。
[0039] 图1-6表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列和氨基酸序列。图中，“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号。V名称、J名称和D名称分别表示V区、J区和D区的细节。核苷酸序列上的“V-区…N1…D-区…(P)N2…J-区”表示核苷酸序列的各部分的来源。
[0040] 图1-7表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列和氨基酸序列。图中，“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号。V名称、J名称和D名称分别表示V区、J区和D区的细节。核苷酸序列上的“V-区…N1…D-区…(P)N2…J-区”表示核苷酸序列的各部分的来源。
[0041] 图1-8表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列和氨基酸序列。图中，“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号。V名称、J名称和D名称分别表示V区、J区和D区的细节。核苷酸序列上的“V-区…N1…D-区…(P)N2…J-区”表示核苷酸序列的各部分的来源。
[0042] 图1-9表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列和氨基酸序列。图中，“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号。V名称、J名称和D名称分别表示V区、J区和D区的细节。核苷酸序列上的“V-区…N1…D-区…(P)N2…J-区”表示核苷酸序列的各部分的来源。
[0043] 图1-10表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列和氨基酸序列。图中，“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号。V名称、J名称和D名称分别表示V区、J区和D区的细节。核苷酸序列上的“V-区…N1…D-区…(P)N2…J-区”表示核苷酸序列的各部分的来源。
[0044] 图1-11表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列和氨基酸序列。图中，“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号。V名称、J名称和D名称分别表示V区、J区和D区的细节。核苷酸序列上的“V-区…N1…D-区…(P)N2…J-区”表示核苷酸序列的各部分的来源。
[0045] 图1-12表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列和氨基酸序列。图中，“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号。V名称、J名称和D名称分别表示V区、J区和D区的细节。核苷酸序列上的“V-区…N1…D-区…(P)N2…J-区”表示核苷酸序列的各部分的来源。
[0046] 图1-13表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列和氨基酸序列。图中，“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号。V名称、J名称和D名称分别表示V区、J区和D区的细节。核苷酸序列上的“V-区…N1…D-区…(P)N2…J-区”表示核苷酸序列的各部分的来源。
[0047] 图1-14表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列和氨基酸序列。图中，“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号。V名称、J名称和D名称分别表示V区、J区和D区的细节。核苷酸序列上的“V-区…N1…D-区…(P)N2…J-区”表示核苷酸序列的各部分的来源。
[0048] 图1-15表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列和氨基酸序列。图中，“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号。V名称、J名称和D名称分别表示V区、J区和D区的细节。核苷酸序列上的“V-区…N1…D-区…(P)N2…J-区”表示核苷酸序列的各部分的来源。
[0049] 图1-16表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列和氨基酸序列。图中，“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号。V名称、J名称和D名称分别表示V区、J区和D区的细节。核苷酸序列上的“V-区…N1…D-区…(P)N2…J-区”表示核苷酸序列的各部分的来源。
[0050] 图1-17表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列和氨基酸序列。图中，“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号。V名称、J名称和D名称分别表示V区、J区和D区的细节。核苷酸序列上的“V-区…N1…D-区…(P)N2…J-区”表示核苷酸序列的各部分的来源。
[0051] 图1-18表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列和氨基酸序列。图中，“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号。V名称、J名称和D名称分别表示V区、J区和D区的细节。核苷酸序列上的“V-区…N1…D-区…(P)N2…J-区”表示核苷酸序列的各部分的来源。
[0052] 图1-19表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列和氨基酸序列。图中，“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号。V名称、J名称和D名称分别表示V区、J区和D区的细节。核苷酸序列上的“V-区…N1…D-区…(P)N2…J-区”表示核苷酸序列的各部分的来源。
[0053] 图1-20表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列和氨基酸序列。图中，“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号。V名称、J名称和D名称分别表示V区、J区和D区的细节。核苷酸序列上的“V-区…N1…D-区…(P)N2…J-区”表示核苷酸序列的各部分的来源。
[0054] 图1-21表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列和氨基酸序列。图中，“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号。V名称、J名称和D名称分别表示V区、J区和D区的细节。核苷酸序列上的“V-区…N1…D-区…(P)N2…J-区”表示核苷酸序列的各部分的来源。
[0055] 图1-22表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列和氨基酸序列。图中，“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号。V名称、J名称和D名称分别表示V区、J区和D区的细节。核苷酸序列上的“V-区…N1…D-区…(P)N2…J-区”表示核苷酸序列的各部分的来源。
[0056] 图1-23表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列和氨基酸序列。图中，“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号。V名称、J名称和D名称分别表示V区、J区和D区的细节。核苷酸序列上的“V-区…N1…D-区…(P)N2…J-区”表示核苷酸序列的各部分的来源。
[0057] 图1-24表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列和氨基酸序列。图中，“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号。V名称、J名称和D名称分别表示V区、J区和D区的细节。核苷酸序列上的“V-区…N1…D-区…(P)N2…J-区”表示核苷酸序列的各部分的来源。
[0058] 图1-25表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列和氨基酸序列。图中，“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号。V名称、J名称和D名称分别表示V区、J区和D区的细节。核苷酸序列上的“V-区…N1…D-区…(P)N2…J-区”表示核苷酸序列的各部分的来源。
[0059] 图1-26表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列和氨基酸序列。图中，“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号。V名称、J名称和D名称分别表示V区、J区和D区的细节。核苷酸序列上的“V-区…N1…D-区…(P)N2…J-区”表示核苷酸序列的各部分的来源。
[0060] 图1-27表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列和氨基酸序列。图中，“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号。V名称、J名称和D名称分别表示V区、J区和D区的细节。核苷酸序列上的“V-区…N1…D-区…(P)N2…J-区”表示核苷酸序列的各部分的来源。
[0061] 图1-28表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列和氨基酸序列。图中，“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号。V名称、J名称和D名称分别表示V区、J区和D区的细节。核苷酸序列上的“V-区…N1…D-区…(P)N2…J-区”表示核苷酸序列的各部分的来源。
[0062] 图1-29表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列和氨基酸序列。图中，“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号。V名称、J名称和D名称分别表示V区、J区和D区的细节。核苷酸序列上的“V-区…N1…D-区…(P)N2…J-区”表示核苷酸序列的各部分的来源。
[0063] 图1-30表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列和氨基酸序列。图中，“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号。V名称、J名称和D名称分别表示V区、J区和D区的细节。核苷酸序列上的“V-区…N1…D-区…(P)N2…J-区”表示核苷酸序列的各部分的来源。
[0064] 图1-31表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列和氨基酸序列。图中，“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号。V名称、J名称和D名称分别表示V区、J区和D区的细节。核苷酸序列上的“V-区…N1…D-区…(P)N2…J-区”表示核苷酸序列的各部分的来源。
[0065] 图1-32表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列和氨基酸序列。图中，“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号。V名称、J名称和D名称分别表示V区、J区和D区的细节。核苷酸序列上的“V-区…N1…D-区…(P)N2…J-区”表示核苷酸序列的各部分的来源。
[0066] 图1-33表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列和氨基酸序列。图中，“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号。V名称、J名称和D名称分别表示V区、J区和D区的细节。核苷酸序列上的“V-区…N1…D-区…(P)N2…J-区”表示核苷酸序列的各部分的来源。
[0067] 图1-34表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列和氨基酸序列。图中，“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号。V名称、J名称和D名称分别表示V区、J区和D区的细节。核苷酸序列上的“V-区…N1…D-区…(P)N2…J-区”表示核苷酸序列的各部分的来源。
[0068] 图1-35表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列和氨基酸序列。图中，“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号。V名称、J名称和D名称分别表示V区、J区和D区的细节。核苷酸序列上的“V-区…N1…D-区…(P)N2…J-区”表示核苷酸序列的各部分的来源。
[0069] 图1-36表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列和氨基酸序列。图中，“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号。V名称、J名称和D名称分别表示V区、J区和D区的细节。核苷酸序列上的“V-区…N1…D-区…(P)N2…J-区”表示核苷酸序列的各部分的来源。
[0070] 图2-1表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的各个克隆的克隆能力。“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号；HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。Res表示对治疗反应的患者;nonRes表示对治疗无反应的患者。此外，pre表示治疗前，4w、8w、12w和42w分别表示治疗后4周、8周、12周和42周。Phase1表示第一期临床试验。PB(pre)表示治疗前的外周血;BM(pre)表示治疗前的骨髓。
[0071] 图2-2表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的各个克隆的克隆能力。“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号；HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。Res表示对治疗反应的患者;nonRes表示对治疗无反应的患者。此外，pre表示治疗前，4w、8w、12w和42w分别表示治疗后4周、8周、12周和42周。Phase1表示第一期临床试验。PB(pre)表示治疗前的外周血;BM(pre)表示治疗前的骨髓。
[0072] 图2-3表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的各个克隆的克隆能力。“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号；HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。Res表示对治疗反应的患者;nonRes表示对治疗无反应的患者。此外，pre表示治疗前，4w、8w、12w和42w分别表示治疗后4周、8周、12周和42周。Phase1表示第一期临床试验。PB(pre)表示治疗前的外周血;BM(pre)表示治疗前的骨髓。
[0073] 图2-4表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的各个克隆的克隆能力。“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号；HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。Res表示对治疗反应的患者;nonRes表示对治疗无反应的患者。此外，pre表示治疗前，4w、8w、12w和42w分别表示治疗后4周、8周、12周和42周。Phase1表示第一期临床试验。PB(pre)表示治疗前的外周血;BM(pre)表示治疗前的骨髓。
[0074] 图2-5表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的各个克隆的克隆能力。“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号；HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。Res表示对治疗反应的患者;nonRes表示对治疗无反应的患者。此外，pre表示治疗前，4w、8w、12w和42w分别表示治疗后4周、8周、12周和42周。Phase1表示第一期临床试验。PB(pre)表示治疗前的外周血;BM(pre)表示治疗前的骨髓。
[0075] 图2-6表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的各个克隆的克隆能力。“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号；HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。Res表示对治疗反应的患者;nonRes表示对治疗无反应的患者。此外，pre表示治疗前，4w、8w、12w和42w分别表示治疗后4周、8周、12周和42周。Phase1表示第一期临床试验。PB(pre)表示治疗前的外周血;BM(pre)表示治疗前的骨髓。
[0076] 图2-7表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的各个克隆的克隆能力。“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号；HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。Res表示对治疗反应的患者;nonRes表示对治疗无反应的患者。此外，pre表示治疗前，4w、8w、12w和42w分别表示治疗后4周、8周、12周和42周。Phase1表示第一期临床试验。PB(pre)表示治疗前的外周血;BM(pre)表示治疗前的骨髓。
[0077] 图2-8表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的各个克隆的克隆能力。“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号；HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。Res表示对治疗反应的患者;nonRes表示对治疗无反应的患者。此外，pre表示治疗前，4w、8w、12w和42w分别表示治疗后4周、8周、12周和42周。Phase1表示第一期临床试验。PB(pre)表示治疗前的外周血;BM(pre)表示治疗前的骨髓。
[0078] 图2-9表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的各个克隆的克隆能力。“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号；HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。Res表示对治疗反应的患者;nonRes表示对治疗无反应的患者。此外，pre表示治疗前，4w、8w、12w和42w分别表示治疗后4周、8周、12周和42周。Phase1表示第一期临床试验。PB(pre)表示治疗前的外周血;BM(pre)表示治疗前的骨髓。
[0079] 图2-10表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的各个克隆的克隆能力。“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号；HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。Res表示对治疗反应的患者;nonRes表示对治疗无反应的患者。此外，pre表示治疗前，4w、8w、12w和42w分别表示治疗后4周、8周、12周和42周。Phase1表示第一期临床试验。PB(pre)表示治疗前的外周血;BM(pre)表示治疗前的骨髓。
[0080] 图2-11表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的各个克隆的克隆能力。“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号；HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。Res表示对治疗反应的患者;nonRes表示对治疗无反应的患者。此外，pre表示治疗前，4w、8w、12w和42w分别表示治疗后4周、8周、12周和42周。Phase1表示第一期临床试验。PB(pre)表示治疗前的外周血;BM(pre)表示治疗前的骨髓。
[0081] 图2-12表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的各个克隆的克隆能力。“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号；HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。Res表示对治疗反应的患者;nonRes表示对治疗无反应的患者。此外，pre表示治疗前，4w、8w、12w和42w分别表示治疗后4周、8周、12周和42周。Phase1表示第一期临床试验。PB(pre)表示治疗前的外周血;BM(pre)表示治疗前的骨髓。
[0082] 图2-13表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的各个克隆的克隆能力。“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号；HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。Res表示对治疗反应的患者;nonRes表示对治疗无反应的患者。此外，pre表示治疗前，4w、8w、12w和42w分别表示治疗后4周、8周、12周和42周。Phase1表示第一期临床试验。PB(pre)表示治疗前的外周血;BM(pre)表示治疗前的骨髓。
[0083] 图2-14表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的各个克隆的克隆能力。“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号；HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。Res表示对治疗反应的患者;nonRes表示对治疗无反应的患者。此外，pre表示治疗前，4w、8w、12w和42w分别表示治疗后4周、8周、12周和42周。Phase1表示第一期临床试验。PB(pre)表示治疗前的外周血;BM(pre)表示治疗前的骨髓。
[0084] 图2-15表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的各个克隆的克隆能力。“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号；HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。Res表示对治疗反应的患者;nonRes表示对治疗无反应的患者。此外，pre表示治疗前，4w、8w、12w和42w分别表示治疗后4周、8周、12周和42周。Phase1表示第一期临床试验。PB(pre)表示治疗前的外周血;BM(pre)表示治疗前的骨髓。
[0085] 图2-16表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的各个克隆的克隆能力。“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号；HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。Res表示对治疗反应的患者;nonRes表示对治疗无反应的患者。此外，pre表示治疗前，4w、8w、12w和42w分别表示治疗后4周、8周、12周和42周。Phase1表示第一期临床试验。PB(pre)表示治疗前的外周血;BM(pre)表示治疗前的骨髓。
[0086] 图2-17表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的各个克隆的克隆能力。“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号；HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。Res表示对治疗反应的患者;nonRes表示对治疗无反应的患者。此外，pre表示治疗前，4w、8w、12w和42w分别表示治疗后4周、8周、12周和42周。Phase1表示第一期临床试验。PB(pre)表示治疗前的外周血;BM(pre)表示治疗前的骨髓。
[0087] 图2-18表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的各个克隆的克隆能力。“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号；HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。Res表示对治疗反应的患者;nonRes表示对治疗无反应的患者。此外，pre表示治疗前，4w、8w、12w和42w分别表示治疗后4周、8周、12周和42周。Phase1表示第一期临床试验。PB(pre)表示治疗前的外周血;BM(pre)表示治疗前的骨髓。
[0088] 图2-19表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的各个克隆的克隆能力。“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号；HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。Res表示对治疗反应的患者;nonRes表示对治疗无反应的患者。此外，pre表示治疗前，4w、8w、12w和42w分别表示治疗后4周、8周、12周和42周。Phase1表示第一期临床试验。PB(pre)表示治疗前的外周血;BM(pre)表示治疗前的骨髓。
[0089] 图2-20表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的各个克隆的克隆能力。“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号；HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。Res表示对治疗反应的患者;nonRes表示对治疗无反应的患者。此外，pre表示治疗前，4w、8w、12w和42w分别表示治疗后4周、8周、12周和42周。Phase1表示第一期临床试验。PB(pre)表示治疗前的外周血;BM(pre)表示治疗前的骨髓。
[0090] 图2-21表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的各个克隆的克隆能力。“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号；HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。Res表示对治疗反应的患者;nonRes表示对治疗无反应的患者。此外，pre表示治疗前，4w、8w、12w和42w分别表示治疗后4周、8周、12周和42周。Phase1表示第一期临床试验。PB(pre)表示治疗前的外周血;BM(pre)表示治疗前的骨髓。
[0091] 图2-22表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的各个克隆的克隆能力。“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号；HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。Res表示对治疗反应的患者;nonRes表示对治疗无反应的患者。此外，pre表示治疗前，4w、8w、12w和42w分别表示治疗后4周、8周、12周和42周。Phase1表示第一期临床试验。PB(pre)表示治疗前的外周血;BM(pre)表示治疗前的骨髓。
[0092] 图2-23表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的各个克隆的克隆能力。“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号；HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。Res表示对治疗反应的患者;nonRes表示对治疗无反应的患者。此外，pre表示治疗前，4w、8w、12w和42w分别表示治疗后4周、8周、12周和42周。Phase1表示第一期临床试验。PB(pre)表示治疗前的外周血;BM(pre)表示治疗前的骨髓。
[0093] 图2-24表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的各个克隆的克隆能力。“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号；HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。Res表示对治疗反应的患者;nonRes表示对治疗无反应的患者。此外，pre表示治疗前，4w、8w、12w和42w分别表示治疗后4周、8周、12周和42周。Phase1表示第一期临床试验。PB(pre)表示治疗前的外周血;BM(pre)表示治疗前的骨髓。
[0094] 图2-25表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的各个克隆的克隆能力。“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号；HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。Res表示对治疗反应的患者;nonRes表示对治疗无反应的患者。此外，pre表示治疗前，4w、8w、12w和42w分别表示治疗后4周、8周、12周和42周。Phase1表示第一期临床试验。PB(pre)表示治疗前的外周血;BM(pre)表示治疗前的骨髓。
[0095] 图2-26表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的各个克隆的克隆能力。“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号；HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。Res表示对治疗反应的患者;nonRes表示对治疗无反应的患者。此外，pre表示治疗前，4w、8w、12w和42w分别表示治疗后4周、8周、12周和42周。Phase1表示第一期临床试验。PB(pre)表示治疗前的外周血;BM(pre)表示治疗前的骨髓。
[0096] 图2-27表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的各个克隆的克隆能力。“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号；HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。Res表示对治疗反应的患者;nonRes表示对治疗无反应的患者。此外，pre表示治疗前，4w、8w、12w和42w分别表示治疗后4周、8周、12周和42周。Phase1表示第一期临床试验。PB(pre)表示治疗前的外周血;BM(pre)表示治疗前的骨髓。
[0097] 图2-28表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的各个克隆的克隆能力。“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号；HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。Res表示对治疗反应的患者;nonRes表示对治疗无反应的患者。此外，pre表示治疗前，4w、8w、12w和42w分别表示治疗后4周、8周、12周和42周。Phase1表示第一期临床试验。PB(pre)表示治疗前的外周血;BM(pre)表示治疗前的骨髓。
[0098] 图2-29表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的各个克隆的克隆能力。“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号；HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。Res表示对治疗反应的患者;nonRes表示对治疗无反应的患者。此外，pre表示治疗前，4w、8w、12w和42w分别表示治疗后4周、8周、12周和42周。Phase1表示第一期临床试验。PB(pre)表示治疗前的外周血;BM(pre)表示治疗前的骨髓。
[0099] 图2-30表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的各个克隆的克隆能力。“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号；HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。Res表示对治疗反应的患者;nonRes表示对治疗无反应的患者。此外，pre表示治疗前，4w、8w、12w和42w分别表示治疗后4周、8周、12周和42周。Phase1表示第一期临床试验。PB(pre)表示治疗前的外周血;BM(pre)表示治疗前的骨髓。
[0100] 图2-31表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的各个克隆的克隆能力。“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号；HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。Res表示对治疗反应的患者;nonRes表示对治疗无反应的患者。此外，pre表示治疗前，4w、8w、12w和42w分别表示治疗后4周、8周、12周和42周。Phase1表示第一期临床试验。PB(pre)表示治疗前的外周血;BM(pre)表示治疗前的骨髓。
[0101] 图2-32表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的各个克隆的克隆能力。“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号；HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。Res表示对治疗反应的患者;nonRes表示对治疗无反应的患者。此外，pre表示治疗前，4w、8w、12w和42w分别表示治疗后4周、8周、12周和42周。Phase1表示第一期临床试验。PB(pre)表示治疗前的外周血;BM(pre)表示治疗前的骨髓。
[0102] 图2-33表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的各个克隆的克隆能力。“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号；HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。Res表示对治疗反应的患者;nonRes表示对治疗无反应的患者。此外，pre表示治疗前，4w、8w、12w和42w分别表示治疗后4周、8周、12周和42周。Phase1表示第一期临床试验。PB(pre)表示治疗前的外周血;BM(pre)表示治疗前的骨髓。
[0103] 图2-34表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的各个克隆的克隆能力。“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号；HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。Res表示对治疗反应的患者;nonRes表示对治疗无反应的患者。此外，pre表示治疗前，4w、8w、12w和42w分别表示治疗后4周、8周、12周和42周。Phase1表示第一期临床试验。PB(pre)表示治疗前的外周血;BM(pre)表示治疗前的骨髓。
[0104] 图2-35表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的各个克隆的克隆能力。“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号；HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。Res表示对治疗反应的患者;nonRes表示对治疗无反应的患者。此外，pre表示治疗前，4w、8w、12w和42w分别表示治疗后4周、8周、12周和42周。Phase1表示第一期临床试验。PB(pre)表示治疗前的外周血;BM(pre)表示治疗前的骨髓。
[0105] 图2-36表示本发明中鉴定的健康者和HLA-A*2402阳性患者的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的各个克隆的克隆能力。“克隆#”表示克隆号，点左边的数字表示Vβ链的族号，点右边的数字表示编号；HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。HV是健康志愿者，AML是急性髓细胞白血病患者，MDS是脊髓发育不良综合征患者。这些缩写附带的数字是健康志愿者号和患者号。Res表示对治疗反应的患者;nonRes表示对治疗无反应的患者。此外，pre表示治疗前，4w、8w、12w和42w分别表示治疗后4周、8周、12周和42周。Phase1表示第一期临床试验。PB(pre)表示治疗前的外周血;BM(pre)表示治疗前的骨髓。
具体实施方式
[0106] 本发明人用包含WT1肽/HLA-A*2402复合体的WT1四聚体对癌症患者的外周血淋巴细胞进行染色，使用FACS一一分离WT1四聚体阳性细胞；从分离的各细胞产生cDNA，通过应用PCR法来判定编码CDR3的核苷酸序列(图1-1至1-36)，所述CDR3包含在WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL，以下有时称为“WT1特异性CTL”)的T细胞受体(以下有时称为“TCR”)的Vβ链中。从这些结果，还判定了CDR3的氨基酸序列(图1-1至1-36；序列号：1696-3389)。这些序列是由本发明首次鉴定的。
[0107] 因此，在第一方面，本发明提供多核苷酸，该多核苷酸具有编码从健康者和HLA-A*2402阳性患者中获得的WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的核苷酸序列，其中该多核苷酸是具有序列号：1-1695中示出的任意CDR3核苷酸序列的DNA、与该DNA互补的RNA、或具有它们的互补序列的多核苷酸。本说明书中，将这些DNA和RNA分子及它们的互补的多核苷酸统称为“CDR3多核苷酸”。例如，除了含有序列号：1-1695中示出的核苷酸序列的DNA之外，CDR3多核苷酸还包括含有这些序列的DNA。另外例如，除了与含有序列号：1-1695中示出的核苷酸序列的DNA互补的RNA之外，CDR3多核苷酸还包括含有这些序列的RNA。此外，例如，CDR3多核苷酸包括：具有上述DNA或RNA的序列的多核苷酸、以及与RNA互补的多核苷酸。“CDR多核苷酸”包括具有编码“CDR3肽”的简并序列的那些。
[0108] 在另一个方面，本发明提供具有WT1特异性细胞毒性T细胞(CTL)的T细胞受体(TCR)的Vβ链的CDR3的氨基酸序列的肽，其中CDR3的氨基酸序列在任意的序列号：1696-3389中示出。在本说明书中，将这些肽统称为“CDR3肽”。例如，除了含有在序列号：
1696-3389中示出的任意CDR3氨基酸序列的肽之外，CDR3肽还包括含有这些CDR3氨基酸序列的肽(例如Vβ链肽或其一部分等)。另外，由在序列号：1696-3389中示出的氨基酸序列中、其中一个至多个(优选一个至三个、一个或两个、或一个)氨基酸被取代、添加或缺失的氨基酸序列组成的肽；或者含有在序列号：1696-3389中示出的氨基酸序列中、其中一个至多个(优选一个至三个、一个或两个、或一个)氨基酸被取代、添加或缺失的氨基酸序列的肽也包含在“CDR3肽”中。但是，要求这些肽与原来的肽具有同等的功能。这些CDR3肽是由上述的CDR3多核苷酸编码的肽。
1696-3389中示出的任意CDR3氨基酸序列的肽之外，CDR3肽还包括含有这些CDR3氨基酸序列的肽(例如Vβ链肽或其一部分等)。另外，由在序列号：1696-3389中示出的氨基酸序列中、其中一个至多个(优选一个至三个、一个或两个、或一个)氨基酸被取代、添加或缺失的氨基酸序列组成的肽；或者含有在序列号：1696-3389中示出的氨基酸序列中、其中一个至多个(优选一个至三个、一个或两个、或一个)氨基酸被取代、添加或缺失的氨基酸序列的肽也包含在“CDR3肽”中。但是，要求这些肽与原来的肽具有同等的功能。这些CDR3肽是由上述的CDR3多核苷酸编码的肽。
[0109] CDR3区域是最多样化的部分，也是与抗原识别的特异性最密切相关的部分。因此，本发明的CDR3多核苷酸序列和CDR3肽序列被认为是特别针对HLA-A*2402阳性患者中的WT1特异性CTL的序列。因此，只要编码某T细胞的TCR的Vβ链基因的CDR3区的多核苷酸或对应于CDR3区的肽具有本发明的多核苷酸或肽的序列，则该T细胞就被认为是WT1特异性。因此，本发明的CDR3多核苷酸和CDR3肽，可用作广泛多样性的癌症的标记，用于诸如癌症诊断、患者对WT1肽免疫疗法的敏感性的诊断、测试患者对WT1肽免疫疗法的反应等。
[0110] 只要是从含有WT1的细胞产生的癌症，则本发明的CDR3多核苷酸和CDR3肽可存在于任何种类的癌症患者的淋巴细胞中。已知WT1是多种癌症和血液系统恶性肿瘤中的癌抗原。因此，本发明的CDR3多核苷酸和CDR3肽以及本发明的如下所述的方法，可以适用于几乎所有种类的癌症，例如包括但不限于：诸如急性髓细胞白血病、急性淋巴细胞白血病、恶性淋巴瘤、多发性骨髓瘤、慢性髓细胞白血病、骨髓发育不良综合征、移植同种的造血干细胞后的复发等血液恶性疾病；诸如舌癌、牙龈癌、口底癌、咽癌、喉癌、唾液腺癌、甲状腺癌等实体癌症；诸如乳腺癌、肺癌、胸腺癌等胸部癌症；诸如结肠癌、小肠癌、胃癌、胰腺癌、肝癌、胆管癌、胃肠道内分泌肿瘤、胃肠道类癌等胃肠道癌症；诸如肾癌、尿路上皮癌、生殖细胞瘤、维尔姆斯瘤、前列腺癌、子宫体癌、宫颈癌、子宫肉瘤、卵巢恶性肿瘤等泌尿及生殖器癌；诸如骨原发性恶性肿瘤(例如骨肉瘤和尤因肉瘤)、软组织肉瘤等肌骨骼恶性肿瘤；诸如皮肤癌、神经母细胞瘤、恶性神经胶质瘤(胶质母细胞瘤)、中枢神经系统的原发性恶性淋巴瘤、髓母细胞瘤和原发性神经外胚层肿瘤(PNET)等其他癌症。
[0111] 可以使用传统的基因工程技术和/或化学合成工序来制造CDR3多核苷酸或CDR3肽。例如，CDR3多核苷酸可从细胞分离或化学合成。CDR3多核苷酸也可以使用诸如PCR等已知的方法来扩增。另外，例如，可以将CDR3多核苷酸(任选使用已知的方法扩增到合适的程度)整合至合适的载体中并引入到合适的细胞中，或者可以采用生物射弹轰击或电穿孔而引入到合适的细胞中。然后，对引入了CDR3多核苷酸的细胞进行培养以表达，从而获得CDR3多核苷酸或CDR3肽。可用的载体和细胞、基因转移的条件、培养条件以及分离基因和肽的方法是本领域技术人员所公知的，可适当选择使用。化学合成法可用于制造CDR3多核苷酸或CDR3肽。这类化学合成法是已知的，基因的化学合成法包括使用amidite的固相DNA合成以及1-4磷酸酯法；肽的化学合成法包括Fmoc法。
[0112] 因此，在另一个方面，本发明提供诊断HLA-A*2402阳性患者的癌症的方法，该方法包括评估在治疗前从所述患者处取得的样本中的、具有任意CDR3多核苷酸或任意CDR3肽的WT1特异性CTL的克隆能力，其中当多重克隆能力存在时，判定该患者有可能患有癌症。在本说明书中，术语“克隆能力”是指，检测到具有同一的核苷酸序列或者氨基酸序列的细胞的频率。为了考察克隆能力，一般使用可以识别单个细胞的细胞分选仪。“患者”包括被怀疑有癌症和患有癌症的人。
[0113] 本发明人发现，通过考察患者中具有任意CDR3多核苷酸或CDR3肽的WT1特异性CTL的克隆能力，可以判定该患者是否患有癌症。从图2-1至2-36可知，在健康人(HV1至HV4)中，具有任意CDR3多核苷酸或CDR3肽的WT1特异性CTL的克隆能力对几乎所有的克隆为1，对极少的克隆为2或3；然而，与此相对，在治疗前所有的癌症患者(AML(急性髓细胞白血病)1-4和MDS(骨髓发育不良综合征)1-5)都无一例外地具有多重克隆能力，所述克隆能力为具有任意CDR3多核苷酸或任意CDR3肽的WT1特异性CTL的克隆能力。与健康人相比，其克隆能力的数目更大，这样的细胞种类也更多。治疗前患者中的克隆能力的增加以及具有多重克隆能力的细胞种类的增加，表明了患者体内对癌细胞的防护与攻击已经开始的可能性。
[0114] 鉴于这些结果，如果在检查来自被实验者的样本时，在具有任意CDR3多核苷酸或CDR3肽的WT1特异性CTL中发现多重克隆能力，就可以判定该被实验者有患癌症的可能性。此外，当治疗前的被实验者中的具有任意CDR3多核苷酸或CDR3肽的WT1特异性CTL的克隆能力越大、或者当具有多重克隆能力的WT1特异性CTL的种类越多，那么可以判定被实验者患癌的可能性越高。另外，在上述判定方法中，当治疗前的患者中的具有任意CDR3多核苷酸或CDR3肽且具有3以上的克隆能力的WT1特异性CTL的克隆能力越大、或者当具有3以上的克隆能力的WT1特异性CTL的种类越多，那么可以判定患者患癌的可能性越高。
[0115] 在另一方面，本发明提供用于检测HLA-A*2402阳性患者对WT1肽免疫疗法的敏感性的方法，该方法包括评估在治疗前从所述患者处取得的样本中的、具有权利要求1记载的任意多核苷酸或权利要求2记载的任意肽的WT1特异性CTL的克隆的种类数目和克隆能力，其中当该患者中具有多重克隆能力的WT1特异性CTL克隆的种类比对该治疗无反应的主体中更多时，则该患者被判定为对WT1肽免疫疗法具有敏感性。
[0116] 具有任意CDR3多核苷酸或CDR3肽的WT1特异性CTL抵抗患者体内的癌细胞来起作用。在这个过程中，治疗前已经有多重克隆能力的克隆倾向于通过WT1肽免疫疗法来进一步增加克隆能力或者保持其克隆能力。还认为，当有尽可能多种类的克隆，使得在总体上有效的WT1特异性CTL克隆的数目和种类增加时，WT1免疫疗法更可能成功。更严格地说，当患者中的具有多重克隆能力的WT1特异性CTL克隆的种类比无反应主体中更多时，可以判定患者对WT1肽免疫疗法的敏感性高。
[0117] 从图2-1至2-36可知，对WT1肽免疫疗法反应的AML患者与健康者和无反应患者相比，治疗前的具有多重克隆能力的克隆的种类数更多。AML1(反应者)：10种(总克隆能力为58);AML2(反应者)：12种(总克隆能力为93);AML3(无反应者)：9种(总克隆能力为27)；AML4(无反应者)：3种(总克隆能力为10)。健康者HV1-5中具有多重克隆能力的克隆的种类为0至2种的范围。
[0118] 在另一个方面，本发明提供监测HLA-A*2402阳性患者中的WT1肽免疫疗法的方法，该方法包括评估在所述治疗前和治疗后从患者处取得的样本中的、具有权利要求1记载的任意多核苷酸或权利要求2记载的任意肽的WT1特异性CTL克隆的克隆能力，其中当任意WT1特异性CTL克隆的克隆能力在治疗后比治疗前增加时，判定该患者对WT1肽免疫疗法有反应。
[0119] 从图2-1到2-36可以看出，观测到了AML患者中在WT1肽免疫疗法期间克隆能力增加(包括克隆能力从0上升到1以上的情况)的WT1特异性CTL。表现出这种行为的示例性克隆包括：来自AML(Pt1)的克隆＃02.28、＃05.034、＃05.135、＃05.219、＃09.65、＃12.04、＃13.13、＃27.016和＃28.83；以及来自AML(Pt2)的克隆#02.27、＃05.035、＃05.141、＃05.219、＃06.009、＃12.04、＃12.20、＃15.44、＃20.068和＃27.032。由于WT1肽免疫疗法而存在克隆能力增加的克隆，这表明了对WT1肽免疫疗法的反应。即认为，克隆能力的增加显示出WT1肽免疫疗法在一定期间奏效。这些克隆能力的增加可以是暂时性的或持续性的。如果某些克隆的克隆能力暂时增加而之后下降，那么其他WT1特异性CTL的克隆能力将增加以补充该效果。考虑到对癌细胞的效果，更希望克隆能力有较大的增加。因此，在WT1肽免疫疗法之后，克隆能力的增加比例越大、或具有增加的克隆能力的克隆的种类越多，可以判定患者对WT1肽免疫疗法的反应性越高。根据癌症的种类和部位，可使用适当的方法来检查癌细胞的数目及性质。
[0120] 在上述监测治疗的方法中，虽然比较WT1肽免疫疗法前后的克隆能力，但治疗前后的时间间隔可以是任意的。例如，可以是几天、一周、两周、三周、四周、两个月、三个月或更长。
[0121] 在上文所述的本发明的方法中，考察克隆能力用的手段(means)和方法、考察克隆的种类(即确定CDR3肽的氨基酸序列或对其编码的核苷酸序列)用的手段和方法为本领域技术人员所共知，本领域的技术人员可以方便地进行这些操作。例如，如本说明书中的实施例所示，可使用FACSAria装置等已知的分选装置、以及诸如PCR法等公知的基因扩增方法(例如使用选自表1中所列序列的引物组)。为了以更严格或更明确的方式分析本发明的CDR3多核苷酸或CDR肽，人们只需确认在Vβ链基因的CDR3的核苷酸序列、IMGT、J区和D区是否列于图1-1至1-36即可。这种确认是本领域的技术人员通常能进行的。
[0122] WT1肽免疫疗法也是众所周知的。例如，可通过对HLA-A*2402阳性患者，例如透皮给予HLA-A*2402限制性WT1肽天然型(氨基酸序列：CMTWNQMNL)或者修饰型(modified form)(氨基酸序列：CYTWNQMNL)来进行。一般来说，1次的给药量是以μg/kg体重至mg/kg体重的次序(order)，可以以一周～数周间隔给药。
[0123] 在另一个方面，本发明提供含有CDR3多核苷酸或与其互补的多核苷酸的芯片、或者含有CDR3肽的芯片、含有抗CDR3肽的抗体的芯片。这些芯片可以是微芯片、微列阵等形式。这些芯片的生产可以按常规方法进行，例如，可以在玻璃基底上固定抗CDR3多核苷酸或CDR3肽的抗体。被固定在芯片上的CDR3多核苷酸、与其互补的多核苷酸、CDR3肽、抗CDR3肽的抗体的种类为1种～全部种类；优选将全部种类固定来进行详尽的分析。例如，可以将包含与序列号:1-1695中示出的核苷酸序列互补的核苷酸序列的所有种类的多核苷酸固定在芯片上；例如，还可以将特异性地识别并结合包含序列号:1696-3389中示出的氨基酸的所有种类的肽的抗体固定在芯片上。芯片上的CDR3多核苷酸、与其互补的多核苷酸、CDR3肽、抗CDR3肽的抗体的配置是任意的。
[0124] 这些芯片可用于例如上述的癌症的诊断。样本可以是患部组织、例如血液和淋巴液的体液、或肠黏膜。优选样本是外周血。例如，当分析对象是CDR3多核苷酸时，按常规方法从细胞中提取核酸，使用固定了包含与序列号:1-1695中示出的核苷酸序列互补的核苷酸序列的所有的多核苷酸的芯片，可以考察样本中存在的杂交DNA的种类和量。另外，例如，当分析对象是CDR3肽时，使用固定了抗体的芯片，可以考察样本中存在的特异性结合的肽的种类和量，所述抗体是特异性地识别并结合包含序列号:1696-3389中示出的氨基酸序列的所有种类肽的抗体。
[0125] 在这方面，本发明提供特异性地识别CDR3肽并与其结合的抗体。优选这类抗体是特异性地识别并结合序列号:1696-3389中示出的任意氨基酸序列的抗体。准备这样的抗体的方法对本领域的技术人员来说是众所周知的。
[0126] 典型地，样本中的DNA或芯片上的DNA序列被标记以指示杂交的有无和杂交量。例如，可以通过使抗序列号：1696-3389的CDR3肽的各抗体在芯片上排列，考察其与样本中的CDR3肽的特异性结合，来鉴定样本中的CDR3肽的存在与否以及种类。典型地，样本中的肽或芯片上的抗体被标记，以使可以判定特异性结合的存在与否。能够表示杂交或特异性结合的存在与否以及量的标记是已知的，包括例如荧光标记、放射性标记、酶标记和发色团标记。本领域的技术人员可以方便地选择合适的标记。同时，通过使用上述芯片，可以通式分析多种样品。
[0128] 如上所述，本发明的CDR3DNA序列已使用实施例中所示的引物、特别是表1所示的引物组来判定。因此，本发明提供用于扩增CDR多核苷酸的引物，该引物具有选自序列号：3391-3418中示出的序列的序列。例如，含有序列号：3393-3417中所示的引物的引物组可用于CDR3核苷酸的扩增。
[0129] 本发明还提供含有用于检测具有CDR3多核苷酸或CDR3肽的WT1特异性CTL的手段的、用于诊断癌症的试剂盒、用于测试患者对WT1肽免疫疗法的敏感性的试剂盒、或用于监测WT1肽免疫疗法的试剂盒。本发明还提供含有用于检测具有CDR3多核苷酸或CDR3肽的WT1特异性CTL的手段的、用于诊断癌症的装置、用于测试患者对WT1肽免疫疗法的敏感性的装置、或监测WT1肽免疫疗法的装置。诸如上述的引物组的用于扩增基因的部件、上述的芯片、或用于分析从芯片获得的信息的手段可作为构成成份用于该试剂盒中、或用于该装置中。
[0130] 在另一方面，本发明涉及来自HLA-A*2402阳性癌症患者的淋巴细胞，该淋巴细胞引入了含有CDR3多核苷酸序列的T细胞受体基因。优选该淋巴细胞是外周血淋巴细胞，该外周血淋巴细胞引入了含有本发明的CDR3多核苷酸的WT1特异性CTL的TCR的Vβ链基因、以及WT1特异性CTL的TCR的Vα链基因。在制备这样的外周血淋巴细胞时，使用这些WT1特异性CTL的TCR的Vβ链的单种基因而可以获得多种的外周血淋巴细胞，而它们又依次被引入到患者身上。然而，从改善治疗效果的观点考虑，优选使用WT1特异性CTL的TCR的Vβ链的多种基因来获取多种的外周血淋巴细胞，并将它们引入到患者身上。或者，优选根据个人的情况选择引入的合适基因的核苷酸序列，因为治疗有效的基因中的核苷酸序列可能根据患者和癌症种类而有所不同。
[0131] 制备要引入的基因的方法和将基因引入外周血淋巴细胞的方法在本领域是已知的。例如，可以将要引入的基因整合到合适的载体然后再引入到合适的细胞，或者可以通过生物射弹轰击和电穿孔等而引入到合适的细胞。本领域的技术人员可以适当选择基因转移和细胞培养的其他条件。
[0132] 如上所述将引入了基因的淋巴细胞在患者体外进行培养，可以获得大量的WT1特异性CTL。然后，通过将获得的CTL引入到癌症患者中，可以杀灭表达WT1的肿瘤细胞，从而进行癌症治疗。优选引入所得的CTL的患者与获得外周血淋巴细胞的患者是同一人。
[0133] 上述的癌症治疗可并用包括抗癌药物及放射治疗的其他的癌症治疗。上述的癌症治疗适用于广泛的癌症。在上面它们是例举性的而不是限制性的。
[0134] 在另一个方面，本发明提供抗CDR3肽的抗体及其使用方法。制备这样的抗体的方法在本领域是众所周知的。这种抗体可以用于检测或鉴定主体样本中的淋巴细胞，该淋巴细胞在Vβ链中具有本发明的CDR3肽的氨基酸序列或包含上述序列的氨基酸序列。例如，抗含有序列号：1696-3389的任意氨基酸序列的肽的抗体可用于检测或鉴定癌症特异性淋巴细胞。这些抗体也可用于执行本发明的方法，例如，用于诊断癌症的方法。
[0135] 这种抗体还可以与具有本发明的CDR3氨基酸序列的淋巴细胞接触以激活它们。这样，激活的淋巴细胞可用于治疗癌症。优选激活从癌症患者处取得的淋巴细胞，根据需要使增生，通过将淋巴细胞返给患者来进行癌症治疗。这种抗体还可以用来富集目标WT1特异性T细胞。例如，这种抗体可以用来富集癌症患者中的WT1特异性T细胞，从而辅助癌症治疗。
[0136] 在另一方面，本发明提供用于确定实体癌症的位置和大小的方法，该方法包括：在上述本发明的外周血淋巴细胞被标记可检测标记后对患者给药，然后检查标记的位置和量。该标记可以是已知的标记，如锝-99等放射性标记以及荧光标记。用于标记细胞的方法也是已知的。标记的检测和信号的定量也是本领域已知的，它们可以通过使用辐射计数器、荧光测定、或者采用活组织检查取得组织标本来进行。
[0137] 下面参考实施例对本发明进行更详细的说明，但应该认识到，本发明不限于此。
[0138] 实施例1
[0139] A：实验方法及使用材料
[0140] (1)细胞
[0141] 从5位健康志愿者(HV1至HV5)和4位HLA-A*2402阳性AML患者(AML1至AML4)处取得外周血样本。从5位HLA-A*2402阳性MDS患者(MDS1至MDS5)处取得骨髓样本和外周血样本。更具体地说，对AML1，外周血是在治疗前和治疗开始后的第4、8、12、42周获得的。对AML2，外周血是在治疗前和治疗开始后的第4、8、12、42周获得的。对AML3，外周血是在治疗前和治疗开始后的第4、8周获得的。对AML4，外周血是在治疗前和治疗开始后的第4周获得的。对MDS1，在治疗前获得骨髓和外周血；在治疗开始后的第4、8、12周获得外周血。对MDS2至MDS5，收集治疗前的外周血和骨髓。将所得的外周血样本供于使用Ficoll-Hypaque(法玛西亚，乌普萨拉，瑞典)的密度梯度离心分离，来分离外周血单核细胞(PBMC)，并在使用前冷冻储存在-170°C。用WT1肽免疫疗法对上述患者进行治疗。在治疗中使用的WT1肽的氨基酸序列是Cys-Tyr-Thr-Trp-Asn-Gln-Met-Asn-Leu(序列号:3390)。该肽以两周间隔通过皮内注射而给药。
[0142] (2)流式细胞术分析和分选
[0143] 首先，将每一样本2×106个的PBMC在FACS缓冲液(含2％胎牛血清的PBS)中用PE接合HLA-A*2402-WT1235-243四聚体(简称MBL，东京，日本)在37°C下染色30分钟。随后，用下面所述的5种颜色的荧光染料标记的单克隆抗体，在黑暗中且在冰上染色25分钟：FITC-标记抗-CD4、CD14、CD16、CD19和CD56、抗-CD3-PerCP、抗-CD8-APC-Cy7(BD生物科学公司，圣何塞，加利福尼亚)、抗-CD45RA-APC和抗-CCR7-PE-Cy7(BD Pharmingen公司，圣地亚哥，加利福尼亚州)。将染色的细胞用FACS缓冲液洗涤两次。使用FACSAria装置(BD生物科学)进行分选，使用FACSDiva软件(BD生物科学)进行数据分析。结果，从- - - - -
CD4CD14CD16CD19CD56 细胞部分(fraction)中获得了单一的HLA-A*2402-WT1235-243+ + + +
四聚体 CD3CD8 细胞，它们被定义为WT1-Tet 细胞。
CD4CD14CD16CD19CD56 细胞部分(fraction)中获得了单一的HLA-A*2402-WT1235-243+ + + +
四聚体 CD3CD8 细胞，它们被定义为WT1-Tet 细胞。
[0144] (3)从分选的单一细胞合成TCR-β链的cDNA
[0145] 为了消除DNA污染，进行充分的单一细胞的RT-PCR，进行了cDNA合成，PCR的所有的步骤都在不同的洁净台中进行。在加入了15μl的cDNA反应混合物的PCR管中直接分+选单一WT1-Tet 细胞。该cDNA反应混合物在溶解缓冲液(包含0.5％Triton X-100的1X cDNA缓冲液)中包括以下成分：反转录酶(SuperScript III,Invitrogen，卡尔斯巴德，加利福尼亚州)、0.5mM dNTPs(Invitrogen公司)、20个单位(U)的RNA酶抑制剂(Invitrogen公司)、100μg/ml的明胶(Roche，印第安纳波利斯，印第安纳州)、100μg/ml的tRNA(Roche)以及200nM的TCR-β链恒定区特异性引物(5’-CACCAGTGTGGCCTTTTG-3'(序列号:3391))。分选后，将样本在50°C下孵育90分钟用于cDNA合成，然后在95°C下孵育5分钟用于终止反应。
[0146] (4)半嵌套式多重PCR反应
[0147] 将通过上述工序得到的10μl的合成cDNA产物添加到40μl的反应混合物中。该反应混合物包括：1XPCR缓冲液、2mM的氯化镁、0.25mM dNTPs、1.25U DNA聚合酶(Platinum Taq DNA Polymerase,Invitrogen)、5nM的24种不同的Vβ族特异性正向引物的混合物(如表1所示)以及5nM的3'-Cβ反向引物(5'-GCTTCTGATGGCTCAAACACAGC-3'(序列号：3392))。PCR的工序如下：在95°C下预PCR加热工序2分钟，随后是40循环的95°C下
45秒的改性工序、57°C下45秒的退火工序以及72°C下50秒的延伸工序。
45秒的改性工序、57°C下45秒的退火工序以及72°C下50秒的延伸工序。
[0148] [表1]
[0149]
[0150] 接下来，将上述PCR产物供于筛选PCR。将上述PCR产物1μl分别置于8根单独的管中，将24μl的反应混合物加到每一个管中。该反应混合物包含1X PCR缓冲液、2mM氯化镁、0.2mM dNTPs、1.0U铂Taq DNA聚合酶、选自表1所示的8个筛选组S1至S8中的一组正向引物组、以及5'-Cβ反向引物(5'-GGAACACGTTTTTCAGGTCCT-3'(序列号：3418))(各150nM)。PCR的工序如下：在95°C下预PCR加热工序2分钟，随后是35循环的94°C下
45秒的改性工序、57°C下45秒的退火工序以及72°C下40秒的延伸工序。
45秒的改性工序、57°C下45秒的退火工序以及72°C下40秒的延伸工序。
[0151] 为确认在该8个筛选PCR中的阳性反应，将5μl的各筛选PCR产物供于2％琼脂糖凝胶电泳。接着进行进一步PCR。该PCR使用各150nM的包含在被确认是阳性的筛选组中的Vβ特异性正向引物进行35个循环。由2％琼脂糖凝胶电泳确认了阳性反应。使用无细胞系统以与上相同的方式制备三个孔用作阴性对照，以同样的工序进行实验。
[0152] (5)TCR-β的互补性决定区域3(CDR3)的序列的确定和分析
[0153] 使用PCR纯化试剂盒(kit)(Qiagen，瓦伦西亚，加利福尼亚州)对扩增的TCR-β基因片段进行纯化。使用对应的TCR Vβ特异性正向引物进行测序。ABI PRIAM BigDie Terminator v3.1循环测序试剂盒(Applied Biosystems，福斯特市，加利福尼亚州，美国)被用于测序，ABI PRISM3100遗传分析仪(Applied Biosystems)被用于分析。CDR3上的序列数据通过将序列与那些从IMGT人类TCR基因数据库(http://imgt.cines.fr)中得到的序列进行比较来分析。
[0154] B.结果
[0155] 在图1-1至1-36中示出了从健康者和癌症患者(AML1到AML4、MDS1到MDS5)获得的WT1特异性CTL的Vβ链基因的序列、J区序列、D区序列、N区序列、CDR3核苷酸序列和CDR3氨基酸序列。在图2-1至2-36中示出了各WT1特异性CTL的克隆能力。CDR3核苷酸序列示于序列号：1-1695(因为克隆＃24.29和＃28.92有相同的CDR3核苷酸序列，所以在序列表中只示出了克隆＃24.29)，CDR3氨基酸序列在序列号：1696-3389中示出(因为克隆＃2.53和＃28.58有相同的CDR3氨基酸序列、以及克隆＃24.29和＃28.92有相同的CDR3氨基酸序列，所以在序列表中只示出了克隆＃2.53和＃24.19)。在AML患者中，AML1和AML2对治疗有反应，但AML3和AML4没有。没有判定MDS患者对治疗的反应。
[0156] 从图2-1至2-36可知，在健康者(HV1到HV4)中，对几乎所有的克隆来说，具有任意CDR3多核苷酸或CDR3肽的WT1特异性CTL的克隆能力是1，对极少的克隆是2或3;然而，在治疗前所有的癌症患者(AML和MDS)中，具有任意CDR3多核苷酸或CDR3肽的WT1特异性CTL的克隆能力均为多重。与健康人相比，克隆能力的数目更大，这样的细胞种类也更多。
[0157] 治疗前患者中的克隆能力的增加、以及具有多重克隆能力的细胞的种类的增加，表明了在患者体内对癌细胞的防护与攻击已经开始的可能性，提示了癌细胞可能已经存在于患者体内。
[0158] 还有，从图2-1至2-36可知，对WT1肽免疫疗法有反应的AML患者比正常人和无反应患者有更多的具有多重克隆能力的克隆的种类。AML1(反应者)：10种(总克隆能力为58);AML2(反应者)：12种(总克隆能力为93);AML3(无反应者)：9种(总克隆能力为27)；和AML4(无反应者)：3种(总克隆能力为10)。健康人HV1-5中具有多重克隆能力的克隆种类为0至2种的范围。
[0159] 在治疗前已经有多重克隆能力的克隆，倾向于通过WT1肽免疫疗法进一步增加克隆能力、或保持其克隆能力。还认为，当有尽可能多种类的克隆，使得在总体上有效的WT1特异性CTL克隆的数目和种类增加时，WT1免疫疗法更可能成功。
[0160] 从图2-1到2-36可知，发现了在AML患者中在WT1肽免疫疗法期间克隆能力暂时或持续增加的WT1特异性CTL(包括克隆能力从0上升到1以上的情况)。表现出这种行为的示例性克隆包括：来自AML(患者1-反应者)的克隆＃02.28、＃05.034、＃05.135、＃05.219、＃09.65、＃12.04、＃13.13、＃27.016和＃28.83；以及来自AML(患者2-反应者)的克隆#02.27、＃05.035、＃05.141、＃05.219、＃06.009、＃12.04、＃12.20、＃15.44、＃20.068和#27.032。例如，从来自AML患者1的克隆＃02.28的克隆能力的变化，发现在治疗初期和第4周的治疗效果大。
[0161] 认为某些克隆的克隆能力的增加，显示出WT1肽免疫疗法在一定期间奏效。如果某些克隆的克隆能力暂时增加而之后下降，那么其他克隆的克隆能力将增加以补充效果。考虑到对癌细胞的效果，更希望克隆能力有较大的增加。因此，在WT1肽免疫疗法之后，克隆能力的增加比例越大、或具有增加的克隆能力的克隆的种类越多，则可以判定患者对WT1肽免疫疗法的反应性越高。
[0162] 工业适用性
[0163] 本发明可提供有用的抗癌治疗用药物、癌症测试试剂盒或试剂、用于癌症研究的试剂等。因此，本发明可在癌症治疗用的药物、癌症测试试剂盒或试剂、以及癌症研究等领域得以应用。
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