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用于治疗特应性皮炎的组合物和方法以及治疗选择

阅读：674发布：2020-05-08

专利汇可以提供用于治疗特应性皮炎的组合物和方法以及治疗选择专利检索，专利查询，专利分析的服务。并且本发明总体特征是通过检测存在于患者样品中的多肽和多核苷酸标记的水平的改变，用于表征特应性皮炎响应于抗胸腺基质淋巴细胞生成素(TSLP)疗法的组合物和方法，以及相关的治疗方法。，下面是用于治疗特应性皮炎的组合物和方法以及治疗选择专利的具体信息内容。

权利要求

1.一种治疗患有特应性皮炎的受试者的方法，该方法包括向该受试者施用降低胸腺基质淋巴细胞生成素(TSLP)多肽的表达或活性的药剂，其中该受试者被鉴定为相对于参比，在循环中具有增加的脑源性神经营养因子(BDNF)多肽水平或在源自该受试者的皮肤样品中具有增加的脑源性神经营养因子(BDNF)多核苷酸水平。
2.如权利要求1所述的方法，其中在循环中的BDNF多肽在源自该受试者的血液、血浆或血清样品中测量。
3.如权利要求1所述的方法，其中该方法进一步包括检测在循环中睫状神经营养因子(CNTF)多核苷酸或睫状神经营养因子受体(CNTFR)多核苷酸的增加。
4.如权利要求1所述的方法，其中皮肤中的BDNF多核苷酸在损伤性或非损伤性皮肤的皮肤活检中增加。
5.如权利要求1-4中任一项所述的方法，其中该方法进一步包括检测损伤性和非损伤性的皮肤活检中双调蛋白多核苷酸的增加。
6.如权利要求1-5中任一项所述的方法，其中该方法进一步包括检测选自下组的多核苷酸生物标记的增加，该组由以下组成：2型神经营养性酪氨酸激酶受体(NTRK2)、3型神经营养性酪氨酸激酶受体(NTRK3)和神经营养因子3(NTF3)。
7.如权利要求1-5中任一项所述的方法，其中该多肽在免疫测定中检测。
8.如权利要求1-5中任一项所述的方法，其中该多核苷酸通过与微阵列杂交或通过基因表达分析检测。
9.一种治疗患有特应性皮炎的受试者的方法，该方法包括向该受试者施用降低胸腺基质淋巴细胞生成素(TSLP)多肽的表达或活性的药剂，其中该受试者被鉴定为相对于参比，在源自该受试者的皮肤样品中具有增加的脑源性神经营养因子(BDNF)多核苷酸和双调蛋白多核苷酸的水平。
10.一种治疗患有特应性皮炎的受试者的方法，该方法包括向该受试者施用降低胸腺基质淋巴细胞生成素(TSLP)多肽的表达或活性的药剂，其中该受试者被鉴定为相对于参比，在源自该受试者的皮肤样品中具有增加的脑源性神经营养因子(BDNF)多核苷酸、双调蛋白多核苷酸、和一种或多种的NTRK2、NTRK3、或NTF3多核苷酸的水平。
11.如权利要求9或10所述的方法，其中该多核苷酸通过与微阵列杂交检测。
12.一种治疗患有特应性皮炎的受试者的方法，该方法包括向该受试者施用降低胸腺基质淋巴细胞生成素(TSLP)多肽的表达或活性的药剂，其中该受试者被鉴定为相对于参比，在源自该受试者的血液、血浆或血清中具有增加的脑源性神经营养因子(BDNF)多肽的水平和增加的睫状神经营养因子(CNTF)和/或睫状神经营养因子受体(CNTFR)。
13.如权利要求12所述的方法，其中该多肽在免疫测定中检测。
14.一种治疗患有特应性皮炎的受试者的方法，该方法包括向该受试者施用降低胸腺基质淋巴细胞生成素(TSLP)多肽的表达或活性的药剂，从而治疗特应性皮炎，其中该受试者被鉴定为相对于参比，在该受试者的血液、血浆或血清样品中具有选自下组的生物标记多肽的改变，该组由以下组成：双调蛋白(AREG)、脑源性神经营养因子(BDNF)、睫状神经营养因子(CNTF)、睫状神经营养因子受体(CNTFR)、神经营养因子3(NTF3)、神经营养因子4(NTF4)、神经生长因子(NGF)、1型神经营养性酪氨酸激酶受体(NTRK1)、2型神经营养性酪氨酸激酶受体(NTRK2)、和3型神经营养性酪氨酸激酶受体(NTRK3)。
15.一种治疗患有特应性皮炎的受试者的方法，该方法包括向该受试者施用降低胸腺基质淋巴细胞生成素(TSLP)多肽的表达或活性的药剂，从而治疗特应性皮炎，其中该受试者被鉴定为相对于参比，在该受试者的皮肤样品中具有选自下组的生物标记多核苷酸的改变，该组由以下组成：双调蛋白(AREG)、脑源性神经营养因子(BDNF)、睫状神经营养因子(CNTF)、睫状神经营养因子受体(CNTFR)、神经营养因子3(NTF3)、神经营养因子4(NTF4)、神经生长因子(NGF)、1型神经营养性酪氨酸激酶受体(NTRK1)、2型神经营养性酪氨酸激酶受体(NTRK2)、和3型神经营养性酪氨酸激酶受体(NTRK3)。
16.如权利要求1-15中任一项所述的方法，其中该特应性皮炎响应于用降低胸腺基质淋巴细胞生成素(TSLP)多肽的表达或活性的药剂进行的治疗。
17.如权利要求1-15中任一项所述的方法，其中该降低TSLP多肽的表达或活性的药剂是抗TSLP抗体或其抗原结合部分。
18.如权利要求1-15中任一项所述的方法，其中该抗体、或其抗原结合部分包含：
(a)重链可变区CDR1，其包含SEQ ID NO：6的氨基酸序列；
(b)重链可变区CDR2，其包含SEQ ID NO：7的氨基酸序列；
(c)重链可变区CDR3，其包含SEQ ID NO：8的氨基酸序列；
(d)轻链可变区CDR1，其包含SEQ ID NO：3的氨基酸序列；
(e)轻链可变区CDR2，其包含SEQ ID NO：4的氨基酸序列；和
(f)轻链可变区CDR3，其包含SEQ ID NO：5的氨基酸序列。
19.如权利要求1-15中任一项所述的方法，其中该抗体、或其抗原结合部分包含SEQ ID NO：10的重链序列和SEQ ID NO：12的轻链序列。
20.如权利要求1-15中任一项所述的方法，其中该抗体是特折鲁单抗。
21.如权利要求1-20中任一项所述的方法，其中该受试者是人。
22.如权利要求1-21中任一项所述的方法，其中该参比是对照样品中存在的相应多肽或核酸分子生物标记的水平、表达或活性。
23.如权利要求22所述的方法，其中该对照样品是源自具有不响应于抗TSLP疗法的特应性皮炎的受试者。
24.如权利要求22或23所述的方法，其中该对照样品源自健康的受试者。
25.一种对患有响应于抗TSLP疗法的特应性皮炎(AD)的受试者进行鉴定的方法，该方法包括检测相对于参比，在循环中脑源性神经营养因子(BDNF)多肽水平的增加或在源自该受试者的皮肤样品中脑源性神经营养因子(BDNF)多核苷酸水平的增加，从而鉴定该受试者患有响应于抗TSLP疗法的特应性皮炎。
26.一种对患有响应于抗TSLP疗法的特应性皮炎(AD)的受试者进行鉴定的方法，该方法包括检测相对于参比，源自该受试者的皮肤样品中脑源性神经营养因子(BDNF)多核苷酸和双调蛋白多核苷酸的水平的增加，从而鉴定该受试者患有响应于抗TSLP疗法的特应性皮炎。
27.一种对患有响应于抗TSLP疗法的特应性皮炎(AD)的受试者进行鉴定的方法，该方法包括检测在源自该受试者的皮肤样品中脑源性神经营养因子(BDNF)多核苷酸、双调蛋白多核苷酸、和一种或多种的NTRK2、NTRK3、或NTF3多核苷酸的水平的增加，从而鉴定该受试者患有响应于抗TSLP疗法的特应性皮炎。
28.一种对患有响应于抗TSLP疗法的特应性皮炎(AD)的受试者进行鉴定的方法，该方法包括检测源自该受试者的血液、血浆或血清中的脑源性神经营养因子(BDNF)多肽的水平的增加、和CNTF和/或CNTFR的增加，从而鉴定该受试者患有响应于抗TSLP疗法的特应性皮炎。
29.一种对患有响应于抗TSLP疗法的特应性皮炎(AD)的受试者进行鉴定的方法，该方法包括
(a)在该受试者的血液、血浆、或血清样品中检测与选自下组的循环多肽标记结合的抗体，该组由以下组成：双调蛋白(AREG)、脑源性神经营养因子(BDNF)、睫状神经营养因子(CNTF)、睫状神经营养因子受体(CNTFR)、神经营养因子3(NTF3)、神经营养因子4(NTF4)、神经生长因子(NGF)、1型神经营养性酪氨酸激酶受体(NTRK1)、2型神经营养性酪氨酸激酶受体(NTRK2)、和3型神经营养性酪氨酸激酶受体(NTRK3)；和
(b)检测样品中所述标记的水平相对于参比的改变，从而鉴定该受试者患有响应于抗TSLP疗法的特应性皮炎(AD)。
30.一种对患有响应于抗TSLP疗法的特应性皮炎(AD)的受试者进行鉴定的方法，该方法包括
(a)在该受试者的皮肤样品中检测与选自下组的多核苷酸标记结合的探针，该组由以下组成：双调蛋白(AREG)、脑源性神经营养因子(BDNF)、睫状神经营养因子(CNTF)、睫状神经营养因子受体(CNTFR)、神经营养因子3(NTF3)、神经营养因子4(NTF4)、神经生长因子(NGF)、1型神经营养性酪氨酸激酶受体(NTRK1)、2型神经营养性酪氨酸激酶受体(NTRK2)、和3型神经营养性酪氨酸激酶受体(NTRK3)；和
(b)检测样品中所述标记的水平相对于参比的改变，从而鉴定该受试者患有响应于抗TSLP疗法的特应性皮炎(AD)。
31.一种监测受试者中疗法功效的方法，该方法包括
(a)向该受试者施用抗TSLP疗法；和
(b)相对于较早时间点获得自该受试者的皮肤样品中的脑源性神经营养因子多核苷酸的水平，检测在源自该受试者的皮肤样品中的脑源性神经营养因子多核苷酸的水平，其中BDNF的水平随时间变化的减少表明该抗TSLP疗法是有效的。
32.如权利要求31所述的方法，其中该方法进一步包括相对于较早时间点存在于该受试者的血清中的双调蛋白多肽的水平，检测该受试者的血清中的双调蛋白多肽的水平，其中所述水平随时间变化的增加表明该抗TSLP疗法是有效的。
33.一种用于治疗特应性皮炎(AD)的药剂盒，该药剂盒包含降低胸腺基质淋巴细胞生成素(TSLP)多肽的表达或活性的药剂，和一种或多种特异性结合选自下组的多肽或多核苷酸生物标记的捕获分子或探针，该组由以下组成：双调蛋白(AREG)、睫状神经营养因子(CNTF)、睫状神经营养因子受体(CNTFR)、脑源性神经营养因子(BDNF)、神经营养因子3(NTF3)、神经营养因子4(NTF4)、神经生长因子(NGF)、1型神经营养性酪氨酸激酶受体(NTRK1)、2型神经营养性酪氨酸激酶受体(NTRK2)、3型神经营养性酪氨酸激酶受体(NTRK3)。

说明书全文

用于治疗特应性皮炎的组合物和方法以及治疗选择

背景技术

[0001] 特应性皮炎(也称为“AD”)是最常见的慢性炎性皮肤疾病，影响多达25％的儿童和10％的成人。由于剧烈瘙痒和抓挠、失眠和/或抑郁和焦虑的恶性循环，显著损害了特应性
皮炎患者的生活质量。特应性皮炎被认为是由遗传和环境因素的复杂相互作用引起的，这
可能解释了为什么某些治疗对某些特应性皮炎患者有效，而对其他患者无效。

[0002] 迫切需要新的治疗方法和用于预测特应性皮炎患者对疗法的反应性的方法。表征特应性皮炎的方法具有使治疗选择个性化，并指导特应性皮炎患者进行有效的疗法的潜
力。
发明内容

[0003] 如下所述，本发明总体特征是用于表征和治疗特应性皮炎的组合物和方法，其中通过检测患者样品中存在的多肽和多核苷酸标记的水平的改变，发现特应性皮炎响应于抗
胸腺基质淋巴细胞生成素(TSLP)疗法。胸腺基质淋巴细胞生成素是属于细胞因子家族的蛋
白质。已知胸腺基质淋巴细胞生成素通过抗原呈递细胞的激活在T细胞群的成熟过程中起
重要作用。它可以通过SEQ ID NO：1的mRNA编码，而TSLP的全长氨基酸序列在SEQ ID NO：2
中给出。

[0004] 在一个方面，本发明提供了一种治疗患有特应性皮炎的受试者的方法，该方法涉及向该受试者施用降低胸腺基质淋巴细胞生成素(TSLP)多肽的表达或活性的药剂，其中该
受试者被鉴定为相对于参比，在循环中具有增加的脑源性神经营养因子(BDNF)多肽水平或
在源自该受试者的皮肤样品中具有增加的脑源性神经营养因子(BDNF)多核苷酸水平。

[0005] 在另一方面，本发明提供了一种治疗患有特应性皮炎的受试者的方法，该方法涉及向该受试者施用降低胸腺基质淋巴细胞生成素(TSLP)多肽的表达或活性的药剂，其中该
受试者被鉴定为相对于参比，在源自该受试者的皮肤样品中具有增加的脑源性神经营养因
子(BDNF)多核苷酸和双调蛋白多核苷酸的水平。

[0006] 在另一方面，本发明提供了一种治疗患有特应性皮炎的受试者的方法，该方法涉及向该受试者施用降低胸腺基质淋巴细胞生成素(TSLP)多肽的表达或活性的药剂，其中该
受试者被鉴定为相对于参比，在源自该受试者的皮肤样品中具有增加的脑源性神经营养因
子(BDNF)多核苷酸、双调蛋白多核苷酸、和一种或多种的NTRK2、NTRK3、或NTF3多核苷酸的
水平。

[0007] 在另一方面，本发明提供了一种治疗患有特应性皮炎的受试者的方法，该方法涉及向该受试者施用降低胸腺基质淋巴细胞生成素(TSLP)多肽的表达或活性的药剂，其中该
受试者被鉴定为相对于参比，在源自该受试者的血液、血浆或血清中具有增加的脑源性神
经营养因子(BDNF)多肽的水平和增加的CNTF和/或CNTFR。

[0008] 在另一方面，本发明提供了一种治疗患有特应性皮炎的受试者的方法，该方法涉及向该受试者施用降低胸腺基质淋巴细胞生成素(TSLP)多肽的表达或活性的药剂，从而治
疗特应性皮炎，其中该受试者被鉴定为相对于参比，在该受试者的血液、血浆或血清样品中
具有选自下组的生物标记多肽的改变，该组由以下组成：双调蛋白(AREG)、脑源性神经营养
因子(BDNF)、睫状神经营养因子(CNTF)、睫状神经营养因子受体(CNTFR)、神经营养因子3
(NTF3)、神经营养因子4(NTF4)、神经生长因子(NGF)、1型神经营养性酪氨酸激酶受体
(NTRK1)、2型神经营养性酪氨酸激酶受体(NTRK2)、和3型神经营养性酪氨酸激酶受体
(NTRK3)。

[0009] 在另一方面，本发明提供了一种治疗患有特应性皮炎的受试者的方法，该方法涉及向该受试者施用降低胸腺基质淋巴细胞生成素(TSLP)多肽的表达或活性的药剂，从而治
疗特应性皮炎，其中该受试者被鉴定为相对于参比，在该受试者的皮肤样品中具有选自下
组的生物标记多核苷酸的改变，该组由以下组成：双调蛋白(AREG)、脑源性神经营养因子
(BDNF)、睫状神经营养因子(CNTF)、睫状神经营养因子受体(CNTFR)、神经营养因子3
(NTF3)、神经营养因子4(NTF4)、神经生长因子(NGF)、1型神经营养性酪氨酸激酶受体
(NTRK1)、2型神经营养性酪氨酸激酶受体(NTRK2)、3型和神经营养性酪氨酸激酶受体
(NTRK3)。

[0010] 在另一方面，本发明提供了一种对患有响应于抗TSLP疗法的特应性皮炎(AD)的受试者进行鉴定的方法，该方法涉及检测相对于参比，在循环中增加的脑源性神经营养因子
(BDNF)多肽水平或在源自受试者的皮肤样品中增加的脑源性神经营养因子(BDNF)多核苷
酸水平，从而鉴定该受试者为患有响应于抗TSLP疗法的特应性皮炎。

[0011] 在另一方面，本发明提供了一种对患有响应于抗TSLP疗法的特应性皮炎(AD)的受试者进行鉴定的方法，该方法涉及检测相对于参比，在源自该受试者的皮肤样品中增加的
脑源性神经营养因子(BDNF)多核苷酸和双调蛋白多核苷酸的水平，从而鉴定该受试者患有
响应于抗TSLP疗法的特应性皮炎。

[0012] 在另一方面，本发明提供了一种对患有响应于抗TSLP疗法的特应性皮炎(AD)的受试者进行鉴定的方法，该方法涉及检测在源自该受试者的皮肤样品中增加的脑源性神经营
养因子(BDNF)多核苷酸、双调蛋白多核苷酸、和一种或多种的NTRK2、NTRK3、或NTF3多核苷
酸的水平，从而鉴定该受试者患有响应于抗TSLP疗法的特应性皮炎。

[0013] 在另一方面，本发明提供了一种对患有响应于抗TSLP疗法的特应性皮炎(AD)的受试者进行鉴定的方法，该方法涉及检测源自该受试者的血液、血浆或血清中的增加的脑源
性神经营养因子(BDNF)多肽的水平、和增加的CNTF和/或CNTFR，从而鉴定该受试者患有响
应于抗TSLP疗法的特应性皮炎。

[0014] 在另一方面，本发明提供了一种对患有响应于抗TSLP疗法的特应性皮炎(AD)的受试者进行鉴定的方法，该方法涉及在该受试者的血液、血浆、或血清样品中检测与选自下组
的循环多肽标记结合的抗体，该组由以下组成：双调蛋白(AREG)、脑源性神经营养因子
(BDNF)、睫状神经营养因子(CNTF)、睫状神经营养因子受体(CNTFR)、神经营养因子3
(NTF3)、神经营养因子4(NTF4)、神经生长因子(NGF)、1型神经营养性酪氨酸激酶受体
(NTRK1)、2型神经营养性酪氨酸激酶受体(NTRK2)、和3型神经营养性酪氨酸激酶受体
(NTRK3)；和检测样品中所述标记的水平相对于参比的改变，从而鉴定该受试者为患有响应
于抗TSLP疗法的特应性皮炎(AD)。

[0015] 在另一方面，本发明提供了一种鉴定受试者为患有响应于抗TSLP疗法的特应性皮炎(AD)的方法，该方法涉及在该受试者的皮肤样品中检测与选自下组的多核苷酸标记结合
的探针，该组由以下组成：双调蛋白(AREG)、脑源性神经营养因子(BDNF)、睫状神经营养因
子(CNTF)、睫状神经营养因子受体(CNTFR)、神经营养因子3(NTF3)、神经营养因子4(NTF4)、神经生长因子(NGF)、1型神经营养性酪氨酸激酶受体(NTRK1)、2型神经营养性酪氨酸激酶
受体(NTRK2)、和3型神经营养性酪氨酸激酶受体(NTRK3)；和检测样品中所述标记的水平相
对于参比的改变，从而鉴定该受试者为患有响应于抗TSLP疗法的特应性皮炎(AD)。

[0016] 在另一方面，本发明提供了一种监测受试者中疗法功效的方法，该方法涉及向该受试者施用抗TSLP疗法；和相对于较早时间点获得自该受试者的皮肤样品中的脑源性神经
营养因子多核苷酸的水平，检测在源自该受试者的皮肤样品中的脑源性神经营养因子多核
苷酸的水平，其中BDNF的水平随时间变化的减少表明该抗TSLP疗法是有效的。

[0017] 在另一方面，本发明提供了一种用于治疗特应性皮炎(AD)的药剂盒，该药剂盒含有降低胸腺基质淋巴细胞生成素(TSLP)多肽的表达或活性的药剂，和一种或多种与多肽或
多核苷酸生物标记特异性结合的捕获分子或探针，该多肽或多核苷酸生物标记是双调蛋白
(AREG)、睫状神经营养因子(CNTF)、睫状神经营养因子受体(CNTFR)、脑源性神经营养因子
(BDNF)、神经营养因子3(NTF3)、神经营养因子4(NTF4)、神经生长因子(NGF)、1型神经营养
性酪氨酸激酶受体(NTRK1)、2型神经营养性酪氨酸激酶受体(NTRK2)、或3型神经营养性酪
氨酸激酶受体(NTRK3)中的一种或多种。

[0018] 在另一方面，本发明提供了一种用于治疗特应性皮炎(AD)的药剂盒，该药剂盒含有降低胸腺基质淋巴细胞生成素(TSLP)多肽的表达或活性的药剂，和一种或多种与多肽或
多核苷酸生物标记特异性结合的捕获分子或探针，该多肽或多核苷酸生物标记是双调蛋白
(AREG)、睫状神经营养因子(CNTF)、睫状神经营养因子受体(CNTFR)、脑源性神经营养因子
(BDNF)、神经营养因子3(NTF3)、神经营养因子4(NTF4)、神经生长因子(NGF)、1型神经营养
性酪氨酸激酶受体(NTRK1)、2型神经营养性酪氨酸激酶受体(NTRK2)、或3型神经营养性酪
氨酸激酶受体(NTRK3)中的一种或多种。

[0019] 在本文描绘的任何方面的各种实施例中，在循环中的BDNF多肽在源自受试者的血液、血浆或血清样品中测量。在本文描绘的任何方面的各种实施例中，与对照样品相比，皮
肤中的BDNF多核苷酸在损伤性或非损伤性皮肤的皮肤活检中增加。在本文描绘的任何方面
的各种实施例中，该对照样品是源自患有不响应于抗TSLP疗法的特应性皮炎的受试者。在
本文描绘的任何方面的各种实施例中，该对照样品源自健康受试者。在本文描绘的任何方
面的各种实施例中，该方法进一步涉及相对于较早时间点存在于该受试者的血清中的双调
蛋白多肽的水平，检测该受试者的血清中的双调蛋白多肽的水平，其中所述水平随时间变
化的增加表明抗TSLP疗法是有效的。

[0020] 在本文描绘的任何方面的各种实施例中，该方法进一步涉及检测与对照样品相比，在循环中睫状神经营养因子(CNTF)多核苷酸或睫状神经营养因子受体(CNTFR)多核苷
酸的增加。在本文描绘的任何方面的各种实施例中，该方法进一步涉及检测损伤性和非损
伤性的皮肤活检中双调蛋白多核苷酸的增加。在本文描绘的任何方面的各种实施例中，该
方法进一步涉及检测选自下组的多核苷酸生物标记的增加，该组由以下组成：NTRK2、
NTRK3、和神经营养因子3(NTF3)。

[0021] 在本文描绘的任何方面的各种实施例中，该特应性皮炎响应于用降低胸腺基质淋巴细胞生成素(TSLP)多肽的表达或活性的药剂进行的治疗。在本文描绘的任何方面的各种
实施例中，降低TSLP多肽的表达或活性的药剂是抗TSLP抗体或其抗原结合部分。

[0022] 在各种实施例中，该抗TSLP抗体包含：a.轻链可变结构域，该轻链可变结构域包含：i.包含SEQ ID NO：3中所列的氨基酸序列的轻链CDR1序列；ii包含SEQ ID NO：4中所列
的氨基酸序列的轻链CDR2序列；iii.包含SEQ ID NO：5中所列的氨基酸序列的轻链CDR3序
列；和b.重链可变结构域，该重链可变结构域包含：i.包含SEQ ID NO：6中所列的氨基酸序
列的重链CDR1序列；ii包含SEQ ID NO：7中所列的氨基酸序列的重链CDR2序列，和iii.包含
SEQ ID NO：8中所列的氨基酸序列重链CDR3序列，其中该抗体特异地结合至SEQ ID NO：2的
氨基酸29-159所列的TSLP多肽。

[0023] 在各种实施例中，该抗TSLP抗体包含

[0024] a.选自下组的轻链可变结构域，该组由以下组成：

[0025] i.与SEQ ID NO：12具有至少80％同一性的氨基酸的序列；

[0026] ii由多核苷酸序列编码的氨基酸的序列，该多核苷酸序列与SEQ ID NO：11具有至少80％的同一性；

[0027] iii.由多核苷酸编码的氨基酸的序列，该多核苷酸在中等严格条件下与由SEQ ID NO：11组成的多核苷酸的互补序列杂交；和

[0028] b.选自下组的重链可变结构域，该组由以下组成：

[0029] i.与SEQ ID NO：10具有至少80％同一性的氨基酸的序列；

[0030] ii由多核苷酸序列编码的氨基酸的序列，该多核苷酸序列与SEQ ID NO：9具有至少80％的同一性；

[0031] iii.由多核苷酸编码的氨基酸的序列，该多核苷酸在中等严格条件下与由SEQ ID NO：9组成的多核苷酸的互补序列杂交；或

[0032] c.(a)的轻链可变结构域和(b)的重链可变结构域，其中该抗体特异地结合至SEQ ID NO：2的氨基酸29-159所列的TSLP多肽。

[0033] 在本文描绘的任何方面的各种实施例中，该抗体是特折鲁单抗(Tezepelumab)(WHO Drug Information[世界卫生组织药物信息]第30卷，第1期，2016年推荐INN：列表75
第56-57页)。

[0034] 在本文描绘的任何方面的各种实施例中，该受试者是人。在本文描绘的任何方面的各种实施例中，该多肽在免疫测定中检测。在本文描绘的任何方面的各种实施例中，该多
核苷酸通过与微阵列杂交或通过基因表达分析检测。在本文描绘的任何方面的各种实施例
中，该参比是对照样品中存在的相应多肽或核酸分子生物标记的水平、表达或活性。

[0035] 本发明的其他特征和优点将根据详细说明以及根据权利要求书变得明显。

[0036] 定义

[0037] 除非另外定义，本文使用的所有技术和科学术语具有本发明所属领域的技术人员通常理解的含义。以下的参考文献为技术人员提供了本发明所用的多个术语的通用定义：
Singleton等人，Dictionary of Microbiology and Molecular Biology[微生物学和分子
生物学词典](第2版1994)；The Cambridge Dictionary of Science and Technology[剑
桥科技词典](Walker编著，1988)；The Glossary of Genetics[遗传学词汇]，第5版，
R.Rieger等人(编著)，斯普林格出版社(Springer Verlag)(1991)；以及Hale和Marham，The Harper Collins Dictionary of Biology[哈珀科林斯生物学词典](1991)。除非另外指
明，否则如本文所用的以下术语具有以下赋予它们的含义。

[0038] “胸腺基质淋巴细胞生成素(TSLP)多肽”意指与NCBI登录号NP_149024.1(参见SEQ ID NO：2)提供的氨基酸序列具有至少约85％或更高的氨基酸同一性且具有TSLP生物活性
的多肽或其片段。示例性TSLP生物活性包括与包含CRLF2和IL-7R α链的TSLP受体结合。

[0039] “胸腺基质淋巴细胞生成素(TSLP)核酸分子”意指编码TSLP多肽的多核苷酸。示例性TSLP核酸分子以NCBI登录号AY037115.1(SEQ ID NO：1)提供。

[0040] “睫状神经营养因子(CNTF)多肽”意指与NCBI登录号NP_000605提供的氨基酸序列具有至少约85％或更高的氨基酸同一性且具有CNTF生物活性的多肽或其片段。示例性CNTF
生物活性包括与CNTF受体结合和神经营养活性。

[0041] “睫状神经营养因子(CNTF)核酸分子”意指编码CNTF多肽的多核苷酸。示例性CNTF核酸分子以NCBI登录号NM_000614提供。

[0042] “睫状神经营养因子受体(CNTFR)多肽”意指与NCBI登录号NP_001193940提供的氨基酸序列具有至少约85％或更高的氨基酸同一性且具有CNTFR生物活性的多肽或其片段。
示例性CNTFR生物活性包括与CNTF结合和神经营养活性。

[0043] “睫状神经营养因子受体(CNTFR)核酸分子”意指编码CNTFR多肽的多核苷酸。示例性CNTFR核酸分子以NCBI登录号NM_001842提供。

[0044] “脑源性神经营养因子(BDNF)多肽”意指与NCBI登录号NP_001137277提供的氨基酸序列具有至少约85％或更高的氨基酸同一性且具有BDNF生物活性的多肽或其片段。示例
性BDNF生物活性包括与NTRK2结合和神经营养活性。

[0045] “脑源性神经营养因子(BDNF)核酸分子”意指编码BDNF多肽的多核苷酸。示例性BDNF核酸分子以NCBI登录号NM_001143805提供。

[0046] “神经生长因子(NGF)多肽”意指与NCBI登录号NP_002497提供的氨基酸序列具有至少约85％或更高的氨基酸同一性且具有NGF生物活性的多肽或其片段。示例性NGF生物活
性包括与NTRK1结合和神经营养活性。

[0047] “神经生长因子(NGF)核酸分子”意指编码NGF多肽的多核苷酸。示例性NGF核酸分子以NCBI登录号NM_002506提供。

[0048] “神经营养因子3(NTF3)多肽”意指与NCBI登录号NP_002518提供的氨基酸序列具有至少约85％或更高的氨基酸同一性且具有NTF3生物活性的多肽或其片段。示例性NTF3生
物活性包括与NTRK3结合和神经营养活性。

[0049] “神经营养因子3(NTF3)核酸分子”意指编码NTF3多肽的多核苷酸。示例性NTF3核酸分子以NCBI登录号NM_002527提供。

[0050] “神经营养因子4(NTF4)多肽”意指与NCBI登录号NP_006170提供的氨基酸序列具有至少约85％或更高的氨基酸同一性且具有NTF4生物活性的多肽或其片段。示例性NTF4生
物活性包括与NTRK2结合和神经营养活性。

[0051] “神经营养因子4(NTF4)核酸分子”意指编码NTF4多肽的多核苷酸。示例性NTF4核酸分子以NCBI登录号NM_006179提供。

[0052] “1型神经营养性酪氨酸激酶受体(NTRK1)多肽”意指与NCBI登录号NP_002520提供的氨基酸序列具有至少约85％或更高的氨基酸同一性且具有NTRK1生物活性的多肽或其片
段。示例性NTRK1生物活性包括与NGF结合和神经营养活性。

[0053] “1型神经营养性酪氨酸激酶受体(NTRK1)核酸分子”意指编码NTRK1多肽的多核苷酸。示例性NTRK1核酸分子以NCBI登录号NM_002529提供。

[0054] “2型神经营养性酪氨酸激酶受体(NTRK2)多肽”意指与NCBI登录号NP_001007098提供的氨基酸序列具有至少约85％或更高的氨基酸同一性且具有NTRK2生物活性的多肽或
其片段。示例性NTRK2生物活性包括与BDNF和/或NTF4结合和神经营养活性。

[0055] “2型神经营养性酪氨酸激酶受体(NTRK2)核酸分子”意指编码NTRK2多肽的多核苷酸。示例性NTRK2核酸分子以NCBI登录号NM_001007097提供。

[0056] “3型神经营养性酪氨酸激酶受体(NTRK3)多肽”意指与NCBI登录号NP_002521提供的氨基酸序列具有至少约85％或更高的氨基酸同一性且具有NTRK3生物活性的多肽或其片
段。示例性NTRK3生物活性包括与NTF3结合和神经营养活性。

[0057] “3型神经营养性酪氨酸激酶受体(NTRK3)核酸分子”意指编码NTRK3多肽的多核苷酸。示例性NTRK3核酸分子以NCBI登录号NM_002530提供。

[0058] “双调蛋白(AREG)多肽”意指与NCBI登录号NP_001648具有至少约85％氨基酸同一性的蛋白或其具有T细胞调节活性的片段。示例性双调蛋白多肽的序列以NCBI登录号NP_
001648提供。

[0059] “双调蛋白(AREG)多核苷酸”意指编码双调蛋白多肽的多核苷酸。

[0060] 如在本披露中使用的术语“抗体”是指免疫球蛋白或其片段或衍生物，并且涵盖包括抗原结合位点的任何多肽，无论它是在体外或在体内产生的。该术语包括但不限于：多克
隆、单克隆、单特异性、多特异性、非特异性、人源化、单链、嵌合、合成、重组、杂交、突变、以及接枝抗体。除非用术语“完整”另行修改，如在“完整抗体”中，出于本披露的目的，术语“抗体”还包括抗体片段例如Fab、F(ab′)2、Fv、scFv、Fd、dAb，和其他保留抗原结合功能(即特异性结合多肽的能力)的抗体片段。典型地，此类片段将包含抗原结合结构域。

[0061] 术语“抗原结合结构域”、“抗原结合片段”和“结合片段”是指抗体分子的包含负责抗体和抗原之间特异性结合的氨基酸的一部分。例如，在抗原很大的情况下，抗原结合结构域可只结合抗原的一部分。抗原分子的负责与抗原结合结构域特异性相互作用的一部分被
称为“表位”或“抗原决定簇”。在特定的实施例中，抗原结合结构域包含抗体轻链可变区
(VL)和抗体重链可变区(VH)，然而，它不一定必须包括两者。例如，所谓的Fd抗体片段仅由VH结构域组成，但是仍然保留完整抗体的一定抗原结合功能。

[0062] 抗体的结合片段通过重组DNA技术或通过完整抗体的酶促或化学裂解来产生。结合片段包括Fab、Fab’、F(ab')2、Fv以及单链抗体。除了“双特异性”或“双功能”抗体以外，抗体应理解为其每个结合位点是相同的。使用酶(木瓜蛋白酶)来消化抗体的结果是两个相同
的抗原结合片段，又称为“Fab”片段和“Fc”片段，它们不具有抗原结合活性，但具有结晶的能力。用酶(胃蛋白酶)来消化抗体的结果是F(ab')2片段，其中该抗体分子的两个臂保持连
接并且包括两个抗原结合位点。F(ab')2片段具有交联抗原的能力。当本文使用时，“Fv”是指抗体的保留了抗原识别和抗原结合位点两者的最小片段。当本文使用时，“Fab”是指抗体的包含轻链的恒定结构域和重链的CHI结构域的片段。

[0063] 术语“mAb”是指单克隆抗体。本发明的抗体包含但不限于全天然抗体、双特异性抗体；嵌合抗体；Fab、Fab’、单链V区片段(scFv)、融合多肽以及非常规抗体。

[0064] 术语“人源化抗体”是指源自非人(例如鼠)免疫球蛋白的抗体，其被工程化成含有最小的非人(例如鼠)序列。典型地，人源化抗体是人免疫球蛋白，其中来自互补决定区
(CDR)的残基被来自非人物种(例如，小鼠、大鼠、兔、或仓鼠)的CDR的残基替代，该来自非人物种的CDR的残基具有感兴趣的特异性、亲和力、和/或能力(Jones等人，1986，Nature[自
然]，321：522-525；Riechmann等人，1988，Nature[自然]，332：323-327；Verhoeyen等人，
1988，Science[科学]，239：1534-1536)。在一些情况下，人免疫球蛋白的Fv构架区(FW)残基被来自非人物种的具有感兴趣的特异性、亲和力和/或能力的抗体中相应残基替代。

[0065] 人源化抗体可以通过在Fv构架区和/或替代的非人残基内的另外的残基的取代来进一步修饰，以改善和优化抗体特异性、亲和力和/或能力。通常，人源化抗体基本上都包含至少一个(并且典型地是两个或三个)可变结构域，该可变结构域含有对应于非人免疫球蛋
白的所有或基本上所有CDR区，而所有或基本上所有FW区是人免疫球蛋白共有序列的那些。
人源化抗体还可以包含免疫球蛋白恒定区或结构域(Fc)的至少一部分，典型地是人免疫球
蛋白的恒定区或结构域。用于产生人源化抗体的方法的实例描述于美国专利号5,225,539
或5,639,641中。

[0066] “检测”是指鉴定待检测的分析物的存在、不存在或数量。在各种实施例中，该分析物是多肽或核酸生物标记。

[0067] “片段”意指多肽或核酸分子的一部分。此部分优选包含参比核酸分子或多肽的全长的至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％。在特定的实施例中，多肽的片段可以包含5、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200或300个氨基酸。

[0068] 在两个或更多个核酸或多肽的上下文中，术语“同一”或百分比“同一性”是指当比较和比对(如有必要，引入缺口)最大对应性(不考虑任何保守氨基酸取代作为序列同一性的一部分)时相同或具有指定百分比的相同的核苷酸或氨基酸残基的两个或更多个序列或
子序列。百分比同一性可以使用序列比较软件或算法或者通过目测测量。本领域中已知有
可用于获得氨基酸或核苷酸序列的比对的不同算法和软件(参见例如Karlin等人，1990，
Proc.Natl.Acad.Sci.[美国国家科学院院刊]，87：2264-2268，如在Karlin等人，1993，
Proc.Natl.Acad.Sci.[美国国家科学院院刊]，90：5873-5877中的改进，并且并入NBLAST和
XBLAST程序(Altschul等人，1991，Nucleic Acids Res.[核酸研究]，25：3389-3402)。在某些实施例中，有缺口的BLAST可以如以下中所述的使用：Altschul等人，1997，Nucleic
Acids Res.[核酸研究]25：3389-3402。BLAST-2、WU-BLAST-2(Altschul等人，1996，Methods in Enzymology[酶学方法]，266：460-480)、ALIGN、ALIGN-2(Genentech[基因泰克公司]，南旧金山，加利福尼亚)或Megalign(DNASTAR)。

[0069] “增加”意指正向改变。例如，增加至少10％、25％、50％、75％、100％、200％、300％、400％、500％、1000％、或更多。

[0070] 术语“分离的”是指基本上不含存在于其天然环境中的其他元素的分子。例如，分离的蛋白质基本上不含来自于细胞或其衍生的组织源的细胞材料或其他蛋白质。术语“分
离的”也指制剂，其中分离的蛋白质是足够纯的而作为药物组合物给予，或是至少70％-
80％(w/w)纯的，更优选地是至少80％-90％(w/w)纯的，甚至更优选地是90％-95％纯的；并
且最优选地是至少95％、96％、97％、98％、99％、或100％(w/w)纯的。

[0071] “降低”意指负向改变。例如，降低10％、25％、50％、75％、或100％。

[0072] “参比”意指用于比较的标准。在一个实施例中，参比水平是获得自未受影响组织的生物样品中的生物标记的水平、表达或活性。

[0073] “参比序列”是一个被用作序列比较的基础的、定义的序列。参比序列可以是一个具体的序列的子集或全部；例如，全长cDNA或基因序列的区段，或完整的cDNA或基因序列。
对于多肽，参比多肽序列的长度一般将是至少约16个氨基酸，优选地至少约20个氨基酸，更
优选地至少约25个氨基酸，并且甚至更优选地约35个氨基酸，约50个氨基酸，或约100个氨
基酸。对于核酸分子，参比核酸序列的长度一般将是至少约50个核苷酸，优选地至少约60个
核苷酸，更优选地至少约75个核苷酸，并且甚至更优选地约100核苷酸或约300个核苷酸或
在那附近或其间的任何整数。

[0074] “特异性结合”意指一种药剂(例如，抗体)识别并结合一种分子(例如，多肽)，但是其基本上不识别并结合样品(如生物样品)中的其他分子。例如，特异性结合的两个分子形成在生理条件下相对稳定的复合物。特异性结合的特征在于区别于非特异性结合的高亲和
力和低等至中等容量，非特异性结合通常具有低亲和力以及中等至高等容量。

[0075] “受试者”意指哺乳动物，包括但不限于人或非人哺乳动物，例如牛、马、犬、羊、猫、或鼠。

[0076] 在本披露中，“包含(comprises、comprising)”、“含有(containing)”和“具有(having)”等可以具有美国专利法赋予它们的含义并且可以意指“包括(includes、
including)”等；“基本上由……组成(consisting essentially of或consists
essentially)”同样具有美国专利法赋予的含义并且该术语是开放性的，允许超出所叙述
的存在，只要所叙述的基本或新颖特征不被超过叙述的存在改变，但是排除现有技术实施
例。

[0077] 本文提供的范围被理解为对该范围内的所有值的简写。例如，1到50的范围应当理解为包括来自下组的任何数字、数字的组合或子范围，该组由以下组成：1、2、3、4、5、6、7、8、
9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、
35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49或50。

[0078] 术语如“治疗(treating)”或“治疗(treatment)”或“治疗(to treat)”或“减轻(alleviating)”或“减轻(alleviate)”是指(1)使得诊断的病理性病状或障碍被治愈、减
缓、减轻症状、和/或停止进展的治疗措施以及(2)防止和/或减缓所靶向的病理学病状或病
症的发展的预防性或防止性措施。因此，需要治疗的那些包括已具有障碍的那些；倾向于具
有障碍的那些；以及在他们中需要预防障碍的那些。在某些实施例中，如果患者显示例如全
部、部分或者瞬时减轻或消除与疾病或障碍相关的症状，那么该受试者根据本文提供的方
法被成功地“治疗”了炎症或自身免疫性疾病或障碍。

[0079] 如在本说明书和随附权利要求书中所使用，除非上下文另外明确说明，否则单数形式“一个/种(a/an)”和“该/所述(the)”包括复数参考对象。术语“一个”(或“一种”)、连同术语“一个或多个/一种或多种”和“至少一个/一种”在文中可以互换地使用。

[0080] 此外，当在文中使用时“和/或”被理解为这两个指定的特征或组分中每一者与或不与另一者一起被具体公开。因此，如文中短语如“A和/或B”中使用的术语“和/或”旨在包括“A和B”、“A或B”、“A”(单独)、以及“B”(单独)。同样，如在短语如“A、B和/或C”中使用的术语“和/或”旨在涵盖以下实施例中的每一者：A、B、和C；A、B或C；A或C；A或B；B或C；A和C；A和B；B和C；A(单独)；B(单独)；和C(单独)。

[0081] 除非明确声明或从上下文显而易见，否则如本文所用的术语“约(about)”被理解为在本领域的正常公差范围内，例如，在平均数的2个标准偏差之内。约可以被理解为在声
明值的10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.5％、0.1％、0.05％、或0.01％之内。除非从上下文显而易见，本文提供的所有数值被该术语约修饰。

[0082] 在本文中在变量的任何定义中对化学基团清单的引用包括将所述变量定义为任何单个基团或所列基团的组合。在本文中对变量或方面的实施例的详述包括作为任何单个
实施例或与任何其他实施例或其部分组合的实施例。

[0083] 可以将本文提供的任何组合物或方法与本文提供的任何其他组合物和方法中的一种或多种进行组合。
附图说明

[0084] 图1包括两个图，描绘了施用特折鲁单抗的特应性皮炎患者在基线时、第29天(D29)和第85天(D85)血清中CNTF和CNTFR的蛋白质组表达。在第1天施用特折鲁单抗(具有
30天的半衰期)。在基线时，相对于非响应患者，有响应的患者血清中的CNTF和CNTFR水平增
加。用圆圈描绘对特折鲁单抗治疗有响应的患者。用正方形描绘非响应者。图描绘了通过微
阵列分析获得的荧光数据的定量。

[0085] 图2是描绘施用特折鲁单抗的特应性皮炎患者在基线时、第29天(D29)和第85天(D85)血清中BDNF、NGF、NTF3、和NTF4的蛋白质组表达的图。显著地，在第29天，在对特折鲁单抗疗法有响应的患者血清中观察到BDNF水平的50％降低。血清中NTF3和NTF4的水平无变
化。

[0086] 图3是描绘施用特折鲁单抗的特应性皮炎患者在基线时、第29天(D29)和第85天(D85)血清中NTRK1、NTRK2、和NTRK3的蛋白质组表达的图。血清中NTRK1、NTRK2和NTRK3水平无显著变化。

[0087] 图4是描绘第1天施用特折鲁单抗或安慰剂的特应性皮炎患者的损伤性(LS)和非损伤性(NL)皮肤活检中BDNF、NTF3和NTF4的基因组表达的图。在第1天和第29天获得活检。
在基线时，相对于存在于非响应的患者中基线时的水平，随后发现响应于特折鲁单抗疗法
的患者的损伤性皮肤活检中，BDNF和NTF3的水平增加。这一发现表明，皮肤活检中BDNF和
NTF水平的增加可以被用来作为标记，以鉴别患者可能响应于特折鲁单抗疗法。BDNF与嗜酸
性粒细胞存活有关。第29天，有响应患者皮肤损伤中BDNF水平降低。

[0088] 图5是描绘第1天施用特折鲁单抗或安慰剂的特应性皮炎患者的损伤性和非损伤性皮肤活检中NTRK2的基因组表达的图。相对于存在于非响应的患者中基线时的水平，在响
应于特折鲁单抗的患者中，NTRK2基因组表达的基线水平增加。这些发现表明，损伤性皮肤
活检中NTRK2的基因组表达水平的增加可以用来作为标记，以鉴别患者可能响应于特折鲁
单抗疗法。

[0089] 图6是描绘第1天施用特折鲁单抗或安慰剂的特应性皮炎患者的损伤性和非损伤性皮肤活检中NTRK3的基因组表达的图。相对于存在于非响应的患者中基线时的水平，发现
响应于特折鲁单抗的受试者中，NTRK3的基线水平更高。这表明，相对于用安慰剂治疗的患
者的损伤性皮肤活检中的水平，NTRK3水平的增加可以被用来作为标记，以鉴别患者可能响
应于特折鲁单抗疗法。

[0090] 图7是描绘特应性皮炎患者血清中TSLP和BDNF、TSLP和NTF3、TSLP和NTF4/5、TSLP和AREG的蛋白质水平之间的相关性的图。

[0091] 图8是描绘特应性皮炎患者血清中TSLP和TrkA、TSLP和TrkB、TSLP和TrkC、以及TSLP和TSLPR/CRLF2的蛋白质水平之间的相关性的图。

[0092] 图9是示出在损伤性和非损伤性皮肤活检中双调蛋白的基因组表达的图。在基线时，从最终响应于特折鲁单抗疗法的患者获得的损伤性皮肤活检中，双调蛋白(探针
215564)的基因组表达增加。用特折鲁单抗治疗后，皮肤损伤中的双调蛋白水平降低。

[0093] 图10是示出双调蛋白在基线的水平能够分离出那些将响应于特折鲁单抗治疗的患者的图。

[0094] 图11是示意图，表明皮肤损伤中TSLP和其他炎症介质的基因组表达增加且可用于鉴别响应于特折鲁单抗治疗的患者；该图还示出，在可能响应于特折鲁单抗的患者血清中
观察到TSLP和其他炎症介质的水平增加。

[0095] 图12是展示用TSLP刺激24小时后，在嗜酸性粒细胞和嗜碱性粒细胞中AREG、BDNF、NGF、NTRK1/TrkA和TSLPR/CRLF2基因表达的直接诱导的表。

具体实施方式

[0096] 本发明总体特征是通过检测存在于患者样品中的多肽和多核苷酸标记的水平的改变，用于表征特应性皮炎响应于抗胸腺基质淋巴细胞生成素(TSLP)疗法的组合物和方
法，以及相关的治疗方法。

[0097] 本发明至少部分基于以下发现：通过表征获得自患者的皮肤和血清样品中的多肽和多核苷酸生物标记(例如，双调蛋白(AREG)、脑源性神经营养因子(BDNF)、睫状神经营养
因子(CNTF)、睫状神经营养因子受体(CNTFR)、神经营养因子3(NTF3)、神经营养因子4
(NTF4)、神经生长因子(NGF)、1型神经营养性酪氨酸激酶受体(NTRK1)、2型神经营养性酪氨
酸激酶受体(NTRK2)、和3型神经营养性酪氨酸激酶受体(NTRK3))的水平，可以鉴别响应于
特折鲁单抗的患者。BDNF和双调蛋白通常与TLSP水平相关，并且可以代替TLSP的测量进行
测量。

[0098] 在一个方面，本发明中的生物标记用于诊断用途，以帮助鉴别那些将受益于TSLP拮抗(例如，抗TSLP抗体)的个体。调节TH2应答的细胞因子包括，例如IL-33、IL-25和/或
TSLP，它们驱动IL-13和IL-4介导的免疫应答。然而，这些细胞因子以少量存在且难以检测
并且以当前的方法测量细胞因子昂贵且不现实。如本文所述，已经发现神经营养因子多肽
和多核苷酸(例如BDNF、双调蛋白、NTRK3)的表达水平与细胞因子水平相关。因此，可溶性神经营养因子具有作为代表，用于检测一种或多种细胞因子(TSLP、IL-33、IL-25等)的水平的
潜力。开始适当的疗法之前，基于诊断测定的结果(例如，即时护理免疫测定或基因组表达
测定)，允许进行特应性皮炎疗法的个性化方法。

[0099] 因此，本发明提供了用于表征患有该疾病的患者中的特应性皮炎的方法，包括患者的特应性皮炎对用于该疾病的可用治疗的响应性，以及选择用于特应性皮炎的适当治疗
的方法。

[0100] 特应性皮炎

[0101] 特应性皮炎是最常见的慢性炎性皮肤疾病，影响多达25％的儿童和10％的成人。由于剧烈瘙痒和抓挠、失眠和/或抑郁和焦虑的恶性循环，显著损害了特应性皮炎患者的生
活质量。特应性皮炎被认为是由遗传和环境因素的复杂相互作用引起的。特应性皮炎损伤
性皮肤的特征在于保护屏障受损、先天免疫应答不足、以及主要由Th2介导的炎症。在特应
性皮炎皮肤和循环中观察到Th2轴的增加。在非损伤性和损伤性特应性皮炎皮肤中检测到
IL-4和IL-13的表达，并在特应性皮炎中检测到IL-4和IL-13T细胞的增加。另外，特应性皮
炎患者对细菌、病毒和真菌感染的敏感性增加，例如，＞90％的特应性皮炎患者具有金黄色
葡萄球菌的定植。大约80％的特应性皮炎患者血清IgE水平升高(＞200kU/L)，且过敏原特
异性响应增加。

[0102] 靶向不同炎症途径的生物制剂的多种有效性突出了特应性皮炎的异质性和复杂性。不被理论所束缚，不同的特应性皮炎患者对疗法的响应可能是由于细胞因子水平的差
异。因此，靶向适当的细胞因子具有提供有效治疗的潜力。目前可用的或处于开发中的用于
特应性皮炎的治疗包括抗IL-5、抗IL-23、抗IL-22、抗OX40、抗IL-4Rα、抗IL-13、抗TSLP和抗IL-33。本发明提供了生物标记多肽(如BDNF和调节蛋白)的测量，其可以作为细胞因子(例
如更难测量的TSLP)的代表。

[0103] 生物标记

[0104] 在具体的实施例中，生物标记是有机生物分子，与采集自一种表型状态(例如，没有疾病)的受试者样品的存在相比，其在采集自另一种表型状态(例如，有疾病)的受试者样
品中的存在是不同的。如果计算出生物标记在不同组中的平均或中值表达水平有统计学显
著性，那么生物标记在不同表型状态之间的存在是不同的。统计学显著性的常见检验包括，
尤其是t检验、ANOVA、克鲁斯卡尔-瓦利斯检验、威尔克森检验、曼-惠特尼检验和优势比检
验。生物标记，单独或组合，提供了受试者属于一种或另一种表型状态的相对风险的测量。
因此，它们作为用于表征疾病的标记是有用的。

[0105] 在一个方面中，本发明提供了一组生物标记，它们差异地存在于响应于抗TSLP疗法的特应性皮炎受试者的组织(例如，血液、血浆、血清、皮肤样品)中。因此，一组生物标记包括以下两种或更多种：睫状神经营养因子(CNTF)、睫状神经营养因子受体(CNTFR)、神经
营养因子3(NTF3)、神经营养因子4(NTF4)、神经生长因子(NGF)、1型神经营养性酪氨酸激酶
受体(NTRK1)、3型神经营养性酪氨酸激酶受体(NTRK3)、脑源性神经营养因子(BDNF)、2型神
经营养性酪氨酸激酶受体(NTRK2)；和双调蛋白(AREG)。在特定的实施例中，该组包括CNTF
和BDNF。在另一个实施例中，组包括BDNF和双调蛋白。在另一个实施例中，组包括BDNF、
NTRK3、双调蛋白、TSLPR/CRLF2、CNTF、NTF3、NTF4或其组合。在另一个方面，本发明提供了一组捕获试剂，其特异性地结合生物标记，该生物标记差异的存在于响应于抗TSLP疗法的特
应性皮炎受试者中。

[0106] 本发明提供包含分离的生物标记的组。生物标记物可以从生物流体(如血液或血清)，或其他生物样品(如皮肤活检)中分离。它们可以通过本领域已知的任何方法分离，包
括使用特异地结合生物标记的捕获试剂或探针。在某些实施例中，使用标记的质量和/或结
合特征来完成分离。例如，包含生物分子的样品可以进行色谱分离并通过例如丙烯酰胺凝
胶电泳进行进一步分离。生物标记的鉴定知识还允许通过免疫亲和层析分离它们。“分离的
生物标记”意指以重量计至少60％不含与标记天然关联的蛋白质和天然存在的有机分子。
优选地，该制剂是以重量计至少75％、更优选80％、85％、90％或95％纯的，或至少99％纯的标记。

[0107] 本发明的生物标记可以通过任何适合的方法检测。本文描述的方法可单独或组合用于生物标记的更精确地检测(例如，生物芯片与质谱组合、免疫测定与质谱组合，等)。本
发明的生物标记可在受试者的生物样品(例如，组织、流体)中检测，包括但不限于血液、血
清或组织样品(例如，皮肤活检)、从患者样品中分离的细胞等。

[0108] 本发明可采用的检测范式包括但不限于光学方法、电化学方法(伏安法和安培法技术)、原子力显微镜和射频方法，例如多极共振光谱法。除显微镜(共焦和非共焦)外，示例性的光学方法(例如，表面等离子体共振、椭圆光度法、共振镜法、光栅耦合器波导法或干涉法)也是对荧光、发光、化学发光、吸光度、反射比、透射比和双折射率或折射率的检测。

[0109] 下文描述这些方法和另外的方法。

[0110] 通过免疫测定检测

[0111] 在具体的实施例中，本发明的生物标记通过免疫测定测量。免疫测定通常利用抗体(或其他特异性结合标记的药剂)来检测样品中生物标记的存在或水平。抗体可以通过本
领域众所周知的方法产生，例如，通过用生物标记免疫动物。生物标记可以基于其结合特征
从样品中分离出来。可替代地，如果已知多肽生物标记的氨基酸序列，那么可通过本领域已
知的方法合成该多肽并用于产生抗体。

[0112] 本发明考虑了传统的免疫测定，包括例如，蛋白质印迹分析、夹心免疫测定(包括ELISA和其他酶免疫测定)、基于荧光的免疫测定、化学发光。比浊法是在液相中进行的测
定，其中抗体是在溶液中。抗原与抗体结合会导致吸光度的变化，测量吸光度变化。其他形
式的免疫测定包括磁免疫测定、放射免疫测定和实时免疫定量PCR(iqPCR)。

[0113] 免疫测定可在固相基质(如芯片、珠子、微流体平台、膜)上进行，或在支持抗体与标记结合的任何其他形式上进行并随后检测。一次可以检测到单个标记，或者可以使用多
重模式。多重免疫测定可以涉及平面微阵列(蛋白质芯片)和基于珠的微阵列(悬浮阵列)。

[0114] 在基于SELDI的免疫测定中，用于生物标记的生物特异性捕获试剂被附接至MS探针的表面，例如预激活的蛋白质芯片阵列。然后通过该试剂在生物芯片上特异性地捕获生
物标记，并通过质谱检测捕获的生物标记。

[0115] 生物芯片检测

[0116] 在本发明的方面中，通过生物芯片(也称为微阵列)分析样品。本发明的多肽和核酸分子作为生物芯片中的杂交阵列元件是有用的。生物芯片通常包含固相基质，并且具有
通常为平面的表面，其上附着有捕获试剂(也称为吸附剂或亲和试剂)。通常，生物芯片的表
面包含多个可寻址位置，每个可寻址位置都具有与其结合的捕获试剂。

[0117] 阵列元件以有序的方式组织，使得每个元件都存在于基质上的特定位置。有用的基质材料包括膜(由纸、尼龙或其他材料构成)、滤片、芯片、载玻片和其他固体支持物。阵列元件的有序排列允许杂交模式且强度应解释为特定基因或蛋白质的表达水平。制备核酸微
阵列的方法是本领域技术人员已知的，并且例如在美国专利号5,837,832，Lockhart等人
(Nat.Biotech.[自然生物技术]14：1675-1680，1996)，和Schena等人
(Proc.Natl.Acad.Sci.[美国国家科学院院刊]93：10614-10619，1996)中描述，所述文献通
过引用并入本文。例如，通过Ge(Nucleic Acids Res.[核酸研究]28：e3.i-e3.vii，2000)，MacBeath等人(Science[科学]289：1760-1763，2000)，Zhu等人(Nature Genet.[自然遗传
学]26：283-289)，和在美国专利号6,436,665中描述的制备多肽微阵列的方法，上述文献通
过引用并入本文。

[0118] 蛋白质生物芯片检测

[0119] 在本发明的方面中，通过蛋白质生物芯片(也称为蛋白质微阵列)分析样品。此类生物芯片用于高通量低成本筛选，以鉴定本发明的多肽或其片段的表达或翻译后修饰的改
变。在实施例中，本发明的蛋白质生物芯片结合至存在于受试样品中的生物标记并检测生
物标记水平的改变。通常，蛋白质生物芯片的特征是与固体支持物结合的蛋白质或其片段。
适合的固体支持物包括膜(例如，由硝化纤维素、纸或其他材料构成的膜)、基于聚合物的膜
(例如，聚苯乙烯)、珠或载玻片。对于某些应用，蛋白质(例如，结合本发明标记的抗体)使用本领域技术人员已知的任何方便方法(例如，通过手或通过喷墨打印机)点在基质上。

[0120] 在实施例中，所述蛋白质生物芯片与可检测探针杂交。此类探针可以是多肽、核酸分子、抗体或小分子。对于某些应用，多肽和核酸分子探针源自于从患者身上采集的生物样
品，例如体液(例如血液、血清、血浆、唾液、尿液、腹水、囊液等)；均质化的组织样品(例如，通过活检获得的组织样品)；或者从患者样品中分离的细胞。探针还可以包括抗体、候选肽、核酸或源自肽、核酸或化学库的小分子化合物。优化杂交条件(如温度、pH、蛋白质浓度和离子强度)以促进特定的相互作用。此类条件是本领域技术人员已知的，并且例如在Harlow，
E.和Lane，D.，Using Antibodies：A Laboratory Manual.[使用抗体：实验室手册]1998，纽约(New York)：冷泉港实验室(Cold Spring Harbor Laboratories)中描述的。移除非特异
性探针后，通过荧光、酶活性(例如酶联量热测定)、直接免疫测定、辐射测定或本领域技术
人员已知的任何其他适合的检测方法来检测特异性结合的探针。

[0121] 本领域描述了许多蛋白质生物芯片。这些包括，例如，由赛弗吉生物系统有限公司(Ciphergen Biosystems，Inc.)(弗里蒙特，加利福尼亚州)、Zyomyx(海沃德，加利福尼亚
州)、帕卡德生物科学公司(Packard BioScience Company)(梅里登，康涅狄格州)、Phylos
(列克星敦市，马萨诸塞州)、英杰公司(卡尔斯巴德，加利福尼亚州)、Biacore(乌普萨拉，瑞典)和Procognia(伯克郡，英国)产生的蛋白质生物芯片。此类蛋白质生物芯片的实例在以
下专利或公开的专利申请中描述：美国专利号6,225,047；6,537,749；6,329,209；和5,242,
828；PCT国际公开号WO 00/56934；WO 03/048768：和WO 99/51773。

[0122] 核酸生物芯片检测

[0123] 在本发明的方面中，通过核酸生物芯片(也称为核酸微阵列)分析样品。为了产生核酸生物芯片，可以使用化学偶联程序和喷墨应用设备合成寡核苷酸或将寡核苷酸结合至
基质表面，如PCT申请W0 95/251116(Baldeschweiler等人)中描述的。可替代地，网格阵列
可以用于使用真空系统、热、UV、机械或化学结合程序，将cDNA片段或寡核苷酸排列并连接
到基质表面。

[0124] 源自生物样品的核酸分子(例如RNA或DNA)可以用于产生如本文所述的杂交探针。生物样品通常源自患者，例如作为体液(例如血液、血清、血浆、唾液、尿液、腹水、囊液等)；
均质化的组织样品(例如，通过活检获得的组织样品)；或者从患者样品中分离的细胞。对于
某些应用，可以使用培养细胞或其他组织制剂。根据标准方法分离mRNA，且产生cDNA并用作
模板，以制备适合杂交的互补RNA。此类方法是本领域中众所周知的。RNA在荧光核苷酸存在
下被扩增，然后标记的探针与微阵列孵育，以允许探针序列与结合至生物芯片上的互补寡
核苷酸杂交。

[0125] 调节孵育条件，使杂交以精确互补匹配或以不同程度的较低互补性(取决于所采用的严格程度)发生。例如，严格的盐浓度通常将是小于大约750mM的NaCl和75mM的柠檬酸
三钠、小于大约500mM的NaCl和50mM的柠檬酸三钠、或是小于大约250mM的NaCl和25mM的柠
檬酸三钠。在有机溶剂(例如，甲酰胺)不存在下可以获得低严格杂交，而在至少大约35％的
甲酰胺、并且最优选地是至少大约50％的甲酰胺存在下可以获得高严格杂交。严格的温度
条件将通常包括至少大约30℃、至少大约37℃、或至少大约42℃的温度。不同的另外的参
数，如杂交时间、清洁剂(例如，十二烷基硫酸钠(SDS))浓度、以及载体DNA的包含或排除，是本领域的普通技术人员熟知的。根据需要通过组合这些不同的条件实现不同的严格水平。
在优选的实施例中，杂交将会在30℃、在750mM的NaCl、75mM的柠檬酸三钠、以及1％的SDS中发生。在实施例中，杂交将会在37℃、在500mM的NaCl、50mM的柠檬酸三钠、1％的SDS、35％的甲酰胺、以及100μg/ml的变性的鲑精DNA(ssDNA)中发生。在其他实施例中，杂交将会在42
℃、在250mM的NaCl、25mM的柠檬酸三钠、1％的SDS、50％的甲酰胺、以及200μg/ml的ssDNA中发生。这些条件的有用的变化对于本领域的普通技术人员将是显而易见的。

[0126] 例如，可以通过洗涤来完成非杂交探针的去除。杂交之后的洗涤步骤也可以在严格度方面不同。通过盐浓度和温度可以定义洗涤严格条件。如上所述，通过降低盐浓度或增
加温度可以增加洗涤严格度。例如，用于洗涤步骤的严格盐浓度将为优选地小于大约30mM
的NaCl和3mM的柠檬酸三钠、并且最优选地是小于大约15mM的NaCl和1.5mM的柠檬酸三钠。
用于洗涤步骤的严格的温度条件将通常包括至少大约25℃、至少大约42℃、或至少大约68
℃的温度。在实施例中，洗涤步骤将会在25℃、在30mM的NaCl、3mM的柠檬酸三钠、以及0.1％的SDS中发生。在更优选的实施例中，洗涤步骤将会在42C、在15mM的NaCl、1.5mM的柠檬酸三钠、以及0.1％的SDS中发生。在其他实施例中，洗涤步骤将会在68C、在15mM的NaCl、1.5mM的柠檬酸三钠、以及0.1％的SDS中发生。这些条件的另外的变化对于本领域的普通技术人员
将是显而易见的。

[0127] 用于测量所有不同核酸序列的杂交的缺失、存在和数量的检测系统在本领域中是众所周知的。例如，描述于Heller等人，Proc.Natl.Acad.Sci.[美国国家科学院院刊]94：
2150-2155，1997中的同时检测。在实施例中，扫描仪用于确定荧光的水平和模式。

[0128] 诊断方法

[0129] 本发明提供了将特应性皮炎患者分层的方法，以用抗TLSP疗法(例如，特折鲁单抗)、抗IL-33疗法、抗ST2疗法(IL-33受体)治疗和/或预测，和/或确定患有特应性皮炎(AD)
的患者对抗TSLP疗法的响应。如本文所述，已经发现在生物标记睫状神经营养因子(CNTF)、
睫状神经营养因子受体(CNTFR)、神经营养因子3(NTF3)、神经营养因子4(NTF4)、神经生长
因子(NGF)、1型神经营养性酪氨酸激酶受体(NTRK1)、2型神经营养性酪氨酸激酶受体
(NTRK2)、3型神经营养性酪氨酸激酶受体(NTRK3)、双调蛋白、和/或脑源性神经营养因子
(BDNF)中的一种或多种的改变的水平、表达或活性指示具有AD的受试者中的TSLP介导的特
应性皮炎(AD)。此类诊断方法对于确定抗TSLP疗法的响应性和提供受试者治疗信息是有用
的。

[0130] 治疗方法

[0131] 本发明提供通过施用降低TSLP水平、表达或生物活性的药剂来治疗特应性皮炎或其症状的方法。将抑制TSLP生物活性或表达的药剂以药物组合物提供给患有特应性皮炎的
受试者，其中该药物组合物包含有效量的药剂和适合的赋形剂。在一个实施例中，所述药剂
是降低受试者中TSLP多肽的水平、表达或活性的抗TSLP抗体。抗TSLP抗体在本领域中是已
知的，并且包括特折鲁单抗。虽然特应性皮炎的治疗方法取决于AD的表征，但抗TSLP疗法将
用于被鉴定为对此类治疗有响应的患者。如本文所用的，与“治疗方法”有关的披露同样适
用于使用化合物制造用于治疗疾病的药物，以及用于治疗疾病的化合物。

[0132] 抗TSLP抗体

[0133] 通过表征受试者中本发明的一种或多种生物标记的水平、表达或活性来鉴定对抗TSLP抗体治疗有响应的特应性皮炎受试者。一旦选择治疗，这样的受试者可施用本领域已
知的几乎任何抗TSLP抗体。适合的抗TSLP抗体包括，例如，已知的抗TSLP抗体、可商购的抗
TSLP抗体、抗TSLPR抗体、或使用本领域熟知的方法开发的抗TSLP抗体。示例性抗TSLP抗体
是特折鲁单抗(参见美国专利号7,982,016；8,163,284；9,284,372)。

[0134] 本发明使用的抗体包括免疫球蛋白、单克隆抗体(包括全长单克隆抗体)、多克隆抗体、由至少两个不同表位结合片段形成的多特异抗体(例如，双特异抗体)、人抗体、人源
化抗体、骆驼化抗体、嵌合抗体、单链Fvs(scFv)、单链抗体、单域抗体、域抗体、Fab片段、F(ab')2片段、展现出所希望的生物活性的抗体片段(例如，抗原结合部分)、二硫键结合的
Fvs(dsFv)，以及抗独特型(抗Id)抗体(包括(例如)针对本文披露的抗体的抗Id抗体)、细胞
内抗体、以及任何以上的表位结合片段。具体而言，抗体包括免疫球蛋白分子和免疫球蛋白
分子的免疫活性片段，例如含有至少一个抗原结合位点的分子。

[0135] 抗TSLP抗体包含单克隆的人的、人源化的或嵌合的抗TSLP抗体。在本发明的组合物和方法中使用的抗TSLP抗体可以是裸抗体、免疫偶联物或融合蛋白。在某些实施例中，抗
TSLP抗体可以是具有IgG同种型，特别是IgG1、IgG2、IgG3或IgG4人同种型或在人群体中发
现的任何IgG1、IgG2、IgG3或IgG4等位基因的人、人源化或嵌合抗体。人IgG类抗体具有多种有益的功能特征，例如在血清中的长半衰期和介导不同的效应子功能的能力(Monoclonal
Antibodies：Principles and Applications[单克隆抗体：原理与应用]，威利-利斯公司
(Wiley-Liss，Inc.)，第1章(1995))。人IgG类抗体被进一步分成以下4个亚类：IgG1、IgG2、IgG3和IgG4。该IgG1亚类在人类中具有高的ADCC活性和CDC活性(Chemical Immunology[化
学免疫学]，65，88(1997))。在其他实施例中，抗TSLP抗体是已知的抗TSLP抗体的同种型转
换变体。

[0136] 药剂盒

[0137] 本发明提供了用于治疗特应性皮炎(AD)的药剂盒。在一个实施例中，本发明提供用于表征患有特应性皮炎的受试者对抗TSLP疗法的响应性的药剂盒。本发明的诊断药剂盒
提供了用于测量本发明的多肽或核酸分子生物标记的表达、水平或活性的试剂(例如，用于
和管家参考基因的引物/探针)。如果需要，该药剂盒进一步包含用于测量本发明生物标记
的水平、表达或活性的说明书和/或用于对患有AD的受试者施用抗TSLP疗法的说明书。

[0138] 在另一实施例中，该药剂盒还可包括降低TSLP多核苷酸或多肽的水平、表达或活性的药剂，例如抗TSLP抗体(例如特折鲁单抗)。在一些实施例中，该药剂盒包括包含治疗或
预防组合物的无菌容器；此类容器可以是盒子、安瓿、瓶子、小瓶、管、袋、小袋、泡罩包装或本领域已知的其他适合的容器形式。此类容器可由塑料、玻璃、层压纸、金属箔、或适于容纳药物的其他材料制成。如果需要的话，将药剂与用于向患有特应性皮炎的受试者施用的药
剂的说明书一起提供。

[0139] 在具体实施例中，这些说明书包括以下各项中的至少一个：对该治疗剂的描述；用于治疗特应性皮炎或其症状的剂量时间表和施用；预防措施；警告；适应症；禁忌症；超剂量信息；不良反应；动物药理学；临床研究；和/或参考文献。这些说明书可以直接打印在容器(当存在时)上，或作为标签应用于容器，或作为单独的页、小册子、卡片、或在容器中提供或是与容器一起提供的文件夹。

[0140] 除非另外指示，本发明的实施采用很好地处在熟练的技术人员的见识范围之内的分子生物学(包括重组技术)、微生物学、细胞生物学、生物化学和免疫学的常规技术。此类
技术在文献中被充分解释，如，“Molecular Cloning：A Laboratory Manual[分子克隆：实验室手册]”，第二版(Sambrook，1989)；“Oligonucleotide Synthesis[寡核苷酸合成]”
(Gait，1984)；“Animal Cell Culture[动物细胞培养]”(Freshney，1987)；“Methods in Enzymology[酶学方法]”、“Handbook of Experimental Immunology[实验免疫学手册]”
(Weir，1996)；“Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells[用于哺乳动物细胞的基因
转移载体]”(Miller and Calos，1987)；“Current Protocols in Molecular Biology[[分子生物学现代方法]]”(Ausubel，1987)；“PCR：The Polymerase Chain Reaction[PCR：聚合酶链式反应]”，(Mullis，1994)；“Current Protocols in Immunology[免疫学现代方法]”(Coligan，1991)。这些技术适用于本发明的多核苷酸和多肽的生产，并且因此，可以被考虑用于制备和实施本发明。对具体实施例特别有用的技术将在以下的部分进行讨论。

[0141] 给出以下的实例是为了给本领域普通技术人员提供如何准备和使用测定、筛选和本发明的治疗性方法的一个完整的披露内容和说明，而不是旨在限定诸位发明人认为是自
己的发明的范围。

[0142] 实例

[0143] 实例1：特应性皮炎患者响应于特折鲁单抗的新颖生物标记的鉴定。

[0144] 在一项小规模试验中，使用湿疹面积严重程度指数(EASI)对入选受试者的皮肤病严重程度进行评估。观察到用特折鲁单抗治疗的患者有改善。用安慰剂或特折鲁单抗治疗
后，如果在研究中的2个或更多时间点EASI得分(与基线相比)下降50％，则受试者被归类为
响应者。在第1天、第29天和第85天采集患有中至重度特应性皮炎的12例患者的血清样品。
在基线时用特折鲁单抗(700mg；n＝9)或安慰剂(n＝3)治疗(i.v.)受试者。收集外周血用于
蛋白质组学分析。用安慰剂或特折鲁单抗(700mg)治疗前后，从损伤性和非损伤性皮肤活检
中获得RNA。

[0145] 在试验期间的2个或更多时间点，四名接受特折鲁单抗的患者达到了EASI50(皮肤疾病改善50％)。对用AMG 157治疗的患者的血清学样品进行分析，以确定响应者和非响应
者的神经营养因子水平是否存在差异，这些差异可以作为生物标记来指示对特折鲁单抗疗
法的响应性。

[0146] 所有受试者的血清均使用先前描述的SOMAscan蛋白质组测定进行评估(Gold等人，2010，PLOS One[公共科学图书馆：综合]5(12)：e15004；Rohloff等人，2014，Molecular Therapy-Nucleic Acids[分子疗法-核酸]3：e201)。简言之，在这些研究中使用的SOMAscan
蛋白质组测定的版本使用靶向每种蛋白质的经修饰的适配体测量了1，129种蛋白质。将血
清中的蛋白质浓度转化为DNA适配体浓度的相应标签，然后在DNA微阵列上进行定量。以相
对荧光单位(RFU)报告SOMAscan数据。为了降低异方差性，在统计分析之前对RFU数据进行
log2转化。

[0147] 在“响应者”中，特折鲁单抗治疗与血清CNTF和CNTFR基线升高相关。(图1)。因此，CNTF和CNTFR在响应者和非响应者中被鉴定为差异表达。脑源性神经营养因子(BDNF)、神经生长因子(NGF)、NTF3和NTF4的蛋白质组表达水平也进行了表征(图2)。与非响应者相比，响
应于特折鲁单抗的受试者显示了血清中BDNF水平降低。到第29天，有响应患者血清中BDNF
的水平显著降低。鉴于BDNF和TSLP的水平与嗜酸性粒细胞存活水平相关，这一点特别引人
关注。因此，随着BDNF水平的降低，预期嗜酸性粒细胞的存活率降低。1型神经营养性酪氨酸激酶受体(NTRK1)、2型神经营养性酪氨酸激酶受体(NTRK2)、3型神经营养性酪氨酸激酶受
体(NTRK3)在血清中的蛋白质组表达也进行了表征(图3。未观察到显著变化。

[0148] 实例2：特应性皮炎患者响应于特折鲁单抗的核酸生物标记的鉴定。

[0149] 还检查了在损伤性和非损伤性皮肤活检中的另外的神经生长素标记的基因组表达。针对神经营养因子水平分析来自特应性皮炎组的损伤性和非损伤性皮肤样品。在第1天
和第29天，收集特应性皮炎患者的损伤性和非损伤性皮肤进行皮肤活检。将皮肤活检(6mm)
纵向切开，一半放置于液氮中。然后将冰冻活检维持在70℃下或干冰中。从液氮中冷冻的样
品中分离RNA。将信使RNA使用Nugen Ovation cDNA标记试剂盒和昂飞(Affymetrix)HT_HG-
U133_Plus_PM微阵列进行分析。

[0150] 在损伤性和非损伤性皮肤活检中，分析了用于基因表达的另外的神经生长素标记，包括：双调蛋白、CNTF、CNTFR、BDNF、NTF3、NTF4、NGF、NTRK1、NTRK2、和NTRK3。在特征为响应于抗TLSP疗法的患者的损伤性皮肤和非损伤性皮肤样品中，BDNF在基线时的基因组表达
水平相对于非响应者中存在的水平均升高(图4)。在抗TLSP疗法响应者对非响应者中，基线
时皮肤中的NTF3基因组表达水平也增加(图4)。

[0151] 相对于非响应者中存在的基因组表达水平，随后发现响应于抗TLSP疗法的受试者的损伤性皮肤中基线时的NTRK2基因组表达水平升高(图5)。相对于获得自非响应者的相应
样品中存在的水平，随后发现响应于抗TLSP疗法的受试者的损伤性和非损伤性皮肤中基线
时的NTRK3基因组表达水平也升高(图6)。

[0152] 相对于获得自非响应者的相应样品中存在的基因组表达水平，随后发现响应于抗TLSP疗法的受试者的损伤性和非损伤性皮肤样品中基线时的双调蛋白基因组表达水平升
高(图9)。有趣的是，相对于获得自非响应者的相应样品中存在的水平，获得自随后发现响
应于抗TLSP疗法的受试者的血清样品中基线时的双调蛋白的蛋白质组表达降低(图10)。

[0153] 实例3：选择的生物标记表达在中至重度特应性皮炎中的相关性。

[0154] 血清学样品收集自健康对照(该对照无皮肤疾病历史)和中至重度特应性皮炎受试者。受试者通过TR Bio(20例健康对照；41例特应性皮炎)的方案和与西奈山医学院Emma
Guttman-Yassky博士的合作(20例健康对照；35例特应性皮炎)招募。

[0155] 所有受试者的血清均使用上述实例2中描述的先前描述的SOMAscan蛋白质组学测定进行评估。从同一受试者中选择的生物标记与TSLP测量值进行相关性评估(表1；图7和
8)。在TSLP和BDNF的蛋白水平(图7)之间以及TSLP和双调蛋白的蛋白水平之间观察到统计
学上的显著相关性。还观察到TSLP与TSLP受体CRLF2的蛋白水平之间的相关性(图8)。

[0156] 表1.TSLP和选择的生物标记之间的相关性

[0157] 蛋白质 R值 P值BDNF 0.2651 0.0207
NTF3 0.2056 0.0747
NTF4 0.1988 0.0852
CNTF n/a n/a
CNTFRa -0.4317 ＜0.0001
AREG 0.4252 0.0001
TrkA -0.2800 0.0143
TrkB -0.0168 0.8855
TrkC -0.3490 0.0020
TSLPR 0.5130 ＜0.0001

[0158] 图11提供了皮肤中TLSP水平增加如何影响皮肤和循环中标记水平的模型。

[0159] 实例4：选择的生物标记在嗜酸性粒细胞和嗜碱性粒细胞中表达的诱导

[0160] 购买纯化的嗜酸性粒细胞(Eol-1)和嗜碱性粒细胞(KU812)细胞系并在补充有10％胎牛血清的RPMI培养基中培养。将细胞以2.5×105/孔接种于平底96孔微量培养板中，
并用50ng/ml rhTSLP(派普泰克公司(Peprotech))刺激24小时。刺激后，收集细胞并悬浮在
miRVana裂解/结合缓冲液中，使用mirVana miRNA分离试剂盒(生命科技公司(Life
Technologies))提取总RNA。RNA纯度和浓度由分光光度计测定。用SuperScript III逆转录
酶和随机六聚体(英杰公司)将100ng总RNA反转录成cDNA。将所得的cDNA用TaqMan PreAmp
Master Mix和用于目的基因的TaqMan测定引物池(生命技术公司(Life Technologies))预
扩增。在预扩增之后，在DNA悬浮缓冲液(TEKnova，霍利斯特(Hollister)，加利福尼亚州)中按1∶4稀释扩增的样品，并且保持在-20℃下或立即用于PCR。用生物标记HD系统和48.48个
动态阵列(Fluidigm)进行实时检测。使用两个参考基因(GAPDH、ACTB)的平均值计算ΔCt
值。以未刺激细胞中目的基因的表达为对照，通过计算2-ΔΔCt来确定倍数变化值。

[0161] 其他实施例

[0162] 从前述说明中，将显而易见的是，可以对本文所述的发明作出变更和修改以使其适应于各种用途和状况。此类实施例也在以下权利要求的范围内。

[0163] 本文中在变量的任何定义中对要素清单的叙述包括将该变量定义为任何单个要素或所列要素的组合(或次组合)。本文的实施例的叙述包括为任何单个实施例的实施例或
与任何其他实施例或其部分结合的实施例。

[0164] 本说明书中提及的全部专利和出版物通过引用以相同的程度并入本文，如同每份单独的专利和出版物具体地且个别地指出通过引用并入。

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