1.一种评估样品(例如，肿瘤样品或源自肿瘤的样品)中的肿瘤突变负荷的方法，所述方法包括：
a)从所述样品中提供亚基因组间隔(例如，编码亚基因组间隔)集合的序列，例如核苷酸序列，其中所述亚基因组间隔集合来自预定的基因集合；以及
b)确定所述肿瘤突变负荷的值，其中所述值是所述亚基因组间隔集合中体细胞改变(例如，一个或多个体细胞改变)的数量的函数，其中所述改变的数量排除：
(i)亚基因组间隔中的功能改变；以及
(ii)亚基因组间隔中的种系改变，
从而评估所述样品中的所述肿瘤突变负荷。
2.一种评估样品(例如，肿瘤样品或源自肿瘤的样品)中的肿瘤突变负荷的方法，所述方法包括：
(i)从所述样品中获取包括多个肿瘤成员的文库；
(ii)使所述文库与诱饵集合接触以提供选择的肿瘤成员，其中所述诱饵集合与所述肿瘤成员杂交，从而提供文库捕获；
(iii)例如通过下一代测序方法，从所述文库捕获中获取来自肿瘤成员的包含改变(例如，体细胞改变)的亚基因组间隔(例如，编码亚基因组间隔)的读段；
(iv)通过比对方法来比对所述读段；
(v)将来自所述读段的核苷酸值分配给预选的核苷酸位置；
(vi)从所述分配的核苷酸位置集合中选择亚基因组间隔集合，其中所述亚基因组间隔集合来自预定的基因集合；以及
(vii)确定所述肿瘤突变负荷的值，其中所述值是所述亚基因组间隔集合中体细胞改变(例如，一个或多个体细胞改变)的数量的函数，其中所述改变的数量排除：
(a)亚基因组间隔中的功能改变；以及
(b)亚基因组间隔中的种系改变，
从而评估所述样品中的所述肿瘤突变负荷。
3.如权利要求1或2所述的方法，其中所述预定的基因集合不包括整个基因组或整个外显子组。
4.如权利要求1或2所述的方法，其中所述亚基因组间隔集合不包括整个基因组或整个外显子组。
5.如权利要求1或2所述的方法，其中所述值表示为所述预定的基因集合，例如所述预定的基因集合的编码区的函数。
6.如权利要求1或2所述的方法，其中所述值表示为测序的所述亚基因组间隔，例如测序的所述编码亚基因组间隔的函数。
7.如权利要求1或2所述的方法，其中所述值表示为每个预选单位的体细胞改变的数量的函数，例如表示为每兆碱基的体细胞改变的数量的函数。
8.如权利要求1或2所述的方法，其中所述值表示为所述预定的基因集合，例如所述预定的基因集合的编码区的预选数量位置中的体细胞改变的数量的函数。
9.如权利要求1或2所述的方法，其中所述值表示为测序的所述亚基因组间隔(例如，编码亚基因组间隔)的预选数量的位置中的体细胞改变的数量的函数。
10.如权利要求1或2所述的方法，其中所述值表示为所述预定的基因集合，例如所述预定的基因集合的编码区中每兆碱基的体细胞改变的数量的函数。
11.如权利要求1或2所述的方法，其中所述值表示为测序的所述亚基因组间隔(例如，编码亚基因组间隔)中每兆碱基的改变的数量的函数。
12.如权利要求1或2所述的方法，其中将所述肿瘤突变负荷外推至所述基因组的较大部分，例如外推至整个外显子组或整个基因组。
13.如权利要求1或2所述的方法，其中所述样品来自受试者，例如患有癌症的受试者，或正在接受或已接受疗法的受试者。
14.如权利要求1或2所述的方法，所述肿瘤突变负荷表示为例如来自参考群体的样品中的所述肿瘤突变负荷之中的百分位数，所述参考群体例如与所述受试者患有相同类型癌症的患者、或正在接受或已接受与所述受试者相同类型疗法的患者的参考群体。
15.如权利要求1或2所述的方法，其中所述功能改变是与参考序列例如野生型或未突变的序列相比，对细胞分裂、生长或存活具有影响例如促进细胞分裂、生长或存活的改变。
16.如权利要求1或2所述的方法，其中所述功能改变本身通过包括在功能改变的数据库例如COSMIC数据库(cancer.sanger.ac.uk/cosmic；Forbes等Nucl.Acids Res.2015；43(D1):D805-D811)中来鉴定。
17.如权利要求1或2所述的方法，其中所述功能改变是具有已知功能状态，例如作为COSMIC数据库中已知体细胞改变而存在的改变。
18.如权利要求1或2所述的方法，其中所述功能改变是具有可能的功能状态，例如肿瘤抑制基因中的截短的改变。
19.如权利要求1或2所述的方法，其中所述功能改变是司机突变，例如，例如通过增加细胞存活或繁殖而为其微环境中的克隆提供选择性优势的改变。
20.如权利要求1或2所述的方法，其中所述功能改变是能够引起克隆扩增的改变。
21.如权利要求1或2所述的方法，其中所述功能改变是能够引起以下的一种或多种的改变：
(a)生长信号自给自足；
(b)抗生长信号减少，例如对抗生长信号不灵敏；
(c)细胞凋亡减少；
(d)复制潜力增加；
(e)持续的血管生成；或
(f)组织浸润或转移。
22.如权利要求1或2所述的方法，其中所述功能改变不是乘客突变，例如是对克隆的适应性具有可检测影响的改变。
23.如权利要求1或2所述的方法，其中所述功能改变不是意义不明变体(VUS)，例如不是其致病性既不能被确认也不能被排除的改变。
24.如权利要求1或2所述的方法，其中排除所述预定的基因集合中的预选基因(例如，肿瘤基因)中的多个(例如，10％、20％、30％、40％、50％或75％或更多)功能改变。
25.如权利要求1或2所述的方法，其中排除所述预定的基因集合中的预选基因(例如，肿瘤基因)中的所有功能改变。
26.如权利要求1或2所述的方法，其中排除所述预定的基因集合中的多个预选基因(例如，肿瘤基因)中的多个功能改变。
27.如权利要求1或2所述的方法，其中排除所述预定的基因集合中的所有基因(例如，肿瘤基因)中的所有功能改变。
28.如权利要求1或2所述的方法，其中通过使用一种方法来排除所述种系改变，所述方法不使用与匹配的正常序列比较。
29.如权利要求1或2所述的方法，其中通过包括使用SGZ算法的方法来排除所述种系改变。
30.如权利要求1或2所述的方法，其中所述种系改变本身通过包括在种系改变的数据库例如dbSNP数据库(www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/index.html；Sherry等Nucleic Acids Res.2001；29(1):308-311)中来鉴定。
31.如权利要求1或2所述的方法，其中所述种系改变本身通过包括在ExAC数据库的两个或更多个计数(exac.broadinstitute.org；Exome Aggregation Consortium等“Analysis of protein-coding genetic variation in 60,706humans,”bioRxiv preprint.2015年10月30日)中来鉴定。
32.如权利要求1或2所述的方法，其中所述种系改变是单核苷酸多态性(SNP)、碱基取代、插入缺失或沉默突变(例如，同义突变)。
33.如权利要求1或2所述的方法，其中所述种系改变本身通过包括在千人基因组计划数据库(www.1000genomes.org；McVean等Nature.2012；491,56–65)中来鉴定。
34.如权利要求1或2所述的方法，其中所述种系改变本身通过包括在ESP数据库(外显子组变异数据库，NHLBI  GO外显子组测序计划(ESP) ，Seattle ,WA
(evs.gs.washington.edu/EVS/)中来鉴定。
35.如权利要求1或2所述的方法，其中所述体细胞改变是沉默突变，例如同义改变。
36.如权利要求1或2所述的方法，其中所述体细胞改变是乘客突变，例如对克隆的适应性具有不可检测影响的改变。
37.如权利要求1或2所述的方法，其中所述体细胞改变是意义不明变体(VUS)，例如其致病性既不能被确认也不能被排除的改变。
38.如权利要求1或2所述的方法，其中所述体细胞改变是点突变。
39.如权利要求1或2所述的方法，其中所述体细胞改变是短变体(例如，短编码变体)，例如碱基取代、插入缺失、插入或缺失。
40.如权利要求1或2所述的方法，其中所述体细胞改变是非同义单核苷酸变体(SNV)。
41.如权利要求1或2所述的方法，其中所述体细胞改变是剪接变体。
42.如权利要求1或2所述的方法，其中所述体细胞改变尚未被鉴定为与癌症表型相关。
43.如权利要求1或2所述的方法，其中所述体细胞改变不是重排，例如不是易位。
44.如权利要求1或2所述的方法，其中所述预定的基因集合包括多个基因，所述多个基因以突变形式与对细胞分裂、生长或存活的影响相关，或与癌症相关。
45.如权利要求1或2所述的方法，其中所述预定的基因集合包括至少约50或更多、约
100或更多、约150或更多、约200或更多、约250或更多、约300或更多、约350或更多、约400或更多、约450或更多、或约500或更多个基因。
46.如权利要求1或2所述的方法，其中所述预定的基因集合包括选自表1-4或图3A-4D的至少约50或更多、约100或更多、约150或更多、约200或更多、约250或更多、约300或更多个、或所有的所述基因或基因产物。
47.如权利要求1或2所述的方法，其还包括从所述肿瘤样品中获取包括多个肿瘤成员的文库。
48.如权利要求1或2所述的方法，其还包括使所述文库与诱饵集合接触以提供选择的肿瘤成员，其中所述诱饵集合与所述肿瘤成员杂交，从而提供文库捕获。
49.如权利要求1或2所述的方法，其还包括例如通过下一代测序方法，从所述文库或文库捕获中获取来自肿瘤成员的包含体细胞改变的亚基因组间隔的读段，从而获取所述亚基因组间隔的读段。
50.如权利要求1或2所述的方法，其还包括通过比对方法来比对所述读段。
51.如权利要求1或2所述的方法，其还包括将来自所述读段的核苷酸值分配给预选的核苷酸位置。
52.如权利要求1或2所述的方法，其中获取所述亚基因组间隔的读段包括对亚基因组间隔进行测序，所述亚基因组间隔来自选自表1-4或图3A-4D的至少约50或更多、约100或更多、约150或更多、约200或更多、约250或更多、约300或更多个、或所有的所述基因或基因产物。
53.如权利要求1或2所述的方法，其中获取所述亚基因组间隔的读段包括用大于约
250X、大于约500X、或大于约1,000X的平均独特覆盖度进行测序。
54.如权利要求1或2所述的方法，其中获取所述亚基因组间隔的读段包括在测序的大于95％、大于约97％、或大于约99％的所述基因(例如，外显子)处用大于约250X、大于约
500X、或大于约1,000X的平均独特覆盖度进行测序。
55.如权利要求1或2所述的方法，其中所述序列由如权利要求1-54中任一项所述的方法提供。
56.如权利要求1或2所述的方法，其还包括通过以下表征所述肿瘤样品中的变体，例如改变：
a)获取：
i)序列覆盖度输入(SCI)，其对于多个选择的亚基因组间隔中的每一个包括在所述选择的亚基因组间隔处归一化的序列覆盖度的值，其中SCI是亚基因组间隔的读段数量和方法匹配的对照的读段数量的函数；
ii)SNP等位基因频率输入(SAFI)，其对于多个选择的种系SNP中的每一个包括所述肿瘤样品中所述等位基因频率的值，其中SAFI至少部分地基于所述肿瘤样品中次要或替代等位基因频率；以及
iii)变体等位基因频率输入(VAFI)，其包括所述肿瘤样品中所述变体的所述等位基因频率；
b)获取作为SCI和SAFI的函数的以下值：
i)多个基因组区段中的每一个的基因组区段总拷贝数(C)；
ii)多个基因组区段中的每一个的基因组区段次要等位基因拷贝数(M)；以及iii)样品纯度(p)，
其中C、M和p的所述值通过将全基因组拷贝数模型拟合至SCI和SAFI来获得；以及c)获取：
突变类型g的值，其表示所述变体是体细胞的、亚克隆体细胞变体、种系的或不可辨识的，并且是VAFI、p、C和M的函数。
57.如权利要求56所述的方法，其还包括对多个选择的亚基因组间隔中的每一个、多个选择的种系SNP中的每一个和变体(例如，改变)进行测序，其中归一化之前的所述平均序列覆盖度为至少约250x，例如至少约500x。
58.如权利要求56所述的方法，其中将所述全基因组拷贝数模型拟合至SCI包括使用以下方程式：
其中ψ是肿瘤倍性。
59.如权利要求56所述的方法，其中将所述全基因组拷贝数模型拟合至SAFI包括使用以下方程式：
其中AF是等位基因频率。
60.如权利要求56所述的方法，其中通过确定VAFI、p、C和M的值与体细胞/种系状态的模型的所述拟合来确定g。
61.如权利要求56所述的方法，其中通过以下来获取所述g值：
其中AF是等位基因频率。
62.如权利要求56所述的方法，其中
为0或接近0的g值表示所述变体是体细胞变体；
为1或接近1的g值表示所述变体是种系变体；
小于1但大于0的g值表示不能辨识的结果；并且
显著小于0的g值表示所述变体是亚克隆体细胞变体。
63.如权利要求1或2所述的方法，其中所述样品(例如，肿瘤样品或源自肿瘤的样品)包含一个或多个恶化前或恶性细胞；来自实体瘤、软组织肿瘤或转移病变的细胞；来自手术切缘的组织或细胞；组织学正常的组织；一个或多个循环肿瘤细胞(CTC)；正常相邻组织(NAT)；来自患有所述肿瘤或处于患有所述肿瘤风险的相同受试者的血液样品；或FFPE样品。
64.如权利要求1或2所述的方法，其中所述样品是FFPE样品。
65.如权利要求64所述的方法，其中所述FFPE样品具有以下特性中的一种、两种或所有：
(a)表面积为25mm2或更大；
(b)样品体积为1mm3或更大；或
(c)有核细胞结构为80％或更多或30,000个细胞或更多。
66.如权利要求1或2所述的方法，其中所述样品是包含循环肿瘤DNA(ctDNA)的样品。
67.如权利要求1或2所述的方法，其中所述样品从实体瘤、血液学癌症或其转移形式中获取。
68.如权利要求1或2所述的方法，其还包括响应于所述肿瘤突变负荷的所述评估，对所述肿瘤样品或所述肿瘤样品来自其中的所述受试者进行分类。
69.如权利要求1或2所述的方法，其还包括向所述患者或向另一个人或主体、护理人员、医生、肿瘤学家、医院、诊所、第三方付款人、保险公司或政府办公室生成报告，例如电子的、基于网络的或纸质的报告。
70.如权利要求69所述的方法，其中所述报告包括来自所述方法的输出，所述输出包括所述肿瘤突变负荷。
71.一种用于评估样品(肿瘤样品或源自肿瘤的样品)中的肿瘤突变负荷的系统，所述系统包括：
可操作地连接至存储器的至少一个处理器，当执行时，所述至少一个处理器被配置为：
a)从所述肿瘤样品中获取亚基因组间隔(例如，编码亚基因组间隔)集合的序列，例如核苷酸序列，其中所述编码亚基因组间隔集合来自预定的基因集合；以及
b)确定所述肿瘤突变负荷的值，其中所述值是所述亚基因组间隔集合中体细胞改变(例如，一个或多个体细胞改变)的数量的函数，其中所述改变的数量排除：
(i)亚基因组间隔(例如，编码亚基因组间隔)中的功能改变；以及
(ii)亚基因组间隔(例如，编码亚基因组间隔)中的种系改变。