1.一种使大肠杆菌微生物进化以获得所期望表型的高通量(HTP)基因工程改造方法，其包括：
a.扰动多种具有相同基因组菌株背景的初始大肠杆菌微生物的基因组，借此创建包括具有独特基因变异的个别大肠杆菌菌株的初始HTP基因设计大肠杆菌菌株文库；
b.针对所述所期望表型来筛选和选择所述初始HTP基因设计大肠杆菌菌株文库的个别菌株；
c.提供各自包括基因变异独特组合的后续多种大肠杆菌微生物，所述基因变异选自所述前一步骤中筛选的至少两种个别大肠杆菌菌株中所存在的基因变异，借此创建后续HTP基因设计大肠杆菌菌株文库；
d.针对所述所期望表型来筛选和选择所述后续HTP基因设计大肠杆菌菌株文库的个别大肠杆菌菌株；和
e.以线性或非线性方式重复步骤c)-d)一或多次，直到大肠杆菌微生物已经获得所述所期望表型为止，其中每次后续迭代创建新的HTP基因设计大肠杆菌菌株文库，所述新的HTP基因设计大肠杆菌菌株文库包括具有独特基因变异的个别大肠杆菌菌株，所述独特基因变异是选自前一个HTP基因设计大肠杆菌菌株文库的至少两种个别大肠杆菌菌株的基因变异的组合。
2.根据权利要求1所述的HTP基因工程改造方法，其中所述初始HTP基因设计大肠杆菌菌株文库包括选自由以下组成的群组的至少一个文库：启动子交换微生物菌株文库、SNP交换微生物菌株文库、起始/终止密码子微生物菌株文库、优化序列微生物菌株文库、终止子交换微生物菌株文库、蛋白质溶解性标签微生物菌株文库、蛋白质降解标签微生物菌株文库和其任何组合。
3.根据权利要求1所述的HTP基因工程改造方法，其中所述初始HTP基因设计大肠杆菌菌株文库包括启动子交换微生物菌株文库。
4.根据权利要求1或2所述的HTP基因工程改造方法，其中所述初始HTP基因设计大肠杆菌菌株文库包括含有至少一种双顺反子设计(BCD)调控序列的启动子交换微生物菌株文库。
5.根据权利要求1所述的HTP基因工程改造方法，其中所述初始HTP基因设计大肠杆菌菌株文库包括SNP交换微生物菌株文库。
6.根据权利要求1或2所述的HTP基因工程改造方法，其中所述初始HTP基因设计大肠杆菌菌株文库包括含以下的微生物菌株文库：
a.编码嵌合生物合成酶的至少一种多核苷酸，其中所述嵌合生物合成酶包括与能够结合DNA结合位点的DNA结合结构域翻译性融合的涉及大肠杆菌中的调控路径的酶；和b.包括所述DNA结合位点的至少一个DNA骨架序列。
7.根据权利要求1所述的HTP基因工程改造方法，其中所述后续HTP基因设计大肠杆菌菌株文库是来源于所述初始HTP基因设计大肠杆菌菌株文库中的基因变异的完全组合性菌株文库。
8.根据权利要求1所述的HTP基因工程改造方法，其中所述后续HTP基因设计大肠杆菌菌株文库是来源于所述初始HTP基因设计大肠杆菌菌株文库中的基因变异的完全组合性菌株文库的子集。
9.根据权利要求1所述的HTP基因工程改造方法，其中所述后续HTP基因设计大肠杆菌菌株文库是来源于前一个HTP基因设计大肠杆菌菌株文库中的完全组合性菌株文库。
10.根据权利要求1所述的HTP基因工程改造方法，其中所述后续HTP基因设计大肠杆菌菌株文库是来源于前一个HTP基因设计大肠杆菌菌株文库中的基因变异的完全组合性菌株文库的子集。
11.根据权利要求1所述的HTP基因工程改造方法，其中扰动所述基因组包括利用至少一种选自由以下组成的群组的方法：随机突变诱发、靶向序列插入、靶向序列缺失、靶向序列置换和其任何组合。
12.根据权利要求1所述的HTP基因工程改造方法，其中所述多种初始大肠杆菌微生物包括来源于工业生产性大肠杆菌菌株的独特基因变异。
13.根据权利要求1所述的HTP基因工程改造方法，其中所述多种初始大肠杆菌微生物包括工业生产菌株微生物，表示为S1Gen1；和来源于其的任何数量的后续微生物后代，表示为SnGenn。
14.一种用于产生SNP交换大肠杆菌菌株文库的方法，其包括以下步骤：
a.提供参考大肠杆菌菌株和第二大肠杆菌菌株，其中所述第二大肠杆菌菌株包括选自单核苷酸多态性、DNA插入和DNA缺失的多种已鉴定基因变异，所述基因变异不存在于所述参考大肠杆菌菌株中；和
b.扰动所述参考大肠杆菌菌株或所述第二大肠杆菌菌株的基因组，借此创建包括多种个别大肠杆菌菌株的初始SNP交换大肠杆菌菌株文库，在所述多种个别菌株的每种菌株内发现有独特基因变异，其中所述独特基因变异中的每一种对应于选自所述参考大肠杆菌菌株与所述第二大肠杆菌菌株之间的多种已鉴定基因变异的单一基因变异。
15.根据权利要求14所述的用于产生SNP交换大肠杆菌菌株文库的方法，其中扰动所述参考大肠杆菌菌株的基因组以添加在所述第二大肠杆菌菌株中所发现的所述已鉴定单核苷酸多态性、DNA插入或DNA缺失中的一或多种。
16.根据权利要求14所述的用于产生SNP交换大肠杆菌菌株文库的方法，其中扰动所述第二大肠杆菌菌株的基因组，以去除未在所述参考大肠杆菌菌株中发现的所述已鉴定单核苷酸多态性、DNA插入或DNA缺失中的一或多种。
17.根据权利要求14至16中任一权利要求所述的用于产生SNP交换大肠杆菌菌株文库的方法，其中所得具有独特基因变异的多种个别大肠杆菌菌株一起包括在所述参考大肠杆菌菌株与所述第二大肠杆菌菌株之间的所有所述已鉴定基因变异的完全组合性文库。
18.根据权利要求14至16中任一权利要求所述的用于产生SNP交换大肠杆菌菌株文库的方法，其中所得具有独特基因变异的多种个别大肠杆菌菌株一起包括在所述参考大肠杆菌菌株与所述第二大肠杆菌菌株之间的所有所述已鉴定基因变异的完全组合性文库的子集。
19.一种用于修复和改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的方法，其包括以下步骤：
a.提供亲本谱系大肠杆菌菌株和来源于其的生产性大肠杆菌菌株，其中所述生产性大肠杆菌菌株包括选自单核苷酸多态性、DNA插入和DNA缺失的多种已鉴定基因变异，所述基因变异不存在于所述亲本谱系菌株中；
b.扰动所述亲本谱系大肠杆菌菌株或所述生产性大肠杆菌菌株的基因组，以创建初始大肠杆菌菌株文库，其中所述初始文库中的每种菌株包括来自所述亲本谱系大肠杆菌菌株与所述生产性大肠杆菌菌株之间的所述多种已鉴定基因变异的独特基因变异；
c.针对优于参考大肠杆菌菌株的表型性能改进来筛选和选择所述初始文库的个别菌株，借此鉴定赋予表型性能改进的独特基因变异；
d.提供各自包括来自基因变异的独特基因变异组合的后续多种大肠杆菌微生物，所述基因变异存在于所述前一步骤中筛选的至少两种个别大肠杆菌菌株中，借此创建后续大肠杆菌菌株文库；
e.针对优于所述参考大肠杆菌菌株的表型性能改进来筛选和选择所述后续文库的个别菌株，借此鉴定赋予额外表型性能改进的基因变异独特组合；和
f.以线性或非线性方式重复步骤d)-e)一或多次，直到相较于所述生产性大肠杆菌菌株的表型性能，大肠杆菌菌株呈现所期望水平的已改进的表型性能，其中每次后续迭代创建新的微生物菌株文库，其中所述新文库中的每种菌株包括基因变异，所述基因变异是选自前一个文库的至少两种个别大肠杆菌菌株的基因变异组合。
20.根据权利要求19所述的用于修复和改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的方法，其中所述初始大肠杆菌菌株文库是包括所述亲本谱系大肠杆菌菌株与所述生产性大肠杆菌菌株之间的所有所述已鉴定基因变异的完全组合性文库。
21.根据权利要求19所述的用于修复和改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的方法，其中所述初始大肠杆菌菌株文库是包括所述亲本谱系大肠杆菌菌株与所述生产性大肠杆菌菌株之间的所述已鉴定基因变异的子集的完全组合性文库的子集。
22.根据权利要求19所述的用于修复和改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的方法，其中所述后续大肠杆菌菌株文库是所述初始文库的完全组合性文库。
23.根据权利要求19所述的用于修复和改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的方法，其中所述后续大肠杆菌菌株文库是所述初始文库的完全组合性文库的子集。
24.根据权利要求19所述的用于修复和改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的方法，其中所述后续大肠杆菌菌株文库是前一个文库的完全组合性文库。
25.根据权利要求19所述的用于修复和改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的方法，其中所述后续大肠杆菌菌株文库是前一个文库的完全组合性文库的子集。
26.根据权利要求19所述的用于修复和改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的方法，其中扰动所述亲本谱系大肠杆菌菌株的基因组以添加在所述生产性大肠杆菌菌株中发现的所述已鉴定单核苷酸多态性、DNA插入或DNA缺失中的一或多个。
27.根据权利要求19所述的用于修复和改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的方法，其中扰动所述亲本谱系大肠杆菌菌株的基因组以去除未在所述亲本谱系大肠杆菌菌株中发现的所述已鉴定单核苷酸多态性、DNA插入或DNA缺失中的一或多个。
28.根据权利要求19至25中任一权利要求所述的用于修复和改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的方法，其中扰动所述基因组包括利用至少一种选自由以下组成的群组的方法：随机突变诱发、靶向序列插入、靶向序列缺失、靶向序列置换和其组合。
29.根据权利要求19所述的用于修复和改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的方法，其中重复步骤d)-e)，直到相较于所述生产性大肠杆菌菌株的所述表型性能，后续文库的大肠杆菌菌株的所述表型性能呈现出所测量的表型变量增加至少10％为止。
30.根据权利要求19所述的用于修复和改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的方法，其中重复步骤d)-e)，直到相较于所述生产性大肠杆菌菌株的所述表型性能，后续文库的大肠杆菌菌株的所述表型性能呈现出所测量的表型变量增加至少一倍为止。
31.根据权利要求19所述的用于修复和改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的方法，其中步骤f)的所述已改进的表型性能选自由以下组成的群组：所关注产物的体积生产率、所关注产物的比生产率、所关注产物的产量、所关注产物的效价和其组合。
32.根据权利要求19所述的用于修复和改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的方法，其中步骤f)的所述已改进的表型性能是：所关注产物的生产增加或更有效，所述所关注产物选自由以下组成的群组：小分子、酶、肽、氨基酸、有机酸、合成化合物、燃料、乙醇、初级胞外代谢物、次级胞外代谢物、胞内组分分子和其组合。
33.根据权利要求19所述的用于修复和改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的方法，其中所述已鉴定基因变异进一步包括来自启动子交换文库的人工启动子交换基因变异。
34.根据权利要求19所述的用于修复和改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的方法，其进一步包括：
对以下任一个的至少一种微生物菌株的基因组进行工程改造：
所述初始大肠杆菌菌株文库，或
后续大肠杆菌菌株文库，
以包括来自与内源大肠杆菌目标基因可操作地连接的启动子梯的一或多种启动子。
35.一种用于产生启动子交换大肠杆菌菌株文库的方法，其包括以下步骤：
a.提供对于基本大肠杆菌菌株为内源的多种目标基因和启动子梯，其中所述启动子梯包括在所述基本大肠杆菌菌株中呈现不同表达谱的多种启动子；和
b.对所述基本大肠杆菌菌株的基因组进行工程改造，借此创建包括多种个别大肠杆菌菌株的初始启动子交换大肠杆菌菌株文库，在所述多种个别大肠杆菌菌株的每种菌株内发现有独特基因变异，其中所述独特基因变异中的每一种包括来自与对于所述基本大肠杆菌菌株为内源的所述目标基因中的一个可操作地连接的所述启动子梯的一或多种启动子。
36.根据权利要求35所述的用于产生启动子交换大肠杆菌菌株文库的方法，其中所述多种启动子中的至少一种包括双顺反子设计(BCD)调控序列。
37.一种用于改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的方法，其包括以下步骤：
a.提供对于基本大肠杆菌菌株为内源的多种目标基因和启动子梯，其中所述启动子梯包括在所述基本大肠杆菌菌株中呈现不同表达谱的多种启动子；
b.对所述基本大肠杆菌菌株的基因组进行工程改造，借此创建包括多种个别大肠杆菌菌株的初始启动子交换大肠杆菌菌株文库，在所述多种个别大肠杆菌菌株的每种菌株内发现有独特基因变异，其中所述独特基因变异中的每一种包括来自与对于所述基本大肠杆菌菌株为内源的所述目标基因中的一个可操作地连接的所述启动子梯的一或多种启动子；
c.针对优于参考大肠杆菌菌株的表型性能改进来筛选和选择所述初始启动子交换大肠杆菌菌株文库的个别大肠杆菌菌株，借此鉴定赋予表型性能改进的独特基因变异；
d.提供各自包括来自基因变异的独特基因变异组合的后续多种大肠杆菌微生物，所述基因变异存在于所述前一步骤中筛选的至少两种个别大肠杆菌菌株中，借此创建后续启动子交换大肠杆菌菌株文库；
e.针对优于所述参考大肠杆菌菌株的表型性能改进来筛选和选择所述后续启动子交换大肠杆菌菌株文库的个别大肠杆菌菌株，借此鉴定赋予额外表型性能改进的基因变异独特组合；和
f.以线性或非线性方式重复步骤d)-e)一或多次，直到相较于所述生产性大肠杆菌菌株的表型性能，大肠杆菌菌株呈现所期望水平的已改进的表型性能为止，其中每次后续迭代创建新的微生物菌株启动子交换大肠杆菌菌株文库，其中所述新文库中的每种菌株包括基因变异，所述基因变异是选自前一个文库的至少两种个别大肠杆菌菌株的基因变异组合。
38.根据权利要求37所述的用于改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的启动子交换方法，其中所述后续启动子交换大肠杆菌菌株文库是所述初始启动子交换大肠杆菌菌株文库的完全组合性文库。
39.根据权利要求37所述的用于改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的启动子交换方法，其中所述后续启动子交换大肠杆菌菌株文库是所述初始启动子交换大肠杆菌菌株文库的完全组合性文库的子集。
40.根据权利要求37所述的用于改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的启动子交换方法，其中所述后续启动子交换大肠杆菌菌株文库是前一个启动子交换大肠杆菌菌株文库的完全组合性文库。
41.根据权利要求37所述的用于改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的启动子交换方法，其中所述后续启动子交换大肠杆菌菌株文库是前一个启动子交换大肠杆菌菌株文库的完全组合性文库的子集。
42.根据权利要求37至41中任一权利要求所述的用于改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的方法，其中重复步骤d)-e)，直到相较于所述生产性大肠杆菌菌株的所述表型性能，后续启动子交换大肠杆菌菌株文库的大肠杆菌菌株的所述表型性能呈现出所测量的表型变量增加至少10％为止。
43.根据权利要求37至41中任一权利要求所述的用于改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的方法，其中重复步骤d)-e)，直到相较于所述生产性大肠杆菌菌株的所述表型性能，后续启动子交换大肠杆菌菌株文库的大肠杆菌菌株的所述表型性能呈现出所测量的表型变量增加至少一倍为止。
44.根据权利要求37所述的用于改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的启动子交换方法，其中步骤f)的所述已改进的表型性能选自由以下组成的群组：所关注产物的体积生产率、所关注产物的比生产率、所关注产物的产量、所关注产物的效价和其组合。
45.根据权利要求37所述的用于改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的启动子交换方法，其中步骤f)的所述已改进的表型性能是：所关注产物的生产增加或更有效，所述所关注产物选自由以下组成的群组：小分子、酶、肽、氨基酸、有机酸、合成化合物、燃料、乙醇、初级胞外代谢物、次级胞外代谢物、胞内组分分子和其组合。
46.一种用于产生终止子交换大肠杆菌菌株文库的方法，其包括以下步骤：
a.提供对于基本大肠杆菌菌株为内源的多种目标基因和终止子梯，其中所述终止子梯包括在所述基本大肠杆菌菌株中呈现不同表达谱的多种终止子；和
b.对所述基本大肠杆菌菌株的基因组进行工程改造，借此创建包括多种个别大肠杆菌菌株的初始终止子交换大肠杆菌菌株文库，在所述多种个别大肠杆菌菌株的每种菌株内发现有独特基因变异，其中所述独特基因变异中的每一种包括来自与对于所述基本大肠杆菌菌株为内源的所述目标基因中的一个可操作地连接的所述终止子梯的一或多种终止子。
47.一种用于改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的终止子交换方法，其包括以下步骤：
a.提供对于基本大肠杆菌菌株为内源的多种目标基因和终止子梯，其中所述终止子梯包括在所述基本大肠杆菌菌株中呈现不同表达谱的多种终止子；
b.对所述基本大肠杆菌菌株的基因组进行工程改造，借此创建包括多种个别大肠杆菌菌株的初始终止子交换大肠杆菌菌株文库，在所述多种个别大肠杆菌菌株的每种菌株内发现有独特基因变异，其中所述独特基因变异中的每一种包括来自与对于所述基本大肠杆菌菌株为内源的所述目标基因中的一个可操作地连接的所述终止子梯的一或多种终止子。
c.针对优于参考大肠杆菌菌株的表型性能改进来筛选和选择所述初始终止子交换大肠杆菌菌株文库的个别大肠杆菌菌株，借此鉴定赋予表型性能改进的独特基因变异；
d.提供各自包括来自基因变异的独特基因变异组合的后续多种大肠杆菌微生物，所述基因变异存在于所述前一步骤中筛选的至少两种个别大肠杆菌菌株中，借此创建后续终止子交换大肠杆菌菌株文库；
e.针对优于所述参考大肠杆菌菌株的表型性能改进来筛选和选择所述后续终止子交换大肠杆菌菌株文库的个别大肠杆菌菌株，借此鉴定赋予额外表型性能改进的基因变异独特组合；和
f.以线性或非线性方式重复步骤d)-e)一或多次，直到相较于所述生产性大肠杆菌菌株的表型性能，大肠杆菌菌株呈现所期望水平的已改进的表型性能，其中每次后续迭代创建新的微生物菌株终止子交换大肠杆菌菌株文库，其中所述新文库中的每种菌株包括基因变异，所述基因变异是选自前一个文库的至少两种个别大肠杆菌菌株的基因变异组合。
48.根据权利要求47所述的用于改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的终止子交换方法，其中所述后续终止子交换大肠杆菌菌株文库是所述初始终止子交换大肠杆菌菌株文库的完全组合性文库。
49.根据权利要求47所述的用于改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的终止子交换方法，其中所述后续终止子交换大肠杆菌菌株文库是所述初始终止子交换大肠杆菌菌株文库的完全组合性文库的子集。
50.根据权利要求47所述的用于改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的终止子交换方法，其中所述后续终止子交换大肠杆菌菌株文库是前一个终止子交换大肠杆菌菌株文库的完全组合性文库。
51.根据权利要求47所述的用于改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的终止子交换方法，其中所述后续终止子交换大肠杆菌菌株文库是前一个终止子交换大肠杆菌菌株文库的完全组合性文库的子集。
52.根据权利要求47至51中任一权利要求所述的用于改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的终止子交换方法，其中重复步骤d)-e)，直到相较于所述生产性大肠杆菌菌株的所述表型性能，后续终止子交换大肠杆菌菌株文库的大肠杆菌菌株的所述表型性能呈现出所测量的表型变量增加至少10％。
53.根据权利要求47至51中任一权利要求所述的用于改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的终止子交换方法，其中重复步骤d)-e)，直到相较于所述生产性大肠杆菌菌株的所述表型性能，后续终止子交换大肠杆菌菌株文库的大肠杆菌菌株的所述表型性能呈现出所测量的表型变量增加至少一倍为止。
54.根据权利要求47所述的用于改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的终止子交换方法，其中步骤f)的所述已改进的表型性能选自由以下组成的群组：所关注产物的体积生产率、所关注产物的比生产率、所关注产物的产量、所关注产物的效价和其组合。
55.根据权利要求47所述的用于改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的终止子交换方法，其中步骤f)的所述已改进的表型性能是：所关注产物的生产增加或更有效，所述所关注产物选自由以下组成的群组：小分子、酶、肽、氨基酸、有机酸、合成化合物、燃料、乙醇、初级胞外代谢物、次级胞外代谢物、胞内组分分子和其组合。
56.一种用于共定位来自大肠杆菌宿主细胞中的生物合成路径的生物合成酶的系统，所述系统包括：
a.涉及酶反应的两种或更多种嵌合酶蛋白，每一种嵌合酶蛋白包括与DNA结合结构域部分偶联的酶部分；和
b.DNA骨架，其包括
i.一或多个亚基，每一个亚基包括通过至少一个核酸间隔子隔开的两个或更多个不同DNA结合位点；
其中所述嵌合酶蛋白通过其偶联的DNA结合结构域部分募集到所述DNA骨架，所述偶联的DNA结合结构域部分中的每一个结合所述DNA骨架中的至少一个DNA结合位点。
57.根据权利要求56所述的系统，其中所述嵌合酶蛋白的所述DNA结合结构域部分包括锌指DNA结合结构域，且所述DNA骨架的所述DNA结合位点包括对应锌指结合序列。
58.根据权利要求56所述的系统，其中所述两种或更多种嵌合酶蛋白中的每一个的所述酶部分通过多肽连接子序列与其相应DNA结合结构域部分偶联。
59.根据权利要求56所述的系统，其中所述两种或更多种嵌合酶蛋白中的每一个的所述酶部分通过其氨基端或其羧基端与其相应DNA结合结构域部分偶联。
60.根据权利要求56所述的系统，其中所述两种或更多种嵌合酶蛋白包括氨基酸生物合成路径的酶。
61.一种双顺反子设计调控(BCD)序列，所述BCD序列依次包括：
a.与其可操作地连接的启动子；
b.第一核糖体结合位点(SD1)；
c.第一顺反子序列(Cis1)；
d.第二核糖体结合位点(SD2)；
其中所述BCD序列与目标基因序列(Cis2)可操作地连接。
62.根据权利要求61所述的BCD，其中SD1和SD2各自包括NNNGGANNN的序列。
63.根据权利要求61所述的BCD，其中SD1和SD2不同。
64.根据权利要求61所述的BCD，其中Cis1包括终止密码子，且其中Cis2包括起始密码子，且其中所述Cis1终止密码子和所述Cis2起始密码子重叠至少1个核苷酸。
65.根据权利要求61所述的BCD，其中SD2完全包埋在Cis1内。
66.一种用于在宿主生物体中表达两种目标基因蛋白的方法，所述方法包括以下步骤：
a.将编码第一目标基因蛋白的第一多核苷酸引入到所述宿主生物体中，其中所述第一多核苷酸与根据权利要求61所述的第一双顺反子设计调控(BCD)序列可操作地连接；和b.将编码第二目标基因蛋白的第二多核苷酸引入到所述宿主生物体中，所述第二多核苷酸与根据权利要求61所述的第二BCD可操作地连接；
其中除其相应Cis1序列以外，所述第一BCD和所述第二BCD一致，且其中所述目标基因蛋白分别以第一和第二表达水平在所述宿主生物体中表达。
67.根据权利要求66所述的方法，其中所述第一表达水平在所述第二表达水平的1.5倍内。
68.根据权利要求66所述的方法，其中相较于其中所述第一多核苷酸和所述第二多核苷酸通过一致BCD表达的对照宿主细胞，所述第一多核苷酸和所述第二多核苷酸在所述宿主细胞中经历更低水平的同源重组。
69.一种用于产生蛋白质溶解性标签交换大肠杆菌菌株文库的方法，其包括以下步骤：
a.提供对于基本大肠杆菌菌株为内源的多种目标基因和溶解性标签梯，其中所述溶解性标签梯包括在所述基本大肠杆菌菌株中呈现不同溶解性概况的多种溶解性标签；和b.对所述基本大肠杆菌菌株的基因组进行工程改造，借此创建包括多种个别大肠杆菌菌株的初始溶解性标签交换大肠杆菌菌株文库，在所述多种个别大肠杆菌菌株的每种菌株内发现有独特基因变异，其中所述独特基因变异中的每一种包括来自与对于所述基本大肠杆菌菌株为内源的所述目标基因中的一个可操作地连接的所述溶解性标签梯的一或多种溶解性标签。
70.一种用于改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的蛋白质溶解性标签交换方法，其包括以下步骤：
a.提供对于基本大肠杆菌菌株为内源的多种目标基因和溶解性标签梯，其中所述溶解性标签梯包括在所述基本大肠杆菌菌株中呈现不同表达谱的多种溶解性标签；
b.对所述基本大肠杆菌菌株的基因组进行工程改造，借此创建包括多种个别大肠杆菌菌株的初始溶解性标签交换大肠杆菌菌株文库，在所述多种个别大肠杆菌菌株的每种菌株内发现有独特基因变异，其中所述独特基因变异中的每一种包括来自与对于所述基本大肠杆菌菌株为内源的所述目标基因中的一个可操作地连接的所述溶解性标签梯的一或多种溶解性标签；
c.针对优于参考大肠杆菌菌株的表型性能改进来筛选和选择所述初始溶解性标签交换大肠杆菌菌株文库的个别菌株，借此鉴定赋予表型性能改进的独特基因变异；
d.提供后续多种大肠杆菌微生物，其各自包括来自存在于所述前一步骤中筛选的至少两种个别大肠杆菌菌株中的所述基因变异的独特基因变异组合，借此创建后续溶解性标签交换大肠杆菌菌株文库；
e.针对优于所述参考大肠杆菌菌株的表型性能改进来筛选和选择所述后续溶解性标签交换大肠杆菌菌株文库的个别大肠杆菌菌株，借此鉴定赋予额外表型性能改进的基因变异独特组合；和
f.以线性或非线性方式重复步骤d)-e)一或多次，直到相较于所述生产性大肠杆菌菌株的所述表型性能，大肠杆菌菌株呈现所期望水平的已改进的表型性能为止，其中每次后续迭代创建新的微生物菌株溶解性标签交换大肠杆菌菌株文库，其中所述新文库中的每种菌株包括基因变异，所述基因变异是选自前一个文库的至少两种个别大肠杆菌菌株的基因变异组合。
71.根据权利要求70所述的用于改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的溶解性标签交换方法，其中所述后续溶解性标签交换大肠杆菌菌株文库是所述初始溶解性标签交换大肠杆菌菌株文库的完全组合性文库。
72.根据权利要求70所述的用于改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的溶解性标签交换方法，其中所述后续溶解性标签交换大肠杆菌菌株文库是所述初始溶解性标签交换大肠杆菌菌株文库的完全组合性文库的子集。
73.根据权利要求70所述的用于改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的溶解性标签交换方法，其中所述后续溶解性标签交换大肠杆菌菌株文库是前一个溶解性标签交换大肠杆菌菌株文库的完全组合性文库。
74.根据权利要求70所述的用于改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的溶解性标签交换方法，其中所述后续溶解性标签交换大肠杆菌菌株文库是前一个溶解性标签交换大肠杆菌菌株文库的完全组合性文库的子集。
75.根据权利要求70至74中任一权利要求所述的用于改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的溶解性标签交换方法，其中重复步骤d)-e)，直到相较于所述生产性大肠杆菌菌株的所述表型性能，后续溶解性标签交换大肠杆菌菌株文库的大肠杆菌菌株的所述表型性能呈现出所测量的表型变量增加至少10％为止。
76.根据权利要求70至74中任一权利要求所述的用于改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的溶解性标签交换方法，其中重复步骤d)-e)，直到相较于所述生产性大肠杆菌菌株的所述表型性能，后续溶解性标签交换大肠杆菌菌株文库的大肠杆菌菌株的所述表型性能呈现出所测量的表型变量增加至少一倍为止。
77.根据权利要求70至74中任一权利要求所述的用于改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的溶解性标签交换方法，其中步骤f)的所述已改进的表型性能选自由以下组成的群组：所关注产物的体积生产率、所关注产物的比生产率、所关注产物的产量、所关注产物的效价和其组合。
78.根据权利要求70至74中任一权利要求所述的用于改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的溶解性标签交换方法，其中步骤f)的所述已改进的表型性能是：所关注产物的生产增加或更有效，所述所关注产物选自由以下组成的群组：小分子、酶、肽、氨基酸、有机酸、合成化合物、燃料、乙醇、初级胞外代谢物、次级胞外代谢物、胞内组分分子和其组合。
79.一种用于产生蛋白质降解标签交换大肠杆菌菌株文库的方法，其包括以下步骤：
a.提供对于基本大肠杆菌菌株为内源的多种目标基因和降解标签梯，其中所述降解标签梯包括在所述基本大肠杆菌菌株中呈现不同溶解性概况的多种降解标签；和
b.对所述基本大肠杆菌菌株的基因组进行工程改造，借此创建包括多种个别大肠杆菌菌株的初始降解标签交换大肠杆菌菌株文库，在所述多种个别大肠杆菌菌株的每种菌株内发现有独特基因变异，其中所述独特基因变异中的每一种包括来自与对于所述基本大肠杆菌菌株为内源的所述目标基因中的一个可操作地连接的所述降解标签梯的一或多种降解标签。
80.一种用于改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的蛋白质降解标签交换方法，其包括以下步骤：
a.提供对于基本大肠杆菌菌株为内源的多种目标基因和降解标签梯，其中所述降解标签梯包括在所述基本大肠杆菌菌株中呈现不同表达谱的多种降解标签；
b.对所述基本大肠杆菌菌株的基因组进行工程改造，借此创建包括多种个别大肠杆菌菌株的初始降解标签交换大肠杆菌菌株文库，在所述多种个别大肠杆菌菌株的每种菌株内发现有独特基因变异，其中所述独特基因变异中的每一种包括来自与对于所述基本大肠杆菌菌株为内源的所述目标基因中的一个可操作地连接的所述降解标签梯的一或多种降解标签；
c.针对优于参考大肠杆菌菌株的表型性能改进来筛选和选择所述初始降解标签交换大肠杆菌菌株文库的个别大肠杆菌菌株，借此鉴定赋予表型性能改进的独特基因变异；
d.提供后续多种大肠杆菌微生物，其各自包括来自存在于所述前一步骤中筛选的至少两种个别大肠杆菌菌株中的所述基因变异的独特基因变异组合，借此创建后续降解标签交换大肠杆菌菌株文库；
e.针对优于所述参考大肠杆菌菌株的表型性能改进来筛选和选择所述后续降解标签交换大肠杆菌菌株文库的个别大肠杆菌菌株，借此鉴定赋予额外表型性能改进的基因变异独特组合；和
f.以线性或非线性方式重复步骤d)-e)一或多次，直到相较于所述生产性大肠杆菌菌株的所述表型性能，大肠杆菌菌株呈现所期望水平的已改进的表型性能为止，其中每次后续迭代创建新的微生物菌株降解标签交换大肠杆菌菌株文库，其中所述新文库中的每种菌株包括基因变异，所述基因变异是选自前一个文库的至少两种个别大肠杆菌菌株的基因变异组合。
81.根据权利要求80所述的用于改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的降解标签交换方法，其中所述后续降解标签交换大肠杆菌菌株文库是所述初始降解标签交换大肠杆菌菌株文库的完全组合性文库。
82.根据权利要求80所述的用于改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的降解标签交换方法，其中所述后续降解标签交换大肠杆菌菌株文库是所述初始降解标签交换大肠杆菌菌株文库的完全组合性文库的子集。
83.根据权利要求80所述的用于改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的降解标签交换方法，其中所述后续降解标签交换大肠杆菌菌株文库是前一个降解标签交换大肠杆菌菌株文库的完全组合性文库。
84.根据权利要求80所述的用于改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的降解标签交换方法，其中所述后续降解标签交换大肠杆菌菌株文库是前一个降解标签交换大肠杆菌菌株文库的完全组合性文库的子集。
85.根据权利要求80至84中任一权利要求所述的用于改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的降解标签交换方法，其中重复步骤d)-e)，直到相较于所述生产性大肠杆菌菌株的所述表型性能，后续降解标签交换大肠杆菌菌株文库的大肠杆菌菌株的所述表型性能呈现出所测量的表型变量增加至少10％为止。
86.根据权利要求80至84中任一权利要求所述的用于改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的降解标签交换方法，其中重复步骤d)-e)，直到相较于所述生产性大肠杆菌菌株的所述表型性能，后续降解标签交换大肠杆菌菌株文库的大肠杆菌菌株的表型性能呈现出所测量的表型变量增加至少一倍为止。
87.根据权利要求80至84中任一权利要求所述的用于改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的降解标签交换方法，其中步骤f)的所述已改进的表型性能选自由以下组成的群组：
所关注产物的体积生产率、所关注产物的比生产率、所关注产物的产量、所关注产物的效价和其组合。
88.根据权利要求80至84中任一权利要求所述的用于改进生产性大肠杆菌菌株的表型性能的降解标签交换方法，其中步骤f)的所述已改进的表型性能是：所关注产物的生产增加或更有效，所述所关注产物选自由以下组成的群组：小分子、酶、肽、氨基酸、有机酸、合成化合物、燃料、乙醇、初级胞外代谢物、次级胞外代谢物、胞内组分分子和其组合。
89.一种用于在微生物宿主细胞中表达的与异源基因可操作地连接的嵌合合成启动子，其中所述嵌合合成启动子的长度为60-90个核苷酸且由以下组成：λ噬菌体pR启动子的远端部分、λ噬菌体pL和pR启动子的长度各自为六个核苷酸的可变-35和-10区、λ噬菌体pL和pR启动子的核心部分和λ噬菌体pR启动子的5'UTR/核糖体结合位点RBS部分。
90.根据权利要求89所述的嵌合合成启动子，其中以下各项的核酸序列选自见于表1.5中的核酸序列：所述λ噬菌体pR启动子的所述远端部分、所述λ噬菌体pL和pR启动子的所述可变-35和-10区、所述λ噬菌体pL和pR启动子的所述核心部分和所述λ噬菌体pR启动子的5'UTR/核糖体结合位点RBS部分。
91.一种用于在微生物宿主细胞中表达的与异源基因可操作地连接的嵌合合成启动子，其中所述嵌合合成启动子的长度为60-90个核苷酸且由以下组成：λ噬菌体pR启动子的远端部分、λ噬菌体pL和pR启动子的长度各自为六个核苷酸的可变-35和-10区、λ噬菌体pL和pR启动子的核心部分和大肠杆菌acs基因的启动子的5'UTR/核糖体结合位点RBS部分。
92.根据权利要求91所述的嵌合合成启动子，其中以下各项的核酸序列选自见于表1.5中的核酸序列：所述λ噬菌体pR启动子的所述远端部分、所述λ噬菌体pL和pR启动子的所述可变-35和-10区、所述λ噬菌体pL和pR启动子的所述核心部分和所述大肠杆菌acs基因的启动子的所述5'UTR/核糖体结合位点RBS部分。
93.根据权利要求89至90中任一权利要求所述的嵌合合成启动子，其中所述嵌合合成启动子由选自以下的核酸序列组成：SEQ ID NO.132-152、159-160、162、165、174-175、188、
190、199-201或207。
94.根据权利要求91至92中任一权利要求所述的嵌合合成启动子，其中所述嵌合合成启动子由选自以下的核酸序列组成：SEQ ID NO.153-158、161、163-164、166-173、176-187、
189、191-198或202-206。
95.根据权利要求89至92中任一权利要求所述的嵌合合成启动子，其中所述微生物宿主细胞是大肠杆菌。
96.根据权利要求95所述的嵌合合成启动子，其中所述异源基因编码见于表2中的所关注蛋白质产物。
97.根据权利要求95所述的嵌合合成启动子，其中所述异源基因是赖氨酸生物合成路径的一部分的基因。
98.根据权利要求97所述的嵌合合成启动子，其中所述异源基因选自以下：asd基因、ask基因、hom基因、dapA基因、dapB基因、dapD基因、ddh基因、argD基因、dapE基因、dapF基因、lysA基因、lysE基因、zwf基因、pgi基因、ktk基因、fbp基因、ppc基因、pck基因、ddx基因、pyc基因或icd基因。
99.根据权利要求95所述的嵌合合成启动子，其中所述异源基因是番茄红素生物合成路径的一部分的基因。
100.根据权利要求99所述的嵌合合成启动子，其中所述异源基因选自以下：dxs基因、ispC基因、ispE基因、ispD基因、ispF基因、ispG基因、ispH基因、idi基因、ispA基因、ispB基因、crtE基因、crtB基因、crtI基因、crtY基因、ymgA基因、dxr基因、elbA基因、gdhA基因、appY基因、elbB基因或ymgB基因。
101.根据权利要求95所述的嵌合合成启动子，其中所述异源基因编码生物药剂或是用于产生生物药剂的路径中的基因。
102.根据权利要求99所述的嵌合合成启动子，其中所述生物药剂选自以下：优泌林(rh胰岛素)、intronA(干扰素α2b)、罗扰素(干扰素α2a)、优猛茁(索马托品rh生长激素)、优保津(非格司亭)、德塔扰素(干扰素β-1b)、优泌乐(快速作用胰岛素)、瑞普森(瑞替普酶)、干复津(干扰素阿尔法康-1)、升糖素、贝若曼(他索纳明)、恩塔克(地尼白介素)、兰德仕(长效甘精胰岛素)、肯瑞特(阿那白滞素)、纳翠可(奈西立肽)、索玛维特(派格索曼)、降血钙素(重组鲑降血钙素)、乐舒晴(兰尼珠单抗)、普瑞他(人类甲状旁腺激素)、可瑞斯谢(聚乙二醇化的rh尿酸盐氧化酶)、尼维斯替姆(非格司亭，rhGCSF)、沃瑞夏兹(谷卡皮酶)或匹瑞斯(甲状旁腺激素)。
103.一种异源基因，其与具有选自SEQ ID NO.132-207的核酸序列的嵌合合成启动子可操作地连接。
104.根据权利要求103所述的异源基因，其中所述异源基因编码见于表2中的所关注蛋白质产物。
105.根据权利要求103所述的异源基因，其中所述异源基因是赖氨酸生物合成路径的一部分的基因。
106.根据权利要求105所述的异源基因，其中所述异源基因选自以下：asd基因、ask基因、hom基因、dapA基因、dapB基因、dapD基因、ddh基因、argD基因、dapE基因、dapF基因、lysA基因、lysE基因、zwf基因、pgi基因、ktk基因、fbp基因、ppc基因、pck基因、ddx基因、pyc基因或icd基因。
107.根据权利要求103所述的异源基因，其中所述异源基因是番茄红素生物合成路径的一部分的基因。
108.根据权利要求107所述的异源基因，其中所述异源基因选自以下：dxs基因、ispC基因、ispE基因、ispD基因、ispF基因、ispG基因、ispH基因、idi基因、ispA基因、ispB基因、crtE基因、crtB基因、crtI基因、crtY基因、ymgA基因、dxr基因、elbA基因、gdhA基因、appY基因、elbB基因或ymgB基因。
109.根据权利要求103所述的异源基因，其中所述异源基因编码生物药剂或是用于产生生物药剂的路径中的基因。
110.根据权利要求109所述的异源基因，其中所述生物药剂选自以下：优泌林(rh胰岛素)、intronA(干扰素α2b)、罗扰素(干扰素α2a)、优猛茁(索马托品rh生长激素)、优保津(非格司亭)、德塔扰素(干扰素β-1b)、优泌乐(快速作用胰岛素)、瑞普森(瑞替普酶)、干复津(干扰素阿尔法康-1)、升糖素、贝若曼(他索纳明)、恩塔克(地尼白介素)、兰德仕(长效甘精胰岛素)、肯瑞特(阿那白滞素)、纳翠可(奈西立肽)、索玛维特(派格索曼)、降血钙素(重组鲑降血钙素)、乐舒晴(兰尼珠单抗)、普瑞他(人类甲状旁腺激素)、可瑞斯谢(聚乙二醇化的rh尿酸盐氧化酶)、尼维斯替姆(非格司亭，rhGCSF)、沃瑞夏兹(谷卡皮酶)或匹瑞斯(甲状旁腺激素)。