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一种三维数字体积图像变形测量方法

阅读:503发布:2020-05-27

专利汇可以提供一种三维数字体积图像变形测量方法专利检索,专利查询,专利分析的服务。并且本 发明 涉及一种三维数字体积图像 变形 测量方法,其包括步骤:(1)在变形前数字体积图像上选取离散 采样 点;(2)确定参考子体积及搜索区域尺寸;(3)基于三维快速 傅立叶变换 方法对参考子体积及搜索区域进行三维图像相关运算;(4)建立图像灰度三维求和表和图像 能量 三维求和表;(5)利用步骤(3)运算结果及三维求和表求解三维零均值归一化互相关系数矩阵;(6)运用基于梯度的三维亚 体素 位移 定位 算法 计算采样点的亚体素位移值;(7)根据步骤(3)~步骤(6)计算所有采样点处的准确位移值,得到整个变形后体积图像相对于变形前体积图像的三维位移场;(8)根据连续介质 力 学中拉格朗日应变张量理论计算数字体积图像的三维应变场。本发明能精确、高效地测量数字体积图像的三维变形。,下面是一种三维数字体积图像变形测量方法专利的具体信息内容。

1.一种三维数字体积图像变形测量方法,其包括如下步骤:
(1)将未发生变形的三维数字体积图像作为参考体积图像F(x,y,z),将发生变形的三维数字体积图像作为变形体积图像G(x,y,z);在参考体积图像F(x,y,z)上选定一系列离散采样点,设其中任意一个采样点的坐标为(α,β,γ);
(2)分别以所述步骤(1)中的采样点为中心,选定包含Lx×Ly×Lz个体素的长方体作为参考子体积f(x,y,z);在变形体积图像G(x,y,z)中,分别以采样点坐标(α,β,γ)为中心,各自选定包含Mx×My×Mz个体素的长方体作为搜索区域g(x,y,z),且Mx=My=Mz>Lx=Ly=Lz;
(3)对于每一个采样点(α,β,γ),分别对其对应的参考子体积f(x,y,z)和相应的搜索区域g(x,y,z)进行三维图像相关运算,其运算结果P为:
其中,*代表复共轭;FT3[·]和 分别表示三维快速傅立叶正变换和逆变换;
和 分别代表参考子体积f(x,y,z)图像灰度三维
矩阵和搜索区域g(x,y,z)体积图像灰度三维矩阵;
(4)根据每一个采样点(α,β,γ)所对应的搜索区域g(x,y,z)的图像灰度值,利用快速递推法分别建立变形后数字体积图像灰度三维求和表Sg及图像能量三维求和表(5)通过所述步骤(4)所建立的三维求和表Sg和 进行快速查表运算,并根据所述步骤(3)的相关运算结果,计算采样点(α,β,γ)所对应的参考子体积f(x,y,z)和相应的搜索区域g(x,y,z)之间的三维零均值归一化互相关系数矩阵[C(u,v,w)](α,β,γ);
(6)采用基于梯度的三维亚体素位移定位算法,在零均值归一化互相关系数矩阵的最大峰值所在位置附近进行亚体素插值运算,求得参考数字体积图像中采样点(α,β,γ)在相应变形后体积图像中的准确位置坐标(U,V,W),其中,U=u+Δu,V=v+Δv,W=w+Δw,(u,v,w)代表由所述三维零均值归一化相关系数矩阵[C(u,v,w)](α,β,γ)中最大元素所确定的整体素位移值,(Δu,Δv,Δw)是由基于梯度的三维亚体素位移定位算法计算所得的亚体素位移值;
(7)重复所述步骤(3)~步骤(6),计算所有参考体积图像中的采样点在变形后数字体积图像中的准确位置,进而得到整个变形后体积图像相对于参考体积图像的三维位移场;
(8)根据连续介质学中拉格朗日应变张量理论计算数字体积图像的三维应变场:
其中,1≤i,j,m≤3,U1=U,U2=V,U3=W。
2.如权利要求1所述的一种三维数字体积图像变形测量方法,其特征在于:所述步骤(2)中,在所述Lx×Ly×Lz个体素的长方体中,Lx=Ly=Lz,且它们取30~60之间的整数,单位为体素;在所述Mx×MY×Mz个体素的长方体中,Mx=Mv=Mz,且它们取35~100之间的整数,单位为体素,且Mx=My=Mz>Lx=Ly=Lz。
3.如权利要求1所述的一种三维数字体积图像变形测量方法,其特征在于:所述步骤(4)中,所述三维求和表Sg和 分别:
sg(x,y,z) = g(x,y,z)+sg(x,y-1,z)+sg(x-1,y,z)+sg(x-1,y-1,z-1)+sg(x,y,z-1)-sg(x,y-1,z-1)-sg(x-1,y,z-1)-sg(x-1,y-1,z),
其中,三维求和表Sg和 分别包含Mx×My×Mz个元素;g(x,y,z)代表搜索区内中心坐标为(x,y,z)的体素所对应的灰度值;而x,y,z取整数,且当x,y,z≤0时,
4.如权利要求2所述的一种三维数字体积图像变形测量方法,其特征在于:所述步骤(4)中,所述三维求和表Sg和 分别:
sg(x,y,z) = g(x,y,z)+sg(x,y-1,z)+sg(x-1,y,z)+sg(x-1,y-1,z-1)+sg(x,y,z-1)-sg(x,y-1,z-1)-sg(x-1,y,z-1)-sg(x-1,y-1,z)’
其中,三维求和表Sg和 分别包含Mx×My×Mz个元素;g(x,y,z)代表搜索区内中心坐标为(x,y,z)的体素所对应的灰度值;而x,y,z取整数,且当x,y,z≤0时,
5.如权利要求1或2或3或4所述的一种三维数字体积图像变形测量方法,其特征在于:所述步骤(5)中,所述三维零均值归一化互相关系数矩阵[C(u,v,w)(α,β,γ)为:
其中,

P(u,v,w)由 所述 步 骤(3)中 的三 维 快速 傅 立叶 变 换方 法 快速 求 解,即Q(u,v,w)和G(u,v,w)中的三重求和项通过所述步骤
(5)中的快速查表方式求解;F通过算术运算求解。

说明书全文

一种三维数字体积图像变形测量方法

技术领域

[0001] 本发明涉及一种测量方法,特别是关于一种用于定量分析三维数字体积图像变形测量方法。

背景技术

[0002] 现有的二维数字图像相关技术的基本原理在于对比变形前的数字图像(参考图)与变形后的图像(变形图),即将参考图与变形图进行对比。再通过做一系列的交叉相关运算,来获得变形后的图像相对于变形前图像的位移场和应变场。目前,传统二维数字图像相关方法已经成为一种经典的实验学技术在材料力学行为测试、微尺度变形测量、微电子机械系统(MEMS)结构动态表征以及生物组织力学性能评估等诸多领域都得到了广泛应用。在二维数字图像相关方法的基础上,Bay与其合作者于1999年提出了数字体积相关(Digital Volume Correlation,DVC)的概念(Bay B.K.,Smith T.S.,Fyhrie D.P.,and Saad M.,Digital volumecorrelation:Three-dimensional strain mapping using x-ray tomography,Experimental Mechanics,1999,39(3),217-226;贝尔,史密斯,费锐,塞得,数字体积图像相关:使用X射线断层摄影技术进行三维应变表征,实验力学,1999,39(3),217-226),并首先应用于疏松骨质三维X射线微结构的变形测量。数字体积相关方法的基本原理与数字图像相关方法类似,其核心思想在于把变形前体图像中特定的参考子体积(Reference Subvolume)与变形后体图像中相应搜索区域内所有可能的目标子体积(Target Subvolume)之间作三维图像互相关运算,通过相关函数的极值条件来确定参考体子体积在变形后体图像中最可能的位置,从而得到数字体积图像的三维位移场和应变场。
[0003] 近年来随着微CT(Micro-computed Tomography,μCT),核磁共振成像(Magnetic Resonance Imaging,MRI)等三维微结构形貌探测技术的发展,人们开始借助于数字体积相关方法定量分析多孔蜂窝材料(例如骨骼,木质材料,粘土质材料以及泡沫结构材料等)的三维变形。随着激光共聚焦显微方法(laser-scanning confocal microscopy,LSCM)的快速发展,人们开始探索用数字体积相关方法研究含有随机标记物且透光性较好软材料(例如含有随机分布蛋白纤维的胶原材料)的三维变形(Roeder B.A.,Kokini K.,Robinson J.P.,andVoytik-Harbin S.L.,Local,three-dimensional strain measurements withinlargely deformed extracellular matrix constructs,Journal of BiomechanicalEngineering,2004,126(6),699-708;饶德,考克尼,罗宾逊,瓦提克-哈斌,细胞外基质结构局部三维大变形应变测量,生物力学工程杂志,2004,126(6),699-708)。然而,与发展较为成熟的数字图像相关方法对比,数字体积相关方法在求解精度和计算效率方面还亟待发展完善,其应用领域仍需进一步拓展。
[0004] 目前,数字体积相关方法在应用过程中还只是主要考虑参考子体积与目标子体积之间的整体素(Voxel,也称立体像素)相关匹配运算,且通常在匹配过程中至多考虑子体积之间的刚体平移和旋转效应,数字体积相关方法的亚体素(Subvoxel)定位算法框架还没有系统建立起来,特别是基于激光共聚焦成像的三维图像亚体素定位算法研究还是空白。另一方面,由数字体积相关方法的基本原理可知,对于每一个选定的参考子体积,都需要与相应搜索区域内所有可能的目标子体积逐个进行三维体积相关运算,因此,不难发现其相关运算的计算量要比类似情况下数字图像相关方法的搜索计算量大得多。例如,当子体积尺寸为32×32×32体素,搜索区域为62×62×62体素时,参考子体积与目标子体积之间至少需要进行30×30×30=27000次三维体积相关运算,而每一次体积相关计算又需要至少进行三个三维求和运算。经粗略估计表明,此种情况下数字体积相关的计算量要比类似情况下(当子区尺寸为32×32像素,搜索区尺寸为62×62像素时)数字图像相关的计算量增加近似三个量级。以上传统数字体积相关方法在计算上的复杂性已经成为制约其进一步广泛应用的主要障碍,特别是在需要进行大样本统计分析的情况下,传统数字体积相关方法的计算效率根本不能满足要求。

发明内容

[0005] 针对上述问题,本发明的目的是提供一种计算效率较高、具有亚体素测量精度的三维数字体积图像变形测量方法。
[0006] 为实现上述目的,本发明采取以下技术方案:一种三维数字体积图像变形测量方法,其包括如下步骤:(1)将未发生变形的三维数字体积图像作为参考体积图像F(x,y,z),将发生变形的三维数字体积图像作为变形体积图像G(x,y,z);在参考体积图像F(x,y,z)上选定一系列离散采样点,设其中任意一个采样点的坐标为(α,β,A);(2)分别以所述步骤(1)中的采样点为中心,选定包含Lx×Ly×Lz个体素的长方体作为参考子体积f(x,y,z);在变形体积图像G(x,y,z)中,分别以采样点坐标(α,β,A)为中心,各自选定包含Mx×My×Mz个体素的长方体作为搜索区域g(x,y,z),且Mx=My=Mz>Lx=Ly=Lz;(3)对于每一个采样点(α,β,γ),分别对其对应的参考子体积f(x,y,z)和相应的搜索区域g(x,y,z)进行三维图像相关运算,其运算结果P为: 其中,*代表复共轭;FT3[·]和 分别表示三维快速傅立叶正变换和逆变换;
和 分别代表参考子体积f(x,y,z)图像灰度三维矩阵和搜索区域g(x,
y,z)体积图像灰度三维矩阵;(4)根据每一个采样点(α,β,γ)所对应的搜索区域g(x,y,z)的图像灰度值,利用快速递推法分别建立变形后数字体积图像灰度三维求和表Sg及图像能量三维求和表 (5)通过所述步骤(4)所建立的三维求和表Sg和 进行快速查表运算,并根据所述步骤(3)的相关运算结果,计算采样点(α,β,γ)所对应的参考子体积f(x,y,z)和相应的搜索区域g(x,y,z)之间的三维零均值归一化互相关系数矩阵[C(u,v,w)](α,β,γ);(6)采用基于梯度的三维亚体素位移定位算法,在零均值归一化互相关系数矩阵的最大峰值所在位置附近进行亚体素插值运算,求得参考数字体积图像中采样点(α,β,γ)在相应变形后体积图像中的准确位置坐标(U,V,W),其中,U=u+Δu,V=v+Δv,W=w+Δw,(u,v,w)代表由所述三维零均值归一化相关系数矩阵[C(u,v,w)](α,β,γ)中最大元素所确定的整体素位移值,(Δu,Δv,Δw)是由基于梯度的三维亚体素位移定位算法计算所得的亚体素位移值;(7)重复所述步骤(3)~步骤(6),计算所有参考体积图像中的采样点在变形后数字体积图像中的准确位置,进而得到整个变形后体积图像相对于参考体积图像的三维位移场;(8)根据连续介质力学中拉格朗日应变张量理论计算数字体积图像的三维应变场: 其中,1≤i,j,m≤3,U1=U,U2=V,U3=
W。
[0007] 所述步骤(2)中,在所述Lx×Ly×Lz个体素的长方体中,Lx=Ly=Lz,且它们取30~60之间的整数,单位为体素;在所述Mx×My×Mz个体素的长方体中,Mx=My=Mz,且它们取35~100之间的整数,单位为体素,且Mx=My=Mz>Lx=Ly=Lz。
[0008] 所述步骤(4)中,所述三维求和表Sg和 分别:
[0009] sg(x,y,z)=g(x,y,z)+sg(x,y-1,z)+sg(x-1,y,z)+sg(x-1,y-1,z-1)[0010] +sg(x,y,z-1)-sg(x,y-1,z-1)-sg(x-1,y,z-1)-sg(x-1,y-1,z)’[0011]
[0012]
[0013] 其中,三维求和表Sg和 分别包含Mx×My×Mz个元素;g(x,y,z)代表搜索区内中心坐标为(x,y,z)的体素所对应的灰度值;而x,y,z取整数,且当x,y,z≤0时,[0014] 所述步骤(5)中,所述三维零均值归一化互相关系数矩阵[C(u,v,w)](α,β,γ)为:
[0015]
[0016] 其中,
[0017]
[0018]
[0019]
[0020] 且
[0021] P(u,v,w)由所述步骤(3)中的三维快速傅立叶变换方法快速求解,即Q(u,v,w)和G(u,v,w)中的三重求和项通过所述步骤(5)中的快速查表方式求解;F通过算术运算求解。
[0022] 本发明由于采取以上技术方案,其具有以下优点:1、本发明由于采用三维快速傅立叶变换方法对参考子体积和与之相应的搜索区域进行快速交叉相关运算,并采用快速递推方式建立三维图像灰度求和表和三维图像能量求和表,然后运用查表方式快速计算三重求和表达式,因此实现了对三维零均值归一化互相关系数的高效求解,进而快速获得采样点的整体素位移结果。2、本发明由于采用了快速查表方式计算三维零均值归一化互相关系数中的三重求和表达式,并引入三维快速傅立叶变换技术进行相关运算,因此可以有效地降低采样点位移计算的复杂性,特别是在进行大规模体积相关运算或是对计算时间有苛刻要求的情况下,并显著提高了数字体积图像相关运算的求解效率。3、本发明由于采用基于空间梯度的三维亚体素定位算法进行数字体积图像的亚体素位移求解,可使位移场求解精度达亚体素量级,并且此种亚体素定位算法不需要进行纷繁复杂的迭代计算,因此计算效率较高。本发明可以广泛应用于三维数字体积图像的变形测量分析。附图说明
[0023] 图1是本发明的整体流程示意图;
[0024] 图2是本发明的数字体积图像相关原理示意图;
[0025] 图3是本发明的实施例一中经历竖向单周压缩的变形前后三维数字体积图像效果示意图;
[0026] 图4a~图4c是本发明的实施例一中计算得到的全场三维位移场效果示意图;
[0027] 图5a~图5b是本发明的实施例一中用激光共聚焦显微镜拍摄与用本发明测量琼脂糖-荧光数字体积图像的三维变形效果对比示意图,其中单位为体素,其中图5a是用激光共聚焦显微镜拍摄得到的三维琼脂糖-荧光基底数字体积变形图像,图5b是通过本发明的三维数字体积图像变形测量方法计算得到的位移场。

具体实施方式

[0028] 下面结合附图和实施例对本发明进行详细的描述。
[0029] 如图1、图2所示,本发明的三维数字体积图像变形测量方法是基于数字体积图像三维变形搜索计算的内在特点,通过引入三维快速傅立叶变换方法,并结合三维求和表方法,其步骤如下:
[0030] 1)将未发生变形的三维数字体积图像作为参考体积图像F(x,y,z),将发生变形的三维数字体积图像作为变形体积图像G(x,y,z);在参考体积图像F(x,y,z)中按一定规则选定一系列离散采样点(例如通过划分立体网格的方法选定网格交点处为采样点),设其中任意一个采样点用坐标(α,β,γ)表示;
[0031] 2)分别以步骤1)中的一系列采样点为中心,选定包含Lx×Ly×Lz个体素的长方体作为参考子体积f(x,y,z),其中通常设Lx=Ly=Lz,且它们一般取30~60之间的整数,其单位为体素;同样,在变形后的数字体积图像(也称变形体积图像)G(x,y,z)中,分别以这些在参考体积图像中已预先选取的采样点坐标(α,β,γ)为中心,各自选定包含Mx×My×Mz个体素的长方体作为搜索区域g(x,y,z),其中通常设Mx=My=Mz,且它们一般取35~100之间的整数,其单位为体素,且Mx=My=Mz>Lx=Ly=Lz(如图2所示);
[0032] 3)对于每一个采样点(α,β,γ),分别对其对应的参考子体积f(x,y,z)和相应的搜索区域g(x,y,z)进行三维图像相关运算,其运算结果P为:
[0033]
[0034] 其中,*代表复共轭;FT3[·]和 分别表示三维快速傅立叶正变换和逆变换;和 分别代表参考子体积f(x,y,z)图像灰度三维
矩阵和搜索区域g(x,y,z)体积图像灰度三维矩阵;
[0035] 本发明运用上述三维快速傅立叶变换方法对参考子体积f(x,y,z)和搜索区域g(x,y,z)进行的三维图像相关运算,该三维快速傅立叶变换方法能将现有技术中的计算复杂性从0[(Lx×Ly×Lz)×(Mx-Lx+1)×(My-Ly+1)×(Mz-Lz+1)]降低至O[(Mx×My×Mz)×log2(Mx×My×Mz)];
[0036] 4)根据每一个采样点(α,β,γ)所对应的搜索区域g(x,y,z)的图像灰度值,利用快速递推法分别建立变形后数字体积图像灰度三维求和表Sg及图像能量三维求和表即:
[0037] sg(x,y,z)=g(x,y,z)+sg(x,y-1,z)+sg(x-1,y,z)+sg(x-1,y-1,z-1)[0038] (2)[0039] +sg(x,y,z-1)-sg(x,y-1,z-1)-sg(x-1,y,z-1)-sg(x-1,y-1,z),[0040]
[0041] (3)
[0042]
[0043] 式中,三维求和表Sg和 分别包含Mx×My×Mz个元素;g(x,y,z)这里代表搜索区内中心坐标为(x,y,z)的体素所对应的灰度值;x,y,z取整数,且当x,y,z≤0时,[0044] 5)通过步骤4)所建立的三维求和表Sg和 进行快速查表运算,可以快速求得如下的三重求和表达式,即:
[0045]
[0046]
[0047]
[0048]
[0049]
[0050]
[0051] 据此,并根据步骤3)的相关运算结果,计算上述采样点(α,β,γ)所对应的参考子体积f(x,y,z)和相应的搜索区域g(x,y,z)之间的三维零均值归一化互相关系数矩阵[C(u,v,w)](α,β,γ);此矩阵最大峰值所在位置即为当前采样点(α,β,γ)所具有的整体素位移;
[0052] 6)采用基于梯度的三维亚体素位移定位算法,在上述零均值归一化互相关系数矩阵的最大峰值所在位置附近进行亚体素插值运算,求得参考数字体积图像中采样点(α,β,γ)在相应变形后体积图像中的准确位置坐标(U,V,W);其中,U=u+Δu,V=v+Δv,W=w+Δw,而(u,v,w)代表由三维零均值归一化相关系数矩阵[C(u,v,w)](αβγ)中最大元素所确定的整体素位移值,(Δu,Δv,Δw)是由基于梯度的三维亚体素位移定位算法计算所得的亚体素位移值,可以通过下面的解析公式直接进行计算:
[0053]
[0054] 式中,gx、gv和gz可以分别由数字体积图像相邻体素灰度加权计算求的,即:
[0055]
[0056] 7)重复步骤3)~步骤6),计算所有参考体积图像中的采样点在变形后数字体积图像中的准确位置,进而得到整个变形后体积图像相对于参考体积图像的三维位移场;
[0057] 8)根据连续介质力学中拉格朗日应变张量理论计算数字体积图像的三维应变场:
[0058]
[0059] 其中,1≤i,j,m≤3,U1=U,U2=V,U3=W。
[0060] 上述步骤5)中,三维零均值归一化互相关系数矩阵[C(u,v,w)](α,β,γ)通过以下步骤得到:
[0061] ①采样点(α,β,γ)所对应的参考子体积f(x,y,z)和相应的搜索区域g(x,y,z)之间的三维零均值归一化互相关系数矩阵基本表达式为:
[0062]
[0063] 其 中 :
[0064] 令
[0065]
[0066]
[0067]
[0068] 则公式(9)可以简化为:
[0069]
[0070] ②步骤①中的表达式P(u,v,w)可以直接由步骤3)中的三维快速傅立叶变换方法快速求解,即 表达式Q(u,v,w)和G(u,v,w)中的三重求和项可以通过步骤5)中所述的快速查表方式求解;此外,上述表达式F可直接算术运算求解,由于对于任一个采样点(α,β,γ)来说,表达式F只需计算一次,因此其计算时间代价可以近似忽略不计。
[0071] 下面通过具体实施例对本发明的测量方法进行进一步的描述。
[0072] 实施例一:如图3所示,假设人为事先预加的竖向单周均匀压缩应变分别为2.0%、5.0%和7.0%。如图4a~图4c、图5a和图5b所示,为经本发明的三维数字体积图像变形测量方法计算得到的全场三维位移场,及用激光共聚焦显微镜拍摄得到的三维琼脂糖-荧光基底数字体积变形图像和用本发明的三维数字体积图像变形测量方法计算得到的位移场。人为预加应变与实际计算得到应变之间的误差如表1所示。
[0073] 表1人为预加应变场与本发明的三维数字体积图像变形测量方法
[0074] 计算得到应变场之间的平均误差及标准差
[0075]
[0076] 采用三维求和表方法后,得到三维零均值归一化互相关系数中的三重求和运算的加速比(也即计算效率之比)如表2所示。
[0077] 表2采用求和表后三重求和运算的加速比
[0078]
[0079] 由此可以看到,本发明的三维数字体积图像变形测量方法能够高效地进行数字体积图像相关运算,较精确地获取数字体积图像的三维变形场,主要包括三维位移场和三维应变场。
[0080] 上述各实施例仅用于说明本发明,本发明的保护范围不限于此,在本发明技术方法的基础上,凡根据本发明原理对个别步骤进行的改进和等同变换,均不应排除在本发明的保护范围之外。
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