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调节免疫应答的化合物和方法

阅读:515发布:2022-01-31

专利汇可以提供调节免疫应答的化合物和方法专利检索,专利查询,专利分析的服务。并且本 发明 涉及鉴定结合称为Clec9A的树突细胞标记物的蛋白。本发明提供用于靶向 治疗 剂(例如针对树突细胞的 抗原 )的新化合物。也提供调节针对抗原的体液和/或T细胞介导的免疫应答的方法,将细胞毒性制剂递送到涉及患病的状态的树突细胞的方法,调节具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分的摄取和/或清除的方法,及调节源于具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分的物质的抗原识别,加工和/或呈递,以及调节对于源于具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分的物质的免疫应答的方法。,下面是调节免疫应答的化合物和方法专利的具体信息内容。

1.包括缀合于治疗剂的多肽的化合物,其中多肽包括:
(i)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的基酸序列;
(ii)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列;和/或(iii)(i)或(ii)的生物学活性片段
且其中所述化合物的多肽结合包括以下氨基酸序列的第二多肽:
(a)SEQ ID NO:1~8中任一项所示的氨基酸序列;和/或
(b)至少50%同于SEQ ID NO:1~8之任一项或多项的氨基酸序列。
2.权利要求1的化合物,其中多肽包括至少90%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列。
3.权利要求1或权利要求2的化合物,其中治疗剂是抗原
4.权利要求3的化合物,其中抗原是癌抗原,自身抗原,来自病原性和/或感染性生物的过敏原和/或抗原。
5.权利要求1或权利要求2的化合物,其中治疗剂是细胞毒性制剂。
6.权利要求1或权利要求2的化合物,其中治疗剂是药物和/或药剂。
7.包括缀合于可检测的标记物的多肽的化合物,其中多肽包括:
(i)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;
(ii)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列;和/或(iii)(i)或(ii)的生物学活性片段,
且其中所述化合物的多肽结合包括以下氨基酸序列的第二多肽:
(a)SEQ ID NO:1~8中任一项所示的氨基酸序列;和/或
(b)至少50%同于SEQ ID NO:1~8之任一项或多项的氨基酸序列。
8.结合多肽的化合物,所述多肽包括:
(i)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;
(ii)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列;和/或(iii)(i)或(ii)的生物学活性片段。
9.权利要求8的化合物,其结合包括至少90%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列的多肽。
10.权利要求8或权利要求9的化合物,其为多肽。
11.权利要求10的化合物,其为抗体或其抗原性结合片段。
12.权利要求11的化合物,其中抗体是单克隆抗体,人源化的抗体,单链抗体,二体,三体或四体。
13.权利要求8~12中任一项的化合物,其缀合于治疗剂。
14.权利要求13的化合物,其中治疗剂是抗原。
15.权利要求14的化合物,其中抗原是癌抗原,自身抗原,来自病原性和/或感染性生物的过敏原和/或抗原。
16.权利要求13的化合物,其中治疗剂是细胞毒性制剂。
17.权利要求13的化合物,其中治疗剂是药物和/或药剂。
18.权利要求8~17中任一项的化合物,其为经可检测标记的。
19.组合物,其包括权利要求1~18中任一项的化合物和药学可接受的载体。
20.权利要求19的组合物,其还包括佐剂。
21.权利要求19或权利要求20的组合物,其中化合物包裹在脂质体内,或暴露于脂质体表面。
22.调节受试者的免疫应答的方法,所述方法包括给受试者施用权利要求1~18中任一项的化合物和/或权利要求19~21中任一项的组合物。
23.权利要求22的方法,其中诱导和/或增强针对抗原的免疫应答。
24.权利要求22的方法,其中针对自身抗原或过敏原的免疫应答降低。
25.调节受试者中针对抗原的免疫应答的方法,所述方法包括:
●使树突细胞或其前体体外暴露于权利要求1~18中任一项的化合物,和/或权利要求19~21中任一项的组合物,及
●将所述细胞施用于受试者。
26.权利要求25的方法,其中细胞已从受试者分离。
27.权利要求22~26中任一项的方法,其包括调节体液和/或T细胞介导的应答。
28.权利要求27的方法,其包括调节幼稚的CD8+T细胞活化和/或幼稚的CD4+T细胞活化。
29.治疗和/或预防涉及树突细胞或其前体的疾病的方法,所述方法包括给受试者施用权利要求1~18中任一项的化合物,和/或权利要求19~21中任一项的组合物。
30.权利要求18的方法,其包括施用权利要求5,6,16或17的化合物。
31.治疗和/或预防涉及树突细胞或其前体的疾病的方法,所述方法包括给受试者施用编码当在受试者细胞中存在时相比缺乏所述多核苷酸的细胞,在细胞中调节包括下列氨基酸序列的多肽的活性平的所述多核苷酸的分离的多核苷酸和/或构建体:
(i)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;和/或
(ii)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列。
32.权利要求31的方法,其中多核苷酸下调细胞中多肽的活性水平,且其中多核苷酸选自:反义多核苷酸,正义多核苷酸,催化性多核苷酸,微RNA和双链RNA。
33.权利要求29~32中任一项的方法,其中涉及树突细胞或其前体的疾病是癌,感染,自身免疫疾病或过敏。
34.权利要求33的方法,其中自身免疫疾病是红斑狼疮。
35.权利要求33的方法,其中感染是疟原虫属(Plasmodium sp.)感染。
36.调节受试者中具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分的摄取和/或清除的方法,所述方法包括施用:
(i)多肽,其包括:
(a)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;
(b)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列;和/或(c)(a)或(b)的生物学活性片段,
(ii)权利要求1~18中任一项的化合物,和/或
(iii)权利要求19~21中任一项的组合物。
37.调节受试者中源于具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分,或周围的细胞的物质的抗原识别,加工和/或呈递的方法,所述方法包括施用:
(i)多肽,其包括:
(a)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;
(b)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列;和/或(c)(a)或(b)的生物学活性片段,
(ii)权利要求1~18中任一项的化合物,和/或
(iii)权利要求19~21中任一项的组合物。
38.调节受试者中对于源于具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分,或周围的细胞的物质的免疫应答的方法,所述方法包括施用:
(i)多肽,其包括:
(a)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;
(b)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列;和/或(c)(a)或(b)的生物学活性片段,
(ii)权利要求1~18中任一项的化合物,和/或
(iii)权利要求19~21中任一项的组合物。
39.调节受试者中具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分的摄取和/或清除的方法,所述方法包括施用调节多肽产生的化合物,所述多肽包括:
(i)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;
(ii)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列;和/或(iii)(i)或(ii)的生物学活性片段。
40.调节受试者中源于具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分,或周围的细胞的物质的抗原识别,加工和/或呈递的方法,所述方法包括施用调节多肽产生的化合物,所述多肽包括:
(i)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;
(ii)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列;和/或(iii)(i)或(ii)的生物学活性片段。
41.调节受试者中对于源于具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分,或周围的细胞的物质的免疫应答的方法,所述方法包括施用调节多肽产生的化合物,所述多肽包括:
(i)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;
(ii)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列;和/或(iii)(i)或(ii)的生物学活性片段。
42.权利要求39~41中任一项的方法,其中化合物是多核苷酸。
43.权利要求42的方法,其中多核苷酸可操作连接到能引导所述多核苷酸在动物细胞中表达的启动子。
44.权利要求42或权利要求43的方法,其中多核苷酸下调来自编码多肽的基因的mRNA水平。
45.权利要求44的方法,其中多核苷酸选自:反义多核苷酸,正义多核苷酸,催化性多核苷酸,微RNA和双链RNA。
46.权利要求42或权利要求43的方法,其中多核苷酸上调来自编码多肽的基因的mRNA水平。
47.权利要求36或权利要求39的方法,其中具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分的摄取和/或清除增加。
48.权利要求36或权利要求39的方法,其中具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分的摄取和/或清除降低。
49.权利要求37或权利要求40的方法,其中源于具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分,或周围的细胞的物质的抗原识别,加工和/或呈递增加。
50.权利要求37或权利要求40的方法,其中源于具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分,或周围的细胞的物质的抗原识别,加工和/或呈递降低。
51.权利要求38或权利要求41的方法,其中对于源于具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分,或周围的细胞的物质的免疫应答增加。
52.权利要求38或权利要求41的方法,其中对于源于具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分,或周围的细胞的物质的免疫应答降低。
53.权利要求36~52中任一项的方法,其中受试者患有选自下列的疾病:移植物抗宿主病(GVHD),自身免疫疾病,感染,神经退行性疾病,全身性炎症反应综合征(SIRS),癌和损伤。
54.权利要求1~18中任一项的化合物,和/或权利要求19~21中任一项的组合物用于制备调节受试者的免疫应答的药物的用途。
55.体外暴露于权利要求1~18中任一项的化合物和/或权利要求19~21中任一项的组合物的树突细胞或其前体用于制备调节受试者中针对抗原的免疫应答的药物的用途。
56.权利要求1~18中任一项的化合物和/或权利要求19~21中任一项的组合物用于制备治疗和/或预防受试者中涉及树突细胞或其前体的疾病的药物的用途。
57.下列物质用于制备调节受试者中具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分的摄取和/或清除的药物的用途:
(i)多肽,其包括:
(a)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;
(b)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列;和/或(c)(a)或(b)的生物学活性片段,
(ii)权利要求1~18中任一项的化合物,和/或
(iii)权利要求19~21中任一项的组合物。
58.下列物质用于制备调节受试者中源于具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分,或周围的细胞的物质的抗原识别,加工和/或呈递的药物的用途:
(i)多肽,其包括:
(a)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;
(b)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列;和/或(c)(a)或(b)的生物学活性片段,
(ii)权利要求1~18中任一项的化合物,和/或
(iii)权利要求19~21中任一项的组合物。
59.下列物质用于制备调节受试者中对于源于具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分,或周围的细胞的物质的免疫应答的药物的用途:
(i)多肽,其包括:
(a)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;
(b)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列;和/或(c)(a)或(b)的生物学活性片段,
(ii)权利要求1~18中任一项的化合物,和/或
(iii)权利要求19~21中任一项的组合物。
60.调节多肽产生的化合物用于制备调节受试者中具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分的摄取和/或清除的药物的用途,所述多肽包括:
(i)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;
(ii)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列;和/或(iii)(i)或(ii)的生物学活性片段。
61.调节多肽产生的化合物用于制备调节受试者中源于具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分,或周围的细胞的物质的抗原识别,加工和/或呈递的药物的用途,所述多肽包括:
(i)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;
(ii)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列;和/或(iii)(i)或(ii)的生物学活性片段。
62.调节多肽产生的化合物用于制备调节受试者中对于源于具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分,或周围的细胞的物质的免疫应答的药物的用途,所述多肽包括:
(i)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;
(ii)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列;和/或(iii)(i)或(ii)的生物学活性片段。
63.诊断,预后和/或监控与具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞相关的疾病的状态的方法,所述方法包括:
(i)使细胞与结合多肽的化合物接触,所述多肽包括:
(a)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;
(b)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列;和/或(c)(a)或(b)的生物学活性片段,以及
(ii)确定多肽存在与否,
其中多肽的存在提供疾病的诊断,预后和/或状态。
64.权利要求63的方法,其中化合物是抗体或其抗原性结合片段。
65.权利要求63或权利要求64的方法,其中化合物是经可检测标记的。
66.权利要求63~65中任一项的方法,其在受试者体内进行。
67.权利要求63~65中任一项的方法,其在从受试者获得的样品中体外进行。
68.权利要求63~67中任一项的方法,其中疾病选自:移植物抗宿主病(GVHD),自身免疫疾病,感染,神经退行性疾病,全身性炎症反应综合征(SIRS),癌和损伤。
69.监控用于杀死细胞的治疗的有效性的方法,所述方法包括:
(i)使细胞暴露于治疗,以及
(ii)使用权利要求63~68中任一项的方法检测具有破裂的细胞膜的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分,
其中具有破裂的细胞膜的细胞,死亡中的细胞或死细胞的存在表明治疗有效。
70.权利要求69的方法,其中步骤(i)中的细胞在体内。
71.权利要求69或权利要求70的方法,其中治疗施用于受试者。
72.权利要求69的方法,其中受试者患癌或感染。
73.权利要求69~72中任一项的方法,其中步骤(ii)对从受试者获得的样品进行。
74.权利要求69~73中任一项的方法,其中治疗是药物治疗或放射治疗
75.区分早期阶段凋亡细胞和晚期阶段凋亡细胞,坏死细胞或死细胞的方法,所述方法包括:
(i)使细胞与结合下列物质的化合物接触:
(a)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;
(b)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列;和/或(c)(a)或(b)的生物学活性片段,以及
(ii)确定化合物与多肽的结合存在与否,
其中化合物结合多肽表明细胞是晚期阶段凋亡细胞,坏死细胞或死细胞。
76.调节受试者中针对抗原的免疫应答的方法,所述方法包括:
(i)获得一群树突细胞或其前体,
(ii)调节多肽的产生和/或活性,所述多肽包括:
(a)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;
(b)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列;和/或(c)(a)或(b)的生物学活性片段,
(iii)使树突细胞或其前体与抗原接触,以及
(iv)给受试者施用树突细胞或其前体。
77.权利要求76的方法,其中步骤(iii)包括使树突细胞或其前体与包括所述抗原的具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞,死细胞,和/或其部分接触。
78.权利要求76或权利要求77的方法,其中步骤(iii)包括:
(a)获得包括抗原的细胞,
(b)破裂细胞的细胞膜,以及
(c)使步骤(b)的产物与树突细胞或其前体接触。
79.权利要求76~78中任一项的方法,其还包括,在步骤(ii)之前,富集表达多肽的细胞群。
80.从样品富集树突细胞,或其亚组或前体的方法,包括:
(i)使包括树突细胞或其前体的样品与权利要求1~4,7~15或18中任一项的化合物接触,以及
(ii)分离结合于化合物的细胞。
81.从样品富集树突细胞,或其亚组或前体的方法,包括:
(i)使包括树突细胞或其前体的样品与可检测标记的第一多核苷酸接触,所述第一多核苷酸与编码多肽的第二多核苷酸杂交,所述多肽包括:
(a)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;和/或
(b)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列,以及(ii)分离可检测标记的细胞。
82.权利要求80或权利要求81的方法,其中将从步骤(ii)获得的细胞施用于受试者。
83.权利要求82的方法,其中施用细胞以治疗和/或预防选自下列的疾病:癌,感染,自身免疫疾病或过敏。
84.检测样品中树突细胞,或其亚组或前体的方法,包括:
(i)使包括树突细胞或其前体的样品与权利要求1~4,7~15或18中任一项的化合物接触,以及
(ii)检测结合于化合物的细胞。
85.检测样品中树突细胞,或其亚组或前体的方法,包括:
(i)使包括树突细胞或其前体的样品与可检测标记的第一多核苷酸接触,所述第一多核苷酸与编码多肽的第二多核苷酸杂交,所述多肽包括:
(a)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;和/或
(b)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列,以及(ii)检测可检测标记的细胞。
86.检测受试者中树突细胞,或其亚组或前体的方法,包括:
(i)给受试者施用权利要求1~4,7~15或18中任一项的化合物,
(ii)检测结合于化合物的细胞。
87.权利要求84或权利要求86的方法,其中化合物是经可检测标记的。
88.检测受试者中树突细胞,或其亚组或前体的方法,包括:
(i)给受试者施用可检测标记的第一多核苷酸,所述第一多核苷酸与编码多肽的第二多核苷酸杂交,所述多肽包括:
(a)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;和/或
(b)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列,及,(ii)检测可检测标记的细胞。
89.权利要求80~88中任一项的方法,其中树突细胞表达一种或多种下列标记物:
CD8,CD24,Necl-2,CD11c,HLADR和BDCA3。
90.检测具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞的方法,所述方法包括:
(i)使细胞与结合多肽的化合物接触,所述多肽包括:
(a)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;
(b)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列;和/或(c)(a)或(b)的生物学活性片段,以及
(ii)确定化合物与多肽的结合存在与否,
其中化合物结合多肽表明细胞具有破裂的细胞膜,经病原体感染,在死亡中或死亡。
91.编码权利要求1~21中任一项的化合物的分离的和/或外源多核苷酸,其中化合物是多肽。
92.当在受试者细胞中存在时,相比缺乏所述多核苷酸的细胞,在细胞中调节多肽的活性水平的分离的多核苷酸,其中多肽包括:
(i)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;
(ii)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列;和/或(iii)(i)或(ii)的生物学活性片段。
93.载体,其包括权利要求91至权利要求92的至少一种多核苷酸。
94.权利要求93的载体,其为表达载体。
95.宿主细胞,其包括权利要求91至权利要求92的至少一种多核苷酸,和/或权利要求93或权利要求94的至少一种载体。
96.权利要求95的宿主细胞,其为细菌,酵母,昆虫,动物或植物细胞。
97.富集的树突细胞群和/或其前体,其通过权利要求80~83中任一项的方法得到。
98.扩展的树突细胞群,和/或其前体,其通过培养权利要求97的富集的树突细胞群和/或其前体得到。
99.组合物,其包括:
权利要求91至权利要求92的多核苷酸,
权利要求93或权利要求94的载体,
权利要求95或权利要求96的宿主细胞,和/或
权利要求97或权利要求98的细胞群,及
药学可接受的载体。
100.试剂盒,其包括:
权利要求1~18中任一项的化合物,
权利要求91至权利要求92的多核苷酸,
权利要求93或权利要求94的载体,
权利要求95或权利要求96的宿主细胞,
权利要求97或权利要求98的细胞群,和/或
权利要求19~21或99中任一项的组合物。

说明书全文

调节免疫应答的化合物和方法

【技术领域】

[0001] 本发明涉及鉴定结合称为Clec9A的树突细胞标记物的蛋白。本发明提供用于靶向治疗剂例(如针对树突细胞的抗原)的新化合物。也提供调节针对抗原的体液和/或T细胞介导的免疫应答的方法,将细胞毒性制剂递送到涉及患病的状态的树突细胞的方法,调节具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分的摄取和/或清除的方法,及调节源于具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分的物质的抗原识别,加工和/或呈递,以及调节对于源于具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分的物质的免疫应答的方法。【背景技术】
[0002] 【树突细胞生物学】
[0003] 树突细胞(DC)见于多数组织,其中它们连续采集抗原性环境和使用几种类型的受体来监控侵袭病原体。在稳定状态下,及检测病原体之后以增加的速度,非-淋巴样组织中的前哨DC迁移到淋巴样器官,在那里它们将收集和处理的Ag呈递于T细胞。T细胞获取的表型依赖于DC呈递其Ag的环境。如果Ag是无害的自身成分,DC可诱导各形成的T细胞无应答性(耐受性)(Kenna et al.,2008)。但是,如果Ag源于病原体,或损伤自身,DC接受危险信号,活化,然后T细胞刺激成为效应子,对于提供保护性免疫是必需的(Heath and Villadangos,2005)。而且,DC可指导效应子T细胞获取不同的能(迁移性质,细胞因子分泌),其经修饰抵御特定病原体。修饰免疫需要的信息由DC-病原体相互作用决定,且经分泌的细胞因子或膜蛋 白由DC传递给T细胞。
[0004] 【DC异质性】
[0005] DC网络组成由不同的DC亚型(Shortman and Naik,2007)。DC可广泛地分类为类浆细胞前-DC(pDC)和普通DC(cDC)。pDC在刺激之后分泌高平的IFNα,及在活化后仅发展DC形式(Hochrein et al.,2001;O’Keeffe et al.,2002)。cDC具有立即DC形式和Ag呈递功能,及可分为“淋巴样组织滞留”DC和典型“迁移”DC,其经淋巴到达淋巴结(LN)。+ -
小鼠中的淋巴样组织滞留DC可进而分为CD8 和CD8 亚组(Belz et al.,2004;Lahoud et al.,2006;Henri et al.,2001)。此外,作为感染或发炎的结果,从单核细胞发展炎症DC(Shortman and Naik,2007)。重要的是,DC亚型共享许多功能(Ag的摄取,加工及呈递以活化幼稚的T细胞),而且呈现亚组-特异性作用。这些包括Toll-样受体的差异表达,+
特定趋化因子的产生,IL-12分泌,主要限制于CD8DC,其引导T细胞到Th1细胞因子特征,+ +
和外源Ag经MHC I交叉-呈递,主要局限于CD8DC,其允许这些DC为病毒Ag到CD8T细胞的主要呈递者,允许它们发展细胞毒性功能。
[0006] 人最可能含这些DC亚组的相当物,从相同的组织(血或胸腺)提取的小鼠和人DC类似(Vandenabeele et al.,2001;O’Keeffe et al.,2003)。但是,多数鼠淋巴样器官滞留DC亚组的人相当物仍未知,由于物种之间标记物的差异(CD8α不是人DC)和获得人淋巴样器官用于详细的分析的困难。因此,小鼠和人之间保守的DC亚组-特异性标记物的定义是主要挑战。
[0007] 【细胞死亡和免疫应答】
[0008] 发育期间和在免疫系统之内凋亡连续发生。其特征在于细胞膜卷曲,核凝聚和细胞碎片化为仍保留它们的细胞内容物的凋亡体;这些通常不释放细胞内容物地被“吞噬细胞”吞噬。相反,可在损伤或感染期间发生的坏死,特征在于细胞膜破裂及细胞内容物释放。但是,细胞内容物也可从凋亡细胞释放,如果它们不被快速吞噬(继发性坏死)。凋亡细胞的快速清除通常促进避免针对自身-Ag的炎症应答的免疫抑 制环境,然而坏死或凋亡细胞清除的失败促进针对自身-Ag的免疫应答(Hume,2008;Nagata,2007;Peng et al.,2007)。由此,凋亡细胞的早期识别对于稳态维持和防自身免疫必要。
[0009] 【死亡/死亡中的细胞的识别】
[0010] 吞噬细胞,包括DC,感知死亡中的细胞的许多分子变化。当细胞膜破裂时,正常在细胞之内的分子可分泌或呈递到凋亡细胞的细胞表面,或最后暴露。响应应激,既有的分子可经修饰,或新分子产生。所述分子例是磷脂酰丝酸(PS),其为在凋亡过程早期从细胞膜内侧转位到外侧的脂质,且充当“吃我”信号。吞噬细胞上的许多分子介导PS的识别,包括CD36,MFG-E8和Tim4。
[0011] 响应应激产生的分子的另一例是热休克或应激蛋白(Hsp),其作为完整的细胞中的分子伴侣(Binder et al.,2004),且可给来自应激的/死亡中的细胞的DC提供信号(Delneste,2004)。吞噬细胞及DC上的推荐的Hsp受体包括:CD91,Lox1/Clec8,CD40,TLR2,TLR4,CD36。此外,用Hsp-伴侣的肽的免疫极其有效,仅要求pg量的蛋白。
[0012] 【由DC的死细胞的识别和摄取】
[0013] 巨噬细胞和DC均可摄取死亡或死亡中的细胞。巨噬细胞上的许多清除剂受体也在DC上发现。但是,仅DC具有处理细胞成分,然后将它们有效呈递到,及活化,幼稚T细胞的能力。而在额外的病原体信号缺失下由DC的凋亡细胞的摄取通常诱导耐受性(Steinman et al.,2000),坏死细胞的摄取诱导DC成熟和刺激免疫应答(Sauter et al.,2000)。由此,+由DC上的受体的这些状态的差异识别对于免疫系统是关键的。鼠CD8cDC相比CD8-DC在凋亡/死细胞摄取和随后将细胞结合和病毒Ag呈递到T细胞,尤其在MHC I上“交叉-呈递”到CD8T细胞上更有效(Belz et al.,2004;Schnorrer et al.,2006;Belz et al.,
2005;Iyoda et al.,2002)。人pDC被认为在死亡中的细胞摄取上有效(Hoeffel et al.,
2007)。由此,由DC亚型的死细胞摄取受体的选择性表达是重要的问题。
[0014] 【Clec9A】
[0015] Clec9A(也被本发明人称之为5B6)是C-型外源凝集素-样分子家族之一。在人中,Clec9A表达局限于呈现为小鼠CD8+树突细胞的人相当物的树突细胞亚组。Clec9A可靶向,以调节免疫应答(Caminschi et al.,2008)。至今,结合Clec9A的抗体,以及Clec9A的可溶性形式,已经被确定为对于将抗原靶向树突细胞有用。但是,之前未鉴定Clec9A的天然的配体。
[0016] 【发明概述】
[0017] 本发明人鉴定了Clec9A的配体。这些配体可用于对于Clec9A表达细胞(例如树突细胞)的靶向治疗剂。
[0018] 在第一方面,本发明提供包括缀合于治疗剂的多肽的化合物,其中多肽包括: [0019] (i)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;
[0020] (ii)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列;和/或 [0021] (iii)(i)或(ii)的生物学活性片段
[0022] 且其中所述化合物的多肽结合包括以下氨基酸序列的第二多肽:
[0023] (a)SEQ ID NO:1~8中任一项所示的氨基酸序列;和/或
[0024] (b)至少50%同于SEQ ID NO:1~8之任一项或多项的氨基酸序列。
[0025] 适宜治疗剂的例包括,但不限于,抗原,细胞毒性制剂,药物和/或药剂。 [0026] 抗原可为诱导动物免疫应答的任何分子。例包括,但不限于,癌抗原,自身抗原,来自病原性和/或感染性生物的过敏原和/或抗原。
[0027] 在一实施方式中,来自病原性和/或感染性生物的抗原可来自但不限于:恶性疟原虫(Plasmodium falciparum)或间日疟原虫(Plasmodium vivax)。
[0028] 在另一方面,本发明提供包括缀合于可检测的标记物的多肽的化 合物,其中多肽包括:
[0029] (i)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;
[0030] (ii)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列;和/或 [0031] (iii)(i)或(ii)的生物学活性片段,
[0032] 且其中所述化合物的多肽结合包括以下氨基酸序列的第二多肽:
[0033] (a)SEQ ID NO:1~8中任一项所示的氨基酸序列;和/或
[0034] (b)至少50%同于SEQ ID NO:1~8之任一项或多项的氨基酸序列。
[0035] 在另一方面,本发明提供结合多肽的化合物,所述多肽包括:
[0036] (i)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;
[0037] (ii)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列;和/或 [0038] (iii)(i)或(ii)的生物学活性片段。
[0039] 在以上方面的优选的实施方式中,化合物不是结合Clec9A的抗体,Clec9A本身或结合Clec9A的Clec9A片段,例如可溶性片段。
[0040] 在优选的实施方式中,化合物是多肽。
[0041] 在以上方面的另一优选的实施方式中,化合物是抗体或其抗原性结合片段。抗体或其抗原性结合片段的例包括,但不限于,单克隆抗体,人源化的抗体,单链抗体,二体,三体或四体。
[0042] 在进一步优选的实施方式中,以上方面的化合物缀合于治疗剂。所述治疗剂的例关于第一方面在以上描述。
[0043] 在进一步优选的实施方式中,以上方面的化合物是经可检测标记的。 [0044] 再一方面,本发明提供组合物,其包括本发明的化合物和药学可接受的载体。 [0045] 在一实施方式中,组合物还包括佐剂。
[0046] 在另一实施方式中,化合物包裹在脂质体内,或暴露于脂质体表面。 [0047] 再一方面,本发明提供调节受试者的免疫应答的方法,所述方法包括给受试者施用本发明的化合物和/或本发明的组合物。
[0048] 在一实施方式中,诱导和/或增强针对抗原的免疫应答。
[0049] 在尤其优选的实施方式中,免疫应答通过增强辅助性T细胞应答来调节。 [0050] 在进一步优选的实施方式中,免疫应答通过活化CD4+和/或CD8+T细胞来调节。 [0051] 在另一尤其优选的实施方式中,免疫应答通过增强B细胞抗体产生来调节。产生的抗体例包括,但不是必然限于,IgG1,IgG2b,IgG2c,IgG3,IgG4,IgM,IgA1,IgA2,IgE和/或IgD抗体同种型。
[0052] 在进一步优选的实施方式中,免疫应答通过产生记忆应答来调节。
[0053] 在尤其优选的实施方式中,受试者施用包括抗原的化合物。
[0054] 在另一实施方式中,针对自身抗原或过敏原的免疫应答降低。在此实施方式中,优选是,免疫应答通过抑制T细胞应答和/或B细胞抗体应答来调节。
[0055] 在另一方面,本发明提供调节受试者中针对抗原的免疫应答的方法,所述方法包括:使树突细胞或其前体体外暴露于本发明的化合物,和/或本发明的组合物,及将所述细胞施用于受试者。
[0056] 在一实施方式中,细胞已从受试者分离。
[0057] 优选调节体液和/或T细胞介导的应答。
[0058] 在进一步实施方式中,调节幼稚的CD8+T细胞活化,和/或幼稚的CD4+T细胞活化。
[0059] 再另一实施方式中,体液应答包括产生IgG1,IgG2b,IgG2c,IgG3,IgG4,IgM,IgA1,IgA2,IgE,和/或IgD抗体同种型。在另一实施方式中,体液应答至少包括产生IgG1抗体同种型。
[0060] 优选,树突细胞是动物树突细胞或动物树突细胞的前体。更优选地,树突细胞是人树突细胞。甚至更优选,人树突细胞是Necl-2+,HLA DR+和/或BDCA-3+。
[0061] 在再另一方面,本发明提供治疗和/或预防涉及树突细胞或其前体 的疾病的方法,所述方法包括给受试者施用本发明的化合物,和/或本发明的组合物。
[0062] 优选,所述方法包括施用包括细胞毒性制剂,药物和/或药剂的化合物。 [0063] 再一方面,本发明提供治疗和/或预防涉及树突细胞或其前体的疾病的方法,所述方法包括给受试者施用编码当在受试者细胞中存在时,相比缺乏所述多核苷酸的细胞,在细胞中调节包括下列氨基酸序列的多肽的活性水平的所述多核苷酸的分离的多核苷酸和/或构建体:
[0064] (i)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;和/或
[0065] (ii)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列。 [0066] 在一实施方式中,多核苷酸下调细胞中多肽的活性水平。所述多核苷酸例包括,但不限于,反义多核苷酸,正义多核苷酸,催化性多核苷酸,微RNA和双链RNA。 [0067] 在替代性实施方式中,多核苷酸上调多肽的活性水平。例如,多核苷酸编码包括SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列的多肽。
[0068] 涉及树突细胞或其前体的疾病例包括,但不限于,癌,感染,自身免疫疾病或过敏。 [0069] 在一实施方式中,自身免疫疾病是红斑狼疮。
[0070] 在另一实施方式中,感染是疟原虫属(Plasmodium sp.),例如恶性疟原虫(Plasmodium falciparum)或间日疟原虫(Plasmodium vivax)感染。
[0071] 在另一方面,本发明提供调节受试者中具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分的摄取和/或清除的方法,所述方法包括施用: [0072] (i)多肽,所述多肽包括:
[0073] (a)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;
[0074] (b)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨 基酸序列;和/或 [0075] (c)(a)或(b)的生物学活性片段,
[0076] (ii)本发明的化合物,和/或
[0077] (iii)本发明的组合物。
[0078] 在另一方面,本发明提供调节受试者中源于具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分,或周围的细胞的物质的抗原识别,加工和/或呈递的方法,所述方法包括施用:
[0079] (i)多肽,所述多肽包括:
[0080] (a)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;
[0081] (b)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列;和/或 [0082] (c)(a)或(b)的生物学活性片段,
[0083] (ii)本发明的化合物,和/或
[0084] (iii)本发明的组合物。
[0085] 再一方面,本发明提供调节受试者中对于源于具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分,或周围的细胞的物质的免疫应答的方法,所述方法包括施用:
[0086] (i)多肽,所述多肽包括:
[0087] (a)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;
[0088] (b)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列;和/或 [0089] (c)(a)或(b)的生物学活性片段,
[0090] (ii)本发明的化合物,和/或
[0091] (iii)本发明的组合物。
[0092] 再一方面,本发明提供调节受试者中具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分的摄取和/或清除的方法,所述方法包括施用调节多肽产生的化合物,所述多肽包括:
[0093] (i)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;
[0094] (ii)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列;和/或 [0095] (iii)(i)或(ii)的生物学活性片段。
[0096] 在另一方面,本发明提供调节受试者中源于具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分,或周围的细胞的物质的抗原识别,加工和/或呈递的方法,所述方法包括施用调节多肽产生的化合物,所述多肽包括:
[0097] (i)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;
[0098] (ii)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列;和/或 [0099] (iii)(i)或(ii)的生物学活性片段。
[0100] 再一方面,本发明提供调节受试者中对于源于具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分,或周围的细胞的物质的免疫应答的方法,所述方法包括施用调节多肽产生的化合物,所述多肽包括:
[0101] (i)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;
[0102] (ii)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列;和/或 [0103] (iii)(i)或(ii)的生物学活性片段。
[0104] 优选,之前3个方面的化合物是多核苷酸。优选,多核苷酸可操作连接到能引导所述多核苷酸在动物细胞中表达的启动子。
[0105] 在一实施方式中,多核苷酸下调来自编码多肽的基因的mRNA水平。例包括,但不限于,反义多核苷酸,正义多核苷酸,催化性多核苷酸,微RNA和双链RNA。
[0106] 在一实施方式中,多核苷酸是在生理条件下与包括任何一种或多种SEQ ID NO:81~113所示的核苷酸序列的多核苷酸杂交的反义多核苷酸。
[0107] 在另一实施方式中,多核苷酸是能切割包括任何一种或多种SEQ ID NO:81~113所示的核苷酸序列的多核苷酸的催化性多核苷酸。
[0108] 在进一步实施方式中,多核苷酸是包括寡核苷酸的双链RNA(dsRNA)分子,所述寡核苷酸包括任何一种或多种SEQ ID NO:81~113所示的核苷酸序列的至少19个连续的核苷酸,其中是双链的分子的部分至少为19bp长度,且包括所述寡核苷酸。在一实施方式中,多核苷酸由单个启动子表达,其中双链部分的链通过单链部分连接。
[0109] 在替代性实施方式中,多核苷酸上调来自编码多肽的基因的mRNA水平。 [0110] 在一实施方式中,具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分的摄取和/或清除增加。在替代性实施方式中,具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分的摄取和/或清除降低。 [0111] 在另一实施方式中,源于具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞,或死细胞,或其部分,或周围的细胞的物质的抗原识别,加工和/或呈递增加。在替代性实施方式中,源于具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞,或死细胞,或其部分,或周围的细胞的物质的抗原识别,加工和/或呈递降低。
[0112] 在另一实施方式中,对于源于具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分,或周围的细胞的物质的免疫应答增加。在替代性实施方式中,对于源于具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分,或周围的细胞的物质的免疫应答降低。
[0113] 在进一步优选的实施方式中,受试者患有与具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分相关的疾病。所述疾病例包括,但不限于,移植物抗宿主病(GVHD),自身免疫疾病,感染,神经退行性疾病,全身性炎症反应综合征(SIRS),癌和损伤。
[0114] 也提供本发明的化合物,和/或本发明的组合物用于制备调节受试者的免疫应答的药物的用途。
[0115] 此外,提供体外暴露于本发明的化合物和/或本发明的组合物的树突细胞或其前体用于制备调节受试者中针对抗原的免疫应答的药物的用途。
[0116] 也提供本发明的化合物和/或本发明的组合物用于制备用于治疗和/或预防受试者中涉及树突细胞或其前体的疾病的药物的用途。
[0117] 在另一方面,提供下列物质用于制备调节受试者中具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分的摄取和/或清除的药物的用途: [0118] (i)多肽,所述多肽包括:
[0119] (a)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;
[0120] (b)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列;和/或 [0121] (c)(a)或(b)的生物学活性片段,
[0122] (ii)本发明的化合物,和/或
[0123] (iii)本发明的组合物。
[0124] 在另一方面,提供下列物质用于制备调节受试者中源于具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分,或周围的细胞的物质的抗原识别,加工和/或呈递的药物的用途:
[0125] (i)多肽,所述多肽包括:
[0126] (a)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;
[0127] (b)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列;和/或 [0128] (c)(a)或(b)的生物学活性片段,
[0129] (ii)本发明的化合物,和/或
[0130] (iii)本发明的组合物。
[0131] 在另一方面,提供下列物质用于制备调节受试者中对于源于具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分,或周围的细胞的物质的免疫应答的药物的用途:
[0132] (i)多肽,所述多肽包括:
[0133] (a)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;
[0134] (b)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列;和/或 [0135] (c)(a)或(b)的生物学活性片段,
[0136] (ii)本发明的化合物,和/或
[0137] (iii)本发明的组合物。
[0138] 在另一方面,提供调节多肽产生的化合物用于制备调节受试者中具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分的摄取和/或清除的药物的用途,所述多肽包括:
[0139] (i)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;
[0140] (ii)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列;和/或 [0141] (iii)(i)或(ii)的生物学活性片段。
[0142] 在另一方面,提供调节多肽产生的化合物用于制备调节受试者中源于具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分,或周围的细胞的物质的抗原识别,加工和/或呈递的药物的用途,所述多肽包括:
[0143] (i)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;
[0144] (ii)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列;和/或 [0145] (iii)(i)或(ii)的生物学活性片段,
[0146] 在另一方面,提供调节多肽产生的化合物用于制备调节受试者中对于源于具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分,或周围的细胞的物质的免疫应答的药物的用途,所述多肽包括:
[0147] (i)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;
[0148] (ii)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列;和/或 [0149] (iii)(i)或(ii)的生物学活性片段。
[0150] 再一方面,本发明提供诊断,预后和/或监控与具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞相关的疾病的状态的方法,所述方法包括: [0151] (i)使细胞与结合多肽的化合物接触,所述多肽包括:
[0152] (a)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;
[0153] (b)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列;和/或 [0154] (c)(a)或(b)的生物学活性片段,以及
[0155] (ii)确定多肽存在与否,
[0156] 其中多肽的存在提供疾病的诊断,预后和/或状态。
[0157] 在以上方面的优选的实施方式中,化合物不是结合Clec9A的抗体,Clec9A本身或结合Clec9A的Clec9A片段,例如可溶性片段。
[0158] 在一实施方式中,化合物是抗体或其抗原性结合片段。例包括,但不限于,单克隆抗体,人源化的抗体,单链抗体,二体,三体或四体。
[0159] 在优选的实施方式中,化合物是经可检测标记的。
[0160] 在一实施方式中,方法在受试者体内进行。在替代性实施方式中,方法在从受试者获得的样品中体外进行。
[0161] 如上所述,与具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞相关的疾病的例包括,但不限于,移植物抗宿主病(GVHD),自身免疫疾病,感染,神经退行性疾病,全身性炎症反应综合征(SIRS),癌和损伤。
[0162] 再一方面,本发明提供监控用于杀死细胞的治疗的有效性的方法,所述方法包括:
[0163] (i)使细胞暴露于治疗,以及
[0164] (ii)使用本发明的方法检测具有破裂的细胞膜的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分,
[0165] 其中具有破裂的细胞膜的细胞,死亡中的细胞或死细胞的存在表 明治疗有效。 [0166] 在一实施方式中,步骤(i)中的细胞在体内。在替代性实施方式中,步骤(i)中的细胞在体外。
[0167] 优选,治疗施用于受试者。在一实施方式中,受试者患有与具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞相关的疾病。在优选的实施方式中,受试者患癌或感染。
[0168] 在进一步实施方式中,步骤(ii)对从受试者获得的样品进行。
[0169] 治疗可为任意类型的过程。例包括,但不限于,药物治疗或放射治疗。 [0170] 再一方面,本发明提供区分早期阶段凋亡细胞和晚期阶段凋亡细胞,坏死细胞或死细胞的方法,所述方法包括:
[0171] (i)使细胞与结合下列物质的化合物接触:
[0172] (a)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;
[0173] (b)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列;和/或 [0174] (c)(a)或(b)的生物学活性片段,以及
[0175] (ii)确定化合物与多肽的结合存在与否,
[0176] 其中化合物结合多肽表明细胞是晚期阶段凋亡细胞,坏死细胞或死细胞。 [0177] 在以上方面的优选的实施方式中,化合物不是结合Clec9A的抗体,Clec9A本身或结合Clec9A的Clec9A片段,例如可溶性片段。
[0178] 在另一方面,本发明提供调节受试者中针对抗原的免疫应答的方法,所述方法包括:
[0179] (i)获得一群树突细胞或其前体,
[0180] (ii)调节多肽的产生和/或活性,所述多肽包括:
[0181] (a)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;
[0182] (b)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列;和/或 [0183] (c)(a)或(b)的生物学活性片段,
[0184] (iii)使树突细胞或其前体与抗原接触,以及
[0185] (iv)给受试者施用树突细胞或其前体。
[0186] 在以上方面的优选的实施方式中,多肽活性不是通过结合Clec9A的抗体,Clec9A本身或结合Clec9A的Clec9A片段,例如可溶性片段调节的。
[0187] 在优选的实施方式中,步骤(iii)包括使树突细胞或其前体与包括所述抗原的具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞,死细胞,和/或其部分接触。 [0188] 在进一步实施方式中,步骤(iii)包括:
[0189] (a)获得包括抗原的细胞,
[0190] (b)破裂细胞的细胞膜,以及
[0191] (c)使步骤(b)的产物与树突细胞或其前体接触。
[0192] 在另一实施方式中,方法还包括,在步骤(ii)之前,富集表达多肽的细胞群。 [0193] 在一实施方式中,步骤(ii)和(iii)同时进行。
[0194] 在一实施方式中,具有破裂的细胞膜的细胞,死亡中的细胞或死细胞是癌细胞。 [0195] 在另一实施方式中,多肽的产生和/或活性增加。在替代性实施方式中,多肽的产生和/或活性降低。
[0196] 在一实施方式中,所述前体是单核细胞。
[0197] 优选,对于抗原的免疫应答增加。
[0198] 在另一方面,本发明提供从样品富集树突细胞,或其亚组或前体的方法,包括: [0199] (i)使包括树突细胞或其前体的样品与本发明的化合物接触,以及
[0200] (ii)分离结合于化合物的细胞。
[0201] 再一方面,本发明提供从样品富集树突细胞,或其亚组或前体的方法,包括: [0202] (i)使包括树突细胞或其前体的样品与可检测标记的第一多核苷 酸接触,所述第一多核苷酸与编码多肽的第二多核苷酸杂交,所述多肽包括:
[0203] (a)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;和/或
[0204] (b)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列,以及 [0205] (ii)分离可检测标记的细胞。
[0206] 在优选的实施方式中,将从2种以上方法的步骤(ii)获得的细胞施用于受试者。在一实施方式中,施用细胞以治疗和/或预防选自下列的疾病:癌,感染,自身免疫疾病或过敏。
[0207] 本发明也提供检测样品中树突细胞,或其亚组或前体的方法,包括: [0208] (i)使包括树突细胞或其前体的样品与本发明的化合物接触,以及
[0209] (ii)检测结合于化合物的细胞。
[0210] 在再另一方面,本发明提供检测样品中树突细胞,或其亚组或前体的方法,包括: [0211] (i)使包括树突细胞或其前体的样品与可检测标记的第一多核苷酸接触,所述第一多核苷酸与编码多肽的第二多核苷酸杂交,所述多肽包括:
[0212] (a)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;和/或
[0213] (b)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列,以及 [0214] (ii)检测可检测标记的细胞。
[0215] 在另一方面,本发明提供检测受试者中树突细胞,或其亚组或前体的方法,包括: [0216] (i)给受试者施用本发明的化合物,
[0217] (ii)检测结合于化合物的细胞。
[0218] 在一实施方式中,化合物是经可检测标记的。但是,本领域技术人员将同意可使用其他过程,例如,使用结合化合物的可检测标记的 第二抗体。
[0219] 在再另一方面,本发明提供检测受试者中树突细胞,或其亚组或前体的方法,包括:
[0220] (i)给受试者施用可检测标记的第一多核苷酸,所述第一多核苷酸与编码多肽的第二多核苷酸杂交,所述多肽包括:
[0221] (a)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;和/或
[0222] (b)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列,及, [0223] (ii)检测可检测标记的细胞。
[0224] 在优选的实施方式中,树突细胞表达一种或多种下列标记物:CD8,CD24,Necl-2,CD11c,HLADR和BDCA3。
[0225] 优选,树突细胞是表达一种或多种下列标记物的人树突细胞:Necl-2,HLADR和BDCA3。
[0226] 在替代性实施方式中,树突细胞是表达一种或多种下列标记物的鼠树突细胞:CD24,Necl-2,CD11c和CD8。
[0227] 优选,前体树突细胞是能在培养中分化成树突细胞和/或转移到经照射的受者的立即或晚期前体树突细胞。
[0228] 在另一方面,本发明提供检测具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞的方法,所述方法包括:
[0229] (i)使细胞与结合多肽的化合物接触,所述多肽包括:
[0230] (a)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;
[0231] (b)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列;和/或 [0232] (c)(a)或(b)的生物学活性片段,以及
[0233] (ii)确定化合物与多肽的结合存在与否,
[0234] 其中化合物结合多肽表明细胞具有破裂的细胞膜,经病原体感染,在死亡中或死亡。
[0235] 在以上方面的优选的实施方式中,化合物不是结合Clec9A的抗体,Clec9A本身或结合Clec9A的Clec9A片段,例如可溶性片段。
[0236] 也提供编码本发明的化合物的分离的和/或外源多核苷酸,其中化合物是多肽。 [0237] 在一实施方式中,多核苷酸包括:
[0238] (i)SEQ ID NO:81~113中任一项所示的核苷酸序列;
[0239] (ii)至少50%同于SEQ ID NO:81~113之任一项或多项的核苷酸序列;和/或 [0240] (iii)与(i)和/或(ii)杂交的核苷酸序列,或其互补体。
[0241] 在另一方面,本发明提供当在受试者细胞中存在时,相比缺乏所述多核苷酸的细胞,在细胞中调节多肽的活性水平的分离的多核苷酸,其中多肽包括:
[0242] (i)SEQ ID NO:48~80中任一项所示的氨基酸序列;
[0243] (ii)至少50%同于SEQ ID NO:48~80之任一项或多项的氨基酸序列;和/或 [0244] (iii)(i)或(ii)的生物学活性片段。
[0245] 在一实施方式中,多核苷酸可操作连接到能引导所述多核苷酸在动物细胞中表达的启动子。
[0246] 在优选的实施方式中,多核苷酸下调来自编码多肽的基因的mRNA水平。所述多核苷酸的例包括,但不限于,反义多核苷酸,正义多核苷酸,催化性多核苷酸,微RNA和双链RNA(dsRNA)。
[0247] 在一实施方式中,反义多核苷酸在生理条件下与包括任何一种或多种SEQ ID NO:81~113所示的核苷酸序列的多核苷酸杂交。
[0248] 在另一实施方式中,催化性多核苷酸能切割包括任何一种或多种SEQ ID NO:81~113所示的核苷酸序列的多核苷酸。
[0249] 在进一步实施方式中,dsRNA分子包括寡核苷酸,其包括SEQ ID NO:81~113所示的核苷酸序列的任一项或多项的至少19个连续的核苷酸,其中T用取代U,其中是双链的分子部分至少为19bp长,且包括所述寡核苷酸。
[0250] 在进一步实施方式中,dsRNA分子由单个启动子表达,其中双链部分的链通过单链部分连接。
[0251] 在替代性实施方式中,多核苷酸上调来自编码多肽的基因的mRNA水平。例如,所述多核苷酸编码所述多肽。
[0252] 也提供包括至少一种本发明的多核苷酸的载体。优选,载体是表达载体。 [0253] 再一方面,本发明提供宿主细胞,其包括至少一种本发明的多核苷酸,和/或至少一种本发明的载体。细胞可为任何细胞类型,例如但不限于细菌,酵母,动物,昆虫或植物细胞。
[0254] 也提供转基因非-人生物,例如转基因植物,包括至少一种本发明的细胞。 [0255] 再一方面,本发明提供通过本发明的方法得到的富集的树突细胞群和/或其前体。
[0256] 在另一方面,本发明提供通过培养本发明的富集的树突细胞群和/或其前体得到的扩展的树突细胞群,和/或其前体。
[0257] 再一方面,提供包括本发明的多核苷酸,本发明的载体,本发明的宿主细胞,和/或本发明的细胞群,及药学可接受的载体的组合物。
[0258] 再一方面,提供包括本发明的化合物,本发明的多核苷酸,本发明的载体,本发明的宿主细胞,本发明的细胞群和/或本发明的组合物的试剂盒。
[0259] 显然,本发明的一方面的优选的特征可应用于本发明的许多其他方面。 [0260] 贯穿此说明书,词汇″包括(comprise)″,或变异例如″包括(comprises)″或″包括(comprising)″将理解为暗示包含陈述的元件,整体或步骤,或元件,整体或步骤组,但不排除任何其他元件、整体或步骤,或元件,整数或步骤组。
[0261] 将通过以下非-限制实施例和参考附图描述本发明。【附图说明】
[0262] 图1.由小鼠(m)和人(h)5B6基因编码的基因组结构和预测的蛋白结构。编码(A)小鼠和(B)人5B6的全-长度cDNA。(C) 由小鼠和人5B6编码的预测的蛋白序列的蛋白序列比对。序列同一性以深灰色亮显,相似性以浅灰色显示。箭头表示外显子边界。(D)小鼠和人5B6的基因结构,通过cDNA分别与C57BL/6J小鼠的基因组序列数据库(UCSC assembly,2006年2月)和人数据库(UCSCassembly,2006年3月)比对测定,示意性表示。
编码5B6基因的编码区的外显子通过黑框标识,及外显子和内含子的尺寸(bp)示于下。(E)小鼠和人5B6蛋白的示意图表示。
[0263] 图2.小鼠和人5B6的CTLD(Clec9A)与共享序列同源性的蛋白的比对。包括大鼠甘露糖结合蛋白A(MBP-A)用于与具有有功能的水化合物识别结构域的典型C-型外源凝集素结构域比较。灰色框表示保守的残基,(+)表示涉及蛋白同源二聚化的额外对半胱氨2+
酸残基,(*)标记形成二硫键的保守的半胱氨酸残基。连接Ca 到MBP-A的残基表示为
1和2。
[0264] 图3.小鼠5B6的基因表达谱。使用实时RT-PCR来研究(A)淋巴样器官稳定状态+ + - + - +DC(包括脾cDC亚组;DN,CD4 和CD8,胸腺cDC亚组;CD8 及CD8,LN cDC亚组;CD8,CD8,真皮和朗格汉斯细胞(LC)及胸腺及脾pDC)、(B)造血细胞(包括胸腺细胞(thym),淋巴结(LN)B和T细胞,脾脏(spl)B和T细胞,NK细胞,未成熟的巨噬细胞(im mac),成熟的巨噬细胞(mat mac),脾pDC和cDC)、(C)从稳定状态(静息)和用LPS和CpG体内活化3小时后小鼠分离的脾cDC中5B6基因相对于Gapdh的表达谱。
[0265] 图4.m5B6(Clec9A)蛋白在DC和其他造血细胞上的表面表达。(A)将DC纯化和通过4-色彩免疫荧光染色表面标记。将DC用针对CD11c(N418-PeCy7),
CD45RA(14.8-APC),CD8(53-6.7-APC-Cy7)和 m5B6(10B4-生 物 素 )的 mAb染 色。 也将 脾 DC 用 CD4(GK1.5-FITC),胸 腺 DC 用 Sirpα(p84-FITC),及 皮 下 LN DC 用+ hi - + -
CD205(NLDC-145-FITC) 染 色。 将 脾 cDC 分 为 CD4cDC(CD11 CD45RACD4CD8),DN hi - - - + hi - + - -
cDC(CD11 CD45RACD4CD8)和CD8cDC(CD11 CD45RACD8CD4);将胸腺cDC分为CD8cDC hi lo + lo + - + -
(Sirpα CD8 )和CD8cDC(Sirpα CD8);及LN cDC分为CD8cDC(CD11cCD205-CD8),+ int - + hi -
真 皮 cDC(CD11cCD205 CD8), 朗 格 汉 斯 细 胞 (CD11c CD205 CD8) 和
+ + hi + 31 int +
CD8cDC(CD11cCD205 CD8),如前所述 .pDC鉴定为CD11c CD45RA。将脾细胞用针对CD3(KT3-1.1-FITC),CD19(1D3-PeCy7),NK1.1(PK136-PeCy7),CD49b(Hmα2-APC)和B细胞+ - - + + + -
(CD19CD3),T细胞(CD19CD3)的mAb染色,且鉴定NK细胞(NK1.1CD49bCD3)。将脾巨噬细胞如材料和方法中所述富集,并且用CD11b(M1/70-Cy5)和F4/80-FITC染色,并指定为hi +
CD11b F4/80。将骨髓细胞和脾细胞用针对CD11b(M1/70-Cy5)和Ly6C(5075-3.6-FITC)的lo hi hi int hi
mAb染色,并将单核细胞定义为侧向散射 Ly6C CD11b 。骨髓巨噬细胞是Ly6C CD11b 。将细胞群用SA-PE复染色,并分析m5B6表达。实线代表对于选通的细胞的m5B6染色,虚线代表选通的细胞用同种型-匹配的对照的染色。(B)脾DC富集的制剂用针对m5B6(10B4-生物素),CD11c(N418-Quantum dot 655),CD8α(YTS-169-Percp 和CD24(M1/69-Alexa int +
633)和120G8-FITC的mAb染色,然后用SA-PE复染色。分析pDC(CD11c 120G8)和
hi -
cDC(CD11c 120G8)的m5B6表达。m5B6表达与cDC上的CD8α和CD24表达相关。多数脾pDC表达的m5B6。(C)血DC富集的制剂与脾DC(B)使用相同的mAb平行染色,并使用相同的选通策略分析。血DC不表达CD8α,但不表达CD24。类似于脾DC,表达CD24的血DC也共-表达来自血的5B6pDC,如它们的脾对应物,表达m5B6。
[0266] 图5.5B6在人和短尾猴DC和造血细胞上的表达。(A)将人和短尾猴外周血单核细胞(PBMC)分离,并且用针对HLADR,BDCA3,5B6,及PE-缀合的系混合剂(包括CD3(T细胞),CD14(单核细胞),CD19(B细胞)和CD56(天然杀死细胞))的mAb表面免疫荧光标+ -记。将血DC选通为HLADR 系(PE) 及还分析它们的5B6(人和短尾猴)和BDCA3(人)表达。(B)将人PBMC用针对所需的表面标记物和5B6的mAb表面免疫荧光标记。选通单核细+ + + +
胞(CD14), NK细胞(NKp46),T细胞(CD3),及B细胞(CD19),并且分析它们的5B6表达(实线)。虚线代表选通的细胞与同种型匹配的对照的染色。
[0267] 图6.在瞬时转染的293T细胞中可溶性5B6与膜结合5B6的结合。将293T细胞用编码全长未标记的m5B6(283T-m5B6),h5B6(293T-h5B6)或无DNA(293T)的表达构建体瞬时转染。2天后,收获细胞,并使用可溶性FLAG-标记的m5B6,h5B6和Cire表面免疫荧光标记,及使用生物素化的抗-FLAGmAb 9H10和链霉亲和素PE检测结合。将活细胞用前向散射及碘化丙锭排除选通,和分析它们的相对于用抗-FLAGAb和链霉亲和素-PE对照染色(虚线)的可溶性5B6(实线)的表面结合。
[0268] 图7.Clec9A的可溶性重组胞外域的产生。(A)内源性和重组可溶性mClec9A蛋白的示意图。内源性蛋白包括Clec9A细胞外结构域,跨膜(TM)和细胞质(cyto)结构域。产生2种形式的重组可溶性mClec9A蛋白:由全Clec9A胞外域,FLAG标签及生物素化共有序列组成的mClec9A-外(预测的mol wt~27kDa);及由Clec9A-CTLD,FLAG标签及生物素化共有序列组成的mClec9A-CTLD(预测的mol wt~19.7kDa)。(B)内源性mClec9A表达的蛋白印迹分析。由用Flt3L的骨髓培养产生DC(Naik et al.,2005),及DC裂解产物在非-还原(N)和还原(R)条件下电泳。印迹使用抗-mClec9A Ab(24/04-10B4)杂交,并且使用HRP缀合的抗-大鼠Ig和增强的Chemiluminescence-Plus(Amersham)检测结合。观察到mClec9A在非-还原条件下作为二聚体迁移。(C)生物素化的重组可溶性mClec9A蛋白的蛋白印迹分析。生物素化的mClec9A-外和mClec9A-CTLD在非还原(N)和还原(R)条件下电泳,及使用SA-HRP和增强的化学发光(Amersham)检测蛋白。观察到重组mClec9A-外,如内源性mClec9A,在非还原条件下作为二聚体及在还原条件下作为单体迁移,然而mClec9A-CTLD在全部条件下作为单体迁移(B,C)。
[0269] 图8.Clec9A胞外域与死细胞的结合。(A)将胸腺细胞γ-照射(5Gy),然后于37℃在含10%FCS的RPMI-1640中培养4h或16h,以追踪凋亡死亡过程。将样品与生物素化的mClec9A-外(实线),或生物素化的Cire-外作为背景对照(虚线)温育,并且使用SA-PE检-测结合。胸腺细胞用膜联蛋白V-FITC染色,通过流式细胞术分析,及选通为膜联蛋白V(有+ +
活力的)细胞或膜联蛋白V(凋亡)用于分析Clec9A结合。在4h时,41%的膜联蛋白V 细+ + +
胞是PI ;在16h时,90%的膜联蛋白V 细胞是PI。使用生物素化的Cire-外观察的背景类似于用第二阶段试剂单独观察的那些。(B)过表达Noxa以灭活Mcl-1的MEF(van Delft et al.,2006)生长到约80%汇合,然后通过用2.5μM ABT-737处理16h来诱导经历凋亡。收获对照未处理的MEF(有活力的)和ABT-737处理的MEF(晚期凋亡),并且与mClec9A-外(实线),hCLEC9A-外(实线),或Cire-外(背景对照,虚线)温育。结合使用生物素化的-
抗-FLAGmAb,SA-PE和流式细胞术检测。基于正常前向散射(FSC)和PI排除(PI),90%的未处理的MEF是有活力的,然而基于降低的FSC和阳性PI染色,95%的ABT-737处理的MEF死亡。(C)将对照未处理的MEF(有活力的)和ABT-737处理的MEF(2.5μM ABT-737持续16h;晚期凋亡)在PBS中单独或在DNaseI,RNaseA,蛋白酶K或胰蛋白酶存在下温育。
细胞广泛洗涤以去除核酸酶和蛋白酶,然后与生物素化的mClec9A-外(实线),或生物素化的Cire-外作为对照(虚线)温育。使用SA-PE和流式细胞术检测结合。基于正常FSC和PI排除,80%的未处理的MEF是有活力的,然而基于降低的FSC和阳性PI染色,97%的ABT-737处理的MEF死亡。
[0270] 图9.Clec9A结合经CTLD介导,和针对由多样的物种表达的蛋白。(A)将有活力的或冷冻-解冻的小鼠纤维细胞(3T3细胞系)与生物素化的mClec9A或hCLEC9A胞外域或CTLD(实线),或与生物素化的对照(Cire-外,虚线)温育。(B)将人293T细胞冷冻-解冻,然后与生物素化的mClec9A-外,hCLEC9A-外(实线)或Cire (虚线)在5mM EDTA(实线)的缺失或存在下温育。(C)将小鼠3T3细胞,昆虫SF21细胞,细菌JM109细胞和酵母(巴斯德毕赤酵母(Pichia pastoris))细胞冷冻-解冻两次,然后与生物素化的mClec9A-外(实线),或生物素化的对照(Cire-外,虚线)温育。(A)~(C)中的结合使用SA-PE和流式细胞术检测。
[0271] 图10.Clec9A与红细胞膜的细胞骨架成分的结合。(A)将活RBC或RBC膜(皂苷血影)与生物素化的mClec9A-外,mClec9A-CTLD(实线)或与生物素化的对照蛋白mClec12A(实线)或Cire(虚线)温育。(B)将RBC膜(皂苷血影)在血影蛋白去除缓冲液(细实线)的缺失(厚实线)或存在下处理,之后与生物素化的mClec9A-外,mClec9A-CTLD(实线)或与生物素化的对照蛋白Cire(虚线)温育。(A)~(B)中的结合使用SA-PE和流式细胞术检测。
[0272] 图11.Clec9A结合纯化的血影蛋白。将ELISA板用血影蛋白或肌动蛋白(10μg/ml)包被,然后用分级的浓度的纯化的生物素化的Clec9A-外,Clec9A-CTLD或对照蛋白Cire探查。结合蛋白使用SA-HRP检测和使用ABTS可视化。呈现3个实验的累计数据。Clec9A-外相比Clec9A-CTLD更有效结合血影蛋白。既非Clec9A-外也非Clec9A-CTLD结合肌动蛋白。对照蛋白Cire不结合血影蛋白或肌动蛋白。
[0273] 图12.可 溶性mClec9A 不阻 断由CD8+DC的 死细 胞 摄取。(A)脾cDC 上Clec9A的表面 表达。DC使用 大鼠Ig和 抗FcR mAb(2.4G2)阻断,和 使用针 对CD11c(N418-PE-Cy7),CD45RA(14.8-APC),CD8(53-6.7-APC-Cy7),CD172a(p84-FITC) 和任一Clec9A(24/04-10B4-生物素)或同种型对照-生物素(IgG2a-κ;BD Pharmingen)的mAb表面标记,然后用SA-PE复染色,和通过流式细胞术分析。脾cDC选通为hi - hi - - hi - lo + +
CD11c CD45RACD172a CD8(CD8)或为CD11c CD45RACD172a CD8(CD8)和分析它们的Clec9A的表面表达。实线代表选通的细胞上的mClec9A染色,虚线代表选通 的细胞的使用同种型匹配的对照的染色。(B)由脾cDC的死细胞的吞噬细胞摄取。将脾细胞冷冻-解冻,然后用PI标记,然后在mClec9A-外的缺失或存在下温育。DC用针对CD11c和CD8的mAb+ hi +
表面标记,然后于4℃或于37℃与PI标记的脾细胞共培养3h。DC选通为CD8(CD11c CD8)- hi -
或CD8(CD11c CD8),并且分析PI阳性的细胞的百分率作为死细胞摄取的测量。 [0274] 图 13.(A)mClec9A 和 hCLEC9A 结 合 RNF41。mClec9A- 外,hClec9A- 外 和mClec12A-外与珠结合RNF41-融合蛋白温育。洗脱结合蛋白,并且使用抗-FLAG-HRP检测(泳道1:GST-RNF41FL,泳道2:GST-RNF4172-317,泳道3:GST对照)。纯化的Clec-外样品显示于泳道4。(B)从谷胱甘肽珠洗脱的GST-RNF41融合蛋白的考斯染色。
[0275] 【序列表索引】
[0276] SEQ ID NO:1-人5B6。
[0277] SEQ ID NO:2-鼠5B6。
[0278] SEQ ID NO:3-黑猩猩5B6。
[0279] SEQ ID NO:4-恒河猴5B6。
[0280] SEQ ID NO:5-狗5B6。
[0281] SEQ ID NO:6-5B6。
[0282] SEQ ID NO:7-马5B6。
[0283] SEQ ID NO:8-大鼠5B6。
[0284] SEQ ID NO:9-开放阅读框编码人5B6。
[0285] SEQ ID NO:10-开放阅读框编码鼠5B6。
[0286] SEQ ID NO:11-编码黑猩猩5B6的开放阅读框。
[0287] SEQ ID NO:12-编码恒河猴5B6的开放阅读框。
[0288] SEQ ID NO:13-编码狗5B6的开放阅读框。
[0289] SEQ ID NO:14-编码牛5B6的开放阅读框。
[0290] SEQ ID NO:15-编码马5B6的开放阅读框。
[0291] SEQ ID NO:16-编码大鼠5B6的开放阅读框。
[0292] SEQ ID NO:17~28,38和39-寡核苷酸引物。
[0293] SEQ ID NO:29-鼠5B6的抗原性片段。
[0294] SEQ ID NO:30-人5B6的抗原性片段。
[0295] SEQ ID NO:31-生物素化共有序列。
[0296] SEQ ID NO:32-小鼠Clec12a的部分序列。
[0297] SEQ ID NO:33-小鼠Dectin-1的部分序列。
[0298] SEQ ID NO:34-小鼠Clec8a的部分序列。
[0299] SEQ ID NO:35-小鼠NKG2D的部分序列。
[0300] SEQ ID NO:36-人NKG2D的部分序列。
[0301] SEQ ID NO:37-大鼠MBP-A的部分序列。
[0302] SEQ ID NO:40-包括柄的可溶性小鼠5B6。
[0303] SEQ ID NO:41-包括柄的可溶性人5B6。
[0304] SEQ ID NO:42-无柄的可溶性小鼠5B6。
[0305] SEQ ID NO:43-无柄的可溶性人5B6。
[0306] SEQ ID NO:44-包括柄的可溶性FLAG标记的小鼠5B6。
[0307] SEQ ID NO:45-包括柄的可溶性FLAG标记的人5B6。
[0308] SEQ ID NO:46-无柄的可溶性FLAG标记的小鼠5B6。
[0309] SEQ ID NO:47-无柄的可溶性FLAG标记的人5B6。
[0310] SEQ ID NO:48-人红细胞血影蛋白,α1(椭圆形红细胞增多症2或SPTA1)。 [0311] SEQ ID NO:49-人非-红细胞血影蛋白,α1(α-胞衬蛋白或SPTAN1)(异构体1)。
[0312] SEQ ID NO:50-人非-红细胞血影蛋白,α1(α-胞衬蛋白或SPTAN1)(异构体2)。
[0313] SEQ ID NO:51-人红细胞β血影蛋白,或SPTB(异构体a)。
[0314] SEQ ID NO:52-人红细胞β血影蛋白,或SPTB(异构体b)。
[0315] SEQ ID NO:53-人非-红细胞β血影蛋白1,或SPTBN1(异构体1)。
[0316] SEQ ID NO:54-人非-红细胞β血影蛋白1,或SPTBN1(异构 体2)。
[0317] SEQ ID NO:55-人非-红细胞β血影蛋白2,或SPTBN2。
[0318] SEQ ID NO:56-小鼠血影蛋白α1,或SPNA1。
[0319] SEQ ID NO:57-小鼠血影蛋白α2,或SPNA2。
[0320] SEQ ID NO:58-小鼠血影蛋白β1,或SPNB1。
[0321] SEQ ID NO:59-小鼠血影蛋白β2,或SPNB2(异构体1)。
[0322] SEQ ID NO:60-小鼠血影蛋白β2,或SPNB2(异构体2)。
[0323] SEQ ID NO:61-小鼠血影蛋白β3,或SPNB3。
[0324] SEQ ID NO:62-小鼠血影蛋白β4,或SPNB4。
[0325] SEQ ID NO:63-小鼠血影蛋白β5,或SPNB5。
[0326] SEQ ID NO:64-黑猩猩红细胞α1血影蛋白,(椭圆形红细胞增多症2或SPTA1)(异构体1)。
[0327] SEQ ID NO:65-黑猩猩红细胞α1血影蛋白,(椭圆形红细胞增多症2或SPTA1)(异构体2)。
[0328] SEQ ID NO:66-黑猩猩红细胞α1血影蛋白,(椭圆形红细胞增多症2或SPTA1)(异构体3)。
[0329] SEQ ID NO:67-黑猩猩红细胞β血影蛋白,或SPTB(异构体1)。
[0330] SEQ ID NO:68-黑猩猩红细胞β血影蛋白,或SPTB(异构体2)。
[0331] SEQ ID NO:69-黑猩猩红细胞β血影蛋白,或SPTB(异构体3)。
[0332] SEQ ID NO:70-黑猩猩红细胞β血影蛋白,或SPTB(异构体4)。
[0333] SEQ ID NO:71-黑猩猩非-红细胞β血影蛋白1,或SPTBN1(异构体1)。 [0334] SEQ ID NO:72-黑猩猩非-红细胞β血影蛋白2,或SPTBN2(异构体1)。 [0335] SEQ ID NO:73-马红细胞α血影蛋白1(椭圆形红细胞增多症2或SPTA1)。 [0336] SEQ ID NO:74-马红细胞β血影蛋白,或SPTB。
[0337] SEQ ID NO:75-马非-红细胞β血影蛋白1,或SPTBN1。
[0338] SEQ ID NO:76-人RNF41环(真正感兴趣的新基因)指蛋白41 (异构体1)。 [0339] SEQ ID NO:77-人RNF41环(真正感兴趣的新基因)指蛋白41(异构体2)。 [0340] SEQ ID NO:78-小鼠RNF41环(真正感兴趣的新基因)指蛋白41(异构体1)。 [0341] SEQ ID NO:79-黑猩猩RNF41环(真正感兴趣的新基因)指蛋白41(异构体1)。 [0342] SEQ ID NO:80-马RNF41环(真正感兴趣的新基因)指蛋白41。
[0343] SEQ ID NO:81-开放阅读框编码人红细胞血影蛋白,α1(椭圆形红细胞增多症2或SPTA1)。
[0344] SEQ ID NO:82-编码人非-红细胞血影蛋白,α1(α-胞衬蛋白或SPTAN1)的开放阅读框(异构体1)。
[0345] SEQ ID NO:83-编码人非-红细胞血影蛋白,α1(α-胞衬蛋白或SPTAN1)的开放阅读框(异构体2)。
[0346] SEQ ID NO:84-编码人红细胞β血影蛋白,或SPTB的开放阅读框(异构体a)。 [0347] SEQ ID NO:85-编码人红细胞β血影蛋白,或SPTB的开放阅读框(异构体b)。 [0348] SEQ ID NO:86-编码人非-红细胞β血影蛋白1,或SPTBN1的开放阅读框(异构体1)。
[0349] SEQ ID NO:87-编码人非-红细胞β血影蛋白1,或SPTBN1的开放阅读框(异构体2)。
[0350] SEQ ID NO:88-编码人非-红细胞β血影蛋白2,或SPTBN2的开放阅读框。 [0351] SEQ ID NO:89-编码小鼠血影蛋白α1,或SPNA1的开放阅读框。
[0352] SEQ ID NO:90-编码.小鼠血影蛋白α2,或SPNA2的开放阅读框。
[0353] SEQ ID NO:91-编码.小鼠血影蛋白β1,或SPNB1的开放阅读 框。
[0354] SEQ ID NO:92-编码小鼠血影蛋白β2,或SPNB2的开放阅读框(异构体1)。 [0355] SEQ ID NO:93-编码小鼠血影蛋白β2,或SPNB2的开放阅读框(异构体2)。 [0356] SEQ ID NO:94-编码小鼠血影蛋白β3,或SPNB3的开放阅读框。
[0357] SEQ ID NO:95-编码小鼠血影蛋白β4,或SPNB4的开放阅读框。
[0358] SEQ ID NO:96-编码小鼠血影蛋白β5,或SPNB5的开放阅读框。
[0359] SEQ ID NO:97-编码黑猩猩红细胞α1血影蛋白,(椭圆形红细胞增多症2或SPTA1)的开放阅读框(异构体1)。
[0360] SEQ ID NO:98-编码黑猩猩红细胞α1血影蛋白,(椭圆形红细胞增多症2或SPTA1)的开放阅读框(异构体2)。
[0361] SEQ ID NO:99-编码黑猩猩红细胞α1血影蛋白,(椭圆形红细胞增多症2或SPTA1)的开放阅读框(异构体3)。
[0362] SEQ ID NO:100-编码黑猩猩红细胞β血影蛋白,或SPTB的开放阅读框(异构体1)。
[0363] SEQ ID NO:101-编码黑猩猩红细胞β血影蛋白,或SPTB的开放阅读框(异构体2)。
[0364] SEQ ID NO:102-编码黑猩猩红细胞β血影蛋白,或SPTB的开放阅读框(异构体3)。
[0365] SEQ ID NO:103-编码黑猩猩红细胞β血影蛋白,或SPTB的开放阅读框(异构体4)。
[0366] SEQ ID NO:104-编码黑猩猩非-红细胞β血影蛋白1,或SPTBN1的开放阅读框(异构体1)。
[0367] SEQ ID NO:105-编码黑猩猩非-红细胞β血影蛋白2,或SPTBN2的开放阅读框(异构体1)。
[0368] SEQ ID NO:106-编码马红细胞α血影蛋白1(椭圆形红细胞增多症2或SPTA1)的开放阅读框。
[0369] SEQ ID NO:107-编码马红细胞β血影蛋白,或SPTB的开放阅读框。
[0370] SEQ ID NO:108-编码马非-红细胞β血影蛋白1,或SPTBN1的开放阅读框。 [0371] SEQ ID NO:109-编码人RNF41环(真正感兴趣的新基因)指蛋白41的开放阅读框(异构体1)。
[0372] SEQ ID NO:110-编码人RNF41环(真正感兴趣的新基因)指蛋白41的开放阅读框(异构体2)。
[0373] SEQ ID NO:111-编码小鼠RNF41环(真正感兴趣的新基因)指蛋白41的开放阅读框(异构体1)。
[0374] SEQ ID NO:112-编码黑猩猩RNF41环(真正感兴趣的新基因)指蛋白41的开放阅读框(异构体1)。
[0375] SEQ ID NO:113-编码马RNF41环(真正感兴趣的新基因)指蛋白41的开放阅读框。
[0376] 【发明详述】
[0377] 【通用的技术和定义】
[0378] 除非另有指定,本文所用的全部技术和科学术语取与本领域(例如,在细胞培养中,分子遗传学,分子生物学,免疫学,免疫组织化学,蛋白化学,及生物化学)普通技术人员通常理解的相同含义。
[0379] 除非另有说明,本发明中利用的重组蛋白,细胞培养和免疫学技术是本领域技术人员熟知的标准过程。贯穿文献所述技术描述于和解释于例如,J.Perbal,A Practical Guide to Molecular Cloning,John Wiley and Sons(1984),J.Sambrook et al.,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,Cold Spring Harbour Laboratory Press(1989),T.A. Brown (editor),Essential Molecular Biology:A Practical Approach,Volumes 1 and 2,IRL Press(1991),D.M.Glover and B.D. Hames(editors),DNA Cloning:A Practical Approach,Volumes 1-4,IRL Press(1995 and 1996),and F.M.Ausubel et al.(editors),Current Protocols in Molecular Biology,Greene Pub. Associates and Wiley-Interscience(1988,包括全部更新),Ed Harlow and David Lane (editors)Antibodies:A Laboratory Manual,Cold Spring Harbour Laboratory,(1988),and J.E.Coligan et al.(editors)Current Protocols in Immunology,John Wiley & Sons(包括全部更新)。
[0380] 本文所用的短语″具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞″,及其变异,包括细胞可具有,如果可能,一种或多种这些特征的情况。例如,细胞可具有分裂的膜,经病原体感染及在死亡中。
[0381] 如本文所用,术语″具有破裂的细胞膜的细胞″或″具有破裂的细胞膜的细胞″指细胞膜的完整性被威胁的细胞。此包括具有孔隙的细胞,以及损伤的或破裂的细胞。 [0382] 如本文所用,术语″死亡中的细胞″或″死亡中的细胞″指晚期阶段凋亡细胞或+ +坏死细胞。优选,死亡中的细胞是AnnexinV 或它们是碘化丙锭(PI)。对于有核的死亡中+ +
的细胞,优选是,它们是AnnexinV 和PI。在尤其优选的实施方式中,死亡中的细胞至少为+
AnnexinV。再另一实施方式中,坏死细胞是继发性坏死细胞。
[0383] 如本文所用,″早期凋亡细胞″或″早期凋亡细胞″包括是AnnexinV+和PI-的细胞。
[0384] 如本文所用,术语″死细胞″指过了死亡过程中的不返回点及变化不可反转的细胞。细胞可通过凋亡或坏死而已死。
[0385] 关于短语″被病原体感染的细胞″,术语病原体包括可感染细胞的任何生物。例包括,但不限于,病毒,原生动物和细菌。
[0386] 如本文所用,术语″或其部分″指包括本文中定义的多肽配体的具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞的任何部分。例包括,但不限于,水泡及细胞匀浆物/裂解产物。
[0387] 如本文所用,术语具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细 胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分的″摄取和/或清除″指去除细胞的细胞物质,例如蛋白或其片段。在一实施方式中,树突细胞至少部分负责细胞的摄取和/或清除。优选,树突细胞是+ +5B6(也被称为Clec9A)。
[0388] 如本文所用,术语″周围的细胞″指紧密接近于具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞之一种或多种的细胞。
[0389] 如本文所用,术语″治疗(treating)″,″治疗(treat)″或″治疗(treatment)″包括施用治疗有效量的足以降低或消除指定的病情的至少一种症状的对于本发明有用的化合物。
[0390] 如本文所用,术语″预防(preventing)″,″预防(prevent)″或″预防(prevention)″包括施用治疗有效量的足以停止或阻碍指定的病情的至少一种症状的发展的对于本发明有用的化合物。
[0391] 如本文所用,术语“诊断”或其变型指检测疾病。
[0392] 如本文所用,术语“预后”或其变型指评定疾病的未来结果。
[0393] 如本文所用,术语“监控状态”或其变型指确定疾病的阶段。状态可在受试者施用对于疾病的治疗的之前,期间和/或之后确定。
[0394] 如本文所用,术语“5B6”和“Clec9A”指多肽,所述多肽包括:
[0395] (i)SEQ ID NO:1~8中任一项所示的氨基酸序列;
[0396] (iii)(i)或(ii)的生物学活跃,可溶性和/或的抗原性片段。优选,多肽至少在树突细胞的亚组上表达。
[0397] 如本文所用,在一些实施方式中“样品”可为疑似具有具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分的任何生物材料。在其他实施方式中,“样品”可为疑似具有5B6+树突细胞的任何生物材料,例包括,但不限于,血,例如,全外周血,脐带血,胎儿血,骨髓,血浆,血清,尿,培养的细胞,唾液或尿道拭子,淋巴样组织,例如扁桃体,派伊尔斑,阑尾,胸腺,脾脏和淋巴结,及获取用于常规筛选,诊断性或手术原因的任何活组织检查样品,例如肿瘤活组织检查或发炎的器官/组织的活组织检查。样品可直 接测试或可在测试之前要求一些形成的处理。例如,活组织检查样品可要求匀浆,以在测试之前产生细胞悬浮液。此外,当不是液体形式的生物学样品(例如,其可为固体,半-固体或脱水的液体样品)时,其可要求添加试剂,例如缓冲液,以运动样品。可在使样品与本文定义的化合物接触之前将运动试剂与样品混合。
[0398] 如本文所用,术语“缀合(conjugate)”,“缀合(conjugated)”或其变型广泛地指以下任何形式:对于本发明有用的化合物和治疗剂或可检测的标记物之间共价或非-共价关联,或对于本发明有用的化合物和治疗剂或可检测的标记物彼此紧密接近,例如在脂质体中。
[0399] 如本文所用,术语″免疫应答″指受试者的免疫系统的反应性响应抗原改变,且可涉及抗体产生,诱导细胞-介导的免疫,补体活化和/或发展免疫学耐受性。 [0400] 如本文所用,短语“破裂细胞的细胞膜”指危害细胞膜的完整性的任何方法。所述方法的例包括,但不限于,照射,暴露于去污剂和冷冻/解冻。在一实施方式中,细胞通过所述方法杀死。
[0401] 如本文所用,术语“受试者”优选涉及动物。更优选地,受试者是哺乳动物例如人,狗,猫,马,牛或羊。最优选地,受试者是人。
[0402] 【5B6(Clec9A)配体】
[0403] 如本文所用,术语“5B6配体”或“Clec9A配体”或其变型指本文中定义的结合5B6(Clec9A)的蛋白,即血影蛋白,RNF41以及其变体/突变体/片段。
[0404] 【血影蛋白】
[0405] 本文所用的术语“血影蛋白”指涉及丝状肌动蛋白交联的膜-相关的细胞骨架蛋白,其充当分子支架蛋白来连接肌动蛋白细胞骨架与质膜,及在确定细胞形状,跨膜蛋白排列,及细胞器的组织中发挥作用(Broderick和Winder,2005)。
[0406] 血影蛋白传统上被分为的红细胞及非-红细胞形式,前者专指红细胞,且负责RBC的弹性。血影蛋白的细胞内普遍存在,并可在不同的生物的不同的组织中表达不同的异构体。血影蛋白是高度模蛋白, 含许多重复α-螺旋106-氨基酸单元(或‘血影蛋白重复’)。
[0407] α形式通常含20个血影蛋白重复,且不同于β形式,通常缺乏肌动蛋白-结合结构域(ABD)。多数α形式含和SH3(Src同源性3结构域)用于结合含聚脯氨酸的蛋白。非-红细胞α异构体通常含用于结合的EF-手基序。红细胞α形式的血影蛋白的例如SEQ ID NO:48,64-66和73所示。非-红细胞α形式的血影蛋白的例如SEQ ID NO:
49~50所示。人SPTA1基因(编码红细胞血影蛋白α1)的突变是2型椭圆形红细胞增多症(EL2)(一种表征为溶血贫血及椭圆或卵圆RBC形状的常染色体显性血液病症)的原因。
SPTA1突变也导致遗传性高温畸形红细胞症(HPP)及球形细胞增多症III型(SPH3),两种均为溶血病症。非-红细胞α1基因(SPTAN1)中的突变导致斯耶格伦综合征,自身免疫疾病,类湿性关节炎,多发性硬化,神经退行性疾病及口干燥症。非-红细胞形式的α1血影蛋白(由SPTAN1基因编码的)也被称为α-胞衬蛋白。
[0408] β形式通常含17个血影蛋白重复和肌动蛋白-结合结构域(ABD)。ABD通常含2个CH(钙调理蛋白同源性)结构域,其致使β形式的血影蛋白与F-肌动蛋白相互作用。
非-红细胞形式的β血影蛋白含用于与膜磷脂相互作用的PH(普列克底物蛋白同源性)结构域。β形式的血影蛋白通常缺乏EF-手基序。红细胞β形式的血影蛋白的例如SEQ ID NO:51~52,67~70和74所示。非-红细胞β形式的血影蛋白的例如SEQ ID NO:
53~55,71~72和75所示。人SPTB基因(编码红细胞血影蛋白β)的突变是RBC病症(包括3型椭圆形红细胞增多症(EL3),I型球形细胞增多症(SPH1),肌肉营养不良,各种贫血疾病及高温畸形红细胞症)的原因。非-红细胞β1基因(SPTBN1)中的突变导致2型神经纤维瘤病和白血病。非-红细胞形式的β1血影蛋白(由SPTBN1基因编码的)也被称为β-胞衬蛋白。
[0409] 血影蛋白作为以头对头排列连接的α和β二聚体的四聚体的作用。α和β血影蛋白相互作用而形成二聚体,而2个异源二聚体形成有功能的四聚体。四聚体经它们的尾端与由丝状肌动蛋白和条带4.1 蛋白组成的接合复合物结合。血影蛋白也经锚蛋白和条带3蛋白(尤其在RBC中)和也经蛋白4.1及血型糖蛋白C结合整体膜蛋白。也经β血影蛋白的PH结构域与磷脂发生相互作用。
[0410] 【RNF-41蛋白】
[0411] RNF-41蛋白也被称为环(真正感兴趣的新基因)指蛋白,神经调节蛋白受体降解蛋白-1(NRDP1),或胚胎肝脏环蛋白(FLRF),指作用为E3-泛素连接酶和调控靶蛋白降解的蛋白。用于RNF-41的靶蛋白包括EGF(表皮生长因子)受体家族成员,例如ErbB3(或Her3)。RNF_41的其他靶包括ErbB4,泛素-特异性蛋白酶8(Usp8),Birc6及reticulon4(Rtn4,也被称为NogoA)。RNF-41中的突变已牵连到肿瘤疾病。RNF-41的过表达显示降低ErbB3和抑制乳腺癌生长。降低的水平的RNF-41与原发性人乳腺癌组织中的ErbB3水平反相相关。 [0412] 在人中,3种转录物变体编码RNF-41的2种异构体,即异构体1和2,分别如SEQ ID NO:76和77所示。来自其他生物的RNF-41蛋白的例如SEQ ID NO:78~80所示。 [0413] 【化合物】
[0414] 本发明人之前显示,5B6(也在本领域中称之为CLEC9A和HEEE9341)在树突细胞亚组中表达,可靶向,以调节免疫应答,及结合具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞和死细胞上的配体(Caminschi et al.,2008;WO 09/026660;US61/052,983;WO 09/137871;US 61/120,801)。此致使调节5B6与配体结合的化合物,和/或调节配体产生的化合物用于广泛的诊断性,预后和治疗性过程。本发明人现在还鉴定了结合5B6的分子,其可用于,特别,使治疗分子靶向树突细胞。
[0415] 对于本发明有用的化合物包括配体,例如修饰以递送治疗剂的血影蛋白或RNF41,以及结合,优选特异性结合,这些配体的那些。结合可由共价或非-共价相互作用或共价和非-共价相互作用的组合介导。当相互作用产生非-共价结合的复合物,发生的结合一般是静电, 氢-键合,或亲水/亲脂性相互作用的结果。在优选的实施方式中,化合物是纯化的和/或重组多肽。
[0416] 尽管不必要的,化合物可特异性地结合5B6或配体。短语″特异性结合″,指在特定条件下,化合物结合5B6或配体,及不以显著的量结合其他,例如,蛋白或碳水化合物。在一实施方式中,化合物特异性结合从受试者获得的样品(包括树突细胞)中的5B6和不结合其他分子。在另一实施方式中,化合物特异性结合从受试者获得的样品(包括具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分)中的配体和不结合其他分子。在所述条件下的特异性结合可要求就其特异性选定的抗体。在另一实施方式中,化合物被认为″特异性结合″,如果化合物的结合之间的差异相比另一蛋白有大于5倍差异,及优选25,50或100倍更大的差异。
[0417] 【抗体】
[0418] 在一实施方式中,结合配体,例如血影蛋白或RNF41的化合物包括抗体或其抗原结合片段。术语“抗体”和“免疫球蛋白”指一类由2对多肽链组成的结构上相关的糖蛋白,一对轻(L)低分子量链和一对重(H)链,全部4个通过二硫键互连。免疫球蛋白的结构已良好表征,见例如Fundamental Immunology Ch.7(Paul,W.,ed.,2nd ed.Raven Press,N.Y.(1989))。简言之,各重链一般包括重链可变区(本文中缩写为VH)和重链恒定区(本文中缩写为CH)。重链恒定区一般包括3个结构域,CH1,CH2和CH3。各轻链一般包括轻链可变区(本文中缩写为VL)和轻链恒定区(本文中缩写为CL)。轻链恒定区一般包括1个结构域,CL。VH和VL区可为还亚分为高可变性区(或高可变区,其可在结构上指定的环的序列和/或形式中高可变),也称之为互补决定区(CDR),间隔更保守的区,称之为框架区(FR)。 [0419] 各VH和VL一般由3个CDR和4个FR组成,以下列顺序从氨基-端到羧基-端排列:FR1,CDR1,FR2,CDR2,FR3,CDR3,FR4(也见Chothia和Lesk,1987)。一般而言,此区中氨基酸残基的编号由Kabat et al.,Sequences of Proteins of Immunological Interest,5th Ed.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD.(1991)描述的方法进行(在本文中的短语,例如编号为Kabat或根据Kabat编号的可变结构域残基指用于重链可变结构域或轻链可变结构域的此编号系统)。使用此编号系统,肽的实际线性氨基酸序列可对应于可变结构域的FR或CDR的缩短或插入含更少或额外的氨基酸。 [0420] 术语″人源化的抗体″,如本文所用,指本文中抗体源于非-人抗体,一般是保留或基本上保留亲本抗体的抗原-结合性质,但在人中少免疫原性的鼠抗体。
[0421] 术语互补决定区(CDR),如本文所用,指一起定义免疫球蛋白结合位点的可变片段(Fv)区的结合亲和力和特异性的氨基酸序列。
[0422] 术语框架区(FR),如本文所用,指在CDR之间插入的氨基酸序列。抗体的这些部分用于以适当的取向把持CDR(允许CDR结合抗原)。可变区,无论轻或重,包括框架和一般3个CDR。
[0423] 术语恒定区(CR),如本文所用,指赋予效应子功能的抗体分子部分。受试者人源化的抗体的恒定区源于人免疫球蛋白。重链恒定区可选自任何5种同种型:α,δ,ε,γ或μ。而且,各亚类的重链(例如重链的IgG亚类)负责不同的效应子功能,并由此,通过选择期望的重链恒定区,可产生具有期望的效应子功能的抗体。优选的重链恒定区是γ1(IgG1),γ2(IgG2),γ3(IgG3)和γ4(IgG4),更优选γ4(IgG4)。轻链恒定区可为κ或λ类型,优选κ类型。
[0424] 抗体可作为完整的免疫球蛋白存在,或作为各种形式的修饰存在,包括,例如但不限于:包括VH或VL结构域的结构域抗体,重链可变区(VHH,如对于camelid描述)的二聚体,轻链可变区(VLL)的二聚体,仅含轻和重链可变区的Fv片段,或含重链可变区和CH1结构域的Fd片段。由重和轻链可变区组成的scFv连接在一起形成单链抗体(Bird et al.,1988;Huston et al.,1988),且scFv的寡聚体例如二体及三体也含盖在术语″抗体″中。
也含盖抗体片段,例如含可变区和部分恒定区的Fab,(Fab′)2和FabFc2片段。也含盖CDR-移植的抗 体片段和抗体片段的寡聚体。Fv的重和轻链成分可源于相同的抗体或不同的抗体,由此产生嵌合Fv区。抗体可为动物(例如小鼠,兔或大鼠)或人来源,或可为嵌合(Morrison等人,1984)或人源化的(Jones等人,1986和UK 8707252)。本文所用的术语″抗体″包括这些各形成。使用本文提供的指南和描述于以上引用的参考文献及出版物如Harlow & Lane(见上)的本领域技术人员熟知的那些方法,用于本发明的方法的抗体可容易制备。
[0425] 如本文所用,“抗原性结合片段”指本文定义的能与全长分子结合相同的抗原的抗体部分。
[0426] 不是来自天然的来源的本发明的抗体或抗原结合片段,例如人源化的抗体,优选保留显著的比例的亲本抗体的结合性质。尤其是,本发明的所述抗体或片段保留特异性结合被亲本抗体识别的抗原的能力,用于产生抗体或片段,例如人源化的抗体。优选,抗体或片段呈现与亲本抗体相同的或基本上相同的抗原-结合亲和力和亲合力。理想情况下,抗体或片段的亲和性将不小于10%的亲本抗体亲和性,更优选不小于约30%,及最优选亲和性将不小于50%的亲本抗体。测定抗原-结合亲和力的方法为本领域熟知且包括半-最大结合测定,竞争测定和Scatchard分析。
[0427] 各种免疫测定形式可用于选择与配体特异性地免疫反应的抗体或片段。例如,常规使用表面标记和流式细胞仪分析或固相ELISA免疫测定来选择与蛋白或碳水化合物特异性地免疫反应的抗体。可用于测定特异性免疫反应性的免疫测定形式和条件的描述见Harlow & Lane(见上)。
[0428] 抗体可为Fv区包括可变轻(VL)和可变重(VH)链。轻和重链可直接接合或通过接头接合。本文所用的接头指共价连接于轻和重链,并且在2个链之间提供足够的间隔及柔性,以至于它们能达到它们能特异性结合它们所针对的表位的构象的分子。蛋白接头尤其优选,因为它们可作为融合多肽的Ig部分的固有的成分表达。
[0429] 在另一实施方式中,重组产生的单链scFv抗体,优选人源化的 scFv,用于本发明的方法。
[0430] 【单克隆抗体】
[0431] 本文中描述的针对5B6配体的单克隆抗体可由本领域技术人员容易产生。 [0432] 熟知通过杂交瘤制备单克隆抗体的通用的方法。永生抗体-产生细胞系可通过细胞融合,及也通过其他技术,例如用致癌DNA直接转化B淋巴细胞,或用爱泼斯坦-巴尔病毒转染来创建。可就各种性质;即同种型和表位亲和性筛选针对5B6配体表位产生的一组单克隆抗体。
[0433] 动物-来源的单克隆抗体可用于直接体内及体外免疫治疗。但是,已观察到,当,例如,小鼠-来源的单克隆抗体用于人作为治疗剂时,患者产生人抗-小鼠抗体。由此,动物-来源的单克隆抗体对于治疗,尤其对于长期使用不是优选的。但是,随着建立的遗传加工技术,可创建动物-来源的和人-来源的部分的嵌合或人源化的抗体。动物可为,例如,小鼠或其他啮齿动物例如大鼠。
[0434] 如果嵌合抗体的可变区是,例如,小鼠-来源的,而恒定区是人-来源的,嵌合抗体将通常相比″纯″小鼠-来源的单克隆抗体少免疫原性。这些嵌合抗体将可能更适合于治疗性用途,这也反过来是说″纯″小鼠-来源的抗体是不适合的。
[0435] 本领域技术人员可用产生嵌合抗体的方法。例如,使用,例如,在分离的质粒中的免疫球蛋白轻链和免疫球蛋白重链,轻和重链可独立地表达。然后可将这些纯化,体外组装成完全抗体;已描述用于实现所述组件的方法(见,例如,Sun等人,1986)。所述DNA构建体可包括连接到编码人恒定区的DNA的用于抗体轻或重链可变区的编码功能性地重排列的基因的DNA。利用用于轻和重链的DNA构建体转染的淋巴样细胞例如骨髓瘤或杂交瘤可表达及组装抗体链。
[0436] 也描述了用于来自减少的分离的轻和重链的IgG抗体的形成的体外反应参数。在相同的细胞中共-表达轻和重链以达到细胞内关联关系和重和轻链连接成完全H2L2 IgG抗体也是可能的。所述共-表达可在 相同的宿主细胞中使用相同的或不同的质粒实现。 [0437] 在本发明的另一优选的实施方式中,抗体是人源化的,这是说,通过分子建模技术产生的抗体,其中抗体的人内容物最大化,而导致可归因于例如,亲本大鼠,兔或鼠抗体的可变区的结合亲和力少或无损失。
[0438] 决定在人源化期间使用哪个人抗体序列有几个因素需要考虑。轻和重链的人源化被认为彼此独立,但对于各的推理基本上类似。
[0439] 此选择过程基于以下原理:给定抗体的抗原特异性和亲和性主要由可变区CDR的氨基酸序列决定。可变结构域框架残基具有少或无直接贡献。框架区的主功能是以它们的适当的空间取向把持CDR以识别抗原。由此,将动物,例如,啮齿动物CDR置换成人可变结构域框架最可能导致保留它们的正确的空间取向,如果人可变结构域框架高度同源于它们来源的动物可变结构域。应优选选择人可变结构域,因此高度同源于动物可变结构域。适宜人抗体可变结构域序列可如下选定。
[0440] 步骤1.使用计算机程序,检索全部可用的蛋白(及DNA)数据库,就那些最同源于动物-来源的抗体可变结构域的人抗体可变结构域序列。适宜程序的输出是最同源于动物-来源的抗体的序列列表,各序列的百分率同源性,及各序列与动物-来源的序列的比对。此对于重和轻链可变结构域序列独立地进行。如果仅包括人免疫球蛋白序列,以上分析更容易实现。
[0441] 步骤2.列出人抗体可变结构域序列,并比较同源性。除了相当地可变的重链CDR3之外,主要对CDR长度进行比较。人重链和κ和λ轻链分为亚组;重链3个亚组,κ链4个亚组,λ链6个亚组。各亚组之内的CDR尺寸类似,但在亚组之间变化。通常可能匹配动物-来源的抗体CDR与人亚组之一,作为第一同源性逼近。然后比较带有类似长度的CDR的抗体的氨基酸序列同源性,尤其在CDR之内,而且在周围的框架区。选择最同源的人可变结构域作为用于人源化的框架。
[0442] 【实际人源化方法/技术】
[0443] 抗体可根据EP 0239400通过将期望的CDR移植进入人框架来人源化。可因此从要重构CDR的人DNA开始制备编码期望的重构抗体的DNA序列。将含期望的CDR的动物-来源的可变结构域氨基酸序列与选择的人抗体可变结构域序列比较。标记人可变结构域中需要改变为动物中的相应残基的残基,以使人可变区合并动物-来源的CDR。可也有需要代替入,添加到或删除自人序列的残基。
[0444] 合成寡核苷酸,其可用于将人可变结构域框架诱变为含期望的残基。那些寡核苷酸可为任何方便的尺寸。可通过可用的特定合成仪的能力正常仅限制长度。熟知寡核苷酸-导向的体外诱变方法。
[0445] 合成的基因序列,例如编码人源化的抗体或其片段的那些,可为通过许多服务公司中的任何商业上定购的,包括DNA 2.0(Menlo Park,Calif.),Geneart(Regensburg,德国),CODA Genomics(Irvine,Calif.)和GenScript,Corporation(Piscataway,N.J.)。 [0446] 或者,人源化可使用WO 92/07075的重组聚合酶链式反应(PCR)方法达到。使用此方法,CDR可在人抗体的框架区之间剪接。一般而言,WO 92/07075的技术可使用包括2个人框架区,AB和CD,及在它们之间的待被供体CDR取代的CDR的模板进行。引物A和B用于扩增框架区AB,及引物C和D用于扩增框架区CD。但是,引物B和C各也在它们的5′端含对应全部或至少部分供体CDR序列的附加序列。引物B和C通过足以允许它们的5′端在允许PCR进行的条件下彼此退火的长度重叠。由此,扩增的区AB和CD可通过重叠延伸经历基因剪接,以在单个反应中产生人源化的产物。
[0447] 诱变反应后,为重构抗体,可将经诱变的DNA连接到适当的编码轻或重链恒定区的DNA,克隆进表达载体,及转染进宿主细胞,优选哺乳动物细胞。这些步骤可以常规方式进行。重构抗体可因此通过包括以下步骤的方法制备:
[0448] (a)制备第一可复制的表达载体,其包括可操作连接到编码至少Ig重或轻链的可变结构域,包括来自人抗体的框架区的可变结构域和 本发明的人源化的抗体需要的CDR的DNA序列的适宜启动子;
[0449] (b)制备第二可复制的表达载体,其包括可操作连接到编码至少分别互补Ig轻或重链的可变结构域的DNA序列的适宜启动子;
[0450] (c)用第一或两种制备的载体转化细胞系;以及
[0451] (d)培养所述转化的细胞系以产生所述改变的抗体。
[0452] 优选,步骤(a)中的DNA序列编码人抗体链的可变结构域和各恒定区。人源化的抗体可使用任何适宜重组表达系统制备。经转化以产生改变的抗体的细胞系可为中国仓鼠卵巢(CHO)细胞系或永生化的哺乳动物细胞系,其有利地为淋巴样来源,例如骨髓瘤,杂交瘤,三源杂交瘤或细胞杂交瘤细胞系。细胞系也可包括正常淋巴样细胞,例如B细胞,其已通过用病毒,例如爱泼斯坦-巴尔病毒转化来永生化。最优选地,永生化的细胞系是骨髓瘤细胞系或其衍生物。
[0453] 用于抗体表达的CHO细胞可为二氢叶酸还原酶(dhfr)缺陷型,且由此生长依赖于胸苷和次黄嘌呤。将亲本dhfr-CHO细胞系用编码抗体及致使选择dhfr阳性表型的CHO细胞转化体的dhfr基因的DNA转染。选择进行通过培养集落在培养基缺乏胸苷和次黄嘌呤,该缺失阻止未转化的细胞生长和从再救叶酸通路阻止转化的细胞,和由此绕过选择系统。这些转化体通常由于转染的目的DNA和编码dhfr的DNA的共-整合而表达低水平的目的DNA。编码抗体的DNA的表达水平可通过使用甲氨喋呤(MTX)扩增来增加。此药物是酶dhfr的直接抑制剂,且允许扩增它们的dhfr基因足够拷贝数以在这些条件下生存的抗性集落的分离。由于编码dhfr及抗体的DNA序列在原转化体中紧密连接,通常有伴随的扩增,且因此期望的抗体的增加的表达。
[0454] 用在CHO或骨髓瘤细胞的另一优选的表达系统是描述于WO87/04462的谷氨酰胺合成酶(GS)扩增系统。此系统涉及用编码酶GS的DNA及用编码期望的抗体的DNA转染细胞。然后选定在无谷氨酰胺的培养基生长的细胞,且可由此推定为已整合编码GS的DNA。然后使用甲硫氨酸硫砜亚胺(Msx)使这些选定的克隆经历酶GS抑制。细胞,为了生存,将扩增编码GS的DNA,并伴随编码抗体的 DNA的扩增。
[0455] 尽管用来产生人源化的抗体的细胞系优选为哺乳动物细胞系,可替代性地使用任何其他适宜细胞系,例如细菌细胞系或酵母细胞系。尤其是,考虑可使用大肠埃希氏菌(E.coli)-来源的细菌株。检查得到的抗体的功能性。如果功能性丧失,其需返回步骤(2)和改变抗体框架。
[0456] 一旦表达,可根据本领域标准过程(包括硫酸铵沉淀,亲和性柱,柱层析,凝胶电泳等)回收和纯化全抗体,它们的二聚体,个体轻和重链,或其他免疫球蛋白形式,(见,一般地,Scopes,R.,Protein Purification,Springer-Verlag,N.Y.(1982))。对于药物使用,优选至少约90~95%同质性的基本上纯的免疫球蛋白,及最优选98~99%或更高同质性。一旦纯化,部分或期望的同质性,然后人源化的抗体可治疗性地使用,或在开发和进行测定过程,免疫荧光染色等中使用(见,通常,Lefkovits and Pernis(editors),Immunological Methods,Vols.Iand II,Academic Press,(1979and 1981))。 [0457] 由Greenwood等人(1993)进行的研究展示,由人效应细胞的抗体Fc区的识别可通过加工免疫球蛋白分子的恒定区来优化。此可通过将抗体的可变区基因,以期望的特异性,与编码在人受试者中展示有效抗原依赖性细胞毒性(ADCC)的免疫球蛋白同种型,例如IgG1和IgG3同种型的人恒定区基因融合来达到(Greenwood and Clark,Protein Engineering of Antibody Molecules for Prophylactic and Therapeutic Applications in Man.Mike Clark(editor),Academic Titles,Section II,p.85-113,(1993))。得到的嵌合或人源化的抗体应尤其在调节体液免疫和/或T-细胞介导的免疫中有效。
[0458] 具有完全人可变区的抗体也可通过将抗原施用到已经修饰响应抗原性攻击而产生所述抗体,但其内源性座位丧失功能的转基因动物来制备。可进行各随后操作来获得抗体本身或其类似物(见,例如,US6,075,181)。
[0459] 【编码抗体或其片段的基因的制备】
[0460] 可从杂交瘤细胞系克隆编码抗体的基因,轻和重链基因二者或其部分,例如,单链Fv区。它们可使用相同的通用的策略(例如RACE)使用商业上可用的试剂盒全部克隆,+例如通过Clontech产生。一般,例如,将从杂交瘤细胞提取的聚(A)mRNA使用随机六聚体作为引物反转录。对于Fv区,通过2个聚合酶链式反应(PCR)独立地扩增VH和VL结构域。重链序列可使用分别根据抗-5B6配体重链的氨基-端蛋白序列设计的5′端引物和根据共有免疫球蛋白恒定区序列的3′端引物来扩增(Kabat et al.,Sequences of Proteins of Immunological Interest.5th edition.U.S.Department of Health and Human Services,Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,Md.(1991))。轻链Fv区使用根据抗-5B6配体轻链的氨基-端蛋白序列设计的5′端引物和与引物C-κ组合扩增。本领域技术人员将认可,许多适宜引物可采用来获得Fv区。 [0461] 将PCR产物亚克隆到适宜克隆载体。鉴定通过DNA限制含正确的尺寸的插入子的克隆。然后可从双链质粒DNA使用邻近克隆位点的测序引物确定重或轻链编码区的核苷TM
酸序列。商业上可用的试剂盒(例如,Sequenase 试剂盒,United States Biochemical Corp.,Cleveland,Ohio,USA)可用于辅助测序DNA。编码Fv区的DNA可通过任何适宜方法制备,包括,例如,扩增技术例如PCR和LCR。
[0462] 化学合成产生单链寡核苷酸。此可通过与互补序列杂交,或通过用DNA聚合酶使用单个链作为模板聚合而转变为双链DNA。而可化学合成整个单链Fv区,优选合成后期连接在一起的许多较短序列(约100~150个基)。
[0463] 或者,亚序列可克隆,且适当的亚序列使用适当的限制酶切割。然后可连接片段,以产生期望的DNA序列。
[0464] 一旦得到Fv可变轻和重链DNA,序列可,直接或通过编码肽接头的DNA序列,使用本领域技术人员熟知的技术连接在一起。在一实施方式中,重和轻链区连接有柔性肽接头(例如,(Gly4Ser)3),其开始于重链Fv结构域的羧基端和终止于轻链Fv结构域的氨基末端。 整个序列以单链抗原结合蛋白形式编码Fv结构域。
[0465] 【治疗剂】
[0466] 本文中定义的化合物可用于递送治疗剂。治疗剂的例包括,但不限于,抗原,细胞毒性制剂,药物和/或药剂。
[0467] 在一些实施方式中,治疗剂可为融合到化合物的多肽。包括化合物的融合多肽可通过本领域技术人员已知的方法制备。例如,编码Fv区的基因融合到编码治疗剂的基因。任选,Fv基因连接到编码肽连接子的段。肽连接子可存在而仅提供化合物和治疗剂之间的空间,或辅助这些区之间的迁移性,以致使它们各达到它们的最佳构象。包括连接子的DNA序列也可提供序列(例如引物位点或限制性位点)来辅助克隆,或可保存编码结合部分的序列和编码治疗剂的序列之间的阅读框所述连接子肽的设计为本领域技术人员熟知。 [0468] 通常产生融合多肽涉及,例如,独立地制备Fv轻和重链和编码它们融合的任何其他蛋白的DNA及在质粒或其他载体中重组DNA序列,以形成编码特定期望的融合多肽的构建体。但是,更简单的方法涉及将编码特定Fv区的DNA插入已编码期望的融合的多肽的构建体。将编码Fv区的DNA序列使用本领域技术人员熟知的技术插入构建体。
[0469] 对于本发明有用的化合物,例如,重组单链抗体,可通过本领域已知和可用的任何方法融合到,或以别的方式结合到治疗剂。2种成分可通过任何各种良好-已知的化学过程化学键合在一起。例如,可以异双官能交联-接头,例如,SPDP,碳二亚胺,戊二,等的方式连接。各免疫毒素的产生,以及化学缀合方法,为本领域熟知(见,例如,″Monoclonal Antibody-Toxin Conjugates:Aiming the Magic Bullet,″Thorpe et al.,Monoclonal Antibodies in Clinical Medicine,Academic Press,p.168-190(1982);Waldmann,1991;Vitetta et al.,1987;Pastan et al.,1986;and Thorpe et al.,1987)。 [0470] 药物和/或药剂的例包括,但不限于,促进DC活化的制剂(例如TLR配体),抑制DC活化或功能的制剂(例如DC信号转导分子例 如激酶和磷酸酶的特异性抑制剂或促进剂),及调节DC死亡的制剂(例如凋亡的促进剂或抑制剂)。所述药物和/或药剂为本领域技术人员熟知。
[0471] 本领域技术人员将同意,有许多细菌或植物多肽毒素适宜于用作本发明的方法中的细胞毒性制剂。这些多肽包括,但不限于,多肽,例如天然的或修饰的假单胞菌属(Pseudomonas)外毒素,白喉毒素(DT),蓖麻毒素,相思豆毒蛋白,白树毒素,木鳖子苷II,细菌RIP例如志贺及志贺-样毒素a-链,软瓜蛋白,天花粉素,木鳖子苷I,紫茉莉属(Mirabilis)抗-病毒蛋白,商陆抗病毒蛋白,byodin2(U.S.5,597,569),gaporin,以及遗传加工的其变体。天然的PE和DT是一般通过肝脏毒性导致死亡的高度毒性化合物。优选,假单胞菌属(Pseudomonas)外毒素和DT经修饰为去除毒素的天然的靶向成分的形式,例如,假单胞菌属(Pseudomonas)外毒素的结构域Ia和DT的B链。本领域技术人员将同意,本发明不限于特定细胞毒性制剂。
[0472] 用于本发明的其他适宜细胞毒性制剂包括,但不限于,制剂,例如细菌或植物毒素,药物,例如,环磷酰胺(CTX;cytoxan),苯丁酸氮芥(CHL;瘤可宁),顺铂(CisP;CDDP;platinol),白消安(myleran),美法仑,卡莫司汀(BCNU),链脲霉素,曲他胺(TEM),丝裂霉素C和其他烷化剂;甲氨喋呤(MTX),依托泊苷(VP-16;vepesid),6-巯嘌呤(6MP),6-硫嘌呤(6TG),阿糖胞苷(Ara-C),5-氟尿嘧啶(5FU),达卡巴嗪(DTIC),2-氯脱腺苷(2-CdA)和其他抗代谢剂;抗生素,包括放线菌素D,多柔比星(DXR;阿霉素),柔红霉素(道诺霉素),博来霉素,普卡霉素以及其他抗生素;生物碱,例如长春新碱(VCR),长春碱,等;
以及其他抗-癌制剂,包括细胞生长抑制剂糖皮质类固醇,例如地塞米松(DEX;地卡特隆)和皮质甾醇例如泼尼松,核苷酸酶抑制剂例如羟基脲,等。
[0473] 本领域技术人员将意识到,有多种可通过熟知的技术偶联于本发明的化合物,及递送以特异性地毁坏树突细胞的其他放射性同位素及化学细胞毒素制剂(见,例如,U.S.4,542,225)。光-活化的毒素的例包 括二氢吡啶-及ω-食鱼螺毒素。可使用的125 131 111 123 99 和32
细胞毒性试剂的例包括 I, I, In,I,mTc P。可将抗体用所述试剂使用本领域已知的技术标记。例如,对于涉及抗体的放射性标记的技术见Wenzel and Meares,Radioimmunoimaging and Radioimmunotherapy,Elsevier,N.Y.(1983)(也见,Colcher et al.,1986;″Order,Analysis,Results and Future Prospective of the Therapeutic Use of Radiolabeled Antibody in Cancer Therapy″,Monoclonal Antibodies for Cancer Detection and Therapy,Baldwin et al.(editors),Academic Press,p.303-16,(1985))。
[0474] 在一例中,将接头-螯合剂tiuexutan通过稳定的硫脲共价键缀合于化合物,以提供对于铟-111或钇-90的高-亲和性鳌合位点。
[0475] 【抗原】
[0476] 也可将对于本发明的方法有用的化合物缀合于″抗原″。
[0477] 术语″抗原″还旨在含盖已知的或野生型抗原的肽或蛋白类似物,例如以上描述的那些。类似物可相比野生型抗原更可溶性或更稳定,及可也含突变或修饰致使抗原更免疫学活跃。也在本发明中有用的是具有与期望的抗原的氨基酸序列同源的氨基酸序列的肽或蛋白,其中同源抗原诱导针对相应肿瘤或生物的免疫应答。
[0478] 本文所用的″癌抗原″是在MHC分子背景下与肿瘤或癌细胞相关且当在抗原呈递细胞表面表达时能刺激免疫应答的分子或化合物(例如,蛋白,肽,多肽,脂质,糖脂,碳水化合物和/或DNA)。癌抗原包括自身抗原,以及可与癌不特异性地相关的其他抗原,但不管怎样当施用于动物时诱导和/或增强免疫应答和/或减少肿瘤或癌细胞生长。 [0479] “来自病原性和/或感染性生物的抗原”如本文所用是任何生物的抗原,且包括,但不限于,感染性病毒,感染性细菌,感染性寄生虫,包括原生动物(例如疟原虫属(Plasmodium sp.))和虫和感染性真菌。一般,为了用于发明,抗原是诱导特异于相应生物的免疫应答的来自生物的蛋白或其抗原性片段,或同于或类似于天然存在的抗原的合成的化合物。类似于天然存在的生物抗原的化合物或抗原为本领域技术 人员所熟知。类似于天然存在的生物抗原的化合物的非-限制例是多糖抗原的肽模拟物。
[0480] 癌抗原的特定实施方式包括,例如,突变的抗原,例如Ras p21原癌基因的蛋白产物,肿瘤抑制剂p53和HER-2/neu和BCR-abl癌基因,以及CDK4,MUM1,胱天蛋白酶8,及β连环蛋白;过表达的抗原,例如半乳糖凝集素4,半乳糖凝集素9,碳酸酐酶,醛缩酶A,PRAME,Her2/neu,ErbB-2和KSA,癌胚抗原,例如α甲胎蛋白(AFP),人绒毛膜促性腺激素(hCG);自身抗原,例如癌胚抗原(CEA)和黑色素细胞分化抗原,例如Mart1/Melan A,gp100,gp75,酪氨酸酶,TRP1和TRP2;前列腺相关的抗原,例如PSA,PAP,PSMA,PSM-P1和PSM-P2;再活化的胚胎基因产物,例如MAGE1,MAGE3,MAGE4,GAGE1,GAGE2,BAGE,RAGE和其他癌睾丸抗原,例如NY-ESO1,SSX2和SCP1;粘蛋白,例如Muc-1和Muc-2;神经节苷脂,例如GM2,GD2和GD3,中性糖脂和糖蛋白,例如Lewis(y)和球-H;及糖蛋白例如Tn,Thompson-Freidenreich抗原(TF)和sTn。
[0481] 癌抗原和它们的相应肿瘤细胞靶包括,例如,细胞蛋白,尤其细胞角蛋白8,18和19,作为癌的抗原。上皮膜抗原(EMA),人胚胎抗原(HEA-125),人乳脂肪小球,MBr1,MBr8,Ber-EP4,17-1A,C26和T16也是已知的癌抗原。结蛋白和肌肉-特异性肌动蛋白是肌原性肉瘤的抗原。胎盘碱性磷酸酶,β-人绒毛膜促性腺激素,及α-甲胎蛋白是滋养层及生殖细胞肿瘤的抗原。前列腺特异性抗原前列腺癌的抗原,结肠腺癌的癌胚抗原。HMB-45是黑色素瘤的抗原。在子宫颈癌中,有用的抗原可由人乳头状瘤病毒编码。嗜铬粒蛋白-A及突触囊泡蛋白是神经内分泌及神经外胚层肿瘤的抗原。特定目标是形成具有坏死区的实体瘤团的攻击性肿瘤。
[0482] 已知造成某些癌的源于病原体的抗原也可有利地用于本发明。用于本文提供的癌疫苗的特别感兴趣的病原体包括:乙型肝炎病毒(肝细胞癌),丙型肝炎病毒(肝细胞瘤),爱泼斯坦巴尔病毒(EBV) (伯基特淋巴瘤,鼻咽癌,免疫抑制的个体中的PTLD),HTLVL(成年T细胞白血病),16,18,33,45型致癌人乳头状瘤病毒(成年子宫颈癌),及细菌幽螺杆菌(Helicobacter pylori)(B细胞胃淋巴瘤)。可作为哺乳动物和更尤其人中的抗原的其他医学上相关微生物进一步描述于文献,例如,C.G.A Thomas,Medical Microbiology,Bailliere Tindall,(1983)。
[0483] 例示病毒病原体包括,但不限于,感染哺乳动物,及更尤其人的感染性病毒。感染性病毒的例包括,但不限于:反转录病毒科(Retroviridae)(例如,人免疫缺陷病毒,例如HIV-1(也称为HTLV-III,LAV或HTLV-III/LAV,或HIV-III;及其他分离物,例如HIV-LP;小RNA病毒科(Picornaviridae)(例如脊髓灰质炎病毒,肝炎A病毒;肠道病毒,人柯萨奇病毒,鼻病毒,埃可病毒);嵌杯病毒科(Calciviridae)(例如导致胃肠炎的株);披膜病毒科(Togaviridae)(例如马脑炎病毒,风疹病毒);黄病毒科(Flaviridae)(例如登革热病毒,脑炎病毒,黄热病毒);冠状病毒科(Coronoviridae)(例如冠状病毒,例如SARS冠状病毒);弹状病毒科(Rhabdoviradae)(例如水疱性口炎病毒,狂犬病病毒);纤丝病毒科(Filoviridae)(例如埃博拉病毒);副粘病毒科(Paramyxoviridae)(例如副流感病毒,腮腺炎病毒,麻疹病毒,呼吸道合胞病毒);正粘病毒科(Orthomyxoviridae)(例如流感病毒);Bungaviridae(例如汉坦病毒,bunga病毒,白蛉病毒及内罗毕病毒);沙粒病毒科(Arenaviridae)(出血热病毒);呼肠孤病毒科(Reoviridae)(例如呼肠孤病毒,环状病毒及轮状病毒);双RNA病毒科(Birnaviridae);嗜肝DNA病毒科(Hepadnaviridae)(乙型肝炎病毒);细小病毒科(Parvoviridae)(细小病毒);乳多空病毒科(Papovaviridae)(乳头状瘤病毒,多瘤病毒);腺病毒科(Adenoviridae)(多数腺病毒);疱疹病毒科(Herpesviridae)单纯疱疹病毒(HSV)1和2,水痘带状疱疹病毒,巨细胞病毒(CMV),疱疹病毒;痘病毒科(Poxviridae)(天花病毒,痘苗病毒,痘病毒病毒);及虹膜病毒科(Iridoviridae)(例如非洲猪热病毒);及未分类的病 毒(例如海面状脑病的病原,δ肝炎的病原(认为是乙型肝炎病毒的缺陷型卫星),非-A,非-B肝炎的病原(1类=内部传播的;2类=肠胃外传播的(即丙型肝炎);Norwalk和相关的病毒,及星状病毒)。 [0484] 而且,可通过脊椎动物中的标题组合物和方法靶向革兰氏阴性及革兰氏阳性细菌。所述革兰氏阳性细菌包括,但不限于巴斯德菌属(Pasteurella sp.),葡萄球菌属(Staphylococcus sp.)和链球菌属(Streptococcus sp.)。革兰氏阴性细菌包括,但不限于,大肠埃希氏菌(Escherichia coli),假单胞菌属(Pseudomonas sp.),及沙门氏菌属(Salmonella sp.)。感染性细菌的特定例包括但不限于:幽门螺杆菌(Helicobacter pylori),博氏疏螺旋体(Borella burgdorferi),嗜军团菌(Legionella pneumophilia),分支杆菌属(Mycobacteriumsp.)(例如结核分枝杆菌(M.tuberculosis),鸟分枝杆菌(M.avium),细胞内分枝杆菌(M.intracellulare),堪萨斯分枝杆菌(M.kansaii),戈登分枝杆菌(M.gordonae)),金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus),淋病奈瑟球菌(Neisseria gonorrhoeae),脑膜炎奈瑟球菌(Neisseria meningitidis),单核细胞增多性李斯特菌(Listeria monocytogenes),酿脓链球菌(Streptococcus pyogenes)(组A链球菌属(Streptococcus)),无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)(组B链球 菌属(Streptococcus)),链球 菌属(Streptococcus)(viridans组),粪链球菌(Streptococcus faecalis),牛链球菌(Streptococcus bovis),链球菌属(Streptococcus)(厌氧种),肺炎链球菌(Streptococcus pneumoniae),病原性弯曲菌属(Campylobacter sp.),肠球菌属(Enterococcus sp.),流感嗜血菌(Haemophilus influenzae),炭疽芽孢杆菌(Bacillus antracis),白喉棒杆菌(Corynebacterium diphtheriae),棒杆菌属(Corynebacterium sp.),红班丹毒丝菌(Erysipelothrix rhusiopathiae),产气荚膜梭菌(Clostridium perfringer),破伤风梭菌(Clostridium tetani),产 气 肠 杆 菌(Enterobacter aerogenes),肺 炎 克 雷 伯 菌 (Klebsiella pneumoniae),多杀巴斯德菌(Pasturella multocida),拟杆菌属(Bacteroides sp.), 具核梭杆菌(Fusobacterium nucleatum),念珠状链杆菌(Streptobacillus moniliformis),苍白密螺旋体(Treponema pallidium),细弱密螺旋体(Treponema pertenue),钩端螺旋体属(Leptospira),立克次体属(Rickettsia)和以色列放线菌(Actinomyces israelli)。 [0485] 可作为标题组合物中的抗原来源利用的细菌病原体的多肽包括但不限于-调节的外膜蛋白,(″IROMP″),外膜蛋白(″OMP″),及导致疖病的杀鲑气单胞菌(Aeromonis salmonicida)的A-蛋白,导致细菌肾疾病(″BKD″)的鲑鱼肾菌(Renibacterium salmoninarum)的p57蛋白,主要表面相关的抗原(″msa″),表面表达的细胞毒素(″mpr″),表面表达的溶血素(″ish″),及耶尔森菌病的鞭毛抗原;细胞外蛋白(″ECP″),铁-调节的外膜蛋白(″IROMP″),及巴斯德菌病的结构蛋白;鳗弧菌(Vibrosis anguillarum)及病海弧菌(V.ordalii)的OMP和鞭毛蛋白;鲶鱼爱德华菌(Edwardsiellosis ictaluri)及缓慢爱德华菌(E.tarda)的鞭毛蛋白,OMP蛋白,aroA和purA;及小瓜虫属(Ichthyophthirius)的表面抗原;及柱噬纤维菌(Cytophaga columnari)的结构和调控蛋白;及立克次体属(Rickettsia)的结构和调控蛋白。所述抗原可通过本领域已知的任何其他手段分离或重组制备。
[0486] 病原体的例还包括,但不限于,感染哺乳动物,及更尤其人的感染性真菌和寄生虫。感染性真菌的例包括,但不限于:新型隐球菌(Cryptococcus neoformans),荚膜组织胞浆菌(Histoplasma capsulatum),粗球孢子菌(Coccidioides immitis),皮炎芽生菌(Blastomyces dermatitidis),沙眼衣原体(Chlamydia trachomatis),及白色念珠菌(Candida albicans)。
[0487] 寄生虫的例包括细胞内寄生虫及专性细胞内寄生虫。寄生虫的例包括但不限于:恶性疟原虫(Plasmodium falciparum),卵形疟原虫(Plasmodium ovale),三日疟原虫(Plasmodium malariae),间日疟原虫(Plasmdodium vivax),诺氏疟原虫(Plasmodium knowlesi), 果氏巴贝虫(Babesia microti),分歧巴贝虫(Babesia divergens),克鲁斯锥虫(Trypanosoma cruzi),鼠弓形虫(Toxoplasma gondii),旋毛形线虫(Trichinella spiralis),硕大利什曼原虫(Leishmania major),杜氏利什曼原虫(Leishmania donovani),巴西利什曼原虫(Leishmania braziliensis),热带利什曼原虫(Leishmania tropica),冈 比 亚 锥 虫(Trypanosoma gambiense),罗德 西 亚 锥虫 (Trypanosoma rhodesiense),班氏吴策线虫(Wuchereria bancrofti),马来布鲁丝虫(Brugia malayi),帝汶布鲁丝虫(Brugia timori),人蛔虫(Ascaris lumbricoides),盘尾丝虫(Onchocerca volvulus)和曼氏血吸虫(Schistosoma mansoni)。
[0488] 作为哺乳动物和更尤其人中的抗原的其他医学上相关微生物扩展描述于文献,例如,见C.G.A Thomas,Medical Microbiology,Bailliere Tindall,(1983)。除了治疗感染性人疾病和人病原体之外,本发明的组合物和方法对于治疗非人哺乳动物的感染有用。例示非-人病原体包括,但不限于,小鼠乳房肿瘤病毒(″MMTV″),劳斯肉瘤病毒(″RSV″),禽类白血病病毒(″ALV″),禽类成髓细胞血症病毒(″AMV″),鼠白血病病毒(″MLV″),猫白血病病毒(″FeLV″),鼠肉瘤病毒(″MSV″),长臂猿白血病病毒(″GALV″),脾脏坏死病毒(″SNV″),网状内皮组织增殖症病毒(″RV″),猿猴肉瘤病毒(″SSV″),Mason-Pfizer猴病毒(″MPMV″),1型猿猴反转录病毒(″SRV-1″),慢病毒例如HIV-1,HIV-2,SIV,Visna病毒,猫免疫缺陷病毒(″FIV″),及马感染性贫血病毒(″EIAV″),T-细胞白血病病毒,例如HTLV-1,HTLV-II,猿猴T-细胞白血病病毒(″STLV″),及牛白血病病毒(″BLV″),及泡沫病毒,例如人泡沫病毒(″HFV″),猿猴泡沫病毒(″SFV″)和牛泡沫病毒(″BFV″)。
[0489] 【可检测的标记物】
[0490] 对于本发明有用的化合物可在一系列检测系统中采用。例如,化合物可用于成像受试者的内部区和/或诊断受试者中疾病的存在或缺失的方法。
[0491] 将对于本领域技术人员而言显而易见,本发明的诊断性,预后和/或监控方法涉及定量程度,以测定患者样品中存在的5B6,5B6表达细胞,配体和/或配体表达细胞水平。所述定量由包含适当的对照样品容易提供。
[0492] 优选,内部对照包括在本发明的方法中。优选的内部对照是从一个或多个健康个体获取的一个或多个样品。
[0493] 当诊断性地使用时,对于本发明有用的化合物可连接到诊断性试剂,例如可检测的标记物,以允许容易检测体外或体内结合事件。适宜标记物包括放射性同位素,或非-放射性标记物,例如生物素,酶,化学发光分子,荧光团,染料标记物或用于检测和/或定位靶分子的其他成像试剂。或者,结合化合物的第二标记的抗体或亲和素(例如)可用于检测。 [0494] 在酶免疫测定中,可将酶缀合于第二抗体,通常利用戊二醛或高碘酸盐。但是,如将容易认识,广泛的不同的缀合技术存在,本领域技术人员容易可用。通常使用的酶尤其包括辣根过氧化物酶,葡萄糖氧化酶,β-半乳糖苷酶及碱性磷酸酶。通常选择待与特异性酶使用的底物用于在通过相应酶水解之后,产生可检测的色彩变化。适宜酶的例包括碱性磷酸酶和过氧化物酶。也可能采用荧光源性底物,其产生荧光产物而非以上提及的发色底物。 [0495] 在另一例中,荧光性化合物,例如但不限于尤其荧光素及若丹明,可不改变它们的结合能力地与,例如,抗体化学偶联。当通过用特定波长的光照射活化时,荧光色素-标记的抗体吸收光能,诱导状态到分子中的兴奋性,然后是用光照显微镜实际可检测的特征性色彩光发射。
[0496] 通过非-限制例的进一步方式,偶联于成像制剂的化合物可用于检测组织化学组织切片中的5B6或配体表达。化合物可共价或非-共价偶联于适宜超磁,顺磁,电子致密,回声,放射性或非-放射性标记物,例如生物素或亲和素。
[0497] 【标记的细胞检测和分离】
[0498] 可通过各种本领域熟知的技术检测样品中的具有破裂的细胞膜的 细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,包括细胞分选,尤其荧光-活化的细胞分选(FACS),通过使用结合于基材(例如,塑料表面,如在随动拍摄中)的亲和性试剂,或通过使用结合于固相粒子的亲和性试剂,其可基于珠(例如,染色的胶乳珠或磁性颗粒)的性质分离。天然地,用于检测细胞的过程将依赖于细胞被如何标记。
[0499] 在一例中,可使用具有用于细胞分选器的适当的特征的任何可检测的物质(例如,在荧光染料的情况下,可通过分选器的光源激发的染料,及可通过细胞分选器的检测器检测的发射光谱)。在流式细胞术中,激光束投射通过含细胞或其他粒子的液体流,它们当通过聚焦的光轰击时给出由检测器收集的信号。然后将这些信号转变用于计算机储存和数据分析,及可提供有关各细胞性质的信息。用适宜染料标记的细胞通过激光光束激发,及以特征性波长发射光。此通过检测器收集发射的光,及将这些模拟信号将转化为数字信号,允许它们的储存,分析和显示。
[0500] 许多更大流式细胞仪也是″细胞分选器″,例如荧光-活化的细胞分选器(FACS),且是具有将来自特定群的细胞选择性地沉积到管,或其他收集容器的能力的仪器。在尤其优选的实施方式中,细胞使用FACS分离。此过程为本领域熟知及描述于,例如,Melamed et al.,Flow Cytometry and Sorting,Wiley-Liss,Inc.,(1990);Shapiro,Practical Flow Cytometry,4th Edition,Wiley-Liss,Inc.,(2003);and Robinson et al.,Handbook of Flow Cytometry Methods,Wiley-Liss,Inc.(1993)。
[0501] 为了分选细胞,电子学仪器翻译收集的对于各细胞的如通过激光光束询问的信号,并将所述信号与设于计算机上的分选标准比较。如果细胞符合所需的标准,将电荷应用于液体流,其被精确地分为含细胞滴。将此带电性在精确时刻应用于流,目的细胞将从流分出,然后当带电的滴从流分出时移出。随着滴下落,它们在2个金属板之间经过,其强烈带正电或带负电。拉动带电的滴向相反的极性的金属板,及放入收集容器,或放在显微镜载玻片上,用于进一步检查。
[0502] 细胞可作为单细胞或作为多细胞自动收集入收集容器,例如使用激光,例如氩激光(488nm)和例如用安装了自动克隆单元的流式细胞仪(Coulter EPICS Altra,Beckman-Coulter,Miami,Fla.,美国)。对于本发明的方法有用的适宜FACS机的其他例TM TM包括,但不限于,MoFlo 高-速细胞分选器(Dako-Cytomation ltd),FACS Aria (Becton TM
Dickinson),FACS Diva(Becton Dickinson),ALTRA Hyper分选(Beckman Coulter)和TM
CyFlow 分选系统(Partec GmbH)。
[0503] 对于使用固相粒子检测来自样品的具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞而言,可利用具有期望的性质的任何粒子。例如,大的粒子(例如,直径大于约90-100μm)可用于辅助沉积。优选,粒子是″磁性颗粒″(即,可使用磁场收集的粒子)。标记的细胞保留在柱中(通过磁场保持),而未标记的细胞直接通过,并在其他端洗脱。磁性颗粒现在通常从各生产商包括Dynal Biotech(Oslo,挪威)和Milteni Biotech GmbH(德国)可用。磁性细胞分选(MACS)的例由Al-Mufti等人(1999)提供。 [0504] 激光-捕获显微解剖也可用于使用本发明的方法选择性地检测载玻片上的标记的细胞。使用激光-捕获显微解剖的方法本领域已知(见,例如,U.S.20030227611和Bauer等人,2002)。
[0505] 【标记的树突细胞或其前体检测和分离】
[0506] 如本文所用,术语″富集(enriching)″和″富集(enriched)″以它们的最广泛含义用于含盖树突细胞或其前体的分离,以至于在治疗的样品中树突细胞或其前体对于非-树突细胞或其前体的相对浓度大于可比较的未处理的样品。优选,在从原样品获得的样品中,富集的树突细胞和/或其前体从至少10%,更优选至少20%,更优选至少30%,更优选至少40%,更优选至少50%,更优选至少60%,更优选至少70%,更优选至少75%,更优选至少80%,更优选至少90%,更优选至少95%,及甚至更优选至少99%的非-树突细胞或其前体分离。最优选地,富集的细胞群不含非-树突细胞或其前体(即,纯)。 术语″富集″及其变形在本文中与术语″分离″及其变形互换使用。此外,使用本发明的方法富集的细胞群可仅包括单个树突细胞或其前体。此外,本发明的富集方法可用于分离单个树突细胞或其前体。
[0507] 树突细胞或其前体可从样品通过各种本领域熟知的技术富集,包括细胞分选,尤其荧光-活化的细胞分选(FACS),通过使用结合基材(例如,塑料表面,如在随动拍摄中)的亲和性试剂,或通过使用结合可基于珠(例如,染色的胶乳珠或磁性颗粒)的性质分离的固相粒子的亲和性试剂。天然地,用于富集树突细胞和/或其前体的过程将依赖于如何标记细胞。
[0508] 在一例中,可使用具有用于细胞分选器的适当的特征的任何可检测的物质(例如,在荧光染料的情况下,可通过分选器的光源激发的染料,及可通过细胞分选器的检测器检测的发射光谱)。在流式细胞术中,激光束投射通过含细胞,或其他粒子的液体流,它们当通过聚焦的光轰击时给出通过检测器收集的信号。然后将这些信号转变用于计算机储存和数据分析,及可提供有关各细胞性质的信息。将用适宜染料标记的细胞通过激光光束激发,及以特征性波长发射光。通过检测器收集此发射的光,并将这些模拟信号转化为数字信号,允许它们的储存,分析和显示。
[0509] 许多更大流式细胞仪也是″细胞分选器″,例如荧光-活化的细胞分选器(FACS),且是具有选择性地将来自特定群的细胞沉积到管,或其他收集容器的能力的仪器。在尤其优选的实施方式中,细胞使用FACS分离。此过程为本领域熟知及描述于,例如,Melamed et al.,Flow Cytometry and Sorting,Wiley-Liss,Inc.,(1990);Shapiro,Practical Flow Cytometry,4th Edition,Wiley-Liss,Inc.,(2003);以及Robinson et al.,Handbook of Flow Cytometry Methods,Wiley-Liss,Inc.(1993)。
[0510] 为了分选细胞,电子学仪器翻译收集的对于各细胞如通过激光光束询问的信号,并将所述信号与设于计算机上的分选标准比较。如果细胞符合所需的标准,将电荷应用于液体流,其被精确地分为含细胞 滴。将此带电性在精确时刻应用于流,目的细胞将从流分出,然后当带电的滴从流分出时移出。随着滴下落,它们在2个金属板之间经过,其强烈带正电或带负电。拉动带电的滴向相反的极性的金属板,及放入收集容器,或放在显微镜载玻片上,用于进一步检查。
[0511] 细胞可自动放入收集容器作为单细胞或作为多细胞,例如使用激光,例如氩激光(488nm)和例如用安装了自动克隆单元的流式细胞仪(Coulter EPICS Altra,Beckman-Coulter,Miami,Fla.,美国)。对于本发明的方法有用的适宜FACS机的其他例TM TM包括,但不限于,MoFlo 高-速细胞分选器(Dako-Cytomation ltd),FACS Aria (Becton TM
Dickinson),FACS Diva(Becton Dickinson),ALTRA Hyper分选(Beckman Coulter)和TM
CyFlow 分选系统(Partec GmbH)。
[0512] 可利用从样品使用固相粒子树突细胞和/或或其前体的富集,具有期望的性质的任何粒子。例如,大的粒子(例如,直径大于约90~100μm)可用于辅助沉积。优选,粒子是″磁性颗粒″(即,可使用磁场收集的粒子)。标记的细胞保留在柱中(保持通过磁场),而未标记的细胞直接通过,并在其他端洗脱。磁性颗粒现在通常从各生产商包括Dynal Biotech(Oslo,挪威)和Milteni Biotech GmbH(德国)可用。磁性细胞分选(MACS)的例由Al-Mufti等人(1999)提供。
[0513] 激光-捕获显微解剖也可用于使用本发明的方法选择性地富集在载玻片上的标记的树突细胞或其前体。使用激光-捕获显微解剖的方法本领域已知(见,例如,U.S.20030227611和Bauer等人,2002)。
[0514] 富集后,细胞可立即使用,或使用本领域已知的技术体外培养以扩展树突细胞和/或其前体数。此外,树突细胞前体可培养以产生成熟的树突细胞。
[0515] 【结合5B6配体的化合物的鉴定】
[0516] 描述了筛选测试化合物的方法,其可鉴定结合5B6配体例如血影蛋白或RNF41的化合物,及由此在本发明的方法中有用。
[0517] 通过求助于在鉴定能结合配体和由此抑制其生物学活性的药物中 有用的测定和技术筛选出5B6配体活性抑制剂。所述测定包括使用用于用于表达配体的噬菌体展示系统的哺乳动物细胞系(例如,CHO细胞或293T细胞)和使用转染的哺乳动物或大肠埃希氏菌(E.coli)或其他微生物的培养,以产生用于潜在结合化合物的结合研究的蛋白。 [0518] 在另一例中,鉴定特异性结合5B6配体的化合物的方法可仅包括以下步骤:将选定的表达配体的细胞与测试化合物接触以允许测试化合物与配体结合,及确定结合到配体的测试化合物(如果任何)的量。所述方法涉及测试化合物和固定到固体支持物的配体的温育。一般,含固定的化合物的表面允许与含蛋白的溶液接触,且使用适当的检测系统测试结合。适宜检测系统为本领域知晓,本文中描述了其中的一些。
[0519] 计算机建模和搜索技术允许鉴定可结合5B6配体的化合物。可测定5B6配体的3维几何结构,或其活性位点。此可通过已知的方法进行,包括X射线晶体学,其可测定完全的分子结构。
[0520] 基于计算机的数值建模方法可用于完全化结构(例如,在测定不完全的或足够精确结构的实施方式中)或用于改善其精确度。可使用本领域认可的任何方法,包括但不限于特异于特定生物聚合体(例如蛋白或核酸)的参数化的模型,基于计算分子动力的分子动力学模型,基于热整体的统计学力学模型,或组合的模型。
[0521] 5B6配体的3-维结构可用于通过使用利用对接程序例如GRAM,DOCK或AUTODOCK的计算机建模来鉴定拮抗剂或激动剂(Dunbrack等人,1997)。也可采用计算机程序来估计候选体化合物对多肽的吸引,排斥及位阻。通常拟合越紧(例如,更低位阻,和/或更大的引力),潜在激动剂或拮抗剂越有力,由于这些性质与更紧结合常数一致。此外,设计潜在激动剂或拮抗剂的更多特异性,将更可能不干扰其他蛋白。
[0522] 起初,例如,通过筛选通过重组噬菌体产生的随机肽库或化学库可得到潜在化合物。然后可将以此方式选定的化合物通过计算机建模程序系统性修饰,直到鉴定一种或多种希望的潜在化合物。
[0523] 所述计算机建模允许选择有限数的合理的化学修饰,相反于可进行的无数的基本上随机的化学修饰,且其中任何一种可产生有用的激动剂或拮抗剂。各化学修饰要求额外的化学步骤,而其对于合成有限数的化合物合理,快速成为的压倒性的,如果需要合成全部可能的修饰。由此,通过使用3-维结构和计算机建模,可在计算机监视屏上快速筛选出大量的这些化合物,且可无需艰辛的未知数的化合物合成而确定少数可能的候选体。 [0524] 对于多数类型的模型,标准分子力场,代表成分原子和基团之间的力,是必需的,且可选自物理化学中已知的力场。为本领域知晓且可用于所述方法的例示力场包括,但不限于,恒定价力场(CVFF),AMBER力场和CHARM力场。不完全的或少精确实验结构可作为通过这些建模方法计算的完全和更精确结构的约束。
[0525] 分子建模系统的进一步例是CHARMm和QUANTA程序(Polygen公司,Waltham,MA)。CHARMm进行能量极小化及发挥分子动力学功能。QUANTA进行构建,图形模型化及分子结构分析。QUANTA允许分子行为彼此相互作用构建,修饰,可视化和分析。
[0526] 【与具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞相关的疾病】
[0527] 与具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞相关的疾病的例包括,但不是必然限于,以下疾病:
[0528] (1)响应由负责生物防御的免疫系统的细胞产生的信号诱导的凋亡的疾病,例如,移植物抗宿主病(GVHD)和自身免疫疾病(全身性红斑狼疮(SLE),类风湿性关节炎(RA),硬皮病,斯耶格伦综合征,多发性硬化,胰岛素依赖性糖尿病,溃疡性结肠炎)。 [0529] (2)由病毒感染诱导细胞死亡或由免疫系统细胞与被病毒或寄生虫感染感染的细胞的反应诱导凋亡的疾病,例如,病毒相关的噬血细胞综合征(VAHS)和其他病毒感染(HCV,HIV,流感病毒)。
[0530] (3)被异常凋亡信号诱导细胞死亡的疾病,例如,神经退行性疾病(阿尔茨海默病,帕金森病)。
[0531] (4)白血病,例如,急性淋巴白血病。
[0532] (5)通过,例如,辐射暴露或药物(抗癌药物等)治疗人工诱导的凋亡的疾病。 [0533] (6)全身性炎症反应综合征(SIRS),因为免疫系统响应侵入活体非特异性地活化,和由此控制细胞因子产生成为不可能而器官病症出现的疾病(HPS,严重的胰腺炎)。 [0534] (7)缺失细胞死亡的疾病,例如癌。
[0535] (8)损伤,尤其损伤后恢复。
[0536] 活体中的细胞死亡进展可使用本发明确定,及因此这些疾病的过程可监控。尤其是,本发明对于GVHD,人免疫缺陷病毒(HIV),噬血细胞综合征(HPS),尤其病毒相关的噬血细胞综合征(VAHS),急性淋巴白血病,流感脑炎,脑病及疟疾有用。
[0537] 【多肽】
[0538] 术语″多肽″和″蛋白″通常互换使用,且指可或可不通过添加非-氨基酸基修饰的单个多肽链。需知,所述多肽链可与其他多肽或蛋白或其他分子例如辅因子相联。本文所用的术语″蛋白″和″多肽″也包括本文中描述的多肽的变体,突变体,生物学活性片段,修饰,类似和/或衍生物。
[0539] 多肽的%同一性通过GAP(Needleman和Wunsch,1970)分析(GCG程序)用间隔创建罚分=5,及间隔延伸罚分=0.3确定。查询序列至少为25个氨基酸长,及GAP分析在跨至少25个氨基酸的区比对2个序列。更优选地,查询序列至少为50个氨基酸长,及GAP分析在跨至少50个氨基酸的区比对2个序列。更优选地,查询序列至少为100个氨基酸长和GAP分析在跨至少100个氨基酸区比对2个序列。甚至更优选地,查询序列至少为200个氨基酸和GAP分析在跨至少200个氨基酸的区比对2个序列。甚至更优选,GAP分析跨它们的整个长度比对2个序列。
[0540] 本文所用的″生物学活性片段″是如本文所述的维持全-长多肽的指定的活性的部分多肽。生物学活性片段可为任何尺寸,只要它们维 持指定的活性。优选,生物学活性片段至少为100个氨基酸长。关于5B6的配体例如血影蛋白和RN41,优选的生物学活性是结合Clec9A。
[0541] 在一实施方式中,包括至少50%同于SEQ ID NO:1~8之任一项或多项的氨基酸序列的第二多肽是,或包括,SEQ ID NO:1~8之一的生物学活跃和/或可溶性片段。如本文所用,“可溶性片段”指缺少膜跨区的多肽部分。在优选的实施方式中,可溶性片段不包括至少约40,至少约50,至少约55,或至少约100,SEQ ID NO:1~8任之一的N-端残基。在进一步优选的实施方式中,可溶性片段包括多肽的C-型外源凝集素-样结构域,其包括: [0542] (i)SEQ ID NO:1~8中任一项所示的氨基酸序列;或者
[0543] (ii)至少50%同于SEQ ID NO:1~8之任一项或多项的氨基酸序列。在进一步实施方式中,可溶性片段包括:
[0544] (i)SEQ ID NO:40~47任之一所示的氨基酸序列;或者
[0545] (ii)至少50%同于SEQ ID NO:40~47之任一项或多项的氨基酸序列, [0546] 其中可溶性片段不包括SEQ ID NO:1~8任之一项的至少约40个N-端残基。 [0547] 关于指定的多肽,需知,高于以上提供的那些的%同一性数将含盖优选的实施方式。由此,如果可应用,鉴于最小%同一性数,优选是,多肽包括至少50%,更优选至少55%,更优选至少60%,更优选至少65%,更优选至少70%,更优选至少75%,更优选至少
80%,更优选至少85%,更优选至少90%,更优选至少91%,更优选至少92%,更优选至少
93%,更优选至少94%,更优选至少95%,更优选至少96%,更优选至少97%,更优选至少
98%,更优选至少99%,更优选至少99.1%,更优选至少99.2%,更优选至少99.3%,更优选至少99.4%,更优选至少99.5%,更优选至少99.6%,更优选至少99.7%,更优选至少
99.8%,及甚至更优选至少99.9%同于相关指定的SEQ ID NO:的氨基酸序列。 [0548] 本文中描述的多肽的氨基酸序列突变体可通过将适当的核苷酸变 化导入本文中定义的核酸,或通过体外合成期望的多肽来制备。所述突变体包括,例如,氨基酸序列之内的残基的缺失,插入或置换。可进行缺失,插入和置换的组合,以构建最终构建体,只要最终多肽产物具有期望的特征。
[0549] 突变体(改变的)多肽可使用任何本领域已知的技术制备。例如,可使本文中描述的多核苷酸经历体外诱变。所述体外诱变技术可包括将多核苷酸亚克隆进适宜载体,将载体转化进″诱变物″株,例如大肠埃希氏菌(E.coli)XL-1红(Stratagene)及增长转化的细菌适宜数的代。在另一例中,使本文中定义的多核苷酸经历DNA改组技术,如被Harayama(1998)广泛地描述。源于突变的/改变的DNA的产物可使用本文中描述的技术容易筛选出,以确定是否它们能赋予期望的表型。
[0550] 在设计氨基酸序列突变体中,突变位点的位置和突变的性质将依赖于待修饰的特征。突变位点可个别或以系列修饰,例如,通过(1)首先用保守氨基酸选择代替,然后依赖于达到的结果的用更根本的选择代替,(2)删除靶残基,或(3)插入邻近位点的其他残基。 [0551] 氨基酸序列缺失通常跨约1~15个残基,更优选约1~10个残基和一般约1~5个连续的残基。
[0552] 置换突变体在去除的多肽分子中具有至少一个氨基酸残基,且不同的残基插入其放置。含于取代诱变的最感兴趣的位点包括鉴定为对于功能重要的位点。其他目的位点是从各株或物种获得的特定残基相同的那些,和/或从相关的蛋白获得的特定残基相同的那些。这些位置可对于生物学活性重要。这些位点,尤其落入至少3个其他相同保守的位点的序列的那些,优选以相对保守方式取代。所述保守置换显示于表1。
[0553] 【表1-例示置换】
[0554]原残基 例示置换
Ala(A) val;leu;ile;gly
Arg(R) lys
Asn(N) gln;his
Asp(D) glu
Cys(C) ser
Gln(Q) asn;his
Glu(E) asp
Gly(G) pro,ala
His(H) asn;gln
Ile(I) leu;val;ala
Leu(L) ile;val;met;ala;phe
Lys(K) arg
met(M) leu;phe
Phe(F) leu;val;ala
Pro(P) gly
Ser(S) thr
Thr(T) ser
Trp(W) tyr
Tyr(Y) trp;phe
Val(V) ile;leu;met;phe;ala
[0555] 此外,如果需要,可导入非天然氨基酸或化学氨基酸类似物作为置换或添加到本文中描述的多肽。所述氨基酸包括,但不限于,常见的氨基酸的D-异构体,2,4-二氨基丁酸,α-氨基异丁酸,4-氨基丁酸,2-氨基丁酸,6-氨基己酸,2-氨基异丁酸,3-氨基丙酸,鸟氨酸,正亮氨酸,正缬氨酸,羟脯氨酸,肌氨酸,瓜氨酸,高瓜氨酸,磺基丙氨酸,t-丁基甘氨酸,t-丁基丙氨酸,苯基甘氨酸,环己基丙氨酸,β-丙氨酸,氟-氨基酸,自定义氨基酸例如β-甲基氨基酸,Cα-甲基氨基酸,Nα-甲基氨基酸,及通用的氨基酸类似物。 [0556] 也包括在本发明的范围之内的是使用合成期间或后区别修饰的多肽,例如,通过用已知的保护/阻断基团生物素化,苄基化,糖基化,乙酰化,磷酸化,酰胺化,衍生化,蛋白水解切割,连接到抗体分子或其他细胞配体,等。这些修饰可用于增加多肽的稳定性和/或生物活性。
[0557] 本文中描述的多肽可以各种方式产生,包括天然的多肽的产生和恢复,重组多肽的产生和恢复,及多肽的化学合成。在一实施方式中, 本发明的分离的多肽通过在有效产生多肽的条件下培养能表达多肽的细胞来产生,及回收多肽。优选的要培养细胞是本发明的重组细胞。有效培养条件包括,但不限于,允许多肽产生的有效培养基,生物反应器温度,pH和氧条件。有效培养基指培养细胞以产生本发明的多肽的任何培养基。所述培养基一般包括具有可同化的碳,氮和磷酸盐来源,及适当的盐,矿物,金属和其他营养物,例如维生素的含水培养基。本发明的细胞可在常规发酵生物反应器,组织培养瓶,振摇瓶,测试管,微量滴定皿及陪替板中培养。培养可在适于重组细胞的温度,pH和氧含量下进行。所述培养条件在本领域普通技术人员的专业之内。
[0558] 【多核苷酸】
[0559] 术语″多核苷酸″在本文中与术语″核酸″互换使用。
[0560] 多核苷酸的%同一性通过GAP(Needleman和Wunsch,1970)分析(GCG程序)用间隔创建罚分=5,及间隔延伸罚分=0.3确定。除非另有说明,查询序列至少为45个核苷酸长,及GAP分析比对跨至少45个核苷酸的区的2个序列。优选,查询序列至少为150个核苷酸长,及GAP分析比对跨至少150个核苷酸的区的2个序列。更优选地,查询序列至少为250个核苷酸长和GAP分析比对跨至少250个核苷酸的区的2个序列。甚至更优选,GAP分析比对跨它们的整个长度的2个序列。
[0561] 关于指定的多核苷酸,需知,高于以上提供的那些的%同一性数将含盖优选的实施方式。由此,如果可应用,鉴于最小%同一性数,优选是,本文中定义的多核苷酸包括至少50%,更优选至少55%,更优选至少60%,更优选至少65%,更优选至少70%,更优选至少75%,更优选至少80%,更优选至少85%,更优选至少90%,更优选至少91%,更优选至少92%,更优选至少93%,更优选至少94%,更优选至少95%,更优选至少96%,更优选至少97%,更优选至少98%,更优选至少99%,更优选至少99.1%,更优选至少99.2%,更优选至少99.3%,更优选至少99.4%,更优选至少99.5%,更优选至少99.6%, 更优选至少99.7%,更优选至少99.8%,及甚至更优选至少99.9%同于相关指定的SEQ ID NO:的序列。
[0562] 如本文所用,术语″杂交″指2个单链核酸分子能通过氢键合形成至少部分双链核酸的能力。
[0563] 如本文所用,短语″严格条件″指多核苷酸,探针,引物和/或寡核苷酸将与其靶序列杂交,但不与其他序列杂交的条件。严格条件是序列-依赖性的,且将在不同的环境中不同。更长序列相比较短序列在更高温度特异性地杂交。通常,严格条件选定为在指定的离子强度和pH下低于特定序列的热熔点(Tm)约5℃。Tm是50%的互补于靶序列的探针与靶序列平衡杂交的温度(在指定的离子强度,pH和核酸浓度下)。由于靶序列通常过量存在,于Tm,50%的探针在平衡下被占据。一般而言,严格条件将是:盐浓度小于约1.0M钠离子,一般约0.01~1.0M钠离子(或其他盐),在pH7.0~8.3,和温度对于短探针,引物或寡核苷酸(例如,10nt~50nt)是至少为约30℃及对于更长探针,引物和寡核苷酸是至少约60℃。严格条件也可通过添加去稳定剂,例如甲酰胺来达到。
[0564] 严格条件本领域技术人员已知且可见于Ausubel等人(见上),6.3.1-6.3.6,以及本文中描述的例。优选,条件是这样的条件:至少约65%,70%,75%,85%,90%,95%,98%或99%彼此同源的序列一般保持彼此杂交。严格杂交条件的非-限制例是在包括6×SSC,50mM Tris-HCl(pH7.5),1mM EDTA,0.02%PVP,0.02%Ficoll,0.02%BSA和
500mg/ml变性的鲑鱼精子DNA的高盐缓冲液中,于65℃杂交,然后是在0.2.×SSC,0.01%BSA中于50℃一次或多次洗涤。在另一实施方式中,提供可与包括SEQ ID NO:81~113的核苷酸序列的一种或多种核酸分子,在中等严格度条件下杂交的核酸序列。中等严格度杂交条件的非-限制例是在6×SSC,5×Denhardt′s溶液,0.5%SDS和100mg/ml变性的鲑鱼精子DNA中,于55℃杂交,然后是在1×SSC,0.1%SDS中,于37℃一次或多次洗涤。可使用的其他中等严格度的条件为本领域熟知,见,例如,Ausubel等人(见上),及 Kriegler,Gene Transfer and Expression,A Laboratory Manual,Stockton Press(1990)。再另一实施方式中,提供可与包括SEQ ID NO:81~113的任一项或多项的核苷酸序列的核酸分子在低严格度条件下杂交的核酸。低严格度杂交条件的非-限制例是在35%甲酰胺,
5×SSC,50mM Tris-HCl(pH7.5),5mM EDTA,0.02%PVP,0.02%Ficoll,0.2%BSA,100mg/ml变性的鲑鱼精子DNA,10%(wt/vol)硫酸葡聚糖中于40℃杂交,然后是在2×SSC,25mM Tris-HCl(pH7.4),5mM EDTA,及0.1%SDS中于50℃一次或多次洗涤。可使用的其他低严格度条件为本领域熟知,见,例如,Ausubel等人(见上)和Kriegler(见上)。
[0565] 多核苷酸可相比天然存在的分子具有一个或多个突变,所述突变为核苷酸残基的缺失,插入或置换。突变体可为天然存在的(这是说,从天然的来源分离的)或合成的(例如,通过在核酸上进行定点诱变)。
[0566] 通常,多核苷酸或寡核苷酸单体通过磷酸二酯键或其类似物连接形成跨从相对短的单体单元,例如,12~18,到数百单体单元的尺寸的寡核苷酸。磷酸二酯键的类似物包括:硫代磷酸酯,二硫代磷酸酯,硒代磷酸酯,二硒代磷酸酯,phosphoroanilothioate,phosphoranilidate及氨基磷酸酯。
[0567] 【反义多核苷酸】
[0568] 术语″反义多核苷酸″应指DNA或RNA,或其组合,与编码多肽的特异性mRNA分子的至少部分互补及能干扰转录后事件例如mRNA翻译的分子。反义方法的使用为本领域熟知(见例如,G.Hartmann and S.Endres,Manual of Antisense Methodology,Kluwer(1999))。反义技术在植物中的使用由Bourque,1995和Senior,1998综述。Bourque,1995列出大量的如何在植物系统利用反义序列作为基因灭活的方法的例。她也陈述,任何酶活性的达到100%抑制可不必需,因为部分抑制将更可能导致系统中可测量的变化。
Senior(1998)陈述反义方法是现在用于操作基因表达的非常良好建立的技术。 [0569] 对于本发明有用的反义多核苷酸将与靶多核苷酸在生理条件下杂 交。如本文所用,术语″在生理条件下杂交的反义多核苷酸″指多核苷酸(完全或部分单链)在正常条件下在细胞,优选人细胞中至少能与编码蛋白的mRNA(例如SEQ ID NO:81~113任之一所示的那些)形成双链多核苷酸。
[0570] 反义分子可包括对应于结构基因或实施控制基因表达或剪接事件的序列的序列。例如,反义序列可对应于靶基因的靶向的编码区,或5′-非翻译区(UTR)或3′-UTR或这些的组合。其可部分互补于靶基因的内含子(其可在转录期间或后剪切出)序列,优选仅互补于靶基因的外显子序列。从UTR的通常更大的多样性来看,靶向这些区提供基因抑制的更大的特异性。
[0571] 反义序列的长度应至少为19个连续的核苷酸,优选至少50个核苷酸,及更优选至少100,200,500或1000个核苷酸。可使用互补于整个基因转录物的全-长序列。长度最优选100-2000个核苷酸。反义序列与靶向的转录物的同一性程度应至少为90%和更优选95~100%。反义RNA分子可当然包括可发挥稳定分子功能的不相关的序列。
[0572] 【催化性多核苷酸】
[0573] 术语催化性多核苷酸/核酸指DNA分子或含DNA分子(也在本领域中称之为″脱氧核酶″)或RNA或含RNA分子(也被称为″核酶″),其特异性地识别不同的底物和催化此底物的化学修饰。催化的核酸中的核酸碱基可为碱基A,C,G,T(及对于RNA是U)。 [0574] 一般,催化性核酸含用于特异性识别靶核酸,及核酸切割酶促活性的反义序列(也本文所称为″催化性结构域″)。在本发明中尤其有用的核酶类型是锤头核酶(Haseloff和Gerlach,1988;Perriman等人,1992)和发卡核酶(Shippy等人,1999)。 [0575] 对于本发明有用的核酶和编码核酶的DNA可为使用本领域熟知的方法化学合成的。核酶也可从可操作连接到RNA聚合酶启动子(例如,用于T7RNA聚合酶或SP6RNA聚合酶的启动子)的DNA分子(转录之后,产生RNA分子)制备。当载体也含可操作连接到DNA分 子的RNA聚合酶启动子时,可在与RNA聚合酶和核苷酸温育之后体外产生核酶。在分离的实施方式中,可将DNA插入表达盒或转录盒。合成后,RNA分子可通过连接到具有稳定核酶和使其耐受RNA酶的的能力的DNA分子来修饰。
[0576] 如本文中描述的反义多核苷酸,对于本发明有用的催化性多核苷酸也应在″生理条件″下,即细胞内的条件(尤其动物细胞例如人细胞内的条件),能杂交靶核酸分子(例如编码SEQ ID NO:81~113所示的任何多肽的mRNA)。
[0577] 【RNA干涉】
[0578] RNA干涉(RNAi)对于特异性地抑制特定蛋白的产生尤其有用。尽管不愿意被理论限制,Waterhouse等人(1998)已提供了dsRNA(双链体RNA)可用于减少蛋白产生的机理的模型。此技术依赖于含基本上同于目的基因的mRNA或其部分的序列的dsRNA分子,此情况中,编码根据本发明的多肽的mRNA的存在。便利地,dsRNA可从重组载体或宿主细胞中的单个启动子产生,其中正义和反义序列侧翼有不相关的序列,其致使正义和反义序列杂交形成dsRNA分子,而不相关的序列形成环结构。用于本发明的适宜dsRNA分子的设计和产生在本领域技术人员的能力之内,尤其考虑Waterhouse等人(1998),Smith等人(2000),WO 99/32619,WO 99/53050,WO99/49029和WO 01/34815。
[0579] 在一例中,指导DNA引导与待灭活的靶基因具有同源性的至少部分双链RNA产物的合成。DNA因此包括正义和反义序列,当转录成RNA时,可杂交形成双链RNA区。在优选的实施方式中,正义和反义序列通过包括当转录成RNA时剪切出的内含子的间隔物区分离。此设置已显示导致更高效率的基因沉默。双链区可包括从1个DNA区或2个转录的1个或2个RNA分子。双链分子的存在被认为从毁坏来自靶植物基因的双链RNA和同源RNA转录物的内源性植物系统引发应答,有效降低或消除靶基因活性。
[0580] 杂交的正义和反义序列的长度应各至少为19个连续的核苷酸,优 选至少30或50个核苷酸,及更优选至少100,200,500或1000个核苷酸。可使用对应于整个基因转录物的全-长序列。长度最优选为100-2000个核苷酸。正义和反义序列与靶向的转录物的同一性程度应至少为85%,优选至少90%和更优选95~100%。RNA分子可当然包括可发挥稳定分子的功能的不相关的序列。RNA分子可在RNA聚合酶II或RNA聚合酶III启动子的控制下表达。后者的例包括tRNA或snRNA启动子。
[0581] 优选的小干扰RNA(′siRNA′)分子包括同于靶mRNA的约19~21个连续的核苷酸的核苷酸序列。优选,靶mRNA序列开始于二核苷酸AA,包括约30~70%的GC-含量(优选,30~60%,更优选40~60%和更优选约45%~55%),及与不同于导入其的动物(优选人)基因组中靶的任何核苷酸序列不具有高百分率同一性,例如,如通过标准BLAST检索确定。
[0582] 【微RNA】
[0583] 微RNA调节是向基因调节进化,分化自常规RNAi/PTGS的RNA沉默通路的明显特异的分支。微RNA是在组织进特征性颠倒的重复的基因-样元件中编码的一类特异的小RNA。当转录时,微RNA基因产生茎环前体RNA,由此微RNA随后被处理。微RNA一般约21个核苷酸长。释放的miRNA合并入含引发序列-特异性基因阻遏的Argonaute蛋白的特定亚组的RISC-样复合物(见,例如,Millar和Waterhouse,2005;Pasquinelli等人,2005;Almeida和Allshire,2005)。
[0584] 【共阻遏】
[0585] 可使用的另一分子生物学方法是共-阻遏。共-阻遏的机理未被良好理解,但被认为涉及转录后基因沉默(PTGS),且被认为可非常类似于反义阻遏的许多例。其涉及将基因或其片段的额外的拷贝以关于用于其表达的启动子正义取向导入植物。正义片段的尺寸,其对应的靶基因区,及其与靶基因的序列同一性程度如以上对于反义序列描述。在一些实例中,基因序列的额外的拷贝干扰靶植物基因的表达。实施共-阻遏的方法参照WO97/20936和EP 0465572。
[0586] 【重组载体】
[0587] 对于本发明有用的重组载体可包括本文中描述的至少一种多核苷酸分子,和/或编码如本文所述的多肽的多核苷酸,其插入能将多核苷酸分子递送到宿主细胞的任何载体。所述载体含异源多核苷酸序列,其为不是天然地发现邻近本发明的多核苷酸分子及优选源于不同于多核苷酸分子来源的物种的物种的多核苷酸序列。载体可为RNA或DNA,原核或真核,及一般是转座子(例如描述于US 5,792,294),病毒或质粒。
[0588] 一种类型的重组载体包括可操作连接到表达载体的多核苷酸。短语“可操作连接的”指多核苷酸分子以当转化进宿主细胞时分子能表达的方式插入表达载体。如本文所用,表达载体是能转化宿主细胞及实现指定的多核苷酸分子的表达的DNA或RNA载体。优选,表达载体也能在宿主细胞内复制。表达载体可为原核或真核,且一般是病毒或质粒。表达载体包括在重组细胞,包括在细菌,真菌,内寄生物,节肢动物,动物和植物细胞中有功能(即,引导基因表达)的任何载体。载体也可用于在无细胞的表达系统中产生多肽,所述系统为本领域熟知。
[0589] 本文所用的″可操作连接的″指2个或更多核酸(例如,DNA)段之间的功能关系。一般,其指转录调控元件与转录的序列的功能关系。例如,启动子可操作连接到编码序列,例如本文中定义的多核苷酸,如果其在适当的宿主细胞和/或在无细胞的表达系统中刺激或调节编码序列的转录。通常,可操作连接到转录的序列的启动子转录调控元件是与转录的序列物理上连续的,即,它们是顺式-作用。但是,一些转录调控元件,例如增强子,非必与它们增强转录的编码序列物理上连续或位置上紧密接近。
[0590] 尤其是,表达载体含调控序列例如转录控制序列,翻译控制序列,复制原点,及与重组细胞相容且控制本发明的多核苷酸分子的表达的其他调控序列。尤其是,本发明的重组分子包括转录控制序列。转录控制序列是控制转录的起始,延伸和终止的序列。尤其重要的转录控 制序列是控制转录起始的那些,例如启动子,增强子,操作子和阻遏子序列。适宜转录控制序列包括可在本发明的至少一种重组细胞中发挥作用的任何转录控制序列。本领域技术人员已知各种所述转录控制序列。优选的转录控制序列包括在细菌,酵母,节肢动物,线虫,植物或动物细胞中发挥作用的那些,例如但不限于tac,lac,trp,trc,oxy-pro,omp/lpp,rrnB,噬菌体λ,噬菌体T7,T7lac,噬菌体T3,噬菌体SP6,噬菌体SP01,金属硫蛋白,α-交配因子,毕赤酵母属(Pichia)醇氧化酶,α病毒亚基因组启动子(例如Sindbis病毒亚基因组启动子),抗生素抗性基因,杆状病毒,玉米夜蛾(Heliothis zea)昆虫病毒,痘苗病毒,疱疹病毒,浣熊痘病毒,其他痘病毒,腺病毒,巨细胞病毒(例如立即早期启动子),猿猴病毒40,反转录病毒,肌动蛋白,反转录病毒长末端重复,劳斯肉瘤病毒,热休克,磷酸和硝酸转录控制序列以及能控制在原核生物或真核细胞中基因表达的其他序列。 [0591] 【宿主细胞】
[0592] 也对于本发明的某些实施方式有用的是重组细胞,包括经一种或多种本文中描述的重组分子转化的宿主细胞或其后代细胞。多核苷酸分子转化进细胞可通过任何方法实现,由此可将多核苷酸分子插入细胞。转化技术包括,但不限于,转染,电穿孔,微注射,脂转染,吸附和原生质体融合。重组细胞可保持单细胞或可生长为组织,器官或多细胞生物。本发明的转化的多核苷酸分子可以保留它们表达的能力的方式保持在染色体外或可整合进转化的(即,重组)细胞的染色体内的一个或多个位点。
[0593] 要转化的适宜宿主细胞包括可用本发明的多核苷酸转化的任何细胞。本发明的宿主细胞可内源性地(即,天然地)能产生本文中描述的多肽或经如本文所述的至少一种多核苷酸分子转化后可能产生所述多肽。本发明的宿主细胞可为能产生至少一种本文中定义的蛋白的任何细胞,且包括细菌,真菌(包括酵母),寄生虫,线虫,节肢动物,动物和植物细胞。宿主细胞的例包括沙门氏菌属(Salmonella),埃 希氏菌属(Escherichia),芽孢杆菌属(Bacillus),李斯特菌属(Listeria),酵母菌属(Saccharomyces),贪夜蛾属(Spodoptera),分支杆菌属(Mycobacterium),粉夜蛾属(Trichoplusia),BHK(幼仓鼠肾)细胞,CHO细胞,293细胞,EL4细胞,MDCK细胞,CRFK细胞,CV-1细胞,COS(例如,COS-7)细胞和Vero细胞。宿主细胞的进一步例是大肠埃希氏菌(E.coli),包括大肠埃希氏菌(E.coli)K-12衍生物;伤寒沙门氏菌(Salmonella typhi);鼠伤寒沙门氏菌(Salmonella typhimurium),包括衰减的株;草地贪夜蛾(Spodoptera frugiperda);粉斑夜蛾(Trichoplusiani);及非-致瘤小鼠成肌细胞G8细胞(例如,ATCC CRL 1246)。 [0594] 重组DNA技术可用于改善转化的多核苷酸分子的表达通过操作,例如,宿主细胞内多核苷酸分子的拷贝数,那些多核苷酸分子转录的效率,产生的转录物翻译的效率,及翻译后修饰效率。对于增加本发明的多核苷酸分子表达有用的重组技术包括,但不限于,可操作地连接多核苷酸分子与高-拷贝数质粒,将多核苷酸分子整合进一种或多种宿主细胞染色体,给质粒添加载体稳定性序列,置换或修饰转录控制信号(例如,启动子,操作子,增强子),置换或修饰翻译控制信号(例如,核糖体结合位点,Shine-Dalgarno序列),修饰本发明的多核苷酸分子为对应宿主细胞的密码子利用,及缺失去稳定化转录物的序列。 [0595] 【基因治疗
[0596] 本文中描述的治疗性多核苷酸分子可根据本发明通过在常称为″基因治疗″的治疗模式中表达所述多核苷酸来采用。例如,编码本发明的化合物的多核苷酸,或上调或下调细胞中5B6配体的产生的多核苷酸,可用于基因治疗,例如在疾病治疗和/或调节免疫应答中。由此,可用多核苷酸,例如DNA或RNA,加工来自患者的细胞以离体编码多肽。然后可将加工的细胞提供给待用多核苷酸治疗的患者。在此实施方式中,细胞可离体加工,例如,通过使用可用于转化例如,干细胞或分化的干细胞的含编码本文中描述的多肽的RNA的反转录病毒质粒载体。所述方法在本领域良好-已知,且本发明中它们的使用将从 本文教导中显而易见。
[0597] 而且,细胞可通过本领域已知的过程体内加工用于体内表达多肽。例如,可加工编码如本文所述多肽的多核苷酸用于在复制缺陷型反转录病毒载体或腺病毒载体或其他载体(例如,痘病毒载体)中表达。然后可分离表达构建体。包装细胞用含编码如本文所述多肽(例如人5B6的可溶性片段)的RNA的质粒载体转导,以至于包装细胞现在产生含目的基因的感染性病毒粒子。这些生产细胞可施用于患者用于体内加工细胞和体内表达多肽。用于施用多肽的这些和其他方法应对于本领域技术人员而言从本发明的教导显而易见。 [0598] 以上-提及的反转录病毒质粒载体来源的反转录病毒包括,但不限于,莫洛尼鼠白血病病毒,脾脏坏死病毒,劳斯肉瘤病毒,哈维肉瘤病毒,禽类造白细胞组织增生症病毒,长臂猿人猿白血病病毒,人免疫缺陷病毒,腺病毒,骨髓组织增生性肉瘤病毒,及乳腺肿瘤病毒。在优选的实施方式中,反转录病毒质粒载体源于莫洛尼鼠白血病病毒。 [0599] 所述载体将包括一个或多个用于表达多肽的启动子。可采用的适宜启动子包括,但不限于,反转录病毒LTR;SV40启动子;及人巨细胞病毒(CMV)启动子。也可使用细胞启动子,例如真核细胞启动子包括但不限于组蛋白,RNA聚合酶III,金属硫蛋白启动子,热休克启动子,白蛋白启动子,5B6启动子,人珠蛋白启动子和β-肌动蛋白启动子。可采用的其他病毒启动子包括,但不限于,腺病毒启动子,胸苷激酶(TK)启动子,及B19细小病毒启动子。适宜启动子的选择将对于本领域技术人员而言从本文含的教导中显而易见。 [0600] 反转录病毒质粒载体可用于转导包装细胞系以形成生产细胞系。可转染的包装细胞的例包括,但不限于,PE501,PA317,Y-2,Y-AM,PA12,T19-14X,VT-19-17-H2,YCRE,YCRIP,GP+E-86,GP+envAm12和DAN细胞系,如Miller(1990)所述。载体可通过本领域已知的任何手段转导进入包装细胞。所述手段包括,但不限于,电穿孔,脂质体的使用,及CaPO4沉淀。
在一个替代性的实施方式中,反转录病毒质粒载体可包裹进脂质体,或偶联于脂质,然后施用于宿 主。
[0601] 生产细胞系将产生感染性反转录病毒载体粒子,其包括编码多肽(例如)的核酸序列。然后可采用所述反转录病毒载体粒子来体外或体内转导真核细胞。转导的真核细胞将表达编码多肽的核酸序列。可转导的真核细胞包括,但不限于,胚胎干细胞,胚胎癌细胞,以及造血干细胞,肝细胞,成纤维细胞,成肌细胞,角质形成细胞,肌细胞(尤其骨骼肌细胞),内皮细胞及支气管上皮细胞。
[0602] 根据本发明的遗传治疗可涉及基因治疗多核苷酸在患者中瞬时(临时)存在,或将多核苷酸永久的导入到患者。
[0603] 遗传治疗,如直接施用本文中讨论的制剂,根据本发明可单独使用或与其他治疗性模式联用。
[0604] 【药物组合物,剂量和施用途径】
[0605] 包括化合物以及可接受的载体或稀释剂的组合物在本发明的方法中有用。 [0606] 治疗组合物可通过混合具有适当的纯度程度的期望的成分与任选的药学可接受的载体,赋形剂或稳定剂来以冷冻干燥的制剂,水溶液或含水悬浮液的形式制备(Remington′s Pharmaceutical Sciences,16th edition,Osol,A.ed.(1980))。可接受的载体,赋形剂或稳定剂优选为对于受者以采用的剂量和浓度而言是非毒性的,且包括缓冲液例如Tris,HEPES,PIPES,磷酸,柠檬酸和其他有机酸;抗氧化剂包括抗坏血酸和甲硫氨酸;防腐剂(例如十八烷基二甲基苄基氯化铵;己双铵氯化物;苯扎氯铵,苄索氯铵;苯酚,丁基或苄基醇;烷基对羟基苯甲酸酯例如甲基或丙基对羟基苯甲酸酯;儿茶酚;间苯二酚;环己醇;3-戊醇;及m-甲酚);低分子量(少于约10个残基)多肽;蛋白,例如血清白蛋白,明胶或免疫球蛋白;亲水聚合物例如聚乙烯吡咯烷;氨基酸例如甘氨酸,谷氨酰胺,天冬酰胺,组氨酸,精氨酸或赖氨酸;单糖,二糖和其他碳水化合物,包括葡萄糖,甘露糖或糊精;
糖,例如蔗糖,甘露糖醇,海藻糖或山梨糖醇;盐-形成性对抗-离子,例如钠;和/或非-离TM TM
表面活性剂,例如TWEEN ,PLURONICS 或聚乙二 醇(PEG)。
[0607] 所述载体的其他例包括离子交换剂,矾土,硬酯酸,卵磷脂,血清蛋白质,例如人血清白蛋白,缓冲液物质,例如甘氨酸,山梨酸,山梨酸,饱和的植物脂肪酸的部分甘油酯混合物,水,盐或电解质,例如硫酸鱼精蛋白,磷酸氢二钠,磷酸氢钾,氯化钠,胶体氧化,三硅酸镁,聚乙烯基吡咯烷酮和基于纤维素的物质。
[0608] 用于体内施用的治疗组合物应无菌。此在冷冻干燥及再构成之前或后,通过利用无菌过滤膜过滤容易实现。组合物可以冷冻干燥的形式储存或如果全身施用,以溶液形式储存。如果以冷冻干燥的形式,其在使用时一般与用于与适当的稀释剂再构成的其他成分组合来配制。液体制剂的例是以用于皮下注射的单个-剂量瓶冲入的无菌,清澈的,无色未保存的溶液。
[0609] 通常将治疗组合物放入具有无菌入口的容器,例如,具有可通过皮下注射针穿刺的塞子的静脉内溶液药袋或瓶。组合物优选经皮下,肌内或肠胃外施用,例如,作为静脉内注射或输注或施用到体腔。
[0610] 化合物可以约0.001~2000mg/kg体重/剂量,及更优选以约0.01~500mg/kg体重/剂量的量施用。可施用重复的剂量,如由治疗医师开处方
[0611] 组合物的单个或多个施用依赖于患者所需和耐受的剂量和频度施用。剂量和频度将一般根据特异于各患者的因素依赖于施用的特异性治疗或预防制剂,疾病的严重性和类型或所需的免疫应答,施用途径,以及患者的年龄,体重,应答,及过去的医疗历史而变化。适宜方案可由本领域技术人员通过考虑所述因素和通过以下,例如,文献中报告的剂量和Physician′s Desk Reference,56th ed.(2002)中建议的剂量来选定。通常,剂量不对患者产生不可接受的毒性地足以治疗或改善症状或疾病的迹象。
[0612] 在另一例中,对于本发明有用的化合物的方法包括抗原,例如癌或病原体或感染性生物的抗原,且可通过肌内,皮下或静脉内注射,或经口,作为增强体液和/或T细胞介导的免疫应答的疫苗递送。在另 一例中,抗原是自身抗原或变应原性抗原,其可用于减少类似于对于33D1和DEC-205描述的免疫应答(Bonifaz等人,2002;Finkelman等人,1996)。 [0613] 在本发明的另一例中,作为针对表达5B6或5B6配体的靶细胞的治疗剂通过静脉内注射递送放射性标记的形式。放射性标记的抗体和将它们作为治疗剂施用给患者的方131
法的之前例为本领域技术人员已知。例包括碘 标记的Lym-1,针对HLA-DR的β亚基和抗-CD20铟111和钇90标记的替伊莫单抗(IDEC-Y2B8, )和碘I131托西莫
单抗( )。
[0614] 在一实施方式中,组合物不包括佐剂。在另一实施方式中,组合物包括佐剂。佐剂的例包括,但不限于,氢氧化铝,磷酸铝,硫酸铝钾(矾),胞壁酰二肽,细菌内毒素,脂质X,多核糖核苷酸,藻酸钠,羊毛脂酸,溶血卵磷脂,维生素A,皂苷,脂质体,左旋咪唑,DEAE-葡聚糖,嵌段共聚物或其他合成的佐剂。所述佐剂从各来源商业上可得,例如,Merck佐剂65(Merck和公司,Inc.,Rahway,N.J.)或弗氏不完全佐剂和完全佐剂(Difco Laboratories,Detroit,Mich.)。
[0615] 在一实施方式中,组合物包括脂质体或膜囊泡。所述脂质体的例描述于US2007/0026057,Leserman(2004)及van Broekhoven等人(2004)。在这些实例中,化合物可用于靶向脂质体,以增强目的制剂的递送。如US 2007/0026047所示,用于本发明的膜囊泡的制备方法描述于WO 00/64471。
[0616] 将用于检测具有破裂的细胞膜的细胞,被病原体感染的细胞,死亡中的细胞或死细胞,或其部分,调节免疫应答,和/或抗原识别,加工和/或呈递的组合物肠胃外,通过注射,例如,经皮下,肌内或静脉内常规施用。适宜于其他施用模式的额外的制剂包括栓剂及,在一些情况中,口服制剂。对于栓剂而言,可包括传统结合剂和载体,例如,聚亚烷基二醇或甘油三酯;所述栓剂可由以0.5%~10%,优选1%~2%的范围含活性成分的混合物形成。包括所述正常采用的赋形剂的口服制剂,例如,药物级的甘露糖醇,乳糖,淀粉,硬酯酸镁,糖精钠, 纤维素,碳酸镁,等。这些组合物取溶液,悬浮液,片剂,丸剂,胶囊,持续的释放制剂或粉形成,且含10%~95%,优选25%~70%的活性成分的。其中组合物是冷冻干燥的,冷冻干燥的物质可在施用之前复原,例如作为悬浮液。再构成优选在缓冲液中实现。用于口服施用给患者的胶囊,片剂和丸剂可用包括,例如,丙烯酸树脂″S″,丙烯酸树脂″L″,乙酸纤维素,酞酸乙酸纤维素或羟丙基甲基纤维素的肠衣提供。
[0617] 在任何治疗方案中,可将治疗组合物单独或以含其他治疗剂,组合物,等的混合剂施用于患者。
[0618] 在一实施方式中,免疫应答通过使用编码本发明的化合物的DNA疫苗缀合于抗原来调节。DNA疫苗接种涉及将编码抗原的DNA直接体内导入用于由受试者的组织的细胞表达抗原的受试者组织。所述疫苗本文中称之为″DNA疫苗″或″基于核酸的疫苗″。DNA疫苗描述于US 5,939,400,US 6,110,898,WO 95/20660,WO 93/19183,Demangel等人(2005)和Nchinda等人(2008)。
[0619] 至今,哺乳动物系统中的多数DNA疫苗依赖于源于巨细胞病毒(CMV)的病毒启动子。这些在许多哺乳动物物种中的肌肉和皮肤接种中具有良好的效率。已知影响由DNA免疫引起的免疫应答的因素是DNA递送方法,例如,肠胃外途径可产生低效率的基因转移,并产生基因表达的显著变异性。使用基因-枪的质粒的高速接种增强了小鼠的免疫应答,大概因为更大效率的DNA转染和由树突细胞的更有效抗原呈递。也可将含本发明的基于核酸的疫苗的载体通过本领域已知的其他方法导入期望的宿主,例如,转染,电穿孔,微注射,转导,细胞融合,DEAE葡聚糖,磷酸钙沉淀,脂转染(溶酶体融合),或DNA载体转运子。 [0620] 产生抗原性多肽的转基因植物可使用本领域熟知的过程构建。目前已开发了许多植物-来源的可食用疫苗用于动物和人病原体。免疫应答也由用产生病毒-样粒子(VLP),或展示抗原性表位的嵌合植物病毒的转基因植物口服免疫来产生。提示粒子形式的这些VLP或嵌合病 毒可导致胃中抗原的更大的稳定性,有效增加用于肠中摄取可用的抗原量。 【实施例】
[0621] 【实施例1:5B6的克隆和表达】
[0622] 【材料和方法】
[0623] 【小鼠】
[0624] 在特定的无病原体条件下在The Walter and Eliza Hall Institute(WEHI)饲养小鼠。使用6~12周龄的雌性小鼠;替代性地,产生性别龄匹配的同群。动物根据National Health and Medical Research Council of Australia的指南操作。实验过程获得Animal Ethics Committee,WEHI的批准。
[0625] 【5B6的序列鉴定】
[0626] 使用Big Dye Terminator 3.1版(Applied Biosystems,Victoria,Australia)和200ng质粒DNA,及经历在ABI 3730xl 96-毛细管自动化的DNA测序仪上电泳来进行测序。通过基本局部比对检索工具(BLAST)使用美国生物技术信息中心(www.ncbi.nlm.nih.gov)进行序列与表达的序列标签,cDNA和蛋白数据库的比较。基因组定位通过与小鼠组件(2006年2月)和人组件(2006年3月)的BLAT比对使用University of California Santa Cruz,Genome Browser(www.genome.ucsc.edu/)进行。
[0627] 【定量RT-PCR】
[0628] 将RNA(达1μg)用RQ1DNA酶(Promega)进行DNA酶处理,然后使用随机引物(Promega)和Superscript II反转录酶(Gibco BRL,Geithersburg,MD)反转录为cDNA。使用Quantitect SYBR GREEN PCR试剂盒(Qiagen)和Light cycler(Roche,Victoria;
Australia)进行实时反转录PCR(RT-PCR)以确定造血细胞中5B6和Gapdh的表达。用于实时RT-PCR的特异性引物如下:5B6;5’-TGTGACTGCTCCCACAACTGGA-3’(SEQ ID NO:17);
5’ -TTTGCACCAATCACAGCACAGA-3’(SEQ ID NO:18),Gapdh;5’-CATTTGCAGTGGCAAAGTGGAG-
3’(SEQ ID NO:19);5’-GTCTCGCTCCTGGAAGATGGTG-3’(SEQ ID NO:20)。初始活化步骤于
95℃15min,然后是40个循环的:于94℃15s(变性),于50~60℃20~30s(退火)和于-2 -6
72℃10~12s(延伸),然后是熔点分析。使用由10 ~10 pg的特异性DNA片段制备的标准曲线测定各基因的表达水平,并表示为相对于Gapdh的比。
[0629] 【5B6的重组表面表达】
[0630] 通过PCR扩增从脾DC cDNA使用Advantage cDNA聚合酶(Clontech)和以下引物分离全长小鼠和人5B6(m5B6和h5B6):[5B6:5’-GCCATTTCTTGTACCAACCTACTCCT-3’(SEQ ID NO:21);5’-CGGTGTGGTATGGATCGTCACTT-3’(SEQ ID NO:22)],[HE:5’-AGCCTCCTGTGTGGACTGCTTT-3’(SEQ ID NO:23);5’-TTCATGGCCCACATTTTGGTTT-3’(SEQ ID NO:24)],及得到的产物亚克隆到pGemT easy质粒(Promega)。m5B6和h5B6在中国仓鼠卵巢(CHO)细胞的表面表达作为C-端(细胞外)FLAG-标记的蛋白及在小鼠EL4细胞的表面表达作为融合蛋白,其中绿色荧光蛋白(GFP)融合到5B6的N-端细胞质结构域。为了产生FLAG标记的蛋白,使用优良高保真度聚合酶(Clontech)扩增编码5B6的cDNA,用AscI和Mlu-1限制消化,并亚克隆到修饰为含FLAG表位的pEF-Bos载体(由Dr T.Willson;WEHI友情捐助)。 [0631] CHO细胞用pEF-Bos-5B6外源凝集素和含新霉素磷酸转移酶基因的pGK-neo质粒通过电穿孔(Gene Pulsar,Biorad,NSW,Australia)共-转染,及用1mg/ml G418(遗传霉素,Life Technologies)选定转染子。5B6外源凝集素-阳性细胞用大鼠抗-FLAGmAb染色,然后是抗-大鼠Ig-PE(Caltag),及然后通过流式细胞分选分离。通过扩增编码5B6外源凝集素的cDNA产生GFP-标记的蛋白,用EcoRI限制消化并亚克隆进pEGFP-C2载体(Clontech),然后电穿孔到EL4细胞和用1mg/ml G418选择。通过GFP阳性细胞的流式细胞分选分 离5B6-阳性细胞。通过扩增编码5B6外源凝集素的cDNA产生全长未标记的蛋白,用EcoRI限制消化并亚克隆进pIRES-Neo载体,然后电穿孔到CHO细胞和用1mg/ml G418选择。
[0632] 【针对C-型外源凝集素的mAb的产生】
[0633] 威斯塔大鼠用50μg匙孔青贝血蓝蛋白(KLH)-缀合的肽:5B6小鼠肽(H-DGSSPLSDLLPAERQRSAGQIC-OH)(SEQ ID NO:29),人肽(H-RWLWQDGSSPSPGLLPAERSQSANQV
7
C-OH)(SEQ IDNO:30),或1×10 表达5B6-FLAG的CHO细胞以4周间隔免疫3~4次,及在与Sp2/0骨髓瘤细胞融合之前提供最后追加4天。使用表达C-型5B6-FLAG的CHO细胞和表达GFP-5B6的EL4细胞通过上清的流式细胞仪分析鉴定分泌特异性mAb的杂交瘤。产生杂交瘤,其显示与各小鼠5B6和人5B6特异性反应性。
[0634] 总之,之前产生以下mAb,并用于此研究中,2只大鼠mAb24/04-10B4(来自肽免疫)和42/04-42D2(来自CHO-5B6-FLAG免疫)针对小鼠5B6(m5B6)产生。2只大鼠抗体20/05-3A4和23/05-4C6(来自h5B6肽免疫)如WO 09/026660中所述针对h5B6产生。 [0635] 【DC的分离和流式细胞仪分析】
[0636] 从淋巴样器官的DC分离如前所述进行(Vremec等人,2000)。简言之,机械地切断组织,用胶原酶和DNA酶消化,并用乙二胺四乙酸(EDTA)处理。通过密度离心富集3
低-密度细胞(1.077g/cmNycodenz,Axis-Shield,Oslo,Norway)。将非-DC-系细胞用mAb(KT3-1.1,抗-CD3;T24/31.7,抗-Thy1;TER119,抗-红细胞;ID3,抗-CD19;及1A8,抗-Ly6G)包被,然后使用抗-大鼠Ig磁珠(Biomag珠,QIAGEN,Victoria,Australia)去除。
通过去除红细胞(RBC)富集血DC(0.168M NH4Cl;于4℃5min),并如上耗竭不想关细胞,除了mAb混合剂也含mAb F4/80之外。使用大鼠Ig和抗-FcR mAb(2.4G2)阻断DC-富集的群,然后用针对CD11c(N418),CD205(NLDC-145),CD4(GK1.5),CD8(YTS169.4),CD24(M1/69),
120G8或CD45RA(14.8),Sirpα(p84)和m5B6(24/04-10B4-生 物素)的荧光色素-缀合的mAb染色。
[0637] cDC 选 定 为 CD11chiCD45RA- 或 CD11chi120G8-; 脾 cDC 还 亚 分 为+ hi - + - hi - - -CD4cDC(CD11c CD45RACD4CD8), 双 阴 性 (DN)cDC(CD11c CD45RACD4CD8) 和
+ hi - + - - hi lo
CD8cDC(CD11c CD45RACD8CD4); 胸 腺 DC 亚 分 为 的 CD8cDC(Sirpα CD8 )+ lo hi - hi - -
和 CD8 cDC(Sirpα CD8 ); 及 LN cDC 亚 分 为 CD8cDC(CD11c CD205 CD8),+ int - + hi -
真 皮 DC(CD11cCD205 CD8 ), 朗 格 汉 斯 细 胞 (CD11cCD205 CD8) 和
+ + hi + int +
CD8cDC(CD11cCD205 CD8),如前所述(Lahoud等人,2006)。pDC分离为CD11c CD45RAint +
或CD11c 120G8。使用链霉亲和素(SA)-藻红蛋白(PE)检测生物素染色。分析各DC群上m5B6的表达,并与同种型对照染色(IgG2a,BD Pharmingen,San Diego,CA,美国)比较。
对LSR II(Becton Dickinson,Franklin Lakes,NJ,美国)进行流式细胞仪分析,排除自动荧光及碘化丙锭(PI)阳性死细胞。
[0638] 【人血DC及造血细胞的分离和流式细胞仪分析】
[0639] 使用Ficoll-Pacque-PLUS(GE Healthcare,Rydalmere,NSW,Australia)密度分离从人血分离外周血单核细胞(PBMC)。给血供体知情同意和收集获得人类研究伦理委员会,墨尔本健康的批准。使用大鼠Ig和抗-FcR mAb(2.4G2)阻断PBMC,然后用针对HLA-DR的mAb(L243;Becton Dickinson),及针对系标记物,即CD3(BW264156;T细胞),CD14(Tuk4;单核细胞),CD19(6D5;B细胞)和CD56(AF12-7H3;NK细胞)的PE-缀合的mAb的混合剂染色。hi
血DC选通为HLA-DR ,系-细胞,且还基于它们的BDCA-1(ADJ-8E3),BDCA-3(AD5-14H2),BDCA-4(AD5-17F6)和CD16(VEP13)表达分开。PBMC也用作其他造血细胞的来源,其使用针 对CD3(BW264156;T细 胞),CD19(6D5;B细 胞),CD56(AF12-7H3)和 NKp46(9E2)+ +
(CD56NKp46 ;NK细胞)和CD14(Tuk4;单核细胞)的mAb分离。进行对于h5B6(20/05-3A4)的表达的染色和流式细胞仪分析,排除PI阳性死细胞。除非别有指定,全部抗-人mAb购买了Miltenyi Biotec(North Ryde,NSW,Australia)。
[0640] 【小鼠造血细胞上的5B6的分离和分析】
[0641] 如用于DC分离制备脾脏细胞悬浮液(Vremec等人,2000)。将细胞用针对CD3(KT3-1.1),CD19(ID3),NK1.1(PK136),CD49b(Hmα2;eBioscience,San Diego,+ - - +CA,美国)的mAb染色,然后选择B细胞(CD19CD3),T 细胞(CD19CD3)和NK细胞
+ + - 3 + +
(CD49bNK1.1CD3)。首先通过1.082g/cm 密度离心(Nycodenz)和CD3T细胞和CD19B细胞的免疫磁珠耗竭来富集脾巨噬细胞;将富集的细胞用针对CD11b(M1/70)和F4/80hi +
的mAb染色,然后巨噬细胞选通为CD11b F4/80。如对于脾脏首先富集骨髓巨噬细胞和单核细胞,然后用CD11b(M1/70)和Ly6C(5075-3.6)染色;然后单核细胞选通为侧向散lo hi hi int hi
射 Ly6C CD11b 和巨噬细胞选通为Ly6C CD11b 。全部细胞使用大鼠Ig和抗-FcR mAb(2.4G2)阻断,然后用包括抗-5B6 mAb(10B4-生物素)的各mAb混合剂免疫荧光染色。
使用链霉亲和素-PE检测生物素染色。分析样品的LSR II(Becton Dickinson)上5B6的表达,排除PI阳性死细胞。
[0642] 【可溶性5B6的重组表达】
[0643] 为了产生可溶性5B6,含铰链及胞外域区的cDNA使用优良高保真度2聚合酶(Clontech)和以下引物扩增:[m5B6:5’-TAGTAGACGCGTGAGCAGCAGGAAAGACTCATC-3’(SEQ IDNO:25);5’-TAGTAGACGCGTTCAGATGCAGGATCCAAATGC-3’](SEQ IDNO:26),[H5B6:5’-TAGTAGACGCGTCAGCAGCAAGAAAAACTCATC-3’(SEQ ID NO:27);5’-TAGTAGACGCGTTCAGACAGAGGATCTCAACGC-3’](SEQ IDNO:28)。扩增的cDNA用Mlu-1限制消化,并亚克隆到修饰成含生物素化共有序列(被大肠杆菌(E.cili)生物素全酶合成酶BirA特异性地识别的肽共有序列NSGLHHILDAQKMVWNHR(SEQ ID NO:31))和FLAG表位的pEF-Bos载体的Mlu-1位点。得到的外源凝集 素融合构建体由此包括(以N-端的顺序):IL3信号序列(用于确保分泌),2
生物素化共有肽序列,FLAG-标签,铰链区和外源凝集素结构域。在含8μg DNA/75cm 的DMEM-10%FCS中瓶使用Fugene,重组蛋白由293T细胞(用多瘤/SV40大T抗原稳定转染的人肾上皮细胞系)的瞬时的转染表达。8h后,去除培养基,将细胞洗涤两次,然后在10ml无X-Vivo-10蛋白/无血清培养基(BioWhittaker,Walkersville,MD)中温育36~60h。
收获含分泌的重组蛋白的培养基,及将来自培养上清的重组蛋白使用10,000mwt截止值离心装置(Nanosep 10K Omega,PALL Life Sciences)浓缩100倍。然后将浓缩的蛋白直接使用或使用BIR酶(Avidity,Denver,CO)酶学地生物素化。
[0644] 【研究可溶性5B6与膜结合5B6的结合的结合测定】
[0645] 用在pIRES Neo中编码全长未标记的5B6的表达构建体瞬时转染293T细胞。2~3天后,收获细胞,并使用(1)可溶性FLAG-标记的生物素化的m5B6,h5B6和Cire表面免疫荧光标记,及用链霉亲和素PE检测,或(2)可溶性FLAG-标记的5B6,生物素化的抗-FLAGmAb9H10,及链霉亲和素-PE。活细胞对于前向及侧向散射,或通过碘化丙锭排除选通,并分析它们的可溶性5B6的表面结合。通过与结合其他可溶性FLAG-标记的C-型外源凝集素,例如Cire比较来展示可溶性5B6的结合特异性。
[0646] 【ELISA】
[0647] 通过捕获/2-位点ELISA测定重组可溶性蛋白分泌。简言之,将96-孔聚氯乙稀微孔板(Costar,Broadway,Cambridge,UK)用纯化的捕获mAb,即,抗-FLAG9H1012.5μg/ml(室内产生的)包被。使用生物素化的抗-m5B6抗体(24/04-10B4)-(2μg/ml),链霉亲和素-HRP和ABTS基材检测培养上清。生物素化的重组可溶性蛋白通过捕获/2-位点ELISA测定。简言之,将96-孔聚氯乙稀微孔板(Costar,Broadway,Cambridge,UK)用纯化的捕获mAb,即,抗-FLAG9H10 12.5μg/ml(室内产生的)包被。使用链霉亲和素-HRP和ABTS基材检测培养 上清。
[0648] 【结果】
[0649] 【脾DC子集之间的基因表达模式的比较】
[0650] 基因表达谱分析鉴定了鼠cDNA克隆,其相对于CD8-cDC,由CD8+cDC亚组优先表达。此克隆,称之为5B6,代表“假定的C-型外源凝集素”的片段,在染色体6发现的基因,+其在CD8DC中区别表达(Riken 9830005G06,(最近称之为C-型外源凝集素结构域家族
9,成员A,(Clec9a)Genbank登录号AK036399.1,Unigene ID Mm.391518)。此外,公共数据库分析显示在染色体12上5B6(HEEE9341)的人直系同原物,最近重命名为CLEC9A。直系同原物已鉴定为存在于其他动物例如黑猩猩(Genbank登录号XP_001143778),恒河猴(XP_001114857),狗(Genbank登录号XP_854151),牛(XP_873119),马(XP_001493987)和大鼠(Genbank登录号XP_578403)。
[0651] 【C-型外源凝集素的鉴定,表征和克隆】
[0652] 发明人通过PCR扩增了编码小鼠和人5B6的全-长cDNA,并测序了基因(图1A和1B)。
[0653] 由跨13.4kb的基因组DNA的7个外显子编码的小鼠5B6全-长编码序列(图1D),含编码264个氨基酸(aa)的蛋白的单个开放阅读框(ORF)(795bp)(图1C)。人5B6编码序列,由跨12.9kb的基因组DNA的6个外显子编码(图1D),类似地含编码241aa的蛋白的单个ORF(图1C)。
[0654] 小鼠和人5B6基因各编码在其细胞外区具有单个C-型外源凝集素结构域的推定的跨膜蛋白,跨膜区和细胞质尾含YXXL残基,其为潜在信号基序(Fuller et al.,2007)(图1C)。人5B6相比小鼠具有较短铰链区。小鼠和人蛋白序列的比对展示于图1C(53%相同的;69%类似)。推荐的小鼠和人5B6蛋白结构的示意图显示于图1E。
[0655] 使用NCBI Blast蛋白分析,确定了m5B6与小鼠Dectin-1(Clec7A),Clec12B和NKG2D共享多数序列相似性,然而h5B6 最类似于LOX-1(Clec8A),Clec12B和DCAL-2(Clec12A)。5B6的CTLD,如典型C-型外源凝集素大鼠甘露糖结合蛋白A(MBP-A),具有形成2个二硫键的4个保守的半胱氨酸残基(图2)。此外,5B6在允许蛋白同源二聚化的颈区具有2个额外的半胱氨酸残基(Weis等人,1998)。关键是,在典型C-型外源凝集素2+
中涉及Ca 结合的残基在小鼠和人5B6中不存在(图2)。
[0656] 【C-型外源凝集素基因的表达】
[0657] 微阵列分析预测5B6在CD8+DC中相对于CD8-DC中以3.5倍更高水平表达,及在+CD8DC中相对于在DN DC中以2.6倍更高水平表达。因此,发明人设计了引物,并通过定量+ +
RT-PCR,在小鼠脾cDC亚组中研究了5B6的表达。确证,5B6由CD8cDC优先表达;脾CD8DC+
相比脾CD4cDC表达22倍更多的mRNA(图3A)。
[0658] 发明人跨一组造血细胞类型通过定量实时RT-PCR检查了小鼠和人5B6基因的表达。5B6mRNA表达特异于DC,cDC和pDC二者,以NK细胞中中等水平的mRNA表达(图3B)。- + + + hi
其相对于CD8cDC,在脾CD8DC中优先表达。其也在胸腺CD8cDC和LNCD8DEC205 cDC中区别表达(图3A)。此外,用CpG和LPS,分别对于Toll样受体9和4的配体体内活化3h后,在全部3个脾cDC群中的基因表达降低(图3C)。
[0659] 【小鼠5B6蛋白的表面表达】
[0660] 为了研究m5B6和h5B6的蛋白表达,我们通过流式细胞术产生了认识5B6-转染的细胞表面的蛋白的mAb。一组新鲜分离的小鼠造血细胞用mAb 10B4的染色表明,m5B6在cDC亚组表达及在多数pDC表达(图4A)。醒目地,在研究的多数其他造血细胞,包括T细胞,多数B细胞,单核细胞和巨噬细胞上检测不到m5B6蛋白。在表达一些mRNA的NK细胞上也检测不到(图4A)。但是,小(3%)比例的B细胞,显示了清楚的对于m5B6的阳性染色。仅约3%的骨髓细胞显示了用10B4的任何染色,及其多数弱。由此,在造血系统中,m5B6表面表达呈现主要局限于DC(图4A)。此外,用mAb 10B4 的冷冻的切片的染色显示无归因于DC之外的染色(数据未显示)。
[0661] 然后对于脾,LN及胸腺cDC比较m5B6的表面水平。m5B6由脾脏,胸腺和LN的+ -CD8cDC表达(图4A)。多数脾,胸腺及LNCD8cDC和迁移cDC(真皮DC和朗格汉斯细胞)-
就m5B6表达是阴性(图4A,B)。但是,小比例的CD8cDC显示在背景染色以上;此可归因+ -
于小比例的CD8cDC系的DC仍不表达CD8α,已知存在于此CD8cDC选通中。对于来自发int hi
炎的小鼠脾脏的炎症CD11 CD11b DC的制备物未检测到m5B6染色(Naik等人,2006)(数据未显示)。这些DC表面表达谱与通过定量RT-PCR观察的基因表达一致(图3)。 [0662] 【小鼠血DC上的小鼠5B6的表面表达】
[0663] 相比脾脏中发现的DC,小鼠血含非常少的成熟的DC(CD11chi),且这些少的血DC缺乏CD8的表达(O′Keeffe et al.,2003)。但是,在小鼠中,CD24表达与CD8的表达相关。+
血中小部分的成熟的DC表达此标记物;大概这些细胞在以它们的方式成为CD8。为了测定血DC上5B6的表达,我们分离了它们,并将它们用CD24和5B6染色。表达CD24的DC(其+
注定要成为CD8DC)也表达5B6(图4C)。
[0664] 【短尾猴和人5B6的表面表达】
[0665] 为了研究人5B6(h5B6)的表面表达,我们产生了认识在h5B6-转染细胞表面的天然的蛋白的2个单克隆抗体(20/05-3A4;23/05-4C6),如通过流式细胞术测试(数据未显示)。从人或从短尾猴猴新鲜分离的外周血细胞的染色表明,5B6在DC亚组上表达(图5)。+
尤其是,小的HLADRDC亚组对于h5B6是阳性(图5A)。多数其他人血细胞不显示阳性染色,但在人血B细胞得到低水平染色(图5B)。为了测定是否表达5B6的DC像见于小鼠血的那+
些,将血DC也用BDCA-1,BDCA-3和BDCA-4染色。用mAb 3A4的染色局限于少数BDCA-3DC+ 17 +
亚组(小鼠CD8cDC 的推荐的相当物),及在BDCA-4 亚组中缺乏(数据未显示)。此提+ +
示h5B6存在于类似于小鼠CD24,CD8DC系的cDC类型(Galibert等人,2005),但不同于小鼠,不在pDC上。
[0666] 【可以交叉-物种方式与膜结合5B6相互作用的可溶性5B6】
[0667] 为了鉴定5B6分子的结合偶体,发明人产生了可溶性FLAG-标记的m5B6和h5B6,及对照可溶性FLAG-标记的C-型外源凝集素Cire。就结合用pIresNeo载体中的全长未标记的5B6构建体瞬时转染后表达膜结合m5B6和h5B6的293T细胞来筛选出可溶性5B6。可溶性小鼠5B6能结合表达膜结合小鼠5B6和人5B6的活293T细胞,但显示最小的或无结合模拟(无DNA)转染的293T细胞(图6)。类似地,可溶性人5B6能结合表达膜结合小鼠
5B6和人5B6的活293T细胞,但显示无结合模拟转染的293T细胞。与此相反,对照可溶性分子Cire仅显示最小结合对照或转染细胞系。由此,可溶性5B6可以跨物种方式与膜结合
5B6相互作用。
[0668] 【实施例2:由死亡中的细胞及死细胞表达的5B6配体,及5B6配体的鉴定】 [0669] 【材料和方法】
[0670] 【命名】
[0671] 贯穿此例,5B6称为Clec9A。
[0672] 【小鼠】
[0673] 将雌性C57BL/6J Wehi小鼠,8~12周龄,在无特异性病原体条件下在Walter和Eliza Hall学会(WEHI)饲养。动物根据National Health and Medical Research Council of Australia的指南操作。实验过程获得Institutional Animal Ethics Committee,WEHI的批准。
[0674] 【可溶性Clec9A的重组表达】
[0675] 产生2个版本的可溶性Clec9A,全Clec9A胞外域(Clec9A-外;柄和CTLD),及仅Clec9A CTLD(Clec9A-CTLD)。可溶性胞外域小鼠Clec9A如SEQ ID NO:40所示,可溶性胞外域人Clec9A如SEQID NO:41所示,可溶性CTLD仅小鼠Clec9A如SEQ ID NO:42所示,且可溶性CTLD仅人Clec9A如SEQ ID NO:43所示。
[0676] 使用优良高保真度2聚合酶(Clontech)或HotStar HiFidelity聚 合酶(Qiagen)和以下引物从原Clec9A cDNA序列扩增含所需的胞外域区的cDNA(Caminschi et al.,2008):mClec9A- 外 - 正 向:5’-TAGTAGACGCGTGAGCAGCAGGAAAGACTCATC-3’(SEQ IDNO:25);mClec9A-CTLD- 正 向:5’-TAGTAGACGCGTGGTAGTGACTGCAGCCCTTGT-3’(SEQ IDNO:38);mClec9A- 反 向 5’-TAGTAGACGCGTTCAGATGCAGGATCCAAATGC-3’(SEQ IDNO:26)。hCLEC9A-外-正向:5’-TAGTAGACGCGTCAGCAGCAAGAAAAACTCATC-3’(SEQ IDNO:27);
hCLEC9A-CTLD- 正 向:5’-TAGTAGACGCGTAACAGCAGTCCTTGTCCAAACAAT-3’(SEQID NO:39);
hCLEC9A-反向:5’-TAGTAGACGCGTTCAGACAGAGGATCTCAACGC-3’(SEQ IDNO:28)。 [0677] 将扩增的cDNA亚克隆到修饰成含生物素化共有序列(被大肠杆菌(E.coli)生物素全酶合成酶BirA特异性地识别的肽共有序列NSGLHHILDAQKMVWNHR(SEQ ID NO:31))和FLAG表位的pEF-Bos载体。得到的融合构建体由此包括的(以N-端的顺序):IL3信号序列(用于确保分泌),生物素化共有肽序列,FLAG-标签和Clec9A cDNA片段。标记的可溶性胞外域小鼠Clec9A如SEQ ID NO:44所示,标记的可溶性胞外域人Clec9A如SEQ ID NO:
45所示,标记的可溶性CTLD仅小鼠Clec9A如SEQ ID NO:46所示,及标记的可溶性CTLD仅人Clec9A如SEQ ID NO:47所示。
[0678] 重组蛋白由哺乳动物细胞的瞬时的转染和在无蛋白/无血清培养基中培养而表达:然后将293T细胞在X-Vivo-10培养基(BioWhittaker)中培养或FreeStyle 293F细胞在FreeStyle表达培养基(Invitrogen)中培养。通过与抗-小鼠Clec9A mAb(24/04-10B4)反应测定含分泌的重组蛋白的培养基中可溶性mClec9A的存在。将分泌的重组蛋白使用10,000mol wt截止值离心装置(Millipore)浓缩100 倍,而直接使用或使用BIR酶(Avidity)酶学地生物素化。如果需要,Clec9A可溶性蛋白通过使用抗-FLAGM2琼脂糖树脂(Sigma)的亲和层析纯化和用100μg/ml FLAG肽(Auspep)洗脱,及通过大小-排除层析使用预先装好的Superdex 200柱(GE HEALTHCARE)进一步纯化。此外,如果需要,将纯化的可溶性Clec9A使用BIR酶(Avidity)特异性地生物素化。
[0679] 【小鼠胚胎成纤维细胞】
[0680] 在之前一天接种表达Noxa的小鼠胚胎成纤维细胞(MEF)(van Delft et al.,2006),并生长到约80%汇合,然后通过用2.5μM ABT-737处理诱导经历凋亡。16h后,使用细胞解离缓冲液(基于无酶的PBS的;Gibco)收获细胞。
[0681] 【红细胞膜的产生】
[0682] 将小鼠血收集到肝素化的管,用PBS以1∶25稀释,并通过以1204g离心收获。通3
过密度离心(1.091g/cmNycondenz,Axis-Shield,Oslo,Norway)后收集重密度级分富集红细胞(RBC),并在使用之前用PBS再洗涤3次。通过使用皂苷裂解缓冲液(PBS中0.15%皂苷(Sigma),补充了蛋白酶抑制混合剂(Roche))的RBC的皂苷裂解制备纯化的RBC膜,以
16,060g离心和用相同的缓冲液重复洗涤直到膜细胞沉淀是白色。然后立即使用RBC膜用于染色或于-80℃冷冻用于纯化相互作用蛋白。
[0683] 然后使用Ciana等人(2005)的修饰的流程制备“无血影蛋白的”膜。简言之,RBC膜重悬浮于200μl 5P8(5mM Na-磷酸盐,0.5mMEDTA,0.2mM PMSF,pH8.0),然后用10ml 0.5mM EDTA pH8.5,0.33mM DTT,0.15mM PMSF于37℃处理1h。通过于4℃以27,000g离心40min来回收“无血影蛋白的”膜,及立即用于染色或保存于-80℃。
[0684] 【使用可溶性Clec9A的结合测定】
[0685] 结合测定在结合缓冲液(PBS含0.2%BSA/及0.02%叠氮化钠)中,在上进行。将细胞用PBS洗涤3次,以去除血清蛋白质,然后 悬浮于结合缓冲液。将细胞与(1)生物素化的可溶性Clec9A和对照温育,及用SA-PE检测,或与(2)可溶性FLAG-标记的Clec9A,生物素化的抗-FLAGmAb 9H10温育,然后用SA-PE检测。活细胞在前向及侧向散射,或通过碘化丙锭(PI)排除选通,然而死细胞在前向及侧向散射,或通过PI包含选通。可溶性Clec9A结合的分析通过流式细胞术使用FACScan(Becton Dickinson)进行。结合特异性通过与结合其他可溶性FLAG-标记的C-型外源凝集素,小鼠Cire/mDCSign(Caminschi et al.,2001)及Clec12A(Pyz et al.,2008)比较展示。
[0686] 【用于检测Clec9A结合的ELISA】
[0687] ELISA板(Costar,Broadway,Cambridge,UK)于4℃与10mg/ml的血影蛋白(从人红细胞纯化的,Sigma,#S3644)或肌动蛋白(Sigma)包被过夜。将未结合的蛋白洗去(PBS,0.05%Tween-20),且将ELISA板用PBS,1%BSA封闭。将连续稀释的生物素化的纯化的mClec9A-外,mClec9A-CTLD和Cire可溶性蛋白平铺(PBS,1%BSA)和于4℃温育过夜。使用链霉亲和素-HRP检测结合的可溶性蛋白,并使用ABTS可视化。
[0688] 【使用蛋白微阵列的相互作用蛋白的鉴定】
[0689] 将生物素化的纯化的可溶性mClec9A-外和Cire(对照)在酪蛋白洗涤缓冲液(Invitrogen)中稀释成50μg/ml,并使用“用于生物素化的蛋白的ProtoArray人蛋白微阵列v4.1蛋白相互作用(PPI)试剂盒”(Invitrogen,#PAH05241011)按照生产商的使用说明与人蛋白微阵列杂交。生物素化的蛋白的结合使用链霉亲和素-Alexa Fluor647检测,及使用荧光微阵列扫描仪(GenePix4000B扫描仪,Axon Instruments)获取图像。使用ProtoArray Prospector软件(Invitrogen)鉴定阳性相互作用。
[0690] 【由来自淋巴样器官的DC的死细胞的吞噬细胞摄取】
[0691] 如前所述分离脾DC(Caminschi et al.,2008),并测定死细胞的摄取(由Schnorrer et al.,2006修饰的)。简言之,将DC用针对CD11c (N418-别蓝藻素(APC))和CD8(YTS169.4-FITC)的抗体标记。使脾细胞经历2轮冷冻解冻(在干冰上30s,然后是于37℃30s),然后于4℃用250ng/ml PI标记10min,及洗去过量的PI染料。将标记的冷6
冻-解冻的脾细胞(1×10 细胞/良好)于4℃与25μg/ml的可溶性蛋白,mClec9A-外,mClec9A-CTLD或对照蛋白Cire温育30min,然后在含10%FCS,100U/ml青霉素,100μg/ml-4 5
链霉素和10 M 2-ME的修饰的RPMI-1640培养基中添加2.5×10DC。将共培养物于37℃温育3h,以致使吞噬作用,或于4℃(对照),然后收获用于使用LSRII(Becton Dickinson)+ + + - +
的流式细胞仪分析。DC选通为CD11cCD8 或CD11cCD8 细胞,并计算是PI 的DC的比例。
于4℃摄取是死亡脾细胞与DC表面结合的测量,然而于37℃额外的摄取是吞噬细胞摄取的测量。
[0692] 【结果和讨论】
[0693] 【可溶性Clec9A胞外域的产生】
[0694] 为了寻找Clec9A配体,发明人首次产生了标记的可溶性形式的小鼠和人分子的胞外域。制备的构建体编码全Clec9A胞外域(Clec9A-外;柄区和Clec9A CTLD),或仅Clec9A CTLD(Clec9A-CTLD),且包括FLAG-标签及生物素化共有序列(Brown et al.,1998)(图7A)。重组可溶性mClec9A和hCLEC9A蛋白使用无蛋白/无血清培养基在哺乳动物细胞中表达。将它们使用BirA(Avidity)酶酶学地生物素化(图7C),并用链霉亲和素-PE(SA-PE)检测,或将它们使用抗-FLAG试剂检测。作为对照,对于其他C-型外源凝集素,小鼠Cire/mDCSign(Caminschi et al.,2001)及Clec12A(Pyz et al.,2008)产生类似构建体。
[0695] 【小鼠和人Clec9A结合死细胞】
[0696] 筛选各种小鼠和人细胞,以测定是否可溶性Clec9A可结合细胞表面;用正常有活力的细胞观察到低或最小的结合,但我们基于用在细胞膜损伤时染色细胞核的核染料碘化丙锭(PI)染色观察到Clec9A结合死亡的细胞。因此,发明人研究了mClec9A与使用γ-照射诱导经 历凋亡的胸腺细胞的结合。
[0697] 将胸腺细胞用膜联蛋白V,凋亡的早期标记物,及用PI染色,以标记损伤到具有破裂的细胞膜的点的细胞。mClec9A-外强烈结合一些凋亡小鼠胸腺细胞,但不结合它们的有+ +活力的对应物;注意到结合局限于晚期阶段凋亡/继发性坏死细胞(膜联蛋白VPI),而非+
早期阶段膜联蛋白V 凋亡细胞(图8A)。
[0698] 本发明人还研究了诱导经历通过BH3模拟药物ABT-737诱导的凋亡的小鼠胚胎成纤维细胞(MEF)。它们发现,mClec9A和hCLEC9A强烈结合晚期阶段凋亡MEF,而非它们的活对应物(图8B)。用蛋白酶(胰蛋白酶,蛋白酶K)而非核酸酶的凋亡细胞的预处理以剂量依赖性方式降低了Clec9A结合,提示配体是蛋白或蛋白-相关的分子(图8C)。用测试的可溶性形式的其他C-型外源凝集素,即Cire(图8A,B和C)和Clec12A观察到结合死细胞的水平高于任何“非特异性”结合(数据未显示)。
[0699] 通过冷冻和解冻细胞后立即用Clec9A染色测试显示配体全部需要的细胞膜破裂的可能性是作为原发性坏死的模型。Clec9A结合到冷冻的和解冻的3T3细胞(图9A),结合到其他冷冻的和解冻的小鼠细胞,以及结合到固定的和渗透的细胞及结合到冷冻的小鼠组织切片(数据未显示)。结合包括死细胞的暴露的外部表面,由于当使用利用mClec9A包被的荧光珠代替可溶性mClec9A时,也在荧光显微镜检下见到(数据未显示)。冷冻-解冻之前用胰蛋白酶的有活力的细胞的处理不消除Clec9A结合(数据未显示),表明配体起初在细胞内。
[0700] 总之,数据表明,Clec9A的配体正常含于有活力的细胞,且仅在膜破裂后暴露,例如在晚期凋亡或坏死时发生。
[0701] 【经C-型外源凝集素结构域结合死细胞】
[0702] 为了研究Clec9A结合死细胞的需求,将较短形式的可溶性重组蛋白(仅CTLD)与可溶性全长胞外域(柄+CTLD)比较。相比同源二聚体mClec9A胞外域,mClec9A-CTLD和hCLEC9A-CTLD均是单体,表明同源二聚化需要柄区(图7)。但是,mClec9A-CTLD和 hCLEC9A-CTLD均显示与全长胞外域类似水平的结合死细胞,表明单体CTLD对于结合而言足够(图9A)。甚至当使用有限稀释的Clec9A时,mClec9A-外和mClec9A-CTLD显示类似水平的结合,表明胞外域和CTLD类似地与死细胞结合。
[0703] 由于结合未受EDTA影响(图9B),结合不需要二价金属离子例如钙。
[0704] 【结合死细胞的Clec9A的物种保守】
[0705] 如图8和9A所示,小鼠和人Clec9A结合死亡小鼠细胞。在测试的全部死亡小鼠细胞类型中见到结合,无论是来自培养的细胞系或新鲜分离的细胞。小鼠和人Clec9A也等同良好结合死亡人细胞(图9B),以及结合仓鼠及猴细胞(数据未显示)。也发现结合到冷冻的和解冻的昆虫细胞,但不结合到冷冻的和解冻的细菌或酵母(图9C)。由此,由Clec9A的死细胞识别是跨进化保守的,且配体由多数动物和甚至昆虫细胞表达。
[0706] 【Clec9A结合细胞膜的细胞骨架成分】
[0707] 为了测定是否Clec9A可结合存在于细胞膜的配体,测定mClec9A的结合从小鼠红细胞分离的膜(RBC血影)的能力。RBC血影通过裂解和在含皂苷缓冲液中重复洗涤RBC,以便渗透细胞和阻止RBC膜的再封闭来制备。Clec9A-外和Clec9A-CTLD结合RBC膜,然而2对照蛋白(Cire和Clec12A)未显示结合。此外,发现如果已用“血影蛋白-去除”缓冲液处理RBC膜,Clec9A以更低水平结合,表明Clec9A结合血影蛋白或血影蛋白-相关的细胞骨架成分(图10)。
[0708] 【Clec9A结合纯化的血影蛋白】
[0709] 为了测定是否Clec9A可与血影蛋白直接相互作用,使用酶联免疫吸附测定(ELISA)测定可溶性Clec9A-外,Clec9A-CTLD和对照蛋白Cire的结合纯化的血影蛋白及肌动蛋白的能力。纯化的生物素化的Clec9A可溶性蛋白(Clec9A-外和Clec9A-CTLD)结合血影蛋白,然而Cire不结合血影蛋白,也不结合肌动蛋白(图11)。mClec9A-外相比Clec9A-CTLD更有效结合血影蛋白,表明Clec9A的柄区可贡 献于Clec9A和血影蛋白之间的相互作用(亲和性)(图11)。
[0710] 【Clec9A-外与RNF41相互作用】
[0711] 为了测定是否Clec9A可与其他分子相互作用,将纯化的生物素化的mClec9A-外和Cire用于筛选人蛋白微阵列。发现mClec9A-外结合RNF41的异构体(登录号No.NM194358)。因此RNF41是另一可能的结合偶体。
[0712] 【是否Clec9A介导由DC的死细胞的摄取?】
[0713] Clec9A在脾CD8+DC上,且不在CD8-DC上表达,如之前报告(Caminschi et al.,2008;Sancho et al.,2008)及在图12A中确证。之前已报告CD8+DC在死细胞吞噬作用上更有效(Iyoda et al.,2002;Schulz et al,2002;Schnorrer et al.,2006)。因此发明人研究了是否死细胞的摄取可被过量的可溶性Clec9A的使用阻断。如之前报道(Iyoda et al.,2002;Schulz and Sousa,2002),CD8+DC相比它们的CD8-对应物在已用核染料PI标记的死亡脾细胞的吞噬作用上更有效(图12B)。但是,可溶性mClec9A的添加,无论是全胞外域(mClec9A-外;图12B)或仅CTLD(数据未显示)对死细胞的CD8+DC摄取无可检测的效应。使用已用亲脂性膜染料PKH26标记的死亡脾细胞观察到类似结果(数据未显示)。 [0714] 【结论】
[0715] Clec9A强烈结合晚期凋亡或坏死细胞;其识别由多样的来源和组织类型的细胞表达的成分,但在细胞膜破裂前不可进入。Clec9A可因此用于区别从坏死细胞的早期凋亡。此被认为是在DC生物学中重要的区别,由于早期凋亡细胞的摄取已报道为促进对于自身-Ag的免疫抑制环境,然而凋亡细胞的坏死或失败的清除已报道为促进免疫原性应答。+
Clec9A在CD8DC上选择性地表达,其特异于来自死细胞的Ag的摄取和处理,因此其可能在此过程中有作用。血影蛋白和RNF41均呈现结合mClec9A,表明这些可构成此分子的结合偶体中的一些。
[0716] 【实施例3:m5B6配体的鉴定】
[0717] CD8+DC相比其他DC类型更有效摄取死细胞(Iyoda等人,2002)。表达于CD8+DC的m5B6特异性结合死细胞,而非早期阶段凋亡细胞。由CD8+DC用于区分早期阶段凋亡细胞和坏死细胞的分子格外重要,因为由DC的早期阶段凋亡细胞的摄取诱导耐受性,但坏死细胞的摄取诱导免疫(Sauter等人,2000)。由此,由DC上的受体的这些状态的差异识别对于免疫系统是关键的。重要的是,仅CD8+DC能诱导针对外源Ag的有效的CD8T细胞应答(Belz等人,2004)。
[0718] 已鉴定了一些相关的C-型外源凝集素的配体,且一些具有多种配体(例如LOX-1/Clec8a,Dectin-1/Clec7a)。将使用一组免疫化学及蛋白质组学技术测定5B6配体的同一性。
[0719] 在第一方法中,将细胞使用35S代谢标记,诱导细胞死亡,然后与可溶性FLAG-标记的m5B6温育。将过量游离的Clec9A洗去,并将细胞在化学交联-接头的存在或缺失下温育。细胞会裂解,及将复合物使用抗-FLAGM2或抗-5B6-亲和性树脂亲和性纯化。将结合蛋白用过量的FLAG或5B6肽洗脱。
[0720] 在补充性方法中,将大批的sol-5B6纯化,并缀合于NHS-活化的琼脂糖树脂。将来7
自至少5×10EL4细胞的裂解产物与5B6亲和性树脂温育,及洗脱结合蛋白。通过SDS-PAGE分析洗脱的蛋白,转移到PVDF膜,并使用磷光显像仪可视化。为了鉴定阳性条带,计量此过程,并通过SDS-PAGE和Sypro红宝石/考马斯蓝染色分析洗出液。将条带切下,并使用质量-光谱法鉴定蛋白。简言之,将蛋白条带用胰蛋白酶消化(Moritz等人,1996),通过毛细管层析分离(Moritz等人,1992),并使用在线电喷射电离电离阱质量-分光计测序(Simpson等人,2000)。
[0721] 在进一步补充性方法中,将大鼠用死细胞免疫,并通过标准流程进行融合以产生杂交瘤。就结合死细胞和阻断如通过流式细胞术测定的sol-5B6的结合的Ab筛选杂交瘤。我们将克隆和纯化阻断Ab,及使用其免疫沉淀配体,以致使通过质量-光谱法鉴定。 [0722] 用于潜在配体的myc-标记的表达构建体产生,瞬时转染进293T细胞和诱导细胞死亡,然后与5B6+DC或5B6转染细胞温育。我们将裂解细胞,使用抗-Clec9A mAb免疫沉淀5B6-复合物,并通过蛋白印迹分析myc-标记的配体的共-沉淀。或者,我们进行5B6复合物的直接蛋白印迹。在补充性方法中,我们将表达作为重组可溶性分子的潜在候选体,并确认它们的结合5B6转染子。
[0723] 使用标准过程产生结合5B6配体的抗体。
[0724] 【实施例4:Clec9A结合RNF41】
[0725] 【材料和方法】
[0726] 【GST-RNF41蛋白的表达和纯化】
[0727] 将编码2种形式的RNF41(全长RNF41(SEQ ID NO:76);RNF41转录物变体2(SEQ ID NO:77))的cDNA构建体亚克隆到修饰的pGEX-2T载体(GE HEALTHCARE)。重组蛋白在BL21(DE3)大肠杆菌(E.coli)中表达为谷胱甘肽S-转移酶(GST)融合蛋白,并如前所述纯化(Grieco et al,1992)。简言之,将经质粒转化的BL21(DE3)细胞于30℃在Superbroth中培养,并当OD600达到~0.8时,用0.1mM异丙基-β-硫代半乳糖吡喃糖苷(IPTG)诱导3小时。将IPTG-诱导的细胞用裂解缓冲液(磷酸缓冲盐水中0.2mg/mL溶菌酶,1%Triton-X100,30μg/mL DNA酶I,1mM PMSF)在冰上裂解1小时。将裂解的细胞于4℃以16060g离心15分钟。将产生的含GST-RNF41蛋白的不可溶的沉淀起初悬浮于1.5%N-月桂酰肌氨TM
酸(Sarcosyl ,Sigma)10min(4℃),以提取GST-RNF41蛋白,及补充了2%Triton X-100和
1mM CaCl2,用于额外的10min。将裂解产物离心(16060g,15min)。将含溶解的GST-RNF41蛋白的上清与谷胱甘肽-琼脂糖4B树脂(GE HEALTHCARE)温育1h(4℃)。将偶联于GST-RNF41融合蛋白的谷胱甘肽-琼脂糖树脂用于检测蛋白相互作用的下拉测定,如以下所示。 [0728] 作为对照,通过用质粒对照转化BL21细胞,IPTG诱导,裂解和 离心制备GST-蛋白。向得到的上清,含GST蛋白,补充了1.5%肌氨酰,1%Triton X-100,1mM CaCl2。GST蛋白结合到谷胱甘肽-琼脂糖4B树脂,并在下拉测定中作为对照使用。
[0729] 【通过下拉测定的蛋白间相互作用】
[0730] 将偶联于GST或GST-RNF41蛋白的谷胱甘肽琼脂糖树脂悬浮于结合缓冲液(在20mM Tris-缓冲的盐水中0.2%NP-40和2%甘油,pH7.5,含完全蛋白酶抑制剂混合剂混合物(Roche)和1mM PMSF),并与1μg/m纯化的FLAG-标记的可溶性Clec9A混合(也在结合缓冲液中),并于4℃在旋转轮上温育2小时。将珠用结合缓冲液大致洗涤,以去除未结合的蛋白。结合蛋白通过添加2×SDS减少样品,并于92℃加热5分钟来从珠洗脱。洗脱的蛋白通过SDS-PAGE分离,然后是用抗-FLAG抗体的蛋白印迹。
[0731] 【结果】
[0732] 在替代性方法中,为检测Clec9A相互作用蛋白,发明人将mClec9A-外和Cire,与由谷胱甘肽S-转移酶(GST)-标记的人蛋白组成的蛋白微阵列(Invitrogen)杂交。mClec9A-外结合到RNF41的异构体(由RNF41转录物变体2编码的),然而Cire-外不结合RNF41。发明人在细菌细胞中亚克隆和表达了全长RNF41(RNF41FL),及RNF41转录物变体
2(RNF4172-317)作为GST-RNF41融合蛋白。将融合蛋白固定到谷胱甘肽珠,并与mClec9A-外或与对照mClec12A-外温育。mClec9A-外直接结合GST-RNF41FL和GST-RNF4172-317,但不单独结合GST(图13)。相反,对照Clec12A不结合RNF41。此确证,mClec9A特异性地结合RNF41。这些研究延伸到研究hCLEC9A相互作用,并发现,hClec9A-外类似地结合RNF41(图
13),表明Clec9A-RNF41相互作用在物种间保守。
[0733] 本领域技术人员将认同,可对如在特定实施方式中所示的发明进行多种变异和/或修饰而不脱离广泛地描述的本发明的精神或范围。因此,本实施方式在全部方面仅旨在阐明而非限制。
[0734] 本申请要求提交于2009年3月23日的US 61/162,616的优先权,其整个内容通过引用并入本文。
[0735] 本文中讨论的和/或参考的全部出版物以它们的整体合并到本文中。
[0736] 已包括到本说明书的文献,作用,材料,装置,物品等的任何讨论仅旨在提供本发明的背景。而非承认任何或全部这些形成部分现有技术基础,或是如本申请的各权利要求优先权日之前存在的本发明相关领域的公知常识。【参考文献】
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