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一种样本中DNA与RNA共提取通用方法

热词 rna dna 提取 缓冲 溶液 ph 离心 测试 滤液 裂解
专利类型 发明公开 法律事件 公开; 实质审查;
专利有效性 实质审查 当前状态 实质审查
申请号 CN202410089808.5 申请日 2024-01-23
公开(公告)号 CN117603962A 公开(公告)日 2024-02-27
申请人 默普生物科技(山东)有限公司; 申请人类型 企业
发明人 李雪; 张晓阳; 徐娜; 杜洋; 第一发明人 李雪
权利人 默普生物科技(山东)有限公司 权利人类型 企业
当前权利人 默普生物科技(山东)有限公司 当前权利人类型 企业
省份 当前专利权人所在省份:山东省 城市 当前专利权人所在城市:山东省烟台市
具体地址 当前专利权人所在详细地址:山东省烟台市开发区绍兴路7号内21号 邮编 当前专利权人邮编:264006
主IPC国际分类 C12N15/10 所有IPC国际分类 C12N15/10
专利引用数量 5 专利被引用数量 0
专利权利要求数量 8 专利文献类型 A
专利代理机构 北京中创博腾知识产权代理事务所 专利代理人 初晓玮;
摘要 本 发明 涉及DNA与RNA共提取技术领域,本发明公开了一种样本中DNA与RNA共提取通用方法,包括下列步骤:1)柱膜准备,2)裂解,将缓冲液1A与缓冲液1B加入所述裂解介质管;3)去杂,4)DNA/RNA分离,5)RNA纯化,6)DNA纯化,7)漂洗8)洗脱,将柱子转移到DNA与RNA回收管;收集的滤液为RNA/DNA,用于下游应用;本发明简化了操作步骤,缩短了操作时间,降低了操作失误,提高了提取效果;有效提高产量与纯度,将潜在污染 风 险降低,提高了结果的准确性与可靠性;适用于高通量处理,满足了大规模样本处理的要求;适用于大部分样本。
权利要求

1.一种样本中DNA与RNA共提取通用方法,其特征在于,包括下列步骤:
1)柱膜准备
DNA提取柱与RNA提取柱分别加入平衡缓冲液,等待≥1min,最大速度离心10s,将胶柱膜分别转移到相应新的收集管中;
2)裂解
称量样本添加到裂解介质管中;将缓冲液1A与缓冲液1B加入所述裂解介质管;通过设备裂解;通过设备离心;
3)去杂
取上清液转入2.0 mL 微型离心管;加入缓冲液2号沉淀污染物,涡旋1s,最大速度离心
2min;
4)DNA/RNA分离
将上清液转移到2.0 mL 微型离心管中,加入缓冲液3号,旋涡1s,得到溶液A;上清液与缓冲液3号的体积比为1:1;
向DNA提取柱中加入溶液A,离心,滤液用于RNA纯化;
5)RNA纯化
滤液中加入缓冲液4号,涡旋1s,得到溶液B;上清液、缓冲液3号与缓冲液4号的体积比为1:1:1;
将溶液B加入RNA提取柱,离心10s,弃滤液;重复此步骤直至全部过柱;
将RNA提取柱转移到新的RNA 收集管中,准备漂洗;
6)DNA纯化
DNA提取柱关闭收集管盖子,准备漂洗;
7)漂洗
在柱子中心加入缓冲液5号,离心,弃滤液;
在柱子中心加入缓冲液6号,离心,弃滤液;
在柱子中心加入缓冲液6号,离心30s;
将柱子放入新的收集管,最大速度离心1min;
8)洗脱
将柱子转移到相应的DNA与RNA回收管;
向柱子中央加入无酶无菌,最大速度离心1min;收集的滤液分别为RNA与DNA,用于下游应用。
2.如权利要求1所述的一种样本中DNA与RNA共提取通用方法,其特征在于,所述缓冲液
1A制备方法为:
1)称取表面活性剂磷酸二氢钠、EDTA‑2Na到配液桶中,向配液桶中加入焦酸二乙酯处理水,搅拌≥10分钟直至固体溶解,溶液澄清透明;
2)用pH计测试溶液的pH值,pH值为3.7~4.3;使用氢化钠溶液调节溶液pH至6.0~
6.6,获得缓冲液1A。
3.如权利要求1所述的一种样本中DNA与RNA共提取通用方法,其特征在于,所述缓冲液
1B制备方法为:
1)称取硫氰酸钠溶液、磷酸二氢钠放入到配液桶中;向配液桶中加入焦碳酸二乙酯处理水,搅拌≥10分钟,直至固体溶解,溶液澄清透明;
2)用pH计测试溶液的pH值,pH值为3.4~4.0;使用氢氧化钠溶液调节溶液pH至7.4~
8.0,pH调好后,向溶液中加入表面活性剂,搅拌至溶解,获得缓冲液1B。
4.如权利要求1所述的一种样本中DNA与RNA共提取通用方法,其特征在于,所述缓冲液
2号制备方法为:
1)称取氯化六水合物、乙酸铵到配液桶;向配液桶中加入焦碳酸二乙酯处理水,搅拌≥10分钟直至固体溶解,溶液澄清透明;
2)用pH计测试溶液的pH值,pH值为6.5~7.1,获得缓冲液2号,配制完成在2~8℃保存;
所述缓冲液2号用量为300 µL/样品。
5.如权利要求1所述的一种样本中DNA与RNA共提取通用方法,其特征在于,所述缓冲液
3号制备方法为:
1)称取硫氰酸胍、Tris‑HCl放入到配液桶中;向配液桶中加入焦碳酸二乙酯处理水,45℃水浴加热溶解,搅拌≥10分钟直至固体溶解,溶液澄清透明;
2)用pH计测试溶液的pH值,pH值为4.3~4.9;使用氢氧化钠溶液调节溶液pH至6.0~
6.6,获得缓冲液3号。
6.如权利要求1所述的一种样本中DNA与RNA共提取通用方法,其特征在于,所述缓冲液
4号制备方法为:
1)称取硫氰酸胍、Tris‑HCl放入到配液桶中;向配液桶中加入焦碳酸二乙酯处理水,搅拌、水浴加热溶解;搅拌≥10分钟直至固体溶解,溶液澄清透明;
2)用pH计测试溶液的pH值,pH值为4.3~4.9;使用氢氧化钠溶液调节溶液pH至6.0~
6.6;
3)按照40~60%比例向溶液中加入异丙醇,获得缓冲液4号。
7.如权利要求1所述的一种样本中DNA与RNA共提取通用方法,其特征在于,所述缓冲液
5号制备方法:
1)称取硫氰酸胍、Tris‑HCl放入到配液桶中;向配液桶中加入焦碳酸二乙酯处理水,搅拌、水浴加热溶解,搅拌≥10分钟直至固体溶解,溶液澄清透明;
2)用pH计测试溶液的pH值,pH值为4.3‑4.9;使用氢氧化钠溶液调节溶液pH至7.0~
7.6;
3)按照10~30%比例向溶液中加入乙醇,获得缓冲液5号。
8.如权利要求1所述的一种样本中DNA与RNA共提取通用方法,其特征在于,所述缓冲液
6号制备方法:
1)称取Tris‑HCl与Tris放入到塑料配液桶中;向配液桶中加入焦碳酸二乙酯处理水,搅拌≥10分钟直至固体溶解,溶液澄清透明;
2)用pH计测试溶液的pH值,pH值为6.2~6.8;使用氢氧化钠溶液调节溶液pH至7.0~
7.6;
3)按照70~90%比例向溶液中加入乙醇,获得缓冲液6号。

说明书全文

一种样本中DNA与RNA共提取通用方法

技术领域

[0001] 本发明涉及DNA与RNA共提取技术领域,尤其涉及一种样本中DNA与RNA共提取通用方法。

背景技术

[0002] 随着科技的进步与发展,人们在生物医学、基因组学、药物开发、农业科学等领域中的样本需要进行DNA/RNA提取,所以往往需要进行DNA与RNA的共提取;DNA和RNA共提取技术具有重要的实用价值,可以为基础科学研究、医学诊断和药物开发等领域提供更全面的信息和便利。
[0003] DNA与RNA共提取技术的发展一直在不断进行,以满足研究人员对于同时获得DNA和RNA的需求。现有社会下,DNA与RNA共提取技术在简化操作、提高效率和保证质量等方面有了显著的进展。这些技术的不断发展为分子生物学研究、临床诊断和个体化医学等领域提供了更多的可能性,并促进了对基因组和转录组的全面理解。
[0004] 虽然DNA和RNA共提取技术在分子生物学研究中得到了广泛应用,但也存在一些缺点和限制。以下是一些常见的DNA与RNA共提取技术的缺点: 1.复杂操作:传统的DNA和RNA共提取方法通常需要多个步骤和复杂的实验操作,包括细胞破碎、核酸分离、洗涤和纯化等。这些步骤需要耗费大量时间和精,并且容易出现操作失误,影响提取效果。
[0005]  2.低产量和低纯度:传统方法在提取过程中可能会导致DNA/RNA的损失和降解,从而导致提取的产量较低和纯度较差。特别是对于某些难以裂解的样本(如硬质组织),传统方法的效果更为有限。
[0006]  3.潜在污染险:传统方法中使用的有机溶剂试剂可能会引入潜在的污染物,例如酚/氯仿等有机溶剂可能含有有害物质。这些污染物可能对后续的实验和分析产生干扰,特别是对于低丰度的目标核酸,影响结果的准确性和可靠性。
[0007]  4.不适用于高通量处理:传统方法通常是手工操作,适用于小规模的样本处理。大规模样品处理时,可能需要进行分批处理,增加实验的复杂性和时间成本。随着高通量技术的发展和需求的增加,传统方法无法满足大规模样本处理的要求,效率较低且容易出现操作误差。
[0008] 5.样品限制:某些DNA和RNA共提取方法对样品处理量有限制,对提取样本的类型有限制,多集中在细胞和组织等样品,对于其他样品类型,如土壤粪便等环境样本,血液、尿液、唾液等体液样本处理能力有限。
[0009] 通过上述描述,可知,现有情况下急需一种样本中DNA与RNA共提取通用方法来解决问题。

发明内容

[0010] 为了解决上述问题本发明提供了一种样本中DNA与RNA共提取通用方法。
[0011] 本发明的方案是:一种样本中DNA与RNA共提取通用方法,包括下列步骤:
1)柱膜准备
DNA提取柱与RNA提取柱分别加入平衡缓冲液,等待≥1min,最大速度离心10s,将胶柱膜分别转移到相应新的收集管中;
2)裂解
称量样本添加到裂解介质管中;将缓冲液1A与缓冲液1B加入所述裂解介质管;通
过设备裂解;通过设备离心;缓冲液1A与缓冲液1B的使用,避免使用酚/氯仿裂解;
3)去杂
取上清液转入2.0 mL 微型离心管;加入缓冲液2号沉淀污染物,涡旋1s,最大速度离心2min;
4)DNA/RNA分离
将上清液转移到2.0 mL 微型离心管中,加入缓冲液3号,旋涡1s,得到溶液A;上清液与缓冲液3号的体积比为1:1;
向DNA提取柱中加入溶液A,离心,滤液用于RNA纯化;
5)RNA纯化
滤液中加入缓冲液4号,涡旋1s,得到溶液B;上清液、缓冲液3号与缓冲液4号的体积比为1:1:1;
将溶液B加入RNA提取柱,离心10s,弃滤液;重复此步骤直至全部过柱;
将RNA提取柱转移到新的RNA 收集管中;准备漂洗;
6)DNA纯化:
DNA提取柱关闭收集管盖子,准备漂洗;
7)漂洗
在柱子中心加入缓冲液5号,离心,弃滤液;
在柱子中心加入缓冲液6号,离心,弃滤液;
在柱子中心加入缓冲液6号,离心30s;
将柱子放入新的收集管,最大速度离心1min;
8)洗脱
将柱子转移相匹配的DNA与RNA回收管;
向柱子中央加入无酶无菌,最大速度离心1min;收集的滤液分别为RNA与DNA,用于下游应用。
[0012] 作为优选的技术方案,所述5)获得的RNA收集管中RNA提取柱与6)步骤获得的DNA收集管中DNA提取柱分别执行7)步骤。
[0013] 作为优选的技术方案,所述2)中将缓冲液1A与缓冲液1B加入所述裂解介质管,还加入β‑巯基乙醇
[0014] 作为优选的技术方案,所述裂解介质管中的裂解介质为化锆珠和石英砂的混合物。
[0015] 作为优选的技术方案,所述缓冲液1A制备方法为:1)称取表面活性剂磷酸二氢钠、EDTA‑2Na到配液桶中,向配液桶中加入焦酸二乙酯处理水,搅拌≥10分钟直至固体溶解,溶液澄清透明;
2)用pH计测试溶液的pH值,pH值为3.7~4.3;使用氢氧化钠溶液调节溶液pH至6.0~6.6,获得缓冲液1A。
[0016] 作为优选的技术方案,所述表面活性剂为十二烷基硫酸钠 、Triton X‑100 、Tween20其中的一种。
[0017] 作为优选的技术方案,所述缓冲液1B制备方法为:1)称取硫氰酸钠溶液、磷酸二氢钠放入到配液桶中;向配液桶中加入焦碳酸二乙酯处理水,搅拌≥10分钟,直至固体溶解,溶液澄清透明;
2)用pH计测试溶液的pH值,pH值为3.4~4.0;使用氢氧化钠溶液调节溶液pH至7.4~8.0,pH调好后,向溶液中加入表面活性剂,搅拌至溶解,获得缓冲液1B。
[0018] 作为优选的技术方案,所述表面活性剂为十二烷基硫酸钠 、Triton X‑100 、Tween20其中的一种。
[0019] 作为优选的技术方案,所述缓冲液2号制备方法为:1)称取氯化六水合物、乙酸铵到配液桶;向配液桶中加入焦碳酸二乙酯处理水,搅拌≥10分钟直至固体溶解,溶液澄清透明;
2)用pH计测试溶液的pH值,pH值为6.5~7.1,获得缓冲液2号,配制完成在2~8℃保存;所述缓冲液2号用量为300 µL/样品。
[0020] 作为优选的技术方案,所述缓冲液3号制备方法为:1)称取硫氰酸胍、Tris‑HCl放入到配液桶中;向配液桶中加入焦碳酸二乙酯处理水,45℃水浴加热溶解,搅拌≥10分钟直至固体溶解,溶液澄清透明;
2)用pH计测试溶液的pH值,pH值为4.3~4.9;使用氢氧化钠溶液调节溶液pH至6.0~6.6,获得缓冲液3号。
[0021] 作为优选的技术方案,所述缓冲液4号制备方法为:1)称取硫氰酸胍、Tris‑HCl放入到配液桶中;向配液桶中加入焦碳酸二乙酯处理水,搅拌、水浴加热溶解;搅拌≥10分钟直至固体溶解,溶液澄清透明;2)用pH计测试溶液的pH值,pH值为4.3~4.9;使用氢氧化钠溶液调节溶液pH至6.0~6.6;
3)按照40~60%比例向溶液中加入异丙醇,获得缓冲液4号。
[0022] 作为优选的技术方案,所述缓冲液5号制备方法:1)称取硫氰酸胍、Tris‑HCl放入到配液桶中;向配液桶中加入焦碳酸二乙酯处理水,搅拌、水浴加热溶解,搅拌≥10分钟直至固体溶解,溶液澄清透明;
2)用pH计测试溶液的pH值,pH值为4.3‑4.9;使用氢氧化钠溶液调节溶液pH至7.0~7.6;
3)按照10~30%比例向溶液中加入乙醇,获得缓冲液5号。
[0023] 作为优选的技术方案,所述缓冲液6号制备方法:1)称取Tris‑HCl与Tris放入到塑料配液桶中;向配液桶中加入焦碳酸二乙酯处理水,搅拌≥10分钟直至固体溶解,溶液澄清透明;
2)用pH计测试溶液的pH值,pH值为6.2~6.8;使用氢氧化钠溶液调节溶液pH至7.0~7.6;
3)按照70~90%比例向溶液中加入乙醇,获得缓冲液6号。
[0024] 作为优选的技术方案,适用样本的种类包括土壤、粪便、血液、尿液、唾液中的任意一种。
[0025] 由于采用了上述技术方案一种样本中DNA与RNA共提取通用方法,包括下列步骤:1)柱膜准备,DNA提取柱与RNA提取柱分别加入平衡缓冲液,等待≥1min,最大速度离心10s,将硅胶柱膜分别转移到相应新的收集管中;2)裂解,称量样本添加到裂解介质管中;将缓冲液1A与缓冲液1B加入所述裂解介质管;通过设备裂解;通过设备离心;3)去杂,取上清液转入2.0 mL 微型离心管;加入缓冲液2号沉淀污染物,涡旋1s,最大速度离心2min;4)DNA/RNA分离,将上清液转移到2.0 mL 微型离心管中,加入缓冲液3号,旋涡1s,得到溶液A;上清液与缓冲液3号的体积比为1:1;向DNA提取柱中加入溶液A,离心,滤液用于RNA纯化;5)RNA纯化,滤液中加入缓冲液4号,涡旋1s,得到溶液B;上清液、缓冲液3号与缓冲液4号的体积比为
1:1:1;将溶液B加入RNA提取柱,离心10s,弃滤液;重复此步骤直至全部过柱;将RNA提取柱转移到新的RNA 收集管中;准备漂洗;6)DNA纯化,DNA提取柱关闭收集管盖子,准备漂洗;7)漂洗,在柱子中心加入缓冲液5号,离心,弃滤液;在柱子中心加入缓冲液6号,离心,弃滤液;
在柱子中心加入缓冲液6号,离心30s;将柱子放入新的收集管,最大速度离心1min;8)洗脱,将柱子转移到相匹配的DNA与RNA回收管;向柱子中央加入无酶无菌水,最大速度离心1min;
收集的滤液分别为RNA与DNA,用于下游应用。
[0026] 本发明的优点:本发明简化了操作步骤,缩短了操作时间,降低了操作失误,提高了提取效果;有效提高产量与纯度,将潜在污染风险降低,提高了结果的准确性与可靠性;适用于高通量处理,满足了大规模样本处理的要求;适用于大部分样本。
附图说明
[0027] 图1为本发明实施例1测试缓冲液2号不同用量的DNA‑Nano浓度数据图;图2为本发明实施例1测试缓冲液2号不同用量的DNA‑260/280数据图;
图3为本发明实施例1测试缓冲液2号不同用量的DNA‑260/230数据图;
图4为本发明实施例1测试缓冲液2号不同用量提取250mg SG4土壤DNA的电泳图;
图5为本发明实施例1测试缓冲液2号不同用量提取500mg SG4土壤DNA的电泳图;
图6为本发明实施例1测试缓冲液2号不同用量的RNA‑Nano浓度数据图;
图7为本发明实施例1测试缓冲液2号不同用量的RNA‑260/280数据图;
图8为本发明实施例1测试缓冲液2号不同用量的RNA‑260/230数据图;
图9为本发明实施例1测试缓冲液2号不同用量提取250mg SG4土壤RNA的电泳图;
图10为本发明实施例1测试缓冲液2号不同用量提取500mg SG4土壤RNA的电泳图;
图11为本发明实施例1测试缓冲液2号不同用量和加入缓冲液2号后不同离心时间
对DNA和RNA提取的数据表图;
图12为本发明实施例1测试缓冲液2号不同用量和加入缓冲液2号后不同离心时间
对DNA影响的电泳图;
图13为本发明实施例1测试缓冲液2号不同用量和加入缓冲液2号后不同离心时间
对RNA影响的电泳图;
图14为本发明实施例1测试缓冲液2号不同用量和加入缓冲液2号后不同离心时间
对DNA和RNA的Nano浓度数据图;
图15为本发明实施例1测试缓冲液2号不同用量和加入缓冲液2号后不同离心时间
对DNA和RNA的A260/A280数据图;
图16为本发明实施例1测试缓冲液2号不同用量和加入缓冲液2号后不同离心时间
对DNA和RNA的A260/A230数据图;
图17为本发明实施例1中测试对DNA提取的数据图;
图18为本发明实施例1中测试缓冲液4号中异丙醇不同比例对RNA影响的数据图;
图19为本发明实施例1中测试对DNA提取的电泳图;
图20为本发明实施例1中测试缓冲液4号中异丙醇不同比例对RNA影响的电泳图;
图21为本发明实施例1中测试不同DNA提取柱对DNA与RNA提取影响的数据图;
图22为本发明实施例1中测试不同DNA提取柱对DNA提取影响的电泳图;
图23为本发明实施例1中测试不同DNA提取柱对RNA提取影响的电泳图;
图24为本发明实施例1中测试不同DNA提取柱对DNA与RNA提取的Nano浓度数据图,
其中横向坐标轴上组别中数字分别对应图22中设置的相应数字组;
图25为本发明实施例1中测试不同DNA提取柱对DNA与RNA提取的A260/A280数据
图,其中横向坐标轴上组别中数字分别对应图22中设置的相应数字组;
图26为本发明实施例1中测试不同DNA提取柱对DNA与RNA提取的A260/A230数据
图,其中横向坐标轴上组别中数字分别对应图22中设置的相应数字组;
图27为本发明实施例1中测试不同RNA提取柱对DNA和RNA提取的影响数据图;
图28为本发明实施例1中测试不同RNA提取柱对RNA提取影响的电泳图;
图29为本发明实施例1中测试对DNA提取的电泳图;
图30为本发明实施例1中测试不同RNA提取柱对DNA和RNA提取的Nano浓度数据图,
其中横向坐标轴上组别中数字分别对应图28中设置的相应数字组;
图31为本发明实施例1中测试不同RNA提取柱对DNA和RNA提取的A260/A280数据
图,其中横向坐标轴上组别中数字分别对应图22中设置的相应数字组;
图32为本发明实施例1中测试不同RNA提取柱对DNA和RNA提取的A260/A230数据
图,其中横向坐标轴上组别中数字分别对应图22中设置的相应数字组;
图33为本发明测试实施例1与对比例对相同样本DNA和RNA提取的Nano浓度数据差
别图;
图34为本发明测试实施例1与对比例对相同样本DNA和RNA提取的A260/A280数据
差别图;
图35为本发明测试实施例1与对比例对相同样本DNA和RNA提取的A260/A230数据
差别图;
图36为本发明测试实施例1与对比例对相同样本DNA提取的电泳差别图;
图37为本发明测试实施例1与对比例对相同样本RNA提取的电泳差别图;
图38为本发明测试实施例1与对比例对DNA提取的Nano浓度数据差别图;
图39为本发明测试实施例1与对比例对RNA提取的Nano浓度数据差别图;
图40为本发明测试实施例1与对比例对DNA与RNA提取的电泳差别图;
图41为本发明测试实施例1与对比例对DNA提取的A260/A280数据差别图;
图42为本发明测试实施例1与对比例对DNA提取的A260/A230数据差别图;
图43为本发明测试实施例1与对比例对RNA提取的A260/A280数据差别图;
图44为本发明测试实施例1与对比例对RNA提取的A260/A230数据差别图;
图45为本发明测试实施例2与对比例对DNA与RNA提取的Nano浓度数据差别图;
图46为本发明测试实施例2与对比例对DNA与RNA提取的A260/A280数据差别图;
图47为本发明测试实施例2与对比例对DNA与RNA提取的A260/A230数据差别图;
图48为本发明测试实施例2与对比例对DNA与RNA提取的电泳差别图。

具体实施方式

[0028] 本发明提供了一种样本中DNA与RNA共提取通用方法。
[0029] 为了使本发明实现的技术手段、创作特征、达成目的与功效易于明白了解,下面结合具体实施例,进一步阐述本发明。
[0030] 1)柱膜准备DNA提取柱与RNA提取柱分别加入平衡缓冲液,等待≥1min,最大速度离心10s,将硅胶柱膜分别转移到相应新的收集管中;
2)裂解
称量样本添加到裂解介质管中;将150μL缓冲液1A与600μL缓冲液1B加入所述裂解介质管(如果担心核酸完整性可添加8 μL β‑巯基乙醇);2500~2700rpm 涡旋15 min或设备以5m/sec裂解35sec;最大速度离心2min;
3)去杂
取上清液转入2.0 mL 微型离心管;加入300μL缓冲液2号沉淀污染物,涡旋1s,最大速度离心2min;
4)DNA/RNA分离
将上清液转移到2.0 mL 微型离心管中,加入1体积的缓冲液3号,旋涡1s,得到溶液A;上清液与缓冲液3号的体积比为1:1;
向DNA提取柱中加入700μL溶液A,15000rpm离心10s,收集滤液,盖上装有滤液的收集管盖子;
将DNA提取柱放入新的DNA收集管中,将剩余的溶液A加入DNA提取柱,15000rpm离
心10s,收集滤液,盖上装有滤液的收集管盖子;将DNA 提取柱放入新的DNA收集管中,并将两次的滤液混合用于RNA纯化;
5)RNA纯化
滤液中加入步骤4)上清液1体积的缓冲液4号,涡旋1s,得到溶液B;上清液、缓冲液
3号与缓冲液4号的体积比为1:1:1;
将800μL溶液B加入RNA提取柱,15000rpm离心10s,弃滤液;重复此步骤直至全部过柱;
将RNA提取柱转移到新的RNA 收集管中,准备漂洗;
6)DNA纯化:
DNA提取柱关闭收集管盖子,准备漂洗;
7)漂洗
向DNA提取柱和RNA提取柱中心分别加入700μL缓冲液5号,15000rpm离心10s,弃滤液;
向DNA提取柱和RNA提取柱中心分别加入700μL缓冲液6号,15000rpm离心10s,弃滤液;
向DNA提取柱和RNA提取柱中心分别加入500μL缓冲液6号,15000rpm离心30s;
将DNA提取柱和RNA提取柱分别放入新的收集管,最大速度离心1min;
8)洗脱
将DNA提取柱和RNA提取柱分别转移到DNA收集管和RNA收集管;
向DNA提取柱和RNA提取柱中心分别加入100μL无酶无菌水,最大速度离心1min;收集的滤液分别为DNA与RNA,用于下游应用。
[0031] 所述裂解介质管中的裂解介质为氧化锆珠和石英砂的混合物。
[0032] 裂解介质配制表
[0033] 所述样本为250~500mg的土壤(SG4)。
[0034] 1.焦碳酸二乙酯处理水配制表1:
[0035] (1)称量纯化水加入到玻璃配液瓶中,用移液枪准确抽取DEPC液体,加入到称好的纯化水中,盖好瓶盖,将玻璃配液瓶水平放在桌面上,快速摇动直至有大量白色气泡产生,再继续摇2min,竖起玻璃配液瓶后气泡快速消失,目视DEPC已完全融入水中,瓶身上无明显DEPC挂壁痕迹,再静置12小时以上。
[0036] (2)溶液静置后,需高温灭菌处理。配液瓶盖拧松后,将配液瓶放入高温灭菌锅中,121℃灭菌30分钟。配制完成后盖好盖子存放备用,并在两周内使用,过期作废。
[0037] 2.缓冲液 1A配制表2:
[0038] (1)称取表面活性剂、磷酸二氢钠、EDTA‑2Na到配液桶中,向配液桶中加入焦碳酸二乙酯处理水,至少搅拌10分钟直至固体溶解,溶液澄清透明。所述表面活性剂为十二烷基硫酸钠。
[0039] (2)用pH计测试溶液的pH值,pH值(25 ℃)应在3.7‑4.3。使用氢氧化钠溶液调节溶液pH至6.0‑6.6。
[0040] 3.缓冲液1B配制表3:
[0041] (1)称取硫氰酸钠溶液、磷酸二氢钠放入到配液桶中。向配液桶中加入焦碳酸二乙酯处理水,至少搅拌10分钟直至固体溶解,溶液澄清透明。
[0042] (2)用pH计测试溶液的pH值,pH值(25 ℃)应在3.4~4.0。使用NaOH溶液调节溶液pH至7.4~8.0。pH调好后,向溶液中加入表面活性剂,搅拌至溶解。所述表面活性剂为Triton X‑100 。
[0043] 4.缓冲液2号配制表4:
[0044] (1)称取氯化铝六水合物、乙酸铵到配液桶。向配液桶中加入焦碳酸二乙酯处理水,至少搅拌10分钟直至固体溶解,溶液澄清透明。
[0045] (2)用pH计测试溶液的pH值,pH值(25℃)应为6.5‑7.1,此溶液不用调节pH值。注意:配好后需2‑8℃保存。
[0046] 缓冲液2号操作过程中用量为300 µL/样品,分别测试过150/200/250/300 µL四种不同用量,随着使用量的增加,提取DNA和RNA的收率会有不同程度降低,但是纯度会提升,经验证将这一步骤的离心时间由1分钟增加到2分钟,在用量是300 µL/样品的情况下增加收率并保持高纯度(详见图1、图2、图3、图4、图5、图6、图7、图8、图9、图10、图11、图12、图13、图14、图15与图16)
[0047] 5.缓冲液3号配制表5:
[0048] (1)称取硫氰酸胍、Tris‑HCl放入到配液桶中。向配液桶中加入焦碳酸二乙酯处理水,至少搅拌10分钟直至固体溶解,溶液澄清透明。
[0049] (2)用pH计测试溶液的pH值,pH值(25℃)应在4.3~4.9。使用NaOH溶液调节溶液pH至6.0~6.6。
[0050] 6.缓冲液4号配制表6:
[0051] (1)称取硫氰酸胍、Tris‑HCl放入到配液桶中。向配液桶中加入焦碳酸二乙酯处理水,至少搅拌10分钟直至固体溶解,溶液澄清透明。
[0052] (2)用pH计测试溶液的pH值,pH值(25℃)应在4.3~4.9。使用NaOH溶液调节溶液pH至6.0~6.6。
[0053] (3)按照40~60%比例向溶液中加入异丙醇。效果详见图17、图18、图19与图20。
[0054] 7.缓冲液5号配制表7:
[0055] (1)称取硫氰酸胍、Tris‑HCl放入到配液桶中。向配液桶中加入焦碳酸二乙酯处理水,至少搅拌10分钟直至固体溶解,溶液澄清透明。
[0056] (2)用pH计测试溶液的pH值,pH值(25℃)应在4.3~4.9。使用NaOH溶液调节溶液pH至7.0~7.6。
[0057] (3)按照10~30%比例向溶液中加入乙醇。
[0058] 8.缓冲液6号配制表8:
[0059] (1)用电子秤称取Tris‑HCl和Tris放入到塑料配液桶中。向配液桶中加入焦碳酸二乙酯处理水,开启电动搅拌器,至少搅拌10分钟直至固体溶解,溶液澄清透明。
[0060] (2)用pH计测试溶液的pH值,pH值(25℃)应为6.2~6.8。使用NaOH溶液调节溶液pH至7.0~7.6。
[0061] (3)按照70~90%比例向溶液中加入乙醇。
[0062] 9.无酶无菌水配液表1:
[0063] 10.平衡缓冲液配制表9:
[0064] (1)称取氢氧化钠放入到配液桶中,加入焦碳酸二乙酯处理水,至少搅拌10分钟直至固体溶解,溶液澄清透明。
[0065] 所述DNA提取柱为DNA Column 、RNA提取柱为 RNA Column。硅胶柱膜高效分离DNA与RNA。
[0066] 对比实验1实施例1制备测量收率与纯度为实施例组;
对比例1,按照实施例1步骤,唯一区别为DNA提取柱为生工,测量收率与纯度;
对比例2,按照实施例1步骤,唯一区别为DNA提取柱为Jie Tee,测量收率与纯度;
对比例3,按照实施例1步骤,唯一区别为DNA提取柱为Magen,测量收率与纯度;
进行对比,结果发现生工和Jie Tee与目前所用DNA Column相当,Magen收率偏低,从DNA纯度来看,但考虑到成本及稳定性来说,最终确定为目前所用的DNA Column。(见图
21、图22、图23、图24、图25与图26)。
[0067] 比较了RNA提取柱,最终选择了目前所用的RNA Column。所选 RNA Column与新景在收率和纯度结果上均相当,所选 RNA Column稳定性更好(见图27、图28、图29、图30、图31与图32)。
[0068] 对比实验4使用本申请配制的各缓冲液,DNA和RNA提取柱分别采用本实施例1(图示实施例
组)和对比例4(图示Zymo),从结果看出,对比例DNA提取柱膜对DNA的提取不完全,导致提取出来的RNA中有明显的DNA残留,不满足DNA和RNA分离的目的(见图33、图34、图35、图36与图
37)。
[0069] 对比实验5提取土壤样本250mg,采用实施例1提取,对比例5使用Zymo产品进行提取,两者提取后分别进行收率与纯度检测,结果详见图38、图39、图40、图41、图42、图43与图44。
[0070] 实施例2样本为提取血液样本200µL。
[0071] 1)柱膜准备DNA提取柱与RNA提取柱分别加入平衡缓冲液,等待≥1min,最大速度离心10s,将硅胶柱膜分别转移到相应新的收集管中;
2)裂解
称量样本添加到裂解介质管中;将150μL缓冲液1A与600μL缓冲液1B加入所述裂解介质管;(如果担心核酸完整性可添加8 μL β‑巯基乙醇);2500~2700rpm 涡旋15 min或设备以5m/sec裂解35sec;最大速度离心2min;
3)去杂
取上清液转入2.0 mL 微型离心管;加入300μL缓冲液2号沉淀污染物,涡旋1s,最大速度离心2min;
4)DNA/RNA分离
将上清液转移到2.0 mL 微型离心管中,加入1体积的缓冲液3号,旋涡1s,得到溶液A;上清液与缓冲液3号的体积比为1:1;
向DNA提取柱中加入700μL溶液A,15000rpm离心10s,收集滤液,盖上装有滤液的收集管盖子;
将DNA提取柱放入新的DNA收集管中,将剩余的溶液A加入DNA提取柱,15000rpm离
心10s,收集滤液,盖上装有滤液的收集管盖子;将DNA 提取柱放入新的DNA收集管中,并将两次的滤液混合用于RNA纯化;
5)RNA纯化
滤液中加入步骤4)上清液1体积的缓冲液4号,涡旋1s,得到溶液B;上清液、缓冲液
3号与缓冲液4号的体积比为1:1:1;
将800μL溶液B加入RNA提取柱,15000rpm离心10s,弃滤液;重复此步骤直至全部过柱;
将RNA提取柱转移到新的RNA 收集管中,准备漂洗;
6)DNA纯化:
DNA提取柱关闭收集管盖子,准备漂洗;
7)漂洗
向DNA提取柱和RNA提取柱中心分别加入700μL缓冲液5号,15000rpm离心10s,弃滤液;
向DNA提取柱和RNA提取柱中心分别加入700μL缓冲液6号,15000rpm离心10s,弃滤液;
向DNA提取柱和RNA提取柱中心分别加入500μL缓冲液6号,15000rpm离心30s;
将DNA提取柱和RNA提取柱分别放入新的收集管,最大速度离心1min;
8)洗脱
将DNA提取柱和RNA提取柱分别转移到DNA收集管和RNA收集管;
向DNA提取柱和RNA提取柱中心分别加入100μL无酶无菌水,最大速度离心1min;收集的滤液分别为DNA与RNA,用于下游应用。
[0072] 所述裂解介质管中的裂解介质为氧化锆珠和石英砂的混合物。
[0073] 裂解介质配制、焦碳酸二乙酯处理水配制、缓冲液 1A配制、缓冲液1B配制、缓冲液2号配制、缓冲液3号配制、缓冲液4号配制、缓冲液5号配制、缓冲液6号配制、无酶无菌水与平衡缓冲液配制与实施例1中各配置相同。
[0074] 所述DNA提取柱为DNA Column 、RNA提取柱为 RNA Column。硅胶柱膜高效分离DNA与RNA。
[0075] 对比实验6提取血液样本200µL,采用实施例2提取,对比例6使用Zymo产品进行提取,两者提取后分别进行收率与纯度检测,结果详见图45、图46、图47与图48。
[0076] 以上显示和描述了本发明的基本原理、主要特征及本发明的优点。本行业的技术人员应该了解,本发明不受上述实施例的限制,上述实施例和说明书中描述的只是说明本发明的原理,在不脱离本发明精神和范围的前提下,本发明还会有各种变化和改进,这些变化和改进都落入要求保护的本发明范围内。本发明要求保护范围由所附的权利要求书及其等效物界定。
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