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一种基于螺旋扫描轨道的光学投影断层成像方法

阅读:543发布:2024-02-22

专利汇可以提供一种基于螺旋扫描轨道的光学投影断层成像方法专利检索,专利查询,专利分析的服务。并且本 发明 公开了一种基于螺旋扫描轨道的光学投影 断层 成像(Optical Projection Tomography,OPT)方法,专 门 针对光学投影断层成像系统在螺旋扫描方式下获得的投影数据,通过数据重排将螺旋投影数据转化为一系列圆轨道扫描的正弦投影图,然后通过重建得到样本三维断层结构。本发明 实施例 可以有效的扩展光学投影断层成像的 视野 ,特别是针对细长物体的成像视野。,下面是一种基于螺旋扫描轨道的光学投影断层成像方法专利的具体信息内容。

1.一种基于螺旋扫描轨道的光学投影断层成像方法,其特征在于,包括:
针对螺旋轨道扫描得到的一系列投影图,利用投影图的轴向位置和投影度,按照以下公式计算三维重建体的成像视野
Foux=Fouy=N×ds
其中Foux和Fouy为径向成像视野,即平方向的成像视野,单位为毫米,Foux表示在水平方向上的x轴上的位置,Fouy表示在水平方向上的y轴上的位置,Fouz为轴向成像视野,即竖直方向z轴的成像视野,单位为毫米,N为投影图的行数和列数,在螺旋扫描时,每扫描一个投影图,成像系统就会记录该投影图相应的z轴位置, 为螺旋扫描时投影图z轴位置的最大值, 为螺旋扫描时投影图z轴位置的最小值,单位为毫米,ds为投影图的像素大小,单位为毫米,投影图z轴位置的最大、最小值按照以下公式计算:
其中M为样品投影图数, 为第i个投影图扫描时记录的轴向位置,i=1,2,...,M,扫描螺旋轨迹是沿着z轴向上的,故 和 分别为第一个和最后一个投影
图;
将所述三维重建体划分为多个轴向待重建断层,将每个轴向待重建断层对应的投影行进行数据重排,获得轴向待重建断层对应的正弦图:其中按照以下公式计算重建体像素数:
Numx=Foux/ds=N
Numy=Fouy/ds=N
Numz=Fouz/ds
其中Numx为每个待重建断层的行数,Numy为每个待重建断层的行数,Numz为z轴方向的断层数,重建体的体素大小为ds,与投影图的像素大小相同;
进行数据重排时,要计算每个待重建断层对应在投影图中的投影行,若第k个待重建断层投影到第i个投影图时,该断层对应的投影行按照以下公式计算:
其中k=1,2,3,···,Numz, 为第k个断层对应的z轴位置,
为第i个投影图覆盖的最小z轴位置, 为第i个投影图扫描时记录的z轴位置,扫描时记录的位置即为投影图底部对应的z轴位置;其中按照以下公式计算第k个重建断层对应的z轴位置:
其中,k=1,2,3,...,Numz,以断层中心平面对应的z轴位置作为断层的z轴位置,为第1个断层底平面对应的z轴位置,对于第k个断层,该层的中心平面对应第(k-0.5)个断层,0.5代表了半个断层,(k-0.5)×ds代表了第k个断层中心平面相对于第1个断层底平面在z轴上的距离;若第k个待重建断层投影到第i个投影图中,其满足以下公式:
其中, 为第i个投影图覆盖的最小z轴位置,即该投影图扫描时记录
的位置; 为第i个投影图覆盖的最大z轴位置,其
为最小位置加上一个投影图像的高度;
针对所述每个正弦图,利用通用图形卡的硬件并行方法进行快速断层重建,具体包括:
首先将滤波之后的正弦图从计算机的内存拷贝到图形卡的显存中,然后利用图形卡的多个流处理器对显存中的正弦图进行并行反投影操作,每个流处理器单独进行一个断层像素的反投影操作,每完成一个像素的反投影,流处理器转向其它未处理像素继续进行反投影,直到断层所有像素都在显存中都完成反投影操作,就可以得到该断层的重建结果;
将所有快速断层重建后的断层依次叠在一起,得到三维重建体。
2.如权利要求1所述的基于螺旋扫描轨道的光学投影断层成像方法,其特征在于,进行数据重排时,针对每个待重建断层,找出其对应的所有投影行,并按照扫描顺序将投影行叠加为一个正弦图,再沿z轴方向,逐个完成断层对应正弦图的数据重排。
3.如权利要求1所述的基于螺旋扫描轨道的光学投影断层成像方法,其特征在于,进行三维重建时,针对每一个正弦图,利用并行圆轨道滤波反投影重建方法重建出每个断层,进而得到三维断层重建体。

说明书全文

一种基于螺旋扫描轨道的光学投影断层成像方法

技术领域

[0001] 本发明涉及一种光学投影断层成像(Optical Projection Tomography,简称OPT)技术,尤其涉及一种基于螺旋扫描轨道的光学投影断层成像方法。

背景技术

[0002] 光学投影断层成像技术是利用光线在小尺寸生物体中沿直线传播的特点,发射可见光线穿透样品,然后用相机采集多个度的样品投影视图,进行三维成像。具体来说,在进行光学投影断层成像时,需要对样品进行多角度扫描,一般采用电控转台对样品进行步进式旋转,每旋转到一个角度采集一幅或多幅投影图像,扫描过程中样本没有竖直方向和平方向的移动,仅有转动,从另一个角度也可认为是激光器和探测器在围绕被测样本沿圆轨道旋转,这种扫描方式被称为圆轨道扫描。光学投影断层成像系统圆轨道扫描最终采集到的数据是一系列不同角度下光线穿过样品的二维投影图像,如果将所有投影图像的某一行都提取出来,按照扫描顺序依次按行叠加为一副图像,就可以得到一个类似正弦曲线的正弦图,每一幅正弦图对应了样品的一张水平重建断层,所有正弦图就对应了样品的三维断层重建体,从投影数据到样品三维断层结构的过程称为光学投影断层成像三维重建
[0003] 光学投影断层成像技术可以实现1-10毫米尺度生物样品的结构和分子特异性功能成像,具有分辨率高、结构功能一体化、无辐射、成本低等诸多优点,它可以在小尺度对活体生物进行细胞水平的定性和定量研究,实现生物体的实时、无创、动态、在体成像。但是光学投影断层成像技术通常是基于圆轨道扫描,其成像视野为立方体,视野有限,特别是针对细长物体扫描时,其要么采用较小的光路放大倍数,使立方体成像视野完全覆盖整个样本,但空间分辨率差;要么采用较大的光路放大倍数,空间分辨率较高,但是成像视野不能完全覆盖样本,仅能进行样本局部精细成像。目前国际上针对于细长物体进行扫描时,尚无法同时实现样本全覆盖和高空间分辨率,这个问题被称为“长物体”问题。
[0004] 光学投影断层成像出现“长物体”无法高分辨率成像问题的关键原因在于扫描过程一般采用圆轨道,即样品只有转动,没有平动,圆轨道扫描导致光学投影断层成像的有效成像视野为一个立方体,而对于细长样本,其本身并不是立方体形状,在进行光学投影断层成像扫描时,若强制立方体视野完全覆盖样本时,在样品的长度方向必然会损失成像精度

发明内容

[0005] (一)要解决的技术问题
[0006] 为解决光学投影断层成像圆轨道扫描无法对长物体精细成像的问题,本发明提供了一种基于螺旋扫描轨道的光学投影断层成像方法,通过对螺旋扫描的投影数据进行三维成像,提高光学投影断层成像对长物体的成像视野、精度和速度。
[0007] (二)技术方案
[0008] 本发明针对光学投影断层成像系统采集的螺旋轨道投影数据,进行三维断层成像,利用螺旋扫描方式,本实施例将光学投影断层成像的视野从立方体扩展为长方体,有效提高了轴向成像精度,解决了细长物体无法高分辨率成像的问题。
[0009] 本发明提供了一种基于螺旋扫描轨道的光学投影断层成像方法,其特征在于,包括:
[0010] 针对螺旋轨道扫描得到的一系列投影图,利用投影图的轴向位置和投影角度,确定三维重建体的成像视野;
[0011] 将所述三维重建体划分为多个轴向待重建断层,将每个轴向待重建断层对应的投影行进行数据重排,获得轴向待重建断层对应的正弦图;
[0012] 针对所述每个正弦图,利用通用图形卡的硬件并行方法进行快速断层重建;
[0013] 将所有快速断层重建后的断层依次叠在一起,得到三维重建体。具体地说,本发明包括两个步骤:数据重排、三维重建,这两个步骤可以完整实现螺旋扫描数据的三维断层成像。其中,数据重排步骤根据每一幅投影图的轴向位置和投影角度,将螺旋扫描得到的一系列投影图,加以重排,将每个待重建断层所对应的投影数据提取并拼合在一起,形成正弦图,通过这一步骤,可以将螺旋投影数据转化为圆轨道投影数据(在光学投影断层成像中,将一个径向待重建断层的所有投影数据按照角度拼合为一幅图像,通常称为正弦图,sinogram,其对应了该待重建断层进行重构所需的数据);三维重建步骤利用重排后的正弦图利用通用图形卡的硬件并行方法和圆轨道滤波反投影重建方法,重构出样本的三维断层内部结构。
[0014] (三)有益效果
[0015] 本发明实施例可快速实现光学投影断层成像螺旋扫描数据的三维重建,在保证成像精度的前提下,扩大成像视野。附图说明
[0016] 图1为本发明实施例基于螺旋扫描轨道的光学投影断层成像方法中,关于成像系统扫描轨道的示意图;其中,图1a显示了普通光学投影断层成像的圆轨道扫描方式和成像视野;图1b显示了本发明实施例所采用的螺旋轨道扫描方式和成像视野;
[0017] 图2为本发明实施例基于螺旋扫描轨道的光学投影断层成像方法中,进行数据重排的过程;其中图2a显示螺旋三维重建体中,一个待重建断层映射到两个投影图中对应投影行的过程;图2b显示了将图2a中待重建断层对应的所有投影行按投影顺序进行数据重排得到的正弦图;
[0018] 图3为本发明实施例基于螺旋扫描轨道的光学投影断层成像方法中,针对小鼠骨骼进行螺旋扫描,并利用本实施例的方法重建得到的三维断层图;
[0019] 图4为本发明实施例基于螺旋扫描轨道的光学投影断层成像方法中,对小鼠骨骼的三维重建体进行可视化的结果,可以看到本发明可有效地扩大光学投影断层成像的视野。

具体实施方式

[0020] 为使本发明的目的、技术方案和优点更加清楚明白,以下结合具体实施例,并参照附图,对本发明进一步详细说明。虽然本文可提供包含特定值的参数的示范,但应了解,参数无需确切等于相应的值,而是可在可接受的误差容限或设计约束内近似于所述值。
[0021] 本发明是一种基于螺旋扫描轨道的光学投影断层成像方法。本发明专针对光学投影断层成像系统在螺旋轨道扫描方式下采集的投影数据,进行三维断层成像,扩展成像视野。如图1a所示,目前光学投影断层成像一般采用圆轨道扫描方式,其有效成像视野为一个立方体,而对于细长样本,其本身并不是立方体形状,在进行光学投影断层成像扫描时,若强制样本完全在立方体视野中时,样本在轴向必然会损失成像精度;如图1b所示,本发明实施例采用新的螺旋扫描方式,利用样品旋转和轴向平移,将光学投影断层成像的视野扩展为长方体,不仅保留了高精度,同时实现了成像视野的扩大。本发明专门针对细长物体的扫描数据进行大视野成像,具有快速、鲁棒、高分辨率的特点。
[0022] 本发明的实现方案分为两个主要步骤:数据重排和三维重建,其中数据重排利用投影视图轴向位置和投影角度,获得一系列正弦图像,每个正弦图对应一个待重建断层,所有正弦图对应三维重建体;快速三维断层重建利用高性能通用图形卡对传统的圆轨道滤波反投影方法进行硬件并行加速,利用正弦图快速重构出每个断层,将所有断层依次叠在一起就得到三维重建体。下面利用细长骨骼实验描述本发明的步骤,实验中采用小鼠的骨骼进行螺旋光学投影断层成像,成像系统采集的投影视图像素数为500*500,每个像素大小为24微米,数据采集过程中,样品等角度旋转,每旋转一个角度,就进行一次轴向等步进平移,这样实际的扫描轨道为一个螺旋线,样本共旋转3周,即3*360°=1080°,样本轴向共平移15毫米,共采集1030个角度的投影视图。以骨骼实验为例,本发明的详细步骤如下:
[0023] 步骤S1:本步骤针对螺旋扫描方式下采集到的一系列轴向平移的投影图,根据每幅投影图的轴向位置和扫描角度,首先利用第一幅和最后一幅投影图的轴向位置,结合投影图的大小,计算出整个重建体的成像视野;然后进行重建体的断层划分,将断层像素大小和断层厚度都设置为投影图像素的大小,计算出重建体的体素数;接着,针对每个待重建断层,计算其对应的轴向位置,并定位其在每个投影图中的投影行,将所有对应投影行按扫描顺序重排为一个正弦图。图2显示了螺旋数据重排的过程,其中图2a显示了三维重建体中一个待重建断层与投影图的对应关系,图中显示了0°和180°的两个投影图,投影图上的红线为待重建断层对应的投影行;图2b显示了将图2a中待重建断层对应的所有投影行经过重排后获得的正弦图,利用该正弦图可以精确重建出图2a中对应的断层。
[0024] 步骤S1-1:为了进行三维重建,需要首先计算三维成像视野,即三维重建体的大小,假设采集的样品投影图数为M,每个投影图像素数为N×N,其中N为投影图的行数和列数,投影图像素大小为ds,单位毫米,投影图的长度和宽度都为N×ds,第i个投影图的投影角度为ri,其中i=1,2,3,...,M,第i个投影图扫描时记录的轴向位置为 本实施例中样品的螺旋扫描轨迹一般是沿着z轴向上,故 则投影图记录的最小轴向位置 投影图记录的最大轴向位置 样品轴向成像视野(field ofview,FOV)为 即轴向总位移加上一个投影图的高
度,径向成像视野一般与投影图的宽度相同,即Fovx=Fovy=N×ds;重建体的体素大小与投影图的像素大小相同为ds,故三维断层重建体的体素个数为Numx=Fovx/ds=N,Numy=Fovy/ds=N,Numz=Fovz/ds,其中Numz表示三维重建体的断层数。本步骤可以确定待重建三维体的视野和体素数。
[0025] 步骤S1-2:螺旋三维重建的过程可以转化为一系列z轴方向的断层重建,本步骤通过数据重排,找到z轴方向每一个待重建断层对应的正弦图,再逐个断层进行重建。本实施例首先计算每个待重建断层对应的z轴位置,利用此位置找出其在每个投影图中对应的投影行,然后将该断层的所有投影行按照扫描顺序排列为一幅正弦图,即完成该断层对应数据的重排。具体如下:对于第k个待重建断层(其中k=1,2,3,...,Numz),其中心平面在z轴方向的位置 本实施例以断层中心平面对应的z轴位置作为断层的z轴位置, 为第1个断层底平面对应的z轴位置,对于第k个断层,该层的中心平面对应第(k-0.5)个断层,0.5代表了半个断层,(k-0.5)×ds代表了第k个断层中心平面相对于第1个断层底平面在z轴上的距离。对于第i个投影图,其所覆盖的z轴区间为 其
中 两者相差一个投影图的
高度。若 说明第k个断层可以投影到第i个投影
图上,本发明实例则找出第k个待重建断层对应第i个投影图中最近的一个行其中[]为取整符号, 即第k重建
断层在第i个投影图中的投影行,如图2a所示,投影图上的红线表示断层对应的投影行;我们将第k个待重建断层对应的所有投影行按照扫描顺序排列为一幅正弦图,即完成第k个断层的投影数据重排,图2b显示了图2a中待重建断层的正弦图,本步骤将依次完成所有断层的数据重排。
[0026] 步骤S2:对重排之后的每个正弦图逐个进行断层重建,便可以得到三维断层重建体。本步骤采用并行圆轨道滤波反投影重建方法,熟悉本领域的技术人员应了解,圆轨道滤波反投影重建方法是圆轨道光学投影断层成像领域最经典的重建方法之一,其包括滤波和反投影两个步骤,本步骤将在CPU上进行滤波,而反投影因其计算量比较大,且具有高度并行的特点,本发明将其在高性能通用图形卡上进行并行加速,实现并行圆轨道滤波反投影重建方法,提升重建速度。高性能图形卡相对于CPU具有流处理器多,能够对大量相似的独立计算进行并行加速的特点,而本发明实施例从滤波之后的正弦图到断层的反投影过程中,断层每个像素的重建(即反投影)是相互独立的,完全具备并行特点。本实施例在图形卡中实现了硬件并行反投影方法,首先将滤波之后的正弦图从计算机的内存拷贝到图形卡的显存中,然后利用图形卡的多个流处理器对显存中的正弦图进行并行反投影操作,每个流处理器单独进行一个断层像素的反投影操作,每完成一个像素的反投影,流处理器转向其它未处理像素继续进行反投影,直到断层所有像素都在显存中都完成反投影操作,就可以得到该断层的重建结果,本实施例将显存中的断层结果拷贝到内存中,进行显示和储存。
[0027] 针对本发明的螺旋扫描三维重建方法,图3为本发明实施例基于螺旋扫描轨道的光学投影断层成像方法中,利用小鼠骨骼进行螺旋扫描重建得到的三维断层图,可以看到骨骼内部的结构非常清晰。
[0028] 图4为本发明实施例基于螺旋扫描轨道的光学投影断层成像方法中针对骨骼三维结构进行可视化的结果,可以看到,通过螺旋重建,成像视野完全覆盖了细长形的骨骼,进而验证了本发明的有效性。
[0029] 综上所述,本发明提出了一种基于螺旋扫描轨道的光学投影断层成像方法,实现螺旋扫描投影数据的三维断层成像,其具有大成像视野、高精度、快速成像的特点,具体来讲:
[0030] (1)在扫描方式上,本发明实施例在传统圆轨道平行束扫描基础上,加上样品的轴向平移,实现了光学投影断层成像的螺旋扫描方式,扩展了成像视野;
[0031] (2)在数据重排的过程中,本发明实施例针对螺旋扫描投影图,利用投影图的扫描角度和轴向位置,找出每个待重建断层对应的正弦图,将螺旋扫描数据重排为圆轨道扫描数据的形式,不仅简化了重建过程,更保证了成像精度;
[0032] (3)在螺旋三维重建的过程中,本发明实施例对传统的圆轨道滤波反投影算法进行并行加速,提高了三维断层成像的速度。
[0033] 以上所述的具体实施例,对本发明的目的、技术方案和有益效果进行了进一步详细说明,所应理解的是,以上所述仅为本发明的具体实施例而已,并不用于限制本发明,凡在本发明的精神和原则之内,所做的任何修改、等同替换、改进等,均应包含在本发明的保护范围之内。
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