首页 / 专利库 / 专利权 / 专利合作条约 / 第I章 / 国际申请 / 附图 / 作为用于识别真菌和酵母种类的诊断目标的EIF2γ基因

作为用于识别真菌酵母种类的诊断目标的EIF2γ基因

阅读:283发布:2023-01-31

专利汇可以提供作为用于识别真菌酵母种类的诊断目标的EIF2γ基因专利检索,专利查询,专利分析的服务。并且本 发明 涉及 酵母 或 真菌 种类的 诊断 试剂 盒 ,所述试剂盒含有至少一种寡核苷酸探针,所述寡核苷酸探针能够与至少部分EIF2γ基因或其相应mRNA结合。,下面是作为用于识别真菌酵母种类的诊断目标的EIF2γ基因专利的具体信息内容。

1.酵母真菌种类的诊断试剂盒,所述试剂盒含有能够与至少部分eIF2γ基因或其相应mRNA结合的至少一种寡核苷酸探针。
2.权利要求1所述的试剂盒,其中,所述eIF2γ基因的所述部分与白色念珠菌
(C.albicans)eIF2γ基因的基对位置718到1040、白色念珠菌eIF2γ基因的碱基对位置790到934、光滑念珠菌(C.glabrata)eIF2γ基因的碱基对位置872到972、近平滑念珠菌(C.parapsilosis)eIF2γ基因的碱基对位置151到274、热带念珠菌(C.tropicalis)eIF2γ基因的碱基对位置140到270、克柔念珠菌(C.krusei)eIF2γ基因的碱基对位置
115到224、烟曲霉(A.fumigatus)eIF2γ基因的碱基对位置121到374、烟曲霉eIF2γ基因的碱基对位置164到261、黄曲霉(A.flavus)eIF2γ基因的碱基对位置155到252、黑曲霉(A.niger)eIF2γ基因的碱基对位置92到189、或土曲霉(A.terreus)eIF2γ基因的碱基对位置149到246的基因区域的一部分相当。
3.权利要求1或2所述的试剂盒,其中所述至少一种探针选自包括SEQ ID NO:1、2、
84、85、86、87、88、108、109、110、111、125或138的集合,或者也可以充当探针的与其实质上相似或互补的序列。
4.任一前述权利要求中所述的试剂盒,还包含用于扩增至少部分所述eIF2γ基因的至少一种引物。
5.任一前述权利要求中所述的试剂盒,包含用于至少部分所述eIF2γ基因的至少一种正向引物和至少一种反向引物。
6.任一前述权利要求中所述的试剂盒,包含至少一种正向体外扩增引物和至少一种反向体外扩增引物,所述正向扩增引物选自包括SEQ ID NO 3、5、89、91、93、95、97、104、105、
112、113、114、115、116、117、118、119、120、135或136的集合,或者也可以充当所述eIF2γ基因的正向扩增引物的与其实质上相似或互补的序列,以及所述反向扩增引物选自包括SEQ ID NO 4、6、90、92、94、96、98、106、107、121、122、123、124或137的集合,或者也可以充当所述eIF2γ基因的反向扩增引物的与其实质上相似或互补的序列。
7.权利要求6所述的诊断试剂盒,其基于直接核酸检测技术、信号扩增核酸检测技术,并且核酸体外扩增技术选自下列一种或更多种:聚合酶链式反应(PCR)、连接酶链式反应(LCR)、基于核酸序列的扩增(NASBA)、链置换扩增(SDA)、转录介导的扩增(TMA)、分支DNA技术(bDNA)以及滚环扩增技术(RCAT)或其它基于酶体外扩增的技术。
8.核酸分子,其选自:SEQ ID NO 1到SEQ ID NO 73和SEQ ID NO.84到138,以及与其或其部分实质上同源或实质上互补且在基于所述eIF2γ基因的诊断学中具有功能的序列。
9.核酸分子,其含有寡核苷酸,所述寡核苷酸具与权利要求10所述的核酸分子的一部分实质上同源或实质上互补的序列。
10.检测检测样品中的目标生物的方法,包括以下步骤:
(i)在适当的条件下,将所述检测样品与能够与至少部分eIF2γ基因或其相应mRNA结合的至少一种寡核苷酸探针混合;
(ii)在高度严格条件下,将可能存在于所述检测样品中的任何核酸与所述寡核苷酸杂交,形成探针:目标双链体;和
(iii)确定探针:目标双链体是否存在,所述双链体的存在明确识别出所述检测样品中所述目标生物的存在。
11.权利要求10所述的方法,其中,所述探针选自包括SEQ ID NO:1、2、84、85、86、87、
88、108、109、110、111、125或138的集合,或者也可以充当所述eIF2γ基因的探针的与其实质上同源或实质上互补的序列。
12.权利要求8或9中任意一项所述的核酸分子在检测酵母和/或真菌种类中一种或
更多种的存在情况的诊断分析中的应用。
13.权利要求1至7中任意一项所述的试剂盒或权利要求8或9中任意一项所述的核
酸分子在测量患者中酵母和/或真菌滴度的诊断分析中的应用。
14.评估被设计以减少患者中酵母和/或真菌滴度的治疗方案的功效的方法,其包括在所述治疗方案的一个或更多个关键时期应用权利要求1至7中任意一项所述的试剂盒或权利要求8或9中任意一项所述的核酸分子。
15.权利要求1至7中任意一项所述的试剂盒或权利要求8或9中任意一项所述的核
酸分子在测量环境中酵母和/或真菌污染物的诊断分析中的应用。
16.权利要求15所述的应用,其中,所述环境是:医院;食物样品;环境样品,例如
工业样品,如需要生物负载或质量评估的加工中样品或终产品。
17.权利要求1至7中任意一项所述的试剂盒或权利要求8或9中任意一项所述的
核酸分子在识别和/或表征一种或更多种破坏剂中的应用,所述破坏剂可以用于破坏所述eIF2γ基因功能。
18.权利要求17所述的应用,其中,所述破坏剂选自反义RNA、PNA、siRNA。
19.试剂盒,其实质上如本文中参考附图所述。
20.核酸,其实质上如本文中参考附图所述。
21.方法,其实质上如本文中参考附图所述。

说明书全文

作为用于识别真菌酵母种类的诊断目标的EIF2γ基因

发明领域

[0001] 本发明涉及检测一种或更多种真菌和酵母种类(species)的核酸引物和探针。更具体而言,本发明涉及eIF2γ基因(也称为EF-2基因)、相应的RNA、特异性探针、引物和与其有关的寡核苷酸,以及它们在检测和/或区分真菌和酵母种类的诊断检测中的应用。
[0002] 发明背景
[0003] 酵母和真菌感染是免疫妥协患者发病率和死亡率的主要原因。处于酵母和真菌感染险中的免疫妥协患者每年持续增加,这如同引起疾病的真菌和酵母因子的范围每年持续增加一样。由真菌感染、尤其是侵袭性真菌感染引起的死亡率在某些风险群体中是30%或更高。可用的抗真菌剂的阵容在增长;然而,对固有的和新出现的抗真菌药物抗性的识别也在增长。这些因素促成了在实验室检测中进行经费控制的增加需求,并已经导致检测程序中的实验室合并(laboratoryconsolidation)。
[0004] 侵袭性真菌感染正在增加。在2003年,估计有900万的风险患者,其中120万发生感染。念珠菌属菌种(假丝酵母属菌种,Candida spp.)和曲霉属菌种(Aspergillus spp.)现被列为感染免疫抑制患者的最主要病原体。尤其地,在泌尿道、呼吸系统和血流中,在插入支架导管和整形外科接头的部位处,感染是常见的。约10%的已知念珠菌属菌种已经牵涉到人类感染。当念珠菌进入血流时发生侵袭性念珠菌病,并且,估计其在美国以8/100,000人口的频率发生,死亡率为40%。白色念珠菌(Candida albicans)是血流感染的第四种最常见的原因。曲霉病通常始于部感染,其在一些患者中可发展成致命的侵袭性感染,并具有大于90%的死亡率。新出现的真菌病因子包括:镰刀菌属(Fusarium)、丝孢菌属(Scedosporium)、接合菌(Zygomycetes)和毛孢子菌菌种(Trichosporon spp.)(“Stakeholder Insight:Invasivefungal infections(侵袭性真菌感染)”,Datamonitor,Jan 2004)。
[0005] 免疫妥协患者,包括移植患者和手术患者、新生儿、癌症患者、糖尿病患者和那些患有HIV/AIDs的患者处于发生侵袭性真菌感染的高风险中(Datamonitorreport:Stakeholder opinion-Invasive fungal infections,options outweighreplacements(侵袭性真菌感染,选择重于取代)2004)。每年有大量严重的脓毒症病例被报道。尽管其医学管理有所改进,但脓毒症仍是重症特别护理医学中最大的挑战之一。引起脓毒症的生物(细菌、真菌和酵母)传统地借助差灵敏性(25-82%)的微生物学培养方法在医院化验室中检测,其非常耗费时间,通常要花费2到5天来完成,并且花费多达8天来诊断真菌感染。由酵母或真菌引起的感染的确诊通常是基于从临床样本中回收并识别特定因子,或者显微镜证明具有独特形态学特征的真菌。然而,存在这些方法不能提供关于感染因子的结论性证据的众多情况。在这些情况中,可以应用特异性宿主抗体反应的检测,尽管这可再次被患者的免疫状态所影响。在检测并识别通常由细菌、酵母或真菌引起的血流感染中,时间是关键性的。有效处理取决于迅速有效地找到感染源并就抗生素或抗真菌剂做出正确的决定。只有在病原体被正确识别后,才能开始使用特异性抗生素或抗真菌剂的靶向治疗。许多医师希望看到用于酵母和真菌早期诊断的更好的体外扩增和直接检测诊断技术的发展(“Stakeholder Insight:Invasive fungal infections(侵袭性真菌感染)”,tm
Datamonitor,Jan 2004)。最近,RocheTM发起了基于实时PCR的分析(Septifast ),以在临床样品中检测细菌、真菌和酵母DNA。因此,明显需要发展用于临床有意义细菌和真菌病原体的新颖快速的诊断测试,用于临床部中的生物分析应用。这已经致使本发明人识别新的真菌和酵母核酸目标以应用于核酸诊断(NAD)检测。
[0006] 基于真菌和酵母核酸的诊断主要集中于核糖体RNA(rRNA)基因、RNA转录物及其相关的DNA/RNA区域。rRNA基因在所有真菌种类中高度保守,并且它们也含有分歧的和独特的基因间转录间隔区。核糖体rRNA包含3个基因:大亚单位基因(28S)、小亚单位基因(18S)和5.8S基因。28S和18S rRNA基因被5.8S rRNA和两个内转录间隔区(ITS1和ITS2)分开。由于ITS区域含有多数的序列多态性,许多研究者已经将他们的努集中于此作为目标(Atkins and Clark,2004)。rRNA基因也是多拷贝基因,在真菌基因组中大于10个拷贝。
[0007] 许多团队从事于开发真菌和酵母感染的新分析。US2004044193涉及白色念珠菌的转录因子CaTEC1;其抑制剂,以及诊断和治疗与念珠菌属感染相关的疾病的方法;也涉及含有核酸序列、蛋白质、宿主细胞和/或抗体的诊断和药物组合物,和许多其它方面。WO0183824涉及杂交分析探针和附属寡核苷酸(accessoryoligonucleotides),用于检测来自白色念珠菌和/或都柏林念珠菌(Candidadubliniensis)的核糖体核酸。US6017699和US5426026涉及一组DNA引物,其可以用于扩增并形成(speciate)5个医学上重要的念珠菌属种类的DNA。US 6747137公开了有助于诊断念珠菌属感染的序列。EP 0422872和US
5658726公开了基于18S rRNA基因的探针,而US 5958693公开了基于28S rRNA的探针,用于诊断一系列酵母和真菌种类。US 6017366描述了基于几丁质合酶基因的序列,用于一系列念珠菌属种类的基于核酸的诊断学。
[0008] 但是清楚的是,需要开发更快、更精确的诊断方法,尤其是鉴于由现代抗微生物剂治疗引起的选择压力,所述抗微生物剂治疗产生具有突变基因组序列的抗性有毒菌株的增加群体。能早期诊断感染的微生物病因的方法使得能够选择特定狭窄范围的抗生素或抗真菌剂来治疗该感染(Datamonitor report:Stakeholderopinion-Invasive fungal infections,options outweigh replacements(侵袭性真菌感染,选择重于取代 ),2004;Datamonitor report:Stakeholder Opinion-Sepsis,under reactionto an overreaction(脓毒症,反应不足到过度反应),2006)。
[0009] 真核起始因子2(eIF2)是由三个亚单位:eIF2alpha(eIF2α)、eIF2beta(eIF2β)和eIF2gamma(eIF2γ)组成的异源三聚体。eIF2是真核翻译起始因子2,它是起始tRNA到核糖体的GTP依赖型输送所需的异源三聚体G蛋白。eIF2γ亚单位(eif2γ)具有与原核翻译延伸因子EF-Tu相似的基酸序列,其作为微生物的分子诊断学目标被授予专利(Alone and Dever,2006;Dorris et al.,1995;Erickson et al.,1996 and 1997)。
[0010] 现可在NCBI基因库数据库中获得171条eIF2γ的序列,包括:3个念珠菌属菌种,其包括白色念珠菌的2条注释的eIF2γ序列和光滑念珠菌(Candida.glabrata)的一个假定蛋白——其与白色念珠菌eIF2γ有78%的同源性;和6条曲霉属菌种序列,其中3条注释为eIF2γ,和3条假定序列。公布的序列约为1600个基对长,其提供适于针对念珠菌属和曲霉属菌种的种类识别的RCP引物和探针设计的许多序列区域。对于念珠菌属,发明人集中于这样的eIF2γ基因区域,其相当于白色念珠菌中碱基对(bp)位置718到bp位置1040。对于曲霉属,发明人设计引物以扩增这样的eIF2γ基因区域,其相当于烟曲霉(Aspergillus fumigatus)中bp位置121到bp位置374。
[0011] 定义
[0012] “合成寡核苷酸”指不直接来自基因组DNA或活的生物的2个或更多个核苷酸碱基的核酸聚合物分子。术语合成寡核苷酸拟包含已经用化学方法制造的或在体外酶合成的DNA、RNA和DNA/RNA杂交物。
[0013] “寡核苷酸”是具有两个或更多个共价结合在一起的核苷酸亚单元的核苷酸聚合物。寡核苷酸通常为约10到约100个核苷酸。核苷酸亚单元的糖基团可以是核糖、脱核糖,或其改性的衍生物如OMe。核苷酸亚单元可以由如磷酸二酯键、修饰的键的键连接,或由不阻止寡核苷酸杂交到其互补的目标核苷酸序列上的非核苷酸部分连接。修饰的键包括这些键,其中标准的磷酸二酯键被不同的键取代,所述不同的键如硫代磷酸酯键、甲基磷酸酯键或中性肽键。根据本发明,含氮碱基类似物也可以是寡核苷酸的组分。
[0014] “目标核酸”是包含目标核酸序列的核酸。“目标核酸序列”、“目标核苷酸序列”或“目标序列”是可以与互补寡核苷酸杂交的特定脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸序列。
[0015] “寡核苷酸探针”是具有这样的核苷酸序列的寡核苷酸,所述核苷酸序列足以与其目标核酸序列互补,以能够在高度严格杂交条件下形成可检测的杂交探针:目标双链体。寡核苷酸探针是一种分离的化学物质,并可以包括目标区域外面的另外的核苷酸,只要这些核苷酸不阻止高度严格杂交条件下的杂交。非互补序列,如启动子序列、限制性内切核酸酶识别位点、或者赋予期望的二级或三级结构如催化活性部位的序列可以被使用,以促进使用发明探针的检测。寡核苷酸探针任选地可以标记有可检测部分,如放射性同位素、荧光部分、化学发光剂、纳米颗粒部分、酶或配体,它们可以被使用以检测或确定探针杂交到其目标序列。寡核苷酸探针优选地在约10到约100个核苷酸长的大小范围,尽管探针有可能长达约500个核苷酸及多于约500个核苷酸,或者长度小于10个核苷酸。
[0016] “杂交物”或“双链体”是通过互补碱基之间的Watson-Crick碱基配对或非规范碱基配对在两条单链核酸序列之间形成的复合体。“杂交”是这样的过程,通过该过程,两个互补的核酸链联合形成双链结构(“杂交物”或“双链体”)。“真菌”或“酵母”意指真菌界的任何生物,并且优选地,关注于子囊菌(Ascomycota)门的任何生物。
[0017] “互补”是由单链DNA或RNA的碱基序列赋予的一种特性,通过各自链上的Watson-Crick碱基对之间的氢键,所述单链DNA或RNA可以形成杂交物或双链DNA:DNA、RNA:RNA或DNA:RNA。腺嘌呤(A)通常与胸腺嘧啶(T)或尿嘧啶(U)互补,而嘌呤(G)通常与胞嘧啶(C)互补。
[0018] 术语“严格(stringency)”用于描述在杂交以及随后的处理步骤过程中存在的温度、离子强度和溶剂组成。本领域的技术人员会认识到“严格”条件可通过单独或共同改变那些参数而变化。在高度严格条件下,只有高度互补核酸杂交物才会形成;没有足够程度互补性的杂交物不会形成。因此,试验条件的严格性决定了形成杂交物的两个核酸链之间需要的互补性的量。严格条件被选择以最大化由目标和非目标核酸形成的杂交物之间的稳定性差异。
[0019] 在“高度严格”条件下,核酸碱基配对只会发生在具有高频率互补碱基序列的核酸片段之间(例如,在“高度严格”条件下的杂交可发生在具有约85-100%同一性、优选约70-100%同一性的同系物之间)。在中等严格条件下,核酸碱基配对会发生在具有中间频率互补碱基序列的核酸之间(例如,在“中等严格”条件下的杂交可在具有约50-70%同一性的同系物之间发生)。因此,“弱”或“低”严格条件常常是来自遗传上不同的生物的核酸所要求的,因为互补序列的频率通常较低。
[0020] ‘高度严格’条件是那些相当于这样的条件,即于42℃下,在由5×SSPE(43.8g/l(克/升)NaCl、6.9g/l NaH2PO4H2O和1.85g/l EDTA,用NaOH将pH调至7.4)、0.5%SDS、5×Denhardt’s试剂和100μg/ml(微克/毫升)变性鲑精DNA组成的溶液中结合或杂交,接下来,于42℃下,在含有0.1×SSPE、1.0%SDS的溶液中洗涤,其时使用约500个核苷酸长的探针。
[0021] “中等严格”条件是那些相当于这样的条件,即于42℃下,在由5×SSPE(43.8g/l NaCl、6.9g/l NaH2PO4H2O 和 1.85g/l EDTA,用 NaOH 将 pH 调 至 7.4)、0.5 % SDS、5×Denhardt’s试剂和100μg/ml变性鲑精DNA组成的溶液中结合或杂交,接下来,于42℃下,在含有1.0×SSPE、1.0%SDS的溶液中洗涤,其时使用约500个核苷酸长的探针。
[0022] ‘低严格’条件是那些相当于这样的条件,即于42℃下,在由5×SSPE(43.8g/l NaCl、6.9g/l NaH2PO4H2O 和 1.85g/l EDTA,用 NaOH 将 pH 调 至 7.4)、0.1 % SDS、5×Denhardt’s 试 剂 [ 每 500ml 的 50×Denhardt’s 含 有:5g Ficoll(Type 400,Pharamcia)、5g BSA(Fraction V;Sigma)]和100μg/ml变性鲑精DNA组成的溶液中结合或杂交,接下来,于42℃下,在含有5×SSPE、0.1%SDS的溶液中洗涤,其时使用约500个核苷酸长的探针。
[0023] 在基于核酸体外扩增的技术的上下文中,通过使用该体外扩增技术特定的温度条件和离子缓冲条件来实现“严格”。例如,在PCR和实时PCR的上下文中,通过使用特定的温度和离子缓冲强度来实现“严格”,以将寡核苷酸引物,而对于实时PCR来说是探针,杂交到目标核酸上,以体外扩增目标核酸。
[0024] 本领域的技术人员会理解,本发明的实质上相应的探针可以与所提到的序列不同,并仍与相同的目标核酸序列杂交。核酸的这种变异可根据序列中一致碱基的百分比或探针与其目标序列之间完全互补碱基的百分比来陈述。如果这些百分比是从约100%到约80%,或者从约10个核苷酸目标序列中0碱基错配到约10个核苷酸目标序列中约2个碱基错配,那么本发明的探针实质上相应于核酸序列。在优选的实施方式中,该百分比是从约
100%到约85%。在更优选的实施方式中,该百分比是从约90%到约100%;在其它优选的实施方式中,该百分比是从约95%到约100%。
[0025] 通过“充分互补(sufficiently complementary)”或“实质上互补(基本互补,substantially complementary)”意指核酸具有足够邻接互补核苷酸数量,以在高度严格杂交条件下形成稳定用于检测的杂交物。实质上互补也可以指与给定的参考序列具有至少90%同一性至例如95%、96%、97%、98%、99%或100%同一性的序列。
[0026] 术语“同一的”或百分比“同一性”在两个或更多个核酸或多肽序列的上下文中,指两个或更多个序列或子序列,如使用BLAST或BLAST 2.0序列比较算法用以下描述的默认参数所测定的,或者通过手工比对和目视检查(参见例如ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/的NCBI网站或类似物)所测定的,它们是相同的或者具有指定百分比的相同的氨基酸残基或核苷酸(即,当在比较窗口或指明区域中针对最大相关性进行比较和比对时,在指定区域中90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更高的同一性)。这样的序列随后被称为“实质上同一的”。该定义也指测试序列的评价(compliment),或者可用于测试序列的评价。该定义也包括具有缺失和/或插入的序列,以及那些具有置换的序列。如下所述,优选的算法可以解释空位和类似物。优选地,同一性存在于至少约25个氨基酸或核苷酸长的区域中,或者更优选地,存在于50-100个氨基酸或核苷酸长的区域中。
[0027] 对于序列比较,通常一条序列作为参考序列,测试序列与所述参考序列相比较。当使用序列比较算法时,将测试和参考序列输入到计算机中,指定子序列坐标,如果需要则指定序列算法程序参数。优选地,可以使用默认程序参数,或者可以指定可选的参数。然后,基于程序参数,序列比较算法计算测试序列相对于参考序列的序列同一性百分比。
[0028] 如本文所使用的“比较窗口”包括参考选自从20到600、通常约50到约200、更通常约100到约150的连续位置数目中的任何一个的区段,其中,一个序列可以与该相同数目连续位置的参考序列相比较——在这两条序列最佳比对之后。比对序列用于比较的方法在本领域是众所周知的。用于比较的最佳序列比对可以例如由Smith&Waterman,Adv.Appl.Math.2:482(1981)的局部同源性算法(localhomology algorithm)、Needleman&Wunsch,J.Mol.Biol.48:443(1970)的 同源 性比 对算 法(homology alignment algorithm)、Pearson&Lipman,Proc.Nat’l.Acad.Sci.USA 85:2444(1988)的搜索相似性方法(search for similarity method)、这些算法的计算机化执行(GAP、BESTFIT、FASTA和TFASTA,Wisconsin Genetics SoftwarePackage中,Genetics Computer Group,575Science Dr.,Madison,WI)进行,或者通过手工比对和目视检查(参见例如,Current Protocols in Molecular Biology(当前的分子生物学方案)(Ausubel et al.,eds.1987-2005,Wiley Interscience))进行。
[0029] 适于确定序列同一性百分比和序列相似性的算法的优选例子是BLAST和BLAST2.0算法,其在Altschul et al.,Nuc.Acids Res.25:3389-3402(1977)和Altschulet al.,J.Mol.Biol.215:403-410(1990)中各有描述。使用本文描述的参数,BLAST和BLAST 2.0被用于确定本发明核酸和蛋白质的序列同一性百分比。进行BLAST分析的软件可通过美国国立生物技术信息中心(National Center for BiotechnologyInformation)公开获得。该算法包括通过识别查询序列中长度W的短字串来首先识别高分序列对(HSPs),其在与数据库序列中相同长度的字串比对时或者匹配、或者满足一些正赋值的阈值分值T。T是指邻近字串分值阈值(Altschul et al.,见上)。这些最初的邻近字串命中充当起始搜索的种子以找到包含它们的更长的HSPs。字串命中沿每条序列在两个方向上延伸,直到积累的比对分值可以增加。对于核苷酸序列,积累分值是使用参数M(对匹配残基对的赋分;通常>0)和N(对错配残基的罚分;通常<0)计算的。对于氨基酸序列,得分矩阵被用于计算累计分值。当积累的比对分值从其最大获得值下降数量X时;当由于一个或更多个负得分残基比对的积累,累积分值变为零或小于零时;或者当达到任一序列的末端时,每一方向中的字串命中延伸被停止。BLAST算法参数W、T和X决定比对的灵敏度和速度。BLASTN程序(对于核苷酸序列)使用默认的字串长(W)11、期望值(E)10、M=5、N=-4和比较两条链。对于氨基酸序列,BLASTP程序使用默认的字串长3和期望值(E)10,以及BLOSUM62得分矩阵(参考Henikoff&Henikoff,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89:10915(1989))比对(B)50、期望值(E)10、M=5、N=-4和比较两条链。
[0030] “核酸”指脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸,和其单链或双链形式的聚合物,以及其互补物。该术语包含含有已知的核苷酸类似物或修饰的骨架残基或连接的核酸,其是合成的、自然发生的以及非自然发生的,其具有与参考核酸相似的结合特性,并且其以与参考核苷酸相似的方式被代谢。这样的类似物的例子包括但不限于:硫代磷酸酯、氨基磷酸酯(phosphoramidate)、甲基磷酸酯、手性甲基磷酸酯、2-O-甲基核糖核苷酸、肽核酸(PNAs)。
[0031] “核酸杂交”或“探针:目标双链体”意为双链、氢键结构的结构,优选为约10到约100个核苷酸长,更优选为14到50个核苷酸长,尽管这将在一定程度上取决于寡核苷酸探针的总长度。该结构足够稳定,以便通过如化学发光或荧光检测、放射自显影术、电化学分析或凝胶电泳的手段来检测。这样的杂交物包括RNA:RNA、RNA:DNA或DNA:DNA双链体分子。
[0032] “RNA和DNA等价物”指具有相同互补碱基对杂交特性的RNA和DNA分子。RNA和DNA等价物具有不同的糖基团(即,核糖对脱氧核糖),并且可以通过尿嘧啶存在于RNA中和胸腺嘧啶存在于DNA中而不同。RNA和DNA等价物之间的差异不促成实质上相应的核酸序列中的差异,因为等价物对特定的序列具有相同程度的互补性。
[0033] “优先杂交”表示在高度严格杂交条件下,寡核苷酸探针可以与其目标核酸杂交以形成稳定的探针:目标杂交物(因而表明存在目标核酸),而不形成稳定的探针:非目标杂交物(其将表明存在来自其它生物的非目标核酸)。因此,探针以比非目标核酸实质上更大的程度杂交到目标核酸上,以使本领域技术人员能正确地检测这些种类的存在(例如,念珠菌属)并将这些种类与其它生物区分开。优先杂交可以使用本领域已知的和本文描述的技术来测量。
[0034] “治疗诊断学”意为使用诊断检测技术诊断疾病,选择正确的治疗方案,并监控患者对治疗的反应。本发明的治疗诊断学可以基于本发明的NAD分析在样品、拭子或从患者收集的样本上的使用。
[0035] 发明目的
[0036] 本发明的一个目的是提供序列和/或诊断检测以检测并识别一个或更多个酵母和真菌种类。本发明人已经利用eIF2γ基因序列来设计对念珠菌属eIF2γ基因和曲霉属eIF2γ基因具有特异性的引物。这样的引物不仅允许检测酵母和真菌种类,而且也允许区分念珠菌属和曲霉属菌种。这比现有技术有优势,所述优势在于如果想在含有念珠菌属作为共生体的样品中识别真菌病原体,使用通用引物的方法可能不是成功的。很有可能念珠菌属在扩增过程中会在竞争中胜过真菌病原体且会被优先扩增,导致无法检测引起疾病的病原体。本发明还提供了引物和探针,其允许在不同的念珠菌属种类之间和在不同的曲霉属种类中进行辨别。
[0037] 发明概述
[0038] 本发明提供了用于检测并识别酵母和/或真菌种类的诊断试剂盒,其包含至少一种寡核苷酸探针,所述探针能够与至少部分eIF2γ基因或其相应mRNA结合。该寡核苷酸探针可以具有与部分eIF2γ基因或其相应mRNA实质上同源或实质上互补的序列。因此,它能够与互补DNA或RNA分子结合或杂交。eIF2γ基因可以是真菌eIF2γ基因。eIF2γ基因可以是酵母eIF2γ基因。核酸分子可以是合成的。
[0039] eIF2γ基因的所述部分可以与白色念珠菌eIF2γ基因的碱基对位置718到1040的基因区域的一部分相当。eIF2γ基因的所述部分可以与白色念珠菌eIF2γ基因的碱基对位置790到934的基因区域的一部分相当。eIF2γ基因的所述部分可以与光滑念珠菌eIF2γ基因的碱基对位置872到972的基因区域的一部分相当。eIF2γ基因的所述部分可以与近平滑念珠菌(C.parapsilosis)eIF2γ基因的碱基对位置151到274的基因区域的一部分相当。eIF2γ基因的所述部分可以与热带念珠菌(C.tropicalis)eIF2γ基因的碱基对位置140到270的基因区域的一部分相当。eIF2γ基因的所述部分可以与克柔念珠菌(C.krusei)eIF2γ基因的碱基对位置115到224的基因区域的一部分相当。eIF2γ基因的所述部分可以与烟曲霉(A.fumigatus)eIF2γ基因的碱基对位置121到374的基因区域的一部分相当。eIF2γ基因的所述部分可以与烟曲霉eIF2γ基因的碱基对位置164到261的基因区域的一部分相当。eIF2γ基因的所述部分可以与黄曲霉(A.flavus)eIF2γ基因的碱基对位置155到252的基因区域的一部分相当。eIF2γ基因的所述部分可以与黑曲霉(A.niger)eIF2γ基因的碱基对位置92到189的基因区域的一部分相当。eIF2γ基因的所述部分可以与土曲霉(A.terreus)eIF2γ基因的碱基对位置149到246的基因区域的一部分相当。技术人员会理解,与这些区域相当的序列可以在其它生物中找到,但不一定是在相同的位置。
[0040] 寡核苷酸探针可具有SEQ ID NO 1、2、84、85、86、87、88、108、109、110、111、125或138的序列,或者也可以充当eIF2γ基因的探针的与这些序列实质上同源或实质上互补的序列。
[0041] 试剂盒可以含有多于一种这样的探针。具体地说,试剂盒可以包含多数这样的探针。此外,试剂盒可以包含用于其它生物,例如,如细菌种类或病毒的另外的探针。
[0042] 试剂盒还可以包括至少一种引物,用于扩增至少部分eIF2γ基因。适当地,试剂盒可以包括至少一种正向体外扩增引物和/或至少一种反向体外扩增引物,所述正向扩增引物具有选自包括SEQ ID NO 3、5、89、91、93、95、97、104、105、112、113、114、115、116、117、118、119、120、135或136的序列,或者也可以充当eIF2γ基因的正向扩增引物的与它们实质上同源或互补的序列,和/或所述反向扩增引物具有选自包括SEQ ID NO 4、6、90、92、94、
96、98、106、107、121、122、123、124或137的序列,或者也可以充当eIF2γ基因的反向扩增引物的与它们实质上同源或互补的序列。
[0043] 用于检测念珠菌属eIF2γ多核苷酸的试剂盒包括至少一种寡核苷酸探针,其选自包括SEQ ID NOs:1、84、85、86、87、88或138的集合,或者其与与被SEQ IDNOs:1、84、85、86、87、88或138优先杂交的核苷酸序列相同的核苷酸序列优先杂交。试剂盒还可以包括:
至少一种正向引物,其选自包括SEQ ID NOs:5、89、91、93、95、97、135或136的集合,或者其与与被SEQ ID NOs:5、89、91、93、95、97、135或136优先杂交的核苷酸序列相同的核苷酸序列优先杂交;和/或反向引物,其选自包括SEQ ID NOs:6、90、92、94、96、98、137的集合,或者其与与被SEQ ID NOs:6、90、92、94、96、98或137优先杂交的核苷酸序列相同的核苷酸序列优先杂交。
[0044] 用于检测或识别白色念珠菌eIF2γ多核苷酸的试剂盒包括:至少一种寡核苷酸探针,其选自包括SEQ ID NO:1、84或138的集合,或者其与与被SEQ ID NO:1、84或138优先杂交的核苷酸序列相同的核苷酸序列优先杂交;而且还包括至少一种正向引物,其选自包括SEQ ID NO:5、89、135或136的集合,或者其与与被SEQ ID NO:5、89、135或136优先杂交的核苷酸序列相同的核苷酸序列优先杂交;和/或至少一种反向引物,其选自包括SEQ ID NO:6、90或137的集合,或者其与与被SEQ ID NO:6、90或137优先杂交的核苷酸序列相同的核苷酸序列优先杂交。
[0045] 用于检测或识别光滑念珠菌eIF2γ多核苷酸的试剂盒包括:至少一种寡核苷酸探针,其选自包括SEQ ID NO:85的集合,或者其与与被SEQ ID NO:85优先杂交的核苷酸序列相同的核苷酸序列优先杂交;而且还包括至少一种正向引物,其选自包括SEQ ID NO:91的集合,或者其与与被SEQ ID NO:91优先杂交的核苷酸序列相同的核苷酸序列优先杂交;和/或至少一种反向引物,其选自包括SEQ IDNO:92的集合,或者其与与被SEQ ID NO:92优先杂交的核苷酸序列相同的核苷酸序列优先杂交。
[0046] 用于检测或识别近平滑念珠菌eIF2γ多核苷酸的试剂盒包括:至少一种寡核苷酸探针,其选自包括SEQ ID NO:86的集合,或者其与与被SEQ ID NO:86优先杂交的核苷酸序列相同的核苷酸序列优先杂交;而且还包括至少一种正向引物,其选自包括SEQ ID NO:93的集合,或者其与与被SEQ ID NO:93优先杂交的核苷酸序列相同的核苷酸序列优先杂交;和/或至少一种反向引物,其选自包括SEQID NO:94的集合,或者其与与被SEQ ID NO:
94优先杂交的核苷酸序列相同的核苷酸序列优先杂交。
[0047] 用于检测或识别热带念珠菌eIF2γ多核苷酸的试剂盒包括:至少一种寡核苷酸探针,其选自包括SEQ ID NO:87的集合,或者其与与被SEQ ID NO:87优先杂交的核苷酸序列相同的核苷酸序列优先杂交;而且还包括至少一种正向引物,其选自包括SEQ ID NO:95的集合,或者其与与被SEQ ID NO:95优先杂交的核苷酸序列相同的核苷酸序列优先杂交;和/或至少一种反向引物,其选自包括SEQ IDNO:96的集合,或者其与与被SEQ ID NO:96优先杂交的核苷酸序列相同的核苷酸序列优先杂交。
[0048] 用于检测或识别克柔念珠菌eIF2γ多核苷酸的试剂盒包括:至少一种寡核苷酸探针,其选自包括SEQ ID NO:88的集合,或者其与与被SEQ ID NO:88优先杂交的核苷酸序列相同的核苷酸序列优先杂交;而且还包括至少一种正向引物,其选自包括ID NO:97的集合,或者其与与被SEQ ID NO:97优先杂交的核苷酸序列相同的核苷酸序列优先杂交;和/或至少一种反向引物,其选自包括SEQ ID NO:98的集合,或者其与与被SEQ ID NO:98优先杂交的核苷酸序列相同的核苷酸序列优先杂交。
[0049] 用于检测或识别曲霉属eIF2γ多核苷酸的诊断试剂盒包括至少一种寡核苷酸探针,其选自包括SEQ ID NOs:2、108、109、110、111或125的集合,或者其与与被SEQ ID NOs:2、108、109、110、111或125优先杂交的核苷酸序列相同的核苷酸序列优先杂交。该试剂盒还可以包括:至少一种正向引物,其选自包括SEQ ID NOs:3、104、105、112、113、114、115、
116、117、118、119或120的集合,或者其与与被SEQ ID NOs:3、104、105、112、113、114、115、
116、117、118、119或120优先杂交的核苷酸序列相同的核苷酸序列优先杂交;和/或至少一种反向引物,其选自包括SEQ ID NOs:4、106、107、121、122、123或124的集合,或者其与与被SEQ ID NOs:4、106、107、121、122、123或124优先杂交的核苷酸序列相同的核苷酸序列优先杂交。
[0050] 用于检测或识别烟曲霉eIF2γ多核苷酸的试剂盒包括:至少一种寡核苷酸探针,其选自包括SEQ ID NO:2、111或125的集合,或者其与与被SEQ ID NO:2、111或125优先杂交的核苷酸序列相同的核苷酸序列优先杂交;而且还包括至少一种正向引物,其选自包括SEQ ID NO:3、112、113、115、117、119或120的集合,或者其与与被SEQ ID NO:3、112、113、115、117、119或120优先杂交的核苷酸序列相同的核苷酸序列优先杂交;和/或至少一种反向引物,其选自包括SEQ ID NO:4、106、121、123、124的集合,或者其与与被SEQ ID NO:4、106、121、123、124优先杂交的核苷酸序列相同的核苷酸序列优先杂交。
[0051] 用于检测或识别黄曲霉eIF2γ多核苷酸的试剂盒包括:至少一种寡核苷酸探针,其选自包括SEQ ID NO:110的集合,或者其与与被SEQ ID NO:110优先杂交的核苷酸序列相同的核苷酸序列优先杂交;而且还包括至少一种正向引物,其选自包括SEQ ID NO:104或114的集合,或者其与与被SEQ ID NO:104或114优先杂交的核苷酸序列相同的核苷酸序列优先杂交;和/或至少一种反向引物,其选自包括SEQ ID NO:106、122或123的集合,或者其与与被SEQ ID NO:106、122或123优先杂交的核苷酸序列相同的核苷酸序列优先杂交。
[0052] 用于检测或识别黑曲霉eIF2γ多核苷酸的试剂盒包括:至少一种寡核苷酸探针,其选自包括SEQ ID NO:108的集合,或者其与与被SEQ ID NO:108优先杂交的核苷酸序列相同的核苷酸序列优先杂交;而且还包括至少一种正向引物,其选自包括SEQ ID NO:104、114、116的集合,或者其与与被SEQ ID NO:104、114、116优先杂交的核苷酸序列相同的核苷酸序列优先杂交;和/或至少一种反向引物,其选自包括SEQ ID NO:107、122、123的集合,或者其与与被SEQ ID NO:107、122、123优先杂交的核苷酸序列相同的核苷酸序列优先杂交。
[0053] 用于检测或识别土曲霉eIF2γ多核苷酸的试剂盒包括:至少一种寡核苷酸探针,其选自包括SEQ ID NO:109的集合,或者其与与被SEQ ID NO:109优先杂交的核苷酸序列相同的核苷酸序列优先杂交;而且还包括至少一种正向引物,其选自包括SEQ ID NO:105、115、118的集合,或者其与与被SEQ ID NO:105、115、118优先杂交的核苷酸序列相同的核苷酸序列优先杂交;和/或至少一种反向引物,其选自包括SEQ ID NO:107、122或123的集合,或者其与与被SEQ ID NO:107、122或123优先杂交的核苷酸序列相同的核苷酸序列优先杂交。
[0054] 被识别的序列不仅适于基于体外DNA/RNA扩增的检测系统,也适于基于信号扩增(信号放大)的检测系统。此外,被鉴定为合适目标的本发明序列提供了下列优势:在一些区域中具有显著的基因内序列异质性,这是有利的,并使本发明的方面能够关注于类群或种类特异性目标;而且在一些区域中也具有显著的序列同质性,这使本发明的方面能够关注于属特异性酵母和真菌引物以及探针,以用于直接核酸检测技术、信号扩增核酸检测技术以及核酸体外扩增技术而用于酵母和真菌诊断学。eIF2γ序列在诊断检测中允许多检测性能和自动操作。
[0055] 本发明序列的优势之一是近缘酵母和真菌种类之间的基因内eIF2γ核苷酸序列多样性使用于诊断学分析以检测酵母和真菌的特异性引物和探针能够被设计。eIF2γ核苷酸序列——既有DNA也有RNA——均可与直接检测、信号扩增检测和体外扩增技术一起用于诊断学分析。eIF2γ序列在诊断检测中允许多检测性能和自动操作。
[0056] 试剂盒还可以包括用于扩增至少部分eIF2γ基因的至少一种引物。适当地,试剂盒包括部分eIF2γ基因的正向和反向引物。
[0057] eIF2γ基因的所述部分可以与白色念珠菌中eIF2γ基因的碱基对位置718到碱基对位置1040的基因区域的一部分相当。尤其优选的是这样的试剂盒,其含有用于部分eIF2γ白色念珠菌基因的探针,和/或用于相当于白色念珠菌中eIF2γ基因的碱基对位置718到碱基对位置1040的基因区域的一部分的探针。相当于碱基对位置718到碱基对位置1040的序列可以在其它生物中找到,但不一定在相同的位置。
[0058] eIF2γ基因的所述部分可以与烟曲霉中碱基对位置121到碱基对位置374的基因区域的一部分相当。尤其优选的是这样的试剂盒,其含有用于部分eIF2γ烟曲霉基因的探针,和/或用于相当于烟曲霉中碱基对位置121到碱基对位置374的基因区域的一部分的探针。相当于碱基对位置121到碱基对位置374的序列可以在其它生物中找到,但不一定在相同的位置。试剂盒还可以包含另外的引物或探针。引物可以具有选自从SEQ ID NO 3到SEQ ID NO 6的序列,或者具有与这些序列实质上同源或实质上互补的序列,所述序列也可以充当eIF2γ基因的引物。
[0059] 试剂盒可以包括至少一种正向体外扩增引物和至少一种反向体外扩增引物,正向扩增引物具有选自SEQ ID NO 3或SEQ ID NO 5的序列,或者也可以充当eIF2γ基因的正向扩增引物的与它们实质上同源或互补的序列,而反向扩增引物具有选自SEQ ID NO 4或SEQ ID NO 6的序列,或者也可以充当eIF2γ基因的反向扩增引物的与它们实质上同源或互补的序列。
[0060] 诊断试剂盒可以基于直接核酸检测技术、信号扩增核酸检测技术,而核酸体外扩增技术选自下列一种或更多种:聚合酶链式反应(PCR)、连接酶链式反应(LCR)、基于核酸序列的扩增(NASBA)、链置换扩增(SDA)、转录介导的扩增(TMA)、分支DNA技术(bDNA)以及滚环扩增技术(RCAT),或其它体外酶扩增技术。
[0061] 本发明也提供了核酸分子,其选自SEQ ID NO.1到SEQ ID NO.135、优选为从SEQ ID NO.1到74和从SEQ ID NO.84到135,以及与其实质上同源、或与其部分实质上互补并在基于eIF2γ基因的诊断学中具有功能的序列。核酸分子可以含有这样的寡核苷酸,其具有与SEQ ID NO.1到SEQ ID NO.135、优选为从SEQ IDNO.1到74和从SEQ ID NO.84到135的核酸分子的一部分实质上同源或实质上互补的序列。本发明也提供了检测检测样品中的目标生物的方法,其包括以下步骤:
[0062] (i)在适当的条件下,将检测样品与至少一种如上所定义的寡核苷酸探针混合;和
[0063] (ii)在高度严格条件下,将可能存在于检测样品中的任何核酸与寡核苷酸杂交,形成探针:目标双链体;和
[0064] (iii)确定探针:目标双链体是否存在;双链体的存在明确(positively)识别出检测样品中目标生物的存在。
[0065] 本发明的核酸分子和试剂盒可以用于诊断检测,以检测一种或更多种酵母和/或真菌种类的存在、测量患者中的酵母和/或真菌滴度,或者用于评估被设计以减少患者中的酵母和/或真菌滴度的治疗方案的功效的方法中,或者用于测量环境中的酵母和/或真菌污染物。环境可以是医院,或者其可以是食物样品,环境样品例如,工业样品,如需要生物负载或质量评估的加工中样品或终产品。
[0066] 本发明的试剂盒和核酸分子可以用于识别和/或表征一种或更多种破坏剂(disruptive agent),所述破坏剂可以用于破坏eIF2γ基因功能。破坏剂可以选自反义RNA、PNA和siRNA。
[0067] 在本发明的一些实施方式中,含有种类特异性探针的核酸分子可以用于在相同属的种之间进行区分。
[0068] 本发明的寡核苷酸可以在用于检测酵母和真菌目标生物的核酸的组合物中被提供。适应于组合物的意图用途,这样的组合物也可以包含缓冲液、酶、去污剂、盐等。也考虑的是,本发明的组合物、试剂盒和方法尽管在本文中被描述为含有至少一种合成寡核苷酸,其也可以含有具有与该合成核苷酸片段实质上相同的序列的天然寡核苷酸,所述天然寡核苷酸替代合成寡核苷酸或在合成寡核苷酸旁边。
[0069] 本发明也提供目标酵母和/或真菌生物的体外扩增诊断试剂盒,其包含至少一种正向体外扩增引物和至少一种反向体外扩增引物,正向扩增引物选自也可以充当正向扩增引物的与其实质上同源或互补的一条或更多条序列,而反向扩增引物选自也可以充当反向扩增引物的与其实质上同源或互补的一条或更多条序列。
[0070] 本发明也提供用于检测候选酵母和/或真菌种类的存在的诊断试剂盒,其包含一条或更多条DNA探针,所述探针含有与候选酵母和/或真菌种类的eIF2γ基因序列实质上互补或实质上同源的序列。本发明也提供一条或更多条合成寡核苷酸,其具有与下列集合中的一个或更多个实质上同源或实质上互补的核苷酸序列:eIF2γ基因或其mRNA转录物;酵母和/或真菌eIF2γ基因或其mRNA转录物;酵母eIF2γ基因或其mRNA转录物;SEQ ID NO 1-SEQ ID NO 135、优选为从SEQ IDNO.1到74和从SEQ ID NO.84到135中的一个或更多个。
[0071] 核苷酸可以包括DNA。核苷酸可以包括RNA。核苷酸可以包括DNA、RNA和PNA的混合物。核苷酸可以包括合成核苷酸。本发明的序列(以及与本发明的方法、试剂盒、组合物和分析有关的序列)可以被选择,以便与eIF2γ基因编码区的一部分实质上同源。基因可以是来自目标酵母或真菌生物的基因。本发明的序列优选为足够的,以便能够对该序列部分形成探针:目标双链体。
[0072] 本发明也提供目标酵母或真菌生物的诊断试剂盒,其含有寡核苷酸探针,所述探针与本发明的寡核苷酸(其可以是合成的)实质上同源或实质上互补。应该理解,适合用作体外扩增引物的序列也可以适合用作寡核苷酸探针,尽管优选扩增引物可以具有约15个核苷酸到约30个核苷酸(更优选为约15到约23、最优选为约20到约23)之间的互补部分,本发明的寡核苷酸探针可以是任何适合的长度。技术人员应该理解,取决于选择的寡核苷酸探针的长度、性质和结构(例如,用于LightCycler的杂交探针对、Taqman 5’外切核酸酶探针、发夹环结构等)以及序列,将要求不同的杂交和/或退火条件。
[0073] 本发明的试剂盒和分析也可以被这样提供,其中,寡核苷酸探针被固定于表面上。这样的表面可以是珠子、膜、柱、浸染棒(dipstick)、纳米颗粒、反应室的内表面,如诊断平板的孔或反应管的内部、毛细管或管(vessel)或类似物。
[0074] 目标酵母或真菌生物可以选自:白色念珠菌、光滑念珠菌、克柔念珠菌、近平滑念珠菌、热带念珠菌、都柏林念珠菌、吉利蒙念珠菌(C.guilliermondii)、挪威念珠菌(C.norvegiensis)、无名念珠菌(C.famata)、C.haemuloni、乳酒念珠菌(C.kefyr)、产朊念珠菌(C. utilis)、维斯念珠菌(C.viswanathii)、葡萄牙念珠菌(C.lusitaniae)和西弗念珠菌(C.cifferii)、烟曲霉、费希新萨托菌(N.fischeri)、棒曲霉(A.clavatus)、黑曲霉、土曲霉、黄曲霉、杂色曲霉(A.versicolor)和构巢曲霉(A.nidulans)。
[0075] 目标酵母生物可以是针对已经被试验证明了的给定引物组的念珠菌属种类,并且更优选地,选自:白色念珠菌、光滑念珠菌、克柔念珠菌、近平滑念珠菌、都柏林念珠菌和热带念珠菌、吉利蒙念珠菌、挪威念珠菌、无名念珠菌、C.haemuloni、乳酒念珠菌、产朊念珠菌、维斯念珠菌、葡萄牙念珠菌和西弗念珠菌。
[0076] 在这些情况下,本发明的扩增引物和寡核苷酸探针可以针对基因特异性或属特异性区域来设计,以便能够鉴定目标酵母生物群体中的一个或更多个、或大部分、或几乎全部的期望生物。
[0077] 目标真菌生物可以是针对已经被试验证明了的给定引物组的曲霉属种类,并且更优选地,选自烟曲霉、费希新萨托菌、棒曲霉、黑曲霉、土曲霉、黄曲霉、杂色曲霉和构巢曲霉。
[0078] 检测样品可以包括目标酵母和/或真菌生物的细胞。方法也可包括从可能存在于所述检测样品中的目标酵母或真菌生物的任何细胞中释放核酸的步骤。理想的是,检测样品是从患者中获得的样品(如拭子或血液、尿、唾液、支气管灌洗液、牙齿样本、皮肤样本、头皮样本、移植器官活组织检查、粪便、粘液或排出物样品)的溶解产物。检测样品可以是食物样品、水样品、环境样品、终产物、终产品或加工中的工业样品。
[0079] 本发明也提供了SEQ ID NO.1到SEQ ID NO.135、优选为SEQ ID NO.1到74和SEQ ID NO.84到135中任一种在一种或更多种酵母或真菌种类的存在情况的诊断检测中的应用。所述种类可以选自:白色念珠菌、光滑念珠菌、克柔念珠菌、近平滑念珠菌、热带念珠菌、都柏林念珠菌、吉利蒙念珠菌、挪威念珠菌、无名念珠菌、C.haemuloni、乳酒念珠菌、产朊念珠菌、维斯念珠菌、葡萄牙念珠菌、西弗念珠菌、烟曲霉、费希新萨托菌、棒曲霉、黑曲霉、土曲霉、黄曲霉、杂色曲霉和构巢曲霉。
[0080] 本发明也提供用于治疗诊断学、食品安全诊断学、工业微生物诊断学、环境监测、兽医诊断学、生物恐怖主义诊断学的试剂盒,其含有一种或更多种本发明的合成寡核苷酸。该试剂盒也可以包含选自下列的一种或更多种物品:合适的样品收集仪器、试剂容器、缓冲液、标记部分、溶液、去污剂和补充溶液。本发明也提供本发明的序列、组合物、核苷酸片段、分析和试剂盒在临床诊断学、治疗诊断学、食品安全诊断学、工业微生物诊断学、环境监测、兽医诊断学、生物恐怖主义诊断学中的应用。
[0081] 核酸分子、组合物、试剂盒或方法可以用于基于诊断核酸的分析中,以便检测酵母和/或真菌种类。
[0082] 核酸分子、组合物、试剂盒或方法可以用于诊断分析中,以检测患者中的酵母和/或真菌滴度。滴度可以在体外测量。
[0083] 核酸分子、组合物、试剂盒或方法可以用于评估被设计以减少患者中酵母和/或真菌滴度的治疗方案的功效的方法中,其包括评估在治疗方案的一个或更多个关键时期患者中的酵母和/或真菌滴度(通过体内方法或体外方法)。适当的关键时期可以包括:治疗前、治疗过程中和治疗后。治疗方案可以包含抗真菌剂,如药物。
[0084] 核酸分子、组合物、试剂盒或方法可以用于诊断分析中,以测量潜在的酵母和/或真菌污染物,例如,在医院中。
[0085] 核酸分子、组合物、试剂盒或方法可以用于识别和/或表征一种或更多种破坏剂,所述破坏剂可以用于破坏eIF2γ基因功能。合适的破坏剂可以选自反义RNA、PNA、siRNA。
[0086] 本发明现将参考附图进行描述。应该理解,下列详细描述和附图仅是示范性的和说明性的,并且意图提供如要求保护的本发明的进一步说明,而不意图以任何方式限制本发明的范围。
[0087] 附图简述
[0088] 图1:白色念珠菌(XM_715569.1)eIF2γ中的引物结合部位(灰色突出部分)和探针(粗体部分)。感兴趣的扩增区域加有下划线。(感兴趣区域的位置:718-1040)。
[0089] 图2:烟曲霉(XM_746974.2)eIF2γ中的引物结合部位(灰色突出部分)和探针(粗体部分)。感兴趣的扩增区域加有下划线。(感兴趣区域的位置:121-374)。
[0090] 图3:用TaqMan探针P1-CaneIF2、基于eIF2γ基因的白色念珠菌实时PCR分析的扩增图。用来自4个其它念珠菌属种类和烟曲霉的一组DNA来检测分析的特异性。被测试的3个白色念珠菌菌株被检测到,并且没有发现与来自其它念珠菌属种类和烟曲霉的DNA的交叉反应。
[0091] 图4:用TaqMan探针P1-AspeIF2、基于eIF2γ基因的烟曲霉实时PCR分析的扩增图。针对来自6个近缘曲霉属种类和白色念珠菌的一组DNA来检测分析的特异性。3个烟曲霉菌株被检测到,并且没有发现与来自其它曲霉属菌种和白色念珠菌的DNA的交叉反应。
[0092] 图5:(SEQ ID NO:99)白色念珠菌(XM_715569.1)eIF2γ中的引物结合部位(灰色突出部分)和探针(粗体部分)。感兴趣的扩增区域加有下划线。(感兴趣区域的位置:664-1040)。
[0093] 图6:(SEQ ID NO:100)光滑念珠菌(XM_447610.1)eIF2γ中的引物结合部位(灰色突出部分)和探针(粗体部分)。感兴趣的扩增区域加有下划线。(感兴趣区域的位置:872-972)。
[0094] 图7:(SEQ ID NO:101)近平滑念珠菌(CBS 604生成的序列)eIF2γ中的引物结合部位(灰色突出部分)和探针(粗体部分)。感兴趣的扩增区域加有下划线。(感兴趣区域的位置:151-274)。
[0095] 图8:(SEQ ID NO:102)热带念珠菌(CBS 94生成的序列)eIF2γ中的引物结合部位(灰色突出部分)和探针(粗体部分)。感兴趣的扩增区域加有下划线。(感兴趣区域的位置:140-270)
[0096] 图9:(SEQ ID NO:103)克柔念珠菌(CBS 573生成的序列)eIF2γ中的引物结合部位(灰色突出部分)和探针(粗体部分)。感兴趣的扩增区域加有下划线。(感兴趣区域的位置:115-224)。
[0097] 图10:用TaqMan探针ALEF2、基于eIF2γ基因的白色念珠菌实时PCR分析的扩增图。用来自14个白色念珠菌菌株和19个其它念珠菌属种类的一组DNA来检测分析的特异性。(a)被测试的14个白色念珠菌菌株被检测到。(b)没有发现与来自19个其它念珠菌属种类的DNA的交叉反应。信号仅在(+)对照中获得。(c)用来自白色念珠菌的模板DNA的各种供给(input)来测试分析的灵敏性。发现分析的LOD在1-5细胞当量(cell equivalent)之间。
[0098] 图11:用TaqMan探针GlabA、基于eIF2γ基因的光滑念珠菌实时PCR分析的扩增图。用来自10个光滑念珠菌菌株、19个其它念珠菌属种类、烟曲霉和酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)的一组DNA来检测分析的特异性。(a)10个被测试的光滑念珠菌菌株被检测到。(b)没有发现与来自19个其它念珠菌属种类的DNA、或与烟曲霉或酿酒酵母的交叉反应。信号仅在(+)对照中获得。(c)发现分析的LOD为约2细胞当量。
[0099] 图12:用TaqMan探针ParA、基于eIF2γ基因的近平滑念珠菌实时PCR分析的扩增图。用来自12个近平滑念珠菌菌株、19个其它念珠菌属种类、烟曲霉和酿酒酵母的一组DNA来检测分析的特异性。(a)被测试的12个近平滑念珠菌菌株被检测到。(b)没有发现与来自其它19个念珠菌属种类的DNA、或与烟曲霉或酿酒酵母的交叉反应。信号仅在(+)对照中获得。(c)发现分析的LOD为约10细胞当量。
[0100] 图13:用TaqMan探针TropicA、基于eIF2γ基因的热带念珠菌实时PCR分析的扩增图。用来自12个热带念珠菌菌株、19个其它念珠菌属种类、烟曲霉和酿酒酵母的一组DNA来检测分析的特异性。(a)被测试的12个热带念珠菌菌株被检测到。(b)没有发现与来自其它19个念珠菌属种类的DNA、或与烟曲霉或酿酒酵母的交叉反应。信号仅在(+)对照中获得。(c)发现分析的LOD为约20细胞当量。
[0101] 图14:用taqMan探针KrusA、基于eIF2γ基因的克柔念珠菌实时PCR分析的扩增图。用来自9个克柔念珠菌菌株、19个其它念珠菌属种类、烟曲霉和酿酒酵母的一组DNA来检测分析的特异性。(a)被测试的9个克柔念珠菌菌株被检测到。(b)没有发现与来自其它19个念珠菌属种类的DNA、或与烟曲霉或酿酒酵母的交叉反应。信号仅在(+)对照中获得。(c)发现分析的LOD为约2细胞当量。
[0102] 图15:(SEQ ID NO:50)烟曲霉(7273生成的序列)eIF2γ中的引物结合部位(灰色突出部分)和探针(粗体部分)。感兴趣的扩增区域加有下划线。(相应于公开序列的碱基对位置164-261)。
[0103] 图16:(SEQ ID NO:122)黄曲霉(117.62生成的序列)eIF2γ中的引物结合部位(灰色突出部分)和探针(粗体部分)。感兴趣的扩增区域加有下划线。(相应于公开序列的碱基对位置155-252)。
[0104] 图17:(SEQ ID NO:58)黑曲霉(6727生成的序列)eIF2γ中的引物结合部位(灰色突出部分)和探针(粗体部分)。感兴趣的扩增区域加有下划线。(相应于公开序列的碱基对位置92-189)。
[0105] 图18:(SEQ ID NO:64)土曲霉(5677生成的序列)eIF2γ中的引物结合部位(灰色突出部分)和探针(粗体部分)。感兴趣的扩增区域加有下划线。(相应于公开序列的碱基对位置149-246)。
[0106] 发明详述
[0107] 材料和方法
[0108] 细胞培养
[0109] 临床相关的念珠菌属种类的地理上不同的菌株的收集得自许多培养物保藏中心。念珠菌属种类在沙氏肉汤(Sabouraud broth)(4%wt/vol(重量/体积)的葡萄糖、1%wt/vol的蛋白胨、1.5%的琼脂)中于37℃在振荡培养箱中培养48小时。曲霉属种类(烟曲霉、黄曲霉、黑曲霉和A.terruous、以及其它近缘种类)在沙氏肉汤(4%wt/vol的葡萄糖、
1%wt/vol的蛋白胨、1.5%的琼脂)或琼脂中于25℃培养3-4天。
[0110] DNA提取
[0111] 在DNA分离前,用溶细胞酶或消解酶预处理念珠菌属和曲霉属菌种的细胞。用MagNA纯化体系(MagNA Pure System)(Roche Molecular Systems)联合MagNA纯化酵母和细菌分离试剂盒III或联合Qiagen植物试剂盒(Qiagen Plant kit),根据厂商指示,从念珠菌属和曲霉属菌种分离DNA。
[0112] 念珠菌属和曲霉属种类eIF2γ基因的测序
[0113] 念珠菌属或曲霉属种类eIF2基因的可公开得到的序列从NCBI数据库获得,并用Clustal W比对。
[0114] PCR引物组CaneIF2-F/CaneIF2-R被设计,以扩增念珠菌属菌种中的eIF2γ基因区域,所述区域相当于白色念珠菌(XM_715569.1)中核苷酸位置718到核苷酸位置1040(表1,图1)。PCR引物组AspeIF2-F/AspeIF2-R被设计,以扩增曲霉属种类中的eIF2γ基因区域,所述区域相当于烟曲霉(XM_746974.2)中核苷酸位置121到核苷酸位置374(表
1)。在一系列念珠菌属和曲霉属菌种中,通过常规PCR,使用表2所列出的试剂和表3所描述的热循环条件,在iCycler BioRad PCR仪或PTC200Peltier热循环仪(MJ Research)上扩增eIF2基因区域。为了产生序列信息,通过常规PCR,用该引物组在iCycler BioRad PCR仪上测试代表20个念珠菌属种类的总共72个菌株的扩增。
[0115] 对于15个念珠菌属种类:白色念珠菌、光滑念珠菌、克柔念珠菌、近平滑念珠菌、热带念珠菌、都柏林念珠菌、吉利蒙念珠菌、挪威念珠菌、无名念珠菌、C.haemuloni、乳酒念珠菌、产朊念珠菌、维斯念珠菌、葡萄牙念珠菌和西弗念珠菌,以及7个曲霉属种类(烟曲霉、棒曲霉、黑曲霉、土曲霉、黄曲霉、杂色曲霉、构巢曲霉)和费希新萨托菌),产生了PCR产物。用罗氏高纯度PCR产物纯化试剂盒(Roche High Pure PCR Product Purification kit)或ExoSAP-IT试剂盒(ExoSAP-ITkit)(USB),根据厂商指示,纯化PCR反应产物,并随后通过Sequiserve用正向扩增引物CaneIF2-F或AspeIF2-F进行测序。
[0116] 对于15个念珠菌属种类(白色念珠菌、光滑念珠菌、克柔念珠菌、近平滑念珠菌、热带念珠菌、都柏林念珠菌、吉利蒙念珠菌、挪威念珠菌、无名念珠菌、C.haemuloni、乳酒念珠菌、产朊念珠菌、维斯念珠菌、葡萄牙念珠菌和西弗念珠菌)以及7个曲霉属种类(烟曲霉、棒曲霉、黑曲霉、土曲霉、黄曲霉、杂色曲霉、构巢曲霉)和费希新萨托菌(Neosartorya fischeri),产生了DNA序列信息。
[0117]引物名称 引物序列
AspeIF2-F CTTAAGTCTGCGATGAAGA
AspeIF2-R GTAATGTTACGCTCCAACTC
CaneIF2-F GCTGCCATTGAAATTATGAA
CaneIF2-R GAACCACCTGCAACACC
[0118] 表1:设计用于扩增念珠菌属和曲霉属菌种的eIF2γ基因区域的PCR引物。
[0119]
[0120] 表2:用于扩增念珠菌属和曲霉属菌种的eIF2γ基因区域的PCR试剂。
[0121]
[0122]
[0123] 表3:用于扩增白色念珠菌和烟曲霉eIF2γ基因区域的PCR热循环条件。
[0124]探针名称 探针序列
P1-CaneIF2 CGATAATGCTCCGATCGTGCCTA
P1-AspeIF2 CGCTCACACCTCTGTCGCCCGAA
[0125] 表4:基于白色念珠菌和烟曲霉eIF2γ基因的TaqMan探针(具有5′-FAM和3′-BHQ1)。
[0126]
[0127] 表5:实时PCR试剂。
[0128]
[0129] 表6:实时PCR热循环条件。
[0130] 结果
[0131] 引物和探针设计
[0132] 将可公开得到的念珠菌属菌种eIF2γ基因序列与新产生的念珠菌属菌种eIF2γ基因序列信息进行比对,并用生物信息学工具进行分析。将可公开得到的曲霉属菌种中eIF2γ基因的序列信息与新产生的曲霉属菌种中eIF2γ基因的序列信息进行比对,并用生物信息学工具进行分析。根据汇集的白色念珠菌和烟曲霉的eIF2γ序列信息设计种类特异性探针(表4)。
[0133] 实时PCR
[0134] 图1-2显示了用于扩增并检测白色念珠菌和烟曲霉的PCR引物和TaqManDNA探针的相对位置。使用表5和6中列出的试剂和热循环条件,在LightCycler上在实时PCR分析中,证明用于鉴定白色念珠菌和烟曲霉的TaqMan探针的特异性。对于基于eIF2γ基因的白色念珠菌分析,PCR引物CaneIF2-F/CaneIF2-R与TaqMan探针P 1-CaneIF2联合。通过将来自一系列近缘念珠菌属种类和烟曲霉的DNA包含到白色念珠菌实时PCR分析中,确定用于检测白色念珠菌的分析的特异性。该分析检测到3个测试的白色念珠菌菌株,但是没有检测到来自任何其它测试的念珠菌属种类的DNA或烟曲霉DNA、或与其交叉反应。图3显示了白色念珠菌实时PCR分析以及白色念珠菌分析的特异性。
[0135] 对于基于eIF2γ基因的烟曲霉分析,PCR引物AspeIF2-F/AspeIF2-R与TaqMan探针P1-AspeIF2联合。通过将来自一系列近缘曲霉属种类和白色念珠菌的DNA包含到烟曲霉实时PCR分析中,确定用于检测烟曲霉的分析的特异性。该分析检测到烟曲霉,但是没有检测到来自白色念珠菌或任何其它测试的曲霉属种类的DNA、或与其交叉反应。图4显示了烟曲霉实时PCR分析以及烟曲霉分析的特异性。
[0136] 念珠菌菌种
[0137] 引物和探针设计
[0138] 将可公开得到的念珠菌属菌种eIF2γ基因序列与新产生的念珠菌属菌种中eIF2γ基因的序列信息进行比对,并用生物信息学工具进行分析。根据汇集的白色念珠菌、光滑念珠菌、克柔念珠菌、热带念珠菌和近平滑念珠菌的eIF2γ序列信息,设计种类特异性探针(表7和8)。图5-9显示了用于扩增并检测白色念珠菌、光滑念珠菌、克柔念珠菌、热带念珠菌和近平滑念珠菌的PCR引物和TaqMan DNA探针的相对位置。
[0139]引物名称 引物序列5’->3’
CEF1F 5’-ATCTATCATTCAGTTTATTAGAG-3’
CEF2F 5’-CATTCAGTTTATTAGAGGTAC-3’
CEFR2 5’-CAGTAAAGTCTCTCATTG-3’
探针名称 探针序列5’->3’
ALEF1 FAM-TGCCGATAATGCTCCGATC-BHQ1
[0140]
[0141] 表7:被设计和测试用于白色念珠菌特异性分析的另外的引物和探针。
[0142]探针名称 探针序列5’->3’
ALEF2 6FAM-ATAATGCTCCGATCGTGCCTA--BHQ1
GlabA 6FAM-CAAGAGATTTCATGCTTTCTCCAC--BHQ1
ParA 6FAM-CGTAAACTCAATACCAGTTCCAGTC--BHQ1
TropicA 6FAM-TGTCAATTATATCCCAGTTCCATTGA--BHQ1
KrusA 6FAM-CATGTGTATGGTCAAGTCTATTCCT--BHQ1
[0143] 表8:基于白色念珠菌、光滑念珠菌、近平滑念珠菌、热带念珠菌和克柔念珠菌eIF2γ基因的TaqMan探针(具有5′-FAM和3′-BHQ1)。
[0144]引物名称 引物序列5’->3’
CEF3F 5’-TCAGCCTTGGAACAC-3’
CEFR1 5’-TTGGCACAGGTATGTAG-3’
GlabF1 5’-TCgTgAAgACTATCCCTgT-3’
GlabR1 5’-ATCGATTTCAGCACCTGG-3’
ParaF1 5’-TATCgACgCCgTCAATC-3’
ParaR1 5’-ATCAACgTCAgCACCAg-3’
TropicF1 5’-ACATCGATGCCGTTAACC-3’
TropicR1 5’-CAAGTCTTCGACATCGGA-3’
KrusF1 5’-CCCAATTTCTGCTCAGTTG-3’
KrusR1 5’-CACCAGGCTTATTAACATCG-3’
[0145] 表9:基于白色念珠菌、光滑念珠菌、近平滑念珠菌、热带念珠菌和克柔念珠菌eIF2γ基因的实时PCR引物。
[0146] 实时PCR
[0147] 使用表10(a)和(b)(白色念珠菌)中列出的热循环条件,在LightCycler上在实时PCR分析中,证明用于鉴定白色念珠菌、光滑念珠菌、克柔念珠菌、热带念珠菌和近平滑念珠菌的TaqMan探针的特异性。
[0148] 扩增方案 扩增方案
[0149] (a) (b)
[0150]
[0151] 表10:评估光滑念珠菌(C.glabtrata)、近平滑念珠菌、克柔念珠菌和热带念珠菌分析性能的初始扩增条件。
[0152] 对于基于eIF2γ基因的白色念珠菌分析,按照对列于表7和8中的引物和探针的评估,PCR引物CEF3F/CEFR1与TaqMan探针ALEF2联合。通过将来自一系列近缘念珠菌属种类的DNA包含于白色念珠菌实时PCR分析中,确定用于检测白色念珠菌的分析的特异性。该分析检测到14个测试的白色念珠菌菌株,但是没有检测到来自任何其它测试的19个念珠菌属种类的DNA、或与其交叉反应。用来自白色念珠菌的模板DNA的各种供给来测试分析的灵敏性。发现分析的LOD为1-5细胞当量之间(图10)。
[0153] 对于基于eIF2γ基因的光滑念珠菌分析,PCR引物GlabF1/GlabR1与TaqMan探针GlabA联合。通过将来自一系列近缘念珠菌属种类、酿酒酵母和烟曲霉的DNA包含于光滑念珠菌实时PCR分析中,确定用于检测光滑念珠菌的分析的特异性。该分析检测到10个测试的光滑念珠菌菌株,但是没有检测到来自任何其它19个测试的念珠菌属种类的DNA或酿酒酵母或烟曲霉DNA、或与其交叉反应。用来自光滑念珠菌的模板DNA的各种供给来测试分析的初始灵敏性。发现分析的LOD为约2细胞当量(图11)。
[0154] 对于基于eIF2γ基因的近平滑念珠菌分析,PCR引物ParaF1/ParaR1与TaqMan探针ParA联合。通过将来自一系列近缘念珠菌属种类、酿酒酵母和烟曲霉的DNA包含于近平滑念珠菌实时PCR分析中,确定用于检测近平滑念珠菌的分析的特异性。该分析检测到12个测试的近平滑念珠菌菌株,但是没有检测到来自任何其它19个测试的念珠菌属种类的DNA或酿酒酵母或烟曲霉DNA、或与其交叉反应。用来自近平滑念珠菌的模板DNA的各种供给来测试分析的初始灵敏性。发现分析的LOD为约10细胞当量(图12)。
[0155] 对于基于eIF2γ基因的热带念珠菌分析,PCR引物TropicF1/TropicR1与TaqMan探针TropicA联合。通过将来自一系列近缘念珠菌属种类、酿酒酵母和烟曲霉的DNA包含于热带念珠菌实时PCR分析中,确定用于检测热带念珠菌的分析的特异性。该分析检测到12个测试的热带念珠菌菌株,但是没有检测到来自任何其它19个测试的念珠菌属种类的DNA或酿酒酵母或烟曲霉DNA、或与其交叉反应。用来自热带念珠菌的模板DNA的各种供给来测试分析的初始灵敏性。发现分析的LOD为约20细胞当量(图13)。
[0156] 对于基于eIF2γ基因的克柔念珠菌分析,PCR引物KrusF1/KrusR1与TaqMan探针KrusA联合。通过将来自一系列近缘念珠菌属种类、酿酒酵母和烟曲霉的DNA包含于克柔念珠菌实时PCR分析中,确定用于检测克柔念珠菌的分析的特异性。该分析检测到9个测试的克柔念珠菌菌株,但是没有检测到来自任何其它19个测试的念珠菌属种类的DNA或酿酒酵母或烟曲霉DNA、或与其交叉反应。用来自克柔念珠菌的模板DNA的各种供给来测试分析的初始灵敏性。发现分析的LOD为约2细胞当量(图14)。
[0157] 曲霉属菌种
[0158] 引物和探针设计
[0159] 将可公开得到的曲霉属菌种中eIF2γ基因的序列信息与新产生的曲霉属菌种中eIF2γ基因的序列信息进行比对,并用生物信息学工具进行分析(图15-18)。引物和探针被设计以扩增和检测曲霉属种类。能扩增多于一个感兴趣种类的引物被设计。EF2_1_fow被设计以扩增烟曲霉和土曲霉。EF2_2_fow被设计以扩增黄曲霉和黑曲霉。EF2_1_rev被设计以扩增烟曲霉。EF2_3_rev被设计以扩增黄曲霉、黑曲霉和土曲霉。EF2_7_fow被设计以扩增黑曲霉和黄曲霉。EF2_8_fow被设计以扩增土曲霉。EF2_9fow被设计以扩增烟曲霉。EF2_5rev被设计以扩增烟曲霉、黄曲霉和土曲霉。EF2_6_rev被设计以扩增黑曲霉。在这些分析中使用的引物和探针列于表11中。
[0160]寡核苷酸名称 序列5’-3’
EF2_1_fow cagccgaagcg
EF22_f_ow cagcccaagcg
EF2_3_fow agccgaagcgYc
EF2_4_fow agcccaagcggcc
EF2_5_fow agccgaagcgtcc
EF2_6_fow agccgaagcgccc
EF2_7_fow agcccaagcggccaga
EF2_8_fow agccgaagcgcccaga
EF2_9_fow agccgaagcgtccagaac
EF2_10_fow agcgccccctgctcc
EF2_11_fow cccgagcagcccgacc
EF2_1_rev cgtgtgcgacgt
EF2_3_rev cgtgagcgagtg
EF2_4_rev cgtgwgcgacgt
EF2_5_rev ggcctggcgcgcaat
EF2_6_rev ggcttggcgcgcaat
EF2_7_rev cgtgtgcgacgtgtccg
A.nig(黑曲霉)_EF2_1 atccggagactctggacct
A.terr(土曲霉)_EF2_1 cgacgcttacccctctgt
A.flav(黄曲霉)_EF2_1 cagaccccgctaccctt
A.fum(烟曲霉)_EF2_1 acgctcacacctctgtc
A.fum(烟曲霉)_EF2_2 cgacgctcacacctctgtc
[0161]
[0162] 表11:被设计进行实时PCR分析的探针和引物,用以检测曲霉属菌种中的EIF2目标。
[0163] 实时PCR
[0164] 用表12所列的组来研究分析排他性。
[0165]种类名称
烟曲霉110.46
黄曲霉117.62
黑曲霉2599
土曲霉2729
亮白曲霉(A.candidus)102.13
棒曲霉1348
灰绿曲霉(A.glaucus)117314
构巢曲霉670
杂色曲霉2916
费希新萨托菌211390
[0166] 表12:用于分析排他性评估的组。
[0167]
[0168] 表13.热循环条件
[0169] 分析排他性评估
[0170] 用表12中列出组和表13中列出的引物和探针来研究分析排他性的初始评估。用95℃10秒和60℃30秒退火时间、50个循环进行的这些分析的结果表明,该分析只对它们被设计针对的种类的排他性检测具有特异性。
[0171] 黄曲霉、黑曲霉和土曲霉分析的包含性通过每个种类的9个可得的内部菌株来测试。EF2_7_fow和EF2_5_rev被用于黄曲霉分析中。EF2_7_fow和EF2_6_rev引物对用于黑曲霉分析,而EF2_8_fow和EF2_5_rev包含于土曲霉分析中。每个分析应用这样的退火条件,即95℃5秒和60℃10秒、45个循环。所有菌株由相关的特异性探针检测(图19)。
[0172] 相同的引物组合和热循环条件被用于黄曲霉、黑曲霉和土曲霉的LOD分析。发现三个分析各自的LOD为每个反应5细胞当量(图20)。
[0173] 相同的分析条件被用于测试黄曲霉、黑曲霉和土曲霉分析的排他性。发现三个分析各自为特异性的,只检测到感兴趣种类,而与包含在分析中的其它近缘曲霉属种类没有交叉反应。所有样品被测试三次(图21)。
[0174] 烟曲霉分析的LOD在热循环条件下进行,烟曲霉的热循环条件包括这样的退火条件,即95℃10秒和60℃30秒、50个循环。发现该分析的LOD为10-1细胞当量(图22)。
[0175] 讨论
[0176] 免疫妥协患者中酵母和真菌感染的数目正在逐渐增加。促成这种增加的原因是许多酵母和真菌种类对抗真菌药物不断增加的抗性。因此,需要开发一种快速、精确的诊断方法,以能够早期诊断酵母和真菌种类。早期诊断将使得能够选择特定狭窄范围的抗生素或抗真菌剂以治疗感染。本发明提供了序列和/或诊断检测以检测并识别一种或更多种酵母和真菌种类。本发明人已经开发了念珠菌属和曲霉属种类中eIF2γ基因的序列,来设计对该基因区域具有特异性的引物和探针。eIF2γ序列在一些区域中具有显著的基因内序列异质性,而在另一些区域中具有显著的同质性,这是一种特性,其使eIF2γ成为用于设计引物和探针的理想候选物,所述引物和探针分别关注于酵母和真菌种类特异性目标的检测和用于属特异性诊断目标的检测。
[0177] 本发明允许检测酵母和真菌种类,但也允许区别念珠菌属和曲霉属种类。本发明的另外一个目标是允许在不同的念珠菌属种类和不同的曲霉属种类之间进行区分。
[0178] 当参考本发明在本文使用时,用语“包含/含有”和单词“具有/包括”用于指定所陈述的特征、整体/整数、步骤或组分的存在,但不排除一种或更多种其它特征、整体/整数、步骤、组分或其集合的存在或加入。
[0179] 应该理解,为了清楚而在分开的实施方式上下文中描述的本发明的某些特征也可以结合在单一的实施方式中而提供。反过来,为了简洁而在单一实施方式上下文中描述的本发明的各种特征也可以被单独地提供或以任何适当的亚组合提供。
[0180] 就本文公开的任何序列与PatentIn3.3软件所附序列表中其对应物不同而言,本正文中的序列将被认为是正确的版本。
[0181] SEQ IDs
[0182] 探针、寡核苷酸等的位点以粗体显示并进行下划线。
[0183] N或x=任何核苷酸;w=a/t、m=a/c、r=a/g、k=g/t、s=c/g、y=c/t、h=a/t/c、v=a/g/c、d=a/g/t、b=g/t/c。在一些情况下,特定的简并选项显示在括号中:例如,(a/g)为A或G。
[0184] SEQ ID NO.1:P1-CaneIF2:CGATAATGCTCCGATCGTGCCTA
[0185] SEQ ID NO.2:P1-AspeIF2:CGCTCACACCTCTGTCGCCCGAA
[0186] SEQ ID NO.3:AspeIF2-F:CTTAAGTCTGCGATGAAGA
[0187] SEQ ID NO.4:AspeIF2-R:GTAATGTTACGCTCCAACTC
[0188] SEQ ID NO.5:CaneIF2-F:GCTGCCATTGAAATTATGAA
[0189] SEQ ID NO.6:CaneIF2-R:GAACCACCTGCAACACC
[0190] SEQ 1D NO.7:
[0191] >CA2700E4eIF2γ\(CaneIF2-F)eIF2γ序列,针对白色念珠菌产生
[0192] TGCATAATAAAGTTGATTTGATGAGAGAAGAATCAGCCTTGGAACACGAAAA
[0193] ATCTATCATTCAGTTTATTAGAGGTACAATTGCCGATAATGCTCCGATCGTGCC
[0194] TATTTCTGCTCAATTGAAATACAACATTGATGCAGTGAATCAATTTATTGTTAA
[0195] CTACATACCTGTGCCAATGAGAGACTTTACTGCTTCACCAAGATTGATCGTTA
[0196] TCAGATCTTTCGATGTGAACAAGCCTGGTGCAGATGTAGACGAATTGAAAGG
[0197] AGGTGTTGCAGGTGGTTC
[0198] SEQ 1D NO.8:
[0199] >A765\(EF)序列,针对白色念珠菌产生
[0200] ATTATTTTGCATAATAAAGTTGATTTGATGAGAGAAGAATCAGCYTTGGAACA
[0201] CGAAAAATCTATCATTCAGTTTATTAGAGGTACAATTGCCGATAATGCTCCGAT
[0202] CGTGCCTATTTCTGCTCAATTRAAATACAACATTGATGCAGTGAATCAATTTAT
[0203] YGTTAACTACATACCTGTGCCAATGAGAGACTTTACTGCTTCACCAAGATTGA
[0204] TYGTTATCAGATCTTTCGATGTGAACAAGCCTGGTGCAGATGTAGACGAATTG
[0205] AAAGGAGGTGTTGCAGGTGGTTC
[0206] SEQ 1D NO.9:
[0207] >A3156\(EF)序列,针对白色念珠菌产生
[0208] ATTATTTTGCATAATAAAGTTGATTTGATGAGAGAAGAATCAGCYTTGGRACA
[0209] CGAAAAATCTATCATTCAGTTTATTAGAGGTACAATTGCCGATAATGCTCCGAT
[0210] CGTGCCTATTTCTGCTCAATTGAAATACAACATTGATGCAGTGAATCAATTTAT
[0211] YGTTAACTACATACCTGTGCCAATGAGAGACTTTACTGCTTCACCAAGATTGA
[0212] TYGTTATCAGATCTTTCGATGTGAACAAGCCTGGTGCAGATGTAGACGAATTG
[0213] AAAGGAGGTGTTGCAGGTGGTTC
[0214] SEQ 1D NO.10:
[0215] >A562\(EF)序列,针对白色念珠菌产生
[0216] ATTGAAACATGTTATTATTTTGCATAATAAAGTTGATTTGATGAGAGAAGAATC
[0217] AGCCTTGGAACACGAAAAATCTATCATTCAGTTTATTAGAGGTACAATTGCCG
[0218] ATAATGCTCCGATCGTGCCTATTTCTGCTCAATTGAAATACAACATTGATGCAG
[0219] TGAATCAATTTATTGTTAACTACATACCTGTGCCAATGAGAGACTTTACTGCTT
[0220] CACCAAGATTGATCGTTATCAGATCTTTCGATGTGAACAAGCCTGGTGCAGAT
[0221] GTAGACGAATTGAAAGGAGGTGTTGCAGGTGGTTC
[0222] SEQ ID NO.11:
[0223] >CG3897E5\(EF)\(CaneIF2-F)eIF2γ序列,针对光滑念珠菌产生
[0224] GTTAAAGCACGTTATTATTCTACAGAACAAGGTCGATTTAATGCGTGAAGAAA
[0225] GCGCACTAGAACATGAAAAGTCTATCCTGAAATTTATCAGAGGTACTATTGCT
[0226] GACGGTGCTCCAATTGTCCCAATTTCCGCTCAATTGAAATACAACATCGATGC
[0227] AGTTAATGAATTTATCGTGAAGACTATCCCTGTTCCACCAAGAGATTTCATGC
[0228] TTTCTCCACGTTTGATTGTCATTCGTTCTTTCGATGTTAACAAGCCAGGTGCT
[0229] GAAATCGATGATTTGAAGGGTGGTGTTGCAGGTGGTTC
[0230] SEQ ID NO.12:
[0231] >CG8018E6\(EF)\(CaneIF2-F)eIF2γ序列,针对光滑念珠菌产生
[0232] GTTAAAGCACGTTATTATTCTACAGAACAAGGTCGATTTAATGCGTGAAGAAA
[0233] GCGCACTAGAACATGAAAAGTCTATCCTGAAATTTATCAGAGGTACTATTGCT
[0234] GACGGTGCTCCAATTGTCCCAATTTCCGCTCAATTGAAATACAACATCGATGC
[0235] AGTTAACGAATTTATCGTGAAGACTATCCCTGTTCCACCAAGAGATTTCATGC
[0236] TTTCTCCACGTTTGATTGTCATTCGTTCTTTCGATGTTAACAAGCCAGGTGCT
[0237] GAAATCGATGATTTGAAGGGTGGTGTTGCAGGTGGTTC
[0238] SEQ ID NO.13:
[0239] >CG4692E7\(EF)\(CaneIF2-F)eIF2γ序列,针对光滑念珠菌产生
[0240] GTTAAAGCACGTTATTATTCTACAGAACAAGGTCGATTTAATGCGTGAAGAAA
[0241] GCGCACTAGAACATGAAAAGTCTATCCTGAAATTTATCAGAGGTACTATTGCT
[0242] GACGGTGCTCCAATTGTCCCAATTTCCGCTCAATTGAAATACAACATCGATGC
[0243] AGTCAATGAATTTATCGTGAAGACTATCCCTGTTCCACCAAGAGATTTCATGC
[0244] TTTCTCCACGTTTGATTGTCATTCGTTCTTTCGATGTTAACAAGCCAGGTGCT
[0245] GAAATCGATGATTTGAAGGGTGGTGTTGCAGGTGGTTC
[0246] SEQ 1D NO.14:
[0247] >G138\(EF)序列,针对光滑念珠菌产生
[0248] GTTAAAGCACGTTATTATTCTACAGAACAAGGTCGATTTAATGCGTGAAGAAA
[0249] GCGCACTAGAACATGAAAAGTCTATCCTGAAATTTATCAGAGGTACTATTGCT
[0250] GACGGTGCTCCAATTGTCCCAATTTCCGCTCAATTGAAATACAACATCGATGC
[0251] AGTCAATGAATTTATCGTGAAGACTATCCCTGTTCCACCAAGAGATTTCATGC
[0252] TTTCTCCACGTTTGATTGTCATTCGTTCTTTCGATGTTAACAAGCCAGGTGCT
[0253] GAAATCGATGATTTGAAGGGTGGTGTTGCAGGTGGTTC
[0254] SEQ ID NO.15:
[0255] >CK3165E9\(EF)\(CaneIF2-F)eIF2γ序列,针对克柔念珠菌产生
[0256] TGKTGTGATTKTACAAAATAAAGTTGATTTGATGAAGAAAGAAGCAGCTTTA
[0257] GAGCACGAAAAATCTATTTTGAAGTTTATCAAGGGTACTATTGCTGATGGTGC
[0258] TCCTATTATCCCAATTTCTGCTCAGTTGAAATACAACATTGATGCAGTTAACAT
[0259] GTGTATGGTCAAGTCTATTCCTGTTCCAATTAGAGACTTTACTGCAGTTCCAA
[0260] GATTAATGGTTATTAGATCTTTCGATGTTAATAAGCCTGGTGCAGAAATTGCAG
[0261] ATTTGAAAGGTGGTGTTGCAGGTGGTTC
[0262] SEQ 1D NO.16:
[0263] >K9560\(EF)序列,针对克柔念珠菌产生
[0264] TGTTGTGATTTTACAAAATAAAGTTGATTTGATGAAGAAAGAAGCAGCTTTAG
[0265] AGCACGAAAAATCTATTTTGAAGTTTATCAAGGGTACTATTGCTGATGGTGCT
[0266] CCTATTATCCCAATTTCTGCTCAGTTGAAATAYAACATTGATGCAGTTAACATG
[0267] TGTATGGTCAAGTCTATTCCTGTTCCAATTAGAGACTT TACYGCAGTTCCAAG
[0268] ATTAATGGTTATTAGATCTTTCGATGTTAATAAGCCTGGTGCAGAAATTGCAGA
[0269] TTTGAAAGGTGGTGTTGCAGGTGGTTC
[0270] SEQ 1D NO.17:
[0271] >K6055\(EF)序列,针对克柔念珠菌产生
[0272] TGTTGTGATTTTACAAAATAAAGTTGATTTGATGAAGAAAGAAGCAGCTTTAG
[0273] AGCACGAAAAATCTATTTTGAAGTTTATCAAGGGTACTATTGCTGATGGTGCT
[0274] CCTATTATCCCAATTTCTGCTCAGTTGAAATATAACATTGATGCAGTTAACATG
[0275] TGTATGGTCAAGTCTATTCCTGTTCCAATTAGAGACTTTACCGCAGTTCCAAG
[0276] ATTAATGGTTATTAGATCTTTCGATGTTAATAAGCCTGGTGCAGAAATTGCAGA
[0277] TTTGAAAGGTGGTGTTGCAGGTGGTTC
[0278] SEQ 1D NO.18:
[0279] >K573E\(EF)序列,针对克柔念珠菌产生
[0280] TGKTGTGATTKTACAAAATAAAGTTGATTTGATGAAGAAAGAAGCAGCTTTA
[0281] GAGCACGAAAAATCTATTTTGAAGTTTATCAAGGGTACTATTGCTGATGGTGC
[0282] TCCTATTATCCCAATTTCTGCTCAGTTGAAATATAACATTGATGCAGTTAACAT
[0283] GTGTATGGTCAAGTCTATTCCTGTTCCAATTAGAGACTTTACCGCAGTTCCAA
[0284] GATTAATGGTTATTAGATCTTTCGATGTTAATAAGCCTGGTGCAGAAATTGCAG
[0285] ATTTGAAAGGTGGTGTTGCAGGTGGTTC
[0286] SEQ ID NO.19
[0287] >CP96141E14\(EF)\(CaneIF2-F)eIF2γ序列,针对近平滑念珠菌产生
[0288] GTTGAAGCATGTTATAATTTTGCAAAACAAGGTTGATTTGATGAGAGAAGART
[0289] CRGCATTGGAACATGAAAAGTCTATTATTCAGTTCATAAGAGGTACCATAGCT
[0290] GATGGTGCACCAATAGTTCCAATTTCGGCACAATTGAAATATAATATCGATGCC
[0291] GTCAATCAATTCATAGTCAACTCCATACCTGTCCCAGTTAGAGAYTTTACTGC
[0292] ATCACCAAGATTGATTGTTATTAGGTCTTTYGATGTSAACAAACCTGGTGCTG
[0293] ATGTTGATGACTTGAAGGGAGGTGTTGCAGGTGGTTC
[0294] SEQ ID NO.20
[0295] >CP2194E16\(EF)\(CaneIF2-F)eIF2γ序列,针对近平滑念珠菌产生
[0296] GTTGAAGCACGTTATTATTTTGCAAAACAAAGTTGATTTAATGAGAAAGGAG
[0297] TCAGCTTTGGAACATGAAAAGTCCATCATTCAGTTCATCAGAGGTACTATAGC
[0298] TGATGGTGCCCCAATTGTTCCAATTTCAGCACAATTGAAGTATAATATCGACG
[0299] CCGTCAATCAATTCATCGTAAACTCAATACCAGTTCCAGTCAGGGACTTTACT
[0300] GCATCCCCTAGGTTAATTGTTATTAGGTCTTTTGATGTGAACAAACCTGGTGC
[0301] TGACGTTGATGATTTGAAAGGAGGTGTTGCAGGTGGTTC
[0302] SEQ 1D NO.21:
[0303] >P96143\(EF)序列,针对近平滑念珠菌产生
[0304] TGTTATAATTTTACAAAATAAGGTTGATTTGATGAGAGAAGAGTCKGCATTGG
[0305] AGCATGARAAGTCGATACTTCAATTCATAAGAGGTACTATAGCMGATGGTGCT
[0306] CCAATTGTTCCAATTTCAGCTCAATTGAAATACAATATCGACGCCGTCAATCA
[0307] ATTTATAGTAAATTCCATACCSGTTCCAATTAGGGATTTCAATGCCTCACCAAG
[0308] GTTGATTGTTATTCGATCATTTGATGTGAAYAAACCTGGTGCTGATGTCGAYGA
[0309] TTTGAAGGGAGGTGTTGCAGGTGGTTC
[0310] SEQ 1D NO.22:
[0311] >P-604\(EF))序列,针对近平滑念珠菌产生
[0312] GTTGAAGCACGTTATTATTTTGCAAAACAAAGTTGATTTAATGAGAAAGGAG
[0313] TCAGCTTTGGAACATGAAAAGTCCATCATTCAGTTCATCAGAGGTACTATAGC
[0314] TGATGGTGCCCCAATTGTTCCAATTTCAGCACAATTGAAGTATAATATCGACG
[0315] CCGTCAATCAATTCATCGTAAACTCAATACCAGTTCCAGTCAGGGACTTTACT
[0316] GCATCCCCTAGGTTAATTGTTATTAGGTCTTTTGATGTGAACAAACCTGGTGC
[0317] TGACGTTGATGATTTGAAAGGAGGTGTTGCAGGTGGTTC
[0318] SEQ ID NO.23
[0319] >CT2311E19\(EF)\(CaneIF2-F)eIF2γ序列,针对热带念珠菌产生
[0320] GGTCGATTTGATGAGAGAAGAATCTGCCTTGGAACATGAGAAATCCATTCTT
[0321] CAATTCATCAGAGGTACTATTGCAGACAATGCTCCTATTGTCCCAATTTCTGCC
[0322] CAATTGAAATACAACATCGATGCCGTTAACCAATTTATTGTCAATTATATCCCA
[0323] GTTCCATTGAGAGACTTTTCCGCTTCCCCAAGATTGATTGTCATCAGATCTTTT
[0324] GATGTCAACAAGCCAGGTTCCGATGTCGAAGACTTGAAAGGGGGTGTTGCA
[0325] GGTGGTTC
[0326] SEQ 1D NO.24:
[0327] >T2424\(EF)序列,针对热带念珠菌产生
[0328] GGTCGATTTGATGAGAGAAGAATCTGCCTTGGAACATGAGAAATCCATTCTT
[0329] CAATTCATCAGAGGTACTATTGCAGACAATGCTCCTATTGTCCCAATTTCTGCC
[0330] CAATTGAAATACAACATCGATGCCGTTAACCAATTTATTGTCAATTATATCCCA
[0331] GTTCCATTGAGAGACTTTTCCGCTTCCCCAAGATTGATTGTCATCAGATCTTTT
[0332] GATGTCAACAAGCCAGGTTCCGATGTCGAAGACTTGAAAGGGGGTGTTGCA
[0333] GGTGGTTC
[0334] SEQ 1D NO.25:
[0335] >T94\(EF)序列,针对热带念珠菌产生
[0336] GTCATKATTTTGCAGAACAAGGTCGATTTGATGAGAGAAGAATCTGCCTTGG
[0337] AACATGAGAAATCCATTCTTCAATTCATCAGAGGTACTATTGCAGACAATGCT
[0338] CCTATTGTCCCAATTTCTGCCCAATTGAAATACAACATCGATGCCGTTAACCAA
[0339] TTTATTGTCAATTATATCCCAGTTCCATTGAGAGACTTTTCCGCTTCCCCAAGA
[0340] TTGATTGTCATCAGATCTTTTGATGTCAACAAGCCAGGTTCCGATGTCGAAGA
[0341] CTTGAAAGGGGGTGTTGCAGGTGGTTC
[0342] SEQ 1D NO.26:
[0343] >T-3895\(EF)序列,针对热带念珠菌产生
[0344] GGTCGATTTGATGAGAGAAGAATCTGCCTTGGAACATGAGAAATCCATTCTT
[0345] CAATTCATCAGAGGTACTATTGCAGACAATGCTCCTATTGTCCCAATTTCTGCC
[0346] CAATTGAAATACAACATCGATGCCGTTAACCAATTTATTGTCAATTATATCCCA
[0347] GTTCCATTGAGAGACTTTTCCGCTTCCCCAAGATTGATTGTCATCAGATCTTTT
[0348] GATGTCAACAAGCCAGGTTCCGATGTCGAAGACTTGAAAGGGGGTGTTGCA
[0349] GGTGGTTC
[0350] SEQ ID NO.27
[0351] >CD3949E21\(EF)\(CaneIF2-F)eIF2γ序列,针对都柏林念珠菌产生
[0352] AATAAAGTTGATTTGATGAGAGAAGAATCAGCTTTGGAACATGAAAAATCCA
[0353] TTATTCAGTTCATCAGAGGCACAATTGCTGATAACGCCCCAATTGTGCCTATTT
[0354] CTGCGCAATTGAAATACAACATTGATGCTGTAAATCAATTTATTGTGAACTACA
[0355] TACCTGTGCCAATGAGAGACTTTACTGCTTCACCAAGATTGATCGTTATTAGA
[0356] TCTTTTGATGTGAACAAGCCTGGTGCGGATGTTGACGAATTGAAAGGGGGTG
[0357] TTGCAGGTGGTTC
[0358] SEQ ID NO.28
[0359] >CD7987E22\(EF)\(CaneIF2-F)eIF2γ序列,针对都柏林念珠菌产生
[0360] TGAAACATGTCATTATTTTGCAGAATAAAGTTGATTTGATGAGAGAAGAATCA
[0361] GCTTTGGAACATGAAAAATCCATTATTCAGTTCATCAGAGGCACAATTGCTGA
[0362] TAACGCCCCAATTGTGCCTATTTCTGCGCAATTGAAATACAACATTGATGCTGT
[0363] AAATCAATTTATTGTGAACTACATACCTGTGCCAATGAGAGACTTTACTGCTT
[0364] CACCAAGATTGATCGTTATTAGATCTTTTGATGTGAACAAGCCTGGTGCGGAT
[0365] GTTGACGAATTGAAAGGGGGTGTTGCAGGTGGTTC
[0366] SEQ ID NO.29
[0367] >CD8501E23\(EF)\(CaneIF2-F)eIF2γ序列,针对都柏林念珠菌产生
[0368] ATTGAAACATGTCATTATTTTGCAGAATAAAGTTGATTTGATGAGAGAAGAAT
[0369] CAGCTTTGGAACATGAAAAATCCATTATTCAGTTCATCAGAGGCACAATTGCT
[0370] GATAACGCCCCAATTGTGCCTATTTCTGCGCAATTGAAATACAACATTGATGC
[0371] TGTAAATCAATTTATTGTGAACTACATACCTGTGCCAATGAGAGACTTTACTG
[0372] CTTCACCAAGATTGATCGTTATTAGATCTTTTGATGTGAACAAGCCTGGTGCG
[0373] GATGTTGACGAATTGAAAGGGGGTGTTGCAGGTGGTTC
[0374] SEQ ID NO.30
[0375] >CGU2672E25\(EF)\(CaneIF2-F)eIF2γ序列,针对吉利蒙念珠菌产生
[0376] TTGCAAAATAAGGTGGATCTTATGAGAGAAGAATCGGCGTTGGAGCACCAAA
[0377] AATCGATTTTGAATTTTATTAAAGGAACCATCGCTGACGGTGCCCCCATCGTC
[0378] CCTATCTCGGCCCAATTGAAGTACAACATCGATGCCGTGAACCAATTCATAGT
[0379] CAACTCGATCCCCGTTCCTCCTCGTGACTTTTCCGCATCTCCTCGGTTGATCG
[0380] TGATTCGTTCTTTCGACGTCAATAAACCCGGTTCTGAAATTGATGACTTGAAG
[0381] GGAGGTGTTGCAGGTGGTTC
[0382] SEQ ID NO.31
[0383] >CGU6021E26\(EF)\(CaneIF2-F)eIF2γ序列,针对吉利蒙念珠菌产生
[0384] GTTGAAACATGTTATCATCTTGCAAAATAAGGTGGATCTTATGAGAGAAGAAT
[0385] CGGCGTTGGAGCACCAAAAATCGATTTTGAATTTTATTAAAGGAACCATCGCT
[0386] GATGGTGCACCTATCGTCCCTATCTCGGCCCAGTTGAAGTACAACATCGATGC
[0387] CGTGAACCAATTCATAGTCAACTCGATCCCCGTTCCTCCTCGTGACTTTTCCG
[0388] CATCTCCTCGGTTGATCGTGATTCGTTCTTTCGACGTCAATAAACCCGGTTCT
[0389] GAGATCGATGACTTGAAAGGAGGTGTTGCAGGTGGTTC
[0390] SEQ 1D NO.32:
[0391] >Guil8167\(EF)序列,针对吉利蒙念珠菌产生
[0392] GTTGAAACATGTTATCATCTTGCAAAATAAGGTGGATCTTATGAGAGAAGAAT
[0393] CGGCGTTGGAGCACCAAAAATCGATTTTGAATTTTATTAAAGGAACCATCGCT
[0394] GATGGTGCACCTATCGTCCCTATCTCGGCCCAGTTGAAGTACAACATCGATGC
[0395] CGTGAACCAATTCATAGTCAACTCGATCCCCGTTCCTCCTCGTGACTTTTCCG
[0396] CATCTCCTCGGTTGATCGTGATTCGTTCTTTCGACGTCAATAAACCCGGTTCT
[0397] GAGATCGATGACTTGAAAGGAGGTGTTGCAGGTGGTTC
[0398] SEQ ID NO.33
[0399] >CN1922E33\(EF)\(CaneIF2-F)eIF2γ序列,针对挪威念珠菌产生
[0400] GTTGAAACACGTTGTTATTTTACAAAATAAAGTTGATTTGATGAAAAAGGAA
[0401] GCTGCGTTGGAACACGAAAAATCTATTCTTAAGTTCATCAAGGGTACGATCGC
[0402] TGATGGAGCTCCAATCATTCCTATTTCTGCACAATTGAAATATAACATTGATGC
[0403] TGTTAACATGTGTATGGTAAACTCCATTCCAATTCCAATGAGAGATTTTACTGC
[0404] TCAGCCAAGATTAATGGTCATCAGATCTTTCGATGTTAACAAACCTGGTGCAG
[0405] AAATAAATGATTTGAAAGGTGGTGTTGCAGGTGGTTC
[0406] SEQ ID NO.34
[0407] >FAM1E45\(EF)\(CaneIF2-F)eIF2γ序列,针对无名念珠菌产生
[0408] ATTGARTCATGTTATTATCTTACAAAACAAGGTTGATTTAATGARAGAGGAAT
[0409] CAGCTTTGGAACATCAGAAATCTATTTTGAGTTTCATCAGAGGTACTATTGCA
[0410] GATGGTGCTCCAATTGTTCCAATTTCTGCCCAATTAAAATATAATATCGATGCT
[0411] GTTAATCAATTTATTGTGAACTCTATTCCAATTCCTCCAAGAGACTTCATGGCT
[0412] ACTCCAAGATTGATCGTTATTAGATCTTTCGATGTTAATAAACCAGGTGCCGA
[0413] GATTGATGACTTGAAGGGTGGTGTTGCAGGTGGTTC
[0414] SEQ ID NO.35
[0415] >FAM2E46\(EF)\(CaneIF2-F)eIF2γ序列,针对无名念珠菌产生
[0416] GTGATTATCTTACAAAATAAGGTTGATTTAATGAGAGAAGAGTCAGCTTTAGA
[0417] GCATCAAAAGTCCATTTTGAGTTTCATCAGAGGTACTATTGCTGATGGTGCTC
[0418] CAATTGTTCCAATTTCTGCTCAATTAAAATATAATATTGATGCTGTCAATCAATT
[0419] TATTGTTAATTCTATTCCAATTCCGCCAAGAGACTTSATGGCTACTCCAAGATT
[0420] GATCGATATTAGATCATTCGATGTTAATAAACCAGGGGCAGAAATTGATGACT
[0421] TGAAGGGTGGTGTTGCAGGTGGTTC
[0422] SEQ ID NO.36
[0423] >FAM5E47\(EF)\(CaneIF2-F)eIF2γ序列,针对无名念珠菌产生
[0424] ATTGAAGCATGTGATCATCTTACAAAATAAGGTTGATTTAATGAGAGAAGAAT
[0425] CTGCTTTAGAGCATCAAAAGTCCATTTTGAGTTTCATCAGAGGTACTATTGCT
[0426] GATGGTGCTCCAATTGTTCCAATTTCTGCTCAATTAAAATATAATATTGATGCT
[0427] GTCAATCAATTTATTGTTAATTCTATTCCAATTCCGCCAAGAGACTTGATGGCT
[0428] ACTCCAAGATTGATCGATATTAGATCATTCGATGTTAATAAACCAGGTGCTGA
[0429] AATTGATGACTTGAAGGGTGGTGTTGCAGGTGGTTC
[0430] SEQ ID NO.37
[0431] >CH53E48\(EF)\(CaneIF2-F)eIF2γ序列,针对C.haemuloni产生
[0432] CGTTATCATTTTGCAGAACAAGGTGGATTTGATGAGAGAAGAGTCTGCTTTG
[0433] GAGCACCAGAAATCGATCTTGAGTTTTATCAGAGGTACCATTGCCGATGGCG
[0434] CTCCTATCGTGCCAATTTCCGCCCAATTGAAGTACAACATTGACGCTGTCAAC
[0435] CAGTTGATCTGCGACTACATCCCTGTTCCTCCTAGAGACTTCATGGCCTCGCC
[0436] ACGTTTGATCGTCATTAGGTCTTTCGATGTCAACAAGCCAGGTGCCGAGATCG
[0437] AGGACTTGAAGGGAGGTGTTGCAGGTGGTTC
[0438] SEQ ID NO.38
[0439] >CH54E49\(EF)\(CaneIF2-F)eIF2γ序列,针对C.haemuloni产生
[0440] CGTTATCATTTTGCAGAACAAGGTGGATTTGATGAGAGAAGAGTCTGCTTTG
[0441] GAGCACCAGAAATCGATCTTGAGTTTTATCAGAGGTACCATTGCCGATGGCG
[0442] CTCCTATCGTGCCAATTTCCGCCCAATTGAAGTACAACATTGACGCTGTCAAC
[0443] CAGTTGATCTGCGACTACATCCCTGTTCCTCCTAGAGACTTCATGGCCTCGCC
[0444] ACGTTTGATCGTCATTAGGTCTTTCGATGTCAACAAGCCAGGTGCCGAGATCG
[0445] AGGACTTGAAGGGAGGTGTTGCAGGTGGTTC
[0446] SEQ ID NO.39
[0447] >CH55E50\(EF)\(CaneIF2-F)eIF2γ序列,针对C.haemuloni产生
[0448] CGTTATCATTTTGCAGAACAAGGTGGATTTGATGAGAGAAGAGTCTGCTTTG
[0449] GAGCACCAGAAATC GATCTTGAGTTTTATCAGAGGTACCATTGCCGATGGCG
[0450] CTCCTATCGTGCCAATTTCCGCCCAATTGAAGTACAACATTGACGCTGTCAAC
[0451] CAGTTGATCTGCGACTACATCCCTGTTCCTCCTAGAGACTTCATGGCCTCGCC
[0452] ACGTTTGATCGTCATTAGGTCTTTCGATGTCAACAAGCCAGGTGCCGAGATCG
[0453] AGGACTTGAAGGGAGGTGTTGCAGGTGGTTC
[0454] SEQ ID NO.40
[0455] >CKF57E51\(EF)\(CaneIF2-F)eIF2γ序列,针对乳酒念珠菌产生
[0456] TTATTCTTCAGAACAAGGTGGATCTAATGAGAGAAGACTCCGCTCTAGAGCA
[0457] TCAAAAATCTATTTTGAAGTTTATCAGAGGTACTATTGCCGATGGTGCACCAA
[0458] TTGTTCCAATTTCTGCTCAATTGAAGTACAATATTGATGCCGTTAACGAATTTA
[0459] TCGTTAAGAGTATCCCAGTTCCACAAAGAGACTTCTTAGCATCTCCAAGATTG
[0460] ATCGTCATCCGTTCTTTTGACGTCAACAAGCCAGGTGCAGAAATTGATGATTT
[0461] GAAGGGTGGTGTTGCAGGTGGTTC
[0462] SEQ ID NO.41
[0463] >CKF60E52\(EF)\(CaneIF2-F)eIF2γ序列,针对乳酒念珠菌产生
[0464] TTATTCTTCAGAACAAGGTGGATCTAATGAGAGAAGACTCCGCTCTAGAGCA
[0465] TCAAAAATCTATTTTGAAGTTTATCAGAGGTACTATTGCCGATGGTGCAC CAA
[0466] TTGTTCCAATTTCTGCTCAATTGAAGTACAATATTGATGCCGTTAACGAATTTA
[0467] TCGTTAAGAGTATCCCAGTTCCACAAAGAGACTTCTTAGCATCTCCAAGATTG
[0468] ATCGTCATCCGTTCTTTTGACGTCAACAAGCCAGGTGCAGAAATTGATGATTT
[0469] GAAGGGTGGTGTTGCAGGTGGTTC
[0470] SEQ ID NO.42
[0471] >CKF3898E53\(EF)\(CaneIF2-F)eIF2γ序列,针对乳酒念珠菌产生
[0472] TTATTCTTCAGAACAAGGTGGATCTAATGAGAGAAGACTCCGCTCTAGAGCA
[0473] TCAAAAATCTATTTTGAAGTTTATCAGAGGTACTATTGCCGATGGTGCACCAA
[0474] TTGTTCCAATTTCTGCTCAATTGAAGTACAATATTGATGCCGTTAACGAATTTA
[0475] TCGTTAAGAGTATCCCAGTTCCACAAAGAGACTTCTTAGCATCTCCAAGATTG
[0476] ATCGTCATCCGTTCTTTTGACGTCAACAAGCCAGGTGCAGAAATTGATGATTT
[0477] GAAGGGTGGTGTTGCAGGTGGTTC
[0478] SEQ 1D NO.43:
[0479] >Lus8013\(EF)序列,针对葡萄牙念珠菌产生
[0480] ACAAGGTCGACTTGATGAGAGAGGAGCTGGCGTTGGAGCACCAGAAATCCA
[0481] TTTTGAGTTTCATCCGAGGCACCATCGCCGATGGCGCCCCTATCGTGCCTATC
[0482] TCGGCCCAATTGAAGTACAACATTGACGCTGTCAACCAGATCATCTGCGACT
[0483] ACATTCCCGTGCCTCCTCGAGACTTTATGGCGTCGCCCCGTTTGATTGTCATT
[0484] AGATCTTTCGATGTGAACAAGCCAGGTGCCGAGATTGACGACTTGAAAGGTG
[0485] GTGTTGCAGGTGGTTC
[0486] SEQ 1D NO.44:
[0487] >S.ciff-2305\(EF)序列,针对S.cifferii产生
[0488] ATTGCAACATGTTATCATTCTGCAAAACAAGGTGGATCTCATGAAGGAGGAG
[0489] TCCGCCCTCGAGCATCACAAGAGCATTCTCAAGTTCATTCGAGGCACCATTG
[0490] CCGACGGATCCCCAGTTATCCCCATTTCTGCCCAATTGAAGTACAACATTGAC
[0491] GCTGTCAACGAGTTCATTGTGTCCAAGATCCCCATCCCCGTCAGAGATTTCCA
[0492] GGCAACCCCACGATTGATTGTCATTAGATCATTCGATATCAACCGGCCCGGTT
[0493] CCGAAATCGACGAGCTCCGTGGTGGTGTTGCAGGTGGTTC
[0494] SEQ 1D NO.45:
[0495] >S.ciff-5295\(EF)序列,针对S.cifferii产生
[0496] TCATGCAAAATAAGGTGGATCTCATGAAGGAGGAGTCCGCCCTCGAGCATCA
[0497] CAAGAGCATTCTCAAGTTCATTCGGGGCACAATTGCCGACGGATCCCCAGTT
[0498] ATCCCCATTTCTGCACAGCTGAAGTACAACATTGATGCTGTCAATGAGTTCAT
[0499] TGTTTCCAAGATCCCAATCCCAGTCAGAGATTTCCAGGCCACCCCACGATTGA
[0500] TTGTCATTAGATCCTTCGATATTAACCGTCCAGGTTCCGAAATCGACGAGCTT
[0501] CGTGGCGGTGTTGCAGGTGGTTC
[0502] SEQ ID NO.46:
[0503] >CU50E58\(EF)\(CaneIF2-F)eIF2γ序列,针对产朊念珠菌产生
[0504] ACAGGTGGATTTGATGCGTCCAGACTCTGCCTTGGAGCATGAGAAGTCGATT
[0505] TTGAAGTTCATCAGAGGTACCATTGCCGATGGTGCTCCAATCGTCCCAATCTC
[0506] TGCTCAATTGAAATACAACATTGATGCTGTCAACGAATTCATCGTCAAGACTA
[0507] TCCCAGTGCCACCAAGAGACTTCAGTGCCTCTCCAAGACTCATTGTGATCCG
[0508] TTCTTTTGACGTTAACAAACCAGGTGCCGAAATTGACGACTTGAAAGGTGGT
[0509] GTTGCAGGTGGTTC
[0510] SEQ ID NO.47:
[0511] >CV94E62\(EF)\(CaneIF2-F)eIF2γ序列,针对维斯念珠菌产生
[0512] GGTCGATTTGATGAGGGAAGAGTCCGCCTTGGAGCACGAGAAATCCATTCTC
[0513] CAATTCATCAGAGGTACCATTGCCGACAATGCTCCTATTGTGCCAATTTCGGC
[0514] GCAGTTGAAGTACAACATCGACGCCGTGAACCAGTTTATTGTCAACTACATC
[0515] CCAGTGCCATTGAGAGACTTTTCTGCATCTCCAAGATTGATAGTCATCAGATC
[0516] CTTTGATGTCAACAAGCCAGGTTCGGACGTCGAAGAGTTGAAAGGTGGTGT
[0517] TGCAGGTGGTTC
[0518] SEQ 1D NO.48:
[0519] >F419-64\(AspEF-F)序列,针对烟曲霉产生
[0520] CGAAGCGTCCAGAACTCCCCGAGCAGCCCGACCCAGAGACTCTCGATTTGT
[0521] CGACGCTCACACCTCTGTCGCCCGAAATTATTGCGCGCCAGGCCACAATCAA
[0522] CATCGGTACTATCGGACACGTCGCACACGGCAAGTCGACTGTTGTGAAGGCT
[0523] ATCTCGGAGGTGCAGACTGTCCGGTTCAAAAATGAGTTGGAGCGTAACATTA
[0524] C
[0525] SEQ 1D NO.49:
[0526] >F483-61\(AspEF-F)序列,针对烟曲霉产生
[0527] AGCGCCCCCTGCTCCTCAGCCGAAGCGTCCAGAACTCCCCGAGCAGCCCGA
[0528] CCCAGAGACTCTCGATTTGTCGACGCTCACACCTCTGTCGCCCGAAATTATTG
[0529] CGCGCCAGGCCACAATCAACATCGGTACTATCGGACACGTCGCACACGGCAA
[0530] GTCGACTGTTGTGAAGGCTATCTCGGAGGTGCAGACTGTCCGGTTCAAAAAT
[0531] GAGTTGGAGCGTAACATTAC
[0532] SEQ 1D NO.50:
[0533] >F7273\(AspEF-F)序列,针对烟曲霉产生
[0534] AGCGCCCCCTGCTCCTCAGCCGAAGCGTCCAGAACTCCCCGAGCAGCCCGA
[0535] CCCAGAGACTCTCGATTTGTCGACGCTCACACCTCTGTCGCCCGAAATTATTG
[0536] CGCGCCAGGCCACAATCAACATCGGTACTATCGGACACGTCGCACACGGCAA
[0537] GTCGACTGTTGTGAAGGCTATCTCGGAGGTGCAGACTGTCCGGTTCAAAAAT
[0538] GAGTTGGAGCGTAACATTAC
[0539] SEQ 1D NO.51:
[0540] >F6951\(AspEF-F)序列,针对烟曲霉产生
[0541] AGCGCCCCCTGCTCCTCAGCCGAAGCGTCCAGAACTCCCCGAGCAGCCCGA
[0542] CCCAGAGACTCTCGATTTGTCGACGCTCACACCTCTGTCGCCCGAAATTATTG
[0543] CGCGCCAGGCCACAATCAACATCGGTACTATCGGACACGTCGCACACGGCAA
[0544] GTCGACTGTTGTGAAGGCTATCTCGGAGGTGCAGACTGTCCGGTTCAAAAAT
[0545] GAGTTGGAGCGTAACATTAC
[0546] SEQ 1D NO.52:
[0547] >F133-61\(AspEF-F)eIF2γ序列,针对烟曲霉产生
[0548] CCGAAGCGTCCAGAACTCCCCGAGCAGCCCGACCCAGAGACTCTCGATTTG
[0549] TCGACGCTCACACCTCTGTCGCCCGAAATTATTGCGCGCCAGGCCACAATCA
[0550] ACATCGGTACTATCGGACACGTCGCACACGGCAAGTCGACTGTTGTGAAGGC
[0551] TATCTCGGAGGTGCAGACTGTCCGGTTCAAAAATGAGTTGGAGCGTAACATT
[0552] AC
[0553] SEQ ID NO.53:
[0554] >1085-eIF2γ\(AspeIF2-F)eIF2γ序列,针对费希新萨托菌产生
[0555] CGGCCCCCGTTCCTCAGCCGAAGCGTCCAGAACTGCCCGAGCAGCCCAACC
[0556] CAGAGACTCTCGATCTGTCGACACTGACGCCTCTGTCTCCCGAGATTATCGCG
[0557] CGCCAGGCCACAATCAACATCGGTACTATCGGACACGTCGCTCACGGCAAGT
[0558] CGACCGTGGTGAAGGCTATTTCGGAGGTGCAGACTGTCCGGTTCAAGAACG
[0559] AGTTGGAGCGTAACATTAC
[0560] SEQ ID NO.54:
[0561] >5138eIF2γ\(AspeIF2-F)eIF2γ序列,针对棒曲霉产生
[0562] AGGGCTCCATGCCCCCAGTTCCTCAACCGAAGCGCCCAGAACTGCCCGAGC
[0563] AGCCTGACCCAGAGACCATCGATCTGTCGAAACTGACGCCTCTGTCCCCCGA
[0564] AATTATCGCGCGCCAGGCCACGATCAACATTGGTACCATCGGACACGTCGCT
[0565] CACGGCAAGTCGACCGTGGTGAAGGCTATCTCGGAGGTGCAGACGGTCCGT
[0566] TTCAAGAACGAGTTGGAGCGTAACATTAC
[0567] SEQ 1D NO.55:
[0568] >C1348\(AspEF-F)序列,针对棒曲霉产生
[0569] CATGCCCCCAGTTCCTCAACCGAAGCGCCCAGAACTGCCCGAGCAGCCTGA
[0570] CCCAGAGACCATCGATCTGTCGAAACTGACGCCTCTGTCCCCCGAAATTATC
[0571] GCGCGCCAGGCCACGATCAACATTGGTACCATCGGACACGTCGCTCACGGCA
[0572] AGTCGACCGTGGTGAAGGCTATCTCGGAGGTGCAGACGGTCCGTTTCAAGA
[0573] AC GAGTTGGAGCGTAACATTAC
[0574] SEQ 1D NO.56:
[0575] >C2391\(AspEF-F)序列,针对棒曲霉产生
[0576] AAGCGCCCAGAACTCCCCGAGCAGCCTGACCCAGAGACCATCGATCTGTCG
[0577] AAACTGACGCCTTTGTCCCCCGAAATCATCGCGCGCCAGGCCACGATCAACA
[0578] TTGGTACCATCGGGCACGTCGCTCACGGCAAGTCGACCGTGGTGAAGGCTAT
[0579] TTCGGAGGTGCAAACTGTTCGTTTCAAGAACGAGTTGGAGCGTAACATTAC
[0580] SEQ 1D NO.57:
[0581] >NIG2864\(AspEF-F)序列,针对黑曲霉产生
[0582] TTCCTCCTCCCCAGCCCAAGCGGCCAGAGCTGCCCGAGCAGCCGAATCCGG
[0583] AGACTCTGGACCTGTCCACCCTGACTCCTTTGACCCCCGAAATTATTGCGCGC
[0584] CAAGCCACAATCAACATTGGCACCATCGGTCACGTCGCTCACGGCAAGTCGA
[0585] CGGTCGTTAAGGCTATCTCCGAGGTCCAGACTGTCCGTTTCAAGAACGAGTT
[0586] GGAGCGTAACATTAC
[0587] SEQ 1D NO.58:
[0588] >NIG6727\(AspEF-F)序列,针对黑曲霉产生
[0589] TTCCTCCTCCCCAGCCCAAGCGGCCAGAGCTGCCCGAGCAGCCGAATCCGG
[0590] AGACTCTGGACCTGTCCACCCTGACTCCTTTGACCCCCGAAATTATTGCGCGC
[0591] CAAGCCACAATCAACATTGGCACCATCGGTCACGTCGCTCACGGCAAGTCGA
[0592] CGGTCGTTAAGGCTATCTCCGAGGTCCAGACTGTCCGTTTCAAGAACGAGTT
[0593] GGAGCGTAACATTAC
[0594] SEQ 1D NO.59:
[0595] >NIG328399\(AspEF-F)序列,针对黑曲霉产生
[0596] TTCCTCCTCCCCAGCCCAAGCGGCCAGAGCTGCCCGAGCAGCCGAATCCGG
[0597] AGACTCTGGACCTGTCCACCCTGACTCCTTTGACCCCCGAAATTATTGCGCGC
[0598] CAAGCCACAATCAACATTGGCACCATCGGTCACGTCGCTCACGGCAAGTCGA
[0599] CGGTCGTTAAGGCTATCTCCGAGGTCCAGACTGTCCGTTTCAAGAACGAGTT
[0600] GGAGCGTAACATTAC
[0601] SEQ 1D NO.60:
[0602] >NIGMA5184\(AspEF-F)序列,针对黑曲霉产生
[0603] TTCCTCCTCCCCAGCCCAAGCGGCCAGAGCTGCCCGAGCAGCCGAATCCGG
[0604] AGACTCTGGACCTGTCCACGCTGACTCCTTTGACCCCCGAAATTATTGCGCG
[0605] CCAAGCCACAATCAACATTGGCACCATCGGTCACGTCGCTCACGGCAAGTCG
[0606] ACGGTCGTTAAGGCTATCTCCGAGGTCCAGACTGTCCGTTTCAAGAACGAGT
[0607] TGGAGCGTAACATTAC
[0608] SEQ ID NO.61
[0609] >118.46eIF2γ\(AspeIF2-F)eIF2γ序列,针对土曲霉产生
[0610] AGGACTCTGCTCTTCCCCCCCAGCCGAAGCGCCCAGAGCTTCCTGAACAACC
[0611] CAACCCAGACACCCTCGATCTGTCGACGCTTACCCCTCTGTCGCCCGAAATC
[0612] ATTGCGCGCCAGGCCACCATCAACATCGGTACCATTGGTCACGTCGCTCACG
[0613] GAAAGTCGACGGTCGTCAAGGCCATCTCAGAGGTCCAGACCGTTCGATTCA
[0614] AGAACGAGTTGGAGC GTAACATTAC
[0615] SEQ 1D NO.62:
[0616] >T2729\(AspEF-F)序列,针对土曲霉产生
[0617] AGCCGAAGCGCCCAGAGCTTCCTGAACAACCCAACCCAGACACCCTCGATC
[0618] TGTCGACGCTTACCCCTCTGTCGCCCGAAATTATTGCGCGCCAGGCCACCATC
[0619] AACATCGGTACCATTGGTCACGTCGCTCACGGAAAGTCGACGGTTGTCAAGG
[0620] CCATCTCAGAGGTCCAGACCGTTCGATTCAAGAACGAGTTGGAGCGTAACAT
[0621] TAC
[0622] SEQ 1D NO.63:
[0623] >T601-65\(AspEF-F)序列,针对土曲霉产生
[0624] AGCCGAAGCGCCCAGAGCTTCCTGAACAACCCAACCCAGACACCCTCGATC
[0625] TGTCGACGCTTACCCCTCTGTCGCCCGAAATTATTGCGCGCCAGGCCACCATC
[0626] AACATCGGTACCATTGGTCACGTCGCTCACGGAAAGTCGACGGTTGTCAAGG
[0627] CCATCTCAGAGGTCCAGACCGTTCGATTCAAGAACGAGTTGGAGCGTAACAT
[0628] TAC
[0629] SEQ 1D NO.64:
[0630] >T5677\(AspEF-F)序列,针对土曲霉产生
[0631] AGCCGAAGCGCCCAGAGCTTCCTGAACAACCCAACCCAGACACCCTCGATC
[0632] TGTCGACGCTTACCCCTCTGTCGCCCGAAATTATTGCGCGCCAGGCCACCATC
[0633] AACATCGGTACCATTGGTCACGTCGCTCACGGAAAGTCGACGGTTGTCAAGG
[0634] CCATCTCAGAGGTCCAGACCGTTCGATTCAAGAACGAGTTGGAGCGTAACAT
[0635] TAC
[0636] SEQ 1D NO.65:
[0637] >FL625-66\(AspEF-F)序列,针对黄曲霉产生
[0638] CCCCCTGTTTCTCAGCCCAAGCGGCCAGAGTTGCCCGAACAGCCAGACCCC
[0639] GCTACCCTTGACCTGTCGACCCTGACCCCTCTGTCGCCCGAAATCATTGCGCG
[0640] CCAGGCCACTATTAACATTGGTACCATCGGACACGTCGCTCACGGAAAGTCA
[0641] ACAGTGGTCAAGGCTATCTCAGAGGTTCAGACTGTCCGTTTCAAAAACGAGT
[0642] TGGAGCGTAACATTAC
[0643] SEQ 1D NO.66:
[0644] >FL2008\(AspEF-F)序列,针对黄曲霉产生
[0645] CCCCCTGTTTCTCAGCCCAAGCGGCCAGAGTTGCCCGAACAGCCAGACCCC
[0646] GCTACCCTTGACCTGTCGACCCTGACCCCTCTGTCGCCCGAAATCATTGCGCG
[0647] CCAGGCCACTATTAACATTGGTACCATCGGACACGTCGCTCACGGAAAGTCA
[0648] ACAGTGGTCAAGGCTATCTCAGAGGTTCAGACTGTCCGTTTCAAAAACGAGT
[0649] TGGAGCGTAACATTAC
[0650] SEQ 1D NO.67:
[0651] >FL2199\(AspEF-F)序列,针对黄曲霉产生
[0652] CCCCCTGTTTCTCAGCCCAAGCGGCCAGAGTTGCCCGAACAGCCAGACCCC
[0653] GCTACCCTTGACCTGTCGACCCTGACCCCTCTGTCGCCCGAAATCATTGCGCG
[0654] CCAGGCCACTATTAACATTGGTACCATCGGACACGTCGCTCACGGAAAGTCA
[0655] ACAGTGGTCAAGGCTATCTCAGAGGTTCAGACTGTCCGTTTCAAAAACGAGT
[0656] TGGAGCGTAACATTAC
[0657] SEQ 1D NO.68:
[0658] >V2916\(AspEF-F)序列,针对杂色曲霉产生
[0659] TCAGCCGAAACGACCAGAGCTACCGGAGCAGCCCAACCCAGACACCCTCGA
[0660] CCTGACCACATTAACTCCCCTGTCCCCGGAAATTATTGCCCGCCAGGCCACGA
[0661] TCAACATCGGCACCATTGGTCACGTCGCTCACGGAAAGTCAACGGTGGTGA
[0662] AGGCTATCTCAGAAGTCCAGACTGTCAGATTTAAGAATGAGTTGGAGCGTAA
[0663] CATTAC
[0664] SEQ 1D NO.69:
[0665] >V1323\(AspEF-F)序列,针对杂色曲霉产生
[0666] TCAGCCGAAACGACCAGAGCTACCGGAGCAGCCCAACCCAGACACCCTCGA
[0667] CCTGACCACATTAACTCCCCTGTCCCCGGAAATTATTGCCCGCCAGGCCACGA
[0668] TCAACATCGGCACCATTGGTCACGTCGCTCACGGAAAGTCAACGGTGGTGA
[0669] AGGCTATCTCAGAAGTCCAGACTGTCAGATTTAAGAATGAGTTGGAGCGTAA
[0670] CATTAC
[0671] SEQ 1D NO.70:
[0672] >N100-2\(AspEF-F)序列,针对构巢曲霉产生
[0673] ACGACCGGAACTACCGGAGCAACCCAACCCAGAAACGCTCGACCTGTCTAC
[0674] ACTAACTCCTCTGTCACCTGAGATTATCGCCCGCCAGGCTACGATTAACATCG
[0675] GTACCATTGGCCACGTCGCTCACGGTAAGTCAACGGTGGTGAAGGCTATTTC
[0676] AGAGGTTCAAACTGTCCGATTTAAGAACGAGTTGGAGCGTAACATTAC
[0677] SEQ 1D NO.71:
[0678] >N589-65\(AspEF-F)序列,针对构巢曲霉产生
[0679] ACGACCGGAACTACCGGAGCAACCCAACCCAGAAACGCTCGACCTGTCTAC
[0680] ACTAACTCCTCTGTCACCTGAGATTATCGCCCGCCAGGCTACGATTAACATCG
[0681] GTACCATTGGCCACGTCGCTCACGGTAAGTCAACGGTGGTGAAGGCTATTTC
[0682] AGAGGTTCAAACTGTCCGATTTAAGAACGAGTTGGAGCGTAACATTAC
[0683] SEQ 1D NO.72:
[0684] >N6365\(AspEF-F)序列,针对构巢曲霉产生
[0685] TTCATACCTGTTTCTCAGCCGAAACGACCGGAACTACCGGAGCAACCCAACC
[0686] CAGAAACGCTCGACCTGTCTACACTAACTCCTCTGTCACCTGAGATTATCGCC
[0687] CGCCAGGCTACGATTAACATCGGTACCATTGGCCACGTCGCTCACGGTAAGT
[0688] CAACGGTGGTGAAGGCTATTTCAGAGGTTCAAACTGTCCGATTTAAGAACGA
[0689] GTTGGAGCGTAACATTAC
[0690] SEQ 1D NO.73:
[0691] >N670-78\(AspEF-F)序列,针对构巢曲霉产生
[0692] TTCATACCTGTTTCTCAGCCGAAACGACCGGAACTACCGGAGCAACCCAACC
[0693] CAGAAACGCTTGACCTGTCTACACTAACTCCTTTGTCACCTGAGATTATCGCC
[0694] CGCCAGGCTACGATTAACATCGGTACCATTGGTCACGTCGCTCACGGTAAGTC
[0695] AACGGTGGTGAAGGCTATTTCAGAGGTTCAAACTGTCCGATTTAAGAACGAG
[0696] TTGGAGCGTAACATTAC
[0697] SEQ ID No 74:
[0698] >gi|68470315|ref|XM_715569.1|白色念珠菌SC5314推定的(putative)翻译起始因子eIF2γ亚单元(CaO 19_11699),mRNA
[0699] ATGTCATACGACGATATAGAAAATGCCACTCCTGATATTGTTATTGGGAGTACT
[0700] ATAGAGGAACCTGAAGAAGATTACCAAGTGGAAAGTGACAATGAGTTACAA
[0701] GCCGCAGACCATGAGTCATCGCAAATAAATGAAGAATCAGCCAAAGGCAAA
[0702] AAGTCAGTTGCATTTACTGGATTGGATGAAGACGAGGAAAATGCAGAGGAAT
[0703] TGGCCAGAAAGGAGTTTGAAGAAGGTGGTGGATTGCCTGAACAACCAGAAA
[0704] ACCCAGATTTCAATGAGTTAACACCTTTATCTCCCGAGATTATCAACAGGCAA
[0705] GCCACCATTAATATTGGTACCATTGGTCATGTCGCCCACGGGAAGTCTACTGT
[0706] TGTCAGGGCTATCTCTGGTGTCCAGACCGTTCGTTTCAAGGATGAATTAGAA
[0707] AGAAACATTACTATCAAGTTAGGTTACGCCAATGCCAAAATTTACAAATGTGA
[0708] TAACCCAGAGTGTCCAGAACCAGATTGTTACAGATCATTCAAATCAGATAAG
[0709] GAAATAAGACCAAAATGTCAAAGAGCTGGCTGTGACGGTCGCTACAAATTGT
[0710] TAAGACATGTCTCTTTTGTTGATTGTCCAGGACATGATATTTTGATGAGTACTA
[0711] TGTTGTCAGGTGCTGCCGTGATGGATGCCGCCTTGTTGTTGATTGCCGGTAAT
[0712] GAAAGTTGTCCACAACCCCAGACTTCTGAGCATTTGGCTGCCATTGAAATTAT
[0713] GAAATTGAAACATGTTATTATTTTGCAAAATAAAGTTGATTTGATGAGAGAAG
[0714] AATCAGCCTTGGAACACGAAAAATCTATCATTCAGTTTATTAGAGGTACAATT
[0715] GCCGATAATGCTCCGATCGTGCCTATTTCTGCTCAATTGAAATACAACATTGAT
[0716] GCAGTGAATCAATTTATTGTTAACTACATACCTGTGCCAATGAGAGACTTTAC
[0717] TGCTTCACCAAGATTGATCGTTATCAGATCTTTCGATGTGAACAAGCCTGGTG
[0718] CAGATGTAGACGAATTGAAAGGAGGTGTTGCAGGTGGTTCTATTTTGACTGG
[0719] TGTTTTTAAGATTGGTGATGAGATCGAGATTAGACCTGGTATCGTCACCAAAG
[0720] ATGATCAAGGAAAGATTCAATGTAAACCTATATTCTCGAACGTGGTTTCCTTG
[0721] TTTGCTGAGCATAACGATTTGAAATTTGCTGTTCCTGGTGGTTTGATTGGTGT
[0722] TGGTACTAAAGTTGATCCTACGTTGTGTAGGGCTGATAGATTGGTTGGTCAAG
[0723] TTGTTGGTGCAAAAGGAAACTTGCCCTCTATTTACGCTGATATTGAGATAAAC
[0724] TATTTCCTATTAAGAAGATTGTTGGGTGTCAAAACTGAAGGTCAAAAGCAAG
[0725] GTGCTAAAGTTCGTAAGTTGGAACAATCTGAAGTGTTGATGGTAAATATTGGT
[0726] TCTACTGCAACTGGTGCTAGAGTGGTTGCTGTTAAAGCAGATATGGCTCGTTT
[0727] ACAATTGACTACACCAGCCTGTACAGAAATCAACGAAAAAATTGCGTTGTCT
[0728] AGACGTATTGAAAAGCATTGGCGTTTGATTGGTTGGGCCACTATCAAGAAAG
[0729] GTACAGCATTAGAACCAATTTCTTAA
[0730] SEQ ID No 75:
[0731] >gi|68470576|ref|XM_715441.1|白色念珠菌SC5314翻译起始因子eIF2γ亚单元(CaO 19_4223)部分mRNA
[0732] ATGTCATACGACGATATAGAAAATGCCACTCCTGATATTGTTATTGGGAGTACT
[0733] ATAGAGGAACCTGAAGAAGATTACCAAGTGGAAAGTGACAATGAGTTACAA
[0734] GCCGCAGACCATGAGTCATCGCAAATAAATGAAGAATCAGCCAAAGGCAAA
[0735] AAGTCAGTTGCATTTACTGGATTGGATGAAGACGAGGAAAATGCAGAGGAAT
[0736] TGGCCAGAAAGGAGTTTGAAGAAGGTGGTGGATTGCCTGAACAACCAGAAA
[0737] ACCCAGATTTCAATGAGTTAACACCTTTATCTCCCGAGATTATCAACAGGCAA
[0738] GCCACCATTAATATTGGTAC CATTGGTCATGTCGCCCACGGGAAGTCTACTGT
[0739] TGTCAGGGCTATCTCTGGTGTCCAGACCGTTCGTTTCAAGGATGAATTAGAA
[0740] AGAAACATTACTATCAAGTTAGGTTACGCCAATGCCAAAATTTACAAATGTGA
[0741] TAACCCAGAGTGTCCAGAAC CAGATTGTTACAGATCATTCAAATCAGATAAG
[0742] GAAATAAGACCAAAATGTCAAAGAGCTGGCTGTGACGGTCGCTACAAATTGT
[0743] TAAGACATGTCTCTTTTGTTGATTGTCCAGGACATGATATTTTGATGAGTACTA
[0744] TGTTGTCAGGTGCTGCCGTGATGGATGCCGCCTTGTTGTTGATTGCCGGTAAT
[0745] GAAAGTTGTCCACAACCCCAGACTTCTGAGCATTTGGCTGCCATTGAAATTAT
[0746] GAAATTGAAACATGTTATTATTTTGCAAAATAAAGTTGATTTGATGAGAGAAG
[0747] AATCAGCCTTGGAACACGAAAAATCTATCATTCAGTTTATTAGAGGTACAATT
[0748] GCCGATAATGCTCCGATCGTGCCTATTTCTGCTCAATTGAAATACAACATTGAT
[0749] GCAGTGAATCAATTTATTGTTAACTACATACCTGTGCCAATGAGAGACTTTAC
[0750] TGCTTCACCAAGATTGATCGTTATCAGATCTTTCGATGTGAACAAGCCTGGTG
[0751] CAGATGTAGACGAATTGAAAGGAGGTGTTGCAGGTGGTTCTATTTTGACTGG
[0752] TGTTTTTAAGATTGGTGATGAGATCGAGATTAGACCTGGTATCGTCACCAAAG
[0753] ATGATCAAGGAAAGATTCAATGTAAACCTATATTCTCGAACGTGGTTTCCTTG
[0754] TTTGCTGAGCATAACGATTTGAAATTTGCTGTTCCTGGTGGTTTGATTGGTGT
[0755] TGGTACTAAAGTTGATCCTACGTTGTGTAGGGCTGATAGATTGGTTGGTCAAG
[0756] TTGTTGGTGCAAAAGGAAACTTGCCCTCTATTTACGCTGATATTGAGATAAAC
[0757] TATTTCCTATTAAGAAGATTGTTGGGTGTCAAAACTGAAGGTCAAAAGCAAG
[0758] GTGCTAAAGTTCGTAAGTTGGAACAATCTGAAGTGTTGATGGTAAATATTGGT
[0759] TCTACTGCAACTGGTGCTAGAGTGGTTGCTGTTAAAGCAGATATGGCTCGTTT
[0760] ACAATTGACTACACCAGCCTGTACAGAAATCAACGAAAAAATTGCGTTGTCT
[0761] AGACGTATTGAAAAGCATTGGCGTTTGATTGGTTGGGCCACTATCAAGAAAG
[0762] GTACAGCATTAGAACCAATTTCTTAA
[0763] SEQ ID NO 76:
[0764] >gi|50290356|ref|XM_447610.1|光滑念珠菌CBS138假定蛋白(CAGL0I08327g)部分mRNA
[0765] ATGTCTGATTTGCAAGATCAAGAGCCAACTATTATTATCAATGGTGATCTTCCA
[0766] CCAGTAGAAGAAGAGGAAGTCTATGAGCAGGAAGAGCAAGAGGAAGTTGTT
[0767] GAGGAGAAGCCAAAGAAGAAAGTTGCCTTTACCGGTCTAGAGGATGGTGAA
[0768] TCTGAGGAAGAGAAGAGAAAGAGAGAGTTTGAAGAAGGTGGTGGATTGCC
[0769] AGAGCAGCCAGAAAACCCAGACTTTACTAAGTTGAACCCACTTTCTGCTGAG
[0770] ATTATTAACAGACAAGCTACTATCAACATCGGTACTATTGGTCATGTCGCTCAC
[0771] GGTAAGTCTACTGTTGTCAGAGCCATCTCTGGTGTCCAAACCGTTCGTTTCAA
[0772] GGATGAGTTGGAACGTAACATTACTATCAAGCTGGGTTATGCCAATGCTAAGA
[0773] TATATAAGTGTCAAGAGCCTACATGTCCAGAAC CAGACTGTTACAGATCTTTC
[0774] AAGTCTGACAAAGAAATTAATCCAAAGTGTCAAAGACCAGGTTGCCCAGGC
[0775] CGTTACAAACTTGTTCGTCACGTCTCTTTCGTCGATTGTCCAGGTCACGATAT
[0776] TCTAATGAGTACTATGTTGTCCGGTGCCGCTGTCATGGACGCAGCCTTGTTAT
[0777] TGATCGCCGGTAATGAATCTTGTCCACAACCTCAAACTTCTGAACATTTGGCT
[0778] GC CATTGAAATCATGAAGTTAAAGCACGTTATTATTCTACAGAACAAGGTCGA
[0779] TTTAATGCGTGAAGAAAGCGCACTAGAACATGAAAAGTCTATCCTGAAATTTA
[0780] TCAGAGGTACTATTGCTGACGGTGCTCCAATTGTCCCAATTTCCGCTCAATTG
[0781] AAATACAACATCGATGCAGTCAATGAATTTATCGTGAAGACTATCCCTGTTCC
[0782] ACCAAGAGATTTCATGCTTTCTCCACGTTTGATTGTCATTCGTTCTTTCGATGT
[0783] TAACAAGCCAGGTGCTGAAATCGATGATTTGAAGGGTGGTGTTGCAGGTGGT
[0784] TCCATCTTGAACGGTGTGTTCAAGTTGGGTGATGAGATTGAAATTAGACCAG
[0785] GTATTGTCACTAAGGATGATAAGGGTAAGATCCAATGTAAGCCAATTTTCTCC
[0786] AACATTGTCTCTCTATTTGCTGAACAAAATGACTTGAAGTTTGCAGTCCCAGG
[0787] TGGTCTGATTGGTGTTGGTACAAAGGTCGATCCTACCTTATGTAGAGCTGATC
[0788] GTCTTGTCGGTCAAGTTGTCGGTGCCAAGGGTCACCTACCAAGCATTTACAC
[0789] AGATATTGAAATCAACTACTTCCTACTGCGTCGTCTATTAGGTGTTAAGACTG
[0790] AGAAACAAGCCAAGGTCAGAAAGCTGGTTGCCAACGAAGTTCTTATGGTTA
[0791] ACATTGGTTCTACTGCCACTGGTGCCCGTGTCGTTGCTGTCAAGGCTGATATG
[0792] GCTAGATTGCAACTAACATCCCCAGCATGTACAGAAATCAATGAAAAGATTG
[0793] CTCTCTCTAGACGTATTGACAAGCACTGGCGTTTAATTGGTTGGGCTACAATC
[0794] AAGAAAGGTACCACTTTGGAACCAGTTGTCTAA
[0795] SEQ ID NO.77:
[0796] >XM_746974.2_公开的烟曲霉eIF2γ序列:烟曲霉Af293翻译起始因子EF-2γ亚单元(AFUA_4G07580),部分mRNA
[0797] ATGGCTACCAACGGCGATTTTACCGACGATGAATCGCAGCCTGGCTCTCCCA
[0798] TGTTGGATGCGGCGAACGGCCAGGATGATATTGAAGAACAGGAACGTCTTG
[0799] ACGTGGAAGAGAAGCCCCTTAAGTCTGCGATGAAGAAAGGTGCAGCGCCCC
[0800] CTGCTCCTCAGCCGAAGCGTCCAGAACTCCCCGAGCAGCCCGACCCAGAGA
[0801] CTCTCGATTTGTCGACGCTCACACCTCTGTCGCCCGAAATTATTGCGCGCCA
[0802] GGCCACAATCAACATCGGTACTATCGGACACGTCGCACACGGCAAGTCGAC
[0803] TGTTGTGAAGGCTATCTCGGAGGTGCAGACTGTCCGGTTCAAAAATGAGTT
[0804] GGAGCGTAACATTACCATCAAGCTTGGTTATGCCAACGCGAAGATCTACAA
[0805] GTGCGACAACCCTGGGTGCCCGCGCCCGACGTGCTTCAAGAGTTACAAGAG
[0806] TGAGAAGGAGATCGACCCTCCATGTGAGAGAGAAGGATGCACAGGTCGTTA
[0807] CAGATTGTTGAGACATGTCTCGTTCGTTGACTGCCCTGGGCACGATATTCTC
[0808] ATGAGTACCATGTTGTCAGGTGCCGCCGTCATGGACGCCGCCCTTTTGCTGA
[0809] TTGCCGGAAACGAAGCTTGCCCCCAGCCTCAGACTTCGGAGCACTTAGCAG
[0810] CTATTGAAATCATGAAGCTCAGCCATATCATCATTCTGCAGAACAAGGTTGA
[0811] TCTGATGAGGGAAGACGGTGCTCTGCAACATTACCAATCAATCCTGAAGTT
[0812] CATTCGTGGTACTGTTGCCGATGGCTCTCCTATCATTCCCATCTCTGCTCAGC
[0813] TCAAGTACAACATCGACGCTGTCAACGAATACCTTGTCTCGCACATCCCAGT
[0814] TCCCGTCCGTGACTTCACTGCTTCGCCTCACATGATTGTCATTCGTTCCTTCG
[0815] ACGTCAACAAACCCGGTGCGGAGATCGATGAGTTGAAGGGTGGTGTTGCAG
[0816] GTGGCTCTATCCTCACTGGTGTGCTGAAGCTGAACGACGAGATTGAAATTCG
[0817] CCCCGGTCTCGTTACCAAGGATGAGAACGGAAAGATTCAGTGCCGCCCCAT
[0818] CTTCTCCCGTGTCGTCTCGCTCTTCGCTGAGCACAACGATCTGAAGTTCGCT
[0819] GTCCCTGGTGGTCTAATCGGTGTCGGAACCCGTGTCGACCCTACCCTGTGCC
[0820] GTGCCGATCGTCTTGTTGGTTTCGTCCTGGGTCACCGTGGCCGTTTGCCAGC
[0821] CATCTACACTGAACTGGAGGTCAACTACTTCCTCCTGCGTCGTCTGCTCGGT
[0822] GTCAAGACCGCCGACGGCAAGCAGGCCAAGGTCGCCAAGCTCACCAAGAA
[0823] CGAAGTCCTCATGGTTAACATCGGCTCTACGGCTACTGGTGCTAAGGTTATG
[0824] GGTGTGAAGGCTGATGCTGCCAAGCTCAGCTTGACCAGCCCGGCTTGTACA
[0825] GAGATTGGAGAGAAGATTGCTATCAGCCGGAGAATTGACAAGCATTGGCGT
[0826] CTGATCGGCTGGGCCAACATTGTCGCTGGCAACACTCTTGAGCCCATTCTGA
[0827] ACTAG
[0828] SEQ ID NO.78:
[0829] >XM_001267265.1_公开的费希新萨托菌eIF2γ序列:费希新萨托菌NRRL181翻译起始因子EF-2γ亚单元,推定的(NFIA_108620)部分mRNA
[0830] ATGGCTACCAACGGCGATTTTACCGACGATGAATCGCAGCCTGGCTCTCCCA
[0831] TGCTGGATGCGGCGAACGGCCAGGATGACATTGAAGAACAGGAGCCTCTTG
[0832] ACGTGGAAGAGAAGCCCCTCAAGTCTGCAATGAAGAAAGGTTCAGCGCCCC
[0833] CTGCTCCTCAGCCGAAGCGTCCAGAACTCCCCGAGCAGCCCGACCCAGAGA
[0834] CTCTCGAATTGTCGACACTCACGCCTCTGTCGCCCGAGATTATTGCGCGCCA
[0835] GGCCACAATCAACATCGGTACTATCGGACACGTCGCTCACGGCAAGTCGAC
[0836] TGTGGTGAAGGCTATTTCGGAGGTGCAGACTGTCCGGTTCAAAAATGAGTT
[0837] GGAGCGTAATATTACCATCAAGCTTGGTTATGCCAACGCGAAGATCTACAA
[0838] GTGCGACAACCCTGAGTGCCCGCGCCCGACGTGCTTCAAGAGTTACAAGAG
[0839] TGAGAAGGAGATCGACCCTCCATGTGAGAGAGAAGGATGCACAGGTCGTTA
[0840] CAGATTGTTGAGACATGTCTCGTTCGTTGACTGCCCTGGGCACGATATTCTC
[0841] ATGAGTACCATGTTGTCAGGTGCCGCCGTCATGGACGCCGCCCTTTTGCTGA
[0842] TTGCCGGAAACGAAGCTTGCCCCCAGCCTCAGACTTCGGAGCACTTGGCAG
[0843] CTATTGAAATCATGAAGCTCAGCCACATCATCATTCTGCAGAACAAGGTTG
[0844] ATCTGATGAGGGAAGACGGTGCTCTTCAACATTACCAATCAATCCTGAAGTT
[0845] CATTCGTGGTACTGTTGCCGATGGTTCTCCTATCATTCCCATCTCTGCTCAGC
[0846] TCAAGTACAACATCGACGCTGTCAACGAATACCTTGTCTCGCACATCCCAGT
[0847] TCCCGTCCGTGACTTCACTGCTTCGCCTCACATGATTGTCATCCGTTCCTTCG
[0848] ACGTCAACAAGCCCGGTGCGGAGATCGATGAGTTGAAGGGTGGTGTTGCAG
[0849] GTGGCTCTATCCTCACTGGTGTGCTGAAGCTGAACGACGAGATTGAGATTCG
[0850] CCCCGGTCTCGTTACCAAGGATGAGAACGGAAAGATTCAGTGCCGCCCCAT
[0851] CTTCTCCCGTGTCGTTTCGCTCTTCGCTGAGCACAACGATCTGAAGTTCGCT
[0852] GTCCCTGGTGGTCTGATCGGTGTCGGAACCCGTGTCGACCCTACCCTGTGCC
[0853] GTGCCGATCGTCTCGTTGGTTTCGTCCTGGGTCACCGTGGCCGTTTGCCGGC
[0854] CATCTACACTGAACTGGAGGTCAACTACTTCCTCCTGCGTCGTCTGCTCGGT
[0855] GTCAAGACCGCCGACGGCAAGCAGGCCAAGGTCGCCAAGCTCACCAAGAA
[0856] CGAGGTCCTCATGGTTAACATCGGCTCTACGGCTACTGGTGCTAAGGTTATG
[0857] GGTGTGAAGGCTGATGCTGCCAAGCTCAGCTTGACCAGCCCGGCTTGTACA
[0858] GAGATTGGAGAGAAGATTGCTATCAGCCGGAGAATTGACAAGCATTGGCGT
[0859] CTGATCGGCTGGGCCAATATTGTCGCTGGCAACACTCTTGAGCCCATTCTGA
[0860] ACTAG
[0861] SEQ ID NO.79:
[0862] >XM_001271648.1_公开的棒曲霉eIF2γ序列:棒曲霉NRRL 1翻译起始因子EF-2γ亚单元,推定的(ACLA_046890),部分mRNA
[0863] ATGGGTCATTATGAAATTGAAGAACAAGAGCCTCTTGATGTCGAGGAGAAG
[0864] GCCCTCAAGTCTTCGATGAAGAAGGGCTCCATGCCCCCAGTTCCTCAACCGA
[0865] AGCGCCCAGAACTGCCCGAGCAGCCTGACCCAGAGACCATCGATCTGTCGA
[0866] AACTGACGCCTCTGTCCCCCGAAATTATCGCGCGCCAGGCCACGATCAACA
[0867] TTGGTACCATCGGACACGTCGCTCACGGCAAGTCGACCGTGGTGAAGGCTA
[0868] TCTCGGAGGTGCAGACGGTCCGTTTCAAGAACGAGTTGGAGCGGAATATTA
[0869] CCATCAAGCTGGGTTATGCCAACGCCAAGATCTACAAGTGCGACAGCCCTG
[0870] AGTGCCCTCGGCCGACATGCTACAAGAGTTACAAGAGTGAGAAGGAGGTCG
[0871] ACCCTCCTTGCGAAAGAGAAGGATGCACAGGTCACTACAGACTGCTGAGAC
[0872] ACGTTTCTTTCGTTGACTGCCCCGGTCACGACATTCTCATGAGCACTATGTT
[0873] GTCAGGCGCCGCCGTCATGGACGCCGCCCTTCTTTTGATTGCCGGAAACGAA
[0874] GCCTGCCCTCAGCCCCAGACCTCGGAGCACTTGGCAGCCATTGAGATCATG
[0875] AAGCTCAGCCACATTATCATCCTGCAGAACAAGGTCGATCTGATGAGAGAG
[0876] GATGGAGCTTTGCAACATTACCAGTCGATTCTGAAGTTCATCCGTGGTACTG
[0877] TCGCTGATGGCTCGCCCATCATTCCTATCTCTGCGCAGCTCAAGTACAACAT
[0878] TGATGCTGTTAACGAATACCTTGTTTCGCACATCCCCGTCCCCGTCCGTGAC
[0879] TTCACTGCTTCCCCTCACATGATCGTCATCCGTTCCTTCGACGTCAACAAGC
[0880] CCGGTGCGGAGATTGATGAGCTGAAGGGTGGTGTTGCCGGTGGCTCTATCC
[0881] TGACTGGTGTGCTCAAGTTGAATGATGAGATCGAGATCCGCCCTGGTCTCGT
[0882] TACCAAGGACGAGAACGGCAAGATTCAGTGCCGTCCCATCTTCTCGCGTGTT
[0883] GTCTCGCTCTTTGCCGAGCACAACGACCTGAAGTTTGCTGTTCCTGGTGGTC
[0884] TGATCGGTGTCGGCACCCGTGTCGACCCTACTCTGTGCCGTGCTGATCGTCT
[0885] CGTTGGTTTCGTCCTGGGTCACCGTGGTCGCCTGCCCGCTATTTACACTGAA
[0886] CTGGAGGTCAACTACTTCTTGCTGCGTCGTCTGCTCGGTGTCAAGACCGCCG
[0887] ATGGCAAGCAGGCTAAGGTTGCCAAGCTGACCAAGAACGAGGTTCTCATGG
[0888] TCAACATCGGATCGACAGCCACTGGTGCCAAGGTTATGGGTGTGAAGGCCG
[0889] ACGCTGCCAAGCTCAGCTTGACCAGCCCTGCCTGCACAGAAATTGGCGAGA
[0890] AGATTGCCATCAGCCGAAGAATCGACAAGCATTGGCGTCTGATCGGTTGGG
[0891] CCAACATTGTCGCTGGTAACACTCTTGAGCCTATTCTGAACTAG
[0892] SEQ ID NO.80:
[0893] >XM_001214623.1_公开的eIF2γ序列,土曲霉
[0894] ATGGCTACCAACGGCGATTTCACCGACGATGAATCCCAGCCCGGTTCCCCC
[0895] GTCATGGAGCCCAACGGCCAGTACGACATTGAAGAACAGGAGCCTCTCGAC
[0896] CAGCCCCTGAAGTCGGCGATGAAGAAGGACTCTGCTCTTTCCCCCCAGCCG
[0897] AAGCGCCCAGAGCTTCCTGAACAACCCAACCCAGACACCCTCGATCTGTCG
[0898] ACGCTTACCCCTCTGTCGCCCGAAATTATTGCGCGCCAGGCCACCATCAACA
[0899] TCGGTACCATTGGTCACGTCGCTCACGGAAAGTCGACGGTTGTCAAGGCCA
[0900] TCTCAGAGGTCCAGACCGTTCGATTCAAGAACGAGTTGGAACGGAATATTA
[0901] CGATTAAGCTGGGTTATGCCAACGCCAAGATCTACAAGTGCGACAACCCCG
[0902] AGTGCCCTCGGCCGACTTGTTACAAGAGTTTCAAGAGTGAGAAGGAGGTCG
[0903] ACCCGCCATGTGAGAGAGATGGCTGCACAGGTCGTTACCGTCTACTGAGAC
[0904] ACGTCTCCTTTGTCGACTGCCCCGGTCACGATATTCTCATGAGTACCTGTTGT
[0905] CTGGTGCCGCCGTCATGGACGCTGCCCTTCTCCTGATTGCCGGAAACGAAAC
[0906] CTGCCCCCAGCCTCAGACCTCGGAGCACTTGGCTGCTATTGAGATCATGAAG
[0907] CTGAGTCATATCATTATCCTGCAGAACAAGGTCGATCTGATGCGCGAGGAC
[0908] GGTGCCCTGCAGCACTACCAGTCGATCCTGAAGTTCATCCGTGGTACTGTGG
[0909] CAGACGGCTCTCCCATTATCCCCATCTCCGCCCAGCTGAAGTACAACATCGA
[0910] TGCGGTCAACGAGTACCTCGTGTCGCACATCCCCGTCCCCGTCCGTGACTTT
[0911] ACCGCCTCTCCTCACATGATTGTCATTCGCTCCTTCGACGTCAACAAGCCCG
[0912] GTGCCGAGATTGATGATCTGAAGGGTGGTGTCGCTGGTGGTTCCATCCTGAC
[0913] AGGTGTGCTGAAGCTGAACGACGAGATCGAAATCCGTCCCGGTCTGGTCAC
[0914] GAAGGACGAGAACGGCAAGATCCAGTGCCGTCCCATCTTCTCTCGCGTGGT
[0915] CTCCCTATTCGCCGAGCACAACGACCTCAAGTTCGCGTGCCCGGCGGTCTTA
[0916] TCGGTGTTGGTACTCGCGTTGACCCTACCCTCTGCCGTGCGGATCGTCTTGTT
[0917] GGTTTCGTCCTGGGTCACCGTGGTCGCCTGCCTGCTATCTACACTGAGCTGG
[0918] AGGTTAACTACTTCTTGCTGCGTCGTCTGCTCGGTGTGAAGACCGCCGACGG
[0919] AAAGCAGGCTAAGGTCGCCAAGCTGGCCAAGAACGAAGTTCTGATGGTGAA
[0920] CATTGGATCTACGGCCACCGGTGCCAAGGTGATGGGTGTGAAGGCTGATGC
[0921] TGCCAAGCTCAGCTTGACCAGCCCTGCCTGTACCGAGATCGGAGAGAAGAT
[0922] CGCCATCAGTCGGAGAATTGAGAAGCACTGGCGTCTGATCGGTTGGGCCAA
[0923] CATTGTTGCCGGTAACACCCTGGAGCCCATCCTGAACTAA
[0924] SEQ ID NO.81:
[0925] >gi|169773704|ref|XM_001821269.1|米曲霉(Aspergillus oryzae))RIB40假定蛋白部分mRNA
[0926] ATGGCTGCCAACGGCGATTTTTCCGATGATGAATCCCAGCCGGGATCCCCCAT
[0927] GCTGAATGCGAACGGCCATGATGATATTGAAGAACAAGAGCCCCTCGACCAA
[0928] GAGGAGAAGCCTCTCAAGTCTGCGATGAAGAGTGTACCCCCTGTTTCTCAGC
[0929] CCAAGCGGCCAGAGTTGCCCGAACAGCCAGACCCCGCTACCCTTGACCTGT
[0930] CGACCCTGACCCCTCTGTCGCCCGAAATCATTGCGCGCCAGGCCACTATTAA
[0931] CATTGGTACCATCGGACACGTCGCTCACGGAAAGTCAACAGTGGTCAAGGCT
[0932] ATCTCAGAGGTTCAGACTGTCCGTTTCAAAAACGAGTTGGAGCGAAACATTA
[0933] CAATCAAGCTGGGCTACGCCAACGCCAAGATCTACAAGTGCGACAACCCCG
[0934] AGTGTCCTCGCCCAACATGCTTCAAGAGTTTCAAGAGTGAGAAGGAGATCG
[0935] ACCCTCCATGTGAGAGAGATGGGTGCACAGGACGTTATAGGCTGTTGAGACA
[0936] TGTCTCCTTCGTTGACTGCCCCGGTCACGATATTCTGATGAGTACCATGTTGT
[0937] CAGGTGCCGCCGTCATGGACGCAGCTCTTCTTCTGATTGCCGGAAACGAAAC
[0938] TTGCCCTCAGCCTCAAACCTCGGAACATTTGGCAGCTATCGAGATTATGAAGC
[0939] TTAGCCATATTATCATCTTGCAAAATAAGGTTGATCTGATGAGGGAAGAAGGA
[0940] GCTTTTCAGCATTACCAATCGATTCTGAAGTTCATCCGTGGTACTGTTGCTGAT
[0941] GGCTCTCCTATTATCCCCATCTCCGCTCAGCTGAAGTACAACATTGATGCTGTC
[0942] AACGAATACCTTGTTTCCCACATCCCTGTCCCTGTCCGTGATTTCACCGCTTC
[0943] GCCACACATGATCGTCATCCGTTCATTCGATGTGAACAAGCCTGGTGCCGAG
[0944] ATTGATGAGCTGAAGGGCGGTGTTGCTGGTGGTTCCATTCTGACTGGTGTGC
[0945] TTAAGCTTAACGACGAGGTGGAAATCCGTCCCGGTCTCGTAACCAAGGACGA
[0946] GAACGGCAAGATTCAGTGCCGGCCCATCTTCTCGCGGGTTGTTTCTCTCTTCG
[0947] CTGAGCACAACGACCTGAAATTTGCTGTTCCTGGTGGTCTTATTGGTGTCGGT
[0948] ACCCGTGTGGACCCTACTCTGTGCCGTGCCGATCGTCTTGTCGGTTTCGTCCT
[0949] GGGCCATCGCGGACGTCTGCCCGCCATTTACACCGAACTGGAGGTCAACTAT
[0950] TTCTTGCTGCGCCGGTTGTTGGGTGTGAAGACCGCCGACGGCAAGCAGGCC
[0951] AAGGTTGCTAAGCTGAGCAAGAACGAGGTTCTGATGGTCAACATCGGTTCTA
[0952] CGGCCACCGGTGCTAAGGTCATGGGCGTCAAGGCCGATGCTGCAAAGCTGA
[0953] GCTTGACCAGCCCTGCTTGTACCGAAATTGGCGAGAAGATTGCCATTTCTCG
[0954] CAGAATCGACAAGCACTGGCGTCTGATTGGGTGGGCTAACATTGTTGCCGGT
[0955] AACACCCTCGAACCCATCCTGAACTAA
[0956] SEQ ID NO.82:
[0957] >XM_001401525.1_公开的黑曲霉eIF2γ序列
[0958] ATGGCTGACGATGACATCGAAGAGCAAGAGCCCCTCGACCAGGAGGCCAA
[0959] GCCTCTGAAGTCTGCGATGAAGAAGGAAGTTCCTCCTCCCCAGCCCAAGCG
[0960] GCCAGAGCTGCCCGAGCAGCCGAATCCGGAGACTCTGGACCTGTCCACCCT
[0961] GACTCCTTTGACCCCCGAAATTATTGCGCGCCAAGCCACAATCAACATTGGC
[0962] ACCATCGGTCACGTCGCTCACGGCAAGTCGACGGTCGTTAAGGCTATCTCCG
[0963] AGGTCCAGACTGTCCGTTTCAAGAACGAGTTGGAGCGAAACATTACGATCA
[0964] AGCTGGGTTATGCCAACGCAAAGATCTACAAGTGCGACAACCCCGAGTGCC
[0965] CTAGGCCGACATGCTTTAAGAGCTTTAAGAGTGAGAAGGAAGTCGACCCGC
[0966] CTTGTGAGAGGGATGGCTGCGGTGGCCGCTACAGACTGTTGAGACATGTGT
[0967] CTTTCGTCGACTGCCCCGGTCACGATATTCTGATGAGTACTATGTTGTCTGG
[0968] TGCCGCCGTCATGGACGCTGCCCTCCTCCTTATTGCCGGAAACGAAACTTGC
[0969] CCTCAACCTCAGACTTCGGAGCACTTGGCTGCCATCGAAATCATGAAGCTCA
[0970] GCCACATCATCATTTTGCAAAACAAGGTGGACTTGATGAGAGAGGATGGTG
[0971] CCCTGCAACATTACCAGTCGATCTTGAAGTTCATCCGTGGTACTGTCGCCGA
[0972] TGGCTCTCCGATCATTCCCATTTCTGCACAGCTCAAGTACAACATCGATGCT
[0973] GTCAACGAATACCTGGTTTCGCACATTCCCGTCCCCGTCCGCGATTTCACCG
[0974] CTTCCCCCCACATGATCGTCATTCGTTCCTTCGATGTGAACAAGCCTGGTGC
[0975] CGAAATTGAGGAGCTGAAGGGTGGTGTTGCCGGTGGTTCGATCTTGACTGG
[0976] TGTTCTGAAGCAGAACGACGAGATTGAGATTCGTCCCGGTCTGGTCACCAA
[0977] GGACGAGAACGGCAAGATTCAGTGCCGTCCCATCTTCTCTCGGGTCATGTCC
[0978] CTCTTTGCCGAGCACAACGACCTCAAGTTTGCCGTCCCTGGTGGTTTGATTG
[0979] GTGTCGGTACTCGTGTAGACCCTACTCTGTGCCGTGCTGATCGTCTCGTTGG
[0980] TTTCGTCCTGGGTCACCGCGGACGCCTTCCCGCTATCTACACTGAGTTGGAA
[0981] GTCAACTACTTCTTGCTTCGTCGTCTGCTCGGTGTCAAGACTGCCGATGGCA
[0982] AGCAGGCCAAGGTTGCCAAGCTTACTAAGAACGAGGTTCTCATGGTCAACA
[0983] TCGGTTCTACGGCTACCGGAGCTAAGGTCGTGGGTGTCAAGGCTGATGCTG
[0984] CCAAGCTCAGCTTGACCAGCCCTGCCTGTACCGAGGTCGGAGAGAAGATTG
[0985] CCATCAGTCGGAGAATTGAGAAGCACTGGCGTCTGATCGGTTGGGCCAACA
[0986] TTGTCGCTGGTAACACCCTTGAGCCCATCCTGAACTAA
[0987] SEQ ID NO.83:
[0988] >XM_656982.1_公开的构巢曲霉eIF2γ序列
[0989] ATGGCTACCAACGGCGATTTTTCAGACGAGGAGTCCCAGCCCGGGTCTCCC
[0990] ATTCTTAACGCCAATGGCCAGGATGATATCCAAGACCAAGAGCCCCTCGAG
[0991] CAGGAGGAGAAGCCCATCAAGTCAGCGATGAAGAAGGACTTCATACCTGTT
[0992] TCTCAGCCGAAACGACCGGAACTACCGGAGCAACCCAACCCAGAAACGCTC
[0993] GACCTGTCTACACTAACTCCTCTGTCACCTGAGATTATCGCCCGCCAGGCTA
[0994] CGATTAACATCGGTACCATTGGCCACGTCGCTCACGGTAAGTCAACGGTGG
[0995] TGAAGGCTATTTCAGAGGTTCAAACTGTCCGATTTAAGAACGAGTTGGAGC
[0996] GAAACATTACCATCAAGCTGGGTTATGCCAACGCGAAAATCTACAAGTGCG
[0997] ACAACCCCGCTTGCCCTCGGCCGACATGCTACAAGAGCTATAAGAGTGAGA
[0998] AGGAAATTGATCCGCCCTGTGAGAGAGATGGATGCTCTGGCCGCTACCGTC
[0999] TCTTAAGACACGTTTCCTTCGTCGACTGCCCTGGTCACGACATTCTTATGAG
[1000] TACCATGTTGTCAGGTGCCGCTGTCATGGATGCTGCTCTTTTGCTTATCGCTG
[1001] GAAACGAAACCTGTCCTCAGCCCCAGACTTCGGAGCATTTGGCTGCTATTGA
[1002] AATCATGAAGCTTAGCCACATCATTATCCTTCAAAACAAGGTCGATTTGATG
[1003] AGGGAAGATGGAGCGTTGCAGCATTACCAGTCGATCTTGAAATTTATCCGT
[1004] GGTACCGTTGCCGACGGCTCTCCCATCATTCCCATCTCCGCTCAGCTCAAGT
[1005] ACAACATCGATGCCGTCAACGAGTATCTGGTTTCGCACATCCCCGTGCCAGT
[1006] CCGCGATTTCACGGCATCTCCTCACATGATTGTTATCCGGTCTTTCGACGTG
[1007] AACAAGCCTGGTGCAGAGATTGATGAGCTAAAGGGTGGTGTGGCTGGTGGT
[1008] TCCATTTTGACTGGTGTCCTCAAGTTGAACGATGAAATCGAAATTCGACCAG
[1009] GTCTCGTCACTAAGGACGAGAACGGCAAGATCCAGTGTCGCCCTATCTTCTC
[1010] GCGGGTTGTGTCTTTGTTTGCCGAACACAACGACCTGAAATTCGCTGTCCCC
[1011] GGTGGATTGATCGGTGTTGGTACTCGTGTTGACCCTACTCTTTGCCGTGCCG
[1012] ATCGCCTGGTTGGTTTCGTCCTCGGTCACCGTGGGCGCCTTCCCGCTATCTA
[1013] CACAGAGCTAGAGGTCAATTACTTTTTGCTGCGCCGACTTTTGGGTGTCAAG
[1014] ACTGCCGACGGCAAGCAGGCCAAGGTCGCCAAGCTGGCTAAGAACGAGGTT
[1015] CTCATGGTTAATATCGGCTCTACAGCTACCGGTGCGAAGGTGGTCGGTGTCA
[1016] AGGCTGATGCTGCTAAGCTGAGCTTGACTAGCCCAGCCTGTACTGAGGTTG
[1017] GCGAGAAGATTGCCATTAGTCGAAGAATTGAGAAGCACTGGCGTTTGATTG
[1018] GTTGGGCCAACATTGTTGCTGGTAACACCCTCGAGCCCATTGTCAACTAA
[1019] SEQ ID NO:84:
[1020] ALEF2
[1021] ATAATGCTCCGATCGTGCCTA
[1022] SEQ ID NO:85:
[1023] GlabA
[1024] CAAGAGATTTCATGCTTTCTCCAC
[1025] SEQ ID NO:86:
[1026] ParA
[1027] CGTAAACTCAATACCAGTTCCAGTC
[1028] SEQ ID NO:87:
[1029] TropicA
[1030] TGTCAATTATATCCCAGTTCCATTGA
[1031] SEQ ID NO:88:
[1032] KrusA
[1033] CATGTGTATGGTCAAGTCTATTCCT
[1034] SEQ ID NO:89:
[1035] CEF3F
[1036] TCAGCCTTGGAACAC
[1037] SEQ ID NO:90:
[1038] CEFR1
[1039] TTGGCACAGGTATGTAG
[1040] SEQ ID NO:91:
[1041] GlabF1
[1042] TCgTgAAgACTATCCCTgT
[1043] SEQ ID NO:92:
[1044] GlabR1
[1045] ATCGATTTCAGCACCTGG
[1046] SEQ ID NO:93:
[1047] ParaF1
[1048] TATCgACgCCgTCAATC
[1049] SEQ ID NO:94:
[1050] ParaR1
[1051] ATCAACgTCAgCACCAg
[1052] SEQ ID NO:95:
[1053] TropicF 1
[1054] ACATCGATGCCGTTAACC
[1055] SEQ ID NO:96:
[1056] TropicR 1
[1057] CAAGTCTTCGACATCGGA
[1058] SEQ ID NO:97:
[1059] KrusF1
[1060] CCCAATTTCTGCTCAGTTG
[1061] SEQ ID NO:98:
[1062] KrusR1
[1063] CACCAGGCTTATTAACATCG
[1064] SEQ ID NO:99:
[1065] 白色念珠菌(XM_715569.1)eIF2γ中的感兴趣扩增区域标有下划线。(感兴趣区域的位置:790-934)
[1066] ATGTCATACGACGATATAGAAAATGCCACTCCTGATATTGTTATTGGGAGTACT
[1067] ATAGAGGAACCTGAAGAAGATTACCAAGTGGAAAGTGACAATGAGTTACAA
[1068] GCCGCAGACCATGAGTCATCGCAAATAAATGAAGAATCAGCCAAAGGCAAA
[1069] AAGTCAGTTGCATTTACTGGATTGGATGAAGACGAGGAAAATGCAGAGGAAT
[1070] TGGCCAGAAAGGAGTTTGAAGAAGGTGGTGGATTGCCTGAACAACCAGAAA
[1071] ACCCAGATTTCAATGAGTTAACACCTTTATCTCCCGAGATTATCAACAGGCAA
[1072] GCCACCATTAATATTGGTACCATTGGTCATGTCGCCCACGGGAAGTCTACTGT
[1073] TGTCAGGGCTATCTCTGGTGTCCAGACCGTTCGTTTCAAGGATGAATTAGAA
[1074] AGAAACATTACTATCAAGTTAGGTTACGCCAATGCCAAAATTTACAAATGTGA
[1075] TAACCCAGAGTGTCCAGAACCAGATTGTTACAGATCATTCAAATCAGATAAG
[1076] GAAATAAGACCAAAATGTCAAAGAGCTGGCTGTGACGGTCGCTACAAATTGT
[1077] TAAGACATGTCTCTTTTGTTGATTGTCCAGGACATGATATTTTGATGAGTACTA
[1078] TGTTGTCAGGTGCTGCCGTGATGGATGCCGCCTTGTTGTTGATTGCCGGTAAT
[1079] GAAAGTTGTCCACAACCCCAGACTTCTGAGCATTTGGCTGCCATTGAAATTAT
[1080] GAAATTGAAACATGTTATTATTTTGCAAAATAAAGTTGATTTGATGAGAGAAG
[1081] AATCAGCCTTGGAACACGAAAAATCTATCATTCAGTTTATTAGAGGTACAATT
[1082] GCCGATAATGCTCCGATCGTGCCTATTTCTGCTCAATTGAAATACAACATTG
[1083] ATGCAGTGAATCAATTTATTGTTAACTACATACCTGTGCCAATGAGAGACTTT
[1084] ACTGCTTCACCAAGATTGATCGTTATCAGATCTTTCGATGTGAACAAGCCTGG
[1085] TGCAGATGTAGACGAATTGAAAGGAGGTGTTGCAGGTGGTTCTATTTTGACT
[1086] GGTGTTTTTAAGATTGGTGATGAGATCGAGATTAGACCTGGTATCGTCACCAA
[1087] AGATGATCAAGGAAAGATTCAATGTAAACCTATATTCTCGAACGTGGTTTCCT
[1088] TGTTTGCTGAGCATAACGATTTGAAATTTGCTGTTCCTGGTGGTTTGATTGGT
[1089] GTTGGTACTAAAGTTGATCCTACGTTGTGTAGGGCTGATAGATTGGTTGGTCA
[1090] AGTTGTTGGTGCAAAAGGAAACTTGCCCTCTATTTACGCTGATATTGAGATAA
[1091] ACTATTTCCTATTAAGAAGATTGTTGGGTGTCAAAACTGAAGGTCAAAAGCA
[1092] AGGTGCTAAAGTTCGTAAGTTGGAACAATCTGAAGTGTTGATGGTAAATATTG
[1093] GTTCTACTGCAACTGGTGCTAGAGTGGTTGCTGTTAAAGCAGATATGGCTCGT
[1094] TTACAATTGACTACACCAGCCTGTACAGAAATCAACGAAAAAATTGCGTTGT
[1095] CTAGACGTATTGAAAAGCATTGGCGTTTGATTGGTTGGGCCACTATCAAGAA
[1096] AGGTACAGCATTAGAACCAATTTCTTAA
[1097] SEQ ID NO:100:
[1098] 光滑念珠菌(XM_447610.1)eIF2γ中的感兴趣扩增区域标有下划线。(感兴趣区域的位置:872-972)
[1099] ATGTCTGATTTGCAAGATCAAGAGCCAACTATTATTATCAATGGTGATCTTCCA
[1100] CCAGTAGAAGAAGAGGAAGTCTATGAGCAGGAAGAGCAAGAGGAAGTTGTT
[1101] GAGGAGAAGCCAAAGAAGAAAGTTGCCTTTACCGGTCTAGAGGATGGTGAA
[1102] TCTGAGGAAGAGAAGAGAAAGAGAGAGTTTGAAGAAGGTGGTGGATTGCC
[1103] AGAGCAGCCAGAAAACCCAGACTTTACTAAGTTGAACCCACTTTCTGCTGAG
[1104] ATTATTAACAGACAAGCTACTATCAACATCGGTACTATTGGTCATGTCGCTCAC
[1105] GGTAAGTCTACTGTTGTCAGAGCCATCTCTGGTGTCCAAACCGTTCGTTTCAA
[1106] GGATGAGTTGGAACGTAACATTACTATCAAGCTGGGTTATGCCAATGCTAAGA
[1107] TATATAAGTGTCAAGAGCCTACATGTCCAGAACCAGACTGTTACAGATCTTTC
[1108] AAGTCTGACAAAGAAATTAATCCAAAGTGTCAAAGACCAGGTTGCCCAGGC
[1109] CGTTACAAACTTGTTCGTCACGTCTCTTTCGTCGATTGTCCAGGTCACGATAT
[1110] TCTAATGAGTACTATGTTGTCCGGTGCCGCTGTCATGGACGCAGCCTTGTTAT
[1111] TGATCGCCGGTAATGAATCTTGTCCACAACCTCAAACTTCTGAACATTTGGCT
[1112] GCCATTGAAATCATGAAGTTAAAGCACGTTATTATTCTACAGAACAAGGTCGA
[1113] TTTAATGCGTGAAGAAAGCGCACTAGAACATGAAAAGTCTATCCTGAAATTTA
[1114] TCAGAGGTACTATTGCTGACGGTGCTCCAATTGTCCCAATTTCCGCTCAATTG
[1115] AAATACAACATCGATGCAGTCAATGAATTTATCGTGAAGACTATCCCTGTTCC
[1116] ACCAAGAGATTTCATGCTTTCTCCACGTTTGATTGTCATTCGTTCTTTCGAT
[1117] GTTAACAAGCCAGGTGCTGAAATCGATGATTTGAAGGGTGGTGTTGCAGGTG
[1118] GTTCCATCTTGAACGGTGTGTTCAAGTTGGGTGATGAGATTGAAATTAGACC
[1119] AGGTATTGTCACTAAGGATGATAAGGGTAAGATCCAATGTAAGCCAATTTTCT
[1120] CCAACATTGTCTCTCTATTTGCTGAACAAAATGACTTGAAGTTTGCAGTCCCA
[1121] GGTGGTCTGATTGGTGTTGGTACAAAGGTCGATCCTACCTTATGTAGAGCTGA
[1122] TCGTCTTGTCGGTCAAGTTGTCGGTGCCAAGGGTCACCTACCAAGCATTTAC
[1123] ACAGATATTGAAATCAACTACTTCCTACTGCGTCGTCTATTAGGTGTTAAGAC
[1124] TGAGAAACAAGCCAAGGTCAGAAAGCTGGTTGCCAACGAAGTTCTTATGGT
[1125] TAACATTGGTTCTACTGCCACTGGTGCCCGTGTCGTTGCTGTCAAGGCTGATA
[1126] TGGCTAGATTGCAACTAACATCCCCAGCATGTACAGAAATCAATGAAAAGATT
[1127] GCTCTCTCTAGACGTATTGACAAGCACTGGCGTTTAATTGGTTGGGCTACAAT
[1128] CAAGAAAGGTACCACTTTGGAACCAGTTGTCTAA
[1129] SEQ ID NO:101:
[1130] 感兴趣扩增区域标有下划线。(151-274).
[1131] >P-604\(EF)\(CaneIF2-F)eIF2γ序列,针对近平滑念珠菌产生
[1132] GTTGAAGCACGTTATTATTTTGCAAAACAAAGTTGATTTAATGAGAAAGGAG
[1133] TCAGCTTTGGAACATGAAAAGTCCATCATTCAGTTCATCAGAGGTACTATAGC
[1134] TGATGGTGCCCCAATTGTTCCAATTTCAGCACAATTGAAGTATAATATCGACG
[1135] CCGTCAATCAATTCATCGTAAACTCAATACCAGTTCCAGTCAGGGACTTTA
[1136] CTGCATCCCCTAGGTTAATTGTTATTAGGTCTTTTGATGTGAACAAACCTGGT
[1137] GCTGACGTTGATGATTTGAAAGGAGGTGTTGCAGGTGGTTC
[1138] SEQ ID NO:102
[1139] 感兴趣扩增区域标有下划线。(140-270)。
[1140] >T94\(EF)\(CaneIF2-F)eIF2γ序列,针对热带念珠菌产生
[1141] GTCATKATTTTGCAGAACAAGGTCGATTTGATGAGAGAAGAATCTGCCTTGG
[1142] AACATGAGAAATCCATTCTTCAATTCATCAGAGGTACTATTGCAGACAATGCT
[1143] CCTATTGTCCCAATTTCTGCCCAATTGAAATACAACATCGATGCCGTTAACCAA
[1144] TTTATTGTCAATTATATCCCAGTTCCATTGAGAGACTTTTCCGCTTCCCCAA
[1145] GATTGATTGTCATCAGATCTTTTGATGTCAACAAGCCAGGTTCCGATGTCGAA
[1146] GACTTGAAAGGGGGTGTTGCAGGTGGTTC
[1147] SEQ ID NO:103:
[1148] 感兴趣扩增区域标有下划线。(115-224)。
[1149] >K573E\(EF)\(CaneIF2-F)eIF2γ序列,针对克柔念珠菌产生
[1150] TGKTGTGATTKTACAAAATAAAGTTGATTTGATGAAGAAAGAAGCAGCTTTA
[1151] GAGCACGAAAAATCTATTTTGAAGTTTATCAAGGGTACTATTGCTGATGGTGC
[1152] TCCTATTATCCCAATTTCTGCTCAGTTGAAATATAACATTGATGCAGTTAACAT
[1153] GTGTATGGTCAAGTCTATTCCTGTTCCAATTAGAGACTTTACCGCAGTTCCA
[1154] AGATTAATGGTTATTAGATCTTTCGATGTTAATAAGCCTGGTGCAGAAATTGC
[1155] AGATTTGAAAGGTGGTGTTGCAGGTGGTTC
[1156] SEQ ID NO:104:
[1157] EF2_7_FOW
[1158] AGCCCAAGCGGCCAGA
[1159] SEQ ID NO:105:
[1160] EF2_8_FOW
[1161] AGCCGAAGCGCCCAGA
[1162] SEQ ID NO:106:
[1163] EF2_5_REV
[1164] GGCCTGGCGCGCAAT
[1165] SEQ ID NO:107:
[1166] EF2_6_REV
[1167] GGCTTGGCGCGCAAT
[1168] SEQ ID NO:108:
[1169] A.NIG_EF2_1
[1170] ATCCGGAGACTCTGGACCT
[1171] SEQ ID NO:109:
[1172] A.TERR_EF2_1
[1173] CGACGCTTACCCCTCTGT
[1174] SEQ ID NO:110:
[1175] A.FLAV_EF2_1
[1176] CAGACCCCGCTACCCTT
[1177] SEQ ID NO:111:
[1178] A.FUM_EF2_1
[1179] ACGCTCACACCTCTGTC
[1180] SEQ ID NO:112:
[1181] EF2_9_FOW
[1182] AGCCGAAGCGTCCAGAAC
[1183] SEQ ID NO:113:
[1184] EF2_1_fow
[1185] cagccgaagcg
[1186] SEQ ID NO:114:
[1187] EF2_2_fow
[1188] cagcccaagcg
[1189] SEQ ID NO:115:
[1190] EF2_3_fow
[1191] agccgaagcgYc
[1192] SEQ ID NO:116:
[1193] EF2_4_fow
[1194] agcccaagcggcc
[1195] SEQ ID NO:117:
[1196] EF2_5_fow
[1197] agccgaagcgtcc
[1198] SEQ ID NO:118:
[1199] EF2_6_fow
[1200] agccgaagcgccc
[1201] SEQ ID NO:119:
[1202] EF2_10_fow
[1203] agcgccccctgctcc
[1204] SEQ ID NO:120:
[1205] EF2_11_fow
[1206] cccgagcagcccgacc
[1207] SEQ ID NO:121:
[1208] EF2_1_rev
[1209] cgtgtgcgacgt
[1210] SEQ ID NO:122:
[1211] EF2_3_rev
[1212] cgtgagcgagtg
[1213] SEQ ID NO:123:
[1214] EF2_4_rev
[1215] cgtgwgcgacgt
[1216] SEQ ID NO:124:
[1217] EF2_7_rev
[1218] cgtgtgcgacgtgtccg
[1219] SEQ ID NO:125:
[1220] A.fum_EF2_2
[1221] cgacgctcacacctctgtc
[1222] SEQ ID NO:126:
[1223] >CA3345\(EF2)eIF2γ序列,针对白色念珠菌产生
[1224] ATTGAAACATGTTATTATTTTGCAAAATAAAGTTGATTTGATGAGAGAAGAAT
[1225] CAGCCTTGGAACACGAAAAATCTATCATTCAGTTTATTAGAGGTACAATTGCC
[1226] GATAATGCTCCGATCGTGCCTATTTCTGCTCAATTGAAATACAACATTGATGCA
[1227] GTGAATCAATTTATTGTTAACTACATACCTGTGCCAATGAGAGACTTTACTGCT
[1228] TCACCAAGATTGATCGTTATCAGATCTTTCGATGTGAACAAGCCTGGTGCAGA
[1229] TGTAGACGAATTGAAAGGAGGTGTTGCAGGTGGTTC
[1230] SEQ ID NO:127:
[1231] >CA16733\(EF2)eIF2γ序列,针对白色念珠菌产生
[1232] ATTGAAACATGTTATTATTTTGCAAAATAAAGTTGATTTGATGAGAGAAGAAT
[1233] CAGCCTTGGAACACGAAAAATCTATCATTCAGTTTATTARAGGTACAATTGCC
[1234] GATAATGCTCCGATCGTGCCTATTTCTGCTCAATTRAAATACAACATTGATGCA
[1235] GTGAATCAATTTATYGTTAACTACATACCTGTGCCAATGAGAGACTTTACTGC
[1236] TTCACCAAGATTGATCGTTATCAGATCTTTCGATGTGAACAAGCCTGGTGCAG
[1237] ATGTAGACGAATTGAAAGGAGGTGTTGCAGGTGGTTC
[1238] SEQ ID NO:128:
[1239] >CA1899\(EF2)eIF2γ序列,针对白色念珠菌产生
[1240] ATTGAAACATGTTATTATTTTGCAAAATAAAGTTGATTTGATGAGAGAAGAAT
[1241] CAGCYTTGGAACACGAAAAATCTATYATTCAGTTTATTARAGGTACAATTGCC
[1242] GATAATGCTCCGATCGTGCCTATTTCTGCTCAATTRAAATACAACATTGATGCA
[1243] GTGAATCAATTTATYGTTAACTACATACCTGTGCCAATGAGAGACTTTACTGC
[1244] TTCACCAAGATTGATCGTTATCAGATCTTTCGATGTGAACAAGCCTGGTGCAG
[1245] ATGTAGACGAATTGAAAGGAGGTGTTGCAGGTGGTTC
[1246] SEQ ID NO:129:
[1247] >CA1912\(EF2)eIF2γ序列,针对白色念珠菌产生
[1248] ATTGAAACATGTTATTATTTTGCAAAATAAAGTTGATTTGATGAGAGAAGAAT
[1249] CAGCCTTGGAACACGAAAAATCTATCATTCAGTTTATTAGAGGTACAATTGCC
[1250] GATAATGCTCCGATCGTGCCTATTTCTGCTCAATTGAAATACAACATTGATGCA
[1251] GTGAATCAATTTATTGTTAACTACATACCTGTGCCAATGAGAGACTTTACTGCT
[1252] TCACCAAGATTGATCGTTATCAGATCTTTCGATGTGAACAAGCCTGGTGCAGA
[1253] TGTAGACGAATTGAAAGGAGGTGTTGCAGGTGGTTC
[1254] SEQ ID NO:130:
[1255] >CA2312\(EF2)eIF2γ序列,针对白色念珠菌产生
[1256] ATTGAAACATGTTATTATTTTGCAAAATAAAGTTGATTTGATGAGAGAAGAAT
[1257] CAGCCTTGGAACACGAAAAATCTATCATTCAGTTTATTAGAGGTACAATTGCC
[1258] GATAATGCTCCGATCGTGCCTATTTCTGCTCAATTRAAATACAACATTGATGCA
[1259] GTGAATCAATTTATYGTTAACTACATACCTGTGCCAATGAGAGACTTTACTGC
[1260] TTCACCAAGATTGATCGTTATCAGATCTTTCGATGTGAACAAGCCTGGTGCAG
[1261] ATGTAGACGAATTGAAAGGAGGTGTTGCAGGTGGTTC
[1262] SEQ ID NO:131:
[1263] >CA2688\(EF2)eIF2γ序列,针对白色念珠菌产生
[1264] ATTGAAACATGTTATTATTTTGCAAAATAAAGTTGATTTGATGAGAGAAGAAT
[1265] CAGCCTTGGAACACGAAAAATCTATCATTCAGTTTATTAAAGGTACAATTGCC
[1266] GATAATGCTCCGATCGTGCCTATTTCTGCTCAATTGAAATACAACATTGATGCA
[1267] GTGAATCAATTTATTGTTAACTACATACCTGTGCCAATGAGAGACTTTACTGCT
[1268] TCACCAAGATTGATCGTTATCAGATCTTTCGATGTGAACAAGCCTGGTGCAGA
[1269] TGTAGACGAATTGAAAGGAGGTGTTGCAGGTGGTTC
[1270] SEQ ID NO:132:
[1271] >CA2701\(EF2)eIF2γ序列,针对白色念珠菌产生
[1272] ATTGAAACATGTTATTATTTTGCAAAATAAAGTTGATTTGATGAGAGAAGAAT
[1273] CAGCYTTGGAACACGAAAAATCTATYATTCAGTTTATTAGAGGTACAATTGCC
[1274] GATAATGCTCCGATCGTGCCTATTTCTGCTCAATTRAAATACAACATTGATGCA
[1275] GTGAATCAATTTATYGTTAACTACATACCTGTGCCAATGAGAGACTTTACTGC
[1276] TTCACCAAGATTGATCGTTATCAGATCTTTCGATGTGAACAAGCCTGGTGCAG
[1277] ATGTAGACGAATTGAAAGGAGGTGTTGCAGGTGGTTC
[1278] SEQ ID NO:133:
[1279] >CA15640\(EF2)eIF2γ序列,针对白色念珠菌产生
[1280] ATTGAAACATGTTATTATTTTGCAAAATAAAGTTGATTTGATGAGAGAAGAAT
[1281] CAGCCTTGGAACACGAAAAATCTATCATTCAGTTTATTARAGGTACAATTGCC
[1282] GATAATGCTCCGATCGTGCCTATTTCTGCTCAATTGAAATACAACATTGATGCA
[1283] GTGAATCAATTTATTGTTAACTACATACCTGTGCCAATGAGAGACTTTACTGCT
[1284] TCACCAAGATTGATCGTTATCAGATCTTTCGATGTGAACAAGCCTGGTGCAGA
[1285] TGTAGACGAATTGAAAGGAGGTGTTGCAGGTGGTTC
[1286] SEQ ID NO:134:
[1287] >CA1893\(EF2)eIF2γ序列,针对白色念珠菌产生
[1288] ATTGAAACATGTTATTATTTTGCAAAATAAAGTTGATTTGATGAGAGAAGAAT
[1289] CAGCCTTGGAACACGAAAAATCTATCATTCAGTTTATTARAGGTACAATTGCC
[1290] GATAATGCTCCGATCGTGCCTATTTCTGCTCAATTGAAATACAACATTGATGCA
[1291] GTGAATCAATTTATTGTTAACTACATACCTGTGCCAATGAGAGACTTTACTGCT
[1292] TCACCAAGATTGATCGTTATCAGATCTTTCGATGTGAACAAGCCTGGTGCAGA
[1293] TGTAGACGAATTGAAAGGAGGTGTTGCAGGTGGTTC
[1294] SEQ ID No:135:
[1295] CEF1F
[1296] ATCTATCATTCAGTTTATTAGAG
[1297] SEQ ID NO 136:
[1298] CEF2F
[1299] CATTCAGTTTATTAGAGGTAC
[1300] SEQ ID NO 137:
[1301] CEFR2
[1302] CAGTAAAGTCTCTCATTG
[1303] SEQ ID NO 138:
[1304] ALEF1
[1305] TGCCGATAATGCTCCGATC
[1306] 参考文献
[1307] Alone PV,Dever T E.
[1308] Direct binding of translation initiation factor eIF2gamma-G domain to itsGTPase-activating and GDP-GTP exchange factors eIF5 and eIF2B epsilon(翻译起始因子eIF2γ-G结构域与其GTP酶激活和GDP-GTP交换因子eIF5和eIF2Bε的直接结合).J Biol Chem.2006May 5;281(18):12636-44.Epub 2006Mar 7.
[1309] Dorris DR,Erickson FL,Hannig EM.
[1310] Mutations in GCD 11,the structural gene for eIF-2gamma in yeast,altertranslational regulation of GCN4 and the selection of the start site for proteinsynthesis(酵母eIF-2γ的结构基因GCD11中的突变改变GCN4的翻译调节和蛋白质合成起始位点的选择).EMBO J.1995May 15;14(10):2239-49
[1311] Erickson FL,Harding LD,Dorris DR,Hannig EM.
[1312] Functional analysis of homologs of translation initiation factor2gamma inyeast(酵母翻译起始因子2γ同系物的功能分析).Mol Gen Genet.1997Feb27;
253(6):711-9.
[1313] Erickson FL,Hannig EM.
[1314] Ligand interactions with eukaryotic translation initiation factor 2:role of thegamma-subunit(与真核翻译起始因子2的配体相互作用:γ-亚单位的作用).EMBO J.1996Nov 15;15(22):6311-20.
高效检索全球专利

专利汇是专利免费检索,专利查询,专利分析-国家发明专利查询检索分析平台,是提供专利分析,专利查询,专利检索等数据服务功能的知识产权数据服务商。

我们的产品包含105个国家的1.26亿组数据,免费查、免费专利分析。

申请试用

分析报告

专利汇分析报告产品可以对行业情报数据进行梳理分析,涉及维度包括行业专利基本状况分析、地域分析、技术分析、发明人分析、申请人分析、专利权人分析、失效分析、核心专利分析、法律分析、研发重点分析、企业专利处境分析、技术处境分析、专利寿命分析、企业定位分析、引证分析等超过60个分析角度,系统通过AI智能系统对图表进行解读,只需1分钟,一键生成行业专利分析报告。

申请试用

QQ群二维码
意见反馈