无岩藻糖基化抗FGFR2IIIB抗体
阅读：1031发布：2021-02-09
专利汇可以提供无岩藻糖基化抗FGFR2IIIB抗体专利检索，专利查询，专利分析的服务。并且本 申请 提供结合FGFR2IIIb的 抗体 ，其中所述抗体是无岩藻糖基化的。本 发明 提供包含结合FGFR2IIIb的抗体的组合物，其中该组合物中至少95％的抗体是无岩藻糖基化的。在一些实施方案中，提供了 治疗 癌症的方法，包括使用无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体。，下面是无岩藻糖基化抗FGFR2IIIB抗体专利的具体信息内容。
1.一种组合物，其包含多个抗FGFR2IIIb抗体，其中每个抗FGFR2IIIb抗体包含重链可变区和轻链可变区，其中所述重链可变区包含：
(i)包含SEQ ID NO:6的氨基酸序列的HVR-H1；
(ii)包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列的HVR-H2；和
(iii)包含SEQ ID NO:8的氨基酸序列的HVR-H3；
且所述轻链可变区包含：
(iv)包含SEQ ID NO:9的氨基酸序列的HVR-L1；
(v)包含SEQ ID NO:10的氨基酸序列的HVR-L2；和
(vi)包含SEQ ID NO:11的氨基酸序列的HVR-L3；
其中该组合物中至少95％的抗FGFR2IIIb抗体是无岩藻糖基化的。
2.权利要求1的组合物，其中重链可变域包含SEQ ID NO:4的氨基酸序列。
3.权利要求1或权利要求2的组合物，其中轻链可变域包含SEQ ID NO:5的氨基酸序列。
4.权利要求1的组合物，其中重链可变域包含SEQ ID NO:4的氨基酸序列且轻链可变域包含SEQ ID NO:5的氨基酸序列。
5.权利要求1-4中任一项的组合物，其中所述重链包含SEQ ID NO:2的氨基酸序列。
6.权利要求1-5中任一项的组合物，其中所述轻链包含SEQ ID NO:3的氨基酸序列。
7.权利要求1的组合物，其中所述重链包含SEQ ID NO:2的氨基酸序列且所述轻链包含SEQ ID NO:3的氨基酸序列。
8.包含多个无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体的组合物，其中所述抗FGFR2IIIb抗体与包含如下所述的重链可变区及轻链可变区的抗体竞争对FGFR2IIIb的结合：所述重链可变区包含SEQ ID NO:4的氨基酸序列，所述轻链可变区包含SEQ ID NO:5的氨基酸序列。
9.权利要求1至8中任一项的组合物，其中所述抗体是单克隆抗体。
10.权利要求1至9中任一项的组合物，其中所述抗体是嵌合抗体。
11.权利要求1至10中任一项的组合物，其中所述抗体是人源化抗体。
12.权利要求1至11中任一项的组合物，其中所述抗体在Asn297处缺少岩藻糖。
13.权利要求1至12中任一项的组合物，其中所述抗体包含κ轻链恒定区。
14.权利要求1至13中任一项的组合物，其中所述抗体包含IgG1重链恒定区。
15.权利要求1至14中任一项的组合物，其中所述无岩藻糖基化抗体与具有相同的氨基酸序列的岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体相比，在体外具有增强的ADCC活性。
16.权利要求15的组合物，其中所述无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体导致的特异性裂解比所述岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体的特异性裂解高至少10，至少15，至少20，至少25，至少
30，至少35，至少40，至少45，至少50，至少60，至少65，至少70，或至少75个百分点。
17.权利要求15或权利要求16的组合物，其中ADCC活性是利用表达FGFR2IIIb的Ba/F3细胞作为靶细胞、以及分离的人PBMC作为效应器细胞来测定的。
18.权利要求1至17中任一项的组合物，其中与具有相同的氨基酸序列的岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体相比，所述无岩藻糖基化抗体具有增强的针对FcγRIIIA的亲和力。
19.权利要求18的组合物，其中所述无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体结合FcγRIIIA的亲和力是所述岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体的至少2倍，至少3倍，至少4倍，至少5倍，至少7倍，至少10倍，至少12倍，至少15倍，至少17倍，或至少20倍。
20.权利要求18和权利要求19的组合物，其中针对FcγRIIIA的亲和力是使用表面等离子体共振测定的。
21.权利要求18至20中任一项的组合物，其中FcγRIIIA选自FcγRIIIA(V158)和FcγRIIIA(F158)。
22.权利要求21的组合物，其中FcγRIIIA是FcγRIIIA(V158)。
23.权利要求1至22中任一项的组合物，其中所述无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体结合FGFR2IIIb但不结合FGFR2IIIc。
24.一种宿主细胞，其包含编码权利要求1-23中任一项的抗FGFR2IIIb抗体的核酸，其中所述宿主细胞缺少功能性α-1,6-岩藻糖基转移酶基因(FUT8)基因。
25.权利要求24的宿主细胞，其为CHO细胞。
26.一种制造无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体的方法，所述方法包括在适合表达编码抗FGFR2IIIb抗体的核酸的条件下培养权利要求24或权利要求25的宿主细胞。
27.一种制造无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体的方法，包括在适合产生无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体的条件下培养权利要求24或权利要求25的宿主细胞。
28.权利要求26或27的方法，还包括回收由所述宿主细胞产生的所述抗FGFR2IIIb抗体。
29.权利要求26至28中任一项的方法，其中至少95％的由所述宿主细胞产生的抗FGFR2IIIb抗体是无岩藻糖基化的。
30.权利要求29的方法，其中在由所述宿主细胞产生的抗FGFR2IIIb抗体中检测不到岩藻糖。
31.权利要求29或权利要求30的方法，其中岩藻糖是通过包括HPLC、毛细管电泳、或MALDI-TOF质谱法的方法检测的。
32.一种药物组合物，包含权利要求1-23中任一项的组合物，以及可药用载体。
33.一种治疗个体中的癌症的方法，包括对个体施用有效量的权利要求32的药物组合物。
34.权利要求33的方法，其中所述癌症选自胃癌、乳腺癌、卵巢癌、子宫内膜癌、胰腺癌和食道癌。
35.权利要求34的方法，其中所述癌症是胃癌。
36.权利要求33至35中任一项的方法，其中所述癌症过表达FGFR2IIIb。
37.权利要求36的方法，其中FGFR2IIIb表达是通过免疫组化(IHC)测定的。
38.权利要求36或权利要求37的方法，其中所述癌症不包含FGFR2基因扩增。
39.权利要求33至37中任一项的方法，其中所述癌症包含FGFR2基因扩增。
40.权利要求33至39中任一项的方法，其中所述方法还包括施用选自铂剂、紫杉醇、多西他赛、吉西他滨、卡培他滨、伊诺替康、表柔比星、FOLFOX、FOLFIRI、亚叶酸钙、氟尿嘧啶、丝裂霉素C及盐酸多柔比星的至少一种其他治疗剂。
41.权利要求40的方法，其中所述铂剂选自顺铂、奥沙利铂、和卡铂。
42.权利要求41的方法，其中所述其他治疗剂是紫杉醇。
43.权利要求41的方法，其中其他治疗剂是顺铂和/或5-FU。
44.权利要求32的药物组合物用于治疗有需要的个体中的癌症的用途。
45.权利要求44的用途，其中所述癌症选自胃癌、乳腺癌、卵巢癌、子宫内膜癌、胰腺癌或食道癌。
46.权利要求45的用途，其中所述癌症是胃癌。
47.权利要求44至46中任一项的用途，其中所述癌症过表达FGFR2IIIb.
48.权利要求47的用途，其中FGFR2IIIb表达是通过免疫组化(IHC)测定的。
49.权利要求47或权利要求48的用途，其中所述癌症不包含FGFR2基因扩增。
50.权利要求42至48中任一项的用途，其中所述癌症包含FGFR2基因扩增。
51.一种用于治疗个体中的癌症的药物组合物，其包含有效量的权利要求1-23中任一项的抗FGFR2IIIb抗体以及可药用载体。
52.权利要求51的药物组合物，其中所述癌症选自胃癌、乳腺癌、卵巢癌、子宫内膜癌、胰腺癌和食道癌。
53.权利要求52的药物组合物，其中所述癌症是胃癌。
54.权利要求51至53中任一项的药物组合物，其中所述癌症过表达FGFR2IIIb。
55.权利要求54的药物组合物，其中FGFR2IIIb表达是通过免疫组化(IHC)测定的。
56.权利要求54或权利要求55的药物组合物，其中所述癌症不包含FGFR2基因扩增。
57.权利要求51至54中任一项的药物组合物，其中所述癌症包含FGFR2基因扩增。
无岩藻糖基化抗FGFR2IIIB抗体
发明领域
[0001] 提供了无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体。
[0002] 发明背景
[0003] 成纤维细胞生长因子(FGF)家族成员结合四种已知的酪氨酸激酶受体，成纤维细胞生长因子受体1-4(FGFR1-4)和它们的同种型，各种FGF结合不同的FGFR的程度不同(Zhang et al.,J.Biol.Chem.281:15694,2006)。一种人FGFR2的蛋白质序列在例如GenBank座位AF487553中提供。每个FGFR由：一个胞外域(ECD)，包含三个免疫球蛋白(Ig)样域(D1、D2和D3)；一个跨膜螺旋；和一个胞内催化性激酶域组成(Mohammadi et al.,Cytokine Growth Factor Revs,16:107,2005)。在D1和D2之间的接头中有一段连续的酸性氨基酸序列，称为“酸框”(acid box)(AB)。包含D1和AB的区域据信与该受体的自身抑制作用有关，该抑制作用被与配体的结合所解除。FGF与受体的结合主要是通过受体的D2和D3中的区域。FGFR以其mRNA的多种可变剪接为特征，这些可变剪接导致不同的同种型(Ornitz et al.,J.Biol.Chem.271:15292,1996；关于FGFR2及其同种型的序列，另见Swiss-Prot P21802及同种型P21802-1至-20)。值得注意的是，有的形式含有所有三个Ig域(α同种型)，或者仅含有两个Ig域D2和D3，而没有D1(β同种型)。在FGFR1-FGFR3中，所有形式均包含称为IIIa的D3的前半部分，但两种可选的外显子可供用于D3的另一半，导致IIIb和IIIc形式。对于FGFR2，它们分别称为FGFR2IIIb和FGFR2IIIc(或直接称为FGFR2b和FGFR2c)；相应的β形称为FGFR2(β)IIIb和FGFR2(β)IIIc。FGFR2的FGFR2IIIb形式(又称K-sam-II)是FGF1和KGF家族成员(FGF7,FGF10,和FGF22)的高亲和力受体，而FGFR2IIIc(又称K-sam-I)与FGF1和FGF2良好结合但不结合KGF家族成员(Miki et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89:246,1992)。事实上，FGFR2IIIb是KGF家族成员的唯一受体(Ornitz et al.,1996,在其引文中)，因此又称KGFR。
[0004] FGFR及其同种型在各种组织中差异表达。FGFR2IIIb(FGFR1和FGFR3的IIIb形式)在上皮细胞中表达，而FGFRIIIc在间充质组织中表达(Duan et al.,J.Biol.Chem.267:16076,1992；Ornitz et al.,1996，在其引文中)。这些受体的某些FGF配体有相反的表达模式。因此，KGF超家族成员，包括FGF7(KGF),FGF10,和FGF22，仅结合FGFRIIIb(Zhang et al.,在其引文中)，并在间充质组织中表达，因此可能是上皮细胞的旁分泌效应物(Ornitz et al.,1996,在其引文中)。相对地，FGF4超家族成员FGF4-6结合FGFR2IIIc，并在上皮细胞和间充质谱系中均有表达，因此可能具有自分泌或旁分泌功能。由于FGFR2及其配体的同种型的表达模式，FGFR2在上皮细胞-间充质互作中起重要作用(Finch et al.,Dev.Dyn.203:
223,1995)，因此小鼠中FGFR2IIIb敲除导致严重胚胎缺陷和死亡就不足为奇了(De Moerlooze et al.,Development127:483,2000)。
223,1995)，因此小鼠中FGFR2IIIb敲除导致严重胚胎缺陷和死亡就不足为奇了(De Moerlooze et al.,Development127:483,2000)。
[0005] KGF(FGF7)和KGFR(FGFR2IIIb)在许多胰腺癌中过表达(Ishiwata et al.,Am.J.Pathol.153:213,1998)，且它们的共表达与不良的预后相关(Cho et al.,Am.J.Pathol.170:1964,2007)。FGFR2基因的体细胞突变在一大组子宫内膜(子宫)癌瘤中的12％的癌瘤中被发现，且在受检的若干病例中为肿瘤细胞生存所必需(Dutt et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 105:8713,2008)。在两种肿瘤中，发现FGFR2突变是S252W取代，该突变亦与Apert综合征相关。FGFR2的扩增和过表达与未分化弥散型胃癌相关，后者的预后相当差，而小分子化合物对FGFR2活性的抑制强有力地抑制了此类癌细胞的增殖(Kunii et al.,Cancer Res.68:2340,2008；Nakamura et al.,Gastroenterol.131:1530,2006)。发明概要
[0006] 在一些实施方案中，提供抗FGFR2IIIb抗体，其中重链可变区包含：(i)包含SEQ ID NO:6的氨基酸序列的HVR-H1；(ii)包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列的HVR-H2；和(iii)包含SEQ ID NO:8的氨基酸序列的HVR-H3；且轻链可变区包含：(iv)包含SEQ ID NO:9的氨基酸序列的HVR-L1；(v)包含SEQ ID NO:10的氨基酸序列的HVR-L2；和(vi)包含SEQ ID NO:11的氨基酸序列的HVR-L3；其中该抗体是无岩藻糖基化的。在一些实施方案中，所述抗体在Asn297缺少岩藻糖。在一些实施方案中，提供包含多个抗FGFR2IIIb抗体的组合物，其中该组合物中的每个抗FGFR2IIIb抗体的重链可变区包含：(i)包含SEQ ID NO:6的氨基酸序列的HVR-H1；(ii)包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列的HVR-H2；和(iii)包含SEQ ID NO:8的氨基酸序列的HVR-H3；且该组合物中的每个抗FGFR2IIIb抗体的轻链可变区包含：(iv)包含SEQ ID NO:9的氨基酸序列的HVR-L1；(v)包含SEQ ID NO:10的氨基酸序列的HVR-L2；and(vi)包含SEQ ID NO:11的氨基酸序列的HVR-L3；其中该组合物中至少95％的抗体是无岩藻糖基化的。在一些实施方案中，所述组合物可以是来自产抗体细胞系的上清液。在一些实施方案中，所述组合物可以是缓冲(buffered)组合物。在一些实施方案中，重链可变域包含SEQ ID NO:4的氨基酸序列。在一些实施方案中，轻链可变域包含SEQ ID NO:5的氨基酸序列。在一些实施方案中，重链可变域包含SEQ ID NO:4的氨基酸序列且轻链可变域包含SEQ ID NO:5的氨基酸序列。在一些实施方案中，重链包含SEQ ID NO:2的氨基酸序列。在一些实施方案中，轻链包含SEQ ID NO:3的氨基酸序列。在一些实施方案中，重链包含SEQ ID NO:2的氨基酸序列且轻链包含SEQ ID NO:3的氨基酸序列。在一些实施方案中，提供了包含多个无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体的组合物，其中所述抗体与包含下述重链可变域与轻链可变域的抗体竞争对FGFR2IIIb的结合：所述重链可变域包含SEQ ID NO:4的氨基酸序列，所述轻链可变域包含SEQ ID NO:5的氨基酸序列。
[0007] 在一些实施方案中，所述抗体是单克隆抗体。在一些实施方案中，所述抗体是嵌合抗体。在一些实施方案中，所述抗体是人源化抗体。在本申请描述的任何实施方案中，所述抗体可包含κ轻链恒定区。在本申请描述的任何实施方案中，所述抗体可包含IgG1重链恒定区。
[0008] 在一些实施方案中，相比于具有相同氨基酸序列的岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体，所述抗体具有增强的体外ADCC活性。在一些实施方案中，所述无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体导致的特异性裂解比岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体导致的特异性裂解高至少10,至少15,至少20,至少25,至少30,至少35,至少40,至少45,至少50,至少60,至少65,至少70,或至少75个百分点。在一些实施方案中，使用表达FGFR2IIIb的Ba/F3细胞作为靶细胞，分离的人PBMC作为效应器细胞，来测定ADCC活性。
[0009] 在一些实施方案中，相比于具有相同氨基酸序列的岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体，所述抗体具有增强的对FcγRIIIA的亲和力。在一些实施方案中，无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体结合FcγRIIIA的亲和力是岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体的至少2倍,至少3倍,至少4倍,至少5倍,至少7倍,至少10倍,至少12倍,至少15倍,至少17倍,或至少20倍。在一些实施方案中，使用表面等离子体共振来确定对FcγRIIIA的亲和力。在一些实施方案中，FcγRIIIA选自FcγRIIIA(V158)和FcγRIIIA(F158)。在一些实施方案中，FcγRIIIA是FcγRIIIA(V158)。
[0010] 在本申请描述的任何实施方案中，所述抗体可结合FGFR2IIIb而不结合FGFR2IIIc。
[0011] 在本申请描述的任何实施方案中,包含多个无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体的组合物包含至少95％的无岩藻糖基化抗体。在本申请描述的任何实施方案中,包含多个无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体的组合物可具有无法检测的岩藻糖基化。在一些实施方案中，岩藻糖的存在可通过包括高效液相色谱(HPLC)、毛细管电泳、或MALDI-TOF质谱的方法来确定。
[0012] 在一些实施方案中，提供宿主细胞，所述细胞包含编码本申请所述的抗FGFR2IIIb抗体的核酸，其中所述宿主细胞缺少功能性α-1,6-岩藻糖基转移酶基因(FUT8)基因。在一些实施方案中，所述宿主细胞是CHO细胞。
[0013] 在一些实施方案中，提供了制造无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体的方法。在一些实施方案中，一种方法包括在适合于表达编码抗FGFR2IIIb抗体的条件下培养宿主细胞，其中所述宿主细胞缺少功能性α-1,6-岩藻糖基转移酶基因(FUT8)基因。在一些实施方案中，制造无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体的方法包括在适合于产生所述无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体的条件下培养所述宿主细胞。在一些实施方案中，所述方法还包括回收由宿主细胞产生的所述抗FGFR2IIIb抗体。在一些实施方案中，由宿主细胞产生的抗FGFR2IIIb抗体的少于5％包含岩藻糖。在一些实施方案中，由宿主细胞产生的抗FGFR2IIIb抗体的至少95％缺少岩藻糖(即，是无岩藻糖基化的)。在一些实施方案中，在由宿主细胞产生的抗FGFR2IIIb抗体中无法检测到岩藻糖。在一些实施方案中，通过包括高效液相色谱(HPLC)、毛细管电泳、或MALDI-TOF质谱的方法来确定岩藻糖的存在。
[0014] 在一些实施方案中，提供药物组合物，其中所述药物组合物包含本申请中所述的无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体和可药用载体。
[0015] 在一些实施方案中，提供治疗癌症的方法。在一些实施方案中，一种方法包括施用有效量的包含本申请所述的无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体及可药用载体的药物组合物。在一些实施方案中，所述癌症选自胃癌、乳腺癌、卵巢癌、子宫内膜癌、胰腺癌和食道癌。在一些实施方案中，所述癌症是胃癌。在一些实施方案中，所述癌症包含FGFR2基因扩增。在一些实施方案中，FGFR2扩增包括>3的FGFR2:CEN10(染色体10着丝粒)比。在一些实施方案中，所述癌症过表达FGFR2IIIb。在一些实施方案中，包含FGFR2过表达的癌症过表达FGFR2IIIb的程度高于FGFR2IIIc。在一些实施方案中，包含FGFR2扩增的癌症表达FGFR2IIIb的归一化水平超过FGFR2IIIc表达的归一化水平的2倍，3倍，5倍或10倍。在一些实施方案中，所述表达水平对GUSB归一化。在一些实施方案中，所述癌症过表达FGFR2IIIb但不包含FGFR2基因扩增。在一些实施方案中，FGFR2IIIb的表达或过表达通过IHC确定。在一些实施方案中，IHC对肿瘤细胞的1+、2+或3+染色表明FGFR2IIIb过表达。在一些实施方案中，肿瘤细胞中IHC的
2+或3+染色表明FGFR2IIIb过表达。在一些实施方案中，如实施例6中所述对IHC染色评分。
2+或3+染色表明FGFR2IIIb过表达。在一些实施方案中，如实施例6中所述对IHC染色评分。
[0016] 在一些实施方案中，治疗癌症的方法还包括施用选自铂剂、紫杉醇、凯素多西他赛、吉西他滨、卡培他滨、伊诺替康、表柔比星、FOLFOX、FOLFIRI、亚叶酸钙、氟尿嘧啶、丝裂霉素C、和盐酸多柔比星的至少一种其他治疗剂。在一些实施方案中，所述铂剂选自顺铂,奥沙利铂,和卡铂。在一些实施方案中，治疗癌症的方法还包括施用紫杉醇。在一些实施方案中，治疗癌症的方法还包括施用顺铂和/或5-FU。
[0017] 在一些实施方案中，提供了包含如本申请所述的无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体及可药用载体的药物组合物的用途。在一些实施方案中，这样的用途是用于在患有癌症的个体中治疗癌症。在一些实施方案中，所述癌症选自胃癌,乳腺癌,卵巢癌,子宫内膜癌,胰腺癌,或食道癌。在一些实施方案中，所述癌症是胃癌。在一些实施方案中，所述癌症包含FGFR2基因扩增。在一些实施方案中，FGFR2扩增包括>3的FGFR2:CEN10(染色体10着丝粒)比。在一些实施方案中，所述癌症过表达FGFR2IIIb。在一些实施方案中，包含FGFR2过表达的癌症过表达FGFR2IIIb的程度高于FGFR2IIIc。在一些实施方案中，包含FGFR2扩增的癌症表达FGFR2IIIb的归一化水平超过FGFR2IIIc表达的归一化水平的2倍，3倍，5倍或10倍。在一些实施方案中，所述表达水平对GUSB归一化。在一些实施方案中，所述癌症过表达FGFR2IIIb但不包含FGFR2基因扩增。在一些实施方案中，FGFR2IIIb的表达或过表达通过IHC确定。在一些实施方案中，IHC对肿瘤细胞的1+、2+或3+染色表明FGFR2IIIb过表达。在一些实施方案中，肿瘤细胞中IHC的2+或3+染色表明FGFR2IIIb过表达。在一些实施方案中，如实施例6中所述对IHC染色评分。
[0018] 在一些实施方案中，提供用于治疗癌症的药物组合物，其中所述药物组合物包含本申请中描述的无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体和可药用载体。在一些实施方案中，所述癌症选自胃癌,乳腺癌,卵巢癌,子宫内膜癌,胰腺癌,或食道癌。在一些实施方案中，所述癌症是胃癌。在一些实施方案中，所述癌症包含FGFR2基因扩增。在一些实施方案中，FGFR2扩增包括>3的FGFR2:CEN10(染色体10着丝粒)比。在一些实施方案中，所述癌症过表达FGFR2IIIb。在一些实施方案中，包含FGFR2过表达的癌症过表达FGFR2IIIb的程度高于FGFR2IIIc。在一些实施方案中，包含FGFR2扩增的癌症表达FGFR2IIIb的归一化水平超过FGFR2IIIc表达的归一化水平的2倍，3倍，5倍或10倍。在一些实施方案中，所述表达水平对GUSB归一化。在一些实施方案中，所述癌症过表达FGFR2IIIb但不包含FGFR2基因扩增。在一些实施方案中，FGFR2IIIb的表达或过表达通过IHC确定。在一些实施方案中，IHC对肿瘤细胞的1+、2+或3+染色表明FGFR2IIIb过表达。在一些实施方案中，肿瘤细胞中IHC的2+或3+染色表明FGFR2IIIb过表达。在一些实施方案中，如实施例6中所述对IHC染色评分。
[0020] 图1A至1C显示无岩藻糖基化的αFGFR2bA和岩藻糖基化的αFGFR2bF针对表达FGFR2IIIb的Ba/F3细胞的ADCC活性，如实施例3中讨论的。在图例中，“αFGFR2bF/FGFR2b”表示用表达FGFR2IIIb的Ba/F3靶细胞测试岩藻糖基化的αFGFR2bF抗体。
[0021] 图2A至2D显示在OCUM-2M胃癌异种移植物模型中10mg/kg(A、B)和3mg/kg(C、D)无岩藻糖基化的αFGFR2bA和岩藻糖基化的αFGFR2bF的功效，如实施例4中所述。
[0022] 图3A和3B显示在OCUM-2M胃癌异种移植物模型中无岩藻糖基化的αFGFR2bA的剂量依赖性功效，如实施例4中所述。
[0023] 图4A和4B显示在OCUM-2M胃癌异种移植物模型中无岩藻糖基化的αFGFR2bA与紫杉醇的联合疗法的功效，如实施例4中所述。
[0024] 图5A和5B显示在OCUM-2M胃癌异种移植物模型中无岩藻糖基化的αFGFR2bA与5-FU/顺铂的联合疗法的功效，如实施例4中所述。
[0025] 图6A和6B在MFM-223乳腺癌异种移植物模型中无岩藻糖基化的αFGFR2bA的功效，如实施例4中所述。
[0026] 图7显示如实施例1所述在(A) CHOK1SV细胞和(B)CHOK1SV细胞中产生的αFGFR2b抗体的聚糖谱。
[0027] 图8显示抗体中通常出现的N-连接聚糖的示意图。
[0028] 图9显示使用递增浓度的αFGFR2bA或αFGFR2bF时Ba/F3FGF2b细胞的ADCC。测定以正常人PBMC实施，E:T比25:1，如实施例5所述。数据作为LDH释放作图。
[0029] 图10显示使用递增浓度的αFGFR2bA或αFGFR2bF时OCUM-2M细胞的ADCC。测定以正常人PBMC实施，E:T比25:1，如实施例5所述。数据作为百分比特异性裂解作图。
[0030] 图11A至11F显示使用免疫组化检测肿瘤组织样品中的FGFR2IIIb，如实施例6描述的。
[0031] 发明详述
[0032] 提供了结合FGFR2IIIb的无岩藻糖基化抗体。在一些实施方案中，还提供了能够形成结合FGFR2IIIb的抗体的无岩藻糖基化抗体重链和轻链。在一些实施方案中，提供了包含一个或多个特定高变区(HVR)的无岩藻糖基化抗体、重链、和轻链。在一些实施方案中，无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体相对于岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体具有增强的ADCC活性。在一些实施方案中，无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体相对于岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体具有增强的对FcγRIIIA的亲和力。在一些实施方案中，无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体相对于岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体具有增强的对FcγRIIIA(V158)的亲和力。在一些实施方案中，无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体相对于岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体具有增强的对FcγRIIIA(F158)的亲和力。在一些实施方案中，无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体不结合FGFR2IIIc。
[0033] 提供了编码结合FGFR2IIIb的抗体的多核苷酸。还提供了编码抗体重链或轻链的多核苷酸。提供了表达无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体的宿主细胞。提供了使用针对FGFR2IIIb的无岩藻糖基化抗体的治疗方法。这样的方法包括，但不限于治疗癌症，如胃癌,乳腺癌,卵巢癌,子宫内膜癌,胰腺癌,和食道癌的方法。
[0034] 本申请中所用的小节标题只是用于组织文章的目的，不应被解释为对描述的主题构成限制。
[0036] 本申请中描述或引证的技术和流程都是本领域技术人员普遍熟知并通过常规方法学经常利用的，比如，举例而言，下列文献中描述的广泛使用的方法学：Sambrook et al.,Molecular Cloning:A Laboratory Manual 3rd.edition(2001)Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY(F.M.Ausubel,et al.eds.,(2003))；the series METHODS IN ENZYMOLOGY(Academic Press,Inc.):PCR 2:A PRACTICAL APPROACH(M.J.MacPherson,B.D.Hames and G.R.Taylor eds.(1995)),Harlow and Lane,eds.(1988)ANTIBODIES,A LABORATORY MANUAL,and ANIMAL CELL CULTURE(R.I.Freshney,ed.(1987))；Oligonucleotide Synthesis(M.J.Gait,ed.,1984)；Methods in Molecular Biology,Humana Press；Cell Biology:A Laboratory Notebook(J.E.Cellis,ed.,1998)Academic Press；Animal Cell Culture(R.I.Freshney),ed.,1987)；Introduction to Cell and Tissue Culture(J.P.Mather and P.E.Roberts,1998)Plenum Press；Cell and Tissue Culture Laboratory Procedures(A.Doyle,J.B.Griffiths,and D.G.Newell,eds.,1993-8)J.Wiley and Sons；Handbook of Experimental Immunology(D.M.Weir and C.C.Blackwell,eds.)；Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells(J.M.Miller and M.P.Calos,eds.,1987)；PCR:The Polymerase Chain Reaction,(Mullis et al.,eds.,
1994)；Current Protocols in Immunology(J.E.Coligan et al.,eds.,1991)；Short Protocols in Molecular Biology(Wiley and Sons,1999)；Immunobiology(C.A.Janeway and P.Travers,1997)；Antibodies(P.Finch,1997)；Antibodies:A Practical Approach(D.Catty.,ed.,IRL Press,1988-1989)；Monoclonal Antibodies:A Practical Approach(P.Shepherd and C.Dean,eds.,Oxford University Press,2000)；Using Antibodies:A Laboratory Manual(E.Harlow and D.Lane(Cold Spring Harbor Laboratory Press,
1999)；The Antibodies(M.Zanetti and J.D.Capra,eds.,Harwood Academic
Publishers,1995)；以及Cancer:Principles and Practice of Oncology(V.T.DeVita et al.,eds.,J.B.Lippincott Company,1993)；以及上述文献的更新版本。
1994)；Current Protocols in Immunology(J.E.Coligan et al.,eds.,1991)；Short Protocols in Molecular Biology(Wiley and Sons,1999)；Immunobiology(C.A.Janeway and P.Travers,1997)；Antibodies(P.Finch,1997)；Antibodies:A Practical Approach(D.Catty.,ed.,IRL Press,1988-1989)；Monoclonal Antibodies:A Practical Approach(P.Shepherd and C.Dean,eds.,Oxford University Press,2000)；Using Antibodies:A Laboratory Manual(E.Harlow and D.Lane(Cold Spring Harbor Laboratory Press,
1999)；The Antibodies(M.Zanetti and J.D.Capra,eds.,Harwood Academic
Publishers,1995)；以及Cancer:Principles and Practice of Oncology(V.T.DeVita et al.,eds.,J.B.Lippincott Company,1993)；以及上述文献的更新版本。
[0037] I.定义
[0038] 除非另有说明，与本发明相关使用的科学与技术术语应采取本领域技术人员通常理解的含义。此外，除非上下文另有要求或者另有明确表示，单数术语应包括复数，复数术语应包括单数。
[0039] 应理解本申请中描述的本发明的方面和实施方案包括“组成”或“基本上组成”方面和实施方案。如本申请中使用的，单数形式“一”和“该”包括复数指代，除非另有说明。
[0041] 如本领域技术人员理解的，本申请中提到“约”某一值或参数，即包括(且记载)了涉及该值或参数本身的实施方案。例如，涉及“约X”的记载包括了对“X”的记载。
[0042] 术语“核酸分子”、“核酸”和“多核苷酸”可互换使用，指核苷酸的聚合物。这样的核苷酸聚合物可包含天然和/或非天然核苷酸，且包括，但不限于，DNA、RNA和PNA。“核酸序列”指构成核酸分子或多核苷酸的核苷酸的线性序列。
[0043] 术语“多核苷酸”和“蛋白质”指氨基酸残基的聚合物，不限于某一最小长度。这样的氨基酸残基聚合物可包含天然或非天然氨基酸残基，且包括，但不限于肽、寡肽、氨基酸残基的二聚体、三聚体和多聚体。全长蛋白质及其片段均为该定义所涵盖。该术语还包括多肽的翻译后修饰，例如糖基化、唾液酸化、乙酰化、磷酸化，等等。此外，为本发明的目的，“多肽”指包括对天然序列的修饰，比如缺失、添加和取代(通常是保守性质的)的蛋白质，只要该蛋白质维持想要的活性。这些修饰可以是有意的，如通过定点诱变得到的，或者是意外的，如由于产生该蛋白质的宿主的突变或者由于PCR扩增的错误而造成的。
[0044] “FGFR2IIIb”或“FGFR2b”可互换使用，指成纤维细胞生长因子受体2IIIb剪接形式。一种示例性的人FGFR2IIIb在GenBank登录号NP_075259.4(日期：2013年7月7日)中显示。一种非限制性的示例性成熟人FGFR2IIIb氨基酸序列示于SEQ ID NO:1。
[0045] “FGFR2IIIc”或“FGFR2c”可互换使用，指成纤维细胞生长因子受体2IIIc剪接形式。一种示例性的人FGFR2IIIc在GenBank登录号NP_000132.3(日期：2013年7月7日)中显示。一种非限制性的示例性成熟人FGFR2IIIc氨基酸序列示于SEQ ID NO:12。
[0046] 术语“表位”指靶分子(例如抗原，比如蛋白质、核酸、糖或脂类)上被抗原结合分子(例如抗体、抗体片段或包含抗体结合区域的骨架蛋白)所结合的位点。表位经常由氨基酸、多肽或糖侧链等分子的化学活跃聚团所组成，且具有特定的三维结构特征以及特定的电荷性质。表位可以由靶分子的邻接的或并置的非邻接残基(例如氨基酸、核苷酸、糖、脂质部分)。由邻接残基(例如氨基酸、核苷酸、糖、脂质部分)构成的表位在暴露于致变性溶剂时通常保持，而由三级折叠形成的表位通常在用致变性溶剂处理时会丧失。表位可包括但不限于至少3个、至少5个或8-10个残基(例如氨基酸或核苷酸)。在一些实例中，表位的长度少于20个残基(例如氨基酸或核苷酸)，少于15个残基或少于12个残基。两个抗体如果显示对抗原的竞争性结合，则可能结合该抗原内的相同表位。
[0047] “非线性表位”或“构象表位”包含抗原性蛋白质内被特异于该表位的抗体所结合的非邻接多肽、氨基酸和/或糖。
[0048] “线性表位”包含抗原性蛋白质内被特异于该表位的抗体所结合的邻接多肽、氨基酸和/或糖。
[0049] 术语“抗体”在本文中以最广义使用，涵盖各种抗体结构，包括但不限于单克隆抗体、多克隆抗体、多特异性抗体(例如双特异性抗体)，以及抗体片段，只要它们显示想要的抗原结合活性。
[0050] 术语“抗体”包括，但不限于能够结合抗原的片段，诸如Fv,单链Fv(scFv),Fab,Fab’,和(Fab’)2。用木瓜蛋白酶消化抗体产生两个相同的抗原结合片段，每个片段有一个单独的抗原结合位点，和残余的“Fc”片段，后者的名称反映其容易结晶的能力。胃蛋白酶处理产生一个F(ab’)2片段，该片段具有两个抗原结合位点，并仍然能够交联抗原。术语“抗体”还包括，但不限于嵌合抗体、人源化抗体、以及不同物种如小鼠、人、短尾猴等的抗体。
[0052] 术语“重链恒定区”是指包含至少三个重链恒定域：CH1,CH2,和CH3的区域。非限制性的示例重链恒定区包括γ、δ和α。限制性的示例重链恒定区还包括ε和μ。每种重链恒定区对应一种抗体同种型。例如，包含γ恒定区的抗体是IgG抗体，包含δ恒定区的抗体是IgD抗体，且包含α恒定区的抗体是IgA抗体。此外，包含μ恒定区的抗体是IgM抗体，且包含ε恒定区的抗体是IgE抗体。特定同种型可进一步分成亚类。例如IgG抗体包括，但不限于IgG1(包含γ1恒定区)、IgG2(包含γ2恒定区)、IgG3(包含γ3恒定区)、和IgG4(包含γ4恒定区)抗体；IgA抗体包括，但不限于IgA1(包含α1恒定区)和IgA2(包含α2恒定区)抗体；IgM抗体包括，但不限于IgM1和IgM2。
[0053] 术语“重链”是指包含至少一个重链可变区，有或没有前导序列的多肽。在一些实施方案中，重链包含重链可变区的至少一部分。术语“全长重链”是指包含重链可变区和重链恒定区，有或没有前导序列的多肽。
[0054] 术语“轻链可变区”是指包含轻链HVR1、框架(FR)2、HVR2、FR3及HVR3的区域。在一些实施方案中，轻链可变区还包含FR1和/或FR4。
[0055] 术语“轻链恒定区”是指包含轻链恒定域，CL的区域。非限制性的示例轻链恒定区包括λ和κ。
[0056] 术语“轻链”是指至少包含轻链可变区，有或没有前导序列的多肽。在一些实施方案中，轻链包含轻链恒定区的至少一部分。术语“全长轻链”知识包含轻链可变区和轻链恒定区，有或没有前导序列的多肽。
[0057] 术语“高变区”或“HVR”是指每个在序列上高度可变、并且/或者形成结构上限定的环(“高变环”)的抗体可变域。一般而言，天然的四链抗体包含六个HVR；三个在VH中(H1,H2,H3)，三个在VL中(L1,L2,L3)。HVR一般包含来自高变环和/或来自“互补决定区”(CDR)的氨基酸残基，后者的序列可变性最高并且/或者参与抗原识别。示例的高变环出现在氨基酸残基26-32(L1),50-52(L2),91-96(L3),26-32(H1),53-55(H2),和96-101(H3)(Chothia and Lesk,J.Mol.Biol.196:901-917(1987))。示例的CDR(CDR-L1,CDR-L2,CDR-L3,CDR-H1,CDR-H2,and CDR-H3)出现在L1的氨基酸残基24-34、L2的氨基酸残基50-56、L3的氨基酸残基89-97、H1的氨基酸残基31-35B、H2的氨基酸残基50-65、和H3的氨基酸残基95-102。(Kabat et al.,Sequences of Proteins of Immunological Interest,5th Ed.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD(1991))。术语“高变区”(HVR)和“互补决定区(CDR)在本申请中可互换使用，指代可变区中形成抗原结合区域的部分。
[0058] 为本申请的目的，“接受体人框架”是这样的框架，其包含源自人免疫球蛋白框架或人共有框架(如下文定义)的轻链可变域(VL)框架或重链可变域(VH)框架的氨基酸序列。源自人免疫球蛋白框架或人共有框架的接受体人框架可包含与上述者相同的氨基酸序列，或可以包含氨基酸序列改变。在一些实施方案中，氨基酸改变的数目为10个或更少，9个或更少，8个或更少，7个或更少，6个或更少，5个或更少，4个或更少，3个或更少，或2个或更少。
在一些实施方案中，VL接受体人框架的序列与VL人免疫球蛋白框架序列或人共有框架序列相同。
在一些实施方案中，VL接受体人框架的序列与VL人免疫球蛋白框架序列或人共有框架序列相同。
[0059] “亲和力”是指某种分子(例如抗体)的单个结合位点与其结合伙伴(例如抗原)之间的非共价相互作用的总和。在一些实施方案中，“结合亲和力”指内在结合亲和力，其反映结合对成员(例如抗体和抗原)之间的1:1相互作用。分子X对其伙伴Y的亲和力通常可由解离常数(Kd)表示。亲和力可通过本领域已知的普通方法，包括本申请中描述的那些方法来测量。
[0060] “亲和力成熟的”抗体是指在一个或多个高变区(HVR)和/或互补决定区(CDR)中有一处或多处改变(相比于无此改变的亲本抗体)的抗体，所述的改变导致该抗体对抗原的亲和力改善。
[0061] “嵌合抗体”是指这样的抗体，其中重链和/或轻链的一部分源自特定来源或物种，而重链和/或轻链的其余部分来自另一不同来源或物种。在一些实施方案中，嵌合抗体指这样的抗体，其包含来自第一物种(诸如小鼠、大鼠、短尾猴等)的至少一个可变区，以及来自第二物种(如人、短尾猴等)的至少一个恒定区。在一些实施方案中，嵌合抗体包含至少一个小鼠可变区和至少一个人恒定区。在一些实施方案中，嵌合抗体包含至少一个短尾猴可变区和至少一个人恒定区。在一些实施方案中，嵌合抗体的所有可变区都来自第一物种，嵌合抗体的所有恒定区都来自第二物种。
[0062] “人源化抗体”指这样的抗体，其中非人可变区的框架区中的至少一个氨基酸已经被替换为来自人可变区的相应氨基酸。在一些实施方案中，人源化抗体包含至少一个人恒定区或其框架区。在一些实施方案中，人源化抗体是Fab、scFv、(Fab')2等等。
[0063] “HVR嫁接抗体”指这样的人源化抗体，其中第一(非人)物种的一个或多个高变区(HVR)已经被嫁接到第二(人)物种的框架区(FR)上。
[0064] “功能性Fc区”具有天然序列Fc区的“效应器功能”。示例的“效应器功能”包括Fc受体结合；C1q结合；CDC；ADCC；吞噬作用；细胞表面受体(例如B细胞受体；BCR)的下调，等等。这样的效应器功能一般要求Fc区与结合域(例如抗体可变域)联合，并可以使用各种测定法评估。
[0065] “天然序列Fc区”包含与自然界中所见的Fc区的氨基酸序列相同的氨基酸序列。天然序列人Fc区包括天然序列人IgG1Fc区(非-A异型和A异型)；天然序列人IgG2Fc区；天然序列人gG3区；和天然序列人IgG4Fc区，以及它们的天然存在的变体。
[0066] “变体Fc区”包含与天然序列Fc区相差至少一个氨基酸修饰的氨基酸序列。
[0067] “Fc受体”或“FcR”描述的是结合抗体的Fc区的受体。在一些实施方案中，FcγR是天然人FcR。在一些实施方案中，FcR是结合IgG抗体的(γ受体)，并包括属于FcγRI,FcγRII,及FcγRIII亚类的受体，包括那些受体的等位基因变体和可变剪接形式。FcγRII受体包括FcγRIIA(“活化性受体”)和FcγRIIB(“抑制性受体”)，二者具有类似的氨基酸序列，不同之处主要在于胞质域。活化性受体FcγRIIA在其胞质域中含有基于免疫受体酪氨酸的活化基序(ITAM)。抑制性受体FcγRIIB在其胞质域中含有含有基于免疫受体酪氨酸的抑制基序(ITIM)。(参见例如Daeron,Annu.Rev.Immunol.15:203-234(1997))。FcR在例如Ravetch and Kinet,Annu.Rev.Immunol 9:457-92(1991)；Capel et al.,Immunomethods 4:25-34(1994)；及de Haas et al.,J.Lab.Clin.Med.126:330-41(1995)中有综述。其他FcR，包括将来要被鉴定的那些，涵盖在本申请的术语“FcR”之中。
[0068] 术语“Fc受体”或“FcR”还包括新生儿受体，FcRn，其负责将母体的IgG转移给胎儿(Guyer et al.,J.Immunol.117:587(1976)and Kim et al.,J.Immunol.24:249(1994))，并负责调节免疫球蛋白的稳态。测量对FcRn的结合的方法是已知的(参见例如，Ghetie and Ward.,Immunol.Today 18(12):592-598(1997)；Ghetie et al.,Nature Biotechnology,15(7):637-640(1997)；Hinton et al.,J.Biol.Chem.279(8):6213-6216(2004)；WO 2004/
92219(Hinton et al.)。
92219(Hinton et al.)。
[0069] “效应器功能”指可以归属于抗体的Fc区的生物学活性，其因抗体同种型而异。抗体效应器功能的例子包括：C1q结合以及补体依赖性细胞毒作用(CDC)；Fc受体结合；抗体依赖性细胞介导的细胞毒作用(ADCC)；胞吞作用；细胞表面受体(例如B细胞受体)的下调；以及B细胞活化。
[0070] “人效应器细胞”是表达一种或多种FcR并执行效应器功能的白细胞。在特定实施方案中，所述细胞至少表达FcγRIII并执行ADCC效应器功能。可介导ADCC的人白细胞的例子包括外周血单个核细胞(PBMC)、天然杀伤(NK)细胞、单核细胞、巨噬细胞、细胞毒T细胞、以及嗜中性粒细胞。效应器细胞可分离自天然来源，例如来自血液。
[0071] “抗体依赖性细胞介导的细胞毒作用”或“ADCC”指一种细胞毒作用，其中分泌的Ig结合于特定细胞毒性细胞(例如NK细胞，嗜中性粒细胞和巨噬细胞)表面上存在的Fc受体(FcR)之上，使得这些细胞毒性效应器细胞能够特异性结合携带抗原的靶细胞，然后用细胞毒素杀死该靶细胞。介导ADCC的主要细胞——NK细胞，仅表达FcγRIII，而单核细胞表达FcγRI,FcγRII,和FcγRIII。造血细胞上的FcR表达在Ravetch and Kinet,Annu.Rev.Immunol9:457-92(1991)中第464页的表3中有总结。为了评估感兴趣的分子的ADCC活性，可以实施体外ADCC测定法，例如美国专利5,500,362或5,821,337或美国专利6,
737,056(Presta)中描述的那些。对此类测定法有用的效应器细胞包括PBMC和NK细胞。并且/或者，可以在体内评估感兴趣的分子的ADCC活性，例如在动物模型中，如Clynes et al.Proc.Natl.Acad.Sci.(USA)95:652-656(1998)公开的动物模型中。其他具有改变的Fc区氨基酸序列以及增加或减少的ADCC活性的抗体在例如美国专利7,923,538、以及美国专利7,994,290中有描述。
737,056(Presta)中描述的那些。对此类测定法有用的效应器细胞包括PBMC和NK细胞。并且/或者，可以在体内评估感兴趣的分子的ADCC活性，例如在动物模型中，如Clynes et al.Proc.Natl.Acad.Sci.(USA)95:652-656(1998)公开的动物模型中。其他具有改变的Fc区氨基酸序列以及增加或减少的ADCC活性的抗体在例如美国专利7,923,538、以及美国专利7,994,290中有描述。
[0072] 具有“增强的ADCC活性”的抗体是指这样的抗体，当此类抗体与亲本抗体在测定中使用的量基本相同时，相比于亲本抗体而言该抗体在体外或体内介导ADCC更有效，其中该抗体与亲本抗体在至少一个结构方面有差异。在一些实施方案中，所述抗体和亲本抗体具有相同的氨基酸序列，但该抗体是无岩藻糖基化的，而亲本抗体是岩藻糖基化的。在一些实施方案中，ADCC活性将使用如本申请公开的体外ADCC测定法加以确定，但其他用于测定ADCC活性的测定或方法，例如使用动物模型等，也在考虑之内。在一些实施方案中，具有增强的ADCC活性的抗体具有增强的对FcγRIIIA的活性。在一些实施方案中，具有增强的ADCC活性的抗体具有增强的对FcγRIIIA(V158)的活性。在一些实施方案中，具有增强的ADCC活性的抗体具有增强的对FcγRIIIA(F158)的活性。
[0073] 具有“改变的”FcR结合亲和力或ADCC活性的抗体是这样的抗体：其相比于亲本抗体具有增强的或减弱的FcR结合亲和力和/或ADCC活性，其中该抗体或亲本抗体在至少一个结构方面有差异。对FcR“展示增加的结合”的抗体以比亲本抗体好的亲和力结合至少一种FcR。对FcR“展示减少的结合”的抗体以比亲本抗体低的亲和力结合至少一种FcR。对FcR展示减少的结合的抗体可能具有极少或无可觉察的对FcR的结合，例如如天然序列IgG Fc区相比0-20％的对FcR的结合。
[0074] “增强的对FcγRIIIA的亲和力”指抗体具有比亲本抗体更高的对FcγRIIIA(在某些情况下亦称为CD16a)的亲和力，其中该抗体或亲本抗体在至少一个结构方面有差异。在一些实施方案中，所述抗体和亲本抗体具有相同的氨基酸序列，但该抗体是无岩藻糖基化的，而亲本抗体是岩藻糖基化的。可以使用任何用于测定对FcγRIIIA的亲和力的合适方法。在一些实施方案中，对FcγRIIIA的亲和力通过本申请描述的方法来测定。在一些实施方案中，具有增强的对FcγRIIIA的亲和力的抗体具有增强的ADCC活性。在一些实施方案中，具有增强的对FcγRIIIA的亲和力的抗体具有增强的对FcγRIIIA(V158)的亲和力。在一些实施方案中，具有增强的对FcγRIIIA的亲和力的抗体具有增强的对FcγRIIIA(F158)的亲和力。
[0075] “无岩藻糖基”的抗体或“缺少岩藻糖”的抗体指在其恒定区糖基化中缺少岩藻糖的IgG1或IgG3同种型抗体。人IgG1或IgG3的糖基化在Asn97处发生，呈核心岩藻糖基化双分支复合寡糖糖基化的形式，以最多2个Gal残基作为末端。在一些实施方案中，无岩藻糖基化的抗体在Asn297缺少岩藻糖。这些结构被标记为G0,G1(α1,6或α1,3)或G2聚糖残基，取决于末端Gal残基的量。参见例如，Raju,T.S.,BioProcess Int.1:44-53(2003)。抗体Fc的CHO型糖基化在例如Routier,F.H.,Glycoconjugate J.14:201-207(1997)中描述。在一些实施方案中，在非糖修饰的CHO宿主细胞中重组表达的一批抗体中的至少85％在Asn297是岩藻糖基化的。当提到包含多个抗体的组合物时，如果组合物中<5％的抗体在Asn297包含岩藻糖，则认为这些抗体是无岩藻糖基化的。测量岩藻糖的方法包括本领域已知的任何方法，包括本申请中描述的方法。在一些实施方案中，通过实施例1中描述的方法检测岩藻糖。在一些实施方案中，在包含多个无岩藻糖基化抗体的组合物中无法检测到岩藻糖。在一些实施方案中，无岩藻糖基化抗体具有增强的ADCC活性。在一些实施方案中，无岩藻糖基化抗体具有增强的对FcγRIIIA的亲和力。在一些实施方案中，无岩藻糖基化抗体具有增强的对FcγRIIIA(V158)的亲和力。在一些实施方案中，无岩藻糖基化抗体具有增强的对FcγRIIIA(F158)的亲和力。
[0076] “补体依赖的细胞毒作用”或“CDC”指在补体的作用下裂解靶细胞。经典补体通路的活化被补体系统的第一组分(C1q)与抗体(属于合适的亚类)的结合所启动，上述抗体结合于其关联抗原。为了评估补体活化，可以实施CDC测定，如Gazzano-Santoro et al.,J.Immunol.Methods 202:163(1996)中描述的。具有改变的Fc区氨基酸序列以及增加或减少的C1q结合能力的抗体在例如美国专利6,194,551B1,美国专利7,923,538,美国专利7,994,290和WO1999/51642中描述。另参见例如Idusogie et al.,J.Immunol.164:4178-4184(2000)。
[0077] 如本申请中使用的，术语“基本上相似”或“基本上相同”意味着两个或更多个数值有足够程度的相似性，以致于本领域技术人员会认为在由该值度量的生物学特征的语境中，这两个或更多个值之间的差异几乎没有生物学和/或统计学上的显著性。在一些实施方案中，两个或更多个基本上相似的值相差不超过约5％,10％,15％,20％,25％或50％。
[0078] 如本申请中使用的，短语“实质上降低”或“实质上不同”，意指两个数值之间的差异程度足够高，以致于本领域技术人员会认为在由该值度量的生物学特征的语境中，这两个或更多个值之间的差异有统计学上的显著性。在一些实施方案中，两个实质上不同的数值之间的差异大于约10％,20％,25％,30％,35％,40％,45％,50％,60％,70％,80％,90％,或100％。
[0079] 术语“前导序列”和“信号序列”可互换使用，指位于多肽的N末端，帮助多肽从哺乳动物细胞分泌的氨基酸残基序列。前导序列在多肽从哺乳动物细胞外运时可能被切割，形成成熟蛋白。前导序列可以是天然的或人工的，且对于它们所附接于的蛋白质而言它们可以是异源的或同源的。
[0080] “天然序列”的多肽包括这样的多肽，其具有与自然界中出现的多肽相同的氨基酸序列。因此，天然序列多肽可具有来自任何哺乳动物的天然存在多肽的氨基酸序列。这样的天然序列多肽可以从自然界分离，或者可以通过重组或合成手段生产。术语“天然序列”多肽特别地涵盖该多肽的天然存在的截短形式或分泌形式(例如胞外域序列)、天然存在的变体形式(例如可变剪接形式)，以及该多肽的天然存在的等位基因变体。
[0081] 多肽“变体”意指这样的生物学活性多肽，当将该多肽序列与天然序列多肽的序列比对，并视需要引入缺口以达到最大百分比序列同一性，且不把任何保守取代视为序列同一性的一部分时，该多肽与天然序列多肽具有至少约80％氨基酸序列同一性。这样的变体包括，例如，其中多肽的N-端或C-端添加或缺失一个或多个氨基酸残基的多肽。在一些实施方案中，变体会具有至少约80％氨基酸序列同一性。在一些实施方案中，变体会具有至少约90％氨基酸序列同一性。在一些实施方案中，变体与天然序列多肽会具有至少约95％氨基酸序列同一性。
[0082] 如本文中使用的，就某一肽、多肽或抗体序列而言的“百分比(％)氨基酸序列同一性”和“同源性”定义为当将候选序列与特定肽或多肽序列比对，并视需要引入缺口以达到最大百分比序列同一性，且不把任何保守取代视为序列同一性的一部分时，候选序列中与特定肽或多肽序列中的氨基酸残基相同的氨基酸残基的百分比。为确定百分比序列同一性目的的比对可以用本领域技术人员能力范围之内的多种方式来实现，例如，使用公众可获TM得的计算机软件，如BLAST,BLAST-2,ALIGN或MEGALIGN (DNASTAR)软件等。本领域技术人员能确定用于测量比对的合适参数，包括为在比较的序列的全长上实现最大对齐所需要的任何算法。
[0083] 氨基酸取代可包括但不限于将多肽中的一个氨基酸替换为另一个氨基酸。保守取代在表1中“优选的取代”标题下示出。更实质性的改变在表1的“示例性取代”标题下给出，且在下文中结合氨基酸侧链类别进一步说明。可以将氨基酸取代导入感兴趣的抗体并筛选产物是否有想要的活性，例如保留的/改善的抗原结合、减少的免疫原性，或改善的ADCC或CDC。
[0084] 表1
[0085]原残基 示例性取代 优选的取代
Ala(A) Val；Leu；Ile Val
Arg(R) Lys；Gln；Asn Lys
Asn(N) Gln；His；Asp,Lys；Arg Gln
Asp(D) Glu；Asn Glu
Cys(C) Ser；Ala Ser
Gln(Q) Asn；Glu Asn
Glu(E) Asp；Gln Asp
Gly(G) Ala Ala
His(H) Asn；Gln；Lys；Arg Arg
Ile(I) Leu；Val；Met；Ala；Phe；正亮氨酸 Leu
Leu(L) 正亮氨酸；Ile；Val；Met；Ala；Phe Ile
Lys(K) Arg；Gln；Asn Arg
Met(M) Leu；Phe；Ile Leu
Phe(F) Trp；Leu；Val；Ile；Ala；Tyr Tyr
Pro(P) Ala Ala
Ser(S) Thr Thr
Thr(T) Val；Ser Ser
Trp(W) Tyr；Phe Tyr
Tyr(Y) Trp；Phe；Thr；Ser Phe
Val(V) Ile；Leu；Met；Phe；Ala；正亮氨酸 Leu
Ala(A) Val；Leu；Ile Val
Arg(R) Lys；Gln；Asn Lys
Asn(N) Gln；His；Asp,Lys；Arg Gln
Asp(D) Glu；Asn Glu
Cys(C) Ser；Ala Ser
Gln(Q) Asn；Glu Asn
Glu(E) Asp；Gln Asp
Gly(G) Ala Ala
His(H) Asn；Gln；Lys；Arg Arg
Ile(I) Leu；Val；Met；Ala；Phe；正亮氨酸 Leu
Leu(L) 正亮氨酸；Ile；Val；Met；Ala；Phe Ile
Lys(K) Arg；Gln；Asn Arg
Met(M) Leu；Phe；Ile Leu
Phe(F) Trp；Leu；Val；Ile；Ala；Tyr Tyr
Pro(P) Ala Ala
Ser(S) Thr Thr
Thr(T) Val；Ser Ser
Trp(W) Tyr；Phe Tyr
Tyr(Y) Trp；Phe；Thr；Ser Phe
Val(V) Ile；Leu；Met；Phe；Ala；正亮氨酸 Leu
[0086] 氨基酸可根据共有的侧链性质分类如下：
[0087] (1)疏水性：正亮氨酸,Met,Ala,Val,Leu,Ile；
[0088] (2)中性亲水性：Cys,Ser,Thr,Asn,Gln；
[0089] (3)酸性：Asp,Glu；
[0090] (4)碱性：His,Lys,Arg；
[0091] (5)影响链取向的残基：Gly,Pro；
[0092] (6)芳香族：Trp,Tyr,Phe.
[0093] 非保守取代将设计将一类的成员替换为另一类的成员。
[0094] 术语“载体”用于描述这样的多核苷酸，其可以被工程改造而包含克隆的一个或多个多核苷酸，所述多核苷酸可以在宿主细胞中扩增。载体可包括下列元件中的一种或多种：复制起点、一种或多种调控感兴趣的多肽的表达的调控序列(比如，举例而言，启动子和/或增强子)，和/或一种或多种选择标记基因(比如，举例而言，抗生素抗性基因和可用于比色测定的基因，例如β-半乳糖苷酶)。术语“表达载体”指用于在宿主细胞中表达感兴趣的多肽的载体。
[0095] “宿主细胞”指能够作为，或者已经成为载体或分离的多核苷酸的接受者的细胞。宿主细胞可以是原核细胞或真核细胞。示例性的原核细胞包括哺乳动物细胞，如灵长类或非灵长类动物细胞；真菌细胞，例如酵母；植物细胞；和昆虫细胞。非限制性的示例哺乳动物细胞包括，但不限于：NSO细胞, 细胞(Crucell)，以及293细胞和CHO细胞，和它们的衍生物，诸如分别为293-6E细胞和DG44细胞。
[0096] 术语“分离的”指某种分子已经与其在自然界中通常一起出现或者一起产生的至少一些组分分开。例如，对于多肽，当该多肽在细胞中表达后与该细胞的至少一些组分分开时，称该多肽是“分离的”。当多肽在表达后被细胞分泌时，将含有该多肽的上清液从产生了该多肽的细胞分开视为“分离”该多肽。同样，对于多核苷酸，当其在自然界中通常出现更大的多核苷酸中(例如，在DNA多核苷酸的情况下，基因组DNA或线粒体DNA)，但已不是该更大的多核苷酸的一部分时，或者当其在细胞中产生，且已与该细胞的至少一些组分分开时(例如在RNA多核苷酸的情况)，则称该多核苷酸是“分离的”。因此，宿主细胞内的载体中包含的DNA多核苷酸可能被称为“分离的”。
[0097] 术语“个体”或“受试者”在本申请中可互换使用，指动物，例如哺乳动物。在一些实施方案中，提供了治疗哺乳动物，包括但不限于人、啮齿类、猿、猫、犬、马、牛、猪、绵羊、山羊、实验室哺乳动物、农场哺乳动物、运动哺乳动物、和宠物哺乳动物。在一些实例中，“个体”或“受试者”指需要治疗疾病或病症的个体或受试者。
[0098] “疾病”或“病症”指需要治疗的状况。
[0099] 术语“癌症”指一种恶性增殖性病症，与不受控的细胞增殖、不受限的细胞生长、和通过凋亡的细胞死亡减少相关。非限制性的示例癌症包括胃癌,乳腺癌,卵巢癌,子宫内膜癌,胰腺癌,和食道癌。在一些实施方案中，癌症包含FGFR2基因扩增。在一些实施方案中，FGFR2扩增包括>3的FGFR2:CEN10(染色体10着丝粒)比。在一些实施方案中，包含FGFR2基因的癌症过表达FGFR2IIIb。在一些实施方案中，包含FGFR2过表达的癌症过表达FGFR2IIIb的程度高于FGFR2IIIc。在一些实施方案中，包含FGFR2扩增的癌症表达FGFR2IIIb的归一化水平超过FGFR2IIIc表达的归一化水平的2倍，3倍，5倍或10倍。在一些实施方案中，所述表达水平对GUSB归一化。在一些实施方案中，癌症过表达FGFR2IIIb但不包含FGFR2基因扩增。在一些实施方案中，胃癌包含FGFR2基因扩增。在一些实施方案中，包含FGFR2基因扩增的胃癌过表达FGFR2IIIb。在一些实施方案中，包含FGFR2基因扩增的胃癌过表达FGFR2IIIb的程度大于FGFR2IIIc。在一些实施方案中，包含FGFR2基因扩增的胃癌表达FGFR2IIIb的归一化水平是FGFR2IIIc表达的归一化水平的超过2倍,3倍,5倍,或10倍。在一些实施方案中，所述表达水平对GUSB归一化。在一些实施方案中，胃癌过表达FGFR2IIIb但不包含FGFR2基因扩增。在一些实施方案中，过表达是mRNA过表达。在一些实施方案中，过表达是蛋白质过表达。
[0100] 术语“肿瘤”在本申请中指显示异常高水平的增殖和生长的细胞群。肿瘤可以是良性的、前恶性的、或恶性的；恶性肿瘤细胞是癌性的。肿瘤细胞可以是实体瘤细胞或白血病肿瘤细胞。术语“肿瘤生长”在本申请中用于指构成肿瘤的一个或多个细胞的增殖或生长，导致肿瘤尺寸的相应增加。
[0101] 如本申请中使用的，“治疗”是获得有利的或想要的临床结果的手段。本申请中使用的“治疗”涵盖任何施用或应用针对哺乳动物，包括人的疾病的治疗技术。为本发明的目的，有利的或想要的临床结果包括，但不限于，下述的任意一项或多项：一种或多种症状的减轻，疾病程度的降低，防止或延迟疾病的扩散(例如转移，如转移到肺或淋巴结)，防止或延迟疾病复发，防止或延迟疾病进展，改善疾病状态，抑制疾病或疾病的进展，抑制或减慢疾病或其进展，阻遏其发展，以及缓解(无论是部分的还是完全的)。“治疗”还涵盖增殖性疾病的病理学后果的减少。本发明的方法意图涵盖这些治疗方面的一个或多个。
[0102] 在癌症的语境中，术语“治疗”包括下列中的任意者或全部：抑制肿瘤细胞或癌细胞的生长、减少总体肿瘤负担并改善与疾病相关的一种或多种症状。
[0103] 术语“抑制”指任何表型性特征的减少或停止，或者上述特征的发生率、程度或可能性的减少或停止。“减少”或“抑制”是与参考相比减少、降低或阻遏某一活性、功能和/或量。在特定的实施方案中，“减少”或“抑制”意指导致20％或更多的总减少的能力。在另一实施方案中，“减少”或“抑制”意指导致50％或更多的总减少的能力。在又一实施方案中，“减少”或“抑制”意指导致75％,85％,90％,95％或更多的总减少的能力。
[0104] 如本申请中使用的，“参考”指用于比较目的的任何样品、标准、或水平。参考可以从健康的和/或未患病的样品获得。在一些实例中，参考可以从未治疗的样品获得。在一些实例中，参考从受试个体的未患病的或未治疗的样品获得。在一些实例中，参考从一个或多个不是受试者或患者的健康个体获得。
[0105] 如本申请中使用的，“延迟疾病的发生”意指延迟、阻碍、减慢、延缓、稳定化、阻遏和/或推迟疾病(如癌症)的发生。这种延迟可以延迟不同的时长，取决于病史和/或治疗的个体。正如本领域技术人员可以显见的，足够的或者显著的延迟从效果上说可以涵盖预防，因为个体不发生该疾病。例如，晚期癌症，例如转移的发生，可以被延迟。
[0106] “预防”，如本申请中使用的，包括为有某种疾病的倾向、但尚未被诊断患有该疾病的受试者提供针对该疾病的发生或复发的预防。
[0107] 如本申请中使用的，“阻遏”某种功能或活性是与除感兴趣的条件或参数之外都相同的条件相比，或者与另一条件相比，减少该功能或活性。例如，阻遏肿瘤生长的抗体与没有抗体时该肿瘤的生长速率相比减少肿瘤的生长速率。
[0108] 某种作用剂的“有效量”指在必要的剂量和持续时间下，可有效达到想要的治疗或预防效果的量。
[0109] 本发明的物质/分子、激动剂或拮抗剂的“治疗有效量”可根据个体的疾病状态、年龄、性别和体重，以及该物质/分子、激动剂或拮抗剂在个体体内引发想要的应答的能力而变化。治疗有效量也是这样的量，其中所述物质/分子、激动剂或拮抗剂的治疗有益效果超过其任何毒性或有害效果。治疗有效量可在一次或多次施用中投递。
[0110] “预防有效量”指在必要的剂量和持续时间下，可有效达到想要的预防效果的量。典型地，但并非必然地，由于这样的预防性剂量在疾病之前或疾病的早期阶段对受试者使用，预防有效量将小于治疗有效量。
[0111] 术语“药物制剂”和“药物组合物”指一定形式的制备物，其形式允许活性成分的生物学活性发挥效果，并且不含具有对该制剂要施用的受试者而言不可接受的毒性的其他组分。这样的制剂可以是无菌的。
[0112] “可药用载体”指本领域中常规用于与治疗剂一起构成供施用给受试者的“药物组合物“的非毒性固体、半固体或液体填充剂、稀释剂、包封材料、配制辅料，或载体。可药用载体在使用的剂量和浓度下对接受者是无毒的。可药用载体对所使用的制剂是合适的。
[0113] “无菌”(sterile)的制剂是无菌(aseptic)的，或者基本上不含活的微生物及它们的芽孢。
[0114] 与一种或多种其他的治疗剂“组合”施用包括同时(并行)和连续或以任何顺序依次施用。术语“并行”在本申请中用来指施用两种或更多种治疗剂，其中施用的至少一部分在时间上重叠，或者其中一种治疗剂的施用落入相距另一治疗剂的施用较短的时间内。例如，两种或更多种治疗剂施用的时间间隔不超过约60分钟，例如不超过约30,15,10,5,或1分钟。
[0115] 术语“依次地”在本申请中用于指施用两种或更多种治疗剂，其中在中断一种或多种其他治疗剂的施用之后施用一种或多种治疗剂。例如，两种或更多种治疗剂的施用之间的时间间隔为多于约15分钟，例如约20,30,40,50,或60分钟，1日、2日、3日、1周，2周或1月，或更长。
[0116] 如本申请中使用的，“与……联合”指在一种治疗模式的基础上另外施用一种治疗模式。因此，“与……联合”指在对个体施用一种治疗模式之前、之中或之后施用另一种治疗模式。
[0118] “制品”是任何这样的制成品(例如包装或容器)或试剂盒，其包含至少一种试剂，例如用于治疗疾病或病症(例如癌症)的药物或用于特异性检测本申请中描述的生物标志的探针。在某些实施方案中，该制成品或试剂盒作为用于实施本申请中描述的方法的单元而被推广、流通、或销售。
[0119] II.抗FGFR2IIIb抗体
[0120] 在一些方面，本发明提供针对FGFR2IIIb的无岩藻糖基化抗体。无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体包括，但不限于人源化抗体、嵌合抗体、小鼠抗体、以及包含本申请中讨论的重链和/或轻链HVR(例如CDR)的抗体。在一个方面中，本发明提供结合FGFR2IIIb的分离的无岩藻糖基化抗体。在特定的实施方案中，无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体调变FGFR2IIIb活性。在一些实施方案中，无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体具有增强的ADCC活性。在一些实施方案中，无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体具有增强的对FcγRIIIA的亲和力。在一些实施方案中，无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体有增强的对FcγRIIIA(V158)的亲和力。在一些实施方案中，无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体具有增强的对FcγRIIIA(F158)的亲和力。
[0121] 本申请的实施例和序列表中描述的称为“αFGFR2b”的抗FGFR2IIIb抗体意在具有与美国专利8,101,723B2(2012年1月24日公告)中的抗体HuGAL-FR21相同的氨基酸序列。明确地将美国专利8,101,723B2通过提述并入本申请用于任何目的，而且，具体地，将美国专利8,101,723B的图13和14明确地通过提述并入本申请用于任何目的，这两幅图显示了HuGAL-FR21全长成熟抗体的可变区及全长的氨基酸序列。此外，将美国专利8,101,723B2的图13中下划线标示的抗体HuGAL-FR21的HVR序列明确地通过提述并入本申请用于任何目的。
[0122] 在一个方面，本发明提供一种无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体，其包含选自下列的至少一个、两个、三个、四个、五个或六个HVR(例如CDR)：(a)包含SEQ ID NO:6的氨基酸序列的HVR-H1；(b)包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列的HVR-H2；(c)包含SEQ ID NO:8的氨基酸序列的HVR-H3；(d)包含SEQ ID NO:9的氨基酸序列的HVR-L1；(e)包含SEQ ID NO:10的氨基酸序列的HVR-L2；和(f)包含SEQ ID NO:11的氨基酸序列的HVR-L3。
[0123] 在一些实施方案中，无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体包含重链可变区和轻链可变区。在一些实施方案中，无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体包含：至少一条包含重链可变区和至少一部分重链恒定区的重链，和至少一条包含轻链可变区和至少一部分轻链恒定区的轻链。在一些实施方案中，无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体包含：两条重链，其中每条重链包含重链可变区和至少一部分重链恒定区；和两条轻链，其中每条轻链包含轻链可变区和至少一部分轻链恒定区。在一些实施方案中，无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体包含：包含SEQ ID NO:4的氨基酸序列的重链可变区，和包含SEQ ID NO:5的氨基酸序列的轻链可变区。在一些实施方案中，无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体包含：包含SEQ ID NO:2的氨基酸序列的重链，和包含SEQ ID NO:3的氨基酸序列的轻链。
[0124] 在一个方面，本发明提供无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体，其包含六个HVR，所述HVR包括：(a)包含SEQ ID NO:6的氨基酸序列的HVR-H1；(b)包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列的HVR-H2；(c)包含SEQ ID NO:8的氨基酸序列的HVR-H3；(d)包含SEQ ID NO:9的氨基酸序列的HVR-L1；(e)包含SEQ ID NO:10的氨基酸序列的HVR-L2；和(f)包含SEQ ID NO:11的氨基酸序列的HVR-L3。在一些实施方案中，所述无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体包含如上文所述的六个HVR，并结合FGFR2IIIb。在一些实施方案中，所述无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体包含如上所述的六个HVR，结合FGFR2IIIb，并具有选自下列的至少一种活性：增强的ADCC活性，以及增强的对FcγRIIIA(如FcγRIIIA(V158)和/或FcγRIIIA(F158))的亲和力。在一些实施方案中，所述无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体不结合FGFR2IIIc。
[0125] 在一个方面，本发明提供无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体，其与包含六个HVR的抗FGFR2IIIb抗体竞争，所述六个HVR包括：(a)包含SEQ ID NO:6的氨基酸序列的HVR-H1；(b)包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列的HVR-H2；(c)包含SEQ ID NO:8的氨基酸序列的HVR-H3；(d)包含SEQ ID NO:9的氨基酸序列的HVR-L1；(e)包含SEQ ID NO:10的氨基酸序列的HVR-L2；和(f)包含SEQ ID NO:11的氨基酸序列的HVR-L3。
[0126] 在一个方面，本发明提供无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体，其包含选自下组的至少一个、至少两个、或全部三个VH HVR序列：(a)包含SEQ ID NO:6的氨基酸序列的HVR-H1；(b)包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列的HVR-H2；和(c)包含SEQ ID NO:8的氨基酸序列的HVR-H3。
[0127] 在另一个方面，本发明提供无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体，其包含选自下组的至少一个、至少两个、或全部三个VL HVR序列：(a)包含SEQ ID NO:9的氨基酸序列的HVR-L1；(b)包含SEQ ID NO:10的氨基酸序列的HVR-L2；和(c)包含SEQ ID NO:11的氨基酸序列的HVR-L3。
[0128] 在另一个方面，本发明的无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体包含：(a)VH域，其包含选自下列的至少一个、至少两个、或全部三个VH HVR序列：(i)包含SEQ ID NO:6的氨基酸序列的HVR-H1,(ii)包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列的HVR-H2,和(iii)包含选自SEQ ID NO:8的氨基酸序列的HVR-H3；和(b)VL域，其包含选自下列的至少一个、至少两个、或全部三个VL HVR序列：(i)包含SEQ ID NO:9的氨基酸序列的HVR-L1,(ii)包含SEQ ID NO:10的氨基酸序列的HVR-L2,和(c)包含SEQ ID NO:11的氨基酸序列的HVR-L3。
[0129] 在另一个方面，无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体包含与SEQ ID NO:4的氨基酸序列具有至少90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,99％,或100％序列同一性的重链可变域(VH)序列。在特定的实施方案中，具有至少90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,或99％序列同一性的VH序列相对于参考序列含有取代(例如保守取代)、插入、或缺失，但包含该序列的抗FGFR2IIIb抗体保留结合FGFR2IIIb的能力。在特定的实施方案中，这样的抗FGFR2IIIb抗体保留选择性结合FGFR2IIIb而不结合FGFR2IIIc的能力。在特定的实施方案中，在SEQ ID NO:4中已经取代、插入和/或缺失了总共1-10个氨基酸。在特定的实施方案中，取代、插入或缺失在HVR之外的区域中(即FR中)发生。任选地，无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体包含SEQ ID NO:5的VH序列，包括该序列的翻译后修饰。在一个具体的实施方案中，所述VH序列包括选自下组的一个、两个或三个HVR：(a)包含SEQ ID NO:6的氨基酸序列的HVR-H1；(b)包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列的HVR-H2；和(c)包含SEQ ID NO:8的氨基酸序列的HVR-H3。
[0130] 在另一个方面，提供无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体，其中所述抗体包括与SEQ ID NO:5的氨基酸序列具有至少90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,99％,或100％的序列同一性的轻链可变域(VL)。在特定的实施方案中，具有至少90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,或99％同一性的VL序列相对于参考序列含有取代(例如保守取代)、插入、或缺失，但包含该序列的抗FGFR2IIIb抗体保留结合FGFR2IIIb的能力。在特定的实施方案中，这样的抗FGFR2IIIb抗体保留选择性结合FGFR2IIIb而不结合FGFR2IIIc的能力。在特定的实施方案中，在SEQ ID NO:5中已经取代、插入和/或缺失了总共1-10个氨基酸。在特定的实施方案中，取代、插入或缺失在HVR之外的区域中(即FR中)发生。任选地，无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体包含SEQ ID NO:4的VL序列，包括该序列的翻译后修饰。在一个具体的实施方案中，所述VL序列包括选自下组的一个、两个或三个HVR：
(a)包含SEQ ID NO:9的氨基酸序列的HVR-L1；(b)包含SEQ ID NO:10的氨基酸序列的HVR-L2；和(c)包含SEQ ID NO:11的氨基酸序列的HVR-L3。
(a)包含SEQ ID NO:9的氨基酸序列的HVR-L1；(b)包含SEQ ID NO:10的氨基酸序列的HVR-L2；和(c)包含SEQ ID NO:11的氨基酸序列的HVR-L3。
[0131] 在另一个方面，无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体包含与SEQ ID NO:4的氨基酸序列具有90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,99％,或100％序列同一性的重链可变域(VH)序列，和与SEQ ID NO:5的氨基酸序列具有至少90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,99％,或100％序列同一性的轻链可变域(VL)序列。在特定的实施方案中，具有至少90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,或99％序列同一性的VH序列相对于参考序列含有取代(例如保守取代)、插入、或缺失，且具有至少90％,91％,
92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,或99％同一性的VL序列相对于参考序列含有取代(例如保守取代)、插入、或缺失，但包含该序列的抗FGFR2IIIb抗体保留结合FGFR2IIIb的能力。在特定的实施方案中，这样的抗FGFR2IIIb抗体保留选择性结合FGFR2IIIb而不结合FGFR2IIIc的能力。在特定的实施方案中，在SEQ ID NO:4中已经取代、插入和/或缺失了总共1-10个氨基酸。在特定的实施方案中，在SEQ ID NO:5中已经取代、插入和/或缺失了总共
1-10个氨基酸。在特定的实施方案中，取代、插入或缺失在HVR之外的区域中(即FR中)发生。
任选地，所述无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体包含SEQ ID NO:4中的VH序列和SEQ ID NO:
5的VL序列，包括两条序列之一或二者的翻译后修饰。在具体的实施方案中，所述VH序列包括选自下组的一个、两个或三个HVR：(a)包含SEQ ID NO:6的氨基酸序列的HVR-H1；(b)包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列的HVR-H2；和(c)包含SEQ ID NO:8的氨基酸序列的HVR-H3；且所述VL序列包括选自下组的一个、两个或三个HVR：(a)包含SEQ ID NO:9的氨基酸序列的HVR-L1；(b)包含SEQ ID NO:10的氨基酸序列的HVR-L2；和(c)包含SEQ ID NO:11的氨基酸序列的HVR-L3。
92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,或99％同一性的VL序列相对于参考序列含有取代(例如保守取代)、插入、或缺失，但包含该序列的抗FGFR2IIIb抗体保留结合FGFR2IIIb的能力。在特定的实施方案中，这样的抗FGFR2IIIb抗体保留选择性结合FGFR2IIIb而不结合FGFR2IIIc的能力。在特定的实施方案中，在SEQ ID NO:4中已经取代、插入和/或缺失了总共1-10个氨基酸。在特定的实施方案中，在SEQ ID NO:5中已经取代、插入和/或缺失了总共
1-10个氨基酸。在特定的实施方案中，取代、插入或缺失在HVR之外的区域中(即FR中)发生。
任选地，所述无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体包含SEQ ID NO:4中的VH序列和SEQ ID NO:
5的VL序列，包括两条序列之一或二者的翻译后修饰。在具体的实施方案中，所述VH序列包括选自下组的一个、两个或三个HVR：(a)包含SEQ ID NO:6的氨基酸序列的HVR-H1；(b)包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列的HVR-H2；和(c)包含SEQ ID NO:8的氨基酸序列的HVR-H3；且所述VL序列包括选自下组的一个、两个或三个HVR：(a)包含SEQ ID NO:9的氨基酸序列的HVR-L1；(b)包含SEQ ID NO:10的氨基酸序列的HVR-L2；和(c)包含SEQ ID NO:11的氨基酸序列的HVR-L3。
[0132] 在另一个方面，提供无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体，其中该抗体包含如上面提供的任一实施方案中存在的VH，和如上面提供的任一实施方案中存在的VL。在一个实施方案中，所述抗体包含分别存在于SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:5中的VH和VL序列，包括这些序列的翻译后修饰。.
[0133] 在另一个方面，无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体包含与SEQ ID NO:2的氨基酸序列具有至少90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,99％,或100％序列同一性的重链序列。在特定的实施方案中，具有至少90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,或99％序列同一性的重链序列相对于参考序列含有取代(例如保守取代)、插入、或缺失，但包含该序列的抗FGFR2IIIb抗体保留结合FGFR2IIIb的能力。在特定的实施方案中，这样的抗FGFR2IIIb抗体保留选择性结合FGFR2IIIb而不结合FGFR2IIIc的能力。在特定的实施方案中，在SEQ ID NO:2中已经取代、插入和/或缺失了总共1-10个氨基酸。在特定的实施方案中，取代、插入或缺失在HVR之外的区域中(即FR中)发生。任选地，所述无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体包含SEQ ID NO:2中的VH序列，包括该序列的翻译后修饰。在一个具体的实施方案中，所述重链包含选自下列的一个、两个或三个HVR：(a)包含SEQ ID NO:6的氨基酸序列的HVR-H1；(b)包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列的HVR-H2；和(c)包含SEQ ID NO:8的氨基酸序列的HVR-H3。
[0134] 在另一个方面，提供了无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体，其中该抗体包含与SEQ ID NO:3具有至少90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,99％,或100％序列同一性的轻链。在特定的实施方案中，具有至少90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,或99％序列同一性的轻链序列相对于参考序列含有取代(例如保守取代)、插入、或缺失，但包含该序列的抗FGFR2IIIb抗体保留结合FGFR2IIIb的能力。在特定的实施方案中，这样的抗FGFR2IIIb抗体保留选择性结合FGFR2IIIb而不结合FGFR2IIIc的能力。在特定的实施方案中，在SEQ ID NO:3中已经取代、插入和/或缺失了总共1-10个氨基酸。在特定的实施方案中，取代、插入或缺失在HVR之外的区域中(即FR中)发生。任选地，无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体包含SEQ ID NO:3中的VL序列，包括该序列的翻译后修饰。在一个具体的实施方案中，所述轻链包含选自下列的一个、两个或三个HVR：(a)包含SEQ ID NO:9的氨基酸序列的HVR-L1；(b)包含SEQ ID NO:10的氨基酸序列的HVR-L2；和(c)包含SEQ ID NO:
11的氨基酸序列的HVR-L3.
11的氨基酸序列的HVR-L3.
[0135] 在另一个方面，无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体包含与SEQ ID NO:2的氨基酸序列具有至少90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,99％,或100％序列同一性的重链序列，和与SEQ ID NO:3的氨基酸序列具有至少90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,99％,或100％序列同一性的轻链序列。在特定的实施方案中，具有至少
90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,或99％序列同一性的重链序列相对于参考序列含有取代(例如保守取代)、插入、或缺失，但包含该序列的抗FGFR2IIIb抗体保留结合FGFR2IIIb的能力。在特定的实施方案中，这样的抗FGFR2IIIb抗体保留选择性结合FGFR2IIIb而不结合FGFR2IIIc的能力.在特定的实施方案中，具有至少90％,91％,92％,
93％,94％,95％,96％,97％,98％,或99％序列同一性的轻链序列相对于参考序列含有取代(例如保守取代)、插入、或缺失，但包含该序列的抗FGFR2IIIb抗体保留结合FGFR2IIIb的能力。在特定的实施方案中，这样的抗FGFR2IIIb抗体保留选择性结合FGFR2IIIb而不结合FGFR2IIIc的能力。在特定的实施方案中，在SEQ ID NO:2中已经取代、插入和/或缺失了总共1-10个氨基酸。在特定的实施方案中，在SEQ ID NO:3中已经取代、插入和/或缺失了总共
1-10个氨基酸。在特定的实施方案中，取代、插入或缺失在HVR之外的区域中(即FR中)发生。
任选地，所述无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体包含SEQ ID NO:2中的VH序列，包括该序列的翻译后修饰，且该无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体包含SEQ ID NO:3中的VL序列，包括该序列的翻译后修饰。在一个具体的实施方案中，所述重链包含选自下列的一个、两个或三个HVR：(a)包含SEQ ID NO:6的氨基酸序列的HVR-H1；(b)包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列的HVR-H2；和(c)包含SEQ ID NO:8的氨基酸序列的HVR-H3；且所述轻链包含选自下列的一个、两个或三个HVR：(a)包含SEQ ID NO:9的氨基酸序列的HVR-L1；(b)包含SEQ ID NO:10的氨基酸序列的HVR-L2；和(c)包含SEQ ID NO:11的氨基酸序列的HVR-L3。
90％,91％,92％,93％,94％,95％,96％,97％,98％,或99％序列同一性的重链序列相对于参考序列含有取代(例如保守取代)、插入、或缺失，但包含该序列的抗FGFR2IIIb抗体保留结合FGFR2IIIb的能力。在特定的实施方案中，这样的抗FGFR2IIIb抗体保留选择性结合FGFR2IIIb而不结合FGFR2IIIc的能力.在特定的实施方案中，具有至少90％,91％,92％,
93％,94％,95％,96％,97％,98％,或99％序列同一性的轻链序列相对于参考序列含有取代(例如保守取代)、插入、或缺失，但包含该序列的抗FGFR2IIIb抗体保留结合FGFR2IIIb的能力。在特定的实施方案中，这样的抗FGFR2IIIb抗体保留选择性结合FGFR2IIIb而不结合FGFR2IIIc的能力。在特定的实施方案中，在SEQ ID NO:2中已经取代、插入和/或缺失了总共1-10个氨基酸。在特定的实施方案中，在SEQ ID NO:3中已经取代、插入和/或缺失了总共
1-10个氨基酸。在特定的实施方案中，取代、插入或缺失在HVR之外的区域中(即FR中)发生。
任选地，所述无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体包含SEQ ID NO:2中的VH序列，包括该序列的翻译后修饰，且该无岩藻糖基化的抗FGFR2IIIb抗体包含SEQ ID NO:3中的VL序列，包括该序列的翻译后修饰。在一个具体的实施方案中，所述重链包含选自下列的一个、两个或三个HVR：(a)包含SEQ ID NO:6的氨基酸序列的HVR-H1；(b)包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列的HVR-H2；和(c)包含SEQ ID NO:8的氨基酸序列的HVR-H3；且所述轻链包含选自下列的一个、两个或三个HVR：(a)包含SEQ ID NO:9的氨基酸序列的HVR-L1；(b)包含SEQ ID NO:10的氨基酸序列的HVR-L2；和(c)包含SEQ ID NO:11的氨基酸序列的HVR-L3。
[0136] 示例性的嵌合抗体
[0137] 在特定的实施方案中，本申请中提供的抗体，例如无岩藻糖基化抗体，是嵌合抗体。某些嵌合抗体在例如美国专利4,816,567和Morrison et al.,(1984)Proc.Natl.Acad.Sci.USA,81:6851-6855(1984))中描述。在一个实例中，嵌合抗体包括非人可变区(例如，源自小鼠、大鼠、仓鼠、兔，或非人哺乳动物，如猴)和人恒定区。在另一个实例中，嵌合抗体是“类型转换”抗体，其中类型或亚类已经自亲本抗体发生了转换。嵌合抗体包括其抗原结合片段。
[0138] 非限制性的示例性无岩藻糖基嵌合抗体包括这样的嵌合抗体，其包含本申请中描述的重链HVR1、HVR2和HVR3，和/或轻链HVR1、HVR2和HVR3。在一些实施方案中，无岩藻糖基嵌合抗FGFR2IIIb抗体包含如上所述的可变区，并结合FGFR2IIIb。在一些实施方案中，无岩藻糖基嵌合抗FGFR2IIIb抗体包含如上所述的可变区，结合FGFR2IIIb，并具有选自下列的至少一种活性：增强的ADCC活性，和增强的对FcγRIIIA(例如FcγRIIIA(V158)和FcγRIIIA(F158))的亲和力。在一些实施方案中，所述无岩藻糖基嵌合抗FGFR2IIIb抗体不结合FGFR2IIIc。
[0139] 在一些实施方案中，无岩藻糖基嵌合抗FGFR2IIIb抗体包含这样的重链，其包含与SEQ ID NO:4至少90％,至少91％,至少92％,至少93％,至少94％,至少95％,至少96％,至少97％,至少98％,或至少99％相同的可变区序列,其中该抗体结合FGFR2IIIb。在一些实施方案中，无岩藻糖基嵌合抗FGFR2IIIb抗体包含这样的轻链，其包含与SEQ ID NO:5至少90％,至少91％,至少92％,至少93％,至少94％,至少95％,至少96％,至少97％,至少98％,或至少99％的可变区序列，其中该抗体结合FGFR2IIIb。在一些实施方案中，无岩藻糖基嵌合抗FGFR2IIIb抗体包含这样的重链，该重链包含与SEQ ID NO:4至少90％,至少91％,至少
92％,至少93％,至少94％,至少95％,至少96％,至少97％,至少98％,或至少99％相同的可变区序列；还包含这样的轻链，该轻链包含与SEQ ID NO:5至少90％,至少91％,至少92％,至少93％,至少94％,至少95％,至少96％,至少97％,至少98％,或至少99％相同的可变区序列；其中该抗体结合FGFR2IIIb。
92％,至少93％,至少94％,至少95％,至少96％,至少97％,至少98％,或至少99％相同的可变区序列；还包含这样的轻链，该轻链包含与SEQ ID NO:5至少90％,至少91％,至少92％,至少93％,至少94％,至少95％,至少96％,至少97％,至少98％,或至少99％相同的可变区序列；其中该抗体结合FGFR2IIIb。
[0140] 示例性的无岩藻糖基嵌合抗FGFR2IIIb抗体还包括与本申请中描述的抗体或其片段竞争对FGFR2IIIb的结合的嵌合抗体。因此，在一些实施方案中，提供嵌合抗FGFR2IIIb抗体，其与包含下述的重链可变区和轻链可变区的抗体竞争对FGFR2IIIb的结合：所述重链可变区包含SEQ ID NO:4的氨基酸序列，所述轻链可变区包含SEQ ID NO:5的氨基酸序列。在一些实施方案中，所述抗体竞争对FGFR2IIIb的结合，但不结合FGFR2IIIc。
[0141] 在一些实施方案中，本申请中描述的嵌合抗体包含一个或多个人恒定区。在一些实施方案中，人重链恒定区属于选自IgA,IgG,和IgD的同种型。在一些实施方案中，人轻链恒定区属于选自κ和λ的同种型。在一些实施方案中，本申请中描述的嵌合抗体包含人IgG恒定区。在一些实施方案中，本申请中描述的嵌合抗体包含IgG4重链恒定区。在一些实施方案中，本申请中描述的嵌合抗体包含人IgG4恒定区和人κ轻链。
[0142] 如上文指出的，是否想要效应器功能可取决于抗体意图应用的具体治疗方法。因此，在一些实施方案中，当想要效应器功能时，选择包含人IgG1重链恒定区或人IgG3重链恒定区的嵌合抗FGFR2IIIb抗体。在一些实施方案中，当不想要效应器功能时，选择包含人IgG4或IgG2重链恒定区的嵌合抗FGFR2IIIb抗体。
[0143] 示例性人源化抗体
[0144] 在一些实施方案中，提供了结合FGFR2IIIb的无岩藻糖基人源化抗体。人源化抗体作为治疗分子是有用的，因为人源化抗体减少或消除人体对非人抗体的免疫应答(例如人抗小鼠抗体(HAMA)应答)，这种应答可导致对抗体治疗剂的免疫应答，并导致治疗剂的有效性降低。
[0145] 在特定的实施方案中，嵌合抗体是人源化抗体。典型地，将非人抗体人源化以减少对人体的免疫原性，同时保留亲本非人抗体的特异性和亲和力。一般而言，人源化抗体包含一个或多个这样的可变域，其中HVR，例如CDR(或其部分)源自非人抗体，而FR(或其部分)源自人抗体序列。人源化抗体任选地还包含人恒定区的至少一部分。在一些实施方案中，人源化抗体的一些FR残基被替换为来自非人抗体(例如HVR残基所来源的抗体)的相应残基，例如，为了恢复或改善抗体特异性或亲和力。
[0146] 人源化抗体和制造它们的方法在例如Almagro and Fransson,(2008)Front.Biosci.13:1619-1633中有综述，还在例如下述文献中有描述：Riechmann et al.,(1988)Nature 332:323-329；Queen et al.,(1989)Proc.Natl Acad.Sci.USA 86:10029-
10033；美国专利5,821,337,7,527,791,6,982,321,and 7,087,409；Kashmiri et al.,(2005)Methods 36:25-34(描述SDR(a-CDR)嫁接)；Padlan,(1991)Mol.Immunol.28:489-
498(描述“表面改性”(resurfacing))；Dall'Acqua et al.,(2005)Methods 36:43-60(描述“FR改组”)；和Osbourn et al.,(2005)Methods 36:61-68及Klimka et al.,(2000)Br.J.Cancer,83:252-260(描述FR改组的“引导选择”策略)。
10033；美国专利5,821,337,7,527,791,6,982,321,and 7,087,409；Kashmiri et al.,(2005)Methods 36:25-34(描述SDR(a-CDR)嫁接)；Padlan,(1991)Mol.Immunol.28:489-
498(描述“表面改性”(resurfacing))；Dall'Acqua et al.,(2005)Methods 36:43-60(描述“FR改组”)；和Osbourn et al.,(2005)Methods 36:61-68及Klimka et al.,(2000)Br.J.Cancer,83:252-260(描述FR改组的“引导选择”策略)。
[0147] 可以用于人源化的人框架区包括但不限于：使用“最佳适合”(best-fit)方法选择的框架区(参见例如，Sims et al.(1993)J.Immunol.151:2296)；源自属于特定轻链或重链可变区亚群的人抗体的共有序列的框架区(参见例如，Carter et al.(1992)Proc.Natl.Acad.Sci.USA,89:4285；和Presta et al.(1993)J.Immunol,151:2623)；人成熟(体细胞突变的)框架区或人种系框架区(参见例如，Almagro and Fransson,(2008)Front.Biosci.13:1619-1633)；和源自筛选FR文库的框架区(参见例如，Baca et al.,(1997)J.Biol.Chem.272:10678-10684和Rosok et al.,(1996)J.Biol.Chem.271:22611-
22618)。
22618)。
[0148] 非限制性的示例人源化抗体包括本申请中描述的αFGFR2b。非限制性的示例无岩藻糖基人源化抗体包括本申请中描述的αFGFR2bA，其具有与包含岩藻糖的αFGFR2b相同的氨基酸序列(又称αFGFR2bF)。非限制性的示例无岩藻糖基人源化抗体还包括这样的抗体，其包含αFGFR2b的重链可变区和/或αFGFR2b的轻链可变区。非限制性的示例无岩藻糖基人源化抗体包括这样的抗体，其包含SEQ ID NO:4的重链可变区和/或SEQ ID NO:5的轻链可变区。示例人源化抗体还包括，但不限于包含αFGFR2b的重链HVR1,HVR2,和HVR3,和/或轻链HVR1,HVR2,和HVR3的人源化抗体。在一些实施方案中，人源化抗FGFR2IIIb抗体包含如上所述的HVR(即，(a)包含SEQ ID NO:6的氨基酸序列的HVR-H1；(b)包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列的HVR-H2；(c)包含SEQ ID NO:8的氨基酸序列的HVR-H3；(d)包含SEQ ID NO:9的氨基酸序列的HVR-L1；(e)包含SEQ ID NO:10的氨基酸序列的HVR-L2；和(f)包含SEQ ID NO:11的氨基酸序列的HVR-L3)且结合FGFR2IIIb。在一些实施方案中，人源化抗FGFR2IIIb抗体包含如上所述的HVR，结合FGFR2IIIb，并具有选自下列的至少一种活性：增强的ADCC活性，和增强的对FcγRIIIA(例如FcγRIIIA(V158)和FcγRIIIA(F158))的亲和力。在一些实施方案中，无岩藻糖基化的人源化抗FGFR2IIIb抗体不结合FGFR2IIIc。
[0149] 在一些实施方案中，无岩藻糖基人源化抗FGFR2IIIb抗体包含αFGFR2b的重链HVR1,HVR2,和HVR3和/或轻链HVR1,HVR2,和HVR3。非限制性的示例无岩藻糖基人源化抗FGFR2IIIb抗体包括这样的抗体，其包含SEQ ID NO:6、7、8所示的重链HVR1,HVR2和HVR3组。非限制性的示例无岩藻糖基人源化抗FGFR2IIIb抗体还包括这样的抗体，其包含SEQ ID NO:9、10、11所示的轻链HVR1,HVR2,和HVR3组。
[0150] 在一些实施方案中，无岩藻糖基人源化抗FGFR2IIIb抗体包含这样的重链，该重链包含与SEQ ID NO:4至少90％,至少91％,至少92％,至少93％,至少94％,至少95％,至少96％,至少97％,至少98％,或至少99％相同的可变区序列，且其中该抗体结合FGFR2IIIb。
在一些实施方案中，无岩藻糖基人源化抗FGFR2IIIb抗体包含这样的轻链，所述轻链包含与SEQ ID NO:5至少90％,至少91％,至少92％,至少93％,至少94％,至少95％,至少96％,至少97％,至少98％,或至少99％相同的可变区序列,其中该抗体结合FGFR2IIIb。在一些实施方案中，无岩藻糖基人源化抗FGFR2IIIb抗体包含这样的重链和轻链：所述重链包含与SEQ ID NO:4至少90％,至少91％,至少92％,至少93％,至少94％,至少95％,至少96％,至少
97％,至少98％,或至少99％相同的可变区序列,而所述轻链包含与SEQ ID NO:5至少90％,至少91％,至少92％,至少93％,至少94％,至少95％,至少96％,至少97％,至少98％,或至少99％相同的可变区序列；其中该抗体结合FGFR2IIIb。
在一些实施方案中，无岩藻糖基人源化抗FGFR2IIIb抗体包含这样的轻链，所述轻链包含与SEQ ID NO:5至少90％,至少91％,至少92％,至少93％,至少94％,至少95％,至少96％,至少97％,至少98％,或至少99％相同的可变区序列,其中该抗体结合FGFR2IIIb。在一些实施方案中，无岩藻糖基人源化抗FGFR2IIIb抗体包含这样的重链和轻链：所述重链包含与SEQ ID NO:4至少90％,至少91％,至少92％,至少93％,至少94％,至少95％,至少96％,至少
97％,至少98％,或至少99％相同的可变区序列,而所述轻链包含与SEQ ID NO:5至少90％,至少91％,至少92％,至少93％,至少94％,至少95％,至少96％,至少97％,至少98％,或至少99％相同的可变区序列；其中该抗体结合FGFR2IIIb。
[0151] 在一些实施方案中，无岩藻糖基人源化抗FGFR2IIIb抗体包含至少一个本申请中讨论的HVR。即，在一些实施方案中，无岩藻糖基人源化抗FGFR2IIIb抗体包含选自下列的至少一个HVR：本申请中讨论的重链HVR1,本申请中讨论的重链HVR2,本申请中讨论的重链HVR3,本申请中讨论的轻链HVR1,本申请中讨论的轻链HVR2,和本申请中讨论的轻链HVR3。此外，在一些实施方案中，无岩藻糖基人源化抗FGFR2IIIb抗体包含至少一个基于本申请中讨论的HVR的突变HVR，其中所述突变HVR相对于所述本申请中讨论的HVR包含1、2、3或4个氨基酸取代。在一些实施方案中，氨基酸取代中的一个或多个是保守氨基酸取代。本领域技术人员可以为具体的HVR序列选择一个或多个合适的氨基酸取代，其中预测该合适的保守氨基酸取代不会显著改变包含该突变HVR的抗体的结合性质。
[0152] 示例的无岩藻糖基人源化抗FGFR2IIIb抗体还包括这样的抗体，其与本申请中描述的抗体或其片段竞争对FGFR2IIIb的结合。因此，在一些实施方案中，提供人源化抗FGFR2IIIb抗体，其与αFGFR2b竞争对FGFR2IIIb的结合。在一些实施方案中，提供无岩藻糖基人源化抗FGFR2IIIb抗体，其与αFGFR2b竞争对FGFR2IIIb的结合，并且具有选自下列的至少一种活性：增强的ADCC活性，和增强的对FcγRIIIA(如FcγRIIIA(V158)和/或FcγRIIIA(F158))的亲和力。在一些实施方案中，所述无岩藻糖基人源化抗FGFR2IIIb抗体不结合FGFR2IIIc。
[0153] 在一些实施方案中，无岩藻糖基人源化抗FGFR2IIIb抗体包含一个或多个人恒定区。在一些实施方案中，人重链恒定区是选自IgA、IgG和IgD的同种型.在一些实施方案中，人轻链可变区是选自κ和λ的同种型。
[0154] 在一些实施方案中，本申请中描述的无岩藻糖基人源化抗体包含人IgG恒定区。在一些实施方案中，当想要效应器功能时，选择包含人IgG1重链恒定区或人IgG3重链恒定区的无岩藻糖基人源化抗FGFR2IIIb抗体。在一些实施方案中，本申请中描述的无岩藻糖基人源化抗体包含人IgG1恒定区。在一些实施方案中，本申请中描述的无岩藻糖基人源化抗体包含人IgG1恒定区，其中N297不是岩藻糖基化的。在一些实施方案中，本申请中描述的无岩藻糖基人抗体包含人IgG1恒定区和人κ轻链。
[0155] 在一些实施方案中，无岩藻糖基人源化抗体包含：包含SEQ ID NO:2的氨基酸序列的重链、包含SEQ ID NO:3的氨基酸序列的轻链。在一些实施方案中，无岩藻糖基人源化抗体包含：由SEQ ID NO:2的氨基酸序列及任何翻译后修饰构成的重链，以及由SEQ ID NO:3的氨基酸序列及任何翻译后修饰构成的轻链。
[0156] 示例性抗体恒定区
[0157] 在一些实施方案中，本申请中描述的无岩藻糖基化抗体包含一个或多个人恒定区。在一些实施方案中，人重链恒定区是选自IgA、IgG和IgD的同种型。在一些实施方案中，人轻链恒定区是选自κ和λ的同种型。
[0158] 在一些实施方案中，本申请中描述的无岩藻糖基化抗体包含人IgG恒定区。在一些实施方案中，当想要效应器功能时，选择包含人IgG1重链恒定区或人IgG3重链恒定区的无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体。在一些实施方案中，本申请中描述的无岩藻糖基化抗体包含人IgG1恒定区。在一些实施方案中，本申请中描述的无岩藻糖基化抗体包含人IgG1恒定区,其中N297不是岩藻糖基化的。在一些实施方案中，本申请中描述的无岩藻糖基化抗体包含人IgG1恒定区和人κ轻链。
[0159] 在本说明书和权利要求书通篇中，除非另有明确说明或如本领域技术人员所知，免疫球蛋白重链中残基的编号是如Kabat et al.,Sequences of Proteins of Immunological Interest,5th Ed.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,Md.(1991)(明确通过提述并入本申请)中所述的EU索引。“如Kabt中所述的EU索引”指人IgG1EU抗体的残基编号。
[0160] 在特定的实施方案中，本发明的抗体包含变体Fc区，该变体Fc区相比与野生型IgG或野生型抗体的Fc区具有至少一个氨基酸取代。在特定的实施方案中，所述变体Fc区在野生型抗体的Fc区中具有两个或更多个氨基酸取代。在特定的实施方案中，变体Fc区在野生型抗体的Fc区中具有三个或更多个氨基酸取代。在特定的实施方案中，变体Fc区具有本申请中描述的至少一个、两个或三个或更多个Fc区氨基酸取代。在特定的实施方案中，这里的变体Fc区与天然序列Fc区和/或亲本抗体的Fc区将具有至少约80％同源性。在特定的实施方案中，这里的变体Fc区与天然序列Fc区和/或亲本抗体的Fc区将具有至少约90％同源性。在特定的实施方案中，这里的变体Fc区与天然序列Fc区和/或亲本抗体的Fc区将具有至少约95％同源性。
[0161] 在特定的实施方案中，本申请提供的抗体经过改变以增加或减少该抗体的糖基化程度。通过改变抗体的氨基酸序列而生成或去除一个或多个糖基化位点，可以便利地实现糖基化的添加或消除。
[0162] 在抗体包含Fc区的场合，可以改变附接于其上的糖。由哺乳动物细胞产生的天然抗体通常包含分支的、二分叉的寡糖，该寡糖通常借由N-连接附接到Fc区的CH2域的Asn297。参见例如，Wright et al.TIBTECH 15:26-32(1997)。该寡糖可包括多种糖，例如甘露糖、N-乙酰葡糖胺(GlcNAc)、半乳糖、和唾液酸，以及附接于GlcNAc的二分叉寡糖结构中的“茎部”的岩藻糖。在一些实施方案中，可以对本发明的抗体的寡糖进行修饰以产生具有改善的性质的抗体。
[0163] 在一个实施方案中，提供具有这样的糖结构的抗体，该糖结构缺少附接于(直接或间接)Fc区的岩藻糖(即，无岩藻糖基化抗体)。例如，在包含多个此类抗体的组合物中，岩藻糖的量可以是0％至约5％。在一些实施方案中，包含多个此类抗体的组合物包含至少95％的无岩藻糖基化抗体。岩藻糖的量这样确定：计算Asn297上的糖链内岩藻糖的相对于附接于Asn297的所有糖结构(例如复合物、杂合物和高甘露糖结构)之总和的平均量。检测抗体中的岩藻糖的非限制性示例方法包括MALDI-TOF质谱(参见例如，WO2008/077546)、对释放的标记寡糖的HPLC测量(参见例如，Schneider et al.,“N-Glycan analysis of monoclonal antibodies and other glycoproteins using UHPLC with fluorescence detection,”Agilent Technologies,Inc.(2012)；Lines,J.Pharm.Biomed.Analysis,14:601-608(1996)；Takahasi,J.Chrom.,720:217-225(1996))，对释放的标记寡糖的毛细管电泳测量(参见例如，Ma et al.,Anal.Chem.,71:5185-5192(1999))，和HPLC结合秒冲安培检测法来测量单糖组成(参见例如，Hardy,et al.,Analytical Biochem.,170:54-62(1988))。Asn297指位于Fc区的大致第297位(Fc区残基的EU编号)的天冬酰胺残基；然而，由于抗体中的微小序列变异，Asn297也可能位于第297位的约±3个氨基酸上游或下游，即在第294位和300位之间。在本申请中描述的抗体αFGFR2b中，Asn297出现在序列QYNST中，并且在下面的“序列表格”，SEQ ID NO:2中以粗体和下划线标示。岩藻糖基化变体可具有改善的ADCC功能。参见例如，美国专利公布号US 2003/0157108(Presta,L.)；US 2004/0093621(Kyowa Hakko Kogyo Co.,Ltd)。涉及“无岩藻糖基”或“岩藻糖缺陷”抗体的专利公布包括：
US 2003/0157108；WO 2000/61739；WO 2001/29246；US 2003/0115614；US 2002/0164328；
US 2004/0093621；US 2004/0132140；US 2004/0110704；US 2004/0110282；US 2004/
0109865；WO 2003/085119；WO 2003/084570；WO 2005/035586；WO 2005/035778；WO2005/
053742；WO2002/031140；Okazaki et al.J.Mol.Biol.336:1239-1249(2004)；Yamane-Ohnuki et al.Biotech.Bioeng.87:614(2004)。能够产生无岩藻糖基化抗体的细胞系的实例 包 括 蛋 白 质 岩 藻 糖 基 化 缺 陷 的 L e c 1 3 C H O 细 胞 ( R i p k a e t al.Arch.Biochem.Biophys.249:533-545(1986)；美国专利申请号US 2003/0157108 A1,Presta,L；和WO 2004/056312 A1,Adams et al.,尤其是在实施例11)，和敲除细胞系，例如缺少功能性α-1,6-岩藻糖基转移酶基因,FUT8的细胞系，例如敲除CHO细胞(参见例如，Yamane-Ohnuki et al.Biotech.Bioeng.87:614(2004)；Kanda,Y.et al.,
Biotechnol.Bioeng.,94(4):680-688(2006)；和WO2003/085107)。
US 2003/0157108；WO 2000/61739；WO 2001/29246；US 2003/0115614；US 2002/0164328；
US 2004/0093621；US 2004/0132140；US 2004/0110704；US 2004/0110282；US 2004/
0109865；WO 2003/085119；WO 2003/084570；WO 2005/035586；WO 2005/035778；WO2005/
053742；WO2002/031140；Okazaki et al.J.Mol.Biol.336:1239-1249(2004)；Yamane-Ohnuki et al.Biotech.Bioeng.87:614(2004)。能够产生无岩藻糖基化抗体的细胞系的实例 包 括 蛋 白 质 岩 藻 糖 基 化 缺 陷 的 L e c 1 3 C H O 细 胞 ( R i p k a e t al.Arch.Biochem.Biophys.249:533-545(1986)；美国专利申请号US 2003/0157108 A1,Presta,L；和WO 2004/056312 A1,Adams et al.,尤其是在实施例11)，和敲除细胞系，例如缺少功能性α-1,6-岩藻糖基转移酶基因,FUT8的细胞系，例如敲除CHO细胞(参见例如，Yamane-Ohnuki et al.Biotech.Bioeng.87:614(2004)；Kanda,Y.et al.,
Biotechnol.Bioeng.,94(4):680-688(2006)；和WO2003/085107)。
[0164] 还提供了具有二分型(bisected)寡糖的抗体，例如这样的抗体：其中附接于抗体Fc区的二分叉寡糖被GlcNAc一分为二。这样的抗体可能具有减少的岩藻糖基化和/或改善的ADCC功能。这样的抗体的例子在例如WO 2003/011878(Jean-Mairet et al.)；美国专利6,602,684(Umana et al.)；和US 2005/0123546(Umana et al.)中有描述。还提供了在附接于Fc区的寡糖中有至少一个半乳糖残基的抗体。这样的抗体可能具有改善的CDC功能。这样的抗体在例如WO 1997/30087(Patel et al.)；WO 1998/58964(Raju,S.)；和WO 1999/
22764(Raju,S.)中有描述。
22764(Raju,S.)中有描述。
[0165] 还提供了具有氨基端前导序列延伸的抗体。例如，氨基端前导序列的一个或多个氨基酸残基存在于抗体的任何一条或多条重链或轻链的氨基端。示例性氨基端前导序列延伸包含或由三个氨基酸残基—VHS组成，位于抗体的一条或两条轻链上。
[0166] 人FcRn高亲和力结合多肽的体内或血清半寿期，可以例如在施用了具有变体Fc区的多肽的转基因小鼠、人体、或非人哺乳动物中测定。另外参见，例如Petkova et al.International Immunology 18(12):1759-1769(2006)。
[0167] 在本发明的一些实施方案中，无岩藻糖基化抗体在人效应器细胞的存在下介导ADCC比包含岩藻糖的亲本抗体更有效。一般而言，ADCC活性可以使用如本申请中公开的体外ADCC测定法测定，但也想到了其他测定ADCC活性的测定法或方法，例如在动物模型等中。
[0168] 在特定的实施方案中，抗体的“KD,”“Kd,”“Kd”或“Kd值”通过表面等离子体共振测定法来测量，表面等离子体共振测定法使用 -2000或 -3000(BIAcore,Inc.,Piscataway,N.J.)，25℃，固定化抗原CM5芯片，～10响应单位(RU)的条件进行。简而言之，按照供应商的指示用N-乙基-N’-(3-二甲基氨基丙基)-碳二亚胺盐酸盐(EDC)和N-羟基琥珀酰亚胺(NHS)活化羧甲基化葡聚糖生物传感器芯片(CM5,BIACORE,Inc.)。抗原用10mM乙酸钠pH 4.8稀释至5μg/ml(～0.2μM)，然后以5μL/分的流速注射以达到偶联蛋白大约10个响应单位(RU)。在注入抗原之后，注射1M乙醇胺以封闭未反应的基团。
为动力学测量，将多肽(例如全长抗体)的系列稀释物在含0.05％TWEEN-20TM表面活性剂的PBS(PBST)中注入，温度25℃，流速约25μL/min。使用简单的一对一朗格缪尔结合模型(评估软件3.2版)同时拟合缔合传感图和解离传感图，来计算缔合速率(kon)
和解离速率(koff)。平衡解离常数(Kd)作为koff/kon的比来计算。参见例如，Chen et al.,J.Mol.Biol.293:865-881(1999)。如果按上述表面等离子体共振测定法测得的缔合速率(on-rate)超过106M-1S-1，则可以使用荧光淬灭技术来测定缔合速率，该技术测量溶于PBS，pH 7.2中20nM的抗抗原抗体在25℃、递增浓度的抗原的存在下的荧光发射强度(激发＝
295nm；发射＝340nm；16nm带通)，测量使用分光计，如有止流装置的分光计(Aviv Instruments)(或8000-系列SLM-AMINCOTM分光光度计(ThermoSpectronic))，并带有搅拌比色杯。
为动力学测量，将多肽(例如全长抗体)的系列稀释物在含0.05％TWEEN-20TM表面活性剂的PBS(PBST)中注入，温度25℃，流速约25μL/min。使用简单的一对一朗格缪尔结合模型(评估软件3.2版)同时拟合缔合传感图和解离传感图，来计算缔合速率(kon)
和解离速率(koff)。平衡解离常数(Kd)作为koff/kon的比来计算。参见例如，Chen et al.,J.Mol.Biol.293:865-881(1999)。如果按上述表面等离子体共振测定法测得的缔合速率(on-rate)超过106M-1S-1，则可以使用荧光淬灭技术来测定缔合速率，该技术测量溶于PBS，pH 7.2中20nM的抗抗原抗体在25℃、递增浓度的抗原的存在下的荧光发射强度(激发＝
295nm；发射＝340nm；16nm带通)，测量使用分光计，如有止流装置的分光计(Aviv Instruments)(或8000-系列SLM-AMINCOTM分光光度计(ThermoSpectronic))，并带有搅拌比色杯。
[0169] 抗体的“缔合速率”(on-rate,rate of association,association rate)或“kon”也可以如上所述用 -2000或 -3000system(BIAcore,Inc.,Piscataway,N.J.)来测定。
[0170] 在特定的实施方案中，所述两个值(例如Kd值)之间的差异是基本上相同的，例如，小于约50％,小于约40％,小于约30％,小于约20％,和/或小于约10％，随着参考/比较分子的变化而变化。
[0171] 在特定的实施方案中，所述两个值(例如Kd值)之间的差异是实质上不同的，例如，大于约10％,大于约20％,大于约30％,大于约40％,和/或大于约50％，随着参考/比较分子的变化而变化。
[0172] 示例性前导序列
[0173] 为了让某些分泌型蛋白质表达并大量分泌，来自异源蛋白质的前导序列可能是可取的。在一些实施方案中，采用异源前导序列的好处可能在于成熟多肽可以保持不变，因为前导序列在分泌过程中在ER中被去除。对于某些蛋白质的表达和分泌而言，异源前导序列的添加可能是必需的。
[0174] 某些示例性的前导序列在例如新加坡国立大学生物化学系维护的前导序列在线数据库中有描述。参见Choo et al.,BMC Bioinformatics,6:249(2005)；和PCT公布号WO 2006/081430。
[0175] III.无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体的性质
[0176] 在一些实施方案中，无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体在体外和/或体内具有增强的ADCC。在一些实施方案中，无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体在体外具有增强的ADCC。在一些实施方案中，体外ADCC活性通过本文中描述的方法，例如实施例3中描述的方法来确定。简而言之，在岩藻糖基化或无岩藻糖基化抗体的存在下，将FGFR2IIIb表达细胞与新鲜分离的人PBMC以25:1效应器细胞(PBMC)对靶细胞的比例接触。在一些实施方案中，使用表达FGFR2IIIb的Ba/F3细胞作为靶细胞。在一些实施方案中，通过使用CytoTox非放射性细胞毒性测定(Non-Radioactive Cytotoxicity Assay)(Promega,Madison,WI)定量LDH释放来测定细胞毒性。在一些实施方案中，使用5％Triton X-100测定最大裂解，并测定在没有抗体的情况下的自发释放。在一些实施方案中，可以使用下面的公式确定特异性裂解的百分比：(实验–自发释放)/(最大–自发释放)x 100＝％特异性裂解。在一些实施方案中，在测试的至少一个抗体浓度下，具有增强的ADCC活性的无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体导致的特异性裂解比用相同量的岩藻糖基化抗体所得的特异性裂解高至少10,至少15,至少20,至少
25,至少30,至少35,至少40,至少45,至少50,至少60,至少65,至少70,或至少75个百分点。
在一些实施方案中，具有增强的ADCC的无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体导致的特异性裂解比用岩藻糖基化抗体所得的特异性裂解高至少10,至少15,至少20,至少25,至少30,至少
35,至少40,至少45,至少50,至少60,至少65,至少70,或至少75个百分点，其中每种抗体的浓度均在0.01至1μg/ml之间，且靶细胞是表达FGFR2IIIb的Ba/F3细胞。在一些实施方案中，在0.01μg/ml,0.1μg/ml,或1μg/ml的浓度下测试抗体。
25,至少30,至少35,至少40,至少45,至少50,至少60,至少65,至少70,或至少75个百分点。
在一些实施方案中，具有增强的ADCC的无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体导致的特异性裂解比用岩藻糖基化抗体所得的特异性裂解高至少10,至少15,至少20,至少25,至少30,至少
35,至少40,至少45,至少50,至少60,至少65,至少70,或至少75个百分点，其中每种抗体的浓度均在0.01至1μg/ml之间，且靶细胞是表达FGFR2IIIb的Ba/F3细胞。在一些实施方案中，在0.01μg/ml,0.1μg/ml,或1μg/ml的浓度下测试抗体。
[0177] 在一些实施方案中，无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体具有增强的对FcγRIIIA的亲和力。在一些实施方案中，无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体具有增强的对FcγRIIIA(V158)的亲和力。在一些实施方案中，无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体具有增强的对FcγRIIIA(F158)的亲和力。在一些实施方案中，抗体对FcγRIIIA的亲和力使用表面等离子体共振来测定，例如如本申请中实施例2所述，和/或如下所述，下面是就FcγRIIIA(V158)描述的，但也适用于测定对FcγRIIIA(F158)的亲和力。简而言之，在一些实施方案中，将岩藻糖基化或无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体捕获在蛋白A包被的葡聚糖芯片上。以不同的浓度注入FcγRIIIA(V158)(例如可自R&D Systems获得)。岩藻糖基化和无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体的缔合常数、解离常数和对FcγRIIIA(V158)的亲和力可以例如使用表面等离子系统提供的软件(例如Biacore T200评估软件1:1结合模型)来确定。在一些实施方案中，具有增强的对FcγRIIIA(例如FcγRIIIA(V158)或FcγRIIIA(F158))的亲和力的无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体结合FcγRIIIA的亲和力是岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体的至少2倍,至少3倍,至少4倍,至少5倍,至少7倍,至少10倍,至少12倍,至少15倍,至少17倍,或至少20倍。例如，如果无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体结合FcγRIIIA(V158)的亲和力(KD)为9.2nM，而岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体结合FcγRIIIA(V158)的亲和力(KD)为207nM，则该无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体结合FcγRIIIA(V158)的亲和力是该岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体的207/9.2＝22.5倍。
[0178] IV.抗FGFR2IIIb抗体表达和产生
[0179] 编码抗FGFR2IIIb抗体的核酸分子
[0180] 提供包含编码抗FGFR2IIIb抗体的一条或多条多肽链的多核苷酸的核酸分子。在一些实施方案中，核酸分子包含编码抗FGFR2IIIb抗体的重链或轻链的多核苷酸。在一些实施方案中，核酸分子包含编码抗FGFR2IIIb抗体的重链的多核苷酸和编码该抗体轻链的多核苷酸。在一些实施方案中，第一核酸分子包含编码重链的第一多核苷酸，第二核酸分子包含编码轻链的第二多核苷酸。
[0181] 在某些此类实施方案中，重链和轻链自一个核酸分子表达，或自两个分别的核酸分子作为两个分别的多肽表达。在一些实施方案中，例如当抗体是scFv时，单一多核苷酸编码单一多肽，该单一多肽包含连接在一起的重链和轻链。
[0182] 在一些实施方案中，编码抗FGFR2IIIb抗体的重链或轻链的多核苷酸包含编码前导序列的核苷酸序列，该前导序列当被翻译时位于重链或轻链的N端。如上面讨论的，前导序列可以是天然重链或轻链前导序列，或者可以是另一异源前导序列。
[0184] 载体
[0185] 提供了包含编码抗FGFR2IIIb重链和/或抗FGFR2IIIb轻链的多核苷酸的载体。还提供了包含编码抗FGFR2IIIb重链和/或抗FGFR2IIIb轻链的多核苷酸的载体。这样的载体包括但不限于DNA载体、噬菌体载体、病毒载体、逆转录病毒载体，等等。在一些实施方案中，载体包含编码重链的第一多核苷酸序列和编码轻链的第二多核苷酸序列。在一些实施方案中，重链和轻链作为分别的多肽自载体表达。在一些实施方案中，重链和轻链作为单一多肽的部分表达，例如，当抗体为scFv时。
[0186] 在一些实施方案中，第一载体包含编码重链的多核苷酸，第二载体包含编码轻链的多核苷酸。在一些实施方案中，第一载体和第二载体以相似的量(例如相似的摩尔量或相似的质量)转染到宿主细胞中。在一些实施方案中，将第一载体和第二载体以5:1至1:5之间的摩尔比或质量比转染到宿主细胞中。在一些实施方案中，使用的编码重链的载体和编码轻链的载体之间的质量比为1:1到1:5之间。在一些实施方案中，使用的编码重链的载体和编码轻链的载体之间的质量比为1:2。
[0187] 在一些实施方案中，使用为在CHO细胞或CHO衍生细胞中、或NSO细胞中表达多肽而优化过的载体。示例性的此类载体在例如Running Deer et al.,Biotechnol.Prog.20:880-889(2004)中有记载。
[0188] 宿主细胞
[0189] 在多种实施方案中，抗FGFR2IIIb重链和/或抗FGFR2IIIb轻链可在原核细胞中，例如细菌细胞中表达；或在真核细胞，例如真菌细胞(如酵母)、植物细胞、昆虫细胞和哺乳动物细胞中表达。这样的表达可以，例如，根据本领域中已知的程序进行。可用于表达多肽的示例性的真核细胞包括，但不限于：COS细胞，包括COS 7细胞；293细胞，包括293-6E细胞；CHO细胞，包括CHO-S,DG44.Lec13CHO细胞，和FUT8CHO细胞； 细胞(Crucell)；和NSO细胞。在一些实施方案中，抗FGFR2IIIb重链和/或抗FGFR2IIIb轻链可以在酵母中表达。
参见例如，美国专利申请公布号US 2006/0270045 A1。在一些实施方案中，根据其对抗FGFR2IIIb重链和/或抗FGFR2IIIb轻链产生想要的翻译后修饰的能力来选择特定的真核宿主细胞。例如，在一些实施方案中，CHO细胞产生的多肽的唾液酸化水平比293细胞中产生的相同多肽高。
参见例如，美国专利申请公布号US 2006/0270045 A1。在一些实施方案中，根据其对抗FGFR2IIIb重链和/或抗FGFR2IIIb轻链产生想要的翻译后修饰的能力来选择特定的真核宿主细胞。例如，在一些实施方案中，CHO细胞产生的多肽的唾液酸化水平比293细胞中产生的相同多肽高。
[0190] 将一个或多个核酸导入想要的宿主细胞可以通过任何方法实现，包括但不限于，磷酸钙转染、DEAE-葡聚糖介导转化、阳离子脂质介导转化、电穿孔、转导、感染，等等。非限制性的示例方法在例如Sambrook et al.,Molecular Cloning,A Laboratory Manual,3rd ed.Cold Spring Harbor Laboratory Press(2001)中描述。通过任何合适的方法，可以在期望的细胞中瞬时或稳定的转染核酸。
[0191] 在一些实施方案中，无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体在能够产生无岩藻糖基化抗体，例如蛋白 质岩藻糖基化缺陷的Lec13CHO细胞中产生(Ripka et al.Arch.Biochem.Biophys.249:533-545(1986)；美国专利申请号US 2003/0157108 A1,Presta,L；以及WO 2004/056312 A1,Adams等人，尤其是实施例11)，以及在敲除细胞系，例如缺少功能性α-1,6-岩藻糖基转移酶基因FUT8的细胞系，例如敲除CHO细胞(参见例如，Yamane-Ohnuki et al.Biotech.Bioeng.87:614(2004)；Kanda,Y.et al.,
Biotechnol.Bioeng.,94(4):680-688(2006)；和WO2003/085107)中产生。在一些实施方案中，无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体在缺少功能性FUT8基因的CHO细胞中产生。在一些实施方案中，无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体在 CHOK1SV细胞(BioWa/Lonza,
Allendale,NJ)中产生。
Biotechnol.Bioeng.,94(4):680-688(2006)；和WO2003/085107)中产生。在一些实施方案中，无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体在缺少功能性FUT8基因的CHO细胞中产生。在一些实施方案中，无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体在 CHOK1SV细胞(BioWa/Lonza,
Allendale,NJ)中产生。
[0192] 抗FGFR2IIIb抗体的纯化
[0193] 抗FGFR2IIIb抗体可以通过任何合适的方法纯化。这样的方法包括，但不限于，使用亲和基质或疏水相互作用色谱。合适的亲和配体包括FGFR2IIIb ECD和结合抗体恒定区的配体。例如，蛋白A、蛋白G、蛋白A/G、或者抗体亲和柱，可以用来结合恒定区和纯化抗FGFR2IIIb抗体。疏水相互作用色谱，例如丁基或苯基柱，也可能适合用于纯化某些多肽。许多纯化多肽的方法是本领域已知的。
[0194] 抗FGFR2IIIb抗体的无细胞生产
[0195] 在一些实施方案中，在无细胞系统中产生抗FGFR2IIIb抗体。非限制性的无细胞系统在例如Sitaraman et al.,Methods Mol.Biol.498:229-44(2009)；Spirin,Trends Biotechnol.22:538-45(2004)；Endo et al.,Biotechnol.Adv.21:695-713(2003)中有描述。
[0196] V.治疗性组合物和方法
[0197] 使用抗FGFR2IIIb抗体治疗疾病的方法
[0198] 提供本发明的抗体和包含本发明抗体的组合物用于人或动物的治疗方法。还提供了包括施用无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体的治疗疾病的方法。可以用无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体治疗的非限制性示例疾病包括，但不限于癌症。在一些实施方案中，提供治疗癌症的方法，包括施用无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体。在一些实施方案中，所述癌症选自胃癌,乳腺癌,卵巢癌,子宫内膜癌,胰腺癌,或食道癌。在一些实施方案中，提供了治疗胃癌的方法，包括施用无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体。
[0199] 在一些实施方案中，癌症包含FGFR2基因扩增。在一些实施方案中，包含FGFR2基因扩增的癌症过表达FGFR2IIIb。在一些实施方案中，包含FGFR2过表达的癌症过表达FGFR2IIIb的程度高于FGFR2IIIc。在一些实施方案中，包含FGFR2扩增的癌症表达FGFR2IIIb的归一化水平超过FGFR2IIIc表达的归一化水平的2倍，3倍，5倍或10倍。在一些实施方案中，所述表达水平对GUSB归一化。在一些实施方案中，癌症过表达FGFR2IIIb但不包含FGFR2基因扩增。在一些实施方案中，胃癌包含FGFR2基因扩增。在一些实施方案中，包含FGFR2基因扩增的胃癌过表达FGFR2IIIb。在一些实施方案中，包含FGFR2扩增的胃癌过表达FGFR2IIIb的程度高于FGFR2IIIc。在一些实施方案中，包含FGFR2基因扩增的胃癌表达FGFR2IIIb的归一化水平是FGFR2IIIc表达的归一化水平的2倍,3倍,5倍,或10倍。在一些实施方案中，所述表达水平对GUSB归一化。在一些实施方案中，胃癌过表达FGFR2IIIb但不包含FGFR2基因扩增。在一些实施方案中，过表达是mRNA过表达。在一些实施方案中，过表达是蛋白质过表达。
[0200] FGFR2IIIb基因扩增可以通过本领域习知的任何合适中的方法来测定，包括但不限于，原位杂交(ISH)。在一些实施方案中，FGFR2扩增包括>3的FGFR2:CEN10(染色体10着丝粒)比。
[0201] FGFR2IIIb mRNA过表达可以通过本领域习知的任何合适的方法来测定，包括但不限于，包含定量PCR(qPCR)的方法。术语“FGFR2IIIb mRNA过表达”意指升高的水平的FGFR2IIIb mRNA，无论该升高的水平的原因为何(即，无论升高的水平是转录增加和/或mRNA降解减少，或是其他机理，或者多种机理组合的结果)。
[0202] FGFR2IIIb蛋白质过表达可以通过本领域习知的任何合适的方法来测定，包括但不限于，基于抗体的方法，例如免疫组化(IHC)。在一些实施方案中，根据本领域习知的方法对IHC染色打分。术语“FGFR2IIIb蛋白过表达”意指升高的水平的FGFR2IIIb蛋白，无论该升高的水平的原因为何(即，无论升高的水平是翻译增加和/或蛋白质降解减少，或是其他机理，或者多种机理组合的结果)。在一些实施方案中，IHC对肿瘤细胞的1+、2+、或3+染色指示FGFR2IIIb过表达。在一些实施方案中，IHC对肿瘤细胞的2+或3+染色指示FGFR2IIIb过表达。在一些实施方案中，如实施例6中所述对IHC染色评分。
[0203] 药物组合物
[0204] 在不同实施方案中，提供包含无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体的组合物与多种不同可药用载体(参见例如，Gennaro,Remington:The Science and Practice of Pharmacy with Facts and Comparisons:Drugfacts Plus,20th ed.(2003)；Ansel et al.,Pharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery Systems,7th ed.,Lippencott Williams and Wilkins(2004)；Kibbe et al.,Handbook of Pharmaceutical Excipients,3rd ed.,Pharmaceutical Press(2000))所成的制剂。有多种可药用载体，包括溶媒、辅料和稀释剂，可供使用。此外，还有多种可药用的辅助物质，例如pH调节剂和缓冲剂、渗透压调节剂、稳定剂、润湿剂等等，可供使用。非限制性的示例载体包括盐水、缓冲盐水、右旋糖、水、甘油、乙醇、以及它们的组合。
[0205] 在各种实施方案中，包含无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体的组合物可以配制用于注射，包括皮下注射，方法是将它们在水性或非水性溶剂(例如植物油或其他油类、合成的脂肪酸甘油酯、高级脂肪酸的酯，或丙二醇)中溶解、悬浮或乳化，在需要的时候，与常规添加剂如增溶剂、等渗剂、悬浮剂、乳化剂、稳定剂和防腐剂一起制剂。在多种实施方案中，组合物可以配制用于吸入，例如使用加压的可接受的推进剂，例如二氯二氟甲烷、丙烷、氮气等等。在多种实施方案中，组合物还可以配制成持续释放微胶囊，例如利用生物可降解或非生物可降解的聚合物。非限制性的示例的生物可降解制剂包括聚乳酸-乙醇酸聚合物。非限制性的示例的非生物可降解制剂包括聚甘油脂肪酸酯。制备此类制剂的特定方法在例如EP 1 125 584 A1中描述。
[0206] 施用途径
[0207] 在多种实施方案中，无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体可以通过多种途径体内施用，所述途径包括但不限于口服、动脉内、胃肠外、鼻内、肌肉内、心内、心室内、气管内、含服、直肠、腹膜内、皮内、表面、透皮，以及鞘内，或通过植入或吸入施用。主题组合物可以配制为固体、半固体、液体或气体形式；包括但不限于，片剂、胶囊、粉末、颗粒、油剂、溶液、栓剂、灌肠剂、注射剂、吸入剂、和气溶胶。合适的制剂和施用途径可以根据期望的应用来选择。
[0208] 药物组合物以有效量施用以治疗或预防癌症，例如胃癌,乳腺癌,卵巢癌,子宫内膜癌,胰腺癌,或食道癌。治疗有效量通常取决于受治疗的患者的体重、他或她的身体或健康状况、待治疗的状况的程度、或者受治疗的受试者的年龄。一般而言，无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体的施用量可为每剂约10μg/kg体重至约100mg/kg体重的范围。在一些实施方案中，无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体的施用量可为每剂约50μg/kg体重至约5mg/kg体重的范围。在一些实施方案中，抗FGFR2IIIb抗体的施用量可为每剂约100μg/kg体重至约10mg/kg体重的范围。在一些实施方案中，无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体的施用量可为每剂约100μg/kg体重至约20mg/kg体重的范围。在一些实施方案中，无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体的施用量可为每剂约0.5mg/kg体重至约20mg/kg体重的范围。
[0209] 无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体可以根据需要对受试者施用。施用频率可以由本领域从业人员，例如主治医师，根据要治疗的状况、受治疗的受试者的年龄、治疗的状况的严重程度、受治疗的受试者的一般健康状况等考虑因素来决定。在一些实施方案中，对受试者施用有效剂量的无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体一次或多次。在多种实施方案中，对受试者施用有效剂量的无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体每月一次，长于每月一次(more than once a month)，例如每两月或每三月。在其他实施方案中，有效剂量的无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体短于每月一次，例如每二周或每周施用。有效剂量的无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体对受试者施用至少一次。在一些实施方案中，有效剂量的无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体可施用多次，包括持续至少1个月、至少6个月、或至少1年的时间。
[0210] 联合疗法
[0211] 无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体可以单独施用或者与其他治疗模式一起施用。可以在其他治疗模式(例如手术、化疗或放疗)之前、基本上同时或者之后提供它们。在一些实施方案中，无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体与另一种抗癌剂联合施用。可以与无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体一起施用的非限制性的示例抗癌剂包括铂剂(如顺铂、奥沙利铂和卡铂)，紫杉醇 紫杉醇的白蛋白工程化纳米颗粒制剂 多西他赛吉 西他滨 卡培他滨 伊诺替康
表柔比星 FOLFOX(奥沙利
铂与5-FU、亚叶酸的组合)，FOLFIRI(亚叶酸，5-FU和伊诺替康的组合)，亚叶酸(leucovorin)，氟尿嘧啶(5-FU， )，丝裂霉素C(MITOZYTREXTM，
)，和盐酸多柔比星(阿霉素PFS，阿霉素RDF， )。在一些实施
方案中，无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体与紫杉醇联合施用。在一些实施方案中，无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体与顺铂和/或5-FU联合施用。在一些实施方案中，无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体与顺铂和5-FU联合施用。在一些实施方案中，无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体与FOLFOX(奥沙利铂，5-FU，和亚叶酸)联合施用。
表柔比星 FOLFOX(奥沙利
铂与5-FU、亚叶酸的组合)，FOLFIRI(亚叶酸，5-FU和伊诺替康的组合)，亚叶酸(leucovorin)，氟尿嘧啶(5-FU， )，丝裂霉素C(MITOZYTREXTM，
)，和盐酸多柔比星(阿霉素PFS，阿霉素RDF， )。在一些实施
方案中，无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体与紫杉醇联合施用。在一些实施方案中，无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体与顺铂和/或5-FU联合施用。在一些实施方案中，无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体与顺铂和5-FU联合施用。在一些实施方案中，无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体与FOLFOX(奥沙利铂，5-FU，和亚叶酸)联合施用。
[0212] 试剂盒/制品
[0213] 本发明还提供用于本申请中描述的任何方法的试剂盒、药物、组合物和单位剂型。
[0214] 本发明的试剂盒包括一个或多个包含无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体(或单位剂型和/或制品)的容器。在一些实施方案中，提供单位剂量，其中单位剂量含有预定量的包含无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体的组合物，还有或者没有一种或多种其他的作用剂。在一些实施方案中，这样的单位剂量在一次性使用的预填充注射用注射器中提供。在多种实施方案中，包含在单位剂量中的组合物可包含盐水、蔗糖，等等；缓冲剂，例如磷酸盐，等等；和/或被配制在稳定和有效的pH范围内。或者，在一些实施方案中，组合物可以提供为冻干粉末，该冻干粉末在添加合适的液体，例如无菌水后可以复原。在一些实施方案中，组合物包含一种或多种抑制蛋白质聚集的物质，包括但不限于蔗糖和精氨酸。在一些实施方案中，本发明的组合物包含肝素和/或蛋白聚糖。
[0215] 在一些实施方案中，本发明的试剂盒还包括用于，例如，按照本申请中描述的任何方法治疗癌症(如胃癌,乳腺癌,卵巢癌,子宫内膜癌,胰腺癌,或食道癌)的说明。试剂盒还可包含选择适合治疗的个体的描述。本发明的试剂盒中提供的说明通常是标签或包装插页(例如试剂盒中装入的纸片)上的书面说明，但机器可阅读的指令(例如磁盘或光学存储盘上携带的指令)也是可接受的。在一些实施方案中，试剂盒还包括另一种治疗剂。
[0216] 本发明的试剂盒处于合适的包装中。合适的包装包括，但不限于，管形瓶、瓶、罐、软包装(例如密封的聚酯薄膜或塑料袋)，等等。试剂盒任选地还可提供其他的组分，诸如缓冲剂和解释性信息。因此本申请还提供制品，其包括管形瓶(例如密封的管形瓶)、瓶、罐、软包装，等等。实施例
[0217] 下面讨论的实施例仅意在作为本发明的示例而不应被理解为以任何方式限制本发明。这些实施例不意在表示下面的实验是进行过的全部实验或者仅有的实验。已经努力保证所用的数字(例如量、温度等)的准确性，但应当容许一定的实验误差和偏差。除非另有说明，份数是重量份，分子量是重均分子量，温度是摄氏度，压力是大气压或接近大气压。
[0218] 实施例1：无岩藻糖基化抗FGFR2IIIb抗体的产生
[0219] 表达载体的构建.根据制造商的说明将编码单克隆抗体αFGFR2b的重链(HC)和轻链(LC)的核苷酸序列克隆到GS基因表达系统(Lonza,Basel,Switzerland)中。该系统产生一个双基因载体(DGV)，该载体含有分别用于轻链和重链的表达盒。
[0220] 宿主细胞系的选择.为了产生无岩藻糖基化单克隆抗体αFGFR2bA(αFGFR2b后的标识“A”指“无岩藻糖基化的”)，选择 CHOK1SV细胞(BioWa/Lonza,Allendale,NJ)作为宿主细胞系。 CHOK1SV细胞缺少FUT8基因(α1,6-岩藻糖基转移酶)，因此产生无岩藻糖的抗体(无岩藻糖基化抗体)。
[0221] 用于产生无岩藻糖基化αFGFR2bA抗体的稳定细胞系的构建：将如上所述的包含编码αFGFR2b抗体重链和轻链的核苷酸序列的表达载体按照制造商的说明通过电穿孔转染到CHOK1SV细胞中。将经过电穿孔的细胞在不含L-谷氨酰胺的CD CHO培养基中以大约10,000细胞/50μl/孔接种到96孔板中。次日，以150μl/孔加入含有67μM L-甲硫氨酸亚砜胺(MSX,SIGMA批号M5379,St.Louis,MO)的选择性CD CHO培养基。利用IN Cell Analyzer 2000(GE Healthcare,Piscataway,NJ)监测细胞生长和克隆形成。
[0222] 在4-6周后，对存活的集落，用一种基于均匀时间分辨荧光(HTRF)的测定系统来筛选αFGFR2bA抗体相对于用纯化的αFGFR2b抗体制作的标准曲线的表达，该测定系统使用XL665缀合的蛋白A和穴状化合物(cryptate)缀合的多克隆兔IgG(Cisbio,Bedford,MA)。对最高表达的克隆通过一系列规模递增的生产过程来加以扩增，包括24孔板、离心管、摇瓶、桌上型生物反应器，最后是平台生产过程。在每一步，仅取包含最高表达的克隆的部分用于下一步过程。基于蛋白质产物效价、细胞生长特征、产物质量、稳定性、以及生物反应器中的可放大性来选择最终的生产克隆。该最终的生产系对αFGFR2bA的表达水平为大约3.5g/L。使用正相HLPC(N-HPLC)色谱确认了最终的生产细胞系中产生的αFGFR2bA缺少岩藻糖基化。
[0223] αFGFR2bA抗体通过柱色谱纯化，并通过超滤纯化以浓缩纯化的材料，然后通过透析以更换为配制缓冲液(20mM组氨酸，150mM L-精氨酸，0.01％聚山梨醇酯20,pH 6.0)。抗体保存在低于-70℃。
[0224] αFGFR2bA的聚糖分析如下进行：从蛋白质释放出聚糖，用邻氨基苯甲酸(2-AA)标记聚糖，然后纯化标记的聚糖。使用正相HPLC结合荧光检测来分离聚糖并测量抗体中每种聚糖的相对量。图7显示，来源于 CHOK1SV细胞系的αFGFR2b和从CHOK1SV产生的αFGFR2b具有两种不同的聚糖分布。(A)来源于 CHOK1SV细胞系的αFGFR2b的聚糖分布显示该抗体缺少岩藻糖(“G0”)。(B)来源于CHOK1SV细胞系的αFGFR2b的聚糖分布显示该抗体含有岩藻糖(“G0F”)。
[0225] 使用两种正交方法来鉴定来自正相HPLC分离的聚糖峰。首先，标记CHOK1SV产生的αFGFR2b，并使用正相HPLC方法分离。荧光检测之后，让聚糖通过QTrap质谱仪。确定每个峰的质量，用来正鉴别每种聚糖，如表2所示。
[0226] 表2:聚糖峰的质量
[0227]
[0228] 也在 CHOK1SV产生的αFGFR2b中搜索了每种岩藻糖基化形式的聚糖(G0F,G1F,和G2F)的质量，没有观察到。图8显示了在抗体中通常观察到的G0,G1,G2,G0F,G1F,G2F和甘露糖-5(或Man-5)聚糖结构的示意图。
[0229] 对于来自HPLC测定的峰身份，还通过下述方式加以确认：使用购自Prozyme的聚糖标准品，匹配标准品与来自 CHOK1SV细胞系和CHOK1SV细胞系的αFGFR2概貌的保留时间。这些标准品鉴定出了G0,G0F,Man5,G1,G1F,和G2F。
[0230] 来自HPLC测定的结果和表征数据确认了来自 CHOK1SV细胞系的αFGFR2中缺少岩藻糖基化。
[0231] 实施例2：无岩藻糖基化抗αFGFR2b抗体结合亲和力
[0232] 通过表面等离子体共振测定了αFGFR2bA和αFGFR2bF(αFGFR2b后的标记“F”指“岩藻糖基化”)对FcγRIIIA(V158)的结合亲和力。简而言之，利用胺偶联试剂盒(GE Healthcare Life Sciences,Piscataway,NJ)，使用溶于100mM硼酸钠缓冲液，pH 8.0(Sigma,St.Louis,MO)的100mM乙二胺(Sigma)作为封闭试剂，将蛋白A共价附接于葡聚糖芯片。大约600-800RU的αFGFR2bA和αFGFR2bF被捕获在分别的流动池上，使用蛋白A(Pierce)衍生化的流动池作为参比对照。将FcγRIIIA(V158)(R&D Systems,Minneapolis,MN)在HBS-P+流动缓冲液(Biacore,GE Healthcare,Piscataway,NJ)中稀释，以5个浓度(0nM,12.3nM,37nM,111nM,333nM,和1000nM)一式二份注入。使用Biacore T200评估软件1:1结合模型计算对αFGFR2bA的缔合常数、解离常数和亲和力。使用Biacore T200评估软件稳态亲和力模型确定对αFGFR2bF结合的亲和力常数。结果在表3中显示。
[0233] 表3:αFGFR2bA和αFGFR2bF对FcγRIIIA(V158)的抗体亲和力
[0234]
[0235] 如表3所示，FcγRIIIA(V158)结合αFGFR2bA的亲和力比其结合αFGFR2bF的亲和力大20倍以上。
[0236] 实施例3:无岩藻糖基化抗FGFR2b抗体ADCC活性
[0237] 实施了体外测定法来确定αFGFR2bA抗体相对于αFGFR2bF抗体的ADCC活性。如下所述产生Ba/F3FGFR2IIIb表达靶细胞。将自Leibniz-Institut DSMZ-Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH(DSMZ,批号ACC300,Braunschweig,Germany)获得的Ba/F3细胞维持在RPMI(Mediatech,批号10-041-CV,Manassas,VA)中，其中添加有10％胎牛血清(Mediatech,批号35-010-CV),1ng/mL鼠IL-3(Peprotech,批号213-13,Rocky Hill,NJ),1X BME(Invitrogen,批号1047574,Grand Island,NY)，和1X青霉素-链霉素(Mediatech批号30-002-Cl)。用一种表达FGFR2IIIb的表达载体pBNew-hFGFR2b转化Ba/F3细胞，转化使用Cell Line Kit V(Lonza,批号VCA-1003)，按照制造商
的规程进行。pBNew载体包含CAG启动子，连同鸡β-肌动蛋白内含子，以及氨苄青霉素和嘌呤霉素生长选择基因。将经转化的细胞温育在完全生长培养基中3天，然后用2μg/mL嘌呤霉素(InVivoGen,批号ant-pr-1,San Diego,CA)处理。在培养的全过程中维持嘌呤霉素选择。为了产生个体稳定克隆，将细胞以每3孔1个细胞的密度铺板。利用荧光活化细胞分选(FACS)结合使用抗FGFR2IIIb抗体来选择具有最高水平的FGFR2IIIb表达的克隆。
的规程进行。pBNew载体包含CAG启动子，连同鸡β-肌动蛋白内含子，以及氨苄青霉素和嘌呤霉素生长选择基因。将经转化的细胞温育在完全生长培养基中3天，然后用2μg/mL嘌呤霉素(InVivoGen,批号ant-pr-1,San Diego,CA)处理。在培养的全过程中维持嘌呤霉素选择。为了产生个体稳定克隆，将细胞以每3孔1个细胞的密度铺板。利用荧光活化细胞分选(FACS)结合使用抗FGFR2IIIb抗体来选择具有最高水平的FGFR2IIIb表达的克隆。
[0238] MFM-223细胞自Health Protection Agency,UK获得；OCUM-2M细胞自Osaka City University,Osaka,Japan获得；KATO III细胞自ATCC,Rockville,MD获得。所有的细胞均使用标准方法培养。来自健康供体的新鲜分离的PBMC自AllCells,Emeryville,CA获得。
[0239] 使用在不同的3天从3名独立的供体获得的效应器细胞进行ADCC测定。ADCC测定试验利用新鲜分离的人PBMC作为效应器细胞进行，效应器对靶(E/T)细胞比为25:1。将靶细胞在效应器和递增浓度的抗体的存在下温育16小时。用两种阳性对照抗体来验证该ADCC测定法： 用于SKOV-3靶细胞；和 用于Raji靶细胞。使用一种全人源IgG1阴性对照抗体(Eureka Therapeutics,Catalog ET901,Emeryville,CA)作为非特异性细胞细胞毒作用的对照。遵照制造商的说明(CytoTox Non Radioactive Cytotoxicity Assay,Promega,Madison,WI)定量LDH释放，来确定细胞毒作用。
[0240] 在5％Triton X-100的存在下确定最大裂解，在无抗体的条件下确定自发释放。特异性裂解的百分比如下计算，作为最大裂解减去自发释放的百分比：
[0241] (实验–自发释放)/(最大–自发释放)x 100＝％特异性裂解
[0242] Ba/F3细胞的结果如图1所示。无岩藻糖基化的αFGFR2bA抗体在FGFR2IIIb表达Ba/F3细胞中诱导的特异性裂解大于岩藻糖基化的αFGFR2bF。在OCUM-2M、MFM 223和KATO III细胞中，αFGFR2bA与αFGFR2bF相比在更低的浓度下显示更大的ADCC活性，尽管两种抗体在OCUM-2M和MFM 223细胞中的最大特异性裂解相当(数据未显示)。此外，αFGFR2b在表达FGFR2IIIc的Ba/F3细胞中显示极少或没有ADCC活性。见图1A。
[0243] 实施例4：无岩藻糖基化抗FGFR2b抗体在胃癌和乳腺癌异种移植物模型中的活性[0244] 6周龄雌性CB17SCID小鼠自Charles River Laboratories(Wilmington,MA)购买，在研究开始之前适应环境1周。使用人胃癌细胞系OCUM-2M或乳腺癌细胞系MFM-223作为肿瘤模型。OCUM-2M购自Public University Corporation Osaka City University(OCU,Osaka,Japan)，MFM-223购自Culture Collections,Public Health England(98050130,HPA Culture Collections,Salisbury,UK)。将这些细胞在完全生长培养基中培养多达3代以扩增用于植入。OCUM-2M和MFM-223细胞分别在Dulbecco氏最小必需培养基(DMEM)和最小必需培养基(MEM)中培养。所有培养基均补充10％热灭活的胎牛血清(FBS)、2mM L-谷氨酰胺，以及青霉素-链霉素溶液。令细胞在37℃、含5％CO2的加湿气氛中生长。
[0245] 当培养的细胞达到85-90％汇合时，收集细胞并重悬在冷的不含Ca2+及Mg2+、含50％Matrigel(BD BioSciences,San Jose,CA)的磷酸盐缓冲盐水(PBS)中。将OCUM-2M细胞以5x105个细胞/100μl/小鼠的比例皮下植入到小鼠的右胁上。将MFM-223细胞以5x105个细胞/100μl/小鼠的比例皮下植入到小鼠的右胁上，将0.72mg的90日释放17-β雌二醇小丸(Innovative Research of America,Sarasota,FL)皮下接种到右胁内。在植入之后对小鼠每周二次监测肿瘤生长。肿瘤大小根据下面的公式测量：肿瘤体积(mm3)＝(宽度(mm)x长度(mm)2)/2。当MFM-223肿瘤达到80mm3时，将小鼠分选并随机化(n＝10)，开始处理。对于OCUM-
2M肿瘤，一旦肿瘤达到100mm3的平均大小即开始抗FGFR2b单独疗法，一旦肿瘤达到250mm3的平均大小即开始联合疗法。
2M肿瘤，一旦肿瘤达到100mm3的平均大小即开始抗FGFR2b单独疗法，一旦肿瘤达到250mm3的平均大小即开始联合疗法。
[0246] 如图例中详细说明的，每周两次以1-10mg/kg不等的剂量通过腹膜内注射施用抗FGFR2IIIb人源化抗体(无岩藻糖基化的，αFGFR2bA；岩藻糖基化的，αFGFR2bF)或作为阴性对照的白蛋白。每周两次通过腹膜内注射施用化疗剂，剂量为紫杉醇12mg/kg、氟尿嘧啶(5-FU)2.3mg/kg、顺铂33mg/kg。一旦开始疗法，每周两次测量每只小鼠体内的肿瘤大小。使用卡尺测量每个肿瘤的长度和宽度，根据上述的公式计算肿瘤大小。当皮下肿瘤体积超过2000mm3时，或当肿瘤坏死过多时，对小鼠实施安乐死。
[0247] 如果P<0.05，则判定作为结果的肿瘤体积比较是统计学上显著的。对最后一个肿瘤测量日的算得的肿瘤体积进行非配对双尾t检验分析来计算P-值。
[0248] 图2显示了(A和B)10mg/kg、(C和D)3mg/kg的αFGFR2bA和αFGFR2bF以在具有FGFR2扩增的OCUM-2M人胃癌异种移植物模型中的功效。(A)在10mg/kg，岩藻糖基化和无岩藻糖基化的抗体均诱导了即刻的肿瘤消退。然而，无岩藻糖基化的αFGFR2bA诱导的应答比岩藻糖基化的αFGFR2bF更持久。(B)与岩藻糖基化的αFGFR2bF相比，无岩藻糖基化的αFGFR2bA显著降低了最终的OCUM-2M肿瘤体积(p＝0.0153)。统计学显著性使用双尾非配对t检验来确定。(C)当以3mg/kg的剂量给药时，无岩藻糖基化的αFGFR2bA与岩藻糖基化的αFGFR2bF相比降低了肿瘤生长。与岩藻糖基化的αFGFR2bF相比，无岩藻糖基化的αFGFR2bA诱导的肿瘤消退更多，应当持久(注意：在约42日时一只动物被从αFGFR2bF组移除，导致曲线移动)。(D)3mg/kg的无岩藻糖基化的αFGFR2bA与岩藻糖基化的αFGFR2bF相比明显降低了最终OCUM-2M肿瘤体积(p＝0.0767)。统计学显著性使用双尾非配对t检验来确定。
[0249] 图3显示了αFGFR2bA的剂量依赖性肿瘤抑制。(A)对携带OCUM-2M异种移植物的SCID小鼠，当平均肿瘤大小达到约100mm3时，用1,1.5,2,3,或5mg/kg无岩藻糖基化的αFGFR2bA处理。尽管所有剂量的无岩藻糖基化的αFGFR2bA均抑制了肿瘤生长，但在3mg/kg和5mg/kgαFGFR2bA观察到最大的阻遏和持久的应答，而在2、1.5、和1mg/kgαFGFR2bA观察到的生长阻遏减少。(B)无岩藻糖基化的αFGFR2bA降低了最终的OCUM-2M肿瘤大小，且越高的剂量显示的生长阻遏越强。所有剂量的肿瘤生长阻遏都是统计学显著的(5mg/kg,p<0.0001；
3mg/kg,p<0.0001；2mg/kg,p<0.0001；1.5mg/kg,p＝0.0003；1mg/kg,p＝0.0013)。统计学显著性使用双尾非配对t检验来确定。
3mg/kg,p<0.0001；2mg/kg,p<0.0001；1.5mg/kg,p＝0.0003；1mg/kg,p＝0.0013)。统计学显著性使用双尾非配对t检验来确定。
[0250] 图4显示无岩藻糖基化的αFGFR2bA的施用在OCUM-2M胃癌异种移植物模型中增强紫杉醇的抗肿瘤活性。(A)对于携带皮下OCUM-2M异种移植物的SCID小鼠，当平均肿瘤体积达到约285mm3时，用无岩藻糖基化的αFGFR2bA(5mg/kg)、紫杉醇(12mg/kg)、或二者的组合处理。与单独的αFGFR2bA或紫杉醇相比，无岩藻糖基化的αFGFR2bA和紫杉醇的组合降低了肿瘤大小。(B)与单独的紫杉醇(p＝0.0005)或αFGFR2bA(p＝0.0009)相比，αFGFR2bA/紫杉醇联合疗法显著降低了最终的OCUM-2M肿瘤大小。统计学显著性使用双尾非配对t检验来确定。
[0251] 图5显示无岩藻糖基化的αFGFR2bA的施用在OCUM-2M胃癌异种移植物模型中增强顺铂/5-FU的抗肿瘤活性。(A)对于携带皮下OCUM-2M异种移植物的SCID小鼠，当平均肿瘤体积达到约260mm3时，用无岩藻糖基化的αFGFR2bA(5mg/kg)、氟尿嘧啶(5-FU)加顺铂(分别为2.3和33mg/kg)、或三者的组合处理。与单独的αFGFR2bA或5-FU/顺铂相比，αFGFR2bA与5-FU/顺铂的组合降低了肿瘤大小。(B)与5-FU/顺铂相比，αFGFR2bA/5-FU/顺铂联合疗法显著地降低了最终的OCUM-2M肿瘤大小(p＝0.0003)。与单独的αFGFR2bA相比，αFGFR2bA/5-FU/顺铂联合疗法对肿瘤大小降低的增加是明显的，但并非统计学上显著。统计学显著性使用双尾非配对t检验来确定。
[0252] 图6显示αFGFR2bA在MFM-223人乳腺癌异种移植物模型中的功效。(A)将MFM-223，一种具有FGFR2扩增的人乳腺癌细胞系，皮下植入到SCID小鼠中，当平均肿瘤大小达到约80mm3时启动无岩藻糖基化的αFGFR2bA疗法。与白蛋白对照(5mg/kg)相比，无岩藻糖基化的αFGFR2bA(5mg/kg)急剧地降低了MFM-223肿瘤的生长。(B)与白蛋白对照相比，无岩藻糖基化的αFGFR2bA显著地降低了最终的MFM-23肿瘤大小(p＝0.0008)。统计学显著性使用双尾非配对t检验来确定。
[0253] 实施例5：无岩藻糖基化的抗FGFR2b抗体介导的ADCC比岩藻糖基化的抗FGFR2b抗体更大
[0254] 进行了体外测定法来确定αFGFR2bA抗体相对αFGFR2bF抗体的ADCC活性。如前所述产生Ba/F3FGFR2IIIb表达性靶细胞。OCUM-2M细胞获自Osaka City University,Osaka,Japan。所有细胞均使用标准方法培养。来自健康供体的新鲜分离的PBMC获自AllCells,Emeryville,CA。
[0255] ADCC测定利用新鲜分离的人PBMC作为效应器细胞进行，效应器对靶(E/T)细胞比为25:1。将靶细胞在效应器和递增浓度的抗体的存在下温育16小时。所有条件均一式三份进行测试。遵照制造商的建议(Promega的CytoTox非放射性细胞毒测定法)定量LDH释放，来确定细胞毒作用。对于OCUM-2M细胞，在5％Triton X-100的存在下测定最大裂解，在没有抗体的条件下测定自发释放。特异性裂解的百分比如下计算，作为最大裂解减去自发释放的百分比：(实验–自发释放)/(最大–自发释放)x 100＝％特异性裂解。使用Graphpad软件曲线拟合分析来获得EC50值。
[0256] Ba/F3细胞的结果如图9所示。在FGFR2IIIb表达性Ba/F3细胞中，无岩藻糖基化的αFGFR2bA抗体显示比岩藻糖基化的αFGFR2bF抗体更高的效力(在更低的浓度下更大的ADCC活性)。图10中显示了对OCUM-2M细胞的类似结果。表4显示了在图9和图10所示的两种不同细胞系中无岩藻糖基化抗FGFR2b抗体相比于岩藻糖基化抗FGFR2b抗体的效力倍数增加。
[0257] 表4：无岩藻糖基化抗体对岩藻糖基化抗体的效力倍数增加
[0258]
[0259] 实施例6：肿瘤组织中FGFR2IIIb蛋白的免疫组化检测
[0260] 使用小鼠αFGFR2b抗体来检测福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)的胃肿瘤组织中的FGFR2IIIb蛋白，该抗体包含GAL-FR21(见美国专利8,101,723B2)的小鼠可变区和小鼠IgG2a恒定区。对FFPE肿瘤组织通过相继用二甲苯以及递减浓度的乙醇洗涤来脱蜡，并用水复水5分钟。将加载到玻片上的组织切片浸没在加热到95°-99℃的0.1mM柠檬酸盐缓冲液(pH 6.0)中15分钟。让组织切片冷却并与3％H2O2室温接触5分钟，然后在TBST(0.05M Tris,0.15M NaCl,0.05％Tween 20)中洗涤两次，在封闭缓冲液(溶于TBST的2.5％正常马血清)中室温封闭30分钟。然后将组织切片在封闭缓冲液中与5μg/mlαFGFR2b抗体室温温育30分钟。30分钟到2小时之间的温育时间产生了相似的染色强度。在用TBST缓冲液洗涤3次之后，将组织切片与即用型(ready-to-use,RTU)生物素化马抗小鼠第二抗体(10μg/ml稀释于封闭缓冲液(Vector Laboratories,Burlingame,CA；批号PK-7200)中)在室温温育30分钟。将组织切片用TBST缓冲液洗涤两次，并与RTU链霉亲和素-辣根过氧化物酶(HRP；Vector Laboratories,批号PK-7200)在室温温育30分钟。按照制造商的说明，在室温下利用3’,3’-二氨基联苯胺(DAB)底物(Vector Laboratories,批号PK-4105)进行检测，历时10分钟。然后按照制造商的说明用苏木精(Dako North America,Carpinteria,CA,批号K-8008)对组织切片复染。用递增浓度的乙醇和二甲苯顺次洗涤来使组织切片脱水，然后用盖玻片覆盖。
[0261] 发现0.1到5mg/ml的αFGFR2b的染色浓度对蛋白质检测特别有效。
[0262] 如下所述对染色评分：
[0263] 0 用αFGFR2b抗体未观察到染色
[0264] 1+ 在用αFGFR2b抗体染色的样品中观察到弱染色。该染色在用阴性对照抗体染色的相应切片中不存在。
[0265] 2+ 在切片中更普遍地出现对αFGFR2b抗体特异性的膜-胞质染色。
[0266] 3+ 在至少一部分被染色的肿瘤细胞中存在具有独特的膜定位的强特异性αFGFR2b抗体染色。
[0267] 图11显示了肿瘤组织的示例性0(A),1+(B,C),2+(D),和3+(E,F)染色。在图11A中，使用αFGFR2b抗体时导管细胞和散在的肿瘤细胞显示无染色。在显示间质型胃肿瘤样品的图11B中，肿瘤细胞(箭)在使用αFGFR2b抗体时显示一些染色，而周围的导管细胞不显示染色。在显示弥散型胃肿瘤样品的图11C中，肿瘤细胞(箭)在使用αFGFR2b抗体时显示一些染色，而周围的基质细胞(箭头)不显示染色。在图11D中，肿瘤细胞(箭)在使用αFGFR2b抗体时显示中度染色，而周围的基质细胞(箭头)不显示染色。在图11E中，肿瘤细胞(箭)在使用αFGFR2b抗体时显示高度的膜局在染色，而周围的基质细胞(箭头)不显示染色。在图11F中，肿瘤细胞(箭)在使用αFGFR2b抗体时显示高度的膜/胞质染色，而周围的基质细胞(箭头)不显示染色。
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