1.一种用于修复和改良生产性微生物菌株的表型性能的方法，包含以下步骤：
a.提供亲代谱系微生物菌株和由其衍生的生产性微生物菌株，其中所述生产性微生物菌株包含选自单核苷酸多态性、DNA插入和DNA缺失的多种已鉴别基因变异，所述基因变异不存在于所述亲代谱系微生物菌株中；
b.扰动所述亲代谱系微生物菌株或所述生产性微生物菌株的基因组，以创建微生物菌株的初始文库，其中所述初始文库中的每种菌株包含基因变异，所述基因变异在所述亲代谱系微生物菌株与所述生产性微生物菌株之间的多种已鉴别基因变异中是独特的；
c.根据相对于参考微生物菌株的表型性能改良来筛选和选择所述初始文库中的个别
菌株，借此鉴别出赋予表型性能改良的基因变异；
d.提供各自包含基因变异的组合的后续多种微生物，所述基因变异选自存在于所述前一步骤中筛选的至少两种个别微生物菌株中的基因变异，借此创建后续微生物菌株文库；
e.根据相对于所述参考微生物菌株的表型性能改良来筛选和选择所述后续文库中的
个别菌株，借此鉴别出赋予额外表型性能改良的基因变异的组合；
f.按照线性或非线性方式将步骤d)-e)重复一或多次，直到微生物菌株展现的表型性能相较于所述生产性微生物菌株的所述表型性能的改良达到所期望的水平为止，其中每次后续迭代创建新微生物菌株文库，其中在所述新微生物菌株文库中的每一种菌株包含基因变异，所述基因变异是选自前一步骤产生的文库中的至少两种个别微生物菌株的基因变异的组合；且
其中初始文库或后续文库的至少一种微生物菌株的基因组包含来自可操作地连接到
内源性靶基因的启动子梯的一种或多种启动子。
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述初始文库是完整组合性文库，所述完整组合性文库包含所述亲代谱系微生物菌株和所述生产性微生物菌株之间所有已鉴别的基因变异。
3.根据权利要求1所述的方法，其中所述初始文库是完整组合性文库的子集，所述完整组合性文库的子集包含所述亲代谱系微生物菌株和所述生产性微生物菌株之间已鉴别的基因变异的子集。
4.根据权利要求1所述的方法，其中所述后续文库是所述初始文库的完整组合性文库。
5.根据权利要求1所述的方法，其中所述后续文库是所述初始文库的完整组合性文库的子集。
6.根据权利要求1所述的方法，其中所述后续文库是前一文库的完整组合性文库。
7.根据权利要求1所述的方法，其中所述后续文库是前一文库的完整组合性文库的子集。
8.根据权利要求1所述的方法，其中扰动所述亲代谱系微生物菌株的所述基因组以添加所述生产性微生物菌株中所发现的所述已鉴别单核苷酸多态性、DNA插入或DNA缺失中的一或多种。
9.根据权利要求1所述的方法，其中扰动所述生产性微生物菌株的所述基因组以去除所述亲代谱系微生物菌株中未发现的所述已鉴别单核苷酸多态性、DNA插入或DNA缺失中的一或多种。
10.根据权利要求1所述的方法，其中扰动所述基因组包含利用至少一种选自由以下各项组成的群组的方法：随机突变诱发、靶向序列插入、靶向序列缺失、靶向序列置换，以及其组合。
11.根据权利要求1所述的方法，其中重复步骤d)-e)直到与所述生产性微生物菌株的表型性能相比，后续文库的微生物菌株的表型性能表现出测量的表型变量至少增加10％。
12.根据权利要求1所述的方法，其中重复步骤d)-e)，直到与所述生产性微生物菌株的表型性能相比，后续文库的微生物菌株的表型性能表现出测量的表型变量至少增加一倍。
13.根据权利要求1所述的方法，其中步骤f)的改良的表型性能选自由以下各项组成的群组：所关注产物的体积生产率，所关注产物的比生产率，所关注产物的产量，所关注产物的力价及其组合。
14.根据权利要求1所述的方法，其中步骤f)的改良的表型性能是：增加或更有效地产生所关注产物，所关注产物选自由以下各项组成的群组：小分子，酶，肽，氨基酸，有机酸，合成化合物，燃料，醇，初级细胞外代谢物，次级细胞外代谢物，细胞内组分分子及其组合。
15.根据权利要求1所述的方法，其中所述生产性微生物菌株是原核生物。
16.根据权利要求1所述的方法，其中所述生产性微生物菌株是谷氨酸棒状杆菌
(Corynebacterium glutamicum)。
17.根据权利要求1所述的方法，其中所述生产性微生物菌株是谷氨酸棒状杆菌
(Corynebacterium glutamicum)，且其中步骤f)的改良的表型性能是增加或更有效地产生赖氨酸。
18.根据权利要求1所述的方法，其中所述生产性微生物菌株是真核生物。
19.根据权利要求1所述的方法，其中所述生产性微生物菌株是黑曲霉
(Aspergillusniger)。
20.根据权利要求1所述的方法，其中所述生产性微生物菌株是黑曲霉
(Aspergillusniger)，且其中步骤f)的改良的表型性能是增加或更有效地产生柠檬酸。
21.根据权利要求1所述的方法，其中所述生产性微生物菌株是谷氨酸棒状杆菌
(Corynebacterium glutamicum)且所述一种或多种启动子选自SEQ ID NO：1-8的启动子的群组。
22.根据权利要求1所述的方法，其中所述生产性微生物菌株是谷氨酸棒状杆菌
(Corynebacterium glutamicum)，且其中步骤f)的改良的表型性能是增加或更有效地产生赖氨酸且所述一种或多种启动子选自SEQ ID NO：1-8的启动子的群组。
23.根据权利要求1所述的方法，其中所述生产性微生物菌株是谷氨酸棒状杆菌
(Corynebacterium glutamicum)，且其中步骤f)的改良的表型性能是增加或更有效地产生赖氨酸且所述内源性靶基因选自由以下各项组成的群组：PTS、zwf、pgi、tkt、fbp、ppc、pyc、aspB、ask、asd、dapA、dapB、dapD、cg0931、dapE、dapF、ddh、lysA和lysE，且所述一种或多种启动子选自SEQ ID NO：1-8的启动子的群组。
24.一种用于修复和改良生产性微生物菌株的表型性能的系统，所述系统包括：
一或多个处理器；以及
一或多个存储器，其与所述一或多个处理器中的至少一个可操作地耦接且存储有指
令，当所述指令由所述一或多个处理器中的至少一个执行时促使所述系统：
a.提供亲代谱系微生物菌株和由其衍生的生产性微生物菌株，其中所述生产性微生物菌株包含选自单核苷酸多态性、DNA插入和DNA缺失的多种已鉴别基因变异，所述基因变异不存在于所述亲代谱系微生物菌株中；
b.扰动所述亲代谱系微生物菌株或所述生产性微生物菌株的基因组，以创建微生物菌株的初始文库，其中所述初始文库中的每种菌株包含基因变异，所述基因变异在所述亲代谱系微生物菌株与所述生产性微生物菌株之间的多种已鉴别基因变异中是独特的；
c.根据相对于参考微生物菌株的表型性能改良来筛选和选择所述初始文库中的个别
菌株，借此鉴别出赋予表型性能改良的基因变异；
d.提供各自包含基因变异的组合的后续多种微生物，所述基因变异选自存在于所述前一步骤中筛选的至少两种个别微生物菌株中的基因变异，借此创建后续微生物菌株文库；
e.根据相对于所述参考微生物菌株的表型性能改良来筛选和选择所述后续文库中的
个别菌株，借此鉴别出赋予额外表型性能改良的基因变异的组合；以及
f.按照线性或非线性方式将步骤d)-e)重复一或多次，直到微生物菌株展现的表型性能相较于所述生产性微生物菌株的所述表型性能的改良达到所期望的水平为止，其中每次后续迭代创建新微生物菌株文库，其中在所述新微生物菌株文库中的每一种菌株包含基因变异，所述基因变异是选自前一步骤产生的文库中的至少两种个别微生物菌株的基因变异的组合。
25.一种使宿主细胞进化以获得所期望表型的启动子交换基因组工程改造方法，包含以下步骤：
a.提供内源于基本宿主细胞的多种靶基因，和启动子梯，其中所述启动子梯包含在所述基本宿主细胞中展现不同表达谱的多种启动子；
b.对所述基本宿主细胞的所述基因组进行工程改造，以创建包含多种个别宿主细胞的初始启动子交换宿主细胞文库，所述多种个别宿主细胞的每种宿主细胞内发现有基因变异，其中每一种基因变异包含来自可操作地连接到所述宿主细胞内源性靶基因的启动子梯的启动子中的一种或多种；
c.根据所述所期望表型来筛选和选择所述初始启动子交换宿主细胞文库中的个别宿
主细胞；
d.提供各自包含基因变异组合的后续多种宿主细胞，所述基因变异选自存在于前一步骤中筛选的至少两种个别宿主细胞中的基因变异，借此创建后续宿主细胞文库；
e.根据所述所期望表型来筛选和选择所述后续宿主细胞文库中的个别宿主细胞；以及f.将步骤d)-e)重复一或多次，直到所得宿主细胞已经获得期望表型为止。
26.根据权利要求25所述的方法，其中重复步骤d)-e)的每次后续迭代创建新的宿主细胞文库，所述新的宿主细胞文库包含具有基因变异的个别宿主细胞，所述基因变异是选自前一宿主细胞文库中的至少两种个别宿主细胞的基因变异的组合。
27.根据权利要求25所述的方法，其中所述启动子梯包含一种或多种异源启动子。
28.根据权利要求25所述的方法，其中所述启动子梯包含一种或多种组成性启动子。
29.根据权利要求25所述的方法，其中所述启动子来源于梯棒状杆菌属
(Corynebacterium)启动子。
30.根据权利要求25所述的方法，其中所述启动子梯包含多个选自由SEQ ID NO：1-8组成的群组的启动子。
31.根据权利要求25所述的方法，其中在步骤(b)中，来自所述启动子梯的启动子中的一种或多种可操作地连接到内源性靶基因，所述内源性靶基因来自与产生氨基酸相关的代谢途径。
32.根据权利要求25所述的方法，其中在步骤(b)中，来自所述启动子梯的启动子中的一种或多种可操作地连接到内源性靶基因，所述内源性靶基因来自与产生赖氨酸相关的代谢途径。
33.根据权利要求25所述的方法，其中在步骤(b)中，来自所述启动子梯的启动子中的一种或多种可操作地连接到内源性靶基因，所述内源性靶基因选自由以下各项组成的群组：PTS、zwf、pgi、tkt、fbp、ppc、pyc、aspB、ask、asd、dapA、dapB、dapD、cg0931、dapE、dapF、ddh、lysA、lysE、hom、odx、pck和icd。
34.根据权利要求25所述的方法，其中在所述后续的宿主细胞文库中后续的多个宿主细胞的每一个中存在的基因变异的组合选自两个或多于两个启动子的组合，所述两个或多于两个启动子可操作地连接到其各自的靶内源性基因，所述靶内源性基因选自所述初始启动子交换宿主细胞文库。
35.根据权利要求25所述的方法，其中在所述后续的宿主细胞文库中后续的多个宿主细胞的每一个中存在的基因变异的组合选自：单核苷酸多态性、DNA插入或DNA缺失，其选自前一步骤中所筛选的后续的宿主细胞文库。
36.根据权利要求25所述的方法，其中所述所得宿主细胞与基本宿主细胞相比，表现出测量的表型变量至少增加10％。
37.根据权利要求25所述的方法，其中所述所得宿主细胞与基本宿主细胞相比，表现出测量的表型变量至少增加一倍。
38.根据权利要求25所述的方法，其中步骤f)的所述期望表型选自由以下各项组成的群组：所关注产物的增加的体积生产率，所关注产物的增加的比生产率，所关注产物的增加的产量，所关注产物的增加的力价及其组合。
39.根据权利要求25所述的方法，其中步骤f)的所述期望表型是：增加或更有效地产生所关注产品，所述所关注产品选自由以下各项组成的群组：小分子、酶、蛋白质、肽、氨基酸、有机酸、合成化合物、燃料、醇、初级细胞外代谢产物、次级细胞外代谢物、细胞内组分分子及其组合。
40.根据权利要求25所述的方法，其中所述宿主细胞是原核细胞。
41.根据权利要求25所述的方法，其中所述宿主细胞来自谷氨酸棒状杆菌
(Corynebacterium glutamicum)。
42.根据权利要求25所述的方法，其中所述宿主细胞是真核细胞。
43.根据权利要求25所述的方法，其中所述宿主细胞来自黑曲霉(Aspergillus 
niger)。
44.一种通过启动子交换使宿主细胞进化以获得所期望表型的基因组工程系统，所述系统包含：
一或多个处理器；以及
一或多个存储器，其与所述一或多个处理器中的至少一个可操作地耦接且存储有指
令，当所述指令由所述一或多个处理器中的至少一个执行时促使所述系统：
a.提供内源于基本宿主细胞的多种靶基因，和启动子梯，其中所述启动子梯包含在所述基本宿主细胞中展现不同表达谱的多种启动子；
b.对所述基本宿主细胞的所述基因组进行工程改造，以创建包含多种个别宿主细胞的初始启动子交换宿主细胞文库，所述多种个别宿主细胞的每种宿主细胞内发现有基因变异，其中每一种基因变异包含来自可操作地连接到所述宿主细胞内源性靶基因的启动子梯的启动子中的一种或多种；
c.根据所述所期望表型来筛选和选择所述初始启动子交换宿主细胞文库中的个别宿
主细胞；
d.提供各自包含基因变异组合的后续多种宿主细胞，所述基因变异选自存在于前一步骤中筛选的至少两种个别宿主细胞中的基因变异，借此创建后续宿主细胞文库；
e.根据所述所期望表型来筛选和选择所述后续宿主细胞文库中的个别宿主细胞；以及f.将步骤d)-e)重复一或多次，直到所得宿主细胞已经获得期望表型为止。