1.一种获得差异基因序列对象的方法，所述方法包括：
提供对遗传数据库的访问，所述遗传数据库存储(a)表示第一组织的第一基因序列串和(b)表示第二组织的第二基因序列串，其中所述第一和第二序列串具有多个相应的子串；
提供对与所述遗传数据库连接的序列分析引擎的访问；
通过利用多个相应的子串中的至少一个的已知位置递增地同步所述第一和第二序列串，利用所述序列分析引擎产生局部比对；
通过所述序列分析引擎，利用所述局部比对生成所述局部比对中的所述第一与第二序列串之间的局部差异串；和
通过所述序列分析引擎，利用所述局部差异串更新差异序列数据库中的差异基因序列对象。
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一和第二基因序列串分别表示所述第一和第二组织至少10％的基因组、转录组或蛋白质组。
3.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一和第二基因序列串分别表示所述第一和第二组织至少50％的基因组、转录组或蛋白质组。
4.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一和第二基因序列串分别表示所述第一和第二组织的基本上整个基因组、转录组或蛋白质组。
5.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一和第二组织源自相同的生物实体，所述生物实体选自由患者、健康个体、细胞系、干细胞、实验动物模型、重组细菌细胞和病毒组成的群组。
6.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一组织是健康组织并且其中所述第二组织是患病组织。
7.根据权利要求6所述的方法，其中所述患病组织包括肿瘤组织。
8.根据权利要求1所述的方法，其中所述相应的子串包括纯合等位基因。
9.根据权利要求1所述的方法，其中所述相应的子串包括杂合等位基因。
10.根据权利要求1所述的方法，其中所述同步步骤包括基于第一串中的先验已知位置比对多个子串中的至少一个。
11.根据权利要求1所述的方法，其中所述同步步骤包括基于已知的参考串比对多个子串中的至少一个，所述已知的参考串包括所述多个子串中至少一个的已知位置。
12.根据权利要求11所述的方法，其中所述已知的参考串是共有序列。
13.根据权利要求1所述的方法，其中同步步骤包括比对在窗口中的多个子串中的至少一个，所述窗口的长度小于所述多个子串中的至少一个的长度。
14.根据权利要求1所述的方法，进一步包括通过所述第一序列串的全长迭代地递增地同步所述第一和第二序列串。
15.根据权利要求1所述的方法，其中所述差异基因序列对象表示至少一条染色体的多个局部差异串。
16.根据权利要求1所述的方法，其中所述差异基因序列对象表示所述第一组织的基本上整个基因组的多个局部差异串。
17.根据权利要求1所述的方法，其中所述差异基因序列对象包括含有描述所述差异基因序列对象的元数据的属性。
18.根据权利要求17所述的方法，其中所述属性包括所述第一和第二组织中至少一个的状态。
19.根据权利要求18所述的方法，其中所述状态包括所述第一和第二组织中至少一个的生理状态。
20.根据权利要求19所述的方法，其中所述生理状态包括选自由肿瘤生长、凋亡、分化状态、组织年龄和治疗响应性组成的群组的状态。
21.根据权利要求18所述的方法，其中所述状态包括遗传状况。
22.根据权利要求21所述的方法，其中所述遗传状况包括选自由至少一种倍性、基因拷贝数、重复拷贝数、倒位、缺失、病毒基因插入、体细胞突变、种系突变、结构重排、易位和杂合性丢失组成的群组的状况。
23.根据权利要求17所述的方法，其中所述状态包括与组织中的信号传导途径相关的途径模型信息。
24.根据权利要求23所述的方法，其中所述信号传导途径选自由生长因子信号传导途径、转录因子信号传导途径、凋亡途径、细胞周期途径和激素响应途径组成的群组。
25.根据权利要求1所述的方法，其中基因序列对象包括文件。
26.根据权利要求25所述的方法，其中所述文件符合标准化格式。
27.根据权利要求26所述的方法，其中所述文件符合SAM/BAM格式。
28.一种提供健康护理服务的方法，包括：
提供对分析引擎的访问，所述分析引擎信息地连接到医疗记录存储设备，其中所述存储设备存储患者的差异基因序列对象；
利用所述患者的所述差异基因序列对象中存在的局部差异串或多个局部差异串的丛，通过所述分析引擎产生特定患者的数据集；和
基于所述特定患者的数据集，通过所述分析引擎产生特定患者的指示。
29.根据权利要求28所述的方法，其中所述医疗记录存储设备被配置为智能卡并由所述患者携带。
30.根据权利要求28所述的方法，其中所述医疗记录存储设备被健康护理人员远程访问。
31.根据权利要求28所述的方法，其中所述患者的所述差异基因序列对象包括至少两条染色体的多个局部差异串。
32.根据权利要求28所述的方法，其中所述患者的所述差异基因序列对象包括所述患者的基本上整个基因组的多个局部差异串。
33.根据权利要求28所述的方法，其中所述患者的所述差异基因序列对象包括表示至少两个组织类型或相同组织的至少两个时间间隔结果的多个局部差异串。
34.根据权利要求33所述的方法，其中所述相同组织的至少两个时间间隔结果得自治疗开始之前和之后。
35.根据权利要求28所述的方法，其中所述特定患者的指示选自由诊断、预后、治疗结果预期、治疗策略建议和处方组成的群组。
36.一种分析群体的方法，包括：
在群体的医疗记录数据库中获得和存储多个差异基因序列对象，其中所述记录数据库信息地连接到分析引擎；
通过所述分析引擎鉴定所述多个差异基因序列对象中的多个局部差异串的丛，以产生丛记录；和
通过所述分析引擎利用所述丛记录，生成群体分析记录。
37.根据权利要求36所述的方法，其中所述群体包括多个血亲。
38.根据权利要求36所述的方法，其中所述群体包括特征在于共享至少一个共同特征的多个成员，所述共同特征选自由暴露于病原、暴露于毒性剂、健康史、治疗史、治疗成功、性别、物种和年龄组成的群组。
39.根据权利要求36所述的方法，其中所述群体包括特征在于共享至少一个共同特征的多个成员，所述共同特征选自由地理位置、种族和职业组成的群组。
40.根据权利要求36所述的方法，其中所述群体分析记录包括父子关系或母子关系确认。
41.根据权利要求36所述的方法，进一步包括将个体患者的丛记录与所述群体分析记录进行比较的步骤。
42.根据权利要求41所述的方法，其中将所述个体患者的所述丛记录与所述群体分析记录进行比较的所述步骤生成特定患者的记录。
43.根据权利要求42所述的方法，其中所述特定患者的记录包括危险评估或鉴定所述患者属于指定群体。
44.根据权利要求42所述的方法，其中所述特定患者的记录包括诊断、预后、治疗结果预期、治疗策略建议和处方。
45.一种分析个人的差异基因序列对象的方法，包括：
在信息地连接到分析引擎的医疗记录数据库中存储参考差异基因序列对象；
通过所述分析引擎计算所述个人的所述差异基因序列对象中的多个局部差异串与所述参考差异基因序列对象中的多个局部差异串之间的偏差以产生偏差记录；
通过所述分析引擎，利用所述偏差记录生成特定个人的偏差概况。
46.根据权利要求45所述的方法，其中根据所述个人的多个局部差异串，计算所述参考差异基因序列对象。
47.根据权利要求45所述的方法，其中根据所述个人的多个局部差异串，计算所述参考差异基因序列对象。
48.根据权利要求1、权利要求28、权利要求36或权利要求45所述的方法，其中所述患者或个人选自由诊断患有状况的患者或个人组成的群组，所述状况选自由疾病和病症组成的群组。
49.根据权利要求48所述的方法，其中所述状况选自由获得性免疫缺陷综合征
(AIDS)、阿狄森病、成人呼吸窘迫综合征、过敏症、强直性脊柱炎、淀粉样变性病、贫血、哮喘、动脉粥样硬化、自身免疫性溶血性贫血、自身免疫性甲状腺炎、良性前列腺增生症、支气管炎、薛迪克-东氏症候群、胆囊炎、克罗恩病、特应性皮炎、皮肌炎、糖尿病、气肿、胎儿红细胞增多症、结节性红斑、萎缩性胃炎、肾小球性肾炎、古德帕斯彻综合征、痛风、慢性肉芽肿性疾病、格雷夫斯病、桥本甲状腺炎、嗜伊红细胞增多症、肠易激综合征、多发性硬化症、重症肌无力、心肌或心包炎症、骨关节炎、骨质疏松、胰腺炎、多囊卵巢综合征、多发性肌炎、银屑病、莱特尔综合征、类风湿性关节炎、硬皮病、重度联合免疫缺陷病(SCID)、斯耶格伦综合征、全身过敏、全身性红斑狼疮、系统性硬化症、血小板减少性紫癜、溃疡性结肠炎、葡萄膜炎、维尔纳综合征、癌症并发症、血液透析和体外循环、病毒、细菌、真菌、寄生虫、原生动物和蠕虫感染；和腺癌、白血病、淋巴瘤、黑素瘤、骨髓瘤、肉瘤、畸胎癌，和具体地，肾上腺癌、膀胱癌、骨癌、骨髓癌、脑癌、乳腺癌、子宫颈癌、胆囊癌、神经节癌、胃肠道癌、心脏癌、肾癌、肝癌、肺癌、肌癌、卵巢癌、胰腺癌、甲状旁腺癌、阴茎癌、前列腺癌、唾液腺癌、皮肤癌、脾癌、睾丸癌、胸腺癌、甲状腺癌和子宫癌、静坐不能、阿尔茨海默症、健忘症、肌萎缩性侧索硬化(ALS)、共济失调、双极性疾病、紧张症、大脑性麻痹、脑血管疾病、克-雅二氏病、痴呆、抑郁、唐氏综合征、迟发性运动障碍、张力障碍、癫痫、亨廷顿病、多发性硬化症、肌肉萎缩症、神经痛、神经纤维瘤、神经病、帕金森病、皮克病、色素性视网膜炎、精神分裂症、季节性情绪疾病、老年痴呆、中风、图雷特综合征和癌症，所述癌症包括腺癌、黑素瘤和畸胎癌，特别是脑癌组成的群组。
50.根据权利要求48所述的方法，其中所述状况选自由癌症，如腺癌、白血病、淋巴瘤、黑素瘤、骨髓瘤、肉瘤、畸胎癌，和具体地，肾上腺癌、膀胱癌、骨癌、骨髓癌、脑癌、乳腺癌、子宫颈癌、胆囊癌、神经节癌、胃肠道癌、心脏癌、肾癌、肝癌、肺癌、肌癌、卵巢癌、胰腺癌、甲状芳腺癌、阴茎癌、前列腺癌、唾液腺癌、皮肤癌、脾癌、睾丸癌、胸腺癌、甲状腺癌和子宫癌；免疫疾病，如获得性免疫缺陷综合征(AIDS)、阿狄森病、成人呼吸窘迫综合征、过敏症、强直性脊柱炎、淀粉样变性病、贫血、哮喘、动脉粥样硬化、自身免疫性溶血性贫血、自身免疫性甲状腺炎、支气管炎、胆囊炎、接触性皮炎、克罗恩病、特应性皮炎、皮肌炎、糖尿病、气肿、淋巴细胞毒素的发作性淋巴细胞减少症、胎儿红细胞增多症、结节性红斑、萎缩性胃炎、肾小球性肾炎、古德帕斯彻综合征、痛风、格雷夫斯病、桥本甲状腺炎、嗜伊红细胞增多症、肠易激综合征、多发性硬化症、重症肌无力、心肌或心包炎症、骨关节炎、骨质疏松、胰腺炎、多发性肌炎、银屑病、莱特尔综合征、类风湿性关节炎、硬皮病、斯耶格伦综合征、全身过敏、全身性红斑狼疮、系统性硬化症、血小板减少性紫癜、溃疡性结肠炎、葡萄膜炎、维尔纳综合征、癌症并发症、血液透析、和体外循环、病毒、细菌、真菌、寄生虫、原生动物、和蠕虫感染、创伤、布鲁顿X-连锁无丙种球蛋白血症、常见变异型免疫缺陷(CVI)、迪乔治综合征(胸腺发育不全)、胸腺发育不良、隔离IgA缺乏症、重度联合免疫缺陷病(SCID)、血小板减少症和湿疹的免疫缺陷(威-奥氏综合征)、薛迪克-东氏症候群、慢性肉芽肿性疾病、遗传性血管神经性水肿和与库兴病相关的免疫缺陷；和发育疾病，如肾小管酸中毒、贫血、库兴综合征、软骨发育不全性侏儒、杜兴和贝克尔肌肉萎缩症、癫痫、性腺发育不全、WAGR综合征(威尔姆斯瘤、无虹膜、泌尿生殖系统异常和精神发育迟滞)、史密斯-马盖尼斯综合征、骨髓增生异常综合征、遗传性粘膜上皮异常增生、遗传性皮肤角化病、遗传性神经病如夏-马-图病和神经纤维瘤、甲状腺功能减退症、脑积水、癫痫病如西德纳姆舞蹈病(Syndenham)和大脑性麻痹、脊柱裂、无脑畸形、颅脊柱裂、先天性青光眼、白内障、感觉神经性听力损失以及与细胞生长和分化、胚胎发生和形态发生相关的任何疾病，所述疾病涉及对象的任何组织、器官或系统，例如，脑、肾上腺、肾、骨骼或生殖系统组成的群组。
51.权利要求48所述的方法，其中所述状况选自由内分泌疾病，如与垂体功能减退症相关的疾病，包括性腺功能减退、席汉综合征、尿崩症、卡尔曼病、汉-许-克三氏病、累-赛二氏病、结节病、空蝶鞍综合征和侏儒症；垂体功能亢进，包括肢端肥大症、巨人症和抗利尿激素(ADH)分泌异常综合征(SIADH)；和与甲状腺功能减退相关的疾病，包括甲状腺肿、粘液性水肿、与细菌感染相关的急性甲状腺炎、与病毒感染相关的亚急性甲状腺炎、自身免疫性甲状腺炎(桥本病)和呆小症；与甲状腺功能亢进相关的疾病，包括甲状腺毒症及其各种形式、格雷夫斯病、胫骨前粘液性水肿、毒性多结节性甲状腺肿、甲状腺癌和普鲁病；和与甲状旁腺功能亢进相关的疾病，包括康恩病(慢性高血钙)；呼吸系统疾病，如过敏、哮喘、急性和慢性炎性肺病、ARDS、气肿、肺充血和水肿、COPD、间质性肺病和肺癌；癌症，如腺癌、白血病、淋巴瘤、黑素瘤、骨髓瘤、肉瘤、畸胎癌，和具体地，肾上腺癌、膀胱癌、骨癌、骨髓癌、脑癌、乳腺癌、子宫颈癌、胆囊癌、神经节癌、胃肠道癌、心脏癌、肾癌、肝癌、肺癌、肌癌、卵巢癌、胰腺癌、甲状旁腺癌、阴茎癌、前列腺癌、唾液腺癌、皮肤癌、脾癌、睾丸癌、胸腺癌、甲状腺癌和子宫癌；和免疫学疾病，如获得性免疫缺陷综合征(AIDS)、阿狄森病、成人呼吸窘迫综合征、过敏症、强直性脊柱炎、淀粉样变性病、贫血、哮喘、动脉粥样硬化、自身免疫性溶血性贫血、自身免疫性甲状腺炎、支气管炎、胆囊炎、接触性皮炎、克罗恩病、特应性皮炎、皮肌炎、糖尿病、气肿、淋巴细胞毒素的发作性淋巴细胞减少症、胎儿红细胞增多症、结节性红斑、萎缩性胃炎、肾小球性肾炎、古德帕斯彻综合征、痛风、格雷夫斯病、桥本甲状腺炎、嗜伊红细胞增多症、肠易激综合征、多发性硬化症、重症肌无力、心肌或心包炎症、骨关节炎、骨质疏松、胰腺炎、多发性肌炎、银屑病、莱特尔综合征、类风湿性关节炎、硬皮病、斯耶格伦综合征、全身过敏、全身性红斑狼疮、系统性硬化症、血小板减少性紫癜、溃疡性结肠炎、葡萄膜炎、维尔纳综合征、癌症并发症、血液透析、和体外循环、病毒、细菌、真菌、寄生虫、原生动物、和蠕虫感染和创伤组成的群组。