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大麦条纹病致病性基因Pgmiox及其应用

阅读:916发布:2020-05-11

专利汇可以提供大麦条纹病致病性基因Pgmiox及其应用专利检索,专利查询,专利分析的服务。并且大麦 条纹病(Barley leaf stripe)是大麦的主要病害之一,在大麦种植区普遍发生,严重影响到大麦的经济和营养价值。本 发明 获得了一种大麦条纹病(麦类核腔菌Pyrenophora graminea)致病性基因Pgmiox,以应对该病害靶标基因的需求,通过RNA干扰技术获得Pgmiox干扰突变体,进一步提供了该基因参与调控菌株生长分化,增强盐、干旱和重金属Cu2+胁迫耐受性,降低细胞壁强度,加强 抑 真菌 剂 (异菌脲和咪鲜胺)敏感性,调控毒性和致病性中的应用。,下面是大麦条纹病致病性基因Pgmiox及其应用专利的具体信息内容。

1.大麦条纹病致病性基因Pgmiox,其特征在于,所述Pgmiox的全长序列如SEQ ID NO:1所示。
2.大麦条纹病致病性基因Pgmiox获取方法,包括:(1)大麦条纹病菌株的培养;(2)Pgmiox基因的克隆;(3)Pgmiox基因序列及生物信息学分析。
3.根据权利要求2所述的大麦条纹病致病性基因Pgmiox获取方法,其特征在于,所述步骤(1)大麦条纹病菌株的培养包括制备PDA培养基:将新鲜铃薯削皮去芽眼切成0.5-2cm2的小方,称取重量200g,加1L蒸馏煮沸20-30min,过滤去残渣,在滤液中加入20g葡萄糖和15-17g琼脂,玻璃棒搅拌混匀,加蒸馏水定容至1L,高压蒸汽灭菌,倒平板;用直径为5-
10mm打孔器,将4℃保存的麦类核腔菌菌株QWC在边缘打取菌饼置于PDA培养基平板上生长
3-7d;所述步骤(2)Pgmiox基因的克隆包括以QWC基因组DNA和cDNA为模板,通过PCR扩增获得Pgmiox基因的DNA和cDNA序列,PCR产物经切胶、胶回收、连接载体pMD19-T Vector:
pMD19-T Vector 1μL、目的片段4μL、Solution Ⅰ 5μL,缓慢混匀,轻离心3-10sec,16℃水浴连接12-16h、转化DH5α感受态细胞、蓝白斑筛选及鉴定后测序;所述步骤(3)Pgmiox基因序列及生物信息学分析包括Pgmiox基因的DNA序列与cDNA序列一致,得出该基因没有内含子,利用网络在线SMART工具对Pgmiox进行蛋白结构域分析,运用网络在线GOR4工具对Pgmiox进行蛋白二级结构预测,用BLAST程序分析蛋白相似性,利用MEGA6.0软件进行多序列比对,以邻近相接法构建系统进化树。
4.权利要求1所述的大麦条纹病致病性基因Pgmiox在调控菌株生长分化中的应用,其特征在于,所述Pgmiox的全长序列如SEQ ID NO:1所示。
5.权利要求1所述的大麦条纹病致病性基因Pgmiox在增强盐、干旱和重金属Cu2+胁迫耐受性中的应用,其特征在于,所述Pgmiox的全长序列如SEQ ID NO:1所示。
6.权利要求1所述的大麦条纹病致病性基因Pgmiox在降低细胞壁强度,加强真菌剂敏感性,调控毒性和致病性中的应用,其特征在于,所述Pgmiox的全长序列如SEQ ID NO:1所示。
7.根据权利要求4、5和6中任何一项所述的Pgmiox基因的应用,其特征在于,所述应用的验证方法包括如下步骤:步骤(1)干扰载体pSilent-1miox的构建包括以菌株QWC的DNA为模板,使用引物miox1-F1/miox1-R1和miox2-F1/miox2-R1分别扩增获得片段miox1和miox2,用XhoⅠ和HindⅢ双酶切片段miox1和载体pSilent-1,用T4连接酶将片段miox1连接到载体pSilent-1的XhoI-HindⅢ位点,然后将片段miox2和pSilent-1miox1用ApaⅠ和StuⅠ双酶切,用T4连接酶将片段miox2连接到载体pSilent-1miox1的ApaⅠ-StuⅠ位点,得到Pgmiox基因的干扰载体pSilent-1miox;
(2)遗传转化与筛选包括用酶解液制备出QWC菌株的原生质体,通过PEG4000介导转化,获得转化子54株,用潮霉素B特异性引物HYG-1/HYG-2进行PCR鉴定筛选,随机选择6株能扩增出1026bp条带的菌株进行荧光定量PCR分析干扰率分别为:90.36%、89.87%、88.47%、
90.56%、90.75%和88.03%;
(3)突变菌株生长分化的鉴定包括将6个干扰菌株分别接种以下5种培养基中:基本培养基:NaNO3 6g、KCl 0.52g、MgSO4 0.152g、KH2PO4 1.52g、VB1 0.01g、微量元素1mL、葡萄糖
10g、琼脂15-17g,蒸馏水定容到1L;完全培养基:NaNO3 1.8g、葡萄糖10g、蛋白胨2g、酵母
1g、微量元素1mL,15-17g的琼脂,蒸馏水定容到1L;V8培养基:V8果汁100mL、CaCO3 0.2g、琼脂15-17g,蒸馏水定容到1L;大麦培养基:称取大麦50g置于1L蒸馏水中煮沸1小时,纱布过滤残渣,琼脂15-17g,蒸馏水定容到1L;PDA培养基:新鲜马铃薯200g,加1L蒸馏水煮沸,过滤去残渣,加20g葡萄糖,15-17g琼脂,混匀,加蒸馏水定容至1L,以野生菌株QWC为对照,每个菌株设置3次重复;
(4)突变菌株不同环境胁迫耐受性、细胞壁完整性和抑真菌剂敏感性的鉴定包括将6个干扰菌株和QWC菌株分别接种在添加15% PEG、0.01mol/L H2O2、0.8mol/L NaCl、1mol/L山梨醇、0.5mmol/L CuSO4·5H2O、0.2mg/mL刚果红、0.02% SDS、0.2mg/mL CFW、0.75μg/mL异菌脲、1.0μg/mL戊唑醇、5μg/mL苯并咪唑和1μg/mL咪鲜胺不同处理的PDA培养基上,以PDA培养基为对照,每个菌株设置3次重复;
(5)突变菌株毒性和致病性的鉴定包括将6个干扰菌株和QWC菌株接种到毒素诱导培养基中,25-30℃黑暗培养18-25d后,过滤,得到粗毒素液体,取20μl注射接种到离体大麦叶片中脉的一侧上,以毒素诱导培养基溶液作为空白对照,置于25℃,光照时间为12h(昼)/12h(夜)的环境下培养,2-3d后观察发病状况,将含菌丝的琼脂块种到离体大麦叶片上,将接种的大麦叶片置于温度为25℃,光照时间为12h(昼)/12h(夜)的环境下培养,2-3d后观察叶片的病斑发生状况,采用“夹心法”将大麦种子用QWC和干扰菌株置于6℃感染20d,盆栽播种
20d后计算观察发病率及发病状况。

说明书全文

大麦条纹病致病性基因Pgmiox及其应用

技术领域

[0001] 本发明属于生物工程技术领域,具体涉及大麦条纹病菌致病性基因Pgmiox的生物信息学分析及其调控菌丝生长速率;增强盐胁迫(0.8mol/L NaCl)、干旱胁迫(15% PEG)、和重金属胁迫(0.05mmol/L CuSO4·5H2O)耐受性;降低细胞壁强度;加强真菌剂(异菌脲和咪鲜胺)敏感性,该基因还有可能为抑真菌剂(戊唑醇和苯并咪唑)的靶位点;以及沉默该基因降低大麦条纹病(麦类核腔菌)的毒性和致病性的应用。

背景技术

[0002] 大麦条纹病(Barley leaf stripe)是大麦的主要病害之一,在大麦种植区普遍发生。近年来,由于耕作制度的变化以及多年的连茬种植,该病害发生日趋严重,研究该病病原菌的致病机制就显得尤为重要。现已得知,该病是由种子带菌引起的系统侵染性真菌病害,其病原菌的无性阶段Drechslera graminea ( Rabenh & Schlecht) Schoemaker为禾内脐蠕孢,半知菌亚、内脐蠕孢属,有性阶段Pyrenophora graminea为麦类核腔菌,子囊菌亚门、核腔菌属。
[0003] R.W.Medd等通过大量研究发现,大麦条纹病菌侵染植株的发病情况与是否产生植物毒素有关。A.HAEGI等研究该病原菌毒素成分得出,其中一类葡萄糖酸(D-Glucuronate)物质被抑制时,毒素危害能明显降低。实验室前期分离甘肃大麦产区不同地区的条纹病病原菌,鉴定其致病力,筛选得到强致病力菌株QWC,并运用Illumina Hiseq 2000平台对其进行全基因组测序。经KEGG和PHI基因功能注释得到与葡萄糖醛酸相关的两条通路,分别是抗坏血酸醛酸代谢途径(ascorbate and aldarate metabolism)和戊糖葡糖醛酸转化途径(pentose and glucuronate interconversions),并在此化合物上游分别注释出一个基因。
[0004] 本研究运用RNA干扰(RNA interference,RNAi)技术研究抗坏血酸醛酸代谢途径上注释的基因Pgmiox,构建Pgmiox的干扰载体,通过PEG介导方法转化QWC菌株,并对干扰突变菌株和野生菌株的生长分化、不同环境胁迫耐受性、细胞壁完整性、抑真菌剂敏感性、毒性和致病性等方面进行分析,明确Pgmiox在大麦条纹病菌中致病性的功能机制,以期为大麦条纹病菌的致病机理和调控机理奠定基础,同时也为设计新型杀真菌剂筛选候选靶标基因。
[0005] 现有技术存在的问题:现有技术中未见大麦条纹病(麦类核腔菌)Pgmiox基因及RNA干扰该基因应用的报道。
[0006] 鉴于现有技术的不足,本发明提供了一种大麦条纹病(麦类核腔菌)致病性基因Pgmiox,以应对该病害靶标基因的需求,运用RNA干扰技术获得Pgmiox干扰突变体,进一步提供了该基因在生长分化、不同环境胁迫耐受性、细胞壁完整性、抑真菌剂敏感性、毒性和致病性等方面的应用。
[0007] 为了达到上述目的,本发明采用了如下的技术方案:一种大麦条纹病(麦类核腔菌)致病性基因Pgmiox,该基因全长序列如SEQ ID NO:1所示,具体步骤如下:
1、大麦条纹病菌株的培养
制备PDA培养基:将新鲜铃薯削皮去芽眼切成0.5-2cm2的小方,称取重量200g,加
1L蒸馏煮沸20-30min,过滤去残渣,在滤液中加入20g葡萄糖和15-17g琼脂,玻璃棒搅拌混匀,加蒸馏水定容至1L,高压蒸汽灭菌,倒平板;用直径为5-10mm打孔器,将4℃保存的麦类核腔菌菌株QWC在边缘打取菌饼置于PDA培养基平板上生长3-7d。
[0008] 2、Pgmiox基因的克隆以QWC基因组DNA和cDNA为模板,使用引物miox-F1/ miox-R1(附图1)通过PCR扩增获得Pgmiox基因的DNA和cDNA序列,PCR产物经切胶、胶回收、连接载体pMD19-T Vector:pMD19-T Vector(Simple) 1μL、目的片段 4μL、SolutionⅠ 5μL,缓慢混匀,轻离心3-10sec,16℃水浴连接12-16h、转化DH5α感受态细胞:制备含有100μg/mL苄青霉素(Amp)的LBA固体培养基平板,将80μL X-gal和20μL IPTG混匀后均匀地涂布在每个平板上,晾干备用;取出-80℃保存的DH5α感受态细胞,上溶解,每50μL感受态细胞加入5μL过夜连接液,轻弹混匀,冰浴
30min,42℃热激90s,迅速冰浴3min,期间操作需平稳;每1.5mL离心管加入400μL LB液体培养基,37℃ 200rpm振荡培养1-2h;取200μL菌液均匀地涂布在平板上,封口膜密封,倒置于
37℃培养箱中黑暗培养12-16h、蓝白斑筛选及鉴定后测序。
[0009] 3、Pgmiox基因序列及生物信息学分析测序结果表明Pgmiox基因的ORF框全长981bp,且DNA序列与cDNA序列一致,得出该基因没有内含子(附图2A)。利用网络在线SMART工具(http://smart.embl-heidelberg.de/)对Pgmiox进行蛋白结构域分析,该基因有一个Pfam域miox结构域(Myo-inositol oxygenase;
78AA 326AA)(附图2B)。运用网络在线GOR4工具(http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin  ... ~
page=npsa_gor4.html)对Pgmiox进行蛋白二级结构预测,该基因编码326个氨基酸,其二级结构以α-螺旋(Alpha helix,Hh)为主(46.93%),其次为无规卷曲(Random coil,Cc)占
37.73%,最后为延伸链(Extended strand,Ee)占15.34%,(附图2C)。根据BLAST程序将麦类核菌(P.graminea)Pgmiox基因的326个氨基酸序列与Pyrenophora tritici-repentis、Alternaria alternate、Periconia macrospinosa、Aureobasidium namibiae和Aspergillus fumigatus中miox基因比对,得出相似性分别为99%、94%、79%、81%和73%。利用MEGA6.0软件进行多序列比对,以邻近相接法(Neighbor-jointing,NJ)构建系统进化树,得出麦类核菌(P.graminea)和小麦褐斑长蠕孢霉菌(Pyrenophora tritici-repentis)的miox基因蛋白序列组合在一起(附图2D)。
[0010] Pgmiox基因在生长分化、不同环境胁迫耐受性、细胞壁完整性、抑真菌剂敏感性、毒性和致病性等方面的应用,包括如下步骤:1、干扰载体pSilent-1miox的构建
以菌株QWC的DNA为模板,使用引物miox1-F1/miox1-R1和miox2-F1/miox2-R1(附图1)分别扩增获得片段miox1(334bp)和miox2(334bp)。用XhoⅠ和HindⅢ双酶切片段miox1和载体pSilent-1,用T4连接酶将片段miox1连接到载体pSilent-1的XhoI-HindⅢ位点。然后将片段miox2和pSilent-1miox1用ApaⅠ和StuⅠ双酶切,用T4连接酶将片段miox2连接到载体pSilent-1miox1的ApaⅠ-StuⅠ位点,得到Pgmiox基因的干扰载体pSilent-1miox(附图3)。
[0011] 2、遗传转化与筛选将QWC菌株置于酶解液(1%溶壁酶(Lywallzyme)+0.5%蜗酶(Snailase),以0.7mol/L NaCl稳渗剂配制)30℃温育4-6h,过滤未酶解菌丝,制备出原生质体,置于STC缓冲液(0.7mol/L蔗糖,50mmol/L CaCl2,10mmol/L Tris-HCl(pH=7.5))中保存。通过PEG4000介导进行转化:取100-200μL STC重悬沉淀与5-10μg pSilent-1miox的质粒DNA混合,冰浴
20min,加入100μL PTC(60% PEG4000,溶解在STC缓冲液中)混匀,冰浴20min,再逐滴加入
800μL PTC,室温静置15min,将原生质体转化混合物(500μL/板)用玻璃涂布器轻轻涂布在
15-20mL再生培养基(rPDA,含有0.7mol/L蔗糖的PDA)平板上,倒置于25℃培养箱中静置培养。观察平板表面形成可见菌落后,加盖10-15mL含有70-90μg/mL潮霉素B的PDA培养基,25℃培养至长出单菌落。将这些菌落直接转移到含有90-100μg/mL潮霉素B的PDA培养基平板中。连续培养3代,获得能稳定生长的转化子54株,用潮霉素B特异性引物HYG-1/HYG-2(附图
1)进行PCR鉴定筛选(附图4),随机选择6株能扩增出1026bp条带的菌株(△miox32、△miox33、△miox35、△miox43、△miox44和△miox54)进行荧光定量PCR分析得出干扰率分别为:90.36%、89.87%、88.47%、90.56%、90.75%和88.03%,所需引物如附图1所示。
[0012] 3、突变菌株生长分化的鉴定将6个干扰菌株分别接种以下5种培养基中:基本培养基(MM):NaNO3 6g、KCl 0.52g、MgSO4 0.152g、KH2PO4 1.52g、VB1 0.01g、微量元素1mL(母液:H3BO3 0.570g、MnCl2·4H2O 
0.360g、ZnSO4·7H2O 0.045g、CuSO4·5H2O 0.016g、(NH4)6Mo7O24·4H2O 0.087g,蒸馏水定容到1L)、葡萄糖10g、琼脂15-17g,蒸馏水定容到1L;完全培养基(CM):NaNO3 1.8g、葡萄糖
10g、蛋白胨2g、酵母1g、微量元素1mL,15-17g的琼脂,蒸馏水定容到1L;V8培养基(V8):V8果汁100mL、CaCO3 0.2g、琼脂15-17g,蒸馏水定容到1L;大麦培养基(BM):称取大麦50g置于1L蒸馏水中煮沸1小时,纱布过滤残渣,琼脂15-17g,蒸馏水定容到1L;PDA培养基(PDA):新鲜马铃薯200g,加1L蒸馏水煮沸,过滤去残渣,加20g葡萄糖,15-17g琼脂,混匀,加蒸馏水定容至1L。以野生菌株QWC为对照,25℃黑暗培养,按照十字交叉法每天测量菌落直径,每个菌株重复3皿(附图5)。如附图6所示,菌株均呈现缓慢增长的趋势。CM、V8、BM和PDA培养基中,6个RNA干扰株较对照QWC菌株的增长速度差异较大,MM培养基中,菌株生长速率趋于一致,但6个干扰菌株速率均低于对照QWC,Pgmiox基因的干扰突变显著影响了麦类核菌的生长。在CM、MM、V8、BM和PDA培养基上生长速度分别为:QWC:1.05,0.80,0.93,1.06,1.11cm/d;△miox32:0.80,0.71,0.68,0.93,0.79cm/d;△miox33:0.76,0.76,0.76,0.91,0.75cm/d;△miox35:0.72,0.76,0.76,0.93,0.75cm/d;△miox43:0.74,0.76,0.74,0.80,0.78cm/d;△miox44:0.60,0.73,0.55,0.68,0.77cm/d和△miox54:0.82,0.75,0.76,0.96,0.81cm/d,以上结果表明Pgmiox参与了调节麦类核腔菌的生长发育。
[0013] 4、突变菌株不同环境胁迫耐受性、细胞壁完整性和抑真菌剂敏感性的鉴定将6个干扰菌株和QWC菌株分别接种在添加15% PEG、0.01mol/L H2O2、0.8mol/L NaCl、1mol/L山梨醇、0.5mmol/L CuSO4·5H2O、0.2mg/mL刚果红、0.02% SDS、0.2mg/mL CFW、0.75μg/mL异菌脲、1.0μg/mL戊唑醇、5μg/mL苯并咪唑和1μg/mL咪鲜胺不同处理的PDA培养基上,以PDA培养基为对照,25℃黑暗培养7d后,按照十字交叉法测量菌落直径,计算菌落生长速率V=T/P×100%,(T是在处理培养基上,野生株QWC和干扰株菌落的直径,P是在对照PDA培养基上菌落生长的直径),每个菌株处理重3皿(附图7)。如附图8A所示,在H2O2胁迫下,干扰株与QWC生长速率无显著差异。山梨醇胁迫下,野生株QWC和干扰株△miox32、△miox33、△miox35、△miox43、△miox44和△miox54的径向生长速度分别是1.06,0.90,0.89,0.87,
0.88,0.80和0.88 cm/d。6个干扰株生长速率显著高于对照QWC,且均大于在PDA培养基的生长速率。如附图8B所示,在NaCl胁迫下,6个干扰菌株的生长速率显著低于野生菌株,QWC和它们的径向生长速度分别是0.58,0.40,0.42,0.42,0.42,0.35和0.43cm/d。PEG胁迫下,菌株的生长速率均大于PDA培养基的速率,6个干扰株较QWC差异显著。重金属CuSO4·5H2O胁迫下,干扰株的生长速率显著低于对照菌株,QWC和6个干扰株的径向生长速度分别是0.65,
0.49,0.48,0.48,0.42,0.43和0.48cm/d。如附图8C所示,3种细胞壁抑制剂中,6个干扰菌株的生长速率与对照QWC菌株差异显著。相比较于刚果红培养基上QWC的生长速率38.02%,干扰株的速率介于39.70%—45.78%,SDS培养基上,QWC的生长速率74.07%,干扰株的速率在
77.78%—81.33%之间。CFW培养基上,QWC和6个干扰株的生长速率分别为69.89%,96.67%,
97.29%,97.60%,88.27%,100.33%和89.94%。这些结果表明,Pgmiox能够调节细胞壁的完整性。如附图8D所示,4种真菌抑制剂培养基上,干扰株较对照QWC菌株均表现显著差异。异菌脲和咪鲜胺胁迫时,干扰株较QWC菌株生长速率显著降低,突变菌株降低了对异菌脲和咪鲜胺的耐受性,Pgmiox基因加强了病菌对真菌抑制剂(异菌脲和咪鲜胺)的敏感性。戊唑醇和苯并咪唑胁迫时,干扰株速率显著升高,Pgmiox基因突变菌株增加了对其耐受性,该基因有可能为戊唑醇和苯并咪唑的靶位点,敲除后,药剂失去靶位点,菌丝不受药剂影响,生长速度快于对照。
[0014] 5、突变菌株毒性和致病性的鉴定将6个干扰菌株和QWC菌株接种到毒素诱导培养基(9g蔗糖、5g酒石酸铵、1g NH4NO3、1g K2HPO4、0.5g MgSO4·7H2O、0.13g CaCl2·2H2O、0.1g NaCl、18.3mg FeSO4·7H2O、3.5mg ZnSO4·7H2O、2mg MnCl2·4H2O)中,25-30℃黑暗培养18-25d后,过滤,得到粗毒素液体(附图9A),取20μl注射接种到离体大麦(两叶期)叶片中脉的一侧上,以毒素诱导培养基溶液作为空白对照,置于温度为25℃,光照时间为12h(昼)/12h(夜)的环境下,2-3d后观察发病状况,如附图9B所示,注射QWC菌株毒素的叶片完全发病,呈深褐色,叶片尖端发黄,注射干扰菌株毒素的叶片明显发病减弱,叶片呈绿色,仅注射部位呈褐色。
[0015] 将含菌丝的琼脂块(直径:d=0.50cm)接种到离体大麦(两叶期)叶片上,将接种的大麦叶片置于温度为25℃,光照时间为12h(昼)/12h(夜)的环境下培养,2-3d后观察叶片的病斑发生状况。如附图10C所示,菌株侵染离体大麦叶片,野生株QWC菌饼侵染处,叶片明显发病,出现病变,呈黄褐色病斑,干扰株侵染的叶片,发病较弱。采用“夹心法”将大麦种子用QWC和干扰菌株置于6℃感染18-25d,盆栽播种14-20d后计算观察发病率及发病状况,野生株QWC和干扰株△miox32、△miox33、△miox35、△miox43、△miox44和△miox54的发病率分别为:63.05%,40.99%,41.20%,43.12%,41.21%,39.87%和41.56%(附图10A),6个干扰菌株的发病率与对照比较显著降低。如附图10B所示,大麦叶片明显萎缩,发病较为严重,干扰株处理的叶片发病较弱。综上所述,大麦条纹病菌菌株Pgmiox基因与致病性相关,参与麦类核菌菌株致病性。

附图说明

[0016] 图1为本发明所用引物序列。
[0017] 图2为Pgmiox基因生物信息学分析图。
[0018] 其中A为Pgmiox基因全长DNA(1)和cDNA(2)扩增结果图,B为Pgmiox基因的功能域图,C为Pgmiox基因的蛋白二级结构预测图,D为Pgmiox基因系统发育分析图。
[0019] 图3为Pgmiox基因干扰载体示意图。
[0020] 图4为干扰株的PCR验证。1泳道为阴性对照野生菌株QWC,2泳道为阳性对照干扰载体pSilent-1miox。3-8号泳道分别为:△miox32、△miox33、△miox35、△miox43、△miox44和△miox54,6个干扰突变菌株均含有潮霉素片段。
[0021] 图5为干扰株和野生株在5种营养培养基的生长形态。
[0022] 图6为干扰株和野生株在5种营养培养基的生长曲线。
[0023] 图7为干扰株和野生株在不同环境胁迫、细胞壁抑制剂和抑真菌剂培养基的生长形态。
[0024] 其中A为0.01mol/L H2O2和1mol/L山梨醇胁迫,B为0.8mol/L NaCl、15% PEG和0.5mmol/L CuSO4·5H2O胁迫,C为0.2mg/mL刚果红、0.02% SDS和0.2mg/mL CFW胁迫,D为
0.75μg/mL异菌脲、1.0μg/mL戊唑醇、5μg/mL苯并咪唑和1μg/mL咪鲜胺胁迫。
[0025] 图8为干扰株和野生株在不同环境胁迫、细胞壁抑制剂和抑真菌剂培养基的生长速率图。
[0026] 其中A为0.01mol/L H2O2和1mol/L山梨醇胁迫,B为0.8mol/L NaCl、15% PEG和0.5mmol/L CuSO4·5H2O胁迫,C为0.2mg/mL刚果红、0.02% SDS和0.2mg/mL CFW胁迫,D为
0.75μg/mL异菌脲、1.0μg/mL戊唑醇、5μg/mL苯并咪唑和1μg/mL咪鲜胺胁迫。
[0027] 图9为毒素试验图其中A图为菌株粗毒素提取图,B图为菌株粗毒素注射大麦叶片图(标尺为1cm)图10为致病性试验图
其中A图为菌株发病率图,B图为盆栽大麦叶片致病性图,C图为离体大麦叶片致病性图(标尺为1cm)。

具体实施方式

[0028] 为使发明的目的、技术方案和优点更加清楚,下面结合附图对本发明的具体实施方式进行详细说明。这些优选实施方式的示例在附图中进行了例示。附图中所示和根据附图描述的本发明的实施方式仅仅是示例性的,并且本发明并不限于这些实施方式。
[0029] 在此,还需要说明的是,为了避免因不必要的细节而模糊了本发明的技术方案,在附图中仅仅示出了与根据本发明的方案密切相关的结构和/或处理步骤,而省略了关系不大的其他细节。
[0030] 实施例1本实施例提供一种大麦条纹病致病性基因Pgmiox,该基因全长序列如序列表1所示。
[0031] 实施例2本实施例提供一种大麦条纹病致病基因Pgmiox基因克隆及其RNA干扰转化子获得的方法,包括如下步骤:
1、Pgmiox基因的克隆及其生物信息学分析分析
制备PDA培养基:将新鲜马铃薯削皮去芽眼切成1cm2的小方块,称取重量200g,加1L蒸馏水煮沸20min,过滤去残渣,在滤液中加入20g葡萄糖和17g琼脂,玻璃棒搅拌混匀,加蒸馏水定容至1L,高压蒸汽灭菌,倒平板;用直径为5mm打孔器,将4℃保存的麦类核腔菌菌株QWC在边缘打取菌饼置于PDA培养基平板上生长7d。
[0032] 以QWC基因组DNA和cDNA为模板,使用引物miox-F1/ miox-R1(附图1)通过PCR扩增获得Pgmiox基因的DNA和cDNA序列,PCR产物经切胶、胶回收、连接载体pMD19-T Vector:pMD19-T Vector(Simple) 1μL、目的片段 4μL、SolutionⅠ 5μL,缓慢混匀,轻离心5sec,16℃水浴连接14h、转化DH5α感受态细胞:制备含有100μg/mL氨苄青霉素(Amp)的LBA固体培养基平板,将80μL X-gal和20μL IPTG混匀后均匀地涂布在每个平板上,晾干备用;取出-80℃保存的DH5α感受态细胞,冰上溶解,每50μL感受态细胞加入5μL过夜连接液,轻弹混匀,冰浴
30min,42℃热激90s,迅速冰浴3min,期间操作需平稳;每1.5mL离心管加入400μL LB液体培养基,37℃ 200rpm振荡培养1.5h;取200μL菌液均匀地涂布在平板上,封口膜密封,倒置于
37℃培养箱中黑暗培养13h、蓝白斑筛选及鉴定后测序。
[0033] 测序结果表明Pgmiox基因的ORF框全长981bp,且DNA序列与cDNA序列一致,得出该基因没有内含子(附图2A)。利用网络在线SMART工具(http://smart.embl-heidelberg.de/)对Pgmiox进行蛋白结构域分析,该基因有一个Pfam域miox结构域(Myo-inositol oxygenase;78AA 326AA)(附图2B)。运用网络在线GOR4工具(http://npsa-~
pbil.ibcp.fr/cgi-bin ... page=npsa_gor4.html)对Pgmiox进行蛋白二级结构预测,该基因编码326个氨基酸,其二级结构以α-螺旋(Alpha helix,Hh)为主(46.93%),其次为无规卷曲(Random coil,Cc)占37.73%,最后为延伸链(Extended strand,Ee)占15.34%,(附图
2C)。根据BLAST程序将麦类核菌(P.graminea)Pgmiox基因的326个氨基酸序列与Pyrenophora tritici-repentis、Alternaria alternate、Periconia macrospinosa、Aureobasidium namibiae和Aspergillus fumigatus中miox基因比对,得出相似性分别为
99%、94%、79%、81%和73%。利用MEGA6.0软件进行多序列比对,以邻近相接法(Neighbor-jointing,NJ)构建系统进化树,得出麦类核菌(P.graminea)和小麦褐斑长蠕孢霉菌(Pyrenophora tritici-repentis)的miox基因蛋白序列组合在一起(附图2D)。
[0034] 2、干扰载体pSilent-1miox的构建以菌株QWC的DNA为模板,使用引物miox1-F1/miox1-R1和miox2-F1/miox2-R1(附图1)分别扩增获得片段miox1(334bp)和miox2(334bp)。用XhoⅠ和HindⅢ双酶切片段miox1和载体pSilent-1,用T4连接酶将片段miox1连接到载体pSilent-1的XhoI-HindⅢ位点。然后将片段miox2和pSilent-1miox1用ApaⅠ和StuⅠ双酶切,用T4连接酶将片段miox2连接到载体pSilent-1miox1的ApaⅠ-StuⅠ位点,得到Pgmiox基因的干扰载体pSilent-1miox(附图3)。
[0035] 3、遗传转化与筛选将QWC菌株置于酶解液(1%溶壁酶(Lywallzyme)+0.5%蜗牛酶(Snailase),以0.7mol/L NaCl稳渗剂配制)30℃温育4h,过滤未酶解菌丝,制备出原生质体,置于STC缓冲液(0.7mol/L蔗糖,50mmol/L CaCl2,10mmol/L Tris-HCl(pH=7.5))中保存。通过PEG4000介导进行转化:取100μL STC重悬沉淀与10μg pSilent-1miox的质粒DNA混合,冰浴20min,加入100μL PTC(60% PEG4000,溶解在STC缓冲液中)混匀,冰浴20min,再逐滴加入800μL PTC,室温静置
15min,将原生质体转化混合物(500μL/板)用玻璃涂布器轻轻涂布在15mL再生培养基(rPDA,含有0.7mol/L蔗糖的PDA)平板上,倒置于25℃培养箱中静置培养。观察平板表面形成可见菌落后,加盖10mL含有90μg/mL潮霉素B的PDA培养基,25℃培养至长出单菌落。将这些菌落直接转移到含有100μg/mL潮霉素B的PDA培养基平板中。连续培养3代,获得能稳定生长的转化子54株,用潮霉素B特异性引物HYG-1/HYG-2(附图1)进行PCR鉴定筛选(附图4),随机选择6株能扩增出1026bp条带的菌株(△miox32、△miox33、△miox35、△miox43、△miox44和△miox54)进行荧光定量PCR分析得出干扰率分别为:90.36%、89.87%、88.47%、
90.56%、90.75%和88.03%,所需引物如附图1所示。
[0036] 实施例3本实施例提供一种大麦条纹病致病基因Pgmiox的应用,包括如下步骤:
1、一种大麦条纹病致病基因Pgmiox参与调控麦类核腔菌毒性和致病性方面应用将6个干扰菌株和QWC菌株接种到毒素诱导培养基(9g蔗糖、5g酒石酸铵、1g NH4NO3、1g K2HPO4、0.5g MgSO4·7H2O、0.13g CaCl2·2H2O、0.1g NaCl、18.3mg FeSO4·7H2O、3.5mg ZnSO4·7H2O、2mg MnCl2·4H2O)中,25℃黑暗培养20d后,过滤,得到粗毒素液体,空白诱导培养基为对照CK,6个干扰菌株的颜色明显比QWC淡,野生株粗毒素液体呈现深褐色,干扰株液体呈淡黄色(附图9A)。取20μl注射接种到离体大麦(两叶期)叶片中脉的一侧上,以毒素诱导培养基溶液作为空白对照,置于温度为25℃,光照时间为12h(昼)/12h(夜)的环境下,
3d后观察发病状况,如附图9B所示,注射QWC菌株毒素的叶片完全发病,呈深褐色,叶片尖端发黄,注射干扰菌株毒素的叶片明显发病减弱,叶片呈绿色,仅注射部位呈褐色。
[0037] 将含菌丝的琼脂块(直径:d=0.50cm)接种到离体大麦(两叶期)叶片上,将接种的大麦叶片置于温度为25℃,光照时间为12h(昼)/12h(夜)的环境下培养,3d后观察叶片的病斑发生状况。如附图10C所示,菌株侵染离体大麦叶片,野生株QWC菌饼侵染处,叶片明显发病,出现病变,呈黄褐色病斑,干扰株侵染的叶片,发病较弱。采用“夹心法”将大麦种子用QWC和干扰菌株置于6℃感染20d,盆栽播种20d后计算观察发病率及发病状况,野生株QWC和干扰株△miox32、△miox33、△miox35、△miox43、△miox44和△miox54的发病率分别为:63.05%,40.99%,41.20%,43.12%,41.21%,39.87%和41.56%(附图10A),6个干扰菌株的发病率与对照比较显著降低。如附图10B所示,大麦叶片明显萎缩,发病较为严重,干扰株处理的叶片发病较弱。综上所述,大麦条纹病菌菌株Pgmiox基因与致病性相关,参与麦类核菌菌株致病性。
[0038] 2、一种大麦条纹病致病基因Pgmiox参与调控麦类核腔菌生长分化方面应用将6个干扰菌株分别接种以下5种培养基中:基本培养基(MM):NaNO3 6g、KCl 0.52g、MgSO4 0.152g、KH2PO4 1.52g、VB1 0.01g、微量元素1mL(母液:H3BO3 0.570g、MnCl2·4H2O 0.360g、ZnSO4·7H2O 0.045g、CuSO4·5H2O 0.016g、(NH4)6Mo7O24·4H2O 0.087g,蒸馏水定容到1L)、葡萄糖10g、琼脂17g,蒸馏水定容到1L;完全培养基(CM):NaNO3 1.8g、葡萄糖10g、蛋白胨2g、酵母1g、微量元素1mL,17g的琼脂,蒸馏水定容到1L;V8培养基(V8):V8果汁
100mL、CaCO3 0.2g、琼脂17g,蒸馏水定容到1L;大麦培养基(BM):称取大麦50g置于1L蒸馏水中煮沸1小时,纱布过滤残渣,琼脂17g,蒸馏水定容到1L;PDA培养基(PDA):新鲜马铃薯
200g,加1L蒸馏水煮沸,过滤去残渣,加20g葡萄糖,17g琼脂,混匀,加蒸馏水定容至1L。以野生菌株QWC为对照,25℃黑暗培养,按照十字交叉法每天测量菌落直径,每个菌株重复3皿(附图5)。如附图6所示,菌株均呈现缓慢增长的趋势。CM、V8、BM和PDA培养基中,6个RNA干扰株较对照QWC菌株的增长速度差异较大,MM培养基中,菌株生长速率趋于一致,但6个干扰菌株速率均低于对照QWC,Pgmiox基因的干扰突变显著影响了麦类核菌的生长。在CM、MM、V8、BM和PDA培养基上生长速度分别为:QWC:1.05,0.80,0.93,1.06,1.11cm/d;△miox32:0.80,
0.71,0.68,0.93,0.79cm/d;△miox33:0.76,0.76,0.76,0.91,0.75cm/d;△miox35:0.72,
0.76,0.76,0.93,0.75cm/d;△miox43:0.74,0.76,0.74,0.80,0.78cm/d;△miox44:0.60,
0.73,0.55,0.68,0.77cm/d和△miox54:0.82,0.75,0.76,0.96,0.81cm/d,以上结果表明Pgmiox参与了调节麦类核腔菌的生长发育。
[0039] 3、一种大麦条纹病致病基因Pgmiox参与调控麦类核腔菌在不同环境胁迫耐受性、细胞壁完整性和抑真菌剂敏感性方面应用将6个干扰菌株和QWC菌株分别接种在添加15% PEG、0.01mol/L H2O2、0.8mol/L NaCl、
1mol/L山梨醇、0.5mmol/L CuSO4·5H2O、0.2mg/mL刚果红、0.02% SDS、0.2mg/mL CFW、0.75μg/mL异菌脲、1.0μg/mL戊唑醇、5μg/mL苯并咪唑和1μg/mL咪鲜胺不同处理的PDA培养基上,以PDA培养基为对照,25℃黑暗培养7d后,按照十字交叉法测量菌落直径,计算菌落生长速率V=T/P×100%,(T是在处理培养基上,野生株QWC和干扰株菌落的直径,P是在对照PDA培养基上菌落生长的直径),每个菌株处理重3皿(附图7)。如附图8A所示,在H2O2胁迫下,干扰株与QWC生长速率无显著差异。山梨醇胁迫下,野生株QWC和干扰株△miox32、△miox33、△miox35、△miox43、△miox44和△miox54的径向生长速度分别是1.06,0.90,0.89,0.87,
0.88,0.80和0.88 cm/d。6个干扰株生长速率显著高于对照QWC,且均大于在PDA培养基的生长速率。如附图8B所示,在NaCl胁迫下,6个干扰菌株的生长速率显著低于野生菌株,QWC和它们的径向生长速度分别是0.58,0.40,0.42,0.42,0.42,0.35和0.43cm/d。PEG胁迫下,菌株的生长速率均大于PDA培养基的速率,6个干扰株较QWC差异显著。重金属CuSO4·5H2O胁迫下,干扰株的生长速率显著低于对照菌株,QWC和6个干扰株的径向生长速度分别是0.65,
0.49,0.48,0.48,0.42,0.43和0.48cm/d。如附图8C所示,3种细胞壁抑制剂中,6个干扰菌株的生长速率与对照QWC菌株差异显著。相比较于刚果红培养基上QWC的生长速率38.02%,干扰株的速率介于39.70%—45.78%,SDS培养基上,QWC的生长速率74.07%,干扰株的速率在
77.78%—81.33%之间。CFW培养基上,QWC和6个干扰株的生长速率分别为69.89%,96.67%,
97.29%,97.60%,88.27%,100.33%和89.94%。这些结果表明,Pgmiox能够调节细胞壁的完整性。如附图8D所示,4种真菌抑制剂培养基上,干扰株较对照QWC菌株均表现显著差异。异菌脲和咪鲜胺胁迫时,干扰株较QWC菌株生长速率显著降低,突变菌株降低了对异菌脲和咪鲜胺的耐受性,Pgmiox基因加强了病菌对真菌抑制剂(异菌脲和咪鲜胺)的敏感性。戊唑醇和苯并咪唑胁迫时,干扰株速率显著升高,Pgmiox基因突变菌株增加了对其耐受性,该基因有可能为戊唑醇和苯并咪唑的靶位点,敲除后,药剂失去靶位点,菌丝不受药剂影响,生长速度快于对照。
[0040] 综上所述:Pgmiox具有促进菌丝生长分化,增强盐、干旱和重金属Cu2+胁迫耐受性,加强抑真菌剂(异菌脲和咪鲜胺)敏感性,调控菌株毒性和致病性的功能。沉默该基因具有降低大麦条纹病(麦类核腔菌)的毒性和致病性的应用,敲除Pgmiox使抑真菌剂(戊唑醇和苯并咪唑)失去靶位点,在灭真菌剂方面具有应用。
[0041] 有益效果:本发明提供了一种大麦条纹病(麦类核腔菌)致病性基因Pgmiox,以应对该病害靶标基因的需求,通过RNA干扰技术获得Pgmiox干扰突变体,进一步提供了该基因在生长分化、不同环境胁迫耐受性、细胞壁完整性、抑真菌剂敏感性、毒性和致病性等方面的应用。
[0042] 以上所述仅是本申请的具体实施方式,应当指出,对于本技术领域的普通技术人员来说,在不脱离本申请原理的前提下,还可以做出若干改进和润饰,这些改进和润饰也应视为本申请的保护范围。
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