1.表征候选试剂的方法，其包括：
(a)提供候选试剂文库，其中每个候选试剂附着于具有标签序列的核酸标签；
(b)使所述候选试剂文库与固体支持物接触以将所述候选试剂附着于所述固体支持物，由此形成候选试剂阵列，所述候选试剂阵列包含所述固体支持物上的个别特征，其各自附着于来自所述文库的个别候选试剂；
(c)使所述候选试剂阵列与筛选剂接触，其中所述阵列中的一种或多种候选试剂与所述筛选剂反应；
(d)在所述阵列与所述筛选剂接触期间或之后检测所述阵列，从而测定所述阵列中的至少一种候选试剂与所述筛选剂反应；
(e)对所述阵列上的所述核酸标签测序以测定附着于每种所述候选试剂的标签序列；
并且
(f)基于附着于所述至少一种候选试剂的所述标签序列，鉴定所述阵列中与所述筛选剂反应的所述至少一种候选试剂。
2.权利要求1的方法，其中所述候选试剂选自下组：蛋白质、核酸、细胞和小分子。
3.权利要求2的方法，其中所述蛋白质选自下组：抗体、酶、受体、激酶、磷酸酶、聚合酶、蛋白酶、酯酶、组蛋白修饰酶和核激素受体。
4.权利要求1的方法，其中所述细胞选自下组：从多细胞生物体分离的遗传天然细胞、包含单细胞生物体的遗传天然细胞、基因工程细胞(genetically engineered cell)和培养细胞。
5.权利要求1或4的方法，其中所述细胞是干细胞或免疫细胞。
6.权利要求2的方法，其中所述小分子选自下组：候选酶抑制剂、候选抗生素、候选抗病毒剂、候选杀虫剂、候选激素、细胞信号传导的候选激活剂、细胞信号传导的候选抑制剂和候选酶活化剂。
7.权利要求1的方法，其中步骤(a)包括组合合成候选试剂文库，其中如下追踪每个候选试剂上进行的组合合成的个别反应：通过将一个或多个核苷酸的独特签名(signature)添加到附着于每个所述候选试剂的核酸标签，由此提供候选试剂文库，其中每个候选试剂附着于独特的核酸标签。
8.权利要求1的方法，其中所述固体支持物包含核酸引物，并且所述候选试剂经由所述核酸标签与所述核酸引物的杂交而附着于所述固体支持物。
9.权利要求8的方法，其中所述核酸标签包含通用引物结合序列，所述核酸引物包含通用引物序列，并且所述候选试剂经由所述通用引物结合序列与所述通用引物序列的杂交附着于所述固体支持物。
10.权利要求1的方法，其中所述筛选剂通过结合所述一种或多种候选试剂或通过阻断所述候选试剂与对所述候选试剂具有亲和力的分析物之间的结合而与所述一种或多种候选试剂反应。
11.权利要求10的方法，其中检测所述阵列包括检测与所述一种或多种候选试剂结合的所述筛选剂。
12.权利要求11的方法，其中所述筛选剂是发光的，并且所述检测包括检测所述阵列上的发光。
13.权利要求1的方法，其中所述筛选剂通过化学修饰所述一种或多种候选试剂与所述一种或多种候选试剂反应。
14.权利要求13的方法，其中检测所述阵列包括检测所述一个或多个经修饰的候选试剂。
15.权利要求14的方法，其中所述一种或多种经修饰的候选试剂是发光的，并且所述检测包括检测所述阵列上的发光。
16.权利要求1的方法，其中所述筛选剂通过产生分析物产物与所述一种或多种候选试剂反应。
17.权利要求16的方法，其中检测所述阵列包括检测所述分析物产物。
18.权利要求17的方法，其中所述分析物产物是发光的，并且所述检测包括检测所述阵列上的发光。
19.权利要求1的方法，其中检测所述阵列包括对于所述阵列上的一个或多个所述个别特征在数个时间点获取信号。
20.权利要求1的方法，其中所述信号包括光学信号。
21.权利要求1的方法，其进一步包括扩增所述核酸标签以在所述个别特征处产生所述核酸标签的扩增子。
22.权利要求21的方法，其中所述核酸标签的测序包括在所述个别特征处测序所述核酸标签的扩增子。
23.权利要求22的方法，其中所述核酸标签的测序包括检测指示所述序列的光学信号。
24.权利要求1的方法，其中所述固体支持物位于流动池内。
25.用于产生蛋白质阵列的方法，其包括：
(a)提供mRNA分子文库，其中所述文库中的个别mRNA分子包含靶序列和标签序列，(b)从所述文库中衍生第一子文库，所述第一子文库包含具有所述标签序列或其互补物的核酸，其中所述核酸附着于固体支持物上的个别特征，
(c)从所述文库中衍生第二子文库，所述第二子文库包含具有所述靶序列和所述标签序列或其互补物的核酸；
(d)使所述第二子文库与所述第一子文库接触，从而经由所述标签序列与其互补物的杂交将所述第二子文库的核酸附着于所述固体支持物；并且
(e)翻译所述固体支持物上的所述靶序列以产生附着于所述个别特征的蛋白质阵列。
26.权利要求25的方法，其进一步包括下述步骤：对所述固体支持物上的所述标签序列或其互补物测序，从而测定所述固体支持物上的个别特征处所述标签序列或其互补物的位置。
27.权利要求25或26的方法，其中所述第一子文库的所述核酸进一步包含所述靶序列。
28.权利要求27的方法，其还包括对所述固体支持物上的所述靶序列测序的步骤。
29.筛选蛋白质的方法，其包括
(i)产生根据权利要求25的蛋白质阵列；
(ii)将所述蛋白质阵列与筛选剂接触，其中所述阵列中的一种或多种蛋白质与所述筛选剂反应；并且
(iii)在与所述筛选剂接触期间或之后检测所述蛋白质阵列，由此测定所述阵列中的至少一种蛋白质与所述筛选剂反应。
30.权利要求29的方法，其进一步包括下述步骤：对所述固体支持物上的所述标签序列或其互补物测序，从而测定所述固体支持物上的个别特征处所述标签序列或其互补物的位置。
31.权利要求30的方法，其进一步包括基于附着于所述至少一种蛋白质的所述标签序列来鉴定所述阵列中与所述筛选剂反应的所述至少一种蛋白质的步骤。
32.权利要求29的方法，其中所述筛选剂通过结合所述一种或多种蛋白质或通过阻断所述一种或多种蛋白质与对所述一种或多种蛋白质具有亲和力的分析物之间的结合而与所述一种或多种蛋白质反应。
33.权利要求32的方法，其中检测所述阵列包括检测与所述一种或多种蛋白质结合的所述筛选剂。
34.权利要求33的方法，其中所述筛选剂是发光的，并且所述检测包括检测所述阵列上的发光。
35.权利要求32的方法，其中所述筛选剂通过化学修饰所述一种或多种蛋白质与所述一种或多种蛋白质反应。
36.权利要求35的方法，其中检测所述阵列包括检测所述一种或多种经修饰的蛋白质。
37.权利要求36的方法，其中所述一种或多种经修饰的蛋白质是发光的，并且所述检测包括检测所述阵列上的发光。
38.权利要求32的方法，其中所述筛选剂通过产生分析物产物与所述一种或多种蛋白质反应。
39.权利要求38的方法，其中检测所述阵列包括检测所述分析物产物。
40.权利要求39的方法，其中所述分析物产物是发光的，并且所述检测包括检测所述阵列上的发光。
41.权利要求32的方法，其中所述阵列的检测包括对于所述阵列上的一个或多个个别特征在数个时间点获取信号。
42.权利要求41的方法，其中所述信号包括光学信号。
43.权利要求25的方法，其中所述mRNA分子文库包含相同基因的多个变体。
44.权利要求43的方法，其中所述变体通过随机诱变产生。
45.权利要求25或43的方法，其中所述mRNA分子文库源自重组生物体。
46.权利要求25的方法，其中所述蛋白质选自下组：抗体、酶、受体、激酶、磷酸酶、聚合酶、蛋白酶、酯酶、组蛋白修饰酶和核激素受体。
47.权利要求25的方法，其中通过方法衍生所述第一子文库，所述方法包括使所述文库的mRNA分子与所述固体支持物接触以将所述mRNA分子附着于所述固体支持物。
48.权利要求47的方法，其中在所述固体支持物上扩增所述mRNA分子以产生所述标签序列的互补物。
49.权利要求25的方法，其中所述固体支持物包含核酸引物，并且所述mRNA分子经由与所述核酸引物杂交而附着于所述固体支持物。
50.权利要求49的方法，其中所述mRNA分子包含通用引物结合序列，所述核酸引物包含通用引物序列，并且所述mRNA分子经由所述通用引物结合序列与所述通用引物序列的杂交而附着于所述固体支持物。
51.权利要求25的方法，其中通过方法衍生所述第一子文库，所述方法包括逆转录所述个别mRNA分子或包含所述标签序列的所述个别mRNA分子的一部分。
52.权利要求51的方法，其中在所述固体支持物上扩增逆转录的mRNA分子或其部分以产生所述标签序列的互补物。
53.权利要求25的方法，其中在流体样品中提供所述mRNA分子文库，并且其中所述第一子文库和所述第二子文库源自所述流体样品的不同级份。
54.权利要求25的方法，其中所述固体支持物位于流动池内。
55.权利要求25的方法，其中所述蛋白质共价附着于所述mRNA分子。
56.权利要求25的方法，其还包括选择性除去附着于所述阵列的一个或多个特征的mRNA分子或蛋白质的步骤。
57.权利要求56的方法，其中所述选择性除去包括激光介导的键切割，所述键将所述mRNA分子或蛋白质附着于所述特征。
58.权利要求25的方法，其中所述第一子文库包含具有所述标签序列的互补物的核酸，其中所述第二子文库包含具有所述靶序列和所述标签序列的RNA分子，
其中(d)包括使所述第二子文库与所述第一子文库接触，从而经由所述标签序列与其互补物的杂交将所述第二子文库的mRNA分子附着于所述固体支持物。
59.权利要求25的方法，其中所述第一子文库包含具有所述标签序列的核酸，其中所述第二子文库包含具有所述靶序列和所述标签序列的互补物的cDNA分子，其中(d)包括使所述第二子文库与所述第一子文库接触，从而经由所述标签序列与其互补物的杂交将所述第二子文库的cDNA分子附着于所述固体支持物，并且其中(e)包括逆转录所述cDNA分子以在所述固体支持物上产生mRNA分子并翻译所述固体支持物上的mRNA分子以产生附着于所述个别特征的蛋白质阵列。
60.权利要求25的方法，其中用所述固体支持物上的核糖体翻译所述靶序列，并用嘌呤霉素处理所述核糖体以产生附着于所述个别特征的蛋白质阵列。
61.权利要求25的方法，其中所述固体支持物包含至少1x 106个特征。
62.权利要求25的方法，其中所述固体支持物上的所述特征的平均间距小于10微米。
63.权利要求25的方法，其中所述特征包括小于100平方微米的平均面积。
64.阵列，其包含
(a)mRNA分子文库，其中所述文库中的个别mRNA分子包含靶序列和标签序列，(b)包含具有所述标签序列的互补物的核酸的固体支持物，
其中所述核酸附着于固体支持物上的个别特征，
其中所述个别mRNA分子的标签序列与所述固体支持物上的所述个别特征处相应的互补标签序列杂交，并且
其中通过翻译所述mRNA分子衍生的蛋白质附着于相应的mRNA分子。
65.权利要求64的阵列，其中所述蛋白质经由核糖体附着于相应的mRNA分子。
66.权利要求65的方法，其中所述蛋白质共价附着于所述核糖体。
67.权利要求64的阵列，其中所述蛋白质是发光标记的。
68.权利要求67的阵列，其中发光标记的筛选剂与蛋白质的结合位点特异性结合，从而所述蛋白质是发光标记的。
69.权利要求64的阵列，其中所述固体支持物包含至少1x106个所述特征。
70.权利要求64的阵列，其中所述固体支持物上的所述特征的平均间距小于10微米。
71.权利要求64的阵列，其中所述特征包括小于100平方微米的平均面积。
72.权利要求64的阵列，其中所述mRNA分子文库包含相同基因的多个变体。
73.权利要求64的阵列，其中所述蛋白质选自下组：抗体、酶、受体、激酶、磷酸酶、聚合酶、蛋白酶、酯酶、组蛋白修饰酶和核激素受体。
74.权利要求64的阵列，其中所述固体支持物位于流动池内。
75.筛选细胞的方法，其包括：
(a)提供多个不同细胞，其中每个所述不同细胞包含具有标签序列的核酸标签；
(b)使所述不同细胞的混合物与固体支持物接触以形成附着于所述固体支持物的细胞阵列；
(c)筛选所述固体支持物上的细胞阵列的至少一种光学特征，其中筛选反应包括检测附着于所述固体支持物上的个别细胞；
(d)对附着于所述固体支持物的核酸标签的所述标签序列测序；并且
(e)基于所述候选细胞的所述光学特征和所述标签序列，将所述阵列中的至少一个细胞鉴定为候选细胞。
76.权利要求75的方法，其中所述细胞选自下组：从多细胞生物体分离的天然细胞、包含单细胞生物体的天然细胞、基因工程细胞和培养细胞。
77.权利要求76的方法，其中所述细胞是干细胞或免疫细胞。
78.权利要求75的方法，其中步骤(a)包括将所述不同细胞分离到分开的容器中，并且将具有标签序列的核酸添加到每个所述容器，由此提供多个不同细胞，其中每个所述不同细胞位于分开的容器中并且包含具有独特标签序列的核酸标签。
79.权利要求75的方法，其中具有标签序列的所述核酸附着于珠，并且所述珠结合所述多个不同细胞中的细胞。
80.权利要求79的方法，其中所述珠包含具有特异性结合亲和力的抗体或所述细胞。
81.权利要求75的方法，其中通过共价附着于质膜脂质或脂肪酸将具有标签序列的所述核酸附着于所述多个不同细胞中的细胞。
82.权利要求75的方法，其中经由共价附着于质膜脂质中的蛋白质将具有标签序列的所述核酸附着于所述多个不同细胞中的细胞。
83.权利要求75的方法，其中所述固体支持物包含核酸引物，并且所述细胞经由所述核酸标签与所述核酸引物的杂交而附着于所述固体支持物。
84.权利要求83的方法，其中所述核酸标签包含通用引物结合序列，所述核酸引物包含通用引物序列，并且所述候选试剂经由所述通用引物结合序列与所述通用引物序列的杂交而附着于所述固体支持物。
85.权利要求75的方法，其中所述阵列的检测包括对于所述阵列上的一个或多个所述个别特征在数个时间点获取信号。
86.权利要求85的方法，其中所述信号包括光学信号。
87.权利要求75的方法，其还包括扩增所述核酸标签以在所述固体支持物上产生所述核酸标签的扩增子。
88.权利要求87的方法，其中所述核酸标签的测序包括对所述核酸标签的扩增子测序。
89.权利要求88的方法，其中所述核酸标签的测序包括检测指示所述序列的光学信号。
90.权利要求75的方法，其中所述固体支持物位于流动池内。
91.权利要求75的方法，其中所述细胞是活细胞。
92.权利要求90的方法，其还包括从所述固体支持物除去所述至少一个候选细胞。
93.权利要求92的方法，其还包括在从所述固体支持物除去之后培养所述至少一个候选细胞，由此复制所述至少一个细胞。
94.权利要求75的方法，其中所述不同细胞包含经遗传修饰的细胞。
95.权利要求94的方法，其中所述经遗传修饰的细胞包含选自下组的遗传修饰：编码非天然重组蛋白、编码突变体重组蛋白、具有天然存在的蛋白质的缺失、抑制天然存在的蛋白质的表达、增强天然存在的蛋白质的表达、产生非天然分析物和抑制天然分析物的产生。
96.权利要求75的方法，其中所述细胞阵列的筛选包括用筛选剂处理所述细胞。
97.权利要求96的方法，其中所述筛选剂与所述至少一个候选细胞结合。
98.权利要求97的方法，其中所述筛选剂是发光的，并且其中所述筛选反应包括检测所述至少一个候选细胞的发光。
99.权利要求96的方法，其中所述筛选剂修饰所述至少一个候选细胞。
100.权利要求96的方法，其中所述筛选剂刺激所述至少一个候选细胞。
101.权利要求99或100的方法，其中所述筛选剂增加或减少所述至少一个候选细胞的发光，并且其中所述筛选反应包括检测所述至少一个候选细胞的发光。
102.权利要求75的方法，其进一步包括扩增具有标签序列的核酸标签，以在每个所述不同细胞上附着所述核酸标签的多个拷贝。
103.权利要求75的方法，其中(d)包括在将所述核酸标签附着于所述固体支持物的条件下从所述固体支持物除去所述个别细胞，然后对附着于所述固体支持物的核酸标签的所述标签序列测序。
104.权利要求75的方法，其中(d)包括复制所述核酸标签以产生附着于所述固体支持物的核酸标签拷贝，并且然后对附着于所述固体支持物的核酸标签拷贝的所述标签序列测序。
105.权利要求75的方法，其中(d)包括复制所述核酸标签以产生附着于所述固体支持物的核酸标签拷贝，然后在将所述核酸标签拷贝附着于所述固体支持物的条件下从所述固体支持物除去所述个别细胞，并且然后对附着于固体支持物的核酸标签的所述标签序列测序。
106.用于生产蛋白质阵列的方法，其包括：
(a)提供附着于固体支持物的cDNA分子的文库；
(b)扩增所述固体支持物上的所述cDNA分子以形成簇，其中每个簇包含来自所述文库的特定cDNA分子的多个拷贝；
(c)在所述簇处转录所述多个拷贝以产生附着于每个所述簇的多个mRNA分子；并且(d)翻译所述簇处的所述mRNA分子以产生附着于每个所述簇的多个蛋白质。
107.权利要求106的方法，其进一步包括对所述固体支持物上的每个所述mRNA分子的至少一部分测序的步骤。
108.筛选蛋白质的方法，其包括
(i)产生根据权利要求106的蛋白质阵列；
(ii)使所述固体支持物上的所述蛋白质与筛选剂接触，其中一种或多种所述蛋白质与所述筛选剂反应；并且
(iii)在与所述筛选剂接触期间或之后检测所述固体支持物上的所述蛋白质，从而测定与所述筛选剂反应的至少一种蛋白质。
109.权利要求108的方法，其还包括对所述固体支持物上的每种所述mRNA分子的至少一部分测序的步骤。
110.权利要求109的方法，其进一步包括下述步骤：基于附着于所述至少一种蛋白质的所述mRNA分子的至少一部分的序列来鉴定所述阵列中与所述筛选剂反应的至少一种蛋白质。
111.权利要求108的方法，其中所述筛选剂通过与所述一种或多种蛋白质结合或通过阻断所述一种或多种蛋白质与对所述一种或多种蛋白质具有亲和力的分析物之间的结合而与所述一种或多种蛋白质反应。
112.权利要求111的方法，其中所述检测包括检测与所述一种或多种蛋白质结合的所述筛选剂。
113.权利要求112的方法，其中所述筛选剂是发光的，并且所述检测包括检测发光。
114.权利要求108的方法，其中所述筛选剂通过化学修饰所述一种或多种蛋白质与所述一种或多种蛋白质反应。
115.权利要求114的方法，其中所述检测包括检测所述一种或多种经修饰的蛋白质。
116.权利要求115的方法，其中所述一种或多种经修饰的蛋白质是发光的，并且所述检测包括检测发光。
117.权利要求108的方法，其中所述筛选剂通过产生分析物产物与所述一种或多种蛋白质反应。
118.权利要求117的方法，其中所述检测包括检测所述分析物产物。
119.权利要求118的方法，其中所述分析物产物是发光的，并且所述检测包括检测发光。
120.权利要求108的方法，其中所述阵列的检测包括对所述一个或多个所述个别簇在几个时间点时获取信号。
121.权利要求120的方法，其中所述信号包括光学信号。
122.权利要求106的方法，其中所述mRNA分子文库包含相同基因的多个变体。
123.权利要求122的方法，其中通过随机诱变产生所述变体。
124.权利要求106或122的方法，其中所述cDNA分子文库源自重组生物体。
125.权利要求106的方法，其中所述蛋白质选自下组：抗体、酶、受体、激酶、磷酸酶、聚合酶、蛋白酶、酯酶、组蛋白修饰酶和核激素受体。
126.权利要求106的方法，其中所述固体支持物包含核酸引物，并且所述cDNA分子经由与所述核酸引物杂交而附着于所述固体支持物。
127.权利要求126的方法，其中所述cDNA分子包含通用引物结合序列，所述核酸引物包含通用引物序列，并且所述cDNA分子经由所述通用引物结合序列与所述通用引物序列杂交而附着于所述固体支持物。
128.权利要求106的方法，其中所述固体支持物位于流动池内。
129.权利要求106的方法，其还包括选择性除去附着于一个或多个簇的蛋白质的步骤。
130.权利要求129的方法，其中所述选择性除去包括激光介导的键切割，所述键将所述蛋白质分子附着于所述固体支持物。
131.权利要求106的方法，其中用所述固体支持物上的核糖体翻译所述mRNA分子，并且用嘌呤霉素处理所述核糖体以将所述蛋白质附着于所述mRNA分子。
132.权利要求106的方法，其中所述固体支持物包含至少1x106个所述簇。
133.权利要求106的方法，其中所述固体支持物上的所述簇的平均间距小于10微米。
134.权利要求106的方法，其中所述簇包含小于100平方微米的平均面积。
135.阵列，其包含
(a)固体支持物；
(b)附着于所述固体支持物的不同cDNA分子的文库，其中每个不同的cDNA分子附着于所述固体支持物上的个别特征，并且其中每个特征包括特定cDNA分子的多个拷贝；
(c)附着于所述cDNA分子的mRNA分子，其中每个所述cDNA分子与相应的附着的mRNA分子互补；和
(d)附着于所述mRNA分子的蛋白质分子，其中每个所述蛋白质分子由相应的附着的mRNA分子编码。
136.权利要求135的阵列，其中所述蛋白质经由核糖体附着于相应的mRNA分子。
137.权利要求136的方法，其中所述蛋白质共价附着于所述核糖体。
138.权利要求135的阵列，其中所述mRNA分子经由RNA聚合酶附着于相应的cDNA分子。
139.权利要求138的方法，其中所述mRNA分子共价附着于所述cDNA分子。
140.权利要求135的阵列，其中所述蛋白质是发光标记的。
141.权利要求140的阵列，其中发光标记的筛选剂与蛋白质的结合位点特异性结合，从而所述蛋白质是发光标记的。
142.权利要求135的阵列，其中所述固体支持物包含至少1x106个所述特征。
143.权利要求135的阵列，其中所述固体支持物上的所述特征的平均间距小于10微米。
144.权利要求135的阵列，其中所述特征包括小于100平方微米的平均面积。
145.权利要求135的阵列，其中所述cDNA分子文库包含相同基因的多个变体。
146.权利要求135的阵列，其中所述蛋白质选自下组：抗体、酶、受体、激酶、磷酸酶、聚合酶、蛋白酶、酯酶、组蛋白修饰酶和核激素受体。