微生物标志物及其用途
专利汇可以提供微生物标志物及其用途专利检索，专利查询，专利分析的服务。并且公开了利用原核 生物 的16S核糖体RNA(16S rRNA)中的一种或更多种单核苷酸多态性(SNP)和/或真核生物的5.8S核糖体RNA(5.8S rRNA)中的一种或更多种SNP鉴定和/或分类 微生物 的方法。还公开了可用于那些方法中的探针、引物和 试剂 盒 。还公开了基于这些SNP诊断败血症的方法。，下面是微生物标志物及其用途专利的具体信息内容。
1.一种确定样品中细菌的革兰氏状态的方法，包括分析来自所述样品的核酸在16S
rRNA基因中的单核苷酸多态性(SNP)，其中所述SNP在对应于SEQ ID NO:1中列出的16S rRNA基因的位置396和398的位置，其中：
当在位置396存在C和在位置398存在T、A或C时确定所述细菌为革兰氏阴性细菌；和
当在位置396存在A、T或G和在位置398存在C时确定所述细菌为革兰氏阳性细菌。
2.如权利要求1所述的方法，其中所述细菌选自不动杆菌属(Acinetobacter spp.)；放线杆菌属(Actinobaccillus spp.)；马杜拉放线菌属(Actinomadura spp.)；放线菌属(Actinomyces spp.)；游动放线菌属(Actinoplanes spp.)；气单胞菌属(Aeromonas
spp.)；农杆菌属(Agrobacterium spp.)；Alistipes spp.；Anaerococcus spp.；节杆菌属(Arthrobacter spp.)；芽孢杆菌属(Bacillus spp.)；布鲁氏菌属(Brucella spp.)；
Bulleidia spp.；伯克氏菌属(Burkholderia spp.)；心杆菌属(Cardiobacterium spp.)；
柠檬酸杆菌属(Citrobacter spp.)；梭菌属(Clostridium spp.)；棒状杆菌属
(Corynebacterium spp.)；嗜皮菌属(Dermatophilus spp.)；Dorea spp.；爱德华菌属(Edwardsiella spp.)；肠杆菌属(Enterobacter spp.)；肠球菌属(Enterococcus spp.)；
丹毒丝菌属(Erysipelothrix spp.)；埃希氏杆菌属(Escherichia spp.)；真杆菌属
(Eubacterium spp.)；柔嫩梭菌属(Faecalibacterium spp.)；产线菌属(Filifactor spp.)；大芬戈尔德菌属(Finegoldia spp.)；黄杆菌属(Flavobacterium spp.)；Gallicola spp.；嗜血杆菌属(Haemophilus spp.)；创伤球菌属(Helcococcus spp.)；霍尔德曼氏菌属(Holdemania spp.)；生丝微菌属(Hyphomicrobium spp.)；克雷伯菌属(Klebsiella
spp.)；乳杆菌属(Lactobacillus spp.)；军团菌属(Legionella spp.)；李斯特菌属
(Listeria spp.)；甲基杆菌属(Methylobacterium spp.)；微球菌属(Micrococcus spp.)；
小单孢菌属(Micromonospora spp.)；动弯杆菌属(Mobiluncus spp.)；莫拉克斯氏菌属(Moraxella spp.)；摩根氏菌属(Morganella spp.)；分支杆菌属(Mycobacterium spp.)；
奈瑟氏菌属(Neisseria spp.)；诺卡氏菌属(Nocardia spp.)；类芽孢杆菌属
(Paenibacillus spp.)；副拟杆菌属(Parabacteroides spp.)；巴斯德氏菌属
(Pasteurella spp.)；Peptoniphilus spp.；消化链球菌属(Peptostreptococcus spp.)；
动性球菌属(Planococcus spp.)；动性杆菌属(Planomicrobium spp.)；邻单胞菌属
(Plesiomonas spp.)；卟啉单胞菌属(Porphyromonas spp.)；普雷沃氏菌属(Prevotella spp.)；丙酸菌属(Propionibacterium spp.)；变形杆菌属(Proteus spp.)；Providentia spp.；假单胞菌属(Pseudomonas spp.)；罗尔斯通菌属(Ralstonia spp.)；红球菌属
(Rhodococcus spp.)；罗斯氏菌属(Roseburia spp.)；瘤胃球菌属(Ruminococcus spp.)；
沙门氏菌属(Salmonella spp.)；Sedimentibacter spp.；沙雷氏菌属(Serratia spp.)；志贺氏菌属(Shigella spp.)；Solobacterium spp.；鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas spp.)；
Sporanaerobacter spp.；葡萄球菌属(Staphlococcus spp.)；寡养单胞菌属
(Stenotrophomonas spp.)；链球菌属(Steptococcus spp.)；链霉菌属(Streptomyces spp.)；天梭菌属(Tissierella spp.)；弧菌属(Vibrio spp.)；和耶尔森氏菌属(Yersinia spp.)。
3.如权利要求1所述的方法，其中所述细菌选自Bacterial ID No.1-1430。
4.如权利要求1所述的方法，其中所述细菌选自金黄色葡萄球菌(Staphylococcus
aureus)、表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)、溶血葡萄球菌(Staphylococcus haemolyticus)、人葡萄球菌(Staphylococcus hominis)、腐生葡萄球菌(Staphylococcus saprophyticus)、粪肠球菌(Enterococcus faecalis)、屎肠球菌(Enterococcus
faecium)、产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)、咽峡炎链球菌(Streptococcus anginosus)、星座链球菌(Streptococcus constellatus)、中间链球菌(Streptococcus intermedius)、缓症链球菌(Streptococcus mitis)、变异链球菌(Streptococcus
mutans)、血链球菌(Streptococcus sanguinis)、远缘链球菌(Streptococcus sobrinus)和口腔链球菌(Streptococcus oralis)、肺炎链球菌(Streptococcus pneumoniae)、无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)、牛链球菌(Streptococcus bovis)、血链球菌
(Streptococcus sanguinis)、停乳链球菌(Streptococcus dysgalactiae)、变异链球菌(Streptococcus mutans)和酿脓链球菌(Streptococcus pyogenes)、大肠杆菌
(Escherichia coli)、鲍氏不动杆菌(Acinetobacter baumannii)、脆弱拟杆菌
(Bacteroides fragilis)、洋葱伯克氏菌(Burkholderia cepacia)、肺炎克雷伯菌
(Klebsiella pneumonia)、产酸克雷伯菌(Klebsiella oxytoca)、铜绿假单胞菌
(Pseudomonas aeruginosa)、产气肠杆菌(Enterobacter aerogenes)、阴沟肠杆菌
(Enterobacter cloacae)、粘质沙雷氏菌(Serratia marcescens)、奇异变形杆菌(Proteus mirabilis)、弗氏柠檬酸杆菌(Citrobacter freundii)、摩氏摩根菌(Morganella
morganii)、流感嗜血杆菌(Haemophilus influenzae)、脑膜炎奈瑟氏菌(Neisseria
meningitidis)、嗜麦芽寡养单胞菌(Stenotrophomonas maltophila)、颊普雷沃氏菌
(Prevotella buccae)、中间普雷沃氏菌(Prevotella intermedia)和产黑色普雷沃氏菌(Prevotella melaninogenica)。
5.一种确定样品中哺乳动物(例如，人类)败血症-相关的细菌的革兰氏状态的方法，包括分析来自所述样品的核酸在16S rRNA基因中的单核苷酸多态性(SNP)，其中所述SNP在对应于SEQ ID NO:1中列出的16S rRNA基因的位置396的位置，其中：
当在位置396存在C时确定所述细菌为革兰氏阴性细菌；和
当在位置396存在G时确定所述细菌为革兰氏阳性细菌。
6.如权利要求5所述的方法，其中所述细菌选自金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、溶血葡萄球菌、人葡萄球菌、腐生葡萄球菌、粪肠球菌、屎肠球菌、产气荚膜梭菌、咽峡炎链球菌、星座链球菌、中间链球菌、缓症链球菌、变异链球菌、血链球菌、远缘链球菌和口腔链球菌、肺炎链球菌、无乳链球菌、牛链球菌、血链球菌、停乳链球菌、变异链球菌和酿脓链球菌、大肠杆菌、鲍氏不动杆菌、脆弱拟杆菌、洋葱伯克氏菌、肺炎克雷伯菌、产酸克雷伯菌、铜绿假单胞菌、产气肠杆菌、阴沟肠杆菌、粘质沙雷氏菌、奇异变形杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、摩氏摩根菌、流感嗜血杆菌、脑膜炎奈瑟氏菌、嗜麦芽寡养单胞菌、颊普雷沃氏菌、中间普雷沃氏菌和产黑色普雷沃氏菌。
7.一种确定样品中哺乳动物(例如，人类)败血症-相关的细菌的革兰氏状态的方法，包括分析来自所述样品的核酸在16S rRNA基因中的单核苷酸多态性(SNP)，其中所述SNP在对应于SEQ ID NO:1中列出的16S rRNA基因的位置278、286、396、398和648的位置，其中当：
在位置396存在C；
在位置396存在A、在位置398存在C和在位置278存在T；
在位置396存在A、在位置398存在C、在位置278存在A、在位置286存在G和在位置648存在G；
或在位置396存在A、在位置398存在C、在位置278存在G、在位置286存在G和在位置648存在G时确定所述细菌为革兰氏阴性细菌；且当
在位置396存在G；
在位置396存在A、在位置398存在C和在位置278存在C；
在位置396存在A、在位置398存在C、在位置278存在G和在位置286存在A；
在位置396存在A、在位置398存在C、在位置278存在A和在位置286存在A；
在位置396存在A、在位置398存在C、在位置278存在A、在位置286存在G和在位置648存在A；或
在位置396存在A、在位置398存在C在位置278存在G在位置286存在G和在位置648存在T
或A时确定所述细菌为革兰氏阳性细菌。
8.如权利要求7所述的方法，其中所述细菌选自金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、溶血葡萄球菌、人葡萄球菌、腐生葡萄球菌、粪肠球菌、屎肠球菌、产气荚膜梭菌、咽峡炎链球菌、星座链球菌、中间链球菌、缓症链球菌、变异链球菌、血链球菌、远缘链球菌和口腔链球菌、肺炎链球菌、无乳链球菌、牛链球菌、血链球菌、停乳链球菌、变异链球菌、酿脓链球菌、大肠杆菌、鲍氏不动杆菌、脆弱拟杆菌、洋葱伯克氏菌、肺炎克雷伯菌、产酸克雷伯菌、铜绿假单胞菌、产气肠杆菌、阴沟肠杆菌、粘质沙雷氏菌、奇异变形杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、摩氏摩根菌、流感嗜血杆菌、脑膜炎奈瑟氏菌、嗜麦芽寡养单胞菌、颊普雷沃氏菌、中间普雷沃氏菌、产黑色普雷沃氏菌、肠道沙门氏菌(Salmonella enterica)、粘质沙雷氏菌(Serratia marcescens)、流感嗜血杆菌(Haemophilus influenzae)、大肠弯曲杆菌(Campylobacter coli)、空肠弯曲杆菌(Campylobacter jejuni)、红嘴鸥弯曲杆菌(Campylobacter lari)、胎儿弯曲杆菌(Campylobacter fetus)、同性恋螺杆菌(Helicobacter cinaedi)、幽门螺杆菌(Helicobacter pylori)、流产嗜性衣原体(Chlamydophila abortus)、非典型韦荣氏球菌(Veillonella atypica)、小韦荣氏球菌(Veillonella parvula)、龋齿韦荣氏球菌
(Veillonella denticariosi)、琼脂韦荣氏球菌(Veillonella rogosae)、环圈链霉菌(Streptomyces anulatus)、索马里链霉菌(Streptomyces somaliensis)和结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)。
9.如权利要求8所述的方法，还包括鉴定所述细菌或将所述细菌鉴定为一组细菌之一，其中：
在位置396的C指示，所述细菌是选自以下的革兰氏阴性细菌：产黑色普雷沃氏菌、中间普雷沃氏菌、颊普雷沃氏菌、脆弱拟杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、产气肠杆菌、产酸克雷伯菌、粘质沙雷氏菌、摩氏摩根菌、嗜麦芽寡养单胞菌、鲍氏不动杆菌、阴沟肠杆菌、肺炎克雷伯菌、肠道沙门氏菌、大肠杆菌、奇异变形杆菌、脑膜炎奈瑟氏菌、铜绿假单胞菌、流感嗜血杆菌和洋葱伯克氏菌；
在位置396的A、在位置398的C和在位置278的T指示，所述细菌是选自以下的革兰氏阴
性细菌：大肠弯曲杆菌、空肠弯曲杆菌、红嘴鸥弯曲杆菌、胎儿弯曲杆菌、同性恋螺杆菌、幽门螺杆菌和流产嗜性衣原体；
在位置396的A、在位置398的C、在位置278的A、在位置286的G和在位置648的G指示，所述细菌是革兰氏阴性细菌，琼脂韦荣氏球菌；
在位置396的A、在位置398的C、在位置278的G、在位置286的G和在位置648的G指示，所述细菌是革兰氏阴性细菌，非典型韦荣氏球菌、小韦荣氏球菌和龋齿韦荣氏球菌；
在位置396的G指示，所述细菌是选自环圈链霉菌、索马里链霉菌和结核分枝杆菌的革
兰氏阳性细菌；
在位置396的A、在位置398的C和在位置278的C指示，所述细菌是革兰氏阳性细菌，粪肠球菌或屎肠球菌；
在位置396的A、在位置398的C、在位置278的G、在位置286的T和在位置648的T指示，所述细菌是革兰氏阳性细菌，产气荚膜梭菌；
在位置396的A、在位置398的C、在位置278的G和在位置286的A指示，所述细菌是革兰氏阳性细菌，牛链球菌、无乳链球菌、停乳链球菌、酿脓链球菌、咽峡炎链球菌、中间链球菌、缓症链球菌、变异链球菌、肺炎链球菌和血链球菌；或
在位置396的A、在位置398的C、在位置278的A和在位置286的A指示，所述细菌是选自金黄色葡萄球菌、远缘链球菌、星座链球菌和口腔链球菌的革兰氏阳性细菌；
在位置396的A、在位置398的C、在位置278的A、在位置286的G和在位置648的A指示，所述细菌是革兰氏阳性细菌，表皮葡萄球菌或人葡萄球菌；且
在位置396的A、在位置398的C、在位置278的G、在位置286的G和在位置648的T或A指示，所述细菌是革兰氏阳性细菌，溶血葡萄球菌。
10.一种将样品中哺乳动物(例如，人类)败血症-相关的细菌分类为七组哺乳动物(例
如，人类)败血症-相关的细菌之一的方法，包括分析来自所述样品的核酸在16S rRNA基因中的单核苷酸多态性(SNP)，其中所述SNP在对应于SEQ ID NO:1中列出的16S rRNA基因的位置396、398、399、400和401的位置，其中：
当在位置396、398、399、400和401分别存在A、C、G、C和C时确定所述细菌为选自革兰氏阳性物种，炭疽芽孢杆菌(Bacillus anthracis)、粪肠球菌、屎肠球菌、单核细胞增多性李斯特氏菌(Listeria monocytogenes)、无乳链球菌、咽峡炎链球菌、星座链球菌、停乳链球菌、中间链球菌、酿脓链球菌、肠乳杆菌(Lactobacillus intestinalis)、产气荚膜梭菌、金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、溶血葡萄球菌、人葡萄球菌、腐生葡萄球菌、链状真杆菌(Eubacterium desmolans)、艰难梭菌、红斑丹毒丝菌(Erysipelothrix rhusiopathiae)、牛链球菌、缓症链球菌、变异链球菌、口腔链球菌、肺炎链球菌、血链球菌、远缘链球菌和Peptostreptococcus stomatis，或革兰氏阴性物种，幽门螺杆菌、大肠弯曲杆菌和殊异韦荣氏球菌(Veillonella dispar)的第1组病原体；
当在位置396、398、399、400和401分别存在G、C、G、C和C时确定所述细菌为选自革兰氏阳性物种，白喉棒状杆菌(Corynebacterium diphtheria)、刚果嗜皮菌(Dermatophilus congolensis)、藤黄微球菌(Micrococcus luteus)、马红球菌(Rhodococcus equi)、环圈链霉菌、索马里链霉菌、结核分枝杆菌、杰氏棒状杆菌(Corynebacterium jeikeium)、解脲棒状杆菌(Corynebacterium urealyticum)、克氏动弯杆菌(Mobiluncus curtisii)、星状诺卡氏菌(Nocardia asteroids)、巴西诺卡氏菌(Nocardia brasiliensis)和Actinomyces massiliensis或革兰氏阴性物种，问号钩端螺旋体(Leptospira interrogans)、沙眼衣原体(Chlamydia trachomatis)和肺炎嗜性衣原体(Chlamydophila pneumoniae)的第2组病原体；
当在位置396、398、399、400和401分别存在C、T、G、C和C时确定所述细菌为选自革兰氏阴性需氧细菌的第3组病原体，所述革兰氏阴性需氧细菌选自人放线杆菌(Actinobacillus hominis)、迟缓爱德华菌(Edwardsiella tarda)、杜克雷嗜血杆菌(Haemophilus
ducreyi)、流感嗜血杆菌、副溶血嗜血杆菌(Haemophilus parahaemolyticus)、副流感嗜血杆菌(Haemophilus parainfluenzae)、摩氏摩根菌、多杀巴斯德氏菌(Pasteurella
multocida)、产碱普罗威登斯菌(Providencia alcalifaciens)、霍乱弧菌(Vibrio
cholerae)、卡他莫拉菌(Moraxella catarrhalis)、铜绿假单胞菌、淋病奈瑟氏菌
(Neisseria gonorrhoeae)、脑膜炎奈瑟氏菌(Neisseria meningitides)、嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)、弗氏柠檬酸杆菌、产气肠杆菌、阴沟肠杆菌、大肠杆菌、产酸克雷伯菌、肺炎克雷伯菌、奇异变形杆菌、肠道沙门氏菌、粘质沙雷氏菌、痢疾志贺氏菌
(Shigella dysenteriae)、索氏志贺氏菌(Shigella sonnei)、小肠结肠炎耶尔森氏菌(Yersinia enterocolitica)、鼠疫耶尔森氏菌(Yersinia pestis)、鲍氏不动杆菌、流产布鲁氏菌(Brucella abortus)和Flavobacterium ceti；
当在位置396、398、399、400和401分别存在A、T、G、C和C时确定所述细菌为选自革兰氏阴性需氧物种，嗜肺军团菌(Legionella pneumophila)、洋葱伯克氏菌和Cardiobacterium valvarum的第4组病原体；
当在位置396、398、399、400和401分别存在C、T、A、C和C时确定所述细菌为第5组病原体，嗜麦芽寡养单胞菌；
当在位置396、398、399、400和401分别存在C、A、G、T和A时确定所述细菌为选自革兰氏阴性厌氧物种，颊普雷沃氏菌、产黑色普雷沃氏菌、脆弱拟杆菌、中间普雷沃氏菌的第6组病原体；或
当在位置396、398、399、400和401分别存在C、A、G、T和C时确定所述细菌为第7组病原体，牙龈卟啉单胞菌(Porphyromonas gingivalis)。
11.如权利要求10所述的方法，其中如果所述细菌被确定为第1组细菌，所述方法还包
括分析所述核酸在对应于SEQ ID NO:1中列出的16S rRNA基因的位置490、491、492、493、
495、496、500和501的位置的SNP，其中
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在A、A、C、C、G、A、C和C时确定所述细菌为选自炭疽芽孢杆菌、粪肠球菌、屎肠球菌和单核细胞增多性李斯特氏菌的1a组细菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在A、A、C、C、G、A、G和G时确定所述细菌为选自无乳链球菌、咽峡炎链球菌、星座链球菌、停乳链球菌、中间链球菌和酿脓链球菌的1b组细菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在A、A、C、C、G、A、T和C时确定所述细菌为1c组细菌，肠乳杆菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在A、A、C、G、A、T、C和A时确定所述细菌为选自幽门螺杆菌和大肠弯曲杆菌的1d组细菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在A、A、G、G、G、G、C和C时确定所述细菌为1e组细菌，产气荚膜梭菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在A、A、T、C、G、A、C和C时确定所述细菌为选自金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、溶血葡萄球菌、人葡萄球菌和腐生葡萄球菌的1f组细菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在G、A、A、G、A、T、C和T时确定所述细菌为1g组细菌，链状真杆菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在G、A、A、T、G、A、C和C时确定所述细菌为1h组细菌，殊异韦荣氏球菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在G、A、G、G、G、G、C和C时确定所述细菌为1i组细菌，艰难梭菌；
其中当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在T、A、C、C、G、A、C和C时确定所述细菌为1j组细菌，红斑丹毒丝菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在T、A、C、C、G、A、G和G时确定所述细菌为选自牛链球菌、缓症链球菌、变异链球菌、口腔链球菌、肺炎链球菌、血链球菌、远缘链球菌的1k组细菌；且
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在T、G、T、G、G、G、C和C时确定细菌为1l组细菌Peptostreptococcus stomatis。
12.如权利要求10所述的方法，其中如果所述细菌被确定为第2组细菌，所述方法还包
括分析所述核酸在对应于SEQ ID NO:1中列出的16S rRNA基因的位置490、491、492、493、
496、499和501的位置的SNP，其中
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在A、G、A、T、G、G和A时确定所述细菌为2a组细菌，白喉棒状杆菌；
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、C、A、G、G、G和A时确定所述细菌为选自刚果嗜皮菌、藤黄微球菌和马红球菌的2b组细菌；
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、C、A、G、G、G和A时确定所述细菌为选自环圈链霉菌和索马里链霉菌的2c组细菌；
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、C、C、T、A、A和C时确定所述细菌为2d组细菌，问号钩端螺旋体；
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、G、A、G、G、G和A时确定所述细菌为2e组细菌，结核分枝杆菌；
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、G、A、T、G、G和A时确定所述细菌为选自杰氏棒状杆菌和解脲棒状杆菌的2f组细菌；
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、G、G、G、G、G和G时确定所述细菌为2g组细菌，克氏动弯杆菌；
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、G、T、A、G、G和A时确定所述细菌为选自沙眼衣原体和肺炎嗜性衣原体的2h组细菌；且
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、T、A、G、G、G和A时确定所述细菌为选自星状诺卡氏菌和巴西诺卡氏菌的2i组细菌，且
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、T、T、G、G、G和A时确定细菌为2j组细菌，Actinomyces massiliensis。
13.如权利要求10所述的方法，其中如果所述细菌被确定为第3组细菌，所述方法还包
括分析所述核酸在对应于SEQ ID NO:1中列出的16S rRNA基因的位置490、491、496和501的位置的SNP，其中
当在位置490、491、496和501分别存在A、C、G和A时确定所述细菌为选自人放线杆菌、迟缓爱德华菌、杜克雷嗜血杆菌、流感嗜血杆菌、副溶血嗜血杆菌、副流感嗜血杆菌、摩氏摩根菌、多杀巴斯德氏菌、产碱普罗威登斯菌和霍乱弧菌的3a组细菌；
当在位置490、491、496和501分别存在A、C、T和A时确定所述细菌为选自卡他莫拉菌和铜绿假单胞菌的3b组细菌；
当在位置490、491、496和501分别存在G、A、T和A时确定所述细菌为选自淋病奈瑟氏菌和脑膜炎奈瑟氏菌的3c组细菌；
当在位置490、491、496和501分别存在G、C、G和A时确定所述细菌为选自嗜水气单胞菌、弗氏柠檬酸杆菌、产气肠杆菌、阴沟肠杆菌、大肠杆菌、产酸克雷伯菌、肺炎克雷伯菌、奇异变形杆菌、肠道沙门氏菌、粘质沙雷氏菌、痢疾志贺氏菌、索氏志贺氏菌、小肠结肠炎耶尔森氏菌和鼠疫耶尔森氏菌的3d组细菌；
当在位置490、491、496和501分别存在G、C、T和A时确定所述细菌为3e组细菌，鲍氏不动杆菌；
当在位置490、491、496和501分别存在G、G、G和C时确定细菌为3f组细菌，流产布鲁氏菌；且
当在位置490、491、496和501分别存在T、A、T和A时确定所述细菌为3g组细菌
Flavobacterium ceti。
14.如权利要求10所述的方法，其中如果所述细菌被确定为第4组细菌，所述方法还包
括分析所述核酸在对应于SEQ ID NO:1中列出的16S rRNA基因的位置490、491、496和499的位置的SNP，其中
当在位置490、491、496和499分别存在A、C、G和C时确定所述细菌为4a组细菌，嗜肺军团菌；
当在位置490、491、496和499分别存在G、A、T和G时确定所述细菌为4b组细菌，洋葱伯克氏菌；且
当在位置490、491、496和499分别存在G、C、G和G时确定所述细菌为4c组细菌，
Cardiobacterium valvarum。
15.如权利要求10所述的方法，其中如果所述细菌被确定为第6组的细菌，所述方法还
包括分析所述核酸在对应于SEQ ID NO:1中列出的16S rRNA基因的位置490、491和496的位置的SNP，其中
当在位置490、491和496分别存在C、A和T时确定所述细菌为6a组细菌，颊普雷沃氏菌；
当在位置490、491和496分别存在T、A和C时确定所述细菌为6b组细菌，产黑色普雷沃氏菌；
当在位置490、491和496分别存在T、A和T时确定细菌为6c组细菌，脆弱拟杆菌；且
当在位置490、491和496分别存在T、T和C时确定细菌为6b组细菌，中间普雷沃氏菌。
16.一种分类样品中哺乳动物(例如，人类)败血症-相关的细菌的方法，包括分析来自
所述样品的核酸在对应于SEQ ID NO:1中列出的16S rRNA基因的位置396和398的位置和应于SEQ ID NO:1中列出的16S rRNA基因的位置399、400和401或位置278、286和648的位置的单核苷酸多态性(SNP)；其中
如果位置396、398、399、400和401被评价，则所述细菌被分类为七组哺乳动物(例如，人类)败血症-相关的细菌之一；其中
当在位置396、398、399、400和401分别存在A、C、G、C和C时确定所述细菌为选自革兰氏阳性物种，炭疽芽孢杆菌、粪肠球菌、屎肠球菌、单核细胞增多性李斯特氏菌、无乳链球菌、咽峡炎链球菌、星座链球菌、停乳链球菌、中间链球菌、酿脓链球菌、肠乳杆菌、产气荚膜梭菌、金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、溶血葡萄球菌、人葡萄球菌、腐生葡萄球菌、链状真杆菌、艰难梭菌、红斑丹毒丝菌、牛链球菌、缓症链球菌、变异链球菌、口腔链球菌、肺炎链球菌、血链球菌、远缘链球菌和Peptostreptococcus stomatis，或革兰氏阴性物种，幽门螺杆菌、大肠弯曲杆菌和殊异韦荣氏球菌的第1组病原体；
当在位置396、398、399、400和401分别存在G、C、G、C和C时确定所述细菌为选自革兰氏阳性物种，白喉棒状杆菌、刚果嗜皮菌、藤黄微球菌、马红球菌、环圈链霉菌、索马里链霉菌、结核分枝杆菌、杰氏棒状杆菌、解脲棒状杆菌、克氏动弯杆菌、星状诺卡氏菌、巴西诺卡氏菌和Actinomyces massiliensis或革兰氏阴性物种，问号钩端螺旋体、沙眼衣原体和肺炎嗜性衣原体的第2组病原体；
当在位置396、398、399、400和401分别存在C、T、G、C和C时确定所述细菌为选自革兰氏阴性需氧细菌的第3组病原体，所述革兰氏阴性需氧细菌选自人放线杆菌、迟缓爱德华菌、杜克雷嗜血杆菌、流感嗜血杆菌、副溶血嗜血杆菌、副流感嗜血杆菌、摩氏摩根菌、多杀巴斯德氏菌、产碱普罗威登斯菌、霍乱弧菌、卡他莫拉菌、铜绿假单胞菌、淋病奈瑟氏菌、脑膜炎奈瑟氏菌、嗜水气单胞菌、弗氏柠檬酸杆菌、产气肠杆菌、阴沟肠杆菌、大肠杆菌、产酸克雷伯菌、肺炎克雷伯菌、奇异变形杆菌、肠道沙门氏菌、粘质沙雷氏菌、痢疾志贺氏菌、索氏志贺氏菌、小肠结肠炎耶尔森氏菌、鼠疫耶尔森氏菌、鲍氏不动杆菌、流产布鲁氏菌和
Flavobacterium ceti；
当在位置396、398、399、400和401分别存在A、T、G、C和C时确定所述细菌为选自革兰氏阴性需氧物种，嗜肺军团菌、洋葱伯克氏菌和Cardiobacterium valvarum的第4组病原体；
当在位置396、398、399、400和401分别存在C、T、A、C和C时确定所述细菌为第5组病原体，嗜麦芽寡养单胞菌；
当在位置396、398、399、400和401分别存在C、A、G、T和A时确定所述细菌为选自革兰氏阴性厌氧物种，颊普雷沃氏菌、产黑色普雷沃氏菌、脆弱拟杆菌、中间普雷沃氏菌的第6组病原体；或
当在位置396、398、399、400和401分别存在C、A、G、T和C时确定所述细菌为第7组病原体，牙龈卟啉单胞菌；且
如果位置278、286、396、398和648被评价，则所述细菌被分类为革兰氏阳性或革兰氏阴性；其中当
在位置396存在C；
在位置396存在A，在位置398存在C和在位置278存在T；
在位置396存在A，在位置398存在C，在位置278存在A，在位置286存在G和在位置648存在G；或
在位置396存在A，在位置398存在C，在位置278存在G，在位置286存在G和在位置648存在G时确定所述细菌为革兰氏阴性细菌；且当
在位置396存在G；
在位置396存在A，在位置398存在C和在位置278存在C；
在位置396存在A，在位置398存在C，在位置278存在G和在位置286存在A；
在位置396存在A，在位置398存在C，在位置278存在A和在位置286存在A；
在位置396存在A，在位置398存在C，在位置278存在A，在位置286存在G和在位置648存在A；或
在位置396存在A，在位置398存在C，在位置278存在G，在位置286存在G和在位置648存在T或A时确定所述细菌为革兰氏阳性细菌。
17.如权利要求16所述的方法，其中如果位置396、398、399、400和401被评价且所述细菌被确定为第1组细菌，所述方法还包括分析所述核酸在对应于SEQ ID NO:1中列出的16S rRNA基因的位置490、491、492、493、495、496、500和501的位置的SNP，其中
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在A、A、C、C、G、A、C和C时确定所述细菌为选自炭疽芽孢杆菌、粪肠球菌、屎肠球菌和单核细胞增多性李斯特氏菌的1a组细菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在A、A、C、C、G、A、G和G时确定所述细菌为选自无乳链球菌、咽峡炎链球菌、星座链球菌、停乳链球菌、中间链球菌和酿脓链球菌的1b组细菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在A、A、C、C、G、A、T和C时确定所述细菌为1c组细菌，肠乳杆菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在A、A、C、G、A、T、C和A时确定所述细菌为选自幽门螺杆菌和大肠弯曲杆菌的1d组细菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在A、A、G、G、G、G、C和C时确定所述细菌为1e组细菌，产气荚膜梭菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在A、A、T、C、G、A、C和C时确定所述细菌为选自金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、溶血葡萄球菌、人葡萄球菌和腐生葡萄球菌的1f组细菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在G、A、A、G、A、T、C和T时确定所述细菌为1g组细菌，链状真杆菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在G、A、A、T、G、A、C和C时确定所述细菌为1h组细菌，殊异韦荣氏球菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在G、A、G、G、G、G、C和C时确定所述细菌为1i组细菌，艰难梭菌；
其中当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在T、A、C、C、G、A、C和C时确定所述细菌为1j组细菌，红斑丹毒丝菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在T、A、C、C、G、A、G和G时确定所述细菌为选自牛链球菌、缓症链球菌、变异链球菌、口腔链球菌、肺炎链球菌、血链球菌、远缘链球菌的1k组细菌；且
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在T、G、T、G、G、G、C和C时确定所述细菌为1l组细菌，Peptostreptococcus stomatis。
18.如权利要求16所述的方法，其中如果位置396、398、399、400和401被评价且所述细菌被确定为第2组细菌，所述方法还包括分析所述核酸在对应于SEQ ID NO:1中列出的16S rRNA基因的位置490、491、492、493、496、499和501的位置的SNP，其中
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在A、G、A、T、G、G和A时确定所述细菌为2a组细菌，白喉棒状杆菌；
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、C、A、G、G、G和A时确定所述细菌为选自刚果嗜皮菌、藤黄微球菌和马红球菌的2b组细菌；
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、C、A、G、G、G和A时确定所述细菌为选自环圈链霉菌和索马里链霉菌的2c组细菌；
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、C、C、T、A、A和C时确定所述细菌为2d组细菌，问号钩端螺旋体；
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、G、A、G、G、G和A时确定所述细菌为2e组细菌，结核分枝杆菌；
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、G、A、T、G、G和A时确定所述细菌为选自杰氏棒状杆菌和解脲棒状杆菌的2f组细菌；
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、G、G、G、G、G和G时确定所述细菌为2g组细菌，克氏动弯杆菌；
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、G、T、A、G、G和A时确定所述细菌为选自沙眼衣原体和肺炎嗜性衣原体的组2h细菌；且
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、T、A、G、G、G和A时确定所述细菌为选自星状诺卡氏菌和巴西诺卡氏菌的2i组细菌，和
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、T、T、G、G、G和A时确定所述细菌为2j组细菌，Actinomyces massiliensis。
19.如权利要求16所述的方法，其中如果位置396、398、399、400和401被评价且所述细菌被确定为第3组细菌，所述方法还包括分析所述核酸在对应于SEQ ID NO:1中列出的16S rRNA基因的位置490、491、496和501的位置的SNP，其中
当在位置490、491、496和501分别存在A、C、G和A时确定所述细菌为选自人放线杆菌、迟缓爱德华菌、杜克雷嗜血杆菌、流感嗜血杆菌、副溶血嗜血杆菌、副流感嗜血杆菌、摩氏摩根菌、多杀巴斯德氏菌、产碱普罗威登斯菌和霍乱弧菌的3a组细菌；
当在位置490、491、496和501分别存在A、C、T和A时确定所述细菌为选自卡他莫拉菌和铜绿假单胞菌的3b组细菌；
当在位置490、491、496和501分别存在G、A、T和A时确定所述细菌为选自淋病奈瑟氏菌和脑膜炎奈瑟氏菌的3c组细菌；
当在位置490、491、496和501分别存在G、C、G和A时确定所述细菌为选自嗜水气单胞菌、弗氏柠檬酸杆菌、产气肠杆菌、阴沟肠杆菌、大肠杆菌、产酸克雷伯菌、肺炎克雷伯菌、奇异变形杆菌、肠道沙门氏菌、粘质沙雷氏菌、痢疾志贺氏菌、索氏志贺氏菌、小肠结肠炎耶尔森氏菌和鼠疫耶尔森氏菌的3d组细菌；
当在位置490、491、496和501分别存在G、C、T和A时确定所述细菌为3e组细菌，鲍氏不动杆菌；
当在位置490、491、496和501分别存在G、G、G和C时确定所述细菌为3f组细菌，流产布鲁氏菌；且
当在位置490、491、496和501分别存在T、A、T和A时确定所述细菌为3g组细菌，
Flavobacterium ceti。
20.如权利要求16所述的方法，其中如果位置396、398、399、400和401被评价且所述细菌被确定为第4组的细菌，所述方法还包括分析所述核酸在对应于SEQ ID NO:1中列出的
16S rRNA基因的位置490、491、496和499的位置的SNP，其中
当在位置490、491、496和499分别存在A、C、G和C时确定细菌为4a组细菌，嗜肺军团菌；
当在位置490、491、496和499分别存在G、A、T和G时确定细菌为4b组细菌，洋葱伯克氏菌；且
当在位置490、491、496和499分别存在G、C、G和G时确定细菌为4c组细菌，
Cardiobacterium valvarum。
21.如权利要求16所述的方法，其中如果位置396、398、399、400和401被评价且所述细菌被确定为第6组细菌，所述方法还包括分析所述核酸在对应于SEQ ID NO:1中列出的16S rRNA基因的位置490、491和496的位置的SNP，其中
当在位置490、491和496分别存在C、A和T时确定细菌为6a组细菌，颊普雷沃氏菌；
当在位置490、491和496分别存在T、A和C时确定细菌为6b组细菌，产黑色普雷沃氏菌；
当在位置490、491和496分别存在T、A和T时确定细菌为6c组细菌，脆弱拟杆菌；且
当在位置490、491和496分别存在T、T和C时确定细菌为6b组细菌，中间普雷沃氏菌。
22.如权利要求16所述的方法，其中如果位置278、286、396、398和648被评价，则所述细菌选自金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、溶血葡萄球菌、人葡萄球菌、腐生葡萄球菌、粪肠球菌、屎肠球菌、产气荚膜梭菌、咽峡炎链球菌、星座链球菌、中间链球菌、缓症链球菌、变异链球菌、血链球菌、远缘链球菌和口腔链球菌、肺炎链球菌、无乳链球菌、牛链球菌、血链球菌、停乳链球菌、变异链球菌、酿脓链球菌、大肠杆菌、鲍氏不动杆菌、脆弱拟杆菌、洋葱伯克氏菌、肺炎克雷伯菌、产酸克雷伯菌、铜绿假单胞菌、产气肠杆菌、阴沟肠杆菌、粘质沙雷氏菌、奇异变形杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、摩氏摩根菌、流感嗜血杆菌、脑膜炎奈瑟氏菌、嗜麦芽寡养单胞菌、颊普雷沃氏菌、中间普雷沃氏菌、产黑色普雷沃氏菌、肠道沙门氏菌、粘质沙雷氏菌、流感嗜血杆菌、大肠弯曲杆菌、空肠弯曲杆菌、红嘴鸥弯曲杆菌、胎儿弯曲杆菌、同性恋螺杆菌、幽门螺杆菌、流产嗜性衣原体、非典型韦荣氏球菌、小韦荣氏球菌、龋齿韦荣氏球菌、琼脂韦荣氏球菌、环圈链霉菌、索马里链霉菌和结核分枝杆菌。
23.如权利要求22所述的方法，还包括鉴定所述细菌为一组细菌之一，其中：
在位置396的C指示，所述细菌是选自以下的革兰氏阴性细菌：产黑色普雷沃氏菌、中间普雷沃氏菌、颊普雷沃氏菌、脆弱拟杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、产气肠杆菌、产酸克雷伯菌、粘质沙雷氏菌、摩氏摩根菌、嗜麦芽寡养单胞菌、鲍氏不动杆菌、阴沟肠杆菌、肺炎克雷伯菌、肠道沙门氏菌、大肠杆菌、奇异变形杆菌、脑膜炎奈瑟氏菌、铜绿假单胞菌、流感嗜血杆菌和洋葱伯克氏菌；
在位置396的A、在位置398的C和在位置278的T指示，所述细菌是选自以下的革兰氏阴
性细菌：大肠弯曲杆菌、空肠弯曲杆菌、红嘴鸥弯曲杆菌、胎儿弯曲杆菌、同性恋螺杆菌、幽门螺杆菌和流产嗜性衣原体；
在位置396的A、在位置398的C、在位置278的A、在位置286的G和在位置648的G指示，所述细菌是革兰氏阴性细菌，琼脂韦荣氏球菌；
在位置396的A、在位置398的C、在位置278的G、在位置286的G和在位置648的G指示，所述细菌是革兰氏阴性细菌，非典型韦荣氏球菌、小韦荣氏球菌和龋齿韦荣氏球菌；
在位置396的G指示，所述细菌是选自环圈链霉菌、索马里链霉菌和结核分枝杆菌的革
兰氏阳性细菌；
在位置396的A、在位置398的C和在位置278的C指示，所述细菌是革兰氏阳性细菌，粪肠球菌或屎肠球菌；
在位置396的A、在位置398的C、在位置278的G、在位置286的T和在位置648的T指示，所述细菌是革兰氏阳性细菌，产气荚膜梭菌；
在位置396的A、在位置398的C、在位置278的G和在位置286的A指示，所述细菌是革兰氏阳性细菌，牛链球菌、无乳链球菌、停乳链球菌、酿脓链球菌、咽峡炎链球菌、中间链球菌、缓症链球菌、变异链球菌、肺炎链球菌和血链球菌；或
在位置396的A、在位置398的C、在位置278的A和在位置286的A指示，所述细菌是选自金黄色葡萄球菌、远缘链球菌、星座链球菌和口腔链球菌的革兰氏阳性细菌；
在位置396的A、在位置398的C、在位置278的A、在位置286的G和在位置648的A指示，所述细菌是革兰氏阳性细菌表皮葡萄球菌或人葡萄球菌；且
在位置396的A、在位置398的C、在位置278的G、在位置286的G和在位置648的T或A指示，所述细菌是革兰氏阳性细菌，溶血葡萄球菌。
24.如权利要求1至23的任一项所述的方法，还包括确定所述细菌是否对一种或更多种
抗生素有抗性。
25.如权利要求1至24的任一项所述的方法，还包括分析所述样品以确定所述样品中真
菌的存在或不存在，该进一步分析包括分析所述核酸在5.8S rRNA基因内在对应于SEQ ID NO:2中列出的5.8S rRNA基因的位置142、144、146、147、148、154、157、164、167、185、187、
188、194、197、213、215、216、219、223、231、232、236、245、251或256的位置的单核苷酸多态性(SNP)，该SNP指示所述样品中真菌的存在，其中所述SNP选自在位置142的C；在位置144的A；在位置146的A；在位置147的A；在位置148的C；在位置154的T；在位置157的T；在位置164的C或G；在位置167的A；在位置185的G；在位置187的A；在位置188的A；在位置194的T；在位置197的G；在位置213的A；在位置215的T；在位置216的T；在位置219的G；在位置223的A；在位置231的G或A；在位置232的T；在位置236的T；在位置245的C或A；在位置251的C；和在位置
256的T。
26.如权利要求1至25的任一项所述的方法，还包括分析所述样品以确定所述样品中哺
乳动物(例如，人类)真菌病原体的存在和身份，该进一步分析包括分析所述核酸在5.8S rRNA基因内的至少四种SNP，其中：
所述至少四种SNP包括在对应于SEQ ID NO:2的位置254的位置；对应于SEQ ID NO:2的
位置160或255的位置；和对应于SEQ ID NO:2的位置163、164、165、196、202、223、224或259的位置中的至少两个位置的SNP；
所述哺乳动物(例如，人类)真菌病原体选自白色念珠菌(Candida albicans)、热带念
珠菌(Candida tropicalis)、近平滑念珠菌(Candida parapsilosis)、克鲁斯念珠菌
(Candida krusei)、光滑念珠菌(Candida glabrata)、荚膜组织胞浆菌(Ajellomyces capsulatus)、葡萄穗霉属(Stachybotrys sp.)、尖端赛多孢子菌(Scedosporium
apiospermum)、镰孢菌属(Fusarium sp.)、烟曲霉(Aspergillus fumigatus)和新型隐球菌(Cryptococcus neoformans)；且
所述病原体的存在和身份基于下表中列出的SNP的存在来确定：
27.如权利要求26所述的方法，其中所述至少四种SNP在对应于SEQ ID NO:2的位置254
的位置；对应于SEQ ID NO:2的位置160或255的位置；对应于SEQ ID NO:2的位置164的位置；和对应于SEQ ID NO:2的位置163、165、196、202、223、224或259的位置。
28.如权利要求26所述的方法，其中所述至少四种SNP在对应于SEQ ID NO:2的位置254
的位置；对应于SEQ ID NO:2的位置160或255的位置；对应于SEQ ID NO:2的位置223的位置；和对应于SEQ ID NO:2的位置163、164、165、196、202、224或259的位置。
29.如权利要求1至28的任一项所述的方法，还包括确定所述样品中细菌的数量。
30.如权利要求25至29的任一项所述的方法，还包括确定所述样品中真菌细胞的数量。
31.如权利要求1至30的任一项所述的方法，其中所述样品是来自展示有全身炎症反应
综合征(SIRS)或怀疑患败血症的哺乳动物(例如，人类)受试者的生物样品。
32.如权利要求31所述的方法，其中所述生物样品是血液。
33.如权利要求1至32的任一项所述的方法，其中在分析之前从所述样品中提取所述核
酸。
34.如权利要求1至33的任一项所述的方法，其中所述分析包括扩增所述核酸。
35.如权利要求1至34的任一项所述的方法，其中所述分析利用测序、5'核酸酶消化、分子信标、寡核苷酸连接、微阵列、或其任何组合进行。
36.一种确定样品中真菌的存在或不存在的方法，包括分析来自所述样品的核酸在
5.8S rRNA基因中的单核苷酸多态性(SNP)，该SNP指示所述样品中真菌的存在，其中所述SNP选自在位置142的C；在位置144的A；在位置146的A；在位置147的A；在位置148的C；在位置154的T；在位置157的T；在位置164的C或G；在位置167的A；在位置185的G；在位置187的A；
在位置188的A；在位置194的T；在位置197的G；在位置213的A；在位置215的T；在位置216的T；在位置219的G；在位置223的A；在位置231的G或A；在位置232的T；在位置236的T；在位置
245的C或A；在位置251的C；和在位置256的T。
37.如权利要求36所述的方法，其中所述样品选自土壤、食物、水、表面擦拭物和来自受试者的生物样品。
38.如权利要求37所述的方法，其中所述生物样品选自血液、组织、痰、灌洗液、粪便、尿液和唾液。
39.如权利要求36至38的任一项所述的方法，还包括确定所述样品中真菌细胞的数量。
40.如权利要求36至39的任一项所述的方法，其中在分析之前从所述样品提取所述核
酸。
41.如权利要求36至40的任一项所述的方法，其中所述分析包括扩增所述核酸。
42.如权利要求28至41的任一项所述的方法，其中所述分析利用测序、5'核酸酶消化、分子信标、寡核苷酸连接、微阵列、或其任何组合进行。
43.一种确定样品中哺乳动物(例如，人类)真菌病原体的身份的方法，包括分析来自所述样品的核酸在5.8S rRNA基因内的至少四种SNP，其中：
所述至少四种SNP在对应于SEQ ID NO:2的位置254的位置；对应于SEQ ID NO:2的位置
160或255的位置；和对应于SEQ ID NO:2的位置163、164、165、196、202、223、224或259的位置中的至少两个位置；
所述哺乳动物(例如，人类)真菌病原体选自白色念珠菌、热带念珠菌、近平滑念珠菌、克鲁斯念珠菌、光滑念珠菌、荚膜组织胞浆菌、葡萄穗霉属、尖端赛多孢子菌、镰孢菌属、烟曲霉和新型隐球菌；且
所述病原体的身份基于下表中列出的SNP的存在来确定：
44.如权利要求43所述的方法，其中所述至少四种SNP在对应于SEQ ID NO:2的位置254
的位置；对应于SEQ ID NO:2的位置160或255的位置；对应于SEQ ID NO:2的位置164的位置；和对应于SEQ ID NO:2的位置163、165、196、202、223、224或259的位置。
45.如权利要求43所述的方法，其中所述至少四种SNP在对应于SEQ ID NO:2的位置254
的位置；对应于SEQ ID NO:2的位置160或255的位置；对应于SEQ ID NO:2的位置223的位置；和对应于SEQ ID NO:2的位置163、164、165、196、202、224或259的位置。
46.如权利要求43至45的任一项所述的方法，还包括确定所述样品中哺乳动物(例如，
人类)败血症-相关的细菌的革兰氏状态，所述确定包括分析来自所述样品的核酸在16S rRNA基因中的单核苷酸多态性(SNP)，其中所述SNP在对应于SEQ ID NO:1中列出的16S rRNA基因的位置396的位置，其中：
当在位置396存在C时确定所述细菌为革兰氏阴性细菌；且
当在位置396存在G时确定所述细菌为革兰氏阳性细菌。
47.如权利要求46所述的方法，其中所述细菌选自金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、溶血葡萄球菌、人葡萄球菌、腐生葡萄球菌、粪肠球菌、屎肠球菌、产气荚膜梭菌、咽峡炎链球菌、星座链球菌、中间链球菌、缓症链球菌、变异链球菌、血链球菌、远缘链球菌和口腔链球菌、肺炎链球菌、无乳链球菌、牛链球菌、血链球菌、停乳链球菌、变异链球菌和酿脓链球菌、大肠杆菌、鲍氏不动杆菌、脆弱拟杆菌、洋葱伯克氏菌、肺炎克雷伯菌、产酸克雷伯菌、铜绿假单胞菌、产气肠杆菌、阴沟肠杆菌、粘质沙雷氏菌、奇异变形杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、摩氏摩根菌、流感嗜血杆菌、脑膜炎奈瑟氏菌、嗜麦芽寡养单胞菌、颊普雷沃氏菌、中间普雷沃氏菌和产黑色普雷沃氏菌。
48.如权利要求43至44的任一项所述的方法，还包括确定所述样品中哺乳动物(例如，
人类)败血症-相关的细菌的革兰氏状态，所述确定包括分析来自所述样品的核酸在16S rRNA基因中的SNP，其中所述SNP在对应于SEQ ID NO:1中列出的16S rRNA基因的位置278、
286、396、398和648的位置，其中当：
在位置396存在C；
在位置396存在A，在位置398存在C和在位置278存在T；
在位置396存在A，在位置398存在C，在位置278存在A，在位置286存在G和在位置648存在G；或
在位置396存在A，在位置398存在C，在位置278存在G，在位置286存在G和在位置648存在G时确定所述细菌为革兰氏阴性细菌；且当
在位置396存在G；
在位置396存在A，在位置398存在C和在位置278存在C；
在位置396存在A，在位置398存在C，在位置278存在G或在位置286存在A；
在位置396存在A，在位置398存在C，在位置278存在A和在位置286存在A；
在位置396存在A，在位置398存在C，在位置278存在A，在位置286存在G和在位置648存在A；或
在位置396存在A，在位置398存在C，在位置278存在G，在位置286存在G和在位置648存在T或A时确定所述细菌为革兰氏阳性细菌。
49.如权利要求48所述的方法，其中所述细菌选自金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、溶血葡萄球菌、人葡萄球菌、腐生葡萄球菌、粪肠球菌、屎肠球菌、产气荚膜梭菌、咽峡炎链球菌、星座链球菌、中间链球菌、缓症链球菌、变异链球菌、血链球菌、远缘链球菌和口腔链球菌、肺炎链球菌、无乳链球菌、牛链球菌、血链球菌、停乳链球菌、变异链球菌、酿脓链球菌、大肠杆菌、鲍氏不动杆菌、脆弱拟杆菌、洋葱伯克氏菌、肺炎克雷伯菌、产酸克雷伯菌、铜绿假单胞菌、产气肠杆菌、阴沟肠杆菌、粘质沙雷氏菌、奇异变形杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、摩氏摩根菌、流感嗜血杆菌、脑膜炎奈瑟氏菌、嗜麦芽寡养单胞菌、颊普雷沃氏菌、中间普雷沃氏菌、产黑色普雷沃氏菌、肠道沙门氏菌、粘质沙雷氏菌、流感嗜血杆菌、大肠弯曲杆菌、空肠弯曲杆菌、红嘴鸥弯曲杆菌、胎儿弯曲杆菌、同性恋螺杆菌、幽门螺杆菌、流产嗜性衣原体、非典型韦荣氏球菌、小韦荣氏球菌、龋齿韦荣氏球菌、琼脂韦荣氏球菌、环圈链霉菌、索马里链霉菌和结核分枝杆菌。
50.如权利要求48或49所述的方法，还包括鉴定所述细菌或将所述细菌鉴定为一组细
菌之一，其中：
在位置396的C指示，所述细菌是选自以下的革兰氏阴性细菌：产黑色普雷沃氏菌、中间普雷沃氏菌、颊普雷沃氏菌、脆弱拟杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、产气肠杆菌、产酸克雷伯菌、粘质沙雷氏菌、摩氏摩根菌、嗜麦芽寡养单胞菌、鲍氏不动杆菌、阴沟肠杆菌、肺炎克雷伯菌、肠道沙门氏菌、大肠杆菌、奇异变形杆菌、脑膜炎奈瑟氏菌、铜绿假单胞菌、流感嗜血杆菌和洋葱伯克氏菌；
在位置396的A、在位置398的C和在位置278的T指示，所述细菌是选自大肠弯曲杆菌、空肠弯曲杆菌、红嘴鸥弯曲杆菌、胎儿弯曲杆菌、同性恋螺杆菌、幽门螺杆菌和流产嗜性衣原体的革兰氏阴性细菌；
在位置396的A、在位置398的C、在位置278的A、在位置286的G和在位置648的G指示，所述细菌是革兰氏阴性细菌，琼脂韦荣氏球菌；
在位置396的A、在位置398的C、在位置278的G、在位置286的G和在位置648的G指示，所述细菌是革兰氏阴性细菌非典型韦荣氏球菌、小韦荣氏球菌和龋齿韦荣氏球菌；
在位置396的G指示，所述细菌是选自环圈链霉菌、索马里链霉菌和结核分枝杆菌的革
兰氏阳性细菌；
在位置396的A、在位置398的C和在位置278的C指示，所述细菌是革兰氏阳性细菌，粪肠球菌或屎肠球菌；
在位置396的A、在位置398的C、在位置278的G、在位置286的T和在位置648的T指示，所述细菌是革兰氏阳性细菌，产气荚膜梭菌；
在位置396的A、在位置398的C、在位置278的G和在位置286的A指示，所述细菌是革兰氏阳性细菌，牛链球菌、无乳链球菌、停乳链球菌、酿脓链球菌、咽峡炎链球菌、中间链球菌、缓症链球菌、变异链球菌、肺炎链球菌和血链球菌；或
在位置396的A、在位置398的C、在位置278的A和在位置286的A指示，所述细菌是选自金黄色葡萄球菌、远缘链球菌、星座链球菌和口腔链球菌的革兰氏阳性细菌；
在位置396的A、在位置398的C、在位置278的A、在位置286的G和在位置648的A指示，所述细菌是革兰氏阳性细菌，表皮葡萄球菌或人葡萄球菌；且
在位置396的A、在位置398的C、在位置278的G、在位置286的G和在位置648的T或A指示，细菌是革兰氏阳性细菌，溶血葡萄球菌。
51.如权利要求43至45的任一项所述的方法，还包括将所述样品中的哺乳动物(例如，
人类)败血症-相关的细菌分类为七组哺乳动物(例如，人类)败血症-相关的细菌之一，所述分类包括分析来自所述样品的核酸在16S rRNA基因中的单核苷酸多态性(SNP)，其中所述SNP在对应于SEQ ID NO:1中列出的16S rRNA基因的位置396、398、399、400和401的位置，其中：
当在位置396、398、399、400和401分别存在A、C、G、C和C时确定所述细菌为选自革兰氏阳性物种，炭疽芽孢杆菌、粪肠球菌、屎肠球菌、单核细胞增多性李斯特氏菌、无乳链球菌、咽峡炎链球菌、星座链球菌、停乳链球菌、中间链球菌、酿脓链球菌、肠乳杆菌、产气荚膜梭菌、金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、溶血葡萄球菌、人葡萄球菌、腐生葡萄球菌、链状真杆菌、艰难梭菌、红斑丹毒丝菌、牛链球菌、缓症链球菌、变异链球菌、口腔链球菌、肺炎链球菌、血链球菌、远缘链球菌和Peptostreptococcus stomatis，或革兰氏阴性物种，幽门螺杆菌、大肠弯曲杆菌和殊异韦荣氏球菌的第1组细菌；
当在位置396、398、399、400和401分别存在G、C、G、C和C时确定所述细菌为选自革兰氏阳性物种，白喉棒状杆菌、刚果嗜皮菌、藤黄微球菌、马红球菌、环圈链霉菌、索马里链霉菌、结核分枝杆菌、杰氏棒状杆菌、解脲棒状杆菌、克氏动弯杆菌、星状诺卡氏菌、巴西诺卡氏菌和Actinomyces massiliensis，或革兰氏阴性物种，问号钩端螺旋体、沙眼衣原体和肺炎嗜性衣原体的第2组细菌；
当在位置396、398、399、400和401分别存在C、T、G、C和C时确定所述细菌为选自革兰氏阴性需氧细菌的第3组病原体，所述革兰氏阴性需氧细菌选自人放线杆菌、迟缓爱德华菌、杜克雷嗜血杆菌、流感嗜血杆菌、副溶血嗜血杆菌、副流感嗜血杆菌、摩氏摩根菌、多杀巴斯德氏菌、产碱普罗威登斯菌、霍乱弧菌、卡他莫拉菌、铜绿假单胞菌、淋病奈瑟氏菌、脑膜炎奈瑟氏菌、嗜水气单胞菌、弗氏柠檬酸杆菌、产气肠杆菌、阴沟肠杆菌、大肠杆菌、产酸克雷伯菌、肺炎克雷伯菌、奇异变形杆菌、肠道沙门氏菌、粘质沙雷氏菌、痢疾志贺氏菌、索氏志贺氏菌、小肠结肠炎耶尔森氏菌、鼠疫耶尔森氏菌、鲍氏不动杆菌、流产布鲁氏菌和
Flavobacterium ceti；
当在位置396、398、399、400和401分别存在A、T、G、C和C时确定所述细菌为选自革兰氏阴性需氧物种，嗜肺军团菌、洋葱伯克氏菌和Cardiobacterium valvarum的第4组细菌；
当在位置396、398、399、400和401分别存在C、T、A、C和C时确定所述细菌为第5组细菌，嗜麦芽寡养单胞菌；
当在位置396、398、399、400和401分别存在C、A、G、T和A时确定所述细菌为选自革兰氏阴性厌氧物种颊普雷沃氏菌、产黑色普雷沃氏菌、脆弱拟杆菌、中间普雷沃氏菌的第6组细菌；或
当在位置396、398、399、400和401分别存在C、A、G、T和C时确定所述细菌为第7组细菌，牙龈卟啉单胞菌。
52.如权利要求51所述的方法，其中如果所述细菌被确定为第1组细菌，所述方法还包
括分析所述核酸在对应于SEQ ID NO:1中列出的16S rRNA基因的位置490、491、492、493、
495、496、500和501的位置的SNP，其中
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在A、A、C、C、G、A、C和C时确定所述细菌为选自炭疽芽孢杆菌、粪肠球菌、屎肠球菌和单核细胞增多性李斯特氏菌的1a组细菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在A、A、C、C、G、A、G和G时确定所述细菌为选自无乳链球菌、咽峡炎链球菌、星座链球菌、停乳链球菌、中间链球菌和酿脓链球菌的1b组细菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在A、A、C、C、G、A、T和C时确定所述细菌为1c组细菌，肠乳杆菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在A、A、C、G、A、T、C和A时确定所述细菌为选自幽门螺杆菌和大肠弯曲杆菌的1d组细菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在A、A、G、G、G、G、C和C时确定所述细菌为1e组细菌，产气荚膜梭菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在A、A、T、C、G、A、C和C时确定所述细菌为选自金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、溶血葡萄球菌、人葡萄球菌和腐生葡萄球菌的1f组细菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在G、A、A、G、A、T、C和T时确定所述细菌为1g组细菌，链状真杆菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在G、A、A、T、G、A、C和C时确定所述细菌为1h组细菌，殊异韦荣氏球菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在G、A、G、G、G、G、C和C时确定所述细菌为1i组细菌，艰难梭菌；
其中当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在T、A、C、C、G、A、C和C时确定所述细菌为1j组细菌，红斑丹毒丝菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在T、A、C、C、G、A、G和G时确定所述细菌为选自牛链球菌、缓症链球菌、变异链球菌、口腔链球菌、肺炎链球菌、血链球菌、远缘链球菌的1k组细菌；且
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在T、G、T、G、G、G、C和C时确定细菌为1l组细菌Peptostreptococcus stomatis。
53.如权利要求51所述的方法，其中如果所述细菌被确定为第2组细菌，所述方法还包
括分析所述核酸在对应于SEQ ID NO:1中列出的16S rRNA基因的位置490、491、492、493、
496、499和501的位置的SNP，其中
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在A、G、A、T、G、G和A时确定所述细菌为2a组细菌，白喉棒状杆菌；
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、C、A、G、G、G和A时确定所述细菌为选自刚果嗜皮菌、藤黄微球菌和马红球菌的2b组细菌；
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、C、A、G、G、G和A时确定所述细菌为选自环圈链霉菌和索马里链霉菌的2c组细菌；
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、C、C、T、A、A和C时确定所述细菌为2d组细菌，问号钩端螺旋体；
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、G、A、G、G、G和A时确定所述细菌为2e组细菌，结核分枝杆菌；
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、G、A、T、G、G和A时确定所述细菌为选自杰氏棒状杆菌和解脲棒状杆菌的2f组细菌；
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、G、G、G、G、G和G时确定所述细菌为2g组细菌，克氏动弯杆菌；
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、G、T、A、G、G和A时确定所述细菌为选自沙眼衣原体和肺炎嗜性衣原体的2h组细菌；且
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、T、A、G、G、G和A时确定所述细菌为选自星状诺卡氏菌和巴西诺卡氏菌的2i组细菌，且
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、T、T、G、G、G和A时确定细菌为2j组细菌，Actinomyces massiliensis。
54.如权利要求51所述的方法，其中如果所述细菌被确定为第3组细菌，所述方法还包
括分析所述核酸在对应于SEQ ID NO:1中列出的16S rRNA基因的位置490、491、496和501的位置的SNP，其中
当在位置490、491、496和501分别存在A、C、G和A时确定所述细菌为选自人放线杆菌、迟缓爱德华菌、杜克雷嗜血杆菌、流感嗜血杆菌、副溶血嗜血杆菌、副流感嗜血杆菌、摩氏摩根菌、多杀巴斯德氏菌、产碱普罗威登斯菌和霍乱弧菌的3a组细菌；
当在位置490、491、496和501分别存在A、C、T和A时确定所述细菌为选自卡他莫拉菌和铜绿假单胞菌的3b组细菌；
当在位置490、491、496和501分别存在G、A、T和A时确定所述细菌为选自淋病奈瑟氏菌和脑膜炎奈瑟氏菌的3c组细菌；
当在位置490、491、496和501分别存在G、C、G和A时确定所述细菌为选自嗜水气单胞菌、弗氏柠檬酸杆菌、产气肠杆菌、阴沟肠杆菌、大肠杆菌、产酸克雷伯菌、肺炎克雷伯菌、奇异变形杆菌、肠道沙门氏菌、粘质沙雷氏菌、痢疾志贺氏菌、索氏志贺氏菌、小肠结肠炎耶尔森氏菌和鼠疫耶尔森氏菌的3d组细菌；
当在位置490、491、496和501分别存在G、C、T和A时确定所述细菌为3e组细菌，鲍氏不动杆菌；
当在位置490、491、496和501分别存在G、G、G和C时确定细菌为3f组细菌，流产布鲁氏菌；且
当在位置490、491、496和501分别存在T、A、T和A时确定所述细菌为3g组细菌，
Flavobacterium ceti。
55.如权利要求51所述的方法，其中如果所述细菌被确定为第4组细菌，所述方法还包
括分析所述核酸在对应于SEQ ID NO:1中列出的16S rRNA基因的位置490、491、496和499的位置的SNP，其中
当在位置490、491、496和499分别存在A、C、G和C时确定所述细菌为4a组细菌，嗜肺军团菌；
当在位置490、491、496和499分别存在G、A、T和G时确定所述细菌为4b组细菌，洋葱伯克氏菌；且
当在位置490、491、496和499分别存在G、C、G和G时确定所述细菌为4c组细菌，
Cardiobacterium valvarum。
56.如权利要求51所述的方法，其中如果所述细菌被确定为第6组细菌，所述方法还包
括分析所述核酸在对应于SEQ ID NO:1中列出的16S rRNA基因的位置490、491和496的位置的SNP，其中
当在位置490、491和496分别存在C、A和T时确定细菌为6a组细菌，颊普雷沃氏菌；
当在位置490、491和496分别存在T、A和C时确定细菌为6b组细菌，产黑色普雷沃氏菌；
当在位置490、491和496分别存在T、A和T时确定细菌为6c组细菌，脆弱拟杆菌；且
当在位置490、491和496分别存在T、T和C时确定细菌为6d组细菌，中间普雷沃氏菌。
57.如权利要求43至56任一项所述的方法，还包括确定所述样品中真菌细胞的数量。
58.如权利要求46至57任一项所述的方法，还包括确定所述样品中细菌的数量。
59.如权利要求43至58任一项所述的方法，其中所述样品是来自哺乳动物(例如，人类)受试者的生物样品。
60.如权利要求59所述的方法，其中所述生物样品选自血液、组织、痰、灌洗液、粪便、尿液和唾液。
61.如权利要求59所述的方法，其中所述生物样品是血液。
62.如权利要求43至61任一项所述的方法，其中在分析之前从所述样品中提取所述核
酸。
63.如权利要求43至62任一项所述的方法，其中所述分析包括扩增所述核酸。
64.如权利要求43至63任一项所述的方法，其中所述分析利用测序、5'核酸酶消化、分子信标、寡核苷酸连接、微阵列、或其任何组合进行。
65.一种诊断受试者(例如，人类)中的败血症的方法，包括分析来自所述受试者血液的核酸在16S rRNA基因中的SNP和5.8s rRNA基因中的SNP，其中所述SNP的存在指示败血症，其中：
16S rRNA基因中的SNP在对应于SEQ ID NO:1中列出的16S rRNA基因的位置396的位
置，且其中当在位置396存在C时诊断为革兰氏阴性细菌感染导致的败血症，且当在位置396存在G时诊断为革兰氏阳性细菌感染导致的败血症；且
5.8s rRNA基因中的SNP在对应于SEQ ID NO:2中列出的5.8S rRNA基因的位置142、
144、146、147、148、154、157、164、167、185、187、188、194、197、213、215、216、219、223、231、
232、236、245、251或256的位置，且当在位置142存在C；在位置144存在A；在位置146存在A；
在位置147存在A；在位置148存在C；在位置154存在T；在位置157存在T；在位置164存在C或G；在位置167存在A；在位置185存在G；在位置187存在A；在位置188存在A；在位置194存在T；
在位置197存在G；在位置213存在A；在位置215存在T；在位置216存在T；在位置219存在G；在位置223存在A；在位置231存在G或A；在位置232存在T；在位置236存在T；在位置245存在C或A；在位置251存在C；或在位置256存在T时诊断为真菌感染导致的败血症。
66.如权利要求65所述的方法，其中所述细菌感染是被选自以下的细菌感染：金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、溶血葡萄球菌、人葡萄球菌、腐生葡萄球菌、粪肠球菌、屎肠球菌、产气荚膜梭菌、咽峡炎链球菌、星座链球菌、中间链球菌、缓症链球菌、变异链球菌、血链球菌、远缘链球菌和口腔链球菌、肺炎链球菌、无乳链球菌、牛链球菌、血链球菌、停乳链球菌、变异链球菌和酿脓链球菌、大肠杆菌、鲍氏不动杆菌、脆弱拟杆菌、洋葱伯克氏菌、肺炎克雷伯菌、产酸克雷伯菌、铜绿假单胞菌、产气肠杆菌、阴沟肠杆菌、粘质沙雷氏菌、奇异变形杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、摩氏摩根菌、流感嗜血杆菌、脑膜炎奈瑟氏菌、嗜麦芽寡养单胞菌、颊普雷沃氏菌、中间普雷沃氏菌和产黑色普雷沃氏菌。
67.一种诊断受试者(例如，人类)中的败血症的方法，包括分析来自所述受试者血液的核酸在16S rRNA基因中的SNP和5.8s rRNA基因中的SNP，其中所述SNP的存在指示败血症，其中：
16S rRNA基因中的SNP在对应于SEQ ID NO:1中列出的16S rRNA基因的位置278、286、
396、398和648的位置，且其中当：
在位置396存在C；
在位置396存在A，在位置398存在C和在位置278存在T；
在位置396存在A，在位置398存在C，在位置278存在A，在位置286存在G和在位置648存在G；或
在位置396存在A，在位置398存在C，在位置278存在G，在位置286存在G和在位置648存在G时诊断为革兰氏阴性细菌感染导致的败血症；且当
在位置396存在G；
在位置396存在A，在位置398存在C和在位置278存在C；
在位置396存在A，在位置398存在C，在位置278存在G和在位置286存在A；
在位置396存在A，在位置398存在C，在位置278存在A和在位置286存在A；
在位置396存在A，在位置398存在C，在位置278存在A，在位置286存在G和在位置648存在A；或
在位置396存在A，在位置398存在C，在位置278存在G，在位置286存在G和在位置648存在T或A时诊断为革兰氏阳性细菌感染导致的败血症；且
5.8s rRNA基因中的SNP在对应于SEQ ID NO:2中列出的5.8s rRNA基因的位置142、
144、146、147、148、154、157、164、167、185、187、188、194、197、213、215、216、219、223、231、
232、236、245、251或256的位置，且当在位置142存在C；在位置144存在A；在位置146存在A；
在位置147存在A；在位置148存在C；在位置154存在T；在位置157存在T；在位置164存在C或G；在位置167存在A；在位置185存在G；在位置187存在A；在位置188存在A；在位置194存在T；
在位置197存在G；在位置213存在A；在位置215存在T；在位置216存在T；在位置219存在G；在位置223存在A；在位置231存在G或A；在位置232存在T；在位置236存在T；在位置245存在C或A；在位置251存在C；或在位置256存在T时诊断为真菌感染导致的败血症。
68.如权利要求67所述的方法，其中所述细菌感染是被选自金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、溶血葡萄球菌、人葡萄球菌、腐生葡萄球菌、粪肠球菌、屎肠球菌、产气荚膜梭菌、咽峡炎链球菌、星座链球菌、中间链球菌、缓症链球菌、变异链球菌、血链球菌、远缘链球菌和口腔链球菌、肺炎链球菌、无乳链球菌、牛链球菌、血链球菌、停乳链球菌、变异链球菌、酿脓链球菌、大肠杆菌、鲍氏不动杆菌、脆弱拟杆菌、洋葱伯克氏菌、肺炎克雷伯菌、产酸克雷伯菌、铜绿假单胞菌、产气肠杆菌、阴沟肠杆菌、粘质沙雷氏菌、奇异变形杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、摩氏摩根菌、流感嗜血杆菌、脑膜炎奈瑟氏菌、嗜麦芽寡养单胞菌、颊普雷沃氏菌、中间普雷沃氏菌、产黑色普雷沃氏菌、肠道沙门氏菌、粘质沙雷氏菌、流感嗜血杆菌、大肠弯曲杆菌、空肠弯曲杆菌、红嘴鸥弯曲杆菌、胎儿弯曲杆菌、同性恋螺杆菌、幽门螺杆菌、流产嗜性衣原体、非典型韦荣氏球菌、小韦荣氏球菌、龋齿韦荣氏球菌、琼脂韦荣氏球菌、环圈链霉菌、索马里链霉菌和结核分枝杆菌的细菌感染。
69.如权利要求68所述的方法，还包括当败血症被确定为由革兰氏阳性细菌或革兰氏
阴性细菌导致时，鉴定所述细菌或将所述细菌鉴定为一组细菌之一，其中：
在位置396的C指示，所述细菌是选自以下的革兰氏阴性细菌：产黑色普雷沃氏菌、中间普雷沃氏菌、颊普雷沃氏菌、脆弱拟杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、产气肠杆菌、产酸克雷伯菌、粘质沙雷氏菌、摩氏摩根菌、嗜麦芽寡养单胞菌、鲍氏不动杆菌、阴沟肠杆菌、肺炎克雷伯菌、肠道沙门氏菌、大肠杆菌、奇异变形杆菌、脑膜炎奈瑟氏菌、铜绿假单胞菌、流感嗜血杆菌和洋葱伯克氏菌；
在位置396的A、在位置398的C和在位置278的T指示，所述细菌是选自大肠弯曲杆菌、空肠弯曲杆菌、红嘴鸥弯曲杆菌、胎儿弯曲杆菌、同性恋螺杆菌、幽门螺杆菌和流产嗜性衣原体的革兰氏阴性细菌；
在位置396的A、在位置398的C、在位置278的A、在位置286的G和在位置648的G指示，所述细菌是革兰氏阴性细菌，琼脂韦荣氏球菌；
在位置396的A、在位置398的C、在位置278的G、在位置286的G和在位置648的G指示，所述细菌是革兰氏阴性细菌非典型韦荣氏球菌、小韦荣氏球菌和龋齿韦荣氏球菌；
在位置396的G指示，所述细菌是选自环圈链霉菌、索马里链霉菌和结核分枝杆菌的革
兰氏阳性细菌；
在位置396的A、在位置398的C和在位置278的C指示，所述细菌是革兰氏阳性细菌粪肠
球菌或屎肠球菌；
在位置396的A、在位置398的C、在位置278的G、在位置286的T和在位置648的T指示，所述细菌是革兰氏阳性细菌，产气荚膜梭菌；
在位置396的A、在位置398的C、在位置278的G和在位置286的A指示，所述细菌是革兰氏阳性细菌牛链球菌、无乳链球菌、停乳链球菌、酿脓链球菌、咽峡炎链球菌、中间链球菌、缓症链球菌、变异链球菌、肺炎链球菌和血链球菌；或
在位置396的A、在位置398的C、在位置278的A和在位置286的A指示，所述细菌是选自金黄色葡萄球菌、远缘链球菌、星座链球菌和口腔链球菌的革兰氏阳性细菌；
在位置396的A、在位置398的C、在位置278的A、在位置286的G和在位置648的A指示，所述细菌是革兰氏阳性细菌，表皮葡萄球菌或人葡萄球菌；且
在位置396的A、在位置398的C、在位置278的G、在位置286的G和在位置648的T或A指示，所述细菌是革兰氏阳性细菌，溶血葡萄球菌。
70.一种诊断哺乳动物(例如，人类)受试者中的败血症的方法，包括分析来自所述受试者血液的核酸在16S rRNA基因中的SNP和5.8s rRNA基因中的SNP，其中所述SNP的存在指示败血症，其中：
16S rRNA基因中的SNP在对应于SEQ ID NO:1中列出的16S rRNA基因的位置396的位
置，且其中当在位置396存在C时诊断为革兰氏阴性细菌感染导致的败血症，且当在位置396存在G时诊断为革兰氏阳性细菌感染导致的败血症；且
5.8s rRNA基因中的SNP在对应于SEQ ID NO:2的位置254的位置；对应于SEQ ID NO:2
的位置160或255的位置；和对应于SEQ ID NO:2的位置163、164、165、196、202、223、224或
259的任何两个位置，且其中基于下表中列出的SNP的存在诊断由选自白色念珠菌、热带念珠菌、近平滑念珠菌、克鲁斯念珠菌、光滑念珠菌、荚膜组织胞浆菌、葡萄穗霉属、尖端赛多孢子菌、镰孢菌属、烟曲霉和新型隐球菌的真菌感染导致的败血症：
71.如权利要求70所述的方法，其中所述细菌感染是被选自以下的细菌感染：金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、溶血葡萄球菌、人葡萄球菌、腐生葡萄球菌、粪肠球菌、屎肠球菌、产气荚膜梭菌、咽峡炎链球菌、星座链球菌、中间链球菌、缓症链球菌、变异链球菌、血链球菌、远缘链球菌和口腔链球菌、肺炎链球菌、无乳链球菌、牛链球菌、血链球菌、停乳链球菌、变异链球菌和酿脓链球菌、大肠杆菌、鲍氏不动杆菌、脆弱拟杆菌、洋葱伯克氏菌、肺炎克雷伯菌、产酸克雷伯菌、铜绿假单胞菌、产气肠杆菌、阴沟肠杆菌、粘质沙雷氏菌、奇异变形杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、摩氏摩根菌、流感嗜血杆菌、脑膜炎奈瑟氏菌、嗜麦芽寡养单胞菌、颊普雷沃氏菌、中间普雷沃氏菌和产黑色普雷沃氏菌。
72.一种诊断哺乳动物(例如，人类)受试者中的败血症的方法，包括分析来自受试者血液的核酸在16S rRNA基因中的SNP和5.8s rRNA基因中的SNP，其中所述SNP的存在指示败血症，其中：
16S rRNA基因中的SNP在对应于SEQ ID NO:1中列出的16S rRNA基因的位置278、286、
396、398和648的位置，且其中当：
在位置396存在C；
在位置396存在A，在位置398存在C和在位置278存在T；
在位置396存在A，在位置398存在C，在位置278存在A，在位置286存在G和在位置648存在G；或
在位置396存在A，在位置398存在C，在位置278存在G，在位置286存在G和在位置648存在G时诊断为革兰氏阴性细菌感染导致的败血症；且当
在位置396存在G；
在位置396存在A，在位置398存在C和在位置278存在C；
在位置396存在A，在位置398存在C，在位置278存在G和在位置286存在A；
在位置396存在A，在位置398存在C，在位置278存在A和在位置286存在A；在位置396存在A，在位置398存在C，在位置278存在A，在位置286存在G和在位置648存在A；或
在位置396存在A，在位置398存在C，在位置278存在G，在位置286存在G和在位置648存在T或A时诊断为革兰氏阳性细菌感染导致的败血症；且
5.8s rRNA基因中的SNP在对应于SEQ ID NO:2的位置254的位置；对应于SEQ ID NO:2
的位置160或255的位置；和对应于SEQ ID NO:2的位置163、164、165、196、202、223、224或
259的任何两个位置，且其中基于下表中列出的SNP的存在诊断由选自白色念珠菌、热带念珠菌、近平滑念珠菌、克鲁斯念珠菌、光滑念珠菌、荚膜组织胞浆菌、葡萄穗霉属、尖端赛多孢子菌、镰孢菌属、烟曲霉和新型隐球菌的真菌感染导致的败血症：
73.如权利要求72所述的方法，其中所述细菌感染是被选自以下的细菌感染：金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、溶血葡萄球菌、人葡萄球菌、腐生葡萄球菌、粪肠球菌、屎肠球菌、产气荚膜梭菌、咽峡炎链球菌、星座链球菌、中间链球菌、缓症链球菌、变异链球菌、血链球菌、远缘链球菌和口腔链球菌、肺炎链球菌、无乳链球菌、牛链球菌、血链球菌、停乳链球菌、变异链球菌、酿脓链球菌、大肠杆菌、鲍氏不动杆菌、脆弱拟杆菌、洋葱伯克氏菌、肺炎克雷伯菌、产酸克雷伯菌、铜绿假单胞菌、产气肠杆菌、阴沟肠杆菌、粘质沙雷氏菌、奇异变形杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、摩氏摩根菌、流感嗜血杆菌、脑膜炎奈瑟氏菌、嗜麦芽寡养单胞菌、颊普雷沃氏菌、中间普雷沃氏菌、产黑色普雷沃氏菌、肠道沙门氏菌、粘质沙雷氏菌、流感嗜血杆菌、大肠弯曲杆菌、空肠弯曲杆菌、红嘴鸥弯曲杆菌、胎儿弯曲杆菌、同性恋螺杆菌、幽门螺杆菌、流产嗜性衣原体、非典型韦荣氏球菌、小韦荣氏球菌、龋齿韦荣氏球菌、琼脂韦荣氏球菌、环圈链霉菌、索马里链霉菌和结核分枝杆菌的细菌感染。
74.如权利要求73所述的方法，还包括当败血症被确定为由革兰氏阳性细菌或革兰氏
阴性细菌导致时，鉴定所述细菌或将所述细菌鉴定为一组细菌之一，其中：
在位置396的C指示，细菌是选自以下的革兰氏阴性细菌：产黑色普雷沃氏菌、中间普雷沃氏菌、颊普雷沃氏菌、脆弱拟杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、产气肠杆菌、产酸克雷伯菌、粘质沙雷氏菌、摩氏摩根菌、嗜麦芽寡养单胞菌、鲍氏不动杆菌、阴沟肠杆菌、肺炎克雷伯菌、肠道沙门氏菌、大肠杆菌、奇异变形杆菌、脑膜炎奈瑟氏菌、铜绿假单胞菌、流感嗜血杆菌和洋葱伯克氏菌；
在位置396的A、在位置398的C和在位置278的T指示，细菌是选自大肠弯曲杆菌、空肠弯曲杆菌、红嘴鸥弯曲杆菌、胎儿弯曲杆菌、同性恋螺杆菌、幽门螺杆菌和流产嗜性衣原体的革兰氏阴性细菌；
在位置396的A、在位置398的C、在位置278的A、在位置286的G和在位置648的G指示，细菌是革兰氏阴性细菌琼脂韦荣氏球菌；
在位置396的A、在位置398的C、在位置278的G、在位置286的G和在位置648的G指示，细菌是革兰氏阴性细菌非典型韦荣氏球菌、小韦荣氏球菌和龋齿韦荣氏球菌；
在位置396的G指示，细菌是选自环圈链霉菌、索马里链霉菌和结核分枝杆菌的革兰氏
阳性细菌；
在位置396的A、在位置398的C和在位置278的C指示，细菌是革兰氏阳性细菌粪肠球菌
或屎肠球菌；
在位置396的A、在位置398的C、在位置278的G、在位置286的T和在位置648的T指示，细菌是革兰氏阳性细菌，产气荚膜梭菌；
在位置396的A、在位置398的C、在位置278的G和在位置286的A指示，细菌是革兰氏阳性细菌牛链球菌、无乳链球菌、停乳链球菌、酿脓链球菌、咽峡炎链球菌、中间链球菌、缓症链球菌、变异链球菌、肺炎链球菌和血链球菌；或
在位置396的A、在位置398的C、在位置278的A和在位置286的A指示，细菌是选自金黄色葡萄球菌、远缘链球菌、星座链球菌和口腔链球菌的革兰氏阳性细菌；
在位置396的A、在位置398的C、在位置278的A、在位置286的G和在位置648的A指示，细菌是革兰氏阳性细菌，表皮葡萄球菌或人葡萄球菌；且
在位置396的A、在位置398的C、在位置278的G、在位置286的G和在位置648的T或A指示，细菌是革兰氏阳性细菌，溶血葡萄球菌。
75.一种诊断哺乳动物(例如，人类)受试者中的败血症的方法，包括分析来自所述受试者血液的核酸在16S rRNA基因中的SNP和5.8s rRNA基因中的SNP，其中所述SNP的存在指示败血症，其中：
16S rRNA基因中的SNP在对应于SEQ ID NO:1中列出的16S rRNA基因的位置396、398、
399、400和401的位置，且其中：
当在位置396、398、399、400和401分别存在A、C、G、C和C时诊断为选自革兰氏阳性物种，炭疽芽孢杆菌、粪肠球菌、屎肠球菌、单核细胞增多性李斯特氏菌、无乳链球菌、咽峡炎链球菌、星座链球菌、停乳链球菌、中间链球菌、酿脓链球菌、肠乳杆菌、产气荚膜梭菌、金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、溶血葡萄球菌、人葡萄球菌、腐生葡萄球菌、链状真杆菌、艰难梭菌、红斑丹毒丝菌、牛链球菌、缓症链球菌、变异链球菌、口腔链球菌、肺炎链球菌、血链球菌、远缘链球菌和Peptostreptococcus stomatis或革兰氏阴性物种，幽门螺杆菌、大肠弯曲杆菌和殊异韦荣氏球菌的第1组细菌导致的败血症；
当在位置396、398、399、400和401分别存在G、C、G、C和C时诊断为选自革兰氏阳性物种，白喉棒状杆菌、刚果嗜皮菌、藤黄微球菌、马红球菌、环圈链霉菌、索马里链霉菌、结核分枝杆菌、杰氏棒状杆菌、解脲棒状杆菌、克氏动弯杆菌、星状诺卡氏菌、巴西诺卡氏菌和Actinomyces massiliensis或革兰氏阴性物种，问号钩端螺旋体、沙眼衣原体和肺炎嗜性衣原体的第2组细菌导致的败血症；
当在位置396、398、399、400和401分别存在C、T、G、C和C时诊断为选自革兰氏阴性需氧细菌的第3组细菌导致的败血症，所述革兰氏阴性需氧细菌选自人放线杆菌、迟缓爱德华菌、杜克雷嗜血杆菌、流感嗜血杆菌、副溶血嗜血杆菌、副流感嗜血杆菌、摩氏摩根菌、多杀巴斯德氏菌、产碱普罗威登斯菌、霍乱弧菌、卡他莫拉菌、铜绿假单胞菌、淋病奈瑟氏菌、脑膜炎奈瑟氏菌、嗜水气单胞菌、弗氏柠檬酸杆菌、产气肠杆菌、阴沟肠杆菌、大肠杆菌、产酸克雷伯菌、肺炎克雷伯菌、奇异变形杆菌、肠道沙门氏菌、粘质沙雷氏菌、痢疾志贺氏菌、索氏志贺氏菌、小肠结肠炎耶尔森氏菌、鼠疫耶尔森氏菌、鲍氏不动杆菌、流产布鲁氏菌和Flavobacterium ceti；
当在位置396、398、399、400和401分别存在A、T、G、C和C时诊断为选自革兰氏阴性需氧物种，嗜肺军团菌、洋葱伯克氏菌和Cardiobacterium valvarum的第4组细菌导致的败血症；
当在位置396、398、399、400和401分别存在C、T、A、C和C时诊断为第5组细菌，嗜麦芽寡养单胞菌导致的败血症；
当在位置396、398、399、400和401分别存在C、A、G、T和A时诊断为选自革兰氏阴性厌氧物种，颊普雷沃氏菌、产黑色普雷沃氏菌、脆弱拟杆菌、中间普雷沃氏菌的第6组细菌导致的败血症；
当在位置396、398、399、400和401分别存在C、A、G、T和C时诊断为第7组细菌，牙龈卟啉单胞菌导致的败血症；且
5.8s rRNA基因中的SNP在对应于SEQ ID NO:2中列出的5.8S rRNA基因的位置142、
144、146、147、148、154、157、164、167、185、187、188、194、197、213、215、216、219、223、231、
232、236、245、251或256的位置，且当在位置142存在C；在位置144存在A；在位置146存在A；
在位置147存在A；在位置148存在C；在位置154存在T；在位置157存在T；在位置164存在C或G；在位置167存在A；在位置185存在G；在位置187存在A；在位置188存在A；在位置194存在T；
在位置197存在G；在位置213存在A；在位置215存在T；在位置216存在T；在位置219存在G；在位置223存在A；在位置231存在G或A；在位置232存在T；在位置236存在T；在位置245存在C或A；在位置251存在C；或在位置256存在T时诊断为真菌感染导致的败血症。
76.如权利要求75所述的方法，其中如果由第1组细菌导致的败血症被诊断，所述方法
还包括分析所述核酸在对应于SEQ ID NO:1中列出的16S rRNA基因的位置490、491、492、
493、495、496、500和501的位置的SNP，其中
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在A、A、C、C、G、A、C和C时确定所述细菌为选自炭疽芽孢杆菌、粪肠球菌、屎肠球菌和单核细胞增多性李斯特氏菌的1a组细菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在A、A、C、C、G、A、G和G时确定所述细菌为选自无乳链球菌、咽峡炎链球菌、星座链球菌、停乳链球菌、中间链球菌和酿脓链球菌的1b组细菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在A、A、C、C、G、A、T和C时确定所述细菌为1c组细菌，肠乳杆菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在A、A、C、G、A、T、C和A时确定所述细菌为选自幽门螺杆菌和大肠弯曲杆菌的1d组细菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在A、A、G、G、G、G、C和C时确定所述细菌为1e组细菌，产气荚膜梭菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在A、A、T、C、G、A、C和C时确定所述细菌为选自金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、溶血葡萄球菌、人葡萄球菌和腐生葡萄球菌的1f组细菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在G、A、A、G、A、T、C和T时确定所述细菌为1g组细菌，链状真杆菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在G、A、A、T、G、A、C和C时确定所述细菌为1h组细菌，殊异韦荣氏球菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在G、A、G、G、G、G、C和C时确定所述细菌为1i组细菌，艰难梭菌；
其中当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在T、A、C、C、G、A、C和C时确定所述细菌为1j组细菌，红斑丹毒丝菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在T、A、C、C、G、A、G和G时确定所述细菌为选自牛链球菌、缓症链球菌、变异链球菌、口腔链球菌、肺炎链球菌、血链球菌、远缘链球菌的1k组细菌；且
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在T、G、T、G、G、G、C和C时确定细菌为1l组细菌，Peptostreptococcus stomatis。
77.如权利要求75所述的方法，其中如果由第2组2细菌导致的败血症被诊断，所述方法还包括分析所述核酸在对应于SEQ ID NO:1中列出的16S rRNA基因的位置490、491、492、
493、496、499和501的位置的SNP，其中
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在A、G、A、T、G、G和A时确定所述细菌为2a组细菌，白喉棒状杆菌；
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、C、A、G、G、G和A时确定所述细菌为选自刚果嗜皮菌、藤黄微球菌和马红球菌的2b组细菌；
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、C、A、G、G、G和A时确定所述细菌为选自环圈链霉菌和索马里链霉菌的2c组细菌；
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、C、C、T、A、A和C时确定所述细菌为2d组细菌，问号钩端螺旋体；
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、G、A、G、G、G和A时确定所述细菌为2e组细菌，结核分枝杆菌；
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、G、A、T、G、G和A时确定所述细菌为选自杰氏棒状杆菌和解脲棒状杆菌的2f组细菌；
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、G、G、G、G、G和G时确定所述细菌为2g组细菌克氏动弯杆菌；
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、G、T、A、G、G和A时确定所述细菌为选自沙眼衣原体和肺炎嗜性衣原体的2h组细菌；且
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、T、A、G、G、G和A时确定所述细菌为选自星状诺卡氏菌和巴西诺卡氏菌的2i组细菌，且
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、T、T、G、G、G和A时确定细菌为2j组细菌，Actinomyces massiliensis。
78.如权利要求75所述的方法，其中如果由第3组细菌导致的败血症被诊断，所述方法
还包括分析所述核酸在对应于SEQ ID NO:1中列出的16S rRNA基因的位置490、491、496和
501的位置的SNP，其中
当在位置490、491、496和501分别存在A、C、G和A时确定所述细菌为选自人放线杆菌、迟缓爱德华菌、杜克雷嗜血杆菌、流感嗜血杆菌、副溶血嗜血杆菌、副流感嗜血杆菌、摩氏摩根菌、多杀巴斯德氏菌、产碱普罗威登斯菌和霍乱弧菌的3a组细菌；
当在位置490、491、496和501分别存在A、C、T和A时确定所述细菌为选自卡他莫拉菌和铜绿假单胞菌的3b组细菌；
当在位置490、491、496和501分别存在G、A、T和A时确定所述细菌为选自淋病奈瑟氏菌和脑膜炎奈瑟氏菌的3c组细菌；
当在位置490、491、496和501分别存在G、C、G和A时确定所述细菌为选自嗜水气单胞菌、弗氏柠檬酸杆菌、产气肠杆菌、阴沟肠杆菌、大肠杆菌、产酸克雷伯菌、肺炎克雷伯菌、奇异变形杆菌、肠道沙门氏菌、粘质沙雷氏菌、痢疾志贺氏菌、索氏志贺氏菌、小肠结肠炎耶尔森氏菌和鼠疫耶尔森氏菌的3d组细菌；
当在位置490、491、496和501分别存在G、C、T和A时确定所述细菌为3e组细菌，鲍氏不动杆菌；
当在位置490、491、496和501分别存在G、G、G和C时确定细菌为3f组细菌，流产布鲁氏菌；且
当在位置490、491、496和501分别存在T、A、T和A时确定所述细菌为3g组细菌
Flavobacterium ceti。
79.如权利要求75所述的方法，其中如果由第4组细菌导致的败血症被诊断，所述方法
还包括分析所述核酸在对应于SEQ ID NO:1中列出的16S rRNA基因的位置490、491、496和
499的位置的SNP，其中
当在位置490、491、496和499分别存在A、C、G和C时确定所述细菌为4a组细菌，嗜肺军团菌；
当在位置490、491、496和499分别存在G、A、T和G时确定所述细菌为4b组细菌，洋葱伯克氏菌；且
当在位置490、491、496和499分别存在G、C、G和G时确定所述细菌为4c组细菌，
Cardiobacterium valvarum。
80.如权利要求75所述的方法，其中如果由第6组细菌导致的败血症被诊断，所述方法
还包括分析所述核酸在对应于SEQ ID NO:1中列出的16S rRNA基因的位置490、491和496的位置的SNP，其中
当在位置490、491和496分别存在C、A和T时确定所述细菌为6a组细菌，颊普雷沃氏菌；
当在位置490、491和496分别存在T、A和C时确定所述细菌为6b组细菌，产黑色普雷沃氏菌；
当在位置490、491和496分别存在T、A和T时确定所述细菌为6c组细菌，脆弱拟杆菌；且当在位置490、491和496分别存在T、T和C时确定细菌为6b组细菌，中间普雷沃氏菌。
81.一种诊断哺乳动物(例如，人类)受试者中的败血症的方法，包括分析来自所述受试者血液的核酸在16S rRNA基因中的SNP和5.8s rRNA基因中的SNP，其中所述SNP的存在指示败血症，其中：
16S rRNA基因中的SNP在对应于SEQ ID NO:1中列出的16S rRNA基因的位置396、398、
399、400和401的位置，且其中：
当在位置396、398、399、400和401分别存在A、C、G、C和C时诊断为选自革兰氏阳性物种，炭疽芽孢杆菌、粪肠球菌、屎肠球菌、单核细胞增多性李斯特氏菌、无乳链球菌、咽峡炎链球菌、星座链球菌、停乳链球菌、中间链球菌、酿脓链球菌、肠乳杆菌、产气荚膜梭菌、金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、溶血葡萄球菌、人葡萄球菌、腐生葡萄球菌、链状真杆菌、艰难梭菌、红斑丹毒丝菌、牛链球菌、缓症链球菌、变异链球菌、口腔链球菌、肺炎链球菌、血链球菌、远缘链球菌和Peptostreptococcus stomatis或革兰氏阴性物种，幽门螺杆菌、大肠弯曲杆菌和殊异韦荣氏球菌的第1组细菌导致的败血症；
当在位置396、398、399、400和401分别存在G、C、G、C和C时诊断为选自革兰氏阳性物种，白喉棒状杆菌、刚果嗜皮菌、藤黄微球菌、马红球菌、环圈链霉菌、索马里链霉菌、结核分枝杆菌、杰氏棒状杆菌、解脲棒状杆菌、克氏动弯杆菌、星状诺卡氏菌、巴西诺卡氏菌和Actinomyces massiliensis或革兰氏阴性物种问号钩端螺旋体、沙眼衣原体和肺炎嗜性衣原体的第2组细菌导致的败血症；
当在位置396、398、399、400和401分别存在C、T、G、C和C时诊断为选自革兰氏阴性需氧细菌的第3组细菌导致的败血症，所述革兰氏阴性需氧细菌选自人放线杆菌、迟缓爱德华菌、杜克雷嗜血杆菌、流感嗜血杆菌、副溶血嗜血杆菌、副流感嗜血杆菌、摩氏摩根菌、多杀巴斯德氏菌、产碱普罗威登斯菌、霍乱弧菌、卡他莫拉菌、铜绿假单胞菌、淋病奈瑟氏菌、脑膜炎奈瑟氏菌、嗜水气单胞菌、弗氏柠檬酸杆菌、产气肠杆菌、阴沟肠杆菌、大肠杆菌、产酸克雷伯菌、肺炎克雷伯菌、奇异变形杆菌、肠道沙门氏菌、粘质沙雷氏菌、痢疾志贺氏菌、索氏志贺氏菌、小肠结肠炎耶尔森氏菌、鼠疫耶尔森氏菌、鲍氏不动杆菌、流产布鲁氏菌和Flavobacterium ceti；
当在位置396、398、399、400和401分别存在A、T、G、C和C时诊断为选自革兰氏阴性需氧物种，嗜肺军团菌、洋葱伯克氏菌和Cardiobacterium valvarum的第4组细菌导致的败血症；
当在位置396、398、399、400和401分别存在C、T、A、C和C时诊断为第5组细菌，嗜麦芽寡养单胞菌导致的败血症；
当在位置396、398、399、400和401分别存在C、A、G、T和A时诊断为选自革兰氏阴性厌氧物种，颊普雷沃氏菌、产黑色普雷沃氏菌、脆弱拟杆菌、中间普雷沃氏菌的第6组细菌导致的败血症；
当在位置396、398、399、400和401分别存在C、A、G、T和C时诊断为第7组细菌，牙龈卟啉单胞菌导致的败血症；且
5.8s rRNA基因中的SNP在对应于SEQ ID NO:2的位置254的位置；对应于SEQ ID NO:2
的位置160或255的位置；和对应于SEQ ID NO:2的位置163、164、165、196、202、223、224或
259的任何两个位置，且其中基于下表中列出的SNP的存在诊断由选自白色念珠菌、热带念珠菌、近平滑念珠菌、克鲁斯念珠菌、光滑念珠菌、荚膜组织胞浆菌、葡萄穗霉属、尖端赛多孢子菌、镰孢菌属、烟曲霉和新型隐球菌的真菌感染导致的败血症：
82.如权利要求81所述的方法，其中如果由第1组细菌导致的败血症被诊断，所述方法
还包括分析所述核酸在对应于SEQ ID NO:1中列出的16S rRNA基因的位置490、491、492、
493、495、496、500和501的位置的SNP，其中
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在A、A、C、C、G、A、C和C时确定所述细菌为选自炭疽芽孢杆菌、粪肠球菌、屎肠球菌和单核细胞增多性李斯特氏菌的1a组细菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在A、A、C、C、G、A、G和G时确定所述细菌为选自无乳链球菌、咽峡炎链球菌、星座链球菌、停乳链球菌、中间链球菌和酿脓链球菌的1b组细菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在A、A、C、C、G、A、T和C时确定所述细菌为1c组细菌，肠乳杆菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在A、A、C、G、A、T、C和A时确定所述细菌为选自幽门螺杆菌和大肠弯曲杆菌的1d组细菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在A、A、G、G、G、G、C和C时确定所述细菌为1e组细菌，产气荚膜梭菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在A、A、T、C、G、A、C和C时确定所述细菌为选自金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、溶血葡萄球菌、人葡萄球菌和腐生葡萄球菌的1f组细菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在G、A、A、G、A、T、C和T时确定所述细菌为1g组细菌，链状真杆菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在G、A、A、T、G、A、C和C时确定所述细菌为1h组细菌，殊异韦荣氏球菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在G、A、G、G、G、G、C和C时确定所述细菌为1i组细菌，艰难梭菌；
其中当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在T、A、C、C、G、A、C和C时确定所述细菌为1j组细菌，红斑丹毒丝菌；
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在T、A、C、C、G、A、G和G时确定所述细菌为选自牛链球菌、缓症链球菌、变异链球菌、口腔链球菌、肺炎链球菌、血链球菌、远缘链球菌的1k组细菌；且
当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在T、G、T、G、G、G、C和C时确定细菌为1l组细菌，Peptostreptococcus stomatis。
83.如权利要求81所述的方法，其中如果由第2组2细菌导致的败血症被诊断，所述方法还包括分析所述核酸在对应于SEQ ID NO:1中列出的16S rRNA基因的位置490、491、492、
493、496、499和501的位置的SNP，其中
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在A、G、A、T、G、G和A时确定所述细菌为2a组细菌，白喉棒状杆菌；
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、C、A、G、G、G和A时确定所述细菌为选自刚果嗜皮菌、藤黄微球菌和马红球菌的2b组细菌；
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、C、A、G、G、G和A时确定所述细菌为选自环圈链霉菌和索马里链霉菌的2c组细菌；
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、C、C、T、A、A和C时确定所述细菌为2d组细菌问号钩端螺旋体；
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、G、A、G、G、G和A时确定所述细菌为2e组细菌，结核分枝杆菌；
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、G、A、T、G、G和A时确定所述细菌为选自杰氏棒状杆菌和解脲棒状杆菌的2f组细菌；
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、G、G、G、G、G和G时确定所述细菌为2g组细菌，克氏动弯杆菌；
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、G、T、A、G、G和A时确定所述细菌为选自沙眼衣原体和肺炎嗜性衣原体的2h组细菌；且
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、T、A、G、G、G和A时确定所述细菌为选自星状诺卡氏菌和巴西诺卡氏菌的2i组细菌，且
当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、T、T、G、G、G和A时确定细菌为2j组细菌，Actinomyces massiliensis。
84.如权利要求81所述的方法，其中如果由第3组细菌导致的败血症被诊断，所述方法
还包括分析所述核酸在对应于SEQ ID NO:1中列出的16S rRNA基因的位置490、491、496和
501的位置的SNP，其中
当在位置490、491、496和501分别存在A、C、G和A时确定所述细菌为选自人放线杆菌、迟缓爱德华菌、杜克雷嗜血杆菌、流感嗜血杆菌、副溶血嗜血杆菌、副流感嗜血杆菌、摩氏摩根菌、多杀巴斯德氏菌、产碱普罗威登斯菌和霍乱弧菌的3a组细菌；
当在位置490、491、496和501分别存在A、C、T和A时确定所述细菌为选自卡他莫拉菌和铜绿假单胞菌的3b组细菌；
当在位置490、491、496和501分别存在G、A、T和A时确定所述细菌为选自淋病奈瑟氏菌和脑膜炎奈瑟氏菌的3c组细菌；
当在位置490、491、496和501分别存在G、C、G和A时确定所述细菌为选自嗜水气单胞菌、弗氏柠檬酸杆菌、产气肠杆菌、阴沟肠杆菌、大肠杆菌、产酸克雷伯菌、肺炎克雷伯菌、奇异变形杆菌、肠道沙门氏菌、粘质沙雷氏菌、痢疾志贺氏菌、索氏志贺氏菌、小肠结肠炎耶尔森氏菌和鼠疫耶尔森氏菌的3d组细菌；
当在位置490、491、496和501分别存在G、C、T和A时确定所述细菌为3e组细菌，鲍氏不动杆菌；
当在位置490、491、496和501分别存在G、G、G和C时确定细菌为3f组细菌，流产布鲁氏菌；和
当在位置490、491、496和501分别存在T、A、T和A时确定所述细菌为组3g细菌，
Flavobacterium ceti。
85.如权利要求81所述的方法，其中如果有第4组细菌导致的败血症被诊断，所述方法
还包括分析所述核酸在对应于SEQ ID NO:1中列出的16S rRNA基因的位置490、491、496和
499的位置的SNP，其中
当在位置490、491、496和499分别存在A、C、G和C时确定所述细菌为4a组细菌，嗜肺军团菌；
当在位置490、491、496和499分别存在G、A、T和G时确定所述细菌为4b组细菌，洋葱伯克氏菌；且
当在位置490、491、496和499分别存在G、C、G和G时确定所述细菌为4c组细菌，
Cardiobacterium valvarum。
86.如权利要求81所述的方法，其中如果由第6组细菌导致的败血症被诊断，所述方法
还包括分析所述核酸在对应于SEQ ID NO:1中列出的16S rRNA基因的位置490、491和496的位置的SNP，其中
当在位置490、491和496分别存在C、A和T时确定所述细菌为6a组细菌，颊普雷沃氏菌；
当在位置490、491和496分别存在T、A和C时确定所述细菌为6b组细菌，产黑色普雷沃氏菌；
当在位置490、491和496分别存在T、A和T时确定所述细菌为6c组细菌，脆弱拟杆菌；且当在位置490、491和496分别存在T、T和C时确定细菌为6b组细菌，中间普雷沃氏菌。
87.一种确定样品中哺乳动物(例如，人类)真菌病原体的身份的方法，包括分析来自所述样品的核酸在5.8S rRNA基因内的至少两种SNP，其中：所述至少两种SNP在对应于SEQ ID NO:2的位置163的位置和对应于SEQ ID NO:2的位置164的位置，其中在位置163存在T和在位置164存在C指示，所述样品中的真菌病原体是念珠菌属的种。
88.如权利要求87所述的方法，其中所述念珠菌属的种选自白色念珠菌、热带念珠菌、近平滑念珠菌、克鲁斯念珠菌和光滑念珠菌。
89.一种确定样品中存在或不存在念珠菌属的种的方法，包括分析来自所述样品的核
酸在5.8S rRNA基因内的至少两种SNP，其中：所述至少两种SNP在对应于SEQ ID NO:2的位置163的位置和对应于SEQ ID NO:2的位置164的位置，其中在位置163存在T和在位置164存在C指示，所述样品中存在念珠菌属的种，且其中在位置163不存在T和在位置164不存在C指示，所述样品中不存在念珠菌属的种。
90.如权利要求89所述的方法，其中所述念珠菌属的种选自白色念珠菌、热带念珠菌、近平滑念珠菌、克鲁斯念珠菌和光滑念珠菌。
91.如权利要求65至90任一项所述的方法，还包括确定所述样品中细菌和/或真菌的数
量。
92.如权利要求65至91任一项所述的方法，其中在分析之前从所述样品中提取所述核
酸。
93.如权利要求65至92任一项所述的方法，其中所述分析包括扩增所述核酸。
94.如权利要求65至93任一项所述的方法，其中所述分析利用测序、5'核酸酶消化、分子信标、寡核苷酸连接、微阵列、或其任何组合进行。
95.如权利要求65至94任一项所述的方法，还包括向所述受试者施用治疗剂。
96.如权利要求95所述的方法，其中所述治疗剂是抗真菌剂或抗生素。
97.如权利要求1至92任一项所述的方法，还包括确定检测或鉴定的细菌或真菌病原体
对治疗剂是否有抗性。
98.如权利要求1至93任一项所述的方法，还包括确定检测或鉴定的细菌或真菌病原体
的毒力。
99.一种治疗患败血症的受试者的方法，所述方法包括根据权利要求65至94任一项所
述的方法确定所述受试者是否患败血症，和基于败血症在所述受试者中存在向所述受试者施用用于治疗败血症的疗法。
100.一种治疗患系统性炎症反应的受试者的方法，所述方法包括根据权利要求65至94
任一项所述的方法确定所述受试者是否具有败血症，和基于败血症在所述受试者中存在向所述受试者施用用于治疗败血症的疗法，或基于败血症在所述受试者中不存在向所述受试者施用用于治疗感染阴性的全身炎症反应综合征的疗法。
101.一种治疗受试者中的感染的方法，所述方法包括根据权利要求1至94任一项所述
的方法确定或诊断哺乳动物(例如，人类)败血症-相关的病原体的存在、革兰氏状态、身份或分类，和基于所述受试者中哺乳动物(例如，人类)败血症-相关的病原体的存在、革兰氏状态、身份或分类向所述受试者施用疗法。
102.如权利要求101所述的方法，还包括确定检测或鉴定的哺乳动物(例如，人类)败血症-相关的病原体对治疗剂是否有抗性，其中向所述受试者施用的疗法不同于所述病原体对其有抗性的治疗剂。
103.一种试剂盒，所述试剂盒包含用在权利要求1至102任一项所述的方法中的试剂。
104.如权利要求103所述的试剂盒，其中所述试剂是引物或探针。
105.如权利要求103或104所述的试剂盒，包含两种引物，其每一种与16S rRNA或5.8S rRNA基因、或其DNA拷贝的包含权利要求1至90任一项中限定的SNP的至少一部分杂交。
106.如权利要求103至105中任一项所述的试剂盒，包含与16S rRNA或5.8S rRNA基因、或其DNA拷贝的包含权利要求1至90任一项中限定的SNP的至少一部分杂交的探针。
107.如权利要求1至102任一项所述的方法，其中所述方法的全部或部分由处理系统进
行。
108.如权利要求1至102任一项所述的方法，其中所述样品选自来自受试者的生物样
品、空气、土壤、水、滤出物、食物、工业制品和擦拭物样品。
微生物标志物及其用途
发明领域
(Weisburg WG等人,(1991)J Bacteriol.173(2):697–703)。
273(2):117-123。因此，SIRS在医院中具有高发生率。
411–413；Uwe Lodes等人(2012)Langenbeck's Archives of Surgery 397:447–455；和Pasqualini等人(2012)Journal of Clinical Microbiology 50:1285-1288)。利用这一技术时的当前困境是，如何在不存在血液培养结果或相关临床迹象时，最佳地解释早期阳性PCR结果。此类试验是复杂的并包括多个多重反应。进一步地，当使用灵敏的测定方法时，微生物的准确定量在确定病原体检测的适当性(relevance)方面是重要的。与基于PCR的病原体检测相关的另一个技术困难，特别是在外周血液样品中，是缺乏检测宿主核酸背景中的少量病原体核酸的能力。
pneumonia,intra-abdominal infections,and catheter-associated bacteremia.J
Hosp Med 7Suppl 1:S2–S12.doi:10.1002/jhm.980；Maxwell DJ,Easton KL,Brien J-AE,Kaye KI(2005)Antibiotic guidelines in NSW hospitals.Aust Health Rev 29:416–
421.)。然而，由于微生物抗生素抗性的发展，微生物测试的目的和目标是提供关于适当使用窄谱抗生素的依据和指导并随后减少使用经验性广谱抗生素。因此，需要能及时提供关于窄谱抗生素的适当使用的指导，优选地不必培养生物体的试验。
嗜皮菌属(Dermatophilus spp.)；Dorea spp.；爱德华菌属(Edwardsiella spp.)；肠杆菌属(Enterobacter spp.)；肠球菌属(Enterococcus spp.)；丹毒丝菌属(Erysipelothrix spp.)；埃希氏杆菌属(Escherichia spp.)；真杆菌属(Eubacterium spp.)；柔嫩梭菌属(Faecalibacterium spp.)；产线菌属(Filifactor spp.)；大芬戈尔德菌属(Finegoldia spp.)；黄杆菌属(Flavobacterium spp.)；Gallicola spp.；嗜血杆菌属(Haemophilus spp.)；创伤球菌属(Helcococcus spp.)；霍尔德曼氏菌属(Holdemania spp.)；生丝微菌属(Hyphomicrobium spp.)；克雷伯菌属(Klebsiella spp.)；乳杆菌属(Lactobacillus spp.)；军团菌属(Legionella spp.)；李斯特菌属(Listeria spp.)；甲基杆菌属
(Methylobacterium spp.)；微球菌属(Micrococcus spp.)；小单孢菌属(Micromonospora spp.)；动弯杆菌属(Mobiluncus spp.)；莫拉克斯氏菌属(Moraxella spp.)；摩根氏菌属(Morganella spp.)；分支杆菌属(Mycobacterium spp.)；奈瑟氏菌属(Neisseria spp.)；
诺卡氏菌属(Nocardia spp.)；类芽孢杆菌属(Paenibacillus spp.)；副拟杆菌属
(Parabacteroides spp.)；巴斯德氏菌属(Pasteurella spp.)；Peptoniphilus spp.；消化链球菌属(Peptostreptococcus spp.)；动性球菌属(Planococcus spp.)；动性杆菌属(Planomicrobium spp.)；邻单胞菌属(Plesiomonas spp.)；卟啉单胞菌属(Porphyromonas spp.)；普雷沃氏菌属(Prevotella spp.)；丙酸菌属(Propionibacterium spp.)；变形杆菌属(Proteus spp.)；Providentia spp.；假单胞菌属(Pseudomonas spp.)；罗尔斯通菌属(Ralstonia spp.)；红球菌属(Rhodococcus spp.)；罗斯氏菌属(Roseburia spp.)；瘤胃球菌属(Ruminococcus spp.)；沙门氏菌属(Salmonella spp.)；Sedimentibacter spp.；沙雷氏菌属(Serratia spp.)；志贺氏菌属(Shigella spp.)；Solobacterium spp.；鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas spp.)；Sporanaerobacter spp.；葡萄球菌属(Staphlococcus spp.)；
寡养单胞菌属(Stenotrophomonas spp.)；链球菌属(Steptococcus spp.)；链霉菌属
(Streptomyces spp.)；天梭菌属(Tissierella spp.)；弧菌属(Vibrio spp.)；和耶尔森氏菌属(Yersinia spp.)。在其他实施方案中，细菌选自Bacterial ID No.1-1430。在特定实例中，细菌是哺乳动物(例如，人类)败血症-相关的细菌，诸如选自以下之中的一种：金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)、溶血葡萄球菌(Staphylococcus haemolyticus)、人葡萄球菌(Staphylococcus hominis)、腐生葡萄球菌(Staphylococcus saprophyticus)、粪肠球菌(Enterococcus faecalis)、屎肠球菌(Enterococcus faecium)、产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)、咽峡炎链球菌(Streptococcus anginosus)、星座链球菌(Streptococcus constellatus)、中间链球菌(Streptococcus intermedius)、缓症链球菌(Streptococcus mitis)、变异链球菌
(Streptococcus mutans)、血链球菌(Streptococcus sanguinis)、远缘链球菌
(Streptococcus sobrinus)和口腔链球菌(Streptococcus oralis)、肺炎链球菌
(Streptococcus pneumoniae)、无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)、牛链球菌
(Streptococcus bovis)、血链球菌、停乳链球菌(Streptococcus dysgalactiae)、变异链球菌和酿脓链球菌(Streptococcus pyogenes)、大肠杆菌(Escherichia coli)、鲍氏不动杆菌(Acinetobacter baumannii)、脆弱拟杆菌(Bacteroides fragilis)、洋葱伯克氏菌(Burkholderia cepacia)、肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumonia)、产酸克雷伯菌
(Klebsiella oxytoca)、铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)、产气肠杆菌
(Enterobacter aerogenes)、阴沟肠杆菌(Enterobacter cloacae)、粘质沙雷氏菌
(Serratia marcescens)、奇异变形杆菌(Proteus mirabilis)、弗氏柠檬酸杆菌
(Citrobacter freundii)、摩氏摩根菌(Morganella morganii)、流感嗜血杆菌
(Haemophilus influenzae)、脑膜炎奈瑟氏菌(Neisseria meningitidis)、嗜麦芽寡养单胞菌(Stenotrophomonas maltophila)、颊普雷沃氏菌(Prevotella buccae)、中间普雷沃氏菌(Prevotella intermedia)和产黑色普雷沃氏菌(Prevotella melaninogenica)。
在位置396存在A、在位置398存在C、在位置278存在A、在位置286存在G和在位置648存在G；
或在位置396存在A、在位置398存在C、在位置278存在G、在位置286存在G和在位置648存在G时确定细菌为革兰氏阴性细菌；和当在位置396存在G；在位置396存在A、在位置398存在C和在位置278存在C；在位置396存在A、在位置398存在C、在位置278存在G和在位置286存在A；
在位置396存在A、在位置398存在C、在位置278存在A和在位置286存在A；在位置396存在A、在位置398存在C、在位置278存在A、在位置286存在G和在位置648存在A；或在位置396存在A、在位置398存在C、在位置278存在G、在位置286存在G和在位置648存在T或A时，确定细菌为革兰氏阳性细菌。在一些实施方案中，细菌选自金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、溶血葡萄球菌、人葡萄球菌、腐生葡萄球菌、粪肠球菌、屎肠球菌、产气荚膜梭菌、咽峡炎链球菌、星座链球菌、中间链球菌、缓症链球菌、变异链球菌、血链球菌、远缘链球菌和口腔链球菌、肺炎链球菌、无乳链球菌、牛链球菌、血链球菌、停乳链球菌、变异链球菌、酿脓链球菌、大肠杆菌、鲍氏不动杆菌、脆弱拟杆菌、洋葱伯克氏菌、肺炎克雷伯菌、产酸克雷伯菌、铜绿假单胞菌、产气肠杆菌、阴沟肠杆菌、粘质沙雷氏菌、奇异变形杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、摩氏摩根菌、流感嗜血杆菌、脑膜炎奈瑟氏菌、嗜麦芽寡养单胞菌、颊普雷沃氏菌、中间普雷沃氏菌、产黑色普雷沃氏菌、肠道沙门氏菌(Salmonella enterica)、粘质沙雷氏菌、流感嗜血杆菌、大肠弯曲杆菌(Campylobacter coli)、空肠弯曲杆菌(Campylobacter jejuni)、红嘴鸥弯曲杆菌(Campylobacter lari)、胎儿弯曲杆菌(Campylobacter fetus)、同性恋螺杆菌
(Helicobacter cinaedi)、幽门螺杆菌(Helicobacter pylori)、流产嗜性衣原体
(Chlamydophila abortus)、非典型韦荣氏球菌(Veillonella atypica)、小韦荣氏球菌(Veillonella parvula)、龋齿韦荣氏球菌、琼脂韦荣氏球菌、环圈链霉菌(Streptomyces anulatus)、索马里链霉菌(Streptomyces somaliensis)和结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)。
401分别存在A、C、G、C和C时，确定细菌为选自革兰氏阳性物种炭疽芽孢杆菌(Bacillus anthracis)、粪肠球菌、屎肠球菌、单核细胞增多性李斯特氏菌(Listeria
monocytogenes)、无乳链球菌、咽峡炎链球菌、星座链球菌、停乳链球菌、中间链球菌、酿脓链球菌、肠乳杆菌(Lactobacillus intestinalis)、产气荚膜梭菌、金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、溶血葡萄球菌、人葡萄球菌、腐生葡萄球菌、链状真杆菌(Eubacterium
desmolans)、艰难梭菌、红斑丹毒丝菌(Erysipelothrix rhusiopathiae)、牛链球菌、缓症链球菌、变异链球菌、口腔链球菌、肺炎链球菌、血链球菌、远缘链球菌和
Peptostreptococcus stomatis或革兰氏阴性物种幽门螺杆菌、大肠弯曲杆菌和殊异韦荣氏球菌(Veillonella dispar)的第1组病原体；当在位置396、398、399、400和401分别存在G、C、G、C和C时，确定细菌为选自革兰氏阳性物种，白喉棒状杆菌(Corynebacterium diphtheria)、刚果嗜皮菌(Dermatophilus congolensis)、藤黄微球菌(Micrococcus luteus)、马红球菌(Rhodococcus equi)、环圈链霉菌、索马里链霉菌、结核分枝杆菌、杰氏棒状杆菌(Corynebacterium jeikeium)、解脲棒状杆菌(Corynebacterium urealyticum)、克氏动弯杆菌(Mobiluncus curtisii)、星状诺卡氏菌(Nocardia asteroids)、巴西诺卡氏菌(Nocardia brasiliensis)和Actinomyces massiliensis，或革兰氏阴性物种，问号钩端螺旋体(Leptospira interrogans)、沙眼衣原体(Chlamydia trachomatis)和肺炎嗜性衣原体(Chlamydophila pneumoniae)的第2组病原体；当在位置396、398、399、400和401分别存在C、T、G、C和C时，确定细菌为选自革兰氏阴性需氧细菌之中的第3组病原体，所述革兰氏阴性需氧细菌选自人放线杆菌(Actinobacillus hominis)、迟缓爱德华菌(Edwardsiella tarda)、杜克雷嗜血杆菌(Haemophilus ducreyi)、流感嗜血杆菌、副溶血嗜血杆菌
(Haemophilus parahaemolyticus)、副流感嗜血杆菌(Haemophilus parainfluenzae)、摩氏摩根菌、多杀巴斯德氏菌(Pasteurella multocida)、产碱普罗威登斯菌(Providencia alcalifaciens)、霍乱弧菌(Vibrio cholerae)、卡他莫拉菌(Moraxella catarrhalis)、铜绿假单胞菌、淋病奈瑟氏菌(Neisseria gonorrhoeae)、脑膜炎奈瑟氏菌、嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)、弗氏柠檬酸杆菌、产气肠杆菌、阴沟肠杆菌、大肠杆菌、产酸克雷伯菌、肺炎克雷伯菌、奇异变形杆菌、肠道沙门氏菌、粘质沙雷氏菌、痢疾志贺氏菌
(Shigella dysenteriae)、索氏志贺氏菌(Shigella sonnei)、小肠结肠炎耶尔森氏菌(Yersinia enterocolitica)、鼠疫耶尔森氏菌(Yersinia pestis)、鲍氏不动杆菌、流产布鲁氏菌(Brucella abortus)和Flavobacterium ceti；当在位置396、398、399、400和401分别存在A、T、G、C和C时，确定该细菌为选自革兰氏阴性需氧物种嗜肺军团菌(Legionella pneumophila)、洋葱伯克氏菌和Cardiobacterium valvarum的第4组病原体；当在位置396、
398、399、400和401分别存在C、T、A、C和C时，确定该细菌为第5组病原体，嗜麦芽寡养单胞菌；当在位置396、398、399、400和401分别存在C、A、G、T和A时，确定该细菌为选自革兰氏阴性厌氧物种颊普雷沃氏菌、产黑色普雷沃氏菌、脆弱拟杆菌、中间普雷沃氏菌的第66病原体；或当在位置396、398、399、400和401分别存在C、A、G、T和C时，确定该细菌为第7组病原体，牙龈卟啉单胞菌(Porphyromonas gingivalis)。
400和401分别存在A、C、G、C和C时，确定该细菌为选自革兰氏阳性物种，炭疽芽孢杆菌、粪肠球菌、屎肠球菌、单核细胞增多性李斯特氏菌、无乳链球菌、咽峡炎链球菌、星座链球菌、停乳链球菌、中间链球菌、酿脓链球菌、肠乳杆菌、产气荚膜梭菌、金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、溶血葡萄球菌、人葡萄球菌、腐生葡萄球菌、链状真杆菌、艰难梭菌、红斑丹毒丝菌、牛链球菌、缓症链球菌、变异链球菌、口腔链球菌、肺炎链球菌、血链球菌、远缘链球菌和Peptostreptococcus stomatis或革兰氏阴性物种，幽门螺杆菌、大肠弯曲杆菌和殊异韦荣氏球菌之中的第1组病原体；当在位置396、398、399、400和401分别存在G、C、G、C和C时，确定该细菌为选自革兰氏阳性物种，白喉棒状杆菌、刚果嗜皮菌、藤黄微球菌、马红球菌、环圈链霉菌、索马里链霉菌、结核分枝杆菌、杰氏棒状杆菌、解脲棒状杆菌、克氏动弯杆菌、星状诺卡氏菌、巴西诺卡氏菌和Actinomyces massiliensis或革兰氏阴性物种，问号钩端螺旋体、沙眼衣原体和肺炎嗜性衣原体之中的第2组病原体；当在位置396、398、399、400和401分别存在C、T、G、C和C时，确定该细菌为选自革兰氏阴性需氧细菌之中的第3组病原体，所述革兰氏阴性需氧细菌选自人放线杆菌、迟缓爱德华菌、杜克雷嗜血杆菌、流感嗜血杆菌、副溶血嗜血杆菌、副流感嗜血杆菌、摩氏摩根菌、多杀巴斯德氏菌、产碱普罗威登斯菌、霍乱弧菌、卡他莫拉菌、铜绿假单胞菌、淋病奈瑟氏菌、脑膜炎奈瑟氏菌、嗜水气单胞菌、弗氏柠檬酸杆菌、产气肠杆菌、阴沟肠杆菌、大肠杆菌、产酸克雷伯菌、肺炎克雷伯菌、奇异变形杆菌、肠道沙门氏菌、粘质沙雷氏菌、痢疾志贺氏菌、索氏志贺氏菌、小肠结肠炎耶尔森氏菌、鼠疫耶尔森氏菌、鲍氏不动杆菌、流产布鲁氏菌和Flavobacterium ceti；当在位置396、398、399、400和401分别存在A、T、G、C和C时，确定该细菌为选自革兰氏阴性需氧物种嗜肺军团菌、洋葱伯克氏菌和Cardiobacterium valvarum的第4组病原体；当在位置396、398、399、400和401分别存在C、T、A、C和C时，确定该细菌为第5组病原体嗜麦芽寡养单胞菌；当在位置396、398、
399、400和401分别存在C、A、G、T和A时，确定该细菌为选自革兰氏阴性厌氧物种，颊普雷沃氏菌、产黑色普雷沃氏菌、脆弱拟杆菌、中间普雷沃氏菌的第6组病原体；或当在位置396、
398、399、400和401分别存在C、A、G、T和C时，确定该细菌为第7组病原体牙龈卟啉单胞菌；且[0033] 如果位置278、286、396、398和648被评价，则细菌被分类为革兰氏阳性或革兰氏阴性；其中当在位置396存在C；在位置396存在A，在位置398存在C和在位置278存在T；在位置
396存在A，在位置398存在C，在位置278存在A，在位置286存在G和在位置648存在G；或在位置396存在A，在位置398存在C，在位置278存在G，在位置286存在G和在位置648存在G时，确定该细菌为革兰氏阴性细菌；而当在位置396存在G；在位置396存在A，在位置398存在C和在位置278存在C；在位置396存在A，在位置398存在C，在位置278存在G和在位置286存在A；在位置396存在A，在位置398存在C，在位置278存在A和在位置286存在A；在位置396存在A，在位置398存在C，在位置278存在A，在位置286存在G和在位置648存在A；或在位置396存在A，在位置398存在C，在位置278存在G，在位置286存在G和在位置648存在T或A时，确定该细菌为革兰氏阳性细菌。
493、495、496、500和501分别存在G、A、A、T、G、A、C和C时，确定该细菌为1h组细菌殊异韦荣氏球菌；当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在G、A、G、G、G、G、C和C时，确定该细菌为1i组细菌艰难梭菌；其中当在位置490、491、492、493、495、496、500和501分别存在T、A、C、C、G、A、C和C时，确定该细菌为1j组细菌红斑丹毒丝菌；当在位置490、491、492、493、
495、496、500和501分别存在T、A、C、C、G、A、G和G时，确定该细菌为选自牛链球菌、缓症链球菌、变异链球菌、口腔链球菌、肺炎链球菌、血链球菌、远缘链球菌的1k组细菌；且当在位置
490、491、492、493、495、496、500和501分别存在T、G、T、G、G、G、C和C时，确定该细菌为1l组细菌，Peptostreptococcus stomatis。
493、496、499和501分别存在G、G、A、T、G、G和A时，确定该细菌为选自杰氏棒状杆菌和解脲棒状杆菌的2f组细菌；当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、G、G、G、G、G和G时，确定细菌为2g组细菌克氏动弯杆菌；当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、G、T、A、G、G和A时，确定该细菌为选自沙眼衣原体和肺炎嗜性衣原体的2h组细菌；当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、T、A、G、G、G和A时，确定该细菌为选自星状诺卡氏菌和巴西诺卡氏菌的2i组细菌，且当在位置490、491、492、493、496、499和501分别存在G、T、T、G、G、G和A时，确定该细菌为2j组细菌Actinomyces massiliensis。
499分别存在G、C、G和G时，确定该细菌为4c组细菌Cardiobacterium valvarum。
在位置147的A；在位置148的C；在位置154的T；在位置157的T；在位置164的C或G；在位置167的A；在位置185的G；在位置187的A；在位置188的A；在位置194的T；在位置197的G；在位置
213的A；在位置215的T；在位置216的T；在位置219的G；在位置223的A；在位置231的G或A；在位置232的T；在位置236的T；在位置245的C或A；在位置251的C；和在位置256的T。
apiospermum)、镰孢菌属(Fusarium sp.)、烟曲霉(Aspergillus fumigatus)和新型隐球菌(Cryptococcus neoformans)；且病原体的存在和身份基于下表中列出的SNP的存在来确定：
245的C或A；在位置251的C；和在位置256的T。在一些实施方案中，样品选自土壤、食物、水、表面擦拭物和来自受试者的生物样品。在特定实施方案中，生物样品选自血液、组织、痰、灌洗液、粪便、尿液和唾液。
185存在G；在位置187存在A；在位置188存在A；在位置194存在T；在位置197存在G；在位置
213存在A；在位置215存在T；在位置216存在T；在位置219存在G；在位置223存在A；在位置
231存在G或A；在位置232存在T；在位置236存在T；在位置245存在C或A；在位置251存在C；或在位置256存在T时，诊断为真菌感染导致的败血症。在该方法的一些实施方案中，细菌感染是被选自以下的细菌感染：金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、溶血葡萄球菌、人葡萄球菌、腐生葡萄球菌、粪肠球菌、屎肠球菌、产气荚膜梭菌、咽峡炎链球菌、星座链球菌、中间链球菌、缓症链球菌、变异链球菌、血链球菌、远缘链球菌和口腔链球菌、肺炎链球菌、无乳链球菌、牛链球菌、血链球菌、停乳链球菌、变异链球菌和酿脓链球菌、大肠杆菌、鲍氏不动杆菌、脆弱拟杆菌、洋葱伯克氏菌、肺炎克雷伯菌、产酸克雷伯菌、铜绿假单胞菌、产气肠杆菌、阴沟肠杆菌、粘质沙雷氏菌、奇异变形杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、摩氏摩根菌、流感嗜血杆菌、脑膜炎奈瑟氏菌、嗜麦芽寡养单胞菌、颊普雷沃氏菌、中间普雷沃氏菌和产黑色普雷沃氏菌。
147、148、154、157、164、167、185、187、188、194、197、213、215、216、219、223、231、232、236、
245、251或256的位置，且当在位置142存在C；在位置144存在A；在位置146存在A；在位置147存在A；在位置148存在C；在位置154存在T；在位置157存在T；在位置164存在C或G；在位置
167存在A；在位置185存在G；在位置187存在A；在位置188存在A；在位置194存在T；在位置
197存在G；在位置213存在A；在位置215存在T；在位置216存在T；在位置219存在G；在位置
223存在A；在位置231存在G或A；在位置232存在T；在位置236存在T；在位置245存在C或A；在位置251存在C；或在位置256存在T时，诊断为真菌感染导致的败血症。
286的A指示，细菌是革兰氏阳性细菌牛链球菌、无乳链球菌、停乳链球菌、酿脓链球菌、咽峡炎链球菌、中间链球菌、缓症链球菌、变异链球菌、肺炎链球菌和血链球菌；或在位置396的A、在位置398的C、在位置278的A和在位置286的A指示，细菌是选自金黄色葡萄球菌、远缘链球菌、星座链球菌和口腔链球菌的革兰氏阳性细菌；在位置396的A、在位置398的C、在位置
278的A、在位置286的G和在位置648的A指示，细菌是革兰氏阳性细菌表皮葡萄球菌或人葡萄球菌；且在位置396的A、在位置398的C、在位置278的G、在位置286的G和在位置648的T或A指示，细菌是革兰氏阳性细菌溶血葡萄球菌。
401分别存在C、A、G、T和C时，诊断为第7组细菌牙龈卟啉单胞菌导致的败血症；且
231、232、236、245、251或256的位置，且当在位置142存在C；在位置144存在A；在位置146存在A；在位置147存在A；在位置148存在C；在位置154存在T；在位置157存在T；在位置164存在C或G；在位置167存在A；在位置185存在G；在位置187存在A；在位置188存在A；在位置194存在T；在位置197存在G；在位置213存在A；在位置215存在T；在位置216存在T；在位置219存在G；在位置223存在A；在位置231存在G或A；在位置232存在T；在位置236存在T；在位置245存在C或A；在位置251存在C；或在位置256存在T时，诊断为真菌感染导致的败血症。
396、398、399、400和401分别存在C、A、G、T和C时，诊断为第7组细菌，牙龈卟啉单胞菌导致的败血症；且
4,000/mm3或带状嗜中性白细胞的百分比高于10％。从免疫角度来说，其可被视为代表对创伤(例如，大型手术)或全身炎症的全身响应。因此，如本文所用的，“感染-阴性SIRS(inSIRS)”包括上文提到的临床响应但是不存在可鉴定的感染过程。
阴性 C T/A/C
阳性 A/T/G C
巴斯德氏菌属；Peptoniphilus spp.；消化链球菌属；动性球菌属；动性杆菌属；邻单胞菌属；卟啉单胞菌属；普雷沃氏菌属；丙酸菌属；变形杆菌属；Providentia spp.；假单胞菌属；
罗尔斯通菌属；红球菌属；罗斯氏菌属(Roseburia spp.)；瘤胃球菌属；沙门氏菌属；
Sedimentibacter spp.；沙雷氏菌属；志贺氏菌属；Solobacterium spp.；鞘氨醇单胞菌属；
Sporanaerobacter spp.；葡萄球菌属；寡养单胞菌属；链球菌属；链霉菌属；天梭菌属(Tissierella spp.)；弧菌属；和耶尔森氏菌属。
496、500和501的A、A、C、C、G、A、T、C指示，细菌是革兰氏阳性需氧菌，肠乳杆菌；分别在位置
490、491、492、493、495、496、500和501的A、A、C、G、A、T、C和A指示，细菌是革兰氏阴性螺旋需氧菌，幽门螺杆菌或大肠弯曲杆菌；分别在位置490、491、492、493、495、496、500和501的A、A、G、G、G、G、C和C指示，细菌是革兰氏阳性、厌氧杆菌，产气荚膜梭菌；分别在位置490、491、
492、493、495、496、500和501的A、A、T、C、G、A、C和C指示，细菌是具有可能的苯唑西林抗性的革兰氏阳性葡萄球菌，包括金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、溶血葡萄球菌、人葡萄球菌、腐生葡萄球菌；分别在位置490、491、492、493、495、496、500和501的G、A、A、G、A、T、C和T指示，细菌是革兰氏阳性厌氧杆菌，链状真杆菌；分别在位置490、491、492、493、495、496、500和
501的G、A、A、T、G、A、C和C指示，细菌是革兰氏阴性厌氧球菌，殊异韦荣氏球菌；分别在位置
490、491、492、493、495、496、500和501的G、A、G、G、G、G、C和C指示，细菌是革兰氏阳性厌氧杆菌，艰难梭菌；分别在位置490、491、492、493、495、496、500和501的T、A、C、C、G、A、C和C指示，细菌是革兰氏阳性杆菌，红斑丹毒丝菌；分别在位置490、491、492、493、495、496、500和501的T、A、C、C、G、A、G和G指示，细菌是革兰氏阳性α-溶血性球菌，选自牛链球菌、缓症链球菌、变异链球菌、口腔链球菌、肺炎链球菌、血链球菌、远缘链球菌；且分别在位置490、491、492、
493、495、496、500和501的T、G、T、G、G、G、C和C指示，细菌是革兰氏阳性、厌氧球菌，Peptostreptococcus stomatis。
491、492、493、495、496、500和501的G、C、A、G、G、G和G指示，细菌是革兰氏阳性、耐酸杆菌，环圈链霉菌或索马里链霉菌；分别在位置490、491、492、493、495、496、500和501的G、C、C、T、A、A和C指示，细菌是革兰氏阴性螺旋细菌，问号钩端螺旋体；分别在位置490、491、492、493、
495、496、500和501的G、G、A、G、G、G和A指示，细菌是革兰氏阳性、耐酸杆菌，结核分枝杆菌；
分别在位置490、491、492、493、495、496、500和501的G、G、A、T、G、G和A指示，细菌是革兰氏阳性、耐酸杆菌，杰氏棒状杆菌或解脲棒状杆菌；分别在位置490、491、492、493、495、496、500和501的G、G、G、G、G、G和G指示，细菌是革兰氏阳性、厌氧杆菌，克氏动弯杆菌；分别在位置
490、491、492、493、495、496、500和501的G、G、T、A、G、G和A指示，细菌是革兰氏阴性的并且是沙眼衣原体或肺炎嗜性衣原体；分别在位置490、491、492、493、495、496、500和501的G、T、A、G、G、G和A指示，细菌是革兰氏阳性杆菌、部分耐酸，并是需氧的星状诺卡氏菌、巴西诺卡氏菌；且分别在位置490、491、492、493、495、496、500和501的G、T、T、G、G、G和A指示，细菌是革兰氏阳性杆菌、部分耐酸的，且是厌氧菌Actinomyces massiliensis。
4a 革兰氏阴性、多形，嗜肺军团菌 A C G C
4b 革兰氏阴性、杆菌，洋葱伯克氏菌 G A T G
4c 革兰氏阴性、杆菌，Cardiobacterium valvarum G C G G
6a 革兰氏阴性、厌氧、杆菌颊普雷沃氏菌 C A T
6b 革兰氏阴性、厌氧、杆菌产黑色普雷沃氏菌 T A C
6c 革兰氏阴性、厌氧、杆菌脆弱拟杆菌 T A T
6d 革兰氏阴性、厌氧、杆菌中间普雷沃氏菌 T T C
396、398、278、286和648的共5个SNP可用于确定哺乳动物(例如，人类)败血症-相关的以下细菌病原体的革兰氏状态：金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、溶血葡萄球菌、人葡萄球菌、腐生葡萄球菌、粪肠球菌、屎肠球菌、产气荚膜梭菌、绿色链霉菌组(咽峡炎链球菌、星座链球菌、中间链球菌、缓症链球菌、变异链球菌、血链球菌、远缘链球菌和口腔链球菌)、肺炎链球菌、无乳链球菌、牛链球菌、血链球菌、停乳链球菌、变异链球菌、酿脓链球菌、大肠杆菌、鲍氏不动杆菌、脆弱拟杆菌、洋葱伯克氏菌、肺炎克雷伯菌、产酸克雷伯菌、铜绿假单胞菌、产气肠杆菌、阴沟肠杆菌、粘质沙雷氏菌、奇异变形杆菌、弗氏柠檬酸杆菌、摩氏摩根菌、流感嗜血杆菌、脑膜炎奈瑟氏菌、嗜麦芽寡养单胞菌、颊普雷沃氏菌、中间普雷沃氏菌、产黑色普雷沃氏菌、肠道沙门氏菌、粘质沙雷氏菌、流感嗜血杆菌、大肠弯曲杆菌、空肠弯曲杆菌、红嘴鸥弯曲杆菌、胎儿弯曲杆菌、同性恋螺杆菌、幽门螺杆菌、流产嗜性衣原体、非典型韦荣氏球菌、小韦荣氏球菌、龋齿韦荣氏球菌、琼脂韦荣氏球菌、环圈链霉菌、索马里链霉菌和结核分枝杆菌。
阳性 结核分枝杆菌 G C G G A
阳性 索马里链霉菌 G C G G A
阳性 环圈链霉菌 G C G G T
阴性 大肠弯曲杆菌 A C T T A
阴性 空肠弯曲杆菌 A C T T A
阴性 红嘴鸥弯曲杆菌 A C T T A
阴性 胎儿弯曲杆菌 A C T A A
阴性 同性恋螺杆菌 A C T G T
阴性 幽门螺杆菌 A C T G A
阴性 流产嗜性衣原体 A C T T T
阳性 粪肠球菌 A C C A A
阳性 屎肠球菌 A C C A A
阳性 牛链球菌 A C G A A
阳性 无乳链球菌 A C G A G
阳性 停乳链球菌 A C G A G
阳性 酿脓链球菌 A C G A G
阳性 咽峡炎链球菌 A C G A T
阳性 中间链球菌 A C G A T
阳性 缓症链球菌 A C G A T
阳性 变异链球菌 A C G A T
阳性 肺炎链球菌 A C G A T
阳性 血链球菌 A C G A T
阳性 金黄色葡萄球菌 A C A A A
阳性 远缘链球菌 A C A A A
阳性 星座链球菌 A C A A T
阳性 口腔链球菌 A C A A T
阴性 琼脂韦荣氏球菌 A C A G G
阳性 表皮葡萄球菌 A C A G A
阳性 人葡萄球菌 A C A G A
阴性 非典型韦荣氏球菌 A C G G G
阴性 小韦荣氏球菌 A C G G G
阴性 龋齿韦荣氏球菌 A C G G G
阳性 溶血葡萄球菌 A C G G A
阳性 腐生葡萄球菌 A C G G A
阳性 产气荚膜梭菌 A C G G T
396存在A、在位置398存在C、在位置278存在G、在位置286存在G和在位置648存在G时，确定细菌病原体是革兰氏阴性细菌；且当在位置396存在G；或在位置396存在A、在位置398存在C和在位置278存在C；或在位置396存在A、在位置398存在C，在位置278存在G和在位置286存在A；或在位置396存在A，在位置398存在C，在位置278存在A和在位置286存在A；或在位置
396存在A，在位置398存在C，在位置278存在A，在位置286存在G和在位置648存在A；或在位置396存在A，在位置398存在C，在位置278存在G，在位置286存在G和在位置648存在T或A时，确定细菌病原体是革兰氏阳性细菌。
245、251、256的任一位置的SNP可用于鉴定样品中真菌细胞诸如白色念珠菌、荚膜组织胞浆菌、葡萄穗霉属、尖端赛多孢子菌、镰孢菌属、烟曲霉和新型隐球菌的存在，并将它们与与哺乳动物细胞区分。真菌和哺乳动物细胞的5.8S rRNA基因中这些位置的SNP显示在表19中。
185的G；在位置187的A；在位置188的A；在位置194的T；在位置197的G；在位置213的A；在位置215的T；在位置216的T；在位置219的G；在位置223的A；在位置231的G或A；在位置232的T；
在位置236的T；在位置245的C或A；在位置251的C；或在位置256的T指示真菌细胞的存在。与之相比，哺乳动物细胞的5.8S rRNA基因包含在位置142的T；在位置144的G；在位置146的G；
在位置147的G；在位置148的T；在位置154的A；在位置157的C；在位置164的T；在位置167的G；在位置185的T；在位置187的G；在位置188的C；在位置194的G；在位置197的T；在位置213的G；在位置215的C；在位置216的A；在位置219的T；在位置处223无；在位置231的C；在位置
232的A；在位置236的C；在位置245处无；在位置251的G；或在位置256的G。由这一方法鉴定的真菌细胞可包括，例如，白色念珠菌、荚膜组织胞浆菌、葡萄穗霉属、尖端赛多孢子菌、镰孢菌属、烟曲霉和新型隐球菌。
Biotechniques 17:1077-1080)中描述的基于核酸序列的扩增(NASBA)；连接酶链式反应(LCR)；简单序列重复分析(SSR)；分支DNA扩增测定(b-DNA)；转录扩增和自维持序列复制；
和例如Tyagi等人,(1996,Proc.Natl.Acad.Sci.BRIC 935395-5400)中描述的Q-β复制酶扩增。
(Template Directed Dye Incorporation)(TDI,Perkin Elmer)。例如，
(Applied Biosystems)利用与等位基因特异性探针杂交、溶液相均质化、和荧光共振能量转移的组合。 测定依赖于正向引物和反向引物和Taq DNA聚合酶以扩增核酸、联
合Taq DNA聚合酶的5’-核酸酶活性以降解被设计为跨SNP位点结合的标记的探针。反应、分离和检测都可同时进行且随着反应进行实时读取结果。尽管此类方法不适宜同时分析大量的SNP，但是其尤其适合以合理的成本快速、灵敏且准确地询问少量SNP。
Proc.Natl.Acad.Sci.(U.S.A.)74:560)，这二份参考文献通过引用并入本文以确定在SNP位点的核苷酸存在。
Nucl.Acids Res.18:3671；Syvanen,A.C,等人,(1990)Genomics,8:684-692；Kuppuswamy,M.N.等人,(1991)Proc.Natl.Acad.Sci.(U.S.A.)88:1143-1147；Prezant,T.R.等人,
(1992)Hum.Mutat.1:159-164；Ugozzoli,L.等人,1992,GATA,9:107-112；Nyren,P.等人,(1993)Anal.Biochem.208:171-175；和Wallace,WO89/10414)。这些方法与Genetic Bit AnalysisTM的不同之处在于，这些方法依赖于并入标记的脱氧核苷酸以区分多态性位点处的多个碱基。以这样的方式，由于信号与并入的脱氧核苷酸的数目成比例，在相同核苷酸的运行中出现的多态性可产生与运行的长度成比例的信号(Syvanen,A.C.,等人,(1993)
Amer.J.Hum.Genet.52:46-59)。
(Syvanen,1994)。该引物延伸测定能够检测SNP。DNA测序方案确定3'紧邻SNP特异性测序引物的那个碱基的性质，所述SNP特异性测序引物紧邻多态性位点的上游退火到靶DNA。在DNA聚合酶和适当的双脱氧核糖核苷三磷酸(ddNTP)存在下，引物受靶DNA序列命令在多态性位点特异性地延伸一个碱基。通过确定并入了哪个ddNTP，可推断靶DNA中存在的等位基因。
附加于3'末端的猝灭剂。当探针完整时，猝灭剂通过荧光共振能量转移(FRET)与荧光团相互作用，猝灭其荧光。在PCR退火步骤期间， 探针与靶DNA杂交。在延伸步骤中，荧
光染料被Taq聚合酶的核酸酶活性裂解，导致报告染料荧光的增加。错配探针被置换而不被片段化。样品的基因型通过测量两种不同染料的信号强度来确定。
Nucleic Acid Res.28(19):3752-3761)。分子信标包括在其5'和3'末端具有荧光报告物和猝灭染料的寡核苷酸。寡核苷酸的中间部分跨靶序列杂交，但5'和3'侧翼区域彼此互补。未与其靶序列杂交时，5'和3'侧翼区域杂交形成茎环结构，且由于报告物和猝灭染料接近而几乎不存在荧光。然而，与其靶序列杂交后，染料被分离且存在荧光的大量增加。与完全互补杂合体相比，错配的探针-靶杂合体在明显更低的温度下分离。存在“信标”方法的许多变化形式。 探针是类似的但并入PCR引物序列作为探针的一部分。还已开发更新的
“双链体”形式。
(Meyers,R.M等人,(1985)Science,230:1242-1246和Gibbs,R.A和Caskey,T,1987,
Science,236:303-305)。
当两个重叠的寡核苷酸与靶DNA完全杂交时形成的三维结构的识别和裂解的特异性
(Lyamichev,V等人,(1999)Nat Biotechnol,17:292-296)。
447)；Lockhart等人,(1996,Nature Biotechnol.14:1675-1680)；和De Risi等人,(1996,Nature Genetics 14:457-460)。
Wodicka等人,(1997,Nat.Biotech.15:1-15)在酿酒酵母(S.cerevisiae)中进行基因组广泛表达监测。
Bullock,G.R.等人,Techniques in Immunocytochemistry,Academic Press,Orlando,
Fla.Vol.1(I 982),Vol.2(1983),Vol.3(1985)；Tijssen,P.,Practice and Theory of Enzyme Immunoassays:Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular
Biology,Elsevier Science Publishers,Amsterdam,The Netherlands(1985)。
激发从一种(供体)染料分子传递到另一种(受体)染料分子，而不发射光子。这是距离依赖性的，即供体和受体染料必须紧密接近。杂交探针系统由以荧光染料标记的两种寡核苷酸组成。杂交探针对被设计为与靶DNA上的相邻区域杂交。每种探针用不同的标志物染料标记。两种染料的相互作用可能仅发生在二者结合其靶时。供体探针在3'端被荧光团标记而受体探针在5'端被荧光团标记。在PCR期间，这两种不同寡核苷酸与靶DNA的相邻区域杂交，使得与寡核苷酸偶联的荧光团在杂合体结构中是紧密接近的。供体荧光团(F1)被外部光源激发，然后将其部分激发能量传递至相邻的受体荧光团(F2)。被激发的受体荧光团(F2)发射在不同波长的光，然后其可被检测和测量分子接近性。
1667-1670)。SERS导致来自已被附加到纳米尺寸的金属结构的分子的拉曼信号强烈增加。
396和398的SNP，示例性探针序列包括针对革兰氏阳性细菌的GCAACGCCGCGT(SEQ ID NO:4)和GCGACGCCGCGT(SEQ ID NO:5)、和针对革兰氏阴性细菌的GCCAAGTAGCGT(SEQ ID NO:6)和GCCATGCCGCGT(SEQ ID NO:7)，针对革兰氏阳性和阴性细菌二者的示例性正向引物包括ACTCCTACGGGAGGCAGCAGT(SEQ ID NO:8)；且示例性反向引物包括针对革兰氏阴性细菌的GCCAGCAGCYGCGGTAATACG(SEQ ID NO:9)和针对革兰氏阳性细菌的GCCAGCAGCCGCGGTAATACG(SEQ ID NO:10)。为了检测在位置278和286的SNP，示例性探针序列包括针对革兰氏阴性细菌的GCGATGATCAGTAG(SEQ ID NO:11)、GCTATGACGCTTAA(SEQ ID NO:12)、GCTTTGACGCATAA(SEQ ID NO:13)、GCTATGACGGGTAT(SEQ ID NO:14)、GCAATGATCAGTAG(SEQ ID:15)及
GTTTTGACGTCTAG(SEQ ID:16)，和针对革兰氏阳性细菌的GCAACGATGCATAG(SEQ ID NO:17)、GCAACGATGCGTAG(SEQ ID NO:18)及GCCACGATACATAG(SEQ ID NO:19)；示例性正向引物序列包括：针对革兰氏阴性细菌的TGWAGGAGGGGATTGCGTC(SEQ ID NO:20)、
TGTAGGATGAGACTATATW(SEQ ID NO:21)及TAARRGATCAGCCTATGTC(SEQ ID NO:22)和针对革兰氏阳性细菌的TGATGGATGGACCCGCGGT(SEQ ID NO:24)；且示例性反向引物序列包括针对革兰氏阴性细菌的ATGAACGGCCACATTGG(SEQ ID NO:25)、ATGATCAGTCACACTGG(SEQ ID NO:
26)及GTGAWCGGACACACTGG(SEQ ID NO:27)和针对革兰氏阳性细菌的
GTGATCGGCCACACTGGRACT(SEQ ID NO:28)。为了检测在位置648的SNP，示例性探针包括针对革兰氏阴性细菌的CTGCTGATCTAGAG(SEQ ID NO:29)和针对革兰氏阳性细菌的
CTGGAAAACTTGAG(SEQ ID NO:30)和CTGGGAGACTTGAG(SEQ ID NO:31)；示例性正向引物序列包括针对革兰氏阴性细菌的TAACCCCGTGAKGGGATGGA(SEQ ID NO:32)和针对革兰氏阳性细菌的CAACCGKGGAGGGTCATTGGA(SEQ ID NO:33)；且示例性反向引物序列包括针对革兰氏阴性细菌的TCGGAGAGGAAAGTGGAATTCC(SEQ ID NO:34)和针对革兰氏阳性细菌的
CARRAGRGGARAGTGGAATTCC(SEQ ID NO:35)。区分革兰氏阴性细菌的引物和探针的另外的非限制性实例包括表21中的那些，而用于区分革兰氏阳性细菌的引物和探针的另外的非限制性实例包括表22中的那些。此类引物和探针特别适合诸如 测定的测定。
278、286和648的位置处的SNP组合，从而分类或甚至鉴定样品中的哺乳动物(例如，人类)败血症-相关的细菌。例如，如果评价位置396、398、399、400和401处的SNP，样品中的哺乳动物(例如，人类)败血症-相关的细菌可被分类为如上描述的7组病原体之一。然后可评价另外的SNP以进一步分类或甚至鉴定哺乳动物(例如，人类)败血症-相关的细菌。如果评价位置
278、286、396、398和648处的SNP，则哺乳动物(例如，人类)败血症-相关的细菌可被分类为革兰氏阳性或革兰氏阴性，且还可进一步被鉴定或鉴定为如上描述的一组物种中的一种。
在一些情形中，样品中细菌或真菌的数量被确定或估计。
Tomlinson G,Detsky AS(2012)Does this adult patient with suspected bacteremia require blood cultures？JAMA 308:502–511.doi:10.1001/jama.2012.8262.)。
Clinical Microbiology 42,1875–1884；和美国专利发布8,362,228中描述的那些。VRE的分子测试可利用被设计为检测VanA和/或VanB的存在的PCR测定实现。具体试验包括
Cantarelli等人.(2011)Revista da Sociedade Brasileira de Medicina Tropical 44,
631–632；Fang等人(2012)Eur J Clin Microbiol Infect Dis 31,261–265；和美国专利公布号20050058985A1中描述的那些。QREC(氟喹诺酮抗性)的分子测试可利用被设计为检测gyrA和parC中的突变的PCR测定实现。各种方法包括Jurado等人(2008)
J.Vet .Diagn .Invest.20 ,342–345；Karczmarczyk等人(2011 )
Appl.Environ.Microbiol.77,7113–7120；美国专利公布号20100136523A1；和国际专利公布号WO 2000024932中描述的那些。ESBL(头孢他啶抗性)的分子测试可利用被设计为检测bla(SHV)和突变的PCR测定进行(参见例如，Alfaresi等人(2010)Indian J Med Microbiol
28,332；Randegger等人(2001)Antimicrob.Agents Chemother.45,1730–1736；和美国专利公布号20130065790A1。
Pichon,B.等人(2012)J.Antimicrob.Chemother.67,2338–2341；Lenz等人(2010)Food Microbiol 27,317–326(2010)；Margot等人(2013)J Food Prot 76,871–873；和Huang等人(2012)BMC Microbiol.12,148中描述的那些。一些关键哺乳动物(例如，人类)病原体的重要毒力因子的非限制性实例列在表29中。
阴性 C T/A/C
阳性 A/T/G C
阴性 产黑色普雷沃氏菌 C A A G T
阴性 中间普雷沃氏菌 C A T G G
阴性 颊普雷沃氏菌 C A T G T
阴性 脆弱拟杆菌 C A T A A
阴性 弗氏柠檬酸杆菌 C T G C A
阴性 产气肠杆菌 C T G C A
阴性 产酸克雷伯菌 C T G C A
阴性 粘质沙雷氏菌 C T G C A
阴性 摩氏摩根菌 C T G C C
阴性 嗜麦芽寡养单胞菌 C T G G C
阴性 鲍氏不动杆菌 C T G G G
阴性 阴沟肠杆菌 C T G C A
阴性 肺炎克雷伯菌 C T G C A
阴性 肠道沙门氏菌 C T G C A
阴性 大肠杆菌 C T G C A
阴性 奇异变形杆菌 C T G C T
阴性 脑膜炎奈瑟氏菌 C T G G T
阴性 铜绿假单胞菌 C T G G T
阴性 流感嗜血杆菌 C T T C T
阴性 洋葱伯克氏菌 C T G G A
阳性 结核分枝杆菌 G C G G A
阳性 索马里链霉菌 G C G G A
阳性 环圈链霉菌 G C G G T
阳性 粪肠球菌 A C C A A
阳性 屎肠球菌 A C C A A
阳性 牛链球菌 A C G A A
阳性 无乳链球菌 A C G A G
阳性 停乳链球菌 A C G A G
阳性 酿脓链球菌 A C G A G
阳性 咽峡炎链球菌 A C G A T
阳性 中间链球菌 A C G A T
阳性 缓症链球菌 A C G A T
阳性 变异链球菌 A C G A T
阳性 肺炎链球菌 A C G A T
阳性 血链球菌 A C G A T
阳性 金黄色葡萄球菌 A C A A A
阳性 远缘链球菌 A C A A A
阳性 星座链球菌 A C A A T
阳性 口腔链球菌 A C A A T
阴性 琼脂韦荣氏球菌 A C A G G
阳性 表皮葡萄球菌 A C A G A
阳性 人葡萄球菌 A C A G A
阴性 非典型韦荣氏球菌 A C G G G
阴性 小韦荣氏球菌 A C G G G
阴性 龋齿韦荣氏球菌 A C G G G
阳性 溶血葡萄球菌 A C G G A
阳性 腐生葡萄球菌 A C G G A
阳性 产气荚膜梭菌 A C G G T
142 C T
144 A G
146 A G
147 A G
148 C T
154 T A
157 T C
164 C/G T
167 A G
185 G T
187 A G
188 A C
194 T G
197 G T
213 A G
215 T C
216 T A
219 G T
223 A 不存在
231 A/G C
232 T A
236 T C
245 A/C 不存在
251 C G
256 T G
165、196、202、223、224或259中的两个位置。
GCCACGATACATAG(SEQ ID NO:19)。
gene expression assays by Applied Biosystems(Life Technologies,
USA))。所有革兰氏阴性探针标记以VICTM荧光标记且所有革兰氏阳性探针标记以FAMTM荧光标记，从而使得能够在一个单反应中区分革兰氏阴性和革兰氏阳性细菌物种。
648GRPOS2预混液，带有1:10连续稀释的金黄色葡萄球菌ATCC25923DNA。这生成标准曲线。
试管49-64：396398GRPOS2、278286GRPOS2和648GRPOS2预混液，带有连续稀释的掺入细菌DNA的血液。试管65-66：396938GRPOS1、278286GRPOS1和648GRPOS1预混液，无模板对照。试管67-68：396398GRPOS2、278286GRPOS2和648GRPOS2预混液，无模板对照。所有革兰氏阳性和革兰氏阴性探针遵循这一实验方案。
50℃2min；95℃10min；然后95℃15sec和60℃1min的45个循环。
TATGCAGTCTGAGTTGATTATCGTAATC(SEQ ID NO:38)和CAGAGGTCTAAACTTACAACCAATTTTTT(SEQ ID NO:39)；且反向引物序列是GCATTTCGCTGCGTTCTTC(SEQ ID NO:40)。引物和探针按照Applied Biosystems(Life Technologies,USA)的Custom 基因表达测定合成。
可得的，包括 (Biocartis)和 (MolZym)。然后利用扩增细菌16S rDNA
的相同181碱基对区域的下列两对正向和反向引物进行多重RT-PCR反应(反应1)：具有序列ACTCCTACGGGAGGCAGCAGT(SEQ ID NO:8)的正向引物和具有序列GTATTACCGCGGCTGCTGGCAC(SEQ ID NO:278)的反向引物，其从大多数革兰氏阳性和革兰氏阴性细菌扩增对应于SEQ ID NO:2的16S rRNA的核苷酸338至536的区域；和具有序列ACTCCTACGGGAGGCTGCAGT(SEQ ID NO:279)的正向引物和具有序列GTATTACCGCGGCAGCTGGCAC(SEQ ID NO:280)的反向引物，其从衣原体属和嗜性衣原体属扩增相同区域。反应1还包括七种12个碱基对的探针，每种探针具有不同染料，覆盖位置396、398、399、400和401。探针如下，以5’至3’方向，SNP加下划线：
antibiotic and antifungal regimen.Thorax 56:115–120第118页的表2)。通常见于具有急性支气管炎、社区获得性肺炎和医院获得性肺炎的患者的下呼吸道的示例微生物包括：
博德特氏菌属(Bordetella)、链球菌属、嗜血杆菌属、军团菌属、克雷伯菌属、肠杆菌科、金黄色葡萄球菌、莫拉氏菌属、假单胞菌属、不动杆菌属、念珠菌属和曲霉属(Carroll KC(2002)Laboratory Diagnosis of Lower Respiratory Tract Infections:Controversy and Conundrums.Journal of Clinical Microbiology 40:3115–3120)。通常见于囊性纤维化患者的气道中的示例微生物包括：嗜血杆菌属、葡萄球菌属、假单胞菌属、伯克氏菌属、寡养单胞菌属、克雷伯菌属、念珠菌属和曲霉属(Harrison F(2007)Microbial ecology of the cystic fibrosis lung.Microbiology(Reading,Engl)153:917–923)。
性探针标记以FAMTM荧光标记，从而使得能够在一个单反应中区分革兰氏阴性和革兰氏阳性细菌的种。
396398GRPOS1 金黄色葡萄球菌ATCC25923
396398GRPOS2 金黄色葡萄球菌ATCC25923
396398GRNEG1 大肠杆菌ATCC25922
396398GRNEG2 大肠杆菌ATCC25922
278286GRNEG 大肠杆菌ATCC25922
278286GRPOS1 金黄色葡萄球菌ATCC25923
278286GRPOS2 表皮葡萄球菌ATCC35983
648GRNEG 非典型韦荣氏球菌ATCC12641
648GRPOS1 金黄色葡萄球菌ATCC25923
648GRPOS2 粪肠球菌ATCC29212
648GRPOS2预混液，带有1:10连续稀释的金黄色葡萄球菌ATCC25923DNA。这生成标准曲线。
试管49-64：396398GRPOS2、278286GRPOS2和648GRPOS2预混液，带有连续稀释的掺入细菌DNA的血液。试管65-66：396938GRPOS1、278286GRPOS1和648GRPOS1预混液，无模板对照。试管67-68：396398GRPOS2、278286GRPOS2和648GRPOS2预混液，无模板对照。所有革兰氏阳性和革兰氏阴性探针遵循这一实验方案。
CAAAACTTTCAACAACGGATCTC(SEQ ID NO:326)和TAAAACTTTCAACAACGGATCTC(SEQ ID NO:
327)；且反向引物序列是GACGCTCGGACAGGCATG(SEQ ID NO:328)和GACGCTCAAACAGGCATG(SEQ ID NO:329)。引物和探针按照Applied Biosystems(Life Technologies,USA)的
Custom 基因表达测定合成。
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