用于细胞衰老的筛查方法

申请号 CN201080031100.0 申请日 2010-07-08 公开(公告)号 CN102576010B 公开(公告)日 2014-08-13
申请人 克罗诺斯治疗有限公司; 发明人 伊丽莎白·简·梅勒; 迈克尔·尤德尔; 安尼塔·奈尔; 亚历山大·阿库利特切瓦;
摘要 本 发明 涉及提高细胞的世代寿命的方法,所述方法包括破坏所述细胞中的SAGA1 SLIK和/或SALSA复合物中的至少一个的功能。
权利要求

1.一种用于提高细胞的世代寿命的方法,所述方法包括破坏所述细胞中的Spt-Ada-Gcn5-乙酰基转移酶复合物的功能,其中,通过破坏Spt7基因或其同系物的功能来破坏所述复合物。
2.根据权利要求1所述的方法,其中,对所述Spt-Ada-Gcn5-乙酰基转移酶复合物进行直接破坏。
3.根据权利要求1所述的方法,其中,对所述Spt-Ada-Gcn5-乙酰基转移酶复合物进行间接破坏。
4.根据前述权利要求1至3中任一项所述的方法,其中,基因的功能通过iRNA进行破坏。
5.根据权利要求1至3中任一项所述的方法,其中,基因的功能在转录/DNA平上进行破坏。

说明书全文

用于细胞衰老的筛查方法

技术领域

[0001] 本发明涉及筛查以鉴定对细胞的衰老具有作用的化合物的方法,更具体地说是涉及细胞的世代衰老、诊断与细胞的世代寿命中的变化相关的疾病的方法。

背景技术

[0002] 雷帕霉素复合物TORC1的标靶从酵母到人类是保守的,并在细胞的营养和胁迫1-5 6-11
状态的感受和信号转导因而在控制细胞生长 和细胞存活 之间的平衡中起到关键的
12,13
作用。在出芽酵母中,TORC1促进在葡萄糖上的生长并下调呼吸 。TORC1含有磷脂酰肌醇激酶(PI3-K)相关激酶Tor1或Tor2。与Fpr1(Fk506敏感型脯酸旋转异构酶)形
14 16
成复合物的大环内脂雷帕霉素 与Tor1/2结合,导致细胞可能由于Tor激酶 的底物特
15
异性的变化而进入类似于营养受限 的状态。细胞的这种新状态与基因表达的模式中的
6,10,17,18
变化关联,特别是与需要呼吸和胁迫耐性 的基因表达的模式中的变化有关。很多TORC1基因的表达依赖于转录共激活剂复合物的SAGA家族,所述转录共激活剂复合物包
9,20 21
括SAGA(Spt-Ada-Gcn5-乙酰基转移酶)1 、SLIK(SAGA样) 和SALSA(SAGA变体,缺失
22-24 21-23
Spt8) 。SAGA、SLIK和SALSA含有赖氨酸乙酰基转移酶(KAT)Gcn5 ,其中以组蛋白H3(H3K14ac)上的赖氨酸作为底物,但是在它们的丰度、它们所调控的基因以及亚基组成上
19,24
存在差异 。
[0003] 本发明人已经发现,H3K18乙酰基化对于控制细胞生长和寿命(longevity)之间的平衡是重要的。本发明人还鉴定了涉及到SAGASLIK和SALSA复合物的众多基因,所述基因受到破坏将导致世代寿命的提高。

发明内容

[0004] 根据本发明的第一方面,提供了用于提高细胞的世代寿命的方法,所述方法包括破坏所述细胞中的SAGA、SLIK和/或SALSA复合物中的至少一个的功能。
[0005] 根据本发明的第二方面,提供了用于鉴定细胞的世代寿命(CLS)的潜在调节剂的方法,所述方法包括如下步骤:
[0006] i)使具有已知组蛋白3赖氨酸18(H3K18)乙酰化状态的细胞与受检化合物接触;和
[0007] ii)确定所述化合物对所述细胞中的H3K18的所述乙酰化状态是否具有作用;
[0008] 其中,所述细胞中的H3K18的乙酰化状态的变化表示所述化合物调节CLS。
[0009] 根据本发明的第三方面,提供了细胞的CLS的调节剂,所述调节剂由第二方面的所述方法进行鉴定。
[0010] 根据本发明的第四方面,提供了用于鉴定细胞的复制状态的方法,所述方法包括鉴定H3K18的乙酰化状态,其中存在H3K18的乙酰基修饰表示所述细胞是活性复制细胞,并且不存在H3K18的乙酰基修饰表示不再复制的细胞。
[0011] 根据本发明的第五方面,提供了用于鉴定细胞的CLS的变化的方法,所述方法包括鉴定所述细胞中的H3K18的乙酰化状态和将该状态与对照细胞的乙酰化状态进行比较,其中,当与所述对照细胞比较时失去H3K18Ac表示CLS提高,并且当与所述对照细胞比较时获得H3K18Ac表示CLS降低。
[0012] 根据本发明的第六方面,提供了用于诊断与细胞的CLS中的变化关联的疾病的方法,所述方法包括鉴定事先从受治对象分离的细胞中的H3K18的乙酰化状态和将所述乙酰化状态与对照细胞的乙酰化状态进行比较。

具体实施方式

[0013] 应当理解的是,在此描述的述及本发明的一个方面的任何优选的实施方式在合适的情况下可以等同适用于本发明的任意其他方面。
[0014] 根据本发明的第一方面,提供了用于提高细胞的世代寿命的方法,所述方法包括破坏所述细胞中的SAGA、SLIK和/或SALSA复合物中的至少一个的功能。
[0015] 在此使用的术语“世代寿命”是指静止期培养物中的细胞存活的时间。
[0016] 应当理解的是,SAGA、SLIK和/或SALSA复合物中的所述至少一个的功能可以直接或间接地进行破坏。这些复合物在控制细胞的乙酰化状态和CLS中发挥关键的作用,但是它们的平不同,它们的水平取决于细胞的状态及其环境。
[0017] 在此使用的术语与所述复合物的相互作用直接和间接相关是指与所述复合物本身、与来自编码形成所述复合物的一部分的多肽的基因的基因产物、或与来自允许形成所述复合物的基因的基因产物的相互作用。
[0018] 优选的是,通过选自由以下基因组成的组的至少一个基因或至少一个基因的产物的破坏来实现所述破坏:Spt3、Rtg2、Gcn5、Ubp8、Spt7、Spt8和/或Snf1或它们的同系物。
[0019] 在此使用的术语“同系物”是指来自不同生物体的同源基因,所述同源基因执行相同的功能并且一般显示出一定程度的序列同源性。本领域技术人员应当理解的是,来自酿酒酵母(S.cerevisiae)的上述基因在包括哺乳动物在内的生物体中具有同系物。例如,Spt3显示出与人类SUPT3H-203具有同源性;Gcn5显示出与人类KAT2B-001和KAT2A-001具有同源性;Spt7显示出与人类SUPT7H具有同源性,以及SNF1显示出与PRKAA1和PRKAA2具有同源性。
[0020] 应当理解的是,这些基因编码形成SAGA、SLIK和/或SALSA复合物的一部分或者以实现细胞中的组蛋白的乙酰化的方式与所述复合物相互作用的产物。
[0021] 优选的是,通过破坏SPT7(SEQ ID NO:11)或SPT7-217(SEQ IDNO:19)来实现所述破坏。
[0022] 在本文中当述及基因或基因产物时使用的“破坏功能”或“功能的破坏”是指破坏基因的表达或者破坏编码多肽的活性。还应当理解的是,可以破坏转录起始至成熟蛋白生成之间任意阶段的基因表达。本领域技术人员应当理解的是,这包括通过控制染色质结构来控制基因表达的后生手段以及控制基因表达的转录、翻译和后翻译手段。
[0023] 应当理解的是,在此使用的破坏基因表达是指通过本领域已知的任何手段防止或抑制功能性多肽的生成,并且破坏编码多肽的活性是指破坏功能性多肽与其一个或多个结合配偶体的相互作用使得所述多肽不执行其功能。所述生成或功能可以部分或全部受阻。在一个实施方式中,优选基因产物的生成或功能完全受阻,即,没有活性基因产物。在一些情况中,基因产物的生成或功能可以被破坏使得仅保留野生型表达水平的约5%、约10%、约20%、约30%、约50%、约60%、约70%、约80%、约90%或约95%。
[0024] 在此使用的抑制功能性多肽的生成是指可以通过如下方式防止或抑制基因产物的生成:(a)敲除所述基因;(b)通过例如使用iRNA或反义RNA使所述基因在后转录阶段沉默(基因沉默);(c)通过例如后生技术使所述基因在转录阶段沉默;(d)通过导入至少一个点突变防止或改变基因产物的功能;(e)使基因产物在后翻译阶段失活。
[0025] 在一个优选的实施方式中,通过iRNA破坏基因或同系物的表达。
[0026] 优选的是,在启动子的控制下,使用编码iRNA的质粒/载体转化细胞。应当清楚的是,该启动子可以是组成型启动子和/或组织特异性启动子。
[0027] 在此使用的术语“iRNA”是指RNA干扰(RNAi)。这是通过直接导入dsRNA诱导真核生物中的后转录基因沉默(PTGS)的方法(Fire A等,(1998))。
[0028] 在又一个优选实施方式中,在转录/DNA水平上破坏基因的表达。优选的是,所述破坏通过将至少一个核苷插入到基因中或者使基因至少缺失一个核苷来实现。
[0029] 在又一个实施方式中,基因的破坏通过导入至少一个点突变来实现。
[0030] 应当理解的是,在破坏多肽与其一个或多个结合配偶体的相互作用的情况中,这种破坏可以采用任何合适的方法进行,例如采用竞争抑制、非竞争性抑制、混合抑制或无竞争性抑制。
[0031] 本发明涵盖序列的用途,所述序列与在此限定的多肽的氨基酸序列或编码所述多肽的任意核苷酸序列具有一定程度的序列同一性或序列同源性(在此称为“同源序列”)。此处的术语“同源”是指实体(entity)与主题氨基酸序列和主题核苷酸序列具有一定的同源性。此处的术语“同源性”可以等同于“同一性”。
[0032] 同源氨基酸序列和/或核苷酸序列应当提供和/或编码保留酶的功能活性和/或增强酶的活性的多肽。
[0033] 在本发明的上下文中,同源序列理解为包括与主题序列可以具有至少50%、60%、70%、75%、80%、85%或90%的同一性的氨基酸序列,优选包括与主题序列具有至少
95%、97%、98%或99%的同一性的氨基酸序列。通常,同系物应包含与主题氨基酸序列相同的活性位点等。不过同源性还可以认为是相似性(即氨基酸残基具有相似的化学性质/功能)。
[0034] 在本发明的上下文中,同源序列理解为包括与编码本发明的多肽的核苷酸序列(主题序列)可以具有至少50%、60%、70%、75%、80%、85%或90%的同一性的核苷酸序列,优选包括与编码本发明的多肽的核苷酸序列(主题序列)具有至少95%、97%、98%或99%的同一性的核苷酸序列。通常,同系物应包含与主题序列相同的编码活性位点等的序列。不过同源性还可以认为是相似性(即氨基酸残基具有相似的化学性质/功能)。
[0035] 同源性比较可以通过肉眼进行,或者更常用的是借助于容易获得的序列比较程序进行。这些可以商购获得的计算机程序可以计算两条以上序列之间的同源性百分比(%)。
[0036] 同源性百分比可以在相邻的序列上进行计算,即一条序列与另一条序列比对,并且一条序列中的每个氨基酸直接与另一条序列的对应氨基酸比较,一次比较一个残基。这就是所谓的“无间隙”比对。通常,这种无间隙比对仅在数目相对较少的残基上进行。
[0037] 虽然这是一种非常简单和具有一致性的方法,但是该方法没有考虑到,例如如果在相同的一对序列中,一个插入或缺失将导致随后的氨基酸残基没有比对,因此可能导致在全局比对时同源性百分比显著降低。
[0038] 因此,最大同源性百分比的计算首先需要把间隙罚分考虑在内而形成最优比对。用于执行这种比对的合适的计算机程序是Vector NTI(Invitrogen Corp.)。能够执行序列比较的软件的实例包括但不限于BLAST包(参见Ausubel等,1999,分子生物学中的短程序(Short Protocols in Molecular Biology),第4版第18章)、BLAST 2(例如参见FEMS Microbiol Lett 1999174(2):247-50;FEMS Microbiol Lett1999 177(1):187-8和 tatiana@ncbi.nlm.nih.gov)、FASTA(Altschul 等,1990,J.Mol.Biol.403-410) 以 及AlignX。至少有BLAST、BLAST 2和FASTA可以离线获得并且可以在线检索(参见Ausubel等,1999,第7-58页至第7-60页)。
[0039] 合适的是,对于核苷酸序列而言,同一性的程度在至少20个相邻核苷酸上确定,优选在至少30个相邻核苷酸上确定,优选在至少40个相邻核苷酸上确定,优选在至少50个相邻核苷酸上确定,优选在至少60个相邻核苷酸上确定,优选在至少100个相邻核苷酸上确定。
[0040] 合适的是,对于核苷酸序列而言,同一性的程度适当地可以在整条序列上确定。
[0041] 在此使用的“片段”是指提供和/或编码保留酶的功能活性和/或增强酶的活性的多肽的序列的片段。
[0042] 当述及多肽片段时,优选的是,所述片段的长度至少为50个氨基酸。更优选的是,所述片段包含来自主题序列例如SEQ ID NO:19的至少100、200、300、400或500、600、700、800、900或1000个连续氨基酸,乃至包括包含比全长蛋白少一个氨基酸的多肽。
[0043] 当述及多核苷酸片段时,优选所述片段包括至少100个核苷酸,更优选包含至少200、500、800、1000、1500或更多的核苷酸,乃至包括包含比全长多核苷酸少1个核苷酸的多核苷酸。
[0044] 本领域技术人员应当理解的是,编码一个具体的多肽的多核苷酸可以由于遗传密码子的简并性而彼此不同。在此包括的是编码本发明的多肽的这些多核苷酸的用途。
[0045] 本领域技术人员还应当理解的是,在述及多核苷酸酶序列时的术语“同源序列”可以指在严格条件下与多核苷酸序列结合的序列。
[0046] 如Berger和Kimmel(1987,分子克隆技术指南,酶学方法(Guide to Molecular Cloning Techniques,Methods in Enzymology),第152卷,Academic Press,San Diego CA)所教导的那样,杂交条件基于核苷酸结合复合物的溶解温度(Tm),并且如下文所述给出了经限定的“严格性”。
[0047] 最大严格性通常出现在约Tm-5℃(比探针的Tm低5℃)处;高度严格性位于比Tm低约5℃至10℃处。中度严格性出现在比Tm低约10℃至20℃处;低度严格性位于比Tm低约20℃至25℃处。本领域技术人员应当理解的是,可以采用最大严格性杂交来鉴定或检测相同核苷酸序列,而采用中度(或低度)严格性杂交来鉴定或检测类似或相关的多核苷酸序列。
[0048] 在一个优选方面,本发明包括能够在严格条件(例如65℃和0.1xSSC{1xSSC=0.15M NaCl,0.015M柠檬酸三钠,pH7.0)下与本发明的核苷酸序列杂交的核苷酸序列。在本发明的核苷酸序列是双链的情况下,双链中的两条链不管是分开的还是结合的,都为本发明所涵盖。在所述核苷酸序列是单链的情况下,应当理解的是该核苷酸序列的互补序列也包括在本发明的范围之内。
[0049] 可以采用很多方式获得与本发明的序列没有100%同源但是落在本发明的范围内的核苷酸序列。例如可以通过探查由一定范围来源制得的DNA文库来获得在此描述的序列的其他变体。另外,可以获得病毒/细菌或细胞同系物尤其是见于哺乳动物细胞(例如大鼠、小鼠、和灵长目动物细胞)的细胞同系物,并且这种同系物及其片段一般都能够选择性地与本文的序列表中所示的序列杂交。这种序列可以通过以下方法获得:探查由其他动物物种制得的cDNA文库或来自于其他动物物种的基因组DNA文库,并在中度至高度严格性条件下使用包含本文给出的核苷酸序列的全部或一部分的探针探查这些文库。相似条件可以用来获得本发明的氨基酸和/或核苷酸序列的物种同系物和等位基因变体。
[0050] 在本发明的另一方面,提供了用于鉴定细胞的世代寿命(CLS)的潜在调节剂的方法,所述方法包括如下步骤:
[0051] i)使具有已知组蛋白3赖氨酸18(H3K18)乙酰化状态的细胞与受检化合物接触;和
[0052] ii)确定所述化合物对所述细胞中的H3K18的所述乙酰化状态是否具有作用;
[0053] 其中,所述细胞中的H3K18的乙酰化状态的变化表示所述化合物调节CLS。
[0054] 已知染色质的组蛋白组分的修饰经常反映基因是否具有活性或者是否受到抑制,并且这些变化受到存在特异性修饰或去除这些修饰的酶的总体调控。在基因具有活性的情况下,染色质一般由赖氨酸(K)乙酰化(ac)或甲基化(me)修饰,尤其是由组蛋白H3的赖氨酸(K)乙酰化(ac)或甲基化(me)修饰。本发明人已经在组蛋白H3中鉴定到一种新的赖氨酸,其修饰状态显示出在确定细胞的寿命中发挥关键的作用。
[0055] 在此使用的世代寿命的调节剂是指对细胞的CLS具有作用的化合物。这种作用可以是提高细胞的CLS或者降低细胞的CLS。应当理解的是,根据针对化合物所设置的目的,这两种作用都有可能是期望的。
[0056] 应当理解的是,此处述及的化合物可以是任意适合的化合物,并且可以是例如小分子化合物或相当于生物学分子例如肽或核酸的化合物。
[0057] 优选的是,所述化合物与至少一个基因或至少一个基因的产物相互作用,所述至少一个基因选自由以下基因组成的组:Spt3(SEQ ID NO:22)、Rtg2(SEQ ID NO:4)、Gcn5(SEQ ID NO:6)、Ubp8(SEQ ID NO:10)、Spt7(SEQ ID NO:12)、Spt8(SEQ ID NO:14)和/或Snf1(SEQID NO:16)或它们的同系物。
[0058] 对于本领域技术人员而言应当明了的是,可以通过使用各种敲除突变株来鉴定能够与所述化合物相互作用的基因。
[0059] 产生这些敲除株的方法对于本领域技术人员而言是已知的,并且包括例如将一个或多个核苷酸插入所述基因的编码区。应当理解的是,在此使用的术语至少一个基因的产物是指核苷酸例如mRNA或肽产物。
[0060] 在又一个优选的实施方式中,所述化合物与定名为Acs1(SEQ ID No:18)的基因或者与该基因的定名为Acs1的产物相互作用。
[0061] 本领域技术人员还应当理解的是,H3K18的乙酰化状态可以通过本领域已知的任何适当的手段来鉴定。
[0062] 在一个实施方式中,所述乙酰化状态通过测量线粒体呼吸来测量。
[0063] 本领域技术人员应当理解的是,可以使用任何适当的用于测量线粒体呼吸的方法。例如可以通过在DIOC6存在的情况下温育所述细胞并将所述细胞可视化来测量线粒体呼吸。
[0064] 在一个可选的实施方式中,使用抗H3K18ac的单克隆抗体通过间接免疫荧光法在活细胞或经固定的细胞上确定乙酰化状态。
[0065] 本发明还提供了用于鉴定细胞的复制状态或鉴定细胞的CLS的变化的方法。
[0066] 本文使用的术语“鉴定复制状态”是指鉴定特定细胞或细胞群是否活跃地分裂,或者是否能够活跃地分裂或者所述细胞或细胞群是否不再能够分裂。
[0067] 在此使用的术语“鉴定细胞的CLS的变化”是指鉴定细胞或细胞群相对于从其能够活跃地分裂的状态到其不再能够分裂的状态(反之亦然)发生的步骤变化(step change)。
[0068] 应当理解的是,这种变化可以特意地加以诱导或者可以自然发生或者通过暴露于环境因子而发生。
[0069] 优选的是,所述细胞是哺乳动物细胞。更优选的是,所述细胞是人类细胞。
[0070] 在一个优选的实施方式中,所述细胞是经诱导的多潜能干细胞。
[0071] 本领域技术人员应当理解的是,经诱导的多潜能干细胞通常是体细胞,该体细胞通过暴露于一定的化学物质或使用例如各种不同病毒进行转染而使得其回复到多潜能状态。
[0072] 在又一个优选的实施方式中,所述细胞是受到瘤化或癌化的细胞。优选的是,所述细胞是来自事先已经从具有正在发展的癌症或存在发展癌症险的患者分离出来的样品的细胞。
[0073] 在又一方面,提供了用于诊断与细胞的CLS的变化关联的疾病的方法,所述方法包括鉴定事先从受治对象分离的细胞中的H3K18的乙酰化状态和将所述乙酰化状态与对照细胞的乙酰化状态进行比较。
[0074] 在此使用的术语“对照细胞”是指与从受治对象分离的细胞具有相同组织类型的细胞,所述对照细胞从健康组织分离并具有已知的乙酰化状态。
[0075] 优选的是,所述疾病选自包含以下疾病组成的组:衰老相关疾病、癌症、血液病、帕金森氏病或阿尔茨海默氏症。
[0076] 本发明将参考附图进行进一步的描述。图中涉及到的株是指表1中所公开的株,在图中:
[0077] 图1由SAGA导致的H3K14ac反映生长。图1显示了Western印迹,该western印迹显示了在各种不同背景中组蛋白H3的各种不同后翻译修饰的水平,包括由在BY4741(a、b、c、d)、FY168和FY571(e、h)、FY2和FY2030(f)以及JR-52A(g)背景中使用模拟物处理或使用10μM雷帕霉素处理长达180分钟的细胞制得的总细胞提取物中的HA-Spt7和Gcn5。在图e中,由FY571中的spt7-217等位基因表达的Spt7版本在氨基酸1119处截短并缺少
213C末端残基。
[0078] 图2SAGA和K14ac影响衰老。Western印迹显示由FY2030背景(a、b)或FY168和8
FY571(c)的1×10 个细胞制备的总蛋白中的K14ac(a)和HA-Spt7(b)的水平,其中进行了生物素化,在指数培养基(YPD)中生长10或20世代,并使用磁化链霉亲和素珠分离。年轻细胞(大部分少于5世代龄)由其他没有进行生物素化的细胞制得。*表示组蛋白H3的剪接本。
[0079] 图3SAGA、SLIK和K14ac的控制。Western印迹显示了由在10μM雷帕霉素(+)存在的情况下生长或使用模拟处理(-)3小时后的所示的株(基因型在表1中示出)制得的总细胞提取物中的H3K14acGcn5或HA-Spt7的水平。野生型株是BY4741。
[0080] 图4Rtg2和SLIK确定世代寿命。a使用DiOC6染色以评价线粒体膜势(ψ)的处在指数期的FY168(WT)、FY571(Spt7-217)和rtg2Δ衍生物。比例尺为10μm。b来自在含有3%葡萄糖的CSM中通气生长至静息期并在所示天在YDP上铺板以评价生存的所示株的细胞的一系列10倍稀释液。根据菌落计数计算平均寿命(以天表示的至生存力下降50%的时间)。c使用或不使用环己酰胺处理以抑制细胞质翻译并使用35S甲硫氨酸脉冲标记15分钟的指数期的总蛋白提取物的荧光图像。
[0081] 图5显示了示出由指数期或静息早期的BY4741制得的总细胞提取物中的组蛋白H3的各种后翻译修饰的水平的Western印迹。
[0082] 图6a显示在FY571株中的Spt7的C末端截短版本(Spt7-217)和衍生物的表达对K14ac和基因表达的影响。图12b-i显示生长期和RTG2的存在对各种不同基因诱导的影响。
[0083] 图7显示HA-Spt7在进入静息期的细胞中发生C末端剪接。
[0084] 图8显示了K14ac随着细胞衰老而降低。
[0085] 图9显示了采用ChIP相对于组蛋白H3进行归一化的雷帕霉素对CIT2(SLIK诱53
导)或HMS2(未诱导)上的K14ac的影响。其中通过实时PCR 监测ChIP,表示为输入的百分比,并且相对于3种染色质制备物中的组蛋白H3的水平进行归一化,所示为位于所述基因的5′区。
[0086] 图10显示雷帕霉素处理时雷帕霉素依赖性的K14ac降低需要Snf1。a-d Western印迹显示由在LPY8056背景(d)、BY4741(a-b,f-g)或FY3(c)中的所示株制得的总细胞提取物的H3修饰的水平。对于所示的所有实验,n=3。e使用Gal83-HA的带有FITC标签的抗HA抗体(右图)或DAPI(DNA)(左图)进行的间接免疫荧光。细胞使用+/-10μM的雷帕霉素处理长达3小时。
[0087] 图11显示K14ac的优化水平需要Rtg2,但是K14ac在rtg2Δ株中是雷帕霉素敏感的。Western印迹显示在由在BY4741背景中的所示株制得的总细胞提取物中的H3(a)和66
Gcn5(b)的修饰水平。细胞使用+/-10μM的雷帕霉素处理长达3小时。Rtg2受到TORC1的Lst8的负调控,并且这种抑制为缺乏TORC1信号转导或雷帕霉素处理所解除。Rtg2是静止细胞中反馈反应基因的诱导所需的SLIK的组分11。
[0088] 图12显示Sch9失去对静息期中的CIT2、ATG1和ACS1的可诱导性的影响。该图显示所示基因的RNA的逆转录实时PCR定量。结果说明Sch9对于保持静止期培养物中的SALSA和SLIK的完整性是需要的。与此相吻合的是,本发明人证明了ACS1诱导独立于Sch9(图9中的数据说明该基因依赖于的Rtg2、依赖性Rtg1/3核吸收但是不依赖于SLIK)。不同的是,CIT2(SLIK/Rtg2依赖型)和ATG1(SALSA依赖型但是不是SLIK依赖型)在它们表达时需要Sch9。
[0089] 图13是显示了SAGA复合物的破坏导致H3K18乙酰化的提高的Western印迹。
[0090] 图14是显示SAGA的破坏延长了酵母细胞的世代寿命的柱状图。
[0091] 图15是显示H3K18乙酰化的破坏导致酵母细胞的世代寿命显著降低的柱状图。
[0092] 材料和方法
[0093] 各株的具体细节在表1中提供。在丰富培养基(YPD),1%细菌用蛋白胨,1%Difco6
酵母提取物(BD and Co.),2%葡萄糖中使酵母在30℃生长到0.4×10 细胞/ml的密度并用在90%乙醇/10Tween20中的10μM雷帕霉素或模拟物处理长达3小时。总细胞提取物的制备、Western印迹和所用的抗体、RNA的制备和RNA定量、染色质免疫沉淀(ChIP)、衰老程序、ERC评估和世代衰老测定的细节在下文给出。
[0094] 表1
[0095]
[0096]
[0097]
[0098]
[0099] 酵母总细胞提取物的制备
[0100] 使25ml的细胞在YPD中生长到OD为约0.4A600并通过离心收获。对于使用雷帕霉素处理过的细胞,让细胞生长到中等对数期(mid-log)然后添加10μM雷帕霉素(Sigma R0395-1MG)长达3小时并通过离心收获。将细胞沉淀重悬在300μl 8M尿素中并在添加200μl经酸洗的玻璃珠(Sigma)后通过5分钟涡旋进行破碎。将裂解物在SDS-PAGE(laemmli)上样缓冲液中煮沸5分钟。
[0101] Western印迹
[0102] 在90℃加热3分钟后,使用标准Tris-甘氨酸电泳缓冲液(40%(w/v)甘氨酸,0.25M Tris,10%(w/v)SDS)将蛋白提取物在聚丙烯酰胺凝胶上进行电泳,使用半干转移法(Bio-Rad)将蛋白转移到硝基纤维素膜上。通过Ponceu S染液(0.1%Ponceu S,5%乙酸)验证蛋白的成功转移。然后在含有5%奶粉或BSA的PBS中封膜1小时,然后和如下一抗一起在5%奶粉/PBS/0.5%Tween 20中温育:1∶3000抗-H3(Abcam ab1791)、1∶5000抗-H3K9ac(Upstate 07-352)、1∶3000抗-H3K14ac(Upstate 07-353)、
1 ∶ 5000 抗 -H3K18ac(Upstate 07-354)、1 ∶ 10,000 抗 -H3K23ac(Upstate 07-355)、
1 ∶ 3000 抗 -H3K27ac(Upstate07-360)、1 ∶ 5000 抗 -H3K4me1(Upstate 07-436)、
1 ∶ 2000 抗 -H3K4me2(Upstate 07-030)、1 ∶ 5000 抗 -H3K4me3(Upstate 07-473)、
1∶500抗-Gcn5(Santa Cruz sc-9078)、1∶5000抗-Tubulin(Abcam ab6160)、1∶1000抗-HA(Roche clone 3F10 11867423001)。然后在PBS中洗膜(6×5分钟),并用和在5%奶粉/PBS/0.5%Tween 20中的辣根过化物酶偶联二抗温育1小时,并在PBS/0.5%Tween
20中洗涤(6×5分钟)。使用Pico West化学发光试剂盒(Pierce Biotechnology Ltd)按照制造商说明书使结合抗体可视化。每张膜进行多次曝光以确保所检测到的信号没有饱和。每个实验至少重复3次。
[0103] RNA提取和Northern印迹
[0104] 使用热酚提取法进行RNA提取。在1.1%的甲凝胶上分离15μg总RNA,将其转移到Magna尼龙膜上,并在80℃烘烤2小时。通过在65℃使用PerfectHyb Plus(Sigma)温育2小时来封膜。除非另有说明,否则膜通常曝光24小时。通过监测上载的总RNA水平,除非另有说明,否则对于所有样品,rRNA物种都是等量的。
[0105] 生长10世代或20世代的酵母的分离
[0106] 在PBS中洗涤来自OD600为0.2的培养物的1×108细胞,使用3mg的磺基-NSH-LC-生物素在室温下进行15分钟的生物素化,用PBS洗涤6次,将其添加1升的预温热YPD(含有2.5%葡萄糖)并温育10世代。在PBS中洗涤所收获的细胞。添加400μl的链霉亲和素珠,并在上于PBS中与细胞温育2小时。在冰上使用磁力分选器选择附有生物素化的细胞的珠20分钟并不时混合。使用PBS将混合物洗涤并再选择5次。将经分选的细胞添加到另外1升预温热的YPD中并再让其生长10世代,完全如前文所述那样进行分选和洗涤。使用尿素和玻璃珠(见上文)从酵母中分离蛋白和DNA以通过Western印迹
51
进行分析,或者完全按照已有记载 通过制备原生质球并通过酚-氯仿提取法提取总DNA进行分析。在0.8%的琼脂糖凝胶上分离总DNA提取物。通过使用放射性标记探针进行杂交来使DNA可视化。
[0107] 使用35S甲硫氨酸标记酵母
[0108] 使用或不使用环己酰亚胺(250μg/ml,在10ml培养基中)处理在含有葡萄糖的35
合成完全培养基中的指数培养物并继续温育5分钟,然后使用100μCi的[ S]甲硫氨酸(PerkinElmer Life Sciences)进行15分钟温育。在10%或15%SDS-PAGE凝胶上分离总蛋白。然后使用Enlightening(PerkinElmer Life Sciences)处理凝胶,干燥,并在40小时至72小时曝光到X-射线胶片上。
[0109] 显微法
[0110] 使用从Molecular Probes获得的膜势敏感型染料碘代3,3′-二己氧基羰花青(3,3′-dihexyloxacarbocyanine iodide,DiOC6)以20ng/ml的浓度将指数生长中的细胞或在培养2.5天后(静息期)的细胞温育30分钟,在PBS中洗涤并在配有150W汞氙灯和Olympus 150X PlanNeoFluor油浸物镜的Olympus IX-81荧光显微镜上使用1000ms(指数期细胞)或250ms(静息期细胞)FITC通道曝光进行可视化。针对每个视场捕获明视场图像(DIC)。
[0111] 优化用于用雷帕霉素处理细胞的条件
[0112] 使用在90%乙醇/10%Tween 20中的10μM雷帕霉素处理处在指数生长期中的细胞长达180分钟,并测定H3K14ac和组蛋白H3的水平。可选的是,使用高达20μM的雷帕霉素处理细胞30分钟。确定标准条件组并用于本发明中涉及到使用10μM的雷帕霉素7
处理指数生长细胞(0.4×10 细胞/ml)的2小时至3小时的处理的所有工作中。
[0113] 显示组蛋白H3的后翻译修饰对已知影响组蛋白H3的修饰的因子的完整性的依赖性的测定
[0114] 由表达在S10和/或K14残基具有丙氨酸(A)取代的组蛋白H3、缺失SPP1的52 53,54
BY4741(编码H3K4me3 或DOT1特异性地需要的因子)、用于H3K79的甲基转移酶 或在
55
H2BK123处具有取代的YZS276 (H3K4me2和H3K4me3需要)的LPY8056细胞制备总细胞提取物。使用对每个修饰具有特异性的抗体通过总细胞蛋白提取物的Western印迹来监测组蛋白H3上赖氨酸的修饰。
[0115] HA-Spt7在进入静息期或经过雷帕霉素处理的细胞中发生C末端剪接
[0116] 将由SPT7转座子表达Spt7的N末端标记版本的FY2030株和FY3株(不带便签的对照)用于这些实验(对于a,n=9)。a使细胞在YDP中生长到中度对数期、后二次生长期或静息早期,并制备总蛋白提取物,使用3F10单克隆抗体进行Western印迹以揭示HA表位。显示分子量标记的位置,并将印迹显影以揭示组蛋白H3水平以用作上样对照。呈现HA-Spt的三个高分子量形式,这与SAGA中的全长Spt7一致,缺少约200氨基酸的C末端截27,25
短形式见于在SLIK和功能未知的形式3 。另外,在全长Spt7的水平下降时,在这些和其他制备物中还发现以50kDa迁移的形式。b在所有三种生长条件下,重复以上所示的实验显示范围更广的C末端截短的Spt7版本。9个实验中约有3个实验显示诸如此类的曲线,而
6个实验显示如a中的更离散的条带。
[0117] 间接免疫荧光
[0118] 使用间接免疫荧光法按照以下程序评估细胞的乙酰化/甲基化状态。每个样品使用10-50ml的细胞的新鲜中度对数培养物。制备新鲜的30%甲醛(3g在5ml PEM中的多聚甲醛,添加4M NaOH直至溶解,用PEM补到10ml)并在搅拌的同时将1/10体积的30%甲醛添加到培养物中(在锥形烧瓶中)。30s后,添加戊二醛溶液至总浓度为0.2%(w/v(重量/体积))。在温育温度摇动90分钟。转动细胞(2K,5分钟)然后在PBS或PEM(100mM Pipes,pH6.9;1mM EGTA,1mM Mg2SO4)中洗涤3次。将细胞重悬在10ml的PEMS(在1M山梨糖醇中的PEM)并添加500μl的ICN酵母裂解酶(10μg/ml)。在37℃温育直至约80%的细胞被消化(约15分钟)。在10ml的PEMS中洗涤3次。在10ml的在PEM中的1%Triton X100重悬30s(秒)。在10ml的PEMS中洗涤3次。粗略评估最终沉淀物的体积。重悬在2ml的PEMBAL(PEM,0.1M L-赖氨酸,1%BSA(没有球蛋白),0.1%叠氮化钠)并将在随后的转动中形成20至30μl沉淀的体积转移到2个埃彭道夫管的每一管中。在室温下回转轮(rotating wheel)上放置30分钟。转动10秒。重悬于在PEMBAL中的50μl一抗(适合测定的稀释液)并在回转轮上温育16小时。在1ml PEMBAL中洗涤3次。重悬在1ml PEMBAL中并在回转轮上旋转30分钟。重悬在50μl的羊抗小鼠德克萨斯红(20mg/ml,在PEMBAL中)。在回转轮上温育16小时。在PEMBAL中洗涤3次。将沉淀重悬在100μl的PEMBAL中并固定在聚L-赖氨酸包被的盖玻片上。使用吹风机干燥,并根据需要倒置于在100%丙三醇中的1μg/ml DAPI上。作为选择,使用1/200的FITC二抗并在回转轮上在室温温育
1小时。需要注意的是,在与二抗一起温育的过程中,使用箔封盖管子。然后对细胞进行可视化。
[0119] 实施例
[0120] 由SAGA引起的H3K14ac反映生长
[0121] 染色质的组蛋白组分上的后翻译修饰类型常常反映基因是否具有活性或者受到抑制,并且这些变化受到存在或去除特异性修饰的酶的总体调控。对于具有活性的基因,染色质经常通过赖氨酸(K)乙酰化(ac)或甲基化(me)进行修饰,尤其是在组蛋白H327上27
。为了鉴定组蛋白H3上的反映细胞生长的后翻译修饰,本发明人由指数期或静息早期的酵母制备了总蛋白提取物。Western印迹上的信号的大量可重复差异让本发明人将这些乙酰化和甲基化中的变化与细胞生理学联系起来。静息期中的细胞显示K4的K14ac、K18ac和三甲基化(me3)的降低,这不是细胞周期阻滞的结果(图5)。这些变化与经大环内脂雷
14
帕霉素处理过的指数生长细胞中的类似,大环内脂雷帕霉素阻断生长和增殖 (图1a和10至11),说明这些修饰的存在反应了细胞的增殖能力。
[0122] Gcn5对于K14和K18而言是主要的乙酰基转移酶(图1b)。另外,利用Western印迹可以检测到的雷帕霉素敏感型K14ac由SAGA中的Gcn5介导(图1c)。缺少Spt8的株22 23,31,32
(对SAGA 或Spt20具有特异性,要求SAGA和SLIK/SALSA 的完整性)具有低水平的K14ac,在用雷帕霉素处理时没有可以检测到的变化。相反,K14ac在缺乏Ubp8(一种SAGA
23,25
的组分,具有剪接Spt7的C末端区所需的泛素蛋白酶活性 )的株中具有抗雷帕霉素抗性(图1b)。显示由在所有BY4741背景中的所示株制备的总细胞提取物中的H3的修饰水平的Western印迹显示在图1c-e中。细胞用+/-10μM雷帕霉素处理长达3小时。表达缺
33
少C末端213氨基酸的Spt7(称为Spt7-217 )的株也显示出具有雷帕霉素抗性的K14ac,说明SLIK和SALSA对雷帕霉素具有抗性(图1e)。在该株中需要重点注意的是,截短Spt7
33
以类似于全长Spt7 的水平表达,因此具有高水平的K14ac。截短的Spt7在SLIK和SALSA
22,23,25
中的水平一般远远低于全长Spt7,并且对K14ac的总体水平贡献最小 。而且,针对雷
18,21 34
帕霉素的这种抗性与在葡萄糖耗尽 时起到促进生长的作用的TATA盒基因 的活化(而不是基础)表达中的作用相吻合(图6)。另外,这暗示,在由SAGA造成的K14ac的雷帕霉素敏感性中,Spt7的C末端213氨基酸和Spt8(一种SAGA特异性亚基)一样通过该区域
22,23
募集 。因此,雷帕霉素对SAGA和SLIK/SALSA具有不同的效果。在TORC1信号转导降低时,SAGA在葡萄糖生长细胞中具有活性,而SLIK和SALSA在营养受限细胞中具有活性(图
6)。
[0123] FY168WT株已经被改造成仅表达含有C末端截短的Spt7(FY571Spt7-217),这类似10
于在SLIK/SALSA复合物中天然存在的那样。Spt7蛋白以类似于全长Spt7的水平表达 。
本发明人研究了K14ac在该株中的水平、Rtg2、反馈调节子和SILK组分对该株活性的影响。
图6a显示,当导入RTG2缺失时,K14ac在该株中没有显著降低。Rtg2对于SILK复合物的H3
11
指导HAT活性而言是需要的 。这可能反映了SILK在细胞中的天然水平比该复合物的低。
另外,本发明人测定了该株在指数生长(log)期和静息早期(Stat或SP)中的转录应答(采用以针对所示基因座的引物进行的逆转录结合实时PCR;No表示不向反应中添加RNA酶以用作DNA污染的对照的反应)。将转录水平相对于U4snRNA进行归一化。该转录水平在静息期细胞中下降一半(数据未示出)。b在静息期中,RDNA转录水平(使用针对25S和18S
12
区域之间的基因间区域的引物监测)降低7倍。c反馈反应基因CIT2 在静息期的细胞中被诱导并且如所预期的那样依赖于WTSpt7(FY168)和Spt7-217(FY571)背景中的Rtg2。d编码线粒体乙酰基CoA酶的ACS1的诱导在静息期受到诱导并且是Rtg2依赖型。在含有高水平的SLIK/SALSA复合物的细胞中,该基因没有受到诱导。SLIK/SALSA可能抑制ACS1的表达,或者可选地,高水平SLIK/SALSA可能螯合Rtg2,导致RTG2无效。e自体吞噬调节子
13
ATG1 的诱导(一种饥饿诱导型应答)显示对Rtg2没有依赖性。相反,表达Spt7-217的株在饥饿条件下显示出超过两倍的ATG1 mRNA水平的提高,说明对于SALSA复合物而言有作用。这三个基因的表达模式可以明确了SLIK/SALSA复合物如何有助于基因调控。本发明人提出ATG1依赖于SALSA而独立于SLIK和Rtg2。相反,CIT2的激活需要SILK复合物,而ACS1依赖于Rtg2但是不依赖于SLIK(Rtg2作为激活剂具有调控Rtg1/3的核吸收的作用)。还监测了众多其他基因座在对数期中的表达(f-i)。使用对所示修饰或蛋白具有特异性的抗体通过总蛋白提取物的Western印迹来监测H3上的赖氨酸的修饰。每个实验均为n=2。对于所示实验,由相同的培养物制备总蛋白和RNA。
[0124] 本发明人使用Spt7的N末端带有HA标签的版本来检测其在雷帕霉素处理(图1f)23
或静息期细胞中的水平和完整性(图7)。通过比较SAGA 的完整性发现,在两种条件下都出现Spt7水平降低和C末端截短,这解释了K14ac的下降。因此,SAGA的完整性受到Spt7的C末端截短的控制,这在细胞进入静息期时或在受到雷帕霉素处理时出现。Gcn5(而不是
18
它的RNA )在雷帕霉素处理的野生型细胞中也显著降低(图1g)。相反,在表达Spt7-217的雷帕霉素处理细胞中,Gcn5水平较高(图1h)。因此,Gcn5的降低可能是Spt7的C末端截短和水平降低的结果。
[0125] SAGA随着生长细胞的衰老而降低
[0126] 数据表明,SAGA活性是生长和增殖的标记。随着细胞的衰老,增殖能力和线粒体功能降低。进行实验以通过评估年轻细胞(一般小于5世代龄)的水平(与生长10世代或20世代后的细胞相比)来评估SAGA在衰老过程中是否变化。随着细胞的衰老,K14ac的水平下降(图2a),并且这与HA-Spt7水平的总体下降关联,尤其是与全长HA-Spt7的下降和HA-Spt7截短形式的提高关联,这支持了SAGA在衰老过程中失去功能(图2b)。相反,在只表达C末端截短的Spt7(Spt7-217)的株中,K14ac在老细胞中没有下降(图2c)。由年轻细胞或处于指数期在丰富培养基中生长20世代后的生物素化细胞制备总蛋白提取物,使用联合亲霉素磁珠分离。对由FY168(WT)和表达Spt7-217的FY571制备总蛋白提取物进行K14ac水平的Western印迹,评估总蛋白H3的水平以控制上样。从图8可以看出,分离到的蛋白的量存在差异。K14ac水平在老的野生型株中下降,但是在表达Spt7-217的株中没有下降,说明Spt7的C末端区对于K14ac的下降是需要的,并且说明SAGA是这种调控的标靶。在进行这种制备时需要注意的是,组蛋白“剪切”不如在其他实验中明显(参见图36
2a)。这些细胞还包含高水平的较小形式的可能经过剪切 的组蛋白H3。这说明SAGA和K14ac随着细胞衰老而降低的机制类似于在雷帕霉素处理细胞中出现的情况,并涉及Spt7的C末端区的剪接。
[0127] TORC1在生长细胞中保持K14ac
[0128] 本发明人欲明确雷帕霉素如何通过SAGA影响乙酰化。在酵母中,雷帕霉素存在437
个标靶Fpr1-4 。在存在雷帕霉素的情况下,Fpr1抑制了与TORC1复合物内的PI3相关激
38
酶Tor1或Tor2关联的功能 。这支持通过保持增殖细胞中的SAGA功能控制K14ac、K18ac和K4me3的总体水平的TORC1依赖性信号转导。在生长早期,雷帕霉素对TORC1的抑制导
20,39
致SLIK/SALSA调控基因的上调,这促进了葡萄糖的有效呼吸和胁迫耐性(图9) 。从图
9b可以看出,受TORC-1复合物调控的CIT2表达的水平在添加雷帕霉素时提高。
[0129] AMPK一般被认为负调控哺乳动物mTOR,在葡萄糖缺乏和胞内AMP水平上升时导致63
TORC1信号转导的下调 。从图10可以看出,酵母AMPK Snf1可能以类似的方式发挥作用,因为它对于K14ac的雷帕霉素依赖性是需要的(a)。snf1Δ株中的K14ac水平下降到野生型株的那些水平的约50%,因为Snf1指导组蛋白H3上丝氨酸10的磷酸化,这促进Gcn564对K14的乙酰化。重要的是,K14ac(a)和Gcn5(b)以及细胞中的一些HA-Spt7(c)在snf1Δ株中对雷帕霉素具有抗性。注意在c中第5泳道下标有*。注意尽管和snf1Δ的一样,由Snf1磷酸化的组蛋白H3上的S10的完整性没有影响K14ac的雷帕霉素敏感性,但是K14ac水平在该背景中降低(d)。本发明人要问的是Snf1在细胞核发挥作用还是细胞质中发挥
65
作用。Gal83对于Snf1的核吸收是需要的 ,并且如固定细胞中进行的间接免疫荧光所证明的那样,带有HA标签的Gal83在雷帕霉素处理细胞中从细胞质移动到细胞核中(e)。然而,Gal83和Snf1之间的关系并不明确,因为gal83Δ株在未处理细胞中显示出野生型水平的K14ac和一些抗抗雷帕霉素的抗性(f)。对于gal83Δ株中的Gcn5蛋白,观察到了类似的结果(g)。因此,Gal83显得对K14ac和Gcn5中的雷帕霉素依赖性降低是需要的,说明这是Snf1的核功能。
[0130] SLIK通过Rtg2控制CLS
[0131] 本发明人测定了仅表达截短Spt7(Spt7-217)因而在指数生长过程中表达高水平的SLIK/SALSA复合物的株中的线粒体膜势(ψ)和CLS。ψ(图4a)和平均CLS(图4b)提高了(与野生型相比),但是该株然后在培养物中在约第12天其生存力快速而完全地丧失,26
这可能反映了基因表达模式中的不平衡。Rtg2受到TORC1复合物的抑制 并且具有至少
13
两个不同的功能,一个是作为反馈反应的调节子,另一个是作为SLIK的组分 。高水平的截短Spt7可能导致Rtg2螯合到SLIK复合物中,导致rtg2的其他功能无效。在支持这一点上,rtg2株在指数期显示了提高的ψ(图4a)、提高的线粒体蛋白合成(图4c)和增加的CLS(图4b)。这说明Rtg2在TORC1具有活性时起到抑制线粒体功能的作用,并且SLIK的形成与减弱的TORC1信号转导有关,导致Spt7的截短和呼吸的Rtg2依赖性抑制的解除。这
13,47
提供了延长CLS的另一种方法。有趣的是,Spt7和Rtg2据报道均为线粒体相关蛋白 。
最后,本发明人证明当RTG2从FY571敲除(Spt7-217)时,观察到CLS的提高最为明显(图
4b),可能反映了已知通过SALSA延长寿命的自体吞噬的基因的强烈诱导,因为这是独立于Rtg2的。应当注意的是,还可以通过添加线粒体呼吸抑制剂来生成这种rtgΔ基因型。
[0132] 总而言之,本发明人证明了转录调节子的SAGA家族控制生长和世代寿命之间的平衡。导致呼吸上调或下调的代谢变化受到将信号转导到这些复合物的TORC1和Sch9的区别控制。TORC1通过Spt7和Rtg2的活性和组蛋白H3上K14处的染色质修饰协调线粒体功能和基因表达,提供了细胞开关命运以控制生长和寿命之间的平衡的TORC1将信号转导至SAGA和SLIK的高效机制。
[0133] SAGA的破坏导致H3K18乙酰化的提高和世代寿命的延长
[0134] 图13是显示SAGA复合物已经被破坏的株中H3K18乙酰化的提高的western印迹。如从两个图的上排可以看出,在SAGA复合物已经被破坏的株的总细胞酵母提取物中存在的H3K18ac的量与野生型相比提高了。在这些实验中使用的株为ΔSPT8或Spt7(截短)。
[0135] 图14显示了具有遭到破坏的SAGA复合物的酿酒酵母(S.cerevisiae)具有提高的世代寿命。如图所示,FY631和FY2030株是野生型,FY571株表达缺少SAGA特异性Spt7区的截短的Spt7蛋白,FY2037株是ΔSPT8(Wu,P.Y.和Winston,F.,[2002]Mol Cell Biol.,22(15),第5367-5379页)。寿命按照Murakami,C.和Kaeberlein,M.((2009)J.Vis.Exp.,27)所述确定。简而言之,酵母的世代寿命是指衰老酵母培养物随时间的生存力曲线。将酵母培养物在液体培养基中生长直至葡萄糖源耗尽并且细胞停止分裂。此时,使用BioscreenC机通过观察衰老培养物的新接种物的生长晕特性(outgrowth characteristics)来测量存活细胞与能够分裂的细胞的比例。比较各个不同时间点的生存力以确定培养物的世代寿命。
[0136] 图15显示,在突变位置的乙酰化受到破坏的H3K18Q突变体中,使用上述方法测得的世代寿命与野生型相比下降了。在H3K18Q酵母株中,H3基因的内源性拷贝已经缺失并且被单拷贝的含有赖氨酸18被谷氨酰胺取代的H3基因代替。在图中所示的野生型株中,缺失的H3基因已经被该基因的野生型单拷贝所代替。
[0137] 在以上说明中提及的所有出版物在此通过参考方式整体引入。本领域技术人员应该明了对本发明的所述方法和系统进行的各种修改和改变并没有脱离本发明的范围和实质。尽管已经结合具体的优选实施方式对本发明进行了描述,但是应当理解的是,所要求保护的本发明不应当过度受限于这些具体的实施方式。实际上,对于生物化学和生物技术或相关领域的技术人员而言明了的用于实施本发明的所述方式的各种修改拟包括在所附的权利要求的范围内。
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[0207] 序列表
[0208] SEQ ID No:1
[0209] sch9
[0210] 1 MMNFFTSKSS NQDTGFSSQH QHPNGQNNGN NNSSTAGNDN GYPCKLVSSG PCASSNNGAL[0211] 61 FTNFTLQTAT PTTAISQDLY AMGTTGITSE NALFQMKSMN NGISSVNNNN SNTPTIITTS[0212] 121 QEETNAGNVH GDTGGNSLQN SEDDNFSSSS TTKCLLSSTS SLSINQREAA AAAYGPDTDI[0213] 181 PRGKLEVTII EARDLVTRSK DSQPYVVCTF ESSEFISNGP ESLGAINNNN NNNNNNQHNQ[0214] 241 NQHINNNNEN TNPDAASQHH NNNSGWNGSQ LPSIKEHLKK KPLYTHRSSS QLDQLNSCSS[0215] 301 VTDPSKRSSN SSSGSSNGPK NDSSHPIWHH KTTFDVLGSH SELDISVYDA AHDHMFLGQV[0216] 361 RLYPMIHNLA HASQHQWHSL KPRVIDEVVS GDILIKWTYK QTKKRHYGPQ DFEVLRLLGK[0217] 421 GTFGQVYQVK KKDTQRIYAM KVLSKKVIVK KNEIAHTIGE RNILVTTASK SSPFIVGLKF[0218] 481 SFQTPTDLYL VTDYMSGGEL FWHLQKEGRF SEDRAKFYIA ELVLALEHLH DNDIVYRDLK[0219] 541 PENILLDANG NIALCDFGLS KADLKDRTNT FCGTTEYLAP ELLLDETGYT KMVDFWSLGV[0220] 601 LIFEMCCGWS PFFAENNQKM YQKIAFGKVK FPRDVLSQEG RSFVKGLLNR NPKHRLGAID[0221] 661 DGRELRAHPF FADIDWEALK QKKIPPPFKP HLVSETDTSN FDPEFTTAST SYMNKHQPMM[0222] 721 TATPLSPAMQ AKFAGFTFVD ESAIDEHVNN NRKFLQNSYF MEPGSFIPGN PNLPPDEDVI[0223] 781 DDDGDEDIND GFNQEKNMNN SHSQMDFDGD QHMDDEFVSG RFEI
[0224] SEQ ID No:2
[0225] Sch9
[0226] >YHR205W Chr 8
[0227] Atgatgaatttttttacatcaaaatcgtcgaatcaggatactggatttagctctcaacaccaacatccaaatggacagaacaatggaaacaataatagcagcaccgctggcaacgacaacggatacccatgtaaactggtgtccagtgggccctgcgcttcatcaaataatggtgccctttttacgaattttactttacaaactgcaacgccgaccaccgctattagtcaggacttatatgcaatgggcacaacaggaataacatcagaaaatgccctttttcaaatgaagtcaatgaataatggaatatcatcagttaataataacaacagcaacacccctacgattattaccacgtcacaggaagaaactaatgctgg`aaatgtacatggcgataccggtggcaattctttgcaaaattctgaagatgacaacttttcttccagttctaccaccaaatgcttactctcttccacttcttcgctatcaataaatcaacgagaagcagcagcagctgcttatggtccagataccgatattcctaggggtaaactagaagttacaataatagaagcacgtgacctagtcactagatcaaaggattcacagccttatgttgtttgtacttttgagagttcagagttcatttctaatggtcctgagtcactaggcgccattaataataacaacaataacaacaacaataatcagcataatcaaaaccagcatattaacaacaacaacgaaaataccaaccctgacgctgctagccagcatcataataataacagtggttggaacggttctcagttaccatcgataaaagagcacttgaagaaaaaacccctttatacacacagatcatcttcccaattagatcagctaaactcttgctcttcagtaaccgatccgagcaaacgttcttctaattcttcgtcgggttcttcaaatggtccaaagaatgatagttcacatccaatatggcatcacaagacaacgtttgatgttttgggatctcactcggaattagatatttctgtttatgatgctgcccacgaccatatgttcttaggccaagttagactgtatccaatgattcataatttagcacatgcttcccaacaccaatggcacagtttgaaacctcgcgttattgatgaagttgtgtccggtgatattttaatcaaatggacttacaaacagacaaagaaaagacattatggcccacaagattttgaagttcttcgattattgggtaagggtacttttggccaagtctaccaagttaagaagaaagacactcaaagaatttatgcaatgaaagttctctccaagaaagttattgtcaagaaaaatgagatcgcccacacaattggcgaaagaaatatcctagtcacgacagcgtccaaatcgtccccattcattgtcggattgaagttttcctttcaaacaccaacagatctgtatttggtcactgattatatgagtggtggagaattattctggcatttacaaaaggagggccgtttttcggaagacagagcgaaattctatatcgctgagttagtcctagcgttagaacatttacacgataacgatatcgtttacagggacctaaagcctgaaaacattctactcgatgccaacggtaacatcgctctttgcgattttggtctttctaaagctgacttgaaggatagaacaaacacattttgcggcaccacggaatacctggcaccagaattgttactggacgaaaccggctacaccaaaatggtcgatttctggtctctaggtgttttgatatttgaaatgtgttgtggttggtcccctttctttgcggaaaataatcaaaaaatgtaccaaaaaattgcctttggtaaagtcaaattccccagagacgtactgtcacaagaggggaggtcttttgtaaagggtttactaaacagaaaccccaaacatagactcggtgccattgatgatggaagagaactacgagctcatccatttttcgcagatatcgactgggaggccttgaagcagaaaaaaattccaccacctttcaaacctcacctagtctcggagacggatacctcgaattttgacccagagttcacaacagcttcaacttcatacatgaacaagcaccagccgatgatgactgctaccccgctatctccagccatgcaagcaaagtttgctggtttcacctttgttgatgagtccgccatcgatgaacacgttaataacaacagaaaattcctacaaaactcgtactttatggaacctggttcctttatcccgggaaatccaaacttacctccagacgaagatgtcatcgatgatgacggggacgaggacatcaatgatggattcaaccaagagaaaaatatgaacaacagccattcgcagatggacttcgacggcgaccaacacatggatgacgaatttgtcagtggaagattcgaaatatga
[0228] SEQID No:3
[0229] Rtg2
[0230] 1 MSTLSDSDTE TEVVSRNLCG IVDIGSNGIR FSISSKAAHH ARIMPCVFKD RVGLSLYEVQ[0231] 61 YNTHTNAKCP IPRDIIKEVC SAMKRFKLIC DDFGVPETSV RVIATEATRD AINADEFVNA[0232] 121 VYGSTGWKVE ILGQEDETRV GIYGVVSSFN TVRGLYLDVA GGSTQLSWVI SSHGEVKQSS[0233] 181 KPVSLPYGAG TLLRRMRTDD NRALFYEIKE AYKDAIEKIG IPQEMIDDAK KEGGFDLWTR[0234] 241 GGGLRGMGHL LLYQSEGYPI QTIINGYACT YEEFSSMSDY LFLKQKIPGS SKEHKIFKVS[0235] 301 DRRALQLPAV GLFMSAVFEA IPQIKAVHFS EGGVREGSLY SLLPKEIRAQ DPLLIASRPY[0236] 361 APLLTEKYLY LLRTSIPQED IPEIVNERIA PALCNLAFVH ASYPKELQPT AALHVATRGI[0237] 421 IAGCHGLSHR ARALIGIALC SRWGGNIPES EEKYSQELEQ VVLREGDKAE ALRIVWWTKY[0238] 481 IGTIMYVICG VHPGGNIRDN VFDFHVSKRS EVETSLKELI IDDANTTKVK EESTRKNRGY[0239] 541 EVVVRISKDD LKTSASVRSR IITLQKKVRK LSRGSVERVK IGVQFYEE
[0240] SEQID No:4
[0241] Rtg2
[0242] >YGL252C Chr 7
[0243] atgtcaacacttagcgatagtgataccgagactgaggtcgtgtcgagaaacttgtgtggaatcgtcgacataggttctaatggtattcgttttagtatatcttccaaggctgcacatcatgcaagaattatgccttgtgtttttaaagatagggttggtctttctctatacgaagttcaatataatacacatacgaacgcaaaatgccctattcccagagatattataaaagaggtttgttctgccatgaagagattcaaattaatttgcgatgattttggtgtacctgaaactagtgtcagagtaattgcaacagaagccacgcgagatgctattaacgcggatgaatttgttaatgctgtttacggtagcactggctggaaagtagaaatattaggccaggaagatgaaactagggtcggcatatatggtgttgtttcctcatttaatacagtaagaggtctatatctagatgtggcaggtggtagtactcagttatcatgggtaataagctcgcacggagaagtcaagcaatccagcaaacctgtatctttgccatatggagctggaactcttttgagaagaatgagaacagatgataatagggcacttttttatgagattaaagaagcgtacaaagatgcgattgaaaaaattggtatacctcaagaaatgattgatgacgccaagaaagaaggtggatttgacctttggacccgtgggggtggtttaagaggtatgggacatctgcttctttaccagtcggaaggttatcccatccaaacaataattaacggatatgcttgcacttatgaagaattctcgtctatgtcagattatctattcctaaaacaaaaaataccaggttcttcaaaagagcataaaatatttaaggtttctgatagaagggctttacaacttcctgccgttggtttgttcatgagtgctgtttttgaagcgattccccagatcaaagctgtacattttagtgagggtggtgttcgagagggttcactttattctcttcttccaaaagaaattcgtgcacaagatccattgctaattgcgtcccgtccttatgctccattacttactgaaaaatatctatatctattgagaacatcaatcccacaagaagatataccagaaatagtaaacgaaaggattgctcctgctttatgtaacttagcatttgttcatgcctcttatccaaaggagttacaaccaacagctgcattacatgttgctacaagagggataatagccggctgtcatggattatctcacagagctagagcgctgataggaattgctctatgtagtagatggggcggcaacattccggaatctgaagaaaaatactcccaagaattagaacaagtagttctacgcgaaggtgataaagctgaagcattgagaattgtatggtggacgaagtatattggtacgattatgtatgtgatttgcggtgttcatccaggtggtaatatcagagataacgtatttgatttccatgtttctaagcgtagtgaggtggagaccagtttaaaagaattaatcattgatgatgcaaacactacaaaggtaaaagaagaatccacgcgtaaaaatcgcgggtatgaagtggttgtgagaattagtaaggacgatcttaaaacaagtgcttccgttcgttccagaattatcacgctacaaaagaaagtacgcaagctatctagaggaagtgtagagagggttaaaattggcgtgcaattttatgaagaataa
[0244] SEQID No:5
[0245] Gcn5
[0246] 1 MVTKHQIEED HLDGATTDPE VKRVKLENNV EEIQPEQAET NKQEGTDKEN KGKFEKETER[0247] 61 IGGSEVVTDV EKGIVKFEFD GVEYTFKERP SVVEENEGKI EFRVVNNDNT KENMMVLTGL[0248] 121 KNIFQKQLPK MPKEYIARLV YDRSHLSMAV IRKPLTVVGG ITYRPFDKRE FAEIVFCAIS[0249] 181 STEQVRGYGA HLMNHLKDYV RNTSNIKYFL TYADNYAIGY FKKQGFTKEITLDKSIWMGY[0250] 241 IKDYEGGTLM QCSMLPRIRY LDAGKILLLQ EAALRRKIRT ISKSHIVRPG LEQFKDLNNI[0251] 301 KPIDPMTIPG LKEAGWTPEM DALAQRPKRG PHDAAIQNIL TELQNHAAAW PFLQPVNKEE[0252] 361 VPDYYDFIKE PMDLSTMEIK LESNKYQKME DFIYDARLVF NNCRMYNGEN TSYYKYANRL[0253] 421 EKFFNNKVKE IPEYSHLID
[0254] SEQ ID No:6
[0255] Gcn5
[0256] tcttaaacacttatgggcagcaaaaaatgcgtctttcttccctcgtctgttgttttatgtagggcgtaatgatgtttgcttgtcaacaaatgaatacgtacagaagagaattctagccaaggcaattattgcatactgcaagtactgagtacgttaacgttgctagaataacattaaatgagatgtagcaatgcagatccttcctcagtaggcttaatgctccactagaatttttgaccagccactatttgcttttttcgcaatccttttcaatactcgagagcaaagacaaaaaaaataagacatgtagtgcgctgtatggaaaagaattaattagaactttacaaacgcgtgttaaacaggcatatttaagtgtttggacctaaacaatatatcgactattgaaattcttacgcaagattttttatagttggatattcatatattcttacaactctctctactttcagttttttgaagctatatgtatcattatatacgtttatggatttttcaaacctaaacaattatactgcgtaaatgtttgattaagcaataaataaaaacaaaggattggtaagggaagaccgtgagccgcccaaaagtcttcagttaactcaggttcgtattctacattagatggtcacaaaacatcagattgaagaggatcacttggatggagctacgacggatcccgaagttaaacgggtaaaattagaaaacaacgttgaagaaatacaacctgagcaggctgagaccaataaacaagagggcaccgataaagagaataaaggaaagttcgagaaagaaactgagagaataggaggatctgaagtggttacagatgtggaaaaaggaattgtcaaatttgaatttgatggtgttgaatacacattcaaagagagacccagtgtcgtagaggaaaatgaaggtaaaattgagtttagggtggtgaataatgataatactaaagaaaacatgatggtcctaactggattaaaaaacatttttcaaaagcaattaccaaaaatgcccaaagaatacattgccaggttagtctatgatcgaagtcatctttccatggctgtcattaggaagccattgactgtcgtaggtggcataacatatcgacctttcgataagagagaattcgcagaaattgttttctgtgccatcagttcgacggaacaggtacgcggttatggtgcgcatctaatgaatcacttaaaagactatgttagaaatacctcgaacataaaatattttttgacatatgcagataattacgctattggatactttaaaaagcaaggcttcactaaagaaatcacgttggataaaagtatatggatgggatatattaaagattatgaaggtggtacgctgatgcaatgttctatgttaccaagaatacgatatttggacgcaggtaagattctattattacaagaagcggccctgcgaagaaaaataagaacgatttcgaaatcgcatattgtaaggcctggtttagagcaattcaaagacttaaacaatatcaaaccgattgatccaatgactattcctggcttgaaagaagccggctggactcccgagatggatgcgttggcacaacgtcccaagcgtggtccacacgatgcagcaatacagaatatactcacagagctacaaaatcatgcagcagcttggcccttcttacaacccgttaataaagaggaggtccccgactattatgattttatcaaagagccaatggacttgagcaccatggaaataaaattagagagcaacaaatatcagaagatggaagacttcatatatgatgccagattggtgtttaacaattgccgaatgtacaatggcgagaatacgtcgtattacaagtatgctaataggctagagaaattcttcaataataaagtaaaagaaatacctgaatattctcaccttattgattaatgcgtagaagaagcttttccgctactattcctttcgaagaagaaataaatgtttagtacggcgagacgatgtgatcaattgaggttattttactacttttcctttcatttttgtaaggttttctttctttgttagtgtgacgttggtatttacctttatgtaactatat
[0257] SEQ ID No:7
[0258] Tor1
[0259] 1 MEPHEEQIWK SKLLKAANND MDMDRNVPLA PNLNVNMNMK MNASRNGDEF GLTSSRFDGV[0260] 61 VIGSNGDVNF KPILEKIFRE LTSDYKEERK LASISLFDLL VSLEHELSIE EFQAVSNDIN[0261] 121 NKILELVHTK KTSTRVGAVL SIDTLISFYA YTERLPNETS RLAGYLRGLI PSNDVEVMRL[0262] 181 AAKTLGKLAV PGGTYTSDFV EFEIKSCLEW LTASTEKNSF SSSKPDHAKH RALLIITALA[0263] 241 ENCPYLLYQY LNSILDNIWR ALRDPHLVIR IDASITLAKC LSTLRNRDPQ LTSQWVQRLA[0264] 301 TSCEYGFQVN TLECIHASLL VYKEILFLKD PFLNQVFDQM CLNCIAYENH KAKMIREKIY[0265] 361 QIVPLLASFN PQLFAGKYLH QIMDNYLEIL TNAPAKKIPH LKDDKPQILI SIGDIAYEVG[0266] 421 PDIAPYVKQI LDYIEHDLQT KFKFRKKFEN EIFYCIGRLA VPLGPVLGKL LNRNILDLMF[0267] 481 KCPLSDYMQE TFQILTERIP SLGPKINDEL LNLVCSTLSG TPFIQPGSPM EIPSFSRERA[0268] 541 REWRNKSILQ KTGESNDDNN DIKIIIQAFR MLKNIKSRFS LVEFVRIVAL SYIEHTDPRV[0269] 601 RKLAALTSCE IYVKDNICKQ TSLHSLNTVS EVLSKLLAIT IADPLQDIRL EVLKNLNPCF[0270] 661 DPQLAQPDNL RLLFIALHDE SFNIQSVAME LVGRLSSVNP AYVIPSIRKI LLELLTKLKF[0271] 721 STSSREKEET ASLLCTLIRS SKDVAKPYIE PLLNVLLPKF QDTSSTVAST ALRTIGELSV[0272] 781 VGGEDMKIYL KDLFPLIIKT FQDQSNSFKR EAALKALGQL AASSGYVIDP LLDYPELLGI[0273] 841 LVNILKTENS QNIRRQTVTL IGILGAIDPY RQKEREVTST TDISTEQNAP PIDIALLMQG[0274] 901 MSPSNDEYYT TVVIHCLLKI LKDPSLSSYH TAVIQAIMHI FQTLGLKCVS FLDQIIPTIL[0275] 961 DVMRTCSQSL LEFYFQQLCS LIIIVRQHIR PHVDSIFQAI KDFSSVAKLQ ITLVSVIEAI[0276] 1021 SKALEGEFKR LVPLTLTLFL VILENDKSSD KVLSRRVLRL LESFGPNLEG YSHLITPKIV[0277] 1081 QMAEFTSGNL QRSAIITIGK LAKDVDLFEM SSRIVHSLLR VLSSTTSDEL SKVIMNTLSL[0278] 1141 LLIQMGTSFA IFIPVINEVL MKKHIQHTIY DDLTNRILNN DVLPTKILEA NTTDYKPAEQ[0279] 1201 MEAADAGVAK LPINQSVLKS AWNSSQQRTK EDWQEWSKRL SIQLLKESPS HALRACSNLA[0280] 1261 SMYYPLAKEL FNTAFACVWT ELYSQYQEDL IESLCIALSS PLNPPEIHQT LLNLVEFMEH[0281] 1321 DDKALPIPTQ SLGEYAERCH AYAKALHYKE IKFIKEPENS TIESLISINN QLNQTDAAIG[0282] 1381 ILKHAQQHHS LQLKETWFEK LERWEDALHA YNEREKAGDT SVSVTLGKMR SLHALAEWEQ[0283] 1441 LSQLAARKWK VSKLQTKKLI APLAAGARGG SGEWDMLDEY ISVMKPKSPD KEFFDAILYL[0284] 1501 HKNDYDNASK HILNARDLLV TEISALINES YNRAYSVIVR TQIITEFEEI IKYKQLPPNS[0285] 1561 EKKLHYQNLW TKRLLGCQKN VDLWQRVLRI RSLVIKPKQD LQIWIKFANL CRKSGRMRLA[0286] 1621 NKALNMLLEG GTILVYQIRS KPPPPVVYAQ LKYIWATGAY KEALNHLIGF TSRLAHDLGL[0287] 1681 DPNNMIAQSV KLSSASTAPY VEEYTKLLAR CFLKQGEWRI ATQPNWRNTN PDAILGSYLL[0288] 1741 ATHFDKNWYK AWHNWALANF EVISMVQEET KLNGGKNDDD DDTAVNNDNV RIDGSILGSG[0289] 1801 SLTINGNRYP LELIQRHVVP AIKGFFHSIS LLETSCLQDT LRLSTLLFNF GGIKEVSQAM[0290] 1861 YEGFNLMKIE NWLEVLPQLI SRIHQPDPTV SNSLLSLLSD LGKAHPQALV YPLTVAIKSE[0291] 1921 SVSRQKAALS IIEKIRIHSP VLVNQAELVS HELIRVAVLW HELWYEGLED ASRQFFVEHN[0292] 1981 IEKMFSTLEP LHKHLGNEPQ TLSEVSFQKS FGRDLNDAYE WLNNYKKSKD INNLNQAWDI[0293] 2041 YYNVFRKITR QIPQLQTLDL QHVSPQLLAT HDLELAVPGT YFPGKPTIRI AKFEPLFSVI[0294] 2101 SSKQRPRKFS IKGSDGKDYK YVLKGHEDIR QDSLVMQLFG LVNTLLKNDS ECFKRHLDIQ[0295] 2161 QYPAIPLSPK SGLLGWVPNS DTFHVLIREH RDAKKIPLNI EHWVMLQMAP DYENLTLLQK[0296] 2221 IEVFTYALDN TKGQDLYKIL WLKSRSSETW LERRTTYTRS LAVMSMTGYI LGLGDRHPSN[0297] 2281 LMLDRITGKV IHIDFGDCFE AAILREKYPE KVPFRLTRML TYAMEVSGIE GSFRITCENV[0298] 2341 MRVLRDNKES LMAILEAFAL DPLIHWGFDL PPQKLTEQTG IPLPLINPSE LLRKGAITVE[0299] 2401 EAANMEAEQQ NETRNARAML VLRRITDKLT GNDIKRFNEL DVPEQVDKLI QQATSIERLC[0300] 2461 QHYIGWCPFW
[0301] SEQID No:8
[0302] Tor1
[0303] >YJR066W Chr 10
[0304] atggaaccgcatgaggagcagatttggaagagtaaacttttgaaagcggctaacaacgatatggacatggatagaaatgtgccgttggcaccgaatctgaatgtgaatatgaacatgaaaatgaatgcgagcaggaacggggatgaattcggtctgacttctagtaggtttgatggagtggtgattggcagtaatggggatgtaaattttaagcccattttggagaaaattttccgcgaattaaccagtgattacaaggaggaacgaaaattggccagtatttcattatttgatctactagtatccttggaacatgaattgtcgatagaagagttccaagcagtttcaaatgacataaacaataagattttggagctggtccatacaaaaaaaacgagcactagggtaggggctgttctatccatagacactttgatttcattctacgcatatactgaaaggttgcctaacgaaacttcacgactggctggttaccttcgagggctaataccttctaatgatgtagaggtcatgagactcgctgcaaagactctgggcaagttagccgttccaggaggtacatatacctctgatttcgtggaatttgagataaagtcttgcttagaatggcttactgcctccacggaaaagaattcattctcgagttcgaagccagaccatgctaaacatgctgcgcttctgattataacagcgttggcagagaattgtccttatttactctaccaatacttgaattccatactagataacatttggagagcactaagagacccacatttggtgatcagaattgatgcgtccattacattggccaaatgtctttccaccctacgaaatagggatcctcagttaactagccagtgggtgcagagattggctacaagttgtgaatacggatttcaagtaaacacattagaatgcatccatgcaagtttgttggtttataaggaaatcttgtttttgaaggatccctttttgaatcaagtgttcgaccaaatgtgtctaaattgcatagcttatgaaaatcataaagcgaaaatgattagagaaaagatttaccagattgttcccctattagcatcgttcaatcctcaattatttgctggcaaatatttgcaccaaattatggacaactatttagagattttaaccaatgctccagcaaataaaataccacatctcaaagatgacaaaccacagattttaatatcgattggtgatattgcatatgaagtcgggcccgatatcgcaccttatgtgaaacaaattcttgattatattgaacatgatttacagacgaaattcaaattcagaaagaaatttgaaaatgaaattttctactgcatcggaagattggcagttcccttgggccccgttctaggtaaattattaaacagaaatatactggacctgatgttcaaatgccctctttccgactatatgcaggaaacgtttcaaattctgactgagagaataccatcactaggccccaaaataaatgacgagttgcttaacctagtctgttcaaccttatctggaacaccatttatccagccagggtcaccaatggagataccatcgttttcgagagaaagagcaagagaatggagaaataaaaacatcctacagaaaactggtgaaagtaacgatgataataatgatataaaaatcattatacaagcttttagaatgttaaaaaatatcaaaagcagattttcgttggtggaattcgtgagaattgttgcactttcttacattgagcatacagatcccagagtaaggaaactagctgcgttgacatcttgtgaaatttacgtcaaggataacatctgcaaacaaacatcactacactctctgaacactgtatctgaagtgttatcaaagcttctagccattacgattgcggaccctttacaagatatccgtttagaagttttaaagaatcttaatccatgtttcgatccccagttggcacaaccagataatttgagactcttgtttactgcactgcacgatgagtcgttcaatattcagtcagtagcaatggagcttgtcggtaggttgtcttccgtaaaccctgcatacgtcatcccatcgataagaaaaatactactggaactgctaacaaaattaaaattctcaacttcttctcgagaaaaggaagaaactgccagtttgttatgtactcttatcaggtcgagtaaagatgttgcgaaaccttatatcgaacctcttttaaatgttcttttaccaaaattccaagatacctcttcaacggttgcatcaactgcactgagaactataggtgagctatctgttgtagggggcgaagatatgaagatatatcttaaggatttgtttcctttaattatcaaaacatttcaggatcaatcaaactctttcaagagagaagctgcacttaaggcccttggtcaacttgcagcctcatctggttacgtgatagatcctttactcgactatcccgaattattgggtatattggtgaatatattgaagacagaaaactctcaaaatattaggagacaaacagtcactttgataggtatactgggagctatcgacccatatcgccaaaaagaacgtgaggttacctctactaccgatatatctacagaacagaacgccccgcctatcgacattgctcttctcatgcagggcatgtctccttcgaatgatgagtattataccactgttgtcattcactgcctgctaaaaatcctaaaagatccatccctatcatcttaccacactgccgtgatccaagcgattatgcatatttttcaaacccttggtctaaaatgtgtttcattcttggaccagatcatcccaactattttggacgtaatgcgtacatgctctcagtcactattagaattttacttccaacagctttgctctttgattattatcgtaaggcaacacataagacctcatgtcgattctatattccaggctatcaaagatttttcttcggttgctaagctacaaataacgcttgtaagtgttattgaagcaatatcaaaggctctggagggtgaattcaaaagattggtccctcttactctgaccttgttccttgtaattttggagaatgacaagtctagtgacaaggtcctctccagaagggtattgagactgttagaatcgtttggtcctaacttagaaggttattcgcatttgattacacccaagatagttcaaatggcagaattcaccagcgggaacctacaaaggtctgcaataattactattggcaaactggccaaggatgttgacctttttgagatgtcctcaagaattgttcactctttacttagggtactaagttcaacaacgagtgacgaactctcaaaagtcattatgaatactttaagtctact gctaatacaaatgggcacatcctttgctatcttcatccctgtcattaatgaagttttaatgaagaaacatattcaacacacaatatatgatgacttgacaaacagaatattaaacaatgatgttttacccacaaaaattcttgaagcaaatacaacggattataagcccgcggaacaaatggaggcagcagatgctggggtcgcaaaattacctataaaccaatcagttttgaaaagtgcatggaattctagccaacaaagaactaaagaagattggcaggaatggagcaaacgtctatccattcaattattaaaagagtcaccctcccatgctctaagagcttgttcaaatcttgcaagcatgtattatccactagccaaagaactttttaataccgcattcgcatgtgtttggaccgaactttatagccaatatcaagaagatttaattgggtcattatgtatagccttatcttctcccttaaatccaccagaaatacatcaaacattgttaaacctggtagaatttatggaacacgatgacaaggcattaccaataccaactcaaagcctgggcgagtatgctgaaagatgtcacgcctatgccaaagcgctacattataaagagattaaatttattaaagagcctgagaactcaactattgaatcattgatcagcattaacaaccagctgaatcaaacggatgctgcaattggtatattaaagcatgcccaacaacatcattcacttcaattaaaggagacatggtttgaaaaattagagcgttgggaagatgcactacatgcttataatgaacgtgaaaaggcaggtgatacttccgtgagcgttacactcggtaagatgagatcccttcatgcccttggcgaatgggaacagttgtcgcaattggcagctagaaagtggaaagtttcgaagctacaaactaagaagctaatagctcccttggcagctggtgctgcgtgggggttgggagagtgggatatgcttgagcaatatatcagcgttatgaaacctaaatctccagataaggaattttttgatgcaattttatacttgcacaagaatgattacgacaatgctagtaagcatatattaaacgccagagatttgcttgtgactgaaatttccgcgttgatcaatgaaagttataatagagcatatagcgttattgttagaactcaaataataacagagtttgaggaaatcatcaagtataaacaattgccacctaattccgagaaaaaacttcactatcaaaatctttggacaaaaagactgctgggctgccaaaaaaatgtcgatttatggcaaagagtgcttagagtaagatcattggtaataaagcccaagcaagacctgcaaatatggataaaatttgcaaatttgtgcagaaaatctggtagaatgaggctagcaaataaggcattgaatatgctactagaaggaggcaacgatcctagtttaccaaatacgttcaaagctcctcccccagttgtttacgcgcaactaaaatatatttgggctacaggagcttataaagaagcattaaaccacttgataggatttacatccaggttagcgcatgatcttggtttggatccgaataatatgatcgcgcaaagtgtcaaactctcaagtgcaagtactgctccgtatgttgaggaatacacaaaattattagctcgatgttttttaaagcaaggtgagtggagaatagcaacacaaccgaactggagaaacacaaatccggatgcaattcttggttcttatctattggctacacatttcgataaaaattggtacaaggcatggcataattgggccttagctaattttgaagtaatatccatggttcaggaagagactaagctcaacggaggtaagaatgatgatgatgatgacacggcagttaataatgataatgtgcggattgacggtagtatcctaggaagtggttctttgactattaatggcaacagatacccgctagagcttattcaaagacatgttgttccagcgatcaagggcttttttcattcaatatctctattagaaacaagttgtttgcaagacacgttgaggttattgactcttttatttaactttggtggtattaaagaagtctcacaagccatgtatgaaggcttcaatttgatgaaaatagagaactggcttgaagtcttaccacagttgatctctcgtatacatcagccagatcctacggtgagtaattcccttttgtcgttgctttctgatttagggaaagctcatccacaagctctcgtgtatcctttaactgtcgcgatcaagtctgaatctgtttcaagacaaaaagcggctctttcaataatagagaaaattaggattcatagtccagtcctggtaaaccaggcagaattagttagtcacgagttgatcagagtagccgttctatggcacgaattatggtatgaaggactggaagatgcgagccgccaatttttcgttgaacataacatagaaaaaatgttttctactttagaacctttacataaacacttaggcaatgagcctcaaacgttaagtgaggtatcgtttcagaaatcatttggtagagatttgaacgatgcctacgaatggttgaataactacaaaaagtcaaaagacatcaataatttgaaccaagcttgggatatttattataacgtcttcagaaaaataacacgtcaaataccacagttacaaaccttagacttacagcatgtttctccccagcttctggctactcatgatctcgaattggctgttcctgggacatatttcccaggaaaacctaccattagaatagcgaagtttgagccattattttctgtgatctcttcgaagcaaaggccaagaaaattctccatcaagggtagcgacggtaaagattataaatacgttttaaagggacatgaagatataagacaagatagccttgttatgcaattatttggtctagttaacactttgttgaagaatgattcagagtgtttcaagagacatttggatatccaacaatacccggctattccattgtcgcctaaatctggtttactaggatgggtaccaaatagtgacacattccacgttttgatcagagaacaccgtgatgccaaaaaaattccgttgaacattgaacattgggttatgttacaaatggcccccgattatgagaatttgactcttttacaaaaaattgaagtattcacgtacgctttagataatacaaaaggccaagacctttataaaatattatggttaaagagtaggtcgtcagagacatggctagaacgtagaacaacttatacgagatctttagcagttatgtccatgactggttatattctgggactaggtgatcgccatccaagcaacctgatgctagatagaatcaccggtaaagttatccacattgatttcggcgattgttttgaagctgccatcttaagagaaaagtatccagaaaaagtgccatttagactaactaggatgttaacatacgcaatggaagttagtggaattgaaggcagtttccgaattacttgtgaaaatgtcatgagagtcttaagagataataaagaatcattaatggcgatcttggaagcttttgcgcttgatcctttgatccattggggatttgatttaccgccacaaaaacttactgagcaaactggaattcctttgccgttgattaatcctagtgaattattaaggaagggggcaattactgtcgaagaagcggcaaatatggaagcagaacaacaaaatgagaccaaaaacgccagagcaatgcttgttttgagacgtattacagataaattaacgggcaatgatatcaagaggttcaatgaattagacgtccctgagcaggttgataaactgatccaacaagccacttctattgaaaggttatgtcaacattatattggatggtgcccattctggtga
[0305] SEQ ID No:9
[0306] Ubp8
[0307] 1 MSICPHIQQV FQNEKSKDGV LKTCNAARYI LNHSVPKEKF LNTMKCGTCH EINSGATFMC[0308] 61 LQCGFCGCWN HSHFLSHSKQ IGHIFGINSN NGLLFCFKCE DYIGNIDLIN DAILAKYWDD[0309] 121 VCTKTMVPSM ERRDGLSGLI NMGSTCFMSS ILQCLIHNPY FIRHSMSQIH SNNCKVRSPD[0310] 181 KCFSCALDKI VHELYGALNT KQASSSSTST NRQTGFIYLL TCAWKINQNL AGYSQQDAHE[0311] 241 FWQFIINQIH QSYVLDLPNA KEVSRANNKQ CECIVHTVFE GSLESSIVCP GCQNNSKTTI[0312] 301 DPFLDLSLDI KDKKKLYECL DSFHKKEQLK DFNYHCGECN STQDAIKQLG IHKLPSVLVL[0313] 361 QLKRFEHLLN GSNRKLDDFI EFPTYLNMKN YCSTKEKDKH SENGKVPDII YELIGIVSHK[0314] 421 GTVNEGHYIA FCKISGGQWF KFNDSMVSSI SQEEVLKEQA YLLFYTIRQV N[0315] SEQ ID No:10
[0316] Ubp8
[0317] >YMR223W Chr 13
[0318] atgagcatttgtccacatatacagcaagtatttcagaatgaaaagtctaaagatggggttctaaaaacgtgcaatgctgccaggtatatattaaatcattccgtacccaaggaaaaattcttaaacaccatgaaatgtggtacatgccacgaaataaactctggtgcaactttcatgtgtctacaatgtggattttgtggatgttggaaccattcgcattttctctctcacagtaaacagattggtcacatatttggtatcaactcaaataatggccttttattttgcttcaaatgtgaggactatatagggaatatcgatctgattaacgatgctatcctagcgaagtattgggacgacgtgtgcacaaagaccatggttcctagcatggaaagaagagatgggctttctggcctgatcaacatgggatccacttgtttcatgagtagtattctccaatgtctaatccataacccttactttattaggcactcaatgagtcaaattcattctaataattgtaaagtgcgttctccagataaatgtttttcatgtgcactcgataaaattgttcatgaactttatggagcgctgaatacaaagcaagcttcttcgtcatctacatctactaatcggcaaaccggattcatatatcttttaacttgtgcctggaaaatcaatcaaaatctagcagggtattcacaacaagatgctcatgaattttggcagtttataattaaccaaatccaccaaagctatgttcttgatttgccaaatgccaaggaagtcagcagagcaaataataagcagtgtgaatgcatagtgcatactgtgtttgagggctccttggaaagttctattgtgtgtccaggctgtcaaaataattcaaagacaaccattgatccattcttggatctttctctggatatcaaggataagaaaaaactttatgaatgtcttgacagtttccataaaaaagaacagttgaaggatttcaactatcattgtggggagtgtaacagcactcaagatgcaataaagcaactaggcatacacaaattaccatcggttttggttttgcaattgaaaagattcgaacacctacttaatggaagtaacagaaaactagacgattttattgaatttccaacttatttaaatatgaaaaattactgttcaacgaaggaaaaagataagcattctgaaaatggcaaggttccagacattatttacgaattaatcggtattgtttcccacaaggggacggttaatgagggacattatattgcattttgtaaaatttctggagggcaatggtttaaattcaatgattccatggtctcctctatatctcaagaagaggttttaaaggaacaggcatatttattattctacaccattcgtcaagtaaattga
[0319] SEQ ID No:11
[0320] Spt7
[0321] 1 MTERIPIKNY QRTNAKALLK LTEKLFNKNF FDLYLTSQQL VVLEYLLSIS SEEDKLKAWD[0322] 61 YFLKGNIALN VEKSFPLTQE EEHHGAVSPA VDTRSDDVSS QTIKDNNNTN TNTSISNENH[0323] 121 VENEIEDKGD NAIANEDNFV NNDESDNVEE DLFKLDLEDL KQQISGTRFI GNLSLKIRYV[0324] 181 LWQCAIDYIY CDRNEFGDEN DTEYTLLDVE EKEEEEIGKN EKPQNKEGIS KFAEDEDYDD[0325] 241 EDENYDEDST DVKNVDDPPK NLDSISSSNI EIDDERRLVL NISISKETLS KLKTNNVEEI[0326] 301 MGNWNKIYHS FEYDKETMIK RLKLEESDKM IEKGKKKRSR SDLEAATDEQ DRENTNDEPD[0327] 361 TNQKLPTPEG STFSDTGNKR PKQSNLDLTV NLGIENLSLK HLLSSIQQKK SQLGISDYEL[0328] 421 KHLIMDVRKN RSKWTSDERI GQEELYEACE KVVLELRNYT EHSTPFLNKV SKREAPNYHQ[0329] 481 IIKKSMDLNT VLKKLKSFQY DSKQEFVDDI MLIWKNCLTY NSDPSHFLRG HAIAMQKKSL[0330] 541 QLIRMIPNIT IRNRADLEKE IEDMEKDKDY ELDEEEEVAG SGRKGLNMGA HMLAKENGKV[0331] 601 SEKDSSKTVK DEAPTNDDKL TSVIPEGEKE KDKTASSTVT VHENVNKNEI KENGKNEEQD[0332] 661 MVEESSKTED SSKDADAAKK DTEDGLQDKT AENKEAGENN EEEEDDDDED EDEDMVDSQS[0333] 721 YLLEKDDDRD DLEISVWKTV TAKVRAEICL KRTEYFKNGK LNSDSEAFLK NPQRMKRFDQ[0334] 781 LFLEYKEQKA LESYRQKIEQ NSIMKNGFGT VLKQEDDDQL QFHNDHSLNG NEAFEKQPND[0335] 841 IELDDTRFLQ EYDISNAIPD IVYEGVNTKT LDKMEDASVD RMLQNGINKQ SRFLANKDLG[0336] 901 LTPKMNQNIT LIQQIRHICH KISLIRMLQS PLSAQNSRSN PNAFLNNHIY NYTIIDDSLD[0337] 961 IDPVSQLPTH DYKNNRELIW KFMHKNISKV AMANGFETAH PSAINMLTEI AGDYLSNLIK[0338] 1021 TLKLHHETNS LNRGTNVEML QTTLLENGIN RPDDLFSYVE SEFGKKTKKL QDIKQKLESF[0339] 1081 LRALLRPTLQ ELSERNFEDE SQSFFTGDFA SELTGEDFFG FRELGLEKEF GVLSSSVPLQ[0340] 1141 LLTTQFQTVD GETKVQAKKI QPEESDSIVY KKITKGMLDA GSFWNTLLPL LQKDYERSKA[0341] 1201 YIAKQSKSSA NDKTSMTSTE DNSFALLEED QFVSKKTATK ARLPPTGKIS TTYKKKPIAS[0342] 1261 AFILPEEDLE NDVKADPTTT VNAKVGAEND GDSSLFLRTP QPLDPLDMDD AFDDTNMGSN[0343] 1321 SSFSLSLPRL NQ
[0344] SEQ ID No:12
[0345] Spt7
[0346] >YBR081C Chr 2
[0347] atgactgaaagaataccaataaagaattatcaaagaacaaatgccaaagctttacttaaattgactgaaaaactttttaacaagaacttttttgatctctatttaacctctcagcaattggtcgttcttgaatacctgctgtcgatttcaagtgaagaagacaaactgaaagcatgggactatttcttaaagggaaacatagcattaaatgtcgaaaaatcatttccattaacccaagaagaagaacatcacggagcggtctctcctgccgttgacacacgatcagatgatgtatcatcacaaacaattaaggacaataacaatactaataccaacaccagtatcagcaatgaaaatcatgttgaaaatgaaattgaagataaaggcgataacgcaatagcaaatgaagataattttgtgaataatgacgaaagtgataatgttgaagaagacttattcaaattagatctagaggacttgaagcagcaaataagcggaacaaggtttattggaaacttatccttgaaaatcagatacgtcttgtggcagtgcgccatagattatatatactgtgatcgtaatgagtttggtgatgaaaatgatacagaatacaccctattagatgttgaagagaaggaggaagaggaaattggtaaaaatgagaagccacaaaacaaagaaggtatttcgaagttcgccgaggatgaagattacgacgatgaagacgagaactatgatgaagacagtacagacgtaaaaaatgtcgatgatcctccaaaaaatctcgattctatttcctcttctaatatcgaaattgacgatgaacgacgcttggtgctaaatatctcaatatcaaaagaaacactgtcaaagttaaaaacaaataatgtagaagaaattatgggaaattggaacaaaatttaccacagttttgaatacgataaagaaactatgataaagcgattaaaacttgaagaaagcgataaaatgatagagaaaggaaagaagaaacgaagtcgaagtgatttagaagcagctaccgatgaacaagatcgcgaaaatacaaatgatgagccagatactaatcaaaaattgcccactcctgaaggttcaacattcagcgatactgggaacaagcgccccaaacaaagtaatttagatttaacagtcaatctaggcatcgaaaatttatcattaaagcaccttctatcatctatccagcaaaaaaaatcccaattaggaatatcagattacgaattaaaacatctgattatggatgtcagaaaaaatcggtcaaaatggacatcggatgaaagaattgggcaagaggaattatacgaagcctgtgaaaaggttgttttggaacttagaaactacactgagcattctacaccatttctgaataaagtgagcaaaagagaagcccccaattatcatcaaatcatcaaaaagtccatggacctgaatactgttttaaaaaaactgaaaagctttcaatatgactccaaacaagaatttgtagacgatattatgctaatatggaaaaattgtttgacctataattcagatccttcacattttttgagagggcatgctattgctatgcagaagaaatctcttcagttgattcgcatgattccaaatatcacaatccgaaacagggctgatttagaaaaggaaattgaagatatggaaaaagacaaagactacgaattagatgaggaagaggaagttgctggttctggaagaaaaggattgaatatgggagctcatatgttggccaaagagaatggcaaggtgtcagaaaaagatagctctaaaaccgtcaaggatgaagcaccaaccaatgatgacaaactaacttctgtcatccctgagggggaaaaagagaaagataaaactgcttcatctactgtaacggtacacgaaaatgtaaataagaacgaaataaaagaaaatgggaaaaatgaagagcaagatatggttgaggaaagtagtaagactgaggattcatcaaaagatgctgatgctgccaaaaaggatacggaagacggactacaagataaaactgcagaaaataaggaggctggggaaaataatgaagaggaagaggatgatgatgacgaagatgaagacgaagacatggtcgactcccaatcttatttacttgaaaaggatgacgatagagacgatttggaaatatccgtgtggaaaactgtaactgccaaagttcgtgcggaaatttgcttaaaaagaactgaatattttaaaaatggaaaattaaatagtgattcagaggcgtttttgaaaaacccacaaagaatgaaaaggttcgaccagctttttcttgaatataaagagcagaaagctttagaatcatatcgtcaaaaaatagagcaaaattccattatgaaaaatggctttggaacagtactaaaacaggaagacgatgaccaattgcagtttcataatgatcactctttaaatggaaatgaagcttttgaaaagcaacccaatgatattgagttagatgataccagattcctacaggaatatgatattagtaacgccattcctgacatagtatacgagggagtaaatactaaaacattagacaagatggaagacgcttccgtggaccgcatgcttcaaaatggtatcaacaaacaaagcagatttctggctaacaaggatttaggactaacacctaaaatgaaccaaaatatcacactgattcagcaaattaggcacatatgccataaaatatccctgatcagaatgttacagagccctttatcggctcaaaactccagaagcaatcccaacgctttccttaacaaccacatttataattacactattattgatgactcactcgatattgatccggtgtcacagcttccaacgcatgattacaaaaacaacagggagctgatatggaaattcatgcataagaacatatctaaggttgctatggccaatgggtttgaaactgcccatccatcagcaataaacatgcttactgaaatcgccggggattacctatctaatctgataaagactttgaagcttcatcatgaaactaactccttaaatagaggaacaaatgtggaaatgctgcaaacaacactgttggaaaacggtatcaacaggccagacgatctattttcctatgttgaatctgaatttggtaaaaaaactaagaaacttcaggacatcaaacagaaactagaaagctttttgagagccttattaaggccaactttgcaggagttgtccgagagaaactttgaagacgagagccaaagcttttttacaggtgactttgccagcgaattgactggtgaagacttctttggttttagagagcttggattagaaaaggagtttggagttttgagttcatctgttccattacagttactgactactcagtttcaaactgttgacggggaaaccaaagtgcaggccaaaaagatccaaccggaagaatcagacagcattgtgtataagaaaattacaaaaggtatgctggatgctggttcattctggaatactctacttcccctattacaaaaagattatgaacgttccaaggcctatatagcaaagcaaagcaagtcatctgcaaatgataaaacctcaatgacttccacagaagacaattctttcgctttactagaagaggatcagtttgtctcaaagaaaaccgcaacgaaggcaagattacctcctactggtaagataagtaccacatacaaaaagaaaccgatcgcaagcgcgtttatacttccagaagaagacttggaaaacgacgtaaaagcggatccaacaacaactgtaaacgccaaagtgggtgcagaaaatgatggagattcttccttatttttgcgaacgcctcaacctttagatcctttggatatggatgatgcttttgatgataccaatatgggcagcaatagttcatttagcttgagccttcctcgccttaatcaataa
[0348] SEQ ID No:13
[0349] SPT8
[0350] 1 MDEVDDILIN NQVVDDEEDD EEMLSGLEND SKQDLEGNDD GGEDEEDDDD DDEDDDDDED[0351] 61 EREDDDEQED DDGEDDAARM DKTATPTNEH QHDEQKAAAA GAGGAGDSGD AVTKIGSEDV[0352] 121 KLSDVDGGVG SREASSSTHE ASANGEVYEY YKHMLNAAQI ADSYNIYPTA AIPIQTHVNA[0353] 181 LAVSRGLKYL FLGGSDGYIR KYDLLNTLEG KLSLTILQKH SLAESIQNAGILQSYWENEI[0354] 241 PQKKSEMKLS ANKTDYEPKV SPVHSLEVQS ECLFILSGLQ NGGITMQGVR YMEGSIAHYF[0355] 301 KGRNGHTQIV NILRLNGQED RFLSGSWDKR LLEWDLQTGD IVNEFKKSRS ELSSLEMRPL[0356] 361 YSSVDVSGNV NSGKENENAD DDMDSLFGDE DEDEKQDAGN EPVETGDGSN GEENKEQISE[0357] 421 ESLNIVYDES VFMTSGLNGS VHIWDRRMTQ SPALSLERGA GVPPWCLSAC WGVDGDHVYA[0358] 481 GRRNACVEQF DLKMPSKPIH NLKLPSISGP VSCVKAMPNN KHLLCASRDN IRLYNVEIAV[0359] 541 DASNSTTKSS KVPFLIVPGH HGGIISNLYL DPTSRFIIST SGNRGWQGNS TDTTLIYDID[0360] 601 LE
[0361] SEQ ID No:14
[0362] Spt8
[0363] >YLR055C Chr 12
[0364] atggacgaggttgacgatattctaattaacaaccaggtggtggatgacgaggaggatgacgaagagatgctgagtgggctggaaaacgactcaaagcaggacctcgaggggaatgatgacggtggtgaagatgaagaggatgacgatgatgatgatgaggacgatgatgatgacgaggacgaacgagaggacgacgatgaacaggaggacgacgatggtgaggacgacgccgcaagaatggataagactgctacaccgacgaatgagcaccagcatgatgagcaaaaggctgctgctgctggtgctggcggtgcaggcgatagtggcgatgctgttactaagattggatccgaggatgtgaaattgagcgatgttgatggaggagtggggtccagggaagcatcttcctctacacacgaagcctctgctaatggagaggtttatgagtactataagcacatgttgaatgccgcacagattgcggattcgtacaatatctaccccacggcagccatacccatccagacgcacgtcaatgcgttggccgtgtccaggggtctcaagtacctgtttttgggcggtagcgatggatacataaggaagtacgacttgctgaacacgcttgaggggaaactttctctaactatcctgcagaagcattcgttggctgagtctattcagaacgcgggtatcttgcagtcgtactgggaaaatgagatcccgcagaaaaaatcagaaatgaaactctccgctaataagacagattacgagcccaaagttagccccgttcattctttggaagtccaaagcgaatgcctctttatactgagcgggctacagaatggtgggattaccatgcagggcgttcgctacatggaggggagcattgcgcactattttaagggcaggaatggacatacccaaatcgttaacatactgagattaaacggtcaagaggacaggtttttgagtggttcctgggataagcgtcttttggaatgggatttgcagacgggtgacatagttaatgagtttaaaaaatcaaggtctgaattgtcatctttggaaatgcggccgctgtactcgtccgtggatgtgtccggtaacgtcaacagtggtaaagagaatgaaaatgcagatgacgatatggattctctgtttggtgatgaagacgaagacgaaaagcaagatgctggcaacgaacccgtcgagacgggggatggttctaatggtgaagagaacaaagaacagatatctgaagaatctttgaacatagtctatgatgaatccgtttttatgacctcagggttgaacggttccgtgcatatttgggaccgacgcatgacgcagtcgccagcattgtctctggagagaggtgcaggcgtcccaccgtggtgtttgtccgcatgttggggtgtagatggtgatcatgtgtatgcagggagaaggaatgcctgtgtggagcagtttgacttgaagatgccctcgaaacctatccataatttgaaactgccttctatttcagggcctgtctcttgtgttaaagccatgcctaataacaagcatttactatgtgcatcgcgggataatatcagattgtacaacgttgaaattgcagtagatgcttcgaattcgactacaaagagttctaaagtgccgttcctcatcgtgccgggccatcacggtggtattatatcaaacttatacctcgaccccacttcaagatttataataagcacaagtggcaacagaggctggcaggggaattctacggacacgacccttatttacgatatagacttagaatag
[0365] SEQID No:15
[0366] Snf1
[0367] 1 MSSNNNTNTA PANANSSHHH HHHHHHHHHH GHGGSNSTLN NPKSSLADGA HIGNYQIVKT[0368] 61 LGEGSFGKVK LAYHTTTGQK VALKIINKKV LAKSDMQGRI EREISYLRLL RHPHIIKLYD[0369] 121 VIKSKDEIIM VIEYAGNELF DYIVQRDKMS EQEARRFFQQ IISAVEYCHR HKIVHRDLKP[0370] 181 ENLLLDEHLN VKIADFGLSN IMTDGNFLKT SCGSPNYAAP EVISGKLYAG PEVDVWSCGV[0371] 241 ILYVMLCRRL PFDDESIPVL FKNISNGVYT LPKFLSPGAA GLIKRMLIVN PLNRISIHEI[0372] 301 MQDDWFKVDL PEYLLPPDLK PHPEEENENN DSKKDGSSPD NDEIDDNLVN ILSSTMGYEK[0373] 361 DEIYESLESS EDTPAFNEIR DAYMLIKENK SLIKDMKANK SVSDELDTFL SQSPPTFQQQ[0374] 421 SKSHQKSQVD HETAKQHARR MASAITQQRT YHQSPFMDQY KEEDSTVSIL PTSLPQIHRA[0375] 481 NMLAQGSPAA SKISPLVTKK SKTRWHFGIR SRSYPLDVMG EIYIALKNLG AEWAKPSEED[0376] 541 LWTIKLRWKY DIGNKTNTNE KIPDLMKMVI QLFQIETNNY LVDFKFDGWE SSYGDDTTVS[0377] 601 NISEDEMSTF SAYPFLHLTT KLIMELAVNS QSN
[0378] SEQID No:16
[0379] Snf1
[0380] YDR477W Chr 4
[0381] atgagcagtaacaacaacacaaacacagcacctgccaatgcaaattctagccaccaccaccaccatcaccaccatcaccaccaccatcacggtcatggcggaagcaactcgacgctaaacaatcccaagtcgtccttagcggatggtgcacatatcgggaactaccaaatcgtcaaaacgctgggagaggggtcctttggtaaagttaaattggcatatcataccactacgggccaaaaagttgctctaaaaatcattaataagaaggttttggcaaagagtgatatgcagggcagaattgaaagagaaatatcttatctgagactcttaagacacccccacatcatcaaactgtatgatgttatcaaatccaaagatgaaatcattatggttatagagtacgccgggaacgaattgtttgactatattgttcagagagacaaaatgagcgagcaagaggcaagaagatttttccagcagatcatcagtgccgtcgagtactgccataggcacaaaattgtccatagagatctgaagcctgaaaacttactactagatgagcatctgaatgtaaagattgccgattttggtttgtcaaacatcatgactgatggtaatttcttaaagacttcttgtggttctcccaattatgcggctcctgaagttatcagcggtaagctgtacgcaggcccagaagtggacgtgtggtcatgtggggttatcctttatgttatgctttgtcgtcgtctaccgtttgacgatgaaagcatcccagtgcttttcaagaatatcagcaacggtgtttacaccttgcctaaatttttatctcctggagctgctgggctaatcaaaagaatgttaatcgttaatccattgaacagaataagcattcatgaaattatgcaagacgattggttcaaagttgacctgccagaatatctacttccaccagatttgaaaccacacccagaagaagagaatgaaaataatgactcaaaaaaggatggcagcagcccagataacgatgaaattgatgacaaccttgtcaatattttatcatcgaccatgggttacgaaaaagacgagatttatgagtccttagaatcatcagaagacactcctgcattcaacgaaattagggacgcgtacatgttgattaaggagaataaatctttgatcaaggatatgaaggcaaacaaaagcgtcagtgatgaactggatacctttctgtcccagtcacctccaacttttcaacaacaaagcaaatcccatcaaaagagtcaagtagatcatgaaactgccaagcaacacgcaagaaggatggcaagtgctatcactcaacaaaggacatatcaccaatcacccttcatggatcagtataaagaagaagactctacagtttccattttgcctacatctttacctcagatccacagagctaatatgttagcacaaggttcgccagctgcctctaaaatatctcctcttgtaacgaaaaaatctaaaacgagatggcattttggtatacgatctcgctcatatccattagacgttatgggtgaaatttatattgccttgaagaatttgggtgccgaatgggccaagccatctgaagaggatttatggactatcaaattaaggtggaaatatgatattggaaacaagacaaacactaatgaaaaaatacctgatttaatgaaaatggtaattcaattatttcaaattgaaaccaataattatttggtggatttcaaatttgacggctgggaaagtagttatggagatgatactactgtttctaatatttctgaagatgaaatgagtactttttcagcctacccatttttacatttaacaacaaaactaattatggaattagccgttaacagtcaaagcaattga
[0382] SEQ ID No:17
[0383] ACS1
[0384] 1 MSPSAVQSSK LEEQSSEIDK LKAKMSQSAA TAQRKKEHEY EHLTSVKIVP QRPISDRLQP[0385] 61 AIATHYSPHL DGLQDYQRLH KESIEDPAKF FGSKATQFLN WSKPFDKVFI PDPKTGRPSF[0386] 121 QNNAWFLNGQ LNACYNCVDR HALKTPNKKA IIFEGDEPGQ GYSITYKELL EEVCQVAQVL[0387] 181 TYSMGVRKGD TVAVYMPMVP EAIITLLAIS RIGAIHSVVF AGFSSNSLRD RINDGDSKVV[0388] 241 ITTDESNRGG KVIETKRIVD DALRETPGVR HVLVYRKTNN PSVAFHAPRD LDWATEKKKY[0389] 301 KTYYPCTPVD SEDPLFLLYT SGSTGAPKGV QHSTAGYLLG ALLTMRYTFD THQEDVFFTA[0390] 361 GDIGWITGHT YVVYGPLLYG CATLVFEGTP AYPNYSRYWD IIDEHKVTQF YVAPTALRLL[0391] 421 KRAGDSYIEN HSLKSLRCLG SVGEPIAAEV WEWYSEKIGK NEIPIVDTYW QTESGSHLVT[0392] 481 PLAGGVTPMK PGSASFPFFG IDAVVLDPNT GEELNTSHAE GVLAVKAAWP SFARTIWKNH[0393] 541 DRYLDTYLNP YPGYYFTGDG AAKDKDGYIW ILGRVDDVVN VSGHRLSTAE IEAAIIEDPI[0394] 601 VAECAVVGFN DDLTGQAVAA FVVLKNKSSW STATDDELQD IKKHLVFTVR KDIGPFAAPK[0395] 661 LIILVDDLPK TRSGKIMRRI LRKILAGESD QLGDVSTLSN PGIVRHLIDS VKL[0396] SEQ ID No:18
[0397] Acs1
[0398] >YAL054C Chr 1
[0399] atgtcgccctctgccgtacaatcatcaaaactagaagaacagtcaagtgaaattgacaagttgaaagcaaaaatgtcccagtctgccgccactgcgcagcagaagaaggaacatgagtatgaacatttgacttcggtcaagatcgtgccacaacggcccatctcagatagactgcagcccgcaattgctacccactattctccacacttggacgggttgcaggactatcagcgcttgcacaaggagtctattgaagaccctgctaagttcttcggttctaaagctacccaatttttaaactggtctaagccattcgataaggtgttcatcccagaccctaaaacgggcaggccctccttccagaacaatgcatggttcctcaacggccaattaaacgcctgttacaactgtgttgacagacatgccttgaagactcctaacaagaaagccattattttcgaaggtgacgagcctggccaaggctattccattacctacaaggaactacttgaagaagtttgtcaagtggcacaagtgctgacttactctatgggcgttcgcaagggcgatactgttgccgtgtacatgcctatggtcccagaagcaatcataaccttgttggccatttcccgtatcggtgccattcactccgtagtctttgccgggttttcttccaactccttgagagatcgtatcaacgatggggactctaaagttgtcatcactacagatgaatccaacagaggtggtaaagtcattgagactaaaagaattgttgatgacgcgctaagagagaccccaggcgtgagacacgtcttggtttatagaaagaccaacaatccatctgttgctttccatgcccccagagatttggattgggcaacagaaaagaagaaatacaagacctactatccatgcacacccgttgattctgaggatccattattcttgttgtatacgtctggttctactggtgcccccaagggtgttcaacattctaccgcaggttacttgctgggagctttgttgaccatgcgctacacttttgacactcaccaagaagacgttttcttcacagctggagacattggctggattacaggccacacttatgtggtttatggtcccttactatatggttgtgccactttggtctttgaagggactcctgcgtacccaaattactcccgttattgggatattattgatgaacacaaagtcacccaattttatgttgcgccaactgctttgcgtttgttgaaaagagctggtgattcctacatcgaaaatcattccttaaaatctttgcgttgcttgggttcggtcggtgagccaattgctgctgaagtttgggagtggtactctgaaaaaataggtaaaaatgaaatccccattgtagacacctactggcaaacagaatctggttcgcatctggtcaccccgctggctggtggtgttacaccaatgaaaccgggttctgcctcattccccttcttcggtattgatgcagttgttcttgaccctaacactggtgaagaacttaacaccagccacgcagagggtgtccttgccgtcaaagctgcatggccatcatttgcaagaactatttggaaaaatcatgataggtatctagacacttatttgaacccttaccctggctactatttcactggtgatggtgctgcaaaggataaggatggttatatctggattttgggtcgtgtagacgatgtggtgaacgtctctggtcaccgtctgtctaccgctgaaattgaggctgctattatcgaagatccaattgtggccgagtgtgctgttgtcggattcaacgatgacttgactggtcaagcagttgctgcatttgtggtgttgaaaaacaaatctagttggtccaccgcaacagatgatgaattacaagatatcaagaagcatttggtctttactgttagaaaagacatcgggccatttgccgcaccaaaattgatcattttagtggatgacttgcccaagacaagatccggcaaaattatgagacgtattttaagaaaaatcctagcaggagaaagtgaccaactaggcgacgtttctacattgtcaaaccctggcattgttagacatctaattgattcggtcaagttgtaa[0400] SEQ ID No:19
[0401] Spt7-217
[0402] 1 MTERIPIKNY QRTNAKALLK LTEKLFNKNF FDLYLTSQQL VVLEYLLSIS SEEDKLKAWD[0403] 61 YFLKGNIALN VEKSFPLTQE EEHHGAVSPA VDTRSDDVSS QTIKDNNNTN TNTSISNENH[0404] 121 VENEIEDKGD NAIANEDNFV NNDESDNVEE DLFKLDLEDL KQQISGTRFI GNLSLKIRYV[0405] 181 LWQCAIDYIY CDRNEFGDEN DTEYTLLDVE EKEEEEIGKN EKPQNKEGIS KFAEDEDYDD[0406] 241 EDENYDEDST DVKNVDDPPK NLDSISSSNI EIDDERRLVL NISISKETLS KLKTNNVEEI[0407] 301 MGNWNKIYHS FEYDKETMIK RLKLEESDKM IEKGKKKRSR SDLEAATDEQ DRENTNDEPD[0408] 361 TNQKLPTPEG STFSDTGNKR PKQSNLDLTV NLGIENLSLK HLLSSIQQKK SQLGISDYEL[0409] 421 KHLIMDVRKN RSKWTSDERI GQEELYEACE KVVLELRNYT EHSTPFLNKV SKREAPNYHQ[0410] 481 IIKKSMDLNT VLKKLKSFQY DSKQEFVDDI MLIWKNCLTY NSDPSHFLRG HAIAMQKKSL[0411] 541 QLIRMIPNIT IRNRADLEKE IEDMEKDKDY ELDEEEEVAG SGRKGLNMGA HMLAKENGKV[0412] 601 SEKDSSKTVK DEAPTNDDKL TSVIPEGEKE KDKTASSTVT VHENVNKNEI KENGKNEEQD[0413] 661 MVEESSKTED SSKDADAAKK DTEDGLQDKT AENKEAGENN EEEEDDDDED EDEDMVDSQS[0414] 721 YLLEKDDDRD DLEISVWKTV TAKVRAEICL KRTEYFKNGK LNSDSEAFLK NPQRMKRFDQ[0415] 781 LFLEYKEQKA LESYRQKIEQ NSIMKNGFGT VLKQEDDDQL QFHNDHSLNG NEAFEKQPND[0416] 841 IELDDTRFLQ EYDISNAIPD IVYEGVNTKT LDKMEDASVD RMLQNGINKQ SRFLANKDLG[0417] 901 LTPKMNQNIT LIQQIRHICH KISLIRMLQS PLSAQNSRSN PNAFLNNHIY NYTIIDDSLD[0418] 961 IDPVSQLPTH DYKNNRELIW KFMHKNISKV AMANGFETAH PSAINMLTEI AGDYLSNLIK[0419] 1021 TLKLHHETNS LNRGTNVEML QTTLLENGIN RPDDLFSYVE SEFGKKTKKL QDIKQKLESF[0420] 1081 LRALLRPTLQ ELSERNFEDE SQSFFTGDFA SELTGEDFF
[0421] SEQ ID No:20
[0422] SPT7-217 DNA
[0423] atgactgaaagaataccaataaagaattatcaaagaacaaatgccaaagctttacttaaattgactgaaaaactttttaacaagaacttttttgatctctatttaacctctcagcaattggtcgttcttgaatacctgctgtcgatttcaagtgaagaagacaaactgaaagcatgggactatttcttaaagggaaacatagcattaaatgtcgaaaaatcatttccattaacccaagaagaagaacatcacggagcggtctctcctgccgttgacacacgatcagatgatgtatcatcacaaacaattaaggacaataacaatactaataccaacaccagtatcagcaatgaaaatcatgttgaaaatgaaattgaagataaaggcgataacgcaatagcaaatgaagataattttgtgaataatgacgaaagtgataatgttgaagaagacttattcaaattagatctagaggacttgaagcagcaaataagcggaacaaggtttattggaaacttatccttgaaaatcagatacgtcttgtggcagtgcgccatagattatatatactgtgatcgtaatgagtttggtgatgaaaatgatacagaatacaccctattagatgttgaagagaaggaggaagaggaaattggtaaaaatgagaagccacaaaacaaagaaggtatttcgaagttcgccgaggatgaagattacgacgatgaagacgagaactatgatgaagacagtacagacgtaaaaaatgtcgatgatcctccaaaaaatctcgattctatttcctcttctaatatcgaaattgacgatgaacgacgcttggtgctaaatatctcaatatcaaaagaaacactgtcaaagttaaaaacaaataatgtagaagaaattatgggaaattggaacaaaatttaccacagttttgaatacgataaagaaactatgataaagcgattaaaacttgaagaaagcgataaaatgatagagaaaggaaagaagaaacgaagtcgaagtgatttagaagcagctaccgatgaacaagatcgcgaaaatacaaatgatgagccagatactaatcaaaaattgcccactcctgaaggttcaacattcagcgatactgggaacaagcgccccaaacaaagtaatttagatttaacagtcaatctaggcatcgaaaatttatcattaaagcaccttctatcatctatccagcaaaaaaaatcccaattaggaatatcagattacgaattaaaacatctgattatggatgtcagaaaaaatcggtcaaaatggacatcggatgaaagaattgggcaagaggaattatacgaagcctgtgaaaaggttgttttggaacttagaaactacactgagcattctacaccatttctgaataaagtgagcaaaagagaagcccccaattatcatcaaatcatcaaaaagtccatggacctgaatactgttttaaaaaaactgaaaagctttcaatatgactccaaacaagaatttgtagacgatattatgctaatatggaaaaattgtttgacctataattcagatccttcacattttttgagagggcatgctattgctatgcagaagaaatctcttcagttgattcgcatgattccaaatatcacaatccgaaacagggctgatttagaaaaggaaattgaagatatggaaaaagacaaagactacgaattagatgaggaagaggaagttgctggttctggaagaaaaggattgaatatgggagctcatatgttggccaaagagaatggcaaggtgtcagaaaaagatagctctaaaaccgtcaaggatgaagcaccaaccaatgatgacaaactaacttctgtcatccctgagggggaaaaagagaaagataaaactgcttcatctactgtaacggtacacgaaaatgtaaataagaacgaaataaaagaaaatgggaaaaatgaagagcaagatatggttgaggaaagtagtaagactgaggattcatcaaaagatgctgatgctgccaaaaaggatacggaagacggactacaagataaaactgcagaaaataaggaggctggggaaaataatgaagaggaagaggatgatgatgacgaagatgaagacgaagacatggtcgactcccaatcttatttacttgaaaaggatgacgatagagacgatttggaaatatccgtgtggaaaactgtaactgccaaagttcgtgcggaaatttgcttaaaaagaactgaatattttaaaaatggaaaattaaatagtgattcagaggcgtttttgaaaaacccacaaagaatgaaaaggttcgaccagctttttcttgaatataaagagcagaaagctttagaatcatatcgtcaaaaaatagagcaaaattccattatgaaaaatggctttggaacagtactaaaacaggaagacgatgaccaattgcagtttcataatgatcactctttaaatggaaatgaagcttttgaaaagcaacccaatgatattgagttagatgataccagattcctacaggaatatgatattagtaacgccattcctgacatagtatacgagggagtaaatactaaaacattagacaagatggaagacgcttccgtggaccgcatgcttcaaaatggtatcaacaaacaaagcagatttctggctaacaaggatttaggactaacacctaaaatgaaccaaaatatcacactgattcagcaaattaggcacatatgccataaaatatccctgatcagaatgttacagagccctttatcggctcaaaactccagaagcaatcccaacgctttccttaacaaccacatttataattacactattattgatgactcactcgatattgatccggtgtcacagcttccaacgcatgattacaaaaacaacagggagctgatatggaaattcatgcataagaacatatctaaggttgctatggccaatgggtttgaaactgcccatccatcagcaataaacatgcttactgaaatcgccggggattacctatctaatctgataaagactttgaagcttcatcatgaaactaactccttaaatagaggaacaaatgtggaaatgctgcaaacaacactgttggaaaacggtatcaacaggccagacgatctattttcctatgttgaatctgaatttggtaaaaaaactaagaaacttcaggacatcaaacagaaactagaaagctttttgagagccttattaaggccaactttgcaggagttgtccgagagaaactttgaagacgagagccaaagcttttttacaggtgactttgccagcgaattgactggtgaagacttcttt
[0424] SEQ ID No:21
[0425] Spt3
[0426] 1 MMDKHKYRVE IQQMMFVSGE INDPPVETTS LIEDIVRGQV IEILLQSNKT AHLRGSRSIL[0427] 61 PEDVIFLIRH DKAKVNRLRT YLSWKDLRKN AKDQDASAGV ASGTGNPGAG GEDDLKKAGG[0428] 121 GEKDEKDGGN MMKVKKSQIK LPWELQFMFN EHPLENNDDN DDMDEDEREA NIVTLKRLKM[0429] 181 ADDRTRNMTK EEYVHWSDCR QASFTFRKNK RFKDWSGISQ LTEGKPHDDV IDILGFLTFE[0430] 241 IVCSLTETAL KIKQREQVLQ TQKDKSQQSS QDNTNFEFAS STLHRKKRLF DGPENVINPL[0431] 301 KPRHIEEAWR VLQTIDMRHR ALTNFKGGRL SSKPIIM
[0432] SEQ ID No:22
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